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横浜市立大学様
～ 次世代シーケンサ用データ解析ソフトウェア ～
GenomeJack3.2説明資料
2015年10月2日
三菱スペース・ソフトウエア株式会社
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GenomeJackとは？
• NGSデータ解析～データビューイングまでGUI操作だけで行うこと
ができるシステムです
GenomeJack Browser (フリーウェア)
(ユーザー様PC)
 解析ジョブ起動
 データビューイング
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GenomeJack Analysis
(Linuxサーバー)
 解析ジョブ実行
 データ保管
GenomeJackで何ができるか？
• FASTQファイルのアップロード(インポート)、一次解析、二次解析、
データビューイングというNGSデータ解析の全ての処理
• 研究所内（グループ内）でのデータ共有、一元管理（バックアップ）
• GenomeJack Analysis以外で解析したデータのビューイング
• GenomeJack Analysisで解析したデータを、GenomeJack
Browserごと他の機関の方に配布できます（GenomeJack
Browserはフリーです！）
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インストール方法
• Webブラウザで以下のURLにアクセスして下さい
http://163.212.165.218:9090/GJAnalysis
• 画面の指示に従って、PCのスペックに合わせたパッケージをダウン
ロードして下さい
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4
ライセンスキーの取得
• 初回起動時のみ、PCごとのライセンスキー登録の手続きが必要で
す。
• 画面の指示に従ってライセンスを登録下さい。
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5
ログイン
• ダウンロードしたパッケージをダブルクリックして起動するとログイン
画面が開きます
• アカウント名とパスワードを入力して下さい（アカウント名とパスワー
ドは別途ご連絡します）
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6
GenomeJack Analysisの操作方法
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解析の流れ
1. ゲノムが選択されていない(トラック等が全く表示されていない)場合、ゲノムを選択します
([File] > [Select Genome])
2. 画面左のリソースツリーにファイルをアップロードorインポートする
3. リソースツリー上でファイルを右クリックして、実行したい解析ツールを選択する
→２つ以上のファイルを用いる解析（リードペア、ケースコントロール等）では、該当ファイ
ルを複数選択して右クリックして下さい
4. 解析パラメーターを選択して、解析を実行する
5. 解析が終了したら、結果ファイルを右側の画面にドラッグアンドドロップすると、結果を確
認できます
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8
サーバリソースダイアログの見方
•
ダイアログメニュー
サーバ上のリソース情報（ゲノム、解析デー
タ、ジョブ）を管理するダイアログで、以下の
操作を行える
ディレクトリツリー
解析メニュー
Job List表示ボタン
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–
–
–
–
ユーザ、グループの管理
ゲノム、解析データの登録、削除
データのアクセス権設定
解析ジョブの実行
ジョブの管理
フォルダの作成とデータアクセス権設定
•
•
•
フォルダを追加するフォルダを選択して右クリック
ポップアップメニューの[New Folder…]を左クリック
Privilegeでアクセス権を設定して[OK]ボタンをクリック
グループ毎に
アクセス権を設定
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10
ゲノムデータを登録する
•
hg19以外のゲノムを使いたいとき
– GenomeJack Analysis では、ユーザが所有しているゲノムデータをア
ップロードすることが可能です。
– [File] > [Upload Genome…]メニューを選択してUpload Genomeダイア
ログを表示します
– ゲノムデータとゲノムデータファイルを設定して[OK]ボタンを左クリック
します
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11
11
ローカルのデータをサーバにアップロードする
•
•
•
•
データをインポートするフォルダを選択して右クリック
[Upload] > [ファイル形式]をクリック
アップロードするファイルを選択して[開く]ボタンをクリック
[Submit Job]ボタンをクリック
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サーバ上のデータをインポートする
•
•
•
•
•
データをインポートするフォルダを選択して右クリック
[Import] > [ファイル形式]をクリック
インポートするファイルを選択して[>>]ボタンをクリック
[OK]ボタンをクリック
[Submit Job]ボタンをクリック
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13
サーバからデータをダウンロードする
•
•
•
ダウンロードする解析データを
選択して右クリック
[Properties/Download…]を
左クリック
データダイアログが開くので
[Download]ボタンをクリックして
必要なデータをダウンロードする
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14
サーバ上で解析を実行する
•
•
•
リソースツリー上でデータを選択して、右クリ
ック
実行したい解析を左クリック
Setup Input / Output Resourcesで必要なオ
プションを選択して[Submit Job]ボタンをクリッ
ク
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(参考)GenomeJackがサポートしている解析ツール
•
NGS解析全般に対応しています（[Analysis]→[Show All Tools]から全ツール一
覧を参照できます）
–
–
–
–
–
–
•
•
QC
マッピング
RNA-Seq
ChIP-Seq
SNP, INDEL detect
Annotation
独自のツールを追加することも可能です
フィードバックお待ちしています！
「このツールをGenomeJackで使いたい！」→最後のページの技術窓口までリ
クエスト下さい
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ジョブの一覧表示と管理
•
•
•
[Job List]ボタンをクリックする
登録したジョブの一覧表示とステータスの確認が可能
実行中のジョブの停止、キャンセルも可能
ジョブの停止
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GenomeJack Browserの操作方法
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リファレンスゲノムを変更する
•
•
[File] > [Select Genome…] メニューを左クリック
Select Genomeダイアログで表示したいゲノムデータを
プルダウンメニューから選択して、「OK」ボタンを左クリック
ゲノム種別を選択
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ローカルのデータを表示する
•
•
•
[File] > [Import Track Data]メニューを左クリック
ファイル選択ダイアログで、トラックデータファイルを設定して、
「開く」ボタンを左クリック
トラックデータ登録ダイアログで登録データを設定して、「OK」ボタンを左クリ
ック
Data format
BED/BEDGRAPH
WIG
GTF、GFF
SAM/BAM
VCF
TSV、TXT
MFA
BigWig
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表示領域を変更する
•
表示領域の変更を行う場合には、マウスでドラッグする方法と、
コントロールバーのスクロールボタンを使用する方法が利用可能
スクロールボタンと
拡大縮小ボタンで操作
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染色体ドロップダウンと、領域指定テキスト
ボックスへの数値直接入力で操作
参考）トラックデータの見方の一例
規定以上離れているリードペアの表示
リシーケンスリードトラックの表示例
ペアがアンマップなリードのみ色づけ
Insertion候補領域
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BAMフラグによるDeletion候補領域表示
ペアリードの染色体によって
色付けが可能
Rearrangement候補領域
データを検索する
•
•
検索テキストに検索キーワードを入力して「Enter」キーを押す
検索キーワードに一致する対象データが表示される
検索キーワードを入力
検索可能なデータは、データ登録時に
Indexが作成された項目
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詳細情報を表示する
•
•
詳細情報を表示するデータを左ダブルクリックする
詳細情報を表示したダイアログが表示される
リンククリックで登録された
公共DBにアクセス可能
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ブックマークを利用する
•
•
•
記録しておきたい領域を表示し、 ボタンをクリック
Add Bookmark ダイアログでブックマーク名を入力して、
「OK」ボタンを左クリック
メニューの[Bookmark]から登録したブックマークを呼び出せるようになる
ブックマーク名を入力
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データの表示方法を調整する
•
•
•
表示設定を変更したいトラックのラベルを左クリック
Configure The Track Settings ダイアログが表示される
色や高さ等の情報を更新して[OK]ボタンを押すと変更が反映される
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データを出力する
•
•
•
[File] > [Export Tracks Data…] メニューを左クリック
Export Sequence Dataダイアログで出力するトラックを選択する
Export Fileダイアログで出力形式を選択して保存を実行する
出力するトラックを選択する
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一覧表示してデータを絞り込む
•
•
•
•
[View] > [Show Table View] > [表示させたいトラック]を左クリック
Table Viewダイアログの[Edit]ボタンをクリック
Feature Filter Settings ダイアログでフィルタ条件を設定して[+]ボタンをク
リックし、フィルタ条件を確定させて[OK]をクリックする
フィルタが実行されてテーブルのデータが絞り込まれる
現在設定中のフィルタ条件
が表示される。
フィルタ条件を設定して
[＋]ボタンを押す。
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外部アプリケーションからアクセスする
•
•
•
外部アプリケーションに次のURL を設定する
http://[machine]:AAA/goto?genome=BBB&chr=CCC&start=DDD&end=EEE&trac
kId=FFF
– [machine]:GenomeJack が起動されているマシン名。外部アプリケーションと
同じPC上の場合、localhost でもアクセスすることができます。
– AAA :ポート番号
– ＢＢＢ :ゲノム名
– CCC:参照配列名
– DDD:表示領域の開始位置
– EEE:表示領域の終了位置
– FFF:トラックのID（非表示の場合に表示に変更）
例：http://localhost:60152/goto?chr=1&start=1&end=1000
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Webサイトなど
• GenomeJack Webサイト
http://genomejack.net
GenomeJack Browserの無料配布
、FAQ等
• twitterアカウント
最新情報をtwitterで配信しています！@genomejack
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お問い合わせ先
＜営業窓口＞
三菱スペース・ソフトウエア株式会社
営業本部 第二営業部 谷戸 隆史
TEL：06-4961-8825
Mail：[email protected]
＜技術的なお問い合わせ＞
関西事業部 バイオメディカルインフォマティクス開発室 技術課
TEL：06-4961-8861
Mail：[email protected]
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