Comments
Description
Transcript
2 - Thermo Fisher Scientific
新ライフテクノロジーズウェブサイト ご注文マニュアル 人工遺伝子合成ウェブポータルサイト注文編 ④人工遺伝子合成サービスの設定・複数の配 列情報の入力 2012年‐2月版 1 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential 人工遺伝子合成サービスの設定 人工遺伝子合成サービスの内容を設定するには、追加したアイコンをダブル クリックして開始します。 ダブルクリックして サービス内容の設定を 開始します。 2 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ1 配列情報の入力 人工遺伝子合成サービスの設定を行います。設定は４つのステップからなり ます。ステップ1では配列情報を入力します。サンプル名、コドン最適化用生 物種、配列の種類、配列情報を入力します。 赤枠内の情報を入力し ます。配列の種類は DNAかアミノ酸配列の どちらか一種類を入力 し、選択します。 3 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ1 コドン最適化用生物種 コドン最適化用生物種のドロップダウンリストから、ご希望の生物種を選択し ます。ご希望のものがない場合は、一番下にある「Other」を選択します。専用 入力枠が現れるので、そこに生物種名を入力します。最適化を希望しない場 合は「Non optimized」を選択します。 リストにある生物種名の一般名は一覧 Non optimized 最適化なし 表を参照して下さい。 Arabidopsis thaliana シロイヌナズナ クリック！ 4 Bacillus subtilis 枯草菌 Bos taurus 牛 Brassica napus セイヨウアブラナ Caenorhabditis elegans 線虫（C.elegans) Caulobacter crescentus CB15 C. crescentus CB15株 Chlamydomonas reinharditii クラミドモナス（Engineering Kits, A14258） Cricetulus griseus チャイニーズハムスター、CHO細胞 Drosophila melanogaster キイロショウジョウバエ Escherichia coli 大腸菌 Glycine max 大豆 Homo sapiens ヒト Hordeum vulgare 大麦 Lycopersicon esculentum トマト Mus musculs マウス Nicotiana benthamiana ベンサミアナタバコ Nicotiana tabacum タバコ Olyctolagus cuniculus ウサギ Oryza sativa イネ Pichia pastoris ピキア酵母 Saccharomyces cerevisiae 出芽酵母 Schizosaccharomyces pombe 分裂酵母 Spodoptera frugiperda ヨトウガ、Sf9細胞、Sf21細胞 Synechococcus elongatus シアノバクテリア（Engineering Kits, A14259） Vaccinia virus ワクシニアウイルス Zea mays トウモロコシ 2/23/2012 Other その他| Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ1 入力例 例としてヒトのα‐アクチンのアミノ酸配列を入力し、最適化用生物種として チャイニーズハムスターである Cricetulus griseusを選択しました。Next Stepを クリックして、ステップ2へ進みます。 「Next Step」をクリック して次のステップへ進 みます。 5 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 ORF候補選択 ステップ2の「ORF」では、コドン最適化の対象領域であるORFを選択します。 自動処理により複数のORF候補が表示されます。ご希望のORFにチェックを 入れて選択します。なお最適化を行わない場合はORFを選択する必要はあり ません。 最適化を行うORF領域 にチェックを入れて選 択します。 選択したORFは Feature Mapに表 示されます。 チェックを入れた領域 が水色で表示されます。 6 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 任意のORF選択 下の方にある「任意のORF領域を、、、」をクリックすると、任意のORF領域を 指定できます。 最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。 クリックすると下の項目が開き、 任意のORF領域を選択できます。 最初と最後の位置を指定し、「ORF 領域の指定」をクリックします。 指定した領域が水色で 表示されます。 7 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 5’付加配列 制限酵素配列挿入（1） 5’側のクローニング用制限酵素認識配列や付加配列を指定します。すでに 付加してある場合、候補が自動的に表示されます。もし、ご希望のものが表 示されていない場合は、青字の「新たに制限酵素認識配列や付加配列 を、、、」の部分をクリックします。 新しい画面が現れます 候補がここに表示されます。本画 面ではまだ付加されていないので、 表示されません。この場合、下の 赤枠内をクリックします。 8 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 5’付加配列 制限酵素配列挿入（2） 新しい画面で ドロップダウンリストをクリックします。制限酵素やatt配列のリ ストが開きます。ご希望のものを選択します。 BamHIを選択し、開始 コドンのAにあたる1番 目の塩基の前に挿入し ます。 9 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 5’付加配列 制限酵素配列挿入（3） 挿入したBamHIにチェックを入れるとベージュ色に変わり、赤線で表示されま す。チェックした配列は最適化配列から自動的に除かれます。また最適化を 行っても保護されます。 目的の付加配列に チェックを入れます チェックを入れた付加 配列はFeature Mapに 表示されます。 赤線とベージュ色で表示されます 10 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 5’付加配列 リストにない配列の挿入（1） ①リストにない配列を付加する場合には、青字の 「新規制限酵素認識配列 や付加配列を、、、」の部分をクリックします。 新しい画面が現れます。 ②さらに「リストにないご希望の配列は、、、、」 の部分をクリックします。 新 しい画面が現れます。 ①クリック ②クリック 11 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 5’付加配列 リストにない配列の挿入（2） 一番上の枠内に挿入したい配列を入力します。挿入部位の3’側に当たる塩 基番号を指定し、「配列の挿入」をクリックすると挿入されます。 ①挿入配列を入力します（ACC)。 ②挿入部位を入力します（開始コドンのA）。 ③クリックします。 ④開始コドンの前にACCが挿入されます。 12 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 3’付加配列 3’側の付加配列を選択し、挿入します。方法は5’付加配列と同じです。例とし て、Eco RIを1143番目の塩基の後に挿入します。 チェックを入れた付加 配列はFeature Mapに 表示されます。 13 チェックを入れるとベー ジュ色に変わり、赤線 で表示されます。チェッ クした配列は、最適化 配列から自動的に除か れます。また最適化を 行っても保護されます。 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 配列の修正 塩基の挿入、削除、コドン・アミノ酸置換をすることができます。ご希望の部 位をクリックします。修正用の画面が開きます。 二番目のアミノ酸 （Cys）をクリック！ 配列修正用の画面 が開きます 14 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 配列の修正 挿入 左のタブは塩基の挿入です。ご希望の配列を挿入します。なお赤線の付加 配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。 また修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキー を押さないで下さい。画面が消えてしまいます。 ここに挿入配列を入力します 15 挿入用の塩基配列 を入力し、「塩基配 列を挿入」をクリック します。 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 配列の修正 削除 中央のタブは塩基の削除です。クリック部位からご希望の部位まで削除しま す。なお赤線の付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面 に戻って行って下さい。また修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修 正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。 削除する部位を入力 し、「塩基配列を削 除」をクリックします。 16 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 配列の修正 置換 右のタブはコドンとアミノ酸置換用の画面です。ドロップダウンリストから選択 します。なお赤線の付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画 面に戻って行って下さい。また修正後にUndoのやり直しはできません。さらに 修正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。 リストから候補を選 択し、「置換」をクリッ クします。 17 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 最適化の設定 保護・除外する制限 酵素配列のリスト 最適化で保護、または除外する配列を選択します。保護する塩基配列は最 適化後も変更ありません。除外する塩基配列は最適化後の配列には含まれ ません。リストの中から選択します。 もしリストの中にご希望の配列がない場合は、下にスクロールします。 最適化しない場合は、選択する必要はありません。 チェックを 入れて選 択します。 保護・除外した配列 は、Feature Mapに 表示されます。 18 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ2 最適化の設定 保護・除外する任意 の配列 リストの下にある「保護する配列を、、、」や「除外する配列を、、、」をクリック すると任意の配列を保護・除外できる入力画面が開きます。 例として配列名6xG、Gが六つ連続した配列を除外します。 設定が終了したら「Next Step」をクリックします。 保護する領域 を指定できます。 19 除外する配列 を指定できます。 保護・除外した配列 は、Feature Mapに 表示されます。 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ3 GeneOptimizer® による配列最適化 ステップ1のリストにある生物種で最適化を行う場合、「リストにある、、、」を 選択し、「Optimize」をクリックします。この場合、自動処理により数分以内に 結果が得られます。 リストにないその他の生物種の場合は、中央の「リストにない生物種で、、、」 を選択し、「Next Step」をクリックします。GeneArt®の担当者が確認いたします。 もし最適化を希望しない場合は、「最適化しない」を選択し、「Next Step」をク リックします。 20 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ3 最適化後の解析結果 合成予定配列の解析結果を確認できます。最適化した場合は最適化配列も 確認できます。また解析結果と塩基配列をダウンロードできます。解析結果 はCodon Quality Distribution、Codon Quality Plot、GC Contentが示されます。 問題がなければ「Next Step」をクリックします。 解析結果、合成予定塩 基配列をダウンロード できます。 21 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ3 最適化後の解析結果(1) ①「Optimized Codon Quality Distribution」 では、コドンクオリティーに基づく コドンの割合が示されています。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も 使用頻度の高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に 設定したものです。 ① 22 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ3 最適化後の解析結果(2) ② ②「Optimized Codon Quality Plot」 では、塩基配列の各ポジションにお けるコドンクオリティーを示してます。 ③ ③「Optimized GC Content」では、 各ポジションの前後20bpから 成る40bpのGC含量を示してま す。 23 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ4 その他 (1) TSE‐Freeでは、TSE（伝染性海綿状脳症因子）を含まない培地とプレートで全 ての実験を行います。最終納品物にはTSE‐Freeの証明書が付きます。 ドロップダウンリストから、pMX標準ベクターの薬剤耐性マーカーを選択しま す。なおNo Preference以外は追加費用（￥7,000）が発生します。 設定が終了したら、「Finish」をクリックします。 ご希望の薬剤耐性 マーカーを選択します。 24 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ4 その他 (2) 追加サービスでは、人工遺伝子合成と組み合わせるサービスを選択します。 例えばサブクローニングを選択すると、人工合成した遺伝子を、別なベクター にサブクローニングできます。なおプロジェクト内のドラッグ＆ドロップで追加 済みの場合は不要です。 合成予定配列が薬剤耐性遺伝子、Ori（DNA複製起点）、毒性タンパク質を含 む場合、該当する事項を選択します。 設定が終了したら、「Finish」をクリックします。 ご希望の追加サービスにチェックを入れます。 該当する配列にチェックを入れます。 25 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ステップ4 その他 (3) ご質問･ご要望を入力する際は左枠にチェックを入れて下さい。三角印を右 向きにすると入力画面が現れます。入力は英語でのみ可能です。なお入力 するとGeneArt®担当者の確認が必要となり、追加料金が発生します。必要な 方のみ入力します。 設定が終了したら、「Finish」をクリックします。 チェックを入れる ▼を右向きにする ご質問・ご要望をここに英語で入力します （有料、日本語不可） 26 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential 人工遺伝子合成サービス 設定終了 人工遺伝子合成サービスの設定が終了しました。アイコン内の緑色の 「Complete」の表示は、必要な情報が全て入力されたことを表しています。 27 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential 複数の人工遺伝子合成配列情報の入力方法 複数の人工遺伝子合成の配列情報を入力するには、次の方法があります。 1. Multi‐Fasta Assistantの利用 2. 設定済みサービスの複製と修正・変更 3. 個別入力 28 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential １．Multi‐Fasta Assistantの利用(1) Multi‐Fasta Assistantを利用すると、複数の配列を一度に入力できます。 Multi-Fastaアイコン をドラッグ＆ドロップし ます。 配列形式 サンプル名と配列をFASTA形 式で入力します。 29 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential １．Multi‐Fasta Assistantの利用(2) Multi‐Fasta Assistantを利用すると、複数の配列を一度に入力できます。 生物学的安全性レベルを選択します。 ご希望の追加サービスにチェックを入れます。 最後に「Save」をクリックして、内容を保存します。 30 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential １．Multi‐Fasta Assistantの利用(3) サンプル名と配列が個別のターゲットとして入力されます。 31 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ２．設定済みサービスの複製と修正・変更 1. 人工遺伝子合成サービスを設定します。 2. 次に右上の＋をクリックして、コピーを選択します。 3. 「ここにドロップ、、」の右上の＋をクリックして、貼り付けを選択します。 4. 同じサービス内容が複製されます。 5. ステップ2「配列の修正」等を利用して、修正・変更します。 ＋をクリックします 32 プルダウン メニューが 現れます 「コピー」 を選択し ます 「ここにドロッ プ、、」の＋のメ ニューから「貼り 付け」を選択し ます。 同じ設定内容のア イコンが複製され ました。ご希望に 応じて修正・変更 します。 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential ３．個別入力 Gene Synthesisのアイコンを本数分ドラッグ＆ドロップします。 ターゲットごとに配列情報等を入力します。 ターゲット ごとに入力 します ご希望の本数分（ここで は2本なので2回）ドラッ グ＆ドロップします。 33 2/23/2012 | Life Technologies™ Proprietary and confidential