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環境中における腐朽材中の 真菌類群集構造解析
平成 25 年度 修士論文 環境中における腐朽材中の 真菌類群集構造解析 Analysis of fungal community structure in decayed wood in the natural environment 高知工科大学大学院 工学研究科 基盤工学専攻 物質・環境システム工学コース 1155008 指導教員 濱口航大 堀澤栄 准教授 目次 1. 概要 2. 緒言 3. 実験方法 4. 3-1 3-2 3-3 3-4 腐朽材から木紛試料調製 腐朽材からのゲノム DNA 抽出 PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いた夾雑物の除去 Phi29 DNA Polymerase を用いたゲノム DNA の非特異的増幅 3-5 3-6 3-7 3-8 3-9 PCR 法による DNA 増幅 qPCR 法による融解曲線解析 PCR-RFLP による DNA 断片群の識別 PCR-DGGE 法による腐朽材中の真菌類群集構造の可視化 クローンライブラリ解析 結果と考察 4-1 4-2 4-3 腐朽材から抽出したゲノム DNA を Template に用いた PCR 増幅 Phi29DNA Polymerase を用いたゲノム DNA の非特異的増幅 PowerSoil®DNA Isolation Kit による夾雑物の除去 4-4 4-5 4-6 4-7 4-8 PCR 法による DNA 増幅 qPCR による融解曲線解析 PCR-RFLP による DNA 断片群の識別 PCR-DGGE 法による腐朽材中の真菌類群集構造の可視化 クローンライブラリ解析 5. 総括 6. 謝辞 7. 参考文献 付録 2 1. 概要 自然環境では、複数の菌種の共同作業により木材腐朽が進行していくものと考えら れる。しかしながら、木材腐朽を菌群の観点から解明しようとした研究はまだ少ない。 近年では担子菌類の検出・同定における分子生物学的手法が著しく発達し、なかでも DNA を用いる方法は簡便かつ高感度で検出可能である。腐朽材から生菌株が得られ た場合の DNA 塩基配列に基づく担子菌類の同定では、種の同定に用いる遺伝子配列 を PCR 法で増幅した後、配列を調べることで種を推定できる。そこで本研究では、 環境中における腐朽材に生育する腐朽菌の DNA を検出し、材中に形成された群集構 造を明らかにすることを目的とした。 高知工科大学構内より採取したカツラ Cercidiphyllum japonicum(長さ約 100 cm、 径約 12 cm)の腐朽材を供試木とした。この腐朽材を、チェンソーを用いて元口から 約 15 cm の間隔で厚さ 3 cm の円盤を採取し、さらにカッティングミル MF10.1(IKA、 Germany)により 0.5 mm 以下に粉砕して木紛にした。この木紛(約 1 g)から Isoplant Ⅱ(ニッポンジーン,東京)を用いてゲノム DNA を抽出した。その後、抽出した DNA を鋳型とし、リボソームをコードする遺伝子(rDNA)の ITS 領域(ITS I、ITS II および 5.8S)を遺伝子マーカーとして、それぞれユニバーサルプライマーを用いて PR 増幅させた. 増幅させた DNA 断片群が複数の種に由来するか検討するため、ITS 領域を PCR-RFLP(制限酵素断片長多型)に供し、ITS I および ITS II 領域の 2 箇 所の領域について qPCR による融解曲線解析を行った。 なお、PCR-RFLP の制限酵 素には Mbo I ,Msp I および Alu I を用いた.一方で、PCR-DGGE(変性剤濃度勾配ゲ ル電気泳動)により腐朽材中の真菌類の群集構造を可視化した。さらにクローンライ ブラリ解析により菌群を構成している木材腐朽菌を同定し、同時にクローン数の割合 から腐朽菌種の構成比を表現することを試みた。腐朽材の木紛から抽出したゲノム DNA から得られた ITS 領域の PCR 産物に対して各解析を行った。融解曲線解析で は、腐朽材の各部位で複数の Tm 値が検出された。 また、PCR-RFLP では各制限酵 素において、腐朽材の各部位でのバンドパターンが異なることが示された。これらの ことから試料(PCR 産物)中に、配列の異なる DNA 断片が混在していることを示唆 している。さらに PCR-DGGE では腐朽材中の菌相を可視化することで腐朽材の元口 から末口にかけて優占種が変化していく様子が明らかとなった。そして、クローンラ イブラリ解析においても元口付近(試料部位①)ではヒイロタケの菌糸が優占し、末 口にすすむにつれヒイロタケ以外の菌種が侵入していることが明らかとなった。また、 切り口から離れた試料部位②や③でヒイロタケ以外のスエヒロタケやアワビタケに 相同性の高い配列が検出された。以上より、環境中の木材に含まれる菌群の DNA を 分析することにより、木材を腐朽させる菌群の構成を明らかにできることが示された。 3 2. 緒言 自然界での樹木腐朽は不透明な部分が多く単独の菌により腐朽されていると考え られていた。自然環境での木材腐朽はおそらく、複数の菌種の共同作業により木材腐 朽が進行していくものと考えられる。しかしながら、木材腐朽を菌群の観点から解明 しようとした研究はまだ少ない(1-4)。 木材腐朽菌を含む担子菌類 (キノコの仲間のうちで木材を分解しエサにするもの を木材腐朽菌といい、その中でも、リグニン分解能を有する白色腐朽菌、リグニン分 解能を有さず主に材中のセルロースを分解する褐色腐朽菌とがある )の種の同定は 子実体形態に大きく依存するが、コロニーや菌糸の形態的特徴、生理活性などを多角 的な情報を総合して同定を行う。しかし、子実体が得られない場合、それら得られる 情報が乏しいことから同定が著しく困難となる。また、腐朽材内部の腐朽菌群の様子 を知ることは困難である。 近年では担子菌類の検出・同定における分子生物学的手法が著しく発達し、なかで も DNA を用いる方法は簡便かつ高感度で検出可能である。腐朽材から生菌株が得ら れた場合の DNA 塩基配列に基づく担子菌類の同定では、菌体からゲノム DNA を抽 出し、種の同定に用いる遺伝子配列(遺伝子マーカー)を Polymerase Chain Reaction (PCR) 法で増幅した後、配列を調べることで種を推定できる(5-8)。木材腐朽菌の同定 に用いる遺伝子は、すべての生物に存在し、種間変異が認められ、なおかつ分類可能 な情報を含む長さをもっていることが重要である。動物の種の同定では呼吸に関する cox1 が広く用いられ、植物では葉緑体の matK および rbcL を併用する。原核生物お よび真菌類ではリボソームをコードする遺伝子が用いられている。リボソームはタン パク質を合成する機能を有する小さな粒子で、いくつかの RNA 分子(リボソーム RNA,rRNA)とタンパク質で構成されている。すべての生物はタンパク質を合成す るため、種にかかわらず全ての生物が所有している。リボソーム遺伝子は rRNA をコ ードしているリボソーム DNA(rDNA)であり、染色体上に存在し、生物のゲノム に必ず含まれる遺伝子である。しかも、rDNA において、機能を失うほどの大きな突 然変異が生じるとタンパク質合成に支障をきたし、その個体は存在できなくなること から、rDNA の塩基配列は著しく保存性が高い。 真核生物において rDNA は、NTS ( nontranscribed spacer:非転写スペーサー)、 ETS (external transcribed spacer:外部転写スペ-サー)、18S、5.8S、28S、5S を 含む転写単位の反復配列から構成されている。これらを 1 セットとして、ゲノム中に 数コピーから数百コピーが存在するため高感度で検出が可能である。担子菌類におい て最も遺伝情報データの蓄積量が豊富なのは Internal transcribed spacer (ITS) 領 域である。ITS 領域は、rDNA の 18S と 5.8S の間にあり、エキソン領域(5.8S)と イントロン領域(ITSⅠ領域および ITSⅡ領域)で構成されている(図1)。このよう な遺伝子マーカーの塩基配列を調べることで種の推定が可能である。しかし、菌株が 4 得られない場合に DNA が得られないため、遺伝子マーカーによる同定方法が適用で きない。また、腐朽材や土壌中などより得た試料では PCR を阻害する物質が含まれ るため、腐朽菌の種を推定することは困難である。 そこで本研究では、環境中にお ける腐朽材に生育する腐朽菌の DNA を検出し、材中に形成された群集構造を明らか にすることを目的とした。 ITSⅠ ITS1 ssu rDNA (18S) ITSⅡ ITS2 5.8S rDNA lsu rDNA (28S) ITS4 ITS3 ITS全領域 図 1 ITS 領域の構造の概略.赤い矢印はユニバーサルプライマーの位置(ITS 1 〜4)を示す. ITS 全領域は ITS I、ITS II および 5.8S rDNA を含む.rDNA 小サブユニット(ssu rDNA)、rDNA 大サブユニット(lsu rDNA)および 5.8S rDNA はコード領域(エキ ソン)、ITS I および ITS II はスペーサー領域(イントロン)である. 5 3. 実験方法 3-1 腐朽材から木紛試料調製 高知工科大学構内より採取したカツラ(Cercidiphyllum japonicum)の腐朽材(長さ 約 100 cm、径約 12 cm,写真 1)から試料を調製した。本研究で使用したカツラの 腐朽材は立木のまま腐朽が進行したものである。樹勢が悪く先枯れしたので、地際よ り約 120cm でトリミングされ、その状態で 1 年以上放置されたと思われる。写真 1 では⑤の上部がトリミングされた跡である。切断面は被覆処理がなく、雨水が侵入で きる状態であった。根元の方(写真 1,①の下方)は特に損傷はなく、萌芽が発生し ていた。供試木の下方から中央部(写真 1,①〜④)にかけて、橙赤色の子実体が発 生していた。この供試木を地際から約 20 cm の高さで切断し、試料調製まで乾燥した 室内で保存した。試料調製では、まず、腐朽材を約 15 cm の間隔で厚さ 3 cm の円盤 板状にチェンソーで裁断し、裁断した際に生成した木紛を回収した。その木紛をカッ ティングミル MF10.1(IKA、Germany)により 0.5 mm 以下に裁断した。裁断した 木紛を 50 ml のポリプロピレン(PP)チューブに保管し、それぞれの採取部位に相 当する番号をつけて以後の実験に使用した。 写真 1 腐朽材(L 100 cm×φ12 cm) 15 cm の間隔で厚さ 3 cm の円盤を採取. 6 3-2 腐朽材からのゲノム DNA 抽出 3-1 で調整した木粉から Isoplant Ⅱ(ニッポンジーン、東京)を使用し、マニュアル の方法を一部改変して木粉(1 g)からゲノム DNA を抽出した。50ml の PP チュー ブに保管した木粉を、2 ml エッペンチューブに約 0.1 g ずつ採取した。それぞれのチ ューブに、Wash buffer を 1000 μl、ジルコニアビーズφ7 mm を 1 個、φ0.2 mm を 約 1 mg 加え、ティッシュライザー(Qiagen, Germany)で 20 Hz 、4 分間処理し た。その後、15,000 rpm で 3 分間遠心処理し、回収した木粉に Sol.Ⅰ(タンパク質変 性材)を 600 μl、Sol.Ⅱ(塩化ベンジル)を 200 μl 加え、Vortex で激しく攪拌した。そ の後、チューブを 50℃で 10 分間加熱した。そして Sol.Ⅲ-A を 150 μl、Sol.Ⅲ-B を 200μl 加え、混合した後、氷上で 15 分間静置した。15,000 rpm で 10 分間遠心処理 し、上清を回収した。これに 1×vol.の 2-プロパノールを混和し、15000rpm で 10 分 間遠心し、沈殿を回収した。得られた沈殿を 70%エタノールで 2 回洗浄した後、沈 殿を風乾燥させた。乾燥した沈殿に TE(PH 8.0)を 100 μl 加えて再溶解させた。 3-3 PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いた夾雑物の除去 腐朽材から IsoplantⅡを使用し抽出したゲノム DNA 溶液を PowerSoil®DNA Isolation Kit(Mo bio, US)を用い、マニュアルに従って夾雑物の精製を行った。 3-4 Phi29 DNA Polymerase を用いたゲノム DNA の非特異的増幅 木紛(1 g)から IsoplantⅡを用いて抽出し、PowerSoil®DNA Isolation Kit を使用し夾 雑物を除去したゲノム DNA 溶液は回収量が非常にわずかであるため、Phi29 DNA Polymerase によって全ゲノムを非特異的に増幅させた。illustra GenomiPhi V2 Kit (GE Healthcare, Piscataway, NJ)を用いてマニュアルに従い非特異的増幅を行っ た。 7 3-5 PCR(Polymerase Chain Reaction)法による DNA 増幅 3-5-1 ITS 領域の増幅 Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅により増幅したゲノム DNA を Template に、 Phire®Plant Direct PCR Kit(Finnzymes, Finland)を使用し、ITS 全領域を PCR 増幅した。ITS 1 (5’-TCC GTA GGT GAA CTT GCG G-3’) と ITS 4 (5’-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’) を Primer pair に、マニュアルに従い PCR 反応液を調整 表 1 PCR 反応液の組成 した(表1)。 試薬組成 量 最終濃度 サーマルサイクラーは GeneAmp® PCR 2 × Buffer 10 μl ×1 System 9700 (Applied 10 µM Primer FW 0.4 μl 0.2 μM Biosystems、CA, US) 10 µM Primer RV 0.4 μl 0.2 μM を使用して、98℃で 5 Template DNA sol 1 μl 分間 1 サイクル、98℃ PhireHot Start DNA Polymerase 0.4 μl で 5 秒間、62℃で 5 秒 滅菌蒸留水 up to 20 μl 間、72℃で 20 秒間、ア Total 20 μl ニーリング温度を- 0.5℃/サイクルで 10 サイクル行い、その後 98℃で 5 秒間、57℃で 5 秒間、72℃で 20 秒間を 20 サイクル、72℃で 3 分間を 1 サイクルのプログラムで行った。得られ た PCR 産物溶液 3 μl を、1%アガロースゲル上で電気泳動し、エチジウムブロマイド により増幅産物を染色し、UV で可視化することで DNA の増幅を確認した。 8 3-6 Quantitative PCR (qPCR)法による融解曲線解析 3-6-1 ITSⅠ領域および ITSⅡ領域の融解曲線解析 Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅により増幅したゲノム DNA を Template に SYBR® Premix Ex TaqTM(TaKaRa,滋賀)を使用し、ITS1 と ITS2 (5-GCT GCG TTC TTC ATC GAT GC-3’) および 表 2 リアルタイム PCR 反応液の組成 ITS3 (5’-GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC-3’) と ITS4 を Primer pair に使用し、マニュ アルに従い反応液を調整した (表 2)。サーマルサイクラーは 試薬組成 量 最終濃度 SYBR Premix ExTaq 12.5 μl 1× 10 µM Primer FW 0.5 μl 0.5 μM 10 µM Primer RV 0.5 μl 0.5 μM Dye 0.5 μl 1× ABI PRISM 7000 (Applied Template DNA sol 2 μl Biosystems、CA, US)を使用 滅菌蒸留水 up to 25 μl して、95℃で 30 秒間 1 サイ クル、95℃で 5 秒間、60℃で 30 秒間、40 サイクルのプログラムで PCR を行った。 ソフトウェア(ABI PRISM 7000)を使用し増幅曲線を確認した後、融解曲線解析を行 った。 9 3-7 PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism : 制 限酵素断片長多型)による DNA 断片群の識別 3-5-1 で増幅した ITS 領域の DNA 断片を三種類の制限酵素 Mbo I (TaKaRa,滋賀)、 Msp I(TaKaRa,滋賀)、Alu I(TaKaRa,滋賀)を使用し、マニュアルに従い制限酵素反 応液を調整した(表 3-5)。37℃で 1 時間消化させた後、消化産物を 3 μl を、2%アガロ ースゲル上で電気泳動し、エチジウムブロマイドにより消化した DNA 断片を染色し、 UV で可視化することで DNA の切断パターンを確認した。 表 4.制限酵素反応液の組成 表 3.制限酵素反応液の組成 試薬組成 量 試薬組成 量 MboⅠ 1 μl AluⅠ 1 μl 10 × K Buffer 2 μl 10 × L Buffer 2 μl 基質 DNA 1 μl 基質 DNA 1 μl 滅菌蒸留水 up to 20μl 滅菌蒸留水 up to 20μl 表 5.制限酵素反応液の組成 試薬組成 量 MspⅠ 1 μl 10 × T Buffer 2 μl 0.1%BSA 2 μl 基質 DNA 1 μl 滅菌蒸留水 up to 20μl 10 3-8 PCR-DGGE (Denaturing gradient gel electrophoresis : 変性剤 濃度勾配ゲル電気泳動)法による腐朽材中菌相の可視化 3-8-1 供試菌からのゲノム DNA 抽出 木材腐朽菌として住宅環境によく見られる担子菌3株(カワラタケ Trametes versicolor NBRC 4940, ナミダタケ Serpula lacrymans NBRC 8697, マツオウ ジ NBRC 30750)、住宅や木材にみられる子嚢菌3株(クロコウジカビ NBRC 9455, アオカビ NBRC 33285, アカカビ NBRC 31631)、さらに腐朽材から採取したヒイ ロタケ子実体およびKUT0303菌糸を供試菌とした。子実体組織を除く供試菌は、ポ テトデキストロース寒天(PDA)培地に前培養した。PDA上の菌糸または子実体組 織より、Isoplant Ⅱを使用し、菌糸からゲノムを抽出した。PDA培地から、菌糸を 1~2 cm角に切り出し、チューブにジルコニアビーズ(φ7 mm 1個、φ0.2 mmシュパ ーテル1杯)を入れ、そこにWash bufferを1ml加え、25 Hzで2分間処理した。 15,000rpm で5分間遠心処理した。沈殿にSol.Ⅰ(タンパク質変性剤)を300 μl加え、 25 Hzで2分間撹拌した。続いて、Sol.Ⅱ(塩化ベンジル)を150 μl加え、25 Hz で2分間 撹拌した。その後、チューブを50℃で10分間加熱した。チューブにSol.Ⅲ-Aを100 μl、 Sol.Ⅲ-Bを150 μl を加え混合した。その後、氷上で10分間静置した。15000 rpmで10 分間遠心処理し、上清を回収した。これに2 × vol.のエタノールを注ぎ混和し、15000 rpmで10分間遠心し、沈殿を回収した。沈殿に70%エタノールで沈殿を洗浄した後、 沈殿を減圧乾燥させた。乾燥した沈殿にTEを50 ml加えて再溶解した。 11 3-8-2 PCE-DGGE サンプルの作成 3-1 で調製した木紛(1 g)から IsoplantⅡで 3-2 にあるプロトコルでゲノム DNA を抽 出した。その後、抽出した DNA 溶液を PowerSoil®DNA Isolation Kit を使用し、マ ニュアル通りにゲノム DNA を精製した。精製したゲノム DNA および 3-7-1 で抽出 した各供試菌のゲノム DNA を Template に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、 ITS1-F-DGGE (CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GTC CCG CCC CCG CCT TGG TCA TTT AGA GGA AGT AA) と ITS2 のペア、ITS3-GC (CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GTC CCG CCG CCC CCG CCC CGC ATC GAT GAA GAA CGC AGC) と ITS4 のペア、ITS1-F-GC と ITS4 のペアをそれぞれ Primer pair に PCR 反応液を調整した(表 6)。サーマルサイクラーは GeneAmp® PCR System 9700 を使用して 98℃で 5 分間 1 サイクル、98℃で 5 秒間、62℃で 5 秒間、72℃で 20 秒 間、アニーリング温度を-0.5℃/サイクルで 10 サイクル行い、その後 98℃で 5 秒間、 57℃で 5 秒間、72℃で 表 6 PCR 反応液の組成 20 秒間を 20 サイクル、 試薬組成 量 最終濃度 72℃で 3 分間を 1 サイ 2 × Buffer 0.5μl ×1 クルのプログラムで行 10 µM Primer FW 0.4 μl 0.2 μM った。得られた PCR 産 10 µM Primer RV 0.4 μl 0.2 μM 物溶液 3 μl を、1%アガ Template DNA sol 1μl ロースゲル上で電気泳 PhireHot Start DNA Polymerase 0.4 μl 動し、エチジウムブロマ DMSO 0.4 μl イドおよび SYBR 滅菌蒸留水 up to 20μl GreenⅡにより増幅産 物を染色し、UV で可視 化することで DNA の増 幅を確認した。 Total 12 20 μl 3-8-3 変性材濃度勾配ゲルの作成 3-8-3(1) DGGE ゲルの作成 PCR-DGGE 解析に DCode™ ユニバーサルミューテーション検出システム(Bio-Rad, California, US)を使用した。100%変性剤 (40%ホルムアミドと 7M 尿素) を 30%ア クリルアミド溶液(アクリルアミド:ビスアクリルアミド=29 : 1)をそれぞれ調整した。 それらを用いて変性剤の異なる濃度(10%, 20%, 30%, 45%, 60%, 70%)に調整したア クリルアミド溶液(表 8-13)を作成した。作成した変性剤入りアクリルアミドゲル溶液 を 1 時間以上、真空状態で脱気した。ゲルスタンドは DCode のマニュアルに従って 組み立てた。脱気したアクリルアミド溶液に 10%過硫酸アンモニウム(APS)、 N,N,N´,N´-テトラメチルエチレンジアミン(TEMED)を加え混合した。TEMED を 加えたらすぐ重合が開始するため、素早く 30ml 用シリンジで 16ml を量りとり、マ ニュアルに従いモデル 475 グラジエントフォーマーでゲルを作成した。その後、室温 で 3 時間以上重合させ変性剤濃度勾配ゲルを作成した。 3-8-3(2) スタッキングゲル付き DGGE ゲルの作成 変性材濃度勾配ゲルは 3-7-1(1)と同様の組成で作成し、スタッキングゲルはアクリル アミドの濃度 3.5% (表 14)で調製した。作成したアクリルアミドゲル溶液を 1 時間以 上、真空状態で脱気し、10%APS、TEMED を加え、30ml 用シリンジで素早く 11ml を量りとりゲルを作成した。ランニングゲルの作成においてはモデル 475 グラジエン トフォーマーのメモリを 10 で設定しゲルを作成した。ランニングゲルを 1.5 時間重 合した後、スタッキングゲルを 1.5 時間重合させゲルを作成した。ランニングゲルを 重合する際、表面の重合不良を防ぐため滅菌蒸留水を薄く重層してゲルを重合した。 3-8-(3) 電気泳動 3-7-1 で調整した PCR 産物 8μl を 0.5×TAE バッファー、200 V の定電圧、270 分 間電気泳動を行った。その後、ゲルをエチジウムブロマイドおよび SYBR GreenⅡで 染色し UV で可視化することで DNA のバンドパターンを確認した。 13 表 7 表 8 10%Denature Solution の組成 20%Denature Solution の組成 組成 量 最終濃度 組成 量 最終濃度 30%Acrylamide 100%Denature Sol 8% 10% 0.5% 30%Acrylamide 100%Denature Sol 50 × TAE 滅菌蒸留水 6.7 ml 2.5 ml 250 μl up to 25 ml 50 × TAE 滅菌蒸留水 6.7 ml 5 ml 250 μl up to 25 ml 8% 20% 0.5% Total 25 ml Total 25ml 表9 30%Denature Solution の組成 表 10 45%Denature Solution の組成 組成 量 最終濃度 組成 量 最終濃度 30% Acrylamide 6.7 ml 8% 100% Denature Sol 50×TAE 滅菌蒸留水 7.5 ml 250 μl up to 25 ml 30% 0.5% 30%Acrylamide 100%Denature Sol 50×TAE 滅菌蒸留水 6.7 ml 11.25 ml 250 μl up to 25 ml 8% 45% 0.50% Total 25ml Total 25ml 表 11 60%Denature Solution の組成 表 12 70%Denature Solution の組成 組成 量 最終濃度 組成 量 最終濃度 30%Acrylamide 100%Denature Sol 6.7 ml 15.0 ml 8% 30%Acrylamide 100%Denature Sol 6.7 ml 17.5 ml 50 × TAE 滅菌蒸留水 250 μl up to 25 ml 50 × TAE 滅菌蒸留水 250 μl up to 25 ml 8% 70% 0.5% Total 25 ml Total 25 ml 表 13 3.5% 60% 0.5% acrylamide Solution の組成 組成 量 最終濃度 Acrylamide Sol 50 × TAE Water 1.23 ml 105 μl up to 10.5ml 3.5% 0.5% Total 10.5 ml 14 3-8-4 DGGE 解析による種の同定 DGGE 解析により各腐朽材部位から分離した DNA のシークエンスを行った。 各バンドから切り出したゲルを 1.5 ml チューブに回収し、チップの先で軽く破砕し た。そこに 1×Ex Taq ™ Buffer を 100 μl 添加した。その後、65℃で 2 時間加熱し 4℃ で一晩置き、ゲルから DNA を溶出させた。溶出した DNA を Template に使用し TaKaRa Ex Taq® (タカラバイオ,滋賀)を用いて ITS1 および ITS2 を Primer pair に PCR 反応液を調製した(表 14)。サーマルサイクラーは GeneAmp® PCR System 9700 を使用して 94℃で 3 分間 1 サイクル、94℃で 30 秒間、56℃で 30 秒間、72℃ で 1 分間を 25 サイクル、72℃で 4 分間を 1 サイクルのプログラムで PCR を行った。 得られた PCR 産 表 14 TaKaRa Ex Taq 反応液の組成 物溶液 3 μl を、 試薬組成 量 最終濃度 1%アガロースゲ ×1 10× Ex Taq ™ Buffer 2 μl ル上で電気泳動 0.6 nM dNTP Mixture (2.5 mM each) 1.6 μl し、エチジウムブ 0.5 μM 10 µM Primer FW 1 μl ロマイドにより 0.5 μM 10 µM Primer RV 1 μl 増幅産物を染色 0.25 U/ μl TaKaRa Ex Taq ™ (5 units/ml) 0.048 μl し、UV で可視化 Template DNA sol 1 μl することで DNA 滅菌蒸留水 up to 20 μl の増幅を確認し Total 20 μl た。 pGEM-T vector System(Promega、WI、US)を使用し、得られたPCR産物をベク ターに挿入した。添付されているマニュアルに従い、2 × Ligation buffer 2.5 μl、 T4 DNA Ligase 0.5 μl、 T-Vector 0.5 μl、超純水0.5 μl、 PCR産物1 μlを混合し全容量 5 μlのリガーゼ反応溶液を調整し、4℃で一晩反応させた。E. coli JM109 Competent Cells(TaKaRa、滋賀)を使用し、大腸菌のプラスミドにPCR産物を取り込んだベク ターを導入した。 ベクター溶液にコンピテントセル懸濁液を加え、0℃で3時間以上、 次に42℃で50秒後、氷上で5分間インキュベ-トをした。その後、SOC培地を添加し、 37℃で1時間静置培養した。LB培地にアンピシリン、X-gal、IPTGを添加した培地に 培養した大腸菌懸濁液を100 ml塗布し、37℃、16時間培養した。培地上に現れた白 色のコロニーを形質転換体と判定した。得られた白色コロニーを無作為に採取し、Go Taq (Promega、WI、US)を使用し、コロニーPCRによりインサートDNAのチェ ックを行った。プライマーにはM13(-20)(5’-GTAAAACGACGGCCAGT-3’)および M13R (5’-AACAGCTATGACCATG-3’)を使用した。インサートが確認されたコロニ ーをLB 液体培地 5 mlに接種し、37℃で16時間180 rpmで16時間振とう培養した。 FastGene Plasmid Mini Kit(日本ジェネティクス、東京) を使用し、付属のプロトコ ル通りプラスミドDNAの抽出・精製を行った。 抽出されたプラスミドを Template として BigDye Terminator Cycle Sequencig 15 Ready Reaction Kit (ABi, CA, USA)および ABI PRISM® 3700 DNA アナライザー (ABi, CA, USA)を用いて塩基配列を決定した。得られた塩基配列については、生物情 報データベース(DB) DDBJ/EMBL/GenBank 等を用いて、Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 検索を行い、相同性の高い配列を検索した。 16 3-9 クローンライブラリ解析 Phi29 DNA Polymeraseの非特異的増幅により増幅したゲノムDNAをTemplateに Phire®Plant Direct PCR Kit を用いてITS 1およびITS 4をPrimer pairにタッチダウ ンPCR法によりITS領域を増幅させた。得られたDNA断片は平滑末端であるため、 Takara Ex Taqを使用 表 15 TaKaRa Ex Taq 反応液の組成 してA-tailing反応を行 試薬組成 量 最終濃度 った。反応液はマニュ ×5 10× Ex Taq ™ Buffer 5 μl アルにある組成(表15) 0.6 nM dNTP Mixture (2.5 mM each) 1 μl で調整し、74℃で10分 TaKaRa Ex Taq ™ (5 units/ml) 0.25 U/μl 0.5 μl 間反応を行い、DNA末 Template DNA sol 5 μl 端にAを付加させた。 滅菌蒸留水 up to 10 μl 得られたDNA断片を Total 10 μl 使用し3-7-3と同様の プロトコルを行い、大腸菌組み換え体を作成した。作成した組み換え大腸菌から Promega Wizard® Plus SV Minipreps DNA Purification System (Promega、WI、 US)を使用し、付属のプロトコル通りプラスミドDNAの抽出・精製を行った。 抽出されたプラスミドを Template として BigDye Terminator Cycle Sequencig Ready Reaction Kit および ABI PRISM® 3700 DNA アナライザーを用いて塩基配 列を決定した。得られた塩基配列については、生物情報データベース(DB) DDBJ/EMBL/GenBank 等を用いて、Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 検索を行い、相同性の高い配列を検索した。 17 4. 結果と考察 4-1 腐朽材から抽出したゲノム DNA を Template に用いた PCR 増幅 腐朽材から抽出したゲノム DNA は、微量であるが泳動によって確認することができ た(図 2)。抽出した DNA 溶液を Template に用いて PCR を行ったが、PCR 増幅は 認められなかった(図 3, A)。腐朽材から抽出した DNA を Template に用いた PCR では抽出した DNA が微量であること、木材成分に由来する夾雑物が PCR を阻害す ることが原因と考えられる。そこで夾雑物の影響を抑えるため Template DNA を希 釈し PCR を行った(図 3)。腐朽材部位①から③では希釈なしと 10 倍希釈では増幅 できなかった。一方、100 倍希釈では弱い増幅が確認された。しかし、腐朽材部位④ と⑤ではいずれの希釈倍率でも増幅できなかった。腐朽材部位④と⑤では材中に含ま れる DNA の量が微量で PCR 増幅できなかったことが原因と考えられる。抽出する 腐朽材の量を増やすことで DNA の回収量を増加させることは可能であるが、夾雑物 も比例して抽出される。そのことから、腐朽材から抽出した DNA 溶液を直接 PCR により増幅することは困難であると考えられる。また、夾雑物の希釈倍率は視覚的な おかつ主観での判断となるため、希釈倍率の最適化が困難であると考えられる。 そこで、抽出した夾雑物を数値化し、そこからしきい値を設定することで PCR 阻害 が、腐植酸による影響なのか抽出した DNA 量によるものなのか判断が可能となる。 M ① ② ③ ④ ⑤ M 4000 bp- 図 2 腐朽材から抽出したゲノム DNA ①~⑤:腐朽材部位、M:100bp ラダーマーカーを表している。 18 M ① ② ③ ④ A B C A B C A B C A B C ⑤ +- M A B C 1000bp- 500bp- 図 3 腐朽材から検出した遺伝子マーカー ①~⑤は腐朽材部位、M:100bp ラダーマーカー、+:ポジティブコントロール、 -:ネガティブコントロールである。また、A:1 倍、B:10 倍、C:100 倍に Template を希釈し PCR を行った。 19 4-2 Phi29 DNA Polymerase を用いたゲノム DNA の非特異的増幅 腐朽材から抽出した DNA 溶液を Template に PCR を行ったが、腐朽材部位によって PCR 増幅できなかった(4-1,図 3)。腐朽材部位ごとで増幅に違いがある理由として 材中の微生物の DNA 量が大きく関係していると考えられる。回収 DNA 量を増やす ためには抽出する木粉量を多くする必要があるが、木粉を増やすとともに夾雑物の量 も増えてしまう。そこで、抽出した DNA 全体を phi29 DNA Polymerase を用いて非 特異的に増幅(Whole genome amplification 法)を行った(図4,5)。Phi29 DNA Polymerase による反応処理時間を 1, 2, 3, 4 時間とそれぞれ変えた結果、3 時間以上 の処理で DNA 著しく増幅されることが明らかとなった(図4)。一方、非特異的増 幅も PCR 同様に夾雑物の影響を受けると考えられるため、木材から抽出したゲノム DNA 濃度を 10 倍〜1000 倍に希釈して増幅を行った。希釈をしていない抽出ゲノム DNA では増幅されなかったのに対し 100 倍 1000 倍希釈で増幅が確認された(図5)。 また、Template を希釈しなかった場合、非特異的増幅でも増幅が確認されなかった ことから、夾雑物による影響が非特異的増幅および PCR 阻害の原因と考えられる。 20 ③ ⑤ M A B C D M A B C D M 図4 φ29 DNA Polymerase を用いた非特異的増幅 ゲノム抽出した腐朽材部位③、⑤を Template に各 A:1 時間、B:2 時間、C:3 時間、D:4 時間、非特異的増幅を行った。 M ① ② ③ ④ ⑤ M A B C D A B C D A B C D A B C D A B C D 図5 φ29 DNA Polymerase を用いた非特異的増幅 IsoplantⅡで抽出したゲノム DNA を Template にφ29 DNA Polymerase 用いて 4 時間非特異的増幅を行った。M:100bp ラダーマーカー、A:1 倍、B:10 倍、C: 100 倍、D:1000 倍に希釈を行った。 21 4-3 PowerSoil®DNA Isolation Kit による夾雑物の除去 IsoplantⅡで抽出した DNA 溶液は、木材成分に由来する夾雑物も一緒に抽出してし まい、それら夾雑物が PCR 増幅を阻害する。そこで土壌中からゲノム DNA の抽出 が可能な試薬キット、PowerSoil®DNA Isolation Kit を使用し、腐朽材から抽出した DNA 溶液中の夾雑物の精製を行った。IsoplantⅡを用いて腐朽木材から DNA を抽出 したあと、得られた DNA 溶液は夾雑物の影響で茶褐色であった(図6,左)。この 茶褐色の DNA 溶液から PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いて夾雑物の除去を行っ た結果、精製後の DNA 溶液は無色透明で夾雑物が除去された(図 6,右)。 そこで、夾雑物を除去した DNA 抽出溶液を Template に Phi29 DNA Polymerase による非特異的増幅を行った(図 7)。IsoplantⅡで抽出したゲノム DNA を希釈せず Template にした場合、木材成分に由来する夾雑物による影響で Phi29 DNA Polymerase の増幅を阻害した。夾雑物による PCR 阻害は、Template に用いる DNA 溶液を希釈することで、PCR 増幅が可能となった(4-2,図 5)。 本項では、 PowerSoil®DNA Isolation Ki によって夾雑物の除去を行った DNA に対して Phi29 DNA Polymerase を用いた非特異的増幅を検討した。PowerSoil®DNA Isolation Kit によって精製された③のゲノム DNA を用い、Phi29 DNA Polymerase による非特異的増幅の反応時間を検討した(図 7)。その結果、反応時間 3 時間以上 で著しい増幅が認められた。そこで、この反応時間を 4 時間と設定することとした。 次に PowerSoil®DNA Isolation Kit で精製した試料①〜⑤に対して Phi29 DNA Polymerase による非特異的増幅を行った。その結果、DNA を精製することで DNA 増幅反応が阻害されなくなることが示された(図 8)。従って、DNA を精製すること によって、DNA 溶液を希釈せずに非特異的増幅が可能であることが示された。 ① ② ③ 図6 ④ ⑤ ① ② ③ ④ ⑤ 腐朽材から抽出したゲノム DNA 溶液 左の写真は腐朽材から IsoplantⅡを用いてゲノム DNA 抽出を行った際の抽出 DNA 溶液。右の写真は腐朽材から IsoplantⅡを用いてゲノム DNA 抽出を行った後、 PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いて夾雑物除去を行った際の抽出 DNA 溶液、 ①~⑤は腐朽材部位である。 22 図7 PowerSoil®DNA Isolation Kit で精製した DNA に対する Phi29 DNA Polymerace による非特異的増幅の反応時間の検討 腐朽材部位③から IsoplantⅡを用いて抽出したゲノム DNA を PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いて夾雑物除去を行った後、Phi29 DNA Polymerase により非 特異的増幅を行った。M:100bp ラダーマーカー、レーン 1:2.5 時間、レーン 2: 3 時間、レーン 3:3.5 時間、レーン 4:2 時間、レーン 5:4 時間、レーン 6:6 時間、レーン 7:8 時間増幅を意味している。 M ① ② ③ ④ ⑤ M ① ② ③ ④ ⑤ 2000 bp1000 bp- 未精製 図8 精製 PowerSoil®DNA Isolation Kit で精製した DNA に対する Phi29 DNA Polymerace による非特異的増幅 腐朽材から IsoplantⅡを用いて、抽出したゲノム DNA と PowerSoil®DNA Isolation Kit により夾雑物を除去したゲノム DNA を希釈せずに Phi29 DNA Polymerase を用 いて非特異的増幅を 4 時間行った。M:100bp ラダーマーカー、①~⑤:各腐朽材部 位である。 23 4-4 PCR(Polymerase Chain Reaction)法による DNA 増幅 腐朽初期段階の腐朽材からの DNA 検出は抽出されたゲノム DNA が大変微量なこと と、抽出した DNA 試料には木材成分に由来する夾雑物による阻害の影響で PCR 増 幅が困難であることは述べた。しかし、本研究によって回収できるゲノム DNA が微 量である場合に、ゲノム全体を非特異的に増幅する方法(Whole Genome Amplification)により腐朽材中のゲノム DNA 全体の増幅が可能であることを示した (4-2,の図 5 および 4-3 の図 8)。次はこの非特異的増幅したゲノム DNA を用いて、 PCR 法により遺伝子マーカーの増幅を行った。目的遺伝子の増幅には、IsoplantⅡで 抽出したゲノム DNA(未精製ゲノム DNA)と IsoplantⅡで抽出した後、 PowerSoil®DNA Isolation Kit を用いて夾雑物除去を行ったゲノム DNA(精製ゲノ ム DNA)を Template に用いた。未精製ゲノム DNA を非特異的増幅した DNA を Template にしたところ ITS 領域と思われる長さが約 650 塩基の位置にシングルバン ドが確認でき、PCR 増幅に成功したことが示された(図 9)。また、精製ゲノム DNA を非特異的増幅し Template に用いた PCR では、長さの異なる DNA 断片が増幅され (図 10)、精製ゲノム DNA と未精製ゲノム DNA とで PCR 増幅に違いが見られた。 これは精製工程が腐朽材中の菌相に影響を与えた、もしくは crude な溶液が非特異的 増幅にバイアスを生じさせた可能性があると考えられる。そこで、Phi29 DNA Polymerase によるゲノム全体の増幅は不透明な部分が多いことから、精製ゲノム DNA (非特異的増幅なし)を Template に PCR を行った。精製ゲノム DNA を Template に使用した場合、全ての腐朽材部位で増幅が確認された(図 11)。 24 図9 腐朽材から検出した遺伝子マーカー 腐朽材から IsoplantⅡを使用しゲノム DNA を抽出した。その後 Phi29 DNA Polymerase によりゲノム全体を非特異的に増幅し、それを Template に ITS 領域 を PCR 増幅させた。1~5:各腐朽材部位、M:100bp ラダーマーカー、-:ネガ ティブコントロール、+:ポジティブコントロールである。 M ① ② ③ ④ ⑤ +- M A B C A B C A B C A B CA B C 700bp500bp- 図 10 腐朽材から検出した遺伝子マーカー PowerSoil®DNA Isolation Kit により夾雑物を除去したゲノム DNA を非特異的増 幅した後、増幅産物を各倍率に希釈し ITS 領域の PCR 増幅を行った。①~⑤は腐 朽材部位で A:1 倍、B:10 倍、C:100 倍の希釈倍率、+:ポジティブコントロ ール、-:ネガティブコントロールである。 M ① ② ③ ④ ⑤ + - 700bp- 500bp- 図 11 腐朽材から検出した遺伝子マーカー PowerSoil®DNA Isolation Kit により夾雑物を除去したゲノム DNA を Template に用いて ITS 領域の PCR 増幅を行った。①~⑤は腐朽材部位で A:1 倍、B:10 倍、C:100 倍、+:ポジティブコントロール、-:ネガティブコントロールであ る。 25 4-5 qPCR による融解曲線解析 4-5-1 ITSⅠ領域および ITSⅡ領域の融解曲線解析 腐朽材から IsoplantⅡを使用して抽出したゲノム DNA を Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅によりゲノム全体を増幅させた。その増幅産物が、多数の微生物のゲ ノムに由来しているとすれば、PCR 産物には様々な配列をもつ DNA 断片が含まれる と予想される。そこで抽出した DNA 溶液中に異なる配列が含まれているか検証する ため、ゲノム全体を非特異的に増幅した DNA を Template に ITSⅠ領域および 5.8S rDNA −ITSⅡそれぞれの融解曲線解析を行った。DNA の融解曲線解析とは二本鎖 DNA を徐々に加熱して解離し1本鎖になる温度、すなわち融解温度(Melting temperature, Tm)を求める解析である。qPCR では、あらかじめ DNA の二本鎖の 間に蛍光分子を入り込ませておき、昇温しながら蛍光シグナルをモニタリングする。 ある温度に達すると一本鎖に解離し、蛍光シグナルは急激に低下する。この時の温度 が Tm と呼ばれ、Tm 値は塩基配列に依存するため、複数の配列が存在する場合は複 数の Tm 値が得られると考えられる。 融解曲線温度の結果、ITSⅠ領域、5.8S rDNA−ITSⅡ領域ともに複数の Tm 値を検 出した(表 16)。しかし、複数の木材腐朽菌が生育していることを子実体で確認して いることから、腐朽材中に存在すると思われる数とは異なる結果となった。これは解 析に用いた領域の DNA 断片の長さが長く解析の精度に影響したと考えられる。 表 16 各腐朽材部位で検出した ITS I および 5.8S rDNA−ITSⅡ領域の Tm 値 腐朽材部位 Tm 値(℃) ITSⅠ領域 5.8S rDNA−ITSⅡ領域 ① 87.2 83.4 86.9 83.8 ② 86.9 83.1 86.9 83.8 ③ 86.9 83.1 86.9 84.1 ④ 84.5 77.4 84.8 - ⑤ 84.8 77.1 84.8 - 26 図 13 63.1 65.5 67.7 69.9 72.1 74.2 76.4 78.5 80.6 82.7 84.8 86.9 89.0 91.0 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 蛍光強度 (-R'(T)) 63.1 65.5 67.7 69.9 72.1 74.2 76.4 78.5 80.6 82.7 84.8 86.9 89.0 91.0 63.1 65.5 67.7 69.9 72.1 74.2 76.4 78.5 80.6 82.7 84.8 86.9 89.0 91.0 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 蛍光強度(-R'(T)) 63.1 65.8 68.5 71.0 73.5 76.0 78.5 81.0 83.4 85.8 88.3 90.7 63.1 65.8 68.5 71.0 73.5 76.0 78.5 81.0 83.4 85.8 88.3 90.7 蛍光強度(-R'(T)) 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 蛍光強度(-R'(T)) 63.1 65.8 68.5 71.0 73.5 76.0 78.5 81.0 83.4 85.8 88.3 90.7 63.1 65.8 68.5 71.0 73.5 76.0 78.5 81.0 83.4 85.8 88.3 90.7 63.1 65.8 68.5 71.0 73.5 76.0 78.5 81.0 83.4 85.8 88.3 90.7 蛍光強度(-R'(T)) 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.06 0.04 0.02 蛍光強度(-R'(T)) 0.08 0.00 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 蛍光強度(-R'(T)) 図 12 63.1 65.5 67.7 69.9 72.1 74.2 76.4 78.5 80.6 82.7 84.8 86.9 89.0 91.0 蛍光強度 (-R'(T)) 63.1 65.5 67.7 69.9 72.1 74.2 76.4 78.5 80.6 82.7 84.8 86.9 89.0 91.0 蛍光強度 (-R'(T)) 0.12 0.06 0.04 0.02 蛍光強度(-R'(T)) 0.08 0.00 ① 0.12 ② 0.00 27 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 温度(℃) 温度(℃) 0.12 温度(℃) ③ 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 温度(℃) 温度(℃) ④ ⑤ 各腐朽材部位で検出した ITS I 領域の Tm 値 腐朽材から抽出したゲノム DNA の遺伝子マーカー(ITSⅠ領域)を融解曲線解析し た結果。①-⑤は各腐朽材部位、横軸は温度、縦軸は蛍光強度を表している。 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 温度 (℃) 温度 (℃) 温度(℃) ① ② 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 ③ 温度(℃) 温度 (℃) ④ ⑤ 各腐朽材部位で検出した 5.8S rDNA−ITSⅡ領域の Tm 値 腐朽材から抽出したゲノム DNA の遺伝子マーカー(5.8S rDNA−ITSⅡ)を融解曲 線解析した結果。①-⑤は各腐朽材部位、横軸は温度、縦軸は蛍光強度を表して いる。 4-6 PCR-RFLP 腐朽材から IsoplantⅡを使用してゲノム DNA を抽出した。その後、Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅によりゲノム全体を増幅させた。もし増幅されたゲノム DNA が、多数の微生物のゲノムの混合物であるすれば、これを Template とした PCR 産物には様々な配列が含まれると予想される。そこで抽出した DNA 溶液中に異なる 配列が含まれているか検証するため、PCR-RFLP 法とは PCR 法によって増幅した DNA 断片を制限酵素で消化し、生じる断片の長さの違いで配列の違いを見分ける手 法であり、本研究では四塩基認識で切断位置の異なる三種類の制限酵素 Mbo Ⅰ, MspⅠ, AluⅠを使用した。各腐朽材部位から増幅した ITS 全領域の DNA 断片を消 化した後、それぞれの泳動パターンを比較した。Mbo1 では腐朽材部位すべてにおい て異なるバンドパターンを示しました。MspⅠでは腐朽材部位①と②が同じパターン ですが、その他腐朽材部位③と④と⑤とではそれぞれ異なるパターンを示し、計 4 つ のパターンを示した。AluⅠでは①と④と⑤が同じパターンですが、②と③とは異な り計 3 つのパターンを示す結果となった。各制限酵素全ての結果を総合的に判断する と、①から⑤の試料部位から得られた PCR 産物中には、異なる複数の配列が含まれ ている可能性が示唆された。 M ① ② ③ ④ ⑤ ① ② ③ ④ ⑤ ① ② ③ ④ ⑤ 500bp500bp- 300bp- 300bp- 200bp200bp- Mbo Ⅰ 図 14 Msp Ⅰ Alu Ⅰ 各腐朽材部位から検出した DNA 断片を制限酵素で消化させた泳動パターン 各腐朽材部位から抽出したゲノム DNA を Template に PCR 増幅させた ITS 領域を 3 種類の制限酵素 MboⅠ、MspⅠ、AluⅠで消化させ、2%アガロースゲルで電気泳 動し、泳動パターンを比較した。①−⑤は試料採取部位(写真 1 参照)を示す. 28 4-7 PCR-DGGE 法による腐朽材中菌相の可視化 腐朽材中に存在する真菌類の構成をさらに詳細に解析するために、PCR–DGGE 解析 を行った。PCR-DGGE 法は、DNA の二本鎖を解離させる変性剤の濃度に勾配をつ けたアクリルアミドゲルを用いて PCR 産物を泳動する方法で、同じ長さの DNA 断 片であっても塩基配列によって泳動時の移動度が異なる。PCR-DGGE 解析は種を判 定する遺伝子断片のように長さがほぼ同じで塩基配列が異なる DNA 分子を分析する 場合、例えば腸内細菌群や、土壌に存在する微生物の細菌相を解析する手法として汎 用されている(9-14)。この手法は環境中に存在する微生物を電気泳動像という形で視覚 的に評価できる手法であり、経時的に菌相を評価することで菌相中の微生物を経時的 に調査することかが可能である。そこで本研究では自然環境中の腐朽材中に形成され ている菌相をより詳細になおかつ視覚的にとらえるために DGGE 解析を行った。ま た、変性材の濃度勾配を変化させることでより良い分解能を示す条件の検討を行った。 そこで腐朽材から抽出したゲノム DNA を用いて ITSⅠおよび ITSⅡ領域を DGGE 解析に供した(図 15) 。ITSⅠ領域および ITSⅡ領域ともに 10%-45%の濃度勾配に おいて高い分解能を示す結果となった。また、濃縮層があるゲルとそうでないゲルと ではバンドの移動度に違いが生じる結果となった(図 20,22-24)。 4-7-1 供試菌を用いた PCR-DGGE 解析 まず、木材中の真菌類を PCR-DGGE で解析する条件を検討するために、分離菌株の DNA を用いた PCR-DGGE を行った。 分析に用いる ITS 領域の断片は、供試菌株より抽出したゲノム DNA から PCR に より調製した。図 15 には ITS 全領域と ITS I 領域の PCR 増幅の結果を示した。3 種 類の担子菌、カワラタケ、ナミダタケ、マツオウジおよび 3 種類の子嚢菌、クロコウ ジカビ、アオカビ、アカカビを供試し、GC クランプを付加したプライマーを用いて PCR を行ったところ、ITS 全領域では 600〜650 b、ITS I 領域では 300~350 b の断 片が得られた。これら PCR 産物を、変性剤濃度勾配をもつ 8%アクリルアミドゲルを 用いた電気泳動で分離した。ITS I 領域の PCR 産物の分離では、変性座位濃度 30% ―70%(図 16)、20%―70%(図 17)、20%―45%(図 18)、ITS 全領域の分離では、 20%―70%のゲルを用いた。長さ 350b の ITS I 領域の分離では、どの濃度勾配でも 分離が可能であったが、グラジエントゲルの調製の安定化が最も重要であることが示 された。長さ 650b 程度の ITS 全域の分離では、ITS I 領域に比較して、移動度が短 かった。DGGE の原理から DNA 断片が短いと移動度が高いが、配列に変異がなけれ ば移動度に差が生じない。従ってこの結果から ITS I 領域は長さ、配列の変異ともに PCR-DGGE 解析に適合した遺伝子であると考えられる。 29 M 1 2 3 4 5 6 700bp- 500bp- 500bp- 300bp- 図 15 M 1 2 3 4 5 6 各供試菌から増幅した ITS 全領域(左)および ITSⅠ領域(右) 各供試菌のゲノム DNA を Template に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、 ITS1-F-DGGE と ITS4(ITS 全領域) および ITS1-F-DGGE と ITS2(ITSⅠ領域)を Primer pair に PCR 増幅した結果。M:100bp ラダーマーカー、1:カワラタケ、2: ナミダタケ、3:マツオウジ、4:クロコウジカビ、5:アオカビ、6:アカカビを表し ている。 1 2 3 4 5 6 M 30% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 16 供試菌から増幅した ITSⅠ領域の PCR-DGGE 解析 各供試菌のゲノム DNA を Templata に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、ITSⅠ 領域を PCR 増幅し DGGE 解析した結果。M:100bp ラダーマーカー、1:カワラタケ、 2:ナミダタケ、3:マツオウジ、4:クロコウジカビ、5:アオカビ、6:アカカビを表 している。8%ポリアクリルアミドゲル、変性材濃度勾配 30-70%、0.5×TAE 泳動バッ ファーで 200V の定電圧、泳動時間は 240 分間、PCR 産物は 8μl、染色方法はエチジ ジウムブロマイドで行った。 30 M 1 2 3 4 5 6 M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 17 供試菌から増幅した ITSⅠ領域の PCR-DGGE 解析 各供試菌のゲノム DNA を Templata に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、 ITSⅠ領域を PCR 増幅し DGGE 解析した結果。M:100bp ラダーマーカー、1: カワラタケ、2:ナミダタケ、3:マツオウジ、4:クロコウジカビ、5:アオカビ、 6:アカカビを表している。8%ポリアクリルアミドゲル、変性材濃度勾配 20-70%、 0.5×TAE 泳動バッファーで 200V の定電圧、泳動時間は 240 分間、PCR 産物は 8μl、染色方法はエチジジウムブロマイドで行った。 31 M 1 2 3 4 5 6 M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 45% 図 18 供試菌から増幅した ITSⅠ領域の PCR-DGGE 解析 各供試菌のゲノム DNA を Templata に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、ITS Ⅰ領域を PCR 増幅し DGGE 解析した結果。M:100bp ラダーマーカー、1:カワ ラタケ、2:ナミダタケ、3:マツオウジ、4:クロコウジカビ、5:アオカビ、6: アカカビを表している。8%ポリアクリルアミドゲル、変性材濃度勾配 20-45%、 0.5×TAE 泳動バッファーで 200V の定電圧、泳動時間は 240 分間、PCR 産物は 8 μl、染色方法はエチジジウムブロマイドで行った。 32 M 1 2 3 4 5 6 M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 19 供試菌から増幅した ITS 全領域の DGGE 解析 各供試菌のゲノム DNA を Templata に Phire®Plant Direct PCR Kit を使用し、ITS 全領域を PCR 増幅し DGGE 解析した結果。M:100bp ラダーマーカー、1:カワラ タケ、2:ナミダタケ、3:マツオウジ、4:クロコウジカビ、5:アオカビ、6:アカ カビを表している。8%ポリアクリルアミドゲル、変性材濃度勾配 20-70%、0.5×TAE 泳動バッファーで 200V の定電圧、泳動時間は 240 分間、PCR 産物は 8μl、染色方 法はエチジジウムブロマイドで行った。 33 4-7-2 腐朽材から検出した遺伝子マーカーを用いた PCR-DGGE 解析 腐朽材から抽出したゲノム DNA を Template とした PCR により得られた ITS I 領域 の DNA 断片を DGGE によって分離した。 変性座位濃度 20%―70%で分離し、エチジウムブロマイドで可視化した群集構造を 図 20 に示した。腐朽材の試料部位①―⑤で真菌類の群集構造が変遷していく様子が 示された。しかし検出されたバンド数が少ないのではないかと思われたので、より検 出感度の高い SYBR GreenⅡによる可視化を試みた。その結果(図 21-25)、より多 くのバンドを検出することができ、より詳細な群集構造の可視化が可能となった。変 性剤の濃度勾配の最適化については、ITS I 領域では、10%―60%(図 21)、10%― 45%(図 22)の変性剤濃度勾配で泳動したところ、10%―45%で分解能の高い画像が 得られた。ITS II 領域では、20%―70%(図 23)、10%―60%(図 24)、図 10%―45% (図 25)の変性剤濃度勾配で泳動したところ、10%―45%で分解能の高い可視化がで きた。 34 ① M ② ③ ④ ⑤ M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 M ① ② ③ ④ ⑤ KUT0303 ヒイロタケ 70% M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 20 ITSⅠ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤および KUT0303、ヒイロタケ子実体から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅠ領域を DGGE 解析に供した。サンプルを濃縮させるゲル 層で濃縮させ電気泳動を行った。変性材濃度勾配 20-70%、0.5×TAE 泳動バッフ ァー、バッファー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 240 分間、PCR 産物 は 8μl、染色方法はエチジジウムブロマイドで行った。 35 M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 60% 図 21 ITSⅠ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅠ領域を DGGE 解析に供した。変性材濃度勾配 10-60%、0.5×TAE 泳動バッファー、バッ ファー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 270 分間、PCR 産物は 8μl、SYBR GreenⅡで 30 分間染色を行った。 36 M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 45% M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 45% 図 22 ITSⅠ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅠ領域を DGGE 解析に供した。上の泳動写真は分離層ゲルのみで、下の写真はサンプル濃縮 層付きのゲルである。変性材濃度勾配 10-45%、0.5×TAE 泳動バッファー、バッフ ァー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 270 分間、PCR 産物は 8μl、SYBR Green Ⅱで 30 分間染色を行った。 37 M ① ② ③ ④ ⑤ M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% M ① ② ③ ④ ⑤ M 20% 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 23 ITSⅡ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅡ領域を DGGE 解析に供した。上の泳動写真は分離層ゲルのみで、下の写真はサンプル濃縮層付きの ゲルである。変性材濃度勾配 10-45%、0.5×TAE 泳動バッファー、バッファー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 270 分間、PCR 産物は 8μl、SYBR GreenⅡで 30 分間染色を行った。 38 M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 60% M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 60% 図 24 ITSⅡ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅡ領域を DGGE 解析に供した。上の泳動写真は分離層ゲルのみで、下の写真はサンプル濃縮 層付きのゲルである。変性材濃度勾配 10-60%、0.5×TAE 泳動バッファー、バッフ ァー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 270 分間、PCR 産物は 8μl、SYBR Green Ⅱで 30 分間染色を行った。 39 M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 45% M ① ② ③ ④ ⑤ M 10% 変 性 剤 濃 度 勾 配 45% 図 25 ITSⅡ領域を用いた各腐朽材部位の DGGE 解析 腐朽材各部位①-⑤から抽出したゲノム DNA から PCR 増幅した ITSⅡ領域を DGGE 解析に供した。上の泳動写真は分離層ゲルのみで、下の写真はサンプル濃縮 層付きのゲルである。変性材濃度勾配 10-45%、0.5×TAE 泳動バッファー、バッフ ァー温度は 60℃、200V の定電圧、泳動時間は 270 分間、PCR 産物は 8μl、SYBR Green Ⅱで 30 分間染色を行った。 40 3-7-3 DGGE 解析による種の同定 DGGE 解析により各腐朽材部位で複数のバンドを分離した。それぞれのバンドはあ る種の微生物に由来するものと考えられる。そこで分離した DNA 断片を切り出し、 それぞれの DNA 塩基配列を調べた(図 26)。その結果、各腐朽材部位で複数の種を同 定した(表 17)。腐朽材部位①では Trametes versicolor、Pycnoporus sanguineus、 Aspergillus niger 、腐朽材部位②では Polyporales sp、Pycnoporus sanguineus Schizophyllum commune、Dothideomycetes sp 、Helminthosporium velutinum、 腐朽材部位③では Pycnoporus sanguineus、Uncultured fungus 腐朽材部位④では Polyporales sp 、Pleurotus nebrodensis、Trametes versicolor 、Uncultured fungus 腐朽材部位⑤では Polyporales sp、Trametes versicolor 、Uncultured fungus を同 定した。しかし、同じ腐朽材部位で移動度の異なるバンドでも同じ種が同定された。 これは個体内のホモログか、同種内での変異を検出したと考えられる(17)。異なる腐朽 材部位でも同じ移動度を示すバンドでも全く異なる種と同定された。これは DNA 断 片の長さや塩基配列組のみ合わせによるものだと考えられる。また、切り出した DNA 断片には複数混在しており切り出した後、再度泳動を行い単離するか複数配列を調べ た後、確率的に推定する必要がある。 M ① ② ③ 1 2 6 7 12 13 3 4 8 -5 10 14 15 16 -9 11 ④ 17-18 ⑤ 20% 22 23 19 20 -21 M 24 変 性 剤 濃 度 勾 配 70% 図 26 DGGE 解析による種の同定 41 表 17 番号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 DGGE 解析により同定した真菌類 a 菌種名 (アクセッションナンバーb) 相同性 分類 99% 99% 99% 99% 98% 99% 99% 99% 99% 白色腐朽菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 子嚢菌 担子菌類 白色腐朽菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 Uncultured fungus (GQ851796.1) Polyporales sp (JQ312208.1) Pleurotus nebrodensis (FJ572269.1) Trametes versicolor (AF139961.2) Uncultured fungus (GQ851796.1) 97% 98% 100% 100% 100% 100% 99% 98% 100% 99% 99% 子嚢菌類 子嚢菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 白色腐朽菌 未分類 担子菌類 白色腐朽菌 白色腐朽菌 未分類 Uncultured fungus (GQ851796.1) Polyporales sp (JQ312192.1) Trametes versicolor (AY309017.1) Uncultured fungus (GQ851796.1) 99% 99% 99% 100% 未分類 担子菌類 白色腐朽菌 未分類 Trametes versicolor (JF439512.1) Trametes versicolor (JF439512.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Aspergillus niger (EF105366.1) Polyporales sp (JQ312162.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Schizophyllum commune (JF440579.1) Dothideomycetes sp (GU595039.1) Helminthosporium velutinum (AB551948.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) Pycnoporus sanguineus (FJ810182.1) a : 番号は DGGE 解析の写真の番号を示している。 b : GenBank/DDBJ/EMBL のデータに対し BLAST 検索を行った結果、相同性の高 い配列として見つかった配列. 42 4-8 クローンライブラリ解析 腐朽材中の菌群の構造を明らかにし、腐朽材中の部位ごとにどのような微生物が存在 しているのか、クローンライブラリ解析により定量的な評価を行いました。 クローンライブラリ解析の結果、腐朽部位①では Pycnoporus coccineus (ヒイロタ ケ)が 93.3%、Aspergillus versicolor(クロコウジカビ)が 6.7%、腐朽材部位②で は Pycnoporus coccineus(ヒイロタケ) が 80%、Schizophyllum commune(スエ ヒロタケ)が 10%、種名が決定できない担子菌と思われる菌が 10%、腐朽材部位③ では Pycnoporus coccineus(ヒイロタケ) が 91.7%、Pleurotus nebrodensis(アワ ビタケ)が 8.3%、腐朽材部位④では Flavodon flavus が 85.7%、Cladosporium cladosporioides が 7.1%腐朽材部位⑤では Trebouxia photobiont が 23.1%、Flavodon flavus が 15.4%で Pycnoporus coccineus (ヒイロタケ)が 7.7%、Flavodon flavus が 15.4%、Pleosporales sp.が 15.4%、Pycnoporus coccineus(ヒイロタケ)が 7.7%、 種の特定ができない子嚢菌が 7.7%、Chlamydomonas moewusii が 7.7%、Planophila sp.が 7.7%の割合で分布していくことが明らかになりました。また、Pycnoporus coccineus (ヒイロタケ)の占有率の変化は①が最も占有率が高く⑤の方へ移動する につれて徐々に低下しており、これは腐朽材の外観と一致していた。従って定量的な 解析として一定の成果を得ることができた。Pycnoporus coccineus は元口(根元の方) に偏って検出されたことから、根の方から侵入したか、樹皮の割れ目など幹表面から 侵入したものであると考えられる。さらには、切断面から近い腐朽部位⑤では、他の 部位には見られない藻類、子嚢菌類が優占していたことから、雨や空気によって外部 より侵入した微生物群を検出できたと考えられる。 43 表 18 クローンライブラリ解析による定量的評価 腐朽材 部位 クローン数 種名 Pycnoporus coccineus ① 17 6.7 子嚢菌 80.0 白色腐朽菌 10.0 白色腐朽菌 10.0 担子菌 91.7 白色腐朽菌 8.3 白色腐朽菌 Uncultured fungus ( Flavodon flavus ) 85.7 白色腐朽菌 Cladosporium cladosporioides 7.1 子嚢菌 23.1 藻類 15.4 白色腐朽菌 15.4 子嚢菌 7.7 白色腐朽菌 Unculrured Ascomycota ( 子嚢菌門 ) 7.7 子嚢菌 Chlamydomonas moewusii 7.7 藻類 Planophila sp. 7.7 藻類 Aspergillus versicolor ( ヒイロタケ ) Schizophyllum commune ( スエヒロタケ ) Polyporales sp. ( タマチョレイタケ目 ) Pycnoporus coccineus ③ 13 ( ヒイロタケ ) Pleurotus nebrodensis ( アワビタケ ) ④ 14 Trebouxia photobiont ( トレボウクシア属 ) Uncultured fungus ( Flavodon flavus ) Pleosporales sp. ( プレオスポラ目 ) ⑤ 13 分類 白色腐朽菌 Pycnoporus coccineus 10 (%) 93.3 ( ヒイロタケ ) ( クロコウジカビ ) ② 分布率 Pycnoporus coccineus ( ヒイロタケ) 44 5. 総括 本研究では、遺伝子を用いて自然環境での樹木の腐朽材中の菌相を明らかにしてきた。 腐朽材中から遺伝子マーカーを増幅するには夾雑物による PCR 増幅の阻害が問題と されていた。しかし Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅によりゲノム全体を増 幅した後、PCR 増幅することで遺伝子マーカーの検出を可能にした。本実験で使用 した腐朽材は腐朽初期段階であることから腐朽材から遺伝子マーカーを検出するに は Phi29 DNA Polymerase によるゲノム全体の増幅が有効であることがわかった。 しかし、Phi29 DNA Polymerase の非特異的増幅はまだ不透明な部分が多く、増幅中 のバイアス、次工程への影響などを今後精査していく必要がある。そこで、非特異的 増幅を行わずに PCR 増幅できるようにするために行った夾雑物の除去では、腐朽材 から抽出した DNA を PowerSoil®DNA Isolation Kit により精製できることが示され た。さらに精製した DNA を Template に用いて PCR を行ったところ増幅産物が得ら れたことから、この一連の手法を応用することで夾雑物の多い腐朽材から抽出した DNA 溶液の精製が可能で、DNA が微量の腐朽材からの検出が可能であることが示さ れた。抽出した DNA 溶液中に群集を構成している微生物群由来の異なる複数の配列 が含まれているかどうか確認する融解曲線解析、PCR-RFLP では各腐朽材部位で異 なる DNA 断片が含まれていることを明らかにした。PCR-DGGE 解析では腐朽材中 の菌相を可視化することで、元口から末口に進むにつれ材中の優占種が変化していく 様子を捉えることができた。また、クローンライブラリ解析では元口付近ではヒイロ タケの腐朽が進行し末口にすすむにつれヒイロタケ以外の菌が生存しているという 材中の微生物群集の構造を定量的に評価することができ、ヒイロタケの占有率の変化 は腐朽材の外観と一致しており、定量的な解析として一定の成果を得ることができた。 また、腐朽菌の侵入は切り口からだけではなく樹皮の割れ目からも侵入しているので はないかと考えられる。 本研究において環境中の木材に含まれる菌群の DNA を分析することにより木材を腐 朽させる菌群の構造を明らかすることができた。 45 6. 謝辞 本研究を行なうにあたり、長期間にわたりご指導とご鞭撻を賜りました堀澤栄准教授 に心より感謝を申し上げます。 7. 参考文献 1) Vainio, E, J., Hantula, J. :Direct analysis of wood-inhabiting fungi using denaturing gradient gel electrophoresis of amplified ribosomal DNA. Mycol. Res. , 104(8), 927-936 (2000). 2) 和田朋子ら:非特異的DNA増幅法を利用した腐朽材中に存在する担子菌類の同定, 木材保存, 35(2), 57-65 (2009). 3) 和田朋子ら:担子菌叢の定量的評価を目指したDNA増幅条件, 木材保存, 36(5), 4) 5) 6) 7) 200-207(2010). 中田裕治ら:変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を利用した腐朽木材中に存在する真 菌類の菌叢解析, 木材保存, 36(3), 100-110(2010). 須原弘登:分子生物学的手法を利用した木材腐朽担子菌の検出及び分類, 木材保 存, 30(5), 192-203 (2004). 杉山智昭, 森満範, 宮内輝久, 佐藤真由美, 中谷誠, 原田陽:分子生物学的手法に よる木材腐朽菌の同定, J. Hokkaido For. Prod. Res. Inst. 17(2), 6-11 (2003). 杉山智明ら:PCR 法による木材腐朽菌の同定, 木材保存, 29(3), 98-104 (2003). 8) 杉山智明ら:種特異的 PCR 法による木材腐朽菌の検出・同定, 林産試験場報, 第 538, 1-5 (2009). 9) 竹内絵美ら:DNA 抽出が困難な土壌の細菌叢解析およびその問題点、J. Environ. Biotech., 10(2), 115–119 (2010). 10) 加藤芳章ら:各種市販キットを用いた土壌DNAの抽出および細菌叢解析結果の比 較, J. Environ. Biotech., 10(2), 109–114 (2010). 11) 星野(高田)裕子ら:土壌からの抽出DNA、J. Environ. Biotech., 5(1), 43–53 (2005). 12) 石井浩介ら:微生物生態学への変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法の応用、Microbes Environ., 15(1), 59-73 (2000). 13) Ikeda S., Watanabe K.N., Minamisawa K. and Ytow N. : Evaluation of Soil DNA from Arable Land in japan Using a Modified Direct-extraction Method. Microb. Environ. 19(4), 301-309 (2004). 14) Takada-Hoshino Y., Matsumoto N: An Improved DNA Extraction Method Using Skim Milk from Soils That Strongly Absorb DNA. Microbes Environ. 19(1),13-19 (2004). 46 15) Fatehi J., Bridge P.: Detection of multiple rRNA-ITS regions in isolate of Ascochyta. Mycol. Res., 102(6), 762-766 (1998). 47 付録 DGGE 解析で切り出した DNA 断片の塩基配列 DGGE 解析で切り出した DNA 断片の塩基配列(ITS1-F と ITS2 のプライマー配列 を含む)の ITSⅠ領域の塩基配列 >DGGE-1-1-1-M13-20F_D06.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTCGAAACGAGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCAC GCTCTGCTCATCCACTCTACCCCTGTGCACTTACTGTAGGTTGGCGTGGGCTCCTTA ACGGGAGCATTCTGCCGGCCTATGTATACTACAAACACTTTAAAGTATCAGAATGTAA ACGCGTCTAACGCATCTATAATACAACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC GATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-1-2-M13-20F_E06.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAACGAGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTACAC GCTCTGCTCATCCACTCTACCCCTGTGCACTTACTGTAGGTTGGCGTGGGCTCCTTA ACGGGAGCATTCTGCCGGCCTATGTATACTACAAACACTTTAAAGTATCAGAATGTAA ACGCGTCTAACGCATCTATAATACAACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC GATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-2-1-M13-20F_F06.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAACGAGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCAG GCTCTGCTCATCCACTCTACCCCTGTGCACTTACTGTAGGTTGGCGTGGGCTCCTTA ACGGGAGCATTCTGCCGGCCTATGTATACTACAAACACTTTAAAGTACCAGAATGTAA ACGCGTCTAACGCATCTATAATACAACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC GATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-2-2-M13-20F_G06.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAACGAGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCAC GCTCTGCTCATCCACTCTACCCCTGTGCACTTACTGTAGGTTGGCGTGGGCTCCTTA ACGGGAGCATTCTGCCGGCCTATGTATACTACAAACACTTTAAAGTACCAGAATGTAA ACGCGTCTAACGCATCTATAATACAACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC GATGAAGAACGCAGC 48 >DGGE-1-3-1-M13-20F_H06.seq GCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGAGATCCGTTGCTGAAAGTTGTA TTTAGATGCGTTAGACGCTAATACATTCTGTTACTTTATGTGTTTGTAGTGATA CATAGGCCGGCAGAATGCCTCAAAGACCCGGAGGCCCCGAAGCCCACGCCA AACCTACAGTAAGTGCACAGGTGTAGAGTGGATGAGCAGGGTGTGCACATGC CCCGGAAGGCCAGCTACAACCCCTTTCAGAACTCGTTAATGATCCTTCCGCA GGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTTACTTCCTCTAAATGACCAAG >DGGE-1-3-2-M13-20F_A07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-4-1-M13-20F_B07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-4-2-M13-20F_C07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-1-5-1-M13-20F_D07.seq TCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTGACTCGTTTGTATTGTA CTCGGAGATGCCAACACGCTGAGACAGAGTATGCGGGCCACCGGCGGGCGCCCCCG AAGGGACAGACCCCGCCGAGGCAACGACGGTAGGTAAGATTCACAGTGGTATTACG GGAGTATGACGTCCTGTAATGATCCCTCCGCTGGTTCACCAACGGAGACCTTGTTAC GACTTTTACTTCCTCTAAATGACCAAGAATCACTAGTGCGGCCGCCTGCAGGTCGAC 49 CATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTTGAGTAT >DGGE-1-5-2-M13-20F_E07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCCGCGG AAGGATCATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGT ACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCCGCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGACGCCTCTGTC CCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGAACCCTGTCTGAAAGCGTGCAG TCTGAGTCGATTGTTTGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTGGTTCCGG CATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-1-1-M13-20F_F07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGACTGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCACG CCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTCACTGTGGGTTTCAGACGGCGTAGCGA GCCTTTACGGGTTCGTGAAAGCGTCTGTGCCTGCGTTTATTACAAACTCTTACAAGT AAATGAATGTGTATTGCGATATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCT TGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-1-2-M13-20F_G07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGACTGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCACG CCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTCACTGTGGGTTTCAGACGGCGTAGCGA GCCTTTACGGGTTCGTGAAAGCGTCTGTGCCTGCGTTTATTACAAACTCTTACAAGT AAATGAATGTGTATTGCGATATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCT TGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-2-1-M13-20F_H07.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGGGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-2-2-M13-20F_A08.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG 50 GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-3-1-M13-20F_G09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTAGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-3-2-M13-20F_C08.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-4-1-M13-20F_H09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAATCAAACAAGTTCATCTTGTTCTGATCCTGTGCACCTTATGTA GTCCCAAAGCCTTCACGGGCGGCGGTTGACTACGTCCACCTCACACCTTAAAGTATG TTAACGAATGTAATCATGGTCTTGACAGACCCTAAAAAGTTAATACAACTTTCGACAA CGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-2-4-2-M13-20F_E08.seq GCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGAGATCCGTTGTCGAAAGTTGTATTAAC TTTTTAGGGTCTGTCAAGACCATGATTACATTCGTTAACATACTTTAAGGTGTGAGGT AGACGTAGTCAACCGCCGCCCGTGAAGGCTTTGGGACTACATAAGGTGCACAGGAT CAGAACAAGATGAACTTGTTTGATTCGTTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGG AAACCTTGTTACGACTTTTACTTCCTCTAAATGACCAAG >DGGE-2-5-1-M13-20F_F08.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAGAGAGCGGCACTCGTGCCGGACCCTCTCCCACCCTTGTGTATCCAC GTCTGTTGCCTTGGCGGGAGCCCCTTTGGGGGCCCGAAGCGCGGGAGCTCAGCGCC 51 CGCGGTCCGTCAGAGGCCCCATCAGTAACTCCGCCATCATGTCTATCCGAGTCGTGG TTATAAAAAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAAC GCAGC >DGGE-2-5-2-M13-20F_G08.seq > CNNNNNNNNNNAGGGCGANTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCCGGCCGCCATGGC CGCGGGATTCTTGGTCATTTAGAGGAANAANAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA ACCTGCGGAAGGATCATTANAGAGNGNNNNTCGNGNCNGATCCTCNCCYWCCNNN GNGTNTCTATCNCTGGTGCCTNGGCNSNACCTCCTNNGGGGGCCGAACGCNCGGG GGATGACNCTCGNGNCCCGTCNNANGTCTNACANNANNCNNTGCCNTCNTGNCT NTCCGANTCNTGNNTANAAAAANNGNANNTTTCNNCAACGSATCTCTTGNNTCTG GNNTCNATGANNAANNNWGSNNTCACTANNGNKGNCGNCTGCAGGTCNACCNTA TGGGANAGCTCCCANCGCGTTNNATGNNTAGCTTGNNNATTCTATAGTGTCACCTA AATAGCTTGNCNNNATCATGGNCNTANNTGNTTNCTGTGNNAANTTGTTATCCNNT CACNATTCCACANATTGTACGAGCCGGAANNNCAANNNGNNANNCCNGNNGTGCC TANNGAGTGANCTAACTCACATTANTTGCGNTGCGCTCANTGCCCGNTTTCNNNTN NGNAAACCTGNCNNGCNNTCTGNNTTAATGAATCGGCCAACGCGCNGNGANAGGN GNTTTGCNNATTGGGNGCTCTTCNGCTTCNNCGNTNANTGANTCNNTGCGCTNNN TCGNTCNNNTGCNNCGAGCGNTATCANCTCANTCNGNGGCGNNNNTANTNTTATC CACAGAATNNGGGGATANCGCNNNACANAACATGTGAGCANAANGCCAGGAAANA GNCNGNGANCNTAAAANAGCCGCNTNGCTGGNNNTTTNCAATAGGCTCCGNCCCN NTGANNAGCNTCACNANNTCGACCCCNGAGTNAGANGTGGCNANCCCCGNCNNG ACTNNAAGNGACAAGCNTTNCCNCCTGNAANNNCCCTCGTGCGCTCTCCTNNNNG ANCCTGCCGGTNACCNGATNNTGTNGCCTTTCNNCNTCGGNAANNGTGNCGCTTN TCACTGCTNANAGNGGTNGGGATTTCATNTNGNTGNANGNGTNTGCNTCNANCTG GGTNNAGGNGCANN >DGGE-2-6-1-M13-20F_A10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAGAGAGCGGCACTCGTGCCGGATCCTCTCCCACCCTTGTGTATCTAT CTCTGTTGCCTTGGCGGGACCTCCTCCGGGGGCCGAACGCGCGGGGGATGACGCTC GCGGCCCGTCAAAGGTCTTACACGAAACACTGCCGTCGTGTCTATCCGAGTCGTGGT TATAAAAAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACG CAGC >DGGE-2-6-2-M13-20F_A09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAGAGAGCGGCACTCGTGCCGGATCCTCTCCCACCCTTGTGTATCTAT 52 CTCTGTTGCCTTGGCGGGACCTCCTCCGGGGGCCGAACGCGCGGGGGATGACGCTC GCGGCCCGTCAAAGGTCTTACACGAAACACTGCCGTCGTGTCTATCCGAGTCGTGGT TATAAAAAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACG CAGC >DGGE-3-1-1-M13-20F_B10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTAGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-1-2-M13-20F_C09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTAGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-2-1-M13-20F_D09.seq > GCTGCGTTCTTCATCGATGCAAGAGCCAAGAGATCCGTTGCTGAAAGTTGTATTTAG ATGCGTTAGACGCCAATACATTCTGTTACTTTATGTGTTTGTAGTGATACATAGGCCG GCAGAATGCCTCAAAGACCCGGAGGCCCCGAAGCCCACGCCAAACCTACAGTAAGT GCACAGGTGTAGAGTGGATGAGCAGGGTGTGCACATGCCCCGGAAGGCCAGCTACA ACCCCTTTCAGAACTCGTTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTA CGACTTTTACTTCCTCTAAATGACCAAG >DGGE-3-2-2-M13-20F_E09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC 53 >DGGE-3-3-1-M13-20F_F09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTAGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-3-2-M13-20F_G09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTAGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-4-1-M13-20F_H09.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCCTGCTCATCCACTCTACACCTGCGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-4-2-M13-20F_A10.seq CTTGGTCATTTAGTGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTCTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGGGGCATGTGCAC ACCTTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTAGGTTTGGCGTGGGCTTCGG GGCCTCCGGGTCTTTGAGGCATTCTGCCGGCCTATGTATCACTACAAACACATAAAG TAACAGAATGTATTGGCGTCTAACGCATCTAAATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTT GGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-5-1-M13-20F_B10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAAGGGTTGTAGCTGGTCTCAATATGAGGCATGTGC ACGCCCTACTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTACTGTAGGTCGGTGAAAGGTT CGCTCTGCGAGCTGGAAGCCTTCCTATGTTTCACTACAAACGCTTCAGTTTTAGAAT 54 GTAACCTTGCGTATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTC GCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-3-5-2-M13-20F_C10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAAGGGTTGTAGCTGGTCTCAATCTGAGGCATGTGC ACGCCCTACTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTACTGTAGGTCGGTGAAAGGTT CGCTCTGCGAGCTGGAAGCCTTCCTATGTTTCGCTACAAACGCTTCAGTTTTAGAAT GTAACCTTGCGTATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTC GCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-1-1-M13-20F_C10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGAACGGGTTGTAGCTGGCCTTTAACGAGGTATGTGCA CGCCTGGCTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTTATGTAAGAAACGGTGTAAGCC AGCTATTTATTAGTTGGTAATAAGCCTTTCTTATGTTTACTACAAACGCTTCAGTCATA GAATGTTTACTGTGTATAACACAATTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCT CTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-1-2-M13-20F_E10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGAACGGGTTGTAGCTGGCCTTTAACGAGGTATGTGCA CGCCTGGCTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTTATGTAAGAAACGGTGTAAGCC AGCTATTTATTAGTTGGTAATAAGCCTTTCTTATGTTTACTACAAACGCTTCAGTCATA GAATGTTTACTGTGTATAACACAATTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCT CCCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-2-1-M13-20F_D10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGACTGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCACG CCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTTACTGTGGGTTTCAGACGGTGTAGCGA GCCTTTACGGGTTCGTGAAAGCGTCTGTGCCTGCGTTTATTACAAACTCTTACAAGT AAATGAATGTGTATTGCGATATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCT TGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-2-2-M13-20F_E10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTATCGAGTTTTGACTGGGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCACG CCCTGCTCATCCACTCTACACCTGTGCACTCACTGTGGGTTTCAGACGGCGTAGCGA 55 GCCTTTACGGGTTCGTGAAAGCGTCTGTGCCTGCGTTTATTACAAACTCTTACAAGT AAATGAATGTGTATTGCGATATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCT TGGCTATCGCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-3-1-M13-20F_F10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAAGGGTTGTAGCTGGTCTCAATCTGAGGCATGTGC ACGCCCTACTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTACTGTAGGTCGGTGAAAGGTT CGCTCTGCGAGCTGGAGCCTTCCTATGTTTCACTACAAACGCTTCAGTTTTAGAATGT AACCTTGCGTATAATGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGC ATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-3-2-M13-20F_G10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAACGAGTTGTAGCTGGCCTTCCGAGGCATGTGCAC GCTCTGCTCATCCACTCTACCCCTGTGCACTTACTGTAGGTTGGTGTGGGCTCCTTT ACGGGAGCATTCTGCCGGCCTATGTATACTACAAACACTTTAAAGTACCAGAATGTAA ACGCGTCTAACGCATCTATAATACAACTTTTAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATC GATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-4-1-M13-20F_H10.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAAGGGTTGTAGCTGGTCTCAATCTGAGGCATGTGC ACGCCCTACTCATCCACTCTCGACCTCTGTGCACTTACTGTAGGTCGGTGAAAGGTT CGCTCTGCGAGCTGGAAGCCTTCCTATGTTTCACTACAAACGCTTCAGTTTTAGAAT GTAACCTTGCGTATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTC GCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-4-2-M13-20F_A11.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG AAGGATCATTAACGAGTTTTGAAAGGGTTGTAGCTGGTCTCAATCTGAGGCATGTGC ACGCCCTACTCATCCACTCTCAACCTCTGTGCACTTACTGTAGGTCGGTGAAAGGTT CGCTCTGCGAGCTGGAAGCCTCCCTATGTTTCACTACAAACGCTTCAGTTTTAGAAT GTAACCTTGCGTATAACGCATCTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTC GCATCGATGAAGAACGCAGC >DGGE-4-5-1-M13-20F_D11.seq CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGG 56 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