遺伝子発現とタンパク質間相互作用の統合解析サービス(PDF 640KB)

PPI解析
遺伝子発現と
遺伝子発現とタンパク質間相互作用
タンパク質間相互作用 (PPI)
の統合解析サービス
統合解析サービス
多くのタンパク質は他のタンパク質や生体高分子と相互作用することでその機能を果たすため (構造タンパク質、代謝に関わる
酵素群、シグナル伝達に関わるタンパク質、転写因子等)、タンパク質の機能を解明する上でタンパク質間相互作用 (ProteinProtein Interaction:PPI) 情報は必要不可欠な情報です。近年、大規模実験により、非常に多くのPPIが得られるようになってき
ました。本解析は、PPIと遺伝子発現情報を組み合わせた新しいタイプの統合解析です。
高発現
低発現
遺伝子発現情報に
遺伝子発現情報
タンパク
情報
遺伝子発現情報に
にタンパク質間相互作用
タンパク質間相互作用
質間相互作用 (PPI)
(PPI) 情報を
情報を
を加
加える
える
遺伝子発現情報に
タンパク質間相互作用
情報を
ことで、
、
データの
の
信頼性、
、
機能解釈等、
、
解析の
の
幅
が
広
がります。
ことで
データ
信頼性
機能解釈等
解析
がります
ことで、
ことで、データの
データの信頼性、
信頼性、機能解釈等、
機能解釈等、解析の
解析の幅が広がります。
がります。。
Node Color
■ 解析内容
・ PPIへの
PPIへの遺伝子発現情報
への遺伝子発現情報の
遺伝子発現情報の統合
公共データベースから得られたPPIネットワーク情報にマイクロアレイで得
られた遺伝子発現情報を割り当て、可視化を行います。加えて、各種アノ
テーション情報との連結を行います。
・ 「機能モジュール
機能モジュール」
モジュール」の推定
初めに実験条件によって有意に発現変動する遺伝子 (タンパク質) 群の
P-valueを算出します。このP-valueをPPIネットワークに割り当て、分析す
ることにより、有意なP-valueを持ちなおかつネットワークが密になった部
分の抽出を行います。こうして得られた遺伝子 (タンパク質) 集団は、互い
に共調節を行っているモジュールと考えられ、特定の実験条件によって発
現変動の影響を受けていると考えられます。 この生物学的に有用な「機
能モジュール」の推定を行います。
▲ PPIへの
PPIへの遺伝子発現情報
への遺伝子発現情報の
遺伝子発現情報の統合
Cytoscape (フリー) をダウンロードして、自
由に閲覧可能です。
Functional module A
機能モジュールの推定は、通常ネットワーク全体の遺伝子 (タンパク質)
からZ-scoreの指標を元に計算を行いますが、お客様の注目するターゲッ
ト遺伝子を出発点に機能モジュールの推定を行うことも可能です。
ターゲット遺伝子の有無、推定するモジュールの個数等についてはご相
談後、決定させて頂きます。
Functional module B
▲ 「機能モジュール
機能モジュール」
モジュール」の推定
・ Cytoscapeによる
Cytoscapeによる解析結果
による解析結果の
解析結果の閲覧
解析には、オープンソースであるCytoscape を使用します。納品物には
Cytoscapeのデータファイルが含まれますので、お客様がCytoscapeをダウ
ンロードして自由に解析結果を閲覧することが可能です。
お客様側で、Cytoscapeのダウンロード、インストール、各種設定が必要で
す。Cytoscapeは非常に多機能な解析ソフトウェアではありますが、弊社で
のサポートは解析結果の表示までとなりますので、ご了承ください。
■ 対応生物種
・ヒト 24334 PPIs ・酵母 47021 PPIs ・マウス 3228 PPIs ・線虫 5575 PPIs
・シロイヌナズナ 4150 PPIs ・ショウジョウバエ 26206 PPIs など
EBI IntActのPPIデータを使用 (2009年6月付のPPIデータ数)
詳細な生物種についてはお問い合わせください。使用可能なプローブに
より、すべてのPPIデータを使用できないことがあります。
PPIデータが不足している生物種については良好な解析結果が得られな
い場合があります。
p-value corrected p-value
6.64E-07
0.013778019
6.80E-07
0.013778019
1.94E-06
0.03338067
1.94E-06
0.03338067
5.54E-06
0.07146354
Molecular Function
GO ACCESSIONGO Term
GO:0005515
protein binding
GO:0045308
protein binding
GO:0005488
binding
p-value corrected p-value
9.44E-18
2.43E-12
9.44E-18
2.43E-12
3.49E-08
0.002247987
Cellular Component
GO ACCESSIONGO Term
p-value corrected p-value
GO:0005634
nucleus
8.86E-08
0.004567618
GO:0044424
intracellular part
1.65E-07
0.00620867
GO:0005829
cytosol
3.34E-07
0.010759953
GO:0043229
intracellular organelle
6.88E-07
0.013778019
GO:0043226
organelle
6.95E-07
0.013778019
GO:0005622
intracellular
2.29E-06
0.03690637
GO:0043231
intracellular membrane-bounded organelle 3.27E-06
0.047445368
GO:0043227
membrane-bounded organelle
3.31E-06
0.047445368
・ GOを
を用いた「
いた「機能モジュール
機能モジュール」
モジュール」の機能解析
GO解析により、機能モジュール中に有意に多く含まれるGO Termの検
出を行います。これにより得られたモジュールの生物学的な機能を予
測することが可能となります。
Biological Process
GO ACCESSIONGO Term
GO:0006915
apoptosis
GO:0012501
programmed cell death
GO:0008219
cell death
GO:0016265
death
GO:0008632
apoptotic program
▲ モジュールの
モジュールの機能解析
推定されたヒトES細胞の機能モジュール
のGO解析結果。 apoptosisに関する機能
を持つと考えられる。
[[納品物]
納品物
納品物]
納品物]]
•Cytoscapeデータファイル
•Cytoscapeデータファイル
•機能モジュールに含まれる遺伝子のリス
•機能モジュールに含まれる遺伝子のリス
ト、アノテーションおよびGO解析結果
ト、アノテーションおよびGO解析結果
•解析報告書
•解析報告書
【お問い合わせ】
DNAチップ研究所 技術サポートセンター
Tel: 045-500-5218
Fax: 045-500-5219
E-mail: [email protected]