MF 835 DS

(A) Upregulated in log phase
+pCAR1
(25)
23
3
1
1
4
1
+RP4
(5)
14
+RP4
(15)
15
11
+NAH7
(7)
140
+RP4
(189)
1
+NAH7
(26)
(D) Downregulated in stationary phase
+pCAR1
(9)
195
2 7
+RP4
(441)
239
48
3
+pCAR1
(51)
51
(C) Downregulated in log phase
+pCAR1
(15)
(B) Upregulated in stationary phase
+NAH7
(51)
23
+NAH7
(269)
Fig. 5-4. プラスミドの保持により転写変動した遺伝子の 3 種のプラスミド間の包含関係．
誘導倍率 4 以上の ORF をプラスミドの保持によって転写変動した ORF とした．(A) 対数期で誘導，(B)
定常期で誘導，(C) 対数期で抑制 ，(D) 定常期で抑制，4 通りに分類し，それぞれで選抜された遺伝子の
包含関係をベン図に表した．
189
190
7
+NAH7
(7)
(Cluster K1)
Short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase (PP_2737)
(Cluster K22, unassighned)
Acyl-CoA dehydrogenase domein-containing protein (ivd, PP_4064)
pCAR1では選抜されていない
Propionyl-CoA carboxylase (PP_4065)
(Cluster K2)
Hypothetical protein (PP_0039)
(Cluster K18)
Hypothetical protein (PP_0040)
1
1
4
1
(Cluster K8)
Hypothetical protein (PP_2666)
3
2
11
3
+RP4
(5)
pCAR1では選抜されていない
Hypothetical protein (PP_2731)
Hypothetical protein (PP_2735)
Amine oxidase (PP_2736)
各 ORF の discription はアノテーション情報を一部略しているものもある．
Fig. 5-5. 3 種のプラスミドをそれぞれ保持した KT2440 株における対数期で誘導された遺伝子の内容．
Others
Threonine dehydratase (ilvA-1)
Alginate lyase 2 (PP_3774)
Cluster K7
Phage-related holine (PP_1561)
Hypothetical proteins (PP_1544, PP_1543)
Cluster K2
Major facilitator family transporter (PP_2647)
ABC transporter (PP_1895-1896)
RND efflux transporter (mexEFoprN)
Alcohol dehydrogenase (PP_2827)
Hypothetical protein (PP_4858)
etc.
+pCAR1
(25)
Cluster K8
Quinoprotein ethanol dehydrogenase (qedH, PP_2674)
Cytochrome c-type protein (PP_2675)
Periplasmic binding protein (PP_2676)
Aldehyde dehydrogenase family protein (PP_2680)
Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein pqqD (PP_2681)
etc.
Upregulated in log phase (4 h)
191
3
1 4
3
2
2 11
(Cluster K8)
Hypothetical protein (PP_2677)
Beta-lactamase domein protein (PP_2678)
quinoprotein ethanol dehydrogenase (PP_2679)
pCAR1では抽出されていない
PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (PP_2664)
Hypothetical protein (PP_2387)
Amino acid transporter LysE (PP_2387)
Major facilitator family transporter (PP_2553)
+NAH7
(26)
(Cluster K22)
Acetyl-CoA synthetase (acsA, PP_4487)
24
+RP4
(15)
各 ORF の discription はアノテーション情報を一部略しているものもある．
(Cluster K1)
Pyrroloquinoline quinone biosynthesis proteins (pqqBC, PP_0379-0378)
Short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase (PP_2737)
2 2
22
+pCAR1
(51)
(Cluster K8)
Quinoprotein ethanol dehydrogenase (qedH, PP_2674)
Cytochrome c-type protein (PP_2675)
Periplasmic binding protein (PP_2676)
Aldehyde dehydrogenase family protein (PP_2680)
Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein pqqD (PP_2681)
etc.
pCAR1では抽出されていない
LuxR family DNA-binding response regulator (PP_2672)
Hypothetical protein (PP_2662)
Fig. 5-6. 3 種のプラスミドをそれぞれ保持した KT2440 株における対数期で抑制された遺伝子の内容．
Other clusters
Hypothetical protein (PP_1101)
Putative lipoprotein (PP_1970)
Cluster K3
Alanine racemase (dadX, PP_5269)
D-amino acid dehydrogenase (dadA-2, PP_5270)
Cluster K2
Major facilitator family transporter (PP_2647)
ABC transporter (PP_1895-1896)
RND efflux transporter (mexEFoprN)
Alcohol dehydrogenase (PP_2827)
Hypothetical protein (PP_4858)
etc.
Cluster K1
Ribonuclease P (rnpA)
RNA polymerase (rpoBC)
Ribosomal protein (rpmA)
GTPase ObgE (obgE)
Ornithine carbamoyltransferase (argF)
HAE1 family transporter (ttgB)
Deoxyribonuclease I (endA-1)
Magnesium transporter (mgtE)
Ribosome binding factor (rbfA)
Translation initiation factor IF-2 (infB)
Transcription elongation factor NusA (nusA)
Transcription termination factor Rho (rho) etc.
(Cluster K3)
Hypothetical protein (PP_1742)
Acetate permease (actP, PP_1743)
Upregulated in stationary phase (8 h)
192
12
1
+NAH7
(51)
・35個がhypothetical protein
・8分の1以下に抑制されたものは5個
RP4・NAH7共通に8分の1以下に抑制されたものは4個
Hypothetical protein (PP_0023)
Hypothetical protein (PP_1148)
Putative lipoprotein (PP_2121)
Hypothetical protein (PP_3921)
・94個がhypothetical protein
・8分の1以下に抑制されたものは30個
RP4でも抑制されている (誘導倍率は0.25以上だが)
Cro/CI family transcriptional regulator (PP_0276)
Hypothetical protein (PP_2275)
Hypothetical protein (PP_3963)
3
48
140
+RP4
(189)
(Cluster K6)
Foreign DNA region (PP_3775~PP_3790) containing
rarD protein (rarD-3, PP_3776)
Pyrroline-5-carboxylate reductase (proC-1, PP_3778)
NAH7では対数期に4倍以上誘導されている
Hypothetical protein (PP_0040)
各 ORF の discription はアノテーション情報を一部略しているものもある．
Fig. 5-7. 3 種のプラスミドをそれぞれ保持した KT2440 株における対数期で抑制された遺伝子の内容．
OmpW family protein (OprG, PP_0504)
Transcriptional regulator MvaT, P16 subunit (PP_2947)
Translation initiation factor IF-1 (infA, PP_4007)
Cold-shock protein CspD (cspD, PP_4010)
etc.
Cluster K22 (Unassigned)
Outer membrane porin (oprD, PP_1206)
Cluster K6
Outer membrane porin (oprE, PP_0234)
1
1
+pCAR1
(15)
Cluster K5, containing Iron-related genes
Winged helix family two component transcriptional regurator (gltR-1, PP_0271)
Fumarate hydratase (fumC, PP_0944)
ferric siderophore transport system protein (exbB, PP_5306)
Biopolymer transport protein (exbD, PP_5307)
extracytoplasmic function sigma-70 factor (PfrI, PP_4244)
etc.
Downregulated in log phase (4 h)
193
23
239
・102個がhypothetical protein
・8分の1以下に抑制されたものは97個
・16分の1以下に抑制されたものは11個
・102個がhypothetical protein
・8分の1以下に抑制されたものは32個
RP4・NAH7共通に8分の1以下に抑制されたものは26個
Hypothetical protein (PP_0023)
は対数期でも2種のプラスミド共通に8分の1以下に抑制
Hypothetical protein (PP_1148)
Acyl carrier protein (acpP, PP_1915)
のみが遺伝子名を持つ
Translation initiation factor IF-3 (infC, PP_2466)
+NAH7
(269)
195
各 ORF の discription はアノテーション情報を一部略しているものもある．
(Cluster K7) phage-related
Putative prophage region (PP_1560 PP_1575) の一部
Bacterioferritin (PP_0482)
3 4
+RP4
(441)
NAH7では対数期に4倍以上誘導されている
acyl-CoA dehydrogenase domein-containing protein (ivd, PP_1148)
Fig. 5-8. 3 種のプラスミドをそれぞれ保持した KT2440 株における定常期で抑制された遺伝子の内容．
Others
Biotin synthase (PP_0362)
Hypothetical protein (PP_1660)
+pCAR1
(9) 2
Cluster K22 (Unassgined)
P-47-related protein (PP_2007)
Hypothetical protein (PP_2006)
Hypothetical protein (PP_4406)
Cluster K9
Outer membrane autotransporter (PP_4057)
Hypothetical proteins (PP_2858-PP_2856)
Downregulated in stationary phase (8 h)
10 kb
KT2440
540,000 bp
Without
plasmid
+pCAR1
550,000 bp
560,000 bp
6h
5,000
0
5,000
8h
0
5,000
6h
0
5,000
8h
0
5,000
+RP4 8 h
0
5,000
+NAH7 8 h
rpoB
PP_0443
C
A
0
PP_0453
PP_0480
PP_0449
PP_0468
Fig. 5-9. RNAP とリボソームタンパク質の遺伝子を含む領域の RNA マップ
x 軸は染色体塩基配列，y 軸は各プローブの示したシグナル値の大きさをそれぞれ表しており，
緑五角形はアノテーションされた ORF の大きさと向きを表す．RNA ポリメラーゼコアの遺伝子
(rpo) を橙色で，リボソームタンパク質の遺伝子を水色で示す．
194
第６章
総括と展望
本研究では，IncP-7 群カルバゾール分解プラスミド pCAR1 を保持する際に宿主細胞に生
じる変化を網羅的に検出し，様々な観点からの整理・分類を行った．さらに，pCAR1 によ
って生じる様々な変化の中で，NAPs が関与する範囲，異なる宿主・異なるプラスミド間で
共通する範囲を明らかにした．
第 2 章では 3 宿主の pCAR1 コピー数がほぼ同じであることを示すとともに，Phenotype
Microarray 解析によって，pCAR1 を保持した際に，特定の浸透圧・pH ストレスへの耐性が
低下すること，C 源，N 源，P 源，S 源を変化させた際に一部の条件で呼吸量 (細胞内還元
力) が低下することを示した．プラスミドの保持による影響が現れる条件と現れない条件が
存在したという結果は，周囲の環境条件によってプラスミド保持株と非保持株との間の競
合の結果が異なる可能性を示唆し，種々環境下で様々な生物と共存した状態でのプラスミ
ド保持株の挙動を考える上で，プラスミドが機能する細胞内環境とそれを変化させる細胞
外環境の影響を無視してはならないことをより一層強調するものである．
呼吸量の低下が見られた条件の数は KT2440 株が一番多く，Pf0-1 株が一番少なかった．
KT2440 株と PAO1 株では，細胞活性が低下していると推測される反応経路に差はあるもの
の，TCA 回路とその周辺の代謝経路の化合物を C 源とした際に呼吸量の低下が認められる
という共通点が見られた．一方，Pf0-1 株ではこれらの条件でも呼吸量の低下がほとんど認
められないことから，この変化は宿主ごとに発露の仕方が変化することも示された．KT2440
株においては，pmr，phu，pnd のいずれかを除去すると，上記呼吸量の低下が若干回復する
ことから，これらの代謝経路の活性低下の一因はこれらの NAPs にあることも示された．さ
らに，pCAR1 の保持によっては変化が見られなかった条件で，pCAR1 上の NAPs を破壊し
て初めて呼吸量の低下が見られたものが複数存在した．これまでも pmr を破壊した際の転
写変動の大きさから Pmr が pCAR1 を保持する際の“負荷”を軽減することが示唆されてい
たが，今回のデータ解析によって表現型レベルで“負荷の軽減”が起こっていることが示
された．
第 3 章では，pCAR1 を保持する際に転写変動する宿主染色体上遺伝子を選抜し，3 宿主
での保存性や推定される機能，転写プロファイルのパターン等いくつかの観点で分類した．
さらにタイリングアレイデータを利用して転写開始点を推定し，転写変動した遺伝子の上
流配列 (推定転写制御領域) の in silico 解析も行った．転写変動した遺伝子の数は，Phenotype
MicroArray 解析において pCAR1 の保持により呼吸量が低下した培養条件の数の傾向，及び
各宿主において pCAR1 保持株と非保持株とを混合培養した際に pCAR1 保持株が淘汰され
る速度の傾向（当研究室 Takase ら，未発表データ）と一致しており，pCAR1 を保持する際
の負荷が KT2440 株＞PAO1 株＞Pf0-1 株の順に大きいことが示された．対数期よりも定常
195
期で pCAR1 を保持した際の転写変動が大きいという傾向は 3 宿主共通であったが，
Pf0-1 株で転写変動した ORF は Pf0-1 株固有の遺伝子が多い一方で，KT2440 株と PAO1
株では 3 宿主に保存された ORF が多く，2 株でその内容も類似していた．KT2440 株と
PAO1 株では，本来対数期に盛んに転写され定常期に入ると完全に抑制される多くの遺伝
子が，pCAR1 を保持すると完全には抑制されなくなっていた．さらに 3 宿主に保存さ
れている遺伝子でも KT2440 株のみで転写変動しているものも多かった．
pmr を 除 去 し た KT2440(pCAR1)株 の ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム デ ー タ を 利 用 し て ，
pCAR1 を保持する際に起こる様々な転写変動について Pmr の関与の程度を評価したと
ころ，pCAR1 を保持した際に起こる変化の約半数に Pmr が関与しており，さらに転写
パターンに応じて Pmr が深く関与する転写変動と／関与の程度が低い転写変動に分類でき
ることを示した．上記の定常期に入る際に転写の切り替えが不完全になる変化については，
“Pmr は変化を抑える働きをしているが，完全には抑えきれていない”ことが見出された．
第 4 章では，pCAR1 トランスクリプトームの宿主間の比較を行い，宿主によって転写パ
ターンの変化する複数の転写ユニットを見出した．NAPs をコードする 3 つの遺伝子は宿主
ごとに転写量のピークを迎える時期が異なっており，NAPs の量的な差が，宿主染色体由
来の核様体タンパク質の質的・量的な違いと相乗的に機能して，宿主ごとに固有の形
質を出現させる可能性が示唆された．また，KT2440 株では他の株で転写が認められな
い転写ユニットの存在や，transposase や resolvase 等を含む複数の転写ユニットの転写
される時期が他の株より長い傾向が見出され，pCAR1 を保持した際の負荷が他の 2 株
より大きい原因の一つなのではないかと推測された．
第 5 章では，pCAR1 を保持した際の宿主染色体の転写変動が他のプラスミドでも共通す
る現象なのか否かを，RP4，NAH7 をそれぞれ保持する KT2440 株を用いて評価した．各プ
ラスミドの保持による転写変動は RP4 が一番大きく，次いで NAH7 で，pCAR1 によるもの
が一番小さかった．pCAR1 を保持した際には誘導された遺伝子が多いのに対し，RP4・NAH7
では抑制された遺伝子が多いこと，また pCAR1 保持株で変動した遺伝子には機能既知なも
のが多い一方，RP4・NAH7 で変動した遺伝子は機能未知なものが多く pCAR1 で変動した
ものと共通性が少ないことが示された．
pCAR1 を保持した宿主に起こる変化の総括
本研究で検出した pCAR1 を保持した KT2440 株に起こる変化を，以前の研究の知見
も合わせて Fig. 6-1 に模式的に示した．プラスミド上の遺伝子の機能に由来する変化だ
けでなく，宿主染色体上の遺伝子の発現の変化，さらにそれらによって細胞内物質量
が変化したことで引き起こされる二次的な変化，の重ね合わせが“pCAR1 が宿主に与
える影響”である．本研究は，変化を引き起こす個々のメカニズムの解明には至って
196
いないが，変化の全体像を提示し，分類したという点で，一定の成果を挙げたと言え
る．
異なる宿主・プラスミド間での共通性
pCAR1 を保持した 3 宿主の比較によって，宿主の変化は KT2440 株で一番大きいこ
とが示された．一方で，KT2440 株を宿主として他のプラスミドを保持した際の変化と
比較すると，pCAR1 が与える影響は比較的小さいことも示された (Fig. 6-2)．変化の内
容を宿主間で比較することで，宿主特異的な変化と他の宿主にも共通な変化の分類を
行い (Fig. 6-1)，宿主固有の遺伝子の変動だけでなく，3 宿主が共通に有している遺伝
子の宿主特異的な変動も，
“変化の大きさ”が異なる原因であることが示された．Pf0-1
株では KT2440 株と PAO1 株で共通に見られた変化の多くが見られない (pCAR1 を保
持する際の負荷が小さい) 傾向があったことから，今後“2 株でなぜ変化するのか”を
解析する際に Pf0-1 株を対照として用いることで，変化を引き起こす実体の解明や，負
荷を軽減する因子の探索が効率よく行えるのではないかと期待できる．
NAPs の機能・意義
第 2 章及び第 3 章を通して，pCAR1 上の NAPs は pCAR1 が宿主を変化させる際に重
要な鍵因子であることが改めて示された．しかし，同時に pCAR1 を保持する際の宿主
の変化のうち，半数ほどは NAPs の関与しない変化であることも示された．さらに NAPs
は，pCAR1 による変化を促進する方向にも，抑制する方向にも機能していた．pCAR1
上の NAPs の機能を考える上では染色体上にコードされる NAPs との相互作用も考慮す
る必要がある．第 3 章で行った pmr 破壊株の解析を染色体の NAPs 破壊株にも適用す
ることで，pCAR1 上の NAPs と染色体上の NAPs の機能の共通点・相違点が明らかに
なると考えられる．また第 4 章においては，宿主によって転写パターンの変化した転
写ユニットの位置は Pmr 結合サイトの位置と一致したものも見られたことから，Pmr
以外の NAPs の結合サイトの位置との比較や，各 NAPs 破壊株で転写変動する転写ユニ
ットの位置と比較することで，これらの宿主固有の転写変動への各 NAPs の関与を調
べることができると期待される．
また，RP4 と NAH7 には NAPs がコードされていない．NAPs を持たないことが両プ
ラスミド保持株で転写変動した遺伝子が多かった原因と考えるのは安易だが，プラス
ミド上に NAPs がコードされている意義を考察する上で，KT2440 株と NAPs 破壊株を
比較した際の転写変動と，RP4 や NAH7 を保持する際の転写変動の内容の比較を行う
ことは有益かもしれない．
本研究は，これまで茫漠と語られてきた“プラスミドの負荷”の実体を明らかにし
たものであるが，その負荷の宿主間・プラスミド間での共通性を検討したものともと
197
言える．さらに，これらの現象への pCAR1 上の NAPs の関与を検討し，NAPs が関与
する現象と関与しない現象両方を見出した．
今後，本研究で発見したプラスミドと宿主の相互作用に基づく変化の分子メカニズムを
詳細に解析することで，細菌の機能進化や生き残りに重要なプラスミドの働きを正しく理
解する基盤情報となると期待される．最近，当研究室の他のメンバーによって，本研究
と同じ培養条件で長期培養した結果“pCAR1 の負荷が軽減した”自然変異株の全塩基
配列の決定が行われた．変異点は現在解析中であるが，見出された変異点と本研究で
検出した転写変動する遺伝子を比較してみることは非常に興味深い．本研究で選抜し
た遺伝子に変異が入っていた場合，様々な転写変動の中で宿主への“負荷”に直結す
るものを絞り込み，本研究で得られた，pCAR1 を保持した際の転写プロファイルの変
化の仕方や同じプロファイルを示す他の遺伝子，宿主間での保存性，その変動に Pmr
が関与するかどうか，といった情報から，負荷が軽減したメカニズムを考察・解明で
きると期待される．
198
Genetic
rearrangements?
Genes on putative prophage
Transposase genes
Responses in transcriptional level
Host-specific responses
pCAR1 carriage
Expression of
accessory genes ant
tnpA1-A4
tnpAc
car
Common responses
TCA cycle related genes
(sdh)
ribosomal proteins (rps, rpl)
RNA polymerase (rpo)
ATP synthase (atp)
flagella assemble genes
rpoS regulons
Fe uptake (pvd, fpv)
Responses in transcriptional level
Carbazole metabolism
cat genes
Consumption of host materials
Fe consumption
nucleotides,
amino acids consumption
ATP consumption
H+ gradient potential
DNA polymerase (pol, dna)
NAPs regulons
Mediation of plasmid stability?
parI (PP3700)
repA
parAB
Replication &
maintenance NAPs genes
(pmr, phu, pnd)
mexEFoprN
Obtaining new
antibiotic resistances
Fig. 6-1. pCAR1 を保持した際の KT2440 株の変化の概要．
Fe acquisition
Fitness reduction
Reduction of
cell motility
resistances to osmotic- stress
resistances to pH- stress
pCAR1 上の遺伝子の発現を青枠内に，宿主染色体上の遺伝子の転写変動を桃色と青色角丸四角形内に，宿主細胞内の物質の消費の内容を緑四角形の中に，
以上の変化から生じる宿主の表現型の変化を灰色四角形の中に記している．“Common responses” の中には，PAO1 株と Pf0-1 株両方で共通に検出されたもの
と，PAO1 株のみと共通に検出されたものが含まれている．
199
200
PAO1
)
KT2440
(+NAH7)
多くが機能未知遺伝子の抑制
PQQ合成遺伝子の誘導
KT2440
(+RP4)
・中心代謝系，呼吸鎖の活性低下
Fig. 6-2. プラスミドが宿主に与える影響の宿主間での比較とプラスミド間の比較．
pCAR1上のNAPsが関与する
pCAR1上のNAPsが関与しない
多くがPf0-1株特異的な遺伝子の誘導
・運動性の低下
→鉄獲得遺伝子群の誘導
・プロファージ, 外来遺伝子領域の誘導
・ストレス耐性, 各種代謝の低下
・鉄欠乏(カルバゾール分解酵素の発現による)
KT2440
Pf0-1
トランスポーター
→抗生物質耐性の増強
例)
・3宿主に保存されている遺伝子の
KT2440 株特異的な誘導
例) RNAP core ( )
Ribosomal protein (
)
ATP synthetase ( )
Succinate dehydrogenase (
・転写，翻訳，エネルギー獲得に関わる
多くの遺伝子の定常期での抑制不全
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205
補章 1．実験操作の詳細な手順
本章内での目次
補章 1．実験操作の詳細な手順 ................................................................................... 1
補 1-1．カルバゾール重層プレートの作製 ............................................................ 1
補 1-2．Pseudomonas 属細菌からの total DNA の抽出 .......................................... 2
補 1-3．Polymerase chain reaction (PCR) .................................................................. 4
補 1-4．アガロースゲル電気泳動とゲルからの DNA の回収 ............................. 4
補 1-5．コンピテントセルの作製 ............................................................................ 5
補 1-6．大腸菌の形質転換 ........................................................................................ 6
補 1-7．大腸菌からのプラスミドの抽出（small scale） ...................................... 6
補 1-8．プラスミドの精製 ........................................................................................ 7
補 1-10．サザン解析 .................................................................................................. 7
補 1-11．コロニーハイブリダイゼーション ........................................................ 10
補 1-12．接合実験 .....................................................................................................11
補 1-13．生育曲線の作成 ........................................................................................ 12
補 1-14．運動性試験 ................................................................................................ 12
補 1-15．qRT-PCR 解析 ........................................................................................... 13
補 1-16．アレイサンプル調製 ................................................................................ 16
補 1-17．Phenotype MicroArray 解析 ...................................................................... 20
補 1-1．カルバゾール重層プレートの作製
試薬
・ カルバゾール DMSO 溶液(plate 用ストック)
カルバゾール 1g を 25 ml の DMSO に溶解し，疎水性フィルター (孔径 0.22μm，
ADVANTEC) で濾過滅菌した．50 ml 容チューブに入れてアルミホイルで遮光し，
室温保存．
操作
ここでは直径 8 cm の円形シャーレ 20 枚分を例にして記述する．
(1) NMM-4 培地 (表 2-1 参照，ここではミネラル以外の成分) を 300 ml 作製し，200 ml と
100 ml に分けてそれぞれに寒天末 [1.6% (wt/vol)] を加えオートクレーブする．100 ml
のほうは 60°C のインキュベーターに入れて保温しておく．
(2) 200 ml のほうにミネラルストック(Fe, Mg, Ca，濃度等は表 2-2 を参照) を加え，シャー
レ 1 枚あたり 10 ml 相当で流し込む．＜下層＞
1
206
(3) 固化したのを確認したら，100 ml のほうにミネラルストックを加え，カルバゾールス
トックを 2.5 ml 加える (注 1)．
(4) 先に固化した下層の上に，シャーレ 1 枚あたり 4 ml 相当で流し込んで固化させる (注
2)．＜上層＞
注 1：スターラーの回転を速めにして，5 ml ピペットの先をビーカーの底のほうまで入れ，
一気に押し出す．液面ゆっくり加えるとカルバゾールが十分に懸濁されず，綺麗なプ
レートができない．
注 2：5 ml ピペットの容量を 4.1 ml に合わせて，最後まで押し切らずにピペットに泡を残す
ようにする．手早くシャーレを回して全体に広げ，すぐに平らな所に置く．
注 3：抗生物質入りプレートにする場合は上層と下層それぞれに，表 2-2 に示した終濃度と
なるようにストックを添加する．
注 4：オートクレーブ後の培地の攪拌にはホットスターラーを使用すると，培地が保温され
作業しやすい．
補 1-2．Pseudomonas 属細菌からの total DNA の抽出
試薬
・ TE buffer
10 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) –HCl (pH8.0)
1 mM ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
・ 10% sodium dodecylsulfate (SDS)
MilliQ 水を使用して作製し，室温保存．オートクレーブは不要
・ 20 mg/ml proteinase K solution
200 mg の proteinase K を 10 ml の dH2O に溶解し，小分けにして冷凍保存．
・ 5 M NaCl
MilliQ 水を使用し，オートクレーブして室温保存．
・ CTAB/NaCl solution
4.1% (wt/vol) NaCl
10% (wt/vol) hexadecyltrimethyl ammonium bromide (CTAB)
・ クロロホルム
・ フェノール/クロロホルム
TE 飽和フェノールとクロロホルムを等量混合した．
・ 2-プロパノール
・ 70% (wt/vol) エタノール
・ 10 mg/ml RNaseA (DNase free) Glycerol Solution (Nippon gene)
操作
(1) プレート上のシングルコロニーを 5 ml の LB 培地に植菌し，
30°C で振盪培養した (300
strokes/min, 14～18 hour)．
(2) 2 ml の培養液を 2 ml チューブに移し，遠心 (13000 rpm, 2 min, RT) により集菌した後，
567 μl の TE buffer に懸濁した (vortex)．
(3) 30 μl の 10%SDS，3 μl の 20 mg/ml proteinase K solution を加え，小型回転培養器
(ROTATOR RT-50, TAITEC) を用いて室温で 15 分間穏やかに攪拌 (強度の目盛りは 2
2
207
と 3 の間) した後，37°C で 1 時間以上インキュベートした (注 1)．以下，total DNA
の調製の際に行う攪拌は全て小型回転培養器を用いて同様に行った．
(4) 5 M NaCl を 100 μl 加えて攪拌 (5 min) した．
(5) 65°C に温めた CTAB/NaCl solution を 80 μl 加えて攪拌 (7 min) した後，65°C の湯浴で
インキュベート (10 min)した．
(6) 800 μl のクロロホルムを加えて攪拌 (10 min) した後，遠心 (15000 rpm, 15 min, RT) し，
上清を新しい 2 ml チューブに移した．上清は粘性が高いので，ピペットのチップの先
を斜めに切って用いた．(注 2)
(7) 500～700l (取れた上清の量によって調節する) のフェノール/クロロホルムを加えて
攪拌 (10 min) した後，遠心 (15000 rpm, 15 min, RT) し，上清を新しい 1.5 ml チュー
ブに移した．白い中間層 (タンパク質を含む) を極力取らないようにした．
(8) 上清と等量の 2-プロパノールを加えて攪拌 (30 min 以上) した後，遠心 (15,000 rpm, 10
min, RT) し，上清を捨てた．
(9) 400 l の 70%エタノールを加えてチューブの内壁をリンスした後，遠心 (15,000 rpm, 5
min, RT) し，上清を捨て，デシケーターを用いてペレットをドライアップ(3～5 min）
した．(注 3)
(10) 終濃度 20 g/ml の RNaseA (DNase free) (Nippon gene) を含む TE buffer を 30 μl 加えて
ペレットを溶解し，37°C でインキュベート (15 min～over night) した後，4°C または
-20°C で使用時まで保存した．(注 4)
注 1．Pseudomonas 属細菌 (特に aeruginosa 種と fluorescens 種) はクロロホルム沈殿後の中
間層が多く，また粘度の高い上清が中間層と絡み合うため，上清が取りにくくなってしま
う．時間的に余裕があれば，一晩~数日 incubate したほうがタンパク・膜分解が進み，上清
が取り易くなる．
注 2．中間層が多少入っても次のフェノール/クロロホルム処理でもう一度分離するチャン
スがある．注 1 に記したように，上清と一緒に中間層も持ち上がってしまう場合はチュー
ブの蓋で「パチン」と切ってしまう荒技もある (上清をチューブの蓋の周りや指に付着させ
てサンプル間でコンタミしないように注意)．
注 3．ペレットをドライアップしすぎると TE buffer に溶解しにくくなってしまう．5 min 以
上はやりすぎ．
注 4．TE buffer の量は 30 μl にこだわらなくてよい．ペレットの大きさによって調節する．
薄めすぎると濃縮するのは大変 (EtOH 沈殿からやり直し) なので，少なめの量で様子を見
る．濃すぎる (溶液が糸を引くほど粘性が高くピペットで吸えない状態になる) ようなら
3
208
TE buffer を追加する．
補 1-3．Polymerase chain reaction (PCR)
＜反応系＞
DNA polymerase にはタカラバイオ社の Ex Taq®を用いた．反応液の組成を補表 1-4 に示す．
通常は 25 μl の系で行い，
電気泳動後にゲルより DNA を回収する必要がある場合には 100 μl
の系で行った．サンプル数が多く Master mix の作成が可能な場合は primer と Ex Taq 量を減
らして反応を行った．
補表 1-1. Compotision of reaction solution in PCR
回収用
検出用
検出用 (Master mix)
template DNA
1 μg相当
0.5 μg 相当
0.5 μg相当
primer -F (50μM)
0.5 μl
0.5 μl
0.125 μl
-R (50μM)
0.5 μl
0.5 μl
0.125 μl
10×Ex Taq buffer
10 μl
2.5 μl
2.5 μl
dNTP (各 2.5 mM)
8 μl
2.0 μl
2.0 μl
0.5 μl
0.5 μl
0.125 μl
Ex Taq (5U/μl)
fill up to 100 μl
fill up to 25 μl
fill up to 25 μl
dH2O
total
100 μl
25 μl
25 μl
＜反応サイクル＞
サーマルサイクラーには PCR Thermal Cycler Dice Standard (Takara Bio, Shiga, Japan) を用
い，以下のプログラムで行った．
94°C 30 sec
↓
94°C 30 sec
62°C 30 sec
72°C 1 min
↓
4°C ∞
30 cycles
＜16S 増幅用＞
98°C 1 min
↓
98°C 30 sec
55°C 1 min
30 cycles
72°C 2 min
↓
72°C 5min
4°C ∞
補 1-4．アガロースゲル電気泳動とゲルからの DNA の回収
アガロースゲルはアガロースME(中電気浸透)クラシックタイプ (NACALAI TESQUE,
INC., Kyoto, Japan; Code 01158-85) またはAgarose X (Wako Pure Chemical Industries, Ltd.,
Osaka, Japan; Code 313-02681) をTris-acetate-EDTA (TAE) buffer (40 mM Tris, 40 mM Acetate,
1 mM EDTA, pH8.0) に溶解させて作製した．アガロース濃度は，特に断り書きがない場合，
0.9% (目的バンド≧1000 bp, アガロースME使用)，2.0% (300 bp≦目的バンド<1000 bp, アガ
ロースME使用)，3.0% (目的バンド≦300 bp, Agarose X使用) とした．泳動にはMupid小型電
4
209
気泳動槽 (ADVANCE Co. Ltd., Tokyo, Japan) を用い，室温において50 Vまたは100 Vで行っ
た．分子量マーカーには，One Step Marker 5およびOne Step Marker 6 (Nippon gene) を用いた．
バンドの塩基長はそれぞれ，Marker 6: 19.33, 7.74, 6.22, 4.26, 3.47, 2.69, 1.88, 1.49, 0.93 (kbp)，
Marker 5: 1057, 770, 612, 495, 392, 345, 341, 335, 297, 291, 210,162, 79 (bp)である．
TAE bufferは50倍の濃度のストック (50×TAE) を作製しておき，それを使用時に希釈し
た．50×TAE (1 L) は，トリス塩基242 g，酢酸57.1 ml，0.5 M EDTA (pH=8.0) 100 mlをdH2O
で1 Lにfill upして調製した (室温保存)．酢酸は刺激臭が強いのでドラフトの中で開栓するこ
とに注意．
ゲルからのDNAの回収には，E.Z.N.A® Gel Extraction Kit (Omega Bio-Tek, Doraville, GA) を
添付のプロトコルに従って使用した．
補 1-5．コンピテントセルの作製
細胞工学実験プロトコル (p.111-113) に従って行った．
試薬
・ ψa plate
Tryptone pepton
Yeast extract
MgSO4・7H2O
精製寒天末
20 g
5g
5g
14 g
per liter
ψｂ
ψa に寒天を入れないもの
・Tfb I
30 mM CH3COOK
100 mM RbCl
10 mM CaCl2
50 mM MnCl2
15% (vol/vol) glycerol
氷酢酸を用いて pH5.8 に調製
・Tfb II
10 mM MOPS
75 mM CaCl2
10 mM RbCl
15% (vol/vol) glycerol
KOH を用いて pH6.5 に調製
操作
・
(1) ψa plate で一晩培養した E. coli DH5α 株のシングルコロニーを ψb 培地 5 ml に植菌し，
37°C
で 2 時間程度 (OD550=0.3) 振盪培養した (300 strokes/min)．
(2) 前培養液を 100 ml の ψb 培地に植菌し，
OD550=0.48 になるまで 37°C で振盪培養した (120
rpm)．
(3) 培養液を 5 分間氷冷し，遠心 (3,000 rpm, 5 min, 4°C) して集菌した．
(4) 菌体に Tfb I を 40 ml 加えて懸濁し，5 分間氷冷後，遠心して集菌した．
(5) 菌体に Tfb II を 4 ml 加えて懸濁し，15 分間氷冷後，室温 4°C で 50 μl ずつ分注し，使用
5
210
時まで-80ºC で保存した．
補 1-6．大腸菌の形質転換
操作
(1) -80°C で保存していたコンピテントセル (50 μl) を氷上で融解した (5～7 min) ．
(2) 50～100 μg 相当のプラスミド (プラスミド溶液の場合は 1～2 μl，ligation 反応液の場合
は全量～10 μl) を加えて混合 (タッピング) し，氷上で 30 min 静置した．
(3) 熱ショック (42°C, 90 sec) を与えた後，さらに氷上で 5 min 静置した．
(4) 500 μl の LB 培地を加えて，37°C で 15～60 min インキュベートした．
(5) 30 μl と 300 μl を Ap と X-gal を添加した LB 培地に塗布し，37°C で 8～16 hour 培養し
た．
補 1-7．大腸菌からのプラスミドの抽出（small scale）
試薬
・ Solution I
25 mM Tris-HCl (pH 8.0)
10 mM EDTA
50 mM glucose
・ Solution II (用時調製)
0.2 N
NaOH
1% (w/v) SDS
・ Solution III
potassium acetate 29.4 g
AcOH
11.5 ml
fill up to 100 ml
dH2O
・ フェノール/クロロホルム (2-2-3 参照)
・ 100% (w/v) エタノール
・ 70% (w/v) エタノール
・ TE buffer (2-2-3 参照)
・ 10 mg/ml RNaseA solution (2-2-3 参照)
操作
(1) Ampicillin (終濃度 100 μg/ml) を添加した 5 ml の LB 培地に大腸菌を植菌し，37°C で 8
～16 hour 振盪培養した (300 strokes/min) ．
(2) 2 ml の培養液を 2 ml チューブに移し，遠心 (13000 rpm, 2 min, RT) により集菌した．
この操作をもう 1 度繰り返した後，培養液 4 ml 分の菌体を 100 μl の solution I に懸濁
した (vortex) ．
(3) 200 μl の solution II を加えて穏やかに混合 (invert, 3 times) し，氷上で (厳密に) 5 min
静置した．
(4) 150 μl の solution III を加えて穏やかに混合 (invert, 3 times) し，氷上で 5 min (以上) 静
置した．
6
211
(5) 400 μl のフェノール/クロロホルムを加えて混合 (vortex, 30～60 sec) した後，遠心
(13000 rpm, 10 min, RT) し，上清を新しい 1.5 ml チューブに移した． 上清は 400 μl 取
れば十分であり，中間層を混入させないことを優先した．
(6) 100 %エタノールを 1 ml 加えて混合 (vortex, 3～5 sec ) し，氷上で 5 min (以上) 静置し
た後，遠心 (15000 rpm, 15 min, 4°C) し，上清を捨てた．
(7) 400 μl の 70％エタノールを加えてチューブの内壁をリンスした後，遠心 (15000 rpm, 5
min, 4°C) し，上清を捨て，デシケーターを用いてペレットをドライアップ (3～5 min)
した．
(8) 終濃度 10 μg/ml の RNaseA (DNase free) (Nippon gene) を含む TE buffer を 40 μl 加えて
ペレットを溶解し，37°C でインキュベート (15 min 以上) した後，-20°C で使用時ま
で保存した．
補 1-8．プラスミドの精製
試薬
・ TE buffer (2-2-3 参照)
・ 12.5 M LiCl
・ フェノール/クロロホルム (2-2-3 参照)
・ Ethachinmate
・ 100% (w/v) エタノール
・ 70% (w/v) エタノール
・ 滅菌 Mill Q 水
操作
(1) 抽出したプラスミドサンプルを TE buffer で 100 μl に fill up した．
(2) 12.5 M
LiCl を 25 μl 加えて，氷上で 15 min (以上) 静置した後，遠心 (15000 rpm, 15
min, 4°C) し，上清を新しい 2 ml チューブに移した．
(3) TE buffer を 375 μl 加えた後，フェノール/クロロホルムを 400 μl 加えて混合した
(vortex) ．
(4) 遠心 (15000 rpm, 15 min, RT) し，上清を新しい 1.5 ml チューブに移した．
(5) Ethachinmate を 1 μl 加えた後，100 % (w/v) エタノールを 1 ml 加えて混合 (vortex) し，
氷上で 10 min (以上) 静置した後，遠心 (15000 rpm, 15 min, 4°C) し，上清を捨てた．
(6) 400 μl の 70 ％エタノールを加えてチューブの内壁をリンスした後，遠心 (15000 rpm,
5 min, 4°C) し，上清を捨て，デシケーターを用いてペレットをドライアップ（3～5
min）した．
(7) 滅菌した Mill Q 水を 10 μl 加えてペレットを溶解し，flashing した後，-20°C で使用時
まで保存した．
補 1-10．サザン解析
試薬
7
212
・Denaturation buffer
[0.5 M NaOH, 1.5 M NaCl]
175.32 g の NaCl と 40 g の NaOH を適当量の dH2O に溶解し，2L に fill up する．
NaOH は溶解時に発熱するので，容器を冷やしながら少しずつ加えていくこと
に注意．また調製時及び保存時にガラス・金属器具は使用禁止．プラスチック
製の容器に入れて密閉し室温保存．安全のため，調製中は保護メガネ着用．
・Neutralization buffer
[0.5 M Tris, 3 M NaCl (pH 7.0)]
121.1 g の Tris と 350.6 g の NaCl を適当量の dH2O に溶解し，濃 HCl で pH 7.0 に
調整し 2L に fill up する．メジウム瓶に入れて室温保存．
・Buffer 1
[0.1 M Maleic acid, 0.15 M NaCl (pH 7.5)]
10 倍の濃度のストック溶液 (10×Buffer 1) を作っておくとよい．10×Buffer 1 の
作製法は，116 g のマレイン酸と 87.7 g の NaCl を適当量の dH2O に溶解し，NaOH
(粒) で pH 7.5 に調整し 1L に fill up しオートクレーブしてから室温保存．pH
が下がるまではマレイン酸は溶解せず，中和点付近で急激に溶解するので pH
調整の際には注意が必要．1×Buffer 1 は雑菌が生えやすいので，10×Buffer 1 を
薄めた後もう一度オートクレーブする．使用時も蓋を開けている時間がなるべ
く短くなるように注意する．
・Blocking stock solution
Blocking reagent を Buffer 1 で 10% (w/v) となるようにホットスターラーで熱を
加えながら攪拌して溶解させ，オートクレーブ後 4°C 保存．
・Buffer 2
[1%(w/v) Blocking reagent / Buffer 1]
Blocking stock solution を Buffer 1 で 10 倍希釈する．(要時調製)
・20×SSC
[3 M NaCl, 0.3 M Na3・citrate]
350.6 g の NaCl と 176.4 g の Na3・citrate・2H2O を適当量の dH2O に溶解し，NaOH
(粒) で pH 7.0 に調整し 2L に fill up して室温保存．
・Hybridization buffer
[5×SSC, 1% (w/v) Blocking reagent, 0.02% (w/v) SDS, 0.1% (w/v)
N-Laurorylsarcosine]
125 ml の 20×SSC と 50 ml の Blocking stock solution，500 mg の N-ラウロイルサ
ルコシンナトリウム，1 ml の 10% (w/v) SDS を dH2O に溶解し 500 ml に fill up
してメジウム瓶で-20°C 保存．500 ml 以上をまとめて調製してもよいが，融解
に時間がかかるので保存容器は 500 ml 容以下にする．
・希釈抗体溶液
Anti-Digoxigenin-AP, Fab fragments (Roche Diagnostics) を Buffer 2 で 150 mU/ml
となるように希釈した．例) 2 μl の抗体を 10 ml の Buffer 2 で希釈．(要時調製)
・Buffer 3
[0.1 M Tris, 0.1 M NaCl (pH 9.5)]
12.124 g の Tris と 5.850 g の NaCl を適当量の dH2O に溶解し，濃 HCl で pH 9.5
に調整する．経験上，濃 HCl を 700-800 μl 加えると pH 9.5 となる．1L に fill up
して filtration 後 4°C 保存．濃 HCl はパスツールピペットでとること．ピペット
マンを用いると揮発した塩化水素によって金属部が痛む．
・発色溶液
200 μl の NBT/ BCIP Stock Solution (Roche Diagnostics) を 10 ml の Buffer 3 に溶
解する．NBT/ BCIP Stock Solution が直接皮膚に付くと皮膚が剥けて痛い思いを
することになるので，使い捨て手袋をして調製すること．(要時調製)
操作
＜プローブの作製＞
8
213
(1) 300 ng～1 μg のラベルする DNA 断片と滅菌 MilliQ 水で計 16 μl の溶液を調製し，99°C
のヒートブロックで 10 min 加熱し，すみやかに氷上に移して 3 min (以上) 急冷し変性さ
せた．
(2) 4 μl の DIG-High Prime (Roche Diagnostics; ランダムプライマー，dNTP，DIG 結合 dUTP，
Klenow fragment，buffer 成分があらかじめ混合されている) を加えて 37℃で 4-20 h 反応
させた．
(3) 0.8 μl の 0.5 M EDTA を加えて混合し，65°C (ヒートブロック) で 10 分間加熱すること
で反応を停止した．
(4) ハイブリダイゼーションの前に 98°C (ヒートブロック) で 5 分間加熱し，ただちに氷上
に移して変性させてから使用した．
(5) 使用済みプローブ液 (＜洗浄・検出＞の項を参照) を再利用する場合は，沸騰水中で
10-15 分間加熱し，ただちに氷上に移して変性させてから使用した．
＜アガロースゲルからメンブレンへの転写＞
VacuGene XL Vacuum Blotting System (Amersham Biosciences, LTD., Buckinghamshire, UK) を
用いて行い，操作手順はそのプロトコルを一部改変して行った．
(1) 電気泳動後のゲルを VacuGene XL Vacuum Blotting System にセットし，0.2 N HCl をゲル
の表面を覆う様に加え， 50 ヘクトパスカルの圧力で吸引した (15 分)．
(2) ゲル表面より HCl 液を除いた後，Denaturation buffer を加えて 15 分吸引した．
(3) Neutralization buffer を加えて 15 分吸引した後，20×SSC buffer をゲル高の 2 倍程度の
位置まで加えて 45 分間吸引した．
(4) 装置よりメンブレンを取り出し，UV を 5 分間照射した．
(5) すぐにハイブリダイゼーションに供さない場合は，メンブレンをキムタオルの間に挟ん
で 4°C で保存した．
＜プレハイブリダイゼーション・ハイブリダイゼーション＞
(1) メンブレンを 100 cm2 あたり 20 ml の hybridization buffer とともにハイブリダイゼーシ
ョンバッグ (以下バッグ) に封入し，68°C で 60 分穏やかに振とうした．[プレハイブリ
ダイゼーション]（以後，加える液量はメンブレン 100 cm2 あたりの量で示す．）
(2) メンブレンを新しいバッグに移し，Hybridization buffer 1 ml あたり 1 μl のプローブを加
えたプローブ液 15 ml とともに封入して，68°C で 8 時間以上穏やかに振とうした．[ハ
イブリダイゼーション]
＜洗浄・検出＞
(1) バッグを切り開きプローブ液を回収した．取り出したメンブレンをタッパーに移し，終
濃度 0.1%(w/v) の 10% SDS 溶液を加えた 2×SSC buffer を加え室温で 5 分間振とうし
9
214
た（2 回）．[未結合プローブの除去 1]
(2) 同様に 0.1％(w/v)SDS，0.1×SSC 溶液で 68°C，15 分間穏やかに振とうした（2 回）．[未
結合プローブの除去 2]
(3) Buffer 1 でメンブレンを 1 分間洗浄した．
(4) 90 ml の Buffer 2 に浸し，30 min 振とうした．[blocking]
(5) 10 ml の希釈抗体溶液に浸し，室温で 30 min 振とうした．
(6) メンブレンを 100 ml の終濃度 0.3% (v/v) Tween 20 を加えた Buffer 1 中で 15 min 振とう
した（2 回）
．[未結合抗体の除去]
(7) メンブレンを 20 ml の Buffer 3 で 2 分間平衡化させ，発色溶液 10 ml と共にバッグに
封入し，遮光して平らな場所に静置した．[発色]
(8) 望ましいシグナルが得られたら，メンブレンを取り出して，脱イオン水で洗浄した（3
回）．
＜デハイブリダイゼーション・再ハイブリダイゼーション＞
ハイブリダイゼーションをやり直したい場合や別のプローブとハイブリさせたい場合は，
キット添付のプロトコルに従ってメンブレンを加温した DMF 中に浸すことでプローブを剥
離し，再ハイブリダイゼーションを行った．
補 1-11．コロニーハイブリダイゼーション
＜コロニーのメンブレンへの転写＞
(1) シャーレより一回り小さいサイズに切ったメンブレンを，培地の表面にのせて 3 分ほど
放置してから静かに剥がし取り，コロニーをメンブレンに付着させた．2 種類のプロー
ブを用いる場合は，この操作を繰り返し，1 枚のプレート上のコロニーを 2 枚のメンブ
レンに転写した．
(2) コロニーが付着した面を上にしてキムタオル上で 5 min 乾燥させた．ポジティブコント
ロール及びネガティブコントロールとして，抽出 pCAR1 と Pf0-1 株の total DNA をそれ
ぞれ約 1 μl ずつメンブレンの余白にスポットした．
(3) 机の上に広げたサランラップの上に Denaturation buffer を 5 ml のせ，メンブレン (コロ
ニーの付着した面が上) を置いた．メンブレン全体が buffer で湿るようにして 5 min 静
置した．(コロニーの付着した面を buffer が流れると結果が汚くなるので，裏面から浸み
込ませるようにする．)
(4) コロニーが付着した面を上にしてキムタオル上に置き，余分な水分を除いた．
(5) (3) と同様にラップに Neutralization buffer を 5 ml のせ，メンブレン全体が buffer で湿る
ようにして 5 分静置した．
(6) コロニーが付着した面を上にしてキムタオル上に置き，10-15 min 乾燥させた．
(7) 2×SSC の入ったタッパーに入れ，5 min 振とうした．
10
215
(8) コロニーが付着した面を上にしてキムタオル上で 10-15 min 乾燥させた．
(9) メンブレンを，ペーパータオル・アルミホイルで順に包んで，
70ºC の乾熱機に入れ 30 min
静置した．
(10) メンブレンを取り出し，Wash buffer (0.05N NaOH, 0.1% SDS) の入ったタッパーに入れ
て 15 min 振とうした．
(11) すぐにハイブリダイゼーションに供さない場合は，メンブレンをキムタオルの間に挟ん
で乾燥させ 4°C で保存した．
以下，
「補 1-10．サザンハイブリダイゼーション」の＜プレハイブリダイゼーション・ハイ
ブリダイゼーション＞及び＜洗浄・検出＞を行った．
補 1-12．接合実験
＜フィルター接合＞
フィルターには，孔径 0.45 μm，直径 5 cm の cellulose membrane filter (ADVANTEC) を滅菌して
用いた．熱ショックは，接合伝達を阻害すると考えられている制限-修飾系 (Thomas & Nielsen,
2005) が弱まることを期待して行った．
(1) 供与菌と受容菌をそれぞれ 5 ml の LB 培地に植菌し，30°C で 14-18 hour 振盪培養した
(300 strokes/min) ．受容菌の培地には Km を添加した．
(2) 受容菌の培養液を試験管ごと 42°C の湯浴に 30 分間浸した．[熱ショック]
(3) 各培養液から 500 μl を取り，2 ml 容 tube 中で混合 (軽くピペッティング) した後，遠
心 (13000 rpm, 1 min, RT) して上清を捨てた．
(4) CF buffer (ミネラル未添加の NMM-4 液体培地) を 300 μl 加えて菌体をピペッティング
により懸濁した．
(5) 固体 LB 培地にのせたフィルターの上に，懸濁液全量を広げ，30°C で一晩培養した．
(6) 培地から剥がしたフィルターを 50 ml 容コーニング tube に入れ，CF buffer を 1 ml 加え
て voltex し，フィルターに付着した菌体を懸濁した．
(7) 懸濁液を適宜 CF buffer で希釈し，それぞれ 100 μl を選択培地にスプレッドした．30°C
でコロニーが現われるまで培養し，出現したシングルコロニーを接合伝達体候補株と
して，LB 培地と選択培地に交互にストリークすることによって単離した．
＜液体接合＞
フィルター接合の操作(4)まで同様に行った．
(5) 遠心 (13000 rpm, 1 min, RT) して上清を捨て，500 μl の LB 培地に懸濁した．懸濁液全
量を試験管中の 5 ml の LB 培地に加えて軽く混合し，30°C で一晩静置培養した．
(6) 培養液を適宜 CF buffer で希釈し，適当量を選択培地にスプレッドした．30°C でコロ
ニーが現われるまで培養し，出現したシングルコロニーを接合伝達体候補株として，
11
216
LB 培地と選択培地に交互にストリークすることによって単離した．
補 1-13．生育曲線の作成
(1) グリセロールストックを白金耳で LB プレートにストリークし，30°C で培養した (24
hour 以内)．
(2) 出現したシングルコロニーを滅菌つまようじを用いて，LB プレートと CAR プレート
に 10 個程度パッチし，30°C で培養した (24 hour 以内)．
(3) CAR プレート上にクリアーゾーンを作った株の LB プレート上のコロニーを白金耳で 5
ml の LB 液体培地に植菌し，30°C，300 rpm で 14-14.5 h 培養した．[前培養]
(4) 前培養液を LB 液体培地で 10 倍希釈して，OD600 を測定し，開始 OD600 が 0.05 となる
ように植菌量を計算した．
(5) 計算した前培養液量をそれぞれ 2 ml tube に入れ，遠心 (13,000 rpm, 1 min, RT) し，上
清を捨てた．[集菌]
(6) 1 ml の CF buffer (ミネラル未添加の NMM-4 液体培地) を加え，vortex ミキサーによっ
て菌を懸濁し，遠心 (13,000 rpm, 1 min, RT) し，上清を捨てた．[洗菌]
(7) 1 ml の CF buffer を加え，vortex ミキサーによって菌を懸濁し，これを植菌液 (OD600=5)
とした．
(8) 500 ml 容へそ付フラスコに入った 100 ml の NMM-4 液体培地に，1 ml の SUC ストック
(表 2-2 参照) を加えた [コハク酸終濃度：0.1% (wt/vol)]．1 ml を吸光度測定のブランク
用として採取した．
(9) 植菌液の全量を加え，30ºC，120 rpm で培養しながら，生育曲線の作成を行った．生育
は OD600 を測定することでモニタリングした．吸光光度計には，Pharmacia Biotech 社の
Ultrospec 1000 を用いた．
(10) 前培養液 2 ml を集菌 (13000 rpm, 1 min, RT) して上清を捨て，total DNA 抽出用に-20ºC
で保存した．
補 1-14．運動性試験
LB プレートまたは SUC プレート[0.1% (wt/vol) のコハク酸を含む NMM-4] を，寒天濃度
0.3, 0.5, 0.7, 1.0, 1.6% (wt/vol) で作成したものを用いて，以下の要領で行った．本培養以外
は通常の培養と同じく 1.6% (wt/vol) 寒天濃度のプレートを用いた．寒天には，ナカライテ
スク社 (Kyoto, Japan) の精製寒天末 (微生物培養用特製試薬，Code 01161-15) を用いた．
12
217
(1) グリセロールストックを白金耳で LB プレートにストリークし，30°C で培養した (24
hour 以内)．
(2) 出現したシングルコロニーを滅菌つまようじを用いて，LB プレートと CAR プレート
に 10 個程度パッチし，30°C で培養した (24 hour 以内)．
CAR プレート上にクリアーゾーンを作った株の LB+Km プレート上のコロニーを滅菌つま
ようじを用いて運動性試験プレートにパッチし，30°C で培養しながらコロニーの形状観察，
及びコロニー直径の測定を行った．コロニーの直径は，1 コロニーあたり 3 回，方向を変え
て測定した．
補 1-15．qRT-PCR 解析
＜サンプリング＞
「補 1-13．生育曲線の作成」と同様の手順で，アントラニル酸，安息香酸，カルバゾール，
コハク酸のいずれかを終濃度 0.1% (wt/vol) で含む 100 ml の NMM-4 液体培地に，Pf0-1Km
株を初期 OD600 が 0.05 となるように植菌した．30ºC，120 rpm で培養し，6 時間後 (コハク
酸の場合は 4 時間後) に培養液をサンプリングした．サンプリングした培養液は，RNA を
安定化するため速やかに等量の RNAprotect Bacteria Reagent (QIAGEN) と混合した．その後
の操作は添付のプロトコルに従い菌体を集菌し，RNA の抽出時まで-80ºC で保存した．
＜RNA の粗抽出＞
菌体からの RNA の抽出には，NucleoSpin(R) RNA II キット (MACHEREY-NAGEL) を使用し，
添付のプロトコルを以下のように変更して行った．主な変更点は，溶菌液の filtration に QIA
shredder (QIAGEN) を用いた点と，キット付属の DNase 処理を行わない点である．
(1) サンプリングした菌体に TE buffer (lysozyme を 0.2 mg/ml 含む) を 100 μl 加え，ピペッ
ティングと vortex ミキサーによってペレットをよく懸濁し，37ºC で 10 min インキュベ
ートした．
(2) RA1 buffer を 350 μl，β-mercaptoethanol を 3.5 μl 加え，軽く混合 (vortex, 2~3 sec) した．
13
218
(3) QIA shredder カラムに全量アプライし，遠心 (5000 ×g, 5 min, RT) した．
(4) 溶出液に 99.5% EtOH を 250 μl 加え，ピペッティングにより混合した．
(5) NucleoSpin RNA II カラムに全量 (約 700 μl) アプライし，遠心 (11000 ×g, 30 sec, RT) し
た [カラムへの吸着]．
(6) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 600 μl アプライして，
遠心 (11000 ×g,
30 sec, RT) した ．
(7) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 250 μl アプライして，
遠心 (11000 ×g,
2 min, RT) した [洗浄 2]．
(8) カラムを RNase free 1.5 ml 容チューブに移し，dH2O を 40 μl (カラムの中央にのるように
慎重に)アプライし，静置 (1 min) した後，遠心 (11000 ×g, 2 min, RT) した．
(9) 1 μl を濃度測定のためにとりおき，残りをすみやかに DNase I 処理に供した．濃度測定
および純度評価は，TE buffer で 50 倍希釈したサンプルを Beckman 社の DU 800
Spectrophotometer で吸光度 (A260, A280) を測定することで行った．
[濃度(ng/μl)=A260×40(RNA の吸光係数) ×50(希釈倍率)]
＜DNase I 処理＞
RQ1 DNase (Promega) を用い，添付のプロトコルに従って以下のように行った．
(1) 以下の組成で RNA と DNase を混合し，37ºC で 30 min 反応させた．(この間に前項の濃
度測定を行う．)
total RNA
(全量)
10X reaction buffer
RQ1 DNase (Promega)
計
40 μl
5 μl
(1 unit / μl)
5 μl
50 μl
(2) Stop solution を 5 μl 加えて，65 ºC (ヒートブロック)で 10 min 加熱し，反応を停止した．
＜RNA 精製＞
NucleoSpin(R) RNA Clean-up キット (MACHEREY-NAGEL) を使用し，添付のプロトコルに
従って行った．ただし，[カラムへの吸着]と[溶出]では，それぞれ溶液を 2 回カラムに通し
た．
＜cDNA 合成＞
逆転写酵素には SuperScriptTM II (Invitrogen) を，プライマーには Randam primer (Invitrogen)
を用い，サーマルサイクラーに PCR Thermal Cycler Dice Standard (Takara Bio, Shiga, Japan) を
用いて以下の手順で行った．
14
219
(1) 以下のように RNA とプライマーを PCR チューブに混合し，以下のプログラムでアニー
ルさせた．
total RNA
100 ng 相当
サイクル数
70 ºC
10:00
1
μl
25 ºC
10:00
1
μl
4 ºC
hold
1
3.33
11.00
(75 μg / μl)
計
時間
μl
滅菌 MillQ 水
Random primer (Invitrogen)
温度
7.67
(2) 反応後のチューブに以下の試薬を追加し，逆転写反応を行った．
5X First-Strand Buffer
4 μl
温度
時間
サイクル数
DTT
0.1 M
2 μl
25 ºC
10:00
1
dNTP
10 mM each
1 μl
37 ºC
60:00
1
40 units / μl
1 μl
42 ºC
60:00
1
200 units / μl
1 μl
70 ºC
10:00
1
20 μl
4 ºC
hold
1
RNaseOUT
SuperScript
TM
II
総計
(3) 反応液全量を 1.5 ml 容チューブに移し，1N NaOH を 6.67 μl 加えた．65 ºC (ヒートブロ
ック)で 30 min 加熱し，RNA を加水分解した．
(4) 1N HCl を 6.67 μl 加えて中和し，使用時まで-20 ºC で保存した．
＜cDNA の定量＞
増幅酵素及び検出試薬には Power SYBR green PCR master mix (Applied Biosystems, Foster City,
CA) を用い，ABI 7300 real-time PCR system (Applied Biosystems) によって定量した．検量線
の作成には，用いるプライマーの PCR 産物を pT7Blue T-vector (Novagen) にクローニングし
たプラスミドを template DNA として，1 nM～100 aM に 10 倍ずつ段階希釈して用いた．
プライマーは Primer3 ver 0.4.0 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi) を用
いて，増幅断片が 100～150 bp の範囲になるように設計した．
＜反応系＞
cDNA または template DNA
2.00
μl
primer -F
50 μM
0.08
μl
primer -R
50 μM
0.08
μl
7.84
μl
10.00
μl
20
μl
滅菌 MillQ 水
Power SYBR green PCR master mix
計
15
220
＜昇温プログラム＞
温度
時間
サイクル数
備考
95ºC
10:00
1
酵素に結合している抗体を変性
95ºC
00:05
60ºC
00:10
72ºC
00:35
95ºC
00:15
60ºC
01:00
95ºC
00:15
4ºC
hold
変性
40
アニール
伸長 (蛍光検出ステップ)
1
dissociation 分析サイクル
1
補 1-16．アレイサンプル調製
＜RNA 抽出＞
NucleoSpin(R) RNA II キット (MACHEREY-NAGEL) を使用し，添付のプロトコルを以下の
ように変更して行った．主な変更点は，溶菌液の filtration に QIA shredder (QIAGEN) を用い
た点と，キット付属の DNase 処理を行わない点である．
(10) サンプリングした菌体 (50 ml 容チューブに入っている) に TE buffer (lysozyme を 0.2
mg/ml 含む) を 200 l 加え，ピペッティングと vortex ミキサーによってペレットをよく
懸濁し，37ºC で 10 min インキュベートした．
(11) RA1 buffer を 700 l，β-mercaptoethanol を 7.0 l 加え，軽く混合 (vortex, 2~3 sec) した．
(12) QIA shredder カラム 2 つに半量 (約 450 l) ずつアプライし，遠心 (5000 ×g, 5 min, RT) し
た．
(13) (以下 1 つのカラムに対する操作を述べる) 溶出液に 99.5% EtOH を 250 l 加え，ピペ
ッティングにより混合した．
(14) NucleoSpin RNA II カラムに全量 (約 700 l) アプライし，遠心 (11000 ×g, 30 sec, RT) し
た[Binding]．
(15) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 600 l アプライして，
遠心 (11000 ×g,
30 sec, RT) した [洗浄 1]．
(16) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 250 l アプライして，
遠心 (11000 ×g,
2 min, RT) した [洗浄 2]．
(17) カラムを RNase free 1.5 ml 容チューブに移し，dH2O を 40 l (カラムの中央にのるように
慎重に)アプライし，静置 (1 min) した後，遠心 (11000 ×g, 2 min, RT) した [溶出]．
(18) カラム 2 本分の溶出液を合わせて混合 (ピペッティング) し，1 μl を濃度測定のために
とりおき，残りをすみやかに DNase I 処理に供した．濃度測定および純度評価は，TE
buffer で 50 倍希釈したサンプルを Beckman 社の DU 800 Spectrophotometer で吸光度 (A260,
16
221
A280) を測定することで行った．
[濃度(ng/μl)=A260×40(RNA の吸光係数) ×50(希釈倍率)]
＜DNase I 処理＞
RQ1 DNase (Promega) を用い，添付のプロトコルに従って以下のように行った．
(1) 以下の組成で RNA と DNase を混合し，37ºC で 30 min 反応させた．(この間に前項の濃
度測定を行う．)
total RNA
(全量)
10 l
10X reaction buffer
RQ1 DNase (Promega)
計
80 l
(1 unit / l)
10 l
100 l
(2) Stop solution を 10 l 加えて，65 ºC (ヒートブロック)で 10 min 加熱し，反応を停止した．
＜RNA 精製＞
(1) DNase I 処理後のサンプル (110 l) に，RA1 buffer を 350 l，β-mercaptoethanol を 3.5 l
加えた．
(2) 99.5% EtOH を 250 l 加えてピペッティングにより混合した．
(3) NucleoSpin RNA II カラムに全量をアプライし，遠心 (11000 ×g, 30 sec, RT) した
[Binding]．フロースルーをもう一度カラムにアプライし，遠心 (11000 ×g, 30 sec, RT) し
た．
(4) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 600 l アプライして，
遠心 (11000 ×g,
30 sec, RT) した [洗浄 1]．
(5) カラムを新しい collection tube に移し，RA3 buffer を 250 l アプライして，
遠心 (11000 ×g,
2 min, RT) した [洗浄 2]．
(6) カラムを RNase free 1.5 ml 容チューブに移し，dH2O を 40 l (カラムの中央にのるように
慎重に)アプライし，静置 (1 min) した後，遠心 (11000 ×g, 2 min, RT) した [溶出 1]．
(7) 溶出液を再びカラムにアプライし，静置 (1 min) した後，遠心 (11000 ×g, 2 min, RT) し
た [溶出 2]．
＜cDNA 合成・RNA 加水分解＞
ランダムプライマーには Random Primer (3 μg / μl, Invitrogen) を 75 ng / μl に希釈して用い，
逆転写酵素には SuperScriptTM II Reverse Transcriptase (Invitrogen) を用いて，以下の手順で行
った．
手順
17
222
(1) 以下のように RNA とプライマーを PCR チューブに混合し，以下のプログラムでアニー
ルさせた．
12 g 相当
total RNA
RNase free H2O
Random primer (Invitrogen)
(75 g / l)
計
20
l
10
l
30
l
(2) 反応後のチューブをタッピ
ング→フラッシングした後，以下の試薬を追加し，逆転写
反応を行った．
温度
時間
サイクル数
70 ºC
10:00
1
25 ºC
10:00
1
4 ºC
hold
1
12
l
温度
時間
サイクル数
0.1M DTT
6
l
25 ºC
10:00
1
10 mM dNTP + dUTP
3
l
37 ºC
60:00
1
40 units / l
1.5
l
42 ºC
60:00
1
200 units / l
7.5
l
70 ºC
10:00
1
60
l
4 ºC
hold
1
5X First-Strand Buffer
RNaseOUT
TM
SuperScript
総計
(3) 反応後のチューブをタッピング→フラッシングしてから，全量を 1.5 ml 容チューブに移
し，1N NaOH を 20 l 加えた．65 ºC (ヒートブロック) で 30 min 加熱し，RNA を加水分
解した．
(4) 1N HCl を 20 l 加えて中和した．
＜cDNA 精製＞
QIAquick PCR Purification Kit (QIAGEN)を用いた．これは，添付の説明書によると，サンプ
ルから 40 bp 以下の DNA (primer など) や未反応のヌクレオチド，ポリメラーゼ，塩を除き，
100 bp から 10 kbp の二本鎖・一本鎖 DNA を回収するキットである．
試薬
キットに添付
・PB buffer (標準の PBI バッファーの pH 指示薬を含まないもの，Qiagen 社に問い合わせる
と送付してもらえる．pH 指示薬の成分は企業秘密だが，励起波長 367 nm，エミッション
波長 570 nm であり，アレイの検出時にバックグラウンドを上げてしまう恐れがあると
Qiagen 社は警告している)
・PE buffer (開封時に 99.5% EtOH を指示量加える)
・EB buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)
手順
18
223
始める前に
・PE buffer のフタに EtOH を加えた印があるか確かめる
・PB buffer および EB buffer の pH を pH 試験紙で確かめる．PB buffer は pH ≤ 7.5，EB buffer
は pH ≥ 8.5 であればよい．この範囲にない場合は，3 M sodium acetate (pH 5.0) で調整す
る．
(1) RNA 加水分解後のサンプル (100 μl) に PB buffer を 500 μl (5 倍量) 加えた．
(2) QIAquick Spin Column (以下カラム) に全量をアプライし，遠心 (17900 × g，1 min，RT) し
た．フロースルーは捨てずに，精製後の cDNA 濃度を確めるまで保存した．
(3) カラムに PE buffer を 750 μl アプライし，遠心 (17900 × g，1 min，RT) した．フロース
ルーは捨てずに，精製後の cDNA 濃度を確めるまで保存した．
(4) さらに遠心 (17900 × g，1min，RT) して，カラムを dry up した．
(5) カラムを 1.5 ml tube にセットし，EB buffer を 30 μl (カラムの中央にのるように慎重に)
アプライし，静置 (1 min) した．
(6) 遠心 (17900 × g，1min，RT) して，cDNA を溶出した． (添付の説明書によると，30 μl
で溶出した場合の液量は約 28 μl になる．)
(7) 溶出液を再びカラムにアプライし静置 (1 min) した後，遠心 (11000 ×g, 2 min, RT) した．
(8) 1 μl をとって EB buffer で 50 倍希釈し， Beckman 社の DU 800 Spectrophotometer で吸光
度 (A260, A280) を測定することで濃度測定および純度評価を行った．
[濃度(ng/μl)=A260×33(single-stranded cDNA の吸光係数) ×50(希釈倍率)]
＜断片化・ラベリング＞
(1) 以下の組成で cDNA と試薬を PCR チューブに混合し，サーマルサイクラーを用いて以
下のプログラムで反応させた．
ss DNA
5 g 相当
温度
時間
サイクル数
39.5
l
37 ºC
60:00
1
10X buffer
4.8
l
93 ºC
2:00
1
1
2.25
l
4 ºC
UDG
1.5
l
48.05
l
RNase free H2O
計
2-10 min
1
(2) 3 μl を分取してアガロースゲル電気泳動に供し，断片化の程度を確認した．
(3) 残り全量に，以下の試薬を追加し，サーマルサイクラーを用いて以下のプログラムでラ
ベリング反応を行った．
断片化 cDNA
45
l
19
224
5X buffer
TdT
Biotin ddUTP
5 mM
計
温度
時間
サイクル数
12
l
37 ºC
60:00
1
2
l
70 ºC
10:00
1
1
l
4 ºC
2-10 min
1
60
l
＜ハイブリダイゼーション＞
GeneChip Hybridization, Wash and Stain Kit (Affymetrix)を用い，以下の手順で行った．
(1) 以下の組成でラベルド cDNA と試薬を 1.5 ml 容チューブに混合し，hybridization cocktail
を調製した．すぐにハイブリさせない場合の保存は 6-8 時間なら 4ºC，数日なら-20ºC
とし，半永久的に保存する場合は-80ºC とした．
Labeled cDNA
Control Oligonucleotide B2
3 nM
2X Hybridization mix
DMSO
室温保存
RNase free H2O
計
60
l
3.3
l
100
l
14
l
23.7

200
l
(2) hybridization cocktail をタッピング，フラッシングし，99ºC のヒートブロックで 5 分間加
熱した．
(3) 50ºC のヒートブロックに移し，5 分間加熱した (pCAR1 チップの場合は 45ºC にする)．
(4) 室温で 15,000rpm にて 1 分間遠心した．
(5) 室温に戻したアレイチップに全量 (200 l) 注入した (pCAR1 チップの場合は 130 l に
する)．
(6) 50ºC のハイブリオーブンに入れ，60 rpm で回転させながら，16 時間ハイブリさせた
(pCAR1 チップの場合は 45ºC にする)．
補 1-17．Phenotype MicroArray 解析
20
225
試薬と器具
・PM パネル
使用時まで冷蔵保存した．
・1.2×IF-0 [IF-0a GN/GP Base inoculating fluid (1.2x), Biolog, code 72268]
・1.2×IF-10 [IF-10a GN Base inoculating fluid (1.2x), Biolog, code 72264]
・100×dye [Biolog Redox Dye mix A (100x), Biolog, code 74221]
瓶をアルミホイルで巻いて遮光し，冷蔵保存．
・10×Sodium succinate/ ferric citrate (終濃度は 20 mM/2 μM)
54.02 g の sodium succinate (Sigma, code S2378) と 4.9 mg の ferric citrate (Sigma,
code F6129) を MilliQ 水に溶解して 1L に fill up し，その一部をフィルター滅菌
し 50 ml 容チューブに入れて冷蔵保存した．※Biolog 社のプロトコルでは 100×
のストック溶液を作製するように指示されているが，その通りに作製しても溶解
しきらなかったため，10×のストック溶液を作製し，その分使用時に混合する水
を減らすことにした．
・滅菌済み MilliQ 水
メジウム瓶に入れ 121ºC で 20 min オートクレーブ滅菌した．
・R2A プレート
Difco R2A Agar (Becton Dickinson, Sparks, MD, USA; Code 218263) をボトルに指
示された量の dH2O に溶解し，121ºC で 20 min オートクレーブ滅菌した後，プラ
スチック製滅菌シャーレに無菌的に分注することで作製した．メーカー表示によ
21
226
る 1L あたりの組成は，Yeast extract, 0.5 g; Proteose Peptone No.3 0.5 g; Casamino
acids 0.5g; Dextrose 0.5g; Soluble Starch 0.5 g; Sodium pyruvate 0.3 g; Dipotassium
phosphate 0.3 g; Magnesium sulfate 0.05 g; Agar 15.0 g である．
・滅菌済み柄付き綿棒 (sterile cotton swabs, Biolog, code 3021)
・8 連ピペット (100 μl)
・ねじ蓋つきガラス試験管
手順
(1) グリセロールストックを白金耳で LB プレートにストリークし，30°C で培養した (24
hour 以内)．
(2) 出現したシングルコロニーを白金耳を用いて，R2A プレートと CAR プレートにストリ
ークし，30°C で培養した (24 hour 以内)．
(3) ねじ蓋つきガラス試験管に IF-0 12 ml (1.2×IF-0 10 ml, 滅菌済み MilliQ 水 2 ml) を入れ，
濁度計にセットして針が 100%T を指すようにダイヤルを調節した．
(4) 滅菌綿棒を試験管内の IF-0 に浸し，R2A プレート上のコロニーを集めて 42%T になる
ように IF-0 に懸濁した．コロニーを集める際はプレートを削り取らないように，軽く
プレートをなでるぐらいにした．
(5) プラスチック製滅菌シャーレ (直径 8 cm, これより大きいシャーレの場合は 8 連ピペ
ットで液が吸いきれなくなるので全体の液量を増やしたほうがよい) に IF-0+Dye，
IF-0+Dye+Succinate，IF-10+Dye を下表に従ってそれぞれ調製した．
(6) 8 連ピペットを用いて PM パネルに 1 well あたり 100 μl 分注した．
(7) PM パネルの蓋をして (蓋はかぶせただけでテープなどで密封していない)，Omnilog シ
ステムを用いて 30°C で 48 h 静置培養した．培養中は，15 min おきに装置内の CCD カ
メラによってプレートの画像が自動取得され，色素量の定量を行った．
IF-0+Dye
IF-0+Dye+Succinate
IF-10+Dye
1.2×IF-0
13.996 ml
13.75 ml
-
1.2×IF-10
-
-
17 ml
10×Sodium succinate/
-
1.98 ml
-
100×Dye
204 μl
198 μl
204 μl
42%T 懸濁液
3.4 ml
3.3 ml
(IF-0+Dye を)102 μl
滅菌 MilliQ 水
2.799 ml
770μl
3.196 ml
計
20.4 ml
19.998 ml
20.5 ml
ferric citrate
22
227
データ解析
1. Data File Converter を用いたファイルの変換
(1) Step 1 の「Load D5E Data File」をクリックして，変換したい D5E ファイルを選ぶ．こ
こでは例として「KMP_359_100915_A.D5E」を選択．すると上にこのファイル内の全プ
レートの内容が表示される．
(2) Step 2 の「Convert D5A to OKA」をクリック
(3) D5E フ ァ イ ル と 同 じ フ ォ ル ダ に OKA フ ァ イ ル が 生 成 す る ． こ こ で は
「KMP_359_100915_A_25.OKA」~「KMP_359_100915_A_36.OKA」が生成した．
「25」~「36」
は機器内のプレートの位置を表す番号である．
2. File Management/ Kinetic Plot Version を用いた Data list の作成
(1) ソフトを起動し「Define Data list」タブを選択
23
228
(2) 右上の「Data File Search」ボタンをクリック．
「Data File Search Dialog」ウィンドウが開
くので，右側でファイルのあるフォルダを選択し，左側で適当な検索条件を設定して
右下の「Find Data Files in Selected Directry」ボタンをクリック．
(3) Work List に該当したファイルが列挙されるので，目的のファイルを選択し「Add Selected
24
229
Plate(s)」ボタンをクリックすると，選択したファイルが Data List に表示される．これ
を繰り返して一つの Data list にまとめたいファイルすべてを Data List に表示させる．
(4) 「Save」ボタンをクリックして適当な名前で保存する．「Data List versionB」という形
式で保存される．
(5)
3. Parametric Version を用いた解析と図の作成
(1) 「Define Data List」タブをクリック
25
230
(2) Test と Ref にそれぞれ Data list ファイルを登録する．
(3) 「Export」タブから「Exort All Data from Data List 1」を選ぶと Test に選んでいる Data list
の各種パラメーターが CSV ファイルに出力される．Lot.1 のみ，Lot.2 のみの Data list
26
231
を用意してパラメーターを出力するとよい．
(4) CSV ファイルを Excell で開くとこのような形式になっている
(5) 必要な行 (1 行×96 列) をコピーし，別の Excell ファイルに「形式を選択して貼り付け」
→「行と列を入れ替え」で貼りつけると 96 行×1 列のデータになって扱いやすい
27
232
PM1 C-sources
A1
Neg at ive
Con t rol
A2
L- Ar abi nos e
A3
N- Ac ety l- D Gl uc os a min e
A4
D- Sa cc ha ri c
Acid
A5
Succ inic Acid
A6
D- G ala cto se
A7
L- As pa r tic Ac id
A8
L- Pr oli ne
A9
D- Al ani ne
A10
D- T reh alos e
A11
D- M an nos e
A12
Dul ci tol
B1
D- Se ri ne
B2
D- So rb it ol
B3
Gly c e rol
B4
L-F ucos e
B5
D- G luc ur onic
Acid
B6
D- G luc onic
Acid
B7
D, L- - Glyc er ol Phos pha te
B8
D- Xy lose
B9
L-L act ic Ac id
B10
For m ic Ac id
B11
D- M an nit ol
B12
L- Gl uta m ic Ac id
C1
D- G luc os e -6 Phos pha te
C2
D- G ala cto nic
Acid - -L ac t one
C3
D, L- M ali c Aci d
C4
D- R ibos e
C5
Tw een 20
C6
L- Rha m nos e
C7
D- F ruc tose
C8
Ace tic Ac id
C9
-D - Gl ucos e
C10
Ma lt ose
C11
D- M el ibi ose
C12
Thy mi din e
D- 1
L- Aspa ra gin e
D2
D3
D4
D5
D- As pa rti c Ac i d D- G luc os a m inic 1,2 -P ro pan edi ol Tw een 40
Acid
D6
-K eto - Gl ut ar ic
Acid
D7
-K eto - Bu tyr ic
Ac id
D8
- Met hyl - DGa lac tosi de
D9
-D -L act ose
D10
Lact ulos e
D11
Suc ros e
D12
Ur id ine
E1
L- Gl uta m in e
E2
M -T ar ta ric A cid
E3
D- G luc os e -1 Phos pha te
E4
D- F ruc tose -6 Phos pha te
E5
Tw een 80
E6
-Hy dr ox y
Gl uta r ic Ac i d- Lact one
E7
-Hy dr oxy
But yr ic Ac id
E8
- Me thy l- D Gl ucos ide
E9
Ado nit ol
E10
Ma lt ot ri ose
E11
2- Deo xy
Ade nosi ne
E12
Ade nosi ne
F1
Gly cy l -L As pa r tic Ac id
F2
Ci tr ic Ac id
F3
M -I nosi to l
F4
D- Th re oni ne
F5
Fu ma ric Ac id
F6
Br o mo S uc c i nic
Acid
F7
Pr opi onic Acid
F8
Mu cic Ac id
F9
Gly col ic Ac id
F10
Gly ox yl ic Ac id
F11
D- C ell obi ose
F12
Inos ine
G1
Gly cy l -L Gl uta m ic Ac id
G2
Tr ica rba lly lic
Acid
G3
L- Se rin e
G4
L-T hr eon ine
G5
L- Ala nin e
G6
L- Ala nyl Gly cin e
G7
Ac e toac et ic
Ac id
G8
N- Ac ety l- - D Ma nno sa mi ne
G9
Mo no Me thyl
Succ ina te
G1 0
Me thy l
Pyr uv a te
G1 1
D- M al ic Ac i d
G1 2
L- Ma lic A cid
H1
Gly cy l -L Pr oli ne
H2
p- Hy d rox y
Phe nyl Ac et ic
Acid
H3
m - Hy d roxy
Phe ny l Ac et ic
Acid
H4
Tyr a min e
H5
D- Ps icos e
H6
L-Ly x ose
H7
Gl ucu ron a mi de
H8
Pyr uv ic Ac id
H9
L- Ga lac ton ic
Acid - -L act one
H10
D- G ala ctu ro nic
Acid
H11
Phe nyle thy lam ine
H12
2- A min oe tha nol
PM1 MicroPlate™ Carbon Sources
PM2 C-sources
A1
Neg at ive
Con t rol
A2
Cho nd roi ti n
Sul fa te C
A3
-Cy c lo dex tr in
A4
- Cy cl odex t rin
A5
- Cy cl ode xt rin
A6
Dex tr in
A7
Ge lat in
A8
Gly cog en
A9
Inu lin
A10
La min ar in
A11
Ma nna n
A12
Pec tin
B1
N- Ac ety l- D Ga lac tos a m in e
B2
N- Ac ety lNeu ra m in ic
Acid
B3
- D- Al lose
B4
A myg dal in
B5
D- A rab ino se
B6
D- A rab it ol
B7
L- Ar abi to l
B8
Ar but in
B9
2- Deo xy- D Rib ose
B10
I- E ryt hr ito l
B11
D- Fuc ose
B12
3-0 - - DGa lac to pyra nosy l- D Ar abi nose
C1
Ge nti obi os e
C2
L- Gl ucos e
C3
Lact it ol
C4
D- M el ez i tos e
C5
Ma lt it ol
C6
- Met hyl - DGl uc os ide
C7
- Me thy l- D Ga lac tosi de
C8
3- Me thy l
Gl ucos e
C9
C10
- Me thy l- D - Met hyl - DGl uc u ron ic Ac id Ma nno sid e
C11
- Me thy l- D Xy lo sid e
C12
Pal at inos e
D1
D- R af fin ose
D2
Sal ic i n
D3
Sed ohe ptu los a
n
D4
L- So rbos e
D5
Sta c hyo se
D6
D- Ta gat ose
D7
Tur ano se
D8
Xyl ito l
D9
N- Ac ety l- D Gl uc os a min it ol
D10
-A m ino
But y r ic Ac id
D11
D12
-A m ino Val er ic But y r ic Ac id
Ac id
E1
Cap ri c Ac i d
E2
Cap ro ic Ac id
E3
Ci tr ac on ic Ac id
E4
Ci tr a mal ic Ac id
E5
D- G luc os a m ine
E6
2- Hy d rox y
Benz oic A cid
E7
4- Hyd rox y
Benz oic A cid
E8
- Hyd roxy
But yr ic Ac id
E9
- Hyd rox y
But yr ic Ac id
E10
-K eto Val er ic
Acid
E11
Ita con ic Aci d
E12
5- Ket o- D Gl ucon ic Ac id
F1
D- Lac tic A c id
Me thy l Es te r
F2
Ma lon ic Ac id
F3
Me lib ion ic Ac id
F4
Oxa lic A c id
F5
Oxa lo m alic
Acid
F6
Qu inic Ac id
F7
D- R ibo no -1, 4Lact one
F8
Seb acic A c id
F9
So rbic Acid
F10
Suc c ina m ic
Acid
F11
D- Ta rt ar ic Ac id
F12
L-T ar ta ri c Aci d
G1
Ace ta mi de
G2
L- Ala nin a mid e
G3
N- Ac ety l- LGl uta m ic Ac id
G4
L- Ar gin ine
G5
Gly c in e
G6
L- His ti din e
G7
L- Ho m ose rin e
G8
Hyd rox y - LPr oli ne
G9
L- Isol euc ine
G1 0
L-L euc i ne
G1 1
L-Ly sin e
G1 2
L- Me th ion ine
H1
L- O rni th ine
H2
LPhe nyla lan ine
H3
L- Pyr ogl ut a mic
Ac id
H4
L- Val ine
H5
D, L- Ca rn it ine
H6
H7
Sec -B uty la m ine D. LOc top a min e
H8
Put re scin e
H9
Dih yd roxy
Ace ton e
H10
2,3 -B ut ane dio l
H11
2,3 -B ut ano ne
H12
3- Hyd rox y 2 But ano ne
PM2A MicroPlate™ Carbon Sources
Supplemental Fig. S2-1． Phenotype MicroArrayの各プレートの構成 (全3ページ中1ページ目)
PM1-2 の各 well に入った化合物の名称を，プレート上での配置通りに示す．A1 の Negative
control には何も化合物が入っていない．
Supplemental Fig. S2-1
233
PM3 N-sources
PM3B MicroPlate™ Nitrogen Sources
A1
Neg at ive
Con t rol
A2
A m mon ia
A3
Ni tr it e
A4
Ni tr at e
A5
Ur ea
A6
Biu re t
A7
L- Ala nin e
A8
L- Ar gin ine
A9
L- Aspa ra gin e
A10
L- Aspa r tic Ac id
A11
L- Cys tei ne
A12
L- Gl uta m ic Ac id
B1
L- Gl uta m in e
B2
Gly c in e
B3
L- His ti din e
B4
L- Isol euc ine
B5
L-L euc i ne
B6
L-Ly sin e
B7
L- Me th ion ine
B8
LPhe nyla lan ine
B9
L- Pr oli ne
B10
L- Se rin e
B11
L-T hr eon ine
B12
L-T ry pto pha n
C1
L-T yr osin e
C2
L- Val ine
C3
D- Al ani ne
C4
D- As pa rag ine
C5
C6
D- As pa rti c Aci d D- G lu ta mi c
Acid
C7
D- Ly si ne
C8
D- Se ri ne
C9
D- Va lin e
C10
L- Ci tr ull ine
C11
L- Ho m ose rin e
C12
L- O rni th ine
D- 1
N- Ac ety l- D ,L Gl uta m ic Ac id
D2
N- Ph th aloy l- LGl uta m ic Ac id
D3
L- Pyr ogl ut a mic
Acid
D4
Hy d rox y la m ine
D5
Me thy la m ine
D6
N- A my la mi ne
D7
N- Bu tyl a mi ne
D8
Eth yla m ine
D9
Eth ano la m ine
D10
Eth y le ned ia mi n
e
D11
Put re scin e
D12
Ag ma ti ne
E1
His ta m ine
E2
-P hen y le thy lam ine
E3
Tyr a min e
E4
Ace ta mi de
E5
For m a mi de
E6
Gl uc u ron a mi de
E7
D, L- Lac ta mi de
E8
D- G luc osa m ine
E9
DGa lac tosa m in e
E10
DMa nno s a mi ne
E11
N- Ac ety l- D Gl uc os a min e
E12
N- Ac ety l- D Ga lac tosa m in e
F1
N- Ac ety l- D Ma nno s a mi ne
F2
Ade nin e
F3
Ade nosi ne
F4
Cy t id ine
F5
Cy t osi ne
F6
Gu ani ne
F7
Gu anos ine
F8
Thy mi ne
F9
Thy mi din e
F10
Ur aci l
F11
Ur id ine
F12
Inos ine
G1
Xan thi ne
G2
Xan tho sin e
G3
Ur ic Ac id
G4
All ox an
G5
All an toi n
G6
Pa rab anic Acid
G7
G8
D, L- -A m in o- N - - A min o- N But yr ic Ac id
But yr ic Ac id
G9
-A m ino - NCap ro ic Ac id
G1 0
D, L- -A m in oCap ry lic Ac id
G1 1
-A m ino - N Val er ic Ac id
G1 2
-A m ino - NVal er ic Ac id
H1
Ala - As p
H2
Ala - Gl n
H3
Ala - Gl u
H4
Ala - Gly
H5
Ala - His
H6
Ala -L eu
H7
Ala -T hr
H9
Gly - Gl n
H10
Gly - Gl u
H11
Gly - M et
H12
Me t -A la
H8
Gly - As n
PM4A MicroPlate™ Phosphorus and Sulfur Sources
PM4
P, S-sources
A1
Neg at ive
Con t rol
A2
Phos pha te
A3
Pyr oph osp hat e
A4
Tr i met aphosp ha te
A5
Tr ipo lyphosp ha te
A6
Tr iet hyl
Phos pha te
A7
Hyp oph osph it e
A8
A9
A10
A11
Ade nosi ne - 2’ Ade nosi ne - 3’ Ade nosi ne - 5’ Ade nosi ne mo nop hos pha te mo nop hos pha te mo nop hos pha te 2’, 3’ -cycl ic
mo nop hos pha te
A12
Ade nosi ne 3’, 5’ -cycl ic
mo nop hos pha te
B1
Thio pho sph ate
B2
Di thi oph osph at
e
B3
D, L- - Gly c er ol
Phos pha te
B4
- Glyc er ol
Phos pha te
B5
Ca rba m yl
Phos pha te
B6
D- 2- Ph osp ho Gly ce ric Ac id
B7
D- 3- Ph osp ho Gly ce ric Ac id
B8
B9
B10
B11
Gu anos ine - 2’ - Gu anos ine - 3’ - Gu anos ine - 5’ - Gu anos ine mo nop hos pha te mo nop hos pha te mo nop hos pha te 2’, 3’ -cycl ic
mo nop hos pha te
B12
Gu anos ine 3’, 5’ -cycl ic
mo nop hos pha te
C1
Phos pho eno l
Pyr uva te
C2
Phos pho Gly c ol ic Ac id
C3
D- G luc ose -1 Phos pha te
C4
D- G luc ose -6 Phos pha te
C5
2- Deo xy- D Gl uc os e 6 Phos pha te
C6
C7
D6- Phos pho Gl uc os a min e- 6- Gl ucon ic Ac id
Phos pha te
C8
C9
C10
C11
Cyt id ine - 2’ Cy t id ine - 3’ Cyt id ine - 5’ Cyt id ine - 2’ ,3’ mo nop hos pha te mo nop hos pha te mo nop hos pha te cyc lic
mo nop hos pha te
C12
Cyt id ine - 3’ ,5’ cyclic
mo nop hos pha te
D1
D- M an nos e -1 Phos pha te
D2
D- M an nose -6 Phos pha te
D3
Cy s tea m ine - SPhos pha te
D4
Phos pho -L Ar gin ine
D5
O -P hosp ho -D Se rin e
D6
O -P hosp ho -L Se rin e
D7
O -P hosp ho -L Thr eon ine
D8
D9
D10
D11
Ur id ine - 2’ Ur id ine - 3’ Ur id ine - 5’ Ur id ine - 2’ ,3’ mo nop hos pha te mo nop hos pha te mo nop hos pha te cyc lic
mo nop hos pha te
D12
Ur id ine - 3’ ,5’ cyclic
mo nop hos pha te
E1
O -P hosp ho -D Ty r osin e
E2
O -P hos p ho -L Tyr osin e
E3
Phos pho cr eat in
e
E4
Phos pho ry l
Cho lin e
E5
O -P hosp ho ryl Eth ano la m ine
E6
Phos pho no
Ace tic Ac id
E7
2- A min oe thyl
Phos pho nic
Ac id
E8
Me thy len e
Dip hos pho nic
Acid
E9
E10
E11
Thy mi din e- 3 ’Thy mi din e- 5 ’Inos it ol
mo nop hos pha te mo nop hos pha te Hex aph osph at e
E12
Thy mi din e
3’, 5’ - cy c lic
mo nop hos pha te
F1
Neg at ive
Con t rol
F2
Sul fa te
F3
Thio sul fa te
F4
Tet ra th ion ate
F5
Thio pho s ph ate
F6
Di thi oph osph at
e
F7
L- Cys tei ne
F8
D- Cy ste ine
F9
L- Cys tei nyl Gly cin e
F10
L- Cys teic Acid
F11
Cys tea m ine
F12
L- Cys tei ne
Sul fi nic Ac id
G1
N- Ac ety l- LCys tei ne
G2
S- M et hyl -L Cy s tei ne
G3
Cy s tat hio nin e
G4
Lant hi oni ne
G5
Gl uta th ion e
G6
D, L- Et hio nin e
G7
L- Me th ion ine
G8
D- M et hio nin e
G9
Gly cyl -L Me th ion ine
G1 0
N- Ac ety l- D ,L Me th ion ine
G1 1
L- Met hio nin e
Sul fox ide
G1 2
L- Me th ion ine
Sul fon e
H1
L- Dje nk o lic
Acid
H2
Thio ur ea
H3
1-T hio - - DGl ucos e
H4
D, L- Lip oa mi de
H5
Tau roc hol ic
Ac id
H6
Tau rin e
H7
Hyp ota ur ine
H8
p- A min o
Benz ene
Sul fon ic Ac id
H9
H10
But ane Sul fon ic 2Acid
Hyd rox yet han e
Sul fon ic Ac id
H11
Me th ane
Sul fon ic Ac id
H12
Tet ra m et hy le ne
Sul fon e
Supplemental Fig. S2-1． Phenotype MicroArrayの各プレートの構成 (全3ページ中2ページ目)
PM3-4 の各 well に入った化合物の名称を，プレート上での配置通りに示す．A1 (PM4 では
F1 も ) の Negative control には何も化合物が入っていない．
234
Supplemental Fig. S2-1
NaCl 6%ベース
PM9 Osmolytes
A1
Na Cl 1 %
A2
Na Cl 2 %
A3
Na Cl 3 %
A4
Na Cl 4 %
A5
Na Cl 5 %
A6
Na Cl 5 .5 %
A7
Na Cl 6 %
A8
Na Cl 6 .5 %
A9
Na Cl 7 %
A10
Na Cl 8 %
A11
Na Cl 9 %
A12
Na Cl 10 %
B1
Na Cl 6 %
B2
Na Cl 6 % +
Bet ain e
B3
Na Cl 6 % +
N- N Di me thy l
glyci ne
B4
Na Cl 6 % +
Sa rcos ine
B5
Na Cl 6 % +
Di m eth y l
s ulph ony l
pro pio na te
B6
Na Cl 6 % +
M O PS
B7
Na Cl 6 % +
Ect oin e
B8
Na Cl 6 % +
Cho lin e
B9
Na Cl 6 % +
Phos pho ry l
c hol ine
B10
Na Cl 6 % +
Cr ea tin e
B11
Na Cl 6 % +
Cr ea tin ine
B12
Na Cl 6 % +
L- Ca rn it ine
C1
Na Cl 6 % +
KC l
C2
Na Cl 6 % +
L-p ro lin e
C3
Na Cl 6 % +
N- Ac eth yl
L-g lu ta mi ne
C5
C4
Na C1 6 % +
Na C1 6 % +
- G lu ta mic ac id
–A m ino - nbuty ri c a c id
C6
Na C1 6 % +
Gl uta th ion e
C7
Na Cl 6 % +
Gly ce rol
C8
Na C1 6 % +
Tre hal ose
C9
Na C1 6 % +
Tr i met hy l a min e
-N -o xid e
C10
Na C1 6 % +
Tr i met hyl a min e
C11
Na Cl 6 % +
Oc top ine
C12
Na C1 6 % +
Tr igon el lin e
D- 1
Pot assi u m
c hlo ri de
3%
D2
Pot ass i u m
chlo ri de
4%
D3
Pot as s i u m
chlo ri de
5%
D4
Pot ass i u m
c hlo ri de
6%
D6
Sod iu m sul fa te
3%
D7
Sod iu m s ul fa te
4%
D8
Sod iu m sul fa te
5%
D9
Eth yle ne gly col
5%
D10
Eth yle ne gly col
10 %
D11
Eth yle ne gly col
15 %
D12
Eth yle ne gly col
20 %
E8
Ur ea
3%
E9
Ur ea
4%
E10
Ur ea
5%
E11
Ur ea
6%
E12
Ur ea
7%
D5
Sod iu m s ul fa te
2%
E1
E2
E3
E4
E5
E6
E7
Sod iu m fo r m ate Sod iu m fo r m ate Sod iu m fo r m ate Sod iu m fo r m ate Sod iu m fo r m ate Sod iu m fo r m ate Ur ea
1%
2%
3%
4%
5%
6%
2%
F5
Sod iu m Lac ta te
5%
F6
Sod iu m Lac ta te
6%
F7
Sod iu m Lac ta te
7%
F8
Sod iu m Lac ta te
8%
F9
Sod iu m Lac ta te
9%
F10
Sod iu m Lac ta te
10 %
F11
Sod iu m Lac ta te
11 %
F12
Sod iu m Lac ta te
12 %
G1
G2
G3
G4
G5
Sod iu m
Sod iu m
Sod iu m
Sod iu m
Sod iu m
Phos pha te p H 7 Phos pha te p H 7 Phos pha te p H 7 Phos pha te p H 7 Benz oa te p H5. 2
20 m M
50 m M
100 m M
200 m M
20 m M
G6
Sod iu m
Benz oa te p H5. 2
50 m M
G7
Sod iu m
Benz oa te p H5. 2
100 m M
G8
Sod iu m
Benz oa te p H5. 2
200 m M
G9
A m mon iu m
sulf at e p H 8
10 m M
G1 0
A m mon iu m
sulf at e p H 8
20 m M
G1 1
A m mon iu m
sulf at e p H 8
50 m M
G1 2
A m mon iu m
sulf at e p H 8
100 m M
H1
Sod iu m N it ra te
10 m M
H6
Sod iu m N it ra te
100 m M
H7
Sod iu m N it ri te
10 m M
H8
Sod iu m N it ri te
20 m M
H9
Sod iu m N it ri te
40 m M
H10
Sod iu m N it ri te
60 m M
H11
Sod iu m N it ri te
80 m M
H12
Sod iu m N it ri te
100 m M
F1
Sod iu m Lac ta te
1%
F2
Sod iu m Lac ta te
2%
H2
Sod iu m N it ra te
20 m M
F3
Sod iu m Lac ta te
3%
H3
Sod iu m N it ra te
40 m M
F4
Sod iu m Lac ta te
4%
H4
Sod iu m N it ra te
60 m M
H5
Sod iu m N it ra te
80 m M
pH 9.5 ベース
pH 4.5 ベース
PM10 pH
A1
pH 3. 5
A2
pH 4
A3
pH 4. 5
A4
pH 5
A5
pH 5. 5
A6
pH 6
A7
pH 7
A8
pH 8
A9
pH 8. 5
A10
pH 9
A11
pH 9. 5
A12
pH 10
B1
pH 4. 5
B2
pH 4. 5 +
L- Ala nin e
B3
pH 4. 5 +
L- Ar gin ine
B4
pH 4. 5 +
L- Aspa ra gin e
B5
pH 4. 5 +
L- Aspa r tic Ac id
B6
pH 4. 5 +
L- Gl uta m ic
Ac id
B7
pH 4. 5 +
L- Gl uta m in e
B8
pH 4. 5 +
Gly cin e
B9
pH 4. 5 +
L- His ti din e
B10
pH 4. 5 +
L- Isol euc ine
B11
pH 4. 5 +
L-L euci ne
B12
pH 4. 5 +
L-Ly sin e
C1
pH 4. 5 +
L- Me th ion ine
C2
pH 4. 5 +
LPhe nyla lan ine
C3
pH 4. 5 +
L- Pr oli ne
C4
pH 4. 5 +
L- Se rin e
C5
pH 4. 5 +
L-T hr eon ine
C6
pH 4. 5 +
L-T ry pto pha n
C7
pH 4. 5 +
L-T yr os in e
C8
pH 4. 5 +
L- Val ine
C9
pH 4. 5 +
Hyd rox yL- Pr oli ne
C10
pH 4. 5 +
L- O rni th ine
C11
C12
pH 4. 5 +
pH 4. 5 +
L- Ho m oa rgi nin e L- Ho m os e rin e
D- 1
pH 4. 5 +
Ant hr ani lic ac id
D2
pH 4. 5 +
L- No rle uc i ne
D3
pH 4. 5 +
L- No rv a lin e
D4
pH 4. 5 +
- A min o- N buty ri c aci d
D5
pH 4. 5 +
pA min obe nz o ate
D6
pH 4. 5 +
L- Cy s teic ac id
D7
pH 4. 5 +
D- Lysi ne
D8
pH 4. 5 +
5- Hyd rox y
Lysin e
D9
pH 4. 5 +
5- Hyd rox y
Try pto pha n
D10
pH 4. 5 +
D, L- Di a mi no
pi mel ic ac i d
D11
pH 4. 5 +
Tr i met hyl
am ine - N -oxi de
D12
pH 4. 5 +
Ur ea
E1
pH 9. 5
E2
pH 9. 5 +
L- Ala nin e
E3
pH 9. 5 +
L- Ar gin ine
E4
pH 9. 5 +
L- Aspa ra gin e
E5
pH 9. 5 +
L- Aspa r tic Ac id
E6
pH 9. 5 +
L- Gl uta m ic
Ac id
E7
pH 9. 5 +
L- Gl uta m in e
E8
pH 9. 5 +
Gly cin e
E9
pH 9. 5 +
L- His ti din e
E10
pH 9. 5 +
L- Isol euc ine
E11
pH 9. 5 +
L-L euci ne
E12
pH 9. 5 +
L-Ly sin e
F1
pH 9. 5 +
L- Me th ion ine
F2
pH 9. 5 +
LPhe nyla lan ine
F3
pH 9. 5 +
L- Pr oli ne
F4
pH 9. 5 +
L- Se rin e
F5
pH 9. 5 +
L-T hr eon ine
F6
pH 9. 5 +
L-T ry pto pha n
F7
pH 9. 5 +
L-T yr os in e
F8
pH 9. 5 +
L- Val ine
F9
pH 9. 5 +
Hyd rox yL- Pr oli ne
F10
pH 9. 5 +
L- O rni th ine
F11
F12
pH 9. 5 +
pH 9. 5 +
L- Ho m oa rgi nin e L- Ho m os e rin e
G1
pH 9. 5 +
Ant hr ani lic ac id
G2
pH 9. 5 +
L- No rle uc i ne
G3
pH 9. 5 +
L- No rv a lin e
G4
pH 9. 5 +
Ag ma ti ne
G5
pH 9. 5 +
Cad av e ri ne
G6
pH 9. 5 +
Put re sc in e
G7
pH 9. 5 +
His ta m ine
G8
pH 9. 5 +
Phe nyle thy la m in
e
G9
pH 9. 5 +
Ty r a min e
G1 0
pH 9. 5 +
Cr ea tin e
G1 1
pH 9. 5 +
Tr i met hyl
am ine - N -oxi de
G1 2
pH 9. 5 +
Ur ea
H1
X- Ca pr yla te
H2
X– - D Gl ucos ide
H3
X- -D Gl ucos ide
H4
X- - DGa lac tosi de
H5
X- -D Ga lac tosi de
H6
X- - D Gl uc u ron ide
H7
X- - D Gl uc u ron ide
H8
X- -D Gl ucos a min ide
H9
X- -D Ga lac tosa m in id
e
H10
X- - DMa nno s id e
H11
X- P O4
H12
X- S O4
Supplemental Fig. S2-1． Phenotype MicroArrayの各プレートの構成 (全3ページ中3ページ目)
PM9-10 の各 well に入った化合物の名称を，プレート上での配置通りに示す．同じ化合物
の濃度が段階的に変化している well を灰色三角形で表している．
Supplemental Fig. S2-1
235
PM9 Osmolytes
P. putida KT2440(pCAR1)
vs KT2440
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
P. aeruginosa PAO1(pCAR1)
vs PAO1
11 12
11
A
2
3
4
5
6
7
8
9
10
P. fluorescens Pf0-1(pCAR1)
vs Pf0-1
11 12
11
A
B
B
B
C
C
C
D
D
D
E
E
E
F
F
F
G
G
G
H
H
H
KT2440(pCAR1Δpmr)
vs KT2440(pCAR1)
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
11 12
B
B
B
C
C
D
D
D
E
E
E
F
F
F
G
G
G
H
H
H
3
4
5
6
7
8
6
7
8
9
10
11 12
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
KT2440(pCAR1ΔpmrΔphu)
vs KT2440(pCAR1)
KT2440(pCAR1ΔpmrΔpnd)
vs KT2440(pCAR1)
2
5
A
C
11
4
KT2440(pCAR1Δphu)
vs KT2440(pCAR1)
A
A
3
NaCl 6%
+X
KT2440(pCAR1Δpnd)
vs KT2440(pCAR1)
A
2
A
9
10
11
11 12
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
A
B
B
C
C
D
D
E
E
F
F
G
G
H
H
Supplemental Fig. S2-2 生データ上での 2 株間の比較 (PM9)
KT2440 株，PAO1 株，Pf0-1 株それぞれでの pCAR1 保持株と非保持株の比較，及び KT2440
(pCAR1) 株と各 NAPs 破壊株の比較を，生データ上で示す．1 つ 1 つの well の結果を各プレー
トの配置どおりに並べてあり，各マス目の横軸が培養時間 (0-48 h)，縦軸が発色した
tetrazolium violet 量 ( 菌株の呼吸量 ) を表す．各パネルの比較において，先に表記された株の
2 連の平均 ( 緑 ) と後に表記された株の 2 連の平均 ( 赤 ) の重ね合わせを示しており，重なり合っ
た部分を黄色で示す．
236
PM10 pH
P. putida KT2440(pCAR1)
vs KT2440
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
P. aeruginosa PAO1(pCAR1)
vs PAO1
11 12
11
A
2
3
4
5
6
7
8
9
10
P. fluorescens Pf0-1(pCAR1)
vs Pf0-1
11 12
11
A
B
B
B
C
C
C
D
D
D
E
E
E
F
F
F
G
G
G
H
H
H
KT2440(pCAR1Δpmr)
vs KT2440(pCAR1)
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
B
B
C
C
D
D
D
E
E
E
F
F
F
G
G
G
H
H
H
KT2440(pCAR1ΔpmrΔpnd)
vs KT2440(pCAR1)
4
5
6
7
8
6
7
8
9
10
11 12
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
A
B
3
5
pH 9.5
ベース
11 12
C
2
4
KT2440(pCAR1Δphu)
vs KT2440(pCAR1)
A
11
3
pH 4.5
ベース
KT2440(pCAR1Δpnd)
vs KT2440(pCAR1)
A
A
2
A
9
10
pH 4.5
ベース
pH 9.5
ベース
KT2440(pCAR1ΔpmrΔphu)
vs KT2440(pCAR1)
11 12
11
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11 12
A
B
B
C
C
D
D
E
E
F
F
G
G
H
H
Supplemental Fig. S2-2 生データ上での 2 株間の比較 (PM10)
KT2440 株，PAO1 株，Pf0-1 株それぞれでの pCAR1 保持株と非保持株の比較，及び KT2440
(pCAR1) 株と各 NAPs 破壊株の比較を，生データ上で示す．1 つ 1 つの well の結果を各プレー
トの配置どおりに並べてあり，各マス目の横軸が培養時間 (0-48 h)，縦軸が発色した
tetrazolium violet 量 ( 菌株の呼吸量 ) を表す．各パネルの比較において，先に表記された株の
2 連の平均 ( 緑 ) と後に表記された株の 2 連の平均 ( 赤 ) の重ね合わせを示しており，重なり合っ
た部分を黄色で示す．
237
238
Supplemental Table S3-1-1
R
U
S
J
L
J
R
P
R
L
O
R
C
R
S
T
R
T
R
E
-
T
C
C
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_0338
PP_0339
PP_0337
PP_0253
PP_0259
PP_0260
PP_0266
PP_0268
PP_0247
PP_0007
PP_0008
PP_0009
PP_0013
PP_0018
PP_0021
PP_0060
PP_0097
PP_0120
PP_0121
PP_0123
PP_0127
PP_0128
PP_0136
PP_0137
PP_0138
PP_0150
PP_0151
PP_0153
PP_0165
PP_0173
PP_0196
PP_0006
PP_0005
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
COG Locus Tag Strand
K1
Cluster
aceF
aceE
oprQ
nudE
pckA
envZ
gltP
thrB
polA
glyS
rnpA
rpmH
gyrB
yidC
trmE
Gene
HAD superfamily hydrolase
ADP-ribose diphosphatase NudE
agmatine deiminase
outer membrane porin
diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC
and GAF sensor(s)
dihydrolipoamide acetyltransferase
pyruvate dehydrogenase subunit E1
tRNA modification GTPase TrmE
putative inner membrane protein translocase
component YidC
hypothetical protein
ribonuclease P
50S ribosomal protein L34
DNA gyrase subunit B
hypothetical protein
hypothetical protein
glycyl-tRNA synthetase subunit beta
hypothetical protein
periplasmic solute binding protein
homoserine kinase
DNA polymerase I
DsbA family thiol:disulfide interchange protein
endonuclease/exonuclease/phosphatase
inhibitor of vertebrate lysozyme
glutamate/aspartate:proton symporter
nucleoside recognition domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
GGDEF domain-containing protein
transcriptional factor-related protein
ABC transporter ATP-binding protein
integral membrane sensor signal transduction histidine
kinase
Product Name
1843
2698
471
1865
129
231
345
1202
464
1413
2023
3128
861
1207
144
832
238
193
336
368
683
194
91
184
133
1135
1307
711
167
357
525
693
2h
122
1992
3341
425
2220
150
162
305
1445
400
1491
2616
4302
864
1646
139
766
258
258
289
336
825
182
77
94
106
1084
1455
2526
159
342
426
711
66
62
87
56
51
67
64
37
38
24
20
20
77
407
53
55
70
99
85
81
97
30
17
9
23
221
56
84
43
39
22
17
KT2440
4h
6h
114
18
39
71
104
98
46
62
134
51
72
45
39
99
49
456
41
69
148
106
114
111
143
42
30
3
28
111
70
31
47
66
47
12
8h
53
1511
2059
484
1630
192
298
376
909
524
1345
1800
2296
897
1032
118
771
370
311
398
468
850
246
136
148
199
928
1141
578
187
339
549
741
1853
2715
463
1906
190
264
318
902
439
1513
2120
2904
945
1231
144
862
360
285
353
424
890
250
116
173
154
1129
1241
1819
198
376
528
777
446
233
206
446
104
135
177
201
141
264
507
392
177
1231
141
142
123
227
154
189
340
133
100
116
113
482
173
710
127
305
145
240
245
134
166
256
88
123
173
135
115
125
263
132
116
748
107
96
154
161
158
186
235
93
39
77
92
768
216
438
82
184
106
153
KT2440(pCAR1)
2h
4h
6h
8h
183
194
136
113
Supplemental Table S3-1-1. KT2440株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した1240個のORF
2.76
1.86
1.24
2.80
0.70
1.01
1.47
1.65
1.14
2.04
2.99
2.61
1.21
1.60
1.14
1.15
0.81
1.19
0.86
1.22
1.81
1.05
0.65
0.88
0.82
2.78
1.63
3.09
0.99
2.25
1.18
1.91
1.09
d(max)
7.75
5.12
3.44
7.22
3.13
4.72
3.55
5.17
3.38
5.14
8.24
6.30
3.58
4.31
3.31
3.09
3.27
3.96
3.02
4.18
4.88
3.90
3.05
3.59
3.82
5.34
4.76
9.37
3.12
6.22
3.79
5.42
5.11
A(sum)
Supplemental Table S3-1-1
239
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
M
M
H
R
L
J
H
G
R
E
E
E
F
E
K
J
U
K
J
J
J
J
K
K
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
PP_0341
PP_0342
PP_0345
PP_0346
PP_0378
PP_0379
PP_0380
PP_0388
PP_0389
PP_0392
PP_0415
PP_0416
PP_0417
PP_0420
PP_0421
PP_0428
PP_0432
PP_0438
PP_0440
PP_0441
PP_0442
PP_0443
PP_0444
PP_0445
PP_0446
PP_0447
PP_0448
PP_0449
PP_0450
PP_0451
PP_0452
PP_0453
PP_0454
PP_0455
PP_0456
PP_0457
PP_0458
PP_0459
PP_0460
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
tuf
secE
nusG
rplK
rplA
rplJ
rplL
rpoB
rpoC
rpsL
rpsG
fusA
tuf
rpsJ
rplC
rplD
rplW
rplB
rpsS
rplV
rpsC
argC
pqqC
pqqB
pqqA
dnaG
rpsU
folB
rpe
gph
trpE
trpG
trpD
waaF
waaC
lipopolysaccharide heptosyltransferase II
lipopolysaccharide heptosyltransferase I
lipopolysaccharide kinase
lipopolysaccharide kinase
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB
coenzyme PQQ synthesis protein PqqA
DNA primase
30S ribosomal protein S21
dihydroneopterin aldolase
ribulose-phosphate 3-epimerase
phosphoglycolate phosphatase
anthranilate synthase component I
anthranilate synthase component II
anthranilate phosphoribosyltransferase
histidine triad (HIT) protein
N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
pantothenate kinase
elongation factor Tu
preprotein translocase subunit SecE
transcription antitermination protein NusG
50S ribosomal protein L11
50S ribosomal protein L1
50S ribosomal protein L10
50S ribosomal protein L7/L12
DNA-directed RNA polymerase subunit beta
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
30S ribosomal protein S12
30S ribosomal protein S7
elongation factor G
elongation factor Tu
30S ribosomal protein S10
50S ribosomal protein L3
50S ribosomal protein L4
50S ribosomal protein L23
50S ribosomal protein L2
30S ribosomal protein S19
50S ribosomal protein L22
30S ribosomal protein S3
577
419
614
390
1200
1385
1272
416
2820
373
804
420
708
942
921
1773
349
263
4663
2933
2962
4269
3646
4660
4476
2901
2865
3901
3721
3738
4359
3994
3472
3760
3018
3491
3624
3006
3423
545
334
605
367
248
320
1225
256
3960
342
712
350
679
962
769
2344
381
150
6742
3529
4267
6658
5000
7352
7054
3800
3787
6390
5842
5603
6935
6623
4938
5468
4664
5250
5382
4188
5256
72
42
83
54
65
60
74
92
42
103
42
11
28
46
23
129
33
35
586
170
208
289
185
307
248
155
161
249
210
217
577
174
79
119
98
84
179
58
127
54
38
85
46
75
57
201
111
92
74
82
41
53
24
34
349
57
40
659
282
362
333
183
271
211
136
147
438
302
236
559
255
116
130
115
111
206
69
93
562
455
708
501
595
642
846
457
2177
456
698
470
752
799
829
1632
387
230
3252
2443
2379
3026
2573
3288
3252
2293
2342
2959
2681
2674
3169
3035
2584
2752
2448
2440
2647
2219
2491
614
457
646
448
636
694
1250
377
2688
393
751
477
797
892
819
1750
371
242
4100
3034
3180
4279
3213
4402
4192
2900
2780
3693
3339
3509
4028
3774
3203
3667
2869
3292
3556
2635
3065
155
129
186
165
129
112
205
220
490
185
154
119
211
241
247
658
143
155
2888
1450
1595
1226
695
1481
1478
1016
1132
613
793
849
2557
1548
857
716
598
485
1011
329
635
126
106
149
148
108
116
169
190
209
194
124
87
147
144
156
311
124
102
1692
944
898
653
373
850
569
568
593
253
365
392
1544
607
318
402
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
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ileS
speA
thiL
pgpA
ribA
xseB
mpl
ubiD
accC-1
aroQ-1
ribBA-1
trx-1
nrdR
ribE-1
rplP
rpmC
rpsQ
rplN
rplX
rplE
rpsN
rplF
rplR
rpsE
rpmD
rplO
secY
rpsM
rpsD
rpoA
rplQ
hypothetical protein
30S ribosomal protein S20
isoleucyl-tRNA synthetase
50S ribosomal protein L16
50S ribosomal protein L29
30S ribosomal protein S17
50S ribosomal protein L14
50S ribosomal protein L24
50S ribosomal protein L5
30S ribosomal protein S14
50S ribosomal protein L6
50S ribosomal protein L18
30S ribosomal protein S5
50S ribosomal protein L30
50S ribosomal protein L15
preprotein translocase subunit SecY
30S ribosomal protein S13
30S ribosomal protein S4
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
50S ribosomal protein L17
major facilitator family transporter
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
thioredoxin
transcriptional regulator NrdR
riboflavin synthase subunit alpha
bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate
synthase/GTP cyclohydrolase II-like protein
thiamine monophosphate kinase
phosphatidylglycerophosphatase A
GTP cyclohydrolase II
exodeoxyribonuclease VII small subunit
UDP-N-acetylmuramate
aromatic acid decarboxylase
acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
3-dehydroquinate dehydratase
NUDIX hydrolase
arginine decarboxylase
Bcr/CflA family multidrug resistance transporter
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307
646
1678
569
391
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2392
261
267
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2690
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1213
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3181
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3581
4088
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3522
3635
3686
3615
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3766
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0.97
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PP_0816
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+
+
+
+
+
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+
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cyoups1
cyoups2
cyoA
cyoD
cyoE-2
hemA
uraA
upp
prsA
ipk
ychF
pth
ispB
rplU
rpmA
obgE
proB
creA
lspA
fkpB
ispH
clpB
lipoprotein signal peptidase
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type
4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
ClpB
group II intron-encoding maturase
polyprenyl synthetase
50S ribosomal protein L21
50S ribosomal protein L27
GTPase ObgE
gamma-glutamyl kinase
CreA family protein
hypothetical protein
GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD
peptidyl-tRNA hydrolase
50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc
ribose-phosphate pyrophosphokinase
4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
TPR domain-containing protein
glutamyl-tRNA reductase
uracil-xanthine permease
uracil phosphoribosyltransferase
hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
phospholipid/glycerol acyltransferase
histidine kinase
PemI-like protein
toxin ChpB
OmpA/MotB domain protein
signaling modulator of AmpD, AmpE
disulfide bond formation protein B
cyoups1 protein
cyoups2 protein
ubiquinol oxidase subunit 2
cytochrome o ubiquinol oxidase, protein CyoD
protoheme IX farnesyltransferase
aminotransferase
phosphonate ABC transporter periplasmic
phosphonate-binding protein
phosphate ABC transporter, ATP-binding protein,
putative
phosphonate ABC transporter inner membrane protein
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80
252
90
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133
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598
526
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460
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PP_0841
PP_0842
PP_0843
PP_0844
PP_0845
PP_0846
PP_0847
PP_0850
PP_0851
PP_0852
PP_0853
PP_0854
PP_0855
PP_0856
PP_0857
PP_0864
PP_0886
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
inositol-phosphate phosphatase
RNA methyltransferase
cysE serine O-acetyltransferase
BadM/Rrf2 family transcriptional regulator
iscS cysteine desulfurase
iscU scaffold protein
iscA iron-sulfur cluster assembly protein IscA
hscB co-chaperone HscB
hscA chaperone protein HscA
ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system
radical SAM enzyme, Cfr family
pilF type IV pilus biogenesis/stability protein PilW
Cro/CI family transcriptional regulator
ispG 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
hisS histidyl-tRNA synthetase
hypothetical protein
hypothetical protein
engA GTP-binding protein EngA
ornithine decarboxylase
hypothetical protein
integral membrane sensor signal transduction histidine
kinase
YceI family protein
integral membrane sensor signal transduction histidine
kinase
hypothetical protein
sodB superoxide dismutase
hypothetical protein
mreB rod shape-determining protein MreB
mreC rod shape-determining protein MreC
mreD rod shape-determining protein MreD
maf Maf-like protein
hisG ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit
hisD histidinol dehydrogenase
ndpA nucleoid-associated protein NdpA
hupN histone family protein DNA-binding protein
gcvP-1 glycine dehydrogenase
gcvH glycine cleavage system protein H
hemO heme oxygenase
edd phosphogluconate dehydratase
suhB
643
2095
358
1199
753
456
372
910
738
399
2311
794
1503
206
94
171
268
228
1288
413
358
1415
1364
1795
1815
990
563
953
1158
509
673
660
924
1301
976
1122
1455
173
2794
2527
392
1110
628
428
335
745
632
317
2606
809
1636
477
132
116
234
279
1268
346
344
1347
1288
1615
1877
861
496
971
1075
462
724
574
780
1255
982
997
1017
221
35
271
13
22
71
35
23
33
71
35
151
56
38
51
65
20
29
67
42
137
68
100
111
120
153
50
49
104
79
38
77
32
36
58
33
84
77
84
57
261
59
35
94
41
59
49
104
71
114
47
39
40
72
32
23
81
46
128
103
273
222
307
351
113
57
71
136
59
60
31
30
28
25
114
76
101
2062
1716
436
1206
721
461
368
867
676
493
1935
313
423
1043
123
189
441
309
1076
446
411
1314
1297
1591
1471
974
586
872
1184
518
752
591
837
1122
1054
1107
1308
362
993
2325
422
1118
740
499
334
898
652
505
1959
836
1368
446
159
171
275
354
1172
460
356
1350
1255
1657
1676
1155
521
936
1079
462
674
587
797
1228
1050
1083
1162
380
95
774
134
260
385
267
153
144
196
126
287
130
125
91
124
101
156
147
201
306
228
606
431
531
729
395
241
319
216
191
292
177
262
315
259
227
246
148
98
244
100
161
318
223
137
125
157
84
390
152
97
78
108
106
123
117
151
234
242
550
431
490
613
378
198
167
169
113
195
130
183
225
172
194
212
235
1.68
1.52
1.07
2.02
2.44
2.06
1.25
1.17
1.46
0.98
1.77
1.34
1.83
2.34
0.92
0.72
1.28
1.14
1.65
1.16
1.75
2.60
1.95
2.15
2.25
2.63
1.91
1.63
1.46
1.58
1.92
1.46
2.03
2.30
2.02
1.44
1.68
1.22
4.01
3.25
3.29
5.40
7.07
6.38
3.62
3.80
3.67
3.85
4.13
4.64
4.48
3.48
3.33
3.33
4.69
3.93
4.82
4.12
5.04
6.32
4.93
5.15
5.64
7.83
5.65
4.62
3.26
4.00
5.50
4.12
5.74
6.63
5.76
3.87
5.22
5.47
Supplemental Table S3-1-1
243
G
L
F
F
F
C
E
E
O
L
F
K
M
R
E
F
M
C
J
J
R
S
J
L
R
U
U
D
U
M
S
O
H
E
M
R
F
M
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_1245
PP_1240
PP_1022
PP_1027
PP_1031
PP_1032
PP_1037
PP_1075
PP_1078
PP_1079
PP_1084
PP_1085
PP_1100
PP_1109
PP_1131
PP_1134
PP_1157
PP_1179
PP_1185
PP_1188
PP_1197
PP_1205
PP_1211
PP_1212
PP_1213
PP_1217
PP_1218
PP_1219
PP_1220
PP_1221
PP_1222
PP_1223
PP_1224
PP_1225
PP_1231
PP_1237
PP_1238
PP_1239
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
purC
nadA
dapA
tolQ
tolR
tolA
tolB
oprL
aspS
ruvB
nrdA
oprH
dctA
rimO
proS
rnt
dcd
argF
zwf-1
xseA
guaB
guaA
purL
glpK
glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
exodeoxyribonuclease VII large subunit
inosine 5'-monophosphate dehydrogenase
GMP synthase
phosphoribosylformylglycinamidine synthase
glycerol kinase
ABC transporter ATP-binding protein
ornithine carbamoyltransferase
anti-oxidant AhpCTSA family protein
ribonuclease T
deoxycytidine triphosphate deaminase
GntR family transcriptional regulator
17 kDa surface antigen
FAD dependent oxidoreductase
acetolactate synthase
ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha
outer membrane protein H1
C4-dicarboxylate transporter DctA
ribosomal protein S12 methylthiotransferase
prolyl-tRNA synthetase
hypothetical protein
hypothetical protein
aspartyl-tRNA synthetase
Holliday junction DNA helicase RuvB
hypothetical protein
biopolymer transport protein TolQ
biopolymer transport protein TolR
biopolymer transport protein TolA
translocation protein TolB
peptidoglycan-associated lipoprotein OprL
hypothetical protein
radical SAM domain protein
quinolinate synthetase
dihydrodipicolinate synthase
putative lipoprotein
beta-lactamase domain protein
phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide
synthase
hypothetical protein
1524
1036
146
289
1278
1321
936
118
894
1519
2883
567
1411
193
874
423
1522
1285
306
2581
715
1454
312
1413
1810
474
967
676
1151
1065
1370
2856
1513
584
923
2201
1028
883
1453
1070
193
268
1182
1250
808
93
692
1564
4774
599
1452
165
1672
364
1399
1358
150
2818
469
1515
315
1948
1953
364
940
602
960
876
1320
4500
1619
380
616
2538
1078
981
19
73
60
54
58
37
25
68
16
54
264
72
58
53
262
45
48
44
73
129
24
50
65
68
46
31
4
18
41
41
49
148
53
2
118
69
36
59
14
69
61
82
83
52
57
56
13
51
291
85
137
107
302
44
87
79
80
163
43
115
58
34
88
53
25
20
5
53
85
164
65
29
143
170
71
76
1265
1022
181
332
1219
1245
926
227
898
1446
2323
674
1340
200
1735
460
1017
1184
369
2003
585
1391
336
1293
1595
479
915
745
1080
1000
1289
2307
1495
557
930
2017
1055
863
1386
1008
248
319
1329
1371
888
229
754
1163
2987
807
1346
182
1982
449
1204
1338
192
2056
490
1385
363
1399
1738
489
861
646
1095
1048
1568
2564
1507
520
778
2227
1070
962
147
210
166
132
252
173
171
149
177
295
2146
130
189
135
351
142
226
177
186
634
225
193
138
153
217
132
202
157
193
218
245
430
197
163
388
304
266
287
90
139
151
117
191
114
120
106
156
262
285
100
176
165
504
142
190
107
69
395
154
156
94
132
126
88
143
96
135
190
183
266
132
80
281
222
166
195
1.20
1.53
1.37
1.04
1.98
1.44
1.42
1.30
1.47
2.21
3.02
0.86
1.56
1.07
0.99
1.15
1.82
1.47
1.34
2.30
1.81
1.59
1.08
1.18
1.76
1.04
1.66
1.29
1.59
1.77
1.93
1.54
1.62
1.35
1.71
2.14
2.06
2.16
3.17
4.10
5.02
3.31
5.46
3.95
4.00
6.53
4.48
6.65
6.58
3.06
3.58
3.10
3.06
4.19
5.40
3.48
3.50
6.39
5.20
3.71
3.23
3.80
4.25
3.43
4.58
3.51
4.60
5.59
5.42
4.66
4.30
3.86
5.09
4.83
5.37
5.71
244
Supplemental Table S3-1-1
R
L
C
K
O
E
K
J
J
R
G
R
M
U
M
G
P
O
O
F
P
M
V
M
G
R
S
M
U
K
R
H
F
R
U
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_1397
PP_1423
PP_1424
PP_1431
PP_1432
PP_1433
PP_1434
PP_1436
PP_1457
PP_1460
PP_1461
PP_1389
PP_1386
PP_1385
PP_1384
PP_1249
PP_1251
PP_1252
PP_1261
PP_1262
PP_1301
PP_1303
PP_1313
PP_1315
PP_1316
PP_1322
PP_1323
PP_1326
PP_1334
PP_1345
PP_1353
PP_1354
PP_1358
PP_1360
PP_1361
PP_1367
PP_1373
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
hypothetical protein
mqo-2 malate:quinone oxidoreductase
group II intron-encoding maturase
2-hydroxyacid dehydrogenase
LysR family transcriptional regulator
algW 2-alkenal reductase
cysD sulfate adenylyltransferase subunit 2
AraC family transcriptional regulator
rplM 50S ribosomal protein L13
rpsI 30S ribosomal protein S9
transport-associated protein
gmhA phosphoheptose isomerase
uroporphyrin-III C/tetrapyrrole methyltransferase
mraY phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase
secA preprotein translocase subunit SecA
MscS mechanosensitive ion channel
major facilitator transporter
hypothetical protein
groES co-chaperonin GroES
groEL chaperonin GroEL
purU formyltetrahydrofolate deformylase
phosphate transporter
RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT
ttgC
family
transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1)
ttgB
family
ttgA efflux transporter, RND family, MFP subunit
carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase,
putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
lepA GTP-binding protein LepA
lepB signal peptidase I
rnc
ribonuclease III
era
GTP-binding protein Era
pdxJ pyridoxine 5'-phosphate synthase
purT phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2
cytochrome c assembly protein
ffh
signal recognition particle protein
230
589
836
983
1005
657
721
632
452
549
907
594
2089
1373
1058
1823
287
708
230
281
381
2687
500
3248
3184
1219
1270
210
541
1296
712
371
412
4208
3827
988
809
189
390
607
873
850
588
667
538
340
611
717
446
2460
1572
1069
3432
324
687
259
279
300
3638
381
5350
4439
1097
1097
121
428
1308
510
320
492
6983
6194
1099
618
83
26
40
53
71
112
150
77
44
52
47
10
86
49
34
13
38
62
24
54
36
46
56
197
174
79
60
45
148
55
20
23
137
326
311
42
16
30
99
46
86
60
164
240
172
52
125
33
36
113
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61
91
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116
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18
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17
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937
1058
958
636
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524
520
632
889
621
1906
1308
1086
1290
404
569
326
324
434
2249
361
2467
2262
1268
1275
260
597
1182
829
430
554
2940
2743
1196
810
286
503
757
1037
1143
731
890
597
427
623
879
364
2316
1662
1302
1113
588
1126
312
301
364
2915
360
3230
2623
1297
1218
209
543
1201
853
397
531
3864
3526
1125
777
110
152
209
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154
143
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388
274
146
162
531
125
154
125
141
182
1102
622
213
227
119
289
192
148
181
303
730
632
170
138
127
121
181
217
231
211
356
182
128
166
95
126
362
267
181
96
167
279
113
158
104
122
150
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350
252
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140
107
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121
0.98
1.25
1.71
2.16
2.32
1.11
1.08
1.30
1.19
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1.15
1.35
2.73
2.60
2.10
1.62
1.38
3.05
0.97
1.27
0.97
1.14
1.51
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1.98
1.83
0.90
0.97
1.59
1.21
1.50
1.14
1.17
1.02
1.41
1.10
3.33
3.48
5.72
6.26
7.30
3.18
3.73
3.06
4.25
3.19
3.45
3.74
7.27
7.41
6.30
5.34
6.27
9.53
3.80
3.96
3.38
3.08
3.34
6.46
4.94
5.39
5.16
3.63
3.48
3.60
4.86
5.25
3.38
3.37
3.35
4.16
3.79
Supplemental Table S3-1-1
245
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
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J
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E
N
F
J
J
F
J
I
I
I
M
M
M
M
I
F
M
G
I
I
L
L
L
R
S
C
F
L
H
H
O
M
PP_1462
PP_1463
PP_1464
PP_1465
PP_1469
PP_1470
PP_1488
PP_1506
PP_1591
PP_1592
PP_1593
PP_1594
PP_1595
PP_1596
PP_1597
PP_1598
PP_1599
PP_1600
PP_1604
PP_1607
PP_1609
PP_1610
PP_1611
PP_1612
PP_1614
PP_1618
PP_1624
PP_1626
PP_1629
PP_1630
PP_1634
PP_1638
PP_1663
PP_1664
PP_1668
PP_1672
PP_1673
PP_1714
PP_1728
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
30S ribosomal protein S16
16S rRNA-processing protein RimM
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
50S ribosomal protein L19
thiol:disulfide interchange protein DsbC
homoserine dehydrogenase
methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
adk adenylate kinase
rpsB 30S ribosomal protein S2
tsf
elongation factor Ts
pyrH uridylate kinase
frr
ribosome recycling factor
uppS undecaprenyl diphosphate synthase
cdsA phosphatidate cytidylyltransferase
dxr
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
membrane-associated zinc metalloprotease, putative
surface antigen family outer membrane protein
ompH outer membrane chaperone Skp (OmpH)
lpxB lipid-A-disaccharide synthase
acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit
accA
alpha
hypothetical protein
pyrG CTP synthetase
kdsA-1 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
eno phosphopyruvate hydratase
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate
ispD
cytidylyltransferase
ispF 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
group II intron-encoding maturase
mutS DNA mismatch repair protein MutS
recA recombinase A
recX recombination regulator RecX
DTW domain containing protein
fpr
oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein
hypothetical protein
purN phosphoribosylglycinamide formyltransferase
DNA replication initiation factor
cobO cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase
cobB cobyrinic acid a,c-diamide synthase
fklB-2 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type
hypothetical protein
rpsP
rimM
trmD
rplS
dsbC
hom
3513
3897
3435
3212
1163
1319
415
2282
3378
1998
2068
2186
639
602
413
183
1274
2671
599
1646
2733
1612
766
1441
148
685
696
636
1249
487
308
1117
699
727
267
854
247
943
104
4679
4993
4427
4686
1066
1231
346
2614
4256
2171
2021
2318
452
426
316
176
1471
2984
569
1403
3762
1615
717
1495
156
501
654
543
1125
413
226
1445
551
750
249
451
119
1197
110
122
78
91
281
49
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55
62
116
46
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150
14
36
7
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40
147
42
59
213
80
43
48
54
54
95
61
244
89
36
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51
23
13
142
57
140
108
76
141
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68
171
111
149
33
100
117
10
25
40
74
70
224
53
68
616
101
51
67
33
83
121
78
193
37
22
98
115
23
76
7
1
275
56
2449
2717
2578
2367
1104
1223
491
1932
2621
1684
1486
1933
591
595
438
215
1392
2269
576
1407
2022
1502
739
1342
152
628
596
673
1177
578
346
900
799
770
275
606
224
1157
122
3203
3338
3136
2961
985
1305
430
1943
3147
1745
1607
2001
558
512
400
251
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2445
533
1325
3257
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763
1445
200
710
807
678
1062
513
292
1103
806
875
287
433
160
1256
136
262
382
341
595
181
203
147
325
563
193
181
385
149
170
226
141
258
493
143
177
734
470
189
198
126
130
672
132
651
446
206
206
267
159
170
225
145
350
104
141
201
114
304
132
151
161
214
352
105
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324
83
101
157
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192
394
116
167
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335
123
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119
97
495
154
427
240
154
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180
86
197
161
92
331
111
1.10
2.30
1.91
1.11
1.50
1.67
1.20
2.34
2.28
1.59
1.30
1.47
1.22
1.41
1.82
1.14
2.01
1.74
1.16
1.47
1.78
2.55
1.56
1.63
0.97
1.02
2.83
1.04
1.42
2.33
1.69
1.26
2.06
1.31
1.41
1.81
1.18
1.30
0.79
3.10
6.25
5.03
4.22
3.59
4.67
3.20
6.00
6.30
4.25
3.97
4.43
3.37
3.98
5.70
4.30
5.49
4.62
3.24
4.48
3.92
6.93
4.23
4.71
3.58
3.19
8.27
3.78
4.07
7.44
5.55
3.96
6.07
3.59
4.64
5.45
3.68
3.30
3.02
246
Supplemental Table S3-1-1
D
R
J
L
H
E
J
G
G
M
F
H
S
L
E
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U
U
M
M
J
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O
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J
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I
I
I
I
E
R
K1
K1
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K1
K1
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K1
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_1783
PP_1794
PP_1795
PP_1815
PP_1823
PP_1824
PP_1854
PP_1868
PP_1872
PP_1874
PP_1887
PP_1898
PP_1899
PP_1900
PP_1902
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PP_1910
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PP_1917
PP_1918
PP_1779
PP_1731
PP_1732
PP_1758
PP_1766
PP_1767
PP_1768
PP_1769
PP_1772
PP_1777
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
rpmF
plsX
fabD
fabG
acpP
fabF
pabC
lpxK
kdsB
rne
rluC
pyrF
folE
rmlA
mtnA
gyrA
serC
pheA
rpsA
xanA
rluA
minE
HAD superfamily hydrolase
signal peptide peptidase SppA, 36K type
hypothetical protein
50S ribosomal protein L32
putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX
malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase
acyl carrier protein
3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II
4-amino-4-deoxychorismate lyase
aminodeoxychorismate lyase
cell division topological specificity factor MinE
hypothetical protein
methylthioribose-1-phosphate isomerase
DNA gyrase subunit A
phosphoserine aminotransferase
chorismate mutase
30S ribosomal protein S1
phosphomannomutase
lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding
protein
glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
hypothetical protein
hypothetical protein
orotidine 5'-phosphate decarboxylase
GTP cyclohydrolase I
Smr domain-containing protein
hypothetical protein
DEAD-box ATP dependent DNA helicase
aminotransferase AlaT
glutathione peroxidase
hypothetical protein
MotA/TolQ/ExbB proton channel
biopolymer transport protein ExbD/TolR
tetraacyldisaccharide 4'-kinase
3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
ribonuclease, Rne/Rng family
2455
1993
2179
408
1711
560
141
1027
1456
469
130
532
302
235
470
2035
327
277
343
2609
1880
331
1705
1363
3023
882
307
471
862
661
1232
960
232
1145
1202
762
3414
656
2914
2371
2676
265
1955
437
80
598
1619
334
102
368
181
135
383
1720
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203
281
3513
1947
225
1382
1204
4458
731
158
348
827
522
1096
944
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1008
1258
683
5063
636
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8
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22
47
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51
521
37
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99
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117
176
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112
30
54
42
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285
92
11
238
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15
139
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33
263
130
27
60
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64
1099
61
1989
1479
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426
1511
521
151
918
1341
489
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538
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305
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199
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129
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0.98
2.71
1.63
0.76
0.96
1.84
1.02
0.84
1.49
1.84
1.33
1.54
1.80
2.28
2.75
2.04
2.60
2.15
1.43
2.29
0.96
1.59
1.25
1.62
1.46
2.18
0.88
1.97
1.86
1.42
1.18
1.00
4.26
5.58
4.09
4.29
6.16
3.48
3.86
8.25
3.71
3.05
3.28
5.73
3.87
3.45
3.19
5.70
3.38
4.22
5.40
5.37
7.15
6.95
6.75
5.82
3.12
6.85
3.99
4.55
3.19
4.75
3.77
5.61
3.50
5.65
5.19
4.16
3.16
3.07
Supplemental Table S3-1-1
247
L
L
K
J
O
E
I
H
S
F
E
I
G
R
E
M
K
R
H
R
I
L
K
G
V
S
N
H
O
O
O
-
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_2298
PP_2299
PP_2302
PP_2304
PP_2314
PP_2265
PP_1966
PP_1967
PP_1968
PP_1981
PP_1982
PP_1989
PP_1996
PP_1997
PP_1998
PP_2000
PP_2001
PP_2002
PP_2012
PP_2032
PP_2036
PP_2087
PP_2088
PP_2113
PP_2117
PP_2131
PP_2133
PP_2137
PP_2139
PP_2140
PP_2141
PP_2144
PP_2145
PP_2155
PP_2160
PP_2172
PP_2224
PP_2257
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
DNA polymerase III subunit delta'
TatD family deoxyribonuclease
TetR family transcriptional regulator
NifR3/Smm1 family protein
ibpA heat shock protein Hsp20
asd
aspartate-semialdehyde dehydrogenase
accD acetyl-CoA carboxylase subunit beta
folC FolC bifunctional protein
sporulation domain protein
purF amidophosphoribosyltransferase
metZ O-succinylhomoserine sulfhydrylase
oxidoreductase
ppnK inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ATPase, putative
dihydrodipicolinate synthetase
cmpX TM helix repeat-containing protein
sigX RNA polymerase sigma factor SigX
putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase
pdxB erythronate-4-phosphate dehydrogenase
ABC transporter ATP-binding protein
hypothetical protein
fadA 3-ketoacyl-CoA thiolase
topA DNA topoisomerase I
hypothetical protein
hypothetical protein
TetR family transcriptional regulator
nagZ beta-hexosaminidase
lolD lipoprotein releasing system, ATP-binding protein
queF 7-cyano-7-deazaguanine reductase
hypothetical protein
hypothetical protein
aer-1 aerotaxis receptor Aer-1
bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate
folD-2 dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate
cyclohydrolase
hypothetical protein
tig
trigger factor
lon-2 ATP-dependent protease La
PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
hypothetical protein
holB
1139
2309
1494
777
1169
494
869
904
608
156
1469
1665
737
415
596
805
554
359
493
383
105
697
1569
203
231
564
176
519
1143
351
518
323
213
406
129
145
757
103
896
2544
1364
750
974
443
685
769
538
106
1692
1548
533
269
387
692
482
263
382
305
142
614
1332
134
155
322
92
482
879
240
453
263
213
249
113
102
460
72
19
43
357
28
170
35
282
249
30
20
223
133
18
46
46
86
56
41
100
31
39
68
98
27
26
40
28
63
60
138
115
17
82
27
27
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12
5
143
520
37
425
61
494
453
105
31
87
324
30
24
47
106
53
54
162
63
63
95
122
43
26
29
38
79
152
127
187
29
55
27
56
73
1
8
880
1856
1195
845
1151
503
842
862
619
153
1174
1629
665
394
588
799
604
344
633
508
173
781
1435
240
330
559
210
574
1092
371
567
312
217
420
184
360
632
179
900
2127
1376
1006
1152
401
816
878
665
149
1138
1519
573
356
505
778
587
319
490
463
230
664
1341
202
252
492
126
573
1048
339
485
231
258
398
145
349
549
186
247
532
1035
313
988
153
632
646
392
143
2068
378
139
133
278
211
240
128
225
108
169
173
373
105
93
132
120
131
295
294
311
141
137
108
123
126
250
97
115
260
504
261
869
114
630
650
298
100
285
323
101
95
183
173
194
109
171
93
121
162
292
93
87
119
84
128
240
222
216
129
142
109
97
134
219
73
1.95
3.06
1.54
2.29
2.54
1.26
1.16
1.38
2.61
1.16
3.21
1.51
1.12
1.05
2.12
1.29
1.91
1.00
1.16
0.76
1.40
1.36
1.93
0.71
0.70
1.04
0.90
1.03
2.21
1.09
1.43
1.14
1.15
0.77
0.94
1.77
1.97
1.37
5.11
7.33
3.35
7.57
6.58
3.36
3.15
3.62
7.38
3.93
8.63
3.04
3.12
3.43
6.51
3.62
6.11
3.28
3.48
3.66
5.85
3.87
5.24
3.38
3.44
4.18
3.36
3.40
5.54
4.06
3.40
3.40
3.21
3.69
3.71
7.67
6.23
4.92
248
Supplemental Table S3-1-1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
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K1
K1
K1
K1
S
H
S
S
K
O
L
J
J
J
J
O
C
C
E
R
K
H
R
S
J
H
R
S
D
R
PP_2319
PP_2320
PP_2330
PP_2341
PP_2346
PP_2380
PP_2386
PP_2390
PP_2414
PP_2439
PP_2449
PP_2451
PP_2452
PP_2461
PP_2462
PP_2465
PP_2468
PP_2469
PP_2470
PP_2474
PP_2486
PP_2487
PP_2522
PP_2538
PP_2629
PP_2639
PP_2737
PP_2838
PP_2839
PP_2859
PP_2872
PP_2873
PP_2905
PP_2916
PP_2936
PP_2937
PP_2939
PP_2940
PP_2968
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
hypothetical protein
ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
alpha-L-glutamate ligase-like protein
6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
LysR family transcriptional regulator
hypothetical protein
ahpC alkyl hydroperoxide reductase, C subunit
sporulation domain protein
endA-1 deoxyribonuclease I
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
thrS threonyl-tRNA synthetase
rplT 50S ribosomal protein L20
pheS phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha
pheT phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta
glutathione S-transferase family protein
Oye family NADH-dependent flavin oxidoreductase
aldehyde dehydrogenase family protein
ISPpu8, transposase
hypothetical protein
hypothetical protein
dihydrodipicolinate synthase
short chain dehydrogenase/reductase family
oxidoreductase
VRR-NUC domain protein
DEAD_2 domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
cysS cysteinyl-tRNA synthetase
ribE-2 riboflavin synthase subunit alpha
ABC transporter ATP-binding protein
integrase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
194
922
682
517
409
546
260
154
587
194
277
1025
2103
443
132
1637
2702
1478
1127
625
450
328
450
282
660
196
113
216
139
147
267
173
727
411
669
975
524
758
138
165
782
501
360
300
403
173
152
306
387
297
639
2548
273
165
1791
3953
1318
868
666
374
256
311
242
506
197
115
135
87
84
408
243
609
312
426
720
635
665
236
7
134
33
53
154
4
84
73
140
70
1
121
863
54
102
45
170
21
45
31
78
90
77
41
119
20
42
19
18
15
65
36
64
29
23
40
80
125
20
14
318
53
68
180
61
109
74
239
53
30
77
484
49
102
78
337
46
49
49
87
119
172
57
190
13
75
30
19
21
49
41
77
79
19
85
182
288
57
260
1071
794
591
420
464
370
223
571
315
339
955
1964
461
226
1379
2247
1256
1151
520
414
297
356
307
833
187
142
211
135
157
329
213
767
566
583
751
617
643
192
269
1023
749
605
408
572
220
178
612
340
465
1036
2008
383
230
1741
2592
1428
1145
729
487
330
404
312
685
166
244
208
116
164
565
353
763
477
641
1110
549
679
272
304
336
105
126
312
137
153
217
218
172
226
768
1547
223
150
186
835
164
140
486
274
227
304
137
506
178
197
147
123
82
200
155
149
95
123
200
265
416
138
203
399
86
166
344
105
151
118
190
86
148
727
1527
185
156
130
330
122
134
55
93
109
174
95
295
146
80
109
94
79
126
135
121
95
118
162
238
311
88
2.25
1.33
0.71
1.28
1.02
1.10
0.87
1.57
1.00
1.29
1.82
3.24
1.66
1.80
0.77
1.54
2.30
1.36
1.13
2.93
1.82
1.33
1.99
1.10
2.09
1.48
1.62
1.20
0.94
0.96
1.62
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0.95
1.64
1.72
1.74
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7.99
3.98
3.23
4.93
3.89
3.84
3.41
4.81
3.13
3.47
6.44
9.88
3.64
6.17
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4.06
5.09
3.96
4.16
6.20
4.43
3.23
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5.84
4.38
3.26
3.04
5.46
5.01
3.81
3.09
3.86
5.37
3.90
3.83
3.56
Supplemental Table S3-1-1
249
E
S
S
S
S
S
S
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K
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K
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_3498
PP_3508
PP_3524
PP_3555
PP_3626
PP_3634
PP_3664
PP_3766
PP_3820
PP_3868
PP_3927
PP_3958
PP_3457
PP_3456
PP_3454
PP_3455
PP_3453
PP_2970
PP_3039
PP_3080
PP_3088
PP_3097
PP_3098
PP_3099
PP_3100
PP_3106
PP_3111
PP_3114
PP_3116
PP_3154
PP_3172
PP_3189
PP_3286
PP_3363
PP_3365
PP_3408
PP_3411
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
hypothetical protein
integral membrane sensor signal transduction histidine
kinase
winged helix family two component transcriptional
regulator
efflux transporter, RND family, MFP subunit
transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1)
family
molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis
mobA
protein MobA
ISPpu11, transposase
cobW cobalamin biosynthesis protein CobW
hypothetical protein
anti-FecI sigma factor, FecR
hypothetical protein
acetyltransferase
pssA phosphatidylserine synthase
gloA lactoylglutathione lyase
group II intron-encoding maturase
group II intron-encoding maturase
methyltransferase type 12
sodium-proton antiporter, NhaA family
hypothetical protein
hypothetical protein
aroF-2 phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
ISPpu13, transposase Orf2
lexA-2 LexA repressor
hypothetical protein
group II intron-encoding maturase
codA N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase
phaN PaaX family transcriptional regulator
hypothetical protein
acetolactate synthase
289
1489
127
367
382
199
334
1673
1052
610
1213
159
250
828
105
293
236
163
315
1840
795
571
1242
169
301
1598
1640
449
1776
2819
743
650
184
1017
174
228
131
364
770
834
194
303
232
669
431
152
345
83
1429
698
609
1700
2554
837
497
264
1336
184
205
139
386
608
1005
333
358
387
621
367
171
347
80
1752
1211
571
105
26
58
168
96
61
71
56
94
139
174
41
66
157
68
323
62
6
36
71
19
27
20
46
106
53
102
56
201
83
1
102
68
20
47
50
208
94
35
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208
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90
107
112
140
132
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64
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170
193
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72
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72
15
35
14
56
113
83
55
82
198
107
14
76
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33
60
102
277
264
1082
170
567
464
261
547
1428
1003
617
1775
199
512
1643
1522
2344
947
515
268
1074
245
324
227
570
980
936
325
437
450
457
449
197
415
133
1106
763
692
323
870
155
943
452
238
428
1587
1228
942
2100
277
507
1886
1675
2827
965
919
272
856
314
432
307
784
1354
1073
383
359
375
571
633
196
411
145
1230
459
521
255
169
132
217
208
112
162
181
1545
979
639
192
280
601
496
1205
309
160
126
169
173
87
93
200
329
145
161
136
291
218
684
191
139
91
219
173
687
173
141
115
215
168
90
134
96
867
603
349
159
260
548
299
1079
259
110
82
137
20
84
54
206
370
177
150
110
322
78
370
135
115
69
203
138
227
1.28
1.40
1.04
1.69
1.11
0.81
1.19
1.50
4.04
2.81
1.87
1.58
2.09
1.93
2.87
1.90
2.27
1.32
0.98
1.26
1.43
0.92
1.23
1.69
1.71
1.18
1.23
1.08
0.71
1.40
3.42
0.90
1.03
0.79
1.77
1.44
1.72
4.12
4.43
4.32
4.79
5.02
3.10
4.30
3.12
11.90
9.28
6.18
6.22
7.25
6.04
6.54
4.82
7.32
4.22
3.45
3.85
4.98
3.80
4.23
7.75
7.31
4.12
4.47
3.38
3.38
3.07
10.77
3.57
3.01
3.45
5.92
4.34
3.32
250
Supplemental Table S3-1-1
L
D
L
M
D
C
L
G
K
L
C
C
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T
O
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C
C
C
C
C
C
C
C
C
P
F
L
L
R
O
O
O
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_4193
PP_4194
PP_4195
PP_4201
PP_4202
PP_4203
PP_4262
PP_4266
PP_4269
PP_4274
PP_4306
PP_4312
PP_4313
PP_4318
PP_4321
PP_4322
PP_4192
PP_3963
PP_3985
PP_4001
PP_4002
PP_4003
PP_4004
PP_4012
PP_4019
PP_4055
PP_4068
PP_4091
PP_4127
PP_4130
PP_4141
PP_4157
PP_4166
PP_4179
PP_4184
PP_4185
PP_4186
PP_4190
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
-
dsbE
ccmF
ccoS
apt
dnaX
ligA
sdhC
gltA
sdhD
htpG
braZ
sucD
sucC
sdhB
nuoJ
nuoM
dnaQ
kdpE
topB
glgX
lolA
ftsK
crcB
hypothetical protein
ISPpu13, transposase Orf2
camphor resistance protein CrcB
recombination factor protein RarA
outer-membrane lipoprotein carrier protein
cell divisionFtsK/SpoIIIE
isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent
DNA topoisomerase III
glycogen debranching protein GlgX
Cro/CI family transcriptional regulator
ISPpu15, transposase Orf2
NADH dehydrogenase subunit J
NADH dehydrogenase subunit M
DNA polymerase III subunit epsilon
winged helix family two component transcriptional
regulator
hypothetical protein
heat shock protein 90
branched chain amino acid ABC transporter carrier
protein
succinyl-CoA synthetase subunit alpha
succinyl-CoA synthetase subunit beta
succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit
succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane
anchor protein
succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit
type II citrate synthase
hypothetical protein
electron transfer flavoprotein, alpha subunit
electron transfer flavoprotein, beta subunit
electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase
cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type
adenine phosphoribosyltransferase
DNA polymerase III subunits gamma and tau
NAD-dependent DNA ligase LigA
hypothetical protein
hypothetical protein
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FkbP-type
ISPpu8, transposase
periplasmic protein thiol--disulphide oxidoreductase
DsbE
cytochrome c-type biogenesis protein CcmF
3609
2691
539
1538
2892
1323
353
380
434
414
186
179
457
705
490
285
3228
997
332
642
406
1032
554
3003
329
282
307
468
868
788
530
217
219
2359
650
3373
3214
2418
4934
3365
554
1734
4105
1591
289
303
391
345
152
128
547
671
434
201
4175
738
304
758
395
956
548
3322
201
171
258
491
660
662
458
184
184
3120
469
3660
3979
2889
67
153
129
55
184
41
107
54
43
36
18
8
28
145
70
49
41
450
61
61
65
88
101
58
33
115
64
178
71
45
62
36
88
82
21
103
72
53
159
170
75
61
321
83
38
87
47
27
25
10
25
188
95
54
100
518
74
76
51
69
114
61
50
112
81
141
50
41
107
71
115
74
21
110
94
89
2433
2189
519
1349
2257
1148
320
357
456
414
205
146
502
652
381
232
2330
1240
404
569
482
878
543
2313
316
355
331
544
656
663
530
300
285
1799
474
2413
2361
1865
3145
2561
456
1360
2644
1393
327
303
401
389
202
179
659
735
359
216
2830
895
339
568
468
928
550
2809
236
285
526
585
749
703
483
230
312
2144
516
2848
2644
2224
224
806
295
150
419
164
163
165
153
152
121
129
129
424
164
136
144
795
135
148
209
250
279
222
127
208
425
388
160
167
171
106
232
264
149
296
191
152
128
249
134
104
290
133
182
135
100
137
101
125
90
337
120
132
118
741
104
141
187
241
272
179
113
188
298
247
87
74
139
136
200
85
120
187
111
94
1.74
2.40
1.20
1.23
1.18
1.36
1.51
1.37
1.25
1.25
0.92
1.01
1.01
1.55
1.23
1.08
1.17
0.82
1.07
1.21
1.68
1.80
1.46
1.80
0.98
0.85
2.72
1.12
1.17
1.39
1.42
0.94
1.39
1.68
1.22
1.52
1.41
1.25
4.18
5.75
3.38
3.51
3.05
3.65
3.06
3.46
3.30
3.95
3.46
3.87
3.18
4.20
3.26
3.56
3.41
3.03
3.24
3.68
5.65
5.06
4.20
5.51
3.21
4.27
9.48
3.78
3.31
3.27
3.36
3.50
5.49
4.21
3.87
4.44
3.85
3.13
Supplemental Table S3-1-1
251
O
U
O
O
N
L
L
P
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K
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I
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S
S
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E
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J
J
J
J
K
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K1
K1
K1
K1
K1
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_4707
PP_4708
PP_4709
PP_4710
PP_4711
PP_4712
PP_4713
PP_4714
PP_4715
PP_4719
PP_4722
PP_4723
PP_4725
PP_4726
PP_4698
PP_4323
PP_4324
PP_4326
PP_4327
PP_4338
PP_4439
PP_4443
PP_4471
PP_4473
PP_4482
PP_4532
PP_4552
PP_4580
PP_4581
PP_4587
PP_4616
PP_4629
PP_4673
PP_4674
PP_4678
PP_4679
PP_4680
PP_4697
-
+
+
+
+
+
+
+
cytochrome c-type biogenesis protein CcmE
cytochrome c-type biogenesis protein CcmD
heme exporter protein CcmB
cytochrome c biogenesis protein CcmA
CheA signal transduction histidine kinase
ISPpu14, transposase Orf3
ISPpu14, transposase Orf3
mgtE magnesium transporter
aspartate kinase
AraC family transcriptional regulator
DEAD-box ATP dependent DNA helicase
phaJ1 MaoC domain protein dehydratase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
YebG family protein
sensory box protein
recB exodeoxyribonuclease V, beta subunit
recC exodeoxyribonuclease V, gamma subunit
ilvC ketol-acid reductoisomerase
ilvH acetolactate synthase 3 regulatory subunit
ilvB acetolactate synthase 3 catalytic subunit
pcnB poly(A) polymerase
2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine
folK-2
pyrophosphokinase
transport-associated protein
pnp polynucleotide phosphorylase/polyadenylase
rpsO 30S ribosomal protein S15
truB
rbfA ribosome-binding factor A
infB translation initiation factor IF-2
nusA transcription elongation factor NusA
hypothetical protein
tpiA triosephosphate isomerase
rrmJ ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ
greA transcription elongation factor GreA
carB carbamoyl phosphate synthase large subunit
dapB dihydrodipicolinate reductase
dnaJ chaperone protein DnaJ
ccmE
ccmD
ccmB
ccmA
cheA
214
1741
4075
1251
1197
2152
2312
1567
1336
885
1245
1698
1406
1549
257
406
277
222
138
428
170
189
277
2002
345
593
955
200
418
999
1571
556
169
209
2965
2448
1692
984
164
2155
5726
1228
1088
1973
2659
1532
1346
688
1295
1726
1566
1792
238
349
310
180
118
609
192
166
249
2573
362
532
1050
146
303
571
1254
561
131
174
4225
3272
1959
781
84
118
759
91
80
77
69
48
46
40
53
54
37
24
13
93
53
67
24
194
55
55
38
80
89
67
68
35
121
24
496
153
41
77
109
26
28
76
56
147
741
75
31
40
45
41
72
115
45
75
23
25
40
77
37
46
35
139
56
56
30
102
78
82
117
64
161
14
553
211
59
68
123
68
42
137
239
1587
3326
1158
1014
1756
1914
1304
1189
749
1092
1323
984
1177
323
355
265
217
116
483
224
208
304
1665
435
634
906
164
410
745
1484
715
184
220
2476
1897
1452
920
210
1915
3920
1146
1072
1893
2261
1522
1323
740
1076
1454
1148
1305
257
370
260
251
141
586
220
249
363
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456
605
875
178
419
783
1449
520
177
211
2793
2281
1413
869
272
460
2529
638
530
1057
872
335
400
219
153
136
189
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149
291
168
200
122
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159
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203
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133
321
1075
428
463
603
421
173
206
154
105
117
57
47
112
294
90
134
100
333
116
133
288
162
216
184
217
92
236
205
1111
371
107
141
167
93
99
244
1.70
1.97
1.74
2.81
2.85
3.79
3.66
2.39
2.65
1.78
1.25
1.09
1.56
1.21
1.22
1.94
1.39
1.58
0.94
1.26
1.32
1.66
2.72
1.21
1.47
1.35
1.94
1.15
1.08
1.91
1.34
1.15
1.06
1.14
1.19
1.67
1.22
1.83
5.33
5.22
4.56
8.24
8.54
11.10
10.34
6.47
6.98
4.28
3.51
3.28
3.83
3.06
3.80
5.48
3.42
5.16
3.02
3.05
4.27
5.69
8.84
3.71
5.17
4.34
4.90
3.39
3.63
6.39
4.06
3.33
3.86
3.95
3.48
4.39
3.55
4.78
252
Supplemental Table S3-1-1
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O
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_4889
PP_4890
PP_4891
PP_4897
PP_4901
PP_4904
PP_4905
PP_4909
PP_4910
PP_4911
PP_4914
PP_4882
PP_4881
PP_4727
PP_4728
PP_4737
PP_4739
PP_4766
PP_4767
PP_4778
PP_4791
PP_4794
PP_4795
PP_4803
PP_4804
PP_4807
PP_4808
PP_4809
PP_4810
PP_4811
PP_4821
PP_4861
PP_4872
PP_4873
PP_4874
PP_4875
PP_4876
PP_4877
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
molecular chaperone DnaK
heat shock protein GrpE
D-lactate dehydrogenase (cytochrome)
hypothetical protein
DEAD-box ATP dependent DNA helicase
hypothetical protein
leuS
ISPpu9, transposase
leucyl-tRNA synthetase
rare lipoprotein B
dacA Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
rare lipoprotein A family
mrdA-2 penicillin-binding protein 2
rRNA large subunit methyltransferase
iojap-like protein
nadD nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase
proA gamma-glutamyl phosphate reductase
fis
DNA-binding protein Fis
hypothetical protein
hypothetical protein
dnaB replicative DNA helicase
rplI 50S ribosomal protein L9
hypothetical protein
rpsR 30S ribosomal protein S18
rpsF 30S ribosomal protein S6
iron ABC transporter, periplasmic iron-binding
protein, putative
binding-protein-dependent transport systems inner
membrane component
purA adenylosuccinate synthetase
hisZ ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
hflC HflC protein
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
hypothetical protein
motB flagellar motor protein MotB
flagellar motor protein MotA
serB phosphoserine phosphatase SerB
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
dnaK
grpE
1480
782
1625
523
154
316
443
345
530
1057
267
143
641
2901
2430
152
498
428
239
290
129
1518
1915
1846
800
315
783
2426
1004
954
1656
218
437
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1903
2283
2614
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1655
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2019
467
157
327
463
343
362
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193
1067
4287
2936
161
484
380
461
196
126
1559
1924
1824
739
259
524
2187
952
1025
1517
250
338
650
1848
2530
3869
4542
38
9
238
122
43
71
103
38
41
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20
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154
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68
92
29
72
91
45
74
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96
64
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127
17
78
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12
13
25
44
67
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34
18
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38
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78
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48
47
39
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157
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1540
518
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311
456
478
510
918
289
279
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1697
169
504
456
320
255
149
1339
1705
1576
851
371
759
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1195
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742
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1675
2012
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1386
755
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577
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369
453
418
443
1024
259
205
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153
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505
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312
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498
151
79
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113
111
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216
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137
130
305
87
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81
88
141
219
217
154
160
2.09
1.44
1.23
0.99
0.89
1.97
1.83
1.40
1.14
1.35
1.34
1.39
2.10
2.50
1.82
1.51
1.15
0.92
1.19
1.06
0.92
1.35
1.77
1.45
1.75
1.55
1.47
1.56
1.29
2.01
1.91
1.45
1.06
1.75
2.79
2.72
1.31
1.48
5.53
4.54
3.58
3.07
3.13
5.69
5.36
4.73
3.43
3.67
4.02
5.15
6.58
6.40
4.48
3.27
3.55
3.57
3.70
3.21
3.23
4.03
5.30
3.72
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5.58
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4.81
4.99
5.15
3.14
4.86
7.73
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3.87
3.76
Supplemental Table S3-1-1
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
PP_5178
PP_5025
PP_5026
PP_5037
PP_5038
PP_5039
PP_5044
PP_5045
PP_5047
PP_5075
PP_5076
PP_5077
PP_5078
PP_5087
PP_5089
PP_5090
PP_5104
PP_5108
PP_5111
PP_5117
PP_5124
PP_5151
PP_5177
PP_5024
PP_5000
PP_5001
PP_5010
PP_4997
PP_4915
PP_4922
PP_4935
PP_4941
PP_4964
PP_4965
PP_4976
PP_4980
PP_4989
-
+
+
+
+
+
-
-
+
+
-
+
+
+
-
DNA topoisomerase IV subunit B
thiamine biosynthesis protein ThiC
lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein
LmbE family protein
D-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
transketolase
pilJ
DEAD-box ATP dependent DNA helicase
methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
bifunctional pyrimidine regulatory protein PyrR uracil
pyrR
phosphoribosyltransferase
hslV ATP-dependent protease peptidase subunit
hslU ATP-dependent protease ATP-binding subunit HslU
hypothetical protein
amino acid ABC transporter, periplasmic amino acidbinding protein
mdoH glucosyltransferase MdoH
mdoG glucan biosynthesis protein G
outer membrane lipoprotein Blc, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
GTP-binding protein TypA
thiI
thiamine biosynthesis protein ThiI
signal transduction histidine kinase, nitrogen specific,
ntrB
NtrB
gltD glutamate synthase subunit beta
gltB glutamate synthase subunit alpha
sporulation domain protein
aroB 3-dehydroquinate synthase
rpmE 50S ribosomal protein L31
argS arginyl-tRNA synthetase
sporulation domain protein
thiG thiazole synthase
rpoH RNA polymerase factor sigma-32
ftsY signal recognition particle-docking protein FtsY
alpha/beta fold family hydrolase
ferredoxin, 4Fe-4S
SdiA-regulated domain protein
potI ornithine carbamoyltransferase
binding-protein-dependent transport systems inner
potH
membrane component
epd
tktA
ahcY
parE
thiC
483
1126
100
152
357
1518
745
165
1140
1234
590
660
1707
986
762
870
1172
467
109
642
121
329
521
605
1824
1768
1669
164
346
450
1315
482
366
1270
1517
2772
1195
161
519
1305
106
101
288
1824
1164
320
1246
1350
601
752
1262
983
870
935
1006
546
127
912
148
294
1703
1856
1580
123
534
462
1139
545
421
1305
1574
2099
1345
179
73
43
38
23
17
40
21
19
72
41
71
83
66
5
86
84
43
259
18
78
80
67
57
55
47
51
35
84
22
36
97
30
60
43
71
68
49
101
39
48
13
36
57
32
24
79
33
59
74
56
69
132
56
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525
44
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39
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34
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11
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1293
176
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515
1802
971
275
902
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602
761
1070
1092
837
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603
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1491
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632
634
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250
311
300
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975
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625
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94
111
154
80
92
136
133
100
107
96
119
135
118
70
185
162
133
646
110
97
179
97
71
105
112
70
82
164
120
125
239
103
129
168
163
157
109
2.39
1.15
1.50
1.31
1.14
1.09
1.54
1.27
1.29
1.32
1.28
1.10
1.48
1.42
1.40
1.34
1.19
1.37
1.26
0.74
1.48
0.98
2.21
1.48
2.91
2.53
1.17
1.36
1.50
2.66
1.27
1.26
1.17
1.86
1.69
1.30
0.85
5.23
4.14
4.68
5.28
5.97
3.81
4.19
3.75
3.72
3.75
3.78
3.37
4.06
3.34
3.78
3.54
3.12
3.06
3.77
3.03
4.05
3.15
4.66
3.65
7.20
5.45
3.72
4.04
4.18
7.96
3.65
3.93
3.53
4.11
4.40
3.40
3.47
254
Supplemental Table S3-1-1
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PP_5352
PP_5396
PP_5412
PP_5413
PP_5414
PP_5415
PP_5416
PP_5417
PP_5418
PP_5419
PP_5336
PP_5335
PP_5332
PP_5314
PP_5199
PP_5200
PP_5201
PP_5203
PP_5209
PP_5212
PP_5213
PP_5214
PP_5223
PP_5281
PP_5282
PP_5288
PP_5289
PP_5294
PP_5295
PP_5296
PP_5312
PP_5197
PP_5180
PP_5179
+
+
-
-
-
+
-
+
+
+
+
+
-
-
-
-
spermidine/putrescine ABC transporter ATPase
putrescine ABC transporter, periplasmic putrescinepotF-1
binding protein
2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol
ubiF
hydroxylase
ubiH 2-octaprenyl-6-methoxyphenyl hydroxylase
pepP peptidase M24
hypothetical protein
5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
flagellar basal body-associated protein FliL-like
protein
CDP-6-deoxy-delta-3,4-glucoseen reductase
UbiD family decarboxylase
rho
transcription termination factor Rho
rnk
nucleoside diphosphate kinase regulator
rpmG 50S ribosomal protein L33
rpmB 50S ribosomal protein L28
phosphomannomutase
argB acetylglutamate kinase
rph
ribonuclease PH
hypothetical protein
gmk guanylate kinase
hypothetical protein
FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide
rubB
oxidoreductase
aldose 1-epimerase
phosphoribosylaminoimidazole carboxylase ATPase
purK
subunit
phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, catalytic
purE
subunit
aspA aspartate ammonia-lyase
uvrD DNA-dependent helicase II
ISPpu14, transposase Orf3
atpC F0F1 ATP synthase subunit epsilon
atpD F0F1 ATP synthase subunit beta
atpG F0F1 ATP synthase subunit gamma
atpA F0F1 ATP synthase subunit alpha
atpH F0F1 ATP synthase subunit delta
atpF F0F1 ATP synthase subunit B
atpE F0F1 ATP synthase subunit C
atpB F0F1 ATP synthase subunit A
potG
2112
749
159
2659
2854
3775
3436
3379
3952
2857
1780
1825
828
378
334
282
480
872
350
283
180
638
1808
866
2689
3794
819
781
562
760
441
323
222
659
769
1933
646
190
3623
4305
5787
4890
5167
5911
4622
2705
1732
790
294
279
274
420
948
202
338
200
553
1823
1217
2711
5893
651
685
414
547
340
220
225
636
740
46
121
24
74
127
124
104
143
97
82
40
50
42
231
51
57
45
131
73
63
56
16
52
54
213
205
60
25
145
55
18
7
42
126
136
48
104
41
66
112
128
93
160
131
112
36
97
26
218
71
42
81
167
94
66
78
38
90
50
170
329
95
68
206
113
28
11
43
201
161
2029
764
181
1909
2166
2610
2480
2459
2742
2231
1545
1768
894
570
384
366
506
958
316
293
186
657
1328
805
1923
2674
786
783
671
718
463
314
298
604
657
1543
678
215
2443
2589
3368
3103
3210
3578
2905
1786
1659
818
557
342
346
506
1031
339
319
183
618
1545
986
1544
3476
779
715
545
642
497
392
300
720
642
316
285
165
381
461
572
497
474
752
257
294
506
205
399
140
155
143
295
220
204
150
319
649
270
487
500
185
160
277
186
125
124
158
492
539
252
233
104
148
242
267
256
279
392
123
122
447
190
370
86
141
125
296
120
157
173
242
444
163
243
225
168
117
279
159
110
74
109
117
129
2.30
1.24
1.36
2.36
1.86
2.20
2.25
1.73
2.95
1.66
2.20
2.98
1.68
0.92
1.13
1.28
1.15
1.17
1.58
1.67
1.23
2.32
3.34
2.08
1.19
1.28
1.53
1.32
0.93
1.54
0.97
0.96
1.30
1.96
1.99
6.72
3.81
3.97
6.58
5.64
6.41
6.73
5.12
8.30
4.18
5.80
8.22
5.13
4.78
3.32
4.75
3.56
3.54
4.91
4.59
3.61
6.91
9.47
5.69
4.04
3.42
4.36
3.54
3.35
3.99
3.88
3.75
4.63
3.93
4.01
Supplemental Table S3-1-1
255
K1
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
C
T
T
S
O
O
S
G
S
M
D
M
R
K
S
E
J
P
L
V
G
H
R
K
K
M
PP_5420
PP_0039
PP_0131
PP_0216
PP_0275
PP_0333
PP_0434
PP_0748
PP_0760
PP_0793
PP_0821
PP_0904
PP_1267
PP_1329
PP_1330
PP_1331
PP_1357
PP_1392
PP_1427
PP_1509
PP_1691
PP_1722
PP_1775
PP_1812
PP_1828
PP_1836
PP_1846
PP_1895
PP_1896
PP_1969
PP_1979
PP_2003
PP_2063
PP_2109
PP_2110
PP_2232
PP_2234
PP_2235
PP_2312
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Cro/CI family transcriptional regulator
AraC family transcriptional regulator
hypothetical protein
lytic transglycosylase family protein
F0F1 ATP synthase subunit I
hypothetical protein
EAL domain containing protein
diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor
hypothetical protein
hypothetical protein
anmK anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
hypothetical protein
hypothetical protein
fruB phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
hypothetical protein
lipopolysaccharide kinase
hypothetical protein
mraW S-adenosyl-methyltransferase MraW
ftsL cell division protein FtsL
ftsI
peptidoglycan glycosyltransferase
hypothetical protein
NAD-dependent epimerase/dehydratase
algU RNA polymerase sigma factor AlgU
hypothetical protein
hypothetical protein
ABC transporter ATP-binding protein
beta-lactamase domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
group II intron-encoding maturase
ABC transporter ATP-binding protein
ABC transporter
molybdenum cofactor biosynthesis protein A, putative
hydrolase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
atpI
1765
117
83
66
57
124
140
90
88
91
97
97
377
522
373
374
113
122
1167
88
716
127
88
77
99
69
696
434
181
82
72
294
94
103
275
128
97
155
74
2449
115
106
63
65
165
122
92
90
66
76
81
450
379
414
275
106
122
1578
93
395
92
85
15
120
48
564
421
150
47
39
180
94
68
211
139
88
78
70
56
79
48
58
37
85
67
23
39
40
58
70
178
258
179
194
20
50
668
80
93
83
59
29
71
67
100
50
31
18
22
39
114
102
55
58
53
62
14
146
140
68
67
11
86
85
33
29
65
69
25
248
272
182
117
22
27
796
87
40
110
59
48
52
65
106
74
29
16
38
61
78
46
81
130
89
83
18
1591
146
117
124
87
234
176
137
142
127
113
111
423
540
514
401
220
119
1640
124
659
148
100
106
116
95
666
1618
757
79
78
298
136
211
366
187
144
140
103
1609
240
145
130
139
238
169
139
273
159
105
100
533
447
453
348
255
133
1819
141
1098
168
125
77
141
94
1058
1732
912
136
77
450
168
190
359
229
141
156
125
250
415
182
140
171
217
131
159
429
193
121
163
570
547
580
384
231
192
1831
192
1145
196
213
96
169
106
1173
997
406
245
116
473
152
327
443
219
180
193
160
167
293
155
232
115
212
171
131
262
161
101
89
565
488
546
373
147
124
1834
169
721
158
224
134
113
75
769
1223
439
210
116
365
200
281
393
193
169
174
137
1.96
2.40
1.51
1.79
1.42
1.36
1.01
1.31
2.75
1.59
0.92
1.22
1.68
1.08
1.70
1.67
1.85
1.58
1.45
1.26
3.62
1.24
1.81
1.06
1.26
0.66
3.55
4.05
2.78
1.94
0.86
2.89
1.36
2.13
2.79
1.78
1.49
1.59
1.32
4.56
8.32
5.58
7.01
6.31
5.98
4.21
5.44
11.41
7.51
3.53
3.73
5.21
3.52
5.71
4.42
8.40
4.34
5.01
5.21
13.59
4.96
6.56
3.22
4.03
3.10
11.72
17.96
15.38
7.72
3.20
10.94
4.39
9.47
9.79
6.11
5.81
6.16
5.88
256
Supplemental Table S3-1-1
K
E
T
T
L
R
G
J
C
K
R
R
O
L
L
M
S
O
T
M
V
M
K
E
T
K
D
-
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
PP_3519
PP_3520
PP_3532
PP_3624
PP_3631
PP_3665
PP_3700
PP_3701
PP_3427
PP_3426
PP_2393
PP_2500
PP_2579
PP_2581
PP_2630
PP_2631
PP_2647
PP_2689
PP_2827
PP_2829
PP_2909
PP_2910
PP_2923
PP_2924
PP_2958
PP_3118
PP_3119
PP_3243
PP_3255
PP_3316
PP_3317
PP_3348
PP_3425
PP_2348
PP_2315
PP_2318
PP_2347
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
transcription elongation factor GreB
GDSL family lipase
winged helix family two component transcriptional
regulator
integral membrane sensor signal transduction histidine
kinase
polB DNA polymerase II
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
major facilitator family transporter
endoribonuclease, putative
alcohol dehydrogenase, zinc-containing
GntR family transcriptional regulator
hypothetical protein
hydroxyglutarate oxidase
hypothetical protein
radical SAM domain protein
glutaredoxin
hypothetical protein
dnaE2 error-prone DNA polymerase
acetyltransferase
hypothetical protein
chaperone-associated ATPase, putative
hypothetical protein
GGDEF domain-containing protein
mexE efflux transporter, RND family, MFP subunit
transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1)
mexF
family
RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT
oprN
family
putative lipoprotein
hypothetical protein
AsnC family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
AraC family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
greB
130
160
79
113
46
69
91
98
14
41
115
215
133
180
73
83
98
107
10
50
186
41
98
120
128
31
64
123
12
57
79
104
227
92
101
70
79
137
43
83
83
10
48
251
103
127
10
66
161
67
69
223
198
21
123
108
27
103
98
177
430
106
162
106
78
217
60
162
94
8
95
303
127
178
63
29
14
57
19
46
102
42
20
3
46
174
8
50
7
14
1
60
92
4
32
44
72
150
82
47
42
18
34
22
17
54
2
28
105
6
67
64
57
40
81
16
66
117
52
21
5
47
117
19
25
21
21
2
30
123
14
33
77
38
119
77
32
45
45
58
25
31
77
14
49
103
27
80
1336
294
158
207
206
93
2105
216
2019
2633
82
242
106
134
354
302
1146
133
1326
83
171
152
167
466
129
198
111
90
258
83
230
130
2801
118
381
178
219
1581
224
118
196
187
99
2614
160
2403
3499
95
257
100
179
365
403
1373
125
1507
115
100
94
126
346
136
124
106
112
229
111
217
155
3808
123
459
168
218
2590
240
125
221
125
105
3045
154
1352
2191
98
324
113
182
392
588
478
155
2700
139
317
200
190
409
202
154
113
107
170
154
242
139
3348
158
381
150
198
2701
312
119
220
126
91
2706
130
1596
2565
106
348
92
190
290
383
523
138
3297
128
252
131
189
385
129
140
118
145
251
142
221
177
3769
126
380
141
208
5.39
2.29
0.97
1.79
1.55
0.72
4.90
1.26
5.23
5.77
0.73
1.58
0.82
1.57
2.61
3.20
4.42
1.28
4.88
1.12
2.31
1.65
1.56
1.69
1.29
1.27
0.88
1.18
1.97
1.27
1.92
1.20
5.89
1.31
1.89
1.23
1.56
26.82
7.52
4.23
6.82
7.50
3.13
28.44
5.97
28.88
32.43
3.42
4.89
4.11
7.31
11.27
12.89
21.84
5.71
25.36
5.29
8.60
5.20
4.84
5.92
4.71
4.54
3.76
3.87
6.51
5.65
8.90
5.72
34.54
5.79
7.68
5.50
6.36
Supplemental Table S3-1-1
257
S
T
K
M
R
E
N
N
N
L
K
N
T
K
L
S
L
K
L
T
T
I
E
T
H
J
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E
E
E
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K2
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
PP_0617
PP_0618
PP_0616
PP_0615
PP_3770
PP_3899
PP_3929
PP_3930
PP_3932
PP_3949
PP_4032
PP_4164
PP_4311
PP_4317
PP_4354
PP_4355
PP_4356
PP_4441
PP_4595
PP_4658
PP_4670
PP_4858
PP_4859
PP_5008
PP_5086
PP_5144
PP_5398
PP_0090
PP_0274
PP_0353
PP_0354
PP_0355
PP_0370
PP_0372
PP_0424
PP_0596
PP_0613
PP_0614
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
hypothetical protein
hicB-2 hicB protein
hypothetical protein
17 kDa surface antigen
GGDEF domain-containing protein
TetR family transcriptional regulator
outer membrane lipoprotein Blc, putative
alpha/beta fold family hydrolase
D-amino-acid dehydrogenase
hypothetical protein
fliQ flagellar biosynthesis protein FliQ
fliP flagellar biosynthesis protein FliP
fliO flagellar assembly protein FliO
ISPpu14, transposase Orf1
AsnC family transcriptional regulator
methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
GGDEF domain-containing protein
hypothetical protein
TetR family transcriptional regulator
poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein
nuclease (SNase domain protein)
hypothetical protein
ISPpu14, transposase Orf1
hypothetical protein
helix-turn-helix domain-containing protein
DNA polymerase III, epsilon subunit
CBS domain-containing protein
response regulator receiver protein
acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein
aminotransferase class-III
crp
cAMP-regulatory protein
beta alanine--pyruvate transaminase
putative amidase
allantoate amidohydrolase
branched chain amino acid ABC transporter ATPbinding protein
branched chain amino acid ABC transporter ATPbinding protein
inner-membrane translocator
inner-membrane translocator
18
1
19
25
61
302
257
251
104
118
213
91
70
97
153
94
88
219
118
69
103
94
302
204
115
101
251
277
114
47
53
54
129
22
79
180
33
33
18
19
19
40
64
261
427
251
83
102
116
64
58
80
242
154
143
149
107
93
109
133
204
174
82
118
129
333
148
28
23
22
107
15
123
260
31
50
21
8
30
57
22
250
127
145
37
93
127
41
54
24
135
54
61
32
91
28
54
98
31
249
41
111
54
395
158
42
40
319
107
11
198
256
26
90
1
2
1
9
55
200
205
139
63
124
115
64
55
12
127
33
75
47
97
51
67
74
74
166
20
102
23
219
118
21
13
48
126
13
102
170
5
44
25
1
22
23
1079
322
497
383
137
150
223
129
98
106
247
150
149
252
143
104
138
2869
446
517
177
209
145
322
159
53
59
68
146
21
128
258
31
55
18
1
26
57
1247
306
832
370
132
116
187
80
89
173
304
230
152
299
110
114
112
3577
425
565
184
207
381
336
174
54
75
50
113
50
122
195
34
97
812
583
1720
2021
1775
540
494
378
135
190
239
112
143
192
479
283
192
328
195
93
117
5869
471
515
179
641
233
704
305
201
268
533
327
159
350
1620
1354
2687
12
1
18
28
2092
578
545
436
98
162
320
105
91
179
500
245
211
186
149
110
135
5537
535
397
127
464
252
505
317
72
78
240
146
106
302
259
24
76
3.67
3.19
4.75
4.98
5.03
1.53
1.96
1.66
1.08
1.02
1.48
0.80
1.16
1.58
1.98
2.14
1.58
2.36
1.10
0.77
1.02
6.22
2.88
1.70
1.49
2.53
1.98
1.21
1.43
1.65
2.06
1.91
1.62
1.31
1.56
2.66
4.40
4.90
7.33
6.37
9.50
9.96
27.26
4.31
8.21
6.16
4.53
3.16
4.76
3.47
4.27
6.99
6.99
8.06
5.59
8.48
3.19
3.05
3.24
32.47
11.31
8.10
6.93
9.89
8.57
3.11
4.29
3.47
4.89
3.48
3.77
3.36
3.89
6.10
8.81
11.25
258
Supplemental Table S3-1-1
P
S
C
E
E
M
E
S
R
S
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L
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S
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E
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C
C
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-
K3
K3
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K3
K3
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K3
K3
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K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
PP_3597
PP_3744
PP_3745
PP_3746
PP_3747
PP_3749
PP_3768
PP_3771
PP_3822
PP_3823
PP_3869
PP_3900
PP_3593
PP_0627
PP_0718
PP_0797
PP_0895
PP_0938
PP_1073
PP_1153
PP_1194
PP_1299
PP_1300
PP_1502
PP_1503
PP_1662
PP_1721
PP_1742
PP_1743
PP_1971
PP_2018
PP_2297
PP_2433
PP_2434
PP_2632
PP_2738
PP_3288
PP_0619
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
branched-chain amino acid ABC transporter,
periplasmic amino acid-binding protein
hypothetical protein
sulfate transporter
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
glpD glycerol-3-phosphate dehydrogenase
hypothetical protein
hypothetical protein
polar amino acid ABC transporter inner membrane
aapM
subunit amino acid ABC transporter, ATP-binding
general
aapP
protein
OmpA/MotB domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
HAD superfamily hydrolase
hypothetical protein
actP acetate permease
hypothetical protein
BNR domain-containing protein
integrative genetic element Ppu40, integrase
hypothetical protein
RES domain-containing protein
hypothetical protein
hypothetical protein
universal stress protein
amino acid ABC transporter, periplasmic amino acidbinding protein
amino acid ABC transporter ATP-binding protein
glcC DNA-binding transcriptional regulator GlcC
glcD glycolate oxidase subunit GlcD
glcE glycolate oxidase FAD binding subunit
glcF glycolate oxidase iron-sulfur subunit
hypothetical protein
aroE shikimate 5-dehydrogenase
hypothetical protein
cytochrome c family protein
cytochrome c-type protein
phage sheath protein, putative
hicA-2 hicA protein
40
79
22
18
19
28
115
88
85
72
39
526
51
228
46
79
31
80
81
59
66
42
113
103
145
87
120
110
103
81
88
99
169
120
38
274
49
49
53
64
17
30
12
16
91
79
87
121
92
442
42
119
32
79
42
90
47
63
80
30
51
75
114
41
106
36
34
114
50
46
197
129
18
285
60
77
49
62
309
320
412
50
116
121
221
209
43
584
88
248
43
129
32
90
201
83
108
65
359
153
269
121
128
440
274
115
264
112
480
200
4
251
39
166
58
95
118
109
136
52
148
100
138
172
74
337
118
210
68
59
17
83
233
29
74
56
270
131
205
95
156
118
91
170
229
110
378
161
6
239
58
30
66
66
32
34
21
35
168
62
122
123
44
529
73
205
51
121
62
105
151
97
103
56
129
139
244
82
155
125
118
111
168
83
261
157
66
229
71
45
92
82
24
35
22
37
153
135
116
169
93
555
64
212
85
105
87
109
139
76
101
51
123
147
178
123
138
115
90
132
124
133
221
152
89
457
73
79
110
146
1712
1431
1962
242
310
225
344
378
165
1045
302
365
119
323
153
192
652
246
149
236
953
365
538
269
380
1694
1121
290
1000
194
767
436
114
819
128
2034
84
117
169
164
206
19
316
123
196
236
144
943
148
335
112
200
113
187
441
123
134
136
503
308
446
240
259
269
193
263
301
138
887
347
94
429
100
116
0.78
1.19
2.47
2.16
2.25
1.92
1.41
0.90
0.64
0.85
1.37
1.49
1.78
0.83
0.90
1.65
1.26
1.17
1.70
1.57
0.86
1.87
1.41
1.25
1.12
1.35
1.57
1.94
2.03
1.34
1.92
1.05
1.23
1.12
0.83
1.70
1.00
3.61
3.05
3.37
5.46
4.91
5.11
3.84
5.97
3.54
3.13
3.90
3.76
3.83
4.10
3.34
3.34
5.74
4.23
4.30
7.44
5.17
3.11
4.82
5.82
6.10
5.16
5.45
5.00
6.95
6.31
4.18
7.06
3.87
3.56
4.23
3.19
5.49
3.18
8.13
Supplemental Table S3-1-1
259
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
K3
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O
Q
C
N
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M
E
B
L
S
Q
S
S
E
P
M
T
O
Q
-
PP_3905
PP_3934
PP_4232
PP_4233
PP_4234
PP_4278
PP_4279
PP_4281
PP_4344
PP_4351
PP_4352
PP_4365
PP_4369
PP_4421
PP_4422
PP_4442
PP_4491
PP_4614
PP_4619
PP_4621
PP_4735
PP_4888
PP_5221
PP_5269
PP_5270
PP_5340
PP_5397
PP_0085
PP_0711
PP_0712
PP_0806
PP_0837
PP_1002
PP_1082
PP_1121
PP_1144
PP_1162
PP_1184
PP_1473
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
xanthine dehydrogenase, XdhA subunit
xanthine dehydrogenase, XdhB subunit
guanine deaminase
flagellar biosynthesis protein FlhA
flagellar biosynthesis protein FlhB
flagellar biosynthesis chaperone
flagellar MS-ring protein
hypothetical protein
succinate-semialdehyde dehydrogenase, putative
ISPpu14, transposase Orf2
phhB pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
hypothetical protein
maleylacetoacetate isomerase
hmgA homogentisate 1,2-dioxygenase
lctP L-lactate transport
methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
hypothetical protein
dadX alanine racemase
dadA-2 D-amino acid dehydrogenase small subunit
histone deacetylase superfamily
ISPpu14, transposase Orf2
hypothetical protein
isochorismatase superfamily hydrolase
hypothetical protein
surface adhesion protein, putative
hypothetical protein
arcD arginine/ornithine antiporter
bfr
bacterioferritin
OmpA/MotB domain protein
GGDEF domain-containing protein
glutathione S-transferase family protein
dienelactone hydrolase
hypothetical protein
flhB
fliJ
fliF
xdhA
xdhB
gad
flhA
LuxR family transcriptional regulator
LysR family transcriptional regulator
gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit
(2Fe-2S)-binding domain protein
54
85
27
30
36
84
76
151
136
97
46
24
154
61
22
39
78
115
73
129
167
15
62
77
81
44
28
155
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2777
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2807
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43
117
35
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49
86
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154
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83
200
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158
207
33
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97
60
84
197
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197
133
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110
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87
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306
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300
190
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121
117
329
1190
69
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528
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1113
3593
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1573
2280
451
288
700
977
1.10
0.74
1.52
2.36
2.00
1.73
1.70
2.09
0.87
1.26
1.63
1.37
1.17
1.72
1.74
1.66
1.70
1.92
2.36
3.39
1.99
1.37
1.35
2.36
2.76
1.72
1.46
1.51
1.28
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0.95
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1.82
1.27
1.54
1.33
1.03
1.50
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5.00
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3.99
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3.15
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4.33
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3.40
5.51
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2.72
4.00
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4.14
3.09
3.03
260
Supplemental Table S3-1-1
E
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K4
K4
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K4
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K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
K4
PP_3954
PP_4010
PP_4021
PP_4034
PP_4035
PP_4036
PP_4037
PP_3814
PP_3433
PP_3434
PP_3448
PP_3611
PP_3743
PP_3767
PP_3414
PP_1661
PP_1690
PP_1715
PP_2019
PP_2197
PP_2309
PP_2357
PP_2359
PP_2360
PP_2361
PP_2573
PP_2655
PP_2853
PP_2925
PP_2943
PP_3020
PP_3081
PP_3126
PP_3132
PP_3312
PP_3320
PP_1510
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
putative oxidoreductase
carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase,
putative
dehydrogenase subunit, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
spore coat U domain protein
spore coat U domain protein
spore coat U domain protein
csuC type 1 pili usher pathway chaperone CsuC
glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
hypothetical protein
hypothetical protein
mqo-3 malate:quinone oxidoreductase
cytochrome c551 peroxidase, putative
serine/threonine protein phosphatase, putative
PEBP family protein
polysaccharide export protein
polysaccharide biosynthesis protein
heat shock protein, putative
hypothetical protein
methyl-accepting chemotaxis transducer/sensory box
protein
hpd 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
hypothetical protein
nfrB bacteriophage N4 adsorption protein B
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
polyamine ABC transporter, periplasmic polyaminebinding protein
periplasmic binding protein, putative
cspD cold-shock protein CspD
est
alpha/beta hydrolase fold
allantoate amidohydrolase
NCS1 nucleoside transporter
243
219
91
200
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108
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56
99
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71
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97
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419
89
98
80
52
133
356
94
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86
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33
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97
30
157
49
175
45
45
134
67
85
116
73
109
55
24
18
83
75
159
49
68
50
88
285
62
88
955
78
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5793
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700
297
548
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933
563
706
282
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95
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591
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437
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459
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160
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297
46
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79
398
105
325
123
117
252
121
176
185
147
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79
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175
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105
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107
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798
539
316
803
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442
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326
0.86
1.18
0.94
0.97
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1.04
1.25
1.44
1.60
1.48
0.94
1.28
1.75
0.74
0.75
1.89
1.79
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1.25
0.71
1.09
1.03
0.81
0.92
0.85
0.70
1.32
0.86
1.20
0.90
1.15
1.16
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1.11
0.69
1.86
1.03
3.29
3.70
3.48
3.10
3.21
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3.52
3.48
3.57
3.04
4.13
4.52
3.58
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3.60
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3.16
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K5
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PP_0271
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PP_0352
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PP_0533
PP_0534
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PP_0685
PP_0700
PP_0703
PP_0704
PP_0860
PP_0861
PP_0862
PP_0863
PP_0865
PP_0943
PP_0944
PP_4959
PP_4038
PP_4044
PP_4118
PP_4270
PP_4282
PP_4309
PP_4310
PP_4402
PP_4403
PP_4404
PP_4490
PP_4605
PP_4643
PP_4704
PP_4705
PP_4817
PP_4855
PP_4856
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
dihydropyrimidine dehydrogenase
hypothetical protein
YhhN family protein
hypothetical protein
aquaporin Z
NCS1 nucleoside transporter
hydantoin racemase, putative
bkdA2 2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit
branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit
bkdB
E2
lpdV dihydrolipoamide dehydrogenase
phhA phenylalanine 4-monooxygenase
AraC family transcriptional regulator
xanthine/uracil permease family protein
hypothetical protein
glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
MaoC domain-containing protein
DNA-binding transcriptional activator OsmE
bacterioferritin, putative
response regulator receiver modulated diguanylate
cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)
hypothetical protein
winged helix family two component transcriptional
gltR-1
regulator
anti-FecI sigma factor, FecR
RNA polymerase sigma factor
hypothetical protein
pfeS sensor protein PfeS
winged helix family two component transcriptional
regulator
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
hypothetical protein
anti-FecI sigma factor, FecR
anti-FecI sigma factor, FecR
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
flavodoxin/nitric oxide synthase
TonB-dependent siderophore receptor
putative hydroxylase
Sel1 domain protein repeat-containing protein
RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily
fagA hypothetical protein
fumC fumarate hydratase
51
67
41
75
241
46
98
47
84
43
72
129
68
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101
54
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32
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127
92
81
100
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136
108
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67
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75
90
118
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49
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154
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112
223
306
255
215
206
618
133
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494
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213
169
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140
117
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90
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293
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486
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37
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2.00
2.20
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1.51
1.44
1.60
1.90
1.05
1.02
1.88
1.26
1.96
0.89
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3.06
6.67
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2.14
2.30
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3.59
5.31
2.17
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4.61
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2.93
4.51
4.10
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K5
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K5
K5
K5
K5
K6
K6
K6
PP_5306
PP_5307
PP_5308
PP_0234
PP_0362
PP_0985
PP_5196
PP_1008
PP_1083
PP_1651
PP_1652
PP_2192
PP_2419
PP_2900
PP_3086
PP_3155
PP_3326
PP_3612
PP_3796
PP_3797
PP_3799
PP_3800
PP_3801
PP_3807
PP_4070
PP_4208
PP_4213
PP_4214
PP_4215
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PP_4217
PP_4244
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PP_4611
PP_5131
PP_1006
PP_0945
PP_1004
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
-
exbB
exbD
tonB
oprE
bioB
pvdE
fpvA
pfrI
hypothetical protein
hypothetical protein
TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin
family receptor
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
BFD domain protein (2Fe-2S)-binding domain protein
winged helix family two component transcriptional
regulator
sensor histidine kinase
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
hypothetical protein
hypothetical protein
RNA polymerase sigma-70 factor, putative
outer membrane ferric siderophore receptor, putative
hypothetical protein
TonB-dependent siderophore receptor
L-ornithine N5-oxygenase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
periplasmic solute binding protein
thioesterase
hypothetical protein
RNA polymerase sigma factor
dipeptidase, putative
aminotransferase, class V
hypothetical protein
cyclic peptide transporter
outer membrane ferripyoverdine receptor
extracytoplasmic-function sigma-70 factor
hypothetical protein
RNA polymerase sigma factor
sodium:dicarboxylate symporter
iron ABC transporter, periplasmic iron-binding
protein, putative
ferric siderophore transport system protein ExbB
biopolymer transport protein ExbD
TonB family protein
outer membrane porin
biotin synthase
cold-shock domain-contain protein
439
531
276
949
1495
2574
111
2298
2751
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1378
4057
533
375
1239
193
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1508
356
170
814
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422
289
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107
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478
14
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323
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1538
269
187
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1105
545
335
917
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553
459
192
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292
244
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185
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22
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30
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2.26
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2.41
2.00
0.93
1.54
3.15
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2.07
1.55
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1.81
3.09
2.25
3.58
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1.69
1.63
1.36
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1.96
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5.05
4.09
7.34
3.59
3.79
4.54
4.74
5.33
3.45
2.15
4.84
3.02
5.35
3.33
6.19
1.70
5.65
3.09
3.50
3.68
4.53
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5.58
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1.72
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PP_3782
PP_3783
PP_3784
PP_3785
PP_3786
PP_3787
PP_3788
PP_4292
PP_4447
PP_4693
PP_4819
PP_4870
PP_5085
PP_0482
PP_1533
PP_1534
PP_1535
PP_1536
PP_1537
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PP_3781
PP_1110
PP_1111
PP_1198
PP_1199
PP_1757
PP_2089
PP_2463
PP_2467
PP_3680
PP_3776
PP_3777
PP_3778
PP_3779
PP_3780
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
-
Serine O-acetyltransferase
synthetase, putative
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
bolA BolA family protein
oprF OmpF family protein
cspA-2 cold shock protein CspA
rpmI 50S ribosomal protein L35
hypothetical protein
rarD-3 rarD protein
hypothetical protein
proC-1 pyrroline-5-carboxylate reductase
LysR family transcriptional regulator
hypothetical protein
oxygen-independent Coproporphyrinogen III oxidase
family protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
aminotransferase
hypothetical protein
non-ribosomal peptide synthetase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
C4-type zinc finger DksA/TraR family protein
Zinc finger-domain-containing protein
azurin
maeB malic enzyme
bacterioferritin
excisionase, putative
hypothetical protein
methyltransferase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
methyltransferase, putative
1069
875
639
471
272
249
237
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274
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294
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1343
2899
1071
788
31
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25
21
27
36
34
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145
1340
59
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192
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1.00
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PP_1560
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PP_1563
PP_1566
PP_1567
PP_1568
PP_1570
PP_1571
PP_1572
PP_1573
PP_1575
PP_1579
PP_1583
PP_2850
PP_0375
PP_0376
PP_0377
PP_0826
PP_1138
PP_1980
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PP_2666
PP_2667
PP_2668
PP_2669
PP_2673
PP_2674
PP_2675
PP_2676
PP_2677
PP_2678
PP_2679
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
qedH
livG
pqqE
pqqD
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
phage replication protein O, putative
phage holin
hypothetical protein
phage holin, putative
phage terminase, small subunit, putative
phage terminase, large subunit, putative
head maturation protease, putative
HK97 family phage major capsid protein
hypothetical protein
head-tail adaptor
hypothetical protein
hypothetical protein
major tail protein, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
structural protein P5, putative
hypothetical protein
prolyl oligopeptidase family protein
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD
phosphate ABC transporter, permease protein, putative
leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding
subunit
thioesterase superfamily protein
hypothetical protein
hypothetical protein
ABC transporter
efflux ABC transporter ATP-binding protein
YVTN family beta-propeller repeat-containing protein
pentapeptide repeat-containing protein
quinoprotein ethanol dehydrogenase
cytochrome c-type protein
periplasmic binding protein, putative
hypothetical protein
beta-lactamase domain protein
quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative
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114
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124
550
168
965
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322
433
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1205
2931
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1870
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146
261
233
204
142
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92
28
64
305
363
81
391
99
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75
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213
184
114
87
115
31
151
536
705
167
420
200
263
488
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150
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138
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112
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91
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38
56
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33
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2.15
2.13
1.70
1.99
1.00
1.20
1.72
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1.74
1.15
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1.39
1.43
1.61
1.59
1.32
1.75
1.49
1.54
1.33
1.29
1.03
1.21
1.29
1.19
1.09
2.18
2.52
1.70
1.53
2.37
3.14
4.23
3.51
3.60
1.98
1.95
1.62
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4.98
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3.37
3.13
4.25
5.90
4.26
3.66
3.25
3.58
3.41
3.58
3.86
3.63
3.51
4.55
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3.31
4.38
4.10
4.31
3.39
3.00
3.49
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3.79
6.69
5.77
10.45
6.48
7.65
3.87
3.81
2.13
Supplemental Table S3-1-1
265
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K9
PP_4043
PP_4057
PP_4254
PP_4285
PP_4297
PP_4298
PP_4299
PP_4300
PP_4604
PP_4706
PP_5033
PP_5174
PP_0076
PP_0099
PP_0334
PP_0383
PP_0595
PP_0597
PP_1155
PP_1970
PP_3815
PP_3558
PP_2680
PP_2681
PP_2730
PP_4054
PP_4116
PP_4586
PP_0648
PP_0803
PP_0805
PP_1317
PP_1921
PP_1959
PP_2856
PP_2857
PP_2858
PP_3431
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
aldehyde dehydrogenase family protein
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD
putative lipoprotein
hypothetical protein
aceA isocitrate lyase
hypothetical protein
hypothetical protein
HlyD family type I secretion membrane fusion protein
TolC family type I secretion outer membrane protein
petA ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
ThiJ/PfpI domain protein
substrate-binding region of ABC-type glycine betaine
transport system
binding-protein-dependent transport systems inner
membrane component
gnd 6-phosphogluconate dehydrogenase-like protein
outer membrane autotransporter
hypothetical protein
transthyretin family protein
gcl
glyoxylate carboligase
hyi
hydroxypyruvate isomerase
glxR 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase
hydroxypyruvate reductase
hypothetical protein
antibiotic biosynthesis monooxygenase
hutU urocanate hydratase
RND efflux transporter
glycine betaine-binding protein, putative
radical SAM domain protein
ISPpu11, transposase
amine oxidase
LysR family transcriptional regulator
mmsA-1 methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase
diguanylate cyclase
putative lipoprotein
206
10
235
26
240
650
491
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153
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52
98
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124
123
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122
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112
65
3
127
2386
1501
149
275
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184
144
58
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274
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100
550
315
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63
34
105
133
102
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313
192
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133
146
10
100
83
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76
144
267
75
154
33
86
892
149
275
19
8
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185
375
71
572
396
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2970
2140
250
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50
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509
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291
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84
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175
96
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54
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117
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99
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106
524
1.19
2.11
1.38
2.63
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1.85
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1.71
0.91
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1.21
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2.31
1.24
1.20
3.75
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0.93
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1.40
0.70
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1.23
3.57
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2.41
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8.95
5.98
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5.62
4.48
3.61
3.27
3.66
3.53
2.82
3.39
7.05
3.66
7.95
3.42
3.91
11.41
8.44
3.57
3.99
4.94
3.74
4.85
3.75
3.60
3.45
3.50
4.87
5.37
4.89
3.27
4.76
266
Supplemental Table S3-1-1
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K11
K11
K11
K11
K11
K11
K11
K11
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PP_2218
PP_2258
PP_2825
PP_2964
PP_3096
PP_3428
PP_3446
PP_3730
PP_3798
PP_3803
PP_3804
PP_3824
PP_4527
PP_4746
PP_4797
PP_5191
PP_1897
PP_2313
PP_3562
PP_3772
PP_3773
PP_3850
PP_3866
PP_4319
PP_4335
PP_4337
PP_4353
PP_4358
PP_4366
PP_4367
PP_4736
PP_5206
PP_5271
PP_0775
PP_0794
PP_1076
PP_1738
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
DoxX family protein
hypothetical protein
putative phage repressor
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
motB flagellar motor protein MotD
cheB chemotaxis-specific methylesterase
fliR flagellar biosynthesis protein FliR
fliM flagellar motor switch protein FliM
fliI
flagellum-specific ATP synthase
fliH flagellar assembly protein H
lldD L-lactate dehydrogenase
secretion protein HlyD family protein
lrp
leucine-responsive regulatory protein
hypothetical protein
fruK 1-phosphofructokinase
glpF MIP family channel protein
hypothetical protein
DNA internalization-related competence protein
ComEC/Rec2
class II aldolase/adducin domain protein
ISPpu8, transposase
sensory box protein
integrase, putative
tnpA Tn4652, transposase
hypothetical protein
TPR domain-containing protein
ilvA-1 threonine dehydratase
winged helix family two component transcriptional
regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
ISPpu15, transposase Orf1
hypothetical protein
hypothetical protein
48
122
105
77
61
81
82
118
108
15
55
56
66
71
63
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32
44
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167
116
320
140
48
174
187
149
43
202
80
149
156
306
191
159
83
50
156
57
155
81
51
47
71
46
81
171
132
67
62
1
67
96
134
53
30
87
161
164
271
83
82
149
258
211
111
403
131
261
163
517
240
133
49
37
125
4
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8
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22
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12
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15
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252
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100
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120
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20
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14
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107
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17
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124
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139
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80
102
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41
99
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34
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197
510
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159
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106
111
237
93
164
86
241
212
345
129
83
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176
162
101
330
108
215
166
395
175
169
99
150
278
125
259
232
150
169
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208
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233
263
171
185
157
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127
289
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169
133
207
182
277
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130
179
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134
275
81
159
153
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31
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151
187
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41
47
107
91
97
173
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139
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212
135
218
225
206
208
429
195
254
328
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137
80
62
105
64
242
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41
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200
20
88
108
204
203
362
103
119
268
188
203
163
371
193
315
135
299
195
213
97
52
128
0.97
1.31
1.51
1.23
1.40
1.20
1.70
2.88
1.55
1.31
1.35
1.53
1.29
0.95
0.79
1.43
1.08
1.40
1.12
1.63
0.87
1.55
1.12
1.08
1.81
1.18
1.63
1.70
1.42
1.46
1.97
1.45
1.14
1.61
1.11
0.83
1.23
1.13
3.16
5.71
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5.08
3.22
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11.25
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3.56
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6.64
3.50
5.57
4.63
4.20
3.08
3.65
4.23
4.69
3.29
3.14
3.77
5.69
4.17
4.27
3.44
3.57
3.52
3.71
3.20
3.17
3.35
3.62
Supplemental Table S3-1-1
267
E
D
R
S
R
O
K
E
E
K13
K13
K13
K13
K13
K13
K13
K13
K13
K13
K13
H
V
G
K13
K13
K13
S
P
T
E
I
K
S
M
P
H
S
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K12
K13
K13
K13
PP_5182
PP_5207
PP_4864
PP_4863
PP_2448
PP_2634
PP_2729
PP_2957
PP_3244
PP_3935
PP_4230
PP_4231
PP_4734
PP_1400
PP_0050
PP_0330
PP_0780
PP_1089
PP_1101
PP_1156
PP_1172
PP_1428
PP_1750
PP_1829
PP_1978
PP_3241
PP_3261
PP_3401
PP_4303
PP_4360
PP_4528
PP_4561
PP_4857
PP_5393
PP_0135
PP_0903
PP_0993
+
-
-
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
formate/nitrate transporter
hypothetical protein
mucA anti sigma-E protein, RseA
asnB asparagine synthetase
alpha/beta fold family hydrolase
TetR family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
CsbD family protein
AsmA family protein
heavy metal transport/detoxification protein
hypothetical protein
methyltransferase type 11
hypothetical protein
metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily
(MFS)
FAD dependent oxidoreductase
cellulose synthase, putative
hypothetical protein
acetyltransferase
mgtC magnesium transporter MgtC family protein
hypothetical protein
hypothetical protein
xanthine dehydrogenase accessory factor, putative
GntR family transcriptional regulator
branched chain amino acid ABC transporter ATPbinding protein
branched chain amino acid ABC transporter ATPbinding protein
putative aminotransferase
ABC transporter permease/ATP-binding protein
386
87
92
91
122
58
109
72
90
44
147
122
110
188
97
82
75
62
339
83
105
725
49
39
81
69
78
117
123
202
60
519
85
105
110
83
76
326
140
80
56
106
42
69
54
46
63
67
125
81
159
102
102
120
46
373
78
96
747
40
1
88
23
42
131
149
189
51
299
70
82
83
100
141
206
62
88
81
75
15
48
19
25
43
84
74
60
33
155
115
123
107
728
125
85
807
72
28
18
43
95
115
118
264
122
449
96
102
71
37
76
229
55
91
69
105
10
27
11
11
24
39
93
77
26
124
142
128
145
402
115
198
858
80
35
50
75
108
84
159
345
143
432
73
151
65
72
60
402
139
142
134
165
75
88
95
87
100
162
158
123
187
193
187
116
80
398
114
90
1005
66
66
73
62
89
113
175
223
72
454
111
149
75
138
225
358
143
119
114
128
101
153
96
109
108
152
149
96
155
122
255
156
122
312
119
48
1148
74
92
95
55
94
94
170
464
106
451
98
139
121
120
218
624
152
190
160
294
117
137
108
117
120
186
228
238
716
214
315
201
250
987
229
311
1276
101
117
124
120
128
168
246
503
301
641
137
199
167
211
195
197
94
100
82
115
79
64
60
57
76
96
92
108
79
372
490
208
277
1740
382
271
1679
304
143
149
167
226
308
218
683
417
1170
208
210
78
68
68
1.60
1.25
1.12
0.97
1.98
0.87
1.15
0.76
0.87
0.91
1.18
1.61
1.89
3.48
1.58
1.79
0.71
1.23
2.11
1.73
1.88
0.97
1.92
1.16
1.22
1.16
1.07
1.87
1.06
1.29
1.55
1.44
1.51
0.97
1.22
1.72
1.56
3.36
3.80
4.15
4.42
5.08
3.60
4.31
3.10
3.22
4.20
5.39
4.10
4.89
7.29
4.04
8.52
3.51
5.58
3.17
5.14
4.71
4.00
3.35
3.98
3.37
3.08
3.21
3.44
3.49
5.57
5.78
3.55
3.85
4.46
3.80
4.60
5.65
268
Supplemental Table S3-1-1
K13
K13
K14
K14
K14
K14
K14
K14
K14
K14
K14
K14
K14
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K15
K15
K15
K15
K15
K15
K15
K15
K15
K15
K15
K16
K16
K16
K16
K16
K16
K16
K16
K16
K16
K17
K17
K17
C
R
M
K
O
L
K
C
G
E
G
G
N
N
N
N
K
I
K
S
T
C
C
-
PP_5278
PP_5279
PP_0273
PP_0504
PP_0620
PP_1149
PP_3873
PP_3876
PP_3878
PP_3882
PP_3883
PP_3903
PP_3907
PP_5140
PP_1318
PP_1964
PP_2334
PP_3599
PP_3600
PP_3601
PP_3707
PP_4388
PP_4389
PP_4390
PP_4391
PP_5232
PP_0255
PP_1268
PP_1683
PP_1839
PP_2308
PP_2574
PP_3117
PP_4139
PP_4405
PP_5346
PP_1755
PP_1837
PP_2292
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
aldehyde dehydrogenase family protein
hypothetical protein
hypothetical protein
oprG OmpW family protein
GntR family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
phage minor capsid protein C, putative
phage terminase, small subunit, putative
phage holin, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
MerR family transcriptional regulator
petB ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b
deoxynucleotide monophosphate kinase, putative
prpB 2-methylisocitrate lyase
5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
d-galactonate transporter
D-galactarate dehydratase, putative
hypothetical protein
flgE flagellar hook protein FlgE
flgD flagellar basal body rod modification protein
flgC flagellar basal body rod protein FlgC
flgB flagellar basal body rod protein FlgB
hypothetical protein
17 kDa surface antigen
putative regulator PrlF
MarR family transcriptional regulator
hypothetical protein
acyl-CoA thioesterase II, putative
LysR family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor
oadA pyruvate carboxylase subunit B
fumC-2 fumarate hydratase
hypothetical protein
hypothetical protein
410
179
50
462
172
613
51
5
43
54
85
73
66
43
503
2619
261
4625
3623
4174
106
633
483
990
455
3550
249
386
191
260
113
164
274
319
108
560
343
198
476
374
136
195
1919
576
2461
201
104
141
134
140
109
80
96
704
4066
334
7291
4679
5164
140
1250
1057
1959
1012
4950
214
437
182
246
96
189
201
582
114
444
307
239
522
177
184
88
583
136
1664
128
51
75
97
38
90
41
43
641
2275
208
5700
3250
3209
99
1051
680
1700
840
3211
138
230
44
107
69
92
99
74
64
245
509
182
349
210
63
78
430
42
919
146
92
64
81
111
49
46
25
892
4420
424
7589
4504
4478
176
956
755
2351
1186
3121
268
345
95
210
145
205
137
163
128
605
529
263
1101
398
167
88
703
173
737
57
45
45
43
100
61
59
57
373
2037
175
3098
2388
2653
112
724
579
1127
539
2521
359
393
198
273
168
226
300
475
140
585
445
270
638
345
192
100
1419
361
1514
168
139
125
163
199
127
134
74
415
2624
263
4061
2789
3132
90
882
714
1360
638
3027
375
491
168
326
159
259
231
559
130
650
439
328
642
531
908
229
1095
1621
2989
313
163
167
167
237
166
115
154
346
1752
146
3873
2176
2019
39
522
404
913
437
2223
203
538
174
188
117
216
229
383
159
509
156
86
175
217
123
161
796
143
1873
271
151
122
165
226
120
115
108
533
2276
239
3843
2119
2310
78
632
477
1131
552
2403
461
585
202
371
207
222
287
504
112
451
455
183
462
1.59
2.31
1.38
0.91
3.58
1.03
1.29
1.35
1.14
1.03
1.89
0.91
0.84
1.27
0.89
0.96
0.83
0.98
1.09
0.95
1.17
1.01
0.75
1.06
1.10
0.71
0.81
1.22
1.44
0.82
0.76
1.23
1.21
2.37
1.30
1.06
1.70
1.09
1.25
3.29
6.47
4.43
3.09
8.52
3.23
3.57
4.25
3.27
3.15
6.06
3.09
3.98
3.44
4.47
3.34
3.12
4.36
4.34
4.39
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3.54
3.20
3.82
4.20
3.35
4.04
3.57
3.97
3.34
4.06
3.95
4.00
6.85
3.22
3.09
4.24
3.41
3.80
Supplemental Table S3-1-1
269
O
O
G
S
R
S
S
E
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N
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C
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I
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I
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C
Q
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K17
K17
K17
K17
K17
K17
K18
K18
K18
K18
K18
K18
K18
K18
K19
K19
K19
K19
K19
K19
K19
K20
K20
K20
K20
K20
K20
K20
K21
K21
K21
K21
K21
K21
K21
K22
K22
K22
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PP_4377
PP_4448
PP_0552
PP_0553
PP_0554
PP_0555
PP_0951
PP_1660
PP_4887
PP_0763
PP_1522
PP_3123
PP_3748
PP_4280
PP_4435
PP_4620
PP_0407
PP_0899
PP_1725
PP_2216
PP_2665
PP_2682
PP_2705
PP_0092
PP_0169
PP_0198
PP_3828
PP_3693
PP_4255
PP_4257
PP_4301
PP_4957
PP_4958
PP_0040
PP_2615
PP_3089
PP_3775
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative
ccoN-2 cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I
ccoQ-2 Cbb3-type cytochrome oxidase component
pykF pyruvate kinase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hcp-1 hcp protein
hypothetical protein
sarcosine oxidase, putative
molybdenum ABC transporter periplasmic molybdatemodA
binding protein
hypothetical protein
flagellin FlaG, putative
hypothetical protein
adh 2,3-butanediol dehydrogenase
branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit
acoC
E2
acoB acetoin dehydrogenase, beta subunit
acoA pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
rpoX sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA
hypothetical protein
hypothetical protein
long-chain-fatty-acid--CoA ligase
cspA-1 cold shock protein CspA
3-oxoacid CoA-transferase subunit B
glcG hypothetical protein
xanthine dehydrogenase accessory factor XdhC,
putative
hypothetical protein
fumarylacetoacetase
djlA heat shock protein DnaJ domain protein
hypothetical protein
type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase
acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein
agmR LuxR family two component transcriptional regulator
iron-containing alcohol dehydrogenase
hypothetical protein
putative lipoprotein
TauD/TfdA family dioxygenase
amino acid transporter LysE
1306
1130
539
30
14
48
22
3257
207
126
154
500
89
30
120
161
122
239
109
128
122
983
639
154
54
123
306
193
564
889
901
84
239
414
342
198
1720
638
1458
1935
685
26
9
31
8
5652
99
173
233
465
38
15
74
165
100
142
60
75
76
96
137
91
26
75
364
214
694
594
464
71
171
379
478
266
2229
1632
325
486
188
750
857
1127
1363
7608
1117
243
336
408
102
218
303
433
64
183
75
146
122
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3
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165
105
122
183
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133
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332
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751
725
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476
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624
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1151
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114
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136
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279
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121
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1032
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652
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110
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451
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157
147
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156
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655
66
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331
183
38
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3.32
5.81
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3.01
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3.08
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3.36
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3.68
4.82
4.01
3.14
3.54
5.04
3.01
270
Supplemental Table S3-1-1
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
E
K
G
H
Q
S
G
I
N
N
I
S
C
C
-
PP_0544
PP_0883
PP_1173
PP_1206
PP_1659
PP_2006
PP_2007
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PP_2458
PP_2512
PP_2537
PP_2875
PP_3145
PP_3334
PP_3774
PP_3789
PP_3806
PP_3808
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PP_4100
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PP_4378
PP_4406
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PP_4650
PP_4651
PP_5390
PP_5391
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
cioB
cioA
acsA
motC
fliC
glgA
ivd
rbsK
folE
oprD
alginate lyase 2
efflux transporter, putative
isochorismatase superfamily hydrolase
MbtH domain protein
glycogen synthase
acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
flagellar motor protein
flagellin FliC
hypothetical protein
acetyl-CoA synthetase
hypothetical protein
cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II
ubiquinol oxidase subunit I, cyanide insensitive
hypothetical protein
hypothetical protein
ethanolamine transproter
outer membrane porin
porin, putative
outer membrane porin
hypothetical protein
hypothetical protein
P-47-related protein
Cro/CI family transcriptional regulator
ribokinase
GTP cyclohydrolase I
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
134
177
1584
2288
447
323
116
444
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294
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48
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1102
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927
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141
155
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1129
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985
2493
987
345
284
108
306
189
529
449
99
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24
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435
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243
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1072
665
396
307
117
288
109
260
470
271
328
79
155
81
283
790
667
189
311
178
127
2045
355
504
141
274
267
217
265
64
157
803
679
326
250
83
216
133
437
353
127
268
387
339
144
202
424
519
114
193
217
165
2759
452
369
94
431
474
347
468
173
101
1600
827
666
325
35
190
125
280
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230
157
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261
364
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195
139
2700
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102
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1538
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1644
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668
199
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310
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236
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262
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129
153
26
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312
225
400
267
183
136
1398
91
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77
268
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956
982
1.36
1.33
0.85
2.08
1.90
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2.43
1.69
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1.40
0.90
1.12
0.92
0.91
2.02
1.46
0.96
2.84
1.05
1.52
0.91
1.03
1.12
0.91
3.09
1.28
0.72
1.15
1.20
1.25
1.24
3.58
4.89
4.09
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5.45
2.60
3.28
4.44
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4.56
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3.28
3.30
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3.17
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3.19
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3.18
3.17
3.47
3.53
4.39
4.47
3.17
3.74
4.27
3.04
3.03
Supplemental Table S3-1-2
271
S
J
M
F
C
N
S
H
C
C
C
O
C
C
C
C
C
S
S
P
C
J
J
J
J
J
J
F
M
J
K
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
PA1183
PA1447
PA1512
PA1546
PA1552
PA1552.1
PA1553
PA1555
PA1557
PA1580
PA1583
PA1584
PA1585
PA1589
PA1658
PA1666
PA1673
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PA2760
PA2970
PA3162
PA3656
PA3661
PA3743
PA3744
PA3745
PA3807
PA4067
PA4237
PA4238
PA1156
PA0263
PA0579
PA0973
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
COG Locus Tag Strand
A1
A1
A1
Cluster
trmD
rimM
rpsP
ndk
oprG
rplQ
rpoA
acnB
oprQ
rpmF
rpsA
rpsB
dctA
fliQ
hcpA
hemN
ccoP1
ccoQ1
ccoO1
ccoP2
ccoN2
gltA
sdhA
sdhB
sucA
sucD
nrdA
hcpC
rpsU
oprL
Gene
secreted protein Hcp
30S ribosomal protein S21
Peptidoglycan associated lipoprotein OprL precursor
NrdA, catalytic component of class Ia ribonucleotide
reductase
C4-dicarboxylate transport protein
flagellar biosynthetic protein FliQ
secreted protein Hcp
oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoP subunit
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoO subunit
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoP subunit
Cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoN subunit
citrate synthase
succinate dehydrogenase (A subunit)
succinate dehydrogenase (B subunit)
2-oxoglutarate dehydrogenase (E1 subunit)
succinyl-CoA synthetase alpha chain
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
aconitate hydratase 2
OprQ
50S ribosomal protein L32
30S ribosomal protein S1
30S ribosomal protein S2
hypothetical protein
tRNA (guanine-N1)-methyltransferase
16S rRNA processing protein
30S ribosomal protein S16
nucleoside diphosphate kinase
Outer membrane protein OprG precursor
50S ribosomal protein L17
DNA-directed RNA polymerase alpha chain
Product Name
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105
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1112
1430
1528
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2668
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1918
2140
1553
857
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1221
24
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13
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10
49
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44
40
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1
5
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58
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87
139
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90
107
75
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121
134
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4h
1882
689
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1589 1402
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58
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34
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116
1945
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1728
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1149
1520
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1491
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1814
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2208
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1489
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1084
1106
2046
1067
248
1293
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1370
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1486
1506
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154
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2009
1424
1557
2004
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29
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4h
6h
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113
Supplemental Table S3-1-2. PAO1株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した241個のORF
80
92
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232
429
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25
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195
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376
279
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376
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148
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204
8h
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194
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1.63
1.88
1.88
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1.60
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1.96
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4.38
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5.44
3.24
4.26
3.73
4.57
4.84
4.07
4.36
3.87
3.38
4.78
5.42
3.17
4.83
7.85
3.65
1.96
7.01
4.80
3.10
A(sum)
272
Supplemental Table S3-1-2
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
J
J
J
U
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
J
K
K
J
J
J
J
U
J
J
J
J
J
PA4239
PA4240
PA4242
PA4243
PA4244
PA4245
PA4246
PA4247
PA4248
PA4249
PA4250
PA4251
PA4252
PA4253
PA4254
PA4256
PA4257
PA4258
PA4259
PA4260
PA4261
PA4262
PA4263
PA4264
PA4265
PA4266
PA4267
PA4268
PA4269
PA4270
PA4271
PA4272
PA4273
PA4274
PA4276
PA4277
PA4433
PA4567
PA4568
PA4671
+
rpsD
rpsK
rpmJ
secY
rplO
rpmD
rpsE
rplR
rplF
rpsH
rpsN
rplE
rplX
rplN
rpsQ
rplP
rpsC
rplV
rpsS
rplB
rplW
rplD
rplC
rpsJ
tufA
fusA1
rpsG
rpsL
rpoC
rpoB
rplL
rplJ
rplA
rplK
secE
tufB
rplM
rpmA
rplU
30S ribosomal protein S4
30S ribosomal protein S11
50S ribosomal protein L36
secretion protein SecY
50S ribosomal protein L15
50S ribosomal protein L30
30S ribosomal protein S5
50S ribosomal protein L18
50S ribosomal protein L6
30S ribosomal protein S8
30S ribosomal protein S14
50S ribosomal protein L5
50S ribosomal protein L24
50S ribosomal protein L14
30S ribosomal protein S17
50S ribosomal protein L16
30S ribosomal protein S3
50S ribosomal protein L22
30S ribosomal protein S19
50S ribosomal protein L2
50S ribosomal protein L23
50S ribosomal protein L4
50S ribosomal protein L3
30S ribosomal protein S10
elongation factor Tu
elongation factor G
30S ribosomal protein S7
30S ribosomal protein S12
DNA-directed RNA polymerase beta* chain
DNA-directed RNA polymerase beta chain
50S ribosomal protein L7 / L12
50S ribosomal protein L10
50S ribosomal protein L1
50S ribosomal protein L11
secretion protein SecE
elongation factor Tu
50S ribosomal protein L13
50S ribosomal protein L27
50S ribosomal protein L21
probable ribosomal protein L25
2434
3335
3048
2805
2514
3072
2871
3004
2829
2948
1639
3322
2786
2982
2976
2352
2291
1999
2624
2271
2323
2800
2645
2131
1135
2556
3451
3123
1193
1174
2377
3990
2527
3535
1692
2996
3573
1099
3106
2145
2217
2783
2665
2330
2258
2806
2538
2969
2563
2511
1416
2921
2299
2549
2785
2319
2426
2349
2688
2170
2207
2751
2619
2030
1398
2370
2930
2553
1440
1418
2276
2991
2213
2939
1347
2670
2558
1098
2588
1895
87
110
118
130
135
87
116
180
142
88
64
272
169
167
133
111
116
107
140
131
100
93
158
102
64
98
245
122
56
63
73
305
98
155
54
204
124
47
279
52
56
143
86
42
70
68
73
86
89
73
53
164
68
92
65
61
59
56
58
45
26
22
73
58
76
56
175
95
40
51
47
120
69
78
39
314
107
50
152
37
2242
3374
2763
2709
2466
2915
2822
2783
2908
2557
1619
3160
2806
2803
2934
2412
2433
2300
2917
2335
2251
2911
2706
2052
1536
2613
3560
2805
1302
1300
2457
3638
2402
3477
1482
3072
2895
1184
3210
1975
2161
2734
2608
2354
2153
2695
2596
2703
2650
2299
1594
3202
2568
2577
2585
2309
2434
2123
2553
2123
1981
2518
2366
1768
1280
2433
2995
2511
1305
1229
2302
3367
2188
2865
1352
2757
2564
1098
2892
1929
216
378
185
217
300
387
471
417
273
178
90
532
174
242
260
158
363
156
233
194
188
243
296
177
181
216
350
266
166
178
163
552
308
644
142
676
145
148
461
210
305
641
316
346
389
436
594
548
329
408
283
672
408
515
456
263
355
233
439
325
285
415
492
231
230
329
877
550
170
184
241
583
363
699
208
753
424
107
622
248
2.25
2.16
1.88
2.43
2.47
2.68
3.01
2.66
1.89
2.48
2.15
2.03
2.59
2.48
2.82
2.04
2.47
1.87
2.78
2.35
2.16
2.70
2.76
1.85
1.61
2.36
2.33
2.53
1.41
1.52
1.91
2.28
2.40
3.16
1.70
1.73
1.99
1.21
2.03
1.95
4.99
5.71
3.33
3.97
4.81
7.06
7.12
5.23
3.91
4.74
3.47
4.21
3.00
3.65
4.80
3.09
5.87
3.04
4.32
3.48
4.08
5.46
4.59
3.58
4.86
4.76
3.46
4.93
4.18
4.49
4.30
4.31
5.77
7.29
4.19
4.84
2.75
3.27
3.85
5.51
Supplemental Table S3-1-2
273
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
E
E
E
J
J
S
C
C
C
C
C
C
C
J
I
E
S
S
E
E
S
M
F
G
R
G
C
C
K
N
K
PA4694
PA4695
PA4696
PA4933
PA4934
PA4935
PA5267
PA5554
PA5555
PA5556
PA5557
PA5558
PA5559
PA5560
PA5569
PA5570
PA0447
PA0484
PA0565
PA0567
PA0826
PA0865
PA0872
PA0960
PA1041
PA1324
PA1414
PA1515
PA1517
PA1518
PA1874
PA1974
PA1982
PA1983
PA1984
PA1985
PA2016
PA2174
PA2573
PA2622
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
cspD
exaA
exaB
exaC
pqqA
liuR
alc
hpd
phhA
rpsR
rpsF
hcpB
atpD
atpG
atpA
atpH
atpF
atpE
atpB
rnpA
rpmH
gcdH
ilvC
ilvH
ilvI
ketol-acid reductoisomerase
acetolactate synthase isozyme III small subunit
acetolactate synthase large subunit
hypothetical protein
30S ribosomal protein S18
30S ribosomal protein S6
secreted protein Hcp
ATP synthase beta chain
ATP synthase gamma chain
ATP synthase alpha chain
ATP synthase delta chain
ATP synthase B chain
atp synthase C chain
ATP synthase A chain
ribonuclease P protein component
50S ribosomal protein L34
glutaryl-CoA dehydrogenase
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
phenylalanine-4-hydroxylase
hypothetical protein
probable outer membrane protein precursor
hypothetical protein
hypothetical protein
allantoicase
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
quinoprotein ethanol dehydrogenase
cytochrome c550
NAD+ dependent aldehyde dehydrogenase ExaC
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein A
regulator of liu genes
hypothetical protein
probable chemotaxis transducer
cold-shock protein CspD
1290
1542
1049
1538
1994
2348
2931
1637
2118
2016
2045
2313
2420
1717
2796
5014
26
9
2
23
13
10
35
176
13
12
43
14
33
41
7
16
30
48
120
42
3
1
9
207
1372
1293
994
1506
1872
2051
1568
1856
2224
2100
2243
2277
2459
1656
2326
3503
35
11
21
10
19
17
65
207
31
6
321
44
122
69
18
19
49
128
283
130
24
10
17
424
43
15
39
93
219
166
224
57
86
69
77
59
131
43
81
121
459
152
1402
476
209
484
219
567
439
449
797
217
331
187
215
310
1039
3128
3616
2796
375
172
392
1125
45
10
43
23
66
70
196
34
20
10
13
3
29
51
73
242
464
266
428
355
236
1446
488
832
1392
516
1055
296
513
352
977
707
1056
615
1355
1879
477
313
678
2621
1117
1173
918
1535
1839
2236
3222
1684
2105
2020
2044
2213
2381
1675
2471
4250
18
40
9
1
17
25
33
161
29
12
232
34
67
40
18
14
34
74
277
136
59
7
26
332
1239
1162
818
1515
1881
1815
2118
1754
2170
1949
2175
2054
2500
1528
2057
3235
30
27
17
15
30
27
49
193
52
2
579
66
156
69
16
11
36
42
236
94
67
3
22
529
91
21
47
197
290
200
744
131
84
181
128
54
196
98
241
289
178
50
737
223
70
939
299
272
155
141
404
95
172
94
46
153
407
2527
2697
1628
422
56
177
581
240
207
197
180
280
285
679
255
213
282
303
252
672
216
444
810
189
170
2325
1039
157
120
101
459
963
956
571
169
279
170
755
2057
3229
4910
4674
3660
123
217
360
1850
1.91
1.70
1.62
1.49
2.08
2.03
1.79
2.00
1.73
2.14
2.24
1.98
3.39
1.76
2.60
1.74
1.37
1.25
2.44
1.55
1.57
3.59
2.27
1.06
1.50
1.67
1.86
1.19
0.95
1.05
1.75
1.54
1.61
3.00
1.79
1.08
1.96
1.43
1.15
0.95
3.20
2.40
2.37
3.69
3.01
2.78
6.26
4.06
1.82
4.92
3.70
2.34
4.60
3.06
5.96
4.52
4.03
3.14
2.95
2.45
3.74
3.99
2.42
3.31
3.54
3.07
5.49
3.19
3.02
3.05
3.86
2.35
2.85
4.92
3.25
3.03
2.10
3.39
3.21
3.25
274
Supplemental Table S3-1-2
S
J
G
G
E
G
C
C
C
P
T
E
E
E
U
U
S
M
S
S
S
C
I
S
T
T
S
R
H
R
E
H
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A2
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
A3
PA3531
PA3919
PA4023
PA4024
PA4025
PA4305
PA4306
PA4590
PA4611
PA4614
PA4648
PA5424
PA5460
PA0215
PA0482
PA0887
PA1975
PA1976
PA1980
PA1981
PA1986
PA1987
PA1988
PA1989
PA1990
PA2679
PA3417
PA2779
PA2799
PA2958.1
PA3040
PA3049
PA3182
PA3183
PA3194
PA3195
PA3231
PA3415
PA3416
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
-
pqqB
pqqC
pqqD
pqqE
pqqH
ercS'
eraR
glcB
acsA
mscL
rcpC
flp
pra
eutB
bfrB
rmf
pgl
zwf
edd
gapA
rgsA
hypothetical protein
hypothetical protein
RgsA
conserved hypothetical protein
ribosome modulation factor
6-phosphogluconolactonase
glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
phosphogluconate dehydratase
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
hypothetical protein
probable dihydrolipoamide acetyltransferase
probable pyruvate dehydrogenase E1 component, beta
chain
probable pyruvate dehydrogenase E1 component,
alpha subunit
bacterioferritin
conserved hypothetical protein
probable transport protein
ethanolamine ammonia-lyase large subunit
probable ethanolamine ammonia-lyase light chain
RcpC
Type IVb pilin, Flp
protein activator
hypothetical protein
conductance mechanosensitive channel
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
malonate transporter MadL
malate synthase G
acetyl-coenzyme A synthetase
hypothetical protein
ErcS'
response regulator EraR
hypothetical protein
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein B
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein C
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein D
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein E
PqqH
hypothetical protein
959
90
116
145
74
22
39
134
149
187
15
53
23
20
308
243
8
15
19
7
43
21
64
23
29
12
3
5
326
35
28
62
20
8
21
36
45
127
18
77
16
32
167
30
10
12
28
52
24
22
30
28
27
9
35
25
18
143
114
73
40
56
24
17
9
8
23
74
1
83
54
55
29
38
26
5
1
9
1455
3687
1664
857
284
147
2206
266
647
356
532
206
148
334
372
3568
387
392
99
149
1056
654
606
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342
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159
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777
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416
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46
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37
55
47
42
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55
41
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122
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78
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61
16
49
60
117
167
34
78
35
32
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120
3
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20
1
32
1
45
34
25
24
9
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8
52
157
108
65
50
34
51
11
17
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127
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45
27
12
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34
14
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14
18
18
8
39
34
38
40
24
28
29
34
62
6
127
197
120
55
58
51
12
26
14
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4682
1481
690
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45
427
734
573
152
212
90
67
112
206
2837
189
259
56
69
640
475
474
285
101
120
492
414
148
88
218
2433
181
77
102
393
224
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317
1629
1952
2221
1388
500
198
2817
249
552
418
1269
285
313
129
552
3320
559
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276
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135
100
117
341
396
208
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1.66
1.41
2.70
2.12
1.65
1.20
2.37
1.98
1.24
1.23
1.33
1.20
1.15
1.58
1.66
2.71
3.13
3.24
1.62
3.42
3.70
3.75
3.16
3.27
2.10
2.11
1.61
1.24
1.26
1.39
1.04
1.29
1.41
1.27
1.24
1.64
1.70
1.57
1.69
5.47
3.79
3.40
3.01
2.17
3.05
5.07
3.35
3.89
3.16
3.34
3.89
3.15
2.94
2.80
4.35
3.64
3.42
1.98
3.97
3.93
3.85
3.23
3.52
2.14
2.28
2.32
3.37
3.45
3.42
3.15
3.53
4.17
3.57
3.34
3.93
2.15
4.02
3.16
Supplemental Table S3-1-2
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J
N
S
C
C
T
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T
S
T
C
P
P
E
R
P
U
C
C
I
V
C
M
I
C
I
C
I
PA3038
PA3232
PA3233
PA3234
PA3235
PA3568
PA3614
PA4290
PA0141
PA0200
PA0518
PA0519
PA0527
PA2119
PA3305.1
PA3309
PA3880
PA4328
PA4348
PA4359
PA4587
PA5170
PA5427
PA5475
PA0362
PA0554
PA0589
PA1034
PA1581
PA1582
PA1869
PA4064
PA5350
PA5531
PA0746
PA0747
PA3501
PA3569
PA3570
PA4148
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
mmsB
mmsA
rubA2
tonB1
sdhC
sdhD
fdx1
ccpR
arcD
adhA
phrS
nirM
nirS
dnr
probable porin
probable nuclease
hypothetical protein
probable sodium:solute symporter
conserved hypothetical protein
probable acetyl-coa synthetase
hypothetical protein
probable chemotaxis transducer
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
cytochrome c-551 precursor
nitrite reductase precursor
transcriptional regulator Dnr
alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)
PhrS
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
cytochrome c551 peroxidase precursor
arginine/ornithine antiporter
alcohol dehydrogenase
hypothetical protein
ferredoxin [4Fe-4S]
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
succinate dehydrogenase (C subunit)
succinate dehydrogenase (D subunit)
probable acyl carrier protein
probable ATP-binding component of ABC transporter
Rubredoxin 2
TonB1
probable acyl-CoA dehydrogenase
probable aldehyde dehydrogenase
hypothetical protein
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase
probable short-chain dehydrogenase
28
51
13
11
3
19
32
25
27
31
42
52
25
23
85
49
12
26
12
61
26
36
7
27
282
317
188
516
1968
2585
140
100
300
274
52
47
21
17
35
5
214
57
35
67
47
18
86
39
53
118
63
71
124
86
970
141
75
79
115
178
57
228
62
80
424
432
247
330
2054
2520
296
788
432
319
55
40
88
29
18
23
831
311
303
2169
3395
235
210
609
28
46
36
3
1
12
232
61
27
39
1
2
6
76
13
1
121
241
112
102
41
83
9
22
103
30
146
300
74
124
236
85
380
62
41
117
241
75
116
66
36
52
38
8
1
12
217
134
45
84
6
1
16
175
23
2
199
218
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88
116
50
73
287
61
87
184
44
56
98
15
112
43
13
35
54
25
97
19
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124
176
90
130
718
162
95
99
99
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158
252
78
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299
258
115
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72
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113
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72
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2
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63
17
84
88
19
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41
202
326
130
199
307
283
1925
398
184
286
284
657
181
986
175
307
320
306
164
389
1850
2456
122
671
293
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95
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52
43
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23
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25
1
12
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7
54
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15
2
40
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64
147
49
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19
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539
198
362
624
1375
1784
580
505
2620
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29
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66
34
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14
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112
25
64
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20
29
120
17
8
148
171
177
208
274
513
54
220
149
75
71
89
27
56
76
20
2.23
3.18
2.98
4.49
3.78
1.72
1.37
3.72
1.66
1.46
1.03
1.49
1.30
1.72
3.08
1.50
1.29
1.85
1.31
1.88
1.50
2.11
1.45
1.93
0.92
0.72
0.80
1.34
1.64
2.14
1.28
1.60
0.95
1.84
1.05
1.04
1.43
1.54
1.40
4.02
4.49
3.31
3.23
4.93
4.34
2.53
4.32
4.32
3.41
3.69
3.04
4.44
3.09
4.46
5.95
5.31
3.14
4.73
3.26
3.79
4.30
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3.20
5.17
3.03
3.09
3.35
3.19
1.94
2.46
3.52
2.70
3.74
2.47
3.46
3.65
3.08
3.25
4.00
8.04
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Supplemental Table S3-1-2
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A8
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A10
A10
A10
A10
A11
A11
A11
A11
A11
A12
A12
A12
A12
A12
A12
PA3260
PA3361
PA5446
PA0769
PA1616
PA2232
PA2797
PA2894
PA3566
PA3962
PA4466
PA0320
PA1667
PA2128
PA2659
PA3915
PA2507
PA2508
PA2634
PA3331
PA5445
PA0616
PA0633
PA3601
PA4063
PA4884
PA0208
PA0619
PA1203
PA1657
PA1789
PA2014
PA3190
PA4149
PA4918
PA1093
PA1297
PA3032
PA3181
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
-
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
probable metal transporter
snr1 cytochrome c Snr1
2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase
probable binding protein component of ABC sugar
transporter
probable transcriptional regulator
lecB fucose-binding lectin PA-IIL
hypothetical protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
pslB PslB
hypothetical protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
probable phosphoryl carrier protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
cupA1 fimbrial subunit CupA1
hypothetical protein
moaB1 molybdopterin biosynthetic protein B1
catA catechol 1,2-dioxygenase
catC muconolactone delta-isomerase
aceA isocitrate lyase AceA
cytochrome P450
probable coenzyme A transferase
hypothetical protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
mdcA malonate decarboxylase alpha subunit
probable bacteriophage protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
hypothetical protein
liuB methylcrotonyl-CoA carboxylase, beta-subunit
189
4
290
619
160
320
223
119
217
252
214
65
75
85
206
80
22
2
337
138
97
229
270
1591
2364
227
10
238
269
361
224
20
78
184
139
9
335
526
123
207
211
99
102
189
227
83
64
80
136
110
24
8
165
34
11
20
36
190
343
140
1
36
99
162
123
9
31
149
384
90
14
23
23
8
248
103
25
20
287
121
555
322
100
155
126
84
151
153
102
29
26
31
57
64
57
44
481
30
59
55
111
480
414
58
307
87
156
190
233
267
264
85
126
530
93
166
128
376
201
1374
577
143
281
299
135
189
223
219
38
37
34
241
110
34
1
104
63
28
139
176
584
1234
130
23
119
115
121
502
189
782
6
122
545
197
463
139
129
20
502
496
80
176
183
69
146
198
190
296
136
241
391
192
22
1
234
22
50
84
77
32
99
40
18
99
115
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249
21
60
294
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18
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13
412
440
101
268
169
86
234
214
167
93
117
90
207
142
20
1
329
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113
129
142
1714
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96
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121
16
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119
97
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147
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18
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43
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352
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323
201
150
113
825
308
303
28
108
49
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69
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118
51
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177
194
137
224
564
1439
160
34
148
174
406
316
64
500
25
111
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97
108
41
1.26
1.54
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1.13
0.67
1.03
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1.12
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1.83
1.09
1.60
1.53
0.83
1.51
1.87
4.54
1.47
1.60
1.55
1.06
1.57
1.79
1.24
2.26
1.60
1.06
1.74
1.38
1.56
1.22
3.27
1.29
0.81
1.02
2.10
1.11
3.42
2.18
3.01
4.15
3.74
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3.01
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1.51
1.87
5.12
3.25
2.52
3.52
3.18
2.36
2.00
4.27
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3.91
3.34
5.57
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3.23
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3.13
3.64
3.35
3.12
Supplemental Table S3-1-2
277
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
I
O
S
R
E
E
PA2015
PA2027
PA2501
PA4139
PA4582
PA4583
PA4813
PA5171
PA5304
+
+
+
+
-
lipC
arcA
dadA
liuA
putative isovaleryl-CoA dehydrogenase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
conserved hypothetical protein
conserved hypothetical protein
lipase LipC
arginine deiminase
D-amino acid dehydrogenase, small subunit
10
188
54
61
37
17
4
51
35
23
80
189
133
78
43
2
145
84
462
50
140
163
52
22
68
128
288
388
42
382
289
36
2
194
251
276
15
226
148
208
359
182
11
130
48
31
139
258
260
264
116
6
326
211
299
432
93
182
384
140
115
72
375
90
49
277
448
155
74
43
175
213
2.10
2.76
1.21
1.70
2.58
1.51
1.60
1.17
1.33
3.36
7.38
3.24
4.60
12.46
5.69
2.08
4.57
3.41
278
Supplemental Table S3-1-3
COG
Pfl01_1138
Pfl01_1139
Pfl01_1140
Pfl01_1142
Pfl01_1143
Pfl01_1144
Pfl01_1145
Pfl01_1146
Pfl01_1147
Pfl01_1148
Pfl01_1149
Pfl01_1150
Pfl01_1151
Pfl01_1152
Pfl01_1153
Pfl01_1154
Pfl01_1155
Pfl01_1156
Pfl01_1157
Pfl01_1158
Pfl01_1159
Pfl01_1160
Pfl01_1161
Pfl01_1162
Pfl01_1163
Pfl01_1164
Pfl01_1167
Pfl01_1169
Pfl01_1170
Pfl01_1172
Pfl01_0382
Pfl01_0523
Pfl01_0534
Pfl01_0536
Pfl01_0855
Pfl01_0973
Cluster
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F2
F2
F2
F2
F2
F2
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
S
S
S
S
R
U
R
J
G
E
Locus Tag Strand
tatA
hfq
rpsF
Gene
hypothetical protein
Phage baseplate assembly protein V
hypothetical protein
Phage tail protein I
Phage Tail Collar
hypothetical protein
Phage tail sheath protein FI-like
hypothetical protein
hypothetical protein
Phage tail tape measure protein TP901, core region
Phage protein U-like
Phage tail X
Phage protein D-like
hypothetical protein
hypothetical protein
Bacteriophage Mu tail sheath
hypothetical protein
sigma-factor domain-containing protein
TMP
DNA circulation-like
Bacteriophage Mu P
Phage baseplate assembly protein V
Phage FluMu protein gp46
Baseplate J-like protein
tail protein, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
Carbohydrate-binding, CenC-like
Pyocin R2_PP, lytic enzyme
twin arginine translocase protein A
RNA-binding protein Hfq
30S ribosomal protein S6
hypothetical protein
PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN
extracellular solute-binding protein
Product Name
Pf0-1
2h
4h
6h
11
57
79
8
64
85
34
89
78
26
63
81
21
49
131
18
74
192
26
80
231
6
78
288
10
29
73
10
43
140
1
80
218
10
90
177
15
50
197
25
61
294
60
79
459
43
192
472
24
79
246
26
70
134
14
55
164
14
39
130
18
67
181
29
72
141
38
101
368
24
91
209
17
26
86
8
45
99
1
49
115
10
29
79
13
36
87
12
38
104
362
322
94
610
922
144
1632 1592
215
1292
949
181
430
516
105
756
670
295
8h
81
123
101
101
145
186
286
314
84
175
179
216
171
372
496
634
411
164
175
153
208
155
317
308
119
163
164
83
103
93
134
347
39
39
118
416
Supplemental Table S3-1-3. Pf0-1株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した92個のORF
Pf0-1(pCAR1)
2h
4h
6h
84
237
101
135
284
96
97
224
107
111
174
114
114
241
158
143
263
211
176
474
208
214
452
315
61
137
85
101
254
178
122
237
190
81
375
224
131
283
157
139
451
363
103
536
635
311
908
593
142
346
329
113
211
181
92
282
197
91
237
178
119
371
214
119
201
160
181
550
324
158
390
279
61
137
113
57
180
128
77
200
140
43
159
98
57
153
103
73
158
117
264
219
23
716
506
51
1362 1049
50
1047
834
46
323
256
51
730
520
121
8h
199
208
219
168
243
336
458
607
142
308
376
502
353
582
978
858
553
263
289
286
424
306
747
508
243
190
237
133
175
170
83
219
51
50
82
314
1.89
2.14
1.32
1.45
1.92
1.83
2.56
2.54
1.10
1.99
1.56
2.06
2.14
2.82
2.76
2.28
2.13
1.59
2.14
1.89
2.47
1.48
2.44
2.09
1.10
1.49
1.64
1.32
1.26
1.30
0.69
1.17
1.75
1.50
1.01
1.29
d(max)
6.17
6.46
5.26
5.39
5.95
5.96
7.02
8.03
3.38
6.16
4.84
6.36
5.95
8.00
8.12
7.86
6.68
5.53
6.06
6.09
7.34
5.18
7.32
7.05
4.01
3.95
4.66
3.93
3.76
3.98
3.38
4.59
4.97
3.67
4.40
3.76
A(sum)
Supplemental Table S3-1-3
279
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F4
F4
F4
F4
F4
F5
F5
F5
F5
F5
Pfl01_1506
Pfl01_1528
Pfl01_1529
Pfl01_1937
Pfl01_3100
Pfl01_4011
Pfl01_4059
Pfl01_4060
Pfl01_4174
Pfl01_4251
Pfl01_4255
Pfl01_4883
Pfl01_5480
Pfl01_5506
Pfl01_5600
Pfl01_0168
Pfl01_0695
Pfl01_0856
Pfl01_1396
Pfl01_1734
Pfl01_1787
Pfl01_3590
Pfl01_3591
Pfl01_3881
Pfl01_3992
Pfl01_4008
Pfl01_4707
Pfl01_4708
Pfl01_4814
Pfl01_4989
Pfl01_1132
Pfl01_2585
Pfl01_4270
Pfl01_5157
Pfl01_5682
Pfl01_0595
Pfl01_0596
Pfl01_0597
Pfl01_0598
Pfl01_0599
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
N
N
N
L
L
S
N
K
T
N
E
L
S
C
J
J
O
S
T
S
I
C
K
M
S
P
S
-
pqqA
clpS
flgB
ihfB
ihfA
flgK
flagellar hook-associated protein FlgK
Flagellar protein FlaG protein
Flagellar hook-associated 2-like
integration host factor subunit alpha
Cobalt transporter subunit CbtB, putative
outer membrane lipoprotein OprI
hypothetical protein
integration host factor subunit beta
hypothetical protein
flagellar basal body rod protein FlgB
Anti-Sigma-28 factor, FlgM
Carbon starvation protein CstA
CheA Signal transduction histidine Kinases
nitrogen regulatory protein P-II
nucleoid protein HU alpha subunit
YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region
methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase
SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation prot
hypothetical protein
hypothetical protein
Ribosome modulation factor
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA
ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
acetyl-CoA synthetase
aldehyde dehydrogenase
RNA polymerase sigma factor RpoS
hypothetical protein
Arc-like DNA binding
coenzyme PQQ synthesis protein PqqA
GDP-mannose 4,6-dehydratase
hypothetical protein
TonB-dependent copper receptor
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
229
286
439
386
1276
557
206
217
246
217
394
269
361
465
212
4
83
588
320
18
390
115
417
135
552
29
108
117
77
677
256
546
377
160
118
21
17
20
40
95
164
130
266
351
924
728
239
168
170
174
208
293
422
453
224
13
100
727
318
28
130
109
357
132
336
14
143
197
50
140
153
486
195
109
143
21
9
29
45
99
21
92
68
121
51
427
91
92
15
26
130
223
154
251
129
256
225
1488
815
1384
1528
278
658
276
2149
391
449
650
483
1176
165
401
195
137
118
128
109
162
212
253
53
13
79
209
205
184
101
139
18
44
139
93
243
238
161
253
231
929
904
420
1041
208
477
321
497
405
250
333
298
751
220
380
271
230
133
241
279
436
517
413
79
76
111
314
1135
741
166
181
169
74
235
300
459
542
245
15
98
599
319
46
285
120
393
126
414
19
119
151
65
423
172
446
274
162
149
18
32
3
36
141
169
150
267
201
384
514
116
107
70
188
233
224
335
263
186
2
67
427
114
29
84
80
271
80
213
24
110
149
50
107
86
213
181
77
94
87
199
111
131
160
8
60
35
50
31
206
36
46
1
14
55
114
65
146
46
113
120
671
424
474
690
121
329
169
1161
173
200
303
203
502
99
188
78
97
44
39
36
64
122
100
29
19
57
181
81
154
49
97
25
53
89
72
143
190
111
144
188
806
831
442
704
136
417
242
382
242
156
279
199
628
168
384
206
103
79
58
60
85
143
247
1.53
1.92
1.99
0.91
1.35
1.05
1.04
0.65
1.28
1.56
1.02
0.97
1.24
0.78
1.01
1.18
0.91
1.15
1.48
1.54
1.15
1.20
1.00
0.72
0.89
1.18
1.17
1.10
1.25
1.23
0.83
1.19
1.33
1.16
0.88
1.91
2.12
2.36
1.85
1.34
1.53
2.72
2.45
3.94
4.05
3.33
4.07
3.14
3.10
1.58
3.22
3.02
3.91
3.34
3.07
3.16
3.16
4.02
4.97
3.02
4.59
3.87
3.07
3.35
3.89
3.10
3.72
3.26
3.32
4.16
4.11
4.85
3.71
3.14
3.63
4.19
5.88
5.63
4.61
4.45
280
Supplemental Table S3-1-3
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
Pfl01_0096
Pfl01_0292
Pfl01_0492
Pfl01_1137
Pfl01_1141
Pfl01_1174
Pfl01_1527
Pfl01_1765
Pfl01_3593
Pfl01_4003
Pfl01_4187
Pfl01_4188
Pfl01_4273
Pfl01_4391
Pfl01_5236
Pfl01_5425
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
H
R
R
N
C
C
K
R
T
E
K
-
gcvH
cysB
hypothetical protein
hypothetical protein
thiamine biosynthesis protein ThiC
pyocin R2_PP, holin
Baseplate J-like protein
CinA-like
flagellin
methylcitrate synthase
isocitrate dehydrogenase (NADP)
transcriptional regulator CysB
metal-dependent hydrolase
hypothetical protein
carbon storage regulator
glycine cleavage system protein H
transcriptional regulator
hypothetical protein
82
154
53
8
5
90
1798
208
240
179
202
209
130
67
51
86
40
189
307
37
45
70
1104
62
199
266
364
497
62
153
114
66
192
343
10
44
58
65
769
36
531
158
160
158
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1
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68
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3
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28
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3.11
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3.04
Supplemental Table S3-2-1
281
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
Cluster Locus Tag Strand
aceF
oprQ
nudE
pckA
envZ
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polA
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-
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-
A1
-
-
-
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NA
NA
NA
NA
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NA
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K1_01
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K1_03
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K1_08
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-
K1_01
-
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60
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54
54
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55
54
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(%)
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-
+
+
-
-
-
-
+
+
+
-
+
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
Pmr
Y
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
Y
Y
N
N
N
N
Including
putative
foreign
Supplemental Table S3-2-1. KT2440株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した1240個のORFの保存性，上流配列の解析結果
282
Supplemental Table S3-2-1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
tuf
secE
nusG
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rplA
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rpsL
rpsG
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tuf
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pqqC
pqqB
pqqA
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gph
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A3
A3
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
-
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NA
NA
NA
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NA
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499425
499425
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509138
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NA
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532706
532706
532706
532706
532706
532706
532706
532706
532706
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532706
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550611
550611
550611
550611
550611
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K1_18
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K1_25
K1_25
K1_25
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K1_25
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K1_25
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K1_26
K1_26
K1_26
K1_26
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47
47
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47
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50
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50
50
50
50
+
+
+
+
+
+
+
-
-
48
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58
56
56
56
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59
58
-
-
59
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
Y
Supplemental Table S3-2-1
283
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K1
K1
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K1
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+
-
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+
+
+
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mpl
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550611
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N
N
N
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
284
Supplemental Table S3-2-1
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286
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Supplemental Table S3-2-1
287
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288
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K1_120
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K1_120
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K1_121
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K1_124
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Supplemental Table S3-2-1
289
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K1_146
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+
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-
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N
290
Supplemental Table S3-2-1
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K1
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Supplemental Table S3-2-1
291
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K1
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F3
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292
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294
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Supplemental Table S3-2-1
295
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K15_569
K15_569
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-
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+
+
-
-
-
-
-
-
N
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N
Y
N
N
N
N
N
N
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N
Y
N
N
Y
Y
Y
Y
N
N
N
312
Supplemental Table S3-2-1
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K17
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K18
K18
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K19
K19
K19
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K20
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K22
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+
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+
+
+
+
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48
48
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N
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N
Y
N
N
N
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Y
Y
N
Y
Y
N
N
N
N
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Y
Y
N
Y
Supplemental Table S3-2-1
313
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
K22
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+
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+
+
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K22_615
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+
+
+
+
+
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+
-
-
-
N
N
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N
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N
N
Y
Y
N
Y
Y
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
314
Supplemental Table S3-2-2
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
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F
C
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C
C
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C
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C
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J
J
J
J
J
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K
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+
+
+
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+
+
+
+
+
+
-
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trmD
rimM
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ndk
oprG
rplQ
rpoA
acnB
oprQ
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oprL
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K1
K1
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K1
K1
K1
K1
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K1
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K1
K1
K1
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K1
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-
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A1_25
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A1_28
F clusters Predicted tsp Unit tag
+
+
+
+
-
70
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56
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58
-
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(%)
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-
-
+
-
RpoN
-
+
-
-
IHF
-
-
-
PvdS/PfrI
-
-
-
Fur
Supplemental Table S3-2-2. PAO1株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した241個のORFの保存性，上流配列の解析結果
Supplemental Table S3-2-2
315
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
A1
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J
J
J
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J
J
J
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J
J
J
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J
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J
J
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J
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J
J
K
K
J
J
J
J
U
J
J
J
J
J
PA4239
PA4240
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+
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rplO
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rplN
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tufA
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secE
tufB
rplM
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A10
A10
A10
A10
A10
A11
A11
A11
A11
A11
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
Q
N
P
P
G
G
S
T
M
T
S
G
S
S
N
S
H
Q
Q
C
Q
C
R
J
I
R
O
S
T
I
I
-
PA4918
PA1093
PA1297
PA3032
PA3181
PA3190
PA3260
PA3361
PA5446
PA0769
PA1616
PA2232
PA2797
PA2894
PA3566
PA3962
PA4466
PA0320
PA1667
PA2128
PA2659
PA3915
PA2507
PA2508
PA2634
PA3331
PA5445
PA0616
PA0633
PA3601
PA4063
PA4884
PA0208
PA0619
PA1203
PA1657
PA1789
PA2014
PA2015
PA2027
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
liuB
liuA
mdcA
moaB1
catA
catC
aceA
cupA1
pslB
lecB
snr1
PP_1024
PP_1015
PP_4167
PP_1776
PP_2166
PP_4773
PP_0948
PP_5073
PP_2617
PP_2345
PP_2122
PP_3713
PP_3714
PP_1955
PP_0154
PP_3051
PP_1573
PP_0508
PP_4074
PP_2187
PP_4065
PP_4064
-
Pfl01_4361
Pfl01_4370
Pfl01_4206
Pfl01_5683
Pfl01_3848
Pfl01_4936
Pfl01_0853
Pfl01_5579
Pfl01_3774
Pfl01_2150
Pfl01_2961
Pfl01_2326
Pfl01_2861
Pfl01_0111
Pfl01_5025
Pfl01_1590
Pfl01_5302
Pfl01_5595
Pfl01_3393
Pfl01_3657
Pfl01_3656
-
K7
K22
-
-
5517811
1182809
1408965
3396860
3573793
3581687
3648356
3772906
6135692
838334
1758747
2453614
3156337
3249807
3997785
4442429
4990967
358167
1813254
2342486
3008684
4385963
2829214
2829214
2977413
3730411
6133809
NA
NA
4036042
4541247
5480279
237210
676755
1302589
NA
1939444
2206768
2206768
2219670
A6_112
A7_113
A7_114
A7_115
A2_64
A7_116
A7_117
A7_118
A7_119
A8_120
A8_121
A8_122
A8_123
A8_124
A8_125
A8_126
A8_127
A9_128
A1_17
A9_129
A9_130
A9_131
A10_132
A10_132
A10_133
A10_134
A10_135
#N/A
#N/A
A11_136
A5_105
A11_137
A12_138
A12_139
A12_140
#N/A
A12_141
A12_142
A12_142
A12_143
-
-
70
54
65
59
52
54
61
63
66
63
68
59
58
61
69
64
61
66
70
61
61
70
69
69
62
65
66
48
66
63
73
68
66
59
51
51
46
-
-
+
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
320
Supplemental Table S3-2-2
A12
A12
A12
A12
A12
A12
A12
O
S
R
E
E
PA2501
PA4139
PA4582
PA4583
PA4813
PA5171
PA5304
+
+
+
+
-
lipC
arcA
dadA
PP_4854
PP_1001
PP_5270
Pfl01_1946
Pfl01_0571
Pfl01_4386
Pfl01_5526
K3
-
2818906
4629860
5131026
5131026
5403004
5820908
5973498
A12_144
A12_145
A12_146
A12_146
A12_147
A4_99
A12_148
57
53
62
62
69
61
46
+
-
-
-
+
-
-
Supplemental Table S3-2-3
321
COG
Pfl01_1138
Pfl01_1139
Pfl01_1140
Pfl01_1142
Pfl01_1143
Pfl01_1144
Pfl01_1145
Pfl01_1146
Pfl01_1147
Pfl01_1148
Pfl01_1149
Pfl01_1150
Pfl01_1151
Pfl01_1152
Pfl01_1153
Pfl01_1154
Pfl01_1155
Pfl01_1156
Pfl01_1157
Pfl01_1158
Pfl01_1159
Pfl01_1160
Pfl01_1161
Pfl01_1162
Pfl01_1163
Pfl01_1164
Pfl01_1167
Pfl01_1169
Pfl01_1170
Pfl01_1172
Pfl01_0382
Pfl01_0523
Pfl01_0534
Pfl01_0536
Pfl01_0855
Cluster
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F1
F2
F2
F2
F2
F2
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
R
S
S
S
S
R
U
R
J
G
Locus Tag Strand
tatA
hfq
rpsF
Gene
PP_3871
PP_3869
PP_3867
PP_3866
PP_3865
PP_3864
PP_3863
PP_3862
PP_3861
PP_3860
PP_3066
PP_4894
PP_4877
PP_4875
PP_0950
PA0629
PA4944
PA4935
PA4933
PA4464
K3
K10
K1
K1
-
KT2440
Pf0-1
A clusters
BLAST hit BLAST hit
A1
A1
-
1315204
1315204
1315204
1315204
1315204
1315204
1320844
1320844
1323212
1323212
1323212
1323212
1323212
1323212
1323212
1329354
1329354
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
1339650
1339650
1339650
1339650
1323212
441466
605850
621654
621654
1005562
F1_01
F1_01
F1_01
F1_01
F1_01
F1_01
F1_02
F1_02
F1_03
F1_03
F1_03
F1_03
F1_03
F1_03
F1_03
F1_04
F1_04
F1_05
F1_05
F1_05
F1_05
F1_03
F2_06
F2_07
F2_08
F2_08
F2_09
F clusters Predicted tsp Unit tag
GC
contents
(%)
69
69
69
69
69
69
56
56
61
61
61
61
61
61
61
62
62
62
62
62
62
61
52
57
54
54
58
+
+
-
RpoD
-
RpoN
-
IHF
-
PvdS/PfrI
Supplemental Table S3-2-3. Pf0-1株においてpCAR1を保持した際に転写プロファイルが変化した92個のORFの保存性，上流配列の解析結果
-
Fur
322
Supplemental Table S3-2-3
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F2
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F3
F4
F4
F4
F4
F4
F5
F5
F5
F5
Pfl01_0973
Pfl01_1506
Pfl01_1528
Pfl01_1529
Pfl01_1937
Pfl01_3100
Pfl01_4011
Pfl01_4059
Pfl01_4060
Pfl01_4174
Pfl01_4251
Pfl01_4255
Pfl01_4883
Pfl01_5480
Pfl01_5506
Pfl01_5600
Pfl01_0168
Pfl01_0695
Pfl01_0856
Pfl01_1396
Pfl01_1734
Pfl01_1787
Pfl01_3590
Pfl01_3591
Pfl01_3881
Pfl01_3992
Pfl01_4008
Pfl01_4707
Pfl01_4708
Pfl01_4814
Pfl01_4989
Pfl01_1132
Pfl01_2585
Pfl01_4270
Pfl01_5157
Pfl01_5682
Pfl01_0595
Pfl01_0596
Pfl01_0597
Pfl01_0598
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
E
N
N
N
L
L
S
N
K
T
N
E
L
S
C
J
J
O
S
T
S
I
C
K
M
S
P
S
pqqA
clpS
flgB
ihfB
ihfA
flgK
PP_1297
PP_4381
PP_4376
PP_2471
PP_1773
PP_1901
PP_4391
PP_4395
PP_4641
PP_5234
PP_5313
PP_0201
PP_4667
PP_0951
PP_4584
PP_1840
PP_4008
PP_4009
PP_2132
PP_0766
PP_0765
PP_4702
PP_0545
PP_1623
PP_4470
PP_1799
PP_4839
PP_4838
PP_4837
PP_4836
PA3858
PA1086
PA1094
PA2738
PA3161
PA2980
PA1077
PA4606
PA5253
PA5288
PA5348
PA3570
PA4463
PA1728
PA3049
PA2620
PA2621
PA3017
PA3922
PA3923
PA4733
PA4022
PA3622
PA3385
PA5453
PA3789
PA3790
PA3785
K15
K19
-
A6
A2
-
NA
1680120
2202244
3553608
4585050
4585050
NA
NA
4801721
5507836
6171912
NA
NA
4536858
6149194
6274326
204067
821100
1005562
1568559
4059702
4059702
5316740
5316740
1925225
1989002
4388122
NA
4534283
5431749
NA
1308049
2963160
NA
4817705
5799543
NA
NA
693068
693068
F2_10
F2_11
F2_12
F2_13
F2_13
F2_14
F2_15
F2_16
F2_17
F2_18
F2_19
F3_20
F3_21
F2_09
F3_22
F3_23
F3_23
F3_24
F3_24
F3_25
F3_26
F3_27
F3_28
F3_29
F4_30
F4_31
F4_32
F4_33
F5_34
F5_34
55
52
57
52
52
53
53
56
41
54
61
62
46
58
57
50
50
55
55
58
54
55
53
56
48
50
50
50
56
56
+
+
+
+
+
-
+
+
-
+
+
-
-
-
Supplemental Table S3-2-3
323
F5
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
F6
Pfl01_0599
Pfl01_0096
Pfl01_0292
Pfl01_0492
Pfl01_1137
Pfl01_1141
Pfl01_1174
Pfl01_1527
Pfl01_1765
Pfl01_3593
Pfl01_4003
Pfl01_4187
Pfl01_4188
Pfl01_4273
Pfl01_4391
Pfl01_5236
Pfl01_5425
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
H
R
R
N
C
C
K
R
T
E
K
-
gcvH
cysB
PP_4835
PP_4922
PP_3040
PP_1628
PP_4378
PP_2335
PP_4011
PP_2327
PP_4472
PP_0989
PP_0298
PP_5191
PA4973
PA0614
PA0618
PA3618
PA1092
PA0795
PA2623
PA1754
PA0905
PA2446
PA5380
PA5212
K1
K22
K1
K11
-
693068
101855
340935
569870
1314920
1342445
1715807
4061543
4531381
4723180
4724810
4821466
5891938
1315204
6090885
NA
4950901
F5_34
F6_35
F6_36
F6_37
F6_38
F6_39
F6_40
F6_41
F6_42
F6_43
F6_44
F6_45
F6_46
F1_01
F6_47
F6_48
56
54
53
55
54
59
49
51
49
55
50
54
54
69
57
48
-
+
+
+
+
-
-
324
Supplemental Table S5-1
-
-
+
+
+
+
-
PP_0283
PP_0285
PP_0287
PP_0296
PP_0306
PP_0308
PP_0352
PP_0357
PP_0362
PP_0367
PP_0378
pqqC
-
bioB
-
-
PP_0282
gltR-1
oprE
hslR
gabD
gabT
pfrA
algP
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
E
K
E
H
H
E
E
C
M
E
S
T
J
T
R
S
S
C
R
P
C
C
S
Q
K
E
C
E
T
E
J
S
M
D
tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl
modification enzyme GidA
ribonuclease P
transcriptional regulator MvaT, P16 subunit,
hypothetical protein
DNA-binding response regulator CzrR
hypothetical protein
hypothetical protein
beta-lactamase domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
cytochrome c oxidase, subunit II
electron transport protein SCO1/SenC
metal ABC transporter periplasmic-binding protein
cytochrome c-type protein
cytochrome c4
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
surface adhesion protein, putative
hypothetical protein
anti-RNA polymerase sigma 70 factor
alginate regulatory protein AlgP
hypothetical protein
succinate-semialdehyde dehydrogenase I
4-aminobutyrate aminotransferase
putative signal transduction protein
cystine transporter subunit
outer membrane porin
RNA-binding S4 domain protein
17 kDa surface antigen
LysM domain/BON superfamily protein
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
winged helix family two component transcriptional
regulator
Cro/CI family transcriptional regulator
amino acid ABC transporter, periplasmic amino
acid-binding protein
amino acid ABC transporter ATP-binding protein
hypothetical protein
AsmA family protein
glycine betaine/L-proline ABC transporter,
periplasmic binding protein
hypothetical protein
membrane dipeptidase
RNA polymerase sigma factor
ACT domain-containing protein
biotin synthase
hypothetical protein
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC
Strand COG Description
PP_0276
PP_0271
rnpA
PP_0008
PP_0017
PP_0023
PP_0029
PP_0039
PP_0040
PP_0052
PP_0085
PP_0086
PP_0087
PP_0103
PP_0111
PP_0112
PP_0125
PP_0126
PP_0150
PP_0152
PP_0153
PP_0168
PP_0182
PP_0191
PP_0194
PP_0203
PP_0213
PP_0214
PP_0215
PP_0227
PP_0234
PP_0250
PP_0255
PP_0258
PP_0265
czrR-1
gidA
PP_0004
Locus tag Gene
2h
338
1852
836
1917
459
208
287
38
75
85
1495
1695
1200
-
K5
K6
K1
67
K5
-
2023
458
2561
160
117
342
192
155
224
930
63
289
1938
927
521
1135
1954
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8h
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+
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+
-
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M
S
C
S
P
V
R
K
T
P
P
F
M
K
J
K
K
J
J
J
J
P
L
M
H
T
O
I
K
J
K
S
S
J
R
K
Q
J
L
S
T
O
V
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqB
RNA polymerase sigma factor RpoD
putative serine protein kinase, PrkA
thiosulfate sulfurtransferase
diadenosine tetraphosphatase
ApaG
hypothetical protein
histidine triad (HIT) protein
M24/M37 family peptidase
transcription antitermination protein NusG
50S ribosomal protein L7/L12
DNA-directed RNA polymerase subunit beta
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
30S ribosomal protein S12
30S ribosomal protein S7
50S ribosomal protein L29
50S ribosomal protein L30
bacterioferritin
single-stranded DNA-binding protein
OmpW family protein
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
hypothetical protein
LuxR family DNA-binding response regulator
hypothetical protein
putative lipoprotein
short chain dehydrogenase
TetR family transcriptional regulator
30S ribosomal protein S20
cold shock DNA-binding domain-containing protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
acetyltransferase
fimbrial protein-related protein
hypothetical protein
50S ribosomal protein L27
GTPase ObgE
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
isochorismatase superfamily hydrolase
peptide chain release factor 1
deoxyribodipyrimidine photo-lyase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
PemI-like protein
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type
HlyD family type I secretion membrane fusion
protein secretion ABC efflux system, permease and
ATP-binding protein
TolC family type I secretion outer membrane protein
surface adhesion protein, putative
hypothetical protein
scaffold protein
hypothetical protein
TonB-dependent siderophore receptor
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112
432
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1629
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K4
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K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
K1
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K1
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K9
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2132
2113
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49
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1083
1073
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60
353
540
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94
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137
1113
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414
18
136
116
959
3551
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602
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311
490
898
569
568
593
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365
197
873
735
589
796
810
1613
897
462
1732
174
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300
33
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180
370
723
517
465
296
51
528
366
465
370
262
1189
1158
1184
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42
1
71
121
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13
90
511
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130
112
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151
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326
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-
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+
+
+
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+
+
+
+
+
+
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PP_1079
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-
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argF
-
PP_1069
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arcC
argI
arcA
arcD
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ttg2F
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+
+
+
+
+
+
-
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PP_0944
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PP_1001
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+
PP_0882
dppA
PP_0862
S
E
K
R
E
R
G
E
S
L
M
M
M
T
T
G
G
G
G
E
E
E
C
S
S
R
K
R
L
K
E
E
E
E
K
E
M
M
E
E
E
putative hydroxylase
dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptidebinding protein
dipeptide ABC transporter, periplasmic peptidebinding protein
hypothetical protein
fumarate hydratase
hypothetical protein
hypothetical protein
YrbI family phosphatase
BolA family protein
hypothetical protein
hypothetical protein
histone family protein DNA-binding protein
hypothetical protein
hypothetical protein
cold-shock domain-contain protein
hypothetical protein
carbamate kinase
ornithine carbamoyltransferase
arginine deiminase
arginine/ornithine antiporter
ECF subfamily RNA polymerase sigma factor
2-isopropylmalate synthase
sulfatase domain-containing protein
putative transglycosylase
amino acid ABC transporter ATP-binding protein
polar amino acid ABC transporter inner membrane
subunit
polar amino acid ABC transporter inner membrane
subunit
amino acid ABC transporter, periplasmic amino
acid-binding protein
ornithine carbamoyltransferase
hypothetical protein
cold-shock domain-contain protein
hypothetical protein
succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase
Serine O-acetyltransferase
synthetase, putative
major facilitator superfamily MFS_1
pyridoxal-phosphate dependent enzyme family
putative lipoprotein
recombinase-related protein
hypothetical protein
OmpA/MotB domain protein
OmpA/MotB domain protein
OmpA/MotB domain protein
GGDEF domain-containing protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
sensory box protein
aldose 1-epimerase
TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit
TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit,
TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
101
170
540
290
32
1937
958
815
2092
303
1973
2311
971
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2574
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227
372
439
119
39
1417
77
405
1665
1376
1352
2130
1519
1144
3144
339
304
964
1580
1262
985
68
285
313
236
151
1132
49
332
966
613
55
723
1017
732
2115
K5
K5
K1
K6
K4
K5
K1
K12
K6
K6
K4
K4
K14
-
494
1564
1319
4445
373
333
1094
1858
1200
916
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340
408
181
103
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248
1191
2461
40
594
686
488
1966
2666
1338
1336
221
300
2347
942
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2545
370
2674
2606
913
1032
4057
386
331
494
677
266
375
1224
99
422
1548
666
194
1
54
597
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728
197
419
700
399
497
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220
2155
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189
509
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3224
1184
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413
11
1019
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218
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1970
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2
51
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480
402
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1210
525
596
411
509
302
2807
1003
342
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919
613
344
394
402
3349
1728
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1717
1283
1039
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3819
1232
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186
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2981
312
282
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1075
825
81
283
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302
1000
1514
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1658
901
848
274
58
1983
1087
864
2082
331
1435
1959
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892
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463
407
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288
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1188
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458
1250
588
234
736
241
1373
170
131
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283
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525
17
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445
267
795
725
720
661
18
159
661
243
355
807
189
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544
510
217
749
78
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73
104
91
239
594
21
104
577
167
59
209
906
266
1828
202
189
602
849
1021
570
35
118
256
157
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381
19
105
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282
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954
1041
935
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331
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264
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104
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1740
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525
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1068
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455
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1873
570
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1135
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1967
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800
60
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100
14
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733
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200
219
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228
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1064
461
213
152
50
1
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54
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1
203
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1.08
0.81
0.88
1.21
0.42
0.47
0.18
0.31
0.46
0.39
0.41
0.35
0.65
0.45
0.96
0.30
0.58
0.41
0.62
0.37
1.00
0.45
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0.21
1.00
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0.65
0.55
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0.21
0.15
0.15
0.34
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0.64
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0.58
0.20
0.41
0.54
0.57
0.55
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0.87
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1.00
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1.00
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1.10
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1.00
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1.06
2.04
0.93
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0.50
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0.80
1.00
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1.15
1.02
1.35
1.14
1.23
3.41
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0.65
1.00
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1.00
1.00
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1.17
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1.00
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0.32
0.26
Supplemental Table S5-1
327
phaG
PP_1408
PP_1446
PP_1447
PP_1451
PP_1498
PP_1499
PP_1522
PP_1543
PP_1544
PP_1560
PP_1561
PP_1562
PP_1566
PP_1567
PP_1568
PP_1572
PP_1575
PP_1586
PP_1609
PP_1613
PP_1624
PP_1638
fpr
cspA-1
ttgB
PP_1385
rplM
rpsI
petA
petC
sspB
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
PP_1245
PP_1246
PP_1249
PP_1252
PP_1267
PP_1268
PP_1305
PP_1309
PP_1314
PP_1315
PP_1316
PP_1317
PP_1319
PP_1321
PP_1364
PP_1366
PP_1374
oprD
+
+
+
+
-
PP_1235
PP_1170
PP_1171
PP_1178
PP_1184
PP_1191
PP_1196
PP_1198
PP_1199
PP_1206
PP_1208
PP_1210
PP_1212
PP_1232
R
P
S
S
S
K
V
R
R
D
L
C
V
M
S
L
S
C
J
J
C
C
R
-
O
G
M
Q
J
K
S
P
S
R
SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein
NAD-dependent epimerase/dehydratase
hypothetical protein
dienelactone hydrolase
S4 domain-containing protein
hypothetical protein
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
outer membrane porin
hypothetical protein
DNA-binding stress protein, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
alkyl hydroperoxide reductase/thiol specific
antioxidant/ Mal allergen
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
group II intron-encoding maturase
hypothetical protein
putative regulator PrlF
Pyocin S-type immunity protein, putative
hypothetical protein
aldo/keto reductase family oxidoreductase
50S ribosomal protein L13
30S ribosomal protein S9
ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur
ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1
ClpXP protease specificity-enhancing factor
type IV pilus assembly PilZ
transcriptional regulator MvaT, P16 subunit
hypothetical protein
transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1
(HAE1) family
alpha/beta hydrolase fold
TonB-dependent receptor
hypothetical protein
hypothetical protein
putative lipoprotein
hypothetical protein
cold shock protein CspA
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
phage holin, putative
phage terminase, small subunit, putative
head maturation protease, putative
HK97 family phage major capsid protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
killer protein, putative
hypothetical protein
septum formation initiator
group II intron-encoding maturase
oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain
585
1524
1206
1823
708
377
386
143
1053
749
3248
3184
723
331
1275
233
4066
694
1373
817
537
164
529
318
385
500
83
101
262
130
181
165
292
318
171
131
432
2733
760
696
1117
K1
K1
K1
K2
K16
K1
K1
K9
K1
K20
K7
K7
K7
K7
K7
K7
K7
K7
K7
K7
K1
K1
K1
2472
3132
585
264
401
79
643
403
2288
1016
510
1413
394
K4
K6
K6
K22
K1
-
967
3658
180
543
325
402
465
81
66
225
82
212
285
412
409
233
142
490
3762
659
654
1445
1572
1453
1227
3432
687
450
437
199
1557
899
5350
4439
892
395
1317
200
6787
644
549
2370
3479
549
273
309
65
565
294
2868
863
760
1948
394
61
803
296
616
207
591
408
296
283
447
279
517
676
1279
1091
570
336
520
213
184
95
86
49
19
8
13
62
178
230
987
714
234
197
174
897
342
336
1124
1181
112
9
2676
3304
24
766
55
241
253
173
927
146
1000
68
193
169
726
259
472
355
702
511
182
108
323
211
380
431
893
794
347
299
493
616
297
121
98
31
14
13
32
35
248
345
682
1034
374
396
279
1491
490
325
1328
2499
341
61
2946
3985
13
892
92
296
397
273
985
180
1191
34
267
989
2360
160
619
263
384
344
360
287
743
445
784
632
962
1071
702
476
260
3257
782
807
1103
1662
1386
1094
1113
1126
533
491
155
979
691
3230
2623
610
327
1227
235
3825
670
601
1846
2238
553
349
488
99
343
189
679
870
686
1399
354
149
1262
58
143
319
249
50
106
75
230
109
165
161
307
89
182
139
133
893
242
229
348
973
176
155
599
230
90
146
4
356
314
1490
1296
331
170
498
73
1578
125
127
1183
1434
116
100
68
33
147
77
1334
195
222
386
221
494
1381
49
223
397
369
148
93
62
167
58
154
106
237
81
127
82
138
1197
330
367
581
1042
796
768
1416
374
177
197
18
579
420
1822
1693
516
233
580
93
1941
234
174
1354
1674
123
129
104
67
213
121
1439
197
252
603
234
144
834
275
652
276
706
647
250
210
488
264
447
408
728
722
434
186
837
556
305
495
189
267
90
80
96
279
565
585
848
969
226
671
350
962
352
473
1215
1430
412
60
2158
2627
24
700
98
281
312
104
554
224
1019
132
227
17
172
4
92
76
168
148
146
97
322
146
256
266
621
214
341
191
81
51
60
83
22
50
1
1
9
63
29
76
91
208
41
64
55
327
95
77
111
317
9
1
722
893
8
152
20
49
95
47
669
25
233
16
45
40
127
17
111
91
246
112
109
54
59
9
59
65
194
61
77
57
164
65
95
68
27
26
8
1
17
36
33
94
129
254
88
38
56
407
116
103
425
265
38
13
994
1281
15
182
18
69
112
32
679
35
277
1
65
1.02
0.65
0.89
1.14
0.81
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4.39
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5.46
3.70
2.21
2.33
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3.01
3.36
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1.19
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1.19
1.12
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0.60
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1.17
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1.02
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1.15
1.06
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1.37
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1.17
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1.25
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1.70
0.90
1.03
4.10
1.92
4.17
1.41
1.24
1.49
4.37
2.28
1.69
1.24
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0.60
1.70
1.25
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0.25
0.24
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1.00
1.00
1.00
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0.23
1.00
0.24
328
Supplemental Table S5-1
leuD
acpP
fadE
gmd
kdsA-2
pgi
wecB
rpsA
rmlA
rmlB
fumC-2
actP
S
R
S
C
S
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G
M
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V
G
I
L
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E
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+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
PP_1741
minE
minD
PP_1742
PP_1743
PP_1752
PP_1755
PP_1756
PP_1761
PP_1762
PP_1772
PP_1783
PP_1785
PP_1786
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PP_1846
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PP_1892
PP_1893
PP_1895
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PP_1915
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PP_1931
PP_1934
PP_1959
PP_1960
PP_1961
PP_1962
PP_1963
PP_1964
PP_1970
PP_1983
PP_1986
fklB-2
prc
O
S
E
I
O
M
P
D
D
+
+
+
+
+
+
-
PP_1658
PP_1659
PP_1660
PP_1661
PP_1689
PP_1691
PP_1714
PP_1719
PP_1726
PP_1729
PP_1732
PP_1733
PP_1646
alkyl hydroperoxide reductase/thiol specific
antioxidant/ Mal allergen
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
dehydrogenase subunit, putative
aromatic hydrocarbon degradation protein
hypothetical protein
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type
carboxyl-terminal protease
ABC transporter, periplasmic binding protein
hypothetical protein
cell division topological specificity factor MinE
septum site-determining protein MinD
substrate-binding region of ABC-type glycine
betaine transport system
hypothetical protein
acetate permease
hypothetical protein
fumarate hydratase
hypothetical protein
sensory box protein/GGDEF family protein
hypothetical protein
30S ribosomal protein S1
glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
dTDP-glucose 4,6-dehydratase
glycosyl transferase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
acylneuraminate cytidylyltransferase, putative
GDP-mannose 4,6 dehydratase
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
glucose-6-phosphate isomerase
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
hypothetical protein
hypothetical protein
group II intron-encoding maturase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
acyl-CoA dehydrogenase
ABC transporter ATP-binding protein
ABC transporter
acyl carrier protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
phage integrase family site specific recombinase
hypothetical protein
deoxynucleotide monophosphate kinase, putative
putative lipoprotein
sensory box protein
isopropylmalate isomerase small subunit
K3
K3
K17
K1
K1
K17
K2
K2
K2
K1
K9
K9
K15
K10
-
-
K22
K19
K4
K2
K1
K1
-
-
110
103
303
343
1697
204
372
3414
2455
1973
1175
655
411
1448
1936
902
1333
40
337
198
696
518
316
278
112
434
181
3023
143
233
317
48
264
654
862
819
1204
2619
65
205
1314
85
915
447
207
106
733
716
943
1113
312
236
1232
1333
354
36
34
311
307
1667
197
362
5063
2914
2263
1146
803
429
1965
2070
916
1447
25
306
239
564
387
434
200
94
421
150
4458
149
287
266
46
275
691
900
995
1435
4066
146
150
1326
76
785
190
99
45
562
395
1197
1133
248
350
1096
1317
226
440
274
208
509
348
446
941
521
68
24
68
71
8
38
731
181
187
252
3662
182
100
183
729
487
924
50
31
258
288
180
339
261
355
543
471
234
349
2275
72
321
247
313
204
1979
1117
610
783
93
142
1508
631
1866
154
114
418
118
91
349
529
639
566
1132
1099
82
72
95
57
5
76
1235
324
455
498
2521
263
106
368
748
550
1411
74
29
527
475
167
594
368
570
800
640
357
602
4420
70
430
306
288
253
2493
1182
730
651
40
275
1697
1031
1014
263
268
406
115
90
368
439
1972
207
458
3235
2175
1832
953
622
313
1629
2012
898
1211
35
427
328
1058
545
363
265
155
1732
912
3118
120
255
334
51
212
635
828
794
1277
2624
164
200
1107
112
744
326
146
90
582
1098
1256
1108
326
276
1129
1260
239
93
52
70
132
92
777
78
70
1665
704
561
195
138
54
435
866
319
352
11
76
70
274
173
141
54
63
143
104
934
24
25
71
12
61
309
261
345
378
1054
92
85
577
25
171
39
18
10
235
218
340
447
108
64
370
514
54
74
172
218
818
122
227
2064
1436
915
424
323
89
830
997
426
585
21
144
102
391
214
175
88
100
207
168
1145
59
64
112
18
102
360
304
419
462
1045
124
125
670
19
239
153
93
46
343
288
361
506
151
203
408
643
109
269
193
343
455
614
413
761
1073
173
63
83
82
4
67
806
302
296
344
3062
183
769
292
643
1057
1453
1223
439
399
273
111
495
512
242
537
420
279
389
2276
295
365
289
250
187
668
283
196
537
721
331
1588
824
1430
401
255
437
948
669
36
101
83
78
131
180
22
8
10
16
2
18
211
73
50
67
724
45
108
90
98
70
235
7
14
36
42
8
90
81
20
107
88
50
73
634
36
51
57
86
6
15
5
1
68
89
42
308
257
600
71
58
75
93
884
639
65
126
53
128
426
185
28
14
29
17
1
25
283
123
71
146
787
78
102
161
164
133
461
17
22
55
86
17
92
93
78
149
127
67
80
684
63
104
92
57
28
508
296
153
216
69
26
390
286
838
60
70
1.06
1.80
1.40
1.19
1.43
1.18
1.05
1.27
0.64
0.75
0.81
0.83
0.78
0.73
0.83
0.97
0.98
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1.00
1.40
1.37
1.87
1.41
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1.32
1.65
4.11
6.09
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1.26
1.00
0.77
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0.92
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1.13
1.33
0.83
1.48
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1.47
1.41
1.03
2.78
1.05
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1.32
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1.10
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1.00
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1.28
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0.65
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1.92
1.03
16.62
6.86
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1.00
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1.00
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Supplemental Table S5-1
329
PP_1989
PP_1993
PP_2003
PP_2006
PP_2007
PP_2015
PP_2021
PP_2080
PP_2103
PP_2105
PP_2109
PP_2110
PP_2118
PP_2121
PP_2130
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PP_2149
PP_2152
PP_2153
PP_2161
PP_2189
PP_2223
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PP_2292
PP_2294
PP_2301
PP_2304
PP_2307
PP_2320
PP_2323
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PP_2327
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PP_2335
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PP_2471
PP_2474
PP_2475
endA-1
cspA-2
infC
rpmI
rplT
ihfA
csuC
csuD
csuE
cysB
prpB
clpX
gap-2
asd
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
E
N
S
G
E
S
M
G
C
S
O
O
S
S
R
T
K
G
C
T
S
S
S
S
N
N
S
E
K
L
K
J
J
J
L
O
K
hypothetical protein
putative lipoprotein
soluble lytic transglycosylase, putative
hypothetical protein
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
type IV pilus assembly PilZ
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX
PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
CHAD domain containing protein
ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
hypothetical protein
universal stress protein
transcriptional regulator CysB
2-methylisocitrate lyase
methylcitrate synthase
hypothetical protein
phytochrome family protein, putative
spore coat U domain protein
spore coat U domain protein
spore coat U domain protein
spore coat U domain protein
type 1 pili usher pathway chaperone CsuC
fimbrial biogenesis outer membrane usher protein
spore coat U domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
amino acid transporter LysE
hypothetical protein
LysR family transcriptional regulator
deoxyribonuclease I
cold shock protein CspA
translation initiation factor IF-3
50S ribosomal protein L35
50S ribosomal protein L20
integration host factor subunit alpha
glutathione S-transferase family protein
TetR family transcriptional regulator
aspartate-semialdehyde dehydrogenase
peptidoglycan-binding LysM
hypothetical protein
hypothetical protein
P-47-related protein
hypothetical protein
hypothetical protein
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hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
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K2
K22
K22
K2
K2
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K1
K1
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K4
K4
K4
K1
K6
K6
K1
K1
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115
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196
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117
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100
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2080
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314
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1
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52
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1
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190
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40
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330
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+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
qedH
dmpI
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PP_2735
PP_2736
C
O
D
S
K
P
T
T
J
K
-
R
R
T
R
G
P
G
T
M
S
T
P
V
V
S
T
S
G
C
E
R
G
C
S
R
hypothetical protein
hypothetical protein
major facilitator family transporter
universal stress protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase
hypothetical protein
ABC transporter
efflux ABC transporter ATP-binding protein
YVTN family beta-propeller repeat-containing
LuxR family DNA-binding response regulator
pentapeptide repeat-containing protein
quinoprotein ethanol dehydrogenase
cytochrome c-type protein
periplasmic binding protein, putative
hypothetical protein
beta-lactamase domain protein
quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative
aldehyde dehydrogenase family protein
pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqD
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
amine oxidase
short chain dehydrogenase/reductase family
oxidoreductase
alcohol dehydrogenase, zinc-containing
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
acetyltransferase
hypothetical protein
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
hypothetical protein
hypothetical protein
response regulator
cytochrome c551 peroxidase, putative
sensor histidine kinase
sensor histidine kinase/response regulator
peptidyl-tRNA hydrolase domain protein
transcriptional regulator MvaT, P16 subunit,
hypothetical protein
MerR family transcriptional regulator
hypothetical protein
4-oxalocrotonate tautomerase
GAF domain/GGDEF domain-containing protein
ISPpu8, transposase
trans-aconitate 2-methyltransferase
major facilitator family transporter
major facilitator transporter
hypothetical protein
108
184
14
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12
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K1
K2
K4
K9
K9
K9
K22
K5
K1
K4
-
85
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39
84
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223
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123
965
262
1128
322
433
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269
1205
2931
1699
1870
778
757
300
2386
1501
154
161
66
38
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K1
K2
K2
K2
K4
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K8
K21
-
123
159
19
8
10
277
98
356
2372
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25
81
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70
113
1170
171
324
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115
80
158
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114
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11
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1
1
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110
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92
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120
119
59
118
91
39
363
125
855
3072
772
718
1140
383
2001
425
497
185
42
388
143
77
189
287
321
1583
136
7
14
1
163
95
11
7
28
20
9
14
1
13
6
2
1
1
14
37
5
66
22
117
186
48
61
45
123
1810
1175
1120
1021
529
278
41
575
288
776
2554
682
580
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2004
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331
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-
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T
T
M
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K
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T
E
S
H
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+
+
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+
+
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mexF
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transcriptional repressor pyocin R2_PP
PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
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hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
rhs-related protein
ISPpu13, transposase Orf3
polysaccharide export protein
lipopolysaccharide biosynthesis protein
protein-tyrosine kinase
hypothetical protein
GMC oxidoreductase
transferase hexapeptide repeat containing protein
hypothetical protein
outer membrane ferric siderophore receptor, putative
group II intron-encoding maturase
Crp/FNR family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
delta-aminolevulinic acid dehydratase
hypothetical protein
LuxR family DNA-binding response regulator
methyl-accepting chemotaxis transducer/sensory box
protein
sensor histidine kinase
sensor histidine kinase
efflux transporter, RND family, MFP subunit
transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1
(HAE1) family
RND efflux system, outer membrane lipoprotein,
NodT family
ThiJ/PfpI domain protein
hypothetical protein
hypothetical protein
glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
threonine dehydratase
bacteriophage N4 adsorption protein B
response regulator receiver protein
putative lipoprotein
hypothetical protein
transcriptional regulator, putative
substrate-binding region of ABC-type glycine
betaine transport system
hypothetical protein
redoxin domain protein
hypothetical protein
TonB-dependent siderophore receptor
(2Fe-2S)-binding domain protein
GntR family transcriptional regulator
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K11
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K2
K2
K9
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-
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K2
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K2
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K18
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K1
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K1
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K1
K4
-
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12
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332
Supplemental Table S5-1
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
dapF
pbpG
+
PP_3782
PP_3783
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+
+
+
-
PP_3781
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J
E
I
Q
E
M
Q
S
L
M
T
T
R
L
K
I
R
T
L
H
S
D
H
O
E
R
J
E
K
-
transcriptional regulator MvaT, P16 subunit,
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
glutathione S-transferase family protein
hypothetical protein
alginate lyase 2
sarcosine oxidase, putative
rarD protein
hypothetical protein
pyrroline-5-carboxylate reductase
LysR family transcriptional regulator
hypothetical protein
oxygen-independent Coproporphyrinogen III
oxidase family protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
aminotransferase
hypothetical protein
non-ribosomal peptide synthetase, putative
efflux transporter, putative
diaminopimelate epimerase
D-alanyl-D-alanine endopeptidase
hypothetical protein
L-ornithine N5-oxygenase
MbtH domain protein
group II intron-encoding maturase
UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
hypothetical protein
carbon storage regulator
PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase
alcohol dehydrogenase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
group II intron-encoding maturase
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
sterol-binding domain protein
periplasmic binding protein, putative
hypothetical protein
sensor histidine kinase
hypothetical protein
hypothetical protein
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hypothetical protein
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K17
K2
K2
K22
K18
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K6
K22
K5
K22
K1
K1
K18
K4
K1
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2007
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0.30
0.70
0.26
0.35
0.52
0.50
0.81
1.00
0.94
0.41
0.57
0.55
0.39
0.38
0.51
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.02
0.88
0.77
1.00
1.20
6.20
1.01
0.89
0.90
0.97
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0.64
1.15
1.20
4.55
1.47
1.27
1.07
0.99
0.44
2.00
0.60
0.70
0.56
1.43
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1.20
0.95
1.31
0.80
1.00
0.74
0.98
0.78
23.08
1.25
1.13
0.96
0.54
0.71
32.68
2.01
0.83
0.62
0.72
0.52
0.64
0.69
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
0.64
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0.28
1.00
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1.00
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1.00
1.00
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1.00
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0.24
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1.00
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1.00
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0.48
0.72
0.74
0.48
0.29
0.56
Supplemental Table S5-1
333
PP_3990
PP_4007
PP_4009
PP_4010
PP_4022
PP_4027
PP_4043
PP_4044
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PP_4057
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PP_4204
PP_4205
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PP_4244
PP_4247
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PP_4254
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PP_4364
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PP_4381
PP_4382
PP_4384
PP_4386
flgL
flgK
flgJ
flgH
flgF
fliG
fleQ
fliD
fliK
glxR
anr
ccoN-2
ccoO-2
ccoQ-2
ccoP-2
ccoO-1
ccoQ-1
ccoP-1
fpvA
pfrI
fabA
fusA
gacA
ivd
glgA
gnd
infA
clpS
cspD
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
R
J
S
K
G
G
M
I
I
P
T
S
J
S
P
I
C
K
P
K
R
C
C
O
C
O
C
S
T
S
E
G
I
K
N
T
T
T
N
T
N
N
N
N
N
N
N
hypothetical protein
translation initiation factor IF-1
ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS
cold-shock protein CspD
hypothetical protein
hypothetical protein
6-phosphogluconate dehydrogenase-like protein
hypothetical protein
glycogen synthase
outer membrane autotransporter
acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein
propionyl-CoA carboxylase
hypothetical protein
DNA-binding response regulator GacA
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
elongation factor G
YhhN family protein
hypothetical protein
3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein)
hypothetical protein
putative lipoprotein
electron transfer flavoprotein, beta subunit
Cro/CI family transcriptional regulator
hypothetical protein
outer membrane ferripyoverdine receptor
extracytoplasmic-function sigma-70 factor
exonuclease
cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit
cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III
hypothetical protein
cbb3-type cytochrome c oxidase subunit I
cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
Cbb3-type cytochrome oxidase component
cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III
hypothetical protein
transcriptional regulator Anr
hypothetical protein
hypothetical protein
aquaporin Z
2-hydroxy-3-oxopropionate reductase
GntR family transcriptional regulator
hypothetical protein
flagellar hook-length control protein
Hpt protein
response regulator receiver protein
anti-sigma-factor antagonist
flagellar motor switch protein G
sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family
flagellar cap protein FliD
flagellin FlaG, putative
flagellar hook-associated protein FlgL
flagellar hook-associated protein FlgK
flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ
flagellar basal body L-ring protein
flagellar basal body rod protein FlgF
K4
K9
K4
K22
K9
K22
K5
K22
K4
K1
K5
K5
K9
K17
K17
K4
K4
K9
K12
K18
766
1577
2160
219
278
142
206
1591
613
10
66
46
50
625
296
216
178
127
423
2313
431
594
2892
398
374
21
35
134
253
113
198
235
889
605
901
449
411
824
820
92
81
491
336
202
230
370
139
290
244
700
1530
1130
266
376
301
231
271
992
2400
2488
356
422
139
274
1159
377
7
150
104
396
753
362
200
137
92
406
3088
395
667
4105
589
633
516
1117
121
741
665
547
247
594
418
464
315
461
1148
1047
116
64
315
470
189
305
363
138
311
441
762
2511
1935
480
526
583
530
524
1017
141
4641
2515
147
176
375
4827
202
71
175
102
4
467
404
487
414
293
206
447
33
1
184
662
592
7
20
209
87
14
64
572
624
450
708
377
172
451
137
293
563
2140
42
264
448
1606
888
2308
352
322
1592
486
325
327
301
387
437
1816
168
4193
2842
262
277
463
4682
339
351
435
175
13
468
470
657
531
529
256
687
111
23
321
724
750
6
50
345
50
25
54
1003
1172
767
1206
620
185
789
164
379
1152
2421
61
345
420
1387
872
2862
299
442
1267
343
266
283
264
365
441
836
1768
2016
360
298
159
319
759
519
22
114
74
66
538
193
260
199
177
469
2257
419
476
2644
482
420
470
82
158
576
451
447
370
770
506
608
473
456
941
734
84
103
563
343
464
345
367
166
313
404
708
1483
1151
386
526
406
388
403
582
268
736
21
73
30
85
234
111
6
74
58
202
244
140
74
44
112
217
1062
79
116
1177
84
132
98
220
86
161
96
87
59
369
213
354
160
113
283
193
45
40
270
107
66
146
94
59
51
185
379
702
502
217
362
204
303
275
595
408
1074
83
77
38
143
352
384
9
773
442
460
361
254
86
77
156
271
1193
113
158
1413
133
141
301
587
98
272
224
188
76
502
266
474
199
162
485
156
79
65
457
133
113
194
241
134
213
256
453
843
569
282
412
233
374
349
1100
190
3349
2064
177
227
347
3011
225
81
400
183
12
395
267
591
573
307
272
518
148
36
290
398
402
19
40
231
83
21
78
796
681
560
655
376
192
763
193
230
973
796
39
683
536
803
602
1817
499
532
883
157
277
250
258
308
349
285
9
987
270
33
17
113
974
18
3
108
64
20
77
89
98
111
104
62
134
1
1
65
90
62
5
16
48
53
28
31
39
151
111
192
86
41
130
45
46
261
506
6
2
62
110
105
281
66
67
223
84
61
67
39
90
87
549
31
1291
459
39
25
145
1211
92
27
424
198
17
168
140
131
89
233
78
159
4
1
77
76
57
10
16
59
38
32
8
39
174
120
248
105
65
181
36
124
543
1338
7
15
148
608
361
987
82
118
346
87
136
145
75
130
154
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1.01
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1.14
1.17
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1.38
1.00
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1.30
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1.06
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1.30
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1.50
1.30
1.21
1.31
1.50
0.99
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0.70
0.73
1.60
1.79
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1.13
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1.20
1.01
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1.00
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1.00
1.00
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1.00
1.00
1.00
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1.00
0.19
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0.27
0.27
0.25
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0.51
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0.36
0.35
334
Supplemental Table S5-1
astB
astD
aruG
aruF
argD
PP_4481
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
rpsO
+
+
+
-
PP_4701
PP_4704
PP_4706
PP_4709
pgi
+
PP_4696
ggt-2
mscL
moaA
cysK
ppiA
tolC
-
acsA
PP_4486
-
+
+
+
+
+
+
+
+
-
PP_4487
PP_4504
PP_4517
PP_4519
PP_4521
PP_4529
PP_4530
PP_4535
PP_4540
PP_4541
PP_4555
PP_4560
PP_4561
PP_4570
PP_4571
PP_4573
PP_4584
PP_4590
PP_4593
PP_4597
PP_4602
PP_4633
PP_4645
PP_4647
PP_4657
PP_4659
PP_4685
PP_4693
algZ
mgtE
astE
flgE
flgD
flgC
flgB
flgM
PP_4388
PP_4389
PP_4390
PP_4391
PP_4395
PP_4397
PP_4406
PP_4416
PP_4447
PP_4448
PP_4468
PP_4470
PP_4471
PP_4475
PP_4476
PP_4477
PP_4478
PP_4479
PP_4480
G
M
S
J
T
I
U
R
M
N
S
S
R
O
S
S
O
E
R
S
H
K
S
M
K
R
E
K
T
E
E
N
N
N
N
K
M
R
P
E
E
C
E
E
flagellar hook protein FlgE
flagellar basal body rod modification protein
flagellar basal body rod protein FlgC
flagellar basal body rod protein FlgB
anti-sigma-28 factor, FlgM
type IV pilus assembly PilZ
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
Cro/CI family transcriptional regulator
Arc domain protein DNA binding domain protein
magnesium transporter
succinylglutamate desuccinylase
hypothetical protein
succinylarginine dihydrolase
succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase
arginine N-succinyltransferase, beta subunit
arginine N-succinyltransferase, alpha subunit
bifunctional N-succinyldiaminopimelateaminotransferase/acetylornithine transaminase
cationic amino acid ABC transporter, periplasmic
binding protein
acetyl-CoA synthetase
hypothetical protein
hypothetical protein
TolC family type I secretion outer membrane protein
aerotaxis receptor, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
alpha/beta fold family hydrolase
peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
DGPFAETKE family protein
ribonuclease BN, putative
CsbD family protein
hypothetical protein
cysteine synthase A
AAA family ATPase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
molybdenum cofactor biosynthesis protein A
AraC family transcriptional regulator
hypothetical protein
large-conductance mechanosensitive channel
LuxR family transcriptional regulator
metallopeptidase, zinc binding
gamma-glutamyltransferase
hypothetical protein
C4-type zinc finger DksA/TraR family protein
putative two component, sigma54 specific,
transcriptional regulator, Fis family
glucose-6-phosphate isomerase
hypothetical protein
antibiotic biosynthesis monooxygenase
30S ribosomal protein S15
633
483
990
455
1355
523
343
204
694
539
352
1712
277
338
1295
436
259
480
413
792
518
925
229
1523
2840
179
256
390
245
190
880
172
152
519
824
740
451
1805
662
938
289
146
1396
596
260
190
190
648
2313
647
1268
227
33
4075
K15
K15
K15
K15
K22
K6
K18
K1
K22
K12
K6
K4
K9
K1
1407
215
63
5726
661
245
163
1695
3109
101
316
458
291
211
1014
97
241
299
984
820
721
1692
672
1300
231
139
1907
741
217
265
261
742
3792
790
921
1250
1057
1959
1012
1500
496
841
243
840
685
436
2094
249
419
1594
479
317
622
468
167
625
347
759
465
495
204
1062
309
380
211
320
45
148
266
124
524
449
202
607
313
5102
93
7746
715
230
415
868
303
351
462
2319
1340
187
507
1051
680
1700
840
1126
224
105
552
145
188
20
2635
38
364
1064
548
193
351
236
402
680
333
741
465
397
319
1436
753
543
240
460
57
341
476
397
413
432
293
610
451
3917
88
8308
775
424
393
1050
839
675
777
2773
1587
307
730
956
755
2351
1186
1131
267
776
859
291
271
43
2673
30
531
1203
823
340
561
403
1207
249
54
3920
640
369
256
1565
2450
139
258
436
201
267
1277
145
178
451
862
810
503
1590
668
955
234
160
1493
628
311
274
199
757
2396
755
930
882
714
1360
638
1239
337
452
225
619
440
331
1978
363
367
1407
562
355
549
468
482
44
9
1720
398
337
78
701
820
58
59
147
56
103
500
57
110
43
267
258
191
495
162
91
224
102
409
161
96
89
103
88
644
210
365
403
344
447
290
446
195
118
3
249
224
75
594
156
151
454
236
138
249
250
656
101
28
2085
493
340
43
849
1512
90
91
218
123
145
517
49
126
28
449
385
285
610
284
247
237
150
511
313
131
165
160
229
827
285
409
456
403
522
298
481
226
167
36
295
271
126
776
201
193
544
271
181
285
272
292
548
199
1075
542
586
311
1482
423
297
388
664
55
236
325
375
408
1170
276
605
366
3708
205
5303
764
344
452
1010
590
494
379
1967
1448
292
467
632
477
1131
552
1343
260
91
550
134
147
29
2254
288
387
982
475
134
291
216
48
88
64
145
109
1453
31
339
50
58
44
100
6
69
81
74
85
12
37
86
86
958
58
1523
148
84
74
204
91
90
49
360
172
47
74
152
104
196
125
180
56
16
18
20
17
2
538
16
65
121
141
33
53
52
71
179
168
134
131
1787
16
398
102
106
62
130
15
73
95
77
203
51
57
93
108
1434
92
1792
193
138
49
299
79
144
140
709
175
54
91
250
170
331
216
308
64
56
48
33
62
3
647
34
108
193
180
69
91
86
0.86
1.16
1.00
0.68
0.97
1.50
1.57
0.92
0.79
1.37
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0.95
0.69
1.27
1.26
1.50
0.74
1.51
0.88
0.99
0.70
0.94
0.99
0.73
1.01
1.15
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0.85
1.44
1.03
0.76
1.02
0.63
0.96
1.01
0.71
0.68
0.69
0.63
0.83
0.68
0.54
0.93
0.74
0.64
0.76
0.94
1.46
0.88
0.88
1.17
1.12
0.88
1.00
0.34
0.30
1.00
0.30
0.60
1.37
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0.49
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0.46
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0.27
0.31
0.27
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0.24
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1.00
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1.03
1.08
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0.57
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1.45
1.16
1.48
0.98
1.03
0.56
0.55
1.61
1.44
1.00
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2.71
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1.15
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0.91
0.95
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0.66
0.63
0.48
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1.19
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0.12
0.64
0.46
0.54
1.00
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4.50
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0.54
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0.27
0.22
1.00
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0.15
0.22
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1.00
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1.00
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4.50
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1.00
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0.20
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0.22
0.24
1.00
0.24
1.00
0.20
0.16
0.22
0.20
0.16
0.21
Supplemental Table S5-1
335
potF-2
rho
PP_5181
PP_5183
PP_5202
PP_5204
PP_5214
maeB
hisE
tatA
pip
+
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
metK
ahcY
-
PP_4960
PP_4966
PP_4967
PP_4976
PP_4981
PP_5004
PP_5007
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PP_5016
PP_5028
PP_5070
PP_5085
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PP_5124
PP_5129
PP_5144
PP_5174
fda
PP_4959
+
+
-
hfq
orn
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
PP_4885
PP_4886
PP_4894
PP_4902
PP_4920
PP_4923
PP_4957
PP_4958
vacB
fis
fur
omlA
hsdR
truB
rbfA
infB
nusA
PP_4881
PP_4710
PP_4711
PP_4712
PP_4713
PP_4720
PP_4730
PP_4731
PP_4740
PP_4788
PP_4789
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PP_4817
PP_4821
PP_4834
PP_4836
PP_4847
PP_4848
PP_4851
PP_4856
PP_4858
PP_4859
PP_4880
E
S
K
E
G
H
H
S
R
S
E
U
R
D
C
M
R
S
M
T
S
R
A
M
S
R
P
J
J
K
J
P
J
V
R
P
I
K
O
S
O
P
K
K
hypothetical protein
poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase
poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein
phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
twin arginine translocase protein A
proline iminopeptidase
ParA family protein
malic enzyme
NLP/P60 protein
ferredoxin, 4Fe-4S
hypothetical protein
hypothetical protein
RND efflux transporter
putrescine ABC transporter, periplasmic putrescinebinding protein
glutamine synthetase, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
transcription termination factor Rho
ribosome-binding factor A
translation initiation factor IF-2
transcription elongation factor NusA
hypothetical protein
ferric uptake regulator, Fur family
SmpA/OmlA domain protein
type I restriction-modification system, R subunit
putative metalloprotease
CBS domain containing protein
hypothetical protein
MaoC domain-containing protein
DNA-binding protein Fis
SPFH domain-containing protein/band 7 family
hypothetical protein
hypothetical protein
DnaJ family curved-DNA-binding protein
PsiF repeat protein
bacterioferritin, putative
hypothetical protein
TetR family transcriptional regulator
ribonuclease R
iron ABC transporter, periplasmic iron-binding
protein, putative
hypothetical protein
hypothetical protein
RNA-binding protein Hfq
oligoribonuclease
putative lipoprotein
TolC family type I secretion outer membrane protein
hypothetical protein
hypothetical protein
response regulator receiver modulated diguanylate
cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)
fructose-1,6-bisphosphate aldolase
ArsR family transcriptional regulator
S-adenosylmethionine synthetase
170
1989
498
1079
2099
1255
318
659
1023
1651
723
374
2954
420
912
117
101
98
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723
385
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K1
K6
K1
K2
K9
K1
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160
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291
460
239
414
K4
641
K17
K17
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2152
2312
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639
1801
473
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194
90
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306
297
354
557
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71
94
302
675
K1
K1
K1
K1
K1
K4
K1
K4
K2
K2
-
722
633
463
1823
3175
2107
881
1767
2772
1696
433
695
1144
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642
148
118
105
140
132
189
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470
555
171
379
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1228
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1078
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494
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66
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2061
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76
133
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13
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421
20
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464
3727
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131
79
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46
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450
2091
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123
91
80
77
69
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537
141
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519
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106
4
486
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309
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100
39
369
102
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281
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1095
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360
573
117
75
31
40
45
230
393
552
212
762
556
2091
977
177
2
333
447
573
4341
272
74
74
474
782
684
506
1545
2013
1599
438
954
1898
1423
396
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1058
1700
766
349
2943
365
625
123
207
147
146
105
118
2789
790
459
624
248
428
974
1146
1072
1893
2261
1042
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2030
360
1175
800
135
95
1088
303
1655
353
546
567
169
3577
425
765
337
235
94
749
1167
683
159
413
616
296
283
164
386
715
442
88
1701
83
127
22
68
29
24
17
17
1617
148
114
127
70
126
360
711
657
1094
1279
150
176
594
108
424
295
26
16
286
53
810
103
264
79
28
76
221
350
388
266
81
880
1363
825
363
794
1044
423
401
230
516
697
553
194
2090
154
235
65
77
75
130
50
94
1870
282
184
284
121
205
576
863
816
1253
1559
165
226
760
243
570
381
74
33
425
182
877
146
343
137
46
92
276
436
528
431
66
444
648
430
53
69
163
277
375
2806
400
1137
234
122
805
70
179
304
464
240
430
192
299
1562
921
79
381
219
331
498
428
463
603
421
194
340
720
126
840
567
2158
544
256
18
365
732
567
3898
1306
5537
535
551
150
84
14
45
253
106
1
14
45
55
84
716
72
201
67
38
241
12
1
59
54
31
25
11
29
345
228
10
62
1
5
43
25
51
51
50
51
85
126
28
103
130
253
41
29
1
77
37
85
667
93
66
39
110
170
84
17
45
334
147
17
24
53
78
204
874
70
193
79
41
594
6
4
102
46
55
263
75
137
359
316
16
73
58
102
63
64
94
93
76
33
107
141
55
167
169
503
62
34
1
96
100
100
858
94
59
53
171
1.08
1.08
1.09
0.85
0.63
0.76
0.50
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1.22
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1.00
1.03
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1.75
1.39
1.04
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0.98
1.12
1.45
1.13
0.91
0.93
0.98
0.96
0.85
0.97
0.73
0.94
0.73
0.96
1.13
1.57
1.45
0.72
0.88
0.80
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1.25
2.23
26.90
2.09
0.96
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0.20
0.41
0.37
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0.39
0.24
0.20
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0.48
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0.42
0.74
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0.39
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0.57
1.08
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0.42
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0.39
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0.45
0.41
0.74
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0.71
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0.49
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0.51
0.71
0.54
0.54
0.70
0.75
0.63
0.59
0.15
0.25
0.35
0.49
0.47
0.54
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0.51
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0.85
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1.35
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1.02
1.03
4.95
0.55
0.90
1.00
1.08
1.35
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0.96
0.76
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1.44
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2.80
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1.16
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5.69
7.23
9.43
6.58
0.84
0.87
1.30
0.60
1.10
1.02
1.03
0.56
1.44
1.00
1.10
1.64
0.99
0.90
4.79
74.69
7.28
1.16
0.20
0.20
1.00
0.71
0.22
0.22
1.00
1.00
0.53
0.18
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0.25
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1.00
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1.00
1.00
1.00
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1.00
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1.00
1.00
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0.52
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0.23
0.24
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1.00
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0.63
0.24
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0.29
0.94
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0.18
0.18
0.55
0.86
1.47
1.46
1.19
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0.27
0.26
0.30
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0.30
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0.07
0.36
1.00
0.29
0.22
0.17
0.20
0.34
0.86
0.87
0.36
336
Supplemental Table S5-1
purE
accC-2
PP_5347
PP_5354
PP_5361
PP_5362
PP_5365
PP_5389
PP_5390
PP_5391
PP_5392
PP_5395
dadX
dadA-2
rpmG
rpmB
exbB
exbD
dapF
PP_5336
PP_5228
PP_5232
PP_5234
PP_5247
PP_5267
PP_5268
PP_5269
PP_5270
PP_5281
PP_5282
PP_5306
PP_5307
PP_5319
+
+
+
-
+
+
+
+
-
I
R
M
O
S
R
F
E
E
C
K
M
E
J
J
U
U
S
diaminopimelate epimerase
hypothetical protein
nitrogen regulatory protein P-II
hypothetical protein
cytochrome c5
Cro/CI family transcriptional regulator
alanine racemase
D-amino acid dehydrogenase small subunit
50S ribosomal protein L33
50S ribosomal protein L28
ferric siderophore transport system protein ExbB
biopolymer transport protein ExbD
secreted repeat of unknown function
phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,
catalytic subunit
pyruvate carboxylase subunit A
hypothetical protein
CobW/P47K family protein
hypothetical protein
cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
hypothetical protein
hypothetical protein
hypothetical protein
YVTN family beta-propeller repeat-containing
hypothetical protein
950
3550
1887
257
377
282
77
81
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3794
439
531
316
1825
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654
223
219
135
141
191
186
2286
K15
K3
K3
K1
K1
K5
K5
K1
K22
K22
1084
879
4217
1991
219
424
827
1102
584
3148
1732
867
4950
2411
272
489
466
67
80
2711
5893
2298
2751
358
482
884
3960
547
1753
819
1074
1129
557
3742
50
400
3211
1458
226
450
269
153
888
213
205
24
36
664
1473
1480
3900
593
2116
543
713
678
385
2923
97
451
3121
1488
175
521
333
43
176
170
329
55
68
1450
1307
771
2496
1294
216
245
347
468
445
2028
1659
911
3027
1669
210
486
400
84
93
1544
3476
499
574
355
541
363
1115
389
69
74
141
96
221
828
1140
434
1204
539
41
62
172
48
62
585
1800
1194
1257
75
559
435
1341
542
160
221
313
228
243
1363
1517
513
1594
708
134
90
202
65
77
820
2238
1561
1787
113
905
861
3183
626
1642
753
956
982
567
2173
447
466
2403
1322
92
344
415
329
1190
243
225
89
107
606
305
301
1320
177
462
124
116
81
56
319
95
72
703
474
15
81
79
26
174
11
74
18
15
173
409
338
965
159
657
162
219
59
73
995
142
122
631
499
44
111
112
35
134
9
97
17
38
185
1.21
0.88
0.59
0.65
0.98
0.58
0.42
0.42
0.76
0.64
0.96
1.05
0.61
0.69
0.77
0.99
0.86
1.27
1.15
0.57
0.59
0.22
0.21
0.99
0.50
0.41
0.26
0.20
0.32
0.17
0.17
0.09
0.38
0.26
0.66
0.50
0.24
0.22
0.24
0.13
0.37
0.96
0.80
0.22
0.31
0.52
0.46
0.21
0.52
0.50
0.32
0.27
0.73
0.52
0.38
0.21
0.42
0.43
0.88
0.59
0.32
0.29
0.49
0.18
0.43
0.98
0.96
0.30
0.38
0.68
0.65
0.32
0.61
0.58
0.82
1.06
0.78
1.39
1.34
1.45
1.47
0.74
4.63
1.03
0.77
0.89
0.53
0.66
1.25
5.14
6.78
1.43
0.68
1.39
1.56
0.42
0.21
0.20
0.34
0.30
0.22
0.23
0.16
0.12
0.17
0.11
0.98
0.16
0.23
0.32
0.37
0.16
0.24
1.00
0.99
0.38
0.22
1.00
0.94
0.12
0.28
0.23
0.25
0.27
0.31
0.30
0.31
0.09
0.19
0.34
1.47
0.27
0.20
0.34
0.37
0.21
0.34
1.00
0.76
0.38
0.30
1.00
0.94
0.13
謝辞
本博士論文研究を行うにあたり，素晴らしい研究の場と暖かいご配慮を頂きました東京大学生物
生産工学研究センター環境保全工学研究室教授，山根久和先生に深く感謝申し上げます．日頃より貴
重なご教示を頂き，時に厳しく時に励まして下さいました同研究室准教授，野尻秀昭先生に深く感謝
申し上げます．同様に常に励まし温かく見守って下さいました同研究室助教，岡田憲典先生に深く感
謝申し上げます．
Phenotype MicroArray 解析について，BIOLOG 培養装置の貸与，技術指導をして頂きましたセン
トラル科学貿易株式会社，阿部吉邦専務取締役，ピーターターナー博士，鈴木清之課長，上薗秀正氏
に深く感謝申し上げます．
タイリングアレイ解析について，貴重なご指導，ご助言を賜りました，東京大学大学院農学生命
科学研究科アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット特任准教授，西田洋巳先生に深く感謝
申し上げます．
QT クラスタリング及び経時的アレイデータの解析について，貴重なご指導，有益なディスカッ
ションをしていただきました，岡山理科大学工学部生体医工学科講師，原啓文先生に深く感謝申し上
げます．
100S リボソームの定量について，貴重なご指導，実験器具・試薬の提供を賜りました，立教大学
理学部生命理学科，河村富士夫教授，また実際の実験操作を丁寧に指導してくださった加増祐佳さん
に深く感謝申し上げます．
RP4，NAH7K2 を保持する KT2440 株の作製について，貴重なアドバイス，菌株の供与を賜りま
した，東北大学大学院生命科学研究科，津田雅孝教授に深く感謝申し上げます．
実験操作の基本を一から教えて頂き，また研究の楽しさ・厳しさを教えて下さいました，現理化
学研究所基礎特別研究員，新谷政己博士に深く感謝申し上げます．新谷博士には本研究の解析全般に
わたるご助言・ご協力を賜りました．新谷博士がいなかったら本研究は成しえなかったに違いありま
せん．
また，お名前を挙げつくせませんが，同期の岩田修くん，梅田隆志くん，宮本皓司くんをはじめ
とする同研究室の皆様，及び卒業生の方々には，折にふれ貴重なご助言・ご協力・励ましのお言葉を
頂いただけでなく，公私にわたり様々なご配慮を頂きました．この場を借りて厚く御礼申し上げます．
最後に，本研究を進めるにあたり支えとなり常に暖かく見守ってくれた，家族・友人に深く感謝
し，この論文の結びとさせていただきます．
2012 年 2 月
337