eArray によるカスタムキットデザインの設計ガイドはこちら

eArray7.6 ベイト設計ガイド
SureSelect ターゲット
エンリッチメント
システム
カスタムキット
概要 p2～11
DNAキャプチャキット p12～
BaitGroupの作成 p23～
Libraryの作成p58 ～
Quoteの作成 p70 ～
RNAキャプチャキット p75～
BaitGroupの作成 p78～
Libraryの作成 p58 ～(上記DNAキャプチャと同じページをご参考ください）
Quoteの作成 p70～(上記DNAキャプチャと同じページをご参考ください）
既存のカタログキット（ライブラリ）に追加するライブラリの作成 p87～
2011.10. version 3.4
SureSelectデータ解析時のBuildに関する注意点 p108～
※ with the Wizardは
ライブラリ作成途中での内容確認が
できないので
使用を推奨していません。
変更箇所
Version3.4の主な変更箇所
Repeat Maskに関する推奨の変更

Version3.3の主な変更箇所

キャプチャ性能を最大にするためのMaximize Performanceの機能の記述を追加

Exon Interval FinderでのUTRを除く機能の記述を追加

Windows Maskerの機能の追加

Supplemental Libraryの作製および追加方法のUpdate
Version3.2の主な変更箇所

RNAキャプチャ製品のデザイン方法の記述を追加

DNAキャプチャの複数ELID製品（最大34Mb,5ELID分）のデザイン方法の記述を追加

カタログプラスカスタムキットに関する記述のUpdate
Version3.1.3の変更箇所
•
イネ、アカゲザル、マーモセット、メダカゲノムを追加
（2010年10月時点）
•
SureSelect新製品を追加
Version3の変更箇所
•
ゲノムBuild情報を追加（2010年5月時点）
•
インデックスカスタムキットに関する記述を追加
•
Human All Exonプラスカスタムキットに関する記述を追加
Version2の変更箇所
•
Exon Interval Finder、Interval Finder機能の記述を追加
•
その他細かい説明の追加
Slide 2
DNAキャプチャキットとRNAキャプチャキット
DNAキャプチャ用キット
キャプチャ対象はゲノムDNAです。最大 34 Mbまでのターゲット領域がキャプチャできます。
キャプチャしたいゲノムDNA上のエクソンまたは任意の領域にベイトがデザインされます。
エクソンキャプチャ
キャプチャしたい領域設定
Bait
RNAキャプチャ用キット
キャプチャ対象は転写産物です。最大 6.8 Mbまでのターゲットがキャプチャできます。
キャプチャしたい転写産物の配列に対してベイトがデザインされます。
Slide 3
インデックス(Index)キット
• 複数のサンプルを1レーンもしくは1区画に混合してシーケンスする手法です。マ
ルチプレックスシーケンスまたはバーコードシーケンスとも呼ばれます。個々の
サンプルを識別するために、各サンプルのDNAフラグメントには、固有のインデ
ックス（バーコード）配列を付加させます。SureSelectのプロトコルでは、イン
デックス配列の付加は、ベイトによるキャプチャ（Enrichment）の後のPCRの
過程で行われます。
• カスタムデザインのキットで、Baitがカバーするターゲット領域が3Mb未満の場
合、インデックスキットが自動的に選択されます。
異なるバーコード配列を付けた複数のサンプルを
混合してシーケンス
インデックス（バーコード）配列
サンプルごとに異なる配列
Adapter1
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サンプルの配列
Internal
Adapter
Adapter2
カタログキットとカスタムキット
目的のキットがカタログ製品にない場合、eArrayを使用してカスタムキットを作成できます。
カスタムキットは、ターゲットサイズまたはELID数によって価格が変わります。
DNAキャプチャ用カタログキット
Human All Exon 50Mbキット
Human All Exon V2キット
Human All Exon キット
Human Kinomeキット
Human Chr Xキット
Mouse All Exonキット
RNAキャプチャ用カタログキット
Human Kinome RNAキット
DNAキャプチャ用
カタログプラスカスタムキット
Human All Exon 50Mbプラスキット
Human All Exon V2プラスキット
Human All Exon プラスキット
Human Kinomeプラスキット
Slide 5
DNAキャプチャ用カスタムキット
対応生物種 全 15 種類
DNA Capture MP1
DNA Capture MP2
DNA Capture MP3
DNA Capture MP4
DNA Capture MP0
DNA Capture 2ELIDs
DNA Capture 3 ELIDs
DNA Capture 4 ELIDs
DNA Capture 5 ELIDs
< 200kb
200kb - 500kb
500kb – 1.49Mb
1.5Mb – 2.99 Mb
3Mb – 6.8Mb
最大 13.6Mb
最大 20.4Mb
最大 27.2Mb
最大 34.0Mb
RNAキャプチャ用カスタムキット
対応生物種 全 77 種類
RNA Capture MP1
RNA Capture MP2
RNA Capture MP3
RNA Capture MP4
RNA Capture MP0
< 200kb
200kb - 500kb
500kb – 1.49Mb
1.5Mb – 2.99 Mb
3Mb – 6.8Mb
SureSelectXTキット
gDNAの抽出、ライブラリの作成、キャプチャハイブリダイゼーションまで
必要な試薬がセットになったキットです。インデックスアダプタも必要数
含まれており、安心して使用することができます。
対応次世代シーケンサ：イルミナ Genome Analyzerペアエンド マルチプレックスシーケンス
Applied Biosystems SOLiD フラグメントライブラリ、ペアエンドライブラリ
バーコードシーケンス
※ 必要な反応数のインデックスアダプタは含まれます。
※ Herculase II、AM Pureビーズなど他に実験に必要な試薬類があります。
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SureSelect eArrayのフロー
ログインからオーダーまで
ログイン
ターゲットに
Baitデザイン
ライブラリ
作製
ライブラリ
の注文
Library
ユーザー登録無料！
ご利用約款への同意が必要です。
2011年7月時点
DNAキャプチャ用では15種類
RNAキャプチャ用では77種類の
生物種をサポート
その他のゲノムは独自
デザインのBaitをUpload
Bait Group1
Bait Group 2
Bait Group 3
…..
ターゲット領域
１キットあたり
DNAキャプチャ用では
約100kb~34Mb
RNAキャプチャ用では
約100kb～6.8 Mb
10反応分から
オーダー可能
April 2009
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用語と定義
•
Bait:
ベイト
– ゲノムのターゲット領域に相補的な配列をもつ、120baseの長
さのシングルオリゴシーケンス
釣りの例えからの用語 ゲノムDNAの池（Pond）の中のターゲット
領域を釣ってくるためのエサ（Bait）
•
Bait Group:
ベイトグループ
– ひとつ、もしくは複数のターゲット領域にデザインされたBait
のグループ
•
Library:
ライブラリ
– ひとつ、もしくは複数のBait Groupから成る
– ひとつのキットとして製造されるオリゴのセット
用語と定義
• ELID （Enrichment Library ID）
– SureSelectライブラリのID番号です。この番号により、個々のライブラリが認
識されます。eArrayから情報を得るときや、オーダーの際に必要となる番号で
重要な情報です。カスタムキットを作製してオーダーする際は、必ずこの番号
を記録しておくようにします。
• 1ELIDに入れられる最大ベイト数
– 57,680です。SureSelectのベイトはまずアレイとして製造され、アレイから切
り離されてビオチン化cRNAに転写されます。アレイ１枚に搭載できるスポット
数が、1ELIDのベイト数の上限となります。
•
1キットに入れられる最大ELID数
– ベイト数が57,680を超えると、ELIDの数が増えていきます。DNAキャプチャ
の場合、ひとつのキットには、5ELID(最大34Mb)まで入れることができます。
キットの型番と価格はELIDの数によって変わります。RNAキャプチャキットは
１ELIDのみです。Rocheのキットも1ELIDのみの対応です。
Slide 9
はじめに
Agilent eArrayへのアクセス
• アクセス: https://earray.chem.agilent.com/earray/
• はじめてのアクセスの場合 Request for Registrationが必要
• 参考；登録に関する資料
http://www.chem-agilent.com/pdf/2_Workspace_Toroku_101216.pdf
レジスタには
e-mailアドレスが
必要
登録には多少お時間
をいただきます。
Slide 10
Agilent eArray
アプリケーションの選択
• Application Type を選択
Switch Application
Type をクリックして
DNAキャプチャの場合
SureSelect Target
Enrichmentを選択
RNAキャプチャの場合
SureSelect RNA
Enrichmentを選択
SureSelect Target Enrichment
DNAキャプチャ
SureSelect RNA Enrichment
RNAキャプチャ
Slide 11
DNAキャプチャキット
Slide 12
eArrayがサポートしているゲノム
（Buildにご注意ください！）
•ヒト
2011年7月時点
H. sapiens, UCSC hg19, GRCh37, February 2009
(2010年5月1日よりhg18からhg19に変更)
•マウス
M. musculus, UCSC mm9, NCBI Build 37, July 2007
•ラット
R. norvegicus, UCSC rn4, HGSC Version 3.4, November 2004
•イヌ
C. familiaris, UCSC canFam2, v2.0, May 2005
•ウシ
UCSC bosTau4, Baylor build Btau_4.0, October 2007
もしくは
UMD UMD3.1, UMD build UMD_3.1, August 2009
•ニワトリ
G. gallus, UCSC galGal3, WUSTL v2.1, May 2006
•ショウジョウバエ
D. melanogaster, UCSC dm3, BDGP Release 5, April 2006
•線虫
C. elegans, UCSC ce4, WormBase WS170, January 2007
•出芽酵母
S. cerevisiae, UCSC sacCer1, SGD, October 2003
•分裂酵母
S. pombe, NCBI Build 1.1, February 2002
Slide 13
1/2
eArrayがサポートしているゲノム
（Buildにご注意ください！）
2011年7月時点 2/2
•アラビドプシス
A. thaliana, TAIR 10, November 2010
•イネ
O.sativa, IRGSP5, June 2008
•アカゲザル
M. mulatta, UCSC rheMac2, Dpse_2.0, January 2006
•マーモセット
C. jacchus, UCSC calJac3, WUGSC 3.2, March 2009
•メダカ
O. latipes, UCSC oryLat2, NIG/UT MEDAKA1, October 2005
•ゼブラフィッシュ D. rerio, UCSC danRer6, Sanger Zv8, December 2008
Slide 14
eArrayのSureSelectアプリケーションで行うこと
１．シーケンスで読みたい領域（ターゲット）を決定
２．ターゲット領域に対してBaitをデザイン
３．Bait Groupを集めたライブラリ を作成
Enrichしたい領域
ゲノムDNA
Target interval
Bait
Bait Group1
Bait Group2
Library
gDNAのどの位置でもターゲット領域として設定可能
Slide 15
遺伝子名やRefSeqIDでエクソン領域をサーチし、ベイトデザ
インが可能
［ステップ１］
ベイトを作成したい遺伝子のリストを準備
GeneSymbol, Accession IDでサーチ可能
［ステップ２］
eArrayで目的遺伝子のエクソン領域（または全領域）をサーチ
［ステップ３］
サーチされた領域に対して、ベイトライブラリを作成
Exon Interval Finder
Interval Finder
エクソン領域の位置のみをサーチ
UTRとIntronも含めて遺伝子領域の位置をサーチ
UTRを含む、含まないを選択可能
Bait
注） 本機能は、UCSCでサポートされていないゲノムおよびメダカで
利用できません。ただし、イネはAccession IDでサーチが可能です。
メソッドの選択
• Without the Wizard の選択を推奨（本マニュアルではWithout the
Wizard を解説）
利点
Following the
Wizard*
ガイド付き
• 標準的な流れに沿ったガイド付き
• デザインの開始からSubmitまで
ガイド
Independent
of the Wizard
ガイドなし
•Baitがデザインできなかったターゲット
領域の確認が可能
•パラメータを変えて、Baitを再設計する
ことが可能
•各ターゲット領域に対して、いくつの
Baitが設計されたかなど、デザインの
詳細をライブラリ作成途中に確認可能
Slide 17
問題点
どんなときに
使用するか
• ライブラリが完成するまで
詳細を確認できない
•Baitのデザインできなかった
領域を示す“fate” ファイル
にアクセスできない
最もシンプルなデザ
インをするときのみ
実施（基本的に推奨
しない）
• デザインのガイドがない
ターゲットセットの
デザインを最適化す
るために、ある程度
の試行錯誤が予想さ
れる時に使用
ライブラリ作成までのワークフロー
• キャプチャしたい遺伝子リストを準備している場合
キャプチャしたい遺伝子の
サーチされた位置情報を
エクソンまたはその遺伝子領域の
元にベイトをタイリング
位置情報をサーチ
デザイン
• キャプチャしたい領域の位置情報を準備している場合
キャプチャしたい領域の
位置情報を入力
Slide 18
入力された位置情報を
元にベイトをタイリング
デザイン
ライブラリ作成までのワークフロー
ターゲット領域に対して
Baitをタイルし、Bait
Groupを作成
続き
Baitがデザインされな
かった領域や、デザイン
されたBaitの数を確認
Bait Groupをまとめた
Library作成
(最小Bait Group数=1)
LibraryのSaveとSubmit
必要に応じて、設定を変更して
Baitを再デザイン
オーダー（Quote作成）
Slide 19
カスタムキット
２種類の作成方法
• 独立したライブラリの作成
下記の２種類のカスタムキットの作成方法となります。P.21以降を
参照ください。
– カスタムキット
– インデックスカスタムキット
• カタログキットに追加するライブラリの作成
カタログキットにカスタムキットを追加したライブラリの作成方法とな
ります。独立したライブラリの作成方法とは異なりますので、P.87以
降を参照ください。
Slide 20
独立したライブラリの作成方法
- カスタムキット
- インデックスカスタムキット
※カタログプラスカスタムキットの作成については P. 87 以降を
参照ください。
Slide 21
カスタムキットとインデックスカスタムキット(重要)
• カスタムキットをデザインする場合、ターゲット領域に対して最終的に
設計されたBaitsがカバーする領域の合計と、シーケンサの種類やリード
長により、キットの種類が自動的に決定されます。
• Baitがカバーするターゲット領域が3Mb未満の場合、インデックスカス
タムキットが自動的に選択されますのでご注意ください。3Mb未満のタ
ーゲットサイズでは、インデックスではないキットを選択することがで
きません。
• インデックスカスタムキットを作成した場合は、インデックス（マルチ
プレックス/バーコード)用にBaitと試薬が最適化されるので、インデッ
クスキット用のプロトコルで実験を行う必要があります。
• ベイトの数が57,680を超えるとELIDの数が増えていきます。ELIDの数
が複数になった場合、キットは自動的にSureSelectXTのタイプとなり、
インデックス対応のプロトコルとなります。
Slide 22
Bait Groupの作成
Baitのデザイン（遺伝子リストから開始する場合）
• Baits のページを選択し、Search をクリック
Baits をクリック
Search をクリック
• Searchをクリックすると、キャプチャ領域をサーチする画面に入る
Slide 23
Bait Groupの作成
search方法の指定
Interval FinderかExon Interval Finderのどちらかを選択
Interval Finder
指定した遺伝子の全領域の位置をサーチ
Exon Interval Finder (UTR含む)
ここにチェックを
入れると
既知のUTRを除外して
Coding Exon領域だけを
サーチします。
Slide 24
指定した遺伝子のエクソン領域の位置をサーチ
Bait Groupの作成
Interval FinderとExon Interval Finderの例
Example: E2F1
Interval Finder result
Slide 25
Exon Interval Finder result
Bait Groupの作成
Interval FinderとExon Interval Finder
使用上の注意
入力またはUploadしたGeneSymbolやAccession IDが、UCSCでサーチできるIDでないと、
サーチができません。
UCSCでサーチできないIDを使用すると、サーチがおこわなれません。（エラーは出ません）
どのTermでサーチが行われなかったかは、 “Download unfound terms”で確認することができます。
必ずサーチ後に、サーチ対象の遺伝子についてすべてサーチが行われているかどうか
“Download unfound terms”をクリックして、内容を確認してください。
例：ABLなど下記のTermは、
この用語ではUCSCに登録されて
いないので、サーチされて
いません。サーチできる用語に
変更して、サーチをやり直す必要
があります。
Unfoundterm
ABL
BCL2ALPHA
BCL2BETA
CRK-II
Slide 26
Bait Groupの作成
search termとSpeciesの入力
1. Search typeを選択
Gene Symbol、Accession No.
またはCytoBand
ただしCytoBandの場合はBand全体の
領域になります。
2. Search termを入力
選択したTypeに従って
Search Termを入力します。
3. Species を選択
現時点でサポートしている
生物種は限定されています。
※次ページ参照
4. Searchをクリック
5. Search結果が
表示される
Slide 27
Bait Groupの作成
サポートしているSpecies
Slide 28
Bait Groupの作成
Run Bait Tiling
1. ベイト設計を行う領域を選択します。
サーチされた領域すべて（Select Entire
Result)もしくはエクソンを個別に
チェックして選択
Slide 29
2. Run Bait Tilingを選択すると、この領域
情報が自動的にBait Tiling画面に
入力されます
Bait Groupの作成
複数のsearch termを入力する場合
1. Search typeを選択
Gene Symbol、Accession No.
またはCytoBand
ただしCytoBandの場合はBand全体の
領域になります。
2. Accession番号、Cytobandまたは
Gyne SymbolにCapture対象の
リストを入力
Option1. 画面に直接タイプする場合
入力例（Accessions)
| 記号で各Accession番号を
セパレートする必要があります。
NM_012257|Q0055|NM_012298
Slide 30
3. Species を選択
現時点でサポートしている
生物種は限定されています。
※p28参照
Option2. テキストファイルを
Uploadする場合の
入力例（GeneSymbol)
それぞれのGeneSymbolが異なる
行に記載されている必要があります。
ファイルはタブ区切りテキスト
ファイルとして保存してください。
カンマなどの記号は使用できません。
Bait Groupの作成
複数のsearch termでのSearch結果
DownLoad Unfound Termsを
クリックして、サーチされなかった
Termがないことを
必ず確認してください。(p.26参照)
1. ベイト設計を行う領域を選択します。
サーチされた領域すべて（Select Entire
Result)もしくはエクソンを個別に
チェックして選択
Slide 31
2. Run Bait Tilingを選択すると、この領域
情報が自動的にBait Tiling画面に
入力されます
Bait Groupの作成
Baitのデザイン
• Baits のページを選択し、Bait Tiling
をクリック
Baits をクリック
Bait Tiling をクリック
• Bait tailingをクリックすると、Bait Groupをデザインする設定画面に入る
Slide 32
Bait Groupの作成
Baitのデザイン
1. design jobの名前を
入れる. これがBait
Groupの名前になり
ます。
2. Sequencing TechnologyとDesign Strategy:
Sequencing Technologyを選択してUse Optimized
Parametersをチェックすると
アジレント社が現時点で最適化している条件が自動的
に選択されます（詳細は次ページ）。パラメータを
変更したいときは、この選択を外します。
4. Species:ターゲット領域のEnrichmentの対象と
なるゲノムを選択します。. ゲノムを選ぶと自動的
にBuildが決まります。（変更できません）
注意）
同じ名前でも
入力できます。
（上書きされま
せん）
空白は使用でき
ません。他にも
使用できない
記号があります。
3.Strand
通常は
Senseを
指定します。
注）次ページ以降
を参照
5. Genomic Target Intervals: Enrichした
いターゲット領域の位置情報を入れます。
直接入力するか、前ページまでの方法で
サーチするか、事前に作成したファイル
をUpLoadします。位置（Map情報）の指
定の方法は決まっています。次ページ以
降の例を参照ください。
Slide 33
6.:Extend Interval Boundaries 3’ and 5’
5のGenomic Target Interval Boundariesで入力
した領域から、3’および5’方向に延長した
領域でデザインされます。
7. Avoid Genomic Intervals:
• Repeat masked regionsを除くために選択します。
• eArray7.6から、 Defaultの設定はWindows Maskerに
変更になりました。（次ページ以降参照）
• Windows MaskerまたはRepeatMasker以外に、Baitを
デザインしたくない領域があれば、位置情報を直接入力
するか、事前に作成したファイルをUpLoadできます。
8.Submit:
設定が終了した時点で
Submitを選択します。
Sequencing TechnologyとProtocol
2011年7月時点で、対応シーケンサは下記の通りです。
Illumina Genome Analyzerシリーズ, HiSeqシリーズ
Life Technologies AB SOLiDシリーズ (5500のPEは
アーリーアクセス）
Roche 454FLX, Juniorシリーズ
SOLiD protocol
どちらを選択しても、SureSelect製品としては同じもの
となります。
Slide 34
Illumina protocol
・Single-EndかPaired-Endかで試薬が変わりますので使用する
Protocolを選択してください。
・Single-EndもしくはPaired-Endを選択するとTiling Frequency
は2xtilingで、Long Read(75bp+)を選択すると1xtilingとなります。
・Long Read(75bp+)で2xtilingを選択したい場合、次ページ以降を
参照してください。
Roche protocol
Long ReadのSingle Endのみの対応となります。
Bait Groupの作成
Design Strategy
1. Change the parameters: “Use Optimized Parameters” オプションの
選択を外すと、パラメータを変更できます。
2. Centered versus Justified: (次ページ参照)
Centered:
まずターゲット領域の中央に
Baitを置き、そこからター
ゲット領域全体に等間隔にな
るようにBaitをタイリングし
ます。ターゲット領域の末端
では、通常Baitが少し
はみ出た状態になります。
Why use this? このデザイン
がもっともよくテストされて
います。
5. Allowed overlap into
avoid regions:
Centered baits を選択する
と、はみ出したBaitがター
ゲット以外の領域とオー
バーラップします。 この場
合、もしターゲットが
Repeat Masked Regionと隣
り合っていたら、ここで設
定した長さのオーバーラッ
プは許容されます。オー
バーラップを許容したくな
いときは”1bp”を入力します。
Slide 35
6. Strand:
Sense鎖を選択すると
ベイトはSense鎖でデザイ
ンされ、製品であるビオチ
ン化cRNAベイトは
antisenseシーケンスとなり
ます。このcRNAベイトが
Sense鎖のgDNAをキャプ
チャしますが、最終的には
PCRの過程がはいるため、
両鎖がシーケンスされます。
基本的にはSense鎖を選択
してください。
Justified:
Baitはターゲットの末端から
デザインされます。ターゲッ
ト領域にきっちりおさまらな
い場合は、両末端をそろえた
状態で、すべてのBaitの位置
が少しずつシフトします。
ターゲット領域からBaitがは
み出すことはありません。
Why use this? ターゲット領
域以外にBaitをデザインした
くない時に利用します。
3. Bait Length: 現時点では 120 bp が、唯一設定できる
Baitの長さです。
4. Bait Tiling Frequency: （次々ページ参照）
1X, 2X, 3X, 4X, and 5X はBait 同士のオーバーラップの設定です。
ターゲットの末端では.この設定は適用されていません。
Defaultの推奨は2xtilingです。1xtilingより2xtillingの方が
より高いキャプチャ効率が得られるデータがありますが、
2xtiling以上の頻度ではそれほど変化はありません。
ただし、タイリング頻度を上げると、より狭い、もしくは小さ
なターゲットに対して、カバー率を上げる可能性があります。
Bait Groupの作成
Centered と Justified の違い
Centered (Defaultで推奨)
Justified
(a) 大きなターゲット領域の場合( 2x tilingの例)
target region
baits
(b) ターゲット領域がBaitの長さのちょうど２倍の場合
Centered ではbait は
ターゲット領域を超えて等
間隔にデザイン
Justified ではbait は
ターゲット領域に末端を合
わせてデザイン。
一部タイリング頻度が設定
と異なる部分ができる。
 Centered と
Justifiedで
同じBaitが
デザインされる。
(c) ターゲット領域がBaitより短い場合
 Centered と
Justifiedで
同じBaitが
デザインされる。
Bait Groupの作成
Bait Tiling Frequency
1x tiling
2x tiling
3x tiling
overlap: なし
overlap: 60bp
overlap: 40bp
target region
target region
target region
baits
※ベイトの重なりがないため、同じベイト数で
ターゲットをより広い領域で設定できる。
イルミナでは75bp以上の長さで読むことが必要。
baits
baits
※1xtilingよりもキャプチャ効率が上がるため
Defaultの設定として推奨。これより高い
Tiling Frequency ではキャプチャ効率は
さほど変わらない。
4x tiling
5x tiling
overlap: 30bp
overlap: 24bp
target region
target region
baits
baits
Bait Groupの作成
Sequencing TechnologyとBait Tiling Frequency
Sequencing Technology
Sequencing Protocol
illumina
illumina
illumina
illumina
SOLiD
SOLiD
Roche
Single-End
Paired-End
Single-End Long Read (75bp+)
Paired-End Long Read (75bp+)
end-sequencing
Paired-End
Single-End
Bait Tiling
Frequency default setting
2x
2x
1x
1x
2x
2x
2x
Bait Tiling Frequency
(Option)
2x, 3x, 4x, 5x
2x, 3x, 4x, 5x
1x, 2x, 3x, 4x, 5x
1x, 2x, 3x, 4x, 5x
1x, 2x, 3x, 4x, 5x
1x, 2x, 3x, 4x, 5x
2x, 3x, 4x, 5x
※ SOLiDのPaired-Endシーケンスについては、ベイト設計、アダプタ付きDNAの調製とSureSelectによる
キャプチャのプロセスはフラグメントシーケンス(end-sequencing）と全く同一です。
Slide 38
Bait Groupの作成
インデックスカスタムキットのBait Tiling Frequency
3Mb未満の領域をキャプチャするインデックスキットでは
Tiling frequency を 1 x tiling にする必要がありません。
(1 x tiling は通常、2 x tiling の1ELIDでのキャプチャ上限を超えた
3.4Mb以上の広い領域をキャプチャするために設定します。）
3Mb以下のサイズのインデックスキットでは 2 x tiling
推奨します。
の設定を
illuminaのLong Read(75bp+)を使用する場合でも、より高いキャプチャ
効率を重視する場合は、2xtilingを推奨します。
Slide 39
Bait Groupの作成
Tiling FrequencyがCoverageに与える影響
Genome Biology 2009, 10:R116 (doi:10.1186/gb-2009-10-10-r116)
Slide 40
Bait Groupの作成
インデックスカスタムキットのBait Tiling Frequency変更
3Mb未満の領域のキャプチャ
で、イルミナのPaired-End
Long Readを選択した場合
Use Optimized Parameter
のチェックを外します
Bait Tiling Frequency を
2x に変更します。
Slide 41
Bait Groupの作成
Strand
gDNAのキャプチャの場合、通常はSenseを選択します。
Senseを選択すると、Sense側のStrandをキャプチャするための
cRNA Baitが製造されます。キャプチャ後のPCRにより、キャプチャ
されたsense側のDNAは２本鎖となり、両鎖がシーケンスされます。
Slide 42
Bait Groupの作成
Target Intervalsの入力フォーマット
Option 2: ターゲットの位置情報(the genomic
interval）を含んだファイルをUpload :
Uploadする場合のフォーマットは下記の例を参照。
Option 1. 直接この画面にタイプもしくは
Copy＆Pasteで入力
入力フォーマットは下記の例を参照してくだ
さい。
chrX:100003816100003948|chrX:100004037100004218|chrX:100004314100004465|chrX:100004329100004465|chrX:100004804-100004888
それぞれのintervalは、| 記号でセパレートさ
れている必要があります。カンマなどの記号
は使用できません。Intervalの数が多いような
ら、Option2の利用をお勧めします。
Option 3. ここをクリックすると、入力したinterval
から3’方向または5’方向にキャプチャ領域を
拡張することができます。（次ページ参照）
Slide 43
前述のサーチ
機能を用いた
場合、位置
情報は自動
入力されます。
それぞれのIntervalは、異なる行に記載されている
必要があります。ファイルはテキストファイルと
して保存してください。カンマなどの記号は
使用できません。
まずUploadをクリックし,続けて Browseをクリッ
クして Upload Fileを選択します.
Bait Groupの作成
Target Intervals領域の拡張
ここをクリックすると、入力したinterval
から3’方向または5’方向にキャプチャ領域を
拡張することができます。拡張するサイズは3’側と
5’側で異なる値(bp)を入力することができます。
Slide 44
Bait Groupの作成
Repeat Masked Regionsの選択
eArray7.6から新たな機能として追加
従来のRepeat Mask
Repeat MaskerとWindow MaskerのIntersection
領域で、もっとも緩やかなMaskとなります。
（Unionではないので、注意ください。）
・Repear MaskerはUCSC RepeatMasker trackの領域です。
・Windows Maskerの詳細は下記の文献をご参照ください。
WindowMasker によるRepeat Maskは
NCBIのWindows Masker tool のdefault parametersにより行われます。
・実験の目的に応じて、どちらか適切な方のRepeat Mask機能を使用してください。
判断に迷う場合は、従来から使用していたRepeat Masker機能の使用を推奨します。
Slide 45
Bait Groupの作成
Bait Group のStatusの確認
•
SubmitしたBait Group のStatusは、Home ページ(左図)の Pending Jobs か、もしくは
Baits ページ (右図)の下に表示され、確認できます。
•
さらに次のStepには Baits ページから進みます。
Slide 46
Bait Groupの作成
View Design Details (I)
•
Bait Group のデザインのサマリを見るには Baits ページのView Design をクリックしま
す。
Slide 47
Bait Groupの作成
View Design Details (II)
•
Design Summary, Design Details, Target
Fate, Fate Details File, Bed File のタブを切り
替えて、Baitのデザインを確認できます。 (それぞ
れ最初の100行のみが表示されます).
Slide 48
Bait Groupの作成
Download the Design (I)
•
Baits ページの Download をクリックし、Bait のデザインファイルをダウンロードしま
す。
Slide 49
Bait Groupの作成
Download the Design (II)
downloaded zipには、以下の5種類のファイルが含まれます:
Example of a Summary file:
Example of a Fate file:
Example of a FateDetails file:
Example of a BED file:
Example of a TDT (tab delimited table) file:
Slide 50
Bait Groupのチェック
BaitがデザインされなかったTargetの確認
•
MS-ExcelでBaitTiling_fate ファイルをオープン
•
Status でソートし、Statusがfailedになっているか、Passしていないターゲット領域を
確認
– Failedのターゲット領域は、Genome build に正しくアサインできなかったもので、位置情報が
誤っている可能性があります。
•
Baits Generated でソートし、baitがデザインできなかったターゲット領域を確認
– 例
BaitTiling_sum （左図）: 8423 - 8081 = 342 のターゲット領域に対し、Baitがデザイン
できなかった。具体的にどの領域に対して、Baitがデザインできなかったかを BaitTiling_fate
（右図）で確認。
Slide 51
Bait Groupのチェック
UCSC Browser上でのBait Designの確認
2010年4月までにデザインされたSureSelectのbaitは
NCBIのBuild36, hg18のシーケンスに対して
デザインされています。
2010年5月からデザインされたSureSelectのbaitは
GRChのBuild37, hg19のシーケンスに対して
デザインされています。
UCSC Browserを使用する場合
Buildが一致していることを確認してください。
Slide 52
Add custom tracksボタンを
押します
Bait Groupのチェック
UCSC Browser上でのBait Designの確認
Browseでbedファイル
を選択し、
Submitを押します。
Bedファイルが
読み込まれるので
Go to genome browser
を選択します。
Slide 53
Bait Groupのチェック
UCSC Browser上でのBait Designの確認
•
BEDファイルはカスタムトラックとしてUCSCブラウザにUploadされ
ターゲット領域に対して、どのようにBaitがデザインされたかを確認できます。
chrX のある領域の
エクソンに対して
デザインされたBait
の確認
Baits
Genes
RepeatMasker
ひとつのエクソ
ンに対してデザ
インされたBait
をZoomして確認
Baits
Genes
RepeatMasker
Slide 54
Bait Groupのチェック
Re-Tilingできる可能性のあるTarget領域の確認
1. Fateファイルの中で
baitが作成されてい
ないTargetを選択
2. BED ファイル を UCSC
browserで表示させ、ターゲッ
ト上でzoomすると、baitがデザ
インできない理由が確認できま
す。
3. この例では、右側のエクソンはRepeatMasker trackと重なって
いるため“repeats”として同定されています。Repeat Maskerが
Baitをデサインしない領域（Avoid）として設定されているので
Baitの数が0となります。
Baits
Genes
RepeatMasker
Baitがデザインされなかったターゲットに対して、どうしてもBaitを設計したい場合は、そのターゲット
領域に対しリピート領域との重なりを許容するよう設定を変更して、新しいBait Groupを作成することが
できます。 両方のBait Groupを１つのLibraryに入れることができます。ただし、リピート配列との
重なりを許容すると、キャプチャ効率に影響を与えます。
Slide 55
Bait Groupの作成
Create Bait Group
Bait Group のデザインに問題がなければ, Create Bait Groupをクリック
Home ページのPending Jobs で
Bait Group creation のStatus が
確認できます。
ひとつのBait Group のCreationを待つ間、必要に応じて
別のBait Groupをデザインすることが可能です。
Create bait Groupをしなかったサーチ結果は、2週間後に自動的に削除されます。
Slide 56
すべての Bait Group のデザインの完了
• ライブラリの作成に入る前に、ひとつのライブラリに入れる予定のすべてのBait
Groupのデザインを完了させます。
• 複数のBait Groupをひとつのライブラリに入れるケースとしては:
– 異なるターゲット領域に対して、異なるデザイン条件を設定した場合
– 自分がすでにデザインしていたBait Groupを、新規のBait Groupに加えたい場合
– ターゲット領域のタイプの違いに合わせて、それぞれ独立したBait Groupを作成したい場
合。 例えば、ChrXのexon領域とキナーゼに関与する領域 など。
Slide 57
Libraryの作成
Libraryに入れるBait Groupの選択
1. Bait Groups のページをクリック,
Browse BaitGroupかSearchをクリッ
クして目的のBaitGroupを表示
2. ひとつのライブラリの中に入れるBait Groupにチェックマークを
入れて選択、ベイトの合計数が57680を超えると、ライブラリ数が
増えて、価格も変わります。
3. Create Libraryをクリック
Slide 58
Libraryの作成
Speciesの選択
1. 生物種(species)を
選択
現時点では生物種の選択による違いは
ありません。
すべてアジレント社内部QC用のコントロール
が追加されます。
将来のUpgradeに向けた設定です。
Slide 59
2. Next
をクリック
Libraryの作成
ベイトの数が1ELID分を超過した場合
上記のメッセージが画面に現れます。
このメッセージが出ると、ベイト数に応じた2~5までのELID数の製品に
変わります。価格も変わりますので、ご注意ください。1ELID製品を
デザインしたい場合は、ターゲットサイズ、ベイトのTiling Frequency、
Replicate数を見直して、ベイトの数を57,680以下に減らすようにして
ください。
Slide 60
Libraryの作成
Libraryの定義付け
2. Baitの長さを選択
（現在は120bpのみ）
1. ライブラリの名前
を設定
3. 必要に応じて
Description, Keywords,
とCommentsを入力
5.ベイトが57,680を
超えた場合、ライブラ
リ数がここに表示され
ます。
利用可能なうち
何％を
使用しているか
わかります。
※後述
4. Library のStatisticsを確認
ここではあといくつのBaitを
ライブラリに入れることが
できるかがわかります。
6. ベイトのBoostingを
選択（次ページ参照）
Slide 61
Agilent Recommended Boosting
• Maximize performance – キャプチャ効率が最大になるように
eArrayが相対的なベイト濃度を自動的に調製します。ベイト濃度が自動
的に調製されるため、複数のベイトグル―プを使ってLibraryを作製する
ときに、ベイトグループごとにReplicate Numberを入力することがで
きません。通常は、この機能を使用することを推奨しています。
• Maximize capacity - 複数のベイトグループを使ってLibraryを作製す
るときに、入力したReplicate Numberに基づいて、利用できる最大数
までベイト数を増やす機能です。
Slide 62
Libraryの作成
% Occupied before auto replication
% Occupied before auto replication
デザインしたBaitとアジレント既定のコントロールBait
の数が、設計可能な全Baitに占める割合
例）デザインしたBaitの数が12,000の場合、コントロールベイト
70を含んだ全Bait数が57,750なので
12,000 / 57,750 = 20.8 %
特に繰り返し回数を指定しないときには、最大Bait数まで
自動的にReplicationされます。
Slide 63
Libraryの作成
ライブラリの詳細を確認
1. Base Coverageの確認
Calculateボタンをクリックして、ライブラリのターゲットサイズを計算し、確認し
ます。ターゲットサイズにより、製品型番と価格が変わりますのでご注意ください。
MP1: <200 kb, MP2: 200-499 kb, MP3: 500kb-1.49 Mb, MP4: 1.5 – 2.99 Mb
MP0: 3-6.8 Mb
2. Library(ELID)の数を確認
ベイト数が57,680を超えると、Library(ELID)の数が
増えていきます。Library数が増えると、キットの型
番と価格も変わりますので、ご注意ください。
必要に応じて、目的のLibrary数になるように
変更します。
Calculateボタンをクリックすると
下記のようにターゲットサイズが計算されて表示されます。
Slide 64
Option. Maximize Capacityを
選択している場合。
Replicateの数を入力
必要であれば、Bait Group の
繰り返し回数を変更
（通常は１）
Libraryの作成
ライブラリの詳細を確認
<重要> Library(ELID)の数を確認
ベイト数が57,680を超えて、Library(ELID)の数が
2 になった例です。Library数が増えると、キットの
型番と価格も変わりますので、ご注意ください。
必要に応じて、目的のLibrary数になるように
変更します。
Slide 65
Libraryの作成
ライブラリの詳細を確認した後、Save
1. LibraryのStatusを変更
ライブラリをSubmitしたい場合は、Completeを選択.
まだ変更する可能性がある場合は、DraftかReviewを選択
2. Saveをクリック
Slide 66
Draft：Save後作成
者が変更可能です。
Review:ワークグルー
プメンバーは、この
ライブラリのVersion
を作成できます。
Complete：save後の
変更は不可能ですが
Submitはされていな
い 状態です。
Libraryの作成
ライブラリのSubmit
1. LibraryのStatusを変更
ライブラリをSubmitしたい場合は、Completeを選択
して、Saveします。
2. Saveをクリック
Slide 67
Libraryの作成
LibraryのSubmitの実行
1. 必要なコメントを入力し、Yesをクリック
2. 必要なコメントを入力し、 Design
check listをクリック
3. ライブラリデザインにあたっての重要な
注意事項がまとめられています。必ず
全文をチェックし、OKならチェック
マークを入れて Doneをクリック
※次ページ参照
4. ここで Yes をクリックすると、ライブラリ作成が完了し、submitされます。Submitしたライブラリを
実際にオーダーするためには、次の見積もり請求 （quote）に進みます.
SubmitしただけではLibraryをオーダーしたことにはなりません。必ず次のquoteのステップが必要です。
Slide 68
Libraryの作成
Designにあたっての注意事項
現時点では、コントロール
を設定しても、Baitの
設計には影響を与えません。
将来のUpdateのために
コントロールとして区別したい
Bait Groupについて
コントロールの設定をします。
現時点では、Bait長は
120merで固定であり
タイリングは設定に合わせて
自動的に行われます。
使用を予定しているシーケンスの機種
とプロトコルが設定されていることを
確認してください。
Slide 69
Bait GroupにReplicate Numberを
設定したときには、適切な
繰り返し回数を設定しているかどうか
再度確認ください。Maximize
Performanceを選択した場合、Baitの
相対的な濃度は自動的に
調節されます。
Quoteの作成
見積もり依頼するLibraryの選択
1. Libraries のページをクリック
Search Library をクリック
<注意> キットの種類によっては
Order LibraryもしくはOrder XT Libraryの
どちらかしか選択できないものがあります。
Slide 70
2. Library Name(一部でもOK)または
ELIDで見積もり依頼したいLibraryをサーチ
2. 見積もり依頼するライブラリを選択、チェックマークを入れて
Order LibraryもしくはOrder XT Libraryをクリック
XTについては、P6を参照ください。
Quoteの作成
Library見積もり依頼の詳細を設定（必ずライブラリ設計者による設定が必
要）
1. 注文するライブラリのキットの個数を設定
2. デザインしたカスタムキットのBait数と
キャプチャターゲットサイズを確認します。
ターゲットサイズによりキットの種類と価格
が決まるので、変更したい場合はライブラリ
を作成しなおします。
3. １キットあたりの反応数（サンプル数）を選択:
Reaction size の 100 とは、１つのライブラリを
100サンプルのCaptureに使用することを
意味します。
4. シーケンステクノロジの選択
（現在はイルミナGAとSOLiDと
Rocheに対応）
5. シーケンスプロトコールの選択
作成するキットの種類により
選択できるプロトコルが表示されます。
6. Nextをクリック
Slide 71
Quoteの作成
Libraryキット見積もり依頼のreviewとSubmit
前画面の入力により、キットの型番が自動的に決定
されます。また Library Detailに記載されている
ELID が、ライブラリキットのID番号となります。
大変重要な情報ですので、必ず
この画面のPrintを行い、保管ください。
Slide 72
注文するLibraryの
内容を再確認して
Request a Quoteを
クリック
Quoteの作成
Libraryキット見積もり依頼のreviewとSubmit
ベイトの数が多く、ELID数が上限の5つとなった例です。
この例では、S0334455がキット全体のELIDとなり
0334401,0334411,0334421,0334431,0334441が
内訳の5つのELIDとなります。
必ずPrintをクリック
して、画面のプリント
を保管ください。
Slide 73
注文するLibraryの
内容を再確認して
Request a Quoteを
クリック
アジレント社担当営業もしくは取り扱い販売店から
見積もり金額の提示 → 発注へ
標準納期は発注後約６~８週間です。
Page 74
RNAキャプチャキット
画面右上のSwitch Application
Typeをクリックして、
SureSelect RNA Enrichmentの
メニューに切り替えます。
Slide 75
eArrayがサポートしているDatabase 2011年7月時点
77生物種
15th September 2010時点の
UniGene databaseを
ベースにしています。
Slide 76
eArrayのSureSelect
行うこと
RNAキャプチャアプリケーションで
Target Typeを選択します。Transcript targetsもしくはGenomic Interval
Transcript Targetの場合
UploadしたGeneBankのIDリストまたはFASTAのシーケンスをもとに、指定したtiling frequencyで
ベイトがデザインされます。UniGeneに登録されている転写産物をキャプチャしたい場合に用います。
Genomic Intervalの場合
UniGeneに登録されていない配列をキャプチャするために、gDNAの位置情報を指定する場合に
用います。
Non-codingRNAキャプチャ
Bait
Slide 77
gDNA上でキャプチャしたい領域設定
Bait Groupの作成
Baitのデザイン
• Baits のページを選択し、Bait Tiling
をクリック
Baits をクリック
Bait Tiling をクリック
• Bait Tilingをクリックすると、Baitをデザインする画面に入る
Slide 78
Bait Groupの作成
Baitのデザイン
1. Library CategoryがRNA
Capture になっている
のを確認します。
2. Job Nameを入れる.
これがBait Groupの
名前になります。
3. Sequence
Technology を
選択します。
iluminaもしくは
AB (SOLiD)
Protocolは自動的
に決定されます。
4. Bait Tiling Frequency を入力します。
Defaultは2xtilingです。
Slide 79
次ページ以降参照
Bait Groupの作成
Bait Tiling Frequency
1x tiling
2x tiling
3x tiling
overlap: なし
overlap: 60bp
overlap: 40bp
target region
baits
※ベイトの重なりがないため、同じベイト数で
ターゲットをより広い領域で設定できる。
イルミナでは75bp以上の長さで読むことが必要。
Tiling Frequencyを大きくすると
ターゲット領域のサイズは
減少します。
target region
target region
baits
baits
※1xtilingよりもキャプチャ効率が上がるため
Defaultの設定として推奨。
4x tiling
5x tiling
overlap: 30bp
overlap: 24bp
target region
target region
baits
baits
Bait Groupの作成
Baitのデザイン
Slide 81
5.生物種を選択。ここに
目的の生物種がない場合、
NAを選択し、
Transcriptome Fileとシーケ
ンスをUploadしてデザイン
できます。
6.ターゲットを入力
GenBanckのAccession番
号のリストを入力するか、
ターゲットの配列を
FASTAフォーマットで
Uploadします。ファイル
はziipファイルの形式であ
ることが必要ですので注意
ください。GeneSymbolは
使用できません。
8.eArrayでサポートしていない生物種に対
してデザインする場合、Transcriptome
ファイルをUploadします。FASTAフォー
マットをzip化してUploadください。
7.Transcriptome Detailsの
入力
5で選択したものと同じ生物
種を選択します。
Zip化
Bait Groupの作成
View Design Details (I)
•
Slide 82
Bait Group のデザインのサマリを見るには Baits ページのView Design をクリックし
ます。
RNAEnrichment_tdt ファイルの確認
BaitScoreの意味
1.
Not masked and unique in genome.
2.
Not masked but may hit other regions/transcripts of the genome.
3.
Masked but unique
4.
Masked and not unique
RNAEnrichment_tdtファイルをOpenし
必ずBaitScoreを確認します。
BaitScoreが4のBaitがあれば、リピート
配列である可能性が高いので、デザイン
から除外することを推奨します。
(次ページ参照)
2および3のScoreをライブラリに含めるか
どうかは、実験の目的に応じて決定します。
Slide 83
BaitScore4を除外して再デザイン
1.
2.
3.
Slide 84
RNAEnrichment_tdt をExcelで開き、BaitScore4を除外したファイルを作成します。
さらに、BaitIDとSequenceのカラムを残し、その他のカラムは削除します。
BaitIDをSequenceのカラムのファイルをタブ区切りテキストとして保存します。
作製したベイトシーケンスファイルのUpload
Baits→Upload
をクリック
Create New Bait
Groupを選択し
名前を入力
Speciesを
入力
作製したタブ区切
りテキストファイ
ルを選択
デザインに使用し
たTiling Frequency
を入力
Slide 85
File Formatは
MINIMAL,Typeは
TDTを選択
作製したベイトシーケンスファイルのUpload
Uploadしたテキストファ
イルの先頭行にHeaderが
ある場合は、ここをク
リック
Uploadをクリック
この後の作業は、DNAキャプチャと同様です。
Libraryの作成 p56～
Quoteの作成 p66～
をご参考ください。
Slide 86
カタログキット（ライブラリ）に
追加するライブラリの作成
-Human All Exonシリーズプラスカスタムキット
-Human Kinomeプラスカスタムキット
Slide 87
カタログキット（ライブラリ）に追加するライブラリの作成
• カタログキット（ライブラリ）に追加するカスタムライブラリは、1ELIDのサイ
ズであればこれまで作製した既存のライブラリでも、Supplemental ライブラリ
でも、どちらも追加できるようになりました。
• Supplementalライブラリを新たに作る場合は、既存のベイトグループやUpload
したベイトグループからも作製できるようになりました。
• 2011年7月現在、カスタムライブラリを追加できる元のライブラリは以下のもの
になります。
–
Human All Exon 50Mbキット (XTタイプ)
–
Human All Exon v2キット (XTタイプ)
–
Human Kinome キット (XTタイプ)
–
Human All Exonキット (Non-XTタイプ)
•
RNAキャプチャキットは対応していません。
• 追加するライブラリのデザインはDefault設定となります。設定の変更はできま
せん。
Slide 88
カタログキット（ライブラリ）に追加するSupplemental
ライブラリの作成
Homeを選択します
Create Library from Bait Upload,
Create Library from Existing Bait
Groups(s),
Create Library by Bait Tilingの
いずれかを選択して
Nextをクリック（ここでは
Existing Bait Groupsからの例を説明）
Slide 89
Supplemental Libraryの作成
Speciesの選択
Speciesを選択して
Nextをクリック
Slide 90
Supplemental Libraryの作成
Base Libraryの選択
1. Library Typeとして
Supplementalを
選択します
2. Base Libraryを
を選択します
ここに記載のないキットは
選択できません。
3. Base Libraryとオーバーラップするベイトをデザ
インに入れるか、入れないかを選択します。入れたく
ない場合はここにチェックします。
Supplemental Libraryの作成
追加するBait Group(s)の選択
1. Addをクリックします。
2.目的のベイト
グループを名前
でサーチして
リスト表示させ
追加するグルー
プを選択して
Addをクリック
3. Doneをクリックします。
Slide 92
Supplemental Libraryの作成
ライブラリ作製条件の設定
Option. Maximize Capacityを
選択している場合。
Replicateの数を入力
必要であれば、Bait Group の
繰り返し回数を変更
（通常は１）
ベイトのBoostingを
選択（61-62ページ参照）
Slide 93
Supplemental Libraryの作成
LibraryのSave
まだ修正する可能性が
ある場合はCompleteを選択
します
Supplemental Libraryのデザイン
を
終了し、Submittedを選択します。
その前にDesign Checklist を
チェックする必要があります。
Saveします。
Slide 94
Supplemental Libraryの作成
Designにあたっての注意事項
現時点では、コントロール
を設定しても、ベイトの
設計には影響を与えません。
将来のUpdateのために
コントロールとして区別したい
Bait Groupについて
コントロールの設定をします。
現時点では、ベイト長は
120merで固定であり
タイリングは設定に合わせて
自動的に行われます。
適切なベイトグループで、ライブラリの
空き領域が埋められているかを
確認してください。
使用を予定しているシーケンスの機種
とプロトコルが設定されていることを
確認してください。
Slide 95
Supplemental Libraryの作成
Supplemental Library
をSubmitして
Saveすると表記の
メッセージが画面に
現れます。
Slide 96
Supplemental Libraryの作成
確認
これはSupplemental Libraryの
ELIDとなります。この時点では
まだBase Libraryと統合された
キットになっていませんので
注意ください。
Slide 97
Base Libraryと追加するLibraryの統合
※カタログキットに追加する
ライブラリは、1ELIDまでの
サイズであれば、Supplemental
Libraryではない既存のライブラリでも
追加できるようになりました。
Slide 98
1ELIDまでのLibraryとBase Libraryを統合したLibrary
（カタログプラスカスタムキット）を作製します。
Combine Librariesを
クリックします。
Base Libraryと追加したい Libraryの統合
統合Library Nameの入力とBase Library Nameの指定
1. カタログプラスカスタムキット
のLibrary名を付けます。
3. Nextをクリックします。
Slide 99
2. Base Library を選択します。
Base LibraryとSupplemental Libraryの統合
追加するLibraryの指定
追加したいライブラリを
サーチし、追加するものを
選択してNextを
クリック
Slide 100
Base Libraryと追加したいLibraryの統合
ELIDの確認
Base Libraryと追加したい Libraryの
それぞれのELIDが表示されますので
間違いがないことを確認して
Nextをクリックします。
Slide 101
Base Libraryと追加するLibraryの統合
統合LibraryのSave
まだ修正する可能性が
ある場合はCompleteを選択
します
Baseと追加する Libraryを統合
したカタログプラスカスタムキットの
デザインを終了し、見積もりが必要な
時には、Submittedを選択します。そ
の前にDesign Checklist を
チェックする必要があります。
Slide 102
Base LibraryとSupplemental Libraryの統合
Combined Library
をSubmitして
Saveすると表記の
メッセージが画面に
現れます。
Slide 103
統合 Libraryの作成
確認
統合されたLibraryの
ELIDとなります。Base Libraryと追加した
Libraryを統合した
LibraryのELIDは頭文字に
Cが付きます。
Slide 104
カタログプラスカスタムキット（統合ライブラリ）のQuote
Libraryのタブをクリックし、Library Name
もしくはELIDで、完成した統合Libraryを
サーチします。オーダーしたい統合ライブラリ
（Library TypeがCombinedになっているのを
確認してください。）を選択して
Orderします。XT Libraryを選択すると
SureSelect試薬の他にライブラリ調製用の
試薬も含まれたキットになります。
Slide 105
カタログプラスカスタムキット（統合ライブラリ）のQuote
この後のQuote作製手順は
通常のカスタムキットと同じですので
P67-68を参照ください。
Slide 106
アジレント社担当営業もしくは取り扱い販売店から
見積もり金額の提示 → 発注へ
標準納期は発注後約６~８週間です。
April 2009
Page 107
SureSelectデータ解析時のBuildに関する注意点
• 次世代シーケンサによるキャプチャDNAのシーケンシングデータを
Reference Genome sequenceにMappingする際は、使用する
Reference Genome SequenceのBuildと、アジレントが提供するキャ
プチャターゲットの位置情報を示すBEDファイルのBuildが一致するよう
に注意してください。
• eArrayでサポートしているGenomeのBuild情報は、Page 6を参照して
ください。
• 特にHumanの場合、eArrayでは2010年5月1日の時点でhg18からhg19
にBuildが切り替わっています。5月1日以降にデザインした、もしくは入
手したBEDファイル用いる場合、Mappingにはhg19のBuildをお使いく
ださい。
• ライブラリをいつ作成したかわからない場合は、次ページの方法で確認
できます。
Slide 108
ライブラリ作成日の確認
確認したいライブラリのSearch
HomeのタブでLibraryのSearch
を選択し、サーチしたいライブラ
リの名前かELIDを入力します。
ELIDは先頭の”0”も入力する
必要があります。
Slide 109
Searchをクリック
ライブラリ作成日の確認
ライブラリのView
内容を確認したいLibraryの
Viewをクリックします
Slide 110
ライブラリ作成日の確認
Create Date を確認します。
Slide 111
Humanの場合、2010年4月30日以前なら hg18
2010年5月1日以降なら hg19
お問い合わせ先
• eArrayに関するサポートお問い合わせ窓口
TEL:
0120-477-111
E-mail : [email protected]
SureSelectのeArrayに関する質問と明示ください。
価格、納期等のご質問は、担当営業にご連絡ください。
Slide 112