WIEN2k ベンチマーク On FOCUS Supercomputer

作成: 2014年9月18日(木)
WIEN2k ベンチマーク
On FOCUS Supercomputer
株式会社アフィニティサイエンス
help@affinity-science.com
微細粒度並列計算(MPI)ベンチマーク
Benchmark Environment:
FOCUS - A System Total 224 nodes
Xeon L5640-2.26GHz(6 cores) x2 CPUs, 48GB RAM, 500 GB HDD, InfiniBand QDR
WIEN2k 14.1(Release 8/9/2014)
mpi-benchmark (lapw1; Matrix size: 11571)
250
Elapsed time / sec
200
229.95
150
123.41
100
71.53
50
45.74
39.06
39.64
144
192
0
12
mpi-benchmark.struct
24
48
96
Number of Cores
k点分割並列計算ベンチマーク
Benchmark Environment:
FOCUS - A System Total 224 nodes
Xeon L5640-2.26GHz(6 cores) x2 CPUs, 48GB RAM, 500 GB HDD, InfiniBand QDR
WIEN2k 14.1(Release 8/9/2014)
k-point parallel (lapw1c; Matrix size: 26132650)
700
Elapsed time / sec
600
627.89
500
400
300
320.52
200
189.89
100
153.74
103.56
0
12
cd16te15sb.struct
24
40
60
Division Number of k-points(i.e. #cores)
120
ジョブ投入スクリプト slurm_para
使用方法
$ slurm_para
usage : slurm_para <queue name> <total cores> <mpi-cores in node> <div of kp> <'job'> [-p]
!
!
実行例
<queue name>
: キュー名(※SLURMではパーティション名)
<total cores>
: 全CPUコア数
<mpi-cores in node>
: ノード内MPI並列用CPUコア数
<div of kp>
: k点並列計算分割数
<‘job’>
: WIEN2k 実行コマンド(e.g. x lapw1 -p, runsp_lapw -p)
※ 引数の最後に” -p “を追加すると、ジョブ投入を行わず、実行用スクリプトの生成のみを行います。
$ slurm_para a024h 48 12 2 ‘run_lapw -p -i 1’
Submitted batch job 52979
$ squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST
TIME NODES NODELIST(REASON)
52979 a024h LiCoO2_1 uito0001 R
0:12
4 a[210-213]
$ cat .machines
dstart: a210:12 a211:12 a213:12 a212:12
lapw0: a210:12 a211:12 a213:12 a212:12
1:a210:12 a211:12
1:a213:12 a212:12
granularity:1
extrafine:1
$ tail STDOUT
SLURM_NPROCS: 48
kdiv x nodes_per_kdiv, core: 2 x 2 x 12
LAPW0 END
LAPW1 END
LAPW1 END
$
w2web キューイング対応(セットアップ)
並列オプション有効
キューイング対応
SCF計算開始(ジョブ投入)
※テキストベースWWWブラウザ w3m を用いて
フロントエンドサーバ上で実行中のw2webにアクセス
w2web キューイング対応(ジョブ投入)
実行ジョブ
実行ジョブの標準出力・エラー出力はSTDOUTファイルへ出力
w2web キューイング対応(標準出力)
実行ホストが確定した時点で.machines ファイル自動生成