SEQUENCHER V5.3 for Win

シーケンスアセンブルソフトウェア
SEQUENCHER
V5.3 for Win
ネットワーク版
インストールマニュアル
SEQ_W_20150130
はじめに
このたびは SEQUENCHER をご使用いただき、誠にありがとうございます。SEQUENCHER は、ユーザが入力ま
たはインポートしたシーケンス群を簡単なユーザインタフェースでトリミングし、アセンブルすることのできる、使
いやすく高性能なアセンブルソフトウェアです。
© 2015 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved.
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SEQUENCHER は米国 Gene Codes Corporation の登録商標です。

このマニュアルの記載内容を無断で複写、転写することを禁止します。また、マニュアルの内容は予告なしに変
更されることがあります。このマニュアルに誤記や不正確な記述があった場合、株式会社日立ソリューションズ
はいかなる責任も負いません。
目次
1.
2.
3.
SEQUENCHER ライセンスサーバーのセットアップ................................................................ 1
1.1.
インストールの準備 ............................................................................................................... 1
1.2.
SEQUENCHER RLM License Server のインストール ....................................................... 2
1.3.
サーバー用ライセンスファイルの発行および認証 ................................................................ 3
1.4.
SEQUENCHER 用ライセンスファイルの発行..................................................................... 4
SEQUENCHER のセットアップ ................................................................................................. 5
2.1.
インストールの準備 ............................................................................................................... 5
2.2.
SEQUENCHER for Win のインストール ............................................................................. 6
2.3.
SEQUENCHER for Win のアクティベーション .................................................................. 8
外部ツールのインストール ......................................................................................................... 10
3.1.
NGS ツールのインストール ................................................................................................. 10
3.2.
Tablet のインストール ......................................................................................................... 12
3.3.
ClustalW のインストール .................................................................................................... 14
3.4.
RNA-Seq ツールのインストール ......................................................................................... 16
1. SEQUENCHER ライセンスサーバーのセットアップ
1.1. インストールの準備
インストールを開始する前に、下記の事項を確認してください。
■コンピュータの性能の確認
お使いのコンピュータが次の最低要件を満たしていることを確認してください。
WindowsVista，７，８，８．１のいずれかを使用
・
※
お使いのコンピュータが上記の要件を満たしているかどうかを確認する場合は、
「スタート」メニュー内の
「コ
ンピューター」を右クリック→「プロパティ」を選択して【コンピューターの基本的な情報の表示】を確認
してください。
■ライセンスサーバーをインストールする PC の設定
ライセンスサーバーをインストールする前に、PC に以下の設定を行ってください。
i.
コントロールパネルから【電源オプション】を起動します。
ii. 【コンピュータをスリープ状態にする】の項目で、制限時間を「なし」にします。
iii. 【変更の保存】ボタンを押してダイアログを終了します。
■ライセンスサーバーの IP アドレス
ライセンスサーバーを使用する PC は、IP アドレスを固定してください。
※
サーバーに接続できない場合、SEQUENCHER を起動できません。
1
1.2. SEQUENCHER RLM License Server のインストール
i.
コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER RLM License Server CD を入れます。
ii. CD ドライブを開いて SequencherServer.exe をダブルクリックします。
※
インストールにはコンピュータの Administrator 権限が必要です。
iii. RLM License Server のインストーラーが起動します。
iv. インストーラーが起動しましたら、Next をクリックして先に進めてください。
図 1-1
v.
インストールウィザード
インストール開始の画面が表示されますので、Install を選択してください。インストールが自動で開始されま
す。
図 1-2
インストール開始画面
vi. インストールが完了するとインストールウィザードの完了画面が表示されます。Finish をクリックして終了し
てください。
2
1.3. サーバー用ライセンスファイルの発行および認証
SEQUENCHER V5.2 よりライセンスのアクティベーション（認証処理）方法が変更され、これまでの USB ドン
グルから、ライセンスファイルによる認証方法となりました。
i.
コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER RLM License Server CD を入れます。
ii. CD ドライブを開いて License Tools.exe をダブルクリックします。
iii. License Tools が表示されますので、RLM Server のタブを選択してください。
図 1-3
アクティベーションキー入力
iv. アクティベーションキーを入力して Activate をクリックすると、数分でライセンスファイルの発行処理が行わ
れます。ライセンスファイルが発行されると保存場所を確認されますので、ライセンスサーバーがインストール
されているフォルダに保存してください。
保存場所は通常、以下のフォルダになります。
Windows 32bitOS
Program Files/Gene Codes/Sequencher Server
Windows 64bitOS
Program Files（x86）/Gene Codes/Sequencher Server
※
発行はインターネット経由で行われる為、ネットワーク環境が無い PC では認証ができません。その場合、
マニュアル認証の手順が始まりますので、手順に従ってリクエストファイルを作成してください。
※
作成したリクエストファイルはメールに添付し、[email protected] 宛にライセンスファイルの
申請メールを送信してください。Gene Codes からライセンスファイルが添付されたメールが返信されます。
（手動での処理の為、返信まで 1・2 日程度かかります）
※
返信されたライセンスファイルは、ライセンスサーバーのインストールフォルダに保存してください。
ライセンスファイルが保存できましたら、一度 PC を再起動してください。
※
License Server Administration のメニュー上から、Reread/Restart Servers で、直接サーバーを再起動す
る事も可能です。
3
1.4. SEQUENCHER 用ライセンスファイルの発行
SEQUENCHER 用のライセンスファイルを作成します。
i.
ライセンスサーバーをインストールした PC で License Tools を起動し、RLM Server のタブを選択してくださ
い。
ii. Server Address の欄にライセンスサーバーをインストールした PC の IP アドレスを入力し、Create Client
License をクリックします。
※
通常は起動した PC の IP アドレスが自動で入力されます。
図
1-4
ライセンスツール
iii. ライセンスファイルの保存場所を確認されますので、デスクトップなどの適当な場所に保存してください。
このファイルは SEQUENCHER をインストールした PC で使用します。
メディアやネットワークで、該当の PC にコピーしてください。
4
2. SEQUENCHER のセットアップ
2.1. インストールの準備
インストールを開始する前に、下記の事項を実施してください。
■ライセンスファイルのコピー
SEQUENCHER をインストールする PC に、手順 1.4.で作成した SEQUENCHER 用ライセンスファイルを保存
してください。
■コンピュータの性能の確認
お使いのコンピュータが次の最低要件を満たしていることを確認してください。
・
WindowsVISTA、７、８、８.１のいずれかを使用
・
3GB RAM（NGS 解析を行う場合は、6GB 以上を推奨）
・
ハードディスク空き容量 275ＭＢ（NGS 解析を行う場合は、さらに 420MB 以上が必要）
※
お使いのコンピュータが上記の要件を満たしているかどうかを確認する場合は、
「スタート」メニュー内の
「コンピューター」を右クリック→「プロパティ」を選択して【コンピューターの基本的な情報の表示】
を確認してください。
※
次世代シーケンサー由来のデータ（NGS データ）をアセンブルする場合には、最低要件よりも大きな RAM
やハードディスクの空き容量が必要になります。
※
RNA-Seq ツールは 64bit OS と、SEQUENCHER V5.3 以降のみで使用可能です。
■以前のバージョンのアンインストール
以前のバージョンの SEQUENCHER をインストールしている場合は、全てアンインストールします。
※
アンインストール後にコンピュータの再起動がかかる場合があります。データを保存してから再起動を行っ
てください。
i.
[スタート]→[コントロールパネル]→[プログラムと機能]を起動します。
ii. 現在インストールされているアプリケーションの一覧から、以前のバージョンの SEQUENCHER を選択し、右
クリックのメニュー、もしくはメニューから「アンインストール」を選択します。
■ドングルをお持ちの方
USB、
もしくはパラレルポートのドングルをお持ちの場合は、
インストール時点では PC に接続しないでください。
5
2.2. SEQUENCHER for Win のインストール
使用したい PC に、以下の手順で SEQUENCHER をインストールしてください。ライセンスサーバーとネットワ
ーク上で接続可能なコンピュータであれば、インストールは何台でも可能です。
i.
コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER V5.3 の CD-ROM を入れます。
ii. CD ドライブを開いて Sequencher 5.3.exe をダブルクリックします。
※
インストールにはコンピュータの Administrator 権限が必要です。
iii. SEQUENCHER インストーラーが起動します。
図 2-1
インストーラー初期画面
iv. Next ボタンをクリックするとライセンス規約の確認画面が表示されます。
「同意する」を選択し、こちらも Next
ボタンをクリックして進んでください。
図 2-2
6
ライセンス規約
v.
インストール準備画面が表示されます。Install ボタンをクリックしてインストールを開始します。
図 2-3
インストール開始画面
vi. インストール終了後、インストール完了画面が表示されます。Finish ボタンをクリックします。
図 2-4
インストール完了画面
vii. インストールの終了後、コンピュータの再起動を要求される場合があります。その際は再起動を行ってください。
7
2.3. SEQUENCHER for Win のアクティベーション
手順 1.4.で作成したライセンスファイルを使い、SEQUENCHER 本体のアクティベーションを行います。
i.
アクティベーション実施前の SEQUENCHER では、起動をすると以下のウィンドウが表示されますので、
Activate…を選択します。
図 2-5
起動直後の画面
ii. Sequencher License Manager が表示されますので、I have a license file を選んで先にお進みください。
図 2-6
8
ライセンスマネージャー
iii. ライセンスファイル選択画面になりますので、Browse をクリックしてエクスプローラを開き、保存した
SEQUENCHER 用ライセンスファイルを選択して次の画面にお進みください。
図 2-7
ライセンスファイル選択画面
iv. ライセンスファイルが読み込めたら認証完了の画面を表示しますので、
Finish を選択して終了させてください。
9
3. 外部ツールのインストール
SEQUENCHER は、通常のシーケンスや次世代シーケンサー(NGS)由来のシーケンスをアセンブルするために外
部の優秀なツールを使用することができます。そのためには、まずこれらのツールを SEQUENCHER がインストー
ルされているパソコンにインストールする必要があります。
3.1.
NGS ツールのインストール
SEQUENCHER で次世代シーケンサー由来のシーケンスをアセンブルするためには、Maq, GSNAP, Tablet の３
つのツールが必要になります。ここではその３つのツールを含む、外部ツールのインストール方法を説明します。
■NGS ツールインストーラーのダウンロードと解凍
i.
GeneCodes 社のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から、
ExternalToolsInstallerV4.1.zip をダウンロードします。
ii. ダウンロードしたファイルを解凍すると、下図のファイルが展開されます。
図 3-1
展開された NGS インストーラーファイル
■GSNAP, Maq および、Maqview, MUSCLE, Velvet のインストール
i.
ExternalToolsInstaller.exe をダブルクリックして、インストーラーを起動します。
図 3-2
10
インストーラー初期画面
ii. 利用許諾が表示されますので、これに同意した上で、NEXT ボタンをクリックします。
図 3-3
利用許諾同意画面
iii. インストール方式の確認がありますので、Complete を選択してインストール準備画面まで進んでください。
Install ボタンをクリックするとインストールが開始いたします。
図 3-4
インストール画面
iv. インストール終了後、完了画面が表示されます。Finish ボタンで終了します。
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3.2.
i.
Tablet のインストール
Tablet フォルダを開きます。下図の２つのインストーラーが存在することを確認してください。
図 3-5
タブレットインストーラーファイル
ii. お使いの OS によって使用するインストーラーが変わります。
３２ビット OS をお使いの方は、tablet_windows_x86_1_13_05_17.exe をダブルクリックしてください。
６４ビット OS をお使いの方は、tablet_windows_x64_1_13_05_17.exe になります。
※インストールするには、Administrator 権限が必要です。
iii. インストーラーが起動したら Next ボタンをクリックします。
図 3-6
インストーラー初期画面
iv. 利用許諾を読み、これに同意した上で Next ボタンをクリックして進んでください。
図 3-7
12
利用許諾同意画面
v.
インストールフォルダを決定します。デフォルトでは、Tablet フォルダは C:¥Program Files の下に作成されま
す。インストール先は変更しないでください。
図 3-8
インストールフォルダ決定画面
vi. 画面の指示に従ってインストールを行います。インストール終了後、Finish ボタンをクリックします。
図 3-9
インストール終了画面
13
3.3.
ClustalW のインストール
SEQUENCHER は通常のシーケンスをアセンブルするために、アライメントツールとして定評のある ClustalW
を使用することができます。ここではそのインストール方法を説明します。
i.
ダウンロードして解凍したファイルの中から、
「ClustalW2」のフォルダを開きます。
ii. clustalw-2.1-win.msi をダブルクリックして、インストーラーを起動します。Next ボタンをクリックします。
※インストールするには、Administrator 権限が必要です。
図 3-10
インストーラー初期画面
iii. インストールフォルダを決定します。
デフォルトでは、ClustalW2 フォルダは C:¥Program Files¥ClustalW2 の下に作成されます。インストール先
は変更しないでください。
図 3-11
14
インストールフォルダ決定画面
iv. Install ボタンをクリックしてインストールを開始します。
図 3-12 インストール確認画面
v.
インストール終了後、完了画面になりますので Finish ボタンをクリックで終了です。
図 3-13 インストール終了画面
15
3.4.
RNA-Seq ツールのインストール
SEQUENCHER V5.3 から、NGS による遺伝子発現解析に定評のある Cufflinks 関連のツールが追加され、これに
より新しく RNA-Seq データを用いた網羅的遺伝子発現が、より簡単にできるようになりました。以下の手順にてイ
ンストール作業を行い、SEQUENCHER に機能を追加してください。
※
RNA-Seq ツールは 64bit OS と、SEQUENCHER V5.3 以降のみで使用可能です。
■RNA-Seq ツールインストーラーのダウンロードと解凍
i.
GeneCodes 社のサイト（http://genecodes.com/download/external-tools-download）から
RNA-SeqToolsInstallerV1.0.zip をダウンロードし、デスクトップなどの適当な場所に展開してください。
ii. 展開したフォルダ内にある RNA-SeqtoolsInstaller.exe をダブルクリックし、インストーラーを起動してくださ
い。
図 3-14
インストーラー初期画面
iii. 次に使用許諾契約の条件を表示いたしますので、同意を選択して処理を進めてください。
図 3-15
16
インストーラー初期画面
iv. 同意の確認後はインストールの確認画面になりますので、画面の指示に従ってインストール作業を開始してくだ
さい。
図 3-16
v.
インストール開始画面
インストールが完了すると結果画面が表示されますので、Finish を選択して終了してください。
これで外部ツールのインストール作業は完了となります。
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