ePal Service - アジレント・テクノロジー株式会社

アジレント　SureSelectXT ターゲットエンリッチメントシステム
SOLiD　インデックス（バーコード）シーケンスに必要なもの　プロトコル Version 1.0.1対応
2011年2月18日
XTシリーズではないSureSelectを用いる場合は必要な試薬が異なります。
別途専用の必要なものリストを参照ください。
この必要なものリストは、gDNAを断片化してアダプタを付けてから、SureSelect試薬を用いて、ターゲット領域をキャプチャ、濃縮する
までの過程で必要な試薬と器具類をまとめたものです。シーケンシングに必要な物は、ライフテクノロジーズ社にお問い合わせください。
※指定：必ず指定されたものをご使用ください。指定品以外を使用された場合は保証の対象外になります。
※推奨：安定した結果を得るために、推奨品の使用をお奨めします。推奨品以外の製品を使用された場合、アプリケーションサポートの対象外になります。
※相当：コメント欄に記載された条件を満たすものなら、何を使用されてもかまいません。
＜必要な試薬類＞
品名
製造メーカー
品番
SureSelectXT MP, AB SOLiDインデックス（バーコード）対応
Agilent
SureSelectXT　Human All Exon 50Mb, AB SOLiDインデックス対応,　5 reactions
Agilent
eArrayでオーダーした
ELIDと納品されたライ
ブラリのELIDが同じで
あることを確認してくだ
さい。
G7544A#002
SureSelectXT　Human All Exon 50Mb, AB SOLiDインデックス対応,　10 reactions
Agilent
G7544B#002
SureSelectXT　Human All Exon 50Mb, AB SOLiDインデックス対応,　25 reactions
Agilent
SureSelectXT　Human All Exon 50Mb, AB SOLiDインデックス対応,　50 reactions
Agilent
指定/
必要量/１
推奨/ 反応あたり
相当品
内容量
備考
5反応分、バーコード対応
-
1
-
1
5反応分
－
1
10反応分 10反応分、バーコード対応
G7544C#002
－
1
25反応分 25反応分、バーコード対応
G7544D#002
－
1
50反応分 50反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human All Exon 50Mb, AB SOLiDインデックス対応,　100 reactions Agilent
G7544E#002
－
1
100反応分 100反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human All Exon V2, AB SOLiDインデックス対応,　5 reactions
Agilent
G7542A#002
-
1
5反応分
SureSelectXT　Human All Exon V2, AB SOLiDインデックス対応,　10 reactions
Agilent
G7542B#002
－
1
10反応分 10反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human All Exon V2, AB SOLiDインデックス対応,　25 reactions
Agilent
G7542C#002
－
1
25反応分 25反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human All Exon V2, AB SOLiDインデックス対応,　50 reactions
Agilent
G7542D#002
－
1
50反応分 50反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human All Exon V2, AB SOLiDインデックス対応,　100 reactions
Agilent
G7542E#002
－
1
100反応分 100反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human Kinome, AB SOLiDインデックス対応,　5 reactions
Agilent
G7562A#002
-
1
5反応分
SureSelectXT　Human Kinome, AB SOLiDインデックス対応,　10 reactions
Agilent
G7562B#002
－
1
10反応分 10反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human Kinome, AB SOLiDインデックス対応,　25 reactions
Agilent
G7562C#002
－
1
25反応分 25反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human Kinome, AB SOLiDインデックス対応,　50 reactions
Agilent
G7562D#002
－
1
50反応分 50反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Human Kinome, AB SOLiDインデックス対応,　100 reactions
Agilent
G7562E#002
－
1
100反応分 100反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Mouse All Exon, AB SOLiDインデックス対応,　5 reactions
Agilent
G7550A#002
-
1
5反応分
SureSelectXT　Mouse All Exon, AB SOLiDインデックス対応,　10 reactions
Agilent
G7550B#002
－
1
10反応分 10反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Mouse All Exon, AB SOLiDインデックス対応,　25 reactions
Agilent
G7550C#002
－
1
25反応分 25反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Mouse All Exon, AB SOLiDインデックス対応,　50 reactions
Agilent
G7550D#002
－
1
50反応分 50反応分、バーコード対応
SureSelectXT　Mouse All Exon, AB SOLiDインデックス対応,　100 reactions
Agilent
G7550E#002
－
1
100反応分 100反応分、バーコード対応
Herculase II Fusion DNA Polymerase
Agilent
600677
指定
6 uL/反応
200 uL
dNTP溶液付きのタイプが必要です。大
容量タイプ(600679,400 uL）もあります。
Agilent DNA 1000 kit
Agilent
5067-1504
指定
2 ラン
25ラン分
1ランで最大12サンプルまで流すことが
できます。
Agilent High Sensitivity DNA kit
Agilent
5067-4626
指定
1ラン
10ラン分
１ランで最大11サンプルまで流すことが
できます。エキスパートソフトウェアVer
B02.07　以降が必要です
Agilent QPCR NGSライブラリ定量キット（AB SOLiD）
Agilent
G488１A
推奨
１ラン
5ラン分
1ランで最大21サンプルまで定量するこ
とができます。
Dynabeads MyOne Streptavidin T1
Invitrogen (ベリタ
ス）
65601
指定
50 uL/反応
2 mL
AMPure XP Kit (SPRI beads)
Beckman Coulter
A63880　または
A63881　または
A63882
指定
E-Gel Size Select 2% Agarose Gel
Invitrogen
G6610-02
指定
1xLow TE Buffer (10mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1mM EDTA)
4389764
相当
約 120 uL
25 mL
Nuclease-free water (not DEPC-treated)
Applied
Biosystems
Ambion
AM9930
相当
約　700 uL
500 mL
100% Ethanol, molecular biology grade
Sigma Aldrich
E7023
相当
70% Ethanol (for SPRI clean-up)、molecular biology grade
Quant-iT dsDNA BR Assay Kit for Qubit fluorometer (recommended)
1,260 uL/
反応
5反応分、バーコード対応
5反応分、バーコード対応
5反応分、バーコード対応
大容量タイプ(65602　10mL,　65603
100mL)もあります。
A63880 5 mL x1,
A63881 - SureSelect 1反応　合計1,260 uL 使
60 mL x1 用
A63882 450 mLx1
DEPC処理ではないこと
96%以上で、分子生物学用グレード
他の有機溶剤のコンタミネーションがな
いこと
3.0 mL
Invitrogen
Q32850
スタート時のgDNAをできるだけ正
確に定量するために用います。
※　各キットについて、それぞれの大容量タイプはご利用いただけます。
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＜必要な機器、消耗品類＞
品名
製造メーカー
品番
指定/
推奨/
相当品
Covaris S-series Single Tube Sample Preparation System, Model S2
Covaris
(エムエス機器）
Model S2
指定
Model E210, C-2000でも可能、gDNA
を再現性良く断片化するために必要。
ネブライザの使用は推奨しません。
Covaris microTUBE with AFA fiber and snap cap
Covaris
(エムエス機器）
520045
指定
Model S2用
Agilent 2100 Bioanalyzer
Agilent
G2938C
指定
キャプチャ前後のDNAライブラリの定量
とサイズ確認に必要です。Expert
Control Software B.02.07以降の
versionであること
Qubit fluorometer
Invitrogen
Q32857
推奨
スタート時のgDNAをできるだけ正確に
定量するために用います。
サーマルサイクラー
Applied
Biosystems
Verity Thermal Cycler 相当
遠心分離機
Eppendorf
5417C
相当
旋回振盪機
アズワン
ミニウエーブ　WEV-03
相当
磁気ビーズ溶液がチューブを上下して
よく混ざるように、旋回運動をするタイプ
のもの　別売りの専用チューブラック
（WEB-03-12)と組み合わせると便利
必要量
備考
65℃24hのハイブリで、27uLの液が
24uL以下まで蒸発しないこと　（HotTop
使用）
濃縮遠心機
トミー精工
CC-105
相当
45℃以下の低温で、50uLのDNA溶液
（EBバッファ溶液）が１～２時間程度で
濃縮できること。　専用ロータ、冷却ト
ラップTU-500と油回転真空ポンプGLD051が必要です。
Dynal DynaMag-2
Invitrogen
123-21D
相当
1.5 - 2mL 遠心チューブ 16本立ての磁
気ビーズ用磁石スタンド
Mx3000P/Mx3005P 96-well tube plates またはoptical strip ｔubes
Agilent
410088 または
401428
相当
Mx3000P/Mx3005P optical strip caps (flat type)
Agilent
401425
相当
MicroAmp Clear Adhesive Film
Applied
Biosystems
4306311
相当
Tube-strip capping tool
Agilent
410099
相当
DNA LoBind チューブ, 1.5ml PCR clean, 250 pieces
Eppendorf
95295-0030 108.051
相当
約28本
250本
Nuclease Free 0.2mL　PCRチューブ（thin-walled）
Eppendorf
95262-0030 124.332
相当
約8本
1000本
Qubit assay tubes
Invitrogen
Q32856
ピペット
Pipetman
P10,P20,P200,P1000 相当
マルチチャンネルピペット
Rainin
L12-20
相当
アズワン
352097
相当
Kimberly・Clark
220, 330, 440
(S, M, Lサイズ)
相当
日本ミリポア
チビタンII
相当
Strip Tubes
Plate2枚
120本
65℃24hのハイブリで、27uLの液が
Strip Tube
PCR Plate 24uL以下まで蒸発しないこと
4連
25プレート
strip caps 65℃24hのハイブリで、27uLの液が
キャップ4連
24uL以下まで蒸発しないこと-HotTop
120本
対応のこと
PCRの機種によっては、Ｓｔｒｉｐキャップ
のかわりにシールを用いることもできま
すが、より液が蒸発しやすくなる場合が
4枚
100 films あるので、使用には十分な注意とテスト
が必要です。65℃24hのハイブリで、
27uLの液が24uL以下まで蒸発しないこ
と-HotTop対応のこと
PCRチューブのキャップを確実に密閉
するために便利なツールです。
核酸の吸着が少ないLoBindタイプを使
用ください。
QubitでgDNAを正確に定量するために
用います。
SureSelectのハイブリダイゼーションを
多検体に対して同時に行うときに便利
です。
ピペットチップ　滅菌、Nuclease-Free、エアロゾルブロックフィルター付き
滅菌済み　コニカルチューブ、ポリプロピレン製、 15 mL
パウダーフリー手袋
SAFE SKIN グローブ　PRE (S, M, L サイズ)
アイスバケツ
タイマー
ボルテックスミキサー
卓上遠心器
AM Pure XPビーズによる精製ステップ
で使用します。
ヒートブロック（37℃）、1.5mLのチューブが入るタイプ
ウォータバス（WashBuffer2のPreWarm　65℃）
相当
オプション品となります。必要に応じてご利用ください
Mx3005P リアルタイム定量PCRシステム
Agilent
401449
相当
キャプチャされたDNAライブラリを正確
に定量するために用います。
＜問い合わせ先＞アジレント・テクノロジー株式会社
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