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NGS用ライブラリー作製試薬
NGS（次世代シーケンサー）解析 関連製品のご紹介 p.1∼2 ガイド1 NGS用ライブラリー作製のワークフロー ガイド2 NGS用ライブラリー作製のための製品選択フロー p.3 技術紹介 SMART法とSPET法 p.4 ガイド3 RNA-Seq用ライブラリー作製試薬早見表 p.5∼6 製品紹介 NGS用ライブラリー作製試薬 p.7∼9 製品紹介 核酸調製 p.10∼11 製品紹介 NGSにおススメのPCR酵素 p.12∼13 製品紹介 ライブラリー定量 製品紹介 データ解析 p.14 裏表紙 ガイド1 NGS用ライブラリー作製のワークフロー RNA調製（p.10） RNA-Seq用ライブラリー作製（p.7∼9） total RNA精製に・ ・ - SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian - NucleoSpin® RNA XS - SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit - SMARTer® Stranded Total RNA Sample Kit - HI Mammalian RNA Solutions - Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq Library System - Ovation® Universal RNA-Seq System - RNAiso Plus mRNA精製に・ ・ - Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System cDNA合成（p.7、9） ライブラリー作製（p.7、9） - Magnosphere™ UltraPure mRNA Purification Kit Oli o dT primerベース ライブラリー作製試薬 - SMART-Seq™ v4 Ultra™Low Input RNA Kit for Sequencing - Low Input Library Prep Kit v2 rRNA除去に・ ・ - SMARTer® Ultra Low RNA for the Fluidigm C1™ System - RiboGone™-Mammalian Random primerベース - SMARTer® Universal Low Input RNA Kit for Sequencing - Ovation® RNA-Seq System V2 DNA調製（p.11） ゲノムDNA精製に・ ・ - NucleoBond® AXG Column DNA Solutions - NucleoSpin® Tissue XS ライブラリー作製（p.7∼9） DNAライブラリー用試薬 - Low Input Library Prep Kit v2 - DNA SMART™ ChIP-Seq Kit - Ovation® Rapid Library System DNA回収に・ ・ - Ovation® Target Enrichment System - PrimeGel™ Agarose LE 1-20K GAT - Ovation® RRBS Methyl-Seq System - NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up PCR増幅（p.12∼13） 16S菌叢解析に・ ・ - TaKaRa Taq™ HS Low DNA 長鎖Amplicon-seqに・ ・ - PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase サイズ分画可能な精製用 磁性ビーズ Hi h Fidelity Amplicon-seqに・ ・ - NucleoMag® NGS Clean-up and Size Select マルチプレックスPCR - PrimeSTAR® Max DNA Polymerase - Multiplex PCR Assay Kit Ver.2 ※ SMARTerシリーズはクロンテック社の製品です。 ※ OvationシリーズはNuGEN社の製品です。 ※ NucleoSpinシリーズ、NucleoBond、NucleoMa はマッハライ・ナーゲル社の製品です。 1 NGS関連製品 - Ovation® Rapid Library System （ ）のページで各製品を紹介しています。 Q. Strand specific / directional RNA-Seqの メリットとは？ どちらのstrandから転写されている かが分かります。特にnon-codin RNA解析には有効 overlappin readsの区別が可能 です。 ライブラリー定量（p.14） データ解析（裏表紙） 定量試薬 NGS付属純正解析ソフト - Library Quantification Kit < その他解析ソフト（p.15） > - SEQUENCHER™ V5.3 ー解析例ー アセンブル（velvet） 参照配列へのマッピング （BWA, Maq, GSNAP） -Thermal Cycler Dice® Real Time System III Sequence リアルタイムPCR装置 SNP解析（Maq, GSNAP） PCR装置（p.13） - TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice® Touch メチル化解析（GSNAP） 遺伝子発現解析（Cufflinks） その他、用途に応じた製品を 取り揃えています。 詳しくは弊社ウェブカタログを ご覧ください。 ※SEQUENCHERはGeneCodes社の製品です。 NGS関連製品 2 ガイド2 NGS用ライブラリー作製のための製品選択フロー ◆ サンプルの種類と目的からお勧め製品をご紹介 ◆ サンプルは？ 目的は？ お勧め製品 初発量＊1 total RNA cDNA合成∼増幅 RNA Stranded RNA-Seq ライブラリー作製 LCM、FFPE 分解サンプル • SMARTer® Universal Low Input RNA Kit for Sequencing *2 10 n 超微量 シングルセル解析 • SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing 10 p C1用 シングルセル解析 • SMARTer® Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1™ System 1細胞 SPIA増幅 • Ovation® RNA-Seq System V2 500 p Pico Input ヒト、 マウス、 ラット用 • SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian 250 p スタンダードタイプ • SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit *2 10 n High Input ヒト、 マウス、 ラット用 • SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian 100 n 原核生物 • Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq Library System 100 n 多様な生物 • Ovation® Universal RNA-Seq System 10 n 融合遺伝子 • Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System 10 n ＊2 ＊2 ＊1：必要最少量を示しています。詳しくは弊社ウェブカタログをご覧ください。 + ＊2：total RNAからrRNA除去もしくはpolyA 精製を行った後、cDNA合成に使用します。 ヒト、マウス、ラット由来サンプルのrRNA除去にはRiboGone-Mammalian（p.10）をお使い + ください。上記以外のサンプルは、あらかじめrRNA除去済みまたはpolyA 精製済みのRNA をご用意ください。 超微量 DNA 微量 PCRフリー cDNA or gDNA SMART法cDNA合成後 のライブラリー作製 • Low Input Library Prep Kit v2 ChIP解析 • DNA SMART™ ChIP-Seq Kit 100 p メチル化解析 • Ovation® RRBS Methyl-Seq System 100 n リシーケンス解析 • Ovation® Target Enrichment System 10 n 全ゲノム解析 • Ovation® Rapid Library System 50 p 100 n ※SMARTer®、SMARTTMはクロンテック社の、Ovation®はNuGEN社の製品です。 3 NGS関連製品 SMART法とSPET法 技術紹介 SMART法 （クロンテックのテンプレートスイッチング法） SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit Pico Input Mammalian SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing Total RNA XX 5’ XXX 5’ 5’ 改変型ランダムプライマー 5’ 5’ 5’ XX XXX XX XXX from rRNA 1st strand cDNA合成および 3 -オーバーハング付加反応 LNAの利用 テンプレート・スイッチングオリゴ のハイブリダイゼーション および相補鎖伸長 化 安定 改変型オリゴ（dT）プライマー XXXXX 1st strand cDNA合成および 3 -オーバーハング付加反応 3’ PolyA テンプレート・ スイッチングオリゴ 3’ 5’ XX X X X XX XXX PolyA+ RNA 5’ rRNA 5’ X X X XX XX XXX PolyA 化 5’ 安定 テンプレート・スイッチングオリゴ のハイブリダイゼーション および相補鎖伸長 PolyA XX XXX X X X XX PCRによるアダプター付加 LD-PCRによるcDNA増幅 ZapR、R-Probeによるリボソーム cDNAの切断 Double-stranded cDNA ライブラリー作製へ 未切断フラグメントのPCR増幅 Read 1 → RNA-Seqライブラリー SPET法 5’ ← Read 2 （NuGEN社のターゲット遺伝子濃縮法） Genomic DNA Probe Landing Zone Target region Target region 5’ Probe Landing Zone 1. 断片化∼500 bp 2. フォワードアダプター結合 3. ターゲットプローブ／リバース アダプターのアニーリング 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ REV 5’ FWD 5’ 6. ライブラリー増幅 REV 5. PCRプライマーのアニーリング FWD 4. プローブ伸長 FWD REV FWD REV NGS関連製品 4 ガイド3 RNA-Seq用ライブラリー作製試薬早見表 製品の特徴からライブラリー作製用試薬をお選びください。 Clontech cDNA合成／ ライブラリー作製 SMART法 cDNA合成 cDNA 断片化 cDNA増幅 アダプター付加 PCR増幅 ・SMART-Seq™ v4 Ultra™Low Input RNA Kit for Sequencing ・SMARTer® Ultra™Low RNA Kit for the Fluidigm C1™ System ・SMARTer® Universal Low Input RNA Kit for Sequencing ・Low Input Library Prep Kit v2 SMART法 ライブラリー作製試薬 cDNA合成 アダプター付加 Ribosomal cDNA除去 PCR増幅 ・SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian SMART法 rRNA除去 1st strand cDNA合成 PCR増幅 ・SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit ・SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing 対応サンプル cDNA合成 プライマー 方向性情報を保持 ライブラリー 作製試薬 対応可能な NGSプラットフォーム rRNA除去 インプット量 製品コード 備考 5 SMARTer® Ultra™Low RNA Kit for the Fluidigm C1™ System SMARTer® Universal Low Input RNA Kit for Sequencing SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian SMARTer Stranded RNA-Seq Kit ® SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian PolyAを有する 生物種 PolyAを有する 生物種 全生物種 ヒト、マウス、 ラット 全生物種 ヒト、マウス、 ラット Oli o dT Oli o dT Random Random Random Random ー ー ー ○ ○ ○ cDNA増幅まで cDNA増幅まで cDNA増幅まで ○ ○ ○ ・Illumina ・Ion Torrent 不要 ・total RNA 10 p ∼10 n ・1細胞∼の直接 使用も可 634888 ほか ・Illumina ・Illumina ・Ion Torrent ・Illumina RiboGone™Mammalian推奨 ・Illumina 不要 RiboGone™Mammalian推奨 含む 1細胞 rRNA除去RNA or polyA+ RNA 200 p ∼10 n total RNA 250 p ∼10 n 634938 634940 635005 635006 635007 634836 ほか 634873 ほか 独自のrRNA除去 方法採用。 品質の良くない サンプルにも対応 別途RiboGone™Mammalianなど のrRNA除去試薬 が必要 rRNA除去試薬を 含む。 品質の良くない サンプルにも対応 634832 634833 【推奨するライブラリー作製キット】 Illumina：Low Input Library Prep Kit v2（クロンテック） Ion Torrent：Ion Xpress Plus Fra ment Library Preparation Kit（Life Technolo ies） NGS関連製品 ・Illumina rRNA除去RNA or polyA+ RNA 100 p ∼100 n 含む total RNA 100 n ∼1 μ cDNA合成／ ライブラリー作製 製品の特徴からライブラリー作製用試薬をお選びください。 cDNA合成 ライブラリー作製試薬 cDNA 断片化 cDNA増幅 末端修復 cDNA 断片化 アダプター付加 ・Ovation® Rapid Library System ・Ovation® RNA-Seq System V2 cDNA合成 NuGEN 末端修復 アダプター付加 加 InDA-C PCR増幅 （P8参照） ・Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq Library System ・Ovation® Universal RNA-Seq System SPET法 cDNA合成 末端修復 FWD アダプター付加 ターゲットプローブ／ REVアダプター付加 プローブ伸長 PCR増幅 ・Ovation® cDNA Module for Target Enrichment ・Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System Ovation® RNA-Seq System V2 Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq Library System Ovation® Universal RNA-Seq System Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System 真核生物 原核生物 多様な生物種 真核生物 Selective Random Selective Random Random & Oli o dT Random 方向性情報を保持 ー ○ ○ ○ InDA-C法使用 ー ○ ○ ー ライブラリー 作製試薬 cDNA増幅まで ○ ○ ○ 対応可能な NGSプラットフォーム ・Illumina ・Ion Torrent ・Illumina ・Illumina ・Illumina InDA-C InDA-C 不要 対応サンプル cDNA合成 プライマー rRNA除去 不要 インプット量 total RNA 500 p ∼100 n 製品コード 7102-08 ほか total RNA 100∼500 n 0326-32 0327-32 total RNA 10∼100 n 0343-32 total RNA 10∼200 n 9103-08 9104-08 ほか NGS関連製品 6 製品紹介 NGS用ライブラリー作製試薬 SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing cDNA合成・増幅 イルミナ社NGSやIon TorrentによるNGS解析用のcDNA合成キット 1細胞またはtotal RNA 10 p の超微量サンプルからcDNA合成が可能 製 品 名 SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing SMART法 （Oli o dT primer） インプット量： total RNA 10 p ∼10 n 1細胞∼の直接使用も可 概 要 非常に微量の細胞（1細胞）や超微量total RNA から、RNA-Seq用ライブラリーを作製するため のcDNAを調製 容 量 製品コード 価格（税別） 12回 634888 ¥267,800 24回 634889 ¥494,400 48回 634890 ¥803,400 96回 634891 ¥1,236,000 ■SMART法を用いたその他のcDNA合成キットとイルミナ社NGS用ライブラリー作製キット 製 品 名 概 要 容 量 製品コード 価格（税別） SMARTer Ultra™ Low RNA Kit for the Fluidigm C1™ System, 2 IFCs Fluidi m社 C1システムで単離された1細胞から 直接cDNAを合成 2 chips 634832 ¥185,400 SMARTer® Universal Low Input RNA Kit for Sequencing rRNA除去した200 p のRNAからrandom primerベースでcDNAを合成。 分解の進んだRNAに最適 10回 634938 ¥234,800 25回 634940 ¥469,700 Low Input Library Prep Kit v2 SMART法cDNA合成後のイルミナ用ライブラ リー作製に最適。50 p 以上のcDNAが必要 12回 634899 ¥236,900 ® SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian ライブラリー作製 （RNAから） SMART法 （random primer） インプット量： 微量サンプル（total RNA 250 p ）からcodin /non-codin RNA total RNA 250 p の解析が可能 （ヒト、マウス、ラット） SMART法を用いてわずか5時間でstranded RNA-Seqライブラリー を作製 品質の良くないサンプルにも対応 独自のrRNA除去方法を採用（ZapR & R-ProbeによるリボゾームcDNAの切断） 製 品 名 SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit – Pico Input Mammalian 概 要 容 量 250 p のtotal RNAからstranded RNA-Seq ライブラリーを作製。 独自のrRNA除去方法を採用 10 n 製品コード 価格（税別） 12回 635005 ¥240,000 48回 635006 ¥780,000 96回 635007 ¥1,100,000 【注】 シーケンスを行う際にはサンプルにControl DNA（PhiX）を加えて解析してください。 SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit ライブラリー作製 SMART法を用いてわずか4時間でstranded RNA-Seqライブラリー を作製 製 品 名 SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit 概 要 rRNA除去後、あるいはpolyA+精製済のRNA からstranded RNA-Seqライブラリーを作製 【注】 シーケンスを行う際にはサンプルにControl DNA（PhiX）を加えて解析してください。 7 NGS関連製品 （RNAから） SMART法 （random primer） インプット量： rRNA除去後のRNA 100 p 100 n 容 量 製品コード 価格（税別） 12回 634836 ¥206,000 24回 634837 ¥391,400 48回 634838 ¥669,500 96回 634839 ¥1,112,400 SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian ライブラリー作製 （RNAから） rRNA除去からライブラリー作製までの必要試薬がオールインワン SMART法を用いてわずか5時間でstranded RNA-Seqライブラリーを作製 製 品 名 インプット量： total RNA 100 n （ヒト、マウス、ラット） 概 要 容 量 total RNAからrRNA除去を行った後、 SMART法を用いてstranded RNA-Seq ライブラリーを作製。100 ng以上のtotal RNA からライブラリー作製を行いたい方に最適 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian ® SMART法 （random primer） 1μ 製品コード 価格（税別） 12回 634873 ¥280,000 24回 634874 ¥480,000 48回 634875 ¥820,000 96回 634876 ¥1,400,000 【注】 シーケンスを行う際にはサンプルにControl DNA（PhiX）を加えて解析してください。 DNA SMART™ ChIP-Seq Kit ライブラリー作製 わずか100 p の微量ChIPサンプルからでもライブラリー調製OK 操作時間は約4時間！ 他社同タイプキットの半分程度 製 品 名 インプット量： ds DNA or ss DNA 100 p 10 n 概 要 DNA SMART™ ChIP-Seq Kit-12 微量なChIPサンプルからでも イルミナ社NGS用ライブラリー調製が可能 DNA SMART™ ChIP-Seq Kit-48 A DNA SMART™ ChIP-Seq Kit-48 B SMART法 （DNAから） 容 量 製品コード 価格（税別） 12回 634865 ¥110,000 48回 634866 ¥380,000 48回 634867 ¥380,000 【注】 シーケンスを行う際にはサンプルにControl DNA（PhiX）を加えて解析してください。 製品紹介 おススメ NGS用ライブラリー作製試薬 InDA-Cを利用したRNA-Seq用ライブラリー作製 RNA-Seqライブラリー作製の こんな悩みにお応えします InDA-C ★発現量の多いRNAを特異的に除去してRNA-Seqライブラリーを作りたい！ ★生物種を気にせず RNA-Seqライブラリーを作りたい！ Insert Dependent Adaptor Cleavage（InDA-C）の原理図 FWD rRNAなど不要なリードを最大限抑制するためのNuGEN社独自の技術 Gene-specific primers REV Cleavage site Ribosomal RNA Gene-specific primersで特定配列を二本鎖化し、制限 酵素処理でその配列を除去する方法。除去したいcDNA の次の反応への持ち込みを大幅に抑制する。 製 品 名 Ovation Complete Prokaryotic RNA-Seq DR Multiplex System 1-8 Ovation® Universal RNA-Seq System 1-16 ® 概 要 原核生物由来のtotal RNA 100 n から 様々な生物由来の total RNA 10 n から InDA-Cを利用した stranded RNA-Seq用 ライブラリーを作製 容 量 製品コード 価格（税別） 32回 0326-32 ¥457,000 32回 0343-32 ¥400,000 ★NuGEN社独自のInDA-C技術で使用するInDA-Cプライマーは無償でカスタム設計します。 設計後のプライマー合成はお客様ご自身でご対応ください。詳しくは弊社ウェブサイトをご覧ください。 NGS関連製品 8 製品紹介 NGS用ライブラリー作製試薬（続） Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System total RNAから特定の融合遺伝子を濃縮してライブラリーを作製 カスタム対応可能。別途お問い合わせください。 製 品 名 ライブラリー作製 融合遺伝子 （RNAから） インプット量： total RNA 10∼200 n 概 要 容 量 製品コード 価格（税別） Ovation Fusion Panel Target Enrichment System 500遺伝子の全エキソン領域をターゲットにした 融合遺伝子を検出するためのライブラリー作製 8回 9104-08 ¥150,000 Ovation® cDNA Module for Target Enrichment Ovation® Fusion Panel Tar et Enrichment System用のcDNA合成キット 8回 9103-08 ¥38,000 ® Ovation® RNA-Seq System V2 cDNA合成・増幅 NGS解析に利用可能なcDNAライブラリーの作製に適した増幅システム わずか500 p のtotal RNAから4.5時間以内にμ オーダーのcDNAを増幅 製 品 名 Ovation® RNA-Seq System V2 概 要 total RNA 500 p からSPIA法を用いて μ オーダーのcDNAを増幅 Ovation® Rapid Library System 製 品 名 Ovation® Rapid DR Multiplex System 1-8 インプット量： total RNA 500 p ∼100 n 容 量 製品コード 概 要 dsDNAからPCRフリーでNGS用ライブラリー を作製 価格（税別） 8回 7102-08 ¥234,000 32回 7102-32 ¥705,600 ライブラリー作製 100 n のdsDNAからわずか2時間でPCRフリーのライブラリーを作製 増幅した二本鎖cDNAからもライブラリー作製可能 Ribo-SPIA法 （random primer） （DNAから） PCRフリー試薬 インプット量： dsDNA 100∼500 n 容 量 製品コード 価格（税別） 32回 0319-32 ¥187,000 Ovation® Target Enrichment System DNAからNuGEN社独自の技術（SPET法）で癌関連遺伝子（エキソン）を 濃縮してライブラリーを作製（8時間∼1日） カスタム対応可能。別途お問い合わせください。 製 品 名 Ovation Cancer Panel Target Enrichment System ® ライブラリー作製 （DNAから） ターゲット リシーケンス インプット量： DNA 10∼500 n 概 要 DNAからNuGEN社独自の技術で癌関連 遺伝子（344種）を濃縮してライブラリーを作製 容 量 製品コード 価格（税別） 8回 9079-08 ¥150,000 Ovation® RRBS Methyl-Seq System RRBS法を用いて約6.5時間でメチル化解析用ライブラリーを作製 制限酵素 Iによる断片化 全ゲノムバイサルファイトシーケンスの1/50のリード数で同様のカバー率 製 品 名 Ovation RRBS Methyl-Seq System 1-16 ® 9 NGS関連製品 概 要 RRBS法を用いてメチル化解析用ライブラリー を作製 ライブラリー作製 （DNAから） メチル化解析 インプット量： DNA 100 n 容 量 製品コード 価格（税別） 32回 0353-32 ¥530,000 製品紹介 核酸調製 NucleoSpin® RNA XS NucleoSpin® Filterによるライセートの清澄化と粘度の低減により ゲノムDNAの混入を低減 オンカラム処理用のrDNaseを添付 わずか5 μlでの溶解が可能で高濃度のRNA溶液が得られる。 製 品 名 NucleoSpin® RNA XS 概 要 単一細胞、生検サンプル、LCMなどの 微量・少量サンプルからtotal RNAを精製 RNAiso Plus 概 要 動植物組織、培養細胞、菌体などから AGPC法によりtotal RNAを抽出。 大量のサンプルにも対応可能 Magnosphere™ UltraPure mRNA Purification Kit 試料： ∼5 m 組織 1∼105 細胞 容 量 製品コード 製 品 名 概 要 磁性粒子によるmRNA精製キット。 5∼50 μ のtotal RNAから精製可能 価格（税別） 10回 740902.10 ¥11,900 50回 740902.50 ¥48,500 250回 740902.250 ¥220,000 AGPC法 容 量 製品コード 100 ml 9108 ¥18,000 200 ml 9109 ¥30,000 polyA+ RNA精製 培養細胞や動物組織などのtotal RNAから、rRNA混入率が極めて低い 高純度のpolyA＋ RNAを分離・精製 Magnosphere™ UltraPure mRNA Purification Kit スピンカラム total RNA精製 製 品 名 RNAiso Plus total RNA精製 価格（税別） 磁気ビーズ法 インプット量： total RNA 5∼50 μ 容 量 製品コード 20回（※） 9186 価格（税別） ¥40,000 ※total RNA 5∼50 μ の処理を1回分としています。 RiboGone™- Mammalian rRNA除去 RNase H処理 ヒト・マウス・ラット由来の微量total RNAからrRNAを除去（≧95%の除去率） インプット量： codin 、non-codin 、lon ncRNA、small RNA解析に total RNA 10 ∼ 100 n FFPEサンプルなどの分解RNAにも使用可能 製 品 名 RiboGone™- Mammalian 概 要 わずか10 n のtotal RNAからrRNA除去が 可能 容 量 製品コード 価格（税別） 6回 634846 ¥80,000 24回 634847 ¥280,000 【注】別途、磁性ビーズの購入が必要です。詳しくはユーザーマニュアルをご確認下さい。 ■HURR / HBRR由来のライブラリーを用いたシーケンス解析例 RiboGone-Mammalianを用いてHuman Universal Reference RNA（HURR；A ilent）、Human Brain Reference RNA （HBRR；Ambion）各10 n からrRNAを除去後、SMARTer Stranded RNA-Seq KitでcDNA調製し、次世代シーケンスによる マッピングを実施した。 本製品を用いることで、微量RNAサンプルから効率よくrRNAを除去できることが示された。 Human Universal Reference RNA (HURR) No. of reads Mapped to rRNA Mapped to mitochondrial RNA Mapped to RefSeq Mapped uniquely to RefSeq Exons Introns Genes identified 6,829,540 62,792（ ） 0.9% 318,006（ ） 4.7% 4,871,900 （ ） 78% 4,436,123 （ ） 70% 2,311,575 （ ） 47% 2,560,325 （ ） 53% 14,563 Human Brain Reference RNA (HBRR) 7,728,850 49,844（ ） 0.7% 224,939（ ） 2.9% 5,515,264 （ ） 75% 4,888,340 （ ） 66% 2,712,444 （ ） 49% 2,802,820 （ ） 51% 13,839 NGS関連製品 10 製品紹介 核酸調製（続） NucleoBond® AXG Column 動物組織、バクテリア、酵母から陰イオン交換カラムで高純度ゲノムDNAを精製 NucleoBond® AXGカラムと専用バッファー（※）を組み合わせて使用 自然落下による精製工程のため、高分子ゲノムDNAの切断を低減 製 品 名 NucleoBond AXG 20 NucleoBond® AXG 100 ® NucleoBond AXG 500 ® 概 要 高純度、高分子ゲノムDNA抽出用陰イオン 交換カラム。標準的な収量はそれぞれ 20 μ 、100 μ 、500 μ ゲノムDNA精製 陰イオン交換カラム 収量：20 ∼500 μ 容 量 製品コード 価格（税別） 20回 740544 ¥17,900 20回 740545 ¥29,500 10回 740546 ¥34,200 ※バクテリア、酵母にはNucleoBond Buffer Set III（製品コード 740603）、動物組織にはNucleoBond Buffer Set IV（製品コード 740604）を 推奨しています。詳しくはウェブカタログをご確認ください。 NucleoSpin® Tissue XS LCM組織、生検サンプル、血液痕、口腔粘膜、法医学サンプル、FFPEから ゲノムDNAを精製 わずか5 μlで溶出可能で高濃度DNA溶液が得られる。 溶解後20分でDNA精製が可能 製 品 名 NucleoSpin® Tissue XS 概 要 生検試料、FACSソート細胞など微量サンプル からもゲノムDNA、細菌DNA、ウイルスDNAを 効率よく精製 PrimeGel™ Agarose LE 1-20K ゲノムDNA精製 スピンカラム 試料： 25 μ ∼10 m 10 ∼104 細胞 組織 容 量 製品コード 10回 740901.10 ¥7,900 50回 740901.50 ¥30,000 250回 価格（税別） 740901.250 DNA回収 ¥135,000 ゲル電気泳動 200 bp∼20,000 bpまでの広範囲なサイズのDNAの分離に適したルーチン利用のアガロース PrimeGel™ A arose LE 1-20K GATはDNAの非特異的吸着が生じにくくDNAの回収に最適 製 品 名 PrimeGel™ Agarose LE 1-20K PrimeGel™ Agarose LE 1-20K GAT 概 要 1 kb以上の核酸電気泳動用高品質アガロース。 GATは高純度品 NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up 同一のバッファーでPCR産物精製にもアガロースゲルからの抽出にも対応可能 操作時間はわずか10分。50 bp以上のDNA断片を回収 全ての電気泳動用バッファー（TAE、TBEなど）に対応 製 品 名 NucleoSpin Gel and PCR Clean-up ® 概 要 PCR産物の精製にもDNAのゲル抽出にも対応 容 量 製品コード 100 5800A ¥24,000 100 5801A ¥34,000 容 量 DNA断片のサイズ分画に最適 様々なNGSアプリケーションに対応可能 製 品 名 NucleoMag® NGS Clean-up and Size Select 11 NGS関連製品 bp∼20 kb 製品コード 740609.10 ¥5,300 50回 740609.50 ¥12,500 740609.250 ¥45,000 DNA回収 磁気ビーズ 回収サイズ：150∼800 概 要 結合バッファーに懸濁済の磁性ビーズ。 DNA溶液との混合比率を変えることで サイズ分画が可能 価格（税別） 10回 250回 NucleoMag® NGS Clean-up and Size Select スピンカラム DNA回収 回収サイズ：50 価格（税別） 容 量 5 ml 50 ml 500 ml bp 製品コード 744970.5 744970.50 744970.500 価格（税別） ¥15,000 ¥66,000 ¥498,000 製品紹介 NGSにおススメのPCR酵素 NGS用途別 PCR酵素選択ガイド 製 品 名 ライブラリー 増幅 長鎖 Amplicon-Seq Hi h Fidelity Amplicon-Seq 16S菌叢解析 ★ ★ ★ ★★ ★★ ★★ ★★★ TaKaRa Taq™ HS Low DNA Tks Gflex™ DNA Polymerase Low DNA PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase RNA-Seq ★★★ ★ ★ ★★ ★★ ★★★ ★★ ★★ ★★ ★ ★ ★★ ★ ★★★ ★★ ★ ★ ★★★ ★★★ ★★ ★★ ★★ ★★ ★★ ★ ★ ★★ PrimeSTAR Max DNA Polymerase ® Tks Gflex™ DNA Polymerase Sin le Cellからの DNA-Seq MightyAmp® DNA Polymerase Ver.2 ※Quartz-Seqに使用（Y. Sasa awa TaKaRa Taq™ HS Low DNA ★★ 2013, 14:R31） 16S菌叢解析に 増幅伸長の目安 独自技術により混入DNAを極限まで低減したプレミックス試薬 低コピーDNAを高感度に検出可能 製 品 名 λDNA：∼12 kb ヒトゲノムDNA：∼3 kb 概 要 容 量 製品コード 残存DNA由来のバックグラウンドを大幅に抑制。 100回 （20 μ ｌ反応系） 菌叢解析に最適 TaKaRa Taq™ HS Low DNA ★★★（※） . ., 価格（税別） R090A ¥16,000 ■他社同タイプ製品との性能比較 L社同タイプ製品 TaKaRa Taq™ HS Low DNA M 鋳型なし 1 バックグラウンドなし PCR所要時間 （35サイクル） 2 3 4 微量の鋳型も 高感度に検出 58分 鋳型なし 1 バックグラウンドなし 2 N社同タイプ製品 3 4 M 鋳型なし M バックグラウンドなし 検出できず PCR所要時間 （35サイクル） 1 3 4 わずかに検出 PCR所要時間 （35サイクル） 1時間49分 2 2時間5分 レーン1：大腸菌ゲノム DNA 1 cell 相当分 2：10 cell 相当分 3：100 cell 相当分 4：1,000 cell相当分 M：100 bp DNA Ladder HS Low DNAは、鋳型なしの反応におけるバックグラウンドはしっかり抑えつつ、微量のターゲットを他社製品よりも 短時間で高感度に検出可能です。 （弊社比較データ） Hi h Fidelity Amplicon-Seqに PrimeSTAR® Max DNA Polymerase 増幅伸長の目安 アニーリング時間と伸長時間を大幅に短縮し、PCRの驚異的なハイスピード化を実現 PrimeSTAR® シリーズの中でも最も高い正確性を提供 製 品 名 PrimeSTAR® Max DNA Polymerase 概 要 最高レベルの正確性と短時間反応を両立。 ゲノム変異解析に PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase λDNA：∼15 kb ヒトゲノムDNA：∼6 kb 容 量 製品コード 100回 （50 μ ｌ反応系） R045A 増幅伸長の目安 λDNA：∼40 kb ヒトゲノムDNA：∼30 kb GCバイアスがほとんどなく高カバー率 PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase ¥31,500 長鎖Amplicon-Seqに 長鎖のターゲットも正確に増幅 製 品 名 価格（税別） 概 要 長鎖ターゲットでも高いカバー率で 正確に増幅可能 容 量 製品コード 250 U （200回、50 μ ｌ反応系） R050A 価格（税別） ¥37,000 NGS関連製品 12 製品紹介 NGSにおススメのPCR酵素（続） Tks Gflex™ DNA Polymerase ライブラリー増幅に 増幅伸長の目安 λDNA：∼40 kb ヒトゲノムDNA：∼30 kb タカラバイオのPCR技術を結集 α型特有の高い正確性に優れた伸長性をプラス 通常の酵素では増幅困難なGCリッチ、ATリッチターゲットからでも抜群の増幅成功率 ここで使用 ゲノムDNA 断片化 末端修復アダプター付加 製 品 名 PCR増幅 概 要 PCR増幅バイアスのない ライブラリー作製を実現 Tks Gflex™ DNA Polymerase ライブラリー定量 容 量 製品コード 250 U （200回、50 μ ｌ反応系） R060A 価格（税別） ¥31,500 ■ライブラリー作製時の増幅バイアスの比較 Tks Gflex™ 傾き：0.0003 I社キット酵素 PrimeSTAR® GXL 傾き：0.0018 Ｘ軸：GC% Y軸：normarized depth(PCR free) 対象生物： . 傾き：-0.0241 大腸菌ゲノムライブラリーを各種PCR酵素で増幅後、GA IIx（イルミナ社）でシーケンス解析を行いました。PCR増幅を行わない ライブラリーと比較したところ、Tks Gflex™はGC含量にかかわらず最も均一な増幅を示しました。 （弊社比較データ） Multiplex PCR Assay Kit Ver.2 マルチプレックスPCR 抜群の反応特異性でエキストラバンドを抑制 他社製品より早い反応時間 200 plex程度のhigh-plexも可能に！ 製 品 名 Multiplex PCR Assay Kit Ver.2 概 要 容 量 短時間に特異的かつ配列による増幅バイアス 100回 （50 μ ｌ反応系） の少ないマルチプレックスPCRを実現 TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice® Touch 製品コード 価格（税別） RR062A ¥34,000 コンパクトなＰＣＲ装置 コンパクトで軽量（5 k ）、しかもハイパフォーマンス タッチダウンPCR、ロングレンジPCRなど様々なPCRが可能 USBメモリーによる装置間のプログラム移動が可能 製 品 名 TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice® Touch 概 要 グラジエント機能を搭載したコンパクトな 96ウェルタイプのPCR装置 容 量 製品コード 価格（税別） 一台 TP350 ¥580,000 ★2015年9月に価格改定（大幅値下げ） しました。 13 NGS関連製品 製品紹介 ライブラリー定量 Library Quantification Kit イルミナライブラリー用 PCRバイアスを低減した高性能酵素「Terra」を採用 アジレントバイオアナライザーでの定量に比べ信頼性がアップ ライブラリー定量 リアルタイムPCR （SYBR Green検出） Primer 1 P7 Specific Sequence P5 製 品 名 概 要 イルミナ社の次世代シーケンサー用 ライブラリーの定量に最適 Library Quantification Kit Primer 2 容 量 製品コード 価格（税別） 500回 638324 ¥75,000 ■様々なGC含量および鎖長のDNAをターゲットとした場合のqPCR効率 … Terra qPCR Direct SYBR® Premix ― 様々な鎖長における反応効率 ― ― 様々なGC含量（%）における反応効率 ― 105% 105% Normalized qPCR Efficiency Normalized qPCR Efficiency … K社同タイプキットのSYBR® qPCR試薬 100% 95% 90% 85% 100% T. thermophilus （69.5％） 99% E. coli （50.8％） 98% 100% 100% 96% Kit Standard S. cerevisiae （38.1％） 98% 93% 100% 95% 90% 85% 80% 75% 70% 65% Kit Standard 100% 254 bp 101% 413 bp 100% 100% 100% 98% 590 bp 99% 773 bp 98% 90% 71% 各キットに含まれているスタンダードDNAのqPCR効率を100%として、様々なGC含量および鎖長を持つDNAをターゲットとした 測定での効率を比較しました。 他社同タイプキットのqPCR試薬では、GC含量の変動や鎖長が長くなるのに伴いqPCR効率の低下がみられましたが、Terra qPCR 試薬の効率はほぼ一定であり、ターゲットの種類によるqPCRのバイアスが少ないことが示されました。 （クロンテック社取得データ） Thermal Cycler Dice® Real Time System III リアルタイムPCR qPCR装置 2種類の蛍光フィルターを標準装備（FAM / SYBR® Green I、ROX / Texas Red） 本体スタンドアロンでの操作が可能 本体画面は日本語・英語の両言語に対応 高速反応に対応 製 品 名 Thermal Cycler Dice Real Time System III ® 概 要 2波長検出、 96穴プレート対応モデル ■高速反応実験例 容 量 製品コード 一台 TP950 B社① （弊社比較データ） ¥3,300,000 40分 TP950 各社装置を用いてそれぞれの推奨試薬、推奨条件で反応を行い、PCR反応と 融解曲線分析をあわせた反応時間を比較しました。 新試薬SYBR Fast qPCR Mix（製品コード RR430A）との併用で、イン ターカレーター法では同等クラス機種で最短の反応時間を実現しました。 価格（税別） B社② R社 L社① TP900 （弊社従来品） L社② 0 30 60 90 反応時間（分） NGS関連製品 120 14 製品紹介 データ解析 SEQUENCHER™ V5.3 シーケンスデータ解析 ソフトウェア シンプルで分かり易い操作を提供（GUI） アセンブル（velvet）、 マッピング（BWA, Maq, GSNAP）、SNP解析（Maq, GSNAP）、 RNA-Seqによる発現解析（Cufflinks）、Blast検索等の解析が可能 SNP探索、系統分類、法医学、ウィルス学、がん研究など様々な分野で利用 ※SEQUENCHERデモプログラムをお試しいただけます。 製 品 名 概 要 SEQUENCHER™ for Windows V5.3 スタンドアローン版 SEQUENCHER™ for Macintosh V5.3 スタンドアローン版 キャピラリーシーケンサー、 次世代シーケンサー（NGS）に対応した DNA配列解析ソフトウェア 容 量 製品コード 価格（税別） 一式 9261 ¥880,000 一式 9260 ¥680,000 ※本製品は米国Gene Codes社が開発したソフトウェアで、SEQUENCHERは米国Gene Codes社のトレードマークです。 （総輸入販売：株式会社日立製作所） ※MacintoshおよびMac OSは米国アップルコンピューター社の商標です。 SEQUENCHERはNGSデータ解析ツールをもっと簡単に コマンドラインからの実行が主流だが難しい！ 断然操作しやすい！ 本 製 品 は パラメータを GUIから設定できるので パラメータの説明や解析 結果をビューワで確認で きます。 （例：GSNAPの場合） NGSデータ解析への応用例 参照配列へのマッピング、SNP解析（BWA/Maq/GSNAP） RNA-seqによる遺伝子発現解析（Cufflinks） BWA, GSNAPやMaqを使用 して、参照配列へのマッピング を行います。 解析結果はTabletで出力さ れます。 G S N A PやM a qを使 用して SNP解析を行うことができま す。解析結果はレポートとして 出力することができます。 Cufflinks関連のツールを 活 用し、発 現 差 異を含む RNA-Seqのリードを読み 取り、転写体にアセンブル します。その後、転写量を 算出し最終的にはノーマラ イズしたリード量を用いて サンプル間の発現量を比 較します。 dsDNA-Bindin Dye Research Kit： Use of this product is covered by one or more of the followin U.S. patents and correspondin patent claims outside the U.S.: 5,994,056 and 6,171,785. The purchase of this product includes a limited, nontransferable immunity from suit under the fore oin patent claims for usin only this amount of product for the purchaser's own internal research. No right under any other patent claim and no ri ht to perform commercial services of any kind, includin without limitation reportin the results of purchaser's activities for a fee or other commercial consideration, is conveyed expressly, by implication, or by estoppel. This product is for research use only. Dia nostic uses under Roche patents require a separate license from Roche. 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