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Ion Torrentターゲットリシーケンス 製品ガイド
Ion Torrent ターゲットリシーケンス 製品ガイド IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 1 15/06/19 16:38 目 次 3 Ion AmpliSeq テクノロジー 4 Ion AmpliSeq カタログパネル 10 Ion AmpliSeq カスタムパネル 11 Ion AmpliSeq コミュニティパネル 11 Ion AmpliSeq エクソームパネル 12 Ion AmpliSeq ライブラリキット 12 Ion Library Equalizer キット 12 Ion Xpress Barcode アダプターキット 13 カスタムプライマー設計 13 Ion AmpliSeq デザイナー利用方法 14 Ion AmpliSeq カスタム/コミュニティパネル オンラインオーダー方法 15 データ解析 15 Ion Reporter ソフトウェア利用方法 16 TaqMan アッセイ 17 SNPジェノタイピングアッセイ 18 変異解析 19 コピー数多型解析 2 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 2 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー 概要 Ion AmpliSeq ™ テクノロジーは、ターゲットになるゲノム領域にプライマーを設計し、PCRでマルチプレッ クス増幅することにより、目的のDNAを濃縮する全く新しいターゲットエンリッチメント手法です。これまで は難しいと考えられていたマルチプレックスPCRの障害を克服することにより、数百∼数千のPCR産物を 同時に回収し、Ion Torrent ™ シーケンサにより短時間でシーケンスすることを可能にしました。PCRにより ターゲット領域を増幅するため、 わずか10ngの初期DNA量があればシーケンスすることができ、臨床研究に おけるホルマリン固定パラフィン包埋 （FFPE） 組織やトランスレーショナルリサーチにおける貴重なサンプル からも、確実に、 かつ低頻度な変異も高感度に検出することができます。 誰にでも始められるPCRによる次世代シーケンスのためのライブラリ作製 カスタムパネル 設計 ライブラリ作製 2.5 3.5 時間 遺伝子情報をオンラインで入力。 所要時間数分。 Ion AmpliSeq Designer 時間 テンプレート調製 シーケンス データ解析 アノテーション 付与 7 2~4 0.5 0.5 時間 時間 時間 時間 Ion AmpliSeq Custom Panels Ion AmpliSeq Library Kit Ion OneTouch システム Ion PGM シーケンサ Torrent サーバー Ion Reporter ソフトウェア 3 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 3 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Ion AmpliSeq カタログパネル 主要ながんの変異を少量の DNA から高感度に検出 がん関連遺伝子の網羅的変異解析 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2は、がん遺伝子およびがん抑制 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel には、がん遺伝子 およびがん 遺伝子をターゲットに設計された207カ所のプライマーペアが、1チューブの 抑制遺伝子をターゲットに設計された、約16,000カ所のプライマーペアが、 プライマープールに収められ提供されます。米国の国立がん研究所（NCI） 4チューブのプライマープールに収められ提供されます。癌研究をリードする などの協力を得て、がん遺伝子や腫瘍プレッサー遺伝子など、50遺伝子、 著名な研究者との共同研究や、種々の文献やデータベース検索から得られる 2,790カ所の変異を網羅的に探索するのに適しています。サンプル由来の 情報を取り入れることにより、頻繁に引用される主要な遺伝子のエクソン わずか10ng の DNA をプライマープールの入ったチューブに入れ、必要 領域を含んでいます。このパネルは、複数の遺伝子ファミリーに渡って、 試薬を加えて PCR により増幅させることで、Ion Torrentシーケンサでシー コーディング DNA領域（CDS）およびスプライスバリアントを同時に解析 ケンスするための PCR産物が得られます。Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 できるようデザインされています。代謝経路に基づいて遺伝子の選択を行う を利用することで、ライブラリを短時間作成することができます。 ことにより、シグナルカスケード、アポトーシス遺伝子、DNA修復遺伝子、 転写調節因子、炎症反応遺伝子および成長因子遺伝子に加え、癌ドライバー • 10 ng のＤＮＡからスタート 遺伝子およびドラッグターゲットにおける変異スペクトルのプロファイリング • 1 チューブのマルチプレックス PCR によりターゲットを増幅 を、1回のアッセイで行うことができます。広範囲ながん遺伝子をターゲット • Ion 314 ™ / 316 ™ / 318 ™ チップ対応 とし、煩雑で手間の掛かるプライマーデザインおよびターゲットの選択 作業を代行することにより、研究のスピードを加速できます。本製品には、 • FFPE サンプル対応 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2の50遺伝子も網羅されています。 製品概要 ターゲット遺伝子数 50遺伝子 • 40ng の DNA からスタート アンプリコン長 111∼187 bp（平均154 bp） • 4 チューブのマルチプレックス PCR によりターゲットを増幅 プール数 1本 • 4 チューブのライブラリをミックスして 1 ランでシーケンス 初期DNA量 10 ng（10 ng x 1本） • Ion 318 チップ対応 ワークフロー時間 10時間 カバレッジ均一性* >95% オンターゲット率** >90% ターゲット遺伝子数 409遺伝子 平均カバレッジ NA アンプリコン長 125∼175 bp（平均155 bp） プール数 4本 初期DNA量 40 ng（10 ng x 4本） • FFPE サンプル対応 製品概要 * 平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列 ターゲット遺伝子リスト KRAS BRAF EGFR TP53 PIK3CA CSF1R JAK2 NRAS PTPN11 ERBB2 SRC FGFR3 NPM1 CDKN2A RET HNF1A SMAD4 GNAS PDGFRA MPL ABL1 PTEN FLT3 STK11 SMARCB1 KIT MET NOTCH1 FGFR2 RB1 JAK3 VHL KDR SMO EZH2 HRAS AKT1 ALK MLH1 FBXW7 FRBB4 GNA11 ATM CDH1 IDH1 CTNNB1 APC FGFR1 GNAQ IDH2 ■ TaqMan Mutation Detection Kit をご用意しています。 詳しくは18ページをご覧ください。 製品名 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 Ion AmpliSeq Library Kit 2.0* Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 Kit** サイズ １プール× 8 反応 製品番号 価格 4475346 ¥25,700 8 反応 4475345 ¥102,800 16BC × 4471250 ¥205,500 ワークフロー時間 16時間 カバレッジ均一性* >90% オンターゲット率** >95% 平均カバレッジ数 NA *平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列 製品名 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel Ion AmpliSeq Library Kit 2.0* Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 Kit** サイズ 製品番号 4 プール× 8 反応 8 反応 16BC × 10 ライブラリ 4477685 4475345 4471250 価格 ¥102,800 ¥102,800 ¥205,500 10 ライブラリ * Ion AmpliSeq Library Kit 2.0は、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。 **Ion Xpress Barcode Adaptors は、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520） 81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。 4 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 4 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeqテクノロジー 遺伝性疾患の網羅的変異解析 サンプルの識別が可能な配列情報を付加 Ion AmpliSeq Inherited Disease Panel Ion AmpliSeq Sample ID Panel Ion AmpliSeq Inherited Disease Panel は、メンデル遺伝する一般的な Ion AmpliSeq 疾患パネルおよびカスタムパネルを利用してターゲット 遺伝性疾患をターゲットとする10,000カ所のプライマーペア以上、3プー 領域を増幅する際に、Ion AmpliSeq Sample ID Panel を1μL添加する ルのプライマーペアから構成されており、遺伝性疾患の原因遺伝子の ことで、サンプルに固有の配列情報（SNPジェノタイピング）を同時に 変異を網羅的に探索するのに適しています。 取得することにより、確実で間違い このパネルには、神経性疾患、心疾患、発育障害、代謝異常など、700種 のないサンプル間の比較を行うことが 類以上の独立した遺伝性疾患に関連する、328 種類の遺伝子エクソン できます。 コード領域を含みます。本製品のターゲット遺伝子は、遺伝性疾患を研究 する臨床分子遺伝学者らによって選定され、NIH Test Registry にリスト アップされた遺伝子にマッチするよう開発されており、極めて簡単な操作 で、短時間で結果を得ることができる、大変効率的なゲノム解析手法です。 • Ion AmpliSeq 各種パネルの PCR 反応時に 1μL 添加 • 30 ng の DNA からスタート • 3 チュ ーブのマルチプレックス PCR によりターゲットを増幅 • サンプル固有の SNP ジェノタイピングが可能 • 同一個体からの腫瘍組織間の比較や正常 / 腫瘍組織の比較を取り違 • 3 チューブのライブラリをミックスして 1 ランでシーケンス いなく実施 • Ion 316 / 318 チップ対応 製品概要 ターゲット遺伝子数 328遺伝子 アンプリコン長 125∼225 bp（平均197 bp） プール数 3本 製品名 サイズ 製品番号 Ion AmpliSeq Sample ID Panel 96 反応 4479790 価格 ¥16,100 初期DNA量 30ng（10 ng x 3本） ワークフロー時間 12時間 STR に匹敵する高精度の個人識別を カバレッジ均一性* >85% HID-Ion AmpliSeq Identity Panel オンターゲット率** >95% HID-Ion AmpliSeq Identity Panel と HID-Ion AmpliSeq Ancestry Panel 平均カバレッジ数 NA は、次世代シーケンサによる初の個人識別用パネルです。現在法医学分野 で用いられているSTR解析と同等の精度で個人識別が可能です。 *平均カバレッジの20%以上のカバレッジで解読されているターゲット領域の割合 **1ランのシーケンスデータの内、ターゲット領域にマッピングされた配列 • 論文報告されている複数のマーカーにより個人識別が可能 ターゲット遺伝子リスト • 劣化 DNA サンプルにも対応 神経筋疾患 245疾患、87遺伝子 心疾患 159疾患、62遺伝子 発育障害 193疾患、75遺伝子 代謝異常 46疾患、28遺伝子 その他 （遺伝性がんや視覚障害など） 210疾患、73遺伝子 • 必要な gDNA は 1 ng • 専用のソフトウェアにより、シーケンスデータから個人識別に関す る情報を迅速に得ることが可能 製品名 製品名 Ion AmpliSeq Inherited Disease Panel Ion AmpliSeq Library Kit 2.0* Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 Kit** サイズ 製品番号 価格 3 プール× 8 反応 8 反応 16BC × 10 ライブラリ 4477686 ¥77,100 4475345 4471250 ¥102,800 ¥205,500 HID-Ion AmpliSeq Identity Panel HID-Ion AmpliSeq Ancestry Panel サイズ 1 プール× 96 反応 1 プール× 96 反応 A25643 製品番号 価格 ¥100,000 A25642 ¥120,000 * Ion AmpliSeq Library Kit 2.0は、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号 4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。 **Ion Xpress Barcode Adaptorsは、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号 4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520）81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページ をご覧ください。 5 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 5 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel ターゲット遺伝子リスト ABL1 ABL2 ACVR2A ADAMTS20 AFF1 AFF3 AKAP9 AKT1 AKT2 AKT3 ALK APC AR ARID1A ARID2 ARNT ASXL1 ATF1 ATM ATR ATRX AURKA AURKB AURKC AXL BAI3 BAP1 BCL10 BCL11A BCL11B BCL2 BCL2L1 BCL2L2 BCL3 BCL6 BCL9 BCR BIRC2 BIRC3 BIRC5 BLM BLNK BMPR1A BRAF BRD3 BRIP1 BTK BUB1B CARD11 CASC5 CBL CCND1 CCND2 CCNE1 CD79A CD79B CDC73 CDH1 CDH11 CDH2 CDH20 CDH5 CDK12 CDK4 CDK6 CDK8 CDKN2A CDKN2B CDKN2C CEBPA CHEK1 CHEK2 CIC CKS1B CMPK1 COL1A1 CRBN CREB1 CREBBP CRKL CRTC1 CSF1R CSMD3 CTNNA1 CTNNB1 CYLD CYP2C19 CYP2D6 DAXX DCC DDB2 DDIT3 DDR2 DEK DICER1 DNMT3A DPYD DST EGFR EML4 EP300 EP400 EPHA3 EPHA7 EPHB1 EPHB4 EPHB6 ERBB2 ERBB3 ERBB4 ERCC1 ERCC2 ERCC3 ERCC4 ERCC5 ERG ESR1 ETS1 ETV1 ETV4 EXT1 EXT2 EZH2 FAM123B FANCA FANCC FANCD2 FANCF FANCG FAS FBXW7 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGFR4 FH FLCN FLI1 FLT1 FLT3 FLT4 FN1 FOXL2 FOXO1 FOXO3 FOXP1 FOXP4 FZR1 G6PD GATA1 GATA2 GATA3 GDNF GNA11 GNAQ GNAS GPR124 GRM8 GUCY1A2 HCAR1 HIF1A HLF HNF1A HOOK3 HRAS HSP90AA1 HSP90AB1 ICK IDH1 IDH2 IGF1R IGF2 IGF2R IKBKB IKBKE IKZF1 IL2 IL21R IL6ST IL7R ING4 IRF4 IRS2 ITGA10 ITGA9 ITGB2 ITGB3 JAK1 JAK2 JAK3 JUN KAT6A KAT6B KDM5C KDM6A KDR KEAP1 KIT KLF6 KRAS LAMP1 LCK LIFR LPHN3 POT1 LPP LRP1B LTF LTK MAF MAFB MAGEA1 MAGI1 MALT1 MAML2 MAP2K1 MAP2K2 MAP2K4 MAP3K7 MAPK1 MAPK8 MARK1 MARK4 MBD1 MCL1 MDM2 MDM4 MEN1 MET MITF MLH1 MLL MLL2 MLL3 MLLT10 MMP2 MN1 MPL MRE11A MSH2 MSH6 MTOR MTR MTRR MUC1 MUTYH MYB MYC MYCL1 MYCN MYD88 MYH11 MYH9 NBN NCOA1 NCOA2 NCOA4 NF1 NF2 NFE2L2 NFKB1 NFKB2 NIN NKX2-1 NLRP1 NOTCH1 NOTCH2 NOTCH4 NPM1 NRAS NSD1 NTRK1 NTRK3 NUMA1 NUP214 NUP98 PAK3 PALB2 PARP1 PAX3 PAX5 PAX7 PAX8 PBRM1 PBX1 PDE4DIP PDGFB PDGFRA PDGFRB PER1 PGAP3 PHOX2B PIK3C2B PIK3CA PIK3CB PIK3CD PIK3CG PIK3R1 PIK3R2 PIM1 PKHD1 PLAG1 PLCG1 PLEKHG5 PML PMS1 PMS2 POU5F1 PPARG PPP2R1A PRDM1 PRKAR1A PRKDC PSIP1 PTCH1 PTEN PTGS2 PTPN11 PTPRD PTPRT RAD50 RAF1 RALGDS RARA RB1 RECQL4 REL RET RHOH RNASEL RNF2 RNF213 ROS1 RPS6KA2 RRM1 RUNX1 RUNX1T1 SAMD9 SBDS SDHA SDHB SDHC SDHD SEPT9 SETD2 SF3B1 SGK1 SH2D1A SMAD2 SMAD4 SMARCA4 SMARCB1 SMO SMUG1 SOCS1 SOX11 SOX2 SRC SSX1 STK11 STK36 SUFU SYK SYNE1 TAF1 TAF1L TAL1 TBX22 TCF12 TCF3 TCF7L1 TCF7L2 TCL1A TET1 TET2 TFE3 TGFBR2 TGM7 THBS1 TIMP3 TLR4 TLX1 TNFAIP3 TNFRSF14 TNK2 TOP1 TP53 TPR TRIM24 TRIM33 TRIP11 TRRAP TSC1 TSC2 TSHR UBR5 UGT1A1 USP9X VHL WAS WHSC1 WRN WT1 XPA XPC XPO1 XRCC2 ZNF384 ZNF521 ■：Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 ターゲット遺伝子 6 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 6 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Ion AmpliSeq Inherited Disease Panel ターゲット遺伝子リスト Symbol ABCA4 Disease Retinitis Pigmentosa Symbol BMPR1A Disease Juvenile Polyposis Syndrome ABCC9 Dilated Cardiomyopathy 1O BTD Biotinidase Deficiency ABCD1 ACADVL ACTA2 ACTC1 ACTN2 ADA AIPL1 AIRE AKAP9 AKR1B1 ALPL AMT ANK2 APC APP APTX ARL6 ARSA ASL ASPA ATL1 ATM ATP2A2 ATP7A ATP7B ATXN1 ATXN2 ATXN7 BAG3 BCKDHA BCKDHB X-Linked Adrenoleukodystrophy Very Long Chain Acyl-Coenzyme A Dehydrogenase Deficiency Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Dilated Cardiomyopathy 1AA Severe Combined Immunodeficiency Leber Congenital Amaurosis Autoimmune Polyendocrine Syndrome Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Androgen Insensitivity Syndrome Hypophosphatasia Glycine Encephalopathy Long/Short QT Syndrome, Autosomal Dominant APC-Associated Polyposis Conditions Early-Onset Familial Alzheimer Disease Ataxia with Oculomotor Apraxia Type 2 Retinitis Pigmentosa Arylsulfatase A Deficiency Argininosuccinate Lyase Deficiency Canavan Spastic Paraplegia-3A Ataxia-Telangiectasia Darier Disease Menkes/ATP7A-Related Copper Transport Disease Wilson Disease Spinocerebellar Ataxia 1 Spinocerebellar Ataxia 2 Spinocerebellar Ataxia 7 Dilated Cardiomyopathy 1HH Maple Syrup Urine Disease Maple Syrup Urine Disease BTK CA4 CACNA1C CACNB2 CALR3 CAPN3 CASQ2 CAV3 CCDC39 CCDC40 CDH23 CEP290 CERKL CFTR CHAT CHD7 CHEK2 CHM CHRNA1 CHRNB1 CHRND CHRNE CLCN1 CNGB1 COL11A1 COL11A2 COL1A1 COL1A2 COL2A1 COL3A1 COL4A1 Agammaglobulinemia, X-Linked, Type 1 Retinitis Pigmentosa Brugada Syndrome Brugada Syndrome Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Limb-Girdle Muscular Dystrophy Type 2A - Calpainopathy Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT) Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Usher Syndrome Type 1 Leber Congenital Amaurosis Retinitis Pigmentosa Cystic Fibrosis Congenital Myasthenic Syndromes Charge Syndrome Li-Fraumeni Syndrome Choroideremia Congenital Myasthenic Syndromes Congenital Myasthenic Syndromes Congenital Myasthenic Syndromes Congenital Myasthenic Syndromes Myotonia Congenita Retinitis Pigmentosa Stickler Syndrome, AD Inherited Deafness Osteogenesis Imperfecta Osteogenesis Imperfecta Stickler Syndrome, AD Ehlers-Danlos Syndrome Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections BEST1 Retinitis Pigmentosa COL4A5 Alport Syndrome COL5A1 COL5A2 COL7A1 COL9A1 CRB1 CRX CTDP1 CTNS CYP27A1 DBT DCX DES DHCR7 DKC1 DLD DMD DNAH5 DNAH9 DNAH11 DNAI1 DNAI2 DNM2 DOK7 Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type Ehlers-Danlos Syndrome, Classic Type Epidermolysis Bullosa Simplex Stickler Syndrome Leber Congenital Amaurosis Retinitis Pigmentosa Congenital Cataracts, Facial Dysmorphism, and Neuropathy Cystinosis Cerebrotendinous Xanthomatosis Maple Syrup Urine Disease Double Cortex Syndrome Dilated Cardiomyopathy Smith-Lemli-Opitz Syndrome Dyskeratosis Congenita Maple Syrup Urine Disease Duchenne/Becker Muscular Dystrophy Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Charcot-Marie-Tooth Disease Type 2B Congenital Myasthenic Syndromes FOXL2 FRG1 FRMD7 FSCN2 FXN GAA GALT GATA4 GBA GBE1 GCSH GDF5 GJB2 GJB3 GJB6 GLA GLDC GNE GNPTAB GPC3 GPD1L GPR143 GUCY2D Blepharophimosis-Ptosis-Epicanthus Inversus Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy FRMD7-Related Infantile Nystagmus Retinitis Pigmentosa Friedreich Ataxia Pompe Disease -GSD II Galactosemia Atrial Septal Defect Gaucher Disease Glycogen Storage Disease Type VI Glycine Encephalopathy Brachydactyly Inherited Deafness, Top Genes Inherited Deafness, Top Genes Inherited Deafness, Top Genes Fabry Disease Glycine Encephalopathy Inclusion Body Myopathy 2 Mucolipidosis II Wilms Tumor, Classical Brugada Syndrome Ocular Albinism, X-Linked Leber Congenital Amaurosis 7 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 7 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Symbol DSC2 DSG2 DSP DYSF ELN EMD Disease Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Dysferlinopathy Supravalvular Aortic Stenosis Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy, X-Linked Symbol HBA2 HBB HCN4 HEXA HFE HIBCH Disease Alpha-Thalassemia - Southeast Asia Sickle Cell Disease Beta-Thalassemia Brugada Syndrome Hexosaminidase A Deficiency HFE-Associated Hereditary Hemochromatosis Beta-Hydroxyisobutyryl CoA Deacylase Deficiency (HIBCH ENG EXT1 EYA1 EYS F8 F9 FANCA FANCC FANCF FANCG FBN1 FBXO7 FGFR1 FGFR3 FMO3 Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Exostoses, Multiple, Type 1 Branchiootorenal Spectrum Disorders Retinitis Pigmentosa Hemophilia A Hemophilia B Fanconi Anemia Fanconi Anemia Fanconi Anemia Fanconi Anemia Marfan Syndrome Parkinson Disease FGFR-Related Craniosynostosis Syndromes Hypochondroplasia Trimethylaminuria HMBS HR IDS IDUA IKBKAP IL2RG IMPDH1 ITGB4 JAG1 JUP KCNE1 KCNE2 KCNE3 KCNH2 KCNJ2 Deficiency) Hydroxymethylbilane Synthase (HMBS) Deficiency Alopecia Universalis Congenita (ALUNC) Hunter Syndrome (MPSII) Hurler Syndrome (MPSI) Familial Dysautonomia (HSAN III) X-Linked SCIDS Leber Congenital Amaurosis Epidermolysis Bullosa Simplex Alagille Syndrome Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Brugada Syndrome Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Short QT Syndrome KCNQ1 KCNQ4 KIAA0196 KLHL7 KRAS KRT5 KRT14 L1CAM LAMB3 LAMP2 LDB3 LMNA LRAT LRRK2 MAPRE2 MAPT MC1R MECP2 MED12 MEN1 MERTK MFN2 MLH1 MMAA MMAB MMACHC MPZ MSH2 MTM1 MUT MYBPC3 MYH11 MYH6 MYH7 MYL2 Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Inherited Deafness Spastic Paraplegia 8 Retinitis Pigmentosa Noonan Syndrome Epidermolysis Bullosa Simplex Epidermolysis Bullosa Simplex Spastic Paraplegia Type 1 - L1 Syndrome Epidermolysis Bullosa Simplex Dilated Cardiomyopathy Dilated Cardiomyopathy Limb-Girdle Muscular Dystrophy, Type 1B Retinitis Pigmentosa Parkinson Disease Retinitis Pigmentosa Parkinson-Dementia Syndrome Oculocutaneous Albinism Type 2 MECP2-Rett Syndrome Fryns Syndrome Multiple Endocrine Neoplasia Type 1 Retinitis Pigmentosa Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 2A Turcot Syndrome Methylmalonic Acidemia Methylmalonic Acidemia Methylmalonic Acidemia Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1B Turcot Syndrome X-Linked Myotubular Myopathy Methylmalonic Acidemia Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Familial Hypertrophic Cardiomyopathy NPC2 NR2E3 NRAS NSD1 NUDT19 OCA2 OCRL OTC PABPN1 PAFAH1B1 PAH PAX3 PAX6 PCDH15 PEX1 PEX3 PEX5 PEX10 PEX13 PEX14 PEX19 PEX26 PINK1 PKD1 PKD2 PKHD1 PKP2 PLEC PLN PLOD1 PMM2 PMP22 POLG PPT1 PRCD Niemann-Pick Disease Type C2 Retinitis Pigmentosa Noonan Syndrome Sotos Syndrome Retinitis Pigmentosa Oculocutaneous Albinism Type 2 Lowe Syndrome Ornithine Transcarbamylase Deficiency Oculopharyngeal Muscular Dystrophy Lissencephaly 1 Phenylketonuria (PKU) Waardenburg Syndrome, Type 1 Aniridia Usher Syndrome Type 1 Zellweger Syndrome Peroxisome Biogenesis, Zellweger Neonatal Adrenoleucodystrophy Peroxisome Biogenesis, Zellweger Peroxisome Biogenesis, Zellweger Peroxisome Biogenesis, Zellweger Peroxisome Biogenesis, Zellweger Peroxisome Biogenesis, Zellweger Parkinson Disease Polycystic Kidney Disease, Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive Polycystic Kidney Disease, Autosomal Recessive Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Epidermolysis Bullosa Simplex Dilated Cardiomyopathy 1P Ehlers-Danlos Syndrome, Kyphoscoliotic Form Congenital Disorder of Glycosylation Type 1a Charcot-Marie-Tooth Neuropathy Type 1A Alpers Syndrome Ceroid Lipofuscinoses (Batten Disease) Retinitis Pigmentosa 8 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 8 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Symbol MYL3 MYLK MYO7A MYOZ2 NF1 NF2 NIPBL NKX2-5 NPC1 Disease Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Usher Syndrome Type 1 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Neurofibromatosis Type 1 Neurofibromatosis Type 2 Cornelia de Lange Syndrome Tetralogy of Fallot Niemann-Pick Disease Type C1 Symbol PRKAG2 PROM1 PRPF8 PRPF31 PRPH2 PSEN1 PSEN2 PTCH1 PTPN11 Disease Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Retinitis Pigmentosa Retinitis Pigmentosa Retinitis Pigmentosa Retinitis Pigmentosa Early-Onset Familial Alzheimer Disease Early-Onset Familial Alzheimer Disease Holoprosencephaly-7 & Basal Cell Nevus Syndrome Noonan Syndrome RAF1 RAG1 RAG2 RAI1 RAPSN RB1 RDH12 RET RHO ROR2 RP9 RPE65 RPGR RPGRIP1 RPL11 RPL35A RPS6KA3 RPS7 RPS10 RPS19 RPS24 RPS26 RS1 RSPH4A RSPH9 RYR1 RYR2 SALL4 SCN1B SCN3B SCN4B SCN5A SCN9A SEMA4A SERPINA1 SERPING1 SGCD SH3BP2 SIX1 SIX5 SLC25A4 SLC25A13 Noonan Syndrome Severe Combined Immunodeficiency Severe Combined Immunodeficiency Smith-Magenis Syndrome Congenital Myasthenic Syndromes Retinoblastoma Leber Congenital Amaurosis Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 Retinitis Pigmentosa Brachydactyly, Type B1 Retinitis Pigmentosa Leber Congenital Amaurosis Retinitis Pigmentosa Leber Congenital Amaurosis Diamond-Blackfan Anemia Diamond-Blackfan Anemia Coffin-Lowry Syndrome Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Diamond-Blackfan Anemia Diamond-Blackfan Anemia Diamond-Blackfan Anemia Diamond-Blackfan Anemia X-Linked Juvenile Retinoschisis Primary Ciliary Dyskinesia Primary Ciliary Dyskinesia Malignant Hyperthermia Susceptibility Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Duane Syndrome - Autosomal Dominant Brugada Syndrome Brugada Syndrome Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Brugada Syndrome SCN9A-Related Inherited Erythromelalgia Retinitis Pigmentosa Alpha-1-Antitrypsin Deficiency Angioedema, Hereditary, Types I and II Dilated Cardiomyopathy Cherubism Branchiootorenal Spectrum Disorders Branchiootorenal Spectrum Disorders Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Citrin Deficiency SLC26A4 SMAD3 SMAD4 SNCA SNRNP200 SNTA1 SOD1 SOS1 SOX9 SPATA7 SPG7 STARD3 TAF1 TAZ TBX5 TCOF1 TGFBR1 TGFBR2 TMEM43 TNNC1 TNNI3 TNNT1 TNNT2 TNXB TOPORS TP53 TPM1 TSC1 TSC2 TTPA TTR TULP1 TWIST1 TXNDC3 TYR USH1C USH2A VCL VHL WAS WRN WT1 Pendred Syndrome/Syndromic Deafness Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections Juvenile Polyposis Syndrome Parkinson Disease Retinitis Pigmentosa Long QT Syndrome, Autosomal Dominant Amyotrophic Lateral Sclerosis (Lou Gehrig’s Disease) Noonan Syndrome Campomelic Dysplasia Retinitis Pigmentosa Spastic Paraplegia 7 Cardiomyopathy (Dilated) X-Linked Dystonia-Parkinsonism Cardiomyopathy (Dilated) Holt-Oram Syndrome Treacher Collins Syndrome Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections Thoracic Aortic Aneurysms and Aortic Dissections Arrhythmogenic Right Ventricular Dysplasia/Cardiomyopathy Dilated Cardiomyopathy Dilated Cardiomyopathy Nemaline Myopathy Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Ehlers-Danlos Syndrome, Hypermobility Type Retinitis Pigmentosa Li-Fraumeni Syndrome Familial Hypertrophic Cardiomyopathy Tuberous Sclerosis Complex Tuberous Sclerosis Complex Ataxia with Vitamin E Deficiency Familial Transthyretin Amyloidosis Retinitis Pigmentosa Saethre-Chotzen Syndrome Primary Ciliary Dyskinesia Oculocutaneous Albinism Type 1 Usher Syndrome Type 1 Usher Syndrome Type 2 Familial Hypertrophic Cardiomyopathy von Hippel-Lindau Syndrome Wiskott-Aldrich Syndrome Werner Syndrome Wilms Tumor, Classical 9 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 9 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Ion AmpliSeq カスタムパネル 目的に合わせターゲット領域や遺伝子名から 自在にカスタムプライマープールを作製 Ion AmpliSeq Custom Panel Ion AmpliSeq Custom Panel は、Ion AmpliSeq カタログパネル （Cancer Hotsopt Panel v2 、Comprehensive Cancer Panel 、 デザイン1 デザイン2 デザイン3 デザイン4 デザイン5 デザイン6 34ホットスポット 8 kb 68 kb 116 kb 171 kb 249 kb 33アンプリコン 77アンプリコン 665アンプリコン 964アンプリコン 1,819アンプリコン 2,310アンプリコン Inherited Disease Panel ）の一部遺伝子を変更したい、もしくは新規 100% カスタムパネルを作製したい場合、カスタムプライマーデザイン設計の 98.7% 95.2% 96.7% 96.6% 93.7% DNA5_Panel3 DNA6_Panel4 ための専用サイト Ion AmpliSeq Designer を利用することで自由に カスタムパネルを設計することができます。ターゲット領域の設定や サイズ、選択する遺伝子等に応じて、設計されるアンプリコンの数が 異なり、24∼96アンプリコンのスモールパネルと97∼6,144アンプリコン までのラージパネルのいずれかで設計されます。ターゲットの塩基配列 等に応じて、プライマープールの数は異なります。 • 最大 6,144 アンプリコン、10kb 程度までの領域にプライマーを 自由に設計 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% DNA1_Panel1 • Ion AmpliSeq カタログパネルやコミュニティパネルのカスタマイズ DNA2_Panel1 10x coverage DNA3_Panel1 20x coverage DNA4_Panel2 30x coverage 50x coverage にも対応 • 3-4 週間程度でお届け カスタムパネルの デザイン 製品概要 スモールパネル アンプリコン数（ターゲットサイズによる） ラージパネル 24∼96アンプリコン 97∼6,144アンプリコン 2.5 時間 遺伝子情報をオンラインで入力。 所要時間数分。 1∼3本 プール数 （デザインによる） プライマープール（チューブ） プライマーペレット（384wellプレート） 製品名 Ion AmpliSeq Custom Panel Ion AmpliSeq Library Kit 2.0* Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 Kit** 3.5 時間 テンプレート 調製 シーケンシング 7 2~4 0.5 時間 時間 データ解析 時間 100 or 200bpのいずれか選択 アンプリコン長 サイズ ライブラリ 作製 750反応 3,000反応 1,500反応 6,000反応 サイズ スモール： 750 反応 ラージ： 3,000 反応 製品番号 お問い合わせ 8 反応 16BC × 4475345 4471250 Ion AmpliSeq Designer Ion AmpliSeq Custom Panels Ion AmpliSeq Library Kit Ion OneTouch システム Ion PGM シーケンサ Torrent サーバー 価格 お問い合わせ （1 アンプリコン あたり￥750） ¥102,800 ¥205,500 10 ライブラリ * Ion AmpliSeq Library Kit 2.0には、96反応（製品番号4480441）、384反応（製品番号 4480442）もご用意しています。詳しくは12ページをご覧ください。 **Ion Xpress Barcode Adaptorsは、17-32 Kit（製品番号4474009）、33-48 Kit（製品番号 4474518）、49-64 Kit（製品番号4474519）、65-80 Kit（製品番号4474520）81-96 Kit （製品番号4474521）、1-96 Kit（製品番号4474517）もご用意しています。詳しくは12ページ をご覧ください。 10 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 10 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeqテクノロジー Ion AmpliSeq Ion AmpliSeq コミュニティパネル エクソームパネル 臨床研究のニーズに合わせた用途別パネル わずか6時間でエクソームシーケンスのためのライブラリが完成 Ion AmpliSeq Community Panel Ion AmpliSeq Exome Kit 研究ニーズの高い領域のカスタムパネルから、研究者間で検証済の Ion AmpliSeq Exome Kit は、マルチプレックス PCR により、簡単で効率 デザインを公開。再現性の高いシーケンスを実施することができます。 的なエクソームエンリッチメントを可能にしました。60分以内のハンズオン Ion AmpliSeq Community Panel のラインナップは、今後さらに追加 タイムで、6 時間以内に。Ion Proton™シーケンサにより、2サンプルを 1 ランで解 読し、2 日以 内に必 要なエクソーム解 析を実 行することが されていきます。 できます。 • 最先端の研究者の検証済パネルがすぐに利用可能 • 最適化された解析パイプラインを提供 • Ion Proton シーケンサに対応 • カスタマイズしてオリジナルパネルにも変更可能 • 12 プールのマルチプレックス PCR によりエクソーム濃縮 • 1 プール当たり DNA 量 10ng ∼からスタート • 60 分以内のハンズオンタイム • 6 時間でライブラリが完成 製品名 サイズ 1 プール× 750 反応 製品番号 お問い合わせ 価格 ¥69,000 Ion AmpliSeq TP53 Panel 2 プール× 750 反応 お問い合わせ ¥36,000 Ion AmpliSeq CFTR Panel 2 プール× 3,000 反応 お問い合わせ ¥76,500 Ion AmpliSeq Hearing Loss Research Panel v1 2 プール× 8 反応 UP1001 ¥30,000 2 プール× 3,000 反応 お問い合わせ ¥1,548,000 3 プール× 3000 反応 お問い合わせ ¥125,250 4 プール× 750 反応 お問い合わせ ¥198,000 2 プール× 3,000 反応 お問い合わせ ¥160,500 2 プール× 3,000 反応 お問い合わせ ¥201,000 Ion AmpliSeq Colon and Lung Cancer Research Panel v2 Ion AmpliSeq BRCA1 and BRCA2 Panel Ion AmpliSeq AML Research Panel Ion AmpliSeq Dementia Research Gene Panel Ion AmpliSeq Noonan Research Panel • DNA 量 50 ∼ 100ng からスタート エクソームエンリッチメント時間 I社 Rapid Exome Capture Kit* A社 Exome Kit** Ion AmpliSeq Exome Kit HOURS: 0 5 10 Hands-on time 15 20 25 30 35 40 Hands-off time *I社 Rapid Capture Exome Data Sheet参照 **A社 Exome Data Sheet およびプロトコール参照 製品概要 ターゲット領域 CCDS領域の97％以上 プライマープール数 ~294,000プライマーペア/ 12プライマープール 初期DNA量 1サンプルあたり50∼100 ng エクソームエンリッチメントと ライブラリ作製 6 時間以内の全行程と60 分以内の ハンズオンタイムで 1 ∼ 8 サンプル の処理が可能 結果を得るまでの時間 2日 （DNAサンプルから解析完了まで） マルチプレックス対応 Ion PI チップにより1ラン1∼2サン プルのマルチプレックスに対応 製品名 Ion AmpliSeq Exome RDY Kit 4 × 2 PI v3 * サイズ 製品番号 4 × 2 エクソーム / A27193 プレート＋4 チップ 価格 ¥545,700 Ion AmpliSeq Exome RDY Kit 1 × 8 PI v3 * 1 × 8 エクソーム / プレート＋4 チップ ¥524,300 A27192 * Ion AmpliSeq Library Kit およびIon PI Chip Kit v3（4pack）を含みます。 11 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 11 15/06/19 16:38 Ion AmpliSeq テクノロジー Ion AmpliSeq Ion Xpress Barcode ライブラリキット アダプターキット Ion AmpliSeq各種パネルのためのライブラリ作製キット 最大96サンプルまでの同時ランに対応 Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 Ion Xpress Barcode Adaptor Kit Ion AmpliSeq Library Kit 2.0には、Ion AmpliSeq各種パネルを利用して Ion XpressTM Barcode Adaptor Kit は、Ion Torrentシーケンサのための ターゲット領域を増幅するための酵素およびその後のアダプターをライ DNAライブラリのアダプターに、シーケンスすることで識別可能な17塩基 ゲーションするための必要な試薬が含まれています。AmpliSeqテクノロ の配列を挿入。96種類の配列パターンを提供し、1ラン最大96サンプルの マルチプレックスを可能にします。1ランで多くのサンプルを同時にシーケ ジーによるライブラリ作製を簡単に行うことができます。 ンスすることで、サンプルあたりのランコストを抑えることができます。 • Ion AmpliSeq各種パネルの 1 プールあたり 1 反応を使用 • 1 ラン最大 96 サンプルまでのマルチプレックスに対応 • Ion AmpliSeq 各種パネルのライブラリ作製に対応 • 96LV および 384LV は、96 ウェルプレートフォーマットにより、 多サンプル処理のためのオートメーションにも対応 製品名 Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 – 96LV Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 – 384LV サイズ 8 反応 96 反応 384 反応 製品名 製品番号 4475345 4480441 4480442 価格 ¥102,800 Ion Xpress Barcode Adapters 1-96 Kit Ion Library Equalizer キット 4474517 製品番号 価格 ¥924,500 Ion Xpress Barcode Adapters 1-16 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4471250 ¥205,500 Ion Xpress Barcode Adapters 17-32 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4474009 ¥205,500 Ion Xpress Barcode Adapters 33-48 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4474518 ¥205,500 Ion Xpress Barcode Adapters 49-64 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4474519 ¥205,500 Ion Xpress Barcode Adapters 65-80 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4474520 ¥205,500 Ion Xpress Barcode Adapters 81-96 Kit 16BC × 10 ライブラリ 4474521 ¥205,500 ¥975,900 ¥2,465,300 サイズ 96BC × 10 ライブラリ 手間の掛かるライブラリ定量を3ステップに簡略化 Ion Library Equalizer Kit Ion Library EqualizerTM Kit は、ライブラリを専用のプライマーで増幅後、 磁気ビーズで吸着、精製することで、一定濃度のライブラリを簡単な 3ステップの工程で調製できるキットです。リアルタイム PCR や電気泳動 等によるライブラリ定量の工程を省力化することができます。 • 磁気ビーズによる一定量のライブラリ吸着、溶出により、ライブラリ 定量を大幅に簡略化 •Ion Torrent 各 種 DNA ラ イ ブ ラ リ（Ion AmpliSeq Library Kit 2.0、 Ion Plus Fragment Library Kit 、 Ion Xpress Plus Fragment Library Kit）に対応 製品名 Ion Library Equalizer Kit サイズ 96 反応 製品番号 4482298 価格 ￥64,200 12 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 12 15/06/19 16:38 カスタムプライマー設計 Ion AmpliSeq デザイナー利用方法 Ion AmpliSeq Custom Panel のための専用デザインサイト Ion AmpliSeq Designer Ion AmpliSeq Designer を用いて、カスタムプローブを自由に設計する ことができます。デザインは保存することができ、合成が必要なものだけ、 必要な時にオーダーすることができます。ご利用の際には、オンライン オーダーの ID とパスワードが必要になります。 利用方法 ①Ion AmpliSeq Designer （www.ampliseq.com）にアクセス 「Sign In」 をクリック ③新規デザインの作成 「Start a new design」 をクリック ⑥デザイン提出 「Submit targets」 をクリック ②ID・パスワードを入力 「Sign In」 をクリック ④プロジェクト名を入力 「Save」 をクリック ⑤デザインの入力 デザイン方法 （およびデザインタイプ） を 選択し、遺伝子を入力 ⑦見積価格の確認 「Request quote」 をクリック 13 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 13 15/06/19 16:38 カスタムプライマー設計 Ion AmpliSeq カスタム / コミュニティパネル オンラインオーダー方法 Ion AmpliSeq カスタムパネルなどの製品については、オンラインオーダーシステムを採用しています。 このシステムのご利用には、事前登録が必要となります。 一度ご登録いただければ、次回以降ユーザーIDとパスワードだけで簡単にご注文いただけます。 オンラインオーダー製品 • Ion AmpliSeq カスタムパネル • Ion AmpliSeq コミュニティパネル ご登録方法 新規ユーザーアカウントのご登録に関する詳細は、以下のウェブサイトをご参照ください。 www.ampliseq.comからページ中央「Sign In」をクリック ご登録からご注文までの流れ AmpliSeq Designer にアクセス 「Register new account」をクリック オンラインオーダー新規登録フォームに必要事項を入力 オンラインオーダー ID とパスワードでログイン デザイン、オンラインオーダーが可能に ご登録に関してご不明な点がありましたら弊社ヘルプデスクまでお問い合わせください。 メール：[email protected] 電 話：03-6832-6980（音声ガイダンスで１、次に２を選んでください。） 14 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 14 15/06/19 16:38 データ解析 Ion Reporter ソフトウェア利用方法 Ion Torrentシステムのデータ解析をサポートするクラウドアプリケーション Ion Reporter Software Ion Reporter™ Software は、1 ∼ 3サンプルまでの比較変異解析や豊富 なアノテーション、CNV解析、16Sメタゲノム解析まで対応したIon Torrent のデータ解析のためのクラウドアプリケーションです。コマンドラインによる 操作不要で、グラフィカルな操作画面で必要なデータ解析を実行できます。 利用方法 ① Ion Reporter Software （https://ionreporter.iontorrent.com）にアクセスし、 ID・パスワードを入力。 「Sign In」 をクリック ③ ワークフローを選択して 「Next」 をクリック ⑥ ファイル名を指定して 「Launch Analysis」 をクリック ② 設定を開始 「Launch analysis」 をクリック ④ サンプルを選択して 「Next」 をクリック ⑦ 解析完了済ファイルを選択 ⑤ プラグインを選択して 「Next」 をクリック ⑧ 解析結果の確認 15 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 15 15/06/19 16:38 TaqMan アッセイ 検出原理 TaqManTM アッセイを用いたSNP解析では、異なる蛍光色素で標識された プローブが分解されることで検出され、検出される蛍光の種類により アレル特異的な2種類の TaqManプローブとその領域を増幅するように アレルを識別することができます。VIC dye 、または FAM dye のみが デザインされたプライマーを作成します。 検出されればそれぞれのホモ接合型、両方が検出されればヘテロ接合型 TaqMan プローブの5'末端はレポーターの蛍光色素（VICTM dye や FAMTM ということになります。 dye）で標識され、3'末端にはクエンチャー（Q）が結合しています。 Applied BiosystemsTM TaqMan SNP Genotyping Assays の増幅領域 レポーターの蛍光色素はクエンチャーが近接する状態では検出されませ は、通常100塩基程度であるため、断片化した DNA に対する適用性が んが、PCR において DNAポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性により 高いという特徴があります。 TaqMan アッセイを用いた SNP解析の原理 タイピング例 Allele1用の TaqManプローブが機能した場合 VIC の蛍光、Allele2用の TaqMan プローブが機能した場合 FAM の蛍光が検出されま す。横軸にVIC の蛍光強度、縦軸にFAM の蛍光強度の相対値をとると、それぞれAllele1のホモ郡、Allele2のホモ群、Allele1、2のヘ テロ群というように空間的に分かれてプロットされます。 16 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 16 15/06/19 16:38 TaqMan アッセイ SNP ジェノタイピングアッセイ TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays Custom TaqMan SNP Genotyping Assays Applied Biosystems TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays Applied Biosystems Custom TaqMan SNP Genotyping Assays は、 は、SNPタイピング用のプローブとプライマーのセットです。高い再現性 いかなる生物種の SNP にも対応可能なカスタムメイドの SNPタイピング をもち、簡便な手法によりSNP をタイピングすることができます。450万 試薬です。目的の SNP 近傍配列から最適な SNP タイピング試薬を 種類を超えるヒトのアッセイと約 1万種類のマウスのアッセイの中から、 デザイン・合成いたします。SNP の他にも、挿入欠失（ 6 塩基まで）や 遺伝子名や SNP ID 等より簡単に目的のアッセイを検索することが 複数塩基の置換（MNP）にも対応可能です。ヒト SNP の場合にはゲノム できます。 サンプルを用いた機能テストを行います。 Human ヒト SNPジェノタイピングアッセイラインナップ 製品名 アミノ酸置換に関わる機能 cSNP：約 7 万種類 頻度解析がなされているマーカー SNP：約 16 万種類 国際ハップマッププロジェクト解析済み SNP：約 350 万種類 薬物代謝およびトランスポーター遺伝子の機能 SNP：約 2600 種類 TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Small scale TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Medium scale TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays, （Human, non-Inventried） Large scale サイズ* 製品番号 300 反応 4351379 1,500 反応 価格 ¥59,600 1,000 反応 4351376 ¥107,900 5,000 反応 2,400 反応 4351374 ¥208,900 12,000 反応 1,000 反応 4332072 5,000 反応 ¥124,900 2,400 反応 4332073 12,000 反応 ¥249,700 Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, S-scale, non-Human Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, M-scale, non-Human Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, L-scale, non-Human サイズ* 製品番号 300 反応 4332077 1,500 反応 価格 ¥65,900 1,000 反応 4332075 5,000 反応 ¥124,900 2,400 反応 4332076 12,000 反応 ¥249,700 * 上段 25μL、下段 5μL 反応系として計算 TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assays Applied Biosystems TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assays non-Human TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Small scale TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Medium scale TaqMan Pre-Designed SNP Genotyping Assays （Non-Human non-Inventoried） Large scale 価格 ¥65,900 non-Human 製品名 * 上段 25μL、下段 5μL 反応系として計算 製品名 サイズ* 製品番号 300 反応 4331349 1,500 反応 * 上段 25μL、下段 5μL 反応系として計算 Human 製品名 Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, S-scale, Human Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, M-scale, Human Custom TaqMan SNP Genotyping Assays, L-scale, Human サイズ* 製品番号 300 反応 4351384 1,500 反応 価格 ¥59,600 1,000 反応 4351382 5,000 反応 ¥107,900 は、薬物代謝酵素および薬物輸送タンパク質をコードする約220遺伝子 の多型を対象としたタイピング用試薬です。2,000以上のアッセイの中か ら、任意のアッセイをお選びいただけます。 製品名 TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assays サイズ* 製品番号 150 反応 4362691 750 反応 価格 ¥67,000 * 上段 25μL、下段 5μL 反応系として計算 2,400 反応 4351380 ¥208,900 12,000 反応 * 上段 25μL、下段 5μL 反応系として計算 17 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 17 15/06/19 16:38 TaqMan アッセイ 変異解析 わずかな変異も検出 TaqMan Mutation Detection Assays Applied Biosystems TaqMan Mutation Detection Assays は、Competitive Allele-Specific TaqMan PCR（ castPCR ）テクノロジーをベースに デザインされています。アレル特異性の高い MGBブロッカーオリゴに より、ターゲット外の非特異的な反応を抑制することに成功し、わずかな 変異でも検出が可能になりました。 • 高感度検出 0.1 から 1％までの変異アレルを検出可能 • 高い特異性 ワイルドタイプを抑制し、特異的に変異を検出可能 • 幅広いダイナミックレンジ 対数７ケタにおよぶ広範囲な検出が可能 • 迅速でシンプルなワークフロー シンプルで使い易く、約 3 時間で結果を入手 • 1 アッセイ毎に購入可能 必要な遺伝子・変異のみ購入可能 TaqMan Mutation Detection Assay のタイプ アッセイの タイプ 説明 アッセイ組み合わせ 模式図 Mutant Allele Assay ǩ アレル特異的プライマーが変異 型アレルを検出します。 ǩ MGBブロッカーオリゴスクレオチ ドが野生型アレルを抑えます。 見たい遺伝子の Reference Assay と、 見たい変異の数の Mutant Assay 変異があるかどうかを見たい （定性） ǩ 特定の変異型アレルを検出し ます。 （EGFR_exlqdels_mu*は19種 類の変異を検出） ASP = 対立遺伝子特異的プライマー ASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB） LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ LSP = 遺伝子特異的プライマー 変異がどれくらいあるのかを 見たい（定量） 見たい変異の Wild type Assay と EGFR exon19 の い ず れ か の deletion変異があるかどうかを EGFR の Reference Assay と、 EGFR の Exon19 Deletion Assay Mutant Assay 見たい（定性） ǩ 野生型アレルを検出します。 ǩ アレル特異的プライマーが野生 Wild type 型アレルを検出します。 Allele Assay ǩ MGBブロッカーオリゴヌクレオチ ドが変異型アレルを抑えます。 Gene Reference Assay ASP = 対立遺伝子特異的プライマー ASB = 対立遺伝子特異的ブロッカー（MGB） LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ LSP = 遺伝子特異的プライマー Mutation Detectorソフトウェア（無償） TaqMan Mutation Detection Assay で得られたデータを専用のソフト ウェアを用いて解析します。 ǩ 変異を含む遺伝子を検出します。 ǩ 遺伝子特異的なプライマーペア で遺伝子内の変異のない領域を 増幅します。 FP = フォワードプライマー RP = リバースプライマー LST = 遺伝子特異的TaqMan®プローブ ASP: アレル特異的プライマー LST: 遺伝子座特異 TaqMan® プローブ LSP: 遺伝子座特異的プライマー MGB: マイナーグルーブバインダー ASB: アレル特異的ブロッカー（MGB） FP: フォワードプライマー RP: リバースプライマー 製品名 TaqMan Mutation Detection Assays（46 遺伝子 778 アッセイから選択）** TaqMan EGFR Exon 19 Deletions Assay 1 遺伝子（EGFR）19 変異のパッケージ（1）** TaqMan Mutation Detection Reference Assays 46 遺伝子から選択 ** TaqMan Mutation Detection IPC Reagent Kit サイズ* 150μL 75 反応 150μL 75 反応 150μL 75 反応 1 kit 500 反応 製品番号 4465804 4465805 4465807 4467538 価格 ¥90,800 ¥90,800 ¥56,200 ¥31,800 *20μL の反応系として計算 ** ウェブオーダー 遺伝子数、アッセイ数は2012年11月現在の情報です。随時リストは更新されておりますので、 最新のアッセイ一覧は、www.thermofisher.com/taqman のTaqMan Mutation Detection Assays 製品ページをご覧ください。 18 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 18 15/06/19 16:38 TaqMan アッセイ コピー数多型解析 TaqMan Copy Number Assays TaqMan Copy Number Reference Assays ゲ ノム 構 造 変 化 に 起 因し て 起 こ るコ ピ ー 数 多 型（Copy Number Applied Biosystems TaqMan Copy Number Reference Assays は、 Variations, CNVs）は、近年疾患との関連性や薬剤応答性との関連が指 TaqMan Copy Number Assays または Custom TaqMan Copy 摘されつつあります。これを受けてゲノムワイドにCNVs を探索する手法 Number Assays のヒト用コントロールで、反応時に反応溶液中に混合 が開発され、世界中の 研究者の努力の成果としてデータベースが構築 して使用します。 され、日々情報が更新されています。しかし一方で、誰もが定量的に多 第一選択としては RNase P を推奨しており、Ribonuclease P RNA くの検体のターゲット CNVs をバリデー ションできる技術は、これまで component H1（H1RNA）gene（RPPH1） on chromosome 14, それほど多く存在しませんでした。Applied Biosystems TaqMan Copy cytoband 14q11.2をターゲットにデザインされています。TERT は Number Assays は、CNVsバリデーションに適した製品で、ヒト用にデザ RNase P の代替的な位置付けの製品で、telomerase reverse インされた160万種以上の TaqMan プローブとプライマーのセットです。 transriptase（TERT）gene located on chromosome 5, cytoband ターゲット CNVs用の TaqMan Copy Number Assays と、内部コントロー 5p15.33をターゲットにデザインされています。 ルとなるTaqMan Copy Number Reference Assays を用いて、リアルタ イム PCR装置にてコピー数を3 ∼ 4時間で決定することができます。 リアルタイム PCR システムを使用したシンプルなワークフローで、 ゲノム DNA から 3 ∼ 4 時間でコピー数を決定 ヒト用 160 万種以上の遺伝子を含むゲノム領域のコピー数を決定 するための、デザイン済み Copy Number バリデーション用プローブ とプライマーセットをご用意 高い特異性と再現性を持ち、4 コピー以上のコピー数が決定可能 TaqMan Copy Number Assays, Small TaqMan Copy Number Assays, Medium サイズ* 製品番号 360 assays 4400291 720 assays 価格 ¥50,700 750 assays 4400292 1,500 assays ¥96,600 TaqMan Copy Number Assays, Large 2,900 assays 4400293 5,800 assays ¥181,600 製品名 Human 製品名 TaqMan Copy Number Reference Assay, RNase P TaqMan Copy Number Reference Assay, TERT 製品名 TaqMan Copy Number Reference Assay, TERT Custom TaqMan Copy Number Assays Applied Biosystems Custom TaqMan Copy Number Assays は、 当 社 独自のアルゴリズムを用いて、ヒト用デザイン済み TaqMan Copy 価格 ¥20,500 3,000 assays 4403328 6,000 assays ¥57,900 750 assays 4403316 1,500 assays ¥20,500 3,000 assays 4403315 6,000 assays ¥57,900 サイズ * 製品番号 750 assays 4458366 1,500 assays 価格 ¥20,500 3,000 assays 4458367 6,000 assays ¥57,900 750 assays 4458368 1,500 assays ¥20,500 3,000 assays 4458369 6,000 assays ¥57,900 Mouse TaqMan Copy Number Reference Assay, TFRC * 上段 20μL 反応、96 ウェルプレート、下段 10μL 反応、384 ウェルプレートで計算 サイズ* 製品番号 750 assays 4403326 1,500 assays * 上段 20μL 反応、96 ウェルプレート、下段 10μL 反応、384 ウェルプレートで計算 Number Assays以 外 の ゲノム領 域や、ヒト以 外 の 生 物 種 の CNVsアッ セイを行うためのプローブとプライマーのカスタム合成サービスです。 Custom Plus TaqMan Copy Number Assays Applied Biosystems GeneAssistTM Copy Number Assay Tool に目 的 Applied Biosystems Custom Plus TaqMan Copy Number Assays の塩基配列を入力するだけの簡単な操作で、高い特異性と再現性を持つ は、ヒトおよびマウスにのみ対応した製品で、Custom TaqMan Copy CNVsアッセイをご利用いただけます。 Number Assays では行わない、公共ゲノム情報を参照することで、 サイズ* 製品番号 360 assays 4400294 720 assays 製品名 Custom TaqMan Copy Number Assays, Small Custom TaqMan Copy Number Assays, Medium Custom TaqMan Copy Number Assays, Large 価格 ¥56,200 750 assays 4400295 ¥110,200 1,500 assays 2,900 assays 4400296 ¥204,300 5,800 assays * 上段 20μL 反応、96 ウェルプレート、下段 10μL 反応、384 ウェルプレートで計算 CopyCaller ソフトウェア TaqMan Copy Number Assays専用解析ソフトウェアです。使いやすい イ ン タ ー フェー ス で、数 秒 で 解 析 結 果 を 視 覚 化しま す。Applied Biosystems CopyCallerTM ソフトウェアは、当社ホームページより無償 デ ザイン上 避 けるべき SNP および 繰 返し配 列を除 外した配 列 から TaqMan アッセイをデザインするサービスが付加されており、プレデザイン TaqMan Copy Number Assays が準備されていない領域でも、同等品質 のアッセイをデザインできます。 製品名 Custom Plus TaqMan Copy Number Assays, Small Custom Plus TaqMan Copy Number Assays, Medium Custom Plus TaqMan Copy Number Assays, Large サイズ * 製品番号 360assays 4442487 720assays 価格 ¥56,200 750assays 4442520 1,500assays ¥110,200 2,900assays 4442488 5,800assays ¥204,300 * 上段 20μL 反応、96 ウェルプレート、下段 10μL 反応、384 ウェルプレートで計算 ダウンロードできます。 www.thermofisher.com/qpcrsupport 19 IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 19 15/06/19 16:38 記載の価格は 2015 年 6 月現在の価格です。消費税は含まれておりません。価格、仕様は予告なしに変更する場合がありますので予めご了承ください。 最新の価格および在庫数は、弊社ホームページ右上の“製品価格と在庫の検索”でご確認いただけます。 研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続上での使用はできません。 記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。 標準販売条件はこちらをご覧ください。www.lifetechnologies.com/TC For Research Use only.Not for use in diagnostic procedures. © 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. TaqMan is a trademark of Roche Molecular Systems. All other trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries. Printed in Japan. ION064-D1506OB 販売店 サーモフィッシャーサイエンティフィック ライフテクノロジーズジャパン株式会社 本社：〒108-0023 東京都港区芝浦 4-2-8 [email protected] 0120-477-392 テクニカルサポート オーダーサポート TEL：03-6832-6980 FAX：03-6832-9584 TEL：03-6832-9300 FAX：03-6832-9580 営 業 部 facebook.com/LifeTechnologiesJapan @LifetechJPN www.thermofisher.com/iontorrent IonTorrentターゲットリシーケンス製品ガイド_150619_3rd.indd 20 15/06/19 16:38