ION094 - Thermo Fisher Scientific

Ion PGM™システムによるCNV検出
アプリケーションノート
Ion Torrent™半導体シーケンサによる
CNV検出
主な特長
• Ion Torrent™ 半 導 体シー ケン サ は、
サンプル調製から解 析までのトータ
ルワークローを提供しており、コピー
数 多 型（CNV）、 一 塩 基 多 型（SNV）
お よ び 短 い 挿 入 と 欠 失（indel）を
1 ランのデータから同時に検 出でき
ます。
• 既 知の 染 色体 異常を含む 31 の試 料
からなるリファレンスセットを 使 用
し、34 の 検出済み CNV 領域のうち
34 すべての変異が検出されました。
• Ion Reporter™ ソフトウェアは、ユー
ザーが 定 義 する CNV 検 出 パ ラメー
ターを使 用し、3 段 階の 感 度 から選
択 することが で きるため、コピー 数
解 析 のワークフローを調整して、思
い通りの感 度レベルおよび特異性を
達成することが可能です。
欠失ゲノム‐ヒトゲノムの構造的変異
コピー数多型（CNV）は、ゲノム中の大きな領域（> 1 kb）が重複（増加）または
欠失（減少）することを表します（図 1）。ヒトリファレンスゲノムおよびその他の
ヒトゲノムのシーケンスにより、CNV が予想していた以上に一般的現象であり、
ヒトゲノムに見られる遺伝的多型の極めて大きな部分を占めることが明らかとな
りました［1］。染色体領域における遺伝性および de novo の CNV は、がんや遺
伝 性疾 患を含む 多くの疾 患と関連しています。CNV は表 現 型に様々な影 響を
与える可能性があり、例えば、欠失は劣性変異を非マスク化する可能性があり、
重複および欠失は量感受性遺伝子 *（dosage-sensitive gene）のコピー数を変
更してしまう可能性があります。また、欠失は遺伝子の制御を変化させる位置
効 果（Position effect）につながる可能 性 があり、がんにおいては機 能 獲 得 型
ドライバー変異を含む重複領域の選択が起こる可能性があります。
SNV、Indel および CNV 検出のためのトータルワークフロー
Ion AmpliSeq ™ テクノロジーは簡 便で 高 度 なマル チプレックス PCR によるラ
イブラリ作 製を可能にするため、研究者はヒトゲノムのター ゲット領域を 迅 速
にシー ケンスすることが で きます。例 えば、Ion AmpliSeq ™ Comprehensive
Cancer Panel は、わずか 4 プールに約 16,000 のプライマーペアをマルチプレッ
クス化し、既知のがん遺伝子および腫瘍抑制因子の大部分をコードする、400
を超える遺伝子を増幅します。Ion AmpliSeq ™ テクノロジーを Ion Torrent™ 半
導体シーケンスと組み合わせることにより、研究試料中の一塩基 多型（SNV）、
短い挿入と欠失（indel）および CNV を、簡便なトータルワークフローに従って
同時に検出できるツールが提供されます（図 2）。さらに、無料のプライマーデザ
インツールである Ion AmpliSeq ™ Designer は、カスタムのウルトラマルチプレッ
クスプライマープールの設計ができ、ゲノム内のあらゆる関心のある領域を標的
とすることができます。本アプリケーションノートでは、Ion AmpliSeq ™ テクノ
ロジーおよび Ion PGM ™ システムを Ion Reporter™ ソフトウェアと共に利用して、
CNV を検出する方法をご紹介します。Ion AmpliSeq ™ Comprehensive Cancer
Panel が標的とするゲノム領域を使用することにより、34 のアノテーション済み
の CNV 領域のすべてが、31 試料のリファレンスセットから Ion Reporter™ ソフ
トウェアを使用して検出されました。
* 量感受性遺伝子：わずかなコピー数や発現の上昇により、細胞の機能に悪影響をおよ
ぼす遺伝子
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結果
単 盲 検 レト ロ スペクティブ 試 験 に お い
て、 Ion AmpliSeq ™ Comprehensive
Cancer Panel（CCP）プライマーセット
を使 用して増幅し、Ion PGM ™ シーケン
サ を 使 用して配 列 を 決 定した、既 知 の
CNV を有する 31 のアーカイブ試料に関
するアルゴリズムの 性能を評価しました
（ 表 1）。 すべ ての 試 料 セット に 関して、
34 のアノテーション済みの CNV 領域を、
カバレッジに基づ いて約 16,000 アンプ
リコンの CCP パネルにより評 価しまし
た（補足情報、表 A ）。Ion Reporter™ ソ
フトウェアを使用して、中等度の感度設
定を適用することにより、CNV アルゴリ
ズムは 34 の CNV セグメント中 34 のす
べての CNV を検出しました。図 3 には、
シー ケンスリードデー タから 11 番 染 色
体 の 1 領 域 に 検 出 さ れ た、す で に アノ
テーション済みの欠失の例が示してあり
ます。この 11 番染 色体の短 腕上の欠 失
は、Potocki-Shaffer 症候群に見られる、
EXT2 遺伝子の欠損を生じます（図 3B）。
従 来のマイクロアレイデータにおいては
アノテーションされていなかった、その
他の CNV も検出されました。新たに検
出されたこれらの CNV 例の中には、14
番 染 色体 の 14q32 領域 上（1 試 料 中）お
よ び 16 番 染 色 体 の 16p11.2 領 域 上（4
試料中）の、7 以上の高い倍数性を示す
偽陽性と思われるものが含まれ、これら
ターゲットの選択
またはカスタム化
の領域に関しては、コントロール試料中
では低いカバレッジが示された一方 で、
試験試料とコントロール試料のカバレッ
ジの比は比較的高くなっていました。統
計モデルにおいては、コントロール試料
のカバレッジが低いために、これらの領
域における CNV の 裏付けは弱くなって
い ま す（ 信 頼 値 5.7 未 満 ）。しかし、染
色 体 の 14q32 領 域 お よび 16p11.2 領 域
における重複または欠失は、高密度のマ
イクロアレイにより解析された試料では
一 般 的に観 察 され、いくつか の 細 胞 株
に共通な CNV を表している可能性があ
りま す。1 つ の 試 料 に お いて は、22 番
染 色体上の 小さな（4.3 kb）重 複（三倍
体）も検出されました。この重複に関し
ても統計的裏付けは弱く、信頼値は 5.5
でした。異なるヒトゲノムリファレンスア
ノテーションを使用し（マイクロアレイ用
には hg18 を使用しているのに対し、シー
ケンスリードデータ用には hg19）、異な
る正常コントロールを使 用し（シーケン
スリードデータ用には単一のコントロー
ル試料を使用しているのに対し、マイク
ロアレイ用には複合正常コントロール）、
さらにシーケンスリードデータを使用す
るとより高い分解能の CNV 検出が可能
となることから、上 記 の 6 種 類 の 重 複
が本当に偽陽性であると分類することは
困難です。
ライブラリ作製
テンプレート調製
ヒトゲノム中の変異
染色体
リファレンス
ゲノム由来の
遺伝子
A
欠失
A
C
挿入
A
B
逆位
C
コピー数多型
A
分節重複
A
B
C
B
A
C
A
A
B
D
A
C
B
A
C
B
C
図 1．ヒトゲノム中に見られる構造的変異 これらの
変異には、欠失、挿入、逆位、コピー数多型および
分節重複が含まれます。
シーケンス
データ解析
ターゲットDNAシーケンシング
ampliseq.com上の
Ion AmpliSeq™ Designer
Ion AmpliSeq™ DNA Panel
Ion AmpliSeq™
DNA Library キット
Ion Chef™ システムまたは
Ion One Touch™ 2.0 システム
Ion PGM™ シーケンサ
Torrent Suite™ ソフトウェア
および
Ion Reporter™ ソフトウェア
図 2．ターゲット DNA シーケンシングのワークフロー Life Technologies が Ion PGM ™ システム用に提供するターゲット DNA シーケンシングのワークフローは、
実施が容易で費用対効果が高く、迅速でしかもスケールアップが可能で、ライブラリから変異解析の結果入手までに必要な時間は 11 時間かかりません（ライブラ
リ作製に 3.5 時間、テンプレート調製に 4 時間、シーケンスに 2.3 時間、データ解析に 1 時間）。Ion AmpliSeq ™ DNA Library キットを使用したライブラリ作製
に続く、テンプレート調製および 200 ベースのシーケンスは、Ion 314 ™ チップではわずか 2.3 時間、Ion 318 ™ チップでは 4.4 時間で完了します。一次データ解析
は Torrent Suite ™ ソフトウェアを使用して行われ、SNV、indel および CNV 多型は Ion Reporter ™ ソフトウェアを使用して同定されます。
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A
CNV の 検 出 は、CCP パ ネ ル に 使 用 す
るアン プリコンの 位 置 および 分 布 に依
存します。シーケンスリードにより検出
され た 11 種 類 の 確 認 済み の重 複には、
51.4 kb ∼ 1.13 Mb の 範 囲 の サ イ ズ の
アンプリコンが使 用されました（補足情
報、表 A ）。23 種 類 の 欠 失 は、6.69 kb
∼ 1.13 Mb の 範 囲 のサイズの CCP アン
プリコンにより検出されました。中等度
の 感 度を 使 用すると、CNV 領域 全 体に
お いて 313 のア ン プリコン に より検 出
された 3 番染 色体（三倍 体）上の大きな
6.11 Mb の重複の切断点は、マイクロア
レイデ ー タから予 想 さ れ た 座 標 とよく
一 致して い ました が、1 番 染 色 体 上 の
4.42 Mb の欠失の確認は、わずか 6,692
塩 基に関 連 する 11 のアンプリコンで 行
うことが可能でした（補足 資 料、表 A ）。
これらの 結果 から、比 較 的 大きな CNV
が、SNV お よ び indel の 検 出 の た め
に、Wellcome Trust Sanger Institute
Cancer Gene Census の 50% を超える
409 のがん関連遺伝子用にデザインされ
た、Ion AmpliSeq ™ アンプリコンにより
検出されることが示されました。
B
結論
図 3．11 番染色体上に欠失 CNV を有する試料（GM22624）の例（ A）左側のパネルには、ゲノム全体にお
ける CNV の核型描写が示してあります。欠失 CNV（赤色線）は、11 番染色体の 1 領域において、SNP ア
レイにより検出された欠失と同じ位置に検出されました。
（B）
「試料倍数性（seg ）」トラック中の CNV の赤
色線は、単一遺伝子（EXT2）中に検出され隣接遺伝子をカバーするアンプリコン中にはコピー数の変化は
観察されませんでした。CNV は、Ion Reporter ™ ソフトウェアにおいて、カスタマイズされた Integrative
Genomics Viewer（IGV）を使用して可視化されるため、標準的な Genome Browser による描写に加え、
試験試料およびコントロール試料用に正規化されたカバレッジトラックを有する CNV トラックも得られま
す。追加のトラックが SNV、indel および遺伝子またはエクソンを示すことに注目してください。
マイクロアレイ
数
シーケンスリードによる確認
重複
欠失
重複
欠失
11
23
11
23
サイズの範囲
（bp） 2.92 × 106 – 1.55 × 108
8.33. × 105 – 1.55 × 108
表 1．Ion Torrent™ 半 導 体 シ ー ケンシング による CNV の 確 認 す で に アノテ ー ション さ れて い る 34 の
CNV 領 域リファレンスセットを、顕 著 な 染 色 体 異 常 を 含 む 31 の 細 胞 株 ゲノムにお いて Ion AmpliSeq ™
Comprehensive Cancer Panel を 使 用して 評 価しました。CDC Genetic Testing Reference Materials
Coordination Program（GeT-RM）ではこの試料を以前にリファレンスとして設定しています。マイクロア
レイにより同定された重複および欠失の数およびサイズの範囲が掲載されています。CNV の検出およびサ
イズの範囲は既知の CNV に関するアンプリコンにより制限されます。弊社では、CNV の 確 実な検出のた
めに、最低 10 のアンプリコンが領域をカバーすることを推奨しています（最良方法の補足説明を参照して
下さい）。CNV 検出アルゴリズムの性能は、Ion Reporter ™ ソフトウェアの中等度の感度設定を使用して評
価しました。
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Ion AmpliSeq ™ の タ ー ゲ ッ ト セ レ ク
ション技術と Ion Reporter™ ソフトウェ
アを、Ion PGM ™ システムと組み合わせ
ることにより、試 料 中 の CNV、SNV お
よび indel を単一の迅速なワークフロー
で 検 出するため の、確 実 な 方 法 が 提 供
さ れ ま す。ユー ザーが 定 義 で きる、調
節可 能 な ソ フト ウェア アルゴ リズ ムを
使 用した社内の 性 能試 験において、Ion
AmpliSeq ™ CCP プ ラ イ マー セ ット を、
顕著な染色体異常を有する 31 の細胞株
からなるリファレンスパネル上で試 験し
た 結 果、存 在 する 34 の CNV の すべ て
が検出されることが示されました。以上
の結果から、Ion AmpliSeq ™ のターゲッ
トシー ケンシングワークフローにより、
シー ケンスリードデータから CNV を検
出するための、迅速、正確かつ高感度な
研 究手段 が 確 立され たと結 論 付けるこ
とができます。
リファレンス
1. Conrad DF, Pinto D, Redon R et al. (2010)
Origins and functional impact of copy number
variation in the human genome. Nature 464:
704–712.
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Ion AmpliSeq™ シーケンスデータから CNV を検出するための最良方法
一貫した試料調製およびプーリング
スコアによるフィルタリング
コ ント ロ ール お よ び サ ン プ ル の Ion
AmpliSeq ™ ライブラリは、同 一 の 方
初 期 設 定においては、すべての CNV
候 補 が 示 さ れ ま す。しかし、CNV の
スコアが高いほど、真の陽性を示して
いる可能性が高くなります。ユーザー
はソフトウェアにより与えられたスコ
アにより、報 告され た CNV をフィル
ターすることができ、10 を超えるスコ
アは信 頼 度 の 高 い CNV を 示しま す。
しかし、使用すべき正確な閾値はパネ
ルおよび研究対象の CNV の性質によ
り異なる可能性があります。
法 に よって作 成 さ れること が 重 要 で
す。特 定のライブラリの 各プールは、
ライブ ラリのプーリング を 行 う前 に
Ion Library Quantitation キット（ 製
品 番 号 4468802）を 使 用してそれぞ
れ定量しておくことが必要です。
コントロール試料の選択
CNV は、使 用したコントロール 試 料
と 比 較したコピー 数に 基づ いて 報 告
さ れ ま す。 こ の た め、 使 用 する Ion
AmpliSeq™ Panel の すべ ての 領 域 に
既 知の CNV を含まないコントロール
試料を選択することが理想的です。も
し大部分あるいはすべての試験試料が
同一 領域に CNV を有するという結果
が報告された場合、原因の一つとして、
実際にはコントロール試料が該当領域
に CNV を有していたという可能 性も
考えられます。
性染色体
X および Y 染色体上のコピー数状態お
よび信頼値は、コントロール試料の性
別に応じて決定されます。例えば、男
性コントロール 試 料 の X の 倍 数 性は
1 であることが期待されます。試験試
料も 1 コピー の X を有 する場 合には、
CNV の 信 頼 値は 0 となりますが、こ
れは予期しない 倍 数 性の 状 態 が 存 在
しないためです。
Ion AmpliSeq™ Panel デ ザ イ ン と
CNV 検出
CNV を決定するために使用される Ion
AmpliSeq ™ Custom Panel の 設 計 に
Ion AmpliSeq ™ Designer を使用する
場 合 には、以下 の点 を 考 慮 に 入れる
必要があります。パネル中のアンプリ
コンの 20% 未 満 が CNV を 示す 場 合
に、アルゴリズムは確 実に CNV を検
出しま す。20% を 超 えると、倍 数 性
の 状 態 が 確 実に検 出さ れず、不正 確
なコピー 数の 同 定につな が る可能 性
があります。一般的に、最低 10 のアン
プリコンが CNV 領域をカバーすれば、
CNV は確 実に検 出されます。より少
ないアンプリコンで CNV をコールす
ることも可能ですが（特に厳密性が低
い 場合）
、ノイズが上 昇する危 険 性 が
あり、10 未満のアンプリコンによりカ
バーされる CNV が 検出されなくなる
可能性があります。
CNV 検出の限界
CNV のコピー 数 が 10 を 超 える場 合、
Ion Reporter 1.6 リリース時において
はコピー数が 10 として報告されます。
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補足資料
Ion PGM™システムによるCNV検出
Ion Torrent™半導体シーケンサによる
CNV検出
方法
ターゲット DNA シーケンス
わ れ ました。チップへ の ロ ー ディン
グ に 先 立 ち、 テ ン プ レ ート 調 製 と
31 試 料 由 来 の 細 胞 株 gDNA
濃 縮 の た め に、Ion OneTouch ™ 200
は、 Coriell Institute of Medical
Template キ ット v2 DL お よ び Ion
Research か ら 入 手 し ま し た。 こ
™
™
システムによりライブラ
OneTouch
Ion
AmpliSeq
Comprehensive
れ ら の 試 料 に 関 して は 細 胞 株 ゲ
プ ラ イ マ ー セ ット を リをそれぞれ増幅しました。シーケン
Cancer
Panel
ノム が 顕 著 な 染 色 体 異 常 を 有 し、
™
200
CDC Genetic Testing Reference 使 用して各 Coriell 試 料（ 試 験 試 料） シングは Ion PGM Sequencing
用 のスタ ンダード キットプ ロトコ ー キット v2 および Ion 318 ™ チップ使用
Materials Coordination Program
ル（40 ng；各プライマープールに 10 して行いました。
（GeT-RM）によりリファレンス試料と
）に従って増幅した DNA を使用し
ng
して使 用 さ れ た 45 の 試 料 セット の
ました。Ion AmpliSeq ™ ラ イブ ラリ データ解析
一 部として以前に特 性化が 行われて
は、Control DNA CEPH Individual
いることから、これらの試料を CNV
検 出 は、 隠 れ マ ルコ フ モ デ ル
（ 製 品 番 号 403062）お よ び CNV
1347-02
解 析に適 用することが可能 で す。こ
（HMM）に基づいたアルゴリズムを使
NA 12878（コント ロ ール）から も 構
れら の 試 料 に 関しては、Affymetrix
用して 行 い ました。アルゴリズ ム は
築 さ れ まし た。 すべ て の 解 析 に お
Genome-Wide Human SNP Array
アン プリコンに関して、正 規 化した
6.0 プラットフォームにおいてジェノ い て、 こ れ ら 2 つ の 試 料 の い ず れ リードカバレッジ を 使 用してコピー
か をコントロ ールとして使 用しまし
タイピングが以前に行われており、G
数 または倍 数 性 の 状 態（0 、1、2、3
た。コントロールおよび 試 験 試 料 の
バンド核 型 解 析および多くの場合に
™
Ion AmpliSeq ライブラリの いず れ 等）を 予 測しま す。コピー 数 状 態 の
は蛍光 in situ ハイブリダイゼーション
同定の前に、リードカバレッジは GC
もが 同 一 のプ ロトコール に従って作
（FISH）法 が 完了しています。これら
バイアスに関して 補 正され、倍 数 性
製されてい ること、および ライブラ
の試料の Affymetrix Genome-Wide
が既 知の 領域を使 用してコントロー
Human SNP Array 6.0 によるジェノ リの 各プールが プーリング 前 に Ion ル 試 料から 構 築され たベースライン
Library Quantitation キット（製品番
タイピングデータは、dbGap（dbGap
カバレッジと比 較されます。pairedStudy Accession：phs000269.v1.p1） 号 4468802）を 使 用してそれぞ れ 注 sample の ワー クフロ ー を 使 用 する
意 深く定 量されていることが重要で
から入手可能です。
場合には、常染色体の既知の倍数性
す。
は 2 ですが、性染色体の既知の倍数
増 幅 に 先 立 って、gDNA の 濃 度 を
性
の同 定においては、ユーザーによ
テンプレート調
製
およびシー
ケンス
Ta q M a n ® R N a s e P D e t e c t i o n
りコントロール試料
の 性 別が 特 定さ
は、コントロールおよび
試
験
試
料
の
Reagents キ ット を 使 用 して ViiA ™
ライブラリに関してそれぞ れ 別 々の れていることが必要です。
7 Real-Time PCR シ ス テ ム 上 で、
ラン に お いて、別 々 の チップ上で 行
CNV_Detection_by_Ion-1002Life.indd 5
ス タ ン ダ ード プ ロトコ ー ル に よ り
決定しました。ライブラリ構築は Ion
AmpliSeq ™ Library キ ット Version
2.0（ 製 品 番 号 4475345）で 行 い、
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CNV 領域の境界の同定
少なくなります。アルゴリズム パラメー
HMM フレームワークを 使 用することに タは、テクニカル 試 料 の反復デー タお
よび既知の CNV を有する試料を使用し
より、アルゴリズムは、試料に関するす
て、Ion AmpliSeq ™ Panel で 生 成 さ れ
べてのカバレッジ情報を、異なる倍数性
るシーケンスデータ用に調製されていま
状態に属する特定のゲノム領域に関する
す。感度は、低感度、中等度の感度およ
確からしさを同定する統計モデルにおい
び 高 感 度の 3 種 類のレベルから選 択す
て使用します。顕著な変異を有する、研
ることが可能です。高感度では、より寛
究試料またはコントロール試料のいずれ
容な CNV 検 出が可能となり、より小さ
か のリードカバレッジが低い 場合には、
な CNV や、信頼度の低い CNV、あるい
そのゲノム領域の統計モデルにおける裏
はノイズの多い領域内の CNV が検出さ
付けが確実に低くなります。HMM フレー
れますが、偽陽 性の CNV を検出する可
ムワークは、状態遷移ペナルティを考慮
能性がより高くなります。中等度の感度
した 全 倍 数 性状 態 の 確 からしさを 最 大
が初期設定となっており、研究における
にする倍数性状態の最適パスウェイを決
検出用の 初期設 定として推 奨され
CNV
定します。カバレッジデータの存在しな
ています。
い領域の遷移ペナルティは、領域の長さ
に比例して縮小します。
調整可能な CNV 検出感度
CNV 予想 結果の信頼 度および精度の
品質基準
状態遷移ペナルティ値は、スケーリング
因 子と 共 に、調 製 可能 な アルゴリズ ム
に大きな遷移ペナルティを可能とし、結
果としてコールされる CNV 領域の 数 が
コピー 数 領 域 および 関 連 する倍 数 性 の
予測に加えて、アルゴリズムは、各領域
に関 する 2 種 類 の 品 質 基 準 であ る、信
頼度と精度を算出します。信頼度は、特
定の領域における、コールされた倍数性
状 態 の 確 からしさと 期 待される倍 数 性
状 態 の 確 からしさの 間 のログ比と 定 義
されています。大きな信頼 度（> 20）は、
倍 数 性 が 期 待と異 なることが 極 めて 高
い確信度でアルゴリズムにより示されて
いることを表します。精度は、割当てら
れ た倍 数 性 状 態と、それに 最も近 い 倍
数 性 状 態との間 のログ比と 定 義されて
いま す。小 さ な 精 度（< 10）は、割 当て
られた 絶 対倍 数 性値の 不 確 実性を意味
します。高い倍 数性状 態（例えば、5 を
超えるコピー数状態）は、低い精度と高
い信頼度を有し、アルゴリズムが、絶対
倍数性値に関しては確信を有しない一方
で、期 待とは 異 なる倍 数 性 状 態 の 存 在
に関しては極めて高い確信を有している
ことを 示しています（すなわち、コピー
数増加が存在することに関しては確信を
有する一方で、正確なコピー数が 5 であ
るか 6 であるかに関しては確信を有しな
いことを示します）。
表 A．合計 34 の CNV 領域を含む 31 の試料セット マイクロアレイおよびシーケンスリードデータにより検出された、重複（dup）と欠失（del）のサイズ、倍数性および染色
体位置が示してあります。各シーケンスリード CNV コールに関して、信頼度および精度のスコアが記載されています。
種類および
CoriellカタログID
ISCN（hg18）
マイクロアレイ
（hg18）
CNV
染色体
倍数性
サイズ
Potocki-Shaffer
シーケンスリード
（hg19）
CNV領域に関する
アンプリコン
カバレッジサイズ
アンプリ
コン数
倍数性
信頼度
精度
46,XX,del(11)(p12p11.2).arr
11p12p11.2(40433344-46031324)×1
5.60 × 106
(del)
1
11
1.48 × 105 (del)
31
1
33.3
33.3
46,XX,del(10)(p13).arr
10p15.3p13(94427-12918932)×1
1.28 × 107
(del)
1
10
429 × 106 (del)
26
1
9.5
9.5
46,XX.ish del(17)(p11.2p11.2)(D17S
29-).arr
17p11.2(16704280-20336467)×1
363 × 106
(del)
1
17
1.45 × 104 (del)
24
1
8.7
8.7
Greig Cephalopolysydactyly症候群
（GM10925）
46,XY,del(7)(p14p12).arr
7p14.1p11.2(38598541-54681998)×1
1.61 × 107
(del)
1
7
1.10 × 105 (del)
18
1
15.0
15.0
染色体1p36欠失症候群
（GM22991）
46,XX.ish del(1)(p36.32)(CEB108/
T7-,SKI-,D1S3739+).arr
1p36.32(742429-5215341)×1
4.47 × 106
(del)
1
1
6.69 × 103 (del)
11
1
10.2
10.2
染色体欠失
（GM09216）
46,XY,del(2)(p25.1p23).arr
2p25.1p23.3(10260988-27005382)×1,
4q31.22(145061542-145162384)×1
1.67 × 107
(del)
1
2
9.45 × 106 (del)
111
1
144.0
144.0
染色体欠失
（GM11672）
46,XY,del(10)(q11.2q22.1).arr
10q11.22q22.2(48962457-75120713)×1
2.62 × 107
(del)
1
10
3.34 × 104 (del)
119
1
26.5
26.5
1
107.5
107.5
1
160.6
160.6
症候群
（GM22624）
染色体欠失
（GM06936）
Smith-Magenis症候群
（GM13476）
1.20 × 105 (del)
Gilles De La Tourette
症候群
（GM10989）
CNV_Detection_by_Ion-1002Life.indd 6
46,XY,del(9)(p23).ish del(9) (p23)(ptel
30-,D9Z+,wcp9+).arr
9p24.3p23(36587-11986831)×1
1.20 × 107
(del)
1
9
3.71 × 106 (del)
129
13/10/03 16:47
種類および
CoriellカタログID
ISCN（hg18）
マイクロアレイ
（hg18）
CNV
染色体
倍数性
サイズ
シーケンスリード
（hg19）
CNV領域に関する
アンプリコン
カバレッジサイズ
アンプリ
コン数
倍数性
信頼度
精度
免疫不全を伴わない、
アデノシンデアミナー
ゼ欠損
（GM07945）
46,XY,del(20)(q12q13.1).arr
8p23.1(7318699-7847304)×3,
13q12.11(19701062-19932295)×1,
20q11.22q13.12(32961915-44293878)×1
1.13 × 107
(del)
1
20
5.50 × 106 (del)
168
1
166.9
166.9
染色体欠失
（GM12606）
47,XY,+del(13)(q21.2).arr
13q11q21.2(17943628-59139422)×3
4.12 × 107
(dup)
3
13
2.22 × 107 (dup)
175
3
141.9
81.2
重複染色体
（GM09367）
46,XX,dup(6)(q21q24).ish
dup(6)(q21q24)(wcp6+).arr
6q21q24.2(107861056-143105847)×3
3.52 × 107
(dup)
3
6
2.93 × 107 (dup)
187
3
134.3
96.9
毛髪鼻指節骨症候群2
型
（Langer-Giedion症
候群）
（GM09888）
46,XX,del(8)(q23q24.1).arr
1q23.3(159775402-159923110)×3
,8p23.1(7241689-7814569)×3,
8q23.1q24.12(107189214-119363784)
x1,14q22.1(49891851-50724999)×1,
22q11.21(17256416-17420071)×3
1.22 × 107
(del)
1
8
5.89 × 106 (del)
193
1
250.6
250.6
8.33 × 105
(del)
1
14
9.86 × 104 (del)
70
1
83.9
83.9
9トリソミー
（GM05067）
47,XY,+del(9)(q11)mat.arr
9p24.3p11.2(36587-44806024)×3
4.48 × 107
(dup)
3
9
3.20 × 107 (dup)
267
3
204.5
81.2
逆位重複欠失
（GM14485）
46,XY,der(8)del(8)(p23.1)dup(8)
(p23.1p11.2).ish der(8)del(8)(p23.1)
dup(8)(p23.1p11.2)(wcp8+,D8S596-).arr
8p23.3p23.1(160290-7213701)×1,
8p23.1p11.1(12572787-43719525)×3
3.11 × 107
(dup)
3
8
1.20 × 107 (dup)
284
3
221.6
89.1
転座染色体
（GM06226）
46,XY,der(1)t(1;16)(q44;p12)mat.arr
1q44(245373155-247190999)×1,
16p13.3p12.2(25815-21297471)×3,
16p12.1(21853546-22612021)×3
2.13 × 107
(dup)
3
16
1.38 × 107 (dup)
285
3
187.8
114.6
重複染色体
（GM20022）
46,XY,dup(3)(q21q29).ish dup(3)
(q21q29)(wcp3+,D3S4560+).arr
3q22.2q29(136044785-197137370)×3
6.11 × 107
(dup)
3
3
6.11 × 107 (dup)
313
3
284.4
93.3
染色体欠失
（GM10985）
46,XX,del(3)(p25).arr
3p26.3p25.3(35333-10305377)×1
1.03 × 107
(del)
1
3
7.00 × 106 (del)
95
1
122.5
122.5
染色体欠失
（GM11213）
46,XX,del(2)(q32.1q33).arr
2q32.1q33.2(186818448-204311174)×1
1.75 × 107
(del)
1
2
7.64 × 106 (del)
93
1
121.1
121.1
46,XY,del(4)(p15.2).arr
4p16.3p15.2(55665-25591051)×1
2.55 × 107
(del)
1
4
1.80 × 105 (del)
85
1
44.9
44.9
異数染色体数‐
非トリソミー
（GM01201）
45,XX,-21.arr
21q11.2q22.3(13322592-46921373)×1
3.36 × 107
(del)
1
21
1.02 × 107 (del)
73
1
40.2
40.2
染色体欠失
（GM08331）
46,XY,del(13)(q32q33).arr
8p23.1(7254763-7864765)×3,
13q32.1q33.3(96956971-109061570)×1
1.21 × 107
(del)
1
13
2.97 × 104 (del)
45
1
56.3
56.3
誘導染色体
（GM05966）
46,XY,dup(14)(q22q24).arr
14q22.2q24.3(54038516-75217413)×3
2.12 × 107
(dup)
3
14
5.15 × 104 (dup)
41
3
8.6
8.6
Wolf-Hirschhorn
症候群
（GM22601）
CNV_Detection_by_Ion-1002Life.indd 7
13/10/03 16:47
種類および
CoriellカタログID
ISCN（hg18）
マイクロアレイ
（hg18）
CNV
染色体
倍数性
サイズ
シーケンスリード
（hg19）
CNV領域に関する
アンプリコン
カバレッジサイズ
アンプリ
コン数
倍数性
信頼度
精度
XXXX症候群
（GM01416）
48,XXXX.arr(X)×4,(Y)×0
1.55 × 108
(dup)
4
X
1.13 × 108 (dup)
643
4
3134.9
42.2
Turner症候群
（GM20027）
45,X.arr(X)×1,(Y)×0
1.55 × 108
(del)
1
X
1.13 × 108 (del)
643
1
0
735.9
47,XXY.arr(X)×2,(Y)×1
1.55 × 108
(dup)
2
X
1.13 × 108 (dup)
643
2
1074.3
197.8
46,X,idic(X)(p10)[25]/46,X,del(X)
(p10)[16]/45,X[9].arr
Xp22.33p11.1(108464-56912309)×1,
Xp11.1q28(62260103-153703648)×2˜3
5.68 × 107
(del)
1
X
1.23 × 107 (del)
291
1
0
271.6
9.14 × 107
(dup)
2~3
(mosaic)
X
1.35 × 107 (dup)
328
3
402.5
14.0
2
362.4
0.6
XXY症候群；Klinefelter
症候群
（GM17867）
Turner症候群
（GM13019）
7.69 × 107
染色体欠失
（GM09102）
46,XY,del(11)(q23.3).arr
11q23.3q25(119996189-134449982)×1,
22q11.21(17008946-17386984)×3
1.45 × 107
(del)
1
11
3.18 × 106 (del)
65
1
48.4
48.4
染色体欠失
（GM10800）
46,XY,del(4)(q13.2q22).arr
4q13.2q22.2(70096438-95297116)×1
2.52 × 107
(del)
1
4
1.87 × 105 (del)
52
1
49.0
49.0
染色体欠失
（GM21698）
46,XY,del(6)(q26).ish del(6)(q26)(wcp6+,
D62522-).arr
6q26q27(162860228-170761408)×1
7.90 × 106
(del)
1
6
4.49 × 105 (del)
36
1
29.9
29.9
ファロー四徴症
（GM14164）
46,XX,del(13)(q13q32).ish del(13)
(q13q32)(RB1-,D13S102+).arr
13q14.2q32.1(46700085-94512977)×1,
22q11.21(17256416-17405213)×3
4.78 × 107
(del)
1
13
1.76 × 105 (del)
35
1
47.0
47.0
染色体欠失
（GM12662）
46,dup(X)(q28),del(Y)(q11.2).ish del(Y)
(q11.2)(DXYS129/DXYS153+,
SRY+,DYZ3+,DYZ1+,Z43206+).arr
Xq28(151659961-154582680)×2,
Yq11.223q11.23(22769319-27097245)×0
2.92 × 106
(dup)
2
X
1.29 × 106 (dup)
34
2
24.2
5.7
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