CIMPL:ChEMBLデータベース検索機能のご紹介

技術情報
CimplSo
化学データ可視化・解析ツール
CIMPL:ChEMBLデータベース検索機能のご紹介
CIMPLは対話的な化学データの可視化や解析を行うツールです。CIMPLの中でも最も注目される機能の一つが、
昨年追加されたChEMBLデータベース(db)*1検索の機能です。
■ChEMBLdbについて
■ 3つの検索モード
ChEMBLdbはEuropean Bioinformatics Instituteが作
分子構造とターゲット情報、
アッセイ情報のリンクを使
成した生物活性に関与する低分子・タンパク質のデータ
用した相互の検索が可能です。検索結果のテーブルのID
ベースです。
このデータベースには分子構造、
ターゲット
番号をクリックすると、ChEMBLのオリジナルのWebサイ
情報、
アッセイ情報が登録され、それらをリンクさせた検
トが開き、
より詳しい情報を参照することができます。
索が可能です。100万件以上の薬物を中心とした低分子
◆Target->Compound
が登録されています。
・キーワードからターゲットを情報を検索
■ Search ChEMBL Database概要
・ターゲットIDからアッセイ情報と分子情報を検索
◆Compound->Target or Activity
ChEMBLdbの分子構造とターゲット情報、
アッセイ情報
・分子IDからターゲット情報と活性値を検索
を独自のデータベースに変換し、CIMPL内部に組み込み
◆Assay->Target or Compound
ました。
このデータベースに対して検索を行うのがSearch
・アッセイIDからターゲット情報と分子情報を検索
ChEMBL Databaseの機能です。類似構造検索や分子構造
とターゲット情報、
アッセイ情報のリンクを使用した相互
■応用事例
の検索が可能です。
ターゲットとしてGPCR、各種キナーゼ、PDE、エストロ
[登録内容（バージョンChEMBL_12）]
ゲン受容体、インターフェロン受容体などが登録されて
• 分子数: 1,222,969
います。GPCRを例として検索したところ、Histamine H3
• 重複を除く分子数: 1,077,189
receptorをはじめとする18件がヒットし、それらのアッセ
• ターゲット数: 8,703
イデータ10,003件が登録されていました（図2、図3）
。
• 活性値: 5,654,847
• 引用文献数: 43,418
■ 類似構造検索
原子ペア記述子*2に基づく類似度を使用した類似構造
検索が行えます。ChEMBLのWebサイトではSMILES、ID番
号、キーワードによる検索しか行えませんが、CIMPLを使
用すればと類似構造検索が可能です(図1)。
着目している分子に類似した周辺の分子のデータを集
めることができるとともに、
自社の分子構造は外部に出す
ことなく、in-houseで検索ができます。
また、検索結果の複
図2 : GPCRをキーワードに検索した結果
左図上段: 18件のヒットしたターゲット 左図下段: Histamine H3 receptorのアッセイデータ 右図: 活性が測定されていた分子Clozapine
数の分子をSMILESやSDファイルで一度に書き出すことも
簡単です。
図3 : リンクから起動したClozapineのChEMBLdb画面
（分子特性やリンク、活性タイプを表示）
*1 https://www.ebi.ac.uk/chembldb/
*2 R. E. Carhart
,
, 25, 64-73
(1985).
図1 : 類似構造検索画面
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