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MF myPresto
MolFeat 計算化学支援ソフトウェアシリーズ② MF myPresto MF myPresto は、産業技術総合研究所で開発しておりま す分子シミュレーションシステム myPresto のグラフィカ ル・ユーザ・インタフェース（GUI）ソフトウェアです。 MF myPresto を利用することにより、myPresto に含ま れている分子動力学(MD)計算やドッキングシミュレーシ ョンが簡単に行えます。 操作の全てが GUI 化されており、面倒なコマンド操作も 覚える必要がありません。初めての方から、プロフェッシ ョナルユーザまで幅広くご利用いただけます。 myPresto とは… myPresto は、国等から委託を受けて実施した「生体高分 子立体構造情報解析」等のプロジェクトの中で開発した分 子シミュレーションを構成するプログラム群です。 医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーショ ン計算のプログラム群であり、化合物の二次元構造を三次 元構造に変換し、タンパク質等のモデリング、タンパク質薬物ドッキング、in silico スクリーニング等を従来に比べ て短時間で高精度・高能率に行うことができます。 myPresto の成果 インフルエンザウイルスの RNA ポリメレース PA-PB1 複合体 阻害剤（横浜市立大学・朴先生と共同） 15 化合物を発見（ヒット率 30％） この阻害剤はインフルエンザの全ての型に有効と思われる 1 日 2 化合物をアッセイ 3 カ月で 66 個→化合物を製薬会社に ライセンス手続中 μオピオイド受容体アゴニスト（A 社と共同） 48 化合物を発見（ヒット率 12％） 重度の鎮痛、重度のかゆみどめ、せきどめに有効と思われる（ア ッセイ：HTS) cMet 蛋白質複合体抗がん剤（金沢大学 松本先生と共同） 約 10 化合物、ヒット率３％（アッセイ：1 日数個） TNF-α転換酵素阻害剤（C 社と共同） 35 化合物を発見、ヒット率 3.6% 市販ソフトで化合物探索も事前に行われたが、市販ソフトでは化 合物は発見できなかった（アッセイ:HTS) ハンチントン病、ダウン症関連蛋白質複合体阻害剤（横浜市立大 学、西村先生） 4 化合物を発見。ヒット率３％程度 （アッセイ：2 年で 100 個） 農薬（B 社と共同） 23 化合物を発見（ヒット率 12.3％） 数人のチームが市販ソフトを駆使した研究と競争したが、市販ソ フトのヒット率 3%に対し 4 倍有効だった（アッセイ：HTS) エピゲノム関連蛋白質（東京大学先端研、児玉先生） 10 ヒット、ヒット率 5% ア ッ セ イ ： 1 週 間 で 16 個 → 8 化 合 物 を 特 許 出 願 2009-172912 プロスタグランジン D2 合成酵素阻害剤（大阪大学、井上先生と の共同） 15 化合物を発見（ヒット率 10％） 筋ジストロフィー、皮膚炎などの炎症に適用可能（アッセイ：1 日数個） その他、合計 11 標的蛋白質に対して 200 以上の新規活性化合 物を 3～50%のヒット率で発見 抗マラリア薬（大阪大学井上先生との共同） 約 10 化合物を発見、ヒット率 10％（アッセイ：1 日数個） MF myPresto 機能 ●モデリング（MF Tplgene） ●トラジェクトリ解析 トポロジーファイルの生成 水素原子や不足している原子の付加 溶媒付加 溶媒モデルの選択（TIP3P, TIP4P） 直方体、球、楕円 カウンターイオン付加 直接指定、濃度指定、中和のための自動計算 タンパク、核酸、リガンド（MOL２）複合データのモデリング トラジェクトリデータの変換と書き出し （DCD、AMBER、GROMACS） 構造の書き出し （PDB、MOL2） 指定した分子のトラジェクトリ抜き出し （溶媒、イオンを削除したトラジェクトリデータなど） 指定した原子の距離、角度、トーション角、座標の計測 リファレンス座標からの RMSD 計算 gnuplot 上でのエネルギートラジェクトリのプロット ●ドッキングシミュレーション（MF Sievgene） リガンドフレキシブルドッキング 受容体ポケットの位置をグラフィカルに作成、確認可能 複数のリガンドを一度にドッキング計算可 ●エネルギー極小化計算／MD 計算（MF Cosgene） MPI によるマルチコア計算 SSH でクラスタにログインし MPI 計算 ローカル PC での計算 計算実行中の構造の 3 次元的な確認（MD 計算） 拘束条件の設定 位置、距離 境界条件 モデリングされた構造から初期設定を自動生成 直方体、球、楕円、周期境界 MD の計算設定ファイルの書き出し リスタート計算（MD 計算） 座標トラジェクトリの出力（MD 計算） エネルギートラジェクトリの出力（MD 計算） MF myPresto ver.2 プローブ点の作成 グリッドポテンシャルの作成 ドッキングシミュレーション 近日リリース予定 MF myPresto ver.2 では下記の機能追加を予定しております。 ・リガンドの作成・編集機能(作成・編集・構造最適化までを手軽に行えます) ・リガンドの電荷計算機能 ・保護基の付加機能 ・SSBOND の編集機能（追加・削除） ・PDB ファイルの主鎖原子欠損の補正機能 ・マウスで選択した原子のカット・コピー・削除操作 etc …. GUI が一新され、より使いやすくなります。 価格（年間ライセンス） 動作環境 OS CPU メモリ ハードディスク ネットワーク Windows XP / Vista / 7 Mac OSX 10.5 以降 Cent OS 5 以降 Red Hat Enterprise Linux 5 以降 Intel Core2 2.0GHz 同等以上 2GB 以上 500GB 以上 Gigabit ether net ※myPresto について 独立行政法人産業技術総合研究所 社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム 株式会社フィアラックス アカデミック \180,000/年(税別) MF Cosgene のみ \120,000/年(税別) 官公庁・研究機関 \360,000/年(税別) MF Cosgene のみ \240,000/年(税別) 企業 \540,000/年(税別) MF Cosgene のみ \360,000/年(税別) Copyright (C) 2006-2014 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) Copyright (C) 2006-2014 Japan Biological Informatics Consortium (JBIC) 〒101-0032 東京都千代田区岩本町 1-3-3 プロスパービル 8F Tel: 03-5822-4110 Fax: 03-3862-9190 http://www.fiatlux.co.jp 2014/6/19