Ettan DIGEカタログ

タンパク質発現差異解析システム
Ettan DIGE
蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動
71-2432-02
タンパク質発現差異解析システム
Ettan DIGE
Ettan DIGE とは蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動（2D DIGE）を使った
タンパク質発現差異解析システムの製品名称です。
Ettan DIGE の開発の歴史は弊社の成り立ちの歴史そのものです。
Amersham の蛍光色素 CyDye と Pharmacia Biotech の電気泳動システムが、
2 社の合併により融合しタンパク質発現差異の定量的な解析を可能とする、
革新的なテクノロジーの開発をもたらしました。
Ettan DIGE パッケージでは特殊デザインの専用蛍光試薬、Co-Detection 機能を
装備した専用解析ソフトウェア、2D DIGE に対応するようアップグレードされた
蛍光イメージャー、至適化された実験プロトコールがセットとなり
高精度の解析をサポートするツールとして提供しております。
2001 年末の製品化以後、多くの研究者の皆様からご支持をいただき、
今日では一般の解析手法として 2D DIGE テクノロジーが認知されるに至りました。
2D DIGE は現在、バイオマーカータンパク質の探索、病態解析、
タンパク質製剤の品質管理など幅広い用途にご使用いただいており、
Ettan DIGE を用いた関連文献数は 600 報＊を超えております。
更に 2005 年に発売したパーソナルモデル Ettan DIGE Primo の登場で、
より身近な解析ツールとしてお使いいただくことが可能となりました。
皆様の研究を加速させる強力なツールとして、Ettan DIGE をご活用ください。
＊ 2006 年 12 月現在。
Fluorescence 2D Difference Gel Electrophoresis（2D DIGE ）技術の概要
コントロール
サンプル
Cy3標識
標識サンプルを
混合して泳動
処理
サンプル
Cy5標識
ゲル内同時スポット
検出（Co-detection）
内部標準
Cy2標識
スポットの3D表示
● 2
Cy2／Cy3／Cy5
同時検出&標準化
ゲル間のスポットマッチングは
内部標準画像同士だけでOK！
Ettan DIGE の
3 つの利点
❶ サンプル間でのスポットの量変動が一目瞭然
❷ Co-Detection 機能により最大 3 サンプルのスポットを同時検出
❸ 内部標準の使用により多サンプル解析でも高い定量性・再現性を実現
利点
1
サンプル間でのスポットの量変動が一目瞭然
従来の二次元電気泳動で 2 種類のサンプルの発現解析を行う場合、2 枚のゲルで個別に泳動後、それぞれのゲル画
像を比較解析します。泳動の差異・ゲルの歪みなどゲル間で異なるさまざまな実験誤差の影響を受けるため、再現
性の高いスポットの同定・量変動の比較が困難です。
i
一方、Ettan DIGE では 2 種類のサンプルをあらかじめ異なる蛍光色素で標識し、同一ゲル上で泳動するので泳動の
誤差は生じません。また、ガラス板に挟んだままゲルをスキャンすることが可能なので染色などによるゲルの歪み
の影響を受けません。同じタンパク質のスポットは同じ位置に現れ、多重検出によりスポットの量変動は一目瞭然
です。
ii
i 一般の二次元電気泳動
ゲル：1
マウス胎仔由来細胞、
Sample 1： BALB/c 3T3 A31-l-1, DMSO15 分処理
どのスポットが
変化しているか
分かりますか？
ゲル：2
マウス胎仔由来細胞、
Sample 2： BALB/c 3T3 A31-l-1, PMA15 分処理
DIGE なら
ii Ettan DIGE
一目瞭然！
1 枚のゲル
画像 1
DMSO15 分処理、Cy3 標識
画像２
PMA15 分処理、Cy5 標識
赤： PMA 処理で増加したスポット
緑： PMA 処理で減少したスポット
黄： ほとんど変化を示さないスポット
スポットの色の変化を数値化・比較解析し
高精度な発現解析を行います。
3 ●
利点
2
Co-Detection 機能により最大 3 サンプルのスポットを同時検出
一般の二次元電気泳動解析ソフトウェアではスポットマッチングが必要ですが、Ettan DIGE システムのソフトウェ
アなら Co-Detection 機能により最大 3 サンプルのゲルイメージからスポットを同時検出するため、同一ゲルのイ
メージ間のマッチングが必要ありません。このため比較対象が見つからないスポットが生じたり、異なるスポット
を同一スポットとして誤認識するリスクが低減します。
i 一般の二次元電気泳動ソフトウェアによるスポット検出
問 題 点 ・スポットの誤認識
・特定のサンプルのみで発現しているタンパク質については比較解析できない
・アベレージゲルを作成し比較解析する場合、
アベレージゲル作成時の誤差が解析結果の誤差として影響する
スポット認識（枠線；赤）が
サンプル間で異なる
LCA 精製サンプル
ConA 精製サンプル
ii Co-Detection 可能な Ettan DIGE 解析ソフトウェアによるスポット検出
スポット認識（枠線）が
サンプル間で同じ
LCA 精製サンプル
ConA 精製サンプル
Ettan DIGE の優れた定量性【スポットボリューム誤差の比較】
Percentage within
“全タンパク質スポットの 95% にあたるスポットの
ボリュームが 1.3 倍以内の誤差に収まります”
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
実験①
95％以上
実験②
まったスポットの割合は、①では 95%、③
では 37% でした。Ettan DIGE システムに
よる解析結果は、圧倒的に定量性が優れ
ていることがわかります。
A. 2D DIGE 法と一般の二次元電気泳動法
（銀染色）の比較 = ①と③の比較
全スポット中、定量誤差が 1.3 倍以内に収
B. 専用解析ソフトウェアと市販ソフトウェアの
比較 = ①と②の比較
実験③
37％
実験①
実験②
実験③
標識 / 染色 Cy3/Cy5
銀染色
Cy3/Cy5
）（2D DIGE）
2D DIGE
①2D（
DIGE
／DeCyder
②2D DIGE
／市販ソフト
ウェア ト 市販ソフト
ソフトウェア
市販ソフ
DeCyder
③銀染色／市販ソフトウェア
ウェア
ウェア
1
1.2
1.3 1.4
1.6
1.8
同一スポットのボリューム比（X-fold）
● 4
解析法によって定量性がどのぐらい異なる
かを検証するため、同一サンプルの泳動・
解析を 3 通りの方法で行いました（下表参
照）
。
2
ゲル枚数
解析時間
1枚
10 ∼ 60 分
1枚
1日
2枚
2日
②の解析で定量誤差が 1.3 倍以内に収まっ
たスポットの割合は、①の場合よりも低いこ
とがわかりました。同じ 2D DIGE 法であっ
ても使用する解析ソフトウェアによって異な
る結果が得られること、また専用解析ソフ
トウェアが 2D DIGE の定量性を十分に発
揮できる仕様になっていることが示されま
した。
利点
3
内部標準の使用により多サンプル解析でも高い定量性・再現性を実現
内部標準を使用することで多数枚ゲルの解析においても実験誤差を補正し、ゲル間のマッチングを正確に行うこと
が可能となり高い定量性を実現します。下図は 4 種のタンパク質をそれぞれ 8 通りの添加量に調製して大腸菌サン
プルに加え、複数枚のゲルで泳動・解析した添加回収試験（スパイクテスト）の結果です（n=3）。内部標準を使用
し 2D DIGE 解析を行った場合、タンパク質の添加量曲線に近似した結果を得ることができました（カラム 2）。また、
一般の二次元電気泳動に比べ半分のゲル枚数（12 枚）で実験を完了しました。
カラム 1
タンパク質
カラム 2
カラム 3
2D DIGE によるタンパク質
発現プロファイル
（添加量曲線）
一般の二次元電気泳動法に
よるタンパク質プロファイル
プロファイル
（内部標準使用）
Box, spot no.250-BSA
①
Box2, spot no.167-Conalbumin
②
Box3, spot no.687-GAPDH
③
Box4, spot no.721-Trypsoninhibitor
ライゼートに 4 種 類 の タンパ ク質 を 添 加し、
pH3-10 NL Immobiline DryStrip と SDS-PAGE
ゲルを用いて解析しました。ゲルイメージ上の
ボックスは 1-way ANOVA p＜0.05 であり、全ゲ
ルイメージの 75% で確認されたスポットを示して
います。
④
カラム 1 は添加量曲線を示します。内部標準を使用した場合に（カラム 2）、DeCyder 2D Software＊
は添加量毎に予測される発現を正確に検出しました。カラム 3 に示す一般の二次元電気泳動法では、
全ての発現プロファイルを正確に検出できませんでした。
＊ 2D DIGE 専用画像解析ソフトウェアです。詳細は 12 ページ参照。
Ettan DIGE 実験モデル
Ettan DIGE では、まず、ゲル内で内部標準と解析した
いサンプルのスポットを対応付けます（図中①）
。ゲル
内部標準
間のサンプル比較は、それぞれのゲルに存在する内部
②
サンプ
ル1
標準の相対量比を比較するため
（図中②）、ゲル間のば
②
内部標準
サンプ
らつきを排除したタンパク質の発現量差異の比較が可
能です。内部標準の使用によりゲル間のスポットマッチ
②
ングが容易、正確になります。
ル2
サンプ
ル3
サンプ
ル
4
内部標準 とは ?
比較するサンプルを等量ず
つ混合したものです。左の例
では 4 サンプルの比較を行っ
ているので、これらの 4 サン
プルを等量ずつ混合したもの
が内部標準となります。
①
サンプル1
サンプル2
サンプル3
サンプル4
内部標準
①
5 ●
Ettan DIGE
システム構成
A complete system for
protein difference analysis
システム名
特 徴
パーソナルモデル
汎用モデル
ハイエンドモデル
Ettan DIGE Primo
Ettan DIGE Lite
Ettan DIGE 基本パッケージ
● 目的に特化したリーズナブルシステム
● 共通機器に最適なシステム
● 2D DIGE に特化した解析ソフトを標準装備
● 蛍光ゲルからの正確なマニュアルピッキン
グを支援するプリンターシステムを装備
● 2D DIGE に特化した解析ソフトを標準装備
● 457 nmレーザーを搭載したイメージャーに
より化学蛍光の高感度検出にも対応
● 二次元泳動機器、試薬を標準装備
p.7 ）
（
ImageMaster DIGE Software
DeCyder 2D Software
（
p.12-13 ） ※ EDA モジュール（オプション）を追加搭載可能
（
p.12-13 ）
解析ソフトウェア
Ettan DIGE Imager
Typhoon Trio
Typhoon 9400
イメージャー
（
p.10-11 ）
専用蛍光試薬
（
p.10-11 ）
CyDye DIGE Fluors
（
p.8-9 ）
Typhoon や ImageMaster 2D Platinum をすでにお持ちの場合、
アップグレードシステムで Ettan DIGE が実現
■ Typhoon Trio/9400 + ImageMaster 2D Platinum をお持ちの場合：
ImageMaster DIGE module + アクセサリー
■ Typhoon Trio/9400 をお持ちの場合：
ImageMaster DIGE Software + アクセサリー
3,030,000 円∼
3,580,000 円∼
■ ImageMaster 2D Platinum をお持ちの場合：
ImageMaster DIGE module + Ettan DIGE Imager
9,400,000 円∼
※ アップグレードシステムに解析用 PC セットは含まれません。また、お手持ちの製品のバージョンによってはバージョンアップや PC の買換えが必要となる場合がございます。
※ DeCyder 2D へのアップグレードにつきましてはバイオダイレクトラインまでお問合せください。
● 6
The standard 2D set for
2D DIGE analysis
DIGE
approved
2D DIGE 解析用 標準二次元電気泳動システム
一次元目専用等電点電気泳動装置
Ettan IPGphor 3 Isoelectric Forcusing Unit
● 最大 10,000 V の高電圧出力で迅速な泳動を実現
● 膨潤から泳動までを自動化
● 最大 12 本泳動可能な多検体処理
● 多機能ソフトウェアが付属＊ 1
Ettan IPGphor 3 は固定化 pH 勾配技術によって高分離能と高い再現性を
実現する Immobiline DryStrip に最適の泳動装置です。等電点電気泳動
に必須の優れた温度コントロールと高電圧パワーサプライを内蔵し、高速電
気泳動および高い再現性を実現します。
＊ 1 プログラミング、コントロール、モニタリングが可能な専用ソフトウェアです。別途コンピューター
をご用意ください。
一次元目電気泳動用プレキャストゲル
Immobiline DryStrip
＊2
目的に応じた長さ、pHレンジの Immobiline DryStrip を選択します。
Immobiline DryStrip は乾燥状態で供給され、破損や伸縮の心配がありま
せん。
＊ 2 Immobiline DryStrip は Ettan DIGE システムには含まれません。
大型ゲル縦型電気泳動装置
Ettan DALTsix Electrophoresis Unit
● 24 cm, 18 cm Immobiline DryStrip の二次元目展開に最適
● 最大 6 枚まで同時に泳動
Ettan DALTsix Electrophoresis Unit は大型ゲルを 6 枚同時に泳動できる
装置です。24 cm Immobiline DryStrip の二次元目展開に最適で、高解
像度・高精度を要求されるこれからの二次元電気泳動解析に必須の 1 台
です。
※ Ettan IPGphor 3 および Ettan DALTsix は一部のシステムを除いてオプションです。詳細はバイオダイレクトラインまでお問合せください。
7 ●
Sample Labelling
Ettan DIGE 専用蛍光試薬 CyDye DIGE Fluors
Minimal Labelling Dyes（3 色）と Saturation Labelling Dyes（2 色）の 2 つのタイプがあります。どちらのタイプも色素間での
電荷と分子量を揃えるようデザインされており、標識した色素の違いが電気泳動上の移動度に影響することはありません。
至適化した実験プロトコールとともにご提供します。
Minimal Labelling Dyes
CyDye DIGE Fluors minimal dyes
● Cy2/Cy3/Cy5 の 3 種類の蛍光色素が使用可能
● リジン残基へ標識（NHS-ester タイプ）
● Minimal Labelling 法による標識
● 銀染色と同等の感度
Minimal Labelling DyesはEttan DIGEシステムの標準蛍光標識試薬です。
Minimal Labelling 法ではタンパク質中のリジン残基 1 つだけに、また全タ
ンパク質の 1 ∼ 2% 以下に標識を行います。
Saturation Labelling Dyes
CyDye DIGE Fluors Labelling Kit For Scarece Samples
● Cy3/Cy5 の 2 種類の蛍光色素が使用可能
● システイン残基へ標識（Maleimide タイプ）
● Saturation Labelling 法による標識
● 5 µg の微量サンプルから解析可能（銀染色の約 10 倍の感度）
Saturation Labelling Dyes は Ettan DIGE システムの微量サンプル検出用
試薬です。タンパク質中のシステイン残基で標識可能な状態のもの全てに
標識を行います。
Application
Minimal Labelling Dyes による細胞表面タンパク質の標識
細胞表面タンパク質─シグナル伝達、環境適応、薬剤処理への応答など多くの生命現象に関与していますが、疎水性であることや、発現量
自体少ないこと、高分子量であるという性質上、二次元電気泳動ゲル上ではしばしば検出が困難といわれていました。最新の研究により無
傷の生細胞の細胞表面タンパク質を選択的に標識する簡便で迅速な方法を開発しました。
1
2
細 胞
3
CyDye
細 胞
4
2D DIGE
CyDye
+ CyDye
可溶化
未分画
CyDye
1 シャーレ 1 枚分の細胞を氷冷し、
培地の除去後、氷冷した HBSS（ハンクス溶液）pH 8.5 で細胞を洗浄します。
2 CyDye を反応させ、
細胞表面タンパク質をラベルします。
3 遠心分離により HBSS を十分除いた後、2D DIGE 用可溶化溶液で細胞を可溶化します。必要に応じて可溶化前に膜タンパク質精製を行い、
濃縮します。
4 あとは普通に 2D DIGE をするだけ !
◆ 内容の詳細は、
● 8
Application Booklet（71-2394-11）または
弊社 WEB サイトにて アクセス方法は 15 ページにてご案内
Application
Saturation Labelling Dyes による
マウス海馬の Laser Capture Micro-Dissection (LCM / LMD)
微量サンプル（5 µg）
の検出
Ettan DIGE システムを用いてレーザーマイクロダイセクション（LCM：Laser Capture Microdissection）により得られた組織切片のように
微量なサンプルのタンパク質発現差異解析を行いました。このような多量に入手することが困難なサンプルには 5 µg のサンプルから標識
可能な Saturation Labelling Dyes が最適です。
サンプルとしてマウス海馬［野生型：W および APP（Amyloid Precursor
● W と T との差異を検証するための実験デザイン
Protein）遺伝子のトランスジェニック：T ］を LCM により単離し抽出
Gel 番号
したタンパク質を使用しました。本技法の特徴を最大限に生かすため、
内部標準サンプル（W および T の等量混合サンプル）を各ゲルで電気泳
動しました（右表の実験デザインを参照）。
（ A）
AS LMD
（ライカ マイクロシステムズ株式会社）
Cy3
Cy5
1∼9
内部標準（W + T）
W
10 ∼ 18
内部標準（W + T）
T
（B）
マウス海馬領域の LCM 前（A）
および後（B）
Ettan DIGE システム専用ソフトウエア DeCyder 2D
での解析の結果
p<0.0005 において、APPトランスジェニックマウスにて 61 スポッ
トが 10 % 以上の増加、67 スポットが 10 % 以下の減少を示す
有意差を示しました。これらのスポットを Ettan Spot Picker に
て切り出し、トリプシンによる酵素消化後、Ettan MALDI-ToF
MS にて PMF（Peptide massfingerprinting）解析によりタンパ
ク質の同定を行いました。
4,500 ∼ 5,000 スポット検出
● 質量分析により同定されたスポット
タンパク質 ID
機能
変動
T-test
3356
Metabolism
1.31
2.7 × 10−5
2947
Apoptosis-related
1.37
4.5 × 10−8
3504
Oxidative stress
1.26
2.9 × 10−5
3526
Oxidative stress
1.27
1.9 × 10−5
999
Protein metabolism
−1.15
5.0 × 10−5
3370
Synaptic activity
1.25
3.9 × 10−4
3804
Synaptic activity
1.16
2.5 × 10−4
1476
Cytoskeletal
−1.39
1.6 × 10−5
1492
Cytoskeletal
−1.49
4.5 × 10−7
1347
Synaptic activity
−1.44
2.7 × 10−4
◆
アプリケーションノート
（英文）
のダウンロードは弊社 WEB サイトにて アクセス方法は 15 ページにてご案内
9 ●
View it all from your bench top
画像解析装置 ─ 2D DIGE 解析だけでは終わりません ─
フルオロ
蛍光・ラボイメージャー
Ettan DIGE Imager
● パーソナル＆コンパクトな蛍光イメージャー
● 広い蛍光波長に対応したフィルター設定
● 核酸・タンパク質の蛍光ゲル・メンブレンアプリケーショ
ンへ幅広く対応
Ettan DIGE Imager はライフサイエンス研究におけるさまざまなゲル・メン
ブレンアプリケーションに適した蛍光イメージャーです。リーズナブルでコン
パクトな設計により身近なラボツールとしてお使いいただけます。
バリアブルイメージアナライザー
Typhoon 9400 / Trio
● 可動共焦点レーザー走査方式によるバックグラウンドの少
ない検出システム
● 幅広い波長域での蛍光検出
● 蛍光・ストレージフォスファ（放射性同位体）
・ケミルミネッ
センスの 3 つのモードによる検出
Typhoon は蛍光検出だけでなく、ケミルミネッセンスや RI（ストレージフォス
ファスクリーン）の検出までさまざまな用途にご利用いただける画像解析装
置です。標準 7 枚の光学フィルターや 2 つの PMT による自動 4 色（Typhoon
9400）および 3 色（Typhoon Trio）蛍光スキャンなどの機能も有します。研
究の将来性を考える皆様におすすめの一台です。
※ Ettan DIGE 基本パッケージおよび Ettan DIGE Lite には Typhoon 9400 および Typhoon Trio を
2D DIGE に対応させるためのアップグレードキットが含まれます。
● 画像解析装置 選択ガイド
検出モード
検出サンプル
● 10
Typhoon 9400/ Trio
蛍光（Cy2/3/5, Deep Purple 等）
○
○
放射線同位体（Phosphor screen）
×
○
ケミルミネッセンス
×
○
ゲル
○
○
メンブレン
○
○
MTP
×
○
マイクロアレイスライド
×
○（Trio のみ）
測定方式
CCD ライン方式
可動共焦点レーザー走査方式
メタルハライドランプ
SYAG（532 nm）He-Ne（633 nm）、
Ar（457、488 nm）{9400} または SS（488 nm）{Trio}
画素サイズ（µm）
40、100、200
10（Trio のみ）、25、50、100、200、500、1,000
検出範囲
27 × 20.5 cm（Ettan DALT ゲル
および SE600 ゲル 1 枚）
35 × 43 cm（Ettan DALT ゲル 2 枚、SE 600 ゲル 4 枚）
スキャンスピード
30 min（3 dyes、100 µm）
30 min（3 dyes、100 µm）
光源
主な仕様
Ettan DIGE Imager
Ettan DIGE Imager
Typhoon 9400 / Trio
蛍光ゲル・メンブレンのさまざまなアプリケーションに対応
1 ）2D DIGE 専用試薬 Cy2, Cy3, Cy5 の 3 波長同時
検出機能
Ettan DIGE Imager
Typhoon 9400 / Trio
モデルシステムである安息香酸処理の大腸菌での解析例
コントロール E.coli と 20 mM 安息香酸（pH 8）で処理した E.coli における
タンパク質発現の差異を解析しました。
赤 : Cy3コントロールサンプル
緑 : Cy5 安息香酸処理サンプル
2 ）ECL Plus のケミフローレッセンス検出で機能解析にも対応
Ettan DIGE Imager
Typhoon 9400 / Trio
Arabidopsis thaliana（シロイナズナ）抽出サンプルにおいて、二次元電気泳動のスポットマップイメージ
の中から抗リン酸化チロシン抗体 PY20 により特異的に検出されたタンパク質スポットの同定
リン酸化タンパク質抗体 +
ECL Plus
総タンパク質 Cy5
重ね合わせ
総タンパク質染色と
イムノブロットイメー
ジを同時に検出
3 ）ほかにも多彩なアプリケーションに
Ettan DIGE Imager
Typhoon 9400 / Trio
ECL Plex 蛍光標識による二次抗体検出
エチジウムブロマイド染色による
核酸検出
FAM（緑）、HEX（赤）標識による核酸
検出（ゲルシフトアッセイ）
Typhoon ならアプリケーションが広がります !
ダイレクトケミルミネッセンス
ラット脳懸濁液の tublin をウェスタンブロッティング
検出試薬 ECL Plus Substrate を用いて検出
Typhoon 9400 / Trio
ストレージフォスファスクリーン
33
P 標識マクロアレイ用メンブレンの検出例
11 ●
Image Analysis
画像解析ソフトウェア
2D DIGE 対応画像解析ソフトウェア
ImageMaster DIGE Software
● Co-Detection 機能により高精度なスポット検出・マッチ
ングを実現
● 複数ゲルの一括表示、ヒストグラム、3D ビューなど多彩
なビジュアル機能
● 画像・レポート・コメントなど複数のデータをまとめて
管理可能なオーガナイズ機能
● ImageMaster 2D Platinum からのアップグレードも可能
ImageMaster 2D Platinum に 2D DIGE 解析機能＊を搭載、Single Dye
による複数ゲル間での比較から 2D DIGE 解析までの解析に対応してい
ます。今までの二次元電気泳動でのディファレンシャル解析から大きく
前進する Ettan DIGE 対応ソフトウェアです。
＊ 2D DIGE 解析に必須の Co-detection や内部標準解析機能を搭載しています。
2D DIGE 専用画像解析 スタンダードソフトウェア
DeCyder 2D Software
● 3 サンプル同時スポット検出と自動解析により、手間と
時間を大幅削減
● Co-Detection 機能によりゲル内スポットマッチングが不
要となりエラーを低減
● 統計学的な解析による信頼性の高いデータ
● 内部標準の使用によるゲル間マッチングの精度向上
● 3 群間以上の統計解析に対応
DeCyder 2D Software はゲル内スポット検出から統計解析までを自動
化、解析の手間と時間を大幅に削減します。複数ゲルの同時閲覧や 3D
ビュー表示により解析結果の検証も簡単に行うことができます。画像
解析に快適さや処理数・能力を求める方におすすめのソフトウェアです。
オプション
統計解析の強力ツール
DeCyder Extended Data Analysis (EDA)
module
DeCyder EDA は 2D DIGE においてさらに進んだ統計解析を行うため
の強力なツールです。DeCyder 2D により得られたデータから多変量解
析やクラスタリング解析を簡単操作で行うことができます。疾患のス
テージや腫瘍のタイプ、サンプル間の差異解析にさらに確かな生物学的
関連性を与えることが可能です。
● 12
ImageMaster DIGE
DeCyder 2D
2D DIGE 解析に必須の基本ツール
ImageMaster DIGE
Co-detection
同一ゲルの Cy3 検出スポットと Cy5 検出スポットを同じスポット枠で囲うこと
でゲル内のマッチングは不要 !
DeCyder 2D
❶ Co-detection 機能
Co-detection 機能により、1 枚のゲルで複数サンプル
を泳動する 2D DIGE の特徴を最大限に生かすことが
できます。
❷ 内部標準を利用した実験デザイン
ゲル間のばらつきを標準化、解析精度を向上します。
❸ 2 群間の有意差検定は Student's t-test で
スポット変動の信頼性を評価しながら解析できます。
Cy3
Cy5
DeCyder 2D Software なら
自動解析とデータ拡張性で快適な画像解析を実現 !
DeCyder 2D
● 全自動解析機能パラメータの設定で統計解析
まで自動化
● 解析結果の自動グラフ作成 & 表示機能
● 3 群間以上の統計解析機能
（分散分析 ANOVA）
グラフ表示機能
● Oracle Database を採用したユーザーおよび
データ管理機能
● クラスタリング、PCA、Kmean などの多変量
解析機能へ対応＊
＊別途 EDA モジュールの購入が必要です
階層的クラスター分析
● 画像解析ソフトウェア 選択ガイド
ImageMaster DIGE
DeCyder 2D
Co-detection 機能
○
○
内部標準を利用した実験デザイン
○
○
2 群間の有意差検定は Student's t-test で
○
○
比較スポットの 3D 表示
○
○
全自動解析機能 パラメータの設定で統計解析まで自動解析
×
○
解析結果の自動グラフ作成 & 表示機能
×
○
3 群間以上の統計解析機能（分散分析 ANOVA）
×
○
独立解析（independent）および反復測定解析（paired）
×
○
Oracle Database を採用したユーザーおよびデータ管理機能
×
○
クラスタリング、PCA、Kmean などの多変量解析機能へ対応
×
別途 EDA module が必要
2D DIGE 解析に必須の基本機能
自動解析およびさらに高度なデータ解析機
13 ●
Ettan DIGE Q&A
Ettan DIGE について、よくお問合せいただく質問とその回答をご紹介いたします。
Q1
Ettan DIGE で使用する CyDye DIGE Fluor
システムでのみ可能な内部標準を用いた解析法では、異
はどのようなものですか？
なるゲル間においても定量性・再現性が保たれた結果を
得ることができます。これにより、解析対象が多サンプル
Ettan DIGEシステムの専用蛍光試薬CyDye DIGE Flourに
はMinimal Labelling Dyes（3色）
とSaturation Lebelling
Dyes（2 色）の 2 種類があります。どちらのタイプも色素
に渡っても発現変動を示すスポットを高精度に抽出するこ
とが可能です。また、複数サンプルを 1 枚のゲルに泳動
できるため、少ないゲル枚数で解析が可能なことも Ettan
間の電荷と分子量を揃えるよう特別にデザインされてお
DIGE の特徴の一つです。
り、標識した色素の違いが電気泳動上の移動度に影響
することはありません。検出感度は Minimal Labelling
Dyes では銀染色と同等、Saturation Lebelling Dyes で
は銀染色・Minimal Labelling Dyes の約 10 倍です。
（8 ページ参照）
Q2
Q5
大規模解析など、一度にサンプルを揃え
ることができず「サンプルを等量混合し
た内部標準」が作れない場合は 2D DIGE
解析ができないのですか？
CyDye DIGE Flour による標識によってタ
いいえ、
そんなことはありません。
ンパク質の分子量、等電点は変化しない
のですか？
量混合したもの」ですが、設問のような場合においては通
確かに基本的な内部標準とは「解析する全サンプルを等
常とは異なる内部標準を設定することで解析が可能で
CyDye DIGE Flour のタイプによって影響は異なります。
Minimal Labelling Dyes はアミド架橋反応によりリジン
す。実験内容・デザインに応じていくつか設定方法があり
残基のイプシロン（ε）位のアミノ基に共有結合します。タ
ます。詳細はバイオダイレクトライン ＊までお問合せくだ
ンパク質 1 分子あたり CyDye が 1 つ付加されるような条
さい。
件で標識を行うため、タンパク質の分子量は CyDye 色
素 1 個分（約 450 Da）増加します。よって、電気泳動上で
は未標識タンパク質よりわずかに高分子量側に検出され
ます。また、CyDye 修飾による等電点の変化は生じませ
Q6
2D DIGE 解析によって検出された興味深
いスポットを質量分析計（MS）
で同定する
ん。Saturation Labelling Dyes は還元されたシステイン
ことは可能ですか？
残基（チオール基）
と結合します。全てのシステイン残基が
もちろん同定が可能です。他のタンパク質検出法（例：CBB
CyDye で修飾されるため、タンパク質に含まれるシステイ
染色、銀染色、Deep Purple 染色）を組み合せることで、
ン残基の数に応じて分子量の増加量は異なります。した
Ettan DIGE 解析を行ったゲルから直接スポットを切り出す
がって、電気泳動上のスポット位置は標識によって変化し
こともできます。ただ、Ettan DIGE を使った発現解析にて
ます。また、こちらの CyDye 修飾においても等電点の変
泳動されるサンプルごとのタンパク質量は微量（推奨 5 ∼
化は生じません。（質量分析計での同定については Q6 を
50 µg）であるため、MS 解析によるタンパク質同定に際し
参照）
スポットに含まれるタンパク質量が十分でないことが多々
あります。このため、発現解析時よりも多量（500 µg ∼）
のサンプルを泳動できる「MS 解析用ゲル」を作製・お使
Q3
Ettan DIGE は内部標準サンプルを設定し
いいただくことををおすすめしています。ご使用の標識
ないと解析できないのですか？
試薬ごとに異なるサンプル調製プロトコールをご用意して
必ずしも設定する必要はありません。1 枚のゲルで 2 サ
おりますので、バイオダイレクトライン＊までお問合せくだ
ンプルの比較を繰り返すスクリーニングのような実験系で
さい。
は、内部標準を使わなくとも十分に結果を得ることができ
ます。同一サンプルの泳動を繰り返して発現変動の統計
学的検定を行う場合や、多くのグループを対象とする解析
では、内部標準の使用は大きな利点となります。（Q4 およ
び 5 ページ参照）
Q7
Ettan DIGE を 使 用 し た 論 文 は あ り ま す
か？
既に 600 報以上（2006 年 12 月現在）の論文が報告され
ています。
弊社 WEB サイト www.jp.amershambiosciences.
Q4
2 群間の比較だけではなく、3 群以上の
com/technologies/ettan_dige/bunken.asp
サンプルの比較・解析も可能ですか？
をご覧ください。
Ettan DIGE システムなら可能です（ANOVA 解析の場合は
DeCyder 2D Software を含む Ettan DIGE システムが必
要です）
。通常の二次元電気泳動ではゲル間の泳動誤差
＊ バイオダイレクトライン
による結果のばらつきが問題となり、多サンプルの高精度
TEL : 03-5331-9336 FAX : 03-5331-9370
e-mail : [email protected]
な定量解析は非常に困難とされてきました。Ettan DIGE
● 14
Specifications
仕様
CyDye DIGE Fluors
DeCyder 2D Software
Ettan DIGE システム専用蛍光標識試薬
2D DIGE 専用画像解析ソフトウェア
標識方法：タンパク質のリジン残基に標識（Minimal Dye）／システイン残基
に標識（Saturation Dye）
基本解析
分子サイズと電荷を揃えた専用蛍光色素
DIA（Differential Ingel Analysis）機能ゲル内変動解析
・Cy2、Cy3、Cy5 を同時検出
・自動スポット検出、
バックグランド補正、定量化、標準化
Ettan IPGphor 3 Isoelectric Forcusing Unit
一次元目専用等電点電気泳動装置
最大電圧：
最大電流：
最大電力：
設定可能温度：
サイズ：
重量：
10,000 V DC
1.5 mA
12 W
15 ∼ 35 ℃
250×460×140 mm（W×D×H）
6.8 kg
・ゲル内一次スポットマッチングの自動実施
バッチプロセッサー機能
・最高 50 ゲルイメージペアの自動処理
BVA 生物学的変動解析機能
・ゲル間の自動マッチング
・統計／傾向解析
XML Tool Box による簡易解析データ出力機能
スポットピッキングリスト作成機能
※ストリップ長の短い Immobiline DryStrip やサンプルの条件によっては最大電
圧に達しない場合があります。
Ettan DALTsix Electrophoresis Unit
大型ゲル縦型電気泳動装置
最大電圧：
600 V DC
最大電流：
400 mA
最大電力：
100 W
泳動可能ゲル枚数： 6 枚
バッファー量：
4.5 L（anode buffer）、0.8 L（cathode buffer）
循環ポンプ電圧：
100 V、50 / 60 Hz
バッファー循環ポンプ流量：10 L/min
冷却：
セラミックヒートエクスチェンジャー
セラミックヒートエクスチェンジャー耐圧： 82 kPa（12 psi）
サイズ：
542×160×403 mm（W×D×H）
重量：
12.2 kg
バッファー温度：
< 40 ℃
使用可能環境：
室内（4 ∼ 40 ℃）、湿度 < 90 %
※ Ettan DIGE 基本パッケージ以外のシステムではオプションとなります。
Typhoon 9400 / Trio
バリアブルイメージアナライザー
測定方式：
光源：
可動共焦点レーザー走査方式
SYAG（532 nm）、He-Ne（633 nm）、
Ar（457、488 nm）
{9400} または SS（488 nm）{Trio}
画素サイズ：
10（Trio のみ）、25、50、100、200、500、1,000 µm
検出範囲：
35×43 cm（SE 600 ゲルなら 4 枚、
Ettan DALT ゲルなら 2 枚を同時検出）
ダイナミックレンジ： 5 桁
読み取り階調数：
65,536 階調（16 bit）
電源：
115/230 V
本体サイズ：
118×78×48 cm（W×D×H）
重量：
160 kg
Ettan DIGE Imager
フルオロ
蛍光・ラボイメージャー
測定方式：
光源：
画素サイズ：
検出範囲：
ダイナミックレンジ：
読み取り階調数：
電源：
本体サイズ：
重量：
CCD ライン方式
メタルハライドランプ（励起フィルターで選択）
40、100、200 µm
27×20.5 cm（Ettan DALT ゲル 1 枚）
3.5 桁
65,536 階調（16 bit）
115/230 V
107×77×50 cm（W×D×H）
64 kg
ImageMaster DIGE Software
2D DIGE 対応画像解析ソフトウェア
・Cy2、Cy3、Cy5 を同時検出
・バックグラウンド補正、定量化、標準化
・ゲル内スポットマッチングの自動実施
・Student’
s t-test（2 サンプル間）
・スポットピッキングリスト作成機能
Application Booklet のダウンロード方法
www.gehealthcare.co.jp/lifesciences
▼
実験手法別製品・技術情報
▼
2D DIGE（蛍光標識二次元発現差異解析）
▼
関連印刷物 Application Booklet（PDF: 2.3 MB）
アプリケーションノート
（英文）
のダウンロード方法
www.gehealthcare.co.jp/lifesciences
▼
実験手法別製品・技術情報
▼
2D DIGE（蛍光標識二次元発現差異解析）
▼
アプリケーションノート New Application
Saturation Labelling Dyes を用いた微量組織中のタンパク質発現差異
解析∼アルツハイマーラットの海馬 CA1 領域の解析∼（PDF: 229KB）
15 ●
■ Licensing Information ■
2-D Fluorescence Difference
Gel Electrophoresis (2-D DIGE)
technology is covered by US patent
numbers 6,043,025 and 6,127,134
and equivalent patents and patent
applications in other countries and
exclusively licensed from Carnegie
Mellon University. CyDye: this product
or portions thereof is manufactured
under license from Carnegie Mellon
University under US patent number
5,268,486 and equivalent patents and
patent applications in other countries.
The purchase of CyDye DIGE Fluors
includes a limited license to use the
CyDye Fluors for internal research
and development, but not for any
commercial purposes. A license to
use the CyDye Fluors for commercial
purposes is subject to a separate
license agreement with GE Healthcare.
www.gehealthcare.co.jp/lifesciences
掲載製品は試験研究用以外には使用しないでください。掲載内容は、予告なく変更される場合がありますのであらかじめ
ご了承ください。掲載されている社名や製品名は、各社の商標または登録商標です。
この印刷物は、再生紙を使用し大豆インキにて印刷しています。
取扱店
07.03.60
（SZ）