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Sequencher V4
シーケンスアセンブルソフトウェア SEQUENCHER™ V4.10.1 for Mac 追加マニュアル はじめに このたびは SEQUENCHER™をご使用いただき、誠にありがとうございます。SEQUENCHER™ は、ユーザが入力またはインポートしたシーケンス群を簡単なユーザインタフェースでトリミング し、アセンブルすることのできる、使いやすく高性能なアセンブルソフトウェアです。 初版 2002.12（廃版） 第4版 2006.6（廃版） 第5版 2006.12（廃版） 第6版 2007.12（廃版） 第7版 2009.8（廃版） 第8版 2010.5 ©2002, 2010 Hitachi Software Engineering Co., Ltd. All rights reserved. z SEQUENCHER™は米国 Gene Codes Corporation の商標です。 z このマニュアルの記載内容を無断で複写、転写することを禁止します。また、マニュアルの内容は 予告なしに変更されることがあります。このマニュアルに誤記や不正確な記述があった場合、日立 ソフトウェアエンジニアリング株式会社はいかなる責任も負いません。 目次 1. SEQUENCHERのインストール............................................................................. 1 1.1. インストールの準備 ............................................................................................ 1 1.2. SEQUENCHER FOR MACのインストール.......................................................... 1 1.3. USBドングルのインストール（新規インストールの場合のみ） ........................ 3 2. プロジェクトウィンドウ ......................................................................................... 4 3. インポートとエクスポート ..................................................................................... 5 3.1. フォーマットの追加・拡張.................................................................................. 5 3.2. エクスポート機能の拡張 ..................................................................................... 6 3.3. PHREDデータのインポート ................................................................................. 6 3.4. PHRAPデータのインポート.................................................................................. 7 3.5. 最近使ったプロジェクトのインポート ................................................................ 7 3.6. プロジェクトテンプレートの作成 ....................................................................... 7 4. 参照シーケンス ....................................................................................................... 9 5. シーケンス編集 ..................................................................................................... 13 5.1. クオリティデータの表示 ................................................................................... 13 5.2. 実験データの復元 .............................................................................................. 13 5.3. シーケンスのペースト ....................................................................................... 14 5.4. クオリティによるトリミング ............................................................................ 15 5.5. シーケンスの自動編集 ....................................................................................... 15 5.6. 編集モード......................................................................................................... 16 6. シーケンス比較 ..................................................................................................... 18 6.1. バリアンステーブル .......................................................................................... 18 6.2. バリアンステーブルのフィルタリング .............................................................. 21 6.3. 翻訳バリアンステーブル ................................................................................... 22 6.4. 翻訳バリアンステーブルのフィルタリング....................................................... 25 7. アセンブル ............................................................................................................ 26 7.1. ギャップ配置の向上 .......................................................................................... 26 7.2. 長大なギャップのサポート................................................................................ 26 7.3. 法廷証拠作成支援機能 ....................................................................................... 27 7.4. シーケンス名によるアセンブル......................................................................... 27 7.5. 参照シーケンスを使用したシーケンス名によるアセンブル .............................. 30 8. コンティグ編集 ..................................................................................................... 31 8.1. コンセンサスシーケンスの作成......................................................................... 31 8.2. アミノ酸翻訳 ..................................................................................................... 31 8.3. サマリー表示 ..................................................................................................... 33 8.4. シーケンスの分割 .............................................................................................. 33 8.5. ギャップの再配置 .............................................................................................. 33 9. クロマトグラム ..................................................................................................... 35 9.1. 10. 画面のスクロール .............................................................................................. 35 フィーチャー......................................................................................................... 36 10.1. フィーチャーリスト .......................................................................................... 36 10.2. フィーチャーの表示設定 ................................................................................... 36 11. 塩基の検索 ............................................................................................................ 38 11.1. 塩基の連続検索.................................................................................................. 38 11.2. 塩基の逆向き検索 .............................................................................................. 38 11.3. 低クオリティ塩基の検索 ................................................................................... 38 12. 出力 ....................................................................................................................... 39 12.1. クロマトグラムの印刷 ....................................................................................... 39 12.2. バリアンステーブルのレポート機能.................................................................. 39 12.3. 翻訳バリアンステーブルのレポート機能 .......................................................... 40 13. スピーチ ................................................................................................................ 41 14. ユーザプリファレンス........................................................................................... 42 14.1. ショートカットキー .......................................................................................... 42 14.2. アセンブルパラメータ ....................................................................................... 43 14.3. コンティグ表示フォント ................................................................................... 44 15. コンテキストメニュー........................................................................................... 45 16. ジェネティックコード........................................................................................... 46 17. オンラインヘルプ.................................................................................................. 47 1. SEQUENCHER のインストール 1.1. インストールの準備 インストールを開始する前に、下記の事項を確認してください。 コンピュータの性能の確認 お使いのコンピュータが次の最低要件を満たしていることを確認してください。 ・ Mac OS 10.3.9 以降 ・ 512 MB RAM ・ ハードディスク空き容量 150 MB ・ USB ポート ※ お使いのコンピュータが上記の要件を満たしているかどうかを確認する場合は、Apple メニューのこの Mac につい てを確認してください。 以前のバージョンのアンインストール 以前のバージョンの SEQUENCHER をインストールしている場合は、すべてアンインストールします。 i. SEQUENCHER フォルダをゴミ箱にドラッグします。 ii. Finder メニューのごみ箱を空にする…を選択します。 1.2. i. SEQUENCHER for Mac のインストール コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER for Mac Application CD を入れます。 ii. CD ドライブを開いて SEQUENCHER Installer をダブルクリックします。 ※注意: OSX では、インストールするには、管理者権限が必要です。 iii. SEQUENCHER インストーラーが起動します。 図 1-1 認証画面 iv. 認証の後、インストールディスク選択ダイアログが表示されます。 1 図 1-2 インストールディスク選択ダイアログ インストールするディスクを選択して、Continue ボタンをクリックします。 v. 図 1-3 のダイアログが表示されます。 図 1-3 インストーラー初期ダイアログ vi. Install ボタンをクリックします。 インストールの終了後、 Quit ボタンを押します。SEQUENCHER フォルダが開いてデスクトップに表示されます。 初期設定では、インストーラーにより SEQUENCHER フォルダは、Applications フォルダに置かれます。 vii. ショートカットを作成します。SEQUENCHER Application アイコンをデスクトップにドラッグします。OSX の場 2 合は Dock にドラッグします。 図 1-4 SEQUENCHER ショートカット 1.3. i. USB ドングルのインストール（新規インストールの場合のみ） 空いている USB ポートに USB キーを装着します。一般に、SEQUENCHER Mac は、ADB/USB コンバータを経 由して接続された USB キーは認識しません。キーボードポートよりもパワーポートを優先して使用してください。 ii. USB キーの LED が点灯していることを確認してください。 ※ USB ドングルが、従来の紫色の Eve3 キーから青色と黒色の SuperPro key に変更になりました。これは、より新しい MacOS 上でのスタンドアロンライセンスとの互換性向上のためのものです。 3 2. プロジェクトウィンドウ 図 2-1 プロジェクトウィンドウ プロジェクトウィンドウには、Quality 欄があり、これは配列の信頼性をパーセント表示しています。この値は、各塩 基のクオリティ値が”Low”を上回っている割合を表しています。”Low”の範囲は、User Preferences ダイアログの Confidence にて設定できます。 また、各カラムの幅を自由に変更できます。 4 3. インポートとエクスポート 3.1. フォーマットの追加・拡張 サポートされるファイルフォーマットは以下の通りです。 他バージョンのプロジェクトのサポート Mac 版 V3 シリーズ、V4 シリーズのプロジェクトファイル及び Win 版 V4 シリーズのプロジェクトファイルのインポ ートをサポートしています。 CAF ファイルのサポート CAF（Common Assembly Format ：他のアセンブルプログラムとのファイル互換が可能なファイルフォーマット） ファイルのインポートや、プロジェクトを CAF ファイルとしてエクスポートすることができます。 マルチ FASTA ファイルのサポート FASTA フォーマットに関しては、以前はシングル FASTA フォーマットのみサポートしていましたが、V4 シリーズで はマルチ FASTA フォーマットのサポートが可能です。 ACE ファイルのサポート Phrap（アセンブルソフトウェア）のアセンブルファイルである ACE ファイルのインポートをサポートしています。 FastQ、FastA aligned ファイルのサポート FastQ、FastA aligned のファイルのインポートをサポートしています。 VectorNTI の ContigExpress プロジェクトファイルのサポート ContigExpress でアセンブルしたプロジェクトファイル（拡張子が「.cep」のファイル）のインポートをサポートして います。塩基配列、配列名、コンティグ、電気泳動図、フィーチャー、信頼値、挿入または削除などの配列の編集情報、 コメントを取り込むことができます。 クオリティデータのサポート トレースのクオリティデータに関しては、下記のファイルフォーマットからクオリティデータのインポートができます。 ・Qual (Phred（ベースコールソフトウェア）によって得られたクオリティデータファイル) ・ACE ・Trace Tuner ・SCF ・ABI3730 ・ESD GenBank フィーチャーのサポート GenBank フォーマットファイルをインポートすると、フィーチャーが key や範囲を含めて自動的にインポートされ ます。また、GenBank Feature の join や ordered location、Complement で記載されていたアノテーションにも対応し ます。フィーチャーの範囲が曖昧なものはインポートされません。インポートできなかったフィーチャーの一覧はダイア ログに表示されます。インポートされたフィーチャーは、シーケンスウィンドウ上で表示することができます。表示の設 定は、フィーチャーエディタで行うことができます。 また、アミノ酸への翻訳に関しては、不連続なフィーチャーでも不連続部分をまたいで翻訳することが可能です。例え ば、図 3-1 のようにフィーチャーが上下 2 箇所に別れている場合、上部のフィーチャーの末尾の塩基である「G」と、 下部のフィーチャーの先頭である「TG」により、「V」として翻訳されています。 5 図 3-1 不連続なフィーチャー 3.2. エクスポート機能の拡張 コンティグを構成するフラグメントのエクスポート １つもしくは複数のコンティグを選択して File→Export→Sequence(s)を実行すると、各コンティグを構成するフラグ メント配列が別々のフォルダにエクスポートされます。 コンティグのエクスポート 各コンティグは MSF、Nexus、Aligned FASTA、CAF フォーマットでエクスポートすることができます。また、 SEQUENCHER プロジェクトとしてもエクスポートすることができます。エクスポートするには、File メニューから Export→Contig…を実行します。 以前のバージョンのプロジェクトファイルのエクスポート 現在開いているプロジェクトを、以前のバージョン（4.0, 4.1/4.2）のプロジェクトファイルでもエクスポートすること ができます。 3.3. Phred データのインポート Phred で処理したデータを扱うには、以下の手順に従ってください。 i. 配列・クロマトグラム・PHD ファイルをそれぞれ格納したフォルダ、または、FASTA・FASTA QUAL・PHD・ク ロマトグラムファイルを格納した１つのフォルダを用意します。 ii. File メニューから、Import→Sequences を選択します。ここで Phred で作成された FASTA ファイルを選択すると、 SEQUENCHER は PHD、クロマトグラムファイルを自動的にロードします。 6 3.4. Phrap データのインポート ACE ファイルをサポートしていますので、Phrap によるアセンブル結果をインポートすることができます。ACE ファ イルをインポートするには、以下の操作を行います。 i. File メニューから Import→ACE Project を選択します。 ii. 「.ace」または「.ace.x」 （例えば「.ace.1」、 「.ace.2」など）という拡張子のついたファイルを選択します。配列 の編集や再アセンブルを行うには、「.ace」の後の数字が最も大きいファイルを選択してください。例えば 「XX.ace.1」と「XX.ace.2」というファイルがあれば、「XX.ace.2」を選択します。 ACE ファイルをインポートする際に補助ファイルがあれば、それも自動的にインポートされます。補助ファイルには、 SINGLETS ファイル、QUAL ファイル、PHD ファイル、クロマトグラムファイルがあります。これらの補助ファイル は、ACE ファイルと同一のフォルダに配置するか、もしくは Phrap のデフォルトアセンブル階層構造（この構造は変更 しないでください）に従って配置する必要があります。 Phrap のプロジェクトを部分的にインポートする方法もあります。 ・ File メニューから Import→Sequences または Import→Folder Of Sequences を選択してクロマトグラムを格 納したフォルダにあるクロマトグラムファイルをインポートします。これらのファイルは Phred のベースコー ルやクロマトグラムデータを含んでいますが、クオリティデータは含んでいません。 ・ File メニューから Import→Sequences を選択して配列を格納したフォルダから FASTA ファイルをインポート します。 「.phd」と「.fasta.qual」という拡張子のついたファイルがあれば、Phrap のプロジェクトからクオリ ティとクロマトグラムを含んだデータをインポートすることができます。 ・ File メニューから Import→Sequences を選択して PHD ファイルを格納したフォルダから PHD ファイルをイ ンポートします。これに対応するクロマトグラムファイルがあれば、ベースコール、クロマトグラムデータ、 クオリティがインポートされます。 多くの場合、Phred/Phrap は Unix Workstation 上で稼動しています。Phred/Phrap のデータにアクセスする便利な 方法は、ネットワークドライブを共有することです。FTP を使ってデータを転送したり、フロッピーディスクなどの記 録媒体を利用したりする方法もありますが、あまり便利ではありません。FTP を利用する場合には、必ず BINARY モー ドで転送を行うようにしてください。 3.5. 最近使ったプロジェクトのインポート File メニューから Open Recent を選択すると、最近使ったプロジェクトファイルが４つまで表示されます。前回作 業していたプロジェクトを簡単にインポートすることができます。 3.6. プロジェクトテンプレートの作成 例えば複数の配列を参照シーケンスと比較するような作業では、解析を始める前にプロジェクトの環境を準備する必要 があります。すなわち、配列をインポートして参照シーケンスを設定し、アセンブルパラメータを設定することです。 SEQUENCHER ではユーザがカスタマイズしたプロジェクトをテンプレートとして保存することができます。 現在開いているプロジェクトをテンプレートとして保存 File メニューから Save Project As Template を選択します。 7 テンプレートからプロジェクトを作成 File メニューから New Project From Template を選択し、サブメニューからテンプレートを選択してプロジェクトを 作成します。 現在開いているプロジェクトにテンプレートをインポート File メニューから Import→From Template を選択し、サブメニューからテンプレートを選択してテンプレートをイン ポートします。 常時使用するテンプレートの設定 プロジェクトを作成する際に常時使用するテンプレートの設定は、User Preference ダイアログで行います。Window メニューから User Preferences…を実行して User Preference ダイアログを起動します。General - New Project を開い て Use Project Template を選択し、リストからテンプレートを選びます。 図 3-2 テンプレートの設定 8 4. 参照シーケンス プロジェクト中のシーケンスの１つを、参照シーケンスとすることができます。参照シーケンスは、標準的なシーケン スと個別のシーケンスの差異を調べて個別のシーケンスの同定などを行う場合に有効です。 参照シーケンスを作成するには、プロジェクトウィンドウ中のシーケンスアイコンを選択して、Sequence メニューか ら Reference Sequence を実行します。参照シーケンスとなったシーケンスのアイコンには「R」という文字が表示され ます。 図 4-1 参照シーケンスアイコン 参照シーケンスには以下の特徴があります。 ・ コンティグ中では、他のシーケンスと灰色の線で分けられます。 ・ 参照シーケンスを含むシーケンス群からコンティグを作成すると、参照シーケンスに近い形でコンティグが作 成されます。このため、参照シーケンスだけで１つのコンティグを構成することが有り得ます。 ・ 参照シーケンスはコンセンサスシーケンスの計算には影響しません。このため、参照シーケンス中にある「T」 塩基に重複する他のすべてのシーケンスの塩基が「G」であるとすると、コンセンサスシーケンスではこの部 分は「G」になります。 ・ コンティグ中の塩基の順番は、参照シーケンス中の塩基の順番と同じです。例えば、参照シーケンスの最初の 塩基を 1000 番目として設定すると、コンセンサスシーケンスの 1000 番目の塩基は、参照シーケンスの最初の 塩基になります。 ・ コンティグ作成時に参照シーケンス中の塩基の順番をそのまま保持するには、特別な挿入操作が必要です。例 えば参照シーケンスの 498 番目と 499 番目の塩基間に、参照シーケンスと重複するシーケンスの塩基がある場 合、498+（小数点）+（順番）とします。図 4-2 の場合、498 の後は 498.1 となります。 図 4-2 参照シーケンスを含むコンティグ結果 前述のように、参照シーケンスはコンセンサスシーケンスの計算には影響しません。しかし、コンティグの一部の領域 9 では参照シーケンスしか存在しない場合があります。このような場合は、Contig メニューから Fill Coverage Gaps With Reference を選択します。これにより、参照シーケンスがコンセンサスシーケンスの計算に使われます。ただし、これは 参照シーケンス以外のシーケンスが存在しない部位のみです。またこのオプションを一度設定すると、解除しない限り有 効になります。 参照シーケンスのみを使用したアセンブル シーケンス同士の比較を行わず参照シーケンスのみを使用してアセンブルを高速に行うことができます。Contig メニ ューから Assemble Contigs→Assemble to Reference を選択してください。 参照シーケンスを利用したトリミング 参照シーケンスを含むシーケンスからコンティグを作成し、Contig メニューから Trim to Reference Sequence を選択 すると、コンティグ中の各シーケンスから参照シーケンスの両側にある塩基を削除します。 （図 4-3）この操作は Undo を実行できません。 参照シーケンス トリミング前 参照シーケンス トリミング後 図 4-3 参照シーケンス両側のトリミング 10 参照シーケンスを含むコンティグの編集 参照シーケンスを含むシーケンスからコンティグを作成しコンセンサスシーケンスを編集すると、コンセンサスシーケ ンスを構成する全シーケンスの該当部分が編集されます。しかし、参照シーケンスだけは編集されません。例えば、コン センサスシーケンスから複数塩基を選択して Delete ボタンを押すと関連する全シーケンスの関連部分は削除されますが、 参照シーケンス中の塩基は削除されません。（図 4-4）この操作は Undo を実行できません。 参照シーケンス 図 4-4 コンティグの編集 参照シーケンスのナンバリング 参照シーケンスが、実際には環状で、画面上の左端の塩基の位置が配列の開始位置ではない場合があります。そのよう な場合に、実際の配列の開始位置を指定することができます。参照シーケンスを選択し、Sequence メニューから Set Circular Genome Size… を選択します。図 4-5 のダイアログが表示されます。 図 4-5 Circular Genome Size ダイアログ ここで Enable For This Fragment にチェックを入れ、配列の開始位置をテキストボックスに入力、もしくは下のリスト から選択して（一度テキストボックスに入力された数値は、次回以降リストに表示されます）OK ボタンを押します。す 11 ると、入力した位置で配列番号が”1”になります。図 4-5 ではダイアログに”800”と入力しましたが、図 4-6 を見ると 配列の 801 番目の位置が”1”になっていることがわかります。 図 4-6 配列開始位置の変更 12 5. シーケンス編集 5.1. クオリティデータの表示 SEQUENCHER はベースコールの信頼性を示すクオリティをサポートしています。このクオリティは、主に Phred(P Greene, University of Washington)、ATQA(Wagner Associates)の出力結果ですが、これらと同様のフォーマットをサ ポートするあらゆる機器やプログラムからの出力されたものでもかまいません。SEQUENCHER は、クオリティをシー ケンス・コンティグ表示の背景に表示します。 クオリティを表示するには、次の３つの手順を行ってください。 i. クオリティを含むデータをロードします。 ii. User Preferences ダイアログでクオリティの分類（High、Medium、Low）の範囲を決定します。 iii. View メニューから Display Base Confidences を選択します。 クオリティの分類の範囲を決定するには、 Window メニューから User Preference を選択し、ダイアログを起動します。 ここでトピックリストから Confidence を選択します。Confidence Ranges が表示されますので、クオリティ値の各区分 の境界となる値を入力します（図 5-1）。 図 5-1 クオリティ値の表示設定 5.2. 実験データの復元 一度に複数のデータに対して実行できます。 i. プロジェクトウィンドウ上で１個または複数個のシーケンスを選択します。 ii. Sequence メニューから Revert To Experimental Data を選択します。すると図 5-2 のダイアログが表示されます。 13 図 5-2 Experimental Data ダイアログ iii. 5.3. Revert ボタンを押すと Revert が実行されます。 シーケンスのペースト V4.2 以前では、数字などの非塩基文字をシーケンスウィンドウにペーストすると、新しいシーケンスに複合塩基とし て挿入されてしまいました。図 5-4 では新しい SEQUENCHER のペースト機能により非塩基文字が削除されているこ とがわかります。 図 5-3 GenBank ファイルからシーケンスを選択 図 5-4 SEQUENCHER にペースト 14 5.4. クオリティによるトリミング コンティグの作成を行う前に、個々のシーケンスからクオリティの低い塩基をできるだけ多く取り除くことは重要です。 これにはベクターシーケンスや、複合塩基が多いシーケンスの末端のトリミングが含まれます。もしクオリティデータを お持ちであれば、たとえ「N」が含まれていなくてもクオリティデータを用いてトリミングを行うことをお奨めします。 特にベクターコンタミネーションを検索する前に、クオリティによるトリミングを行うことを強く推奨します。こうすれ ば、ベクターシーケンスが存在するにもかかわらず、クオリティの低い部位が多数存在するためにベクタースクリーニン グアルゴリズムで認識されない、といった事態を避けることができます。 アセンブルを行う前のシーケンスを選択し、Sequence メニューから Trim Ends…をクリックしてください。Ends Trimming ウィンドウが起動します。このウィンドウにある Change Trim Criteria ボタンを押してください。Ends Trimming Criteria ダイアログ（図 5-5）が起動します。 図 5-5 Ends Trimming Criteria ダイアログ 5.5. シーケンスの自動編集 コンティグ中のあるフラグメントの塩基に、それと重複する他の塩基を自動的に一致させることができます。まず基準 となる塩基範囲を選択します（図 5-6）。次に Edit メニューから Auto-Match を選択します。Auto-Match を使うと、 。もちろん、 選択された塩基範囲に重複する塩基は、すべて選択された塩基範囲と一致するようになります（図 5-7） Undo を実行すれば元の状態に戻すことができます。 15 図 5-6 塩基の選択（枠線の箇所が不一致） 図 5-7 シーケンスの自動編集 5.6. 編集モード ２つの編集モード（Insert、Overstrike）があります。Edit メニューから編集モードを選択できます。デフォルトでは Replace モード（Replace When Editing）が選択されています。これは従来からあるシーケンス編集モードで、シーケ ンス中の編集対象塩基を選択→上書したい塩基を入力→次の編集対象塩基を選択、という流れでシーケンスの編集を行い ます。 Overstrike モード（Overstrike When Editing）では、編集対象の塩基を選択して上書したい塩基を入力すると、編集 対象塩基は上書され、1 文字先の塩基が新たに選択されます。1 文字先の塩基を編集したくなければ、スペースキーを押 すとさらに 1 文字先の塩基が選択されます。 Insert モード（Insert When Editing）では、編集対象部位に 1 文字以上の塩基を挿入します。塩基が挿入されると、 その先の塩基はすべて前にずれます。シーケンスの最後の部位にも塩基を挿入できます。 16 編集対象以外の塩基をうっかり変えてしまわないように、Overstrike モードと Insert モードはコンティグ編集時にし か機能しません。 17 6. シーケンス比較 6.1. バリアンステーブル コンティグ内の各フラグメントシーケンスとコンセンサスシーケンス・参照シーケンス・コンティグの先頭シーケン スをそれぞれ比較することができます。プロジェクトウィンドウで任意のコンティグを選択し、Sequence メニューから Compare Bases To→Consensus（または Reference Sequence, Top Sequence）を選択します。すると、バリアンステー ブルが起動します。 図 6-1 バリアンステーブル ソート バリアンステーブルには３つのソートボタンがあります。２つの Total ソートボタンは、それぞれ行と列の不一致塩基 の合計値でソートします。これらは、昇順にも降順にもできます。また、塩基位置表示の上にあるボタンをクリックして も、昇順または降順にソートすることができます。図 6-1 では、このボタンは”Consensus”となっていますが、これは バリアンステーブルを起動する際の比較対象に依存しています。 表示の最適化 表の左下のボタンは、列の幅を拡大・縮小して表を最適化します。このボタンをクリックすると、single base（カラ ムの幅を塩基１文字分にする）, full name（カラムの幅をシーケンス名が全て表示されるように調節する）, partial name （カラムの幅を適当な長さとし、シーケンス名は一部分しか表示されない）の３つのモードを切り替えることができます。 18 移動 バリアンステーブル中を移動するには、矢印キーが使えます。矢印キーを押す毎に、セル１つ分移動します。option キーを押しながら矢印キーを押すと、空白の部分を飛び越すことができます。選択箇所が表の端まで届いても、その先の セルを選択しようとすると、ビープ音が鳴ります。 セル及びヘッダ背景色 シーケンスがクオリティ値を持っている場合、各セルの背景色は、それが対応する塩基のクオリティ値によって色分け されます。色分けの設定は、「5.1 クオリティデータの表示」を参照してください。各シーケンスのヘッダ（シーケンス 名を表示）は、そのシーケンスの長さが比較対象シーケンスの長さよりも短い場合にはピンク色で表示されます。図 6-1 では、全シーケンスが比較対象シーケンス（コンセンサスシーケンス）よりも短いため、全シーケンスのヘッダの背景色 がピンク色になっています。 レビューモード レビューモードは、バリアンステーブル上のデータと、その基となる配列・コンティグのデータを接続します。Review ボタンをクリック、もしくはバリアンステーブル上のセルをダブルクリックすると、その値に関連するコンティグエディ タ及びクロマトグラムウィンドウが開きます。３つのウィンドウが並んで表示されます。 レビューモードでは、マウスもしくは矢印キーを使ってセルの選択を変えると、他の２つのウィンドウも連動します。 また、バリアンステーブル内の塩基を編集すると、その内容がコンティグエディタ及びクロマトグラムウィンドウにも反 映されます。 図 6-2 レビューモード 19 シーケンス・コンティグデータの再読み込み シーケンス・コンティグデータを編集しても、Refresh ボタンを押さない限りはその結果がバリアンステーブルに反映 されません。Refresh ボタンを使えば、プロジェクトウィンドウに戻ってバリアンステーブルを再表示させることなく、 既存のテーブル内容を再構築することができます。 レポート Report ボタンを使って、バリアンステーブルの内容を 4 種類の形式でレポートとして出力できます。（12.2 バリアン ステーブルのレポート機能 参照） オプション Options ボタンを使って、バリアンステーブルに表示された内容を変更することができます。Options ボタンを押すと、 User Preferences ダイアログの Variance Table が表示されます。Include Ambiguous Matches は、同じ位置にある全 塩基が一致して複合塩基となっていたとしても、その位置を表示します。Exclude Large Gaps は、比較対象シーケンス 中の長大なギャップの範囲にある配列間の差異を非表示にします。Populate All Cells は比較対象シーケンスとの一致・ 不一致にかかわらず塩基を表示します。 図 6-3 バリアンステーブルのオプション シーケンスへのラベル付け バリアンステーブルからシーケンスへのラベル付けを行うことができます。ラベル付けは、シーケンス名が表示されて いるカラムを選択した状態で、Edit メニューの Label…から行うことができます。ラベル付けを行う際、ラベルの色を 選択することができます。また、設定済みのラベルを外すときは、カラムを選択した状態で、Edit メニューの Label… から None を選択してください。 シーケンスへのコメント付加 バリアンステーブルからシーケンスへのコメント付加を行うことができます。コメントの付加は、シーケンス名が表示 20 されているカラムを選択した状態で、File メニューの Get Info…を選択すると表示されるダイアログ（図 6-4）のテキ ストボックス内に行います。 図 6-4 Get Info ダイアログ シーケンス情報の参照 カラムを選択した状態で File メニューの Get Info...を選択すると Get Info ダイアログ（図 6-4）が表示されます。カ ラムに対応したシーケンスが ABI のクロマトグラフファイルの場合は、 Show ABI Info ボタンが表示されます。Show ABI Info ボタンを押すことにより、ファイルのより詳細な情報を表示することができます。 シーケンスの削除 バリアンステーブル内から、カラムを選択した状態で Edit メニューの Remove From Table を選択することにより、 カラムに対応したシーケンスを取り除くことができます。 翻訳 Translate ボタンを押すことにより、翻訳バリアンステーブル（6.3 翻訳バリアンステーブル 参照）を開くことがで きます。 6.2. バリアンステーブルのフィルタリング コーディング領域・Variants・エクソン・遺伝子などの特定の領域を指定してバリアンステーブルを作成できます。同 様に、翻訳バリアンステーブル（6.3 翻訳バリアンステーブル 参照）でも、翻訳する領域を定義でき、それが複数のイ ントロンにまたがる場合でも可能です。フィルタリングを行うには、インポートした GenBank ファイル等にフィーチャ ーが設定されている、または、ユーザがシーケンスに独自にフィーチャーを設定している必要があります。フィルタリン グは、バリアンステーブルウィンドウ上部の Comparison Range ボタンを押し、表示された Comparison Range ダイア ログ内のリストから領域を選択し、OK ボタンを押すことにより行います。 21 図 6-5 Comparison Range ダイアログ これにより、バリアンステーブルに表示される領域が、上記で選択した領域にフィルタリングされます。 図 6-6 フィルタリングされたバリアンステーブル 6.3. 翻訳バリアンステーブル 翻訳バリアンステーブルはコンティグ中の全シーケンスを翻訳し、それらの間のアミノ酸の違いを表示します。この機 能はアミノ酸への翻訳時の変異や発現ベクターのチェックに最適です。プロジェクトウィンドウで任意のコンティグを選 択し、Sequence メニューから Compare Translation To→Consensus（または Reference Sequence, Top Sequence）を 22 選択します。すると、翻訳バリアンステーブルが開きます。または、バリアンステーブルの Translation ボタンを押すこ とによっても開くことができます。 図 6-7 翻訳バリアンステーブル 翻訳バリアンステーブル内の灰色の文字は比較対象となるシーケンスとの一致残基、黒色の文字は比較対象となるシ ーケンスとの不一致残基を意味します。 ソート 翻訳バリアンステーブルには３つのソートボタンがあります。２つの Total ソートボタンは、それぞれ行と列の不一致 アミノ酸の合計値でソートします。これらは、昇順にも降順にもできます。また、残基位置表示の上にあるボタンをクリ ックしても、昇順または降順にソートすることができます。図 6-7 では、このボタンは”Consensus”となっていますが、 これは翻訳バリアンステーブルを起動する際の比較対象に依存しています。 表示の最適化 表の左下のボタンは、列の幅を拡大・縮小して表を最適化します。このボタンをクリックすると、single amino acid （カラムの幅を塩基３文字分にする）, full name（カラムの幅をシーケンス名が全て表示されるように調節する）, partial name（カラムの幅を適当な長さとし、シーケンス名は一部分しか表示されない）の３つのモードを切り替えることがで きます。 23 移動 翻訳バリアンステーブル中を移動するには、矢印キーが使えます。矢印キーを押す毎に、セル１つ分移動します。option キーを押しながら矢印キーを押すと、灰色の文字の部分を飛び越すことができます。選択箇所が表の端まで届いても、そ の先のセルを選択しようとすると、ビープ音が鳴ります。 セル及びヘッダ背景色 各カラムのヘッダ（シーケンス名を表示）は、そのシーケンスの長さが比較対象シーケンスの長さよりも短い場合には ピンク色で表示されます。図 6-7 では、全シーケンスが比較対象シーケンス（コンセンサスシーケンス）よりも短いた め、全シーケンスのヘッダの背景色がピンク色になっています。 レビューモード レビューモードは、翻訳バリアンステーブル上のデータと、その基となる配列・コンティグのデータを接続します。 Review ボタンをクリック、もしくは翻訳バリアンステーブル上のセルをダブルクリックすると、その値に関連するコン ティグエディタ及びクロマトグラムウィンドウが開きます。３つのウィンドウが並んで表示されます。 レビューモードでは、マウスもしくは矢印キーを使ってセルの選択を変えると、他の２つのウィンドウ内の表示も連動 します。 シーケンス・コンティグデータの再読み込み シーケンス・コンティグデータを編集しても、Refresh ボタンを押さない限りはその結果が翻訳バリアンステーブルに 反映されません。Refresh ボタンを使えば、プロジェクトウィンドウに戻って翻訳バリアンステーブルを再表示させるこ となく、既存のテーブル内容を再構築することができます。 レポート Report ボタンを押すと、翻訳バリアンステーブルの内容を他のプログラムで使用できるように、クリップボード又は ファイルにテキスト形式で出力します。 シーケンスへのラベル付け 翻訳バリアンステーブルからシーケンスへのラベル付けを行うことができます。ラベル付けは、シーケンス名が表示さ れているカラムを選択した状態で、Edit メニューの Label…から行うことができます。ラベル付けを行う際、ラベルの 色を選択することができます。また、設定済みのラベルを外すときは、カラムを選択した状態で、Edit メニューの Label… から None を選択してください。 シーケンスへのコメント付加 翻訳バリアンステーブルからシーケンスへのコメント付加を行うことができます。コメントの付加は、シーケンス名が 表示されているカラムを選択した状態で、File メニューの Get Info…を選択すると表示されるダイアログ（図 6-4）の テキストボックス内に行います。 シーケンス情報の参照 カラムを選択した状態で File メニューの Get Info...を選択すると Get Info ダイアログが表示されます。（図 6-4）カ 24 ラムに対応したシーケンスが ABI のクロマトグラフファイルの場合は、 Show ABI Info ボタンが表示されます。Show ABI Info ボタンを押すことにより、ファイルのより詳細な情報を表示することができます。 シーケンスの削除 翻訳バリアンステーブル内から、カラムを選択した状態で Edit メニューの Remove From Table を選択することによ り、カラムに対応したシーケンスを取り除くことができます。 6.4. 翻訳バリアンステーブルのフィルタリング 翻訳バリアンステーブルにおいてもバリアンステーブルのフィルタリング（6.2 バリアンステーブルのフィルタリング 参照）と同様、翻訳バリアンステーブル上部の Translation Range ボタンを押すことにより、表示される領域をフィル タリングすることが可能です。 図 6-8 フィルタリングされた翻訳バリアンステーブル 25 7. アセンブル 7.1. ギャップ配置の向上 ギャップ配置のアルゴリズムとして ReAligner を使うことができます。ReAligner は、FAK および FAKII(Gene Myers et. al. University of Arizona)というソフトウェアの一部として改良されたアルゴリズムです。ReAligner は、アライメン ト処理を行う範囲を絞り込んで効率的なギャップ配置を行い、コンティグ作成の際に生じるアラインメントの誤りを修正 します。 図 7-1 ReAligner 図 7-1 のように Assembly Parameters ダイアログで Use ReAligner をチェックすると、SEQUENCHER はコンテ ィグを作成した後に ReAligner を使ってアラインメントを修正します。 また ReAligner を使うと通常はギャップを 5’側に寄せますが、Prefer 3’ Gap Placement をチェックすると、ギャップ を 3’側に寄せることができます。これは DNA 解析の一部の分野（法廷で用いられる DNA 検査など）ではギャップを 3’ 側に寄せるのが標準となっているためです。 7.2. 長大なギャップのサポート 異なる生物種同士のシーケンスを比較したり、cDNA とゲノムのシーケンスを比較したりすると、長大なギャップが現 れることがあります。 長大な挿入部位やギャップを含んだデータに対応するには、まずプロジェクトウィンドウの Assembly Parameters ボ タンを押します。Assembly Parameters ダイアログが起動しますので、Assembly Algorithm から Large Gap を選択し ます。 図 7-2 Assembly Algorithm なお Large Gap を選択している時は ReAligner を使用することはできませんのでご注意ください。 長大なギャップはギャップ文字（デフォルトでは「：」）のまとまりとして表示されます。シーケンスを編集中に、現 在の位置から次の塩基不一致部位へ移動したい場合には、Select メニューから Next Ambiguous Base を選択します。も し現在の位置が長大なギャップ領域の中にある場合にこの操作を行うと、ギャップ領域の末端へ移動できます。 26 7.3. 法廷証拠作成支援機能 mtDNA 解析を使った人物同定へのサポート機能がいくつかあります。 Contig メニューから Consensus to Forensic Standards を選択します。これは新しいコンセンサスシーケンスの計算 基準で、この基準を用いるとコンティグ中の全シーケンスの各塩基と、それに対応するコンセンサスシーケンス中の塩基 とが一致する必要があるだけでなく、各塩基位置には一定数の重複シーケンス数が必要です。さらに、複合コードは通常 では使われません。コンセンサスシーケンスは、 「A」、「C」、「G」、「T」、「N」のみから構成されます。 表 7-1 重複シーケンス数と許容不一致塩基数 （不一致塩基数が、許容不一致塩基数を超えた場合にはコンセンサスシーケンスは「N」になります。） 7.4. 重複シーケンス数 許容不一致シーケンス 1 0 2～4 0 5～7 1 8～ 2 シーケンス名によるアセンブル Assembly by Name 機能により、シーケンス名が一貫した名前付け規則に従っている限りは、複数のシーケンス群の アセンブルを自動化することができます。 例えば、４８の検体から同一遺伝子のサンプルをフォワード・リバース各１つずつ採取したとします。配列数は計９６ 本になります。このとき、ボタンを１回クリックするだけで、４８本のコンティグをアセンブルし、別々に名前をつける ことができます。 図 7-3 シーケンス名によるアセンブルの例 27 シーケンス名によるアセンブルを行うには、まずプロジェクトウィンドウの Assembly Parameters ボタンを押して Assembly Parameters ダイアログを起動し、Assemble By Name の Enabled にチェックを入れます。 図 7-4 Assembly Parameters ダイアログ 次に Name Settings…ボタンを押して Assembly by Name Settings ダイアログを起動します。 図 7-5 Assembly by Name Settings ダイアログ 28 このダイアログでは、Assembly by Name 機能を使う前に Name Delimiter（シーケンス名の中で、各セクションの区切 りとなる文字）と Assembly Handle（Name Delimiter によって区切られる各セクションの名前）を定義します。ここ で設定したパラメータは、現在のプロジェクトにのみ有効です。User Preferences ダイアログの[Assembly]-[Assemble by Name]でもパラメータを設定することができます。User Preferences ダイアログで設定したパラメータは、今後新規に プロジェクトを作成した際のパラメータの初期値となります。 User Preferences ダイアログで定義した Assembly Handle は、Assembly Parameters ダイアログ中のドロップダウ ンメニューで表示されます。 図 7-6 ドロップダウンメニュー Assemble by Name 機能を有効にすると、いくつかのインタフェースが変わります。まずプロジェクトウィンドウに Handle という列が追加されます。これは各シーケンス名の Active Handle を表示しています。次に、Assemble Automatically ボタンが Auto Assemble by Name ボタンに、Assemble to Reference ボタンが To Reference by Name ボタンにそれぞれ変わります。これにより、ボタンをクリックした際の動作も変わります。 Assemble by Name 機能の利点の一つは、その柔軟性にあります。例えば、最初プロジェクト中のシーケンスを共通 プライマー名に基づいて分類・アセンブルします。次に Active Handle を変更してテンプレートに基づいた分類・アセ ンブルを行うことができます。 Assembly Handle を定義する際には、正規表現も使用することができます。Assembly by Name Settings ダイアログ の Name Delimiters リストから Advanced Expression…を選択し、Define…ボタンを押します。これにより Advanced Expression for Name Parsing ダイアログが起動します。 図 7-7 Advanced Expression for Name Parsing ダイアログ 29 ダイアログ上部のテキストボックスに正規表現を入力すると、それが Name Delimiter となります。Tutorials フォルダ には”Advanced Handle Definition”という名前の詳細な正規表現のチュートリアルを用意していますので参照してくだ さい。 7.5. 参照シーケンスを使用したシーケンス名によるアセンブル 参照シーケンスを使用して Assemble by Name を行うこともできます。先述の９６シーケンスの例では、参照シーケ ンスと９６シーケンスを選択し、To Reference by Name ボタンをクリックします。SEQUENCHER は９６シーケンス をアセンブルして４８個のコンティグを作成しますが、この場合はそれぞれのコンティグに参照シーケンスが含まれ、参 照シーケンスの配列番号も保持されています。 30 8. コンティグ編集 8.1. コンセンサスシーケンスの作成 コンセンサスシーケンスの作成機能も、一度に複数シーケンスを取り扱うことができます。１つもしくは複数のコンテ ィグを選択し、Contig メニューから Create New Seq From Consensus を実行します。 図 8-1 Create New Sequence From Consensus ダイアログ Remove Gaps これをチェックすると、コンセンサスシーケンス中のギャップを除いて新しいシーケンスが作成されます。 Retain Large Gaps Remove Gaps をチェックした場合にのみ有効です。これをチェックすると、長いギャップ（１０以上）は削除されま せん。 Include Features これをチェックすると、コンセンサスシーケンスのフィーチャー情報を保存したままで新しいシーケンスが作成されま す。 Append Time-Stamp to name これをチェックすると、作成時の日付情報が新しいシーケンスの名前に付加されます。 OK ボタンを押すと、選択された各コンティグからコンセンサスシーケンスが作成されます。コンセンサスシーケンス が作成されると、コンティグの選択がはずれ、コンセンサスシーケンスが選択されています。これにより、コンセンサス シーケンスに対する次の操作を行うことができます。 8.2. アミノ酸翻訳 ギャップを含んだシーケンスの翻訳 V4.5 以前では、コンセンサスシーケンス中にギャップが含まれる場合、ギャップを含んだコドンによってアミノ酸へ の翻訳を行っていました。V4.6 以降では、このような場合はギャップを無視します。 下図の V4.6 の翻訳結果では、ギ 31 ャップは無視され、”GC:C”は”A”として翻訳されます。この時、アミノ酸の表示位置が、１番目の塩基の下から２番目の 塩基の下にずれていることに注意してください。V4.5 の翻訳結果では、”GC:”は”?”として翻訳されます。 図 8-2 V4.5 と V4.6 におけるアミノ酸翻訳結果の比較 参照シーケンスの翻訳 参照シーケンスを編集すると、コンティグエディタ最下部にある参照シーケンス翻訳結果が自動的に更新されます。参 照シーケンス翻訳結果は、図 8-3 の参照シーケンス翻訳ボタンを押す、又は、View メニューの Reference Sequence Translation を選択することで、表示・非表示を切り替えることができます。 翻訳フレームの自動設定 コンセンサスシーケンス翻訳ボタンには、1 番目・2 番目・3 番目、およびすべてのフレームの翻訳を行う機能および、 参照シーケンスのフレームに合わせてコンセンサスシーケンスの翻訳を行う機能があります。参照シーケンスのフレーム に合わせる機能が働いているときは、図 8-3 のコンセンサスシーケンス翻訳ボタンの表示が「r」となります。また、 この機能はViewメニューのTranslationからIn Reference Frameを選択することでも利用可能です。 コンセンサスシーケンス 翻訳ボタン 参照シーケンス 翻訳ボタン コンセンサスシーケンス 参照シーケンス 翻訳結果 翻訳結果 図 8-3 コンティグウィンドウでの翻訳結果表示例 32 8.3. サマリー表示 コンティグウィンドウのサマリー画面では、コンセンサスシーケンス及び参照シーケンスとの比較ができます。サマリ ー画面で Options ボタンをクリックし、Summary Options ダイアログを起動します。Compare To: より Consensus ま たは Reference を選択します。 Summary Options ダイアログで Matching Bases As Dashes を選択すると、コンセンサスシーケンスまたは参照シー ケンス中の塩基と不一致な塩基のみが表示されるようになります。 図 8-4 Summary Options ダイアログ 8.4. シーケンスの分割 コンティグ中の全シーケンスに対して分割を行うことができます。コンティグウィンドウでシーケンスを表示し、コン センサスシーケンス中の任意の塩基を選択します。Sequence メニューから Split After Selection を選択します。これに よりコンティグ中の全シーケンスが、選択した塩基の位置を基準にして２つに分割されます。 図 8-5 分割されたシーケンス 8.5. ギャップの再配置 アセンブルをやり直すことなく、コンティグ内にあるギャップを再配置することができます。その方法は３つあります。 Collect Gaps コンティグエディタ上でギャップを含む範囲を選択し、Sequence メニューから Collect Gaps→Left または Right を選 33 択します。ギャップが、選択範囲内の左端または右端に移動します。 ラッソ（投げ縄）ツール コンティグエディタ上でギャップを含む範囲を選択し、option キーを押します。マウスカーソルが投げ縄状に変わり ます。この状態で、選択範囲を左右にドラッグして適当な位置に移動します。 ReAligner ボタン コンティグエディタ右端にある ReAligner ボタンを押します。アセンブル結果が整理され、編集の影響でギャップの みで構成されるカラムなどを削除します。 図 8-6 コンティグエディタと ReAligner ボタン 34 9. クロマトグラム 9.1. 画面のスクロール SEQUENCHER では個々のトレースファイルを表示する場合、縦方向（デフォルト）と横方向のいずれにもスクロー ルできます。方向を変更する場合は、クロマトグラムウィンドウの左下コーナーに表示された、該当するボタンを（図 9-1）クリックします。 図 9-1 スクロール切替ボタン 35 10. フィーチャー 10.1. フィーチャーリスト インポートした GenBank ファイルに含まれるフィーチャーまたは、ユーザがシーケンスに独自に設定したフィーチャ ーの一覧を見ることができます。シーケンスウィンドウを開いて Sequence メニューから Feature Listing を選択すると、 フィーチャーリストが表示されます。 図 10-1 フィーチャーリスト 10.2. フィーチャーの表示設定 GenBank ファイルからインポートしたフィーチャーの表示方法を設定することができます。User Preferences ダイア ログで Feature, Motif を表示します。 図 10-2 Feature, Motif 設定画面 Define Feature Key Default Styles…ボタンを押します。Define Feature Key Default Styles ダイアログが起動します。 このダイアログでは、フィーチャーのキー（gene, CDS など）毎に表示方法（表示色、フォント、２本鎖表示、アミノ 酸表示など）を設定できます。 36 図 10-3 Define Feature Key Default Styles ダイアログ 37 11. 塩基の検索 11.1. 塩基の連続検索 編集中の塩基を連続で簡単に検索できます。シーケンスウィンドウを開いて Select メニューから Next Ambiguous Base を選択すると、現在のカーソル位置から見て次の複合塩基が選択されます。続けて Space ボタンを押すと、現在選 択されている複合塩基の次の複合塩基が選択されます。このショートカットキーは Next Ambiguous Base 以外にも、下 記のコマンドで使用できます。 ・ Next Contig Disagree ・ Next Edited Base ・ Next Low Confidence Base ・ Next Met to Stop (>0b) 11.2. 塩基の逆向き検索 塩基を逆向きに検索できます。Shift ボタンを押しながら Select メニューから Next Ambiguous Base を選択すると、 現在のカーソル位置から見て前の複合塩基が選択されます。この機能は Next Ambiguous Base 以外にも、下記のコマン ドで使用できます。 ・ Next Contig Disagree ・ Next Edited Base ・ Next Low Confidence Base ・ Next Met to Stop (>0b) 11.3. 低クオリティ塩基の検索 Select メニューから Next Ambiguous Base を使用して、コンセンサスシーケンスから低いクオリティを持つ塩基を検 索できるように改良しました。 また、Select メニューから Next Low Confidence Base を実行しても、Next Ambiguous Base と同じ機能となります。 これは元々フラグメントシーケンスでのみ使用可能でしたが、コンセンサスシーケンスでも使用できるようになりました。 コンセンサスシーケンスの塩基上にカーソルを置き、Next Low Confidence Base を選択します。SEQUENCHER は自 動的に、低クオリティの塩基がコンセンサスシーケンスとなっている箇所へとナビゲートします。 一般に、Next Ambiguous Base は Next Low Confidence Base よりも精度が高くありませんが、Next Contig Disagree よりは高精度です。 38 12. 出力 12.1. クロマトグラムの印刷 １つのトレースデータを 1 ページで印刷することができます。File メニューから Print Traces in One Page を選択す ると、現在開いているトレースデータを 1 ページに印刷できます。 12.2. バリアンステーブルのレポート機能 バリアンステーブルの結果を整形して下記で説明するような 4 種類のレポートとして出力できるようになりました。 作成したレポートは印刷や、PDF ファイルに保存することができます。 Variance Table Report Individual Variance Reports バリアンステーブルの内容をレポート形式で出 比較対象となるシーケンスと個々の配列間の違 力します。 いを個別にレポート形式で出力します。 39 Variance Detail Report Population Report バリアンステーブルの内容を波形情報も含め バリアンステーブルの内容を、参照シーケ てレポート形式で出力します。 ンスと比較した際の変異数をまとめてレ ポートとして出力します。 12.3. 翻訳バリアンステーブルのレポート機能 翻訳バリアンステーブルの内容を他のプログラムで使用できるようにクリップボード又はファイルにテキスト形式で 出力します。 40 13. スピーチ Sequence メニューから Speech をクリックすると、選択したシーケンスや入力塩基を音読させることができます。選 択したシーケンスを音読させるには、Read Sequence Selection をクリックします。Say Sequence Keystrokes にチェッ クを入れると、塩基文字を入力する度に音読されます。音読の音声を変更するには、Select Voice File をクリックして音 声ファイルを選択します。Identify Speaker をクリックすると、現在選択されている音声ファイルの音声を聞くことがで きます。 Speech 機能を設定するには、General User Preference 中の Sound を使用します。これによって、スピーカーの音量 や読み上げる速さを調節することができます（図 13-1）。 図 13-1 Sound の設定 41 14. ユーザプリファレンス SEQUENCHER で使用する様々なユーザ設定は、 Window メニューから User Preferences を選択し、User Preferences ダイアログを起動して設定することができます。変更したユーザ設定をデフォルト値に戻すには、User Preferences ダ イアログ中で[General]-[Setting]を開き、Reset user preferences to factory defaults ボタン（図 14-1）を押します。 図 14-1 Reset user preferences to factory defaults ボタン 14.1. ショートカットキー User Preference ダイアログの[General]-[Menu]では、ショートカットキーを定義することができます。以前のバージ ョンでは、ショートカットキーを割り当てられるコマンドは限られていました。V4.5 以降では、これを拡張して全コマ ンドを選択できるようにしました。図 14-2 のショートカットキーは、以前では使用できなかったものです。 42 図 14-2 ショートカットキーの割り当て 14.2. アセンブルパラメータ アセンブルパラメータの初期値は既に決められています。もしユーザの標準的なパラメータがこれと異なる場合は、新 しいプロジェクトを開く度にパラメータをリセットする必要がありました。V4.5 以降ではアセンブルパラメータの初期 値を User Preferences で定義できるようになりました。 [General]-[New Project]を開くと、新規プロジェクトの現在の初期設定が表示されています。Use Blank Project を選 び、Set Assembly Defaults ボタンを押すと、Assembly Parameter Defaults ダイアログが起動して、これらの設定を変 更することができます。ただし、これは初期値を変更するものであって、現在の設定は変更されません。 図 14-3 アセンブルパラメータの初期値 43 図 14-4 Assembly Parameter Defaults ダイアログ Assembly Parameters ダイアログからも初期設定を変更することができます。アセンブルパラメータを変更した後、 ダイアログの下にある Set as Defaults ボタンを押します。この場合は、現在の設定と初期値の両方を変更します。 14.3. コンティグ表示フォント [Display]-[Contig]にある Contig Font によって、コンティグウィンドウの Base 表示でのフォントを設定することがで きます。 図 14-5 コンティグフォント設定 44 15. コンテキストメニュー ウィンドウ上で Control キーを押しながらクリックすると、クリックしたウィンドウの内容に応じたコンテキストメ ニューが表示されます。例として図 15-1 に、プロジェクトウィンドウのシーケンス名を選択し、Control キーを押し ながらクリックした際に表示されるコンテキストメニューを示します。 図 15-1 シーケンス名を選択した場合のコンテキストメニュー 以下のウィンドウにてコンテキストメニューが使用可能です。 ・ プロジェクトウィンドウ ・ サマリーレポートウィンドウ ・ バリアンステーブル ・ 翻訳バリアンステーブル ・ コンティグクロマトグラムウィンドウ ・ シーケンスクロマトグラムウィンドウ ・ シーケンスエディタウィンドウ 45 16. ジェネティックコード NCBI から公開されている以下の全てのジェネティックコードをサポートしています。ジェネティックコードを設定 するには、Window メニューから Genetic Code...を選択して Genetic Code ダイアログを起動します。 z Standard Code z Alternative Flatworm Mitochondrial Code z Alternative Yeast Nuclear Code z Ascidian Mitochondrial Code z Bacterial and Plant Plastid Code z Blepharisma Nuclear Code z Chlorophycean Mitochondrial Code z Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code z Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code z Euplotid Nuclear Code z Invertebrate Mitochondrial Code z Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code z Scenedesmus obliquus Mitochondrial Code z Thraustochytrium Mitochondrial Code z Trematode Mitochondrial Code z Vertebrate Mitochondrial Code z Yeast Mitochondrial Code 図 16-1 Genetic Code ダイアログ 46 17. オンラインヘルプ SEQUENCHER には、より詳細でわかりやすいオンラインヘルプがあります。Help メニューから Sequencher Help を選択すると、オンラインヘルプウィンドウが起動します。また操作の途中でアップルキー＋「？」キーを押すと、現在 操作中の箇所に関連したヘルプが表示されます。 図 17-1 オンラインヘルプ 47