PubMed の使い方

PubMed の使い方
京都大学医学図書館
2003.10.2
1 PubMed とは
1.1 MEDLINE
MEDlars onLINE の略。Index Medicus、Index to Dental Literature、International Nursing Index を電子情報
化したもの
作成 米国国立医学図書館 NLM(National Library of Medicine)
収録 1966 年から現在までの世界約 70 ヶ国、4,600 誌以上の主要な生物医学雑誌に掲載された論文や記事の
書誌と抄録を提供しています。
分野
Anesthesia・Dentistry・Health Sciences・Healthcare・Life Sciences・Medicine・Nursing・Psychiatry・
Public Health など
全レコード数 約 1,200 万件
年間追加レコード数 約 500,000 件
1.2 PubMed
インターネットで現在無料公開されている MEDLINE データベース。
NLM の NCBI(National Center for Biotechnology Information) 生物工学情報センターが作成している、Entrez
という統合型分子生物学データベースの一部です。MEDLINE のデータのほかに、MEDLINE に未収録状態
の最新書誌情報データベース PreMEDLINE(MeSH は付与されていない) の検索も可能です。最新情報が手に
入る反面、印刷して出版されていない (出版予定の) データまで検索されるので手に入らない事もあります。
PubMed プロジェクトに参加する出版社から NLM に毎週データが供給され、PubMed 固有の識別番号
(PMID) が付与されます。またプロジェクト参加の出版社に雑誌のフルテキストを提供する Web サイトがあ
れば、そのサイトへのリンクも提供しています。
2003 年 9 月に、1953 年∼1965 年分の OLDMEDLINE データも PubMed で検索できるようになりました。
2 検索基本画面
まず、以下の URL にアクセスしてください。
http://pubmed.gov
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=ijpktolib (京大専用入口)
PubMed の検索基本画面は、[図 1] のようになっています。
(1)
Query Box(検索語入力エリア)
1
(7)
(1)
(2)(3)(4)(5)(6)
(8)
図 1: PubMed 検索基本画面
(2)
Limits(検索フィールドや、出版形態等を限定した上で検索する場合に用います)
(3)
Preview/Index(Index 機能や絞込み検索を行いたい場合に用います)
(4)
History(検索履歴が保存されます)
(5)
Clipboard(検索結果の表示中に Clipboard 登録されたデータが保存されます)
(6)
Details(具体的にどのような検索式で検索されたのかを確かめることができます)
(7)
Search(プ ル ダ ウ ン し て デ ー タ ベ ー ス の 選 択 が で き ま す 。PubMed, Protein, Nucleotide, Structure,
Genome, PopSet, OMIM, Taxonomy など)
(8)
PubMed Services(Journal Database, MeSH Database, Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher,
Clinical Queries などの各種機能)
3 検索
3.1 Automatic Term Mapping 機能
この機能は、検索基本画面で検索語入力エリアに入力された語句を自動的により適切な用語に置き換えて検
索します。入力された語句を Table(変換表) で順次参照してから、実際に検索する語句を決めます。
2
MeSH Translation Table
MeSH 変換表 (MeSH 見出し語、MeSH Subheadings、Publication Type
などを含む) の中に適切なものが見つかれば、その語と Text Word (標
題、抄録、MeSH、Subheading、化学物質名からの索引語) の論理和
(OR) になります。
⇓
Journal Translation Table
雑誌フルタイトル、MEDLINE の略誌名、ISSN (国際標準逐次刊
行物番号) の中から探します。雑誌名の検索は必ずフルタイトルか
「MEDLINE 形式の略誌名」(後述 Journal Database 参照) を使います。
⇓
Auther Index
上記 2 つの Table で見つからない場合、かつ 1 単語の後に 1 字ある
いは 2 字がくる場合に。
それでも見つからなければ、複数の語を入力した場合、単語を 1 語ずつ減らして同様な参照を繰り返しま
す。最終的に PubMed 索引にも無い場合、それぞれの単語で全てのフィールドを探し、スペースを AND とみ
なして検索します。
3.2 Automatic Term Mapping 機能が働かない検索
3.2.1
検索項目を直接入力して検索する
例) japanese[LA]（日本語で書かれた論文）
Nakayama-T[AU]（著者名で検索）
[ ] のようなタグで囲まれた部分は検索する項目 (=Field) を指定したものです。検索基本画面の検索語入力エ
リアに打ち込むことで、後述の Limits 検索と同じ役割を果します。
¶
³
【検索時の注意】
著者名の入力には、“姓 (フル) 名 (イニシャル)“の形で行います。
例）Nakayama Takeo → Nakayama T (“ ” は、スペース)
µ
3.2.2
´
アスタリスク（*）をつけた前方一致検索
例）cancer*
cancer と入力して検索 neoplasms が MeSH Terms に適合。OR 検索で Text Word の中に Cancer があればそ
れも見つけてきます。
cancer*と入力して検索 All Fields から cancer で始まる語句をすべて見つけてきます (ただし、150 種類ま
3
で)。このとき、Neoplasms は見つけません。
上図のような検索式の表示は検索後、検索結果プレビュー画面で Details ボタンをクリックします。
3.2.3
囲み限定子” ”をつけた検索
例）”kawasaki disease”
kawasaki disease で検索すると、
(”mucocutaneous lymph node syndrome”[MeSH Terms] OR kawasaki disease[Text Word])
というように、「皮膚粘膜リンパ節症候群」という MeSH Term でも検索してくれます。しかし、”kawasaki
disease” というように囲み限定子で囲んで検索すると、自由語でしか検索されません。
3.3 Limits
検索項目や、出版形態等を限定した上で検索する場合に用います (図 2)。検索項目、出版形態、年齢、データ
ベース登録日、出版年、Abstracts の有無、言語、人間と動物の別、Subsets、性別等で限定できます。各々のボ
タンはプルダウンメニューになっています。プルダウンメニューに出てこないものは、Query Box 内に”[ ]”
で囲んで入力し検索します。
図 2: Limits 検索
1. All Fields ボタン (検索項目)
4
Affiliation [AD] 第 1 著者の所属する施設名とアドレス
All Fields [ALL] すべてのフィールドに含まれるすべての語句 (初期設定)
Author Name [AU] 著者名。姓 名 (イニシャルで 2 つまで、無くても良い) の形で入力する。
EC/RN Number [RN] Enzyme Commision による酵素番号
Entrez Date [EDAT] PubMed にデータが収録された日
Filter [FILTER][SB] “LinkOut” で使われるタグ
Issue [IP] 雑誌の号数
Journal [TA] 雑誌名 (略誌名、正式誌名、ISSN)
Language [LA] 言語
MeSH Date [MHDA] MeSH が付与された日付
MeSH Major Topic [MAJR] 論文の主論点に付与された MeSH
MeSH Terms [MH] MeSH(Medical Subject Headings) 用語
Pagination [PG] 論文の開始ページ
Pharmacological Action
Publication Date [DP] 論文が掲載されている雑誌の発行年月日
Publication Type [PT] 論文の発行形態。Clinical Traial Letter Retracted Publication Review など
Secondary Source ID [SI] 二次資料の特定
Substance Name [NM] 論文の関連する化学物質名
Text Word [TW] 論文名、抄録、MeSH、Subheadings、化学物質名、主題としての人名などの語句
Title [TI] 論文名の語句
Title/Abstract [TIAB] 論文名、抄録の語句
Volume [VI] 論文の掲載巻数
[ ] 内は検索項目の直接入力時に使用する省略形です。
2. Publication Types ボタン (出版形態)
Clinical Trial, Editorial, Letter, Meta-Analysis, Practice Guideline, Randomized Controlled Trial, Review
3. Ages ボタン (年齢)
• All Infant: birth-23 months
• All Child: 0-18 years
• All Adult: 19+ years
• Newborn: birth-1 month
• Infant: 1-23 months
• Preschool Child: 2-5 years
• Child: 6-12 years
• Adolescent: 13-18 years
• Adult: 19-44 years
• Middle Aged: 45-64 years
• Aged: 65+ years
• 80 and over: 80+ years
4. Entrez Date ボタン (データベース登録日)
30 Days, 60 Days, 90 Days, 180 Days, 1 Year, 2 Years, 5 Years, 10 Years
5
5. Publication Date ボタン (出版年)
From ｜ ｜ To ｜ ｜ 年月日で範囲指定も可能
また、Publication Date ボタンはプルダウンすると Entrez Date ボタンにもなります。
¶
³
【直接入力時の日付の指定例】
2000/10/31［dp］ 2000 年 10 月 31 日に出版
1999［dp］ 1999 年に出版
1999/01:2000/9［dp］ 1999 年 1 月から 2000 年 9 月の間に出版
µ
´
6. only items with abstracts チェック（Abstracts の有無）
チェックするとアブストラクト有のみに限定します。
7. Languages ボタン (言語)
English, French, German, Italian, Japanese, Russian, Spanish
8. Human or Animal ボタン (人間と動物の別)
Human, Animal
9. Subsets ボタン
収載誌の限定 Core clinical journals, Dental journals, Nursing journals
データ範囲の限定 主 題 (AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, History of Medicine,
Space Life Sciences, Toxicology), MEDLINE(索引済みの MEDLINE データ), PubMed Central(無料
でフルテキストが読めるもの)
10. Gender ボタン (性別)
Female, Male
3.4 Preview/Index
Index 機能や絞込み検索を行いたい場合に用います (図 3)。
3.4.1 Index 機能
¤
¡
“Add Term(s) to Query or ViewIndex:” 下方の検索語入力エリアに語句を入れ£Index ¢ボタンをクリックし
ます。
該当する語句があればその語句を先頭に (なければアルファベット順で入力語句より後の語句) 周辺の語句
が表示されます (図 4)。
¤
¡
マウスでクリックして語句を選択し、£Preview ¢ボタンをクリックすると検索が開始されます。複数語句を選
¤
¡
択する場合は、£Ctrl ¢キーを押しながら語句をクリックして指定します。この場合 OR 検索となります。
¤
¡
文献データを表示するには£Go ¢ボタンをクリックするか、Result の下のヒット件数をクリックします。
3.4.2
絞込み検索
検索の結果、ヒット件数が多い時などは検索条件をさらに追加して検索します。
上方の検索語入力エリアに語句が入っている状態（図 3 参照）で、下方の”Add Term(s) to Query or View
¤
¡ ¤
¡ ¤
¡
Index:” の検索語入力エリアに語句を入れ£AND ¢、£OR ¢、£NOT ¢のいずれかのボタンをクリックすると、上方
6
図 3: Preview/Index 検索
図 4: Index
¤
¡
¤
¡
の検索語入力エリアに追加の語句が入ります。この状態で£Preview ¢もしくは£Go ¢ボタンをクリックします。
¤
¡
¤ ¡
£Preview ¢ボタンは検索式とヒット件数を表示する画面へ、£Go ¢ボタンは文献データの画面へ移行します。
4 検索結果
4.1
表示形式
検索を実行してヒットすると、自動的に書誌情報が表示されます (図 6)。
ここで、表示形式を変更したい文献データのチェックボックスにチェックを入れることができます。
7
図 5: 検索結果プレビュー画面
図 6: 検索結果簡易表示
Summary と書かれたプルダウンメニューは画面表示の形式を選択できます。形式には、Summary, Brief,
Abstract, Citation, MEDLINE, ASN.1, XML/SGML, LinkOut, Related Articles, Protein Links, Nucleotide Links,
¥
¨
Popset Links, Structure Links, Genome Links, OMIM Links などがあります。メニューから選択し、 Display
§
¦
ボタンをクリックすると、その形式で再表示されます。
¤
¡
また、£Send to ¢ボタンではファイル保存や PubMed の Clipboard への保存などができます。Clipboard には
最大 500 件分の論文データが登録できますが、1 時間未使用だと無効になります。
8
4.2 Summary 形式 (図 7)
検索結果として最初に出てくる形式。著者名, タイトル、雑誌名、巻号、ページ、出版形態、英語以外で書か
れている場合その言語名、PubMed 番号が表示されます。また、タイトル前のアイコンにより、抄録付きか、
フリーのフルテキストへのリンクがあるかなどがわかります。例えば、
アイコンがあると、抄録付きであ
ることがわかります。
図 7: Summary 形式
4.3 Abstract 形式 (図 8)
雑誌名、タイトル、使用言語、著者名、所属、抄録、出版形態、訂正記事、コメント、PubMed 番号が表示
されます。
フルテキストへリンクのあるデータにはリンクアイコンが表示されます。京大専用入口から入ると、京大か
らアクセス可能な電子ジャーナルのサイトへ直結する「京大ボタン」があらわれます。ただし、登録の仕組み
上、京大の契約状況を完璧に反映させることができません。 京大ボタンがなくても電子ジャーナルにアクセ
ス可能の場合がありますので必ず医学図書館および附属図書館の電子ジャーナルリストで確認してください。
図 8: Abstract 形式
9
4.4 Citation 形式 (図 9)
雑誌名、タイトル、使用言語、著者名、所属、抄録、出版形態、訂正記事、コメント、MeSH、個人名、化学
物質名、助成金番号、PubMed 番号が表示されます。
図 9: Citation 形式
4.5 MEDLINE 形式 (図 10)
フィールド名のタグ付きの全データが表示されます。
5 PubMed Services
5.1 MeSH Database
MeSH とは、Medical Subject Headings の略で「医学件名標目」のことです。検索したいテーマに適したキー
ワードを上手に選択するために、同義語などを 1 つの語句に統一した語です。例えば、肺ガンを表す英語は
lung cancer, lung carcinoma, lung tumor, lung neoplasms などありますが、MeSH では、lung neoplasms を採用
10
図 10: MEDLINE 形式
しています。
図 11: MeSH Database
¤ ¡
MeSH Database(図 11) の検索語入力エリアに語句を入力し£Go ¢ボタンをクリックします。MeSH 用語に一
致する語句があれば該当する語句を、無ければ適切な用語に置き換えて表示します。
Health Care は MeSH 用語ではなく、ここでは Delivery of Health Care に置き換えられました (図 12)。この
¤
¡
MeSH 用語で検索するときは、£Search PubMed ¢ボタンをクリックします。
ここで MeSH 用語をクリックすると、その詳細が表示されます (図 13)。上位語・下位語を参照したり、
¥
¤
¡
¨
subheadings を設定することができます。設定をしたら、 Display ボタンの並びにある£Send to ¢ボタンをク
§¤
¦
¡
リックし、Search Box に検索式を入力します。検索実行は、£Search PubMed ¢をクリックします。
11
図 12: MeSH 検索結果
図 13: MeSH 用語詳細
5.2 Subheadings=[sh] (副標目) リスト
省略形
subheadings
日本語訳
省略形
subheadings
AB
Abnormalities
奇形
LJ
AD
Administration
Dosage
Adverse Effects
Agonists
薬物投与と投与量
MA
Legislation
risprudence
Manpower
有害作用 副作用
ME
MT
Metabolism
Methods
AE
AG
&
アゴニスト
12
日本語訳
&
Ju-
法律学 法制と法学
人的資源
代謝
方法
省略形
subheadings
日本語訳
省略形
subheadings
日本語訳
AA
Analogs & Derivatives
Analysis
Anatomy & Histology
Antagonists & Inhibitors
Biosynthesis
Blood
Blood Supply
Cerebrospinal Fluid
類似体と誘導体
MI
Microbiology
微生物学
分析
MO
NU
OG
Mortality
Nursing
Organization & Administration
Parasitology
Pathogenicity
Pathology
Pharmacokinetics
死亡率
AN
AH
AI
BI
BL
BS
CF
解剖学と組織学
拮抗物質と阻害物質
PS
PY
PA
PK
生合成
血液
血液提供 血液循環
脳脊髄液
看護
組織と管理
寄生虫学
病原性
病理学
薬物動態学 薬物速度
論
CS
CI
CH
CL
CO
CN
CT
Chemical Synthesis
Chemically Induced
Chemistry
Classification
Complications
Congenital
Contraindications
PD
PH
PP
PO
PC
PX
RE
化学合成
化学的誘発
化学
分類
合併症
先天性
禁忌
Pharmacology
Physiology
Physiopathology
Poisoning
Prevention & Control
Psychology
Radiation Effects
薬理学
生理学
病態生理学
中毒
予防と抑制
心理学
放射線作用 放射線効
果
CY
DF
Cytology
Deficiency
細胞学
DI
DU
Diagnosis
Diagnostic Use
診断
RA
RI
Radiography
Radionuclide Imaging
Radiotherapy
Rehabilitation
X 線撮影
二次性 続発性
SD
SU
TU
Secondary
Secretion
Standards
Statistics & Numerical Data
Supply & Distribution
Surgery
Therapeutic Use
Therapy
Toxicity
Transmission
Transplantation
Trends
治療
成長と発育
TH
TO
TM
TR
TD
超音波検査 超音波画
欠乏
RT
RH
診断的応用 診断への
放射線核種イメージ
ング
放射線療法
リハビリテーション
利用
DH
DE
DT
EC
Diet Therapy
Drug Effects
Drug Therapy
Economics
食事療法
SC
SE
ST
SN
ED
EM
EN
Education
Embryology
Enzymology
教育
EP
EH
ET
GE
GD
疫学
HI
Epidemiology
Ethnology
Etiology
Genetics
Growth & Development
History
歴史
US
Ultrasonography
IM
IN
IR
Immunology
Injuries
Innervation
免疫学
UL
UR
UT
Ultrastructure
Urine
Utilization
薬物作用 薬物の影響
薬物療法
経済学
発生学
酵素学
分泌
標準
統計と数値データ
供給と分配
外科学
治療的応用 治療への
利用
民族学
病因
遺伝学
毒性
伝播
移植
傾向
像
損傷
神経支配
超微細構造
尿
機器 施設 計画 サー
ビス 医療従事者の使
用状況
13
省略形
subheadings
日本語訳
省略形
subheadings
日本語訳
IS
IP
Instrumentation
Isolation & Purification
機器
VE
VI
Veterinary
Virology
獣医学
分離と精製
ウイルス学
Subheading の検索には省略形が使用できます。
Translations: bl[sh] ”blood”[Subheading]
Translations: mt[sh] ”methods”[Subheading]
5.3 Journals Database (図 14)
雑誌名のフルタイトル、略誌名、ISSN を調べる場合に使用します。画面左の PubMed Services メニューか
ら”Journals Database” をクリックします。入力する際は誌名語句の一部でも良いですが、* (アスタリスク) を
付けるようにします。
例）new eng jour med → No items found (見つかりません)
図 14: Journals Database
検索結果は、図 15 のようになります。
図 14 で”journals with links to full-text web sitesis” をクリックすると Journal LinkOut Providers の画面にな
り、PubMed にフルテキストがリンクしている雑誌名や出版社名 (journal provider) のリストを見ることができ
ます。2003 年 10 月 2 日現在、4,081 タイトルの雑誌が登録されています。但し、すべてが Free アクセスでは
なく契約なり所定の手続きが必要になります。
5.4 Single Citation Matcher (図 16)
雑誌の巻号やページ数から、特定の論文を探すことができます。雑誌名、発行年月日、巻、号、論文の最初
のページ、著者が検索項目になります。
14
図 15: Journals Database 検索結果
図 16: Citation Matcher for Single Articles
参考文献
[1] 阿部信一, 奥出麻里共著『図解 PubMed の使い方 : インターネットで医学文献を探す』第 2 版, 日本医学図
書館協会, 2003
[2] ’PubMed Tutorial’ (http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html)
[3] 東京慈恵会医科大学医学情報センター図書館「PubMed 利用ガイド基本編」
(http://www.jikei.ac.jp/micer/pubmed1.pdf)
15
[4] 東京慈恵会医科大学医学情報センター図書館「PubMed 利用ガイド応用編」
(http://www.jikei.ac.jp/micer/pubmed2.pdf)
[5] 香川医科大学附属図書館「PubMed 講習会テキスト」
(http://www.kms.ac.jp/˜libin/kensaku/pubmed/manual/sld001.htm)
[6] 中条卓「PubMed 徹底活用講座」(http://www.asahi-net.or.jp/medical/search/pubmed0.html)
[7] 森實敏夫「PubMed の検索用語句「MeSH 用語」の使い方」
(http://www.medical-tribune.co.jp/BENRI/newmesh/newmesh.htm)
16