DNASIS Pro ワンペーパーマニュアルシリーズ ー応用編＜3＞In

DNASIS Pro ワンペーパーマニュアルシリーズ
ー応用編＜３＞In-house DBの構築－
DNASIS Pro は、独自のデータベースを持っており、お客様がお持ちの配列をデータベ
ース化し、Blast による相同性検索の対象データベースとすることができます。これによ
って、クローニング作業において、シーケンス結果が新規であるか既に取得されている
ものか判断することができます。
本マニュアルでは、お客様の PC に DNASIS Pro トライアル版がインストールされ、ファイル
が読み込めることを前提としてご説明しております。ワンペーパーマニュアルシリーズ入門
編＜０＞と＜１＞をご参照下さい。
＜準備＞
この説明に使用するために Aurora kinase B 遺
②
解析ボタンビューの下から２番目「データ
伝子ファミリーに属するヒトのクローン
ベース」 タブ を開いて下さい。図２に示す
BC009751、マウスのクローン BC003261、ラッ
解析ボタンが含まれています。
トのクローン NM_053749 を取得し GenBank フ
図２解析ボタンビュー
「データベース」タブ
ァイルとして保存しています。
下から１番目に「シーケ
１．データベースの作成とデータの登録
ンスデータベース管理
①
配列データを DNASIS Pro に読み込んで
（DNA シーケンス）」ボタ
下さい。図１の例では、３つの配列を読み
ンがあります。
込んでいます。
③
下から１番目にある「シーケンスデータベ
ース管理（DNA シーケンス）」ボタンを押
して下さい。図３に示すダイアログが表示
されます。
図１ 複数の DNA 配列が読み込まれた状態
図３ Sequence Database Manager ダイアログ
④
「Create new database」ボタンをクリックし
⑦
「OK」ボタンを押して下さい。
て下さい。図４に示すダイアログボックス
Sequence Database Manager ダイアログに
が表示されます。
「test」が追加されていれば成功です。
図６ test が登録されています。
図４ New Database ダイアログボックス
⑧
右上の閉じるボタンを押して、Sequence
Database Manager ダイアログを閉じて
⑤
「Name」に、データベースの名前を入れ
下さい。
て下さい。今回は、「test」とします。また
Entry in the Blast Database にチェックが
２．Blast 検索での利用
入っていることを確認して下さい。
⑤で示したステップで、シーケンスの登録と同
時に Blast 用データベースも作成しているため、
⑥
You can impoirt Sequence files で「Import
登録したデータを対象とした Blast 検索を行う
from current DNASIS Pro」ボタンをクリッ
ことができます。
クして下さい。図５の例では、３つの配列
Blast 検索の際、図７の Blast 検索のパラメー
が読み込まれています。
タダイアログにおいて、作成したデータベース
にチェックを入れて下さい。
図５ New Database ダイアログボックス
図７ Blast 検索のパラメータダイアログ
Blast 検索については、基礎編＜７＞をご参照
ください。
３．データベースの作成とデータの登録（フ
ァイルを指定する方法）
⑨
解析ボタンビューの下から２番目「データ
ベース」 タブ を開いて下さい。図８に示す
解析ボタンが含まれています。
図８解析ボタンビュー
「データベース」タブ
図１０ New Database ダイアログボックス
下から１番目に「シーケ
ンスデータベース管理
⑫
「Name」に、データベースの名前を入れ
（DNA シーケンス）」ボタ
て下さい。今回は、「test2」とします。また
ンがあります。
Entry in the Blast Database にチェックが
入っていることを確認して下さい。
⑩
下から１番目にあるシーケンスデータベ
ース管理（DNA シーケンス）」ボタンを押
⑬
して下さい。図９に示すダイアログが表示
You can impoirt Sequence files で「Select
file(s)」ボタンをクリックして下さい。
されます。
図９ Sequence Database Manager ダイアログ
図１１ New Database ダイアログボックス
⑪
「Create new database」ボタンをクリックし
て下さい。図１０に示すダイアログボック
スが表示されます。
⑭
「ファイルを開く」ダイアログボックスでイ
ンポートしたいデータファイルとファイル
の種類を選択し、「開く」ボタンをクリック
して下さい。図１３の例では、16S.seq が
選択されています。
このマニュアルについてご不明の点やご要望に
つきましては、下記までご連絡下さい。
株式会社日立ソリューションズ
ライフサイエンス本部
図１２ ファイルを開くダイアログボックス
E-mail：info＠dnasis.jp
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Ver.02-C03-00
図１３ New Database ダイアログボックス
⑮
「OK」ボタンを押して下さい。
Sequence Database Manager ダイアログに
「test2」が追加されていれば成功です。
図１４ test2 が登録されています。
⑯
右上の閉じるボタンを押して、Sequence
Database Manager ダイアログを閉じて
下さい。