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SAS Clinical Standards Toolkitを用いた
SDTM準拠チェック
三沢 喬, 北原孝志, 白濱聡子, 李康赫
株式会社ACRONET
データサイエンス本部 生物統計部
SAS Clinical Standards Toolkit-Based
SDTM Compliance Check
Takashi Misawa, Takashi Kitahara,
Satoko Shirahama, Lee GangHyuck
ACRONET Corporation Data Science Division
Biostatistics Department
Agenda
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
2
Agenda
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
3
はじめに
FDAがSDTM形式のデータを推奨
→ 効率的なデータ処理及びレビューを行える
Specifications
Specifications for the Data Tabulation datasets of human drug product
clinical and animal toxicology studies are provided by the SDTM.
出典: FDA [Study Data Specifications]
http://www.fda.gov/downloads/Drugs/DevelopmentApprovalProcess/FormsSubmissionRequirements/ElectronicSubmissions/UCM199759.pdf
4
SDTM準拠チェックの重要性
CDISC未準拠の場合、承認に遅延が発生
FDA
Sponsor
Checks
Pass
SDTM
CRT-DDS
DataBase
Fail
Review
5
SDTM準拠チェックの重要性
事前にチェックを行うことで、承認の遅延リスク軽減可能
FDA
Sponsor
Checks
Checks
DataBase
SDTM
CRT-DDS
Review
6
SDTM準拠チェックツール
現在は準拠チェック機能として
使用されていない
・WebSDM
FDA導入の準拠チェックとレビュー用のツール
・OpenCDISC
FDAが推奨しているツール
・SAS
-PROC CDISC
今後はCSTを中心に
開発予定
プロシジャで準拠チェックを行う
-Clinical Standards Toolkit (CST)
CSTが提供するマクロを用いて準拠チェックを行う
7
機能比較(CST vs OpenCDISC)
CST
OpenCDISC
○
○
データ(.sas7bdat)
メタデータ(.sas7bdat)
データ(.xpt, .text)
メタデータ(define.xml, .csv)
CRT-DDS作成
○
○
レポーティング
Excel,CSV,PDF
Excel,CSV,HTML
プログラム
実行毎にGUIによる指定
SDTM・ADaM
CRT-DDSチェック
チェック時使用データ
実行方法
CSTを使用すれば、CDISC準拠データ作成を
一貫してBase SASで行える！
8
Agenda
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
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Clinical Standards Toolkitとは
大きく分けて2つの機能を持ったツール
準拠チェック
SDTM
CRT-DDS
CRT-DDS作成
CRT-DDS
ADaM ※
※ADaM準拠チェックはCST1.4から対応（BaseSAS9.3）
SDTM準拠チェックはCST1.3でも対応可能（ BaseSAS9.2）
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Clinical Standards Toolkitとは
CSTの構成
CDISC
Standards
Macros
Framework
11
Clinical Standards Toolkitとは
CDISC
Standards
•CDISC標準のメタデータや準拠チェック項目
Framework
•データセットのテンプレート
Macros
•チェック機能やフレームワークを呼び出すマクロ
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SDTM準拠チェック方法
試験データ
ソースデータ
DM
ソースメタデータ
・・・
AE
テーブル
変数
プロセスコントロール
リファレンスメタデータ
テーブル
変数
チェック結果
の一覧
準拠チェック
実行
バリデーション
チェック項目
チェック結果
の要約
Controlled
Terminology
プロパティ
13
SDTM準拠チェック方法
• 試験データ
 ソースデータ
試験で作成したSDTMデータ
 ソースメタデータ
試験で作成したSDTMデータのメタデータ
試験データ
ソースデータ
DM
AE
ソースメタデータ
・・・
テーブル
変数
14
テーブルメタデータ例
ドメイン名
構造
Class
キー変数
ドメインラベル
15
変数メタデータ例
ドメイン名
変数名
変数ラベル
Length
フォーマット
Core
Role
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SDTM準拠チェック方法
• プロセスコントロール
準拠チェックの基準となるデータ
 リファレンスメタデータ
基準となるSDTMのメタデータ
 バリデーションチェック項目
SDTM準拠チェックの一覧
プロセスコントロール
リファレンスメタデータ
テーブル
変数
バリデーション
チェック項目
 プロパティ
チェック実行時のオプション
プロパティ
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バリデーション
チェック項目例
チェックID
ソースID
チェック項目のソースツール名
(WebSDM or OpenCDISC or SAS)
実行するマクロ
チェック
プログラム
対象変数
対象ドメイン
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SDTM準拠チェック方法
 Controlled Terminology
試験に用いた統制語彙
 チェック結果の一覧
 チェック結果の要約
Controlled
Terminology
チェック結果
の一覧
チェック結果
の要約
19
Agenda
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
20
SDTM準拠チェックの実行手順①
• 変数とドメインのメタデータを定義
事前定義をおすすめ（e.g. Excel）
※フレームワーク(データセットの変数定義)はCSTが提供
1.テーブルのメタデータ
ドメイン名、ドメインラベル、構造、キー など
2.変数のメタデータ
変数名、変数ラベル、Length、Coreなど
プロセスコントロール
試験データ
リファレンスメタデータ
ソースメタデータ
テーブル
変数
テーブル
変数
21
SDTM準拠チェックの実行手順①（補足）
 変数のフレームワーク
%cst_createds(_cstStandard=CDISC-SDTM,
_cstStandardVersion=3.1.2,
_cstType=referencemetadata,
_cstSubType=column,
_cstOutputDS=reference_columns);
 ドメインのフレームワーク
%cst_createds(_cstStandard=CDISC-SDTM,
_cstStandardVersion=3.1.2,
_cstType=referencemetadata,
_cstSubType=table,
_cstOutputDS=reference_tables);
_cstSubTypeで指定したフレームワークが、_cstOutputDSで
指定したデータセット名でWorkライブラリに出力される(0obs)
22
SDTM準拠チェックの実行手順①（補足）
フレームワーク
事前定義データ
(Excel等)
23
SDTM準拠チェックの実行手順②
• バリデーションチェック項目を指定
チェック項目を限定する場合、
データセットを絞る
validation_master.sas7bdatとしてCSTが提供
※Users Guideに例示あり
ただしチェック項目を理解し、
どのチェックが必要か判断する必要がある
プロセスコントロール
バリデーション
チェック項目
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SDTM準拠チェックの実行手順③
• プロパティを指定
 デフォルト又はカスタム指定
• CSTが提供するvalidation.propertiesを指定
•
Global Macroを用いて指定
プロセスコントロール
プロパティ
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SDTM準拠チェックの実行手順④
• SASReferences Fileを作成
事前にＥｘｃｅｌなどで定義しておくことをおススメ！
各データのパス、データセット名を指定した
データセット(SASReferences File)を作成
 リファレンスのフレームワーク
%cst_createds(_cstStandard=CST-FRAMEWORK,
_cstType=control,
_cstSubType=reference,
_cstOutputDS=work.sasreferences);
26
SDTM準拠チェックの実行手順④
• SASReferences Fileを作成
データセット名
パス
27
SDTM準拠チェックの実行手順⑤
• SDTM準拠チェックを実行
 %SDTM_Validationを実行する
チェック結果
の一覧
と
チェック結果
の要約
が出力される
※CSTが提供するSDTM準拠チェックの
サンプルプログラム [validate_data.sas]を実行することで
サンプルデータに対するチェック結果を確認することが可能
28
SDTM準拠チェックの実行手順 （参考）
• SDTM準拠チェック結果をPDFでまとめる
1.%CRT_REPORTの手順を実行
プログラム例：
%cstutil_createreport(
_cstsasreferencesdset=Sasreferences,
_cstresultsdset=validation_results,
_cstmetricsdset=validation_metrics,
_cstreportbytable=N,
_cstreporterrorsonly=Y,
_cstreportobs=50,
_cstreportoutput=c:¥report.pdf,
_cstsummaryReport=Y,
_cstioReport=Y,
_cstmetricsReport=Y,
_cstgeneralResultsReport=Y,
_cstcheckIdResultsReport=Y);
※サンプルプログラムは、[cst_report.sas]
29
SDTM準拠チェックの実行手順 （参考）
• SDTM準拠チェック結果をPDFでまとめる
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Agenda
SDTM準拠チェックの重要性
Clinical Standards Toolkitとは
SDTM準拠チェック実行手順
まとめ
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CSTとOpenCDISCの比較 (SDTM 3.1.2)
CST
OpenCDISC
入手方法
DVD
（要契約）
ホームページ
費用
無料
無料
チェック項目
220
227
チェック精度
○
○
実行時間
△
○
32
まとめ
CSTの利点
 SDTM作成を一貫してSASで行える
事前にプログラムを作成しておけば、
SDTM作成、準拠チェック、CRT-DDS作成を
プログラムを実行するだけで作成することが可能
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まとめ
CSTへのリクエスト
実行時間短縮
チェック項目にOpenCDISCのIDを付与
時間が限られた対応の場合を考慮し、OpenCDISC
と同等またはそれ以上の実行時間短縮
現在FDAはValidation RuleにOpenCDISCを利用す
るよう求めているため、チェック項目にOpenCDISC
のIDが付与してあると利便性が高い
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参考文献
•SAS Clinical Standards toolkit User’s Guide 1.3, 1.4
•FDA:
Study Data Standards Resources (Accesed 2012 Jun)
<http://www.fda.gov/ForIndustry/DataStandards/StudyDataStandards/default.htm>
Study Data Specifications (Accesed 2012 Jun)
<http://www.fda.gov/downloads/Drugs/DevelopmentApprovalProcess/
FormsSubmissionRequirements/ElectronicSubmissions/UCM199759.pdf>
•CDISC:
Bay Area CDISC Implementation Network November Meeting (Accesed 2012 Jun)
<http://cdiscportal.digitalinfuzion.com/CDISC%20User%20Networks/
North%20America/Bay%20Area/Presentations/Forms/DispForm.aspx?ID=6>
•OpenCDISC :
CDISC SDTM 3.1.2 Validation Rules (Accesed 2012 Jun)
http://www.opencdisc.org/projects/validator/cdisc-sdtm-3.1.2-validation-rules
CST vs OpenCDISC -参考資料• カテゴリ比較
OpenCDISC
Consistency
Cross-reference
Format
Limit
Metadata
Presence
Terminology
83
14
14
9
15
10
82
CST
Cntlterm
Column
ColumnAttribute
ColumnValue
Date
Metadata
Multirecord
Multitable
71
53
8
14
7
20
20
27
カテゴリが異なる為、比較できない
36
CST vs OpenCDISC -参考資料• Severity比較
CST
Note
Warning
Error
OpenCDISC
Warning
157
Error
70
OpenCDISC
Warning
Warning
Warning
Error
Error
Error
×
→
→
→
→
→
→
55
131
34
CST
Error
Warning
Note
Error
Warning
Note
CSTのSeverityが緩くなっている
37
CST vs OpenCDISC -参考資料OpenCDISC
CT0063
CST
SDTM0490
Pre-Specified (--PRESP) variables values should be
populated with terms found in 'No Yes Response'
(C66742) CDISC controlled terminology codelist
Identifies records that violate the condition [Prespecified (**PRESP) is either 'Y' or null]
CSTは値を確認するがTerminologyは確認しない
OpenCDISC
SD1044
CST
×
Baseline Flag (--BLFL) should be present in all
custom Findings domains
×
CSTにはチェックがない
CSTのSDTM標準メタデータを使用していれば
上記チェックは網羅されている
38
CST vs OpenCDISC -参考資料OpenCDISC
SD0009
OpenCDISC
SD1062
CST
SDTM0452
When Serious Event (AESER) variable value is 'Y', then at
least one of seriousness criteria variables is expected to
have value 'Y' (Involves Cancer (AESCAN), Congenital
Anomaly or Birth Defect (AESCONG), Persist or Signif
Disability/Incapacity (AESDISAB)
Serious Event (AESER) variable value is expected to be 'Y',
when Occurred with Overdose (AESOD) variable value
equals 'Y'
Identifies records where Serious Event (AESER)='Y' but
none of Involves Cancer (AESCAN), Congenital Anomaly or
Birth Defect (AESCONG), Persist or Signif
Disability/Incapacity (AESDISAB), Results in Death
(AESDTH), Requires or Prolongs Hospitalization
(AESHOSP), Is Life Threatening (AESLIFE), Other Medically
Important Serious Event (AESMIE), or Occurred with
Overdose (AESOD) equals 'Y'
OpenCDISCにおける2つのチェック項目が
CSTでは1つにまとまっていることもある
39