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BaseSpaceTM の解析環境
Specification Sheet: Software BaseSpace の解析環境 TM 生物学者のための次世代シーケンサー用クラウドコンピューティング BaseSpaceハイライト 生物学者に使いやすいバイオインフォマティクス • ながれるようなデータ解析 生物学者のことを想定したデザインである BaseSpace プッ シュボタンのバイオインフォマティクスアプリケーションは、 簡単に使用でき、生データから生物学的に関連がある実用的な 結果を産出します。BaseSpaceアウトプットファイルは業界 標準であり、bam（マップおよびアライメント）、vcf（変異 コール）、fastq（生リード）、およびテキストフォーマット などのオープンフォーマットを使用しています。これらのファ イルフォーマットにより、 BaseSpaceデータを好みの科学的 ソフトウェアツールに簡単にインポートしてさらなる解析がで きます。 専用バイオインフォマティクスリソースを使用せずに、 プッシュ ボタンのデータ解析ツールにより、迅速かつ簡単に結果を表示 • 前例のないアクセスとデータ保管 機器からクラウドへのデータのスムーズな転送、 共同研究者と即 座にデータ共有、 そしてデータを保管 • セキュリティの強化 業界標準の暗号化によりセキュリティを保証 ながれるようなデータ解析 はじめに 次世代シーケンサー（NGS）システムの最大の課題の1つは、 データの解析および保管をサポートするための高性能のコン ピュータインフラストラクチャーの必要性でした。BaseSpace により、情報技術（IT）インフラストラクチャーの維持に関連 したコストを削減することができ、研究に集中することができ ます。BaseSpaceは生物学者のためにデザインされた初のク ラウドコンピューティングプラットフォームです。分かりやす い機能（図1）や、MiSeqTMシステムおよび他のイルミナシー ケンスプラットフォームと直接繋がることにより、BaseSpace はデータの解析、保管、共有のための理想的なクラウドソ リューションとなっています。 従来、次世代シーケンスを実行していた研究室は、データ解析 を行うために高度なバイオインフォマティクスサービスが必要 でした。BaseSpaceはクラウドベースのソフトウェアアプリ ケーションを使用して、バイオインフォマティクス解析の自 動化を手伝います。現在BaseSpaceが提供しているデータ解 析アプリケーションは、リシーケンス、PCR 産物リシーケン ス、16Sメタゲノム解析、de novo アセンブル解析（Velvet使 用）、small RNA、そしてライブラリーのQCの6つです。イル ミナのExperiment Managerの使用により、サンプルシートの セットアップの間に望ましい解析が選択され、ランを開始する とデータが直接BaseSpaceにストリームされます。シーケン スランが終了すると、ユーザーが操作しなくてもBaseSpaceは 図1：BaseSpaceダッシュボード 直感的なBaseSpaceダッシュボード A. Latest Runs パネルでは、MiSeqシステムからアップロードされたランの状態や、別のBaseSpaceユーザーと共有しているランの状態が一目でわかります。 B. Most Used パネルでは、アクセス回数に基づいてランに優先順位を付けています。 C. Shared Data パネルでは、別のBaseSpaceユーザーと共有しているあなたのデータ、または別のユーザーのデータが見られます。 Specification Sheet: Software 図2：MCSからBaseSpaceへの接続 図3：BaseSpaceによる簡単なデータ共 MiSeq Control Software（MCS）からBaseSpaceへの接続がビルト インされています。「BaseSpace Options」画面で「Use BaseSpace for storage and analysis」を選択し、お客様のMyIllumina accountに ログインすればアクセスできます（パネル A ）。ランの間、ラン詳細 バーにBaseSpaceへの接続状態が示され、画面の下部に大きく表示さ れているプラグとクラウドのロゴで確認できます（パネルB）。 BaseSpaceでデータ共有を管理する方法は2つあります（パネルA）。 選択された解析を自動的に開始します。解析は数時間で終了 し、レポートが自動的に作成されます。さらにイルミナは、自 社開発のアプリケーションやバイオインフォマティクスコミュ ニティによって開発されたアプリケーションを追加し続けま す。これにより、シンプルでカスタマイズされたデータ解析の オプションがさらに広がるでしょう。 リンクによる共有では、あなたの共同研究者、さらに彼らの共同研究 者とも共有できる固有のリンクを作成できます（パネルB）。データ共 有の承認は簡単にできます（パネルC）。ユーザー名での共有は、個々 のeメールアクセスで管理します（図なし、まもなく利用可能）。いず れの方法でも、データの所有者がデータを閲覧している人をモニター およびコントロールできます。 前例のないアクセス 地球規模でデータを共有 BaseSpaceは、面倒で時間のかかるデータの転送ステップを BaseSpaceユーザーは、クラウドの生データや要約データに より、廊下の向こう側はおろか、世界中の共同研究者とデータ をすぐに共有できます。他の BaseSpaceユーザーとのデータ の共有はシンプルでストレートです（図3）。共有方法には、 リンクで共有するかユーザー名で共有するかの 2 つがありま す。リンクによる共有では、データの所有者が共同研究者のア クセスできる固有リンクを作成できます。データの所有者は、 このリンクや、リンクをクリックしてデータを閲覧した人を 削除できます。ユーザー名による共有ではより詳しい設定が 可能になり、データの所有者はユーザーの e メールリストを 管理するだけで、データへのアクセスの許可をコントロールで きます。 はさまずに、業界トップのシーケンスプラットフォームに直接 繋ぐことができる初のクラウドプラットフォームです（図2）。 MiSeq® Control Software（MCS）では、シーケンスランを 開始する時にオプションを選択するだけで、データの保管や解 析にBaseSpaceを使用できます。MiSeqは、ローカルホスト 用のデータの保持および MiSeq での解析のオプションに加え て、BaseSpaceにデータをスムーズに送り、自動解析および 保管することができます。マニュアルや時間のかかる転送ス テップは必要ありません。あなたや共同研究者がいつ、どこで でもデータにアクセスできるように、データはすでにクラウド にアップされているのです。 Specification Sheet: Software セキュリティの強化 クラウドベースの解析および保管のためにゲノムデータを移す 決定をする時、セキュリティは最も重要になります。あなた のデータを守るために、物理的にも、インターネット上でも、 そして管理面においても数多くの方策がとられています。アッ プロードされるデータはAES256を使用して暗号化され、SSL によって守られます。BaseSpaceにあるデータは、さまざま な業界承認のセキュリティ基準に準拠しているAmazon Web Services（AWS）によってホストされています1。Amazonの 業界で検査済みの総合的なプラットフォームセキュリティへの アプローチは、BaseSpaceが多くの制度的インフラストラク チャーのセキュリティ要求を満たすか、上回っていることを保 証しています。 今日から始めましょう basespace.illumina.comにアクセスして、BaseSpaceの無料 アカウントを登録しましょう。 参考文献 1. http://aws.amazon.com/security Specification Sheet: Software イルミナ株式会社 代理店 本製品の使用目的は研究に限定されます。 © 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illumina Dx, BaseSpace,BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design は Illumina, Inc の商標または登録商標です。 その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様を変更する場合があります。 Pub. No. 970-2011-J009 11MAY12