ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス: : 欧米における近況

解説
ポス トゲノム 時 代 のバ イオインフォマ ティクス
欧 米 における近況
八尾
徹
ヒトゲノムをはじめ各種生物ゲノムの配列解読が急速に進むなか,ポ ス トシークエンシ
ングとして,新 規遺伝子発見,比 較ゲノミクス,構 造ゲノミクスあるいは機能ゲノミクス
の研究が活発化 している.こ れらのすべてにおいてバイオインフォマティクスはきわめて
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重要な役割を果たしている.そ の近況を紹介し,さ らにベンチャーの進出状況,人 材育成
などの動きについても述べる.最 後に日本の施策についても提言する.
【
バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス】【ゲ ノ ム情 報 解 析 】【ポ ス トゲ ノ ム 】
【蛋 白質構造 機能解析 】 【遺伝 子発 見 】 【
比 較 ゲ ノ ミクス】
【
構 造 ゲ ノ ミ クス 】 【機 能 ゲ ノ ミ ク ス 】
は じめ に
ゲ ノ ム 情 報 解 析 を め ぐ る動 き は,こ
間 に 非 常 に 急 速 な 展 開 を して き た.す
イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス の 力 が 必 要 で あ る.ま
の1年
な わ ち,ヒ
トゲ
さ に生 命 科
学 と情 報 科 学 が 融 合 し た 新 し い研 究 分 野 と し て 発 達 し
ノ ム 配 列 の 解 読 が 完 了 し た だ け で な く,他 の 生 物 種 の
は じ め て い る.そ
ゲ ノ ム 配 列 解 読 が 並 行 し て 進 み,そ れ ら の な か か ら新
立 が 急 が れ て お り,一 方 で は バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク
規 遺 伝 子 を発 見 し よ う とす る研 究 が 激 し い競 争 に な っ
ス ベ ンチ ャ ー が 数 多 く設 立 さ れ て い る.
て い る.ま
た,こ
れ ら生 物 種 間 の比 較 解 析(比
較 ゲノ
筆 者 は,昨
年,本
のた めの教 育 の促進 や セ ンター の設
誌10月
号 に この 分 野 の 動 向 を 解 説
ミク ス)か ら さ ま ざ ま な 新 しい 知 識 が 得 られ つ つ あ る.
した が1),そ の後 も欧 米 で の 調 査,国
さ ら に マ イ ク ロ ア レ イやDNAチ
文 献,あ
ップ を用 いた 発 現 情 報
際 学 会*1,お
る い は 個 別 交 流 を通 し て,こ
よび
の分 野 の急激 な
解 析 や 蛋 白質 相 互 作 用 解 析 な ど新 た な デ ー タ 群 が 登 場
進 歩 を 肌 で 感 じ と っ て き た.そ
し て,次
の レ ベ ル の 解 析(機
に 参 考 に な る と思 わ れ る もの を以 下 に ご紹 介 す る.
い る.ま
た,ゲ
決 め て,そ
チ(構
能 ゲ ノ ミク ス)に 進 ん で
ノ ム に含 ま れ る全 蛋 白質 の立 体 構 造 を
Ⅰ
.ゲ ノム情報解析が急展 開している
こか ら機 能 理 解 へ 進 め よ う とす る ア プ ロ ー
造 ゲ ノ ミク ス)も
し て き て い る.い
大 規 模 展 開 へ の 動 きが 活 発 化
よ い よ総 合 的 な ゲ ノ ム 科 学 の 幕 明 け
1.ヒ
で あ る.
トゲ ノ ム の 配 列 解 読 と セ レ ラ 社 の イ ン パ ク ト
1998年5月
こ れ らす べ て の 動 き に お い て,バ
イ オイ ンフォマ テ
に 発 足 し た セ レ ラ ゲ ノ ミク ス 社 の 動 きが
公 共 の ヒ トゲ ノ ム 解 読 計 画 に与 え た イ ンパ ク トは,こ
ィ ク ス は 必 須 の もの と し て ます ます 重 要 に な っ て き て
の2年
い る.大 規 模 化 す る デ ー タ測 定 の段 階 か ら,デ
社 は,1999年6月
ー ス構 築 ,デ ー タベ ー ス 解 析,シ
理 論 計 算,予
Toru Yao,理
ー タベ
ミ ュ レー シ ョン 解 析,
測 ・設 計 に 至 る す べ て の 段 階 で,バ
in USA and Europe 間 に わ た り非 常 に大 き な もの が あ っ た.セ
ABI3700を
イオ
し,ホ
化 学 研 究 所 ゲ ノ ム 科 学 総 合 研 究 セ ン タ ー(〒358-0198埼
Hirosawa,Wako,Saitama358-0198,Japan] Bioinformatics の な か か ら読 者 の 方々
E-mail:[email protected] レラ
に 予 定 ど お り高 速 シ ー ク エ ン サ ー
多 数 台(11月
に は 予 定 以 上 の300台)導
ー ル シ ョ ッ トガ ン 法 で,強
玉 県 和 光 市 広 沢2-1)[Genomic 入
力 な コ ン ピ ュー タ
Sciences Center,RIKEN,
http://www.gsc.riken.go.jp
in the Post-Genome-Era
1969
72
蛋 白質 核 酸 酵 素 (Compaq 1600CPU)を
バ エ120Mbp(百
Vol.45 No,12(2000)
駆 使 し,手 始 め に シ ョウ ジ ョウ
万 塩 基 対)の
了 した う え,ヒ
に90%,4月
配 列 決 定 を4カ
微 生 物 ゲ ノ ム は お もに病 原 菌 が 対 象 に な って お り,ゲ
月 で終
トゲ ノム の 解 読 にか か り,2000年1月
に は99%完
了 し た と発 表 した(http://
な く,粗(ド
完 了 時 期 を2003年
密配 列
に早 め た だ け で
間 で 解 読 した との 報 告 も あ る.
ま で に解 読 が 済 ん で い た 大 腸 菌(3.4Mbp),
酵 母(12Mbp),線
虫(97Mbp)に
次 い で,ヒ
び モ デ ル 動 物 と し て は,2000年3月
エ(120Mbp)の
に ク リ ン トン大 統 領 出 席 の 下,
トお よ
に シ ョ ウ ジ ョウバ
解 読 結 果 が 公 表 さ れ た4).こ れ は 民 間
前 記 セ レ ラ 社 と と も に “ヒ トゲ ノ ム 解 読 完 了 ” を宣 言
の セ レ ラ社 と公 共 の シ ョ ウ ジ ョ ウ バ エ コ ン ソー シ ア ム
し た(http://www.whitehouse.gov/WH/New/
が 共 同 で 完 成 した もの で,そ
html/20000626.html,http://www.ncbi.nlm.nih.
クで あ っ た.す
gov/genome/seq/).
を行 な い,コ
これ ら の 動 き の な か で 特 記 事 項 を以 下 に列 挙 す る.
(a)セ レ ラ社 は90%解
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類 以上 の解読 が
1999年
ラ フ ト)配 列 の公 開 を 早 め る決 定 を し,実
際 に は2000年6月26日
の もの が 解 読 され て き た.す で に40種
で は2日
,公 共 の ヒ トゲ ノ ム計 画 グ ル ー プ は,精
(精度99.99%)の
で非 常 に数 多 く
済 ん で い る.配 列 解 読 の ス ピー ドが 上 が り,極 端 な例
www.pecorporation.com/press),
一方
ノ ム サ イ ズ が 小 さ い(0.5∼5Mbp)の
なわ ち,セ
年11月
レラ社 が配 列 決定 そ の もの
ン ソ ー シ ア ム 側 は 事 前 ・事 後 の 知 識 の 提
供 を行 な っ た.と
読 完 了 の 発 表 に あ た り,こ れ に
の進 め方 は非常 にユニ ー
くに,ほ
ぼ配 列 決 定 が 終 了 し た1999
に コ ン ソー シ ア ム メ ンバ ー が 世 界 中 か らセ レ ラ
は 自社 シ ー ク エ ン ス だ け で な く公 共 デ ー タベ ー ス も
社 の あ る米 国 メ リー ラ ン ドに集 ま り,45名
含 まれ る と コ メ ン トした.
け て ア ノ ー テ ー シ ョ ン を行 な っ た5).こ の よ うに 機 械 的
に読 まれ たDNA配
(b)セ レ ラ社 は これ ら の デ ー タ ベ ー スへ の ア ク セ ス 権 を
医 薬 会 社 に 年 間 約5億
近,大
円 で 販 売 して い る.さ
らに 最
ヒ トお よ び モ デ ル 動 物 と し て 最 も期 待 さ れ て い る マ
断片 配列 のなかか
ウ ス の ゲ ノ ム解 読 は,NIHの
グ ラ ン トで公 共 側 が 開 始
ら コ ン ピ ュー タ を使 っ て機 能 部 位 の検 出 を行 な っ た
し た が,ほ
(Abagyam,R.:私
は完 了 す る予 定 で あ る と発 表 し た.
信).
(d)公 共 ヒ トゲ ノ ム 計 画 の ドラ フ ト配 列 の 公 開 にあ た っ
EnsEMBLが
ぼ 同 時 期 に セ レ ラ社 も開 始 し,2001年
春に
配 列 決 定 法 につ いて は,セ レラ 社 を率 い るC.Venter
き る だ け利 用 者 に使 い や す い よ うに ア ノー テ
ー シ ョ ン(記 述 情 報 付 加)を
後 ヒ トを は じ め 他
の 生 物 で も有 意 義 で あ ろ う.
(c)セ レ ラ社 か ら こ の デ ー タ ベ ー ス を購 入 し て い る 某 医
て,で
間か
列 デ ー タ に専 門 家 の 知 識 を加 えて 価
値 の 高 い 情 報 に して い く こ と は,今
学 に も年 間 数 十 万 円 で 提 供 しは じ め た.
薬 会 社 で は,こ れ らの約1,000万
が2週
らが 提 唱 し て きた ホ ー ル シ ョッ トガ ン法6)が,多
自動 化 す るシ ス テ ム
くの批
判 を乗 り越 え て シ ョ ウ ジ ョウバ エで その 威 力 を示 し,セ
開 発 さ れ た(http://www.ensembl.
レ ラ社 の ヒ ト,マ ウ ス に使 わ れ る だ け で な く,上 記NIH
org/).
の マ ウ ス ゲ ノ ム プ ロ ジ ェ ク トで も採 用 さ れ る こ とが 決
(e)ヒ ト22番 染 色 体(33.4Mbp)お
(33.5Mbp)の
よ び21番
精 密 配 列 解 読 が1999年12月2)お
び2000年5月3)に
相 次 い で 完 了 した.と
ま っ た.徹
染色 体
よ
底 的 に コ ン ピ ュ ー タ 能 力 に 依 存 す る配 列 決
定 法 が 優 位 に立 っ た 印 象 的 な 出 来 事 で あ る7).
もに 日本 の
植 物 ゲ ノ ムで は,日 本 が1996年
グ ル ー プ が 重 要 な役 割 を 果 た した.
Mbp)が
に解 読 した ラン藻(3.6
最 初 の もの で,そ の後 シ ロイヌ ナズ ナ(130 Mbp)
の 解 読 が 国 際 分 担 で 進 ん で い る.イ ネ ゲ ノム(430 Mbp)
2.各
ん だ.大
間 に 多 くの生 物 種 の ゲ ノ ム解 読 が さ ら に 進
き く分 け て 微 生 物 ゲ ノ ム,ヒ
動 物 ゲ ノ ム,植
*1 の 解 読 は 日本 が 中 心 と な っ て進 め て きた が,2000年4
種 生物 のゲ ノム 解読
こ の1年
物 ゲ ノ ム の3つ
欧 米 調 査[1999年9月18日
ヘ ン),シ
∼10月1日
了 し(シ
ド イ ツ,イ
Center),デ
ギ リ ス,ア
伝 子)の 解 読 を 完
ー ク エ ン サ ー85台,200人,12カ
メ リ カ 東 岸]欧
月),そ
州 蛋 白 質 学 会 シ ン ポ ジ ウ ム(9/18∼9/22,ミ
ー タ ベ ー ス セ ン タ ー(EBI,NCBI,RCSB),蛋
れ
ュ ン
白 質 構 造 解 析(T.Blundell
究 室,C.Dobson,S.Bryant)
米 国 調 査[2000年2月5日
∼2月14日,フ
バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス 関 連 研 究 機 関(ス
(MSI,SBI,GeneFormatics,SGX)
1970
国 モ ン サ ン ト社 が ワ シ ン トン大 の セ ン タ ー と共
同 で ド ラ フ ト配 列(90%,44,129遺
で あ る.
ー ク エ ン ス セ ン タ ー(Sanger 研 究 室,A.Sali研
月,米
トお よ び モ デ ル
ロ リ ダ,サ
ン デ ィ エ ゴ]G2K(Genome ク リ プ ス,バ
ー ナ ム,SDSC
2000)シ
,GNF),バ
ン ポ ジ ウ ム(2/5∼2/8,フ
ロ リ ダ),
イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス ベ ン チ ャ ー
73
ポス トゲ ノム時代のバイオインフォマテ ィクス
を 日 本 を 中 心 と す る イ ネ ゲ ノ ム 国 際 コ ン ソー シ ア ム に
な が ら そ れ ら生 物 種 間 の ゲ ノ ム ワ イ ドな比 較(比
提 供 す る と 発 表 し た(http://www.monsanto.com/
ノ ミ ク ス)が
monsanto/mediacenter)8).こ
目事 例 を 列 挙 し よ う.
こで も コ ン ソ ー シ ア ム メ
た の で,そ
伝子 発見 競 争 とポス トシークエ ン シン グ
れ らの 間 の 比 較 が 活 発 化 して きてい る12).そ
こ か ら は,進
上 記 の よ う な ゲ ノ ム 配 列 情 報 が 手 に 入 っ た ら,最 初
定,代
化 系 統 樹 の 新 し い見 方,新
しい 酵 素 の 同
謝 経 路 に 関 す る新 た な 知 見 な ど多 くの 情 報 が 得
の 目標 は そ の 配 列 情 報 に 隠 さ れ て い る 未 知 遺 伝 子 の 発
られ つ つ あ る.こ
見 で あ る.こ
れ らの 比 較 結 果 を デ ー タベ ー ス 化 し た も の も現 わ れ て
れ は生 物 学 的 ・医 学 的 発 見 に つ な が る だ
れ らの 解 析 を 自 動 化 す る試 み13)や こ
け で な く創 薬 の 重 要 な タ ー ゲ ッ ト設 定 に もつ な が る か
きた14).シ ョ ウ ジ ョウバ エ の ゲ ノム 解 読 を 受 けて真 核 生
らで あ る.さ
物 の 比 較 ゲ ノ ミク ス も本 格 化 して きた15).ま た,哺
ら に,ゲ
ノ ム 配 列 決 定 の あ とに は,比 較
物(ヒ
た 分 野 が 広 が り は じめ て い る.そ
精 密 化 し て き て お り16),こ れ ら を比 較 す る こ と に よ り,
れ らにつ いて は項 を
トゲ ノ ム の 全 遺 伝 子 数
に つ い て 新 た な 議 論 が 発 生 した.21番
く らい だ ろ う と の 見 解 が 出 され
た9).さ らに2000年5月
に 開 か れたCold Spring Har-
究 所 で の ゲ ノ ム ミー テ ィ ン グで も専 門 家 の 間 で 議
論 が 行 な わ れ,そ
の 数 は3万
で あ る17).
染 色体 の解 読発
の 数 は4万
bor研
ッ ト)の 遺 伝 子 地 図 が ま す ま す
さ ら な る遺 伝 子 の発 見 や 機 能 の 推 定 が 高 度 化 す る 勢 い
遺 伝 子 発 見 競 争 の 最 中 に,ヒ
表 で は,そ
ト,マ ウ ス,ラ
乳動
ゲ ノ ミク ス ・構 造 ゲ ノ ミ ク ス ・機 能 ゲ ノ ミク ス とい っ
改 め て述 べ る.
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較ゲ
くつ か の 注
バ ク テ リア の ゲ ノ ム 解 読 結 果 が 非 常 に多 くな っ て き
ン バ ー の も つ 知 識 が 評 価 さ れ た も の と 思 わ れ る.
3.遺
さ か ん に行 な わ れ て い る.い
個 以 下 か ら15万
個以 上 ま
逆 に,細
胞 の 生 存 を維 持 す るの に 必 要 な 最 少 の 遺 伝
子 数 は い くつ か との 問 い に 答 え る研 究 成 果 も発 表 され
た18).そ れ に よれ ば,試 験 管 中 で 成 長 させ るの に必 要 な
遺 伝 子 は265∼350個
E.Kooninが
くらい と推 定 され た.こ
れは先 に
解 析 した 結 果 と ほぼ 同 数 で あ る.こ れ に対
で と大 き な 幅 の ま ま,結 論 は今 後 の解 明 に 待 つ こ と と
し,最 少 ゲ ノ ム を人 工 合 成 す る こ と に つ い て の 倫 理 問
な った10).遺 伝 子 お よび 遺 伝 子 産 物 の 定 義 に つ い ての 違
題 も議 論 さ れ は じ め た19).
い が 大 き な 要 因 で あ ろ う.
比 較 ゲ ノ ミ ク ス の 第 一 人 者 で あ る 上 記 のKoonin
ゲ ノム 配 列 か ら遺 伝 子 を 予 測 す る ソ フ トウ ェ ア が 数
(NCBI/NIH)は,比
較 ゲ ノ ミク ス に お け る課 題 を10項
多 く開 発 さ れ て き て,原
核 生物 で はか な りよい予測 精
目 列 挙 し て い る20).と
度 を 達 成 し て い る が,と
くに イ ン トロ ン や リ ピー ト配
(phenotype)に
く に,ゲ
列 の 多 い 真 核 生 物 で は非 常 に む ず か し く,ま だ 決 定 版
解 明 や,蛋
は な い11).現 実 に は,複
大 き な課 題 で あ る と し て い る.
数 の 方 法 やEST情
報 ・cDNA
ノ ム か ら表 現 型
ど の よ う に迫 れ る か,発 現 制 御 領 域 の
白 質 相 互 作 用 の 解 明 に ど こ ま で 迫 れ るか が
情 報 を併 用 し た 方 法 が と ら れ て い る.
この よ うな なか,米
国ベ ンチ ャーDouble Twist社
公 開 さ れ て い る ヒ トゲ ノ ム のDNA配
3種 の遺 伝 子 発 見 ソ フ トで解 析 して,ヒ
Ⅲ
.蛋 白質構造ゲノミクスの計画がさらに拡大されつつあ
は,
列 デ ー タベ ース を
る
ト遺 伝 子 を6万
5千 個 発 見 した と発 表 し た.こ れ を ネ ッ トサ ー ビス を通
ゲ ノ ム 配 列 解 読 の 進 展 に 応 じ て,ゲ
ノム中の全 遺伝
じ て 数 百 万∼ 数 千 万 円 で 企 業 に 売 る と し て い る
子 が つ く る全 蛋 白 質 の 構 造 を 決 定 し よ う とす る “構 造
(http://www.doubletwist.com/info/presscenter.
ゲ ノ ミク ス ”の 動 きが 活 発 化 して きて い る21).先 行 して
jsp).こ
い る 日本 の 計 画 を 追 い 越 す 勢 い で,米
の こ とは,バ
用 性 を 示 し た1つ
イ オ イ ン フ ォマ テ ィ クズ の 力 の有
の例 で あ る と考 え られ る.ち な み に,
この 解 析 で は ヒ ト22番 染 色 体 の 中 に1,400個
を検 出 し て い る(原 著 者 ら は545個).今
の遺 伝 子
後 この よ う な
解 析 競 争 は ます ま す激 化 す る も の と思 わ れ る.
が 実 行 に 入 っ た.ま
た,ヨ
国 の大 規 模 計 画
ー ロ ッパ も ウ ェ ル カ ム トラ
ス ト財 団 の 強 力 な 支 援 を受 け 計 画 を拡 大 して い る.さ
ら に,こ
れ ら を ま とめ て 国 際 的 な 協 力 体 制 で 進 め る話
が 進 行 中 で あ る.一
方,欧
米 で は構 造 ゲ ノ ミ ク ス を標
榜 す るベ ン チ ャ ー が 設 立 され て きて い る.以 下 に,こ
Ⅱ
.比 較ゲノミクスがさかんに行なわれている
れ らの 動 き を 列 記 す る.
(a)日 本 のNMRパ
多 くの 生 物 種 の ゲ ノム 情 報 が 解 読 さ れ,当
然のこと
ー ク 計 画(横 浜 に20台
定 どお り進 行 中.4月
設 置)は,予
中 旬 に建 物 が 完 成 し,そ の 後,
1971
74
蛋 白 質 核 酸 酵 素 Vol.45 No.12(2000)
機 器 の搬 入 ・据 え付 け ・調 整 が 進 行 中.こ
播 磨 の シ ン ク ロ トロ ンSPring-8の
併 用 し て,基
の設 備 と
ビームライ ンを
り25),こ れ も含 め て 今 後 の ブ レ ー ク ス ル ー が 切 望 さ
造 ゲ ノ ミ ク ス の パ イ ロ ッ トプ ロ ジ ェク
トを全 国 規 模 で6カ 所 認 め る 方 針 でNIHの
グ ラン
に その審査 結果 が
発 表 され る こ とに な って い る.お もにX線
法 を 用 い る.1つ1つ
ク トな み で,全
Ⅳ.蛋白質立体構造予測の進歩とゲノムワノドな機能予測
への展開
ト募 集 が 始 ま っ た(http://www.nigms.nih.gov/
funding/psi.html).2000年9月
結 晶解析
の 規 模 が 日本 の 上 記 プ ロ ジェ
部 そ ろ った ら年 間1,000個
のペ ー ス
こ こ数 年 間,立
体 構 造 予 測 法 は デ ー タベ ー ス の 増 大
に伴 い そ の 適 用 範 囲 を広 げ,ゲ
ノ ム ワ イ ド な応 用 が 加
速 さ れ て い る26)。1998年 に ロ ッ ク フ ェラ ー大 のA.Sali
で 構 造 決 定 され る見 通 しで あ る.機 能 と直 結 す るフ
は酵 母 ゲ ノ ム(約6,200遺
ァ ミ リ ー の 代 表 的 構 造 を決 め よ う と し て い る こ と,
デ リ ン グ 法 で17%(1,071蛋
伝 子)に
対 しホモ ロジー モ
白 質)の 構 造 予 測 が で き
お よ び高 効 率 ・高 速 解 析 の た め の技 術 開 発 を重 視 し
た と し た 大 規 模 モ デ リ ン グ の例 を発 表 した が,そ の 後,
て い る こ とが 特 徴 で あ る.
酵 母 に つ い て は ド メ イ ンベ ー ス で45%ま
(c)こ れ らの 構 造 ゲ ノ ミク ス を推 進 す る に あ た っ て,バ
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よ る膜 蛋 白 質 の 解 析 が 進 展 し て お
れ る.
本 フ ォ ー ル ドの 構 造 決 定 を 目 指 す.
(b)米 国 で は,構
edu).AFMに
イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ クス が 重 要 な 役 割 を 果 た し て い
る.す な わ ち,①
PDBに
これ まで に立 体 構 造 デ ー タバ ンク
登 録 され て い る構 造 の分 類22),② 構 造 決 定
で き て い る う え,他
い て もモ デ リ ン グが 進 み,蛋
蛋 白質 中 の1/3は
タ ベ ー ス50万
い て は,項
を改 め て 記 す.
あ り,配
2000年 に な っ て か ら急 速 な 打 ち合 わせ が 欧 米 で 開 始
ど12生
白 質17,000以
物 種)に
上 の モ デル
モ デ リ ン グ可 能,す
件 中15万
なわ ち配列 デー
件 く ら い は モ デ リ ング 可 能 で
列 中 の モ デ リン グ で き る割 合 は年4%で
増加
して い る とい っ て い る28).
ま た,ゲ
ノ ム 配 列 が 決 定 され た 生 物 種 の す べ て に つ
されてい る(http://www.nigms.gov/news/meetings/
い て,そ
hinxton.html).2000年11月
く し て し ま お う と す る 新 た な コ ン ソ ー シ ア ム をMSI
に は横 浜 で こ の 打 ち
合 わ せ が あ る予 定 で あ る.
(e)一 方,構
で き て きた.SGX(Structural Genomix)社
は,X
線 結 晶 解 析 の 第 一 人 者W.Hendricksonと,理
計 算 の 大 家B.Honigが
ン デ ィエ ゴ に本 拠 を
ル ゴ ン ヌ 放 射 光)を お も に使 い,医
薬 会 社 の 要 望 に応 じて 構 造 決 定 をす る.す で に40億
円 の資 金 を集 め,試 料 の 調 製,精
テ ップ を大 幅 に 自動 化 し て,ハ
決 定 で,5年
間 で5,000個
れ 以 外 に も プ リン ス トン,サ
製,結
は,ホ
晶 化の各ス
イ ス ル ー プ ッ ト構 造
を 目 指 す と して い る.こ
ン デ ィ エ ゴ,ロ ン ドン,
提 案 し て い る.こ
れ
モ ロ ジ ー モ デ リ ン グ法 以 外 に,構 造 認 識 法(Seq
Fold)お
論
共 同 で 設 立 した構 造 ゲ ノ ミ
ク ス 専 門 ベ ンチ ャー で あ る.サ
構 え,APS(ア
の 蛋 白 質 の 構 造 と機 能 の 推 定 を で き る だ け 多
(Molecular Simulation Inc.)が
造 ゲ ノ ミク ス を標 榜 す るベ ンチ ャー 会 社 が
つ
構 造 を含 む デ ー タ ベ ー ス を 公 開 して い る27).彼 はゲ ノム
造 予 測 法 の 開 発,が
(d)構 造 ゲ ノ ミク スの 国 際 的 な協 調 体 制 の確 立 につ い て,
の 多 くの 生 物 ゲ ノ ム(Mycoplasma
genitalium,,C.elegans,E.coliな
の ター ゲ ッ トの選 定23),お よ び ③ そ の た め の立 体 構
必 要 で あ る.立 体 構 造 予 測 に つ
で モ デ リン グ
よび 機 能 部 位 予 測 法 も加 え て 行 な う もの で,す
で に21生
物 種 に つ い て57,000個(全
体 の32%)の
蛋
白質 の 構 造 ・機 能 の 推 定 は完 了 し て い る(MSIとSGI
の 共 同 研 究).こ
の 方 法 を今 後,ヒ
トを 含 む 各 種 生 物 種
ゲ ノ ム に 適 用 し よ う と して い る.
一方
,立 体 構 造 予 測 法 の 研 究 に も進 展 が あ る.立 体
構 造 予 測 法 の 世 界 的 な コ ン テ ス トの 第3回
目CASP-3
の 報 告 が な さ れ て お り29),と く にab initio予 測 法 に か
な りの進 展 が み られ30),小 型 蛋 白 質 の立 体 構 造 予 測 は可
能 に な りつ つ あ る とい っ て よ い.構
造認 識 法 につい て
ケ ンブ リ ッジ に 相 次 い で 構 造 解 析 のベ ンチ ャー 会 社
も方 法 論 の改 善 が 提 案 され て お り31),今 後,構
が 設 立 され た24).ゲ ノム 情 報 に比 べ,蛋
ク ス の 進 展 で フ ォー ル デ ィ ン グ タ イ プ の 既 知 の数 が 増
白質立 体構
造 情 報 は医 薬 開 発 に さ らに 近 い情 報 を 提 供 す る もの
と して,今 後 い っ そ うの競 争 が 起 こ る と考 え られ る.
(f)し か し,膜 蛋 白 質 につ い て は構 造 決 定 が 遅 れて お り,
よ うや く20種
の 膜 蛋 白 質 に つ い て,31の
構 造が解
か れ て きた 状 況 に あ る(http://blanco。biomo1.uci.
1972
造ゲノミ
え て くる に 従 っ て威 力 を発 揮 し よ う.
立 体 構 造 を と お し て 機 能 予 測 へ 至 る道 に つ い て,さ
ま ざ ま な研 究 が 進 め られ て お り,そ
に 適 用 す る動 きが 活 発 で あ る.と
デ ー タ ベ ー スSCOP,CATH,COGな
れ をゲ ノ ム ワ イ ド
くに構 造 分 類 さ れ た
どで 機 能 との 関
75
ポス トゲ ノム時代のバイオインフォマテ ィクス
係 を 調 べ32),保 存 機 能 部 位 を デ ー タ ベ ー ス化33)し た も
の も用 意 され て お り,こ れ らを大 腸 菌33),ピ ロ リ菌,あ
(http://bioinformer.ebi.ac.uk/),
(c)セ レ ラ社 は,2000年3月GeneBioと
ロ テ オ ー ム プ ロ ジ ェ ク ト を 始 め る と宣 言 し た.
る い は 酵 母32)に 応 用 した 報 告 が な され て い る.
GeneBioはSIBの
V.機
組 ん で ヒ トプ
能ゲノミクスへ突入:非 常に大きな広がりが期待され
前 記SIBの
外 郭 企 業 で,こ の プ ロ ジェ ク トに
情 報 が どの よ う に活 用 され るか注 目 され
る と こ ろ で あ る36)(http://www.pecorporation.
る
com/press/)。
蛋 白質 の 機 能 解 析 に つ い て も,ゲ
ノ ム ワ イ ドな ア プ
ロ ー チ が 急 速 に進 ん で き て い る.プ
ロテ オー ム とよば
れ る この よ うな 解 析 に は,2次
Database Center for Life Science Online Service
マ イ ク ロ ア レイ ・DNAチ
元 電 気 泳 動 法 や,と
くに
ッ プ技 術 の 発 達 に よ り大 量 で
(d)米 国UCLAのD.Eisenbergら
は,バ
イオ イ ン フ ォ
マ テ ィ ク ス を用 い て 蛋 白質 一蛋 白質 相 互 作 用 の 予 測
を し た.酵
母 ゲ ノ ム(遺
伝 子 数6,200)に
っ い て3
つの 方 法 で 予 測 を し,相 互 作 用 リン クの候 補94,000
網 羅 的 な 解 析 が で き る よ う に な り,遺 伝 子 発 現 解 析 や
を 上 げ,そ
蛋 白 質 相 互 作 用 解 析 が 一 気 に 数 千 ・数 万 の オ ー ダ ー で
ン ク あ る と結 論 し た37).こ れ まで に測 定 され た リン
の な か で も確 実 な相 互 作 用 が19,000リ
測 定 され て き て い る34).こ の よ うなデ ー タが 組 織 別 ・時
ク数 は400に
間 別 に得 られ る こ と か ら,そ
れ て い た の で あ るか ら そ の 影 響 は大 きい.同 様 な 解
処 理 の み な ら ず,遺
れ ら の デ ー タ処 理 ・画 像
伝 子群 あ るい は蛋 白質群 の各種 の
挙 動 を解 析 す るた め の 数 学 的 手 法(ク
ラス ター分析 な
す ぎ ず,推
定 を入 れ て も約3,000と
析 は 他 の グ ル ー プ も始 め て い る38).
(e)一 方,こ の よ うな 蛋 白 質 問 相 互 作 用 の 測 定 法 にtwo-
ど)が 開 発 ・適 用 さ れ て い る.学 会 で も,マ イ ク ロ ア
hybrid systemな
レ イ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス,遺
け る網 羅i的な実 験 結 果40)や,線
伝 子 発 現 イ ン フ ォマ テ ィ
ク ス な ど の 言 葉 が 使 わ れ 始 め て い る35).
ら に はMAPK経
これ ら の 解 析 は,従 来 の 個 々 の 詳 細 な 解 析 と違 っ て
総 体 的 な 関 連 を み る研 究 で,ネ
ッ トワ ー ク 解 析,さ
ら
に はシス テムバ イ オ ロジー といわれ る アプ ローチ に な
っ て い る.最 近 の 学 会(RECOMB,ISMBな
ど)で は
ど種 々 の 進 歩 が あ り39),酵 母 にお
虫 での 適 用 例41),さ
路 の シ グ ナ ル伝 達 を モ ニ タ ー した
例42)な ど が 次 々 と報 告 さ れ て き て い る.こ れ ら は,
コ ン ピ ュ ー タ に よ る ネ ッ トワ ー ク解 析 に つ なが る 重
要 な 進 歩 で あ る.
(f)2000年4月
に 東 京 で 開 か れ たRECOMB2000(計
算
この よ う な話 題 が 増 え て き て い る.こ れ ら新 た な デ ー
生 物 学 国 際 学 会)で,ワ
シ ン トン大 のL.Hoodが
タ と新 た な ア プ ロ ー チ に よ っ て,こ
ス テ ム 生 物 学(system biology)の
能 解 析 に 加 えて,新
れ ま で の 蛋 白質 機
た な研 究 分 野 が 始 ま っ て きて い る
生 命 体 を シ ス テ ム と し て 捉 え,そ
シ
講 演 を し た43).
の モ デル シ ミュ レ
ー シ ョ ン と実 験 との タ イ ア ップ の重 要 性 を強 調 した .
こ と を 実 感 す る.
い くつ か の 動 き を以 下 に紹 介 す る.
酵 母 の転 写 機 構 に働 く数 十 ∼ 数 百 の遺 伝 子 ネ ッ トワ
(a)2次 元 電 気 泳 動 パ タ ー ン や マ イ ク ロ ア レ イ の デ ー タ
ベ ー ス が 構 築 ・公 開 さ れ 始 め て い る(http://www
.
ー ク シ ミ ュ レ ー シ ョ ン モ デ ル に よ り,遺 伝 子 変 異,
除 去,環
境 変 化 な どさ ま ざ ま な 条 件 変 化 に よ る シ ス
テ ム の 応 答 変 化 を み る.こ
easy.ch/cgi-bin/map/,http://genome-www4.
ンが しだ い に 大 規 模 化 し,現
stanford.edu/)
(b)SIB(Swiss さ
の よ う な シ ミュ レー シ ョ
実的 な系 をコンピュー
タ 上 で 実 験 で き る よ う に な る だ ろ う.彼
Institute of Bioinformatics)とEBI
(European Bioinformatics Institute)が 共 同 で,ヒ
Institute of Systems Biologyを
ト 蛋 白 質 に 記 述 情 報 を 付 加 す るHuman
念 す る こ と に な った.日
Proteomics Initiativeを1999年7月
チ は,慶
か ら開 始 した.
既 知 ヒ ト蛋 白 質 配 列 につ い て は,2000年
1次 の ア ノ ー テ ー シ ョ ン を完 了 し,次
春 まで に第
に,ヒ
ト類 似
の 哺 乳 類 の ア ノ ー テ ー シ ョ ン とヒ トのSNP情
報の
付 加 を 予 定 し て い る.さ
らに,100タ
る と さ れ る 翻 訳 後 修 飾(PTM)の
イ プ以 上 もあ
設 立 し て そ れ に専
本 で も この よ うな ア プ ロー
応 大 の 冨 田 グル ー プ44),ソニ ー の北 野 グ ルー
プ に よ っ て 進 め られ て お り,2000年11月
でICSB(シ
は 最 近,
ス テ ム 生 物 学 国 際 学 会)が
には東京
開 か れ る.
Ⅵ.創薬へのインパクト
情 報 の 付 与 と,立
体 構 造 情 報 と の リ ン ク を考 えて い る.今 後 か な り重
要 な デ ー タベ ー ス に な っ て い く もの と思 わ れ る
ゲ ノム科 学 の進 展が創 薬 に与 え る影響 は計 り知 れな
い くらい大 きい と考 え られ る.そ の なかで も次の3点
1973
76
蛋 白質 核 酸 酵 素Vol.45 No.12(2000)
が 注 目 され よ う.
れ て い る49).
(1)創 薬 ター ゲ ッ トの 飛 躍 的 な 増 大:こ
れ まで 創 薬 の対
といわ れ て い る45).
ー を設 立 す る 計 画 が 進 ん で い る.こ れ は,生 物 とコ
これ が ゲ ノ ム情 報 解 析 の 結 果,数
千個 になろ うとし
ン ピ ュ ー タ の 両 方 が わ か る人 材 を早 急 に 養 成 す る の
て い る.現
に つ ぎつ ぎ と創 薬 タ ー ゲ ッ トの発 見 が続
い て い る46).
が 目 的 で あ る50).
(e)米 国 の 大 学 に は,バ
(2)論 理 的 医 薬 分 子 設 計 の 拡 大:蛋
ス が47あ
白質 立 体 構 造 の 測
ら に,バ
い,構 造 べ 一 ス の論 理 的 医 薬 分 子 設 計 の対 象 が 飛 躍
の 予 算 をNIHが
らに,発 現 ・調 節 ・伝 達
メ カ ニ ズ ム の 解 明 に伴 い,メ
イ オ イ ン フ ォマ テ ィ クス コー ス設 定 のた め
サ ポ ー トす る こ とに な っ た.
くな っ て き た(BirkbeckCollege,Manchester
の面 の 研 究
開 発 が ま す ま す 求 め ら れ る.
信).さ
(f)英 国 で もバ イ オ イ ン フ ォマ テ ィク ス 教 育 コー スが 多
カ ニ ズ ムベ ー ス の 論 理
的 医 薬 開 発 が 進 む と考 え られ て い る.こ
イ オ イ ン フ ォマ テ ィ ク ス の コ ー
る(ス タンフォー ド大Altman,R.:私
定 デ ー タや 精 密 モ デ リン グ構 造 の デ ー タ の増 大 に伴
的 に拡 大 す るで あ ろ う.さ
Univ.ほ
か).
(g)バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス教 育 カ リキ ュ ラム につ い
解 明が進み疾患 遺伝
て の 提 案 が な さ れ て い る51).さ らに,高 校 レベ ル な
子 との 関 係 が わ か っ て く る と47),個 人 の 体 質(遺 伝
ど,社 会 に 広 くゲ ノム に つ い て の 教 育 が 必 要 とい わ
子 の 差)に 応 じ た 治 療 や 投 薬 が 行 な わ れ る と期 待 さ
れ て い る52).
(3)個 人 別 治 療 へ の 発 展:SNPsの
Database Center for Life Science Online Service
(d)米 国 内 に 数 多 くの バ イ オ イ ン フ ォマ テ ィ ク ス セ ンタ
象 とな っ て きた 蛋 白 質 は約500個
れ て い る48).こ れ ら い ず れ の 局 面 に お い て も,バ イ
Ⅷ
.バ イオインフォマテ ィクスベンチャーが数多く設立
オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス は必 須 の もの と して 活 躍 を続
け る だ ろ う.
されてきている
Ⅶ.バイオインフォマティクスの強化が叫ばれ,各 種の施
こ こ数 年 の 間 に,欧 米 で は バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク
ス ベ ンチ ャ ー が 非 常 に 多 く設 立 さ れ て きた.大
策 が展開されている
的研 究 機 関 の 著 名 な研 究 者 が,つ
前 述 の よ う に,バ
情 報 解 析,蛋
イ オ イ ン フ ォマ テ ィ ク ス は ゲ ノ ム
白 質 構 造 解 析,機
能 解 析,そ
して 医 薬 開
学 や公
ぎ つ ぎ と 自分 の 開 発
した 独 特 の技 術 を も っ て ベ ンチ ャ ー会 社 を設 立 し て い
る.た
と え ば,ノ ー ベ ル 賞 受 賞 のW.Gilbertは,1996
発 な ど応 用 に至 るす べ て の 段 階 で 重 要 な役 割 を 果 た し
年 にゲ ノ ム解 析 シ ス テ ム や ソ フ トウ ェ ア を開 発 ・販 売
て お り,今 後 ます ま す そ の 重 要 性 を増 し て い く と思 わ
す るNetGeneticsを
れ る.そ
た ち(P.Borkほ
のた めに人材 育 成 や施策 の 強化 が進 め られ て
い る.以 下 に い くつ か の 状 況 を紹 介 す る.
(a)米 国 バ イオ デ ー タ ベ ー ス セ ン タ ーNCBIは,そ
模(150人,年
い る.ヒ
間20億
設 立 した.欧
か)は,1997年
州EMBLの
研究者
に そ こで 開 発 され た
ゲ ノ ム 解 析 か ら ドラ ッ グ デ ザ イ ン ま で の ソ フ トウ ェ ア
の規
円)を 倍 増 す る計 画 を 進 め て
トゲ ノ ム リ ソー ス とい う新 た な 統 合 デ ー タ
を販 売 す る 会 社 を設 立 し,急 成 長 して い る(1999年150
名 以 上).ス
ク リ ッ プ ス研 究 所 のJ.Skolnickら
ベ ー ス を 開 発 し公 開 して い る(http://www.ncbi.
託 す る会 社 を1998年
nlm.nih.gov/),
HendricksonとB.Honigは,1999年
(b)米 国 サ ンデ ィエ ゴスーパ ー コ ン ピュー タセ ンターSDSC
は,ゲ
ノ ム 配 列 か ら立 体 構 造 お よ び 機 能 を 予 測 す る業 務 を受
に設 立 した.コ
ロ ン ビ ア大 のW.
に蛋 白 質 の 立 体
構 造 決 定 を民 間 医 薬 ・農 薬 会 社 な ど か ら 受 託 す る会 社
は,膨 大 なバ イ オ デー タ を 利 用 した 複 雑 な生 命 現 象
を設 立 した.ま
の 解 明 シ ミュ レ ー シ ョ ン に 特 化 した セ ン タ ー と して
ノ ム の バ イ オ イ ン フ ォマ テ ィ ク ス に特 化 した ベ ンチ ャ
拡 大 され た(http://www.sdsc.edu/).1999年7
ー もで きた
.さ
た,INCOGENの
ら に,イ
よ う に植 物 ・動 物 ゲ
ン タ ー ネ ッ トサ ー ビ ス を す る
月 に は ラ トガ ー ス 大 と協 力 し て 蛋 白 質 立 体 構 造 デ ー
会 社 も あ り,こ れ ら を 分 類 す る と,下 記 の よ うにな る.
タ ベ ー ス の セ ン タ ー に も な っ た(従 来 ブ ル ッ ク ヘ イ
1)デ
ー タベ ー ス 販 売
Celera,Incyte
ブ ン国 立 研 究 所)(http://www.rcsb.org/).
2)ソ
フ ト ウ ェ ア 販売
LION.MSI
NetGenetics
3)シ
ス テム開発 受託
ィ ク ス 能 力 に つ い て,ま た ポ ス トゲ ノ ム 時 代 の バ イ
4)デ
ー タ ベ ー ス 解 析 受 託 GeneFormaics
オ イ ン フ ォマ テ ィク ス に つ い て の 提 案 や 意 見 が 出 さ
5)ネ
ッ ト ワ ー ク サ ー ビ ス DoubleTwist
(c)ヒ トゲ ノ ム 計 画 に必 要 と され るバ イ オ イ ン フ ォマ テ
1974
77
ポス トゲ ノム時代のバイオインフォマテ ィクス
6)コ
ン ソー シアム
MSI
7)コ
ンサ ルテ ィング
Mosaic 文
献
Bioinformatics
1)八
8)調
Biolnforma
査 ・ニ ュ ー ス 誌
こ の よ う な会 社 が す で に50社
以 上 あ り,全 体 と して
徹:ゲ
ノ ム 情 報 解 析
と 蛋 白 質 構 造 ゲ ノ ミ ク ス.
2)Dunham,I,Shimizu,M.et Sequence ます ます 増 え る傾 向 にあ る(http://www.oscargruss.
al.:The of Human Chromosome DNA
22.Nature,402,
489-495(1999)
com/CommercialBioinformatics.pdf),
3)Hattori,M.,Sakaki,Y.et この よ う な 多 様 な バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス ベ ン チ
ャ ー が 短 期 間 に起 こ り始 め た こ と は驚 くべ き事 態 で あ
る.こ れ らが 全 部 成 功 す る と も思 え な い が,情
報化 時
代 に お け る産 業 の ひ とつ の分 野 を形 成 し て い くだ ろ う.
バ イ オ ・医 薬 企 業 は,こ
尾 蛋 白 質 核 酸 酵 素,44,2005-2012(1999)
れ ら の機 能 を 内 部 に全 部 抱 え
る の で は な く,一 部 は ア ウ トソ ー シ ン グ す る傾 向 に あ
Sequence al.:The of Human Chromosome DNA
21.Nature,405,
311-319(2000)
4)Adams,M.,Rubin,G.,Venter,C.et Genome al.:The
Sequence of Drosophila melanagaster.
Science,287,2185-2195(2000)
5)News:Idea sFly at Gene-Finding Jamboree.
Science,287,2182-2184(2000)
6)Myers,E.,Vender,C.etal.:AWhole-Genome
る.
Assembly of Dolosophila.Science,287,2196-2204
(2000)
Database Center for Life Science Online Service
7)Hartl,D.:Fly お わ りに 以 上,欧
こ こ1∼2年,日
1998年11月
米 の 動 き を 紹 介 した が,よ
うや く
本 で も活 発 な 動 きが 出 て きた.と
くに,
に 発 足 し た 通 産 省 管 轄 下 のJBIC(日
本バ
Nature meet sShotgun:Shotgu 8)Stealth Genome Rocks Rice Researchers.Science,
288,239-241(2000)
9)Reeves,R.:Recounting イ オ産 業 情 報 化 コ ン ソ ー シ ア ム)は,そ
を拡 大 し(12社 →64社),2000年7月
の後 そ の 規 模
か ら5省 庁 共 管
の 社 団 法 人 化 す る こ と に な っ た.ま
た,ゲ
ノム 情 報 科
nwins.
Genet.,24,327-328(2000)
a Genetic Story.Nature,
405,283-284(2000)
10)Human Genome Project:And the Gene 11)Burge,C.,Karlin,S.:Finding 学 の推 進 に文 部 省 お よ び科 学 技 術 庁 の計 画 が2000年
度
か ら始 ま っ た.
Genomic the ィ ク ス 関 連 の 集 ま り(た とえ ばCBI研
究 会)も
毎 回非
Gene Genes in
DNA.Curr.Opin.Struct.Biol.,8,346-354
(1998);Pavy,N.,Rouze,P.et 民 間 あ る い は 学 界 で 主 催 され るバ イ オ イ ン フ ォマ テ
Number
Is?Science,288,1146-1147(2000)
Prediction al.:Evaluation Software of
using a Genomic Data
Set.Bioinformatics,15,887-899(1999);Milianesi,
L.,D'Angelo,D.,Rogozin,I:GeneBuilder:Inter-
常 な 熱 気 を は ら ん で い る.多
くの 人 の 関 心 とニ ー ズ が
急 速 に 高 ま っ て き た こ と を 示 して い る.し
に比 べ,こ
か し,欧 米
の 分 野 の 明 らか な 人 材 不 足 と,施 策 や 体 制
の 不 備 は否 め な い.①
ー の 強 化 ,②
バ イ オ 基 本 デ ー タベ ー ス セ ンタ
in silico 分 野 別 ・地 域 別 ・規 模 別 バ イ オ イ ンフ ォ
多 くの 大 学 ・専 門 学 校
で のバ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス コー ス の 設 置,さ
らに
バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス ベ ンチ ャ ー の 設 立 支
Prediction of Gene Structure.
Bioinformatics,15,612-621(1999)
12)Makarova,K.,Koonin,E.et Genomics al.:Comparative
of the Archaea:Evolution ed Protein マ テ ィ ク ス セ ン タ ー の 配 置,③
は,④
active Variable Families,the Shell.Genome 13)Bansal,A.:An Core and the
Res.,9,608-628(1999)
Automated sis of 17 Complete of Conserv-
Stable Comparative Microbial Analy-
Genomes.Bioinfor-
matics,15,900-908(1999)
14)Perriere,G.,Duret,L.,Gouy,M.:HOBACGEN
援 な ど に つ い て 緊 急 な施 策 が 必 要 で は な い だ ろ うか.
こ の 分 野 が 次 の 時 代 の 新 た な 仕 事 を 生 み 出 して い く
こ とは 疑 い な い.多
の 拡 大 や,バ
くの 大 学 ・研 究 機 関 で の 研 究 活 動
イ オ 企 業,ノ
ンバ イ オ 企 業,あ
るい はベ
ン チ ャー 企 業 な どで の人 材 の 需 要 増 以 外 に も,知 的 財
産 権,倫
理 問 題,専
門 誌,専
門 学 会,調
査,報
道,コ
ンサ ル テ ィ ン グ な ど幅 広 い 仕 事 が 広 が り つ つ あ る.
生 命 科 学 と情 報 科 学 を結 ぶ 新 た な分 野 一
生命情 報 科
Database イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス は,21世
ます ます 大 き な 展 開 を し て い くだ ろ う.
紀 に 向 けて
for Comparative Genomics in
Res.,10,379-385(2000)
15)Durbin,G.,Adams,M.,Lewis,S.e tive Genomics tal.:Compara-
of the Eukaryotes.Science,287,
2204-2215(2000)
16)O'Brien,S.,Stanyon,R.et al.:The Comparative in Mammals.Science,286,
Genomics Premise of
458-481(1999)
17)Batzoglou,S.,Lander,E.et Mouse 学,バ
System Bacteria.Genome Gene and Application al.:Human and
Structure:Comparative to Exon Analysis
Prediction.Proceedings
of the RECOMB2000,pp.46-53;Kaessmann,H.,
Paabo,S.:DNA Sequence Variation among
1975
78
蛋 白質 核 酸 酵素 Humans and Vol.45 No.12(2000)
Apes.Proceedings of the
374-382(1999);Hegyi,H.,Gerstein,M.:The
RECOMB2000,p.175
Relationship 18)Hutchison,A.,Venter,C.et poson al.:Global Mutagenesis and a Minimal Trans-
Minimal the Ethics Considerations of Genomics
Insights in Synthesizing a
Genome.Science,286,2087-2090(1999)
20)Koonin,E.:The Emerging Problems and Open
Genomics.Bioinfoy-
Human Genome Genomics
Project.Nature
into 3D Structure Res.,
Database Center for Life Science Online Service
PRESAGE database Genomics.Nucl.Acids for Struc-
Res.,27,251-253
Site Con-
Genome Predic-
Science,8,1104-1115(1999)
Genomics
Products?Nature Biotech.,17,233-236
Briefing:APost-Genomic lenge:Learning Chal-
to read Patterns of Protein Microarray Meeting Report.Nature Structures
sion Proteins.Curr.,Opin.Struct.Biol.,9,
36)Celera Genomics offers High-Speed Look at
Proteins.Science,287,1954-1956(2000)
a Membrane
Genomics.Curr.Opin.
and Genome 27)Sanchez,R.,Sali,A.:ModBase:A Database Protein Structure of
Models.Bioinfor-
al.:Comparative Modeling of Genes Protein
and al.:A for Genome-wide tion Maps of Protein Assessment
from
Combined
Prediction Structure of Pro-
Prediction
27(2000)
Initio Protein CASP-3 Struc-
Targets Simplicity Prediction Proteins.Nature,
Function.Nature Biotech.,18,
Interaction
to
40)Uetz,P.,Giot,L.,Fields,S.,Rothberg,J.et of
edu/?rost/Paper/1999_humana/paper.html
Interactions Mapping Sequence
Fold Recognition.J.Mol.Biol.,
to Function.Curr.Opin.Struct.Biol.,9,
Protein-Protein
cerevisiae.Nature,
Vulval al.:Protein in C.elegans cuitry Protein
Interaction
using Proteins involved in
Development.Science,287,116-122(2000)
42)Roberts,C.,Friend,S.et 296,1319-1331(2000)
32)Orengo,C.,Todd,A.,Thornton,J.:From of in Sacchayoynyces 41)Walhout,A.,Vidal,M.et and al:A
Analysis 403,623-627(2000)
31)Panchenko,A.,Bauer,A.,Bryant,S.:CombinaPotentials between an Endgame.Science,284,1948-
Comprehensive Structure;http://dodo.cpmc.columbia.
of Threading Protein Methods-Toward Folding.Nature,405,39-42(2000);Rost,
Generation on Gene
1950(1999)
Surprising B.,Sander,C.:3rd Links 39)Mendelsohn,A.,Brent,R.:Protein Using
ROSETTA.PROTEINS,Suppl.3,pp.171-176
(1999);Baker,D.:A Interac-
based 402,23-26(1999);Teichmann,S.,Mitchison,G.
Computing of Genomes Events,Nature,402,86-90(1999);Sali,
(1999)
30)Simons,K.,Baker,D.:Ab al.:Protein for Complete A.:Functional (GASP):Round3.PROTEINS,Suppl.3,pp.2-6
Structure Protein
Interactions Marcotte,E.,Eisenberg,D.et Fusion al.:Critical improves of Pro-
al.:Detecting Protein-Protein 38)Enright,A.,Ouzounis,C.et Genomes.in
press(2000)
29)Moult,J.,Hubbard,T.et Profiles Combined
Prediction tei nFunction.NatuYe,402,83-86(1999)
28)Marti,M.,Sali,A.et Secondary Human
Sequences.Science,285,751-753(1999);
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Care.Science,287,1977-1978(2000)
[著 者 プ ロ フ ィ ー ル]は1999年10月
号(p.2012)を
ご覧 く
だ さ い.
複 合 生 物 系 プ ロ ジ ェ ク ト公 開 シ ン ポ ジ ウ ム2000
日
会
時:平 成12年9月27日(水)9:30∼16:40
場:京 王 プ ラ ザ ホテ ル(5Fエ
ミネ ンス ホ ー ル/東 京 ・新 宿)
招 待講 演(日 本 語 一
英 語 の 同 時通 訳 あ り):
微 生物 生 態 解 析 技術:Analysis for microbia lecology
J.M.Tiedje(Michigan State Univ.)
地 下微 生 物 の 多様 性 と利 用
今 中忠行(京 大 院工)
プ ロジ ェ ク ト研 究報 告(日 本語 一英語 の同 時通 訳 あ り):
「複合 生 物 系 解 析技 術 」
難培 養 性 微 生 物 の検 出 ・同定 ・定量 ・保存 技 術 の 開 発/
水界 微 生 物群 集 の定 量 的 な解 析手 法 の 開発/Ⅱ 型 トポ
イ ソ メ ラー ゼ遺 伝 子 を用 い た複合 微 生物 系解 析/培 養
困難 な微 生 物 の新 しい分 離 法 の開発
「複合 生 物 系利 用 ・生 産 技術 」
天然 に在 る微 生物 間 応 答 の利 用 を 目指 して/複 合微 生
物 の検 出 ・分 離 と新 た な代 謝 機能 物 質 を見 出す た め の
ア プ ロー チ/石 油 分 解 微 生物 コ ンソー シア の解析/ア
ブ ラヤ シ病 原 菌 の モニ タ リ ング と耐 病性 関連 遺伝 子 の
物 質 分 解 微 生 物 コ ン ソ ー シ ア の 利 用 技 術/機 能 性 核 酸
プ ロー ブ を用 いた 簡便 な遺伝 子検 出手 法 の開 発 とそ の
応用
参 加 費:無
料
申 込 方 法:所
た はFAXで
も,下
定 の 申 込 書(申 込 先 に 請 求)に
て,郵 送 ま
お 申 込 くだ さ い.所 定 の 申 込 書 で な く と
記 ① ∼ ⑦ を 明 記 し て い た だ け ま し た ら,FAX
かE-mailで
お 申 込 い た だ く こ とが 可 能 で す.①
② 所 属,③ 役 職,④
申 込 締 切:9月13日(水)
氏 名,
住 所,⑤Tel,⑥FAX,⑦E-mail
申 込 み ・問 合 せ 先:〒104-0032東
26-9グ
ラ ン デ ビル8F ?バ
京 都 中 央 区 八 丁 堀2イ オ イ ン ダ ス ト リー 協 会
複 合 生 物 系 プ ロ ジ ェ ク ト事 務 局
Te1.03-5541-2731 FAX 03-5541-2737
[email protected]
単離/木 質 等 未利 用 資 源 及 び ダイ オ キ シン等 環境 汚染
1977