日本語要旨

Chem-Bio Informatics Journal, Vol. 3, No. 4, pp.157-162(2003)
３次元医薬品構造データベースの構築と
インターネットへの公開
山本陽一，倉田香織，浜田真向，土橋
朗*
東京薬科大学 薬学部 東京都八王子市堀之内１４３２− １
*E-mail:[email protected]
要旨
３次元医薬品構造データベースは分子モデリングソフトウェアである MacroModel によ
り計算した医薬品の最適化構造を中心に、各種の構造データを収載したものである。この
開発の初期段階では医療用日本医薬品集（日本医薬品情報センター、東京）に収載された
医薬品に基づき、その構造データを作成し、データベースに格納した。各種の三次元分子
構造データは Web サーバーに格納されているため，クライアントのブラウザからプラグイ
ンである Chemscape Chime、あるいは Java アプレットである Chemis3D を用いて医薬品構
造を３次元的に表示し，回転や拡大を達成する。また医薬品分子の分子運動のアニメーシ
ョンとして動画表示することができる。分子運動のアニメーションは分子動力学計算から
得られる分子運動の軌跡に基いて作成され、分子内の結合軸上での回転を視覚化する。本
データベースは医薬品の最適化構造や分子運動アニメーションのほか、医薬品のコンホマ
ー分布を圧縮収納したファイルや、分子軌道計算から得られる静電気ポテンシャルマップ
を圧縮したバーチャルリアリティモデリング言語(VRML)ファイルなども提供する。医薬
品構造の探索は部分的な平面構造の描画、あるいは医薬品の一般名の入力のより、JChem
ソフトウェアを通じて、最適化構造データを収納した SQL サーバーから行うことができる。
キーワード：医薬品構造データベース、最適化構造、コンホマー分布、分子運動、
静電ポテンシャルマップ
領域区分：医薬品研究と毒性研究支援システム
Copyright 2003 Chem-Bio Informatics Society
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