Comments
Description
Transcript
CRAY XT3 システム・ユーザ・ガイド
CRAY XT3 システム・ユーザ・ガイド 1.Cray XT3 プログラム環境 Cray XT3 プログラム環境は、次のプロダクトとサービスを含んでいます。 ・ PGI コンパイラ − Fortran 90/77 − C/C++ ・ MPI−2メッセージ・パッシング・ライブラリ ・ GNU C ライブラリ(計算ノード上で実行する特別に移植した glibc を含みます) ・ 科学ライブラリ − AMD Core Math ライブラリ(BLAS、LAPACK、FFT) − ScaLAPACK − SuperLU ・ yod ユーティリティ 2.Cray XT3 コンパイラ・コマンド 使用出来るコンパイラ・コマンドは次の通りです。 コマンド名 起動するコンパイラ cc C コンパイラ CC C++コンパイラ ftn Fortran 90 と Fortran 95 用 Fortran コンパイラ f77 FORTRAN 77 コンパイラ 3.アプリケーションの実行方法 Cray XT3 システム上で、アプリケーションを実行する例を説明致します。 3.1 アプリケーションの実行イメージ ログイン・ノード ユーザ ログインと アプリケーション開始 ジョブ投入 計算ノード アロケーター CPUリスト CPUを要求 ユーザ アプリケーション アプリケーションのロード PCT ユーザ アプリケーション 計算ノード catamount/ QK PCT ユーザ アプリケーション ジョブの展開 PCT ユーザ アプリケーション 計算ノード catamount/ QK 計算ノード catamount/QK PCT アプリケーションの実行 ユーザ アプリケーション 計算ノード catamount/ QK データベース・ノード CPUインベントリ データベース 3.2 実行する方法の例 C サブプログラム(work.c)と FORTAN メインプログラム(prog.f)のコンパイルと、その実行形式の実行を行う例を示します。yod で アプリケーションを実行する際には、−tlimit の指定を行う様にお願いします。 (1)プログラム環境を確認します。 module list PrgEnv モジュールが未だロードされていない場合、ロードします。 module load PrgEnv (2) C サブプログラム work.c のコンパイルを行います。 cc − c work.c (3) Fortran メインプログラム prog.f のコンパイルと、work.o のリンクを行い、実行形式を作成します。 f t n −o p r o g r a m p r o g . f w o r k . o ( 4 ) 6 ノードを用いて実行形式ファイル program を、タイムリミット 1800 秒で実行します。 yod 3.3 −n p 6 −t l i m i t 1 8 0 0 program yod ユーティリティについて yod ユーティリティは、Catamount 用アプリケーションを計算ノードへロードする為に、サービス・ノード上で実行します。yod ユーティリティは、Catamount 実行形式を読み込み、プロセッサ・アロケータから、実行形式を実行させるノードを取得し、その 実行形式をそのノードにダウンロードし、それをそのノード上で実行します。 シンタックス: yod [ −Account “project” “task” ] [ −D option ] [ −F loadfile ] [ −heap size ] [ −help ] [ −size | −sz | −np { n | all } ] [ −stack size ] [ −tlimit secs ] [ −list processor-list ] [ −target {catamount | linux} ] [ −Priority priority ] [ −share ] プログラム名 [ プログラムの引数 ] | −F loadfile オプションとパラメータ: −Account “project” “task” “project” と“task”を伴い実行します。PBS Pro に投入された場合、無視されます。 −D option デバックのオプションを指定します。 −F loadfile 単一のアプリケーションで、複数の実行形式を用いる場合に、loadfile に設定します。 −heap size ヒープのサイズを指定します。最低サイズは 2MB です。 −help 使用形式の表示します。 −list processor-list ノードを指定します。−size と一緒に指定出来ません。 −np { n | all } n ノード数か、利用可能な all ノード数を指定します。−size とは同義です。 −Priority priority プライオリティを指定します。但し−share を指定していた場合に有効です。 −share 同一ユーザが、各ノード上で、複数のプロセスを実行する様にします。 −size | −sz { n | all } n ノード数か、利用可能な all ノード数を指定します。−size の指定が無い場合、デフォルトで1です。 −stack size スタックの予約サイズを指定します。デフォルトで 168MB です。最大スタック・サイズは 2MB です。 −target {catamount | linux} アプリケーションを実行させるノードのタイプを指定します。 −tlimit secs エラップスで secs 秒後に、yod は終了します。デフォルトは 0 で、時間制限はありません。 プログラム名 実行するアプリケーションのファイル名を指定します。$path 環境は渡らないので、フルパスにて指定します。 プログラムの引数 アプリケーションへ渡される引数を指定します。 4.Cray XT3 システムのシングル・イメージ用のコマンド Cray XT3 システムをシングル・イメージとして取り扱うコマンドは以下の通りです。 Linux / シェル・コマンド名 Cray XT3 コマンド 説明 hostname xthostname 設定名で登録。全ログイン・ノードで同じ値が返答。 kill xtkill ノードを指定してリモート・ノード上のプロセスを kill。 ps xtps 全ノードのプロセス情報の表示。 who xtwho ノード ID、ユーザ名、ログイン時間の表示。