MOGERA®-BD

タンパク質ドメイン検索サービス
MOGERA®-BD
BLAST Domain analysis
アミノ酸配列や公共データベース ID などから、対応するタンパク質に含まれる機能ドメインを PSI-BLAST
に基づいて予測するサービスです。通常の BLAST 検索では有意なホモログが得られなかったタンパク質の
機能予測などにご利用ください。
タンパク質の機能予測に
サービス内容
・　最適化 PSI-BLAST によるドメイン検索
ご提示いただいたタンパク質・核酸配列や公共データベー
ス ID などについて、タンパク質構造分類・立体構造データ
ベースを対象に最適化された条件で PSI-BLAST 検索し、配
列内に含まれると予測された機能ドメイン情報を HTML 形
式の報告書にまとめてご提示いたします。
[ 最適化 PSI-BLAST]
PSI-BLAST 検索は、タンパク質配列を対象に繰り返し相同
性検索を行う方法です。保存性の高い部分配列（タンパク
質の機能ドメイン）についての類似性を評価するので、通
常の BLAST 検索より検出感度が高く、進化的に遠縁な生
物に対してのホモログも特異的に検出できるといった特徴
があります。
本サービスでは、個々のタンパク質について研究者が算出
した最適な検索条件を用いて検索いたしますので、信頼性
の高い検索結果が得られます。
▲検索結果表示例
[ 検索対象データベース ]
・ CATH
・ PDB
・ PFAM
PFAM-full
・ SCOP
・ CDD
・ PRINTS
・ COGS
・ PROSITE
・ HAMAP
・ TIGERFAM
特徴
・　ドメイン情報を一目で把握
ご提示いただいた配列内に含まれると予測された機能ドメ
インを、構造情報図としてご提供いたします。また、各機
能ドメインの詳細は検索結果一覧表に含まれているハイ
パーリンクから簡単にご確認いただけます。
▲構造情報図
[ 対応公共データベース ID]
・ GenBank ・ GI number ・ Refseq ・ Uniprot ・ PIR
・ Ensemble ・ PDB
・ PRF
・　幅広いデータに対応
アミノ酸・核酸配列はもちろんタンパク質の公共データ
ベース ID にも対応しております。また、Affymetrix 社製
GeneChip の Probe ID からも検索が可能ですので、マイクロ
アレイ実験後のアノテーション不足の解消にもご利用いた
だけます。
[ 対応 GeneChip]
・ HG-U133-A, B, Plus2
・ MG-U74-Av2, Bv2, Cv2
・ RG-U34a, B, C
・ HG-U95-Av2, B, C
・ MOE430-A, B
・ RAE230-A, B
お送りいただくもの
アミノ酸（核酸）配列、タンパク質公共データベース ID、または Affymetrix 社製 GeneChip の Probe ID
納品物
HTML 形式の報告書（CD-ROM）
納期 ・ 価格
・　納期は 10 営業日～（解析内容によりお時間がかかる場合がございます）、価格は 1 式 10,000 円（税別）。
・　複数件ご注文の方にはお得なパッケージプランもご用意しておりますので、お気軽にご相談ください。
注意事項
・　本サービスでは Protein ID から検索する仕様となっておりますので、アミノ酸・核酸配列からの検索の場合は、一度
BLAST 検索を行い、トップヒットしたホモログの Protein ID から検索することとなります。また GeneChip Probe ID から
の検索の場合は、最もオーバーラップする転写産物に対応する Protein ID についての検索結果となります。
・　アミノ酸（核酸）配列から検索する場合、検索対象は最大 1500 残基（塩基）のため、これより長い配列については
希望部位で分割して検索することとなります。
・　検索対象とするデータは 2005 年 7 月時点で公共データベースに登録されていたタンパク質となるため、データが得
られない場合がございますが、その場合料金は発生いたしません。
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