残余双極子結合と分子モデリングによる天然変性タンパク質の構造解析

ワークショップ / Workshop
1WA
A 会場（2 階 おしどり・くじゃく）/ Room A（2F Oshidori/Kujaku）
16：00 ～ 18：30
躍動するタンパク質とプロミスキャスネットワーク
細胞内の生命活動を支えるタンパク質相互作用ネットワークにおいては、複数のタンパク質とプロミス
キャス
（無差別的）
に相互作用する天然変性タンパク質をはじめ、従来の構造生物学的手法では捉えるこ
とができない動的な構造や分子認識機構をもったタンパク質が重要な役割を果たしている。本ワーク
ショップでは、特に NMR 手法を中心に新しい発想に基づいて細胞内で機能するタンパク質の姿を活写
することを目指す研究例を紹介する。
Protein-protein interactions, which involve intrinsically disordered proteins（IDPs）that promiscously
bind to multiple target proteins, are difficult research targets for visualization, using conventional
structural approaches. In this workshop, we introduce several recent studies to visualize ‘live’
proteins, at work using mainly new NMR methodologies.
オーガナイザー：西村 善文（横浜市立大）、嶋田 一夫（東京大）
Organizers：Yoshifumi Nishimura（Yokohama City Univ.）, Ichio Shimada（The Univ. of Tokyo）
Workshop
Visualizing protein molecules at work and promiscuous network
Day 1
June 25
16：00
1WA-01 タンパク質結晶中に意図的に創り出した空間を使って，タンパク質結晶中の大振幅運
動を解析する /
Intentional creation of crystal-contact free space for analyzing large amplitude
motions in protein crystals
○神田 大輔（Daisuke Kohda）
九大・生医研・構造生物（Struct. Biol.. Med. Inst. Bioreg., Kyushu Univ.）
16：25
1WA-02 バイオリアクターを用いた生細胞内タンパク質間相互作用の NMR 観測 /
NMR observation of protein-protein interactions in living mammalian cells using a
gel-encapsulated bioreactor system
○西田 紀貴（Noritaka Nishida）
、嶋田 一夫
（Ichio Shimada）
東大院薬（Grad Sch. of Pharm. Sci., the Univ. of Tokyo）
16：50
1WA-03 残余双極子結合と分子モデリングによる天然変性タンパク質の構造解析 /
Structural analysis of intrinsically disorder proteins determined using residual
dipolar couplings and a molecular modeling method
1）
1）
2）
○関 安孝（Yasutaka Seki）
、野中 孝昌
（Takamasa Nonaka）
、曽田 邦嗣
（Kunitsugu Soda）
1）岩手医科大・薬（Sch. of Pharm., Iwate Med. Univ.）、
2）理研・基幹研・高速分子シミュレーション（High Perform. Molec. Simula. Team, ASI, RIKEN）
17：15
1WA-04 多剤耐性転写制御因子 LmrR の運動性と多剤薬剤認識機構の NMR 解析 /
Dynamic multidrug recognition by multidrug-resistance transcriptional regulator, LmrR
1）
2）
○竹内 恒（Koh Takeuchi）
、嶋田 一夫
（Ichio Shimada）
1）産総研・創薬分子プロファイリング研究センター（Molprof, AIST ）、
2）東大・院薬系（Grad. Sch. Pharm. Sci., The Univ. of Tokyo）
17：40
1WA-05 核内タンパク質の多様な標的分子認識機構 /
Various target recognition mechanisms of nuclear proteins
○菅瀬 謙治（Kenji Sugase）
、原田 英里砂
（Erisa Harada）
、小沼 剛
（Tsuyoshi Konuma）
サントリー生科財・生有研（Bioorg. Res. Inst., Suntory Fndn. Life Sci.）
18：05
1WA-06 核内天然変性タンパク質の相互作用様式 /
Interaction modes of nuclear intrinsically disordered proteins
○西村 善文（Yoshifumi Nishimura）
横浜市大・生命医（Grad Sch. of Med. Life, Yokohama City Univ.）
（ 37 ）
1WB
B 会場（2 階 201）/ Room B（2F 201）
16：00 ～ 18：30
創薬等支援技術基盤プラットフォームにおけるバイオインフォマティクスをベースにした
計算構造生命科学
Computational Life Sciences and Bioinformatics in Platform for Drug Discovery,
Informatics, and Structural Life Science
Workshop
これまで日本に蓄積されてきた構造生命科学研究基盤を活用し、さらに発展させるべく、「創薬等支援
技術基盤プラットフォーム」事業が推進されている。今回は、本事業にて幅広く展開されている構造生
物学研究のうち、バイオインフォマティクス・計算構造生命科学分野を取り上げ、その取り組みと今後
の展望について、具体的な研究例を交えながら紹介する。
Platform for Discovery, Informatics, and Structural Life Science is an on-going project, taking
advantage of highly accumulated infrastructures of structural life sciences in Japan. In this workshop,
recent studies on computational life sciences and bioinformatics in this project will be presented.
オーガナイザー：清水 謙多郎（東京大）、池口 満徳（横浜市立大）
Organizers：Kentaro Shimizu（The Univ. of Tokyo）, Mitsunori Ikeguchi（Yokohama City Univ.）
Day 1
June 25
16：00
1WB-01 タンパク質の複合体構造・相互作用に関する総合的な予測・解析 /
Prediction and analysis of protein complex structures and protein interactions
○清水 謙多郎（Kentaro Shimizu）
、寺田 透
（Tohru Terada）
東大・農・応生（Dept. Biotechnology, Univ. of Tokyo）
16：25
1WB-02 創薬等支援技術基盤プラットフォームにおける類縁タンパク質検索技術の高度化 /
Improving the performance of sequence similarity searches in PDIS
○富井 健太郎（Kentaro Tomii）
産総研（AIST）
16：50
1WB-03 分子モデリングに基づく高度創薬支援 /
In silico drug design based on molecular modeling
○広川 貴次（Takatsugu Hirokawa）
産総研・創薬プロ研（molprof, AIST）
17：15
1WB-04 超分子モデリングパイプラインの構築による相関構造解析・理論創薬支援 /
Supramolecular modeling pipeline for correlation structure analysis and rational
drug-design
○白井 剛（Tsuyoshi Shirai）
長浜バイオ大・バイオサイエンス（Dept. BioSci, Nagahama Inst. BioSci. Tech.）
17：40
1WB-05 電子顕微鏡画像からの原子モデル構造の構築 /
Atomic model building from low resolution electron microscopy images
1）
2）
2）
○松本 淳（Atsushi Matsumoto）
、高木 淳一
（Junichi Takagi）
、岩崎 憲治
（Kenji Iwasaki）
1）原子力機構・量子ビーム（QuBS, JAEA）、2）阪大・蛋白研（Inst. Protein Res., Osaka Univ.）
18：05
1WB-06 多剤排出トランスポーター AcrB の分子シミュレーション /
Molecular simulation of multi-drug efflux transporter AcrB
1）
2）
1）
山根 努
（Tsutomu Yamane）
、村上 聡
（Satoshi Murakami）
、○池口 満徳
（Mitsunori Ikeguchi）
1）横浜市大・生命医（Grad. Sch. Med. Sci., Yokohama City Univ.）、
2）東工大・生命理工（Grad. Sch. Biosci. Biotech., Tokyo Inst. Tech.）
（ 38 ）
1WC
C 会場（3 階 かもめ）/ Room C（3F Kamome）
16：00 ～ 18：30
全タンパク質を対象とした発現プロテオミクスと医療への応用
Comprehensive Human Proteome Analysis for Clinical Application
In proteomics, profiling of all proteins expressed by a whole human genome is in progress.
Simultaneously, comprehensive analyses of the relation between proteins and diseases, and
investigations on the functions of post-translational modifications are rapidly advanced. In this session,
the results in comprehensive human proteome analysis for particularly clinical application will be
discussed.
オーガナイザー：平野　久（横浜市立大）、山本　格（新潟大）
Organizers：Hisashi Hirano（Yokohama City Univ.）, Tadashi Yamamoto（Niigata Univ.）
Workshop
プロテオミクスの分野では、ヒト全タンパク質を対象とした発現解析が進んでいる。発現の部位や時期
が明らかでない約 20% のタンパク質
（missing proteins）の発現解析が当面の研究のターゲットになって
いる。また、タンパク質の発現と疾患の関係、翻訳後修飾タンパク質の機能解析などの解析が進んでい
る。全タンパク質を対象にした発現プロテオミクスの最近の方法とこれまでの成果、課題について議論
したい。
Day 1
June 25
16：00
1WC-01 全タンパク質の絶対定量によるがん代謝シフトの解明 /
Absolute quantification of all human proteins uncovers the secrets of cancer
○中山 敬一（Keiichi Nakayama）
九大・生医研・ヒトプロテオーム研究セ（Human Proteome Res. Ctr., Med. Inst. Bioreg., Kyushu
Univ.）
16：25
1WC-02 質量分析計を用いたバイオマーカー定量法の実用化 /
Clinical application of biomarker quantitation using mass spectrometry
○朝長 毅（Takeshi Tomonaga）
医薬基盤研・プロテオームリサーチ（Lab of Proteome Res. Natl. Inst. of Biomed. Innov.）
16：50
1WC-03 リン酸化定量プロテオミクスによるシグナル伝達研究 /
A study on signal-transduction by quantiative-phosphoprotoemics
1）
2）
○松本 雅記（Masaki Matsumoto）
、中津海 洋一
（Hirokazu Nakatsumi）
、
2）
中山 敬一（Keiichi Nakayama）
1）九大・生医研・プロテオミクス分野（Div. Proteomics, Med. Inst. Bioreg, Kyushu Univ.）、
2）九大・生医研・分子医科学（Dep. Mol. Cell. Biol, Med. Int. Bioreg. Kyushu Univ.）
17：15
1WC-04 糖タンパク質の大規模同定と糖鎖バイオマーカー開発への応用 /
Large-scale identification of glycoproteins and its application to glycobiomarker
development
○梶 裕之（Hiroyuki Kaji）
産総研・糖鎖セ（Res.Cent.Med.Glycosci., AIST）
17：40
1WC-05 タンパク質翻訳後修飾の網羅的な解析とその役割 /
Comprehensive analysis of protein post-translational modification and its
significance
○平野 久（Hisashi Hirano）
、木村 弥生
（Yayoi Kimura）
、木村 鮎子
（Ayuko Kimura）
、
増石 有佑（Yusuke Masuishi）
、戸田 年総
（Tosifusa Toda）
横浜市大・生命医・先端研（Adv. Med. Res. Center, Yokohama City Univ.）
18：00
1WC-06 HUPO ヒト腎臓・尿プロテオームプロジェクト /
HUPO Human Kidney and Urine Proteome Project
○山本 格（Tadashi Yamamoto）
新潟大・医歯・腎研（Inst. of Nephrol., Niigata Univ.）
（ 39 ）
1WD
D 会場（3 階 やまゆり）/ Room D（3F Yamayuri）
16：00 ～ 18：30
多階層イメージングで探るオートファジー関連因子の分子機能：構造から細胞内動態まで
Molecular roles of autophagy-related factors unveiled by multilevel imaging: from structure
to intracellular dynamics
新学術領域研究「オートファジーの集学的研究：分子基盤から疾患まで」共催
Workshop
細胞内の主要な分解系であるオートファジーは複雑な膜動態を伴い、それは多くのオートファジー関連
因子群を必要とする。しかしながら、これら因子群がそれぞれどのような分子機能を担い、複雑な膜動
態を引き起こしているのか、その詳細は依然明らかとなっていない。本ワークショップでは、多様な手
法・階層で “ 見る ” ことを通してオートファジーの分子機構解明を進めている研究者が一同に会し、最
新の知見を紹介する。
Autophagy involves complicated membrane dynamics, which are accomplished by various autophagyrelated factors. However, the molecular roles of these factors and the mechanisms underlying
membrane dynamics during autophagy are still largely unknown. In this workshop, we will introduce
recent findings in the molecular mechanisms of autophagy which are obtained by multilevel imaging
with various techniques.
Day 1
June 25
オーガナイザー：野田 展生（微生物化学研究会）、中戸川 仁（東京工業大）
Organizers：Nobuo N. Noda（Inst. of Microbial Chemistry）, Hitoshi Nakatogawa（Tokyo Tech）
16：00
はじめに
16：05
1WD-01 可視化によるオートファゴソーム形成分子機構の解析 /
Fine mapping of autophagy-related proteins during autophagosome formation in
Saccharomycescerevisiae
1）
2）
2）
○鈴木 邦律（Kuninori Suzuki）
、秋岡 愛美
（Manami Akioka）
、近藤 千香
（Chika Kondo）
、
2）
2）
山本 林（Hayashi Yamamoto） 、大隅 良典
（Yoshinori Ohsumi）
1）東京大学大学院 新領域創成科学研究科 附属バイオイメージングセンター（Bioimaging Center, Grad
Sch. of Fron. Sci., Tokyo Univ.）、
2）東京工業大学　フロンティア研究機構（Frontier Research Center, Tokyo Institute of Technology）
16：29
1WD-02 哺乳類細胞オートファゴソーム形成過程における ATG タンパク質群の分布および
小胞体との時空間関係 /
Localization of ATG-proteins during the mammalian autophagosome formation
and spatio-temporal relationship between ER and ATG-proteins
1）
2）
○小山 ‐ 本田 郁子（Ikuko Koyama-Honda）
、平野 貴規
（Takaki Hirano）
、
1）
水島 昇（Noboru Mizushima）
1）東大・医・分子生物（Dept. of Biochem and Mol Biol., Faculty of Med., Univ. of Tokyo）、
2）医科歯科大・医（Sch. of Med., Tokyo Med. and Dent. Univ.）
16：53
1WD-03 オートファゴソーム形成を駆動するユビキチン様タンパク質脂質化反応のメカニズム /
Mechanism of lipidation of a ubiquitin-like protein that drives autophagosome
formation
1）
2）
○中戸川 万智子（Machiko Sakoh-Nakatogawa）
、的場 一晃
（Kazuaki Matoba）
、
2）
3）
野田 展生（Nobuo Noda） 、稲垣 冬彦
（Fuyuhiko Inagaki） 、中戸川 仁
（Hitoshi Nakatogawa）1）、
1）
大隅 良典（Yoshinori Ohsumi）
1）東工大・フロンティア研究機構（Frontier Research Center, Tokyo Tech.）、
2）微化研（Inst. of Microbial Chem.）、3）北大・先端生命（Fac. of Adv. Life Sci., Hokkaido Univ.）
（ 40 ）
17：17
1WD-04 PAS（pre-autophagosomal structure）形成機構の解明 /
Molecular mechanism of PAS（pre-autophagosomal structure）organization
1）
2）
2）
○藤岡 優子（Yuko Fujioka）
、鈴木 翔
（Sho W. Suzuki）
、山本 林
（Hayashi Yamamoto）
、
2）
3）
角田（近藤）千香（Chika Kondo-Kakuta） 、木村 弥生
（Yayoi Kimura） 、
4）
5）
平野 久（Hisashi Hirano）3）、赤田 倫治
（Rinji Akada）
、稲垣 冬彦
（Fuyuhiko Inagaki）
、
2）
1）
大隅 良典（Yoshinori Ohsumi） 、野田 展生
（Nobuo N. Noda）
17：41
1WD-05 オートファゴソーム形成場の形態解析 /
Morphological studies on the autophagosome formation site
○濱崎 万穂（Maho Hamasaki）
、吉森 保
（Tamotsu Yoshimori）
阪大・医・遺伝（Gen. Grad Sch. of Med., Osaka Univ.）
18：05
1WD-06 オートファジ―隔離膜の形成過程には小胞体由来細管集合体が関与する /
A cluster of thin tubular structures mediates transformation of the ER to
autophagic isolation membrane
植村
亀高
山田
小松
1）
1）
武文（Takefumi Uemura）
、山本 雅哉
（Masaya Yamamoto）
、
1）
2）
1）
愛（Ai Kametaka） 、曽 友深
（Yu-shin Sou） 、矢橋 あつ子
（Atsuko Yabashi）
、
1）
1）
1）
茜（Akane Yamada） 、安納 弘道
（Hiromichi Annoh） 、亀高 諭
（Satoshi Kametaka）
、
2）
1）
雅明（Masaaki Komatsu） 、○和栗 聡
（Satoshi Waguri）
1）福医大・医（Fukushima Med. Univ. Sch. of Med.）、
2）都医学研（Tokyo Metropolitan Inst. of Med. Sci.）
（ 41 ）
Workshop
1）微化研（Lab. Mol. Struct., Inst. Microbial Chem.）、
2）東工大・フロンティア（Frontier Res. Cen., Tokyo Tech）、
3）横浜市大院・生命医科学・プロテオーム科学（Grad. Sch. of Med. Life Sci., Yokohama City Univ.）、
4）山口大院・医・応用分子生命科学（Grad. Sch. of Med., Yamaguchi Univ.）、
5）北大院・先端生命・構造生物（Fac. of Adv. Life Sci., Hokkaido Univ.）
Day 1
June 25
1WE
E 会場（3 階 いちょう）/ Room E（3F Ichou）
16：00 ～ 18：30
クロマチンの動的構造と DNA 機能発現機構
Chromatin dynamics and DNA function
新学術領域研究「動的クロマチン構造と機能」共催
Workshop
Day 1
June 25
シーケンシング技術や分子イメージング技術の進歩によって、核内の分子動態、特に DNA 動態につい
て詳細な情報を得ることができるようになってきた。核内の DNA はクロマチンの形で収納されている
が、DNA はそのクロマチンがダイナミックに構造を変えながら機能を発現している。本シンポジウム
では、分子シミュレーション、X 線結晶構造解析、NMR、分子イメージングなど様々なアプローチによっ
て明らかにされてきた最新の知見を提供して頂き、クロマチン動態と DNA 機能発現の関係を議論する。
Advances in sequencing technology and molecular imaging techniques enable us to directly observe
molecular dynamics, particularly DNA dynamics, in the nucleus. Genome DNA is stored in the
form of chromatin. The dynamics of chromatin is an essential factor to regulate DNA function. The
mechanism, however, is not well understood. In this symposium, we will discuss the mechanism
based on the recent results from dry and wet experiments.
オーガナイザー：胡桃坂 仁志（早稲田大）、河野 秀俊（日本原子力研究開発機構）
Organizers：Hitoshi Kurumizaka（Waseda Univ.）, Hidetoshi Kono（Japan Atomic Energy Agency）
16：00
はじめに / Opening Remarks
河野 秀俊（Hidetoshi Kono）
日本原子力研究開発機構（Japan Atomic Energy Agency）
16：03
1WE-01 ヌクレオソームにおける H3 ヒストンテールの構造アンサンブル /
Structural Ensemble of H3 Histone Tail in Nucleosome
○河野 秀俊（Hidetoshi Kono）
、池部 仁善
（Jinzen Ikebe）
原子力機構・分子シミュレーション（Mol. Model. & Simulation, JAEA）
16：27
1WE-02 ヘテロクロマチン関連タンパク質 HP1 と Chp1 のクロモドメインの構造 /
Structure of chromodomain from heterochromatin-associated protein, HP1 and Chp1
○下條
石田
佐藤
西村
1）
1）
秀朗（Hideaki Shimojo）
、川口 あゆみ
（Ayumi Kawaguchi）
、
2, 3）
2）
1）
真由美（Mayumi Ishida） 、濱田 京子
（Kyoko Hamada） 、小田 隆
（Takashi Oda）
、
1）
2, 4）
衛（Mamoru Satoh） 、中山 潤一
（Jun-ichi Nakayama） 、
1）
善文（Yoshifumi Nishimura）
1）横市大・院生医（Med. Li. Sci., Grad Sch., Yokohama City Univ.）、2）理研 CDB（RIKEN CDB）、
3）関学大・院理工（Grad Sch. of Sci. and Tech., Kwansei Gakuin Univ.）、
4）名市大・院シ自（Grad Sch. of Nat. Sci., Nagoya City Univ.）
16：51
1WE-03 線虫 C. elegans の初期胚発生過程における染色体の構造変化 /
Global change in chromosome structures during early embryogenesis of C. elegans
1, 2）
○木村 暁（Akatsuki Kimura）
1）遺伝研・細胞建築（Cell Arch. Lab., NIG）、2）総研大・遺伝学（Dept. Genetics, SOKENDAI）
17：15
1WE-04 ゲノム立体構造の動力学シミュレーション /
Simulations of dynamical 3D-structure movement of genomes
○笹井 理生（Masaki Sasai）
、徳田 直子
（Naoko Tokuda）
、藤城 新
（Shin Fujishiro）
名大・工・計算理工（Dept. of Comp. Sci. Eng., Nagoya Univ.）
（ 42 ）
17：39
1WE-05 ヒストン修飾翻訳後修飾と転写の生細胞動態 /
Dynamics of histone modification and transcription in living cells
○木村 宏（Hiroshi Kimura）
阪大・生命機能（Grad Sch Frontier Biosci, Osaka Univ）
18：03
1WE-06 ヌクレオソーム構造と動的性質におけるヒストンバリアントの役割 /
Structure and dynamic property of the nucleosomes containing histone variants
○胡桃坂 仁志（Hitoshi Kurumizaka）
早稲田大・先進理工（Grad. Sch. of Adv. Sci. & Eng., Waseda Univ. ）
おわりに / Closing Remarks
胡桃坂 仁志（Hitoshi Kurumizaka）
早稲田大（Waseda Univ.）
Workshop
18：27
Day 1
June 25
（ 43 ）
1AW
E 会場（3 階 いちょう）/ Room E（3F Ichou）
13：45 ～ 15：45
アーカイブ WS：蛋白質のフォールディング・ミスフォールディング研究のための測定・
解析プロトコール
PSSJ Archives Workshop: General and Advanced Protocols on Folding and Misfolding of
Protein
Workshop
Day 1
June 25
平成 20 年 6 月より公開を始めた蛋白質科学会アーカイブは、年間約 45 万件のアクセス数を誇る公開プ
ロトコール集として、現在、多くの方々からの支持を集めている。本年度は、蛋白質の物性研究の主要
な研究領域の一つである「フォールディング・ミスフォールディング研究」における研究手法の原理・
基礎とその最新の動向について、現場で活躍する研究者による講演を行い、我が国における同研究領域
の発展を目指す。
"PSSJ Archives" established in 2008 has become one of the best-known web-based protocols on
protein research with nearly 450,000 access / year. In 2014, the PSSJ Archives committee will
organize the workshop on the "Protein Folding and Misfolding" protocols. The selected experts will
present their research background and basic / advanced protocols to inspire the audience into this
particular research field.
オーガナイザー：濵田 大三（三重大）、古川 良明（慶應大）
Organizers：Daizo Hamada（Mie Univ.）, Yoshiaki Furukawa（Keio Univ.）
13：45
1AW-01 ストップト・フロー装置を用いた速度論の測定 /
Kinetic Measurements Using a Stopped-flow Apparatus.
○槇 亙介（Kosuke Maki）
名大・院理（Sci., Nagoya Univ.）
14：05
1AW-02 パルスラベル重水素交換法によるフォールディング中間体の解析 /
Analysis of the folding intermediate using pH-pulse labeling HD exchange
○西村 千秋（Chiaki Nishimura）
帝京平成大学薬学部（Fac. Pharma. Sci., Teikyo Heisei Univ.）
14：25
1AW-03 アミロイド形成蛋白質の NMR を用いた揺らぎ解析 /
NMR study on the role of protein fluctuation in determining the amyloid
conformation.
○大橋 祐美子（Yumiko Ohhashi）
、田中 元雅
（Motomasa Tanaka）
理研・BSI
（BSI, RIKEN）
14：45
1AW-04 全反射蛍光顕微鏡によるアミロイド線維の直接観察 /
Direct observation of amyloid fibril growth monitored by total internal
reflectionfluorescence microscopy
1）
2）
3）
○伴 匡人（Tadato Ban）
、八木 梓寿
（Hisashi Yagi）
、後藤 祐児
（Yuji Goto）
1）久留米大・分生研（Inst. of Life Sci., Kurume Univ.）、
2）鳥取大・GSC 研究センター（Center for Research on GSC, Tottori Univ. ）、
3）阪大・蛋白研（Inst. for Protein Research, Osaka Univ.）
15：05
1AW-05 神経変性疾患の患者脳に蓄積する異常タンパク質の解析 /
Biochemical analyses of protein aggregates in brains with neurodegenerative
diseases
○野中 隆（Takashi Nonaka）
都医学研・認知症プロジェクト（Dementia Project, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science）
15：25
1AW-06 タンパク質の凝集に関わる実験的諸問題について /
Experimental technique and protocol for investigation of protein aggregation
○古川 良明（Yoshiaki Furukawa）
慶應・理工・化学（Dept. of Chem., Keio Univ.）
（ 44 ）
2WA
A 会場（2 階 おしどり・くじゃく）/ Room A（2F Oshidori/Kujaku）
16：00 ～ 18：30
Anfinsen による熱力学仮説から半世紀：展開する現在のフォールディング研究
Half a century after the Anfinsen thermodynamic hypothesis: Development of the current
folding researches
Half a century after the Anfinsen's pioneering investigations, the protein folding research has
expanded to include the latest developments of various techniques such as single molecule
spectroscopy, large-scale MD calculation and in cell NMR. In addition, the study of the biological
aspects of protein folding has been greatly advanced. In this symposium, we will overview the
current activities of protein folding researches.
オーガナイザー：高橋 聡（東北大）、田口 英樹（東京工業大）
Organizers：Satoshi Takahashi（Tohoku Univ.）, Hideki Taguchi（Tokyo Tech）
Workshop
Anfinsen が切り拓いたタンパク質のフォールディング研究は、半世紀を経た現在でも、先端的な一分
子計測、大規模分子動力学計算、細胞内 NMR 計測などの新しい展開を取り込んで発展している。また、
生物学的な側面についても大きく研究が進んでいる。本シンポジウムでは、内外の第一人者による講演
をお願いし、広がりを見せるフォールディング研究を俯瞰することを目的とする。
Day 2
June 26
16：00
2WA-01 Protein Folding Transition Paths from Simulations, Theory, and Experiment
○ William A. Eaton
Laboratory of Chemical Physics, NIDDK, National Institutes of Health
16：30
2WA-02 The Future of Molecular Dynamics Simulation
○ Vijay Pande
Department of Chemistry Stanford University
17：00
2WA-03 マイクロ秒分解一分子蛍光観察によるタンパク質のフォールディングダイナミクス /
Protein folding dynamics observed by microsecond resolved single molecule
fluorescence spectroscopy
○高橋 聡（Satoshi Takahashi）
東北大・多元研（IMRAM, Tohoku Univ.）
17：30
2WA-04 シャペロニンの新しい作用機構；テザリング中間体を経るフォールディング /
New mechanism of chaperonin; folding via tethering intermediate
○吉田 賢右（Masasuke Yoshida）
、元島 史尋
（Fumihiro Motojima）
京都産業大学（Kyoto Sangyo University）
18：00
2WA-05 NMR を用いた細胞内環境における蛋白質のフォールディング解析 /
NMR approaches to investigate protein folding in the crowded intracellular
environment
1, 2）
1, 2）
1, 2）
○伊藤 隆（Yutaka Ito）
、井上 仁
（Jin Inoue）
、池谷 鉄兵
（Teppei Ikeya）
1）首都大・理工・化学（Dep. of Chem., Tokyo Metropolitan Univ.）、2）CREST/JST
（ 45 ）
2WB
B 会場（2 階 201）/ Room B（2F 201）
16：00 ～ 18：30
タンパク質リン酸化がもたらす多様な制御：分子からシステムまで
Regulation by Protein Phosphorylation: from Molecules to Systems
リン酸化は翻訳後修飾の中で最も多く見られ、ヒトでは 1 万ほどのタンパク質で修飾部位が同定されて
いる。リン酸化はタンパク質の構造変化やタンパク質間の結合・解離を促進し、シグナル伝達などの制
御に利用されている。一方、細胞が取り得る多様な状態は、多数のタンパク質のリン酸化状態の違いに
よって理解され得る。本ワークショップでは、リン酸化タンパク質の立体構造的研究からリン酸化で制
御される細胞内システムの研究までを幅広く紹介し、リン酸化研究の現状を俯瞰するとともに、リン酸
化が果たす役割について包括的に議論する。
Workshop
Day 2
Protein phosphorylation is one of the most common post-translational modifications. From molecular
point of view, phosphorylation works as a switch which modulates activities of proteins to regulate
biological pathways. From systems point of view, phosphorylation states of proteins serve as a
descriptor of the state of the cell. In this workshop we will introduce phosphorylation studies from
structural to systems biology, and discuss roles of phosphorylation comprehensively.
オーガナイザー：西 羽美（横浜市立大）、渕上 壮太郎（横浜市立大）
Organizers：Hafumi Nishi（Yokohama City Univ.）, Sotaro Fuchigami（Yokohama City Univ.）
June 26
16：00
はじめに / Opening Remarks
16：05
2WB-01 CENP-T のリン酸化は動原体構築を制御する /
Phosphorylation of CENP-T controls kinetochore assembly
○深川 竜郎（Tatsuo Fukagawa）
国立遺伝研・分子遺伝（Dep. Mol. Genet., Natl. Inst. Genet.）
16：30
2WB-02 Regulation of DNA binding of Ets1 by phosphorylation in an intrinsic disordered region
1）
1）
○椎名 政昭（Masaaki Shiina）
、浜田 恵輔
（Keisuke Hamada）
、
1）
1）
井上－豊後 泰子（Taiko Inoue-Bungo） 、嶋村 麻利子
（Mariko Shimamura）
、
1）
1）
1）
馬場 しほ（Shiho Baba） 、内山 晃子
（Akiko Uchiyama） 、鈴木 香絵
（Kae Suzuki）
、
2）
1）
タヒロフ タヒール（Tahir H Tahirov） 、緒方 一博
（Kazuhiro Ogata）
1）横市大・院医・生化学（Dept. of Biochem., Yokohama City Univ. Grad. Schl. of MEd.）、
2）Eppley Inst. for Research in Cancer and Allied Diseases, Univ. of Nebraska Med. Cen.
16：55
2WB-03 Phosphorylation in plant immunity
○中神 弘史（Hirofumi Nakagami）
理研 CSRS・植物プロテオミクス（Plant Proteomics, RIKEN CSRS）
17：20
2WB-04 Promiscuous protein-protein interactions: a burden for the cell and a tool for the
biologist
○ Emmanuel D. Levy
Weizmann Institute of Science, Department of Structural Biology
17：55
2WB-05 AKT 経路の情報多重化によるインスリン作用の時間情報コーディング /
Temporal Coding of Insulin Action through Multiplexing of the AKT Pathway
○久保田 浩行（Hiroyuki Kubota）
、野口 怜
（Rei Noguchi）
、黒田 真也
（Shinya Kuroda）
東大・理・生化（Dept. Biochem. and Biophys. Grad. Sch. of Sci., Univ. of Tokyo）
18：20
総合討論 / Discussion
（ 46 ）
2WC
C 会場（3 階 かもめ）/ Room C（3F Kamome）
16：00 ～ 18：30
解離定数とストイキオメトリーを考えた分子間相互作用解析
Characterization of intermolecular interactions focusing on Kd and binding stoichiometry
For understanding biological events, it is significant to characterize protein interaction quantitatively
by determination of Kd and binding stoichiometry of protein complexes. In this session quantitative
characterization of protein interaction will be discussed, focusing on biophysical methods for analysis
of simple 1:1 complexes, weakly-bound complexes and multiple-ligand binding to a protein.
Workshop
蛋白質複合体の構造解析とともに、ストイキオメトリーおよび解離定数を正確に決定し蛋白質の分子間
相互作用を定量的に把握することは、生命現象の理解のみならず、蛋白質医薬開発や蛋白質を標的とし
た創薬においても重要である。本セッションでは、１：１の単純な相互作用のみならず、弱い相互作用
や、マルチステップ結合など、従来は解析が困難であった、複雑な相互作用の定量解析を可能にする手
法を利用した研究に焦点を当て討論する。
オーガナイザー：内山　進（大阪大）、明石 知子（横浜市立大）
Organizers：Susumu Uchiyama（Osaka Univ.）, Satoko Akashi（Yokohama City Univ.）
16：00
Day 2
はじめに / Opening Remarks
June 26
明石 知子（Satoko Akashi）
横浜市立大（Yokohama City Univ.）
16：05
2WC-01 ネイティブ質量分析 －タンパク質複合体のストイキオメトリーの確実な決定手法－ /
Native Mass Spectrometry -definite determination of stoichiometry of protein
complexes○明石 知子（Satoko Akashi）
、七種 和美
（Kazumi Saikusa）
横市大・生命医科学（Grad. Sch. of Medical Life Science, Yokohama City Univ.）
16：25
2WC-02 Unraveling the complexity of IgG –CD16a（Fc γⅢ a receptor）interactions and a
suggestion for simplified comparability analysis.
○ Robert Karlsson1）、Åsa Frostell1）、Jerrard Hayes2）、Pauline Rudd3）
1）Bio-Analysis Systems R&D, GE Healthcare Life Sciences、
2）School of Biochemistry & Immunology, Trinity Biomedical Sciences Institute, Trinity College、
3）NIBRT-Glycoscience Group, NIBRT-The National Institute for Bioprocessing, Research and Training
16：45
2WC-03 等温滴定熱測定の基礎と適用例 /
Basic principles and applications of isothermal titration calorimetry
○織田 昌幸（Masayuki Oda）
京府大・院生命環境科学（Grad. Sch. Life Environ. Sci., Kyoto Pref. Univ.）
17：05
2WC-04 Advances in the Analysis of Isothermal Calorimetric and Microscale
Thermophoretic Data
○ Chad A. Brautigam
Department of Biophysics, The University of Texas Southwestern Medical Center
17：25
2WC-05 Analytical ultracentrifugation for quantitative intermolecular interaction studies
○内山 進（Susumu Uchiyama）
阪大・工・生命先端（Dept. Biotech. Grad. Sch. Eng., Osaka Univ.）
（ 47 ）
17：45
2WC-06 Global Analysis of Data from Multiple Biophysical Methods for the Analysis of
Protein Complex Stoichiometry and Affinity
○ Huaying Zhao、Peter Schuck
Dynamics of Macromolecular Assembly Section, Laboratory of Cellular Imaging and Macromolecular
Biophysics, National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering, National Institutes of Health
18：05
2WC-07 NMR によるタンパク質 - リガンド相互作用の定量解析法 /
Quantitative analysis of protein-ligand interactions by NMR
1, 2）
○新井 宗仁（Munehito Arai）
1）東大・総合文化・生命環境（Dept. of Life Sci., Univ. of Tokyo）、
2）科学技術振興機構さきがけ（PRESTO, JST）
Workshop
18：25
おわりに / Closing Remarks
内山　進（Susumu Uchiyama）
大阪大（Osaka Univ.）
Day 2
June 26
（ 48 ）
2WD
D 会場（3 階 やまゆり）/ Room D（3F Yamayuri）
16：00 ～ 18：30
製薬企業における抗体創薬
The research and development of antibody drugs in pharmaceutical industries.
The workshops regarding antibody drugs have been held at every annual meeting. In 2014 meeting,
we focused on the research and development of antibody drugs in pharmaceutical industries. Talks
of the first half are on the development of IL-6R neutralizing antibody, anti-CCR4 antibody and antiverotoxin antibody. The latter part includes the talks about the antibody design and the future aspect
of antibody drug, which will then be followed by discussion on academia-industry collaboration.
オーガナイザー：上村 みどり（帝人ファーマ（株））
、三浦 隆昭（中外製薬（株））
Organizers：Midori Kamimura（Teijin Pharmacetical LTD.）, Takaaki Miura（Chugai Pharmaceutical Co.LTD）
Workshop
本学会では、抗体をトピックとした WS を連続的に開催してきた。効果が明らかでかつ安心安全な新薬
を患者さんに届けるためには、専門の異なる多くの研究者が連携し、情熱と使命感をもって多くのハー
ドルを越えていくことが不可欠である。本 WS では、「製薬会社における抗体創薬」と題し、日本初の抗
体医薬であるアクテムラの創出、１昨年上市されたモガムリズマブの創出、ベロ毒素抗体、抗体デザイ
ン、将来の抗体医薬の展望について５名の製薬企業研究者から創薬の実際について講演を頂き、産学連
携も視野に議論する。
Day 2
June 26
16：00
2WD-01 国産初の抗体医薬品トシリズマブ - 着想から製品化まで /
An Innovative anti-rheumatic drug, Tocilizumab-A therapeutic antibody
○大杉 義征（Yoshiyuki Ohsugi）
一橋大学イノベーション研究センター（Hitotsubashi University, Institute of Innovation research）
16：30
2WD-02 高 ADCC 活性抗体作製技術 POTELLIGENT® を搭載した抗 CCR4 抗体モガムリズマブ
の創製 /
Development of mogamulizumab, anti-CCR4 antibody, with ADCC enhanced
antibody technology POTELLIGENT®.
○飯田 茂（Shigeru Iida）
協和発酵キリン株式会社（Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd.）
17：00
2WD-03 病原性大腸菌感染症の治療を目的としたヒト型化抗 Stx2 モノクローナル抗体の研究 /
Research of humanized anti-Stx2 monoclonal antibody for treatment of Shiga
toxin-producing E.coli infections.
○木村 剛（Tsuyoshi Kimura）
帝人ファーマ（株）・生物医学総合研究所（Institute for Bio-medical Research, Teijin Pharma Ltd.）
17：30
2WD-04 抗体モデリングアセスメント（AMA）-II による手法横断的評価 /
JOA team results of Antibody Modeling Assessment（AMA）II
○白井 宏樹（Hiroki Shirai）
アステラス製薬（Astellas pharma）
18：00
2WD-05 進化を続ける抗体医薬～現状と展望～ /
Evolving technologies of therapeutic monoclonal antibody
○服部 有宏（Kunihiro Hattori）
中外製薬株式会社　研究本部（Chugai Pharmaceutical Co., Ltd. Research Division）
（ 49 ）
2WE
E 会場（3 階 いちょう）/ Room E（3F Ichou）
16：00 ～ 18：30
蛋白質における動的秩序形成と高次機能発現
Dynamical Ordering of Protein Molecules for creation of Integrated Functions.
新学術領域研究「生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現」共催
Workshop
Day 2
June 26
生物が示す高度な機能性は、蛋白質などの生体分子集団が協奏的かつ自立的に高次秩序を創出し、さら
に、この秩序が動的に組変わることによって実現されている。従って、生物が示す機能性を理解するた
めには、システムを構成する多数の分子素子が示す集合離散現象を明らかにし、その過程を分子科学的
な視点から解き明かすことが本質的である。本ワークショップでは、理論・実験の両側面から蛋白質集
合体が示す動的な集合離散現象に注目する。
Living systems are characterized as dynamic processes of assembly and disassembly of protein
molecules in response to the external environment. To elucidate the molecular mechanism of
living systems, it is quite important to answer the question, how these biomolecules are ordered
autonomously to form flexible and robust systems. This workshop will focus on the dynamical
ordering of protein molecules coupled with their integrated functions.
オーガナイザー：加藤 晃一（自然科学研究機構）、上久保 裕生（奈良先端大）
Organizers：Koichi Kato（NINS）, Hironari Kamikubo（NAIST）
16：00
2WE-01 タンパク質反応におけるドメイン間・分子間相互作用時間分解検出 /
Time-resolved detection of inter-domain and inter-protein interaction during
protein reaction
○寺嶋 正秀（Masahide Terazima）
京大・院理・化学（Graduate School of Science, Kyoto University）
16：25
2WE-02 マルチドメイン蛋白質におけるドメイン再配置と結合調整 /
Domain rearrangement of a multi-domain protein regulates the association and
dissociation of its interaction partners.
○上久保 裕生（Hironari Kamikubo）
奈良先端大・物質創成（MS, NAIST）
16：50
2WE-03 非天然アミノ酸の導入技術を利用したタンパク質の人工機能拡張 /
Expansion of protein function using nonnatural amino acid mutagenesis
○芳坂 貴弘（Takahiro Hohsaka）
北陸先端大・マテリアル（School of Materials Sci., JAIST）
17：15
2WE-04 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算 /
Interactions of biomolecular assembly and free energy calculations
○岡本 祐幸（Yuko Okamoto）
名大・理・物理（Dept. of Physics, Nagoya University）
17：40
2WE-05 生体分子素子の自己組織化による神経軸索の伸長と調節 /
Protein assembly involved in signal-force transduction for axon outgrowth
○稲垣 直之（Naoyuki Inagaki）
、馬場 健太郎
（Kentarou Baba）
、久保 祐亮
（Yusuke Kubo）
奈良先端大・バイオ（Grad. Sch. of Biol. Sci., Nara Inst. of Sci. Technol.）
18：05
2WE-06 プロテアソームのサブユニット集合における動的秩序 /
Dynamic ordering in proteasomal subunit assembly
1, 2）
2, 3）
○加藤 晃一（Koichi Kato）
、佐藤 匡史
（Tadashi Satoh）
1）自然科学研究機構・岡崎統合バイオ（Okazaki Inst. for Integr. Biosci., NINS）、
2）名市大・院薬（Grad. Sch. of Pharm. Sci., Nagoya City Univ.）、
3）科学技術振興機構・さきがけ（JST, PRESTO）
（ 50 ）
3WA
A 会場（2 階 おしどり・くじゃく）/ Room A（2F Oshidori/Kujaku）
15：00 ～ 17：30
限定されたデータからの構造情報の抽出
Extraction of structural information from limited experimental data
構造解析技術の発展に伴って、解析可能な試料の幅は広がり、高精度の立体構造決定も可能になってき
た。一方で、試料自体の性質や解析方法の制限などにより、期待するデータを完璧に揃えるのが困難な
局面にぶつかることは未だに少なくない。本ワークショップでは、結晶化が困難な試料からの構造情報
の抽出、結晶構造と AFM や NMR を組合せた解析、モデル構築の難しい分解能での構造解析など、限
定されたデータから出来るだけ確からしい構造情報を導きだすための様々な方法を議論する。
Technological development of structural analyses has allowed us to investigate wide varieties of
biological molecules and determine three-dimentional structures with higher precision. However,
properties of samples and limits of technology often make it difficult to collect perfect experimental
data. In this workshop, we will dicuss methods for extracting structural information from limited
experimental data.
オーガナイザー：深井 周也（東京大）、稲垣 冬彦（北海道大）
Organizers：Shuya Fukai（The Univ. of Tokyo）, Fuyuhiko Inagaki（Hokkaido Univ.）
15：00
はじめに / Opening Remarks
15：05
3WA-01 中程度の分解能での結晶構造解析 /
Crystallography at moderate resolution
1, 2, 3）
○深井 周也（Shuya Fukai）
1）東大・放射光・生命科学（Life Sci. Div., SRRO, Univ. of Tokyo）、
2）東大・分生研（IMCB, Univ. of Tokyo）、3）JST CREST
15：25
3WA-02 溶液構造と結晶構造を組み合わせた蛋白質解析 /
Utilization of solution structure and crystal structure for protein analysis
○西野 達哉（Tatsuya Nishino）
遺伝研、分子遺伝（Dept. Mol. Gen. , National Inst. Genetics）
15：45
3WA-03 シナプス形成を司る GluR δ 2-Cbln1-Neurexin 三者複合体の構造解析 /
Structural analysis of trans-synaptic GluR δ 2-Cbln1-Neurexin tripartite complex
1, 2）
○植村 健（Takeshi Uemura）
1）信大・医・分子細胞生理（Dept. of Mol. and Cell. Physiol., Shinshu Univ. Sch. of Med.）、
2）独立行政法人科学技術振興機構 , CREST（JST, CREST）
16：05
3WA-04 表面蛋白質の発現ストラテジー /
Strategy for expression of surface proteins
1, 2）
○前仲 勝実（Katsumi Maenaka）
1）北大・薬・生体分子機能（Lab. Biomol. Sci., Facult. Pharm.Sci., Hokkaido Univ.）、
2）北大・薬・創薬セ（CRED, Facult. Pharm.Sci., Hokkaido Univ.）
16：25
3WA-05 NMR による、限定されたデータからの GPCR の動的構造情報の抽出 /
Extraction of information on conformational dynamics of GPCR from limited
experimental data using NMR
1, 2）
1）
○上田 卓見（Takumi Ueda）
、嶋田 一夫
（Ichio Shimada）
1）東大院・薬（Grad. Sch. Pharm. Sci., The Univ. of Tokyo）、2）JST, PRESTO
（ 51 ）
Workshop
新学術領域研究「細胞シグナリング複合体によるシグナル検知・伝達・応答の構造的基礎」共催
Day 3
June 27
16：45
3WA-06 長距離情報の利用による、NOE に依らない NMR 構造解析 /
NMR structural studies using long range distance restraints without NOE
information
○三島 正規（Masaki Mishima）
首都大・理工（Grad Sch. of Sci. and Eng., Tokyo Metropolitan Univ.）
17：05
3WA-07 常磁性イオンを利用した長距離情報の取得 /
Acquirement of long distance information using paramagnetic ion
○稲垣 冬彦（Fuyuhiko Inagaki）
北海道大学大学院先端生命科学研究院（Faculty of Advanced Life Science, Hokkaido University）
Workshop
17：25
おわりに / Closing Remarks
Day 3
June 27
（ 52 ）
3WB
B 会場（2 階 201）/ Room B（2F 201）
15：00 ～ 17：30
スマートプロテインデザイン：次世代蛋白質工学を目指して
"Smart Protein Design" toward Next-generation Protein Engineering
Although basic protein science has made much progress in recent years, its applications are still
limited. In this workshop, we propose "Smart Protein Design" as next-generation protein engineering
to design, develop and apply useful proteins to various fields. Assembled basic and applied protein
scientists will create a new trend to contribute to society.
Workshop
近年、蛋白質に関する基礎研究成果が蓄積されつつあるにもかかわらず、その応用分野は、酵素や医薬品、
食品等に留まっているのが現状ではないだろうか。そこで、本ワークショップでは、次世代の蛋白質工
学として、
高機能で有用な蛋白質の設計・開発・応用を目指した「スマートプロテインデザイン」を掲げる。
基礎から応用まで様々な研究者が一堂に会することで、蛋白質科学から社会への貢献を目指す新潮流を
起こしていきたい。
オーガナイザー：新井 亮一（信州大）、上田 宏（東京工業大）
Organizers：Ryoichi Arai（Shinshu Univ.）, Hiroshi Ueda（Tokyo Tech）
15：00
Day 3
はじめに / Opening Remarks
June 27
上田 宏（Hiroshi Ueda）
東京工業大（Tokyo Tech）
15：10
3WB-01 蛋白質の静電場環境による活性のコントロール /
Electrostatics and protein functions
○石北 央（Hiroshi Ishikita）
東大・工・応化（Dept. of Applied Chem., Grad. Sch. of Eng., Univ. of Tokyo）
15：37
3WB-02 卵白蛋白質で創る細胞制御ナノデバイス : 凝集の分子機構に基づくスマートデザイン /
Smart design of cell control nano device based on the aggregation mechanism of
egg white protein
1）
成田 侑祐里（Yuuri Narita）
、市川 将弘
（Masahiro Ishikawa）1）、亀山 里菜
（Rina Kameyama）1）、
1）
2）
1）
山田 愛美（Manami Yamada） 、半田 明弘
（Akihiro Handa） 、○田中 直毅
（Naoki Tanaka）
1）京工繊大・工芸・生体分子（Dept. Biomol. Eng., Kyoto Inst. Tech）、
2）キユーピー技術研（Kewpie Co. R & D Div.）
16：04
3WB-03 分子シャペロンタンパク質の新機能探索 /
Chaperone engineering: New function of molecular chaperone
○座古 保（Tamotsu Zako）
理研・前田バイオ工学（Bioengineering Lab. RIKEN）
16：31
3WB-04 ホタルルシフェラーゼにおける２段階の触媒反応を利用した蛋白質間相互作用検出法
“FlimPIA”/
A Protein-protein Interaction Assay "FlimPIA" Based on the Two Catalytic
Reactions of Firefly Luciferase.
1, 2）
○大室 有紀（Yuki Ohmuro）
、栗原 誠
（Makoto Kurihara）3）、山下 貴宏
（Takahiro Yamashita）3）、
1）
上田 宏（Hiroshi Ueda）
1）東工大・資源研（ Chem. Res. Lab., Tokyo Tech.）、2）学振（JSPS）、
3）東大・院工・化生（Dept. of Chem. & Biotech., Sch. of Eng., Tokyo Univ.）
16：58
3WB-05 配列パターンデザインによるデノボ蛋白質の半合理的創製とその応用 /
Semi-rationally designed de novo proteins created from pattern-designed
polypeptide library, and their application
○新井 亮一（Ryoichi Arai）
信州大・繊維・応用生物（Div. of Appl. Biol., Fac of Tex. Sci. Tech., Shinshu Univ.）
17：25
総合討論 / Discussion
（ 53 ）
3WC
C 会場（3 階 かもめ）/ Room C（3F Kamome）
15：00 ～ 17：30
生命素子による転写環境と代謝のクロストーク制御
Crosstalk between transcriptional control and energy pathways, mediated by hub
metabolites
新学術領域研究「生命素子による転写環境とエネルギー代謝のクロストーク制御」共催
Workshop
Day 3
細胞のエネルギー代謝は、その増殖状態や分化段階によりダイナミックに制御され、恒常性維持や新し
い定常状態への移行を実現している。代謝産物（＝生命素子）の一部は、転写環境の形成にも利用されて
いる。本ワークショップでは転写環境の構築とエネルギー代謝のクロストーク制御を理解するために、
書き込み・読取り・消去・書換え等のメカニズムに着目し、転写と代謝のクロストーク制御について最
新の成果を報告する。
Cells maintain homeostasis and shift to a new steady state by controlling energy metabolism
dynamically, in a manner that depends on growth state and stage of differentiation. Several
intermediates（hub metabolites）involved in energy regulation are recruited for the formation of
the transcriptional environment. In this workshop, the speakers present recent works focusing on
‘writing', ‘reading', ‘erasing' and ‘rewriting' to better understand the crosstalk regulation between the
transcriptional environment and energy metabolism.
June 27
オーガナイザー：清水 敏之（東京大）、白木 琢磨（近畿大）
Organizers：Toshiyuki Shimizu（The Univ. of Tokyo）, Takuma Shiraki（Kinki Univ.）
15：00
3WC-01 核内受容体に作用する生体内代謝物の分子解剖 /
Molecular dissection of endogenous metabolites regulating nuclear receptors
○白木 琢磨（Takuma Shiraki）
近大・生物理工（B.O.S.T., Kinki Univ.）
15：30
3WC-02 UHRF1 タンパク質による DNA 維持メチル化機構の分子基盤 /
Structural basis for molecular mechanism of maintenance DNA methylation by
UHRF1
1）
2）
1）
○有田 恭平
（Kyohei Arita）
、村上 晃満
（Terumitsu Murakami ）
、草野 史衣
（Fumie Kusano）
、
3）
3）
西山 敦哉（Atsuya Nishiyama） 、中西 真
（Makoto Nakanishi） 、
2）
有吉 眞理子（Mariko Ariyoshi）4）、白川 昌宏
（Masahiro Shirakawa）
1）横市・生命医（Graduate school of Medical Science, YCU.）、
2）京都大学　工学研究科（Graduate school of Engineering, Kyoto Univ.）、
3）名古屋市大（Graduate School of Medical Sciences, Nagoya City University）、
4）京都大学　ICeMS（iCeMS, Kyoto Univ.）
16：00
3WC-03 アルギニンメチル化酵素 PRMT8 のホスホリパーゼ活性の発見と生物学的意義の解明 /
Identification of phospholipase activity of PRMT8 and its biological significance
1）
2）
1）
○金 俊達（Jun-dal Kim）
、朴 京義
（Kyung-eui Park）
、深水 昭吉
（Akiyoshi Fukamizu）
1）筑波大・生命領域学際研究センター（TARA center, Univ. of Tsukuba）、
2）筑波大・院・生命環境（Grad. Sch. of Life and Env. Sci., Univ. of Tsukuba）
16：30
3WC-04 CITED2-GCN5 複合体による肝糖新生調節機構 /
GCN5 regulates hepatic gluconeogenesis through CITED2-dependent substrate
switch
1）
1）
○松本 道宏（Michihiro Matsumoto）
、酒井 真志人
（Mashito Sakai）
、
2）
春日 雅人（Masato Kasuga）
1）国立国際医療研究センター・糖尿病研究センター・分子代謝制御（Dept. of Mol. Metab. Regl.,
Diabetes Res. Ctr., NCGM）、
2）国立国際医療研究センター（NCGM）
17：00
3WC-05 外的環境によるヒストン脱メチル化酵素の翻訳後修飾と 肥満・メタボリックシンド
ローム /
Metabolic and environmental regulations of JmjC histone demethylases
○酒井 寿郎（Juro Sakai）
東大・先端研（Div. Metabolic medicine, RCAST, The University of Tokyo）
（ 54 ）
3WD
D 会場（3 階 やまゆり）/ Room D（3F Yamayuri）
15：00 ～ 17：30
タンパク質凝集と溶解性は同じコインの裏とも表？その物理化学的な解明を目指す研究
Protein solubility and aggregation: Two sides of the same coin?
This workshop will present recent biophysical studies on protein and peptide's solubility and
aggregation. We will discuss differencies and similarities between amyloids, amorphous（non-amyloid）
aggregation and solubility, both in a cellular and in vitro context, as well as simulation studies to shed
insights into the molecular mechanisms of aggregation and solubility.
オーガナイザー：後藤 祐児（大阪大）、黒田 裕（東京農工大）
Organizers：Yuji Goto（Osaka Univ.）, Yutaka Kuroda（Tokyo Univ. Agr & Tech）
15：00
3WD-01 序「蛋白質の凝集研究の歴史と現状」/
Background and current status of the studies on protein aggregation
○後藤 祐児（Yuji Goto）
阪大・蛋白研（Inst. Protein Res., Osaka Univ.）
15：15
3WD-02 細胞内異常凝集体の直接解析 /
Direct approach for the analysis of aggregated protein - advanced laser-micro
dissection system and Unfoldin○八谷 如美（Naomi Hachiya）
、宮下 佳奈
（Kana Miyashita）
、西島 佳奈
（Kana Nishijima）
、
加藤 大樹（Hiroki Kato）
東京医大・医・神経生理（Dept. of Neurophisiol., Tokyo Med. Univ.）
15：35
3WD-03 過飽和の解消によるアミロイド線維形成の熱測定 /
Heat of supersaturation-limited amyloid burst directly monitored by isothermal
titration calorimetry
○李 映昊（Young-Ho Lee）
大阪大学　蛋白質研究所（Institute for Protein Research, Osaka University）
15：55
3WD-04 蛋白質の会合凝集とアルギニン /
Aggregation of Proteins and Arginine
○津本 浩平（Kouhei Tsumoto）
東大・工・バイオエンジ，東大・医科研（Dept Bioeng.,Sch. Eng., and Inst Med. Sci., Univ of Tokyo）
16：15
3WD-05 タンパク質と高分子電解質の複合体：機能制御と構造安定化 /
Protein polyelectrolyte complex: Functional regulation and structural stabilization
for protein
1）
2）
○白木 賢太郎（Kentaro Shiraki）
、冨田 峻介
（Shunsuke Tomita）
、
1）
1）
栗之丸 隆章（Takaaki Kurinomaru） 、丸山 卓也
（Takuya Maruyama）
、
1）
3）
3）
桑田 賢吾（Kengo Kuwada） 、伊崎 俊介
（Shunsuke Izaki） 、繁田 賢治
（Kenji Handa）
、
3）
木本 知明（Tomoaki Kimoto）
1）筑波大・数理物質（Inst. Appl. Phys., Univ. of Tsukuba）、
2）東大・総合文化（Dept. Life Sci., Grad. School of Arts and Sci., Univ. of Tokyo）、
3）テルモ・研究開発本部（R & D Headquarters, Terumo Corp.）
（ 55 ）
Workshop
本ワークショップは、タンパク質やペプチドの凝集を物理化学的な視点に立って解析する研究を紹介し
ます。特に、アミロイド凝集とアモルファス凝集と相違点、凝集と溶解性の関係、細胞内凝集と試験管
内凝集性の関係、凝集性の制御、計算機シミュレーションによる凝集の解析について、分子レベルでの
議論をしていただきます。
Day 3
June 27
16：35
3WD-06 疎水性・親水性モデルを用いらないタンパク質溶解性の解析 /
A non-hydrophobic/hydrophilic view of protein solubility and amorphous
aggregation
○黒田 裕（Yutaka Kuroda）
農工大・工・生命工（Dept of Biotech and Life Sci, TUAT）
16：55
3WD-07 全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド凝集形成の解析 /
All-atom molecular dynamics analysis of peptide aggregation
1）
2）
2）
○末永 敦（Atsushi Suenaga）
、佐藤 雄士
（Yuji Sato）
、小須田 慧司
（Satoshi Kosuda）
、
3）
2）
泰地 真弘人（Makoto Taiji） 、黒田 裕
（Yutaka Kuroda）
Workshop
1）産総研・創薬分子プロファイリング研究センター（molprof, AIST）、
2）東京農工大・工・生命工（Dept. Biotech. & Life Sci., Grad. Sch. Engng., Tokyo Univ. Agr. Tech.）、
3）理研・生命システム研究センター（QBiC, RIKEN）
17：10
3WD-08 MD シミュレーションによるアミロイド形成過程の研究 /
Molecular dynamics simulation of amyloid formation
○亀田 倫史（Tomoshi Kameda）
産総研・CBRC
（CBRC, AIST）
Day 3
June 27
17：25
おわりに / Closing Remarks
後藤 祐児（Yuji Goto）
大阪大（Osaka Univ.）
（ 56 ）
3WE
E 会場（3 階 いちょう）/ Room E（3F Ichou）
15：00 ～ 17：30
新生鎖生物学の最前線
Forefront of Nascent Chain Biology
All proteins are synthesized as “nascent chains” during translation. Recent studies have revealed that
nascent chains are not simply intermediate species during protein synthesis but may play important
roles in modulating the rate of translation, quality control of mRNA and maturation of proteins. In
this workshop, we will introduce the forefront of nascent chain biology.
Workshop
すべてのタンパク質は mRNA と tRNA から新生ポリペプチド鎖（以下、新生鎖と呼ぶ）として産まれて
くる。しかし新生鎖はタンパク質合成における単なる中間体ではない。最近の研究によって、新生鎖は
翻訳速度の調節、mRNA の品質管理、タンパク質の成熟化などの様々な機能を有することが見出され
てきた。本ワークショップでは、細胞恒常性維持の根幹をなすものとして注目を集める “ 新生鎖 ” に関
する最前線の研究を紹介する。
オーガナイザー：稲葉 謙次（東北大）、田中 元雅（理研）
Organizers：Kenji Inaba（Tohoku Univ.）, Motomasa Tanaka（RIKEN）
Day 3
15：00
はじめに
15：10
3WE-01 新生鎖フォールディングの分子機構解明への多角的な取り組み /
Approaches to understand the nascent-chain folding
June 27
○田口 英樹（Hideki Taguchi）
東工大・生命理工（Grad. Sch. of Biosci. Biotech., Tokyo Tech.）
15：35
3WE-02 分泌タンパク質新生ポリペプチド鎖の酸化的フォールディングの解析 /
Mechanisms of oxidative folding of a newly-synthesized secretory protein in vivo
○門倉 広（Hiroshi Kadokura）
、稲葉 謙次
（Kenji Inaba）
東北大学・多元研（IMRAM, Tohoku Univ.）
16：00
3WE-03 働く新生鎖 MifM を利用した蛋白質膜組込装置 YidC の機能解析 /
Functional analysis of membrane protein insertase YidC using a regulatory
nascent chain MifM
1）
2）
3）
○千葉 志信（Shinobu Chiba）
、熊崎 薫
（Kaoru Kumazaki）
、塚崎 智也
（Tomoya Tsukazaki）
、
2）
1）
濡木 理（Osamu Nureki） 、伊藤 維昭
（Koreaki Ito）
1）京産大・総合生命（Faculty of Life Sci. Kyoto Sangyo Univ.）、
2）東大・理（School of Sci. Univ. of Tokyo）、3）奈良先端大・バイオ（Bio. NAIST）
16：25
3WE-04 新生鎖依存の翻訳アレストによる品質管理機構におけるユビキチン因子複合体の新規
機能 /
Novel roles of ubiquitin ligase complex in quality controls by nascent peptidedependent translation arrest
○稲田 利文（Toshifumi Inada）
東北大院・薬・遺伝子（Grad. Sch. pf Pharm. Sci., Tohoku Univ.）
16：50
3WE-05 tRNA リボソームプロファイリングの技術開発と翻訳解析への応用 /
Development of a tRNA-ribosome profiling technology and its application to
translational analysis
○田中 元雅（Moyomasa Tanaka）
理研・脳セ（RIKEN, BSI）
17：15
総合討論
（ 57 ）