ChIP-seq 解析

ChIP-seq 解析
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基本的な変異解析フロー
コントロールデータ
ChIPデータ
インポート
インポート
クオリティチェック
クオリティチェック
マッピング
マッピング
ChIP-seq
ピークアノテーション
ピーク配列
エクスポート
本資料では、マッピング後のChIP-seq解析について説明しています。マッピングの方法などはサ
ポート資料をご参照ください。
※コントロールがない場合は、ChIPサンプルのノイズからコントロールを推定します。
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ChIP-seq解析原理
1.
2.
3.
4.
クオリティのチェック
Peak Shape Filter の作成
明らかにピークと思われる領域について、ピークのモデル、Peak Shape Filter を
作成する。
Peak Shape Score の計算
Peak Shape Filter と比較し、その差からスコアを計算。スコアが大きいほど、
Peak Shape Filter と似ている理想的なピークということになる。
Ｐ-valueの計算と閾値によるフィルタリング
Peak Shape Score からP値を計算し、設定した閾値を満たすものをピークとする
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ChIP-seq
 Navigation Areaから使用するデータを選択。
 Toolboxから Epigenomics Analysis > ChIP-seq Analysisを選択、ダブル
クリック。
 ウィザードが起動し、選択したデータが選ばれていることを確認。
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ChIP-seq
コントロール
 コントロールのマッピングファイルを選択
Peak calling
 p-valueの閾値を設定。
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ChIP-seq
Next で次の画面に進み、データを保存する場所を決め
で処理開始。
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ChIP-seq：結果


ビューをテーブルに切り替える。
ピーク領域の場所、長さ、peak shape score , p-value が表示される。
Peak calling
 p-valueの閾値を設定。
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ChIP-seq：結果


Create Track List ボタンをクリックし、参照配列、コントロールマッピング、NRSFマッピング結
果を追加。図のように並び替える。
並び替えはマウスを矢印のアイコンに変更後、ドラッグアンドドロップで並び替え可能。
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ChIP-seq：結果
名前の上でダブルクリック

Peaks トラックの名前をダブルクリックすると、テーブルがトラックリストと並べ
て表示される。
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ChIP-seq：結果
1.
2.
テーブルの中のピークの１つを選択
トラックリストのツールバーの中にあるZoom
to Selection ボタン（下図）をクリック
3.
トラックリストのビューがピークにあわせて
ズームされる。
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ChIP-seq：結果
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ChIP-seq：結果
• Cross correlation

Cross Correlation プロットでは、ChIPサンプルの濃縮がうまくいっているかを
確認できます。左の図のようになっていれば、うまく濃縮され、リードをピーク
領域に向けてシフトさせたときに、クラスター（図のピーク）が出来、右図のよ
うな場合は、濃縮がうまくできていないことを表し、リードをシフトさせても左図
のようなピークが形成されません。
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ChIP-seq：結果

実際に作成されたピークフィルターを確認できます。このフィルターを元に
ピークかどうかを検出しています。
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ChIP-seq：結果

Peak Shape Score が高いほど、Filter との差が小さいということを意味し、p-valueが小さくなり
ます。
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ピーク近傍のアノテーション 付け
 Navigation Areaから使用するデータを選択。
 Toolboxから Epigenomics Analysis > Annotate with Nearby Gene
Information を選択、ダブルクリック。
 ウィザードが起動し、選択したデータが選ばれていることを確認。
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ピーク近傍のアノテーション 付け
 アノテーション付けしたい遺伝子のトラックを選択
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ピーク近傍のアノテーション 付け




5’ gene: 5末側に一番近い遺伝子の情報
5’ distance: 5末側に一番近い遺伝子までの距離
3’ gene: 3末側に一番近い遺伝子の情報
3’ distance: 3末側に一番近い遺伝子までの距離
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ピークにオーバーラップした遺伝子
のアノテーション付け
 Navigation Areaから使用するデータを選択。
 Toolboxから Track Tools > Annotate and Filter > Annotate with
Overlap Information を選択
 ウィザードが起動し、選択したデータが選ばれていることを確認。
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ピークにオーバーラップした遺伝子
のアノテーション付け
 アノテーション付けしたい遺伝子のトラックを選択
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ピークにオーバーラップした遺伝子
のアノテーション付け
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ピーク領域のExport
•
•
ChIP-seq 解析後、ピーク領域のモチーフ検索を行う事が多いです。そのために
ピーク領域をExportし、モチーフ検索のソフトウェアを利用します（GWBにはモ
チーフ検索は含まれていません）
ここでは、ピーク領域の配列をExportする方法を紹介します。
ピーク領域のExport
 Navigation Areaから使用するデータを選択。
 Toolboxから Classical Sequence Analysis > General Sequence Analysis
> Extract Annotations を選択、ダブルクリック。
 ウィザードが起動し、選択したデータが選ばれていることを確認。
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ピーク領域のExport
 参照配列を選択
 抜き出したいアノテーション（Peak情報）を選択
 抜き出した配列につける名前の情報を選択
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ピーク領域のExport
 ハンズオンでは、上図のようになっているか確認
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ピーク領域のExport
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ピーク領域のExport
 Export アイコンをクリック。検索ウィンドウが現れる
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ピーク領域のExport
 Fasta と入力すると、関連するファイルフォーマット
が現れる。
 Open をクリックするとウィザードが現れる
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ピーク領域のExport
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