CIMPL：SureChEMBLデータベース検索機能搭載

新製品情報
化学データ可視化・解析ソフトウェア
CIMPL：SureChEMBLデータベース検索機能
CIMPLは、ライブラリー解析、構造活性相関
（SAR）解析、データベース/Webサービスアクセスの機能によ
り、メディシナルケミストの創薬研究を支援するソフトウェアです。新バージョン2.0545がリリースされ、
SureChEMBLデータベース検索機能が新規に搭載されましたので、その機能を紹介します。
■ SureChEMBLデータベースについて
ネぺジルの1置換体のみを収集したところ、15分子が登録
ら抽出して開発したデータベースです。
に置換基が導入された分子が特許に登録されていました。
SureChEMBLデータベースは化学構造データを特許か
されていました。図 2のドネぺジルの基本骨格の R1 ～ R7 位
英国の出版社マクミランの一部門であるDigital Science
の製品の1つSureChem のデータを、欧州分子生物学研究
所
（EMBL）の一部門である欧州バイオインフォマティクス研
究所
（EBI）
とともにパブリックドメインで公開したものです。
SureChEMBL には1500 万を超える化学構造・化合 物
特許情報データが登録されています。オープン化されたこ
とにより、開発した薬や化合物が今までにない全く新し
図2　ドネぺジルの分子構造
（ドネぺジルはR1=H,
R 2=CH3, R 3=CH3, R 4 =H, R 5=H, R 6 =H, R7=H）
R1 には 2 種、R 2 に 3 種、R 3 に 2 種、R 4 に 3 種、R 5 に 2 種、
いものであるかどうかを、誰でも自由に調べることができ
R 6 に 2 種、R7 に1種の置換体が登録されていました。その
るようになりました 1）2）。
いくつかの概要を以下に示します。
■ SureChEMBLデータベース検索機能
CIMPL は今回新たに SureChEMBLのデータベース
（2015
年3月19日まで）を内蔵しました。ローカルのデータベース
◆R1=FあるいはCl
R1 にフッ素原子あるいは塩素原子が導入された分子構
造 が WO-2014008629-A1に登 録されていました
（図 3）。
この置換は活性向上を目的として行われていました 5）。
に対して検索することで、分子構造を外部に出さずに、複数
（EP、JP、US、WO）
の特許情報が一度に検索できます。
SureChEMBLデータベース検索では、部分構造検索、フィ
ンガープリントを用いた類似構造検索が行えます。
検 索 結 果 として は 、分 子 構 造 を 表 す S M I L E S 、
SureChEMBL ID 番号、特許番号
（EP、JP、US、WO）の表が
出力されます。SMILES は CIMPL の機能により分子構造に
変換することができます。特許番号をダブルクリックする
と SureChEMBLへのリンクが起動し、詳細情報の閲覧や
PDF ファイルのダウンロードが行えます
（図 1）。
図3　WO-2014008629-A1フロントページ 5）
（C=O）OCH2CH3
◆R 4 =
ドネぺジルの新規合成法の特許
（EP-1386607-A1）に前
駆体構造として登録されていました
（図 4）。2 つのフラグメ
ントのカップリング反応により前駆体を合成し、加水分解
と脱炭酸反応により、最終生成物を得ています 6）。
リンクを起動
SMILES から
分子構造へ変換
図1　SureChEMBLデータベース検索画面と結果の表示
図4　EP-1386607-A1フロントページ 6）
■ 応用事例紹介：ドネぺジルの部分構造検索
■ まとめ
リン
（ACh）の加水分解酵素であるアセチルコリンエステ
ベース検索が行え、データベース構築の手間を省くことが
ラーゼ
（AChE）を可逆的に阻害することにより、ACh の分
できます。
解を抑制し濃度を高め、アルツハイマー型認知症の進行
1）https://www.surechembl.org/
ドネペジル塩酸塩
（商品名アリセプト）は、アセチルコ
3）
を遅らせる薬です 。
CIMPLを導入するだけで、すぐに SureChEMBLデータ
2）http://www.ebi.ac.uk/about/news/press-releases/
応用事例としてドネぺジルをクエリとして部分構造検索
を行った結果を紹介します。
SureChEMBL
3）http://www.aricept.jp/about/behavior.html
まず、ドネぺジルをクエリとして部分構造検索を行ったと
ころ、85 件のヒットがありました。このデータセットから分
4）
子構造を構築し、Matched Molecular Pair 解析 を行い、ド
4）Hussain, J. et al., J. Chem. Inf. Model. 2010, 50 , 339.
5）https://www.surechembl.org/document/WO2014008629-A1
6）https://www.surechembl.org/document/EP-1386607-A1
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