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Genome AnalyzerIIx
Specification Sheet: Illumina® Sequencing Genome AnalyzerIIx システム 次世代シーケンサーの世界標準 Genome AnalyzerIIx の特長 • 多様なアプリケーションと高いフレキシビリティ ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム解析 • ゲノム変異の全貌を解析 200 bpから5 kb にわたる短鎖および長鎖インサートのペ アエンドによるゲノム変異の特徴づけ • 圧倒的なリード数とロングリードの組み合わせ ペアエンド法で2 x 150 bp、6.4億以上のリード数を実現 • 高精度を誇るアウトプット 2 x 50bp で90%以上の塩基が>Q30以上のデータを産出 革新的なゲノム解析システム イルミナ Genome AnalyzerIIx は、遺伝子解析と機能的遺伝 学のための実証されたシステムであり、研究の方向性とその実 行方法を大きく変えました。大量並列シーケンステクノロジー は、クローンを用いたクラスター形成やイルミナ独自の可逆 ターミネーターテクノロジーを活用し、大規模シーケンスアプ リケーションの処理速度を飛躍的に向上させて、コストを大幅 に削減しました。 拡張性の高いスループット イルミナのシーケンステクノロジーの高い拡張性により達成さ れる高いデータ密度とアウトプットなら、複雑なプロジェク トも低コストで行えます。クラスター密度の増加、シーケンス 試薬の改良、そしてソフトウェアのバージョンアップにより Genome AnalyzerIIx のシーケンス産出量はこの数年で約100 倍にまで拡張しました。 高収率の高品質データ 実験の成功は、シーケンスシステムによって産出される生デー タの品質によって左右されます。Genome AnalyzerIIx の高品 質なデータは、配列決定した各塩基のクオリティ値を確認で き、必要な実験の回数を減少させるとともに信頼性を向上させ ます。 図1：Genome AnalyzerIIx システム 幅広いアプリケーション Genome AnalyzerIIx は全ゲノムおよびターゲット領域リシー ケンス、トランスクリプトーム解析、Small RNA 探索、メチ ル化プロファイリング、そしてタンパク・核酸相互解析など 全ゲノムを対象とした幅広いアプリケーションを提供してい ます。 簡単、迅速、自動化 Genome AnalyzerIIx システムは、超高速スループットシーケ ンステクノロジーの中でも、最もシンプルで簡潔な実験ワーク フローを提供します。サンプルのライブラリーは調製済み試薬 を使って数時間で調製できます。クラスターはクラスター形成 システムであるcBotを用いてGenome AnalyzerIIx のフローセ ル上で形成されます。フローセルは8レーンあり、このシステ ムを用いることでレーンあたり最大12 サンプルを4時間で処理 することができます。 イルミナのシーケンステクノロジーは独自のシンプルなワーク フローを採用しています。エマルジョンPCR 法は必要なく、 取り扱い時のエラーやコンタミネーションが発生する可能性が 最小限に抑えられています。また、ロボットやクリーンルーム も不要です。Genome AnalyzerIIxシステムは、小さなラボか ら、コアラボ、ゲノム専門の研究施設まで、あらゆる規模のラ ボに対応するように設計されています。スピーディーなワー クフローでGenome AnalyzerIIx の能力を最大限に活用しなが ら、自動化されたシステムを用いることで、プロジェクト全体 の所要時間とコストを削減できます（図1）。 優れた生データ精度と最もシンプルな自動化ワークフローを提供する Genome AnalyzerIIx は、わずか4時間のハンズオンタイムで1週間 以内にDNAからデータ産出までを行うことができます。 Specification Sheet: Illumina® Sequencing 画期的なシーケンス法 Genome AnalyzerIIx は Sequence-by-Synthesis（SBS）法を 採用し、大量並列シーケンスを行っています。可逆的蛍光標識 ターミネーターに基づく最新テクノロジーにより、DNA 鎖に おける1塩基合成検出を可能にしました。可逆ターミネーター を備えた4種類のdNTP が各シーケンス反応サイクルに存在す るため、自然な競合条件となり、取り込みのばらつきが最小限 に抑えられます。1反応サイクルごとに1塩基のみが合成される ため、ホモポリマーでも問題が生じる心配はありません。この 可逆的ターミネーター反応が1塩基合成シーケンスを可能にし ています。 シングルおよびペアエンドのサポート 図2：シンプルで自動化されたワークフロー サンプル調製 6時間 （ハンズオンタイム3時間） • サンプル収集、DNAの断片化 • DNA末端修復 • アダプターライゲーション クラスター形成 4時間 （ハンズオンタイム10分未満） Genome AnalyzerIIx システムは、シングルエンドおよびペア エンドのいずれのシーケンス法もサポートしています。 • フローセルと調製済み試薬をcBotに Genome Analyzer IIx はde novoシーケンスや大規模な構造 多型解析に効率のよい、高解像度を 短鎖および長鎖インサート ペアエンド法を提供している唯一のプラットフォームです。 イルミナのライブラリー調製プロトコルでは、サンプル抽出 から有用なデータの取得に至るまでの時間を最小限にするこ とができます。ゲノム DNA のシングルエンドまたは短鎖イン サートペアエンド法のためのサンプル調製にかかる時間は6時 間で、ハンズオンタイムはこのうちのわずか3時間です。短鎖 インサートペアエンド法で2 × 150塩基以上読み取ることで、 ゲノムへのアライメント抽出の性能が向上し、他のアプリケー ションへの応用性が広がります。 セット • 完全な自動化によるクラスター形成 （リモートモニター可能） シーケンス 14日間で2×150 bp （ハンズオンタイム10分） • フローセルと試薬をGenome AnalyzerIIx にセット • ロングリードにも対応した完全な 少ない必要サンプル量 自動化によるシーケンス合成 Genome AnalyzerIIx システムでは、100 ngから実験をスター トできます。つまり、免疫沈降法やレーザーダイセクション 法、小型モデル生物など、サンプルが少ない場合にも十分に対 応できます。 ペアエンドモジュール （ハンズオンタイム10分） データ解析サポート 実験の始まりからデータの産出まで、一連の流れをサポートす るイルミナの解析ソフトウェアおよびハードウェアを使用すれ ば、生データの収集から生物学的に有意な結果の取得に至るま で、迅速に研究を進め、論文発表することができます。イルミナ のSequencing Control Software（SCS）は装置のコンピュー ター上でリアルタイムの解析プロセスを行います。このプロセ スにはイメージ強度の決定およびクオリティ値をもつベース コー ルが含まれます。読み取られたリードは付属ソフトウェア を用 い てリファレンスシー ケンスにアラインを行 い 、解 析を します。さらに、Consensus Assessment of Sequence and Variation（CASAVA）およびGenomeStudio™ ソフトウェア を併用することで、DNAおよびRNAデータを直感的かつ視覚 的に表示させることができます。 • 試薬自動供給用追加モジュール • Genome AnalyzerIIx にフローセルを 置いたまま、ペアエンドリードをシー ケンス データ解析 • リアルタイムイメージ解析とベースコール • データ自動転送 • ペアエンドアライメント • 多型検出 Product Preview: Illumina® Sequencing Genome AnalyzerIIx パフォーマンス リード長 ラン日数 アウトプット 1 x 35 bp ~2 10 – 12 2 x 50 bp ~5 25 – 30 ~7 37.5 – 45 2 x 75 bp 2 x 100 bp ~9.5 54 – 60 2 x 150 bp ~14 85 – 95 *TruSeq SBS Kit v5 および PhiX ライブラリーを用い、クラスター密 度 508,000 – 630,000 クラスター／mm2 でフィルターをパスしたク ラスターから得られるデータ。 スループット：1日あたり最大6.7 Gb リード数：フィルターをパスしたクラスターが3.2億 （ペアエンドリードの場合は 6.4億） パフォーマンス： Genome AnalyzerIIx はQ30以上の塩基を大量に産出 ・2 x 50 bp の場合、90%以上の塩基が>Q30 ・2 x 100 bp の場合、85%以上の塩基が>Q30 サポート： イルミナではGenome AnalyzerIIx の据付およびサポートを提供 しています。 試薬製品情報 サンプル調製キット 製品名 カタログ番号 Genomic DNA Sample Prep Kit FC-102-1001 Paired End Genomic DNA Sample Prep Kit PE-102-1001 Mate Pair Library Prep Kit PE-112-2002 ChIP-Seq Sample Prep Kit IP-102-1001 mRNA-Seq Sample Prep Kit RS-100-0801 Small RNA Sample Prep Kit FC-102-1009 クラスター形成 製品名 カタログ番号 cBot Single Read Cluster Generation Kit GD-300-1001 cBot Paired End Cluster Generation Kit PE-300-1001 シーケンス 製品名 カタログ番号 TruSeq SBS Kit v5 – GA (36 Cycle) FC-104-5001 Product Preview: Illumina® Sequencing Genome AnalyzerIIx システムの仕様 GENOME ANALYZERIIx CBOT CLUSTER GENERATION SYSTEM PAIRED-END MODULE SY-301-2002 SE-301-1002 CE マーク取得および ETL 認定装置 インストールのセットアップおよび付属品 CE マーク取得および ETL 認定装置 カタログ番号 SY-301-1301 装置の構成 CEマーク取得およびETL認定装置 コンピューターおよびフラットパネル ディスプレイ インストールのセットアップおよび付属品 インストールのセットアップおよび付属品 データ収集および解析ソフトウェア コンピューターの仕様 基本単位：Intel Xeon x 5560 2.8 GHz Quad Core メモリー：4 GB RAM ハードドライブ：4 × 300 GB SCSI オペレーティングシステム：Windows XP モニター：19インチLCDフラットパネル Celeron Mプロセッサ搭載Mini-ITX Board メモリー：1 GB RAM ハードドライブ：80 GB オペレーティングシステム：Windows Embedded モニター：8 インチ タッチスクリーン 注意：コンピューターの仕様は定期的に更新されます。現在の構成については、イルミナにお問い合わせください。 動作環境 温度：22°C ± 3°C 温度：22°C ± 3°C 温度：22°C ± 3°C 湿度：20%∼80%、結露なきこと 湿度：20%∼80%、結露なきこと 湿度：20%∼80%、結露なきこと 標高：2,000 m（6,500 ft）未満 標高：2,000 m（6,500 ft）未満 標高：2,000 m（6,500 ft）未満 空気質：汚染度評価 II 空気質：汚染度評価 II 空気質：汚染度評価 II 換気：最大3,400 Btu/時（1,000 W） レーザー 3レーザーシステム：660、635、532 nm クラス2レーザー：630-650 nm 寸法 幅×奥行×高さ：102 cm × 67 cm × 92 cm 幅×奥行×高さ：38 cm × 62 cm × 40 cm 幅×奥行×高さ：24 cm × 61 cm × 44 cm 重量：187 kg 重量：34 kg 重量：13 kg 梱包箱の重量：232 kg 梱包箱の重量：36 kg 梱包箱の重量：34 kg 100–240V AC 50/60 Hz, 4A,400ワット 100–240V AC 50/60 Hz, 3A Max, 250ワット 所要電力 100–240V AC 50/60 Hz, 15A, 900ワット イルミナでは、3 kVA以上の出力容量のある無停電電源システム（UPS）の使用を推奨しています。 その他 ・イルミナでは、装置設置用ベンチには本装置やコンピューターの荷重に耐えられるロック付きキャスターの付いた可動式テーブルの利用を推奨して います。 ・別途、解析用サーバーが必要です。 追加情報 Genome AnalyzerIIx システム製品およびアプリケーションについての詳しい情報は、弊社ウェブサイトをご覧いただくか、イルミ ナ株式会社までお問い合わせください。最新のスループット仕様についても、イルミナ株式会社にお問い合わせください。 イルミナ株式会社 代理店 〒108-0014 東京都港区芝5-36-7 三田ベルジュビル 22階 Tel Fax (03)4578-2810 (03) 4578-2800 www.illuminakk.co.jp 本製品の使用目的は研究に限定されます。 © 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, Illumina Dx, Solexa, Making Sense Out of Life, Oligator, Sentrix, GoldenGate, GoldenGate Indexing, DASL, BeadArray, Array of Arrays, Infinium, BeadXpress, VeraCode, IntelliHyb, iSelect, CSPro, GenomeStudio, Genetic Energy, HiSeq, HiScan, TruSeq, Eco, MiSeq は Illumina, Inc の 商標または登録商標です。その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様を変更する場合があります。 Pub. No. 770-2009-J038 01APR11