GlobalFiler Express PCR Amplification Kit

クイックリファレンス
GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit –
PCR Amplification and CE
Pub. No. 4481789 Rev. A Translated from English Publication Number 4480794 Rev. B
注記： 安 全 お よ び バ イ オ ハ ザ ー ド の ガ イ ド ラ イ ン に つ い て は、
『GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit User Guide
（Pub. no. 4477672）』の『Safety』のセクションをご参照ください。各薬品については、安全性データシート（SDS）をよく読み、取
扱い上の指示に従ってください。使用時には、適切な保護めがね、保護服、保護手袋を着用してください。
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製品の概要 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
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前提条件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
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PCR の実施 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
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アレルラダー要件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
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電気泳動装置要件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
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データ解析 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
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限定製品保証 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
製品の概要
GlobalFiler™ Express Kit（200 反応物の Part no. 4476609 または 1000 反応物の Part no. 4474665）は、21 の常染色体 STR 座位、ア
メロゲニン、1 つの Y STR 座位、および 1 つの Y 挿入／欠失（Y インデル）座位を増幅するショートタンデムリピート（STR）マル
チプレックスアッセイです。単一ソースサンプルを直接増幅できるよう最適化されています。
前提条件
始める前に：
• サンプルをセットアップします。
– 処理済みの紙製基質で採取した血液または口腔サンプル（クイックリファレンス Pub. no. 4481771 で説明）
– 未処理の紙製基質で採取した血液または口腔サンプル（クイックリファレンス Pub. no. 4481780 で説明）
– 綿棒基質で採取した口腔サンプル（クイックリファレンス Pub. no. 4481762 で説明）
• PCR 後の手順を実施する領域に本書を置きます。
PCR の実施
重要！ GlobalFiler™ Express Kit は、Veriti® Thermal Cycler、金めっきサンプルブロック（Part no. 4314878）または銀サンプルブ
ロック（Part no. N8050001）付きの GeneAmp® PCR System 9700 との併用に関して検証済みです。
1. サーマルサイクリング条件をプログラムします。
重要！ GeneAmp PCR System 9700 を使用する場合には、Max ランプモードを選択します。Veriti® Thermal Cycler を使用する
場合には、100% のランプ速度を選択します。9600 エミュレーションモードは使用しないでください。
初期インキュベー
ションステップ
最適サイクル数†
変性
ホールド
95°C
1分
†
最終伸長
最終ホールド
ホールド
ホールド
60°C
8分
4°C
∞
アニール／伸長
サイクル
94°C
3秒
ユーザーガイドの手順に従って検査室での最適サイクル数を特定します。
60°C
30 秒
2. プレートをサーマルサイクラーに装填し、加熱カバーを閉じます。
重要！ 銀または金めっき銀ブロック付きの 9700 サーマルサイクラーを使用する場合は、サーマルサイクリング中に蒸発するの
をさらに防ぐため、プレートの上部に MicroAmp® Compression Pad（Part no. 4312639）を置きます。Veriti® Thermal Cycler
には、圧縮パッドは必要ありません。
3. ランを開始します。
4. ランが完了したら、増幅された DNA を保管します。
DNA の保管が下記の場合 ...
下記の温度で保管 ...
<2 週間
2 ～ 8°C
>2 週間
-25 ～ -15°C
重要！ 増幅された産生物は遮光してください。
アレルラダー要件
サンプルを正確にジェノタイピングするため、未知のサンプルと共にアレルラダーサンプルを増幅する必要があります。
装置
1 回のインジェ
クション＝
ランするアレルラダーの数
アレルラダーあたりのサンプルの数
3130
4 回のインジェクションあたり 1
4 サンプル
15 サンプル + 1 アレルラダー
3130xl
1 回のインジェクションあたり 1
16 サンプル
15 サンプル + 1 アレルラダー
3500
3 回のインジェクションあたり 1
8 サンプル
23 サンプル + 1 アレルラダー
3500xL
1 回のインジェクションあたり 1
24 サンプル
23 サンプル + 1 アレルラダー
3730
1 回のインジェクションあたり 3
48 サンプル
15 サンプル + 1 アレルラダー
重要！ 検査室の温度の変動は、フラグメント移動速度の変化とラン間のサイジングの変動を引き起こすことがあります。ラン速
度の通常の変動に対応できる、上記のアレルラダーインジェクションの頻度をお勧めします。ただし、内部バリデーション試験中
に、検査室環境での全サンプルの正確なジェノタイピングを確保するのに必要なアレルラダーインジェクションの頻度をご確認く
ださい。
同じサンプルについて得られるサイズ値は、ポリマーマトリックスや電気泳動条件が異なるために装置プラットフォームの間で異
なることがあるため、サンプルと同じ条件下でランしたアレルラダーを用いてジェノタイピングすることが不可欠です。
電気泳動装置要件
3130 Series 装置要件（使用する前に、ユーザーガイドの説明に従って 6 色素ライセンスを有効にします）
遺伝子ア
ナライ
ザー
オペレー
ティングシ
ステム
データ収
集ソフト
ウェア
3130
Windows® 7
Data
Collection
Software 4
3130xl†
その他のソフト
ウェア
3130/3730 DC v4
6-Dye Module v1
（Life
Technologies ま
でお問い合わせ
ください）
ランモジュールおよび条件
• HIDFragmentAnalysis36_POP4_1
インジェクション条件：3 kV/5 秒
ラン条件：15 kV/1500 秒
• 色素セット J6
参考資料
Applied Biosystems 3130 Series
Data Collection Software 4
Getting Started Guide
(Pub. no. 4477796)
• HIDFragmentAnalysis36_POP4_1
インジェクション条件：3 kV/10 秒
ラン条件：15 kV/1500 秒
• 色素セット J6
†
2
GlobalFiler™
Express Kit に関するバリデーション試験は、3130xl、3500 または 3500xL 構成を用いて実施しました。
GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit – PCR Amplification and CE クイックリファレンス
3500 Series 装置要件（使用する前に、ユーザーガイドの説明に従って HID アップデータを実行します）
遺伝子アナ
ライザー
3500†
オペレー
ティングシ
ステム
Windows
Vista®
データ収
集ソフト
ウェア
3500 Data
Collection
Software v1
その他のソ
フトウェア
HID Updater
3500 DC v2
(Part no.
4480670)
ランモジュールおよび条件
• プレートテンプレート：
6dye_36_POP4
• アッセイ：GF+Norm_POP4 および
GF_POP4、下記の条件を使用する装
置プロトコル
HID36_POP4_J6_NT3200 が含まれ
ているもの：
– ランモジュール：HID36_POP4
参考資料
Applied Biosystems 3500/3500xL
Genetic Analyzer User Guide (Pub.
no. 4401661)
HID Updater 3500 Data Collection
Software v2 Release Notes
– インジェクション条件：
1.2 kV/15 秒
– ラン条件：13 kV/1550 秒
– 色素セット J6
3500xL†
• プレートテンプレート：
6dye_36_POP4_xl
• アッセイ：GF+Norm_POP4_xl およ
び GF_POP4_xl、下記の条件を使用
する装置プロトコル
HID36_POP4xl_J6_NT3200 が含まれ
ているもの：
– ランモジュール：HID36_POP4
– インジェクション条件：
1.2 kV/24 秒
– ラン条件：13 kV/1550 秒
– 色素セット J6
3500†
Windows® 7
3500xL†
3500 Data
Collection
Software v2
HID Updater
3500 DC v2
(Part no.
4480670)
上記の 3500 Data Collection Software v1
と同じ
3500/3500xL Genetic Analyzer User
Guide (Pub. no. 4476988)
HID Updater 3500 Data Collection
Software v2 Release Notes
† GlobalFiler™ Express Kit に関するバリデーション試験は、3130xl、3500 または 3500xL 構成を用いて実施しました。
3730 Series 装置要件（使用する前に、ユーザーガイドの説明に従って 6 色素ライセンスを有効化します）
DNA アナラ
イザー
オペレー
ティングシ
ステム
データ収
集ソフト
ウェア
3730
Windows® 7
Data
Collection
Software 4
その他のソフ
トウェア
3030/3730 DC v4
6-Dye Module v1
（Life
Technologies ま
でお問い合わせ
ください）
ランモジュールおよび条件
• GeneMapper36_POP7_1
インジェクション条件：2 kv/10 秒
ラン条件：15 kV/1200 秒
参考資料
Applied Biosystems 3730/3730xl
DNA Analyzer Getting Started
Guide (Pub. no. 4478016)
• 色素セット J6
電気泳動の実施
電気泳動のサンプルは、搭載直前に準備します。
GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit – PCR Amplification and CE クイックリファレンス
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1. サンプルの準備に必要な Hi-Di™ Formamide とサイズスタンダードの容量を計算します。
試薬
GeneScan™
Hi-Di™
600
LIZ®
Size Standard v2.0
Formamide
反応 1 回あたりの容量
0.5 µL
9.5 µL
注記： 試薬分注の際に発生するロスを考慮して多めの容量を準備するため、計算に追加のサンプルを含めてください。
重要！ 表に示したサイズスタンダードの容量は推奨量です。ご希望の実験と結果に基づいて適切なサイズスタンダードの量を
特定してください。
2. 適切なサイズのポリプロピレンチューブに、必要な容量のコンポーネントをピペットで分注します。
3. チューブをボルテックスにかけてから、短時間遠心機にかけます。
4. MicroAmp® Optical 96-Well Reaction Plate の各ウェルに、以下を加えます。
• 10 µL のホルムアミド：サイズスタンダード混合物
• 1 µL の PCR 産物またはアレルラダー
注記： ブランクのウェルについては、10 µL の Hi-Di™ Formamide を添加します。
5. 適切なセプタで反応プレートをシールし、プレートを短時間ボルテックスして遠心機にかけ、各ウェルの内容物が混合され、底
に集まったことを確認します。
6. 95°C のサーマルサイクラーで反応プレートを 3 分間加熱します。
7. プレートをすばやく氷上に移し、3 分間冷却します。
8. プレートアセンブリをオートサンプラーで準備します。
9. 電気泳動のランを開始します。
データ解析
デ ー タ 解 析 用 に GeneMapper® ID-X Software を セ ッ ト ア ッ プ す る に は、GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit User Guide
（Pub. no. 4477672）、GeneMapper® ID-X Software v1.4 New Features and Installation Procedures User Bulletin（Pub. no. 4477684）
、また
は GeneMapper® ID-X SoftwareVersion 1.0 Getting Started Guide（Pub. no. 4375574）をご参照ください。
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December 2012