「注釈なし」塩基配列の読み込み - wiki in silico

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「注釈なし」塩基配列の読み込み
IMC で読み込める「注釈なし」塩基配列形式
IMC では、「注釈なし」塩基配列ファイルとして以下の形式のファイルを読むことができます。
• 塩基配列のみからなるテキストファイル
• 塩基配列中に数字や空白文字が混在するテキストファイル
• FastA 形式のファイル
• マルチ FastA 形式ファイル
• 圧縮マルチ FastA 形式ファイル
• ABI（SCF）形式のシーケンスファイル
IMC では、メインフィーチャーマップ上の塩基配列を、上記の形式でファイル出力することはできません。
• FastA 形式では別の方法を使って出力可能です。
準備と確認
• 配列形式認識切換ボタンが、N.A.
あるいは AUTO となっていることを確認します。
• 配列形式認識切換ボタンが、A.A.
となっている場合は、N.A. か AUTO に切換えます。このボタンを何度か
クリックすることにより、以下の順序で設定が切換わります。
• N.A. --> A.A. --> AUTO --> N.A.
読込方法
1. 「Read Sequence File…」ボタンをクリックします。
• Res.「Read Sequence File(s) into Feature Map」ファイル選択ダイアログが表示されます。
• Res. ファイルの種類（拡張子）を選択することができます。
2. ファイルを選択し、｢ 開く ｣ をクリックします。
• Res. 左側のリストに今読み込んだ塩基配列ファイルを示すアイコンが表示され、フィーチャーマップにはその塩基配列
が表示されます。
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2010/09/24 18:42
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• Check フィーチャーは何も表示されません。
• Check 一度ファイルとして保存しないと、「GenBank/EMBL Viewer」では表示することができない場合があります。
別名での保存方法
IMC では、「注釈なし」のファイルを読込みますが、これらのファイルは通常「注釈付き」の形式で保存されます。
1. 「Save as…」ボタンをクリックします。
• Res.「Save Sequence File」ダイアログが表示されます。
• Check: このダイアログ上の「Screen Qualifier(s)」については、スクリーニング機能を参照ください。
2. 任意のファイル名を指定して、GenBank 形式ファイルあるいは EMBL 形式ファイルとして保存します。
• Res. ファイルの拡張子を「.gb」あるいは「.gbk」とするとファイルは GenBank 形式で保存され、
「.embl」とするとファ
イルは EMBL 形式で保存されます。
配列を Remove あるいは IMC を終了する場合
IMC に一旦読み込んだ「注釈なし」塩基配列ファイルは、これらに対し何も編集を加えなくとも、それらを Remove
したり、IMC を終了しようとしたりすると、保存確認ダイアログが表示されます。
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