Comments
Description
Transcript
第31号（2010年11月） - オミックス基盤研究領域
RIKEN Omics Science Center OSC Newsletter No. 31 2４ DECEMBER 2010 前列左より、ペルシバルレ博士、 ダーブ博士、フーグ博士、林崎理 研オミックス基盤研究領域領域 長、サンディン博士、ニコラ博士 - 二列目以降は参加者の博士課程 学生たち。 修了判定試験のプレゼンテーション 講義の合間に談笑する参加者 トピックス カロリンスカ研究所カロリンスカ研究所-理化学研究所 - 国際集中講義 「Functional architecture of the cell nucleus: 細胞核の機能および構造」 理化学研究所 オミックス基盤研究領域とカロリンスカ研究所 (スウェーデ ン) は、2010 年 11 月 24 日(水)～30 日(火)、日本とスウェーデンの博士課 程在籍者を対象にした分子生物学の集中講義を、理研横浜研究所で開催しま した。 ■ コース概要 今回のコースは、理研 OSC のカールステン・ダーブ情報基盤施設長と、カロ リンスカ研究所のマティ・ニコラ博士が、両研究所の長年の共同研究で培っ た協力関係を生かし、両国の学生教育に貢献するため企画しました。最先端 の研究現場で活躍する研究者の講義、グループディスカッション、プレゼン テーションを含む 5 日間のコースで、両国の大学院に在籍する合計 22 名の 学生が参加しました。 国際社会で活躍する一流の研究者には、従来の実験や解析のスキルに加え て、得られたデータを国際的に開示し、世界中の研究者と英語で意見交する 能力が求められます。このため、今回のコースは、全過程が英語で行われま した。また、現在の分子生物学分野で特に必要とされる大規模データ解析能 力を高めるため、データベース検索、大規模データのコンピュータ解析に関 する講義や実技にも重点をおいた構成としました。 今回は、スウェーデン、日本の両国でのみ参加者募集を行いましたが、日本 の大学院に所属する外国人留学生多数参加したため、中国、インド、オース トラリア、ドイツ、バングラディッシュ、エジプトなどインターナショナル な顔ぶれとなりました。ほとんどの参加者にとって、母国語が英語でなかっ たため、良い緊張感があり、丁寧に語り、丁寧に話を聞くというコミュニケ ーションの基本が実践できたようです。 ■ 参加者の感想 カロリンスカ研究所から参加した女性 (スウェーデン人) 「カロリンスカ研究所内のウェブページを見て、とてもいいプログラムだ と思って参加しました。ヨーロッパにもこれだけの内容のコースを用意で きる大学は少ないのが現状です。」 関西の大学院から参加した女性 (日本人) 「所属する研究室から 2 名で参加しました。最先端の研究者から講義を受 けることができたのが最もよかった点でした。その 、 間で り合っ た とディスカッションして、プレゼンテーションを くりあ ていく のも な 験でした。」 中 の大学院から参加した 性 (バングラディッシュ人) 「バングラディッシュの母 の教 から本コースを める ールをいただ き、受講しました。 の は 学なので、今回のコースは の分野も 多く、 になりました。」 部 左のダーブ博士から修了証を受け取 る受講者 方々 新鮮 体 他 短期 つ 男 校 授 僕 専攻 農 勧 メ 知 げ 未知 勉強 ■ 来年も継続します 今回のコースが大変好評であったことから、来年 以降も同 様の集中講義を 継 続的に開催していくこととなりました。来年は、ストックホルムのカロリン スカ研究所にて開催予定です。 文 部 科 学省 セ ルイ ノ ベー ショ ン 公 開セ ミ ナー 「次世代シーケンサーの急速な発展と生命科学への活用」で林崎良英領域長 が講演 2010 年 11 月 3 日、文部科学省主催の平成 22 年度セ ル イ ノ ベ ー シ ョ ン 公 開 セ ミ ナ ー 「 次 世代シーケンサーの 急速 な 発展 と 生 命科 学 へ の 活 用 」 で、 オミックス基盤研究領域 （ OSC） の 林崎 良英領域長が講 演 を行いました。 文部科学省が主導するセルイノベーション （革新的細胞解析研究） プログ ラムでは、ゲノムサイエンスの 観点から生命現象を理解することを 目指し、 理化学研究所 OSC の次世代シーケンス拠点と、国立遺伝学研究所のデータ解 析拠 点を活用した、細胞解析の先導研究を実施しています。今回の セミナー では、次世代 シーケン サーを活用したライフサイエンスの先端研究を理解す るとともに、今後の方向性を討論することを目的に、関連 分野の研究者が講 演を行いました。林崎領域長は「最先端研究によって支えられる次世代シー ケンス拠点」と題して、驚異的な速さで 進化する 次世代シーケンサ ーの原 理 を説明し、その様々な 応用技術 を紹介しました。 ハイスループット能力と多 様性の向上によって、現代の次世代シーケンサーは塩基配列決定のための装 置ではなく、生命情報をデジタルデータとして抽出する分析機器の役目を果 たしています。例えば 、DNA の 塩基配列 解読 （ゲノムシーケンス ） だけで はなく、RNA シーケンス、プロモーターマッピング、転写因子と DNA の結合解析 （ Chip-seq）、DNA の 3 次元領域解析など、次世代シーケンサーを使った 様々な解析が可能となりました。 このように多 様 な解析技 術のためには、多 様 な サンプル 調整 の ノ ウ ハ ウが必 要となり、また、それぞ れの解析に 適 した 次 世 代シーケン サ ーを 選 ぶ 知識 が 必要です。 次 世 代 シーケンサ ー 拠 点の意義は、 様々 な種類 の 次 世 代 シーケン サーを導入し、シーケンシングとバイオインフォマティックスの専門家を集 結することで、スケールメリットを活かした、効率的で質の高いシーケンス 解析を実施するとこ ろにあります。 林崎 領域長は、日本のライ フサ イエンス の基盤を 海 外 任せ にしないためにも、国内における 拠点化が重要であること n を話しました。 林崎良英領域長が 2010 年度持田記念学術賞を受賞 OSC 林崎 良英領域長が、「高 等 生物の全トランスクリプトーム解析による RNA 大陸の発見と医療データ基盤の構築」の業績により、2010 年度持田記念 学術賞を受賞しました。 今回の受賞は、一連の研究の成 果として、高等生物の全トランスクリプトー ムを完全長 cDNAとして解読した結果、「遺伝 子エンサイクロペディア」を構 築し、データベース化した業績に対して授与されたものです。 贈呈式は、2010 年 10 月 22 日に、東京、丸の内にある銀行倶楽部大ホールで 行われました。 賞者コメント 今回の受賞は、年々高まる遺伝 子 関 連 研 究 成 果 の 医療応 用 への期待を強 く反映したものだと感じています。1995 年に理研の完全長 cDNA プロジェク トのリーダーとなって以来、大量の ncRNA を含むデータセットを前にして困 惑したこともありましたが、当時の常識に捕らわれずに、科学者としてデー タを直視し、また全世界の研究者と共有していく信念を貫いたことが、評価 につながりました。この結果、世界中の研究者との連携が産まれ、公開した データを使った研究も広く行われるようになりました。今後も、自らの科学 に対する姿勢および他の共同研究者たちとの連携を大事にし、更なる研究活 動を行ってまいります。 ■受 持田記念医学薬学振興財団の渡辺進 理事長(左)から賞状を授与される林 崎良英領域長(右) スウェーデンのカロリンスカ研究 所のユハ ケレ博士。 サイエンスアゴラの OSC ブースで 3D ムービーを楽しむこどもたち ユハ・ケレ博士へのインタビュー ユハ・ケレ博士へのインタビュー 2010 年 11 月 15 日(月)～19 日(金)、カロリンスカ研究 (スウェーデン)の分 子 遺伝 学分野での教 授 である ユハ ケレ博士が、共同研究の 打ち 合わ せ のた め 、 OSC を 訪 れ ま し た 。 ケ レ 博 士 は 、 GPRA (G-protein-coupled receptor for asthma susceptibility) という、喘息への感受性 (かかりやすさ) を決定する遺 伝子の発見で知られる著名な研究者で、様々な国際共同研究のまとめ役とし ても活躍しています。ケレ博士の日本での 5 日間という 短 い 滞 在 期 間中、 インタビューに応じていただきました。 イ ン タ ビ ュ ー の中 、 ケ レ博 士 は 、 自 ら の研 究 を 振 り 返 り 、 新 た な 遺伝 子 「 GPRA 」 の 発 見から現在のテーマである 遺伝 子の 持つ 多 様 な 働 きと 制御ネ ット ワ ークに つ いて、 説明 していただきました。ケレ博士は、「 GPRA の 発 見は物語の 終 わりではなく、 新 たな 遺伝 子 制御 に関する研究の 始 まりでし た」と語っていますが、現在、この遺伝 子制御の メカニズ ムを解明 するため に、理研 OSC との共同研究を進めています。 (インタビュー完全版は別途 Web にて公開予定です。) サイエンスアゴラ: サイエンスアゴラ: 実はわかりやすい分子生物学 2010 年 11 月 20 日(土)～21 日(日)、東京お台場の国際交流センターにて開催 されたサイエンスアゴラ 2010 で、OSC は「実はわかりやすい分子生物学」を 主題 に、ブースを 出展 しました。ブースの中では、日 常 の生活で 目 にした り、活用されている分子生物学の研究 例 を 紹介 しました。また、 セ ントラル ドグマの立体ムービーを上映しました。 ■来場者コメント セントラルドグマの 3D ムービーが非常に良かったです。勉強にも役立ちます し、エンターテイメントとしても価値は高いのではないでしょうか。 千里ライフサイエンスセミナー 2010 年 10 月 22 日(金)、大阪府豊中市で「千里ライフサイエンスセミナー」が 行われ、鈴木治和 OSC プロジェクトディレクターが座長として参加し、次世代 シーケン サ ーによるトランスクリプトームに関する研究に つ いて講 演 を行い ました。また、ピエロ カルニンチ OSC チームリーダーも講演を行い、次世代シー ケンサーの動向および活用プロセスについて説明しました。 ■参加者コメント シーケンサーがどのような基礎 研究から実際の医療応用へ転用されていくか の流れがよくわかりました。また、イベント、セ ミナーは関東開催に偏りが ちなので、関西在住者にとって近くでの開催が非常にありがたかったです。 12/16 シーケンサー講習会で Ustream Web 配信 2010 年 12 月 16 日(木)、OSC 主催による第 5 回シーケンサー利用技術講習会 が行われました。今回はイルミナ社の Genome Analyzer IIx を対象として、 シーケンスデータ解析用パイプラインの開 発 などデータ解析を行う 上 で必要 な技術について講義しました。また、今回の講義は Ustream によるネット配 信も行いました。 領域内の取り組み リトリート 棟ホ 2010 年 11 月 22 日(月)～23 日(火)、OSC リトリートが交流 ールにて行わ れました。これは、全 が、学会 で研究関するプレゼンテーションを行 うもので、多 的な研究・開 を 開する OSC 内でのコミュニケーションを するための り みです。今回は、長年、 研究領域のアドバイ ーと なってくださっている 大学 ム 学研究 ンター 所長 博士もお えして、研究 の をしていただきました。 増進 實 職員 形式 角 発 展 取 組 当 埼玉医科 ゲノ 医 セ 迎 発表 審査 初代 ザ 村松 理研セミナー 6 演 : 藤和 京都大学 人文科学研究所 准教授) 演題: Ethical and social issues of large scale genomics research 大規模ゲノム関連プロジェクトにおけるバイオサイエンスと社会との関係をどう扱う べきかなどの倫理的および社会的な影響を考察する研究内容を紹介。 2010 年 11 月 18 日(木) 講演者: アグネタ R. ダールフォルス (Agneta Richter Dahlfors) 博士 (Swedish Medical Nanoscience Center 教授兼ディレクター) 演題: Crossing the boarders – Infection biology as inspiration for organic bio-electronics 有機的生物電子工学における感染症の解析に関する研究内容を紹介。 2010 年 11 月 26 日(金) 講演者: クリステル フーグ (Christer Höög) 博士 (カロリンスカ研究所教授) 演題: Studies of mechanisms that contribute to aneuploidy in oocytes 卵母細胞における異数性を制御するメカニズムに関する研究を紹介。 2010 年 11 月 29 日(月) 講演者: ティモシー J. エイトマン (Timothy J. Aitman) 博士 (インペリアルカレッジロンドン、MRC クリニカルサイエンスセンター) 演題: Whole genomes and epigenomes for dissection of complex traits 解剖学的見地から見たゲノムおよびエピゲノムに関する研究内容を紹介。 2010 年 11 月 1 日(火) 講 者 加 人博士 ( リトリートに参加した OSC メンバー 理研セミナーで講演する加藤和人博士 理研セミナーで講演するア グ ネ タ R . ダ ー ル フ ォ ル ス 博士 理研セミナーで講演するクリステル フー グ博士 施設見学 2010/11/5 東京医科歯科大学院生 2010/11/9 裁判官研修協力 2010/11/11 アメリカンスクール （高校生） 2010/11/12 文部科学省 笹木竜三 副大臣 2010/11/15 山形県立米沢興譲館高等学校 2010/11/16 京都大学 加藤准教授 2010/11/17 産業改革新機構 2010/11/22 東京工業大学 2010/11/25 クリステル フーグ博士 (カロリンスカ研究所)、正井久雄博 士 (東京都臨床医学総合研究所) 論文 英文原著 1. Y Tomaru, C Simon, AR Forrest, H Miura, A Kubosaki, Y 理研セミナーで講演するティモシー J. エイトマン博士 2 . 3 . 4 . 5 . Hayashizaki, M Suzuki. Regulatory interdependence of myeloid transcription factors revealed by Matrix RNAi Analysis, Genome Biology, 10, R-121 (2010) U Schaefer, R Kodzius, C Kai, J Kawai, P Carninci, Y Hayashizaki, VB Bajic. High sensitivity TSS prediction: Estimates of locations where TSS cannot occur, PLoS ONE, 5, e13934-e13934 (2010) Y Tanaka, Y Kimura, Y Mitani, Y Kawai, A Lezhava, S Noma, M Tagami, J Kawai, Y Hayashizaki, K Usui. Effect of the turnback primer for intermediate product generation on isothermal DNA amplification, BioTechniques, 49, 888-892 (2010) T Murata, K Takayama, S Katayama, T Urano, K Horie-Inoue, K Ikeda, S Takahashi, Y Ouchi, Y Honma, C Kawazu, A Hasegawa, Y Hayashizaki, S Inoue. miR-148a Is an Androgen-Responsive MicroRNA that Promotes LNCaP Prostate Cell Growth by Repressing Its Target CAND1 Transcription, Prostate Cancer and Pristatic Diseases, 13, 356-361 (2010) M Vitezic, T Lassmann, AR Forrest, M Suzuki, Y Tomaru, J Kawai, P Carninci, H Suzuki, Y Hayashizaki, CO Daub. Building promoter aware transcriptional regulatory networks using siRNA perturbation and deepCAGE, Nucleic Acids Research, 38, 8141-8148 (2010) 掲載 1. H Makino, H Shimada, D Morioka, C Kunisaki, T Morita, R Matsuyama, T Kubota, D Shimizu, Y Ichikawa, K Tanaka, K Matsuo, S Togo, I Endo, Y Nagashima, Y Okazaki, Y Hayashizaki. Analysis of gene expression profiles in fatal hepatic failure after hepatectomy in mice, , Journal of Surgical Research, (2010) 2. H Kawaji, J Severin, M Lizio, E van Nimwegen, R Michael, K Shroder, KM Irvine, H Suzuki, P Carninci, Y Hayashizaki, CO Daub. Update of FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dynamic regulation, Nucleic Acids Research, Epub ahead of Print 3. H Masuya, Y Makita, N Kobayashi, K Nishikata, Y Yoshida, Y Mochizuki, K Doi, T Takatsuki, K Waki, N Tanaka, R Mizoguchi, K Kozaki, T Furuichi, H Kawaji, S Wakana, K Fukami-Kobayashi, O Ohara, Y Hayashizaki, Y Obata, T Toyoda. The RIKEN integrated database of mammals , Nucleic Acids Research, Epub ahead ahead of Print 和文総説 1. Y Hayashizaki. 迅速 SNP 検出技術「Smaet Amp 法」, 検査と技術, 38, 1164-1167 (2010) ウェブ 講演 国際学会 1 . P Carninci. Deciphering mammalian transcriptome complexity by deep-CAGE Seminar Series 2010 at University Medical Center Groningen UMCG(University Medical Center Groningen), UMCG(University Medical Center Groningen), netherland October 28, 2010 . A Forrest, M Kanamori, Y Tomaru, T Lassmann, N Ninomiya, Y Takahashi, M De Hoon, A Kubosaki, A Kaiho, M Suzuki, J Yasuda, J Kawai, Y Hayashizaki, D Hume, H Suzuki. Multiple inducible microRNAs promote monocytic differentiation 16th international conference of the international society of differentiation, Nara, Japan November 15, 2010 3. R Hasegawa, J Shin, Y Hayashizaki, H Suzuki. ID proteins controls fat/muscle switch in human mesenchymal stem cells The 16th International Conference of the International Society of Differentiation 奈良 November 15, 2010 4. Y Tanaka, Y Kawai, J Morlighem, Y Kimura, T Soma, T Hanami, H Kanamori, T Ishidao, Y Mitani, A Lezhava, T Ishikawa, Y Hayashizaki. Development of SmartAmp-based Technology for Detection of SNPs, Mutations and Pathogens BIO Ångström Ångström Laboratoy, Uppsala University, Ångström Laboratoy, Uppsala University, Sweden November 18, 2010 5. P Carninci. Deciphering mammalian transcriptome complexity by deep-CAGE Seminar at University of Geneva Medical School University of Geneva Medical School, Geneva, Switzerland, November 25, 2010 6. P Carninci. Deciphering mammalian transcriptome complexity by deep-CAGE Seminar at Ecole Polytechnique Federale Federale de Lausanne Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), Lausanne, Switzerland, November 26, 2010 7. C Plessy, A Kratz, P Carninci. The landscape of transcription initiation in the rat. XVIIIth International Workshop on Genetic Systems in the Rat Kyoto University Campus, Kyoto, Japan, November 30, 2010 2 国内学会 1. 2. 3. Y Hayashizaki. 機能性 PNA の世界 日本人類遺伝学会 大宮ソニック シティ, 埼玉 October 29, 2010 K Usui. 自己組織化能を有する人工タンパク質(ナノレゴ)の伸長反 応の観察と制御 第 4 回 QCM 研究会 東京 October 29, 2010 A Saxena, H Takahashi. MOLECULES INVOLVED IN LEARNING DISORDERS Science Dialogue Program Seishin Gakuen High School/Junior High School 茨城 October 30, 2010 4. H Suzuki. 創薬・医療技術基盤プログラムの始動に向けて 第 16 回 理事長ファンドワークショップ 横浜、 November 2, 2010 5. Y Hayashizaki. 次世代シーケンサー拠点整備および運営 次 n 世代 シーケンサーの急速な発展と生命科学への活用 TEPIA ホール, 東 京, --Select Country-- November 4, 2010 6. K Tsunekawa, T Aoki, T Morimura, O Araki, T Hagiwara, Y Kawai, Y Mitani, Y Hayashizaki, M Murakami. 日本人における 2 型甲 状 腺ホ ル モ ン 脱 ヨード 酵素遺伝 子多 型 の 糖代謝 に 及ぼ す 影響 第 83 回日本内分泌学会学術総会 , 京都 November 4, 2010 7. K Tsunekawa, T Aoki, M Murakami, T Morimura, T Hagiwara, Y Kawai, Y Mitani, Y Hayashizaki, O Araki. 本 邦 の成人 健診 受 診 者における TSH 受容体遺伝子 R450H 変異の解析 第 53 回日本甲状 腺学会 November 11, 2010 8. Y Hayashizaki. 最先端研究によって支えられる次世代シーケンス拠 点 革新的細胞解析プログラム TEPIA ホ ー ル （青山）, 東京 November 13, 2010 編集: 星敦子、伊藤 恵美、西川 実希