CRAY XT3 システム・ユーザ・ガイド

CRAY XT3 システム・ユーザ・ガイド
１．Cray XT3 プログラム環境
Cray XT3 プログラム環境は、次のプロダクトとサービスを含んでいます。
・ PGI コンパイラ
− Fortran 90/77
− C/C++
・ MPI−２メッセージ・パッシング・ライブラリ
・ GNU C ライブラリ（計算ノード上で実行する特別に移植した glibc を含みます）
・ 科学ライブラリ
− AMD Core Math ライブラリ(BLAS、LAPACK、FFT)
− ScaLAPACK
− SuperLU
・ yod ユーティリティ
２．Cray XT3 コンパイラ・コマンド
使用出来るコンパイラ・コマンドは次の通りです。
コマンド名
起動するコンパイラ
cc
C コンパイラ
CC
C++コンパイラ
ftn
Fortran 90 と Fortran 95 用 Fortran コンパイラ
f77
FORTRAN 77 コンパイラ
３．アプリケーションの実行方法
Cray XT3 システム上で、アプリケーションを実行する例を説明致します。
３．１
アプリケーションの実行イメージ
ログイン・ノード
ユーザ
ログインと
アプリケーション開始
ジョブ投入
計算ノード
アロケーター
CPUリスト
CPUを要求
ユーザ
アプリケーション
アプリケーションのロード
PCT
ユーザ
アプリケーション
計算ノード
catamount/
QK
PCT
ユーザ
アプリケーション
ジョブの展開
PCT
ユーザ
アプリケーション
計算ノード
catamount/
QK
計算ノード
catamount/QK
PCT
アプリケーションの実行
ユーザ
アプリケーション
計算ノード
catamount/
QK
データベース・ノード
CPUインベントリ
データベース
３．２
実行する方法の例
C サブプログラム(work.c)と FORTAN メインプログラム(prog.f)のコンパイルと、その実行形式の実行を行う例を示します。yod で
アプリケーションを実行する際には、−tlimit の指定を行う様にお願いします。
(1)プログラム環境を確認します。
module list
PrgEnv モジュールが未だロードされていない場合、ロードします。
module load PrgEnv
(2) C サブプログラム work.c のコンパイルを行います。
cc
− c work.c
(3) Fortran メインプログラム prog.f のコンパイルと、work.o のリンクを行い、実行形式を作成します。
f t n −o p r o g r a m p r o g . f w o r k . o
( 4 ) 6 ノードを用いて実行形式ファイル program を、タイムリミット 1800 秒で実行します。
yod
３．３
−n p 6
−t l i m i t 1 8 0 0 program
yod ユーティリティについて
yod ユーティリティは、Catamount 用アプリケーションを計算ノードへロードする為に、サービス・ノード上で実行します。yod
ユーティリティは、Catamount 実行形式を読み込み、プロセッサ・アロケータから、実行形式を実行させるノードを取得し、その
実行形式をそのノードにダウンロードし、それをそのノード上で実行します。
シンタックス：
yod [ −Account “project” “task” ] [ −D option ] [ −F loadfile ] [ −heap size ] [ −help ]
[ −size | −sz | −np { n | all } ] [ −stack size ] [ −tlimit secs ] [ −list processor-list ]
[ −target {catamount | linux} ] [ −Priority priority ] [ −share ]
プログラム名 [ プログラムの引数 ] | −F loadfile
オプションとパラメータ：
−Account “project” “task”
“project” と“task”を伴い実行します。PBS Pro に投入された場合、無視されます。
−D option
デバックのオプションを指定します。
−F
loadfile
単一のアプリケーションで、複数の実行形式を用いる場合に、loadfile に設定します。
−heap size
ヒープのサイズを指定します。最低サイズは 2MB です。
−help
使用形式の表示します。
−list processor-list
ノードを指定します。−size と一緒に指定出来ません。
−np { n | all }
n ノード数か、利用可能な all ノード数を指定します。−size とは同義です。
−Priority priority
プライオリティを指定します。但し−share を指定していた場合に有効です。
−share
同一ユーザが、各ノード上で、複数のプロセスを実行する様にします。
−size | −sz { n | all }
n ノード数か、利用可能な all ノード数を指定します。−size の指定が無い場合、デフォルトで１です。
−stack size
スタックの予約サイズを指定します。デフォルトで 168MB です。最大スタック・サイズは 2MB です。
−target
{catamount | linux}
アプリケーションを実行させるノードのタイプを指定します。
−tlimit secs
エラップスで secs 秒後に、yod は終了します。デフォルトは 0 で、時間制限はありません。
プログラム名
実行するアプリケーションのファイル名を指定します。$path 環境は渡らないので、フルパスにて指定します。
プログラムの引数
アプリケーションへ渡される引数を指定します。
４．Cray XT3 システムのシングル・イメージ用のコマンド
Cray XT3 システムをシングル・イメージとして取り扱うコマンドは以下の通りです。
Linux / シェル・コマンド名
Cray XT3 コマンド
説明
hostname
xthostname
設定名で登録。全ログイン・ノードで同じ値が返答。
kill
xtkill
ノードを指定してリモート・ノード上のプロセスを kill。
ps
xtps
全ノードのプロセス情報の表示。
who
xtwho
ノード ID、ユーザ名、ログイン時間の表示。