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CLC Genomics Server
CLC Genomics Server 機能とメリット システム要件 •Mac OS X 10.4 以降 （Intel-based Mac を 含む） CLC Genomics Server さらに、CLC Genomics Serverには、Illumina、SOLiD、 CLC Genomics Serverは、次世代シーケンシング（NGS） ChIP-seq、RNA-seq、レファレンスアセンブリ、de novo ア に重点を置いた高度な3階層のソリューションです。ホスト センブリ、SNP検出を サーバー上で、安全、強力かつ柔軟なバイオインフォマティ 行うための、次世代 クスコンピューティングを提供します。 シーケンシング解析 dows XP、 Windows CLC bio 社の提供する 3 階層の企業向け NGS ソリューションの中核 Vista、Windows 7 CLC Genomics Serverは、CLC Genomics Workbench（ク •Windows 2000����� 、���� Win- •Linux: Redhat または SuSE •IntelまたはAMD CPU •32ビット版および64 ビット版のオペレーティ ングシステム / コン ピ ュ ー タ （すべての プラットフォーム） •4 GB RAM（16 GB RAM を推奨） •500 GBのディスク空き 容量。ただし、大量の データを解析する場合 はこれ以上 Roche/454、Helicosの各シーケンシングデータに対して、 ツールが数多く搭載 されています。 ツールボックス： CLC Genomics Workbench ライアント）によって管理され、演算負荷の高いアルゴリズ に表示された CLC Ge- ムを実行したり、コンピュータクラスタ、およびサードパー nomics Server のSNP ティのアルゴリズムやバイオインフォマティクスソフトウェア 検出 を統合する際に使用されます。 主要な3つの構成要素 1. 主要なすべてのプラットフォーム上で実行するサーバー ソフトウェア（Windows、Mac OS X、Linux） ジョブの並列処理 CLC Genomics Server Medium BusinessまたはLarge Businessエディションをご利用の場合は、ジョブの実行を 複数のジョブノード上で並列に処理することができます。 2. データバックエンド： ファイルシステム、既存のデータ ベース、CLC Bioinformatics Database（Microsoft SQL Server2003および2008、Oracle、mySQL、PostgreSQL、 またはH2）、またはこれら3つを組み合わせて使 用 3. クライアントソフトウェア： CLC Genomics Workbench および任意のウェブブラウザ（サーバーへの同時アクセ スが可能なもの） CLC Genomics Serverの主な特長 • 強力かつ最新の3階層サーバーアーキテクチャ • 中央集中型サービスを実行するための柔軟なオプション ユーザーがワークベンチからマスタサーバーにログインし • 他のアプリケーションやサービスとの統合が容易 てサーバー上のジョブを開始すると、使用可能なジョブノー バージョン 2.0 Windows、 • 強力なデータベース通信とデータ統合機能 ドにジョブが配信されます。マスタサーバーは、キューを管 Mac OS X、Linux対応版） • 安全なアクセス制御フレームワークと中央での作業ログ 理し、ワークベンチにデータを配信する中間層として機能 © 2011 CLC bio Japan • 複数のコンピュータにジョブを分配して並列処理を行う します。ジョブノードは、 マスタノードによってジョブが割り ためのオプション 当てられるまで待機します。ジョブの実行が完了すると、 次のジョブの割り当てが可能になります。 CLC Genomics Server 1 / 4 コマンドラインの統合 データベース通信とデータ統合 CLC Genomics Serverでは、 マスタサーバーまたはジョブノードにインストー ファイルシステムとともに、任意のデータベースを独自の専用データベース、 ルされた外部アプリケーション（コマンドラインツールなど）を実行すること 公開データベース、またはCLC Bioinformatics Databaseから選択して、CLC ができます。 Genomics Serverに統合します。 また、マスタサーバーやジョブノードからWebサービスやSSHなどを介してア データベースAPI（アプリケーションプログラマーインターフェイス）について クセス可能な別のコンピュータにインストールされた外部アプリケーション は、同じものがCLC Bioinformatics Databaseでも使用されており、Microsoft も実行することができます。 SQL Server、Oracle、mySQL、postgreSQL、H2に対応しています。 外部アプリケーションは、CLC Genomics Workbench を使用して CLC Ge不慣れなエンドユーザーが、コマンドラインベースのツールをワークベンチ上 データベースAPI で実現できる機能 （すべて CLC Genomics Workbench 以外のサーバーサイドでの導入が可能） で簡単に利用できるよう設定することができます。この方法では、コマンドラ • 独自のクライアントスクリプトまたはクライアントアプリケーションを作成し インツールのインストールやメンテナンスが、ホストコンピュータでのみ発生 て、 データベースにデータをインポートまたはデータベースのデータをエク nomics Server 上で実行します。サーバー管理者は、コマンドラインツールに するため、管理負荷も大幅に軽減されます。 スポートする。CLC bio 社ではサンプルのコマンドラインツールのライブラ リを提供しています。 • データベースのあらゆるデータ構造およびデータコンテンツにアクセスし て編集を行う。 • 強力かつ簡単なデータ検索を実現する。 • 既存のデータベースからCLC Bioinformatics Databaseにデータを移行する。 • サードパーティの技術やツールをデータベースに統合する。 アプリケーションのセットアップは、CLC Genomics Server Webインターフェイス 上で行います。 中央集中型アプリケーションの実行 CLC Genomics Serverには、中央集中型アプリケーションを開発、統合、およ び実行するための強力かつ柔軟なフレームワークが使用されています。 新規または既存のアルゴリズムの統合 組織内ですでに使用されている既存のアプリケーションを、高度なアルゴリ ズムAPI（アプリケーションプログラミングインターフェイス）を使用してCLC Genomics Serverに統合することができます。対象となるアプリケーション が内部アプリケーションまたは外部のWebサービスであっても関係ありま せん。 また、アルゴリズムAPIによって、新しいソフトウェアアプリケーションの開発 が可能となり、中央のCLC Genomics Serverとの完全統合や、CLC Genomics WorkbenchおよびWebクライアントからの分散型アクセスに伴うさまざま な効果を得ることができます。 プラグ＆プレイアルゴリズム 多くの統合および開発オプションに加えて、CLC Genomics Serverには、CLC Genomics Workbenchにも搭載されている多くの次世代シーケンシングアル ゴリズムがあらかじめインストールされています。 • Sangerデータおよび次世代シーケンシングデータのレファレンスアセンブリ • Sangerデータおよび次世代シーケンシングデータの de novo アセンブリ • あらゆるサイズのゲノム全体に対するSNP検出 • あらゆるサイズのゲノム全体に対するDIP検出 • RNA-seq解析 • ChIP-seq解析 2 / 4 CLC Genomics Server CLC Genomics Serverの3階層アーキテクチャは、クライアントサイドやデータベー スバックエンドに完全適応し、また他のバイオインフォマティクスアプリケーショ ンとの統合にも十分柔軟に対応できるよう設計されています。 このように、データベースAPIによって、１台のコンピュータから組織内のすべ ユーザーまたはユーザーグループごとに異なるデータアクセス（誰がどのデー てのバイオインフォマティクスデータベースにアクセスできるようになり、実 タにアクセスできるか）を設定するには、CLC Bioinformatics Databaseを追 質的に、これらすべてのデータベースを１つのフルデータベースソリューション 加します。これにより、特定のデータ領域については「アクセス権なし」、 「読 として統合することができます。 み取り」、 「書き込み」、 「読み取りおよび書き込み」の各アクセス権を、特定 のツールやサービスについては「アクセス権なし」または「実行アクセス」 を、ユーザーに設定できるようになります。 データのアクセス権は、データ構造のフォルダレベルで定義します。フォルダ ごとに異なるアクセス権を設定できるため、非常に柔軟なデータセキュリティ アーキテクチャを構築することができます。アクセス権モデルは、ユーザー、 ユーザーグループ、およびデータベースのディレクトリに添付された権限に基 づきます。 CLC Genomics WorkbenchからCLC Genomics Serverの de novo アセンブリを 開始 アクセス制御と作業ログ CLC Genomics Server には、使用時のセキュリティを確保するための管理 ツールが多数搭載されています。 サーバーへのアクセスと使用は中央で管理されます。各ユーザーは、それぞれ 固有のユーザー名とパスワードを持ちます。 フォルダレベルで定義されたデータのアクセス権 ユーザーディレクトリは、ローカルのCLC Authentication Directory（Bioinformatics Databaseと同じDBインスタンスで実行）またはMicrosoft Active DirectoryなどのLDAP実装を使用できます。 ファイルシステムへのアクセスとシステムによるサーバーのアクセス管理は並 行して行われます。 CLC Genomics Server 3 / 4 4.10.2011 CLC bio CLC Genomics Serverにご興味がおありの 場合は、お近くの販売代理店か、またはメールで [email protected]までお問い合わせください。 English only worldwide support: 株式会社CLCバイオジャパン CLC bio Headquarters 〒550-0002 大阪市西区江戸堀1-10-27 Finlandsgade 10-12 肥後橋三宮ビル5F Denmark www.clcbio.com · [email protected] 4 / 4 CLC Genomics Server Tel: 06-6225-8087 · Fax: 050-5830-7922 www.clcbio.co.jp · [email protected]