土壌からの DNA 抽出 - Thermo Fisher Scientific

Application Note:
土壌からの DNA 抽出
AN-LECF-SOILDNA-0308
Dr. Betsy Wilson, Head of the Biology Department, University of North Carolina, Asheville, NC
Tammy Goodman, Thermo Fisher Scientific, Asheville, NC
概論
材料と方法
環境中に生息する微生物の探索は今日一般的な
2006 年 3 月、ノースカロライナ州グレートスモーキー
実験操作となりつつあり、土壌や水中に存在する
マウンテン国立公園のカタルーキー渓谷より
キーワード
DNA の検出を行う多くのキットも市販されている。市
100mm のコア採取機によって土壌サンプルを採取
• FastDNA SPIN Kit
販のキット類は試料の処理時間を短縮するだけで
した 1。土壌サンプルは常温にてノースカロライナ大
なく、必要な試薬やその他の消耗品の使用を少なく
学生物学部へ運び、3 日以内に DNA の抽出を行っ
抑えることができる。エンドユーザーはこれら市販の
た。
• 土壌からのDNA抽出
• Legend Micro 21
キットとピペット、そして小型遠心機があれば、土壌
からの DNA 抽出が可能となった。本アプリケーショ
1. 2.5g の土壌サンプルを 22.5ml の滅菌 0.8%塩化ナ
ンノートでは、Thermo Scientific マイクロ遠心機
トリウム溶液に懸濁し、15 分間室温で振盪後、2
Sorvall Legend Micro シリーズと FastDNA SPIN Kit
分間静置した。
を用いて、土壌サンプルからの DNA を抽出する方
2. 上清の希釈系列を作成した。
法について紹介する。土壌サンプル 2.5 g から
3. 希釈系列からそれぞれ 0.1ml ずつ取り、微生物
FastDNA SPIN Kit を用いて DNA 抽出を行った。抽
培養用寒天培地にプレーティングを行った。
出した DNA サンプルの一部を PCR に供し、rDNA の
4. 寒天培地は室温で 7 日間インキュベーションし
増幅が確認された。
た。
5. コロニーの形成が見られ、シングルコロニーの
取得のために継代培養を引き続き行った。
6. 純培養を行うためにコロニーと細胞の形態を記
録した。
7. FastDNA SPIN Kit for Soil を用いて DNA を土壌
サンプルより抽出した。具体的な手法は
FastDNA SPIN Kit のインストラクションに従い、
遠 心 機 は Thermo Scientific Sorvall Legend
Micro21(図 1)を使用した。
8. 土壌サンプルより抽出した DNA と rDNA を増幅
するユニバーサルプライマーを用いて PCR を行
った 2。
図 1. Sorvall Legend Micro 21 微量高速遠心機
結果
Application Note:
PCR を行った結果、1%アガロースゲル電気泳動に
AN-LECF-SOILDNA-0308
よって rDNA が確認された(図 2)。増幅された DNA
はさらなる解析に使用された。
図 2. FastDNA SPIN kit を用いて土壌から抽出した rDNA
を鋳型として用いた PCR 産物。
結論
Thermo Scientific の Sorvall Legend Micro 21 は、
Fast DNA SPIN Kit を用いた土壌サンプルからの
rDNA 抽出に最適な微量高速遠心機である。Sorvall
Legend Micro 21 はシンプルなユーザーインターフェ
ースと簡単な操作性を兼ね備えている。これらの特
長に加え、ワンクリックで取り外しが可能なリッド
ClickSeal に よ り バ イ オ セ ー フ テ ィ に 対 応 す る 。
Thermo Scientific の微量高速遠心機はコンパクトか
つ静かな運転で多様なアプリケーションに対応可能
である。
参考文献
1. Joseph, S. J., P. Hugenholtz, P.
Sangwan, C. A. Osborne, and P. H.
Janssen. 2003. Laboratory cultivation of
wide-spread and previously uncultured soil
bacteria. Applied and Environmental
Microbiology 69:7210-7215.
2. Fredrickson, J. K., J. M. Zachara, D. L.
Balkwill, D. Kennedy, S. W. Li, H. M.
Kostandarithes, M. J. Daly, M. F. Romine,
and F. J. Brockman. 2004. Geomicrobiology
of High-Level Nuclear Water-contaminated
Vadose Sediments at the Hanford site,
Washington
State.
Applied
and
Environmental Microbiology 70:4230-4241.
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