New TaqMan Assay Search 検索ガイド

New TaqMan Assay Search 検索ガイド
Gene Expression/SNP Genotyping/Copy Number Assay検索編
2012-4月版
The world leader in serving science
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内容
• 検索及びアクセス方法 P3-6
• Gene Expression Assay検索 P8-30
• SNP Genotyping Assay検索 P32-41
• Copy Number Assay検索 P43-53
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概要
• Applied Biosystems™ TaqMan™ アッセイ、ambion siRNA及
びmicroRNA関連製品の検索からご注文までを行える新サイトが
公開されました。
• http://bioinfo.appliedbiosystems.com/genome-database/geneexpression.html
• 主な特長
• 見やすくなった検索結果表示
• 操作しやすくなったマップ表示
• 検索結果の絞り込みや、過去の検索結果表示など多彩なメニュー表示
• 複数のAssayを比較表示して検討
• 購入予定のAssayをカートに入れて”チェックアウト”の操作後は現サイトと同
じ画面でご注文可能
3
推奨環境
• 下記の環境で動作確認を行いました。
• Windows
• Internet Explorer 6,7,8（Internet Explorer 9以降は未検証）
• Google Chrome
• Firefox
• Macintosh OS X
• Safari （Safari 6まで検証済）
• Google Chrome
• Firefox
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検索サイトへのアクセス
• アプライドバイオシステムズ製品トップページ
(http://www.appliedbiosystems.jp) 左上のTAQMAN ASSAYS
または右上のインターネットオーダシステムご利用案内をクリック
• ページ内の新アッセイ検索をクリックして検索サイトに進みます。
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ユーザー登録
• ログイン前でも検索は可能ですが、製品のご注文はインターネッ
トオーダーシステムへのログインが必要です。ご購入予定であれ
ばお早目にインターネットオーダシステムへのご登録をお願い致
します。ユーザー登録のご案内は下記サイト内を参照下さい。
• http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=12#
user
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内容
• 検索及びアクセス方法 P3-6
• Gene Expression Assay検索 P8-30
• SNP Genotyping Assay検索 P32-41
• Copy Number Assay検索 P43-53
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Gene Expression Assay検索
• Gene Expressionをクリック→条件を設定→searchをクリックして
検索します。次頁以降で各ステップを説明します。
検索対象を選択します
生物種を選択します
配列を入力して検索
します
遺伝子名、遺伝子ID等
を入力して検索します
8
複数の遺伝子名、遺伝
子ID等をアップロードし
て検索します。
配列を含むファイルをアッ
プロードして検索します
検索条件の入力が終了したらsearchを
クリック
Gene Expression Assay検索
• 検索対象の選択は下記のとおりです。
• All Gene Expression Assays: 全ての遺伝子発現解析用のAssayから検索
を行います。
• Noncoding RNA Only: noncoding RNA検出用のAssayのみが検索対象に
なります。
• Markers & Reporters: レポーター遺伝子、マーカー遺伝子検出のAssayの
みが検索対象になります。
• Controls: コントロール遺伝子が検索対象になります。
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Gene Expression Assay検索
• 生物種の選択は下記のとおりです。
選択対象から外す場合×をクリック
• ヒト、マウス、ラット以外の生物種で検索をする場合は、Otherをクリックして下
に表示される欄に、学名や種類名を入力します。該当の生物種に対するアッ
セイがある場合は生物種を表示させた状態で検索を行います。複数の生物
種を表示して検索することも可能です。
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Gene Expression Assay検索
• Gene Expression Assay検索
遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力
することができます。入力を始めるとキ
ーワードを含む語句が表示されて選択
をすることも可能です。
クリックすると下記画
面が表示されます。
入力できるIDは下記のとおりで
す。
検索条件の設定が終わりましたらsearch
をクリックして検索します。
ファイル形式でアップロードする
場合こちらをクリックします。
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Gene Expression Assay検索
• 検索結果が表示されます。
マップ表示
検索結果表示
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Gene Expression Assay検索
• Best Coverage Assay: 同一ターゲット遺伝子に対するAssayか
ら網羅性、特異性、Assayデザイン等総合的に判断して最もお奨
めできるAssayになります。詳細は下記に記載されています。
クリック
13
Gene Expression Assay検索
• Assay IDには以下の情報が含まれておりAssay選択の参考にな
ります。
Assay ID
• 最初の２文字は生物種を示しています。
Hs
Mm
Rn
At
Bt
Ce
Cf
Cp
Dm
Dr
Homo sapiens （ヒト）
Mus musculus （マウス）
Rattus norvegicus （ラット）
Arabodopsis thaliana
Bos taurus (Cow)
Caenorhabditis elegans
Canis familiaris (Dog)
Cavia. porcellus (Guinea Pig)
Drosophila melanogaster
Danio rerio (Zebrafish)
Ec
Gg
Gm
Oc
Os
Rh
Sp
Ss
Xt
Equus caballus (Horse)
Gallus gallus (Chicken)
Glycine max (Soybean)
Oryctolagus cuniculus (Rabbit)
Oryza sativa (Rice)
Macaca mulatta (Rhesus)
Schizosaccharomyces pombe (Fission Yeast)
Sus scroga (Pig)
Xenopus tropicalis (Frog)
• 次の数字は任意に割り当てられ、数字が大きいものの方が新しいデザインに
なります。
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Gene Expression Assay検索
• _末尾の文字列
• _m1：プローブがExon junction上にデザインされており、ゲノムDNAは検出されま
せん。”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。
• _s1：一つのExon上にプライマー及びプローブがデザインされており、ゲノムDNAが
含まれると検出されてしまいます。 ”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであるこ
とを示します。
• _g1：ゲノムDNAを検出する可能性のあるAssayです。”1”はターゲット遺伝子特異
的なAssayであることを示します。
• _mH,_sH,_gH： 相同性の高い遺伝子ファミリーのある特定の転写産物に対してデ
ザインされており、ターゲット遺伝子から10-15CT値差（同一コピー数が存在した場
合1,000～30,000倍の差に相当）で類似の転写産物を検出してしまう可能性があり、
特異性が完全には保たれていないことを示します。
Assay ID
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Gene Expression Assay検索
• _末尾の文字列
• _u：Assayによって検出する増幅領域は２つのExon間にありますが、プローブがど
ちらかのエクソン上にデザインされているので、ゲノムDNAが検出される可能性が
あります。
• _ft：染色体転座による融合した転写産物を検出します。一つのプライマーとプロー
ブが片方のBreakpointに存在し、もう一つのプライマーが別のBreakpointに存在す
るため、ゲノムDNAは検出されません。
• _at：どの生物種の配列にも含まれない合成RNAを検出する為にデザインされた
Assayです。
• “Hs999999…_m1.” で示されるAssayは２つのExonの領域を増幅しますが、プロ
ーブのデザインはエクソンの境界線上ではありません。Exon Boundaryの情報が
“1-1”と記載があればF-プライマー及びプローブはExon 1上にあることを示し、R-プ
ライマーがExon 2上にあることを示します。
Assay ID
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Gene Expression Assay検索
• View Assay on Mapをクリックするとマップ上におよその位置情
報が表示されます。
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Gene Expression Assay検索
• View Detailsをクリックすると公共データベースへのリンクを含む
情報が表示されます。
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Gene Expression Assay検索
• Controlsをクリックすると、オンラインオーダーが可能な内在性コ
ントロール製品群が表示されます。蛍光ラベル及び容量をプルダ
ウンメニューで選択し、カートに追加することができます。
蛍光ラベル及び容量を選択
カートに追加する
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Gene Expression Assay検索
• Gene Arraysをクリックすると、同じAssayが収載されている
TaqMan Array Gene Signature Platesが表示されます。
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Gene Expression Assay検索
• デザイン時点から公共データベースの情報が変更になったAssay
に関してはその詳細がImportant Informationをクリックすると表
示されます。
こちらのアッセイの場合、現在の公共データベース情報
ではゲノムDNAを検出してしまうAssayであることが記
載されています。
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Gene Expression Assay検索
• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。
新規の検索条件を行う場合にクリックします。
表示結果の絞り込みに使用します。
Best Coverage: Best Coverage Assayのみを表示
Inventoried Assays：在庫ありAssayのみを表示
3’ Most Assay：最も3’末端側にデザインされたAssayを表示
初めに選択した生物種から絞り込みたい場合対象
の生物種のみクリックしてチェックを入れます。
複数の候補遺伝子が検索結果に含まれた際に、遺
伝子を絞り込む場合に使用します。
Probeのデザインで条件を絞り込む場合に使用しま
す。
設定した条件をリセットできます。
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Gene Expression Assay検索
• 検索結果上部のメニューは下記の通りです。
• 複数のAssay IDの左横にチェックを入れて
• add selected to cart： 複数のAssayをまとめてカートに追加します。
• Compare: 下図のように比較の画面が表示されます。
• Email： 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます。
• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。
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Gene Expression Assay検索
• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進
む場合は、checkoutをクリックします。
クリックするとカート内容を確認できます。
クリックしてご注文手続きに進
みます。
add to cartをクリックしてカートに
追加します
クリックするとカートの中身を
確認できます。
24
クリックしてご注文手続きに進みます。
ご注文の流れ
• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインタ
ーネットオーダーシステムにログインしご注文の手続きに進みま
す。
ユーザ名とパスワードを入力しLoginを
クリックします。
25
ご注文の流れ
• 既存のショッピングバスケットに追加するか、新規のバスケットを
作成するかを選択します。
既存のショッピングバスケットをプル
ダウンメニューから選択します。
新規のショッピングバスケットを作
成します。
上記選択後、クリックしてカート内の製品をショッピング
バスケットに追加します。
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ご注文の流れ
• カートの内容をこの段階で編集することも可能です。確認が終わ
りましたら「次へ」をクリックします。
チェックを入れて削除をクリックすると
購入をキャンセルできます
確認後クリック
全て選択する場合こちらをクリックしてチェックを入れる
個別に選択する場合クリックしてチェックを入れる
数量の変更が可能です
蛍光ラベルや容量をプルダウンメニューから
変更できます。
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ご注文の流れ
• 出荷先情報を確認し「次へ」をクリックします。
前画面に戻る場合クリック
確認後クリック
お支払方法について：
お支払方法のPurchase Order
の表示、Blanket Orderの空欄
はそのままで変更しないでくださ
い。
お名前には、登録ユーザーのお
名前を半角のアルファベットでご
入力ください。
弊社受注担当宛ての特記事項がある場合こちら
に記載下さい。
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ご注文の流れ
• 最終確認後、「ご注文」をクリックしてご注文を確定させます。一旦
「ご注文」をクリックしますと、キャンセルができませんのでご注文
の際は十分にご注意ください。
29
ご注文の流れ
• ご注文の確認画面が表示されます。
弊社へご連絡頂く際の確認番号になりますのでこちらの
画面もしくは情報が送信されるメールで番号をお控え下
さい。
こちらをクリックすると製品ページに戻ります。
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内容
• 検索及びアクセス方法 P3-6
• Gene Expression Assay検索 P8-30
• SNP Genotyping Assay検索 P32-41
• Copy Number Assay検索 P43-53
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SNP Genotyping Assay検索
• SNP Genotypingをクリック→条件を設定→searchをクリックして
検索します。次頁以降で各ステップを紹介します。
全てのSNP Genotyping AssayかDrug
Metabolism Assayのみを検索対象にす
るかを選択
生物種を選択
個別に検索キーワードを入力する場合
はこちらに入力
複数のIDをまとめてアップロードする場
合はこちらをクリック
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検索条件の入力が終了したらsearchを
クリック
SNP Genotyping Assay検索
• 対象のAssay及び生物種を選択します。
All SNP Genotypingは全ての
Assayを検索対象にし、Drug
Metabolism Assayをクリックすると
同アッセイのみに限定されます。
生物種を選択します。
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SNP Genotyping Assay検索
• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。
遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力
することができます。入力を始めるとキ
ーワードを含む語句が表示されて選択
をすることも可能です。
クリックすると下記画
面が表示されます。
入力できるIDは下記のとおりで
す。
検索条件の設定が終わりましたらsearch
をクリックして検索します
ファイル形式でアップロードする
場合こちらをクリックします
34
SNP Genotyping Assay検索
• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基
の範囲をすることで、範囲内に含まれるSNPに対するAssayを検
索することが可能です。
生物種を選択
塩基数を入力
クリックして検索
プルダウンメニューで選択
35
SNP Genotyping Assay検索
• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on Map
をクリックするとMap上に該当のアッセイが表示されます。
36
SNP Genotyping Assay検索
• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。
クリックしてカートに
追加できます
別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます
37
SNP Genotyping Assay検索
• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。
新規の検索条件を行う場合にクリックします。
アリル頻度情報が既知のAssayに限定します。
Assay Typeを絞り込みます。詳細は?をクリックして
下記のとおり表示されます。
SNP Typeを
絞り込みます。
設定した条件をリセットできます。
38
SNP Genotyping Assay検索
• 検索結果上部のメニューは下記の通りです。
まとめて容量を変更できます。
• 複数のAssay IDの左横にチェックを入れて
• add selected to cart： 複数のAssayをまとめてカートに追加します。
• Compare: 下図のように比較の画面が表示されます。
• Email： 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます。
• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。
39
SNP Genotyping Assay検索
• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進
む場合は、checkoutをクリックします。
クリックするとカート内
容を確認できます。
クリックしてご注文手続きに進
みます。
add to cartをクリックしてカートに
追加します。
クリックするとカートの中身を
確認できます。
40
クリックしてご注文手続きに進
みます。
ご注文手続きに進む
• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますので、イン
ターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。
• ログイン後のご注文方法はP26-30を参照下さい。
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内容
• 検索及びアクセス方法 P3-6
• Gene Expression Assay検索 P8-30
• SNP Genotyping Assay検索 P32-41
• Copy Number Assay検索 P43-53
42
Copy Number Assay検索
• Copy Numberをクリック→条件を設定→searchをクリックして検
索します。次頁以降で各ステップを説明します。
検索対象を選択します
生物種を選択します
領域を指定して検索します
遺伝子名、遺伝子ID等
を入力して検索します
43
複数の遺伝子名、遺伝
子ID等をアップロードし
て検索します。
検索条件の入力が終了したらsearchを
クリック
Copy Number Assay検索
• 対象のAssay及び生物種を選択します。
All Copy Number Assaysは全て
のAssayを検索対象にし、Markers
& Reportersをクリックするとマーカ/
レポーター遺伝子用Assayに限定
されます。
生物種を選択します。
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Copy Number Assay検索
• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。
遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力
することができます。入力を始めるとキ
ーワードを含む語句が表示されて選択
をすることも可能です。
クリックすると下記画
面が表示されます。
入力できるIDは下記のとおりで
す。
検索条件の設定が終わりましたらsearch
をクリックして検索します
ファイル形式でアップロードする
場合こちらをクリックします
45
Copy Number Assay検索
• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基
の範囲をすることで、範囲内に含まれるCNVに対するAssayを検
索することが可能です。
生物種を選択
塩基数を入力
クリックして検索
プルダウンメニューで選択
46
Copy Number Assay検索
• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on Map
をクリックするとMap上に該当のアッセイが表示されます。
47
Copy Number Assay検索
• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。
クリックしてカートに
追加できます
別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます
48
Copy Number Assay検索
• Required Reference Assaysをクリックするとコントロール用アッ
セイが表示されますが、日本国内ではウェブ注文ができませんの
で、カートに追加は使用せず、代理店経由でご注文下さい。
ご注文のステップでエラー
がでるので使用しないで
下さい。
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Copy Number Assay検索
• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。
新規の検索条件を行う場合にクリックします。
Assay Locationによる絞り込み
が行えます。
設定した条件をリセットできます。
50
Copy Number Assay検索
• 検索結果上部のメニューは下記の通りです。
• 複数のAssay IDの左横にチェックを入れて
• add selected to cart： 複数のAssayをまとめてカートに追加します。
• Compare: 下図のように比較の画面が表示されます。
まとめて容量を変更
できます。
• Email： 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます。
• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。
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Copy Number Assay検索
• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進
クリックするとカート内
む場合は、checkoutをクリックします。
容を確認できます。
クリックしてご注文手続
きに進みます。
add to cartをクリックしてカートに
追加します
クリックするとカートの中身を
確認できます。
クリックしてご注文手続きに進
みます。
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ご注文手続きに進む
• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインタ
ーネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。
• ログイン後のご注文方法はP26-30を参照下さい。
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研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。
The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation
or their respective owners.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc
本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。
記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので、ご了承下さい。
©2012 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved.
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