PubMed編 - 千葉大学大学院医学研究院・医学部

第19回日本遺伝子診療学会 遺伝子技術講習会
〜遺伝子診療におけるウェブツールの活用〜
2012.7.28
PubMed による文献検索
「Huntington病の遺伝型と発症年齢・予後
との関係について調べてみよう」
千葉大学医学部附属病院
検査部・遺伝子診療部 佐藤 謙一
講習の内容
１. PubMed とは？
２. PubMed による文献検索
３. 便利な機能
４. 便利な辞書
講習の内容
１. PubMed とは？
２. PubMed による文献検索
３. 便利な機能
４. 便利な辞書
PubMed とは？
1. 米国国立医学図書館（NLM）内の、国立生物科
学情報センター（NCBI）が作成しているデータ
ベースの一つ、 1997年からインターネット上で無
料公開。
2. 世界の主要医学系雑誌等に掲載された文献検
索が可能。
3. 関連する Web サイトや他の NCBI 分子生物学リ
ソースへリンクされている。
講習の内容
１. PubMed とは？
２. PubMed による文献検索
３. 便利な機能
４. 便利な辞書
PubMed による文献検索
PubMed トップページ（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）
キーワード入力
ヘルプ
便利な機能
他のデータベース
PubMed による文献検索
検索語入力規制
・半角英数字のみ
・大文字、小文字は区別しない
・ハイフン→スペース （! ? % $ などは省略）
・分子式など H2O→H2O, h2o ℃→degrees C
・ギリシャ文字 α→alpha, β→beta, γ→gamma
・複数のキーワード スペースで区切り入力（自動的にAND検索)
・熟語のキーワード “ ”で囲みフレーズ検索
・演算子 AND, OR, NOT
前後にスペースを開けて大文字で入力 ex) #1 AND #2
・著者名検索 “姓＿名前のイニシャル”を入力 ex) Sato K
・雑誌名検索 正式名と略誌名どちらでも検索可能
PubMed による文献検索１
実際にやってみよう！
PubMed を使って
「ハンチントン（Huntington）病の
原因となる遺伝子変異」
について文献検索をしてみよう！
PubMed による文献検索１
「ハンチントン病」
ついて文献を探してみよう
“Huntington disease”
先ずは
“Huntington disease”
をキーワードとして入力してみる
PubMed による文献検索１
検索結果
8743件がヒット
・論文タイトル
・著者
・掲載雑誌名、出版年、巻、号、頁
が記載されている
PubMed による文献検索１
検索結果の表示変更
クリック
PubMed による文献検索１
検索結果の表示変更
表示方法の変更
初期設定はSummary
表示件数の変更
並び替えの変更
“ㇾ”を入れておくと
それらだけが表示される
PubMed による文献検索１
“filter” 検索
・Abstractの有無、Full textへのリンクの有無
・出版時期
・研究対象
・論文種類
・言語
などにより検索対象を限定できる
PubMed による文献検索１
“Filter”検索、Abstract表示
979件に絞られる
Abstractの表示
Filter；Full text available, Humans, Review
PubMed による文献検索１
Abstract を閲覧してみると
Huntingtin 蛋白をコードする遺伝子の exon 1 にある
CAG 繰り返し配列の伸長が HD の原因となる。
出版元へのリンク
Free full text が入手可能
PubMed による文献検索２
実際にやってみよう！
PubMed を使って
「ハンチントン（Huntington）病の
遺伝型と発症年齢・予後との関係」
について文献検索をしてみよう！
PubMed による文献検索２
「ハンチントン病の遺伝子型と発症年齢」
について文献を探してみよう
“Huntington disease” “age of onset” “CAG repeat”
今度は
“Huntington disease”
“age of onset”
“CAG repeat”
をキーワードとして入力してみる
PubMed による文献検索
「ハンチントン病の遺伝子型と発症年齢」検索結果の表示
この論文注目してみよう
出版社へのリンク
PubMed による文献検索
選択した論文より
CAG repeat 数と発症年齢は逆相関する
PubMed による文献検索２
「ハンチントン病の遺伝子型と予後」
について文献を探してみよう
"Huntington disease" "CAG repeat" progression
今度は
“Huntington disease”
“age of onset”
progression
をキーワードとして入力してみる
PubMed による文献検索
「ハンチントン病の遺伝子型と予後」検索結果の表示
・運動，認知，機能的評価の低下率は，
CAG リピート数に比例して高まる。
・行動症状の進行とリピート数は相関しない。
出版元 full text リンク
講習の内容
１. PubMed とは？
２. PubMed による文献検索
３. 便利な機能
４. 便利な辞書
NCBIによる原因遺伝子情報の収集
便利な機能 PubMed トップージ
・クイックマニュアル
・FAQ
・チュートリアル
・最新情報
・モバイル
・特定論文の簡単検索
・複数論文の書誌一括検索
・臨床医学領域における検索
・特定のトピックに絞った検索
・MeSHデータベース
・Journalデータベース
・臨床試験データベース
など
講習の内容
１. PubMed とは？
２. PubMed による文献検索
３. 便利な機能
４. 使える online 辞書
使える online 辞書
1．“WebLSD” ；京都大学
http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/service/weblsd/index.html
2．“英辞郎 on the WEB” ；SPACE ALC（英語学習教材販売）
http://www.alc.co.jp/
まとめ
PubMed 文献検索
1. 数百万件もの文献データが検索可能
2. 週5日更新で最新情報を入手できる
3. 他のデータリソースへのリンクにより
関連情報が得やすい
4. 検索語、絞込みの工夫で検索の効率化