DDBJ の紹介と 配列データの検索

AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京：DDBJ の紹介と配列データの検索
AJACS&第22回DDBJing講習会
(2010.6.23-24)
DDBJ の紹介と
配列データの検索
生命情報・DDBJ研究センター
中村保一
超略歴
-2008 かずさDNA研 室長／東大新領域 情報生命 客員准教授
2009- 遺伝研 生命情報・DDBJ研究センター 教授
44歳、猫好き
2-1-1
AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京：DDBJ の紹介と配列データの検索
http://www.amazon.co.jp/dp/4758108110
編集代表
http://www.amazon.co.jp/dp/4897068746
企画・編集
http://www.amazon.co.jp/dp/4895924262
翻訳分担（第９章・遺伝子予測と遺伝子調節 ）
DDBJ
とは？
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DNA Data
Bank of
Japan
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International Nucleotide Sequence
Database Collaboration (INSDC)
「国際塩基配列データベース」
米国: GenBank
欧州: EMBL-Bank
日本: DDBJ
LOCUS
DEFINITION
ACCESSION
VERSION
KEYWORDS
SOURCE
ORGANISM
HUMIL2HOM
397 bp
DNA
linear
HUM 27-APR-1993
Human interleukin 2 (IL-2)-like DNA.
M13784
M13784.1
.
Homo sapiens (human)
Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE
1 (bases 1 to 397)
AUTHORS
Mita,S., Maeda,S. and Shimada,K.
TITLE
Characterization of human genomic DNA sequences homologous to the
interleukin 2 cDNA
JOURNAL
Biochem. Biophys. Res. Commun. 138 (2), 966-973 (1986)
PUBMED
3017347
COMMENT
Original source text: Human placenta DNA, clone Lm HoIL2-3.
Numerous stop codons are found in the interleukin 2-like IIa DNA.
FEATURES
Location/Qualifiers
source
1..397
/organism="Homo sapiens"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:9606"
BASE COUNT
117 a
84 c
48 g
148 t
ORIGIN
RsaI site.
1 actgatttat ttttaataaa attacaagag attttaattt taaacccaaa agttctttta
61 ttgcatctca ctgtgtttag ctttgtttac cctttgagaa ggcctgagat aataactttc
121 ttcttcaact ctttcatcag ctcctgtaac cttttttcct taggttctta actgatgttg
181 tggcctgctg ctaaaaacgc tttatcttaa agttctaaaa ggaaatgttt tcttctaaca
241 taacattctg ggctcttgac tttatgaaat caaaaacttt cacttatgac caggatacac
301 tcttcctctg tctaactaat tcaagcacta tcttcattca ttttgacttg cagattatcc
361 aaacagactc cccataatga aaagcaatca cactgca
//
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1,100億塩基
1.2億エントリ
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Images created by the Wordle.net web application are licensed under
a Creative Commons Attribution 3.0 United States License.
DDBJに登録されている生物種 Top 100の
ワードクラウド：大量に登録されている
生物種ほど大きい字で表示
DDBJは
日本の
NCBIです
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日本: DDBJ
米国: National Center for
Biotechnology Information
(NCBI)
欧州: European Bioinformatics
Institute (EBI)
日本: DDBJ
米国: NCBI
欧州: EBI
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DDBJは
塩基配列の
バンクです
日本: DDBJ
塩基配列のアーカイブ
米国: NCBI
PubMed, RefSeq, BLAST開発
欧州: EBI
UniProt, InterPro, EnsEMBL
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日本: DDBJ
米国: GenBank (Not NCBI)
欧州: EMBL-Bank (Not EBI)
http://www.lifescience.mext.go.jp/download/1th_database/1d-3-4.pdf より引用
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DDBJは
NCBIに比べて
見劣るなぁ
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DDBJは
GenBankの
日本窓口
IAC: International Advisory Committee [国際諮問委員]
http://www.insdc.org/page.php?page=advisors
ICM: International Collaborators Meeting [国際実務者会議]
2010/5/18-19　INSDC 23rd International Collaborators Meeting
・レコードの記載方法の追加修正など議論
2010/5/19-21　INSDC Sequence Read Archive Meeting
・新型シーケンサを中心とした塩基配列の元データのアーカイブについて議論
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2008-2009年の三極の登録量
（上）WGS以外
（下）WGS
Entrez [汎用]: から
ARSA [DDBJ]: Google Scholar [学術資料一般]: GOLD [ゲノムプロジェクト]: いきなり遺伝子のIDや一般名称でgoogle検索する、という手も
あります
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【コツ】コレを打ち込むより、googleで「Entrez」検索した
結果から開くほうが速いです
PubMedも包含する、NCBIの生物系検索決定版
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BLASTによる類
似配列検索
特異的 primer デ
ザイン
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【応用課題】猫アレルギーの人が猫を飼うための猫洗いのテクニッ
クを記述した学術論文を検索しなさい。(ヒント: wash allergy
PubMed)
J Allergy Clin Immunol. 1997 Sep;100(3):307-12. (PMID: 9314341) に
到達できたら正解
【追加情報】googleで「統合TV Entrez」で検索してみましょう。ラ
イフサイエンス統合DBセンターで作成された、動画によるわかりや
すい有用情報の解説が見つかります。
ご一読あれ！
【追加情報】とてつもなく充実したHelpがあります。一読あれ！
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DDBJが提供する配列と注釈の検索サイト
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学術系に特化したgoogle。学術専門誌、論文、書籍、要約など、さま
ざまな分野の学術資料を検索。
Y Nakamuraさん
の論文を捜して
みよう
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Y Nakamura
さん多すぎです
kazusa を追加し
て絞り込み
まだちょっと多いが
まぁこんなもんで
全文が読める場
合には、そのサ
この論文を引用
イトへのリンク
している論文
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【応用課題】あなたの論文、あなたの先生や、知り合いの論文を調
べてみよう。その論文を引用している論文を孫引きしてみよう。
【応用課題】あとで紹介する超定番ソフトウェアである、BLAST
“basic local alignment search tool” の初出論文は見つかるか？また
その論文を引用している論文は膨大にあることが予想されるが、どの
位あるだろうか。
ここでも「ヘルプ」は読んでおきましょう！
ご一読あれ！
世界中のゲノムプロジェクトとESTプロジェクトを網羅
ここから
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なんと
1297ゲノムが
終了！
古細菌
メタゲノム
真性細菌
真核生物を
開いてみよう
学名だけ！
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【応用課題】GOLDで「ネコゲノムプロジェクト」について調べてみ
ましょう。どのカテゴリにありますか？
どんな組織が実行？
データは公開されているか？
公開されているとしたら、どのくらいのデータがあるのか？
【応用課題】猫の遺伝子は国際DNAデータバンクにいくつ登録され
ているか？EntrezやARSAで検索しましょう。
【応用課題】: あなたが実験に使っている、興味のある生物種やその
近縁種のプロジェクトはないか？GOLDやEntrezで調べてみよう。
この講習は
第19回 DDBJing講習会「データベース検索実習：キー
ワード検索を中心に」（小笠原理先生）
羊土社「バイオデータベースとウェブツールの手とり足
とり活用法」
を参考にして構成しました。ここに感謝いたします。
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