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蛋白質核酸酵素:核酸のキャピラリー電気泳動
特集 キャピラリー電気泳動 核 酸 の キャピラリー 電 気 泳 動 馬場嘉信 内 径100、μm以 下 の 溶融 シ リカ キ ャ ピラ リー 内 で電 気 泳 動 を 行 な うキ ャ ピ ラ リー一電 気 泳 動 は , 従 来 の ゲル 電気 泳 動 やHPLCと 比 較 して 非 常 に 高 い分 離 能 を有 す る 方 法 と して, 分 子生 物 学 の分 野 にお い て も 注 目を 集 め て い る新 しい 分 離 法 で あ る 。特 に , キ ャ ピ ラ リー 中 に ゲル あ る い は ポ リマー 溶 液 を 満 た した キ ャ ピラ リー 電 気 泳 動 は ,DNAを Database Center for Life Science Online Service 分 解 能 で分 離 で き る と こ ろ か ら, 次世 代 の ヒ ト ・ゲ ノムDNA解 高速かつ高 析 装 置 の有 力 な 候 補 と し て期 待 され て い る。 本 稿 で は, 核 酸 の新 しい 分 離 法 で あ る キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 の 基 礎 を 中 心 に,DNAシ ー ク エ ン シ ング な ど ヒ ト ・ゲ ノ ム 解析 へ の応 用 に つ い ての 最 新 の 研 究 動 向 を 紹 介 した い 。 は じめ に 核 酸 の分 離 に は, 従 来 , ゲ ル 電 気 泳 動 と HPLCが 広 く用 い られ て きた が ,最 近 は, キ ャ ピラ リー に 有 効 で あ る こ と が 明 ら か と な っ て き た8,23 29;) 。こ れ ら の 方 法 は , ヒ ト ・ ゲ ノ ム 解 析 に お け るDNAの 高速 電 気 泳 動 (capillary electrophoresis) が そ の分 離 能 力 の シ ー ク エ ン シ ン グ30∼40) ,DNAの 高 さ か ら注 目を 集 め て い る1 7)。種 々 の分 子 量 の 核 酸 を merase 緩衝 液 の みを 満 た した キ ャ ピラ リー中 で電 気 泳 動 させ る グ ,DNA診 と,サ イ ズ の小 さい 核 酸 も大 き い核 酸 も同 じ程 度 の移 動 るま で に発 展 して きて い る。 本 稿 で は , 筆 者 らの試 み を 度 で 泳動 し, 核 酸 を 分 離 す る こ と は で き な い8) 。 しか し, キ ャ ピラ リー中 に ゲル を 充 填 した キ ャ ピ ラ リー ゲル chain reaction) 多 型 解 析25),PCR(poly- 解 析 , サ ザ ン プ ロ ッテ ィ ン 断 ・鑑 定 へ の 応 用 お よ び 装 置 化 が 検 討 さ れ 中 心 に キ ャ ピ ラ リ ー 電 気 泳 動 に よ るDNA解 析 の 基礎 と応 用 に つ い て 概 説 し た い 。 電 気 泳 動 (capillary gel electrophoresis)5∼7,9∼221を 用い る と, 幅 広 い分 子量 範 囲 の核 酸 を 非常 に高 い分 解 能 で分 Ⅰ . 核 酸 の 分 離 に 用 い られ るキ ャピ ラ リ一 離 す る こ とが で きる。 これ は , ゲル マ トリ ッ クス の分 子 ふ るい効 果 に よ り,す ば ら しい分 別能 力 を 発 揮 す る こ と キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 の装 置 は , キ ャ ピラ リー以外 に に起 因 して い る。 た とえば , キ ャ ピラ リー ゲ ル電 気 泳動 は , 高電 圧 装 置 と 検 出器 だ け の 簡 単 な もの で あ る1 4) 。 は ,500塩 基 (b) ま で の1本 鎖DNAを キ ャ ピ ラ リー は , キ ャ ピラ リー 電 気 泳 動 の心 臓 部 とも い 違 い で わず か30分 ,1bの みの か ら1時 間 以 内 に分 離 す る こ とが で え る部 分 で あ り,高 純 度 シ リカ か らで きて お り, 内径 が きる ほ どの性 能 を 有 して い る。 また , 同 じ方 法 に よ り, 50∼100μm, 50塩 基 対 (bp)か ら20,000bpのDNA断 れ る。 また ,そ の外 側 を ポ リイ ミ ドで コ ーテ ィ ン グす る bp程 度 の違 い で30分 片 を10 外 径 が150∼400μm程 度 の もの が用 い ら 以 内 に分 離 可 能 で あ る。 さ ら こ とで , キ ャ ピラ リーが 折 れ に くい よ うに 工 夫 され て い に ,分 子 ふ るい 効 果 を 有 す る ポ リマ ー溶 液 を 利 用 した キ る。 核 酸 を 分 離 す る場 合に は , キ ャ ピ ラ リー ゲル電 気 泳 ャ ピラ リー電 気 泳 動 が ,2本 鎖DNA断 動 に お い ては , キ ャ ピ ラ リー中 に ポ リア ク リル ア ミ ドな Yoshinobu College Capillary Baba,神 of 片 の 高速分離 戸 女 子 薬 科 大 学 薬 学 部 (〒658神 戸 市 東 灘 区 本 山 北 町4-19-1) Pharmacy,Motoyama,Kitamachi,Higashinada-ku,Kobe Electrophoresis of Nucleic [Department of Chemistry,Kobe Womett’s 658,Japanコ Acids 【キ ャ ビ ラ リー 電 気 泳 動 】 【DNA解 析 】 【ヒ ト ・ゲ ノム解 析 】 2243 20 蛋 白 質 核 酸 酵 素 Vol38No.13(1993) どの ゲル を充 填 した , ゲ ル充 填 キ ャ ピ ラ リー が 用 い ら れ9 22),ポ リマ ー溶 液 を 利 用 した キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 で は , 内壁 を化 学 修 飾 した キ ャ ピラ リー が お も に用 い ら れ る8,23 29)。 ゲル充 填 キ ャ ピ ラ リー に は , ポ リア ク リル ア ミ ドゲル が お もに用 い られ て お り, ポ リア ク リル ア ミ ドゲル充 唄 キ ャ ピ ラ リー の調 製 は, お も に2種 類 の方 法 で行 なわ れ て い る。 これ ら は ,① キ ャ ピラ リー 内壁 を前 処 理 した の ち , ア ク リル ア ミ ドを キ ャ ピラ リー 内 で ゲル化 し, キ ャ ピ ラ リー 内壁 の シ ラノ ー ル基 とゲ ル化 した ポ リア ク リル ア ミ ドの一 部 を化 学 結 合 させ る 方 法9,10) , ② キ ャ ピラ リ ー 内 壁 を未 処 理 の ま ま ア ク リル ア ミ ドを キ ャ ピ ラ リー 内 で ゲル化 す る方 法11,12), で あ る。 これ ら の方 法 は , キ ャ ピ ラ リー 内壁 の前 処 理 を 行 な うか 否 か の違 い のみ で, ほ とん どは共 通 の操 作 を 行 な う。 Database Center for Life Science Online Service 方 法 ① では , 以 下 の手 順 で, ゲ ル充 填 キ ャ ピ ラ リーを 図1. キ ャ ピ ラ リー中 に 溶 液 を 通 す 装 置 (文 献11よ 調 製 す る。 方 法 ② で は,以 下 の 手 順 の うち,(2) を省 略 り引 用 ) す れ ば よい。 (1) 内径50∼100μmの 10∼100cmに キ ャ ピ ラ リー を適 当 な長 さ 切 る。キ ャ ピラ リー の外 側 に コー テ ィ ン キ ャ ピ ラ リー 中 に安 定 に存 在 で き る。 し た が っ て ,1 本 の ゲル充 填 キ ャ ピ ラ リー で100回 程度 く り返 し て グ して あ る ポ リイ ミ ドを は が して ,適 切 な位 置 に検 出用 DNAを の 窓 を あ け る。 か か るな どの欠 点 が あ る。 ② の方 法 は 非 常 に簡 便 で あ る (2) キ ャ ピラ リ ー に0.1MNaOH水 分離 す る こ とが で き る。 しか し, 調 製 に 時間 が 溶液を通す。 が , キ ャ ピ ラ リー 中 で ゲル が 安 定 に存 在 で き ない の で , さ らに ,二 官 能 基 を 有 す る試 薬 [3-メタ ク リ ロキ シ プ ロ 20回 程 度 の く り返 し測 定 しか 行 な うこ とが で きな い。 ピル トリメ トキ シ シ ラ ン : キ ャ ピ ラ リー ゲル電 気 泳動 の 場 合 は , キ ャ ピラ リー 内壁 CH2=C(CH3)−OCO− (CH2)3−Si(OCH3)3] 溶液 を キ ャ ピラ リー に通 し, 数 時 間 放 置 す る。 そ の後 , の化 学 修飾 は , ゲ ル充 填 キ ャ ピ ラ リー の安 定 性 に は影 響 す るが ,核 酸 の分 離 に は ほ とん ど影 響 を 与 え な い。 メ タ ノー ルお よび 水 でキ ャ ピラ リー 内 を洗 浄 す る。 ポ リマ ー溶 液 を利 用 した キ ャ ピラ リー電 気 泳 動 で は , (3) ア ク リル ア ミ ド の 保 存 溶 液 (40%T,0∼5% 内 壁 の シ ラ ノー ル基 を非 架 橋 ポ リア ク リル ァ ミ ドな どで C) お よび緩 衝 液 を調 製 す る。 (4) ア ク リル ア ミ ド溶 液 を緩 衝 液 で 希 釈 し,DNA の サ イ ズ に あわ せ て適 当 な ゲ ル濃 度 に調 節 す る。 (5) この溶 液 を超 音 波 で よ く脱 気 した 後 ,過 硫 酸 ア 化 学 修 飾 した キ ャ ピ ラ リー が 用 い られ る8,2329)。 キ ャ ピ ラ リー内壁 を化 学 修 飾 す る際 に は , 図2に 示 す よ うに , 二 官 能 基 を有 す る試 薬 (3-メタ ク リ ロキ シ プ ロ ピル トリ メ トキ シ シ ラ ン) を介 して, 非 架 橋 ポ リア ク リル ア ミ ド ンモ ニ ウム とテ トラメ チ ル エ チ レ ン ジア ミン (TEMED) とシ ラ ノ ール基 を化 学 結 合 さ せ る41)。ま た , 市 販 の化 学 を 加 え て, キ ャ ピ ラ リー中 に通 す 。 修 飾 キ ャ ピ ラ リー を使 用 す る こ と も で き る。 化 学 修 飾 し (6) ゲ ル化 が 終 了 す る ま で 数 時 間 か ら一 夜 放置 す る。 キ ャ ピラ リーに 溶 液 を 通 す 場 合 に は ,図1に 示 す よ う な ,簡 単 な 装 置 を 用 い る。 こ の装 置 の三 角 フ ラ ス コを ア てい な い キ ャ ピ ラ リー を用 い て , 核 酸 の分 離 を行 な う こ と も可 能 で あ るが ,化 学 修 飾 した キ ャ ピラ リーを用 いた 場 合 と比較 して核 酸 の分 離 能 が 低 下 して しま う8)。 これ らの キ ャ ピラ リー に よ り核 酸 を 分 離 す る際 に は , ス ピ レー タで 減圧 す れ ば , キ ャ ピ ラ リー に溶 液 を満 た す 緩 衝液 と して,100mM程 こ とが で きる。 以 上 の よ うな方 法 で , ゲ ル充 填 キ ャ ピラ 液 (pH8程 リーを 調製 す る こ とが で きる。 方 法 ① で は , 用 い た 二 官 剤 と して尿 素 , ホ ル ム ア ミ ドな どが 用 い られ る。 ゲル充 能 基 を 有 す る試 薬 を介 して ポ リア ク リル ア ミ ドゲ ルの 一 填 キ ャ ピラ リー の場 合 のサ ン プル 注 入 の際 には , キ ャ ピ 部 とキ ャ ピラ リー の 内壁 が化 学 結 合 す るた め に , ゲル が ラ リー の一 端 と陰 極 側 の電 極 を サ ン プル チ ュ ー ブに両 方 2244 度 の トリスーホ ウ酸-EDTA溶 度 ) が お もに用 い られ , 必 要 な らば, 変 性 21 核 酸 の キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 Database Center for Life Science Online Service 図2. 入 れ ,5∼10kVの 電圧 を1∼10秒 非 架 橋 ポ リア ク リル ア ミ ドに よ る キ ャ ピ ラ リー内 壁 の 化 学 修 飾 間 印 加 して,電 気 泳 動的 に行 な う。 ポ リマ ー溶 液 を利 用 した キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 で は , サ ン プル注 入 は ,電 気 泳 動 法 以 外 に 加 圧 法 あ るい は 吸 引 法 に よ り行 な う こ とも で き る。 核 酸 の検 出 は ,HPLCと 同様 のUV検 出 器 に よ り, 泳 動 して きた DNAの260nm付 近 の 吸収 を モ ニ タ ーす る。UV検 器 は ,DNAの マ ー カ ー な どの標 準 試 料 を 検 出 す るに は 充 分 で あ るが , ヒ ト ・ゲ ノムDNAを 出 解 析 す るた め に は検 出 感 度 が低 す ぎる の で , レー ザ ー蛍 光 検 出 器 な ど の 高 感 度 検 出法 を 採用 した キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 の 装 置 化 が検 討 さ れ て い る。 Ⅱ . ゲ ル お よび ポ リマ ー 溶液 中 で の泳 動 ゲル電 気 泳 動 に お け る核 酸 の分 離 は , 分 子 ふ るい 効 果 に よ り達 成 され る。 そ の メカ ニ ズ ムは , 核 酸 のサ イ ズ と ゲル マ ト リッ クス の ボ ア の大 き さ の関 係 に よ りい くつ か の領 域 に分 類 さ れ る こ とが知 られ てい る42 46)。 そ れ らの うち , キ ャ ピ ラ リー ゲル電 気 泳動 に関 連 して い る のは , 図3に 示 す2つ の 領域 :オ グス トン領 域42 44)と レプ テ ーシ ョン領域45,46) であ る。 オ グス トン領 域 (図3a) に お いて , 核 酸 は, 球 状 に 近 似 す る こ とが で き, レプ テ ー シ ョン領 域 (図3b) の よ うに ,核 酸 と ゲル マ ト リヅ クスが 絡 み 合 うよ うな 現 象 図3.2つ の領 域 (a: オ グ ス トソ領 域 ,b: レプ テ ー シ ョン領 域 ) で の ゲル マ トリ ッ クス 中 ( 細 線) にお け るDNA( 太線) の挙動 は起 こ らな い。 オ グス トン領 域 で の核 酸 のサ イ ズ (N) と電 気 泳 動 の移 動 度 (μ) との関 係 は , 式 (1) で表 わ こ こで, μ0は 自由 溶液 中 (ゲル が 存在 しな い場 合 ) で の核 酸 の移 動 度 ,Cは 比 例 定 数 ,Tは ゲ ル濃度 で あ る。 され る36) 。 Inμ=1nμ0-CNT(1) 図4に 示 す よ うに,DNAの サ イ ズ が 小 さい とき は, 核 2245 22 蛋 白 質 核 酸 酵 素 図4.DNAフ Vo138No.13(1993) ラ グ メ ン トの サ イ ズ と 電 気 泳 動 移 動 度 と の 関 係 電 場 :■ :50, ▲ :100.◆ Database Center for Life Science Online Service (文 献36よ :150, ● :200, □ :400V/cm り引 用 ) 酸 の 泳動 挙 動 は , オ グス トンモ デル に よ く一 致 して い る こ とがわ か る。 しか し,DNAの サ イ ズが 大 き くな るに つ れて ,移 動 度 は ,式 (1) の 直 線 か らの ず れ が 大 き く な り, しか も, 泳 動 挙 動 の電 場 依 存 性 が み られ る よ うに 図5.DNAフ ラグ メ ン トの フ ァ ー ガ ソン プRッ 数 字 は 塩 基 数 (文献19よ り引 用 ) ト な る。 こ の よ うな 領 域 が , レプテ ー シ ョン 領 域 と よ ぼ れ ,DNAの 泳 動挙 動 は, 式 (2) で表 わ され る46) 。 る。 これ らの直 線 の傾 きか ら,KRの で き る。 以上 よ り, 比較 的 サ イ ズ の小 さ いDNAフ (2) μ=a(1/N+bE2) 値 を求 め る こ とが ラ グ メ ン トの キ ャ ピラ リー 中 で の泳 動 挙 動 は , オ グス トン こ こで ,aお よ びbは 定 数 ,Eは 電 場 で あ る。 キ ャ ピ モ デ ル に従 うこ とか ら, そ れ ぞれ の フ ラ グ メ ン トのKR ラ リー電 気 泳動 を用 いた 場 合 の , レプ テ ー シ ョ ン領 域 で の 値 か ら泳 動 時間 を 予測 す る こ とが 可 能 で あ る。 た だ の 核酸 の 泳 動挙 動 に つ い て は , あ ま り検 討 され て い な い し, フ ラ グ メ ン トの サ イ ズ とKRの の で , こ こで は , オ グス トン領 域 に焦 点 を絞 る こ とにす だ ほ とん ど検 討 され て い な い 。 る。 関係 につ いて は ま 同様 の分 子 ふ るい 効 果 は , ポ リマ ー溶 液 を利 用 した キ お く と,Ferguson47) ャ ピラ リー電 気 泳 動 にお い て も期 待 さ れ る 。 ポ リマ ー溶 に よ り実験 的 に 見 い だ され て い る 関 係式 に対 応 させ る こ 式 (1) に お け るCNをKRと 液 を用 い て, 分 子 ふ る い効 果 を得 る に は , ポ リマ ー ど う とが で き る。 しが溶 液 中 で絡 み 合 うよ うな 条 件 を設 定 す る 必 要 が あ る26) 。 図6Aに (3) lnμ=lnμ0-KRT 示 す よ うに, ポ リマ ー の濃 度 が希 薄 な 溶 液 で は , ポ リマ ー間 の相 互 作 用 が ほ とん ど起 こらな い 。 こ こ で ,KRは あ る。 式 遅延係数 (retardation coefficient) で (3) を キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 で よ く 用 い ら れ る泳 動 時 間 (の で 表 わ す と, 式 (4) が 得 ら れ る 。 (4) l nt=lnt0+KRT こ こで ,t0は 自由 溶液 中 で の 核 酸 の 泳 動 時 間 で あ る。 キ ャ ピ ラ リー ゲル 電 気 泳 動 に お け る1本 鎖DNAフ ラ グ メ ン トの フ ァ ー ガ ソ ン プ ロ ッ トを 行 な った 例 を 図5 に示 す 。10bの サ イ ズ のDNAか これ に対 して, 図6Cに 越 えた ポ リマ ー溶 液 で は , ポ リマ ー問 の 絡 み合 いが 起 こ り, ゲル の場 合 と同様 の分 子 ふ るい 効 果 を 示 す よ うにな る。 ポ リマ ー の絡 み 合 いが 起 こる 条 件 を 決 定 す る 因 子 は , ポ リマ ー のサ イ ズ と濃 度 であ る。 ポ リマ ーのサ イ ズ をn, 絡 み 合 い が起 こ り始 め る ポ リマ ー の体 積 分 率 の 閾 値 を φ*とす る と, そ の 関 係 は, 式 (5) の よ う に な る26) 。 ら200bのDNAま φ *・=n-0・8 で そ れ ぞれ , 良好 な直 線 関 係 が得 られ て い る こ とがわ か 2246 示 す よ うに,あ る一定 の濃 度 を (5) 核酸の キャピラ リー電気泳動 23 で あ る。 キ ャ ピ ラ リーを 用 い た 場 合 の最 大 の利 点 は ,従 来 法 に比 べ て高 い電 圧 が 印加 で きる の で ,核 酸 の分 離 能 が 増 大 しか つ 分 析 時 間 が短 縮 で き る とこ ろ に あ る。 た と え ば ,キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 で は,10,000∼30,000Vも の 電 圧 を か け る のに 対 して, 従 来 の ゲ ル電 気 泳 動 では , 100∼1,000V程 度 の 電圧 で泳 動 を 行 な う。これ は, キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 で は ,高 電 圧 の下 で発 生 す る ジュー ル 熱 を 効 果 的 に放 熱 す る こ とが で き る こ と に起 因 し て い る。 Ⅲ . 核 酸 の 分 離 条件 設 定 の ガ イ ドラ イ ン ポ リア ク リル ア ミ ドゲルを 充 填 した キ ャ ピラ リーは , Database Center for Life Science Online Service 1本 鎖 お よび2本 鎖DNAの 分離 に用 い られ る。DNA の分 離 に 影 響 を 与え る主 要 な 因 子 と し て は, ゲル 組 図6. ポ リマ ーが 溶 液 中 で絡 み 合 う条 件 A: 閾 値 よ り低 い濃 度 ,B: 閾 値 と同 程度 の濃 度 , C: 閾 値 よ り高 い濃 度 。 成9 13,19) , 電 圧9 13,18,19) キ ャ ピラ リーの長 さ9,10) , キャ ピ ラ リーの 温 度15,21) , 緩衝 液 組 成17,22) ,DNAの こ の式 に よ り,分 子 量192,000の ハ イ ドロキ シ エ チ ル セ ル ロー ス の閾 値 を計 算 す る と,n=1026と φ*=0.39%と な る の で, な る26) 。 これ は,次節 で述 べ る,分 離 条 件 塩基組 成16,20) な どが あげ られ る。 図7に キ ャ ピ ラ リー ゲル 電 気 泳 動 に よるDNAの1本 7の 鎖 断 片 の分 離 の例 を 示 す11) 。図 分 離 条 件 は , ゲ ル 組成 (5%T,1.5%C) ,電圧 と よ く一 致 して い る。 ポ リマ ー の絡 み合 いが 起 こる濃 度 (200v/cm,10kv) , キ ャ ピ ラ リ ー の 長 さ (全 長50 に お け る核 酸 の 泳 動 の メカ ニ ズ ムは , キ ャ ピラ リーゲ ル cm, サ ンプ ル注 入側 か ら検 出 器 ま で30cm) 電 気 泳動 の場 合 と同様 に , オ グス トン領 域 と レプ テ ー シ リー 温 度 (30℃) で あ る。 こ の 条 件 下 で は , オ リゴ ョ ン領 域 に分 類 さ れ26) , 核 酸 の泳 動 挙 動 はそ れ ぞ れ の理 DNAか 論 式 に従 う。 に分 離 され て い る。 キ ャ ピ ラ リー 中 を泳 動 す る核 酸 の バ ン ド の 広 が り (σ2T) は , 式 (6) で表 わ され る36) 。 この広 が りを効 果 的 に抑 えー こ とが とか きれば ,高 分 解 能 の分 離 を達 成 す る き る。 (6) こ こ で,σ2Injは サ ン プル 注 入 時 の 広 が り,σDetは 検 出部 分 を サ ンプ ルパ ン ドが通 る とき に生 じる広 が り, . σ2Thermは キ ャ ピラ リー 中 の温 度 勾配 に よ る 広 が り, 2Diffは サ ン プル の拡 散 に よ る広 が りであ る σ 。 これ ら の パ ラ メ ー タ の うち, 電 場 が 低 い 場 合 (200V/cm以 下) は, σ2Injお よび σ2Diffが 核 酸 のバ ン ドの 広 が りを 決 定 す る重 要 な因 子 で あ る。 電 場 が 高 くな る と (200v/cm 項 が 重要 に な る。 これ に 対 でが ,100分 以 内 に 完全 次 に , 図8の 例 で は , ゲ ル濃 度 を3%Tに 300v/cmへ と変 化 させ て,DNAの る19)。こ の例 に 示 す よ う に,10b程 350bのDNAま σ2T= σ21+et+σ2Therm+σ2Diff 以 上 ), 相 対 的 にσ2Thermの ら450bのDNAま , キ ャピラ でが ,1bの , 電圧 を 分 離 を 行 な って い 度 のDNAか ら み の 違 い で完 全 に分 離 さ れ て い る。 さ らに ,分 析 は, わ ず か24分 で終 了 して お り, 図7の 例 に比 べ て, よ り高 速 化 を 達成 して い る 。 こ れ らの例 で は ,理 論 段 数 が,1000∼2000万 段 に も達 して い る。 この こ とは , キ ャ ピ ラ リ ー 電 気 泳 動 がHPLC ( 数 十 万 段 ) お よび ス ラ ブ ゲル 電 気 泳 動 (500万 段 )に 比 較 して ,著 し く高 い分 離 能 を もつ こ とを 示 して い る。 さ らに , ゲル濃 度 を適 切 に設 定 す れ ば ,1bの 分 離 を1秒 以 内 に行 な う こ とも可 能 であ る19) 。 これ らの例 にみ られ る よ うに , ゲル 濃 度 と電圧 は分 離 条 件 を検 討 す る際 の最 も重 要 な 因 子 とな る。 これ らの条 して, いず れ の場 合 も σ2Detは 無 視 で き る ほ ど に 小 さ 件 とDNAの い 。 これ ら の こ とを 考 慮 に いれ て, で き るだ け 高 い分 離 が な され て お り,条 件 選 択 の ガイ ドライ ンが提 唱 され て 能 を 得 る こ とが で き る実 験 条 件 を 設定 す る必 要 が あ る。 こ の よ うに, キ ャ ピラ リー ゲ ル電気 泳動 にお け る核 酸 の分 離 の メカ ニ ズ ムは ,従 来 の ゲル電 気 泳 動 とほ ぼ 同 様 分 離 に 関 しては , す で に い くつ か の 報 告 い る6,7) 。 そ れ に よる と,1本 鎖DNAを 合 , ゲル 濃 度 が3% 分 離 す る場 の とき50∼1,000bのDNAが 分 離 可 能 であ り,5% で20∼500b,8%0で10∼300bの 2247 Database Center for Life Science Online Service 24 蛋 白 質 核 酸 酵 素 図7. キ ャ ピ ラ リー ゲ ル 電 気 泳 動 に よ る1本 鎖DNAフ ピ ー クの 上 の 数 字 は 塩 基 数 。 条 件 は本 文 参 照 。 ( 文 献11よ 図8. ラ グ メ ン トの 分離 り引用 ) キ ャ ピ ラ リー ゲ ル 電 気 泳 動 に よ る1本 鎖DNAフ ピー クの上 の 数 字 は塩 基 数 。 条 件 は 本 文 参 照 。 (文 献19よ 2248 Vol38No.13(1993) り引 用 ) ラ グ メ ン トの分 離 25 核 酸 の キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 表1. 2本 鎖DNAの 各 ポ リア ク リル ア ミ ド濃 度 にお け る分 離 可 能 な 1本 鎖DNAの 塩 基 数 (b) お よび2本 鎖DNA 分 離 条 件 選 択 の際 の ガイ ドライ ン に つ い て は,1本 鎖DNAの の塩 基 対 数 (bp) DNAを 場 合 とほぼ 同 様 で あ る。2本 鎖 分 離 す る場 合 の キ ャ ピ ラ リーゲ ル 電気 泳動 の 分 離 条 件 は以 下 の よ う に な る 。 ゲル濃 度 が3%の 100∼10,000bpのDNAが 50∼5,000bp,8% で10∼1,000bpが 分離 可能 なDNA のサ イ ズ で あ る。 そ の他 は ,1本 鎖DNAの であ る。 表1に2本 DNAが cmの 分離 可 能 で あ る。 電 場 の 強 度 は,200∼400V/ 100cm程 塩 基 対 数 と 一 般 的 に用 こ の よ うに, ポ リア ク リル ア ミ ドゲル を用 いた キ ャ ピ 度 の も のを 用 い る。 キ ャ ピ ラ リ ー の 内径 は 範 囲 で あれ ば 分 離 には影 響 しな い。 キ ャ ラ リー ゲ ル電 気 泳 動 は ,核 酸 の 分 離 に きわ め て有 効 で あ るが , さ ら に, ヒ トゲ ノ ムの よ うに巨 大 なDNAを 解析 ピ ラ リー温 度 が 高 い ほ ど,分 析 時 間 は短 くな る15,21) 。表 す るた め に, よ り分 離 性 能 の 高 い ゲル の開 発に 興 味 が も 1に1本 た れ て い る。 しか し, 現 状 で は , ポ リア ク リル ア ミ ドゲ 鎖DNAの 塩 基 数 と一 般 的 に用 い られ る ポ リ ア ク リル ア ミ ド濃 度 との関 係 を示 す 。 Database Center for Life Science Online Service 鎖DNAの 場 合 と同様 い られ る ポ リア ク リルア ミ ド濃 度 との 関係 を示 す 。 範 囲が 適 当 で あ り, キ ャ ピラ リー の 長 さは10∼ 50∼100μmの とき 分 離 可 能 で あ り,5%0で ル以 外 に は, ア ガロー ス ゲル14) あ るい は非 架橋 ポ リア ク 次 に , キ ャ ピ ラ リー ゲ ル電 気 泳動 に よるDNAの2 リル ァ ミ ド13,38,39) な どが 検 討 さ れ て い るの み で あ る。 ア 本鎖 断 片分 離 の 例 を 図9に 示す13) 。 図9は ,500bpの ガ ロー ス ゲ ル は あ ま り有 効 性 は 見 い だ せ て い な い が ,非 PCR生 架 橋 ポ リア ク リル ア ミ ドは , ゲ ル充 填 キ ャ ピ ラ リー を調 成 物 と1kbpDNAラ ダ ーサ ンプ ル の混 合 物 を 分 離 した例 で あ る。 分 離 条 件 は,fr`ル組成 (3%T,0.5 ), 電 圧 (200V/cm,10kV) ( 全 長50cm, 製 す る のが 容 易 でか つ 分 離 能 も良 い こ とか ら,最 近 は , , キ ャピラ %Cリー の長 さ サ ンプ ル注 入側 か ら検 出器 ま で30cm) , キ ャ ピ ラ リー温 度 (25℃) で あ る。 こ の 例 で は,75bp か ら12,216bpま に20分 で のDNA断 片 の 混合 物 が ほぼ 完 全 程 度 で分 離 され て い る。 しか も, ス ラ ブ ゲ ル電 気 泳 動 で は 分 離 困難 な500,506お DNAで よ び517bpの ポ リア ク リル ア ミ ドゲ ル の代 わ りに 非 架 橋 ポ リア ク リル ア ミ ドを 使 用 す る こ とが 多 くな って きて い る。 さ らに 高 い分 離 能 を 得 るた め に, ポ リア ク リル ア ミ ドゲル あ る い は非 架 橋 ポ リア ク リル ア ミ ドに 代 わ る新 規 ゲル の 開発 が 待 た れ る と ころ であ る。 キ ャ ピラ リー ゲ ル電 気 泳 動 は , 核 酸 を 高 い 分解 能 で分 さえ も 完全 に分 離 され て い る。 この例 で も 明 ら 離 す る こ とが で き るが , ゲル 充 填 キ ャ ピラ リーを 調製 す か な よ うに, キ ャ ピ ラ リ ー ゲ ル 電 気 泳動 は,2本 鎖 る のが 煩 雑 で あ る。 最 近 は ,ゲ ル の代 わ りに誘 導体 化 セ DNAの ル ロー ス な どの ポ リマ ー溶 液 を 用 いた キ ャ ピラ リー電 気 分 離 に お い て も非 常 に 高 い分 解 能 を もち , か つ 分 析 時 間 も きわ め て短 くてす む。 した が っ て,PCR生 泳 動 で も,分 子 ふ る い効 果 に よ る2本 鎖DNA断 成 物 のサ イ ズを 正 確 にか つ 速 く決 定 す る こ とが で き る。 分 離 が可 能 で あ る こ とが わ か り, ゲ ル充 填 キ ャ ピ ラ リー 片 の を調 製 す る手 間 が省 け る の で, さか ん に 行 な わ れ る よ う に な っ た8,23 29)。 ポ リマ ー 溶 液 を 利 用 した キ ャ ピ ラ リ ー 電 気 泳 動 に よ るDNAの2本 の 例 を 図10に DNAラ 鎖断片分離 示 す29)。 図10は1kbp ダ ー を 分 離 した 例 で あ る 。 分 離 条 件 は ,0.5%0メ チ ル セ ル ロー ス, 電 圧 (200V/cm,10kV) , キ ャ ピラ リーの 長 さ (全 長50cm,サ 出 器 ま で30cm) ンプ ル注 入 側 か ら検 , キ ャ ピ ラ リ ー 温 度 (室 温 ) で あ る 。 キ ャ ピ ラ リー の 内 壁 は 非 架 橋 ポ リア ク リ ル ア ミ ドで 化 学 修 飾 し て あ 図9. キ ャ ピ ラ リー ゲ ル 電 気 泳 動に よ るPCR生 成 物 (500bp) と 2本 鎖DNA分 子 量 マ ー カ ーの 分 離 ピー クの 上 の 数 字 は 塩 基 対数 。 条件 は 本 文 参 照 。 る 。 こ の 例 で は ,75bpか ま で のDNAの ら10,180bp 混 合 物 が18分 以 内 で完 2249 26 蛋 白 質 核 酸 酵 素 Vol38No.13(1993) ヤ ピ ラ リーの 内 径 は50∼100,μm程 度 の も のを 用 い る が , この 範 囲 で あれ ば分 離 に ほ とん ど影 響 しな い。 表2 に2本 鎖DNAの 塩 基 対 数 と一 般 的 に用 い られ る 誘 導 体 化 セ ル ロ ース濃 度 との関 係 を 示 す 。 Ⅳ . ヒ ト・ゲ ノ ム 解 析 計 画 に お け る キ ャピ ラ リー電 気 泳 動 の応 用 ヒ ト ・ゲ ノ ム解 析 は ,医 学 ,生 命 科 学 の分 野 に とど ま らず , 有 用 物 質 の発 見 や 新 薬 の開 発 な ど科 学 ・産 業 ・社 会 へ の 膨 大 な波 及 効 果 が 期 待 され て い る。 しか し, こ の 計 画 の達 成 に は ,30億bpあ 図10.0.5% DNAフ DNAを メチ ル セ ル ロ ース 溶 液 を 利 用 した2本 鎖 ラ グ メ ン トの 分 離 か って い る。 この情 報 量 は, 約20年 ピー クの 上 の 数 字 は 塩 基 対 数 条 件 は本 文 参 照。 Database Center for Life Science Online Service (文 献29よ る といわ れ て い る ヒ トの す べ て正 確 に解 読 す る とい う難 事 業 が立 ち はだ に 匹 敵 し, 最新 のDNA解 り引用 ) 分 の新 聞 の文 字 数 析 装 置 を も って して も ,解 読 に は 数 十 年 要 す る といわ れ て い る。 した が っ て , ヒ ト ・ 全に 分 離 され て い る。また ,10,000bp以 上 のDNAの 分 離 も不 完 全 で は あ るが 達 成 され て い る。 この例 で も明 ら ゲ ノム解 析 計画 の 成 否 を 握 る鍵 と して, 新 し いDNA 解 析 装 置 の 開発 が待 ち望 まれ て い る。 か な よ うに, ポ リマ ー溶 液 を 利 用 した方 法 は キ ャ ピ ラ リ キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 は , 今 ま で の分 離 法 に なか った ー ゲ ル電 気 泳 動 よ り分 離 能 力 は 若 干 劣 る もの の ,10,000 ほ ど高 い 分 解 能 で核 酸 の分 離 を行 な う こ とが で き る こ と bp程 度 ま で の2本 鎖DNAに つ い て は 高 い分 解 能 を も が 明 らか とな った。 した が っ て, 従 来 , ス ラ ブ ゲ ル 電 ち ,か つ 分 析 時 間 も きわ め て 短 くて す む こ とがわ か る。 気 泳 動 が利 用 され て いた ,DNAシ しか も , ゲ ル充 填 キ ャピ ラ リーを調 製 す る必要 が な い の RFLP解 で, 今後 ,2本 鎖DNAの ピ ラ リー電 気 泳 動 が応 用 され 始 め た ◎ キ ャ ピ ラ リ ー 電 高 速 分離 法 と して普 及す る も の と思 わ れ る。 ー ク ェ ン シ ン グ, 析 ,サ ザ ンプ ロ ッテ ィ ン グな どの分 野 で も キ ャ 気 泳 動 の 応 用 と して現 在 最 も重 要 視 さ れ て い る の は, この方 法 で使 用 され る ポ リマ ー と して は , メチ ル セ ル DNAの 高 速 シ ー クエ ンシ ン グ法 の開 発 で あ る。 従 来 法 ロー ス , ヒ ドロキ シ プ ロ ピル メチ ルセ ル ロ ース , ヒ ドロ で のDNAシ キ シエ チ ル セ ル ロー ス, ア ガ ロー スな どが あ る。 ポ リマ に よ るDNAの ー溶 液 を利 用 した キ ャ ピラ リー電 気 泳 動 で は , ポ リマ ー が あ った。 特 に , ヒ ト ・ゲ ノ ム解 析 計 画 で検 討 され て い ー クエ ンシ ン グは, ス ラ ブ ゲ ル 電 気 泳 動 分 離 に時 間 が か か りす ぎ る とい う 欠 点 の種 類 と濃 度 が 分 離 条 件 を 検 討 す る際 の 最 も重 要 な 因 子 る, ヒ トDNAの とな る。2本 鎖DNAを 時 間 の うち に解 析す る に は, 従 来 法 は適 して い な い。 そ 分 離 す る場 合 には ,分 離 条 件選 択 の際 の ガ イ ドラ イ ンは ,以 下 の よ うに な る。 誘 導 体化 セ ルロー ス で は, ポ リマ ー濃 度 が0.2∼0.5%の 50∼10,000bpのDNAが で は1∼2% とき , 分 離 可 能 であ り,ア ガ ロー ス で50∼1,000bpのDNAが る。 電 圧 は200∼400V/cmの ピラ リー の長 さは20∼100cmの 分 離 可能 で あ 範 囲が 適 当 で あ り, キ ャ 範 囲 が 適 当 であ る。 キ こで , キ ャ ピ ラ リ ー 電 気 泳 動 の 高 速 性 をDNAシ ー クエ ン シ ン グに活 か そ うと さ ま ざ ま な試 み が な され て い 図11にDNAシ ー クェ ン シ ン グの一 例 を示 す35》 。シ ー クエ ン シ ン グの際 には ,DNAを 検 出 す るた め に, .レ ー ザ ー蛍 光 法 が 適 用 され て い る 。 しか も,DNAのA, 類 の塩 基 は , そ れ ぞれ4種 類 の蛍 光 波 長 の異 な る 試 薬 に よ る ラベ ル 化 され て い る の で , そ の 4色 の 蛍 光 を 同 時 に 検 出 で き る 装 置 が 開 発 さ れ て い る82,34・35) 。 図11に 示 す よ うに, キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳 動 を 用 い れ ば ,500bま で のDNAの 分 以 内 に解 読 で き る。 図11の (6%T,5%C) 2250 を短 る30 40)。 G,C,Tの4種 表2. 各誘導体化 セルロー ス濃度におけ る分離可能な 2本 鎖DNAの 塩 基対数 (bp) よ うに 巨大 なDNA(30億bp) 遺 伝 情 報 を100 分離条件 は, ゲ ル 組成 , 電 圧 (150v/cm,6kv) , キ ャピラ リ 27 Database Center for Life Science Online Service 核 酸 の キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 図11. 一の 長 さ ( 全 長41cm キ ャ ピ ラ リー ゲル 電 気 泳 動 に よ るDNAシ ー クエ ン シ ン グ 条件は本文参照。 ( 文 献35よ り引 用 ) のDNAサ ン プ ルを シ ー クエ ン シ ン 27cm) , キ ャ ピ ラ リー温 度 ( 室 温 ) で あ る。 これ と同 じ グで き る シス テ ム (図12) が 最 近 開 発 され た37 40)。こ シー クエ ンシ ン グを従 来 法 で行 な う と,8∼10時 の装 置 を 用 いれ ば ,超 高 速DNAシ ,サ ン プル注 入 側 か ら検 出器 ま で 間必要 て, 同 時 に100個 ー クエ ンシ ン グ を で あ り, キ ャ ピラ リー電 気 泳 動 に よ り, 数 倍 の高 速 化 が 実 現 で き る こ とが示 さ れ て い る 。 近 い将 来 こ の よ うな シ 達 成 で き る こ とが 明 らか と な った。 さ ら に, ゲ ル濃 度 を ス テ ム が装 置 化 され る よ うに な れ ば , ヒ ト ・ゲ ノム解 析 3%Tに 計 画 の実 現 に 向か っ て はず み が つ くこ とは 疑 い の 余地 の ,電 場 を300v/cmへ と変 化 させ る と シ ー クエ ンシ ン グの速 度 を さ ら に増 す こ とが で き る32 35)。DNA シ ー クエ ンシ ング の際 の 理 論 段 数 は,1000∼2000万 に も達 して い る。DNAシ な い とこ ろ で あ る。 段 ー クエ ンシ ング の分 離 条 件 の 最 適 化 の際 に も, 前 述 の1本 鎖DNAの 分離条件選択 お わ りに 以 上 述 べ て き た よ うに, キ ャ ピラ リー電 気 の ガ イ ドラ イ ンを ほ ぼ そ の ま ま適 用 す る こ とが 可 能 であ 泳 動 は ,核 酸 を きわ め て高 い 分 解 能 で分 離 す る こ とが で る。 き る。 この 特性 を 活 か して , ヒ トゲ ノムDNAの こ の よ うに , キ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 はDNAシ 高速 ー クエ シ ー クエ ン シ ン グへ の 応用 が 試 み られ て お り,装 置 化 も ンシ ング の高 速 化 に 応 用 で き る こ とが 明 らか とな った 。 間 近 とな って い る。 した が って , 近 い将 来 , ス ラ ブ ゲル しか し, こ の方 法 で は ,1回 に1個 のDNAサ ン プル し 電 気 泳 動 で行 なわ れ て い る 実験 の全 部 で は な い に しろ , か シ ー クエ ン シ ン グが で き な い の で効 率 が 悪 い。 した が あ る一 定 の部 分 は キ ャ ピ ラ リー 電 気 泳動 に置 き換 わ って っ て, 多 数 のサ ン プル を 同 時 に シ ー クエ ン シ ン グで き る い く もの と予 想 され る。 さ らに ,遣 伝 子 診 断 や 遺 伝 子 鑑 装 置 を 開 発 す る こ とが で きれ ば , さ らにDNAシ 定 な どキ ャ ピ ラ リー電 気 泳 動 法 を利 用 した新 しいDNA ーク エ ンシ ン グの ス ル ー プ ッ トを 増 加 させ る こ とが 可 能 とな る。 そ のた め に ,キ ャ ピ ラ リーを100本 の 解 析 法 が 開 発 さ れ る こ とを期 待 した い。 程 度並列に並べ 2251 28 Database Center for Life Science Online Service 蛋 白 質 核 酸 酵 素 図12. Vol38No.13(1993) マル チ シ ー ス フ ロー キ ャ ピ ラ リー ア レイ 電 気 泳動 に よ る超 高 速DNA シ ー クエ ソ シ ン グ装 置 ( 文 献40よ り引 用 ) 献 文 9)Cohen,A.S.,Najarian,D.R.,Paulus,A.,Guttman,A.,Smith,J.A.,Karger,B.L.:Proc. Natl.Acad.Sci.USA,85,9660-9663(1988) 10)Guttman,A.,Cohen,A.S.,Heiger,D.N.,Kar- 1)Li,S.F.Y. :Capillary Electrophoresis,Else・ ger,B.L.:Anal.Chem.,62,137-141(1990) vier,Amsterdam(1992) 11)Baba,Y.,Matsuura,T.,Wakamoto,K.,Mori- 2)Gordon,M.J.,Huang,X.,Pentoney,S.L., ta,Y.,Nishitsu,Y.,Tsuhako,M.:Anal. Zare,R.N.:Science,242,224-228(1988) 3) 寺 部 茂 :ぶ ん せ Chem.,64,1221-1225(1992) き ,No.8,599-606(1991) 生 化 学 ,64,111-115(1992) 4) 馬 場 嘉 信 ・津 波 古 充 朝 8-15(1992) 14)Motsch,S.R.,Kleemiss,M.H.,Schomburg, Anal.Chem., 11,280-287(1992) :ぶ ん せ き , 印 刷 中 8)Strege,M.,Lagu,A.:Anal.Chem.,63,12331236(1991) 2252 13)Heiger,D.N.,Cohen,A.S.,Karger,B.L.:J. 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