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アドバンストレーニングカタログ - Thermo Fisher Scientific
アドバンストレーニングカタログ バイオインフォマティクス 目次 バイオインフォマティクス訪問プラン: 生物学者のためのバイオインフォマティクス .................................3 Getting started with Torrent Suite™ ...............................4 Ion Torrent™ 変異検出データ解析 .......................................5 Ion AmpliSeq™ データ解析................................................6 Ion Reporter™ ソフトウェアワークフロートレーニング ..............7 Ion Torrent™ de novo アセンブリ .......................................8 Ion Torrent™ RNA-seq 解析 ............................................9 Ion Torrent™ small RNA 解析 ........................................10 ターゲットリシーケンスの導入説明および概要 .........................11 実施例1）IonAmpliSeq™ による変異検出のデータ解析 ..............12 実施例2）発現のデータ解析 ....................................................13 ライフテクノロジーズによるバイオインフォマティク スコースのためのアドバンストレーニングカタログ (2013 年 8 月版) へようこそ。このコースでは、お使 いの次世代シーケンサ Ion Torrent ™ をさらに高い レベルでご使用いただくために、目的ごとに充実し たアドバンストレーニングオプションをご提供しま す。このコースは生物学を専門とされ Ion Torrent ™ ワークフローの基礎をご理解されている方で、さら に Torrent Suite ™ ソフトウェアが提供する解析オ プションを詳細に知りたいとお考えのお客様を対象 としています。 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 1 弊社のサービス バイオインフォマティクス訪問プラン： 生物学者のためのバイオインフォマティクス • 弊社のバイオインフォマティクススペシャリストがお客様を訪問し、必要 とされるアドバンストレーニングをご提供します。 （商品番号：ZGPCSCIONBFX） ご質問またはご購入は、弊社営業所または取扱店までご連絡ください。 2 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ バイオインフォマティクス訪問プラン： 生物学者のためのバイオインフォマティクス （1 年間に 4 回訪問、各半日相当） 目的 ご利用いただけるトレーニングモジュール オンサイトトレーニングにより、お客様の Ion 3 時間の「Getting Started with Torrent Suite ™ 」コー Torrent ™ データ 解析を飛躍的に向上させます。Getting Started with Torrent Suite ™ コースは納品時の取り扱い説明の復習で、省略することも スのほか、以下からお客様の希望に合ったトレーニングを できます。その後のトレーニング項目はお客様のニーズに従って • 変異検出解析と解釈 カスタム化することが可能です。このコースは Torrent Suite ソ ™ フトウェアのイントロダクションをご提供するとともに、変異検出、 Ion AmpliSeq ™ Designer そして Ion Reporter ™ ソフトウェ お選びください。 • Ion AmpliSeq ™ データ解析 • de novo アセンブリ * アなどを含む、お客様が最も必要とされる詳細なトレーニングを • RNA-Seq 解析 ご提供します。ご参加のお客様は、Torrent Suite ™ とデータセッ • small RNA 解析 トへアクセスし、演習を通じてさまざまなデータ解析シナリオを • ターゲットリシーケンスのイントロダクションと概要 体験します。 * 細菌、微生物 対象のお客様 その他、ご要望に応じてカスタマイズした内容をご提供し ますので、ご相談下さい このコースは Ion PGM ™ システムおよび Ion Proton ™ システム を初めて使用する方で、Torrent Suite ™ ソフトウェアを体験でき る、データとソフトウェアに焦点を当てたクラスに興味のあるお 客 様 や、Ion Torrent ™ デ ー タ の ご 使 用 経 験 が あ る 方 で、 Torrent Server ™ やデータ解 析、そして Torrent Plugin の詳 細なトレーニングをお探しのお客様を対象としています。これら のコースは生物学を専門とするお客様のためにデザインされてお り、バイオインフォマティクスのバックグラウンドがない方を想定 しています。 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 3 Getting started with Torrent Suite ™ （3 時間） この講義形式のコースでは、ライフテクノロジーズのバイオイ ンフォマティクススペシャリストが、Torrent Suite ™ ソフト ウェアの 導入説明を行います。ご 参加のお客 様は Torrent Suite ™ ソフトウェアとデータセットへアクセスし、演習を通 じてさまざまなデータ解析シナリオを体験します。 対象のお客様 このコースは Torrent 項目一覧 • Torrent Suite ™ ソフトウェアの概要 • Ion コミュニティーリソース – プラグイン – ベストプラクティスガイド – トレーニングビデオ – ディスカッションフォーラム Suite ™ ソフトウェアをほとんど利用 したことのない Ion Torrent ™ ユーザーで、Torrent Suite ™ • Torrent Server ™ ソフトウェアの概要を理解できる、データとソフトウェアに • Torrent Browser ™ 焦 点を当てたクラスに興味 のあるお客 様を対 象としていま • 主要な解析レポートの解釈 す。このコースは他のアドバンスコースに必要なバックグラウ ンドを提供するため、納品時の取扱説明を受けていないお客 様は最初にこのコースを選択されることをお勧めします。 4 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ • プラグインを用いた下流のデータ解析 • Torrent Server ™ の管理 Ion Torrent ™ 変異検出データ解析 この講義形式のコースでは、ライフテクノロジーズのバイオイ ンフォマティクススペシャリストが、Ion Torrent ™ 変異検出 項目一覧 ワークフローの導入説明と実習を行います。ご参加のお客様 • VariantCaller の概要 は Torrent • VariantCaller のランの設定 Variant Caller プラグインとデータセットへアク セスし、演習シナリオを体験します。 対象のお客様 Ion Torrent ™ ユーザーで、データ解 析のワークフローにお ける Torrent Variant Caller の使用方法を理解されたいお • シーケンシングランの設定 • ランのクオリティー管理及び評価 • パラメーターの変更による解析条件の調整 • 内部で動いているアルゴリズム 客様を対象としています。 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 5 Ion AmpliSeq ™ データ解析 この講義形式のコースでは、ライフテクノロジーズのバイオイ ンフォマティクススペシャリストが、Ion AmpliSeq ™ データ 解析のワークフローの導入説明と実習を行います。ご参加の お客 様は Torrent Suite ソフトウェアと Ion AmpliSeq ™ ™ データセットへアクセスし、演習を通じてさまざまなデータ 解析シナリオを体験します。 • Ion AmpliSeq ™ ワークフロー • Ion AmpliSeq ™ Designer ソフトウェア – デザインの登録 – ターゲットとホットスポットファイルの作成 対象のお客様 – デザイン結果の確認 • データ解析オプション Ion Torrent ユーザーで Ion AmpliSeq Designer また は Ion AmpliSeq ™ Ready-to-use パネルを用いて作成し ™ 項目一覧 ™ たデータを準備し、解析する方法を理解したいお客様を対象 としています。 – Torrent Suite ™ ソフトウェアのプラグイン – Ion Reporter ™ ソフトウェア – サードパーティー製の統合ソフト • Torrent Variant Caller プラグイン – ランのセットアップ – ランの評価 – パラメーターの変更 6 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ Ion Reporter ™ ソフトウェアワークフロー トレーニング この講義形式のコースでは、Ion Reporter ™ ソフトウェアワー クフロー の 導入 説 明と実習を行 います。ご 参加 のお 客 様は Ion Reporter ™ ソフトウェアとデータセットへアクセスし、演 習を通じてさまざまなデータ解析シナリオを体験します。 対象のお客様 Ion Torrent ™ ユーザーで、データ解析ワークフローにおいて Ion Reporter ™ ソフトウェアを用いて変異検出を行う方法を 短時間で知りたいお客様を対象としています。 項目一覧 • Ion Reporter ™ ソフトウェアの概要 – ワークフロー – 役割 – アクセス方法 • Ion Reporter ™ ソフトウェアのデモ – データを Ion Reporter ™ ソフトウェアにアップロードする 方法 – Ion Reporter ™ ソフトウェアで解析をカスタマイズする方法 • 演習 – 腫瘍正常ペア解析 – 遺伝病ワークフロー – 変異アノテーション – 変異分類 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 7 Ion Torrent ™ de novo アセンブリ この講義形式のコースでは、MIRA プラグインのインストー ルやユーザーインターフェースやコマンドラインからのプラグ インの使用方法を含む Ion Torrent ™ de novo アセンブリの ワークフローのトレーニングをご提供するとともに、公的に 利用が可能なツールを用いた結果の確認を行います。 ™ 象としています。 ライフテクノロジーズ • de novo アセンブラプラグイン（MIRA） • コマンドラインを用いた MIRA の使用 • 実際の使用例 Torrent ユーザーで、データ解 析のワー クフローで de novo アセンブリの実施を希望するお客様を対 8 • Ion Torrent ™ de novo アセンブリワークフローの概要 • アウトプットファイルの使用（ソフトウェアの例） 対象のお客様 このコースは Ion 項目一覧 | アドバンストレーニングカタログ Ion Torrent ™ RNA-seq 解析 この 講 義 形式 のコースで は、Ion Torrent ™ RNA-seq 解 析ワークフローのトレーニング 項目一覧 を実 施します。ここでは、シーケンスデータ • RNA-seq の導入説明 を用いて発 現研究を開始する際の検 討事項、 – バックグラウンド 実験をデザインする方法、公的に利用できる » トランスクリプトームの複雑性（mRNA、ncRNA、smallRNA ツールを用いたデータ解析について学びます。 対象のお客様 Ion Torrent ™ ユ ー ザ ー で、 RNA-seq を始 めたばかりで Ion Torrent ™ こ の コ ース は のプラットフォームを用いて発 現研究を行い たいとお考えのお客様を対象としています。 などの RNA クラス） » 発現プロファイル – アレイ対 RNA-seq – RNA-seq の利点の理解（プロファイリングと発見） • 実験のデザイン – 正しいテーマを設定し、答えを得る – 合理的な最小限の実験（コントロール、レプリケート、データ量、 解析方法） （それぞれのトピックに伴って関連のあるツールの概要を説明） • データ解析 – 品質管理（ERCC、内部コントロール） – 差異解析‐統計、モデル、前提条件 – リファレンスを使用するアプローチと使用しないアプローチ – データの視覚化 – 生物学的解釈（アノテーション、パスウエイ解析、遺伝子オントロジー） • ケーススタディ（RNA-seq 研究論文のレビュー、お客様の要望に応じ てカスタマイズ） ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 9 Ion Torrent ™ small RNA 解析 こ の 講 義 形 式 のコ ースで は、Ion Torrent ™ small RNA 解析ワークフローのトレーニングを実施します。 ここでは、small RNA の導入説明、実験デザイン時 の検討事項、公的に利用できるツールを用いたデータ 解析について学びます。 対象のお客様 こ の コ ース は Ion 項目一覧 • small RNA-seq の導入説明 – バックグラウンド » small RNA のクラス（miRNA、siRNA、piRNA など） » miRBase と miRNA の命名法 • 実験のデザイン Torrent の ユ ー ザ ー で、small ™ RNA データを最大限に活用する方法を知りたいとお 考えのお客様を対象としています。 – small RNA-seq −既知 small RNA のプロファイルおよび新 規 small RNA の発見 – 正しいテーマを設定し、答えを得る – 合理的な最小限の実験（コントロール、レプリケート、データ 量、解析方法） • データ解析（それぞれのトピックに伴って関連のあるツールの概要 を説明） – 品質管理（外部および内部コントロール） – 差異解析‐統計、モデル、前提条件 – リファレンスを使用するアプローチと使用しないアプローチ – データの視覚化 – 生物学的解釈（アノテーション、ターゲット予測、パスウエイ解析） （公開された smallRNA-seq 研究論文のレビュー、 • ケーススタディ お客様の要望に応じてカスタマイズ） 10 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ ターゲットリシーケンスの導入説明および概要 この講義形式のコースでは、Ion Torrent ™ ターゲットリシー ケンスワークフローのトレーニングを実施します。ここでは、 幾つかのターゲティング法から得られたデータの解析、ター ゲットリシーケンスデータの Torrent Suite ソフトウェア ™ を用いた管理、結果の確認とトラブルシューティングについ て学びます。 対象のお客様 項目一覧 • Ion Torrent ™ ターゲットリシーケンスワークフローの概要 • シーケンス実験の計画 • BED ファイルの作成、登録 • 解析パラメーター • ユーザーデータのトラブルシューティング Ion Torrent ™ ユーザーで、何れか手法でターゲットリシー ケンスを実施し、Torrent Server ™ にインストールされた パイプラインを通してお手元のデータを解析したいとお考え のお客様を対象にしています。 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 11 実施例 1） Ion AmpliSeq ™ による変異検出のデータ解析 Ion Ampliseq ™ は、ヒトやマウスの特定の遺伝子またはゲ ノム領域の変異を簡便に検出できるため、幅広い研究者に お使い頂ける技 術です。データ解 析の専門スタッフが居ら れない研究室で、スムーズにデータ解析を開始して頂けるよ うサポートします。 • 1 回目：プライマー設計 / ソフトウェアの紹介 / 解析環境 Ion Ampliseq ™ Designer によるプライマー設計 付属ソフトウェア クラウドサービス Ion Reporter ™ サードパーティソフトウェアの機能紹介 解析環境のご相談 Ion AmpliSeq™によるシーケンス • 2 回目：付属ソフトウェアによる解析と結果の解釈 お客様の実データで VariantCaller を実行 データの参照と解釈 最適なパラメーターの選択 • 3 回目：Ion Reporter™ を使ったアノテーション Ion Reporter™ へのデータアップロード 解析の実行 結果の解釈 解析条件のカスタマイズ • 4 回目：疑問点 / コンサルティング データバックアップ サードパーティソフトウェアへのデータの移行 結果の可視化・解釈 偽陽性 / 偽陰性に関するパラメーターの検討 遺伝統計学へ ご訪問時だけでなく、電話・メールで随時 Ion AmpliSeq ™ のデータ解析に必要な情報をご提供 12 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 実施例 2） 発現のデータ解析 Ion Proton ™ システムと Ion PGM ™ システムは、発現解析 にも威力を発揮します。エクソン - イントロン構造を考慮し たマッピングや新規転写産物の検出など、付属ソフトウェア の範囲を超えるデータ解析のノウハウを提供します。 • 1 回目：基礎知識とソフトウェアご紹介 付属ソフトウェアの機能の範囲 マッピング Tophat2 (transcriptome,hg19) Bowtie2 (hg19) unmapped mapped 発現データの規格化 Merged bam 統計モデルとコントロール / レプリケート 無償ソフト、商用ソフトの機能の紹介 • 2 回目：Linux の操作とソフトウェアのインストール Linux コマンドライン操作入門 Tophat2,Cufflinks,Bowtie2 のインストール ・FPKMの算出 ・新規転写 産物検出 Cufflinks リファレンスとインデックスの作成 • 3 回目：実際の発現データを使った解析 プラグインによる発現解析の実施 データの参照 • 4 回目：解析結果の解釈 / コンサルティング 統計解析 差異解析 プラグインの出力のカスタマイズ Alternative Splicing Cufflinksが算出 した発現量 ご訪問時だけでなく、電話・メールで随時これらのアプリケーションのデータ解析に必要な情報をご提供 ライフテクノロジーズ | アドバンストレーニングカタログ 13 公式 Facebook ページ & Twitter もチェック！ 公式 Facebook ページ & Twitter もチェック！ facebook.com/LifeTechnologiesJapan @LifetechJPN facebook.com/LifeTechnologiesJapan @LifetechJPN 研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。 記載の社名および製品名は、 弊社または各社の商標または登録商標です。 研究用にのみ使用できます。 診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。 www.lifetechnologies.com/TC 販売条件はこちらをご覧ください。 記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。 The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. www.lifetechnologies.com/TC 販売条件はこちらをご覧ください。 © 2013, Life Technologies Japan are Ltd.the Allproperty rights reserved. Printed in Corporation Japan. SVC042-A1309MS The trademarks mentioned herein of Life Technologies or their respective owners. 取扱店 取扱店 © 2013, Life Technologies Japan Ltd. All rights reserved. Printed in Japan. SVC042-A1309MS ライフテクノロジーズジャパン株式会社 ライフテクノロジーズジャパン株式会社 本社：〒108-0023 東京都港区芝浦 4-2-8 本社：〒 108-0023 東京都港区芝浦 4-2-8 （6832 ）9300 FAX. 03 （6832）9580 TEL.03 TEL.03（6832）9300 FAX. 03（6832）9580 www.lifetechnologies.com www.lifetechnologies.com 大阪：〒564-0052 大阪府吹田市広芝町 10-28 大阪：〒 564-0052 大阪府吹田市広芝町 10-28）1206 （6389 ）1201 FAX. 06（6389 TEL.06 TEL.06（6389）1201 FAX. 06（6389）1206