ChemBioFinder Version15 ユーザーズ ガイド

ChemFinder 15.0 ユーザーズ ガイド
ChemFinder 15.0
目次
第 1 章: ChemFinder について
1
BioViz について
1
このガイドについて
1
シリアル番号とテクニカル サポート
2
第 2 章: 操作の開始
ChemFinder ユーザー インターフェイス
4
4
その他の UI （ユーザ－インターフェース）機能
11
ChemFinder を開く
11
ChemFinder でのデータベースの使用
12
第 3 章: チュートリアル
15
サンプル データベース
15
チュートリアル 1: フォームの作成
15
チュートリアル 2: データベースを開く
17
チュートリアル 3: データベースの作成
18
チュートリアル 4: データベースの検索
20
チュートリアル 5: 反応検索
24
チュートリアル 6: BioViz グラフの作成
27
チュートリアル 7: サブフォームの操作
31
第 4 章: フォーム
34
フォームの自動作成
35
フォームの保存
35
手動によるフォームの作成
36
ボックス プロパティの設定
43
フォームの編集
51
第 5 章: データベース
63
データベースの選択
63
データベースを開く
66
目次
i
ChemFinder 15.0
データベースの閲覧
69
データベースの作成
74
ポータル データベースの作成
81
第 6 章: データの操作
83
データの入力
83
データの編集
85
データのソート
90
データベースのリセット
91
データベース スキーマの変更
91
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
93
サポートされているファイル形式
93
データのインポート
93
データのエクスポート
99
第 8 章: 検索式
104
テキスト検索
104
数値検索
105
分子式検索
105
日付検索
107
Find list
107
構造式検索
108
反応検索
114
複合検索
118
SQL 検索
118
検索手順
119
絞り込み検索
126
特殊構造式検索
129
クエリの管理
133
検索例
140
目次
ii
ChemFinder 15.0
第 9 章: 化合物プロファイル
146
化合物プロファイルの作成
147
化合物プロファイルの編集
149
カスタマイズ
153
第 10 章: 化学的物性
154
ChemFinder で計算できる化学的物性
154
Molecular Networks について
155
Chem3D で計算できる化学的物性
163
ChemDraw で計算できる化学的特性
165
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
166
リレーショナル データへのアクセス
166
サブフォームの作成
166
サブフォームの操作
168
サブフォームの検索
169
第 12 章: BioViz
171
グラフの作成
171
グラフの表示
174
クエリのグラフ化
175
表示の変更
177
統計分析
178
カスタマイズ可能なスタイル
183
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
機能
185
クラスタリングの操作
185
クラスタリングの変更
187
CS Clustering ダイアログの機能
189
第 14 章: ChemFinder/Oracle
設定
目次
185
191
191
iii
ChemFinder 15.0
Oracle データベースを開く
192
検索
193
ソート
194
リストの処理
195
Oracle プリファレンスの設定
195
データの更新と追加
196
ロード
196
インデックス化
197
CAL
199
第 15 章: BioSAR
BioSAR ブラウザの起動
201
BioSAR での検索の実行
201
ChemFinder へデータ フォームを転送する
201
ChemFinder のファイル形式
201
サブフォームと自動リンク
202
マルチ ソート
204
クエリ ヒット リスト
204
ドメイン
208
mdb データベースの作成
209
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
212
標準値の設定
212
お気に入りツリー
218
ツールバー
219
周期表
221
ActiveX コントロールの埋め込み
222
スクリプティング
223
連携動作の方法
232
第 17 章: 構造式クエリの機能
目次
201
237
iv
ChemFinder 15.0
一般的な属性
237
検索範囲の変更
246
原子属性
246
結合属性
252
第 18 章: 分子式の入力規則
255
規則
255
例
255
第 19 章: 類似検索の規則
257
構造式全体の類似性
258
部分構造式の類似性
258
第 20 章: CAL コマンド
259
CAL ヘルプ
259
メニュー コマンド
259
ボックス作成コマンド
262
ボックス操作コマンド
270
プログラム実行コマンド
275
汎用コマンド
279
ファイル コマンド
294
変数コマンド
297
環境変数
304
スクリプト専用コマンド
306
第 21 章: ChemScript
312
ChemScript の利点
312
ChemScript のしくみ
313
操作の開始
313
スクリプトの編集
315
ChemScript API の紹介
315
チュートリアル
317
目次
v
ChemFinder 15.0
参考資料
第 22 章: CS Oracle Cartridge
317
318
高速キャッシュ スキーム
319
CF_SETTINGS テーブルを経由した構成
319
検索
320
監修：富士通株式会社テクニカルコンピューティング・ソリューション事業本部
科学システムソリューション統括部有田・正博、久保木俊彦、原田明彦、石田伸子、
鶴岡麻美子、丸山絵里、間杉奈々子
本マニュアルの査読に関しては、富士通株式会社テクニカルコンピューティング・
ソリューション事業本部の協力を得ております。
富士通は、日本においてパーキンエルマーインフォマティクス社の製品の販売、
サポートを行っております。
目次
vi
ChemFinder 15.0
ChemFinder について
ChemFinder は、化学情報を扱う方々のためのデータベース管理システムです。このシステムは、化学構造式、物
理特性、メモ、データ テーブル、およびグラフを保存する場所を提供します。ChemFinder を使用すると、データ
をすばやく検索したり整理したりすることができます。
BioViz について
BioViz は、ChemFinder データベースの数値データをグラフ化することのできる、ChemFinder 用の視覚化アド
インです。BioViz により、別のアプリケーションにデータをエクスポートしなくても、データの傾向や相関関係
を見つけることができます。グラフの数に制限はなく、グラフごとに異なる方法を使って現在のフォームにある
データを視覚化できます。
ChemFinder および BioViz には、次のアプリケーションが統合されています。
ChemDraw. 2 次元の構造式と反応を描画する。
Chem3D.3 次元の構造式を表示する。
ChemDraw/Excel.データを MS Excel に転送する。
このガイドについて
このユーザーズ ガイドでは、各トピックが作業別に構成されており、短期間で効率的に ChemFinder アプリケー
ションの機能と操作方法を習得できるようになっています。このアプリケーションを初めて使用する方は、「操作
の開始」の章をよく読んで、製品の概要および機能を理解してください。「チュートリアル」の章では、アプリ
ケーションのほとんどの機能についてわかりやすく解説しています。チュートリアルは、指示されている順序どお
りに実行してください。使用経験のある方は、チュートリアルをとばして、各機能の詳しい説明を示している章に
お進みください。このガイドは、ご使用の Windows オペレーティング システムの基本操作を既に習得している
ユーザーを想定して作成されています。システムに不慣れな方は、お手持ちのシステム マニュアルをご覧くださ
い。また、統合された他の ChemOffice 製品と組み合わせて行わなければならない作業について説明している部分
もあります。アドインの部分では、Microsoft Excel または Word を併用して実行する必要がある作業について
説明します。これらのアプリケーションに不慣れな方は、関連するユーザーズ マニュアルを参照してください。
表記規則
このマニュアルでは次の表記法を使用します。
Caution: データを損失する恐れのある状況を警告します。
メモ: 重要な情報を強調表示します。
Tip: 本文の内容を補足する、役に立つヒントです。
ショートカット キーの手順には、次の例に示すように + 記号が付いています。"コマンドの使用: Ctrl + H
キーは非表示の水素と孤立電子対を切り替えます。"
第 1 章: ChemFinder について
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太字は、"File メニューの Save をクリックします" のように、ユーザー インターフェイスを示すときに使用し
ます。
シリアル番号とテクニカル サポート
シリアル番号は、ChemOffice アプリケーションをコンピュータにインストールしたりアクティベイトするために
必要な一意のキーです。これは、ChemOffice アプリケーションを初めて起動したときに入力した番号です。イン
ストール ガイドがお手元にない場合でも、アプリケーションからシリアル番号を確認できます。Help、About、
ChemFinder の順にクリックします。ダイアログ ボックスにシリアル番号が表示されます。
シリアル番号および登録コードの入手方法の詳細については、オンラインのサービス Web サイトを参照してくだ
さい。
登録ユーザーの方々は、インターネットや弊社テクニカル サポートを通じて技術的なサポートを受けることがで
きます。テクニカル サポートにご連絡いただく際には、ChemOffice アプリケーションのシリアル番号の提示が必要で
す。弊社のテクニカル サポート Web ページには、FAQ (よく寄せられる質問) への回答、およびその他の情報が掲載されて
弊社の ChemFinder のテクニカル サポートにアクセスするには、Online メニューの Browse CambridgeSoft
Technical Support をクリックします。解決方法が Web サイトで得られなかった場合は、テクニカル サポートにご連絡い
ください。
1. ソフトウェアのシステム要件を確認してください。
2. 2 ページの "トラブルシューティング" を読み、そこに記載されている解決手段を実行してください。
3. 上記のいずれの方法でも問題が解決できない場合は、テクニカル サポートにお問い合わせください。
弊社にご連絡いただく前に、問題が再発するかどうか確認してください。問題が再現できる場合は、手順を正確
に記録してください。
表示されたエラー メッセージの内容を正確に記録してください。
最後に、問題の解決を試みた際の手順を記録してください。
さらに、ChemOffice では次の形式で情報を提供しています。
ChemFinder オンライン ヘルプ
PerkinElmer Informatics Web サイト
PerkinElmer Informatics Services
トラブルシューティング
ここでは、CS ChemOffice アプリケーションの総合的なパフォーマンスに影響する操作や、CS ソフトウェア製品
を使用中にコンピュータがクラッシュした場合の手順について説明します。
パフォーマンス
ChemOffice アプリケーションを使用する際は、次のような方法でコンピュータの処理速度を最適化できます。
第 1 章: ChemFinder について
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ChemFinder 15.0
コントロールパネルの [システム] のパフォーマンス設定で、より多くのプロセッサ時間をこのアプリケーショ
ンに割り当てます。
物理 RAM を増設します。物理 RAM の容量が大きいほど、ChemOffice アプリケーションが仮想メモリを使用す
るためにハード ディスクにアクセスする回数が減ります。
仮想メモリ (VM) を増やします。仮想メモリはハード ディスクの空き領域を RAM として割り当てることで、
RAM を拡張します。ただし、アプリケーションとハード ディスクの間のスワップは、物理 RAM のスワップと
比べると遅くなります。
アプリケーションとドライバ
ほとんどの複雑なソフトウェア アプリケーションで起こりうる事態ですが、ChemFinder からの応答がなくなるこ
とがあります。ソフトウェアとドライバの問題を解決するために、以下の手順を試してください。
1. Windows を再起動し、問題が再発するかどうか確認します。問題が再発する場合は、次の手順に進んでくださ
い。
2. ビデオ ドライバ、プリンタ ドライバ、スクリーン セーバー、ウィルス保護ソフトウェアの衝突が起きている
可能性があります。当社へのご連絡が必要な場合は、ご使用のドライバのタイプやバージョンなどを確認してく
ださい。
ビデオ ドライバ関連の問題: ChemOffice アプリケーションの表示に問題がある場合は、コントロール パネル
の [画面] (または [システム]) で VGA ビデオ ドライバに切り替えて、問題が再発するかどうかチェックし
てください。ドライバを変更して改善が見られる場合は、元のドライバを更新する必要があると思われます。ド
ライバのメーカーに連絡して最新のドライバを入手してください。問題が解決しない場合は、元のドライバに関
する詳しい情報と問題の内容を当社までご連絡ください。
プリンタ ドライバ関連の問題: 別のプリンタ ドライバを使って再テストしてください。ドライバを変更して改
善が見られる場合は、元のドライバを更新する必要があると思われます。ドライバのメーカーに連絡して最新の
ドライバを入手してください。問題が解決しない場合は、元のドライバに関する詳しい情報と問題の内容を当社
までご連絡ください。
3. ソフトウェアを再インストールしてみてください。ソフトウェアを再インストールする前に、ソフトウェアをア
ンインストールして、スクリーン セーバーおよびウィルス保護ソフトウェアも含むすべてのバックグラウンド
アプリケーションを無効にします。詳細なアンインストール手順については、テクニカル サポート Web ペー
ジを参照してください。
4. 上記の処置を行っても問題が解決しない場合は、オンライン連絡フォームにトラブルの詳しい内容をご記入のう
え、テクニカル サポートまでご連絡ください。
第 1 章: ChemFinder について
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ChemFinder 15.0
操作の開始
ここでは、ChemFinder の作業環境について説明し、基本的な機能を紹介します。基本的な概念を理解したら、
データベース検索を実行して結果を確認できるようになります。その後で、ChemFinder を使用した独自の検索
フォームの作成、データのグラフ化、他の作業の実行方法について学習します。
ChemFinder で検索式を実行するときの大まかな手順は次のとおりです。
1. フォームを開く (または作成する)。
2. データベースを作成するか開き、フォームにリンクする。
3. フォームに検索パラメータを入力する。
4. 検索を実行する。
5. 検索結果を閲覧する。
これらの手順は ChemFinder のチュートリアルと、本書のリファレンス部分に詳しく解説されています。
ChemFinder ユーザー インターフェイス
ChemFinder のユーザー インターフェイス (UI) は、メニュー、ツールバー、およびフォーム ウィンドウで構成
されます。フォーム ウィンドウの中央部には、フォームの作成、検索式パラメータの入力、クエリ結果の表示を
行う作業領域があります。
ChemFinder のユーザー インターフェイスを次に示します。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
図 2.1: ChemFinder ユーザー インターフェイス: A) メニュー バー、B) Details ウィンドウ、C) メイン
フォーム、D) Filters ウィンドウ、E) Output ウィンドウ、F) データベース全体のサイズ、G) 現在のリスト
サイズ、H) 現在のレコード、I) BioViz ウィンドウ、J) Structure ウィンドウ、K) Explorer ウィンドウ
ChemFinder ユーザー インターフェイスの構成要素の詳細を次に示します。
画面項目
説明
データベース内のレコードに含まれるデータ
メイン フォーム
を 1 つずつ表示します。画面が乱雑になるの
を防ぐには、あまり重要でないデータを追加
のタブに整理します。
フォーム内の表示領域です。フォームに関連
データ ボックス
付けられたデータベースのフィールドにリン
クしており、そのフィールドのデータを表示
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
画面項目
説明
します。関連項目:コントロール ボックス、
画像ボックス、プロファイル ボックス、サブ
フォーム、テキスト ボックス
フレーム
1 つまたは複数のデータ ボックスを囲むラベ
ル付きの枠です。
枠付きデータ
ラベル付きのフレームで囲まれたデータ ボッ
ボックス
クスです。
グラフィックを表示します。画像ボックスに
は、データベース内のどのレコードでも変化
せず、特定のグラフィック ファイルにリンク
画像ボックス
された固定タイプと、特定の画像フィールド
に関連付けられ、レコードごとにグラフィッ
クが変化する可変タイプの 2 種類がありま
す。
プロファイル
ボックス
化合物プロファイルを表示します。
構造式ボックス
現在のレコードの化学構造式を表示します。
テキストを表示します。テキスト ボックスは
テキスト
固定タイプ (テキスト フィールドはテキスト
ボックス
データ ボックスに表示される) で、Box
Properties ダイアログ ボックスで書式を設
定できます。
フォーム、テーブル、データベース、および
メニュー バー
それらの内容を操作するための、すべてのコ
マンドを提供します。
Details
ウィンドウ
Explorer
ウィンドウ
第 2 章: 操作の開始
グラフ ウィンドウ内の選択位置 (マウス位
置) の詳細を表示します。タブ形式で表示す
ることもできます。
3 つのタブからなるウィンドウです。次の
データを表示します。
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ChemFinder 15.0
画面項目
説明
データベース フィールドの階層
フォームに関連付けられている検索式
リスト
よく使用するファイルのお気に入りリスト
BioViz
ウィンドウ
Filter
ウィンドウ
Output
ウィンドウ
Structure
ウィンドウ
ChemFinder データベースのデータをグラフ
として表示します。
BioViz グラフを変更するためのフィルタを
表示します。タブ形式で表示することもでき
ます。
Python スクリプトの出力を表示します。
タブ形式で表示することもできます。
グラフ ウィンドウ内の選択位置 (マウス位
置) の化学構造式を表示します。タブ形式で
表示することもできます。
サブフォーム
他のデータベース内の関連情報、または同じ
データベース内の別のデータ テーブルにある
関連情報を表示します。
メイン ツール
バー
コピー、保存、印刷など、使用頻度の高いコ
マンドを表示します。
Form ツールバー
フォーム作成用の各種ツールを表示します。
Record ツール
バー
Search ツール
Record メニューのコマンドを表示します。
Search メニューのコマンドを表示します。
バー
Text Format
ツールバー
テキスト フィールドおよびメモ フィールド
コントロール
ボックス
ActiveX コントロールを含むデータ ボック
ステータス バー
ChemFinder ウィンドウで開かれている項
第 2 章: 操作の開始
のテキストの書式を設定します。
スです。
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ChemFinder 15.0
画面項目
説明
目、最近の作業、およびユーザー インター
フェイス要素に関する情報を表示します。
新規レコード指標
まだデータベースに確定されていない新しい
レコードを追加したとき ADD と表示します。
読み取り専用指標
データベースが読み取り専用のとき READ と
表示します。
検索式指標
検索式の入力時に QRY と表示します。
現在のレコード
表示中のレコードの現在のヒット リスト内に
おける位置を示します。
現在のリスト
サイズ
閲覧対象のレコードの数を表示します。検索
を実行した場合には、このレコード数がデー
タベース全体のサイズより小さくなる場合が
あります。
データベース全体
現在のテーブルに含まれるレコードの総数を
のサイズ
表示します。
ツールバー
ChemFinder ツールバーは、フォームを作成、管理したり、データベース レコードを表示するために役立ちます。
ツールバーは、通常ユーザー インターフェイスの上端または左端に固定されていますが、端から切り離して画面
上の自由な位置に移動することもできます。ChemFinder ウィンドウに表示されるツールバーは、View メニュー
の Toolbars サブメニューで表示することができます。Toolbars サブメニューでツールバーをカスタマイズする
こともできます。このマニュアルでは、ツールバーのカスタマイズについては説明しません。ツールバーをカスタ
マイズする手順については、オペレーティング システムのヘルプを参照してください。
メイン ツールバー
"メイン ツールバー" は、フォームを開く/閉じる、オブジェクトのコピー/貼り付け、フォームの変更などの基本
的な機能を実行するために使います。
Layout Mode ― レイアウト (編集) モードと表示モードを切り替える。Layout Mode をクリックすると、
フォームに Form ツールバーと整列用のグリッドが表示されます。
Switch to Table ― フォーム ビューとテーブル ビューを切り替えます。
Database Wizard ― Database Wizard を起動してデータベースをフォームに接続します。
Form ツールバー
Form ツールバーは、既存のフォームにオブジェクトを追加するために使います。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
図 2.2: Form ツールバー: 1) 選択ツール、2) データ ボックス、3) フレーム、4) 枠付きボックス、5)
チェック ボックス、6) テキスト ボックス、7) 画像、8) ボタン、9) サブフォーム、10) プロファイル ボック
ス、11) コントロール ボックス、12) グリッド
メモ: Form ツールバーは、既定値で ChemFinder ウィンドウの左端に固定されていますが、ウィンドウ内の
その他の場所に固定したり、そこから切り離して使用することもできます。
各ツールの詳細については、34 ページの "フォーム"を参照してください。
Search ツールバー
Search ツールバーには、データベースへの検索式送信と、検索式が実行された結果としてのヒット リストの操作
を行うためのツールが表示されます。
図 2.3: Search ツールバー: 1) Enter Query、2) Find、3) Retrieve All、4) Find Current Molecule、
5) Previous Query、6) Save List、7) Restore List、8) Restore Previous List、9) Find List
Record ツールバー
Record ツールバーには、データベースやヒット リストを表示するためのツールおよび、レコードの追加、削除、
変更を行うためのツールが表示されます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
図 2.4: Record ツールバー: 1) First Record、2) Previous Record、3) Go to Record、4) Next Record、
5) Last Record、6) Add a Record、7) Undo Changes、8) Commit Changes、9) Delete Record、10) Omit
Record
Text format ツールバー
Text Format ツールバーには、データ フィールドやテキスト フィールドの情報を入力または編集するために使
用する、標準のテキスト書式設定ツールが表示されます。
図 2.5: Text ツールバー: 1) フォント、2) ポイント サイズ、3) 太字、4) 斜体、5) 下線、6) 下付き文字、
7) 上付き文字、8) 色、9) 左揃え、10) 中央揃え、11) 右揃え、12) 箇条書き
ステータス バー
レコード間を移動していくと、ウィンドウの右下にある 3 つのカウンタの表示が変わり、それぞれ現在のレコー
ド、現在のリスト サイズ、データベース全体のサイズが示されます。また、同じウィンドウの左下には、各メ
ニュー項目のヘルプなどの情報が表示されます。
フォームを初めて開いたときは、現在のリスト サイズはデータベース全体のサイズと同じです。データベース全
体のサイズは、レコードを追加または削除したときに変わります。データベース内のエントリのサブセットを探し
出すための検索を行うと、現在のリスト サイズが変わり、検索のヒット件数が表示されます。
これらのカウンタの左側には、データベースの全般的なステータスを示す 3 つの指標があります。
READ: 読み取り専用データベースか読み取り専用のフォーム ファイルを使用していること、またはファイルを
開くダイアログ ボックスで Open as read-only を選択しているかどうかを示します。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
ADD: 新しいレコードを入力するときに表示されます。
QRY: 検索式の入力時に表示されます。
ステータス バーを表示または非表示にするには、View メニューの Status Bar をオン/オフにします。
その他の UI （ユーザ－インターフェース）機能
テキスト ボックスとフレーム ボックスの Style ボタン
Box Properties ダイアログ ボックスでは、フレームやテキスト ラベルのための表示形式設定ボタンが設けられ
ています。このボタンをクリックすると Box Style ダイアログ ボックスが開き、フレームのタイプや印刷可能
かどうかなどの表示属性を設定できます。
構造式ボックスを読み取り専用にするオプション
Box Style ダイアログ ボックスに Box is read-only というチェック ボックスがあります。これはテキスト、
数値データ ボックス、および構造式ボックスに適用されます。構造式ボックスを読み取り専用にすると、検索式
モード以外で構造式を編集できなくなります。
フレーム ラベルの自動更新
枠付きボックスで、そこに表示されるフィールドを変更するとボックスのラベルが更新されます。
サイズ変更可能なダイアログ ボックス
Box Properties、Plot Properties、Data Import and Data Export の各ダイアログ ボックスとスクリプト
エディタのサイズを変更して、テキスト ウィンドウやツリー コントロールなどにより多くの情報を表示できま
す。新しい位置とサイズは、現在の ChemFinder セッション終了時まで有効です。
ChemFinder を開く
既定のモードでは、ChemFinder の起動時に ChemFinder スタートアップ ダイアログが表示されます。このダイ
アログ ボックスにはさまざまなタブがあり、次の作業を実行することができます。
New タブ
Blank Form ― 空白のフォームを開いて独自のフォームを作成します。
Database Connection ― 空白のフォームを開いてデータベースに接続します。フォームは手動または自動で
作成できます。詳細については、17 ページの "データベースをフォームに接続" を参照してください。
Database Wizard ― データベース接続の設定に役立ちます。
Existing タブ
自分の使用しているファイル システム内の既存のフォームを参照します。
Recent タブ
最近使用したファイルの一覧からフォームを開きます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
ChemFinder の起動時に ChemFinder スタートアップ ダイアログを表示するかどうかは、次の操作により選択で
きます。
1. File メニューの Preferences を選択します。
2. Preferences ダイアログ ボックスで General タブをクリックします。
3. Show startup dialog を選択/選択解除します。
ChemFinder スタートアップ ダイアログ ボックスを表示しないように指定した場合は、アプリケーションの起動
時に、既定で空白の新規フォームが表示されます。
非表示に設定されているとき ChemFinder スタートアップ ダイアログ ボックスを開くには、File メニューの
New を選択します。
ChemFinder でのデータベースの使用
ChemFinder には Microsoft Jet データベース エンジンが組み込まれています。ChemFinder は、構造式、分子
式、分子量のデータが入った独自の化学情報テーブルを保持していますが、それ以外のデータについては Jet を
利用してデータベースを作成します。Jet で作成したデータは MS Access データベース ファイル (MDB ファイ
ル) として保存されます。MS Access がインストールされていれば、それを使ってリレーショナル データベース
部分を操作できます。
ChemFinder を使って、化学構造式を、Microsoft Access で開発済みのデータベースに追加できます。
データベース モデル
データベースは、情報の集合です。ChemFinder では、情報が単純なレベルから、より複雑なレベルへと段階的に
構成されます。最も単純なレベルにあるのはデータ項目で、たとえば、下表では 1 つの分子量の値がそれに当た
ります。
図 2.6: データベースのデータ項目
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
次のレベルはフィールドで、これは同じ種類のデータを定義するデータ項目の集まりです。通常、フィールドは一
度用意されると、めったに変更されません。
図 2.7: データベースのデータ フィールド
次のレベルはレコードです。これはデータ項目（各々のフィールドに一つに相当）の集合です。これにより 1 つ
のエントリが定義されます。
図 2.8: データベースのレコード
テーブルは複数のレコードから編成されます。テーブルはフィールドの集合およびレコードの集合として定義さ
れ、後者はエントリの追加とともに増えていきます。
スプレッドシートの用語を以下に示します。
データ項目は各セルのデータに対応します。
フィールドは列に対応します。
レコードは行に対応します。
テーブルはワークシートに対応します。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
データベースとは、1 つ以上のテーブルの保管庫です。テーブルを 1 つしか含まないデータベースをシンプル
データベース (またはフラット データベース) と呼びます。複数のテーブルを含むデータベースをリレーショナ
ルと呼びます。リレーショナル データベースの詳細については、166 ページの "リレーショナル データとサブ
フォーム"を参照してください。
フォームは特定のテーブルのデータを表示しますが、他のテーブルのデータを表示するサブフォームを含むことも
あります。複数のテーブルに共通のフィールドがある場合、フォームに表示したレコードと関連するレコードがサ
ブフォームに表示されます。
フォームとデータベースを理解する
データベースはデータを保存する場所ですが、フォームはデータを表示するだけで保存しません。フォームはデー
タベースに対するウィンドウのように機能し、表示するフィールドやテーブルを選択できます。データベースにア
クセスするフォームを複数作成することもできます。たとえば、構造式のデータ用に 1 つのサンプル フォームを
作成し、もう 1 つのフォームに文献や実験データを含めることができます。複数のフォームを切り替えて使え
ば、各時点で必要なフィールドだけを表示して操作を行うことができます。
フォームにデータは保存されませんが、フォームと共に保存されるものがあります。BioViz グラフ、データベー
ス クエリ (プリファレンスの設定による)、リンクされたグラフィックのファイル パス、その他の設定が各
フォームと共に保存されます。
第 2 章: 操作の開始
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ChemFinder 15.0
チュートリアル
ChemFinder の一般的な操作方法を次に説明します。
1. フォームを開くまたは作成する。
2. データベースを作成するか開き、フォームにリンクする。
3. データを追加または管理する。
4. 検索を実行する。
このチュートリアルでは、ChemFinder の基本的な機能を紹介します。各チュートリアルは、それぞれ前のチュー
トリアルと関連しているので、順序に従って実行することをお勧めします。
サンプル データベース
Samples ディレクトリには、小さなデータベース、フォーム、サンプル スクリプトがいくつか保存されていま
す。既定値では、これらのファイルは次の Samples フォルダに入っています。
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\CambridgeSoft\ChemOffice2015\
ChemFinder\Samples
CS_Demo データベースには、広範な種類の構造式が 285 件入っています。CS_Demo データベースを参照するに
は、CS_Demo.cfx フォームを開きます。このガイドのチュートリアルでは CS_Demo.cfx フォームを使用します。
また、Demo.cfx フォームも便利です。これは、CS_Demo データベースのメイン テーブルのみを表示する簡単な
形式のフォームです。
Caution: サンプル データベース ファイルを開くと、ファイルのバックアップを作成するためのオプションが
提示されます。データベースの試用を始める前に、データベースのバックアップ コピーを作成するようお勧め
します。データベースに保存されたデータや構造式に変更を加えた場合、チュートリアルの例と実際の操作結
果が一致しなくなる可能性があります。
チュートリアル 1: フォームの作成
フォームを使用すると、独自にデザインした表示形式でデータを表示して閲覧できます。
フォームの作成を開始するには、まず File、New のオプションをクリックするかスタートアップ ダイアログで新
しいフォームを作成し、次にメイン ツールバーの Layout Mode ボタンをクリックします。各ツールの詳細につ
いては、ツールバーを参照してください。
データ ボックスの作成
データベースのデータや構造式は、フォーム上のボックスに表示されます。
データ ボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーで、Data Box ツールをクリックします。
2. フォーム ウィンドウで、マウスを斜めにドラッグしてボックスを作成します。
3. 同じ要領で、さらにボックスを 2 つ作成します。これらのボックスは、後で編集します。
ボックスには、フレーム、枠付きボックス、およびテキスト ボックスがあり、それぞれラベルを必要とします。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
枠付きボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
1. Framed Box ツールをクリックし、斜めにドラッグして枠付きボックスを作成します。Data というボックスが
作成されます。
2. Data label を右クリックし、Label を選択します。Box Text ダイアログ ボックスか、Label ダイアログ
ボックスが表示されます。Box Text ダイアログ ボックスまたは Label ダイアログ ボックスに「Frame
Box」と入力し、OK をクリックします。入力したラベルが枠付きボックスの上に表示されます。
既存の複数のボックスを囲むフレームを描画するには、次の操作を行ってください。
1. Frame ツールをクリックします。
2. 左上のデータ ボックスの角のいずれかにカーソルを置いてクリックし、ドラッグして 3 つのデータ ボックス
グループの周囲にフレームを描きます。Enter the Label ダイアログ ボックスが表示されます。
3. Enter the Label ダイアログ ボックスに「Frame」と入力し、OK をクリックします。入力したラベルがボッ
クスの上に表示されます。
フォーム内に画像を配置するには、次の操作を行ってください。
1. Picture ツールをクリックし、フォーム内をドラッグします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
2. グラフィック ファイルを選択し、Open ボタンをクリックします。フォーム内のドラッグ先の位置に画像が表
示されます。
メモ: ChemFinder でサポートされるファイル形式は、EMF、WMF、BMP、GIF、JPG、PNG、TIF です。
データ ボックスの編集
1 つまたは複数のデータ ボックスを編集するには、最初に選択しておく必要があります。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. ボックスの左上をクリックして選択します。選択したデータ ボックスの四隅に黒い正方形が表示されます。
メモ: ボックスの選択を解除するには、Selection ツールでフォーム内の空白部分をクリックします。複数の
ボックスを選択するには、Shift キーを押しながら各ボックスをクリックします。
Tip: 複数のボックスを囲むようにドラッグしても、複数のボックスを選択できます。フォームの全ボックスを
選択するには、Edit メニューの Select All をクリックします。
フレームとボックスは、選択、移動、サイズ変更、削除するときに、1 つのオブジェクトとして取り扱われます。
フレームとボックスを 2 つのオブジェクトに分けるには、次の操作を行ってください。
1. 枠付きボックスのフレームをクリックして選択します。
2. Edit メニューの Bring to Front を選択します。
その他の編集オプションを次に示します。
ボックスのサイズを変更するには、ボックスを選択して枠の辺または角をドラッグします。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
ボックスの位置を変更するには、ボックスの中央部をクリックして新しい位置にドラッグします。
複数のボックスを移動するには、ボックスを選択し、その中央部をクリックして新しい位置にドラッグします。
テキストに使用する Windows コマンドのうち多くは、データ ボックスにも使用できます。
Edit メニューの Cut を選択するか、または DELETE キーを押します。
Edit メニューの Paste を選択します。
Edit メニューの Undo を選択します。
Edit メニューの Redo を選択します。
フォームの保存
フォームを保存するには、次の操作を行ってください。
1. 枠付きボックス ツールを使ってフォームに別のボックスを描画し、Structure のラベルを付けます。
2. File メニューの Save As を選択します。
3. Save As ダイアログ ボックスで、このフォームに tut1.cfx という名前を付け、任意のディレクトリに保存しま
す。
4. File メニューの Close を選択します。
チュートリアル 2: データベースを開く
フォームを作成すれば、そのフォームを使ってデータベースに接続することができます。このチュートリアルで
は、前のチュートリアルで保存したフォームを使用します。データベースに接続すると、フォームにデータが表示
されます。
データベースをフォームに接続
データベースをフォームに接続するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Open をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
2. tut1.cfx を選択し、Open をクリックします。前のチュートリアルで作成したフォームが表示されますが、
フィールドはすべて空白のままです。
3. Layout Mode が選択されていない場合は、メイン ツールバーで選択します。
4. Structure Framed ボックスを右クリックし、Data Source を選択します。Box Properties ダイアログ
ボックスの Database タブが表示されます。
5. Open Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
メモ: Open ボタンおよび Create Database ボタンが使用できるのは、ChemFinder データベースのみです。
他のタイプのデータベースにあるデータにアクセスするには、Attach Table ボタンか Oracle ボタン (使用可
能な場合) を使用します。データ ソースの詳細については、76 ページの "他のアプリケーションのテーブル
を接続"を参照してください。
6. Samples フォルダ (\ChemOffice 2015\samples フォルダ) から CS_demo.mdb を選択し、Open をクリック
します。データベースが開くと、Box Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表示されます。
データベース内のテーブルのリスト、および各テーブルのフィールドが表示されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
メモ: テーブルから選択するフィールドによって、ステップ 4 で選択したボックス内に表示されるデータのタ
イプが決まります。
フィールドをデータ ボックスにリンク
CS_Demo データベースにある構造式を、フォーム内の Structure Framed ボックスに表示するには、次の操作を
行ってください。
1. フォームの Structure Framed ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Properties ダイアログ ボックス内のフィールドのリストから、Structure をポイントし、OK をクリッ
クします。Structure フィールドと Structure Framed ボックスがリンクされます。構造式データ ボックス
には、CS_Demo データベースにある最初のレコードの Structure フィールドの内容が表示されます。
他のデータ ボックスにフィールドをリンクするには、次の操作を行ってください。
1. 別のボックスを右クリックして Properties をクリックし、プロパティ リストから Molname を選択します。
OK をクリックします。データベースの Molname フィールドがこのボックスにリンクされ、最初のレコードの
データが表示されます。
メモ: データベースとテーブルを開くと、データベースのフィールドにショートカット メニューが表示されま
す。
2. 別のボックスを右クリックし、Formula をクリックします。
3. 3 つ目のボックスを右クリックし、MOL_ID をクリックします。
4. File メニューの Save As を選択します。
5. Save As ダイアログ ボックスで、このフォームに tut2.cfx という名前を付け、任意のディレクトリに保存しま
す。
6. File メニューの Close をクリックします。
以上で、チュートリアルは完了です。このチュートリアルでは、ユーザー独自のフォームを作成して CS_Demo
データベースを表示する方法を練習しました。
チュートリアル 3: データベースの作成
このチュートリアルでは、新しいデータベースを作成して自動フォーム生成機能を使用します。
1. 新しいフォームを作成します。
2. フォーム内を右クリックし、Data Source をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスの
Database タブが表示されます。
3. Create Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表示されます。
4. 「mydb」と入力して Save をクリックします。Properties ボックスにデータベースの名前が表示されます。
ChemFinder がデータ テーブル (MolTable) を 1 つ作成します。このテーブルには、Structure、
Formula、MolWeight、MOL_ID という 4 つのフィールドが含まれています。
5. Field タブをクリックします。フィールドの作成と削除に関するオプションが表示されます。次にこのデータ
テーブルに新しいフィールドを 2 つ追加します。
6. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表示されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
7. テキスト ボックスに「MolName」と入力して幅を「254」に変更し、OK をクリックします。
メモ: テキスト フィールドに入力できるのは最大 254 文字までです。テキスト フィールドに 255 字以上入
力できるようにするには、Type ドロップダウン リストから Memo/Rich Text をクリックします。
8. Create Field をもう一度クリックします。テキスト ボックスに「Boiling Point」と入力してタイプを
Double に変更し、OK をクリックします。行った変更内容は、データ テーブル ツリーに反映されます。
メモ: フィールド タイプ Double は、-123.7 や 43.242 などの実数を含むフィールドの定義に使用しま
す。
9. Form タブをクリックします。さまざまなフォーム オプションが表示されます。
10.Generate form チェック ボックスをオンにします。Style をクリックします。Form Generation ダイアログ
ボックスで Structure in upper left of form オプションのチェック ボックスがオンになっていることを
確認します。
11.Form Generation ダイアログ ボックスで OK をクリックし、次に Form Properties ダイアログ ボックスで
OK をクリックします。Mydb というフォームが生成されます。
次に、データ ボックスのフィールド割り当てを確認します。
1. 構造式データ ボックスを右クリックします。Structure の横にチェック マークが表示されていれば、
Structure フィールドが構造式データ ボックスに正しくリンクされています。
2. Boiling Point データ ボックスを右クリックします。Boiling Point の横にチェック マークが表示されて
いるか確認します。
レコードの追加
以上の操作により、新規フィールドが作成され、データ ボックスにリンクされました。次に、データベースに
データを追加します。
このチュートリアルでは、ChemDraw コントロール (既定の構造式モード) の使用方法を説明します。構造式を追
加する前に、構造式モードが適切な設定になっているかどうかを確認してください。
現在の設定を確認するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式データ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Properties ダイアログ ボックスの Box Style セクションで、ChemDraw style を選択します。
ChemDraw スタイルを選択した場合、ChemFinder の既定の設定が ChemDraw コントロールになります。これ
により、ChemFinder の構造式データ ボックスで構造式を編集できるようになります。ChemFinder スタイル
では、編集用のウィンドウで ChemDraw が起動されます。
3. フォーム エディタを終了するには、レイアウト ツールの選択を解除します。
これでデータベースにレコードを追加する準備が整いました。次に示す手順で、ベンゼン、n-ペンタン、およびシ
クロヘキサンのレコードを作成します。
1. 構造式ボックス内をダブルクリックします。ChemDraw ツールバーが表示されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
Tip: ChemDraw スタイルを選択している場合、構造式ボックスを右クリックして、Edit メニューの Edit in
ChemDraw を選択することで、ウィンドウ内で ChemDraw を開くこともできます。
2. ベンゼン ツールを選択し、構造式ボックスでベンゼンを描画します。
3. 構造式の編集を終了するには、構造式データ ボックスの外をクリックします。構造式データ ボックスにベン
ゼンが表示されます。ChemFinder により、分子式が計算され、1 という ID 番号が割り当てられます。
4. MolName ボックスをクリックし、「Benzene」と入力します。
5. Boiling Point ボックスをクリックし、「80.1」と入力します。
6. Record メニューの Commit Changes をクリックし、新規レコードを作成します。
これで、データベースに最初のレコードが入力されました。ステータス バーには、データベースのサイズが表示
されます。
新しいレコードを 2 件追加するには、次の操作を行ってください。
1. Record メニューの Add New Record をクリックします。
2. n-ペンタン (沸点 = 36.1 度) のレコードを追加します。
3. ステップ 1 を繰り返して、シクロヘキサン (沸点 = 80.7 度) のレコードを追加します。
メモ: 2 件目のレコードからは、レコード ツールで別のレコードに移動するたびに変更内容が確定されます。
4. File メニューの Save をクリックします。
メモ: Save をクリックすると、フォームが保存されます。Commit Changes をクリックすると、データがデータベー
スに保存されます。
チュートリアル 4: データベースの検索
多くの場合、小さなデータベースでは、データベースのレコードを 1 つずつ閲覧することで役に立つ情報を見つ
けることができます。しかし、大きなデータベースでは、特定の検索条件を入力して必要な情報を見つけたいと思
うものです。データベースを検索したときに、必要な情報を含むレコードだけが見つかることはほとんどありませ
ん。検索条件に一致するレコードのリストは、ヒット リストと呼ばれます。ヒット リストを閲覧すれば、データ
ベース全体を閲覧する場合よりも、必要な情報をはるかに効率的に探し出すことができます。
このチュートリアルでは、テキスト検索および構造式検索について説明します。反応検索については、24 ページ
の "チュートリアル 5: 反応検索"で説明します。
サンプル データベースを開く
CS_Demo データベースを開くには、次の操作を行ってください。
1. ChemFinder を起動し、Open ダイアログ ボックスの Existing タブをクリックします。ChemFinder を既に
実行している場合は、File メニューの New をクリックしてこのダイアログ ボックスを開くか、Explorer
ウィンドウの Favorites タブで CS_Demo を直接開きます。1
1Explorer ウィンドウは、Pro および Ultra バージョンで使用可能です。Standard バージョンでは使用できませ
ん。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
2. 次の Samples ディレクトリに移動します。
C:\ProgramData\CambridgeSoft\ChemOffice2015\ChemFinder\Samples
3. Samples ディレクトリで CS_demo.cfx を選択し、Open をクリックします。ChemFinder で CS_Demo データ
ベースが開きます。
検索を開始する前に、Explorer ウィンドウが開いていない場合はこれを開きます。
4. View メニューの Explorer Window をクリックします。
5. Queries タブをクリックします。
分子式検索
CS_Demo データベースで 6 個の炭素原子と 1 個または 2 個の窒素原子を持つ化合物を検索するには、次の操作
を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新しい検索式を入力できる状態
になります。
2. Formula ボックスをクリックし、「C6N1-2」と入力します。
3. Search をクリックします。
Explorer ウィンドウの検索式ツリーに、フル リストの "子" として 1 件の検索式が表示されます。検索式は
フォームに保存でき、いつでも確認することができます。詳細については、133 ページの "クエリの管理"を参照
してください。
検索でヒットした項目を閲覧するには、次の 3 つの方法があります。
フォーム ビュー —Record メニュー コマンドまたはツールバーを使用してレコード間を移動します。
データ テーブル ビュー ― テーブルを閲覧してレコードを表示します。
連続フォーム ビュー ― 複数のレコードをそれぞれのフォームに表示します。
各表示方法を切り替えるには、View メニューの Switch Views をクリックするか、Ctrl + W キーを押します。
メモ: レコードを表示すると、ステータス バーのカウンタには現在のレコード位置、現在のリスト サイズ、
データベース全体のサイズが示されます。
複数のレコードをテーブル形式で表示するには、次のいずれかの操作を行ってください。
View、Data Table、In Current Window の順に選択します。
Switch to Table ツールをクリックします。
Ctrl + T キーを押します。
メモ: Switch to Table ツールはトグル形式なので、もう一度選択すると、フォーム ビューに戻ります。
テーブル ビューが表示され、現在のリストに含まれるすべてのレコード (この場合は、先ほどの検索で返された
レコード) がテーブル形式で表示されます。テーブル ビューには、検索結果を確認するためのオプションがいく
つか用意されています。次に例を示します。
テーブル ビューで、特定のフィールドでレコードをソートできます。たとえば、MolWeight フィールドでソー
トするには、MolWeight テーブル ヘッダーをダブルクリックします。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
テーブルの列幅を変更できます。テーブル ヘッダーの区切り線の上にカーソルを置き、目的の位置までドラッ
グします。
すべてのフォームの高さを調整できます。左にある区切りバーをドラッグします。
連続フォームを使ってレコードを閲覧するには、次の操作を行ってください。
View メニューの Continuous Forms をクリックします。連続フォーム形式でレコードが表示されます。既定
値ではフォーム ビューと同じフォームが連続フォーム ビューに表示されます。
データベース内のすべてのレコードを取得するには、次の操作を行ってください。
Explorer ウィンドウで Full List をダブルクリックします。
名前検索
検索機能には、データベース内のテキストを検索するためのオプションがいくつか用意されています。たとえば、
CS_Demo データベースの中から、分子の名前が "benz:" で始まるすべての化合物を検索します。
1. フォーム ビューが表示されていない場合、フォーム ビューに切り替えます。
2. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームが検索モードで表示されます。
3. MolName ボックスをクリックし、「benz*」と入力します。
4. Enter キーを押します。名前が "benz" で始まるすべてのレコードが返されます。
5. View、Data Table、In Current Window の順に選択します。テーブル ビューが表示されます。分子名が正し
いかどうかを確認します。
Tip: チュートリアルでは Search メニューを使用しますが、代わりに Search ツールバーを使用しても構い
ません。ツールバーのアイコンはそれぞれ Search メニューのコマンドに対応しています。検索条件の指定が
済んだ後で Find アイコンをクリックすると、Enter キーを押すのと同じ効果があります。Search ツール
バーの高度な使用法については、104 ページの "検索式"を参照してください。
メモ: この検索では、"benzene" はヒットしますが "bromobenzene" はヒットしません。上記の手順で入力
したクエリは "前方一致検索" のクエリであるため、指定された部分文字列で始まる文字列しかヒットしませ
ん。テキスト検索の指定方法の詳細については、104 ページの "テキスト検索"を参照してください。
数値検索
ChemFinder の数値フィールドでは、範囲検索を実行することができます。たとえば、CS_Demo データベースの中
から、分子量が 90 ～ 100 の範囲内の化合物を検索するには、次の操作を行ってください。
1. フォーム ビューが表示されていない場合、フォーム ビューに切り替えます。
2. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新しい検索式を入力できる状態
になります。
3. Molecular Weight ボックスをクリックし、「90-100」と入力します。
4. Enter キーを押します。この検索で、分子量が 90 ～ 100 の範囲内にあるすべてのレコードが返されます。
5. View、Data Table、In Current Window の順に選択します。テーブル ビューが表示されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
メモ: 分子量クエリは、10 進数値または 10 進数値の範囲で指定します。検索精度は、入力された有効桁数に
応じて決定されます。分子量検索の詳細については、105 ページの "数値検索"を参照してください。
部分構造式検索
部分構造式を検索するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、検索テキストを入力できるよう
になります。
2. 構造式ボックス内をダブルクリックします。構造式ボックスの周りに青いボックスが表示され、ChemDraw コン
トロールが表示されます。
3. ベンゼンを描画します。
部分構造式を検索するためには、次のようにオプションを設定してください。
1. Search メニューの Substructure が選択されていない場合は、選択します。
2. Search メニューの Similarity が選択されている場合は、解除します。
3. Search をクリックするか、Search メニューの Find をクリックします。
ChemFinder による検索が開始されます。検索の進捗が、ウィンドウ下部のステータス バーのカウンタに表示され
ます。
検索が完了すると、ヒット件数がステータス バーの Current List Size ウィンドウに表示され、最初のヒット
がフォームに表示されます。部分構造式検索では、各分子の構造式の中で検索式に一致する部分が赤で強調表示さ
れます。上記の検索では、ベンゼン環を含むすべての構造式が返されます。
メモ: Preferences ダイアログ ボックスの Search タブでも、検索オプションを設定できます。詳細につい
ては、212 ページの "ChemFinder のカスタマイズ"を参照してください。
メモ: 検索の結果何もヒットしなかった場合は、警告が表示され、検索モードに戻って検索式が画面に表示さ
れます。
複合検索
構造式検索とテキスト検索を組み合わせて、検索することもできます。たとえば、ベンゼンの部分構造式が含ま
れ、かつ分子量が 400 を超えるすべての化合物をデータベースから抽出するとします。
複合検索を実行するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされ、新しい検索式を入力できる状態
になります。
2. 構造式ボックス内をダブルクリックします。ChemDraw コントロールが表示されます。
3. ベンゼンを描画します。
4. Molecular Weight ボックスをクリックし、「>400」と入力します。
5. Enter キーを押します。
この検索で、ベンゼン環を含み、分子量が 400 を超えるすべてのレコードが返されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
チュートリアル 5: 反応検索
ChemFinder では、個々の物質に関する情報を効率よく管理できるだけでなく、化学反応を保存したり検索するこ
ともできます。
反応物検索
このチュートリアルでは、ChemFinder に付属している Infochem データベースを使って、部分構造式とテキスト
を検索する方法を学びます。ChemFinder に付属しているこのデータベースには、約 250 件の反応レコードが登
録されています。反応物検索は、ある出発原料から生成可能な物質を調べたいときに便利です。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。フォームがクリアされます。
2. 構造式ボックス内をダブルクリックします。ChemDraw ツールバーが表示されます。
3. 下図の構造式を描画します。
この構造式は、炭素原子が一般的なハロゲン原子 (x) と結合する状態を示します。また、右側の矢印は、この
部分構造式を反応物とする物質を検索することを示します。
4. Search メニューの Substructure を選択します (選択されていない場合)。
5. Search メニューの Similarity を選択解除します (選択されている場合)。
6. Search メニューの Find を選択します。
ChemFinder による検索が開始されます。検索の進捗が、ウィンドウ下部のステータス バーのカウンタに表示さ
れます。
検索が完了すると、ヒット件数がステータス バーの Current List Size ウィンドウに表示され、最初のヒット
がフォームに表示されます。部分構造式検索では、各分子の構造式の中で検索式に一致する部分が赤で強調表示さ
れます。
生成物検索
この演習では、特定の反応生成物に関する情報を検索します。合成において、目的とする生成物はわかっています
が、その生成方法が不明な場合は、一般に反応の生成物を検索する方法がとられます。ここでは、α環を閉じてカ
ルボニルを生成する反応を検索します。
反応生成物を検索するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query を選択します。フォームがクリアされ、新しい検索式を入力できる状態にな
ります。
2. 構造式データ ボックスをダブルクリックします。ChemDraw ツールバーが表示されます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
3. 次のような構造式を描画します。
4. なげなわ選択または矩形選択の Selection ツールに切り替え、二重結合の隣にある単結合を選択します。
5. 右クリックして、コンテキスト メニューから Topology、Ring の順に選択します。
6. 残りの単結合を選択します。
7. 右クリックし、Topology、Ring の順に選択します。もう一度右クリックし、コンテキスト メニューから
Reaction Center、Make/Break の順に選択します。左側の矢印は、この部分構造式を生成物とする物質を検索
することを示します。
8. Enter キーを押します。ヒット リストが表示されます。
反応タイプの検索
原料と生成物についてはある程度分かっていても、その生成方法が分からないということも珍しくありません。
この演習では、カルボニルをアルコールに還元する反応を検索します。次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query を選択します。フォームがクリアされます。
2. 構造式ボックス内をダブルクリックします。
3. 次のような構造式を描画します。
図 3.1: 反応タイプのクエリの構造式
4. Enter キーを押します。
検索結果を閲覧します。反応はいずれも、炭素と酸素の二重結合を炭素と酸素の単結合に変換する反応です。
ヒット リストには、アルデヒド、酸、ケトンの還元が含まれています。
リストからの検索
この例では前例の結果リストを元にもう一度検索を実行し (25 ページの "反応タイプの検索"を参照)、ケトン還
元反応のみを取得します。
結果リストから検索を行うには、次の操作を行ってください。
1. チュートリアルと異なる順序でこの操作を行っている場合には、検索ツリーで前回の検索をダブルクリックし
て、これをアクティブなヒット リストにしてください。
2. Search メニューの Over Current List を選択します。
3. 構造式ボックス内をダブルクリックします。
4. 次のような構造式を描画します。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
a. 選択ツールを使用して二重結合を右クリックし、Reaction Center 結合属性を Change に設定します。
b. テキスト ツールを使って炭素原子を 1 つ選択します。「[NOT O,H]」とすべて大文字で入力し (角かっこ
も含める)、Enter キーを押して置き換えます。
c. テキスト ツールを使ってラベルを選択し、右クリックしてコンテキスト メニューの Repeat Last Label
をクリックします。
d. もう 1 つの炭素原子をダブルクリックし、ラベルを複製します。すると次のような構造式が表示されま
す。
炭素に隣接する原子は酸素および水素以外であるという限定を加えることによって、ケトンの検索に対する指
定をします。また、二重結合が切断ではなく、変更されたものを検索するように指定しました。
5. Enter キーを押します。
クエリは、クエリ構造式と前回のヒット リストに基づいて結果を返します。ヒットした反応は、いずれも、ケ
トンをアルコールに還元する反応です。検索ツリーにはこの検索が最初のクエリの "子" として表示されま
す。
図 3.2: クエリ ツリー内の子検索
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
Tip: 検索ヒット リストを元にして複数の検索を行うには、Search Over Current List コマンドの代わりに
Set Domain to Current List コマンドを使用してください。ドメインを設定すると、検索を実行するたびに
元のヒット リストを復元する手間が省けます。
チュートリアル 6: BioViz グラフの作成
BioViz を使用すると、データベースの数値フィールドに基づいて検索結果のデータのグラフを作成できます。
BioViz のグラフには、折れ線グラフ、散布図 (1 変数または 2 変数)、ヒストグラム (X 軸データ) を含めるこ
とができます。
BioViz のグラフの詳細については、171 ページの "BioViz" を参照してください。
1 変数グラフ
1 変数グラフには、Y 座標の変数とレコード番号が表示されます。
1 変数グラフを作成するには、次の操作を行ってください。
1. View、BioViz Plots、New の順に選択します。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表示されま
す。
2. Dimension ボックスで One Variable をクリックします。
3. Y 座標のドロップダウン リストから数値フィールドを選択します。
4. (オプション) グラフの名前を入力します。
Tip: Properties ダイアログ ボックスの右下に Point Limit フィールドがあります。大きなデータセット
のグラフ化には時間がかかる場合があります。保護措置として、この設定は既定値で 500 になっており、デー
タセット内の 500 個の点のみがグラフ化されます。ほとんどのコンピュータで数秒で処理できる量です。これ
より大きなデータセットをグラフ化するには、この値を必要な値に変更してください。
5. OK をクリックします。新しいウィンドウが開いてグラフが表示されます。
6. (オプション) Notes ボタンをクリックして追加情報を表示します。たとえば、Y の値がない場合、点はグラフ
化されません。このような情報がある場合は Notes にレポートされます。
Tip: 1 変数の散布図を作成するには、数値フィールド内を右クリックし、BioViz Plot の ID Plot を選択
します。
ヒストグラムのグラフ
ヒストグラムのグラフは 1 変数グラフの変形であり、X 座標は変数値を、Y 座標は各ヒストグラムの "バー" の
カウントを示します。
ヒストグラムのグラフを作成するには、次の操作を行ってください。
1. View、BioViz Plots、New の順に選択します。
2. BioVizPlot Properties ダイアログ ボックスの Dimension ボックスで One Variable ラジオ ボタンをク
リックします。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
3. Style ボックスで Histogram を選択します。
4. Bins ボックスで Number または Size を選択し、値を入力します (オプション)。
Number には、グラフに表示するバーの数を設定します。
Size には、各バーの値の範囲を設定します。
5. X 座標のドロップダウン メニューから数値フィールドを選択します。
6. グラフの名前を入力します (オプション)。
7. OK をクリックします。各バーの最大値と最小値がグラフの下に表示されます。
2 変数グラフ
2 変数グラフでは、X 変数と Y 変数の両方を選択します。
2 変数グラフを作成するには、次の操作を行ってください。
1. View、BioViz Plots、New の順に選択します。
2. Dimension ボックスで Two Variable オプションをクリックします。
3. X 軸と Y 軸の両方についてフィールドを選択します。
4. Style ボックスで Scatter plot オプションをクリックします。
5. グラフの名前を入力します (オプション)。
6. OK をクリックします。
グラフの削除
グラフを削除するには、次の操作を行ってください。
1. View、BioViz Plots、Remove の順に選択します。
2. ダイアログ ボックスでグラフを選択して、Remove をクリックします。
3. OK をクリックします。
フィルタ
フィルタは次の 2 つの方法で使用できます。
グラフ化される変数にフィルタを適用して、変数の範囲を制限する。
他の変数にフィルタを適用して、グラフに別の次元を追加する。
フィルタをアクティブ化するには、View メニューの Filter Window を選択するか、グラフでコンテキスト メ
ニューを使用します。Filter ウィンドウが表示されたら、右クリックしてフィールドを選択または選択解除しま
す。グラフに適用できるフィルタの数は 31 に制限されています。
メモ: フィルタは、表示中のグラフのみでなく、アクティブなグラフすべてに適用されます。
自動スケーリング
グラフをフィルタ処理すると、フィルタ結果のポイントを見やすくするためにグラフを拡大表示することが必要に
なる場合があります。BioViz のコンテキスト メニューの Autoscale を選択すると、フィルタを調整するたびに
縮尺率が自動的に調整されます。Autoscale はトグル コマンドであり、解除するまで有効のままになります。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
一方、縮尺率を変えずにすべてのフィルタ調整を行うには、BioViz のコンテキスト メニューの Rescale to All
Points を選択します。
ズーム
BioViz のズーム機能は、BioViz のコンテキスト メニューで切り替えます。
BioViz のグラフの一部を拡大するには、次の操作を行ってください。
1. BioViz のコンテキスト メニューの Zoom on Drag をクリックします。コマンドをオンにすると、コマンドの
横にチェック マークが付きます。選択解除するには、同じコマンドをもう一度クリックしてください。
2. グラフの一部分の上をドラッグします。
マウス ボタンを離すと、選択したポイントがよく見えるように拡大表示されます。
初期表示では選択した領域が表示されていますが、スクロール バーを使用すると、拡大されたグラフの他の部分
も表示できます。X 軸または Y 軸のズーム ボタンをクリックすると、その軸の縮尺率が元に戻り、他の軸の縮尺
率はそのままになります。BioViz のコンテキスト メニューの Unzoom をクリックすると、両方の軸の縮尺率が
同時に元に戻ります。
続けてズームを行い、既に拡大されている領域の一部をさらに拡大表示できます。ズームを複数回行った場合、
Zoom ボタンは、元に戻すコントロールと同じように動作し、1 つ前の操作を元に戻します。
統計分析
BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Analysis タブを使用して、グラフの統計分析を実行できま
す。このタブは、2 変数グラフの場合のみ使用できます。
次の統計パラメータを計算できます。
X 変数または Y 変数の最大値と最小値
X 変数または Y 変数の平均値または中間値
X 変数または Y 変数の標準偏差
曲線近似を選択した場合は、決定係数も表示できます。計算された値はグラフ上に表示されます。
データ ポイントの線形、二次、または三次の最小二乗適合も表示でき、1 ～ 3 の標準偏差の信頼区間あり、な
し、いずれも可能です。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
図 3.3: 統計分析を表示したグラフ
BioViz の各種機能の操作方法を次の表で説明します。
目的
操作
特定のレコードに対応す ChemFinder の Record ツール
るデータ ポイントを確
バーを使用して目的のレコードへ
認する
移動します。
結果
データ ポイントが強調表示されま
す。
Structure ウィンドウにはデータ
データ ポイントの構造
式またはデータ値を表示
する
ポイントの構造式が表示され、
データ ポイントにマウス カー
Details ウィンドウには選択されて
ソルを合わせます。
いるフィールドの値が表示されます
(フォーム内の現在のレコードは変
わりません)。
グラフからデータベース データ ポイントをクリックしま
対応するデータ レコードがフォー
レコードを選択する
ムに表示されます。
クエリの対象となるグラ
フ変数を表示する
す。
クエリを選択または作成します。
グラフに現在のクエリが表示されま
す。
BioViz のコンテキスト メ
グラフからクエリを作成 ニューで次の操作を行います。
する
第 3 章: チュートリアル
選択したポイントが新しいクエリに
1. Zoom on Drag の横にチェッ なります。
ク マークが表示されている場
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ChemFinder 15.0
目的
操作
結果
合は、クリックして選択解除
します。
2. 対象となるポイントを囲むよ
うにドラッグして選択しま
す。
3. コンテキスト メニューの
Selection to List をク
リックします。
クエリを選択したときや
変数を変更したときにグ
ラフが変わらないように
する
BioViz Plot Properties ダイ
グラフはその時点のデータセットに
アログ ボックスの Lock オプ
ロックされます。フィルタもロック
ションをオンにします。
される点に注意してください。
グラフを拡大して特定の BioViz のコンテキスト メ
グラフの一部分の上をドラッグする
データ ポイントを表示
ニューの Zoom on Drag を選択
と、ポイントが選択される代わりに
する
します。
グラフが拡大表示されます。
クエリ コントロール内で、クエ
データ ポイントの色を
変更する
リのコンテキスト メニューの
Change Color
を選択します。
子リストの色のみ変更でき、フル
選択した色でデータ ポイントが表
示されます。
リストの色は変更できません。
フル リストを選択し、オーバー
複数のデータベースのグ
ラフを作成する (オー
バーレイ)
レイする各クエリのコンテキスト クエリ名の横のボックスにチェック
メニューの Color on Plot を
マークが表示され、クエリに割り当
クリックします。または、クエリ てられた色でデータ ポイントが表
あるいはクエリの横の色付きボッ 示されます。
クスをクリックします。
チュートリアル 7: サブフォームの操作
サブフォームを使用すると、リレーショナル データを表示できます。データベースに複数のデータ テーブルがあ
り、これらのデータ テーブルが共通のフィールドでリンクされている場合、両方のテーブルのデータを表示でき
ます。メイン フォームでリンク フィールドの値が変更されるたびに、リンク フィールドの値が同一のレコード
を各テーブルのサブフォームに表示させることができます。また、サブフォームを使って、他のデータベースの
データを表示することもできます。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
このチュートリアルでは、CS_Demo データベースを開いて、メイン フォームに MolTable を表示し、CS_Demo
データベースの Synonyms テーブルをサブフォームに表示してから、MOL_ID フィールドをリンク フィールドに
指定し、2 つのデータセットを関連付けて表示する方法を学びます。
サブフォームの作成
サブフォームを作成するには、次の操作を行ってください。
1. ChemFinder フォーム tut1.cfx を開きます。このフォームを開くと、CS_Demo.mdb データベースに接続しま
す。
2. データ ボックスのサイズと配置を調整してフォームの右側にスペースを設けます。
3. サブフォーム ツールをクリックします。
4. フォーム内をドラッグして適切な大きさのサブフォームを作成します。
Tip: メイン フォームの右側に十分なスペースがない場合は、サブフォームをメイン フォームの下に配置する
こともできます。
マウス ボタンを放すと Subform Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
5. Form タブをクリックし、階層ツリーから Synonyms を選択します。
6. Generate form チェック ボックスをオンにし、Styleをクリックします。
7. Plain フォームを選択し、フォームに含めるフィールドを、Synonym フィールドを除いてすべて選択解除し、
OKをクリックします。すると Subform Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
8. Subform タブをクリックします。
9. Link to SYNONYMS フィールドには既定値で SYN_ID という値が入っています。ドロップダウンメニューか
ら、Link from MOLTABLE フィールドに MOL_ID を選択します。
10.OK をクリックします。
これでサブフォームのデータ ソースを選択し、メイン フォームにリンクする作業が完了しました。メイン
フォームとサブフォームが MOL_ID フィールドでリンクされています。いずれかのフォームをクリックすると、ア
クティブになります。
リンクを確認するには、次の操作を行ってください。
1. サブフォーム ボックスの外側をクリックし、レコード ツールを使ってデータベースを閲覧します。MolTable
で表示される分子のレコードが変わるたびに、Synonyms テーブルで最初に ID が一致したレコードがサブ
フォームに表示されます。
2. サブフォーム ボックス内をクリックします。この状態でデータベースを閲覧すると、サブフォーム内のエント
リだけを閲覧することになります。
別名をすべて表示するには、次の操作を行ってください。
1. サブフォーム ボックスをダブルクリックし、テーブル ビューに切り替えます。ファイルを保存し、終了する
には、次の操作を行ってください。
a. File メニューの Save をクリックします。
b. File メニューの Close をクリックします。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
以上で、ChemFinder のチュートリアルはすべて完了しました。
第 3 章: チュートリアル
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ChemFinder 15.0
フォーム
フォームを使って、データベースの情報を対話式に操作できます。ChemFinder のフォームは、構造式、数値、テ
キスト、画像などのデータ項目を表示または変更するための各種データ ボックスで構成されます。また、フォー
ム内にサブフォームを作成すれば、複数のデータ テーブルや複数のデータベースを統合して表示できます。
下の図は、フォームの一例を示しています。この例のように、フォームにはデータベース内のレコードが 1 件ず
つ表示されます。
図 4.1: 1 件のレコードが表示されているフォーム
次の 3 つの方法でフォームを作成できます。
Form Generator ダイアログ ボックスを使用した自動作成
フォーム ツールを使用して手動で作成
データベース ツリーを使用して作成
フォームを作成するには、レイアウトの作成 (36 ページの "手動によるフォームの作成"を参照)、ボックス プロ
パティの設定 (43 ページの "ボックス プロパティの設定"を参照)、タブの設定 (43 ページの "タブの作成と編
集"を参照)、およびセキュリティの設定 (55 ページの "フォームのセキュリティ保護"を参照) が必要です。
フォームはいつでも編集できます (51 ページの "フォームの編集"、および 54 ページの "フォーム レイアウト
の変更"を参照)。
フォームの設計を開始するには、まずデータベースを選択し、フォームに含めるフィールドを決定します。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
フォームの自動作成
Form Generation ダイアログ ボックスを使用すると、フォームの作成や既存のフォームのレイアウトの変更を行
うことができます。事前に定義されたフォームのスタイルとプロパティを選択できます。
フォームを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 現在のフォームの空白部分を右クリックし、Data Source を選択します。
2. Form Properties ダイアログ ボックスで、Form タブをクリックします。
メモ: Generate form チェック ボックスと Style ボタンが無効になっている場合、現在のフォームをデー
タベースに接続する必要があります。詳細については、17 ページの "データベースをフォームに接続" を参照
してください。
3. Generate form チェック ボックスを選択し、Style をクリックします。Form Generation ダイアログ ボッ
クスが表示されます。左側のパネルを見ると、すべてのフィールドが既定値で選択されています。
4. フォームから除外するフィールドを、Choose fields to be included セクションで選択解除します。
5. フォームの左上に構造式ボックスを配置する場合は、Structure in upper left of form チェック ボックスをオ
ンにします。このオプションを選択しない場合は、リストに表示されている順番でボックスが生成されます。
6. 次のように、目的の Form style を選択します。
Framed - 各フォーム フィールドの上にラベルが付けられ、フレームがあります。
Titled - 各フォーム フィールドの上にラベルが付けられ、フレームはありません。
Labeled - 各フォーム フィールドの左にラベルが付けられ、フレームはありません。
Plain - 各フォーム フィールドはタイトルとフレームなしで表示されます。
7. Columns スクロールバーを使用して、フォームに含める列数を選択します。
8. Grid size ドロップダウン リストを使用して、ボックスとグリッドのサイズと間隔を選択します。
Large - 大きいサイズで、間隔が広い場合。
Medium - Large 設定と Small 設定の中間のサイズと間隔の場合。
Small - 小さいサイズで、間隔が狭い場合。
9. Form Generation ダイアログ ボックスで OK をクリックします。フォームの設定が保存されます。
10.Form Properties ダイアログ ボックスで Apply をクリックして、OK をクリックします。警告のダイアログ
ボックスが表示され、新規のフォームを作成するか、それとも既存のフォームを置き換えるよう求められます。
No をクリックすると新規のフォームが作成され、Yes をクリックすると既存のフォームが置き換えられます。
フォームの保存
ChemDraw や Chem3D のような、大部分の非データベース系のアプリケーションでは、画面でデータを編集して
も、そのままの状態では変更内容がディスクに保存されません。変更内容を永続的に保存するには、File メ
ニューの Save を選択するか、または CTRL+S キーを押します。
一方、ChemFinder などのデータベース アプリケーションでは、レコード間を移動するたびに、変更内容が自動
的かつ永続的に保存されます。これを変更の "確定" といいます。Record メニューの Undo Changes を選択す
ると、元のデータに戻すことができます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
File メニューの Save コマンドで保存されるのは、フォームそのものに対して行った変更内容 (ボックスの位置
など) だけです。
File メニューの Save コマンドを選択しても、データベース内のデータへの変更内容が保存されるわけではあり
ません。
メモ: フォームを保存するとサブフォームも保存され、サブフォームに加えた変更も保存されます。
メモ: フォームを作成した後で、それを保存できます。保存したフォームを呼び出すと、フォーム内で定義し
たデータベースに自動的に接続されます。
フォームを .cfx ファイルとして保存するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Save を選択します。フォームに新しいファイル名を付けて保存するには、File メニューの
Save As を選択します。Save ダイアログ ボックスが表示されます。
2. フォームを保存するディレクトリを選択してファイル名を入力し、Save をクリックします。保存するフォーム
には、自動的に CFX という拡張子が付けられます。
メモ: 保存の際に Save as type ダイアログ ボックスで All Files を選択すると、.msf 拡張子および
.msk 拡張子を持つファイルが表示されます。.msf 拡張子を持つファイルはマルチプル シーケンス ファイル
です。.msk 拡張子を持つファイルはマスク ファイルです。
手動によるフォームの作成
フォームを作成してそのフォームを定義するには、Form ツールを使ってオブジェクトを作成し、Box Properties
ダイアログ ボックスでフォームのプロパティを設定します。
フォームを新規作成するには、次のいずれかの操作を行います。
File メニューの New をクリックします。
メイン ツールバーの New File アイコンをクリックします。
データベース ツリーは、Database Properties ダイアログ ボックスに表示されるのと同じツリーで、現在開い
ているデータベースのテーブル (またはビュー) と列が表示されます。フォームやサブフォームを開いたりアク
ティブにした場合や、データベースを変更した場合に、ツリーが更新されて現在のデータベースが表示され、ツ
リーが展開されて現在選択されているテーブルの列が表示されます。
データベース ツリーが非表示になっている場合、これを表示するには、次の操作を行ってください。
1. View メニューの Explorer Window を選択します。
2. Database タブをクリックします。
データベース ツリーを使ってフォームを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 新しいフォームを開きます。
2. フォームを右クリックし、Data Source を選びます。
3. Database タブの Open Database... をクリックします。
4. データベースを選択し、Open をクリックします。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
5. Form Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。データベース ツリーにデータベースが表示
されます。
図 4.2: データベース ツリーを使ったフォームの作成
6. データベース ツリー内の Structure フィールドをダブルクリックします。構造式ボックスがフォームの左上
に表示されます。
図 4.3: データベース ツリーから作成した構造式ボックス
7. その他のフィールドもすべてダブルクリックします。
8. フォーム内でデータ ボックスを移動するには、Selection ツールを使用します。
フォーム ツールの使用
フォームをデザインするには、Form ツールバーを使用する必要があります。ボックスを作成するコマンドは、メ
ニューにはありません。
フォーム ツールを表示するには、次のいずれかの操作を行います。
メイン ツールバーの Layout アイコンをクリックします。
View、Toolbars、Form の順に選択します。Form ツールバーが表示され、フォームの作成および編集のための
ツールが提供されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
図 4.4: Form ツールバー: 1) 選択ツール、2) データ ボックス、3) フレーム、4) 枠付きボックス、5)
チェック ボックス、6) テキスト ボックス、7) 画像、8) ボタン、9) サブフォーム、10) プロファイル ボック
ス、11) コントロール ボックス、12) グリッド
グリッドの使用
新しいフォームでは、既定値でスナップ グリッドがオンになっています。このグリッドは、フォーム上でボック
スの位置を調整するのに便利です。グリッドをオンにすると、描画されるオブジェクトは自動的にグリッドの位置
に合わせて配置されます。
グリッドの表示/非表示を切り替えるには、次のいずれかの操作を行います。
Form ツールバーの Grid ツールをクリックします。
View メニューの Grid を選択するか選択解除します。
メモ: グリッドの間隔は、Preferences ダイアログ ボックスで変更できます。212 ページの "標準値の設定"
を参照してください。
データ ボックスの作成
ChemFinder のフォームは、関連付けられているデータベースのデータやその他の情報を表示するさまざまなボッ
クスで構成されます。各ボックスには、現在のレコードのデータ項目が 1 つずつ表示されます。データ ボックス
は、Form ツールバーのツールを使って作成します。
メモ: Form ツールバーは、Layout ボタンを選択すると表示されます。
データ ボックスは、データ項目や構造式を表示します。テキスト、数値、日付、構造式、反応式、画像など、
データベース内のあらゆるデータを表示できます。データ ボックス内のデータは、編集可能です。このボックス
にはラベルが付いていませんが、フレーム ツールを使ってボックスをフレームで囲んでラベルを付けるか、プ
レーン テキスト ツールを使ってラベルを付けることができます。また、データ ボックスには、データベースか
ら検索したデータではなく、固定データを表示することもできます。
データ ボックスを描画するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックス ツールをクリックします。
2. フォームで、斜めにドラッグしてボックスを作成します。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
ボックス内に表示するデータのタイプを設定する方法については、43 ページの "ボックス プロパティの設定" を
参照してください。フォームにデータベースが既に開いている場合は、データ ボックスを右クリックし、
Field... を選択し、使用できるフィールドのリストから選択します。
フレームの作成
フレーム ツールでは、1 つのデータ ボックスまたはボックスのグループを囲むラベル付きの枠を作成できます。
新しいフレームを作成すると、そのフレームに対するテキスト ラベルを入力するための画面が表示されます。
フレームを作成するには、次の操作を行ってください。
1. Frame ツールをクリックします。
2. フォーム上で、斜めにドラッグしてフレームを作成します。Data というラベルの付いた、枠付きボックスが表
示されます。
ラベルを変更するには、次の操作を行ってください。
3. ラベルを右クリックし、ドロップダウン メニューから Label を選択します。Enter the label ダイアログ
ボックスが表示されます。
4. フレームに付けるラベルを入力します。
5. OK をクリックします。フレームに固定ラベルが表示されます。
フレームのラベルは、Box Properties ダイアログ ボックスでも変更できます。詳細については、43 ページの "
ボックス プロパティの設定" を参照してください。
フレームは、データベースのレコードを閲覧中に、レコードをそのまま表示するボックスとしても使用できます。
フレームがデータベース フィールドに関連している場合、閲覧または検索しているデータベースのレコードに
従って、指定したフィールドの値を示すラベルが自動的に更新されます。たとえば、Structure フィールドの周囲
にフレームを描画し、そのフレームに現在の構造式の名前を表示するようなラベルを付けるとします。この場合、
別のレコードに移動すると、そのレコードの構造式の名前がフレームのラベルに表示されます。可変ラベルは、
ボックス プロパティを使って設定します。
枠付きボックスの作成
枠付きボックス ツールは、枠付きデータ ボックスの作成に使用します。枠付きデータ ボックスは、データ ボッ
クスとフレームを組み合わせたものです。Enter the Label ダイアログ ボックスで、フレームのラベルを指定し
ます。
枠付きデータ ボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 枠付きボックス ツールをクリックします。
2. フォーム上でドラッグしてボックスを作成します。
3. Enter the Label ダイアログ ボックスに、そのフレームに付けるラベルを入力して、OK をクリックします。
枠付きのデータ ボックスにラベルが指定されます。
枠付きのデータ ボックスのラベルを編集するには、次の操作を行ってください。
1. マウスの右ボタンで、枠付きボックスのフレームのみをクリックしてフレームを選択し、Label を選択しま
す。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
2. Enter Box Label ダイアログ ボックスに新しいラベルを入力します。ラベルにはボックスに表示された
フィールド名と異なるものを使用できます。
3. OK をクリックします。
枠付きボックス ツールを使ってデータ ボックスとフレームを作成すると、この 2 つの項目が関連付けられま
す。この 2 つの項目を個別に操作するには、次の操作を行ってください。
枠付きボックスを選択し、Edit メニューの Bring to Front をクリックします。
自動ラベル
枠付きボックスに、データ ツリーからのフィールド名を使ったラベルを ChemFinder で自動的に生成することが
できます。
枠付きボックスに自動的にラベルを生成するには、次の操作を行ってください。
データ ボックス内を右クリックし、ドロップダウン リストからフィールドを選択します。データ ボックスに
データが表示され、フレーム ラベルがそのフィールド名に変わります。
データ ボックスとは別に作成したフレームに、ラベルを自動的に作成することはできません。
データ ボックス以外のボックス
Form ツールバーには、固定表示を作成できるプレーン テキスト ツールと画像ツール (これらはデータの表示に
も使用できます) に加えて、特殊な機能を提供するツールが 3 つあります。
プレーン テキストの追加
プレーン テキスト ツールは、ボックスやフレームを使わずにテキストを表示する場合に使用します。このツール
を使用すると、固定ラベルをフォームに表示できます。また必要に応じて、データ ボックスのようにデータベー
ス内のレコードを表示するのに使用することもできます。
プレーン テキスト ツールを使用するには、次の操作を行ってください。
1. プレーン テキスト ツールをクリックします。
2. フォーム上で、ドラッグしてテキストの表示領域を指定します。Enter the Text ダイアログ ボックスが表示
されます。
3. 表示するテキストを入力します。
4. OK をクリックします。
図 4.5: フォーム上のテキストの作成
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
テキストのフォントまたは色を変更するには、Form ツールバーの選択ツールでテキストを選択します。テキスト
書式設定ツールバーを使ってテキストをカスタマイズします。
標準テキストを使用してデータを表示するには、次の操作を行ってください。
1. 選択ツールを使ってテキストを右クリックし、Properties を選択します。Box Properties ダイアログ ボッ
クスの Box タブが表示されます。
2. データ テーブルからフィールドを選択します。Data: テキスト ボックスがグレー表示になり、Data Source
の選択が Field に切り替わります。
3. OK をクリックします。フィールドの内容が標準テキストで表示されます。
画像の追加
画像ツールでは、画像ボックスを作成してビットマップ (BMP、GIF など) または Windows メタファイル
(WMF、EMF) の画像を表示できます。画像ボックスには、固定ファイルを表示することも、データベースの画像の
列に保存されている内容を表示することもできます。
固定画像を作成するには、次の操作を行ってください。
1. 画像ツールをクリックします。
2. フォーム上でドラッグして画像の表示領域を指定します。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
3. Open ダイアログ ボックスで、表示するファイルを選択し、Open ボタンをクリックします。フォームに画像が
表示されます。
メモ: ファイルは実際にフォームに埋め込まれるわけではありません。フォームと共に保存されるのは、メタ
ファイルのファイル名だけです。ここで指定したファイルを移動したり、ファイル名を変更したりすると、対
応する画像がフォームに表示されなくなります。ただし、ファイル名が同じなら、含まれている画像の内容を
変更すると、フォームに表示される画像も更新されます。
フィールドにリンクする画像ボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
メモ: データベース内に画像フィールドが必要です。詳細については、77 ページの "フィールドの作成" を参照し
てください。
1. 画像ツールをクリックします。
2. フォーム上でドラッグして画像の表示領域を指定します。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
3. Cancel をクリックします。フォームに空白のボックスが表示されます。
4. ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。
5. Box Properties ダイアログ ボックスで、ボックスにリンクさせる画像フィールドを選択し、OK をクリック
します。ボックス内に画像フィールド項目が追加されます。
画像ボックスに画像ファイルを読み込んだり、画像を置き換えたりするには、次の操作を行ってください。
1. 画像を右クリックし、Read File をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Open ダイアログ ボックスで、画像データ ボックスに表示するファイルを選択し、Open をクリックします。
画像ボックスに新しい画像が表示されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
メモ: 画像ボックスが画像フィールドにリンクしている場合、データベースに画像を保存するには変更確定ツールを
クリックする必要があります。
画像データ ボックスのファイルを保存するには、次の操作を行ってください。
1. 画像ボックスを右クリックして、Save File を選択します。
2. Save As ダイアログ ボックスにファイル名を入力し、Save をクリックします。これで、画像が保存されまし
た。
チェック ボックスの追加
チェック ボックス ツールでは、フォームにチェック ボックスを追加できます。チェック ボックスはブール
フィールドまたは整数フィールドに割り当てることができます。
チェック ボックスを追加するには、次の操作を行ってください。
1. チェック ボックス ツールをクリックします。
2. フォーム上をドラッグして、チェック ボックスの横にテキストが収まる大きさの領域を指定します。Enter
the label ダイアログ ボックスが表示されます。
3. テキストを入力し、OK をクリックします。
4. 右クリックし、フィールド リストからチェック ボックスに割り当てるブール フィールドまたは整数フィール
ドを選択します。
ボタンの追加
フォーム上のボタンは、スクリプトを起動するために使用します。
フォーム上にボタンを配置するには、次の操作を行ってください。
1. ChemFinder 自動化言語 (CAL) を使ってスクリプトを作成します。
2. Form ツールバーのボタン ツールをクリックします。
3. フォーム上で、ドラッグしてボタンを描画します。Enter the Label ダイアログ ボックスが表示されます。
4. ラベルを入力します。ラベルには説明 (たとえば、"Click to browse") を入力することもできます。スクリ
プト名に対応する必要はありません。
5. OK をクリックします。
スクリプトを実行するボタンの使用方法については、232 ページの "スクリプトの使用"を参照してください。
サブフォームの追加
サブフォーム ツールを使用すると、関連データ テーブルのデータを表示するサブフォーム ボックスを作成でき
ます。詳細については、166 ページの "リレーショナル データとサブフォーム"を参照してください。
プロファイルの追加
プロファイル ボックス ツールではフォーム上にプロファイル ボックスを作成できます。化合物プロファイルは
ChemFinder の新機能です。詳細については、146 ページの "化合物プロファイル"を参照してください。
コントロールの追加
コントロール ボックス ツールを使用すると、フォームに ActiveX コントロールを埋め込むことができます。こ
れは、カレンダー、スプレッドシート、グラフ、スペクトル、画像、Web リンクなどの表示に使用できます。詳細
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
については、222 ページの "ActiveX コントロールの埋め込み"を参照してください。
タブの作成と編集
多くのフィールドが定義されているデータベースでは、タブを使って長いフォームを複数部分に分けて表示する
と、情報が分かりやすくなります。
フォームにタブを作成するには、次の操作を行ってください。
フォームの何もないところを右クリックし、Add Tab をクリックします。2 つのタブがフォームの左下に表示
されます。2 番目のタブをクリックすると、新しい空白のフォームが表示されます。
タブの名前を変更するには、次の操作を行ってください。
1. タブを右クリックし、Rename Tab をクリックします。Tab Name ダイアログ ボックスが表示されます。
2. タブの名前を入力し、OK をクリックします。新しい名前がタブに表示されます。
タブを削除するには、次の操作を行ってください。
タブを右クリックし、Delete Tab をクリックします。タブが削除されます。
ボックス プロパティの設定
データ ソース、表示タイプ、フォント、ボックス スタイルなどのボックス プロパティを設定できます。
ボックス プロパティを設定するには、データ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。
メモ: "Properties" オプションを使用できるのは、レイアウト モードのみです。
データ ボックス スタイルの設定
フォーム上のデータ ボックスに適用されるスタイルを変更できます。たとえば、データ ボックスをフレームや画
像に変更することができます。
次のスタイルから選択します。
データ ボックス ― アルファベットと数字のデータを表示します。複数行のデータを表示できます。
フレーム ― アルファベットと数字のデータを表示します。1 行のデータを表示できます。
標準テキスト ― アルファベットと数字のデータを表示します。テキスト データは複数行に表示できます(改行
するには Ctrl + Enter キーを押します)。フィールドの作成時に、フィールドのサイズ (最大 254 文字) を
設定します。
画像 ― Windows メタファイルのデータを表示します。画像は、画像ボックス内に収まるように縦横比を固定
して拡大/縮小されます。
分子式 ― あらゆるテキストを表示しますが、数字は下付き文字で表示されます。分子式は改良された Hill
オーダーで次のように表します。たとえば、物質に炭素と水素の両方が含まれる場合、炭素が最初にリストさ
れ、次に水素原子、そしてその他の元素が元素記号のアルファベット順に表示されます。物質に炭素が含まれる
場合、炭素が最初にリストされ、次にその他の元素が元素記号のアルファベット順に表示されます。その他の場
合は、すべての元素が元素記号のアルファベット順に表示されます。
ボタン ― スクリプトを実行するボタンの作成に使用します。ボタンにはボタン ラベルが表示されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
リッチ テキスト ― スタイルが指定されたデータを複数行に表示します(改行するには Ctrl + Enter キーを
押します)。Text Format ツールバーでテキストの書式を設定できます。フィールド内のデータにリッチ テキ
ストが含まれる場合、マークアップされた文字が表示されます。
構造式 (ChemDraw スタイル) ― 化学構造式や反応を表示します。反応は、ボックス内にうまく収まるようにレ
イアウトされ、ボックスの形が変わると、必要に応じてレイアウトも変更されます。構造式の作成や編集には既
定値で ChemDraw コントロールを使用しますが、この設定は変更することができます。詳細については、212
ページの "標準値の設定" を参照してください。
構造式 (ChemFinder スタイル) ― 上記と同じですが、構造式の作成と編集には既定値で ChemDraw を使用し
ます。
構造式 (Chem3D スタイル) ― 上記と同じですが、既定値で 3D 構造式を表示します。
ボックスのスタイルを設定するには、次の操作を行ってください。
1. 変更するデータ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボッ
クスが表示されます。
2. Box Style ドロップダウン リストからボックス スタイルを選びます。
3. OK をクリックします。
構造式の表示
構造式は、次の 3 つのスタイルで構造式ボックスに表示できます。
ChemFinder
ChemDraw
Chem3D
ChemFinder スタイルでは、構造式の編集や検索式の作成を行うときに ChemDraw アプリケーションが開きます
(この操作モードは、ChemFinder 11.0 以前のすべてのバージョンで採用されていたモードです)。
ChemDraw スタイルでは、ChemDraw コントロールを使って構造式ボックス内で直接編集を行います。
Chem3D スタイルは表示専用の形式で、ChemFinder の Structure ウィンドウ内で構造式の回転と分析を行うこ
とができます。Chem3D コントロールの使用方法については、Chem3D のユーザーズ ガイドを参照してください。
ChemDraw 形式で表示すると、ChemFinder 形式より視覚的に分かりやすく表示できます。ただし、ChemFinder
で検索するときに、ChemDraw のすべての描画機能を使用できるわけではありません。たとえば、注釈は無視さ
れ、R-基テーブルは認識されません。長方形や分子軌道などの絵の中には引き渡されないものがあり、ChemFinder
ではそれらの化学的な意味は考慮されません。
構造式の表示方法を選択するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式データ ボックスを右クリックし、Properties... をクリックします。Box Properties ダイアログ
ボックスが表示されます。
2. Box タブの Box Style セクションで、メニューから表示する構造式の形式を選択します。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
目的
ChemDraw コント
ロールを使用して
構造式ボックス内
で編集
操作
構造式 (ChemDraw ス
タイル) をクリック
します。
構造式 (ChemFinder
ChemDraw で編集
スタイル) をクリッ
クします。
構造式 (Chem3D スタ
3D 画像を挿入
イル) をクリックし
ます。
Chem3D 形式での構造式の表示
ChemDraw スタイルと違って、Chem3D スタイルは表示専用です。Chem3D スタイルで構造式を編集することはでき
ません。
Chem3D コントロールを起動するには、次の操作を行ってください。
3D 構造式ボックス内をダブルクリックします。コントロールを非アクティブにするには、ボックスの外側をク
リックします。
構造式を回転させるには、次の操作を行ってください。
ボックス内で目的の方向にドラッグします。Chem3D 内での操作とは異なり、純粋な (ロックされた) X 軸回転
または Y 軸回転ではありませんが、左右または上下にドラッグすることでそれに近い操作を行うことができま
す。
モデルをポイントして右クリックした場合と、構造式ボックス内のそれ以外の場所をポイントして右クリックした
場合とでは、Chem3D コントロールで表示されるコンテキスト メニューは異なります。どちらの方法でも表示モー
ドを変更できます。
方法 1 で表示を変更するには、次の操作を行ってください。
1. 3D 構造式ボックス内をダブルクリックして Chem3D 表示をアクティブにします。
2. モデル内の原子または結合をポイントし、右クリックします。
3. Display Mode サブメニューから表示モードを選択します。
方法 2 では、次の操作を行ってください。
1. 3D 構造式ボックス内をダブルクリックして Chem3D 表示をアクティブにします。
2. 3D 構造式ボックス内のモデル以外の部分を右クリックします。
3. View、Model Display、Display Mode サブメニューの順に選択し、表示モードを選択します。
Chem3D コントロールの詳細については、Chem3D のユーザーズ ガイドを参照してください。
第 4 章: フォーム
45 / 321
ChemFinder 15.0
固定データと可変データの設定
Box Properties ダイアログ ボックスで、データ ソースを固定データにするか、可変データにするかを指定でき
ます。固定データは、入力したデータがそのままフォームに保存されるため、閲覧中も変わりません。一方、可変
データに指定すると、データベースに保存されているデータが表示され、レコードごとに異なります。可変データ
は、フィールドのコンテンツによって閲覧時の表示内容が変わります。
データ ボックスを可変ラベルに設定するには、次の操作を行ってください。
1. Box タブで、設定するフィールドを選択し、Field ラジオ ボタンをクリックします。
2. OK をクリックします。表示するレコードが変わると、ボックス ラベルも変わります。
データ ボックスを固定ラベルに設定するには、次の操作を行ってください。
1. Box タブで、設定するフィールドを選択し、Fixed ラジオ ボタンをクリックします。
2. テキスト ボックスにラベルを入力します。構造式フィールドまたは画像フィールドを選択する場合は、閲覧
ツールをクリックして表示するファイルを選択します。
3. OK をクリックします。ボックス ラベルが固定になります。
データ ボックス メニューの追加
データ ボックスに選択リストから成るメニューを追加して、そのリストからデータ ボックスに表示する項目を選
ぶことができます。
メニューを追加するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表
示されます。
2. Box タブの With choices or auto-link チェック ボックスをオンにします。Choices タブが表示されま
す。
3. 次のうち、適切な操作を行います。
目的
操作
データベースの
From table をク
テーブルから取得
リックし、ダイア
したリストをデー
ログ ボックスの下
タ ボックス メ
部に示されている
ニューに使用
指示に従います。
データ ボックス
Fixed list of
choices をクリッ
メニュー用に独自
クし、ダイアログ
のリストを作成
ボックスの下部に
示されている指示
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
目的
操作
に従います。
データベースの
テーブルから取得
したリストを使っ
てデータ ボックス
メニューに独自の
項目を追加
a. From table
をクリック
します。
リストが表示さ
れます。
b. Fixed list
of choices
をクリック
して、リス
トを編集し
ます。
4. OK をクリックしてダイアログ ボックスを閉じてから、データ ボックス内をクリックします。ボックスをク
リックすると、ボタンがボックスの右下に表示されます。
5. ボタンをクリックしてメニューを表示します。
6. メニュー項目のいずれかを選択します。ボックスの左上隅にテキストが表示され、ボタンが表示されなくなりま
す。データ ボックス内をクリックすると、ボタンが再度表示されます。
スクロール バーの追加
スクロール バーは、データ ボックスの大きさに収まらない長いデータを表示するために使用します。
スクロール バーを追加するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが
表示されます。
2. Box style セクションで、With scroll bars チェック ボックスをオンにします。
3. OK をクリックします。データ ボックスの右および下にスクロール バーが表示されます。
データ ボックスの非表示
検索と表示 モードを切り替えるときに、ボックスの表示/非表示を切り替えることができます。たとえば、検索の
実行時に、検索対象とならないデータ ボックスを非表示にし、検索実行に有効な情報が含まれるデータ ボックス
のみを表示することができます。
フォーム レイアウト モードでは、設定にかかわらず、すべてのボックスが表示されます。
データ ボックスを非表示にするには、次の操作を行ってください。
1. ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Box Style 領域で、Hidden in Browse Mode チェック ボックスまたは Hidden in Query Mode チェック
ボックスをオンにします。
3. OK をクリックします。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
4. Layout Mode の選択を解除すると、設定どおりにボックスが表示されます。
テキストのカスタマイズ
Text Format ツールバーを使って、フォーム ボックスのテキストのフォント、フォント サイズ、スタイル、
色、および配置を設定できます。ここでは、標準的なすべてのテキスト書式オプションを使用できます。
Text Format ツールバーを表示するには、次の操作を行ってください。
View、Toolbars、Text Format の順に選択します。以上の操作により、Text Format ツールバーが表示され
ます。
メモ: Microsoft Word などのワープロ ソフトからコピーしたテキストを Rich Text スタイルのデータ
ボックスに貼り付けると、書式はそのまま維持されます。
Text Format ツールバーがアクティブになるのは次の場合です。
Rich Text スタイルのテキスト ボックスにあるメモ フィールドを編集する場合(フォントの変更はテキスト内
の現在の選択範囲のみに適用されます)。
標準のデータ ボックスまたは構造式ボックスを編集する場合(フォントの変更はボックスの内容全体に適用され
ます)。
フォーム編集モードで選択ツールがアクティブになっており、ボックスが 1 つ以上選択されている場合(フォン
トの変更はデータ ボックスの周りのフレームを除き、選択したボックスすべてに適用されます)。
フォントのカスタマイズ
ChemFinder オブジェクトのすべてのラベルは、自由に編集できます。各ラベルに使用するフォントやフォントの
スタイル、サイズ、色を指定できます。
ラベルのフォントを設定するには、次の操作を行ってください。
1. ラベルをクリックして選択します。
2. 右クリックし、Properties を選択します。
3. Box Properties ダイアログ ボックスの Box タブで、Font をクリックします。
Font ダイアログ ボックスが表示されます。
4. テキストのフォント、スタイル、サイズ、色を設定します。Sample 領域にフォントがプレビュー表示されま
す。
5. OK をクリックして、設定を確定します。
メモ: 構造式ボックスにある原子のラベルの色を変更するには、周期表を使用する必要があります。221 ペー
ジの "周期表" を参照してください。
数値のカスタマイズ
Box Properties ダイアログ ボックスを使って、フォームに数値を表示する方法を指定できます。次のプロパ
ティをカスタマイズできます。
通貨記号
小数桁数
指数表記
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
数値形式を指定するには、次の操作を行ってください。
1. 数値データを含むデータ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイア
ログ ボックスが表示されます。
2. Format をクリックします。Numeric Format ダイアログ ボックスが表示されます。
図 4.6: Numeric Format ダイアログ ボックス
3. 適切なオプションを選択します。
表示形式
操作
小数桁数を指定し
Unformatted をク
ない場合
リックします。
Currency をク
通貨記号を表示す
る場合
リックし、ドロッ
プダウン メニュー
から通貨記号を選
択します。
通貨記号を数値の
右側に表示する場
合
通貨記号を選択
し、Symbol on
right をクリック
します。
桁数を指定して標
Fixed point をク
準浮動小数点を設
リックし、小数桁
定する場合
数を選択します。
指数表記を設定す
る場合
Scientific をク
リックし、小数桁
数を選択します。
4. OK をクリックします。指定した形式が現在のデータ ボックスに適用されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
色の設定
次に示す、色のオプションを設定できます。
フォームの背景色
クエリ モードでのフォームの色
フォームの既定値の背景色
フォームの背景色およびクエリ モードでのフォームの色を設定するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表
示されます。
2. Form タブをクリックして、Form properties を表示します。
図 4.7: Form properties ダイアログ ボックス
3. 次のうち、適切な操作を行います。
設定内容
データベース
フォームの背景色
クエリ フォームの
背景色
操作
Form Background
Query Background
Color ダイアログ ボックスが表示されます。
図 4.8: Color Picker ダイアログ ボックス
4. 色を選択します。
5. OK をクリックします。Form Background または Query Background が、選択した色に変わります。
既定値の背景色を設定するには、次の操作を行ってください。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
1. File メニューの Preferences を選択します。Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Color タブをクリックします。
3. Color タブで、Form Background をクリックします。
4. Color ダイアログ ボックスで色を選択し、OK をクリックします。選択した色がフォームの既定値の背景色に
なります。
フォームの編集
選択ツールや Edit メニューの項目を使用すると、フォーム上のボックスなどのオブジェクトを移動したりサイズ
を変更したりすることができます。
フォーム上のオブジェクトの選択
Selection ツールは、フォーム上のデータ ボックスなどのオブジェクトの中から、移動、サイズ変更、または削
除を行うオブジェクトを選択するために使用します。
選択ツールがアクティブな場合は、Edit メニューのコマンドがボックスそのものに適用されます。選択ツールが
アクティブでない場合は、Edit メニューのコマンドはアクティブなデータ ボックスの内容に適用されます。
フォーム上のオブジェクトを選択するには、次の操作を行ってください。
Form ツールバーの選択ツールをクリックし、フォーム上のオブジェクトをクリックして選択します。選択され
たオブジェクトは、強調表示の枠で囲まれます。
フォーム上の複数のオブジェクトを選択するには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
Shift キーを押しながら複数のオブジェクトをクリックします。
Selection ツールをドラッグして選択するボックスを囲みます。
フォーム内のすべてのオブジェクトを選択するには、次の操作を行ってください。
Edit メニューの Select All を選択します。
オブジェクトの移動
Selection ツールを使用して、データ ボックスなどのオブジェクトをフォーム上の別の場所に移動できます。
フォーム上のオブジェクトを移動するには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 移動するオブジェクトを選択します。
3. オブジェクトを別の場所にドラッグします。
メモ: サブフォームを移動する場合は、サブフォームの内側ではなく、サブフォームのタイトル バーをドラッ
グする必要があります。
オブジェクトの位置が正しい位置に近い場合は、目的の位置まで少しずつ移動することができます。
オブジェクトを 1 ピクセルずつ移動するには、次の操作を行ってください。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
1. 移動するオブジェクトを選択します。
2. オブジェクトを移動したい方向の方向キーを押します。オブジェクトが、方向キーの方向に 1 ピクセルだけ移
動します。
オブジェクトのサイズ変更
Selection ツールを使用して、フォーム上のデータ ボックスなどのオブジェクトのサイズを変更することができ
ます。
メモ: 枠付きボックス ツールで枠付きボックスを作成しないと、複数のオブジェクトのサイズを一度に変更し
たり、ボックスとそのフレームのサイズを同時に変更することはできません。詳細については、39 ページの "
枠付きボックスの作成" を参照してください。
フォーム上のオブジェクトのサイズを変更するには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. オブジェクトの辺または角にカーソルを置きます。カーソルが二重矢印の形に変わります。
3. サイズを変更する方向にドラッグします。
オブジェクトのサイズが正しいサイズに近い場合は、目的のサイズまで少しずつ変更することができます。
オブジェクトのサイズを 1 ピクセルずつ変更するには、次の操作を行ってください。
1. サイズを変更するオブジェクトを選択します。
2. オブジェクトの辺または角にカーソルを置きます。カーソルが二重矢印の形に変わります。
3. オブジェクトのサイズを変更したい方向の方向キーを押します。オブジェクトの辺が、方向キーの方向に 1 ピ
クセルだけ移動します。
オブジェクトの削除
Selection ツールを使用して、フォームからデータ ボックスなどのオブジェクトを削除できます。
フォームからオブジェクトを削除するには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーの Selection ツールをクリックします。
2. 削除するオブジェクトを選択します。
Tip: 複数のオブジェクトを選択する場合は Shift キーを押しながらクリックします。
3. 次のいずれかの操作を行ってください。
Edit メニューの Clear を選択します。
Backspace キーを押します。
オブジェクトがフォームから削除されます。
変更の取り消しと再実行
メイン ツールバーのアイコンまたは Edit メニューを使用して、フォームに最後に行った変更を取り消し、また
は再実行できます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
変更の取り消し、または再実行するには、次の操作を行ってください。
変更を取り消す場合は、Edit メニューの Undo を選択するか、または Undo アイコンをクリックします。
変更をやり直す場合は、Edit メニューの Redo をクリックするか、または Redo アイコンをクリックします。
メモ: Undo と Redo は、これまでに行った複数の操作を対象とします。どちらのコマンドも、実行するたび
に操作が 1 つずつ元に戻されます。繰り返し実行すると、複数の操作を元に戻すことができます。
オブジェクトの並べ替え
Bring to Front コマンドと Send to Back コマンドを使って、データ ボックスを特定の順序で配置できます。
これらのコマンドには次の 2 つの機能があります。
重なり合っているデータ ボックスの中で、最前面に配置するボックスを選択します。
Tab キーを押したときに、カーソルが移動する順番を設定します。
ボックスを最前面または最背面に配置するには、次の操作を行ってください。
1. ボックスをクリックして選択します。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
最前面に配置するには、Edit メニューの Bring to Front を選択します。
最背面に配置するには、Edit メニューの Send to Back を選択します。
Tab キーを押したときにカーソルが移動する順番は、データ ボックスが作成された順番になっています。カーソ
ルの最初または最後の移動先となるデータ ボックスを設定できます。
カーソルの最初の移動先となるデータ ボックスを設定するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを選択します。
2. Edit メニューの Send to Back を選択します。
3. Tab キーを押します。カーソルは設定したボックスに移動します。
カーソルの最後の移動先となるデータ ボックスを設定するには、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを選択します。
2. Edit メニューの Bring to Front を選択します。Tab キーを繰り返して押すと、カーソルは、設定した最後
のボックスへ移動します。
オブジェクトの整列と間隔調整
オブジェクトを整列して一直線上に並べたり、間隔調整してオブジェクトを等間隔に配置することができます。
メモ: 枠付きのダイアログ ボックスでは、フレームではなく、内部のデータ ボックスが整列されます。
フォーム上のオブジェクトを一直線上に並べるには、次の操作を行ってください。
1. Shift キーを押しながら整列するオブジェクトをクリックします。
2. Edit メニューの Align サブメニューを使用して、次のうち、適切な操作を行います。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
整列方法
上端に揃える場合
縦位置を中央に揃
える場合
下端に揃える場合
左端に揃える場合
横位置を中央に揃
える場合
右端に揃える場合
操作
Top をクリックし
ます。
Vertical Center
をクリックしま
す。
Bottom をクリック
します。
Left をクリックし
ます。
Horizontal
Center をクリック
します。
Right をクリック
します。
フォーム上のオブジェクトが指定したとおりに整列されます。
オブジェクトをフォーム上に等間隔に配置するには、次の操作を行ってください。
1. Shift キーを押しながら間隔調整するオブジェクトをクリックします。
2. Edit メニューの Distribute サブメニューを使用して、次のうち、適切な操作を行います。
調整方法
操作
縦方向に調整する
Vertically をク
場合
リックします。
横方向に調整する
Horizontally を
場合
クリックします。
フォーム上のオブジェクトの間隔が指定したとおりに調整されます。
フォーム レイアウトの変更
フォームのレイアウトを変更する方法は、新規フォームの自動作成と同じです。新しいフォームを作成して前の
フォームと置き換えるか、新しいフォームを代わりのフォームとして保存します。詳細については、35 ページの
"フォームの自動作成"を参照してください。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
フォームのセキュリティ保護
セキュリティ オプションを設定して、ユーザーがフォームに使用できるオプションを制御できます。
また、MS Access データベースへのログオンに使用されるデータベース接続情報を使用することもできます。MS
Access によってセキュリティ システムが提供され、ユーザー名とパスワードの作成や管理、およびユーザー名へ
の許可の割り当てなどを行えます。MS ユーザー名パスワードのアカウント情報は、ワークグループ情報ファイル
(.mdw、.mda) に保存されます。MS Access データベースのセキュリティ保護の詳細については、65 ページの
"セキュリティ保護された MS Access データベースを開く" を参照してください。
セキュリティ オプションの設定
使用可能な ChemFinder フォーム オプションをユーザーごとに設定するには、次の操作を行ってください。
1. セキュリティで保護するフォームを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアロ
グ ボックスの Form タブが表示されます。
2. Security をクリックします。Form Security ダイアログ ボックスが表示されます。
メモ: フォームのセキュリティがセキュリティ オプションにアクセスできないように設定されている場合、
Security ボタンは表示されません。
図 4.9: Form Security ダイアログ ボックス
Tip: ダイアログ ボックスの左下部分に、セキュリティが定義されているかどうかが表示されます。
3. Username ボックスに、ログオン時に使用するユーザー名を入力します。Enable ボタンが使用できるようにな
ります。
4. Password ボックスに、ログオン時に使用するパスワードを入力します。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
メモ: パスワードの使用はオプションです。
5. MS Access Workgroup Administrator データベースでのワークグループ セキュリティを設定するには、ワー
クグループ情報ファイルを指定する必要があります。次のうち、適切な操作を行います。
メモ: ワークグループのセキュリティ設定はオプションです。
目的
操作
Workgroup
ワークグループ Information File
のファイル名を ボックスに MS Access
入力する場合
Workgroup データベー
ス名を入力します。
ワークグループ File をクリックして
ファイルを表示 ファイルを選択しま
する場合
す。
このダイアログ ボックスの Enable/Disable セクションのオプションを設定するには、次の操作を行ってくださ
い。
1. Database Security の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を
行います。
ユーザーに許可する 選択する
操作
オプション
フォームを開くとき
に、ユーザー別のパ
スワードを使ってロ
グオンするようにプ
Password to
open form
ロンプト
MS Access データ
ベース (MDB ファ
イル) へのログオン
時に、ユーザー名の
Logon to MS
Access database
パスワードを使用
フォームを開くとき Prompt for
に、ユーザー別のパ database logon
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
ユーザーに許可する 選択する
操作
オプション
スワードを使って
データベースにログ
オンするようにプロ
ンプト
分子データベース
(MST ファイル) を
Protect
開くときに、ユー
molecule
ザー名のパスワード database
を使用
Form Security ダ
イアログ ボックス
へのアクセス
上記すべてのオプ
ション
Security dialog
available
Database
security
2. Forms の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行います。
ユーザーに許可する 選択する
操作
オプション
データベースを開
く、または データ
ベースの作成
Open database
または create
database
フォームの作成
Create new
forms
フォームを開く
Open other
forms
フォームの編集
Save changed
forms
フォームのレイアウ Change form
layout
トを変更
上記すべてのオプ
ション
第 4 章: フォーム
Forms
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ChemFinder 15.0
3. Automation の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行いま
す。
ユーザーに許可する 使用する
操作
オプション
Allow CAL/OLE
Automation
access
メモ: Excel
へのエクス
ポートを有効
にするには、
このオプショ
ンを選択する
必要がありま
す。
OLE 自動書き込みお
よびプログラミング
へのアクセス
スクリプトの使用
Can use scripts
menu
スクリプトの編集
Edit scripts
上記すべてのオプ
ション
Automation
4. Edit の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行います。
ユーザーに許可する 使用する
操作
オプション
フォームのクリア
Clear
リレーショナル
データおよび構造式 Cut
データの削除
リレーショナル
データ、構造式デー
タおよびテーブルの Copy
複数行のクリップ
ボードへのコピー
クリップボードから Paste
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
ユーザーに許可する 使用する
操作
オプション
のリレーショナル
データおよび構造式
データの貼り付け
上記のすべての機能 Cut/Copy/Paste
5. Browse の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行います。
ユーザーに許可する 使用する
操作
オプション
データベースを閲覧
Browse database
records
データをテーブルに View form as
table
表示
データを連続ビュー View in
continuous
で表示
forms view
ChemDraw で構造式 Edit/view
structures in
を編集/表示
ChemDraw
Chem3D で構造式を View structures
in Chem3D
表示
上記のすべての機能 Browse
6. Search の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行います。
ユーザーに許可する
操作
使用する
オプション
検索式を実行
Query database
records
現在のヒット リス
トを検索
Search over
current list
データベース全体を
Search over
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
ユーザーに許可する
操作
使用する
オプション
検索
ヒット リストを保
存および操作
構造式の完全一致の
みを検索
部分構造式のみを検
索
類似した構造式のみ
の検索
上記すべてのオプ
ション
Enable hit list
tools
Full structure
Substructure
Similarity
Searching
7. Update records の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行い
ます。
ユーザーに許可する
操作
データベース レコー
ドを更新
データベース レコー
ドを追加
データベース レコー
ドを削除
使用する
オプション
Update records
Add new records
Delete records
8. ユーザーに SDFile または RDFile データをインポートする許可を与えるには、Import data を選択します。
9. ユーザーに区切り形式のテキスト ファイルなどのデータをエクスポートする許可を与えるには、Export data
を選択します。
10.Print の横にある + 記号をクリックしてオプションを表示し、次のいずれかに該当する操作を行います。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
ユーザーに許可する操
作
単一レコードのみを印
刷
複数のレコードを印刷
印刷プレビュー モー
ドを使用
上記のすべての機能
使用する
オプション
Single record
Several
records
Print preview
Print
セキュリティの設定を完了するには、次の操作を行ってください。
1. Enable をクリックします。
2. OK をクリックします。選択したオプションがフォームに適用されます。
セキュリティの解除
セキュリティを解除して既定の設定に戻すには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Form Properties ダイアログ ボックスの Form タブで、Security をクリックします。Form Security ダイ
アログ ボックスが表示されます。
3. Form Security ダイアログ ボックスで、Disable をクリックします。Validate Security ダイアログ ボッ
クスが表示されます。
メモ: このフォームはセキュリティ権限の設定時にパスワードを入力した場合のみに表示されます。55 ページの
"セキュリティ オプションの設定" を参照してください。
4. パスワードを入力し、OK をクリックします。セキュリティが解除され、既定の設定に戻ります。Form
Security ダイアログ ボックスの左下隅に、"Security Disabled" と表示されます。
セキュリティの上書き
セキュリティ オプションを編集するには、セキュリティを一時的に削除する必要があります。このような場合
は、Disable オプションを使用するのではなく、Override オプションを使用してください。
セキュリティ設定を一時的に解除するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Form Properties ダイアログ ボックスの Form タブで、Security をクリックします。Form Security ダイ
アログ ボックスが表示されます。
3. Form Security ダイアログ ボックスで、Override Security をクリックします。Validate Security ダイ
アログ ボックスが表示されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
メモ: このフォームはセキュリティ権限の設定時にパスワードを入力した場合のみに表示されます。55 ページ
の "セキュリティ オプションの設定" を参照してください。
4. パスワードを入力し、OK をクリックします。セキュリティ オプションを編集できるようになりました。Form
Security ダイアログ ボックスの左下隅に、"Security Overridden" と表示されます。
5. 変更が完了したら、Override Security をクリックしてセキュリティ設定をオンに戻します。Form Security
ダイアログ ボックスの左下隅に、"Security Enabled" と表示されます。
第 4 章: フォーム
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ChemFinder 15.0
データベース
ChemFinder では、データベースへのデータ入力、データの編集、ChemDraw および Chem3D とのデータ連携な
ど、さまざまなデータ操作を行えます。
これらの操作はいずれも、メニューのコマンドで実行できますが、ほとんどの操作は、Record ツールバーの該当
ボタンを使って実行することもできます。
図 5.1: Record ツールバーのデータベース機能: 1) First Record、2) Previous Record、3) Go to
Record、4) Next Record、5) Last Record、6) Add a Record、7) Undo Changes、8) Commit Changes、9)
Delete Record、10) Omit Record
データベースの選択
ChemFinder のフォームは、直接情報を格納せず、単にデータを表示して操作するためのウィンドウとして機能し
ます。フォームを作成するときには、表示するデータのソースを指定する必要があります。フォームには、データ
ベース内の 1 つのテーブルからのデータが表示されます。フォームのデータ ソースを指定するには、データベー
スを開くか作成してテーブルを選択します。
複数のテーブルからのデータを表示するには、テーブルごとにフォームを作成する必要があります。通常、1 つの
メイン テーブルにメイン フォームを作成し、その他のテーブルにはそれぞれサブフォームを作成します。詳細に
ついては、166 ページの "リレーショナル データとサブフォーム" を参照してください。
ボックスを作成する前または後にデータベースをフォームに関連付けます。フォームがデータベースに既に関連付
けられている場合は、データベースまたはデータ ソースを変更できます。フォームにボックスが含まれていて、
フィールドがボックスに関連付けられている場合は、ボックスは新しく開いたデータベース内の同じ名前のフィー
ルドに自動的に関連付けられます。
既存の化学用データベースを開く
データベースを開いてフォームに関連付けるには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Data Source をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスが表示さ
れます。
2. Open Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
図 5.2: Open ダイアログ ボックス
3. Open ダイアログ ボックスで、ファイル拡張子が .MDB のデータベースを選択し、Open をクリックします。
データ ソース ツリーが表示された Form Properties ダイアログ ボックスが表示されます。CS_Demo デー
タベースを次に示します。
図 5.3: CS Demo データベースの Form Properties
4. OK をクリックします。これでデータベースがフォームと関連付けられます。
表示するデータの選択
フォームに表示するデータのソースは既に指定されていますが、フォームはまだ空白のままです。データを表示す
るには、各ボックスに表示するデータを指定する必要があります。43 ページの "ボックス プロパティの設定"で
説明されているように、Box Properties ダイアログ ボックスを使用できます。
表示するデータ ボックスを選択するには、次の操作を行ってください。
1. ボックスまたはフレームを右クリックし、Field をクリックします。フィールドのプロパティが表示されま
す。
2. データ ソース ツリーで、表示するフィールドを選択します。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
図 5.4: データベース ツリーでフィールドを選択
3. OK をクリックします。フィールド データがボックスに表示されます。
枠付きボックスでこの方法を使用すると、ボックス ラベルは変更されません。ボックス ラベルにフィールド名を
使用したい場合は、次の操作を行ってください。
1. 枠付きボックスを右クリックし、コンテキスト メニューの下部にあるリストからフィールド名を選択します。
フィールド名がフレームの名前になり、ボックスにデータが表示されます。
図 5.5: コンテキスト メニューからフィールド名を選択
セキュリティ保護された MS Access データベースを開く
セキュリティ保護された Microsoft Access データベースを ChemFinder で開くには、MS Access で適切な権
限を設定する必要があります。
権限を設定するには、次の操作を行ってください。
1. MS Access で目的のデータベースを開きます。
2. Tools、Security、User and Group Permissions の順に選択します。
第 5 章: データベース
65 / 321
ChemFinder 15.0
図 5.6: ユーザー/グループの権限ダイアログ ボックス
3. ユーザーまたはグループのラジオ ボタンを選択し、個人またはグループに権限を割り当てます。
4. ドロップダウン メニューで、オブジェクト タイプを選択します。
5. そのオブジェクト タイプで各ユーザーやグループに割り当てる権限を選択します。
6. Apply をクリックします。
7. 権限の割り当てを終了したら、OK をクリックします。
8. ChemFinder でデータベースを開きます。
データベースの作成
空のデータベースを新しく作成して、フォームと関連付けることができます。
データベースを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 既存のフォームを開くか、新しいフォームを作成します。
2. フォームを右クリックし、Properties を選択します。Box Properties ダイアログ ボックスが表示されま
す。
3. Database タブをクリックし、さらに Create Database... をクリックします。Save As ダイアログ ボックス
が表示されます。
4. データベース名を入力し、Save をクリックします。データベースおよびデータベース内のテーブルとフィール
ドを表すデータ ソース ツリーが表示されます。
5. OK をクリックします。
データベースを開く
データベースを開く時は、次の 3 つの方法のいづれかでデータにアクセスできます。
標準アクセス —データの読み取りと書き込みができます。
読み取り専用アクセス —データの読み取りはできますが、書き込みはできません。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
セキュリティ アクセス —データベースはパスワードで保護されています。データベースに適用されたセキュリ
ティによって操作が制限されます。
メモ: ChemFinder 11.0 より前のバージョンでは、.cfx ファイルを読み取ることができません。
読み取り専用アクセス
次の条件を満たす場合に、データベースは読み取り専用として開きます。
コンポーネント ファイル (拡張子が CFX、MDB、LDB、MST、MSX) が読み取り専用の属性を持つ場合
ファイルが CD-ROM などの読み取り専用メディア上にある場合
フォームまたはデータベースを開くときに、File Open ダイアログ ボックスで Read-only を選択した場合
読み取り専用のデータベースを開くと、次の条件が適用されます。
ステータス ラインに READ と表示されます。
テキスト ボックスや構造式ボックス内のデータを変更することはできません。
メモ: フォーム (CFX) ファイルのみが読み取り専用に設定されている場合はステータス ラインに READ とは
表示されず、データベースは変更することができます。
マルチユーザー アクセス
データベースがネットワーク上に存在する場合、複数の ChemFinder ユーザーが同時にアクセスできます。各ユー
ザーは、他のユーザーの操作に関係なく、レコードの表示、印刷、変更を実行できます。
次の表は、ユーザーの種類がグループ内の他のユーザーにどのような影響を与えるかを示します。
ユーザー
タイプ
他のユーザーへの影響
複数のユーザー
が読み取り専用
ユーザーの操作はお互い
モードでアクセ
に影響しません。
スした場合
すべてのユーザーが読み
取り/書き込みを行うこと
複数のユーザー
が標準モードで
書き込もうとし
た場合
ができます。ユーザーは
他のユーザーによる変更
を見ることができます。2
人のユーザーが同じ箇所
を同時に変更しようとす
ると、データベースが一
時的にロックされている
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
ユーザー
タイプ
他のユーザーへの影響
という警告メッセージが
一方のユーザーに表示さ
れます。
標準モードでアクセスし
1 人のユーザー
が標準モード、
複数のユーザー
が読み取りモー
ドでアクセスし
た場合
たユーザーは、読み取り
モードでアクセスした
ユーザーの影響を受けま
せん。読み取りモードで
アクセスしたユーザーに
は、標準モードでアクセ
スしたユーザーの変更が
表示されます。
2 人のユーザーが同じデータベース内の同じレコードを表示している場合、一方のユーザーがそのレコードのデー
タを変更しても、もう一方のユーザーが表示しているレコードでは、その変更内容が即座に反映されません。変更
内容が反映されるのは、他のレコードに移動した後で、元のレコードを再表示したときです。
セキュリティ アクセス
ChemFinder では、次の種類のセキュリティがサポートされます。
フォーム アクセス ― ChemFinder によってフォームへのアクセスがセキュリティ保護されています。フォー
ムにアクセスするには、フォーム (CFX) ファイルに保存されたユーザー名とパスワードが必要です。
分子ファイル アクセス ― ChemFinder によって分子ファイルへのアクセスがセキュリティ保護されていま
す。分子ファイルにアクセスするには、データベースの MST ファイルに保存されたユーザー名とパスワードが
必要です。
Microsoft Jet Relational Database Engine ― Microsoft Access に基づくデータベース エンジンに
よってセキュリティが保護されています。ユーザー名とパスワードは MS Access Workgroup Administrator
データベースに保存されます。
フォーム アクセスの詳細については、55 ページの "フォームのセキュリティ保護" を参照してください。MS
Access のセキュリティ設定の詳細については、65 ページの "セキュリティ保護された MS Access データベース
を開く" を参照してください。
セキュリティ オプションが適用されたフォームまたはデータベースを開くと、ユーザー名とパスワードを入力し
てログオンするようにプロンプトが表示されます。
セキュリティ保護された MS Access データベースを ChemFinder で開くには、ユーザー名、パスワード、および
ワークグループの情報ファイルが必要です。詳しくは MS Access データベース管理者に問い合わせてください。
セキュリティ保護されたフォームを開くには、次の操作を行ってください。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
1. Validate Security ダイアログ ボックスでユーザー名 と パスワードを入力し、OK をクリックします。
アクセスしたフォームにセキュリティ保護された分子データベースが含まれる場合は、Database Logon ダイ
アログ ボックスが表示されます。
図 5.7: ChemFinder Molecule Database Security ダイアログ ボックス
2. ユーザー名、パスワード、およびワークグループの情報ファイル名が該当する場合はこれも入力し、OK をク
リックします。
フォームが開きます。
データベースの閲覧
データベース内のデータは、Record ツールバーの各種レコード ツールを使って閲覧できます。
図 5.8: Record ツールバーの閲覧機能: 1) First Record、2) Previous Record、3) Go to Record、4)
Next Record、5) Last Record、6) Add a Record、7) Undo Changes、8) Commit Changes、9) Delete
Record、10) Omit Record
データを閲覧するには、次の操作を行ってください。
データベースの最初のレコードを表示するには、First Record をクリックします。
現在表示中のレコードの前のレコードを表示するには、Previous Record をクリックします。
現在表示中のレコードの次のレコードを表示するには、Next Record をクリックします。
データベースの最後のレコードを表示するには、Last Record をクリックします。
メモ: 現在のレコード番号は、ステータス バーに表示されます。
指定したレコードに直接移動するには、次の操作を行ってください。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
1. Record メニューの Go To Record をクリックします。Record Number ダイアログ ボックスが表示されま
す。
2. 表示したいレコードの番号 (現在のリストに含まれる番号) を入力し、OK をクリックします。指定したレコー
ドが表示されます。
メモ: レコード番号は一時的なもので、現在のソート順で並べられた現在のリスト内での位置を参照します。
たとえば、検索の結果 10 件のヒットが得られた場合、有効なレコード番号は 1 ～ 10 です。データベース
内の指定した絶対位置に移動するには、その位置を識別するフィールド内で値を検索する必要があります。
データ テーブル
データをテーブル形式で表示した方がデータ レコードを効率的に閲覧できる場合があります。
メモ: データをテーブルに表示している間は、レコードを追加したり変更したりできません。
テーブル上にデータを表示するには、次の操作を行ってください。
View、Data Table、In Separate Window の順に選択するか、Ctrl + T キーを押します。フォーム内の
フィールドとレコードで構成されるリスト ウィンドウが表示されます。
図 5.9: 新しいウィンドウに表示されたデータ テーブル ビュー
フォーム内の特定のレコードを表示するには、次の操作を行ってください。
リスト ウィンドウでレコードをクリックします。既定値では、データ テーブル内の各フィールド (列) は、作
成した順に表示されます。
データ テーブル内の列を並べ替えるには、次の操作を行ってください。
1. 目的の列のヘッダーをクリックして、その列を選択します。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
図 5.10: データ テーブル ビュー内で選択した列のインジケータ
2. そのヘッダーを目的の位置へドラッグします。このとき、カーソルの形が下の図のようなアイコンに変わりま
す。新しい位置は赤い縦線で示されます。
図 5.11: 列の移動
データ テーブルの列の幅を変更するには、次の操作を行ってください。
1. 一番上の行の区切り線上にカーソルを置きます。このとき、カーソルの形が下の図のようなアイコンに変わりま
す。
図 5.12: 列幅の変更
2. 目的の位置までドラッグして列幅を変更します。
メモ: 列を非表示にするには、右クリックして表示されたコンテキスト メニューから Hide Column を選択します。
データ テーブルの行の高さを変更するには、次の操作を行ってください。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
1. 一番左の列の区切り線上にカーソルを置きます。このとき、カーソルの形が下の図のようなアイコンに変わりま
す。
図 5.13: 行の高さの変更
2. 目的の位置までドラッグして行の高さを変更します。
メモ: すべての行のサイズを変更するには、列のヘッダーを右クリックして表示されたコンテキスト メニューから
Resize Rows to Fit を選択します。
R-基テーブル
データ テーブル ビューでは、部分構造式検索を R-基の置換基のテーブルとして表示できます。
1. 部分構造式検索を実行します。
メモ: 構造式全体の検索や類似検索からはテーブルは作成できません。
図 5.14: R-基テーブルをセットアップする部分構造式クエリ
2. データ テーブル ビューに切り替えます。
3. Structure 列内を右クリックし、R-Group Table をクリックします。すると次の変更が行われます。
最上位の構造式がテンプレートに置換されます。これは入力したクエリと似ていますが、置換基を見つけたす
べての位置に R が結合されたものです。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
図 5.15: R-基クエリとテンプレート
すべての R 用に新しい列が生成されます。
他の行に R のヒットが埋め込まれます。
メモ: このテーブルのデータは表示専用で、フォームとともには保存されません。このテーブルは、別のクエ
リの実行またはリスト全体の復元によってヒット リストを変更するまでは、テーブル ビューに切り替えるた
びに表示されます。
R-基テーブルをソートするには、次の操作を行ってください。
1. R 列のヘッダー (R1、R2 など) を右クリックします。
2. Sort Column メニューをクリックします。次のオプションがあります。
Ascending
Descending
Multiple
Ascending および Descending では、分子量を基準としてソートします。Multiple では、ソートの基準となる
パラメータ (複数可) をダイアログ ボックスで指定できます。
マルチ ソートを設定するには、次の操作を行ってください。
1. 適用する順にフィールドを選択します。
2. 選択したフィールドを右クリックし、ソートの順序 (昇順または降順) を変更するか、不要なパラメータを削
除します。
クリップボードを使用して、構造式またはテキストが含まれる R-基テーブルのセルの切り取りと貼り付けを行う
ことができます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
R-基グラフ
R-基テーブルを生成しておくと、各種の置換基と任意のグラフ化可能フィールドとの関係をグラフにすることがで
きます。
1. テーブル ビューを表示した状態で、View、BioViz、Plots、New の順に選択します。
2. General タブの X 変数または Y 変数をクリックしてドロップダウン メニューを表示します。R-基の位置が
ドロップダウン メニューに表示されるので、これを他の数値フィールドと同様にグラフ作成に使用できます。
図 5.16: R-基グラフの設定
図 5.17: R-基 2 と分子量のグラフ
上の図が示すように、R-基は X 軸に沿っています。グラフの右上隅に表示される構造式がテンプレートです。
データベースの作成
既存のデータベースを開く代わりに、新しい空白のデータベースを作成できます。
自動フォーム生成機能を使用して新しいデータベースを作成する方法については、18 ページの "チュートリアル
3: データベースの作成"を参照してください。次の方法で新しく作成したデータベースは、構造式を保存するため
の 1 つのテーブルで構成されます。
データベースを作成するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Database タブで、Create Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表示されます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
3. データベースを保存するディレクトリを選びます。
4. データベースの名前を指定し、Save をクリックします。1 つのテーブル (MolTable) で構成されるデータ
ベースが作成されます。テーブルには次の 4 つのフィールドが含まれます。
Structure (構造式)
Formula (分子式)
Molecular Weight (分子量)
Mol_ID
Mol_ID フィールドに対応するテーブルの列には、構造式を追加するたびに ID 番号が自動的に入力されます。そ
の他のフィールドにはデータベースの構造式に関する情報が保存され、割り当てられた ID 番号にリンクします。
分子式および分子量のデータは、構造式から自動的に計算されます。これらの内部フィールドは、編集または削除
できません。
データベースの作成後、その他のタイプのデータを保存するためのフィールドを作成できます。データベースでの
操作を行う前に、すべてのフィールドを作成する必要はありません。フィールドは後で追加できます。
テーブルの作成
データベースに含めることのできるテーブルの数に制限はありません。データベースに複数のテーブルを作成し
て、リレーショナル データを管理したり、異なる情報を整理したりできます。
テーブルには、少なくとも 1 つの列が必要です。新しいテーブルを作成すると、ID という数値列が 1 つ作成さ
れます。この列には整数データを保存できますが、これを削除して独自の列を作成したり、既存の列と置き換えた
りすることもできます。
テーブル名には、次の規則が適用されます。
文字で始めます。
句読点は使用できません。
表示されているテーブルとは異なる名前を指定します。
新しい空白のテーブルを作成するには、次の操作を行います。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. Table タブをクリックし、次に Create Table をクリックします。Create Table ダイアログ ボックスが表
示されます。
3. テーブルの名前を入力し、OK をクリックします。入力した名前のテーブルがデータ ソース ツリーに表示され
ます。
テーブルの削除
データベースからテーブルを削除するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表示され
ます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
2. Table タブをクリックします。
3. データ ソース ツリーで、削除したいテーブルを選択します。
4. Delete Table をクリックします。警告メッセージが表示されます。
5. テーブルを削除する場合は Yesを、テーブルをそのまま残す場合は Cancel をクリックします。テーブルと
テーブルに含まれるすべてのデータが、データベースから削除されます。
Caution: テーブルをいったん削除すると、元に戻すことはできません。データを誤って削除しないように、
テーブルを削除する前にデータベースのバックアップを作成してください。詳細については、81 ページの
"データベースのバックアップ"を参照してください。
他のアプリケーションのテーブルを接続
ChemFinder を使って、化学構造式を既存のデータベースに追加できます。Microsoft Access で作成したデータ
ベースは、ChemFinder で直接開くことができます。
ChemFinder では dBASE や xBase のクローンなど、他のファイルベースのデータベースのデータも使用できま
すが、その場合には、ChemFinder データベースを開くか作成してからテーブルの接続を行って、データ ソース
内のテーブルにリンクする必要があります。テーブルを接続すると、実際のローカルな ChemFinder データベー
スのように表示され、操作することができます。
テーブルの元のデータベース システムが、ファイル ベース (Access、FoxPro、dBASE) か、ファイル ベースで
ない (Oracle) かによって、接続方法が異なります。
ファイル ベースのデータベースからのファイルの接続
ファイル ベースのデータベースのテーブルを接続するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Table タブをクリックし、次に Attach Table をクリックします。Attach Table ダイアログ ボックスが表
示されます。
3. Open MS Access Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
メモ: Attach Table Open ダイアログ ボックスに表示されるファイル タイプのリストは、コンピュータによって異
なり、ドライバがインストールされているファイルのみが表示されます。たとえば、Paradox がインストールされて
いない場合は、使用しているシステムに Paradox ドライバがないか、ドロップダウン リストに表示されません。ア
クセスしたいデータベース タイプがファイル ベースのシステムでない場合は、リストに表示されません。この場
合、ODBC を使って接続する必要があります。詳細な方法は、76 ページの "ファイル ベース以外のデータベースから
のファイルの接続" を参照してください。
4. アクセスするデータベースをクリックし、OK をクリックします。
5. ツリー内で、接続するテーブルをクリックし、OK をクリックします。新しく接続したテーブルが Form
Properties ダイアログ ボックス内のツリーに表示されます。
6. OK をクリックします。
ファイル ベース以外のデータベースからのファイルの接続
接続したいデータベースがファイル ベースでない場合 (Oracle など) は、Microsoft の Open Database
Connectivity (ODBC) を使って接続できます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
ファイル ベースでないデータベース テーブルを接続するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。
2. Table タブをクリックし、次に Attach Table をクリックします。Attach Table ダイアログ ボックスが表
示されます。
3. Open Oracle/ODBC Data Source をクリックします。Select Data Source ダイアログ ボックスが表示され
ます。
4. Machine Data Source タブをクリックし、アクセスする ODBC データ ソースを選択し、OK をクリックしま
す。
メモ: ODBC Data Source ダイアログ ボックスには、ChemFinder、Access や他のファイル ベースのデータ ソース
を含め、ODBC で認識されるすべてのデータ ソースが表示されます。ODBC ダイアログ ボックスでファイル ベースの
データ ソースを開こうとすると、エラー メッセージが表示されます。ファイル ベースのデータ ソースは、前述の
ように、Open Database コマンドを使って開く必要があります。
ODBC data source ダイアログ ボックスに目的のデータベースが表示されない場合、新しいデータ ソースを作成する
必要があります。この操作は New オプションを使用して行います。詳細については、ODBC ダイアログ ボックスの
Help をクリックしてください。
5. ユーザー名とパスワードを入力するプロンプトが表示されるので、これらを入力します。ユーザー名とパスワー
ドがわからない場合は、システム管理者に問い合わせてください。
6. ツリー内で、接続するテーブルをクリックし、OK をクリックします。新しく接続したテーブルが Form
Properties ダイアログ ボックス内のツリーに表示されます。
7. Form Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。
フォームに表示するデータ ソースが指定されましたが、フォームは空白のままです。データにアクセスするに
は、データ ボックスを作成し、各ボックスに表示するデータを指定する必要があります。
フィールドの作成
新しいデータベースを作成する場合でも、既存のデータベースで作業する場合でも、選択したテーブル内のフィー
ルドを追加または削除できます。
次の種類のフィールドから選ぶことができます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
テキスト フィールド － 名前、注釈、参照などのテキストを入力します。テキスト フィールドは固定長で、
フィールドに保存するデータ項目の最大長 (桁数) を設定します。たとえば、フィールドの桁数を 50 に設定した
場合、51 文字以上の項目は保存できません。
テキスト フィールドの最大桁数は半角 254 文字です。これより長いテキスト文字列を入力する場合は、メモ/
リッチ テキスト フィールドを作成してください。
一度作成したテキスト フィールドの桁数は変更できません。このため、テキスト フィールドの桁数は、ある程度
余裕を持って長めに設定しておくとよいでしょう。一方、フィールドの桁数を長く設定するとファイルのサイズが
大きくなり、検索に時間がかかります。
メモ: ASCII 以外の文字はデータ テーブルのテキスト フィールドで正しく表示されません。
整数フィールド － ID 番号などの整数を入力します。ChemFinder の整数はすべて長整数であるため、10 億
単位 (232) までの値を入力できます。
倍精度フィールド － 物理定数や単価などの実数を入力します。ChemFinder の実数は倍精度実数です。
ChemFinder では、倍精度フィールドを ID フィールドに使用できます。
画像フィールド － スペクトルや実験設定などのビットマップ ファイル (BMP、GIF、JPEG、PNG、TIFF) ま
たは Windows メタファイル (WMF、EMF) を、データ項目としてデータベースに保存します。
フォーム上の画像ボックスを使用すると、フォームに付加したロゴなどの固定画像を表示することも、また、デー
タベースに保存されている画像を表示してレコード間の移動に応じて表示を変えることもできます。読み込んだ
データベースに画像 (Long Binary 型または BLOB 型) が含まれていると、それらは画像として解釈され、
フォーム ジェネレータによって画像ボックスが作成されます。
メモ/リッチ テキスト フィールド － テキストを表示するために使用されます。メモ フィールドは長さを設
定する必要がありません。メモ フィールドの長さは不定なので、テキスト フィールドよりも検索に時間がかかり
ます。また、メモ フィールドはソートできません。
テキストを検索するには、次の操作を行ってください。
1. メモ フィールドまたは標準テキスト フィールドを右クリックし、Find Text を選択します。Find text ダイ
アログ ボックスが表示されます。
2. テキストと検索条件を入力します。
3. Forward または Backward をクリックして検索を行います。
4. 次の一致文字列に進むには、次のいずれかの操作を行ってください。
Find Next をクリックします。
F3 キーを使用します。
5. 前の一致文字列に戻るには、次のいずれかの操作を行ってください。
Find Prev をクリックします。
Shift + F3 キーを使用します。
テキストを置き換えるには、次の操作を行ってください。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
1. メモ フィールドまたは標準テキスト フィールドを右クリックし、Replace を選択します。Find and Replace
Text ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Text to find テキスト ボックスに、置き換えられるテキストを入力します。
3. Replace with テキスト ボックスに、Text to find テキスト ボックスで指定されたテキストを置き換えるテ
キストを入力します。
4. Replace をクリックします。
メモ: Find Text オプションを選択できるのは、テキストの長さがテキスト ボックスのサイズよりも長く、
テキスト全体が表示されていない場合のみです。テキスト ボックス内にテキスト全体が表示されている場合
は、Find Text オプションはコンテキスト メニューで選択できません。
メモ フィールドには書式付きテキストを保存できます。詳細については、89 ページの "書式付きテキスト" を参
照してください。
日付フィールド － 日付を保存できます。日付は、Windows のコントロール パネルの「地域のオプション」
で設定した形式で表示されます。
構造式フィールド － リレーショナル データベースに保存される ID 番号と、Structure、Formula、
MolWeight の 3 つのフィールドの、合計 4 つのフィールドから構成されます。これらのフィールドには、
ChemFinder 構造式データベース ファイルからのデータを入力します。
ブール論理演算 － チェック ボックスで使用します。ブール論理演算フィールドを検索する場合、ON の項目
のみを検索できます。これは、ChemFinder がクエリ フォームをアクティブにする時点で、すべてのフィールドを
自動的にクリアするためです。
テーブル内に複数のセットの構造式フィールドを作成できます。構造式データはすべて同じ構造式データベース
ファイルから入力されますが、各フィールドには異なる名前が割り当てられ、それぞれ独自の ID 列を参照しま
す。
フィールドを作成するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. Field タブをクリックします。Field のプロパティが表示されます。
3. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表示されます。
4. Name ボックスに名前を入力します。
5. Type ボックスでドロップダウン メニューからデータ タイプを選択します。
6. テキスト フィールドの場合のみ、Width ボックスに幅 (文字数) を直接入力するか、右端の上下矢印をクリッ
クして幅の値を選択します。
7. OK をクリックします。データ ソース ツリーに新しいフィールド名が表示されます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
フィールドの削除
フィールドを作成してデータ ボックスに割り当てることができるように、選択したテーブルからフィールドを削
除して、データベースを変更することもできます。
フィールドを削除するには、次の操作を行います。
1. フォームを右クリックし、Properties をクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. Field タブをクリックします。Field のプロパティが表示されます。
3. フィールド リスト内で、削除するフィールドを選択します。
4. Delete Field をクリックします。
5. 警告メッセージが表示されます。OK をクリックして削除するか、Cancel をクリックしてそのまま残します。
Caution: フィールドを削除すると、フィールド内のすべてのデータが削除されます。このことに関して明示的
な警告メッセージは表示されません。
複数の構造式の追加
テーブル内に複数の構造式列を作成することで、同じフォームに複数の構造式を入力できます。作成した個々の構
造式列は、次の 4 種類のデータを表示します。
構造式の図
Molecule ID (この ID は構造式をリレーショナル テーブル内のレコードに関連付けます。)
構造式から求められた分子式
構造式から求められた分子量
テーブルに複数の構造式列を作成するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Database をクリックします。Form Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
2. データベースを作成するか、開きます。
3. Field タブをクリックします。
4. 新しい構造式列を作成するテーブルを選択します。
5. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表示されます。
6. Type ドロップダウン リストから Structure を選択します。フィールドに名前が割り当てられます。この名
前は編集できません。
7. OK をクリックします。リストに 4 つの新しいフィールドが表示され、同じ構造式列のセットに割り当てられ
るように名前が指定されます。
8. 適切なデータ ボックスを右クリックし、コンテキスト メニューのフィールド リストからフィールドを選択し
て新しいフィールドをボックスに接続します。
化学分野以外のデータベース
ChemFinder 以外のアプリケーションを使って作成したデータベースを開いて、構造式を追加する場合、変更可能
な (接続されていない) テーブルに構造式フィールドを作成できます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
構造式フィールドを作成するには、次の操作を行ってください。
1. データベースを開きます。
2. 右クリックし、Properties を選択します。
3. データベース ツリー内で、構造式を追加するテーブルをクリックします。
4. Field タブをクリックします。
5. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表示されます。
6. ドロップダウン リストのタイプから Structure を選択し、OK をクリックします。
構造式列を作成するときには、列の名前やその他の詳細情報は指定しません。ChemFinder によって 4 つの列が
自動的に作成され、名前が設定されます。これらの列は、データベースに構造式を入力するまで空のままです。
データベースのバックアップ
現在の ChemFinder データベースをバックアップするには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Copy Database をクリックします。Save As ダイアログ ボックスが表示されます。既定値
では、コピーに "元のデータベース名_copy.cfx" という名前が付けられます。
2. 必要に応じてコピーの名前を変更し、保存場所を選択して OK をクリックします。指定の場所に ChemFinder
データベース ファイルの完全なセットがコピーされます。
データベースの移動
ChemFinder では、フォームの定義、およびデータベースに接続するための情報のみが CFX ファイルに保存され
ます。実際の構造式データは MSX および MST という拡張子が付いたファイルに保存され、構造式以外のデータは
MDB という拡張子が付いたファイルに保存されます。データベースを別のコンピュータに移動する場合、既定値の
ChemFinder データベースでは、最低 4 つのファイルを移動する必要があります。同じデータベースに複数の
フォームがアクセスする場合は、5 つ以上のファイルを移動しなければならない場合もあります。
メモ: MSX、MST、MDB の拡張子を持つファイルはすべて同じファイル名ですが、CFX ファイルには異なる名前
を指定できます。
データベースの移動後、フォームを開いて、データ ソースのリンクが保持されていることを確認します。データ
ソースが見つからず、空白のフォームが表示された場合は、File メニューの Database を選択して、データ
ソースにもう一度接続する必要があります。
フォームがネットワーク上のリモート データ ソースに接続している場合は、移動するファイルの数は少なくなり
ます。データ ソースはそのままリモートのコンピュータに残し、データにアクセスするためのフォームを含む
CFX ファイルのみを移動します。データ ソースへの再接続が自動的に行われない場合には、手動で行う必要があ
ります。大きな組織内で複数のユーザーが同一の中央データ ソースにアクセスする場合など、データ ソースにも
う一度接続しなければならないことが一般的です。
ポータル データベースの作成
ChemFinder は、構造式データのソートなどの操作を行うとき、データベース内に一時テーブルを作成します。た
だし、データ CD などの読み取り専用のソースではこの操作が実行できません。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
このような場合、読み取り専用のソースに直接アクセスしないで、ポータル データベースを作成することができ
ます。ポータル データベースとは、ローカルで使用する書き込み可能なデータベースで、必要に応じて外部テー
ブルへ接続できます。ポータル データベースの外観および動作はターゲット データベースと同様であり、操作に
制限がありません。
ChemFinder は、必要に応じてポータル データベースを作成します。たとえば、データベース CD を使って検索
し、式によってソートしようとすると、ローカル データベースを作成するようメッセージが表示されます。ロー
カル データベースの作成後、現在のテーブルを接続してフォームを保存してからソートを行います。ローカル
データベースを作成すると、すべての機能と操作性を持ったデータを、新しいフォームから得ることができます。
第 5 章: データベース
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ChemFinder 15.0
データの操作
データの入力
データベースにデータを入力するには、新しいレコードを追加します。新しいレコードを追加するには、次の 3
つの操作を行ってください。
フォームのクリア
新しいデータの追加
新しいエントリの確定
フォームのクリア
新しいレコードを追加するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを作成して、データベースにリンクします。詳細については、36 ページの "手動によるフォームの作
成" を参照してください。
フォームには、レコードを表示して編集するためのデータ ボックスが必要です。また、これらのボックスは、
適切なフィールドを選択してリンクを指定しておく必要があります。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
Record メニューの Add New Record をクリックします。
Record ツールバーの Add Record アイコンをクリックします。
3. フォーム上のすべてのボックスがクリアされ、新しいデータを入力できる状態になります。また、ステータス
バーにも、レコード追加モードになっていることが示されます。
図 6.1: レコード追加モードのステータス バー
新しいデータの追加
英数字データを追加するには、次の操作を行ってください。
英数字のフィールド タイプのボックスをクリックして、データを入力します。
構造式を追加するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式のフィールド タイプのボックスを右クリックします。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
目的
操作
構造式の描画
1. 構造式ボックス内をダブ
ルクリックします。
ChemDraw コントロール
が表示されます。
(ChemDraw
モード)
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
目的
操作
2. 構造式ボックスに新しい
構造式を描画します。
3. ボックスの外部をクリッ
クして構造式を完成させ
ます。
1. 構造式ボックス内をダブ
ルクリックするか、右ク
リックして Edit in
ChemDraw を選択しま
す。ChemDraw が表示さ
れます。
構造式の描画
(ChemFinder
モード)
2. ChemDraw ウィンドウで
新しい構造式を描画しま
す。
3. File メニューの Exit
and Return to をク
リックするか、Ctrl +
W キーを押して
ChemFinder に戻り、構
造式を挿入します。
1. 構造式ボックス内を右ク
リックして Read
Structure をクリック
構造式の読み込
します。Open ダイアロ
み
グ ボックスが表示され
(ChemFinder
ます。
または
2. 構造式ファイルを参照に
ChemDraw モー
より指定し、OK をク
ド)
リックします。ファイル
が ChemFinder に挿入
されます。
メモ: ChemDraw の操作方法については、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』を参照してください。
新しいデータの確定
すべてのデータ項目を入力したら、次のいずれかの操作を行います。
Add Record ツールバーの Commit をクリックします。
Record ツールバーの Commit Changes アイコンをクリックします。
Record メニューの Commit Changes をクリックします。
第 6 章: データの操作
84 / 321
ChemFinder 15.0
別のレコードへの移動または印刷などの別の操作を実行します。新しいレコードがデータベースに追加されま
す。
メモ: Commit Changes を選ぶと (データベースに複数のレコードが登録されている場合は、別のレコードに
移動すると)、入力したデータがデータベースに保存されます。File メニューの Save コマンドは使わないでく
ださい。File メニューの Save を選択すると、フォーム レイアウトの変更は保存されますが、データベース
内のデータの変更は保存されません。
レコードの複製
既存のレコードを変更して新しいレコードを作成することもできます。
レコードを複製するには、次の操作を行ってください。
Record メニューの Duplicate Record をクリックします。追加モードに切り替わり、既存のレコードから新
しいフォームにデータが入力されます。変更を確定すると、各フィールドに複製元のレコードと同一のデータを
持つ新しいレコードが生成されます。レコードの複製を確定する前に、他の新しいレコードと同じように、各
フィールドや構造式を適切に変更します。
メモ: レコードを複製する際に、実際に複製されるのは、フォーム上に表示されているフィールドだけです。
データベース内のフィールドのうち、フォーム上に表示されていないフィールドのデータは、新しいレコード
にはコピーされません。複製されたレコードには、新しい Mol_ID が割り当てられます。
入力データの取り消し
新しいデータ エントリをまだ確定していない場合は、フォームに入力した内容を元に戻して、フォームを入力前
の状態に戻すことができます。
変更を取り消すには、次のいずれかの操作を行ってください。
Record メニューの Undo Changes をクリックします。
Record ツールバーの Undo Changes アイコンをクリックします。
なお、いったん確定した変更内容は元に戻すことができません。
データの編集
フォームのデータ項目を直接編集し、変更内容を確定して、データベース内のデータを変更します。
メモ: Formula フィールドおよび MolWeight フィールドは、Structure フィールドから自動的に計算されま
す。ユーザーが編集することはできません。MOL_ID フィールドも自動的に設定され、ユーザーが編集すること
はできません。
データを編集するには、次の操作を行ってください。
編集するデータ項目のデータ ボックスをクリックします。構造式データ ボックスまたは画像ボックスをクリッ
クすると、ボックスが強調表示されます。英数字データのデータ ボックスをクリックすると、データ ボックス
内にカーソルが表示されます。
英数字データを編集するには、次の操作を行ってください。
1. 新しいテキストや数値を入力します。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
Record メニューの Commit Changes をクリックします。
Commit Changes アイコンをクリックします。
別のレコードへ移動します。
メモ: 別のレコードに移動すると、常に、最初に変更内容が確定されます。
構造式の編集
構造式の編集には、ChemDraw 描画ツールを使用します。また、整形により構造式をより美しく表記できます。
Clean Structure コマンドは、結合長や結合角を調整し、描画された分子を見やすくします。整形に必要な変更
の度合いは前もって予測できないので、Clean Structure コマンドは徐々に実行されます。したがって、必要な
場合はこのコマンドを何度か繰り返してください。コマンドの機能の詳細については、『ChemDraw ユーザーズ ガ
イド』の第 4 章「高度な描画テクニック」の「構造式の整形」を参照してください。
入力データをまだ確定していなければ、Record メニューの Undo Changes でレコードを変更前の状態に戻すこと
ができます。
構造式データを編集するには、次の操作を行ってください。
1. 次のいずれかの操作を行ってください。
ChemDraw モードのとき: 構造式ボックスをダブルクリックします。ChemDraw コントロールが表示されま
す。
ChemFinder モードのとき: 構造式ボックスをダブルクリックします。ChemDraw が起動され、構造式が
ChemFinder ウィンドウに表示されます。
どちらかのモードのとき: 構造式ボックス内を右クリックして、Edit in ChemDraw をクリックします。
ChemDraw が起動され、構造式が ChemFinder ウィンドウに表示されます。
2. 次に、構造式を編集します。
3. 作業が終了したら、ChemFinder フォーム内をクリックするか、または Ctrl + W キーを押して、ChemDraw
ウィンドウを閉じます。
4. Record メニューの Commit Changes を選択します。Commit Changes アイコンをクリックするか、別のレ
コードに移動します。これで、変更が保存されます。
構造式を整形するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式ボックス内を右クリックし、Clean Structure をクリックします。
2. 整形後の構造式を保存するには、次のいずれかを実行します。
Record メニューの Commit Changes を選択します。
Commit Changes アイコンをクリックします。
ChemDraw による構造式の操作
Structure フィールド タイプのデータ ボックスでは、ChemDraw 構造式を入力または編集できます。ChemDraw
内で直接作業することも、または ChemDraw コントロールを使用して、構造式データ ボックス内で作業すること
もできます。既定値の選択は構造式データ ボックスの Box Properties で行います。
オプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式ボックスを右クリックします。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
2. Properties をクリックします。
3. Box Style セクションのドロップダウン メニューで、次に従って既定値を選択します。
ChemDraw コントロールを使用するには、ChemDraw スタイルを選択します。
ChemDraw で編集するには、ChemFinder スタイルを選択します。
Tip: ChemDraw スタイルを既定値に設定した場合でも、ChemDraw で直接編集を行うことができます。構造式
ボックス内を右クリックし、Edit in ChemDraw を選択します。
構造式を編集するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式データ ボックス内をダブルクリックします。既定の設定に応じて、ChemDraw が開くか、または
ChemDraw コントロールが表示されます。既にデータ ボックスに構造式が表示されている場合は、編集ウィン
ドウにその構造式が表示されます。この構造式は、ChemDraw で作成した通常の構造式と同じように変更、操作
できます。データ ボックスに構造式が表示されていない場合は、編集ウィンドウが空白になります。この空白
のウィンドウに構造式を作成し、ChemFinder のデータベースに保存することができます。
編集を終えたら、次のいずれかの操作を行います。
ChemDraw で編集している場合は、File メニューの Exit and Return to Structure を選択するか、または
Ctrl + W キーを押します。
ChemDraw コントロールで編集している場合は、構造式ボックスの外をクリックします。
新しい構造式または編集済みの構造式が表示されます。この構造式は、この時点ではまだデータベースに追加され
ていません。
2. Record メニューの Commit Changes を選択し、次に Commit Changes アイコンをクリックするか、別のレ
コードに移動します。これで、変更が保存されます。
後述する一部の例外を除いて、ChemDraw で描画した構造式や反応式は、化学上の意味を持つものであれば、その
まま保存できます。ChemDraw で、構造式が化学的に意味のあるものか確認するには、構造式を選択し、
Structure メニューの Check Structure を選択します。詳細については、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』を参
照してください。
ただし、次の 2 項目は例外として ChemFinder に保存できません。
ChemFinder では、フェロセンのように複数の結合ポイントや可変結合ポイントを持つ分子のインポートはサ
ポートされていません。
ChemFinder は "単独" のヘテロ原子を認識しません。たとえば、次のような構造式を描画した場合について考
えてみます。
この場合、ChemDraw で Check Structure コマンドを選択すると、原子価が無効であることを示すメッセージが
表示されます。この構造式を ChemFinder に表示すると、許容される最小の原子価を満たすように、自動的に水素
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
原子がメイングループの元素に追加されます。このため、上に示した構造式は CH 3NH2 (メチルアミン) として登
録されます。
描画した検索属性付きの構造式および反応式は、一般的に検索式においてのみ意味を持ちます。検索構造式は
ChemFinder データベースに保存できます。しかし、Markush 構造式としては取り扱われませんので、すべての有
効な検索クエリに対して構造式が正しくヒットするとは限りません。詳細については、237 ページの "構造式クエ
リの機能" を参照してください。
ChemDraw では、化学的な意味を持たない多数のオブジェクトを描画できます。たとえば、ボックス、円、矢印、軌
道などを描画できます。また、化学上の意味を持たないオブジェクトに色などのスタイルを設定することもできま
す。ただし、ChemFinder ではこのような補助的な特性はすべて無視され、化学上の意味を持つオブジェクトだけ
が Structure フィールドに保存されます。
ChemDraw のドキュメントを描画したとおりに保存するには、ドキュメントを画像として保存します。ChemDraw
の画像は、コピーして Picture フィールドに貼り付けることができます。
図 6.2: 画像フィールドを持つフォーム
メモ: 画像フィールド内のオブジェクトは、化学上の意味を持つオブジェクトとしては認識されず、検索でき
ません。
Chem3D によるモデルの表示
ChemFinder は Chem3D コントロールにも対応しているので、構造式データ ボックスに Chem3D スタイルを指定
できます。
構造式の分子モデルを表示するには、次の操作を行ってください。
1. Explorer ウィンドウの Database ペインで Structure フィールドをダブルクリックしてフォームに
Structure フィールドを 1 つ追加します。
2. フィールド内を右クリックし、Properties をクリックします。
3. Box Style セクションにあるドロップダウン メニューから Structure (Chem3D style) を選択します。
Structure フィールドに 3D の構造式が表示されます。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
図 6.3: 3D 構造式フィールドを持つフォーム
モデルを回転させたり表示を調整するには、フィールドをダブルクリックします。既定値のツールは回転ツールで
すが、原子や結合の選択にも使えます。フィールド内を右クリックすると、Chem3D コントロールのコンテキスト
メニューが表示され、このメニューから Chem3D のコマンドを実行できます。
Chem3D の詳細な操作方法については、『Chem3D ユーザーズ ガイド』を参照してください。
メモ: ChemDraw の操作とは異なり、Chem3D でモデルに加えた変更は ChemFinder には反映されず、保存も
されません。Chem3D のモデルをビットマップまたはメタファイルとして保存し、画像フィールドに挿入する
と、データベースに Chem3D モデルの画像を保存できます。ただし、この場合は原子の結合テーブルが保存さ
れないので、画像を編集できなくなります。
書式付きテキスト
Text メニューのツール、または Text Format ツールバーのツールを使用して、テキストのフォント、サイズ、
スタイル、色、および配置を変更できます。
Text Format ツールバーが表示されていない場合は、次の手順で表示します。
View、Toolbars、Text Format の順に選択します。テキスト書式ツールが表示されます。
図 6.4: 1) フォント、2) ポイント サイズ、3) 太字、4) 斜体、5) 下線、6) 下付き文字、7) 上付き文字、8)
色、9) 左揃え、10) 中央揃え、11) 右揃え、12) 箇条書き
このツールバーを使用して、プレーン テキスト フィールドまたはメモ/リッチ テキスト フィールド内のテキス
トの書式を変更します。
変更の取り消し
テキストの変更を確定する前であれば、変更前の状態に戻すことができます。
変更を取り消すには、次のいずれかの操作を行ってください。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
Edit
メニューの Undo を選択します。
メイン ツールバーの Undo アイコンをクリックします。
なお、いったん確定した変更内容は元に戻すことができません。
変更の再実行
Undo コマンドで操作を元に戻すと、Redo コマンドがアクティブになります。Redo コマンドを使うと、直前に実
行した Undo コマンドを取り消して、操作をやり直すことができます。
直前に元に戻した操作をやり直すには、次のいずれかの操作を行います。
Edit メニューの Redo を選択します。
Redo アイコンをクリックします。
この操作により、元に戻した操作がもう一度実行されます。
データの削除
個々のフィールドの内容は、Delete キーまたは Backspace キーを使って削除できます。ただし構造式、分子
式、分子量、および Mol_ID は削除できません。
レコード全体を削除するには、次の操作を行ってください。
1. Record コマンドまたはツールバーを使って、削除するレコードに移動します。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
Record メニューの Delete Record を選択します。
Delete Record アイコンをクリックします。
レコードが削除されます。これを元に戻すことはできません。
メモ: テーブル ビューを使用すると、複数のレコードを削除できます。
データのソート
フォーム内のほとんどのタイプのデータでデータベースをソートすることができます。Mol_ID や分子量などの数
値フィールドでソートすると、現在のリストが当該フィールドの値の昇順または降順で並べ替えられます。構造式
フィールドでソートすると、構造式内の原子数の昇順にリストが並べ替えられます。存在しても非表示の水素はカ
ウントされません。分子式フィールドでソートすると、レコードが C-H-N 数の昇順 (炭素を含む化合物の場合)
で並べ替えられ、その上でさらに他の元素のアルファベット順に並べ替えられます。炭素のない化合物の分子式は
アルファベット順にソートされます。分子名などのテキスト フィールドでソートすると、レコードがアルファ
ベット順に並べ替えられます。
ソート後にデータベースを更新するには、データベースを元の状態にリセットする必要があります。
メモ: 分子式や分子量でソートされたレコードは編集できません。これらのいずれかのフィールドをソートし
ようとすると、ChemFinder では、その操作が可能なデータベース (ポータル データベース) がセットアップ
されます。詳細については、76 ページの "他のアプリケーションのテーブルを接続" を参照してください。
特定のフィールドでソートするには、次の操作を行ってください。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
フォーム ビューで、ソートに使うフィールドを右クリックし、Sort、Ascending の順にクリックするか、また
は Sort、Descending の順にクリックします。
データ テーブル ビューを表示し、ソートするフィールドのテーブル ヘッダーをダブルクリックします。
選択した列の昇順でテーブルがソートされます。再度ダブルクリックすると、降順にソートされます。
Tip: データ テーブル ビューでコンテキスト メニューを使ってソートすることもできます。列内を右クリッ
クし、Sort Column を選びます。
英語以外の言語でのソート
ソートするテキストは、データベースを作成したシステムの既定値の言語と同じ言語で記述されていなければなり
ません。そうでないと、正しくソートされません。
ChemFinder のサンプル データベースは英語で作成されていますが、次に挙げる言語でも正しくソートされます。
英語
ドイツ語
フランス語
ポルトガル語
イタリア語
スペイン語
データベースの作成に使われた言語と異なる言語でテキストをソートするには、次の操作を行ってください。
1. ソートするテキストと同じ言語を使用しているコンピュータで MS Access を起動します。
2. ソートする MDB ファイルを開きます。
3. 次の手順で、データベースを最適化します。Tools、Database Utilities、Compact Database の順にクリッ
クします。
4. データベースが最適化されたら、MS Access を閉じます。
正しいソート情報がデータベースに書き込まれます。ChemFinder でソートを実行すると、正しい順にソートされ
ます。
データベースのリセット
データベースを元の状態にリセットするには、次の操作を行ってください。
Search メニューの Retrieve All を選択します。
データベース スキーマの変更
データベースが読み取り専用でなく、かつそれを変更する権限があれば、既存のデータベースまたは新規のデータ
ベースでフィールドやテーブルを作成したり削除したりすることができます。また、外部データ ソースからテー
ブルをアタッチしたりリンクしたりすることもできます。
Box Properties ダイアログ ボックスを使って、以下の処理を実行します。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
次のいずれかの操作を行ってください。
File メニューの Database をクリックします。
フォーム ウィンドウ内の空白部分を右クリックし、Data Source をクリックします。
Box Properties ダイアログ ボックスの Database タブが表示されます。
フィールドを追加するには、次の操作を行ってください。
1. Field タブをクリックします。
2. 複数のテーブルがある場合は、新規のフィールドを含めるテーブルを選択します。
3. Create Field をクリックします。Create Field ダイアログ ボックスが表示されます。
4. 既定値の名前 (New_Field) を書き換え、データ タイプを選択し、フィールド幅を調整 (オプション) しま
す。OK をクリックします。
既存のフィールドを削除するには、次の操作を行ってください。
1. フィールドを選択します。
2. Delete Field をクリックします。この削除を確認する警告ボックスが表示されます。
3. Yes をクリックしてフィールドを削除します。
Caution: そのフィールドに入力したデータは、Yes をクリックすると直ちに失われます。
テーブルを追加するには、次の操作を行ってください。
1. Table タブをクリックします。次のいずれかの操作を行ってください。
2. Create Table をクリックします。
3. Create Table ダイアログ ボックスに名前を入力します。ID という既定値のフィールドを 1 つ持つ新規の
テーブルが作成されます。
テーブルを削除するには、次の操作を行ってください。
1. テーブルを選択します。
2. Delete Table をクリックします。
3. 警告ボックスの Yes をクリックします。
Caution: そのテーブルのすべてのフィールドのすべてのデータは、Yes をクリックすると直ちに失われま
す。
テーブルを別のデータベースから接続するには、次の操作を行ってください。
1. Table タブをクリックします。
2. Attach Table をクリックします。Attach Table ダイアログ ボックスが表示されます。
3. データベースの種類 (MS Access または Oracle/ODBC) を選択します。
4. MS Access の場合は、当該テーブルの MDB ファイルを参照により指定します。テーブルを選択し、OK をク
リックします。
第 6 章: データの操作
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ChemFinder 15.0
データのインポートおよびエクスポート
ChemFinder でサポートされているファイル形式のデータをデータベースへ移動したり、データベースから移動す
ることができます。ファイルのインポート、データベースのインポートとエクスポート、既存のデータベースへの
データの追加が可能です。
サポートされているファイル形式
ChemFinder では、さまざまなファイル形式で個別の化学構造式や反応を操作できます。サポートされている形式
は、次のとおりです。
ChemDraw (cdx)
ChemDraw XML (cdxml)
結合テーブル (ct)
区切り形式のテキスト (csv、txt)
MDL Molfile および V3000 (mol)
MDL RXNfile および Rxn V3000 (rxn)
MDL RDFile (rdf)
MDL SDFile (sdf)
MDL Sketch (skc)
MDL Graphic (tgf)
SMD 4.2 (smd)
次のファイルは、出力ファイルとしてのみサポートされています。
ビットマップ (bmp)
XML (cfxml)
Encapsulated Postscript (eps)
GIF (gif)
Microsoft Word (doc)
TIFF (tif)
Windows メタファイル (wmf)
.cdx、.ct、および .cdxml の各ファイル形式についての説明は、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』を参照してく
ださい。
データのインポート
ChemFinder では、ChemDraw 構造式、構造式データ ファイル (SDFile)、および反応データ ファイル
(RDFile) をデータベースに直接インポートできます。さらに、カンマ区切りやタブ区切りのテキスト ファイルを
インポートすることもできます。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
ChemFinder は Access (Jet) データベース標準を使用しているので、フィールド、コントロール、およびオブ
ジェクトの名前を Access のルールに合わせる必要があります。たとえば次のルールがあります。
長さは最長で 64 文字までが許されます。
英字、数字、スペース、さらにピリオド (.) を除く特殊文字、感嘆符 (!)、アクセント符号 (`)、大かっこ
([ ]) を組み合わせて使用できます。
空白から始めることはできません。
制御文字 (ASCII 値の 0 ～ 31) を含めることはできません。
テーブル、ビュー、ストアド プロシージャの名前に二重引用符 (") を含めることはできません。
構造式のインポート
ChemFinder では、構造式ファイルをデータベースに直接インポートできます。インポート時には、既存のレコー
ドの置換、新しいレコードの追加、データのマージ、重複データの削除などを指定できます。
構造式をインポートする一般的な手順は次のとおりです。
1. File メニューの Import サブメニューから、インポートする構造式ファイルの種類を選択します。Open
Chemical Structures ダイアログ ボックスが表示されます。
2. 構造式が含まれるフォルダに移動します。
3. ファイルを選択し (複数のファイルを選択するには Ctrl キーか Shift キーを押しながらクリックします)、
Open をクリックします。Data Import ダイアログ ボックスが表示されます。
4. File をクリックし、インポート先のデータベースを選択します。
メモ: 名前を入力して新しいデータベース ファイルを作成することもできます。
5. インポートの種類として、Overwrite、Append、Merge のいずれかを選択します。Merge を選択した場合は、
Merge タブをクリックして一致フィールド、一致オプション、およびログ オプションをそれぞれ選択します。
6. インポートするフィールドのチェック ボックスを選択します。
オプション操作: フィールド名をダブルクリックして、Data Field Import ダイアログ ボックスでフィー
ルド名、フィールド タイプ、およびフィールド幅を変更します。
オプション操作: Logging タブをクリックし、ログ ファイルの詳細設定を変更します。
オプション操作: Form Style タブをクリックし、新しいフィールド用に作成されるボックスのスタイルを選
択します。
オプション操作: Advanced タブをクリックして、各種の Advanced オプションを設定します。開始位置を
設定して、ファイルの一部のみをインポートします。開始位置は行番号、バイト数、またはレコード番号で指
定します。作成する ChemFinder データベースのバージョンを選択します。以前のバージョンは 7.0 まで
サポートしています。さらに、適切なチェック ボックスをオンにして構造式のみをインポートし、Store
redundant reagents チェック ボックスをオンにして、重複する試薬の値を入力します。
メモ: SD および RD ファイルでは、試薬と触媒は個別のレコードで表されます。ChemFinder では、これらをサブ
テーブルに格納します。そのため、同じ試薬が複数のレコードに登場する場合でも、その試薬を何回も重複して格納
する必要はありません。チェック ボックスをオンにすると、この既定値の動作を無効にできます。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
7. オプションの選択を終了したら、Import をクリックします。構造式が、指定したデータベースにインポートさ
れます。
構造式と反応
ChemFinder では、構造式データ ファイル (SDFile) や反応データ ファイル (RDFile) をデータベースに直接
インポートできます。これらのファイルには構造式とデータの両方が含まれるので、インポートされたデータを受
け入れるためのフィールドがデータベース内に作成されます。
RDFile では、入力データが階層構造で複雑な場合があります。RDFile を読み込むとき、ChemFinder はデータを
リレーショナル フォームに変換し、必要に応じて新しいテーブルを作成して、リンク データを生成します。
メモ: RD ファイルのインポート時には、ボックスとサブフォームが自動的に作成され配置されます。
空白のフォームでインポート操作を行うと、メイン フォームに必要なボックスが作成されます。インポート時に
ボックスのあるフォームを使用すると、タブ付きフォーム上に新しいボックスが作成されます。
インポートは、データベースにリンクされているフォームや空白のフォームからでも行えます。フォームがなくて
もインポートできますが、この場合、ChemFinder によって新しいフォームが作成されます。Data Import ダイア
ログ ボックスの Form Style タブで選択する項目によって、フォームの外観が決まります。
構造式データ ファイルおよび反応データ ファイルをインポートするには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Import サブメニューから、インポートする構造式ファイルの種類を選択します。Open ダイ
アログ ボックスが表示されます。
2. インポートするファイルを選択し、Open をクリックします。Data Import ダイアログ ボックスが表示されま
す。
選択したファイル全体がスキャンされ、ファイル内のデータ フィールドとデータベース内の保存可能領域が確認
されます。スキャンされたレコードの数がステータス バーに表示されます。入力ファイルのサイズが大きいと、
スキャンに時間がかかることがあります。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
スキャンを中断するには、Esc キーを押します。本当に中断してよいかどうかを確認するメッセージ ボックスが
表示されます。Yes をクリックするまでは、スキャン操作が継続されます。
スキャンを中止するには、Stop scanning をクリックします。
メモ: ロード前に必要なフィールドがすべてデータベースに作成されるよう、スキャンは最後まで実行するこ
とをお勧めします。
ログ ファイルの使用
インポート中に、実行されたアクションに対するログ ファイルが作成されます。ログ ファイル (.log) は入力
ファイルと同じ場所に作成されるテキスト ファイルで、前回作成したログ ファイルは上書きされます。インポー
トの処理中に、ログは次のオプションで指定されたデータを記録します。
Errors: エラーと警告
General data: 入力ファイルおよびインポート処理に関する情報
Records processed: 入力ファイルの各レコードに関するエントリ
Structures registered: データベースに格納された各構造式に関するエントリ
Data registered: データベースに格納された各データ項目
Database schema: 見つかった入力フィールドと生成された列見つかった入力フィールドと生成された列
さらに、RDFile をインポートした場合は、ログ ファイルに RDFile 内のデータ テーブル階層の概要も表示され
ます。
ログ ファイルは、作成するかどうかを選択できます。ログ ファイルを作成する場合は、別の名前で保存すること
も、既存のログ ファイルに追加することもできます。
指定した場所からのインポート
バイト数、行番号など、SDFile または RDFile 内の任意の場所を指定して、インポートを行うことができます。
インポートを開始する場所を指定するには、次の操作を行ってください。
1. Date Import ダイアログ ボックスの Advanced タブをクリックします。
2. 適切なオプションを選択します。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
読み込み開始場所
操作
SDFile または
beginning をク
RDFile の先頭
リックします。
line をクリック
指定した行番号
し、行番号を入力
します。
byte をクリック
指定したバイト数
し、バイト数を入
力します。
record をクリッ
指定したレコード
クし、レコード番
号を入力します。
3. Import をクリックします。
構造式の読み込み
ChemFinder では、サポートされるすべての形式の構造式ファイルをインポートするだけでなく、これらのファイ
ルを読み込むことができます。たとえば、ChemDraw 形式で保存した構造式は、インポートや再描画を行わなくて
も、ChemFinder で直接開くことができます。
ファイルから構造式ボックスに構造式を読み込むには、次の操作を行ってください。
1. 構造式ボックス内を右クリックし、コンテキスト メニューの Read Structure をクリックします。Open ダイ
アログ ボックスが表示されます。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
2. 目的のファイルを選択します。
3. Open をクリックします。選択した構造式が構造式ボックスに読み込まれます。この操作は、Commit Changes
を選択するか別のレコードに移動するまでは、データベースに反映されません。
ドラッグ アンド ドロップ
ファイルの種類によっては、Windows エクスプローラやデスクトップから ChemFinder に直接ドラッグして開く
ことができます。次の表は、ChemFinder にドラッグ アンド ドロップできるファイル形式についてまとめたもの
です。
ファイル
の種類
サポート
されてい
るファイ
ル形式
CDX
Structure
SKC
MOL
MST
注釈
構造式ボックスにド
ロップする必要があ
ります。
WMF
EMF
Graphic
BMP
GIF
PNG
画像ボックスにド
ロップする必要があ
ります。
TIF
既存のフォームにド
Form
CFW
ロップする必要はあ
りません。
一度に複数のファイルをドロップできますが、ファイルの種類 (上表の左列を参照) を混在させることはできませ
ん。複数の構造式ファイルまたはグラフィック ファイルを一度にドロップすると、連続する ChemFinder レコー
ドに読み込まれます。ファイルを 1 つだけドロップすると、その構造式やグラフィックを新しいレコードに追加
するか、既存のレコードを上書きするかを確認するメッセージが表示されます。6 個以上の構造式やグラフィック
をドロップした場合には、操作を続行するかどうかを確認するメッセージが表示されます。
1 つ以上のフォーム ファイルをドロップすると、そのフォームが開きます。現在のフォームやデータベースには
影響がありません。
テキストのインポート
カンマ区切りやタブ区切りのテキスト ファイルをインポートできます。Import Delimited Text コマンドを使用
すると、Import SD File コマンドと同じダイアログ ボックスが表示され、オプションもほぼ同じものを使用で
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
きます。区切り形式 (DT) のテキスト ファイルと SD ファイルでは次の点が異なります。
DT ファイルには構造式を含めることができません。
DT ファイルは形式が明確に定義されていないため、フィールド名と区切り文字を判断するには解釈が必要で
す。
テキスト形式のレコードを新しいデータベースにインポートするには、次の操作を行ってください。
1. 空白の新しいフォームを開きます。
2. File、File Import、Delimited Text の順に選択します。
3. File Open ダイアログ ボックスで、入力ファイルを選択します。
入力ファイルがスキャンされ、フィールド区切り文字が判断されます。拡張子が .csv のファイルは、カンマ区
切りファイルとして処理されます。拡張子が .txt のファイルは、最初の数行にカンマまたはタブがあるかどうか
が検査され、このどちらかが見つかると、それが区切り文字であると判断されます。どちらも見つからないと、
警告メッセージが表示されます。
この警告が表示されるのは次の場合です。
入力ファイルに列が 1 つしかない。この警告は無視してかまいません (OK をクリックします)。
入力ファイルのフィールド区切り文字にタブやカンマ以外の文字が使われている。この場合は、File Export
ダイアログ ボックスで区切り文字を指定する必要があります。
File Export ダイアログ ボックスで区切り文字を指定するには、次の操作を行ってください。
1. Cancel をクリックして警告を閉じ、インポート操作を中止します。
2. データが入っているフォームを開き、短いヒット リストを取得します。
3. File、Export、Other の順に選択します。File Export ダイアログ ボックスが表示されます。
4. Text Options タブをクリックします。
5. Other オプションを選択し、区切り文字を指定します。
6. Export をクリックして選択内容を保存し、エクスポートを実行します。
7. インポート手順のステップ 1 に戻り、もう一度インポート操作を行ってください。
Tip: 一度指定した区切り文字は記憶されるので、この操作を繰り返す必要はありません。
入力ファイルのスキャンにより、入力ファイルのデータ フィールドの名前とタイプも判断されます。フィールド
名はファイルの 1 行目に、データ項目と同じ区切り文字を使って正しい順序で配置されている必要があります。
フィールド タイプは SD ファイルのインポートと同じ規則に従って、各列にある全データを検査することで判断
されます。たとえば、ある列の全項目が整数であれば、そのフィールド タイプは整数であると判断されます。テ
キスト フィールドの幅は、ファイルに含まれる最長項目の長さに合わせて設定されます。
データのエクスポート
ChemFinder では、既存のデータベースからレコードをエクスポートして、新しい SDFile、RDFile、ASCII テキ
スト、または MS Word 形式のファイルを作成することができます。テキスト ファイルはテキスト形式 (*.txt)
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
で保存するか、ほとんどの表計算ソフトウェアで使用可能なカンマ区切り値形式 (*.csv) で保存することができ
ます。ファイルをエクスポートすると、現在のヒット リストに含まれるすべてのレコードがエクスポートされま
す。エクスポートするフィールドを、チェック リストに含めたり、チェック リストから除外したりできます。
Data Export ダイアログ ボックスは Data Import ダイアログ ボックスと似ていて、ファイル名の指定、ファ
イルの種類の選択、およびエクスポートするフィールドの選択を行うオプションが表示されます。既存のファイル
に保存する場合、既に保存されているレコードを置換するか、既存のレコードに追加するかを指定できます。
このダイアログ ボックスの Text Options タブには、テキスト ファイルのエクスポートと構造情報を含んだテ
キストのエクスポートの両方に関係するオプションが含まれています。また、Oracle サブフォーム データに関す
るオプション (Prefix output filenames) や、現在のタブ上のフィールドのみを選択するオプション (タブ付
きの ChemFinder フォームの場合) もあります。
ファイルをエクスポートするには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Export サブメニューから、出力ファイルの種類を選択します。Data Export ダイアログ
ボックスが表示されます。
2. ファイルの名前とパスを入力して File をクリックし、既存のファイルを参照します。
3. エクスポートするフィールドを選択または選択解除します。
4. Text Options タブをクリックして適切なオプションを選択します。
メモ: Comma delimited を選択しただけではファイルの種類が設定されません。テキスト (*.txt) ファイルはタブ
区切りかカンマ区切りのどちらかを使用できます。カンマ区切り値 (*.csv) 形式でエクスポートするには、ファイル
に正しい拡張子の名前を付ける必要があります。ファイル名を入力するか、Save As ダイアログ ボックスでファイル
の種類を選択します。
5. Export をクリックします。ファイルがエクスポートされます。
構造式の保存
構造式の保存は、構造式の書き出しに似ていますが、より簡単に実行できます。
表示された構造式を保存するには、次の操作を行ってください。
1. 構造式ボックス内を右クリックし、コンテキスト メニューの Save Structure をクリックします。Save As
ダイアログ ボックスが表示されます。
2. 保存先のディレクトリを選択します。
3. ファイル名を入力し、ファイル形式を選択します。
4. Save をクリックします。
構造式が指定したファイルに保存されます。これらのファイルは、指定したファイル形式をサポートするすべての
アプリケーションで読むことができます。
メモ: 前述した種類のほとんどのファイルを保存するには、ChemDraw ActiveX Control Pro が必要です。
構造式のコピーと貼り付け
構造式をコピーして、ChemDraw または ISIS/Draw に貼り付けることができます。また、Copy As コマンドを使
用して構造式をテキスト文字列としてコピーすることもできます。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
構造式の Copy As コマンドには 3 つのオプションがあります。
Name コマンドを実行すると、CS Struct=Name™ユーティリティが起動します。Struct=Name は、適切な CIP
立体化学構造記述子を適用した系統的な化学名を生成します。
SMILES コマンドは SMILES 文字列を作成します。SMILES 文字列は、化学構造式を 1 行のテキストで表すた
めの標準的な方法です。多くのソフトウェアで、化学構造式データの入力と保存に SMILES 文字列が使われてい
ます。
InChI™コマンドは、CambridgeSoft が実装した IUPAC InChI™アルゴリズムを呼び出します。InChI™アル
ゴリズムでは、化学構造式を受け取って英数字の文字列に変換します。InChI™アルゴリズムの重要な特徴は、
生成される文字列と構造式の描画方法との間に直接的な関係性がない点です。これにより、同じ化学式を表すさ
まざまな構造式表現について、一貫した英数字表現を生成できます (標準化)。
メモ: InChI™は、International Union of Pure and Applied Chemistry の登録商標です。ChemFinder の InChI™
書籍は © IUPAC 2008 です。
これら 3 つのコマンドは、データをクリップボードに配置し、他のアプリケーションにコピーできる状態にしま
す。
構造式を名前または InChI™文字列としてコピーするには、次の操作を行ってください。
1. 構造式ボックス内をクリックして選択します。
2. 右クリックし、サブメニューで Copy As、Name の順、または Copy As、InChI の順に選択します。
3. コピーしたデータを他のアプリケーションに貼り付けるには、Ctrl + V キーを押すか、または Edit メニュー
の Paste を選択します。
ASCII ファイルのエクスポート
区切り形式のテキスト ファイルは、化学用以外の多くのアプリケーションで使用されている汎用的なファイル形
式です。このファイル形式では、レコードは 1 行に 1 つずつ記述され、レコード内の各フィールドはタブやカン
マなどの区切り文字で区切って、左から右に並べられます。各レコードは、改行で区切られます。ChemFinder で
は、すべてのフィールドの名前を含むヘッダー行をファイルの先頭に追加することもできます。また、既存のテキ
スト ファイルにレコードを追加することや、レコードを上書きすることもできます。
ChemFinder によって保存された区切り形式のテキスト ファイルを、スプレッドシートや外部データベース シス
テムなど他のアプリケーションに読み込むこともできます。スプレッドシートにエクスポートする場合は .csv
ファイル形式を選択し、一般のアプリケーションにエクスポートする場合は .txt 形式を選択します。
メモ: 区切り形式のテキスト ファイルでは、構造式は自動的に SMILES 文字列としてエクスポートされます。
Word ファイルのエクスポート
MS Word にエクスポートする手順は、他のエクスポート オプションに似ていますが、次の点が異なるので注意し
てください。
Word へのエクスポートは、他の形式へのエクスポートに比べてかなり長い時間がかかります。そのため、この
オプションは短めのヒット リストに対してのみ使用することをお勧めします。
構造式フィールドをエクスポート項目から除外すると、エクスポートの処理時間を短縮することができます。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
構造式は OLE オブジェクトとしてエクスポートされ、Word 内で ChemDraw コントロールを使って編集できま
す。
誤って大きなデータベースのエクスポートを開始してしまった場合には、ChemFinder のウィンドウに移動して
Esc キーを押すことにより、エクスポート処理を中止できます。
SDFile へのエクスポート
SDFile にエクスポートする場合は、サブフォーム フィールドを含めてエクスポートできます。各サブフォーム
フィールドは、SDFile の別々のレコードにエクスポートされますが、個別のサブフォーム レコードは、1 つの複
数行テキスト ブロックに連結されます。
サブフォームをエクスポートするには、次の操作を行ってください。
1. File、Export、SDFile の順に選択します。Data Export ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Text Options タブをクリックし、Export subform data チェック ボックスをオンにします。
3. Export タブに戻ります。Data Fields テーブルの Field 列では、すべてのサブフォーム フィールド名の横
にあるチェック ボックスがオンになっています。エクスポートから除外したいサブフォーム フィールドがあ
る場合は、そのフィールドのチェック ボックスをオフにします。また、エクスポートに含めたいメイン
フォーム フィールドがある場合は、そのフィールドのチェック ボックスをオンにします。
4. Export をクリックします。
メモ: このタイプのフィールドを再インポートしても、元のデータベースは再生成されません。データは元に
戻りますが、元のサブテーブルやサブフォームには入りません。これを行う必要がある場合は、cfxml 形式の
ファイルにエクスポートします。
SDFile にエクスポートするときに、既存の SD ファイルのレコードに追加することも、レコードを上書きするこ
ともできます。このオプションを選択できるのは、SD ファイルおよび区切り形式のテキスト ファイルにエクス
ポートする場合のみです。
印刷
データベースの全体または一部分を印刷することができます。
データベースを印刷するには、次の操作を行ってください。
1. 印刷の前に、テーブル ビューとフォーム ビューのどちらを印刷するかを決めます。ChemFinder を適切な表示
形式に切り替えます。
2. File メニューの Print Setup を選択します。
3. Print Setup ダイアログ ボックスで、プリンタ、用紙サイズ (既定値は US Letter)、および用紙の向きを、
必要に応じて設定します。OK をクリックします。
Tip: このダイアログ ボックスの設定はページ設定に影響を与えるので、先にこの設定をすることをお勧めし
ます。
4. File メニューの Page Setup を選択します。
5. Page Setup ダイアログ ボックスで、余白と単位 (cm/inch)、レイアウトなどのオプションを設定します。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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Header オプションをオンにすると、ページ上部にファイル パスが印刷されます。
Footer オプションをオンにすると、ページ下部に日付、時刻、レコード番号が印刷されます。
OK をクリックします。
6. File メニューの Print Preview を選択します。
7. File メニューの Print を選択します。Print ダイアログ ボックスが表示されます。
8. 印刷範囲と印刷部数を設定します。既定値以外のプリンタを選択することもできます。
メモ: ChemFinder では、既定では 1 枚のページが印刷されます。これは、"Selection" というラベルの付いたオプ
ションによって指示されます。たとえば、フォーム ビューを印刷するときに Page Setup ダイアログ ボックスで 1
ページに 3 つというレイアウトを設定していた場合は、選択されているレコードとそれに続く 2 つのレコードが印
刷されます。1 ページに 1 つというレイアウト (既定値) の場合は、選択されているレコードだけが印刷されます。
サブフォームが選択されている場合は、そのサブフォームが関連付けられているレコード全体が印刷されます。
9. OK をクリックします。
第 7 章: データのインポートおよびエクスポート
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ChemFinder 15.0
検索式
データベースを検索するには、任意のフィールドまたはフィールドの組み合わせに対してクエリを実行します。ク
エリには化学構造式やテキストを指定できます。テキストまたは数値を検索する場合は、ワイルドカードを使用す
ることや、数値の範囲を指定することができます。構造式を検索する場合は、構造式の一部または全体で検索する
ことも、完全一致、類似性、または互変異性を検索することも、立体化学構造の一致方法を指定することもできま
す。また、テキスト検索または数値検索と構造式検索を組み合わせることも可能です。Find Structure コマンド
を使うと、重複、エラー、同位体ラベルなどの特殊な構造式検索を実行できます。
この章では、さまざまな種類の検索について、および検索の設定と管理の方法について説明します。また、高度な
検索の手法も最後に紹介します。
テキスト検索
ChemFinder では、任意の英字フィールドにおいてテキスト文字列を検索できます。たとえば、テキスト検索を使
用して、化学名や、参照フィールド内のコメントを検索できます。
テキスト検索の検索式は、ChemFinder によって解釈され、SQL (Structured Query Language) としてリレー
ショナル データベースに渡されます。
テキスト検索には次の規則が適用されます。
完全一致検索を用いずに通常のテキスト フィールドまたはメモ フィールドを検索する場合、普通のテキスト文
字列は "前方一致検索" と解釈されません。文字列の両端にアスタリスク (*) が自動的に追加され、指定した
検索文字列が含まれるすべての文字列がヒットします。そのため「benz」という入力は「*benz*」に変換さ
れ、benzene や flurobenzene などの結果が返されます。
ワイルドカードを用いて通常のテキスト フィールドまたはメモ フィールドを検索する場合、検索文字列は "前
方一致検索" と解釈されます。そのため「benz*」という検索文字の指定は前方一致検索と解釈され、「benz」
で始まるすべての文字列がヒットします。
テキスト文字列にはワイルドカードやブール演算子を含めることができます。標準のワイルドカードは、% と *
です。どちらもすべての文字列に一致します。これ以外のワイルドカードも使用できます。ワイルドカードを指
定した場合は、上記の既定値が無効になります。
メモ: メモ フィールドでワイルドカードまたは "="を使うと、予期しない結果が生じることがあります。これは、
メモ フィールドにはテキストに付随する書式設定情報が含まれる場合があるためで、benz* などの検索を行っても
ヒットしないことがあります。ただし、*benz* のように指定すれば、メモ フィールドでも標準テキスト フィールド
と同じ結果が得られます。
Search Preferences ダイアログ ボックスのチェック ボックスでは、完全一致を指定することができます。こ
のチェック ボックスをオンにしたときは、検索式対象がより大きな文字列の一部としてではなく、完全な単語
としてヒットに含まれている必要があります。
ブール演算子には、NOT、OR、および AND があります。これらの演算子は、単一のフィールド内で複数の検
索文字列を組み合わせて指定するときに使います。
Tip: 空のフィールドを検索する場合は、NOT* を使用します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
次に検索式の例を示します。
入力例
benz*
ヒット例
Benzene、
Benzoic acid
ヒットしない
例
Bromobenzene
Benzene、
benz* OR
*bromo*
Benzoic acid、
Bromobenzene、
Azobenzene
Dibromobenzene
Benzoic
=benzene
Benzene
acid、
Benzene-d6、
Bromobenzene
数値検索
数値検索を使用して、沸点や分子量など、さまざまな特性に関する情報を検索します。数値クエリでは、10 進数
値または 10 進数値の範囲を指定できます。単一の値を入力した場合は、有効桁数に応じて検索精度が決定されま
す。四捨五入してクエリの値に一致する値は、すべてヒットと見なされます。範囲を入力する場合は、ハイフンで
区切った 2 つの値を入力します。
次に数値クエリの例を示します。
入力例
90
90.1
90–100
>90 and <100
ヒット例
89.5 以上 90.5 未満の
値
90.05 以上 90.15 未満
の値
90 以上 100 以下の値
90 より大きく 100 より
小さい値
分子式検索
分子式検索を使うと、分子の化学量を検索できます。検索は、包含的、完全一致 (等号記号を使用) または指定し
た元素の範囲を使って行うことができます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
ChemFinder では、A、Q、X、M など特殊な原子を基にした分子式検索を実行できます。これらの原子タイプの定
義は重複していることがあります。たとえば、構造式 BiCl3 はクエリ AX3 でもクエリ A4 でもヒットします。
しかし、たとえ A に一致する原子が 4 つと X に一致する原子が 3 つあったとしても、クエリ A4X3 ではヒッ
トしません。
分子式のクエリでは、元素記号と元素の個数、または元素の個数の範囲を指定します。
クエリには次の規則が適用されます。
元素記号の文字数は、1 または 2 文字とします。記号は大文字でも小文字でも指定できます。あいまいな点が
ある場合は、255 ページの "分子式の入力規則" に示す規則に従って自動的に解釈されます。
元素記号にあいまいな点がある場合には、元素記号の大文字と小文字を正確に区別し、記号と記号の間にスペー
スを挿入します。
周期表を使って分子式を入力するようにします。詳細については、221 ページの "周期表" および 255 ページ
の "分子式の入力規則" を参照してください。
元素数には、整数または整数の範囲を指定します。範囲を指定するには、数字と数字の間をハイフンで区切りま
す。番号が省略された場合は、変数 1 と見なされます。
=C6H6 のように分子式クエリの先頭に = を指定すると、クエリに指定した元素のみで構成される完全に一致す
る式を検索します。= が指定されていなければ、部分一致検索と解釈され、他の元素が含まれる式もヒットしま
す。
同じ元素記号を繰り返すことができます。たとえば、「CH3CH3」と入力すると、C2H6 と解釈されます。
メモ: 分子式検索では、化学構造の違いは無視されます。たとえば、ジメチルエーテルとエチルアルコールは、とも
に C2H6O という分子式で表すことができるため、クエリに CH3CH2OH と指定した場合には、この 2 種類の化合
物がヒットすることになります。
かっこを使って元素の集合を表し、その数を指定することもできます。たとえば、「(CH2)3」と入力すると、
C3H6 と解釈されます。
かっこを除くスペースや半角英数字以外の文字はすべて無視されます。
次の表は、クエリの例を示しています。
入力例
ヒット例
炭素 6 個と水素原子 6 個
C6H6
を持ち、さらに他の元素
(いくつでもよい) を含む化
合物。
炭素 6 個と水素原子 6 個
=C6H6
を持ち、他の元素を含まな
い化合物。
C6N0
第 8 章: 検索式
炭素 6 個を持ち、窒素は持
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入力例
ヒット例
たず、さらに他の元素 (い
くつでもよい) を含む化合
物。
炭素 6 個と窒素 1 ～ 3 個
C6 N1-3
を持つ化合物 (他の元素を
持つ化合物もヒットします)
日付検索
日付検索を使用して、個々の反応が生じた日付や、薬品の購入履歴などを調べることができます。
日付範囲を指定するには、範囲の下限と上限の間にハイフンを入力します。また、不等号 (<、>) と AND 演算子
を組み合わせて範囲を指定することもできます。
日付は、Windows のコントロール パネルの「地域のオプション」で設定した形式で表示されますが、その形式で
入力する必要はありません。
次の表は、クエリの例を示しています。
入力例
ヒット例
Apr 11, 1971
1971 年 4 月 11 日のみ
March 31,
1971 年 4 月 1 日から
1971-July 1,
1971 年 6 月 30 日まで
1971
のすべての日付
1971 年 4 月 11 日の当
>=4/11/71
日および以降のすべての
日付
Find list
Find List コマンドを使って、構造式以外のフィールドに特定の値を持つレコードを取り出します。
Find List ボックスにパラメータを入力する際は、次の点に注意してください。
検索する列が整数である場合には、ハイフンを使用してその範囲を指定します。
検索する列が数値型またはテキスト型である場合、ハイフンは使用できません。完全一致を検索する必要があり
ます。
メモ: 部分テキスト (ワイルド カード検索) を使用して、レコードのリストまたはある範囲の数値を検索するに
は、対象フィールドで検索を実行してください。
第 8 章: 検索式
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検索する列がテキストである場合には、カンマを含む項目を引用符で囲みます。たとえば、「1,2-Pyran」であ
れば “1,2-Pyran” と入力します。
リストをテキスト ファイルで保存して、後で File を使用して呼び出すことができます。
リストを検索するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Find List を選択します。Find List ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Column メニューでフィールドを選びます。
3. フィールド パラメータのリストを Find List ボックスに貼り付けるか、入力します。
4. OK をクリックします。一致するレコードのリストが取得されます。
構造式検索
ChemFinder のデータベースでは、部分構造式クエリまたは完全構造式クエリを使用して検索できます。検索を絞
り込むには、ChemDraw の検索機能を使用します。これらは、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』、および本マニュ
アルの 237 ページの "構造式クエリの機能" に記載されています。
ChemFinder は、次の 3 つの方法で構造式を照合します。
検索タイプ (標準/完全一致/類似)
構造式モード (部分構造式または完全構造式)
互変異性
図 8.1: 構造式検索ツリー
検索タイプ
ChemFinder の構造式検索には、次の 3 つの検索タイプがあります。
標準
完全一致
類似
標準検索と類似検索には、完全構造式と部分構造式の 2 つのモードがあります。標準検索と完全一致検索では、
互変異性も検索できます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
標準検索
標準検索は、（部分構造式）を含むクエリか、（完全構造式）と合致するクエリのどちらかの構造を使用して検索
します。構造式のクエリを描画するときに、原子リストや各種結合タイプを指定すると、より詳細な検索または幅
広い検索ができます。また、Preferences ダイアログ ボックスの Details タブでオプションを選択し、標準検
索の結果を変更することもできます。
クエリに指定する構造式は、ヒット リストで一致部分がわかりやすいように赤で強調表示されます。
完全一致検索
完全一致検索 (同一性識別検索とも呼ばれます) は、化合物登録で使用することを目的としており、検索対象の化
合物と全く同一の化合物が既にデータベース内に存在するかどうかを確認する必要がある場合に使用します。立体
化学構造、電荷、同位体も含め、クエリに指定した構造式と化学的に一致する構造式を検索します。完全構造式
モード、立体化学構造の一致、その他のオプション設定を個別に行わなくて済むので便利です。たとえば、クエリ
で R、A、Double-or-Aromatic などの一般的な原子タイプと結合タイプを指定すると、一般的なタイプが同じ場
合にのみ対応する原子タイプと結合タイプが検索されます。つまり、"R" のラベルが付いている原子をクエリに指
定した場合、構造式が一致するためには、対応する原子に "R" のラベルが付いている必要があります。クエリの
立体化学構造が指定されないと、立体化学構造を指定しない構造式だけが検索されます。完全一致検索で変更でき
る設定は、互変異性体による変化を考慮するかどうかだけです。
Preferences ダイアログ ボックスの Details タブは完全一致検索では使用できません。
類似検索
類似検索では、クエリに指定した構造式と "類似" する構造式を検索します。類似検索は、"ファジー" 方式で行
われます。どのような場合に "類似している" のかは、分野ごとに解釈が異なります。医薬品アプリケーションで
あれば薬物の吸収特性が重要です。毒物学分野であれば代謝が重要になるでしょう。データベース クエリの場合
には、官能基の類似性が調べられます。Tanimoto アルゴリズムという類似性の定量的数値が計算されます。詳細
については、257 ページの "類似検索の規則"を参照してください。
類似検索には、完全構造式検索と部分構造式検索があります。部分構造式の類似検索では、類似しない点が他に
あってもヒットします。完全な構造式の類似検索の検索結果には、同じクエリで完全構造式検索を実行した場合に
ヒットするすべての構造式が必ず含まれます。通常は、これらの構造式の他に類似する構造式もヒットします。そ
のため、類似検索はおおまかな構造だけで、正確な構造がはっきりしない場合に便利です。
完全一致検索では一致する部分が強調表示されますが、類似検索では類似部分は強調表示されません。これは、類
似検索では、特定の原子や結合が一致するかどうかを基準とするのではなく、あくまで全般的な構造が類似してい
るかどうかを基準として構造式が検索されるためです。
Preferences ダイアログ ボックスの Search Type タブのスライダを使って、ヒットするために必要な類似の程
度 (0 ～ 100%) を調整できます。
構造式モード
構造式モードとは、データベース内の化合物を検索する場合に、クエリに部分構造式を指定するか完全構造式を指
定するかを示すモードです。この場合、"完全構造式" は "完全一致" ではないので注意してください。
"完全一致" 検索タイプを指定すると必ず完全構造式モードになりますが、3 つの検索タイプのいずれを指定して
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
も完全構造式モードは選択できます。詳細については、110 ページの "完全構造式検索" および 109 ページ
の "完全一致検索" を参照してください。
部分構造式検索
部分構造式検索では、クエリの部分構造式と飽和していない原子位置に結合を持った構造式がすべてヒットしま
す。これは既定値の検索モードです。部分構造式は、ヒット リストの構造式の部分に赤で強調表示されます。
ChemDraw ActiveX ツールバー を使うと、原子リストや各種結合タイプなどを指定して、より詳細な検索または
幅広い検索ができます。使用可能な検索機能や、各機能が検索に及ぼす影響の詳細については、246 ページの
"検索範囲の変更" を参照してください。
メモ: ChemFinder の部分構造式検索では、対象分子における部分構造式の方向や描画方法は考慮されませ
ん。上の例で太線で示された結合が、ChemFinder の画面では赤で強調表示されます。
完全構造式検索
完全構造式検索では、クエリに完全に一致する構造式を検索します。立体化学構造を指定しない場合、または一般
的な原子タイプや結合タイプのラベルを使用しない場合は、複数がヒットすることがあります。データベースに重
複する構造式がある場合も複数がヒットすることがあります。詳細については、111 ページの "立体化学構造" お
よび 109 ページの "完全一致検索" を参照してください。
フラグメント検索
部分構造式のクエリに、複数の構造式や構造式のフラグメントを入力できます。Preferences ダイアログ ボック
スの Details タブで、対象の構造式とオーバーラップするフラグメントを指定できます。
たとえば、Query fragments may overlap in target を選択して、次に挙げる部分構造式のクエリを実行すると
します。
図 8.2: フラグメント クエリ
この場合、ヒット リストには、次の構造式が含まれます。
図 8.3: フラグメント クエリでヒットする物質の例
2 つのフラグメントで共有される原子が点で表されています。オーバーラップ オプションの選択を解除してクエ
リを実行すると、ヒット リストにこの分子は含まれません。
メモ: Query fragments may overlap in target オプションは、部分構造式の検索モードの場合にのみ役に
立ちます。
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互変異性検索
互変異性検索では、単結合と二重結合の位置がクエリと異なるものも検索できます。原子タイプに加え、互変異性
形式の結合次数がクエリと一致するものがヒットします。どの互変異性体が認識されるかは、一定範囲内で制御さ
れます。次の形式の互変異性体があるとします。
図 8.4: 互変異性構造式
この形式の互変異性体は、X と Z の少なくとも一方が炭素でなければ常に認識されます。非共有電子対には、移
動する陽子が含まれる場合もあります。X と Z の両方が炭素である互変異性体が含まれる場合もあります。これ
らは構造式の格納方法に影響するので、どれを選択するか、データベースの作成時またはアップグレード時に決め
ておく必要があります。
互変異性検索では、共役体 (共鳴構造) も検出されます。現在は、シグマ結合の生成と開裂が関与する互変異性は
サポートされていません。主要となるカテゴリは、(糖の鎖状構造と環状構造の場合のような) 環状と鎖状の互変
異性、および原子価の互変異性です。
互変異性検索は、それ以外の検索より時間がかかりますが、二重結合の配置が多少異なる可能性がある場合に役立
ちます。
メモ: データベースがインデックス化されていないと、互変異性体の検索に時間がかかる場合があります。
立体化学構造
構造式検索では、立体化学構造を考慮するかどうかを指定できます。1 つまたはそれ以上の立体中心が与えられて
いると、4 つの異なる可能性を保存できます。
与えられている絶対的立体配置。これを指定するには、中心が立体結合で描画され、構造式全体が Abs
(CHIRAL) としてマークされている必要があります。
描画された立体配置とその鏡像体のラセミ混合。これは、上のオプションのように描画されますが、Abs
(CHIRAL) マークがありません。
マークされていない構造式は不明の立体化学構造か、考えられるすべての立体異性体を表します。
中心間の指定の関係。つまり、既知の絶対的立体配置ではなく、置換基の既知の相互的方向を指定します。RTS
を指定するには、標準のハッシュ結合やウェッジ結合ではなく、太い立体結合で中心が描画されます。
Preferences ダイアログ ボックスの Search タブでこれらのオプションのチェック ボックスをオンにすると、
クエリに指定したすべての立体化学構造の情報に一致する構造がヒットします。検索オプションの変更方法の詳細
については、121 ページの "詳細検索オプションの設定" を参照してください。
3D 属性
3D クエリは、一連のポテンシャル レセプタリガンドなど、原子と結合間の特定の 3D 関係を探す活性基検索など
で便利です。立体構造 (線、面など) と制限 (範囲指定) をクエリに追加することで、ChemDraw Pro で 3D ク
エリを作成できます。たとえば、2 つの原子の間隔を 4 ～ 5 Å、2 面の角度を 80 ～ 100° などのように指定
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ChemFinder 15.0
します。ChemFinder では、これらの特性を使用して絞り込み検索を実行できます。3D 属性を構造式に追加する
方法については、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』を参照してください。
R-基による検索
ChemFinder では、複数の R-表を含む、R-表を使ったクエリがサポートされています。ただし、多数の R-基や多
数の R-値が含まれるクエリを使うことはお勧めできません。ChemFinder の前処理によってクエリが展開され、
R-基テーブルからすべての組み合わせに置き換わるためです。
代替基
共通の部分構造式を持つ構造式に対しては、ペアレント構造式および可変の官能基または部分構造式を利用して単
一のクエリを発行することで複数のクエリに代えることができます。ペアレント構造式は、定義した代替基のリス
トを参照する結合ポイントを使って描画されます。
図 8.5: 代替基
代替基の定義
代替基を定義するには、次の操作を行ってください。
1. Query アイコンをクリックして検索を開始します。
2. Structure ウィンドウ内を右クリックし、Edit in ChemDraw をクリックします。ChemDraw の新しいページ
が開きます。
Tip: Structure ウィンドウより広いスペースが必要な場合には、ChemDraw を開きます。
3. ペアレント化合物を描画します。
4. R などの総称ラベルを使って、代替基が付加される場所の原子にラベルを付けます。
5. 代替基クエリ ツールをクリックします。
6. ツールを使ってページの空いている部分でマウスをドラッグし、代替基を描画するのに十分な大きさの領域を作
成します。
7. 代替基タイトル ボックスにタイトルを入力します。このタイトルは、ペアレント構造式の原子ラベルと一致さ
せる必要がありますが、ここの例では R としています。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.6: 代替基へのタイトルの追加。1) タイトル ボックス
8. 代替基ボックスに部分構造式フラグメントを描画します。単結合ツールを使ってフラグメントを定義し、テキス
ト ツール、原子ホットキー、またはニックネームを使って各変数の原子ラベルを作成します。
図 8.7: 代替基の追加
9. 結合ポイントを追加するには、次の操作を実行してください。
a. 化学記号パレットにあるダイヤモンド形の結合ポイント ツールをクリックします。
b. 各部分構造式フラグメントの空いている原子の位置をクリックします。
Tip: 代わりに、ホットキー "." (ピリオド) を使って結合ポイントを追加することもできます。
図 8.8: 完成した代替基クエリ
メモ: 上記の手順では、ペアレント構造式を描画した後で、R-基テーブルを追加しています。実際には、この
順序は重要ではありません。先に R-基テーブルを作成してから、ペアレント構造式を描画することもできま
す。いずれの場合も、構造式の総称の原子ラベルが R-基テーブルの基のタイトルと一致するとすぐに、結合ポ
イント記号がペアレント構造式のラベルの横に表示されます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
10.Ctrl + W キーを押して ChemFinder に戻ります。構造式と R-基テーブルが Structure ウィンドウに表示さ
れます。
11.通常どおりにクエリを続行します。
反応検索
反応を検索および保存することができます。反応では、単一または複数の化合物 (反応物) が他の化合物 (生成
物) に変換されます。個々の反応物 (または生成物) の間はプラス記号 (+) で区切ります。反応物と生成物の間
は矢印 (→) で区切ります。
反応が複数のステップからなることもあります。たとえば、
(A) → (B) → (C) → (D) のようになります。この場合、(A) が反応物、(D) が生成物、(B) と (C) が反応全
体の中間生成物となります。
複数ステップの反応は、実際には、関連する多数の反応を 1 つにまとめて示したものと見なすことができます。
上の例の場合、(B) は反応全体の中間生成物であると同時に、(C) または (D) を生成する反応物でもあります。
また (A) に対しては生成物でもあります。つまり、この反応には、
(B) → (D) や (A) → (B) などの多数の部分反応が含まれていることになります。
反応中心
反応のうち、最も重要な部分は、反応物から生成物で変化する部分です。この部分を反応中心と呼びます。反応中
心には、多くの場合、複数の原子と結合が含まれます。たとえば、下の図では、太線で示された結合 (およびその
両側の 2 つの原子) だけが反応中心となります。構造式のその他の部分はすべて変化せずに、反応物から生成物
にそのまま引き継がれます。
図 8.9: 反応中心の例
既定では、ChemFinder では反応検索において、反応中心が常に考慮されます。クエリのうち、反応の前後で変化
する原子および結合はすべて、検索対象の反応の中心とみなされます。
次に例を示します。
次の反応にヒットしません。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.10: 反応中心が含まれないのでクエリはヒットしません。
Reaction query must hit reaction center がオンの場合、対象反応物に C-F 結合が、対象生成物に C-Cl 結
合が存在しますが、これらの結合は、実際に化合物の別の部分に影響を及ぼす反応に関与していないからです。一
方、Reaction query must hit reaction center のチェック ボックスをオフにすると、同じクエリで上の反応
がヒットします。
反応のクエリを作成するときは、実際にどのような情報を探したいのかを明確にすることが重要です。ここで、nデカナールから n-デカノールへの変換を行う場合について考えてみます。
図 8.11: n-デカナールの還元
この場合、実際に関心のある化合物はこの 2 つだけかどうかを明確にする必要があります。たとえば、直鎖アル
デヒドをアルコールに変換するすべての反応について関心があるというケースも考えられます。
図 8.12: 一般アルデヒド還元クエリ
対応する n-オクタナール→n-オクタノール反応はよく似た条件下で生じるため、これについても検索の対象に含
めた方が好都合な場合があるでしょう。反応検索では、反応の中心以外の部分も少し含む部分構造式クエリを使用
すると、効率的に検索できることがよくあります。
メモ: ChemFinder には、結合と反応中心の関係を正確に指定するためのクエリ属性がいくつか用意されてい
ます。これらの属性の詳細については、121 ページの "詳細検索オプションの設定" を参照してください。
原子対原子のマッピング
反応検索のもう 1 つの重要な機能として、原子対原子反応マッピングがあります。ChemDraw でマップを指定し
て、反応に関するデータの一部として保存できます。マップは、特定のタイプの構造式を検索するために使用され
ます。反応式検索式における反応マップの使用の有無に関わらず、原子対原子マッピングは検索結果に影響しませ
ん。
単純なエステル化反応について考えてみます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.13: エステル化の例
この場合、エステルの酸素が酸とアルコールのいずれに由来するものかを調べるには、原子対原子反応マッピング
によって、個々の原子の移動経路を特定します。この反応では、実際には、エステルの酸素はアルコールに由来す
るため、原子対原子反応マッピングは下の図のようになります。
図 8.14: エステル化の原子対原子反応マッピング
矢印の左右にある番号を照合することによって、反応過程での原子の移動経路を確認することができます。一方、
エステルの酸素が酸に由来する場合 (実験では見られない) の原子対原子反応マッピングは下の図のようになりま
す。
図 8.15: エステル化の原子対原子反応マッピングの別の例
ChemFinder では、原子対原子反応マッピング情報によって、反応中心が決定されます。ChemFinder では、一部
の原子しかマッピングされていなければ、そのマッピング情報だけが使用され、他の原子の特定の移動経路につい
ては考慮されません。たとえば、マッピングが不明な原子がある場合 (またはマッピングを考慮しなくてよい原子
がある場合)、それらの原子についてはマッピング情報を指定する必要がありません。
既定値では、原子対原子反応マッピングは ChemFinder 内で表示されません。この表示をオンにするには、View
メニューの Structure サブメニューで Atom-to-Atom Map を選択します。詳細については、216 ページの
"View メニューによるオプションの変更" を参照してください。
メモ: ChemDraw で原子対原子マッピングを指定する方法については、『ChemDraw ユーザーズ ガイド』を参照
してください。
反応物検索
反応物検索は、特定の物質に注目し、その物質から生成される物質を調べたいときに便利です。反応物のクエリ
は、通常の反応検索とよく似ています。ただし、矢印の右側を空白にしておく点が異なります。たとえば、次のよ
うな反応物のクエリを例にとります。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.16: 反応物のクエリの例
部分構造式検索の場合、このクエリでは、無水マレイン酸または無水マレイン酸部分構造式を含む化合物が消費ま
たは変換されるすべての反応が検索されます。
生成物検索
生成物検索は、特定の生成物に注目し、その生成物を得るための方法を調べたいときに便利です。生成物のクエリ
は、通常の反応検索とよく似ています。ただし、矢印の左側を空白にしておく点が異なります。たとえば、次のよ
うな生成物のクエリを例にとります。
図 8.17: 生成物のクエリの例
部分構造式検索の場合、このクエリでは、バイシクロ [2.2.1] ヘプタンまたはこの部分構造式を含む化合物が生
成されるすべての反応が検索されます。
中間生成物検索
中間生成物検索は、特定の中間生成物に注目し、その中間生成物が含まれる反応を検索したいときに便利です。中
間生成物の検索は、通常の反応検索とよく似ています。ただし、対象構造式の両側に矢印を入力する点が異なりま
す。たとえば、次のような中間生成物のクエリを例にとります。
図 8.18: 中間生成物のクエリの例
このクエリでは、Ketene 構造式の中間生成物を含むすべての反応が検索されます。
メモ: ChemFinder は、反応の生成物や中間生成物を予測できません。これらの情報を検索できるのは、デー
タベースに既に登録されている場合だけです。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
複合検索
構造式検索とテキスト検索を組み合わせると、特定の種類の化合物を効率的に検索できます。たとえば、名前が
mycin で終わり、構造式にフェニル環が含まれているすべての化合物をデータベースから検索できます。複合検索
の場合、複数のデータ ボックスにクエリを入力するため、複数のフィールドのデータ項目は、AND 条件で処理さ
れます。
複合検索を実行するには、次の操作を行ってください。
1. 次のいずれかの操作を行ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query をクリックします。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
2. 必要に応じて、構造式クエリを入力します。
3. 適切なボックスにテキスト クエリと数値クエリの両方または一方を入力します。
4. 次のいずれかの操作を行ってください。
Search メニューの Find を選択します。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
複合検索の例:
CS_Demo データベース内で、構造式にベンゼン環が含まれ、penicillin に関連する名前を持つ分子をすべて検索し
ます。
1. Search メニューの Enter Query をクリックします。
2. ベンゼン環を描画します。
3. Molname フィールドに「*penicillin*」と入力します。
4. Search メニューの Substructure オプションが選択されていることを確認します。
5. Search メニューの Find を選択します。
この例では、名前に penicillin が含まれ、構造式に 6 個の炭素原子からなる芳香族環を持つ 2 件の分子がヒット
します。
メモ: 複合検索では、進行状況のレポートは、構造式検索時にのみ表示されます。画面の下部にあるカウンタ
の値が増加しているときは、構造式が検索されています。構造式検索の最中に、Esc キーを押して検索を中止
することができます。SQL 検索の最中は、Esc キーを押しても検索を中止できません。
SQL 検索
SQL (Structured Query Language) を使うと、複雑な検索が実行できます。SQL 言語については、ここでは説明
しません。
円記号 (\) で始まるクエリは、直接 SQL で書かれたクエリとして認識され、SQL クエリの WHERE 句として直
接データベースに渡されます。これらのクエリには、SQL で指定されている列名や区切り記号を使用する必要があ
ります。たとえば、
\[molname] like 'benz*' and [bpoint] > 200
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
直接 SQL で書かれたクエリは、構造式以外のデータを含むフォームの任意のボックスに入力できます。SQL クエ
リは、クエリが入力されたボックスには関連付けられません。
検索手順
検索を行うには、次の手順に従ってください。
検索のオプションを設定します (構造式検索のみ)。
フォームにクエリを入力します。
検索エンジンにクエリを発行します。
検索を行うには、Search メニュー、または Search ツールバーの該当ツールを使用します。
図 8.19: Search ツールバー: 1) クエリの入力、2) 検索、3) 全体の表示、4) 現在の分子を検索、5) 前回の
クエリ、6) リストの保存、7) リストの再表示、8) 前回のリストの再表示、9) リストの検索
次の手順では、Search メニューを使用した検索について説明します。ほとんどの手順で、Search メニューの代
わりに Search ツールバーを使うこともできます。
検索オプションの設定
検索対象の構造式の種類についてのオプションを設定できます。
検索の種類のオプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Preferences を選択します。Preferences ダイアログ ボックスが表示され、Search
Type タブが表示されます。
第 8 章: 検索式
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図 8.20: 検索オプション
2. 次のうち、適切な操作を行います。
目的
使用する
プション
共通の構造式コンポーネ
ントを持つ構造式を検索 Substructure
する
特定の構造式を検索する
クエリでさまざまな検索
を行う
正確な一致を検索する
Full
Structure
Normal
Exact
Similar をク
リックして、
類似の程度を
設定します。
クエリに類似した機能を
持つ構造式を検索する
第 8 章: 検索式
メモ: 値
を大きくす
るほど、
ヒットが少
なくなりま
す。
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目的
互変異性形式のクエリの
構造式を検索する
互変異性形式を使わず
に、描画された結合を検
索する
使用する
オプション
Tautomeric
Nontautomeric
3. OK をクリックします。
Tip: 検索オプションを変更するのに、必ずしも Preferences ダイアログ ボックスにアクセスする必要はあ
りません。Search メニューを切り替えると、Substructure と Full Structure、Normal と Similarity
の間で切り替えることができます。
詳細検索オプションの設定
各検索の詳細についてのオプションを設定できます。
詳細検索オプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Preferences を選択します。Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Details タブをクリックします。Details タブが表示されます。
3. 次のうち、適切な操作を行います。
目的
使用する
オプション
電荷を持たない炭素以外
の原子をクエリに指定し
た場合に、対応する原子
が電荷を持っている分子
も検索対象に含める。
メモ: この設定にか
かわらず、電荷を
持っている原子をク
エリに指定した場合
は、常に、対応する
原子が電荷を持って
いる分子のみが検索
対象となります。
第 8 章: 検索式
Hit any charge
on heteroatom
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ChemFinder 15.0
目的
使用する
オプション
電荷を持たない炭素原子
をクエリに指定した場合
に、対応する炭素原子が
電荷を持っている分子も
検索対象に含める。
メモ: この設定にか
かわらず、電荷を
持っている原子をク
エリに指定した場合
は、常に、対応する
原子が電荷を持って
いる分子のみが検索
対象となります。
On carbon
クエリでヒットした構造 Permit
式に加えて、分子フラグ extraneous
fragments in
メントをヒットに含め
full structure
る。
searches
Ignore salts
and solvents
塩の状態や溶媒の設定の
みに起因する相違は検索
対象外とする。
Hit any
charge on
heteroatom
On carbon
Permit
extraneous
fragments in
full
structure
searches
クエリを実行したとき
に、検索結果でフラグメ
ントがオーバーラップ
(1 つ以上の原子を共有
Query fragments
can overlap in
target
する) できるようにす
る。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
目的
使用する
プション
反応検索を行うときに、
クエリに入力した反応中
心が検索結果の反応中心 Reaction query
と一致するように設定す must hit
る。このオプションは、 reaction center
反応検索のみに適用され
る。
一般構造式の検索で、ク
エリ内に指定されている Generics hit
構造式以外のものが含ま only generics
れないようにする。
完全な単語テキストの一
致を検索する。この
チェック ボックスをオ
Text: Match
ンにしないと、一致する full word only
すべてのテキスト フラ
グメントがヒットする。
Match
stereochemistry
クエリに指定した構造式 をクリックし、
の立体化学構造と一致す How をクリックし
る立体化学構造を持つ構 て、立体化学構造
がどのように一致
造式を検索する。
するかを指定す
る。
調整
Preferences ダイアログ ボックスの Tuning タブでは、特殊なクエリ条件を設定できます。このタブには、次の
設定を行うチェック ボックスがあります。
完全に一致する語句
大文字と小文字を区別しない (Oracle 用)
立体化学構造の一致
既定値では、Match Stereochemistry ボックスのみがオンになっています。下記の図を参照してください。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
立体化学構造検索オプションの設定
Stereochemical Search Preferences ダイアログ ボックスは、Preferences ダイアログ ボックスの Tuning
タブから開きます。
立体化学構造検索オプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Preferences を選択します。Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Preferences ダイアログ ボックスの Tuning タブで、How をクリックします。Stereochemical Search
Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
図 8.21: 立体化学構造検索オプション
3. 四面体の立体中心の検索を設定します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
クエリ内に指定した四
面体の立体中心の検索 操作
条件
Tetrahedral
完全に一致する構造式 stereo center
hits で Same を
を検索する。
クリックする。
構造式の中心で同一ま Tetrahedral
たは反対の立体配置を stereo center
hits で Either
もつ構造式を検索す
をクリックする。
る。
Tetrahedral
一致するすべての構造 stereo center
hits で Any をク
式を検索する。
リックする。
Thick bonds
represent
中心間の相対関係を検 relative
索する。
stereochemistry
をクリックする。
メモ: Thick bonds represent relative stereochemistry チェック ボックスがオフの場合 (既定値)、太線結合を
ハッシュ/ウェッジ結合と置き換えることができます。このボックスをオンにして、Tetrahedral stereo center hits
を Same に設定した場合、太線結合でマークされたクエリを実行すると、中心間に同じ相対関係を持つ構造式だけが
検索されます。
4. 二重結合の検索を設定します。
クエリに指定した二
重結合の立体配座の
検索条件
操作
完全に一致する構造
Double bond hits
の Same をクリッ
式を検索する。
立体配置が一致する
クする。
すべての構造式を検
Double bond hits
の Any をクリック
索する。
する。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
5. OK をクリックします。
検索モードに入る
フォームをクリアしてクエリ モードに入るには、次の操作を行ってください。
Search メニューの Enter Query を選択します。クエリ モードに切り替わります。
クエリ モードでは、次の項目が表示されます。
フォームの背景色が変化します。
ステータス バーに、QRY が表示されます。
データ入力が許可されていないフォーム ボックスがクエリを入力できるように編集可能になります。
ボックスを表示するように属性が設定されている場合は、フォーム ボックスが表示されます。詳細について
は、47 ページの "データ ボックスの非表示" を参照してください。
検索式の入力と実行
クエリを入力するには、次の操作を行ってください。
1. 検索するフィールドの上にカーソルを置いて、クリックしてフィールドを選択します。
2. データ ボックスにクエリを入力します。
3. Query Mode ボックスの Search をクリックします。ヒット数は、ウィンドウの右下のステータス バーに表示
されます。
メモ: 検索の結果 1 件もヒットしなかったり、エラーが発生した場合は、警告が表示されます。この場合、ク
エリ モードに戻って別のクエリを入力するか、現在のクエリを変更します。
ヒット リストは、完全なデータベースのサブセットにあたるので、通常のデータベースの閲覧と同じように、
Record メニューまたはツールバーの各コマンドを使って閲覧できます。
たとえば、ヒット リストに含まれるレコードをテーブル形式で表示するには、次の操作を行います。
View メニューの Data Table を選択します。
検索の中止
構造式の検索中に検索を中止するには、Esc キーを押します。クエリが中止され、閲覧モードに戻ります。
メモ: この方法で中止できるのは、構造式データに関するクエリ (構造式、分子式、および分子量の検索) だ
けです。SQL 検索や、構造式以外のデータに関する検索は、この方法で中止することはできません。
絞り込み検索
1 つ以上のレコードを含むヒット リストを絞り込み検索するには、データベース全体でなく、ヒット リストのみ
を検索する設定にします。
絞り込み検索を実行するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Over Current List メニュー オプションが選択されていることを確認します。
2. 次のいずれかの操作を行ってください。
Search メニューの Enter Query を選択します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
ChemFinder によって、以前に検索されたヒット リストが対象として検索されます。検索の結果、1 件もヒット
しなかった場合はメッセージが表示され、データベース全体を検索するかどうかを選択できます。
Over Current List スイッチがオンになっていると、各検索で現在のリスト内での絞り込みが行われます。検索
結果をリセットするには、Retrieve All コマンドを使用します。戻るボタンのような動作をする Restore
Previous List コマンドも使用できます。Restore Previous List を使うと、Retrieve All の結果も含めて
1 つ前の履歴に戻ります。
構造式検索式の入力
構造式の検索式を開始するには、次の操作を行ってください。
1. 次のいずれかの操作を行ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query を選択します。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
2. 次のいずれかの操作を行って、データ ボックスに構造式を入力します。
構造式ボックス内をダブルクリックし、ChemDraw コントロールを使用して編集します。
右クリックし、Edit in ChemDraw をクリックします。
右クリックし、Read Structure を使って既存の分子ファイルを開きします。
Edit メニューの Paste を使って、クリップボードから構造式を挿入します。
3. Search メニューの Preferences を選択します。
4. Search Type タブをクリックします。
5. 適切なオプションを選択します。オプションで、Details タブからも適切なオプションを選択します。
6. 次のいずれかの操作を行ってください。
Search メニューの Find を選択します。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
検索の進行状況は、ステータス バーのカウンタに表示されます。検索が完了すると、フォームには最初のヒット
項目が表示されます。この状態では、検索でヒットしたレコードしか閲覧できません。標準検索または完全一致検
索の場合、各分子の構造式の中でクエリに一致する部分が赤で強調表示されます。検索の結果 1 件もヒットしな
かった場合は、クエリ モードに戻ります。
Tip: 強調表示の色は Preferences ダイアログ ボックスで変更できます。たとえば、強調表示を行わないよ
うにするには、強調表示色に黒を選択します。詳細については、214 ページの "色の設定" を参照してくださ
い。
現在の分子を検索式として使用
データベースの閲覧中、画面に表示されている構造式を検索式に使って構造式検索ができます。このような検索で
は、通常は、前述の類似検索または部分構造式検索を使用します。
現在の分子を検索式として使用するには、次の操作を行ってください。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
1. Record メニューのコマンドを使って、検索式として使用する構造式が含まれているレコードに移動します。
2. Search メニューの Current Mol As Query を選択します。
フォーム上にある構造式以外のボックスがすべてクリアされ、画面上の分子を検索式の一部として使用できます。
これにより、構造式を最初から描画したときと同じように検索式の作成を続けることがきます。
現在の分子の検索
Search メニューおよび Search ツールバーの Find Current Molecule コマンドには、前述の Current Mol
As Query コマンドとよく似た機能があります。データベースの閲覧中、関心のある分子が見つかった場合など
に、関連する別のレコードを検索できます。
Find Current Molecule コマンドを使うと、現在フォームに表示されている構造式を使って、迅速に構造式が検
索できます。ただし、この機能では他の検索語句を入力することはできません。検索方法 (完全な構造式または部
分構造式の検索、一致検索または類似検索) は、Search メニューで選択されているオプションによって決まりま
す。
現在の分子を検索するには、次の操作を行ってください。
1. 関心のある構造式が含まれているレコードに移動します。
2. Search メニューで、使用する検索方法を選びます。
3. 次のいずれかの操作を行ってください。
Search メニューの Find Current Mol を選択します。
Search ツールバーの Find Current Molecule アイコンをクリックします。
検索が開始され、ステータス バーの右下に検索ステータスが表示されます。検索が終了すると、フォームには最
初のヒット項目が表示されます。この状態では、検索でヒットしたレコードしか閲覧できません。
反応の検索式の入力
反応検索式の作成手順は、構造式の検索式を作成する場合とよく似ています。
1. 次のいずれかの操作を行ってフォームをクリアします。
Search メニューの Enter Query を選択します。
Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックします。
フォームがクリアされます。
2. 検索式を入力するには、次の操作を行ってください。
構造式ボックス内をダブルクリックします。ChemDraw コントロールが表示されます。
From ChemFinder ウィンドウで、目的の構造式、部分構造式、または反応式を描画します。
構造式ボックスの外側をクリックします。
3. オプション操作: ここで、他のデータ ボックスにクエリを入力して、複合検索を行うこともできます。
4. 検索式の用途に応じて、Search メニューの Substructure メニュー オプションを選択または選択解除しま
す。
メモ: 反応検索式では、Similarity オプションは使用できません。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
5. 次のいずれかの操作を行ってください。
Search メニューの Find を選択します。
Search ツールバーの Find アイコンをクリックします。
通常の構造式検索と同様に、検索が実行されます。
特殊構造式検索
Search メニューの Find Structures サブメニューを使うと、普通の方法では簡単には実行できない、いくつか
のよく使われる種類の構造式の検索を設定できます。
他の検索と同様、これらの検索はすべて、Over Current List オプションが有効になっている場合に現在のレ
コード セットに対して動作します。オプションが有効になっていないと、現在表示されているレコード数に関わ
らずリスト全体が検索されます。特殊構造式検索は、Oracle を含めたすべてのデータ ソースへの適用を意図して
いますが、現状では MST ソースについてのみ有効です。Find Structures サブメニューで使用可能なオプション
を次に示します。
図 8.22: Find Structures メニュー
これらはクエリ情報を入力しないで行う一般的な検索です。次のオプションがあります。
Empty Structures: 構造式が含まれないレコードを探します。通常の検索で分子量にゼロを指定するのと同じ
です。分子量にゼロを指定する方法が不明瞭なため提供されています。
Reactions (反応): 反応構造式を見つけます。構造式のクエリにただの矢印を入力しても、同じ結果が得られ
ます。
With Stereo Centers: 四面体の立体化学構造が含まれる構造式を見つけます。
Missing Stereochemistry:四面体または二重結合の立体化学構造を持つ可能性のある原子が含まれるが、"未
指定" で描画されている構造式を検索します。
Charged: 荷電した 1 つ以上の原子を検索します。
Radical: ラジカル化した 1 つ以上の原子を検索します。
With Isotopic Labels: 質量数または同位体存在比属性を持つ原子の構造式が含まれるレコードを取り出しま
す。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
Query Structures: 原子タイプ (R、A、M、Q、X、Alkyl、Aliphatic、EDG、EWG など)、結合タイプ(単結合
か二重結合かなど)、可変電荷、元素リスト ([C,N,O])、環結合数などを持つ構造式を見つけます。
3D: 3D 検索で対象となりえる構造式を見つけます。これらはオングストローム単位で測定され、Z 座標を持つ
構造式です。両方の条件を満たしている必要があります。これらの条件のうち 1 つだけを満たす構造式は、
Check structures 検索を使って見つけることができます。
メモ: 3D 機能は、Ultra バージョンで使用可能です。Standard バージョンでは使用できません。
Classes: 次の種類の (サブメニューから選択可能) 検索を実行します。
Hydrocarbons: 炭素と水素だけを含む構造式を検索します。フラグメントが複数の場合、すべて炭化水素で
ある必要があります。
Aliphatics: 1 つの炭素－炭素結合 (あるいはメタン) を含み芳香族環構造を有さない構造式を見つけま
す。
Alicyclics: 芳香族や反芳香族を除く炭素環を含む構造式を検索します。
Aromatics (4n+2):4n+2 個の電子を含む系で、1 つまたは複数の環構造を含む構造式を見つけます。ピロー
ルおよび荷電環も含まれます。
Antiaromatics (4n): 4n 個の電子を含む系で、1 つまたは複数の環構造を含む構造式を検索します。
Aromatics (Cyclically alternating): 一重結合と二重結合が交互に並ぶ 4n+2 個の結合を含む系で、1
つまたは複数の環構造を含む構造式を検索します。これは ChemFinder 10 以降使われてきた "非局在化"
の条件に相当します。
Natural products: 炭素および、酸素または窒素を含む構造式を検索します。
Alkaloids: 炭素と塩基性窒素を含む MW>200 の構造式を検索します。
Heterocycles: ヘテロ原子を含む環構造を持つ構造式を検索します。
Metals: 金属結合を含む構造式を検索します。
Organometallics: 金属－炭素を含む構造式を検索します。
Organics: 炭素原子を含む構造式を検索します。
Inorganics: 炭素原子を含まない構造式を検索します。
Salts: 塩と見なされる構造式を検索します。
Rings: 次の種類の (サブメニューから選択可能な) 環構造を検索します。
Bridged: 系。1 つ以上の結合を共有する 2 つの環構造など。
Spiro: 系。1 つの原子だけを共有する 2 つの環構造など。
Fusion: 系。縮合環 (1 つの結合を共有する 2 つの環構造) を持つ構造式など。
Highly condensed: 7 つ以上の環を持つグループにおいて、グループ内の他の環と 4 つ以上の結合を共有
している環。
Necklace: サイズが半分以下の 1 つ以上の他の環と橋かけのある環。
Polyhedra: 各環がグループ内の 2 つ以上の環と縮合している環のグループ。
Duplicates: 構造式が少なくとも 1 つ以上互いに重複するレコードを見つけます。
Clustered List を選択すると、クエリは重複だけのリストを集めて (並べ替えたリストで) 表示されます。
これで重複を比較しやすくなりますが、並べ替えられたリストのレコードを編集することはできません。
Unique Structures Only を選択すると、クエリは親リストと同じになりますが、各重複構造式の独自のコ
ピーが一部だけ表示されます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
メモ: 重複検索は、Full Structure モードでしか実行できません。検索タイプが Substructure に指定され
ている場合、検索タイプのオプションを完全な構造式にリセットするように求めるエラー メッセージが表示さ
れます。
By date modified: 過去のある時点に変更された構造式を特定します。ここで検索できるデータベース フィー
ルドは構造式だけです。現状で Oracle 用の実装はされていません。また、最後に行われた構造式の追加およ
び編集については検索できますが、削除された場合は検索できません。この機構は、構造式に付けられる変更日
の情報を読み込むことで機能します。削除されたレコードの場合、そうした情報はありません。
Check structures: Check structures in database ダイアログ ボックスで指定した属性をチェックするこ
とで、レコードを特定します。指定した属性およびデータベースが読み取り専用かどうかによっては、自動的に
正しいバージョンの構造式を再登録できる場合があります。既定値では、このスキャンは現在表示されているレ
コードで開始され、レコード セットの終わりまで、あるいはスキャンが中止されるまで続けられます。これを
変更するには、ダイアログ ボックスの一番下のボックスをオフにします。
図 8.23: Check structures in database ダイアログ ボックス
ここでは次の属性をチェックできます。
Ambiguous stereochemistry: あいまいに描画された四面体または二重結合立体化学構造を持つ構造式にフ
ラグを付けます。修正不可能です。
Valence/charge: ありえない原子価または電荷を持つ原子が含まれる構造式にフラグを付けます。修正でき
る場合もあります。
Net charge present: 正味電荷が含まれる構造式にフラグを付けます。このオプションは、通常役立たない
ので既定値ではオフになっています。修正不可能です。
Unrecognized atoms: ChemFinder で解釈されない原子が含まれる構造式にフラグを付けます。このような
原子は、通常、R の原子タイプがあり、疑問符の付いたグレーのテキスト ラベルで示されます。修正不可能
です。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
Mass imbalance: 反応物の分子式が生成物と異なる反応にフラグを付けます。修正不可能です。
Doubly drawn atoms: 2 つの原子がとても似ていて、そのうちの少なくとも 1 つにラベルがない構造式に
フラグを付けます (また、二重描画対と考えられるには、明示的な結合を組み合わせた原子価がいずれの原子
の容量も超えないようにする必要があります)。この種類の構造式は、既存の原子から結合を描画しようとし
て、うっかり新しい原子を間違えて作成してしまったような場合に得られます。ChemDraw は、これらに波形
の赤いボックスでフラグを付けます。
3D not scaled in Angstroms: Angstroms で表示されていない Z 座標または 3D を持つ構造式にフラグ
を付けます。このような構造式は 3D 検索で対象となりません。
Miscellaneous: 同位体の質量が妥当かどうか調べます。
False stereomarks: 構造上、立体化学構造が不可能な原子のウェッジ結合などの立体化学構造インジケー
タにフラグを付けます。標準検索ではこのようなインジケータは無視されます。このオプションを指定する
と、このような立体化学構造インジケータをすべて検索してエラーを修正できます。
CDX <-> Mst correspondence: CDX のオリジナル描画に対する化学的解釈が、最新版のソフトウェアでも
同じかどうかをチェックします。また保存されていた内部構造について、CDX からの再生成が必要であるかど
うかもチェックします。
Atom-atom maps: 自動生成されたマップが満足できる品質かどうかをチェックします。ただしユーザーが定
義したマップはチェックされず、正常なものと見なされます。
Locate deleted structures: 構造式ボックスから削除された構造式を特定します。
Representational Drift: 保存された化学構造式の各種要素をチェックして、構造式が最新版のソフトウェ
アに対応していると保証します。
メモ: Interactive オプションが選択されていると、エラーおよび警告はダイアログ ボックスに表示されま
す。これに対して To file オプションを選択した場合は、エラーと警告を記録させるログ ファイルのパス指
定が必要です。この場合、エラーおよび警告のダイアログ ボックス表示は行われません。
Check structures 検索を行うには、次の操作を行ってください。
1. 対象カテゴリを選択します。
2. Scan をクリックします。構造式にフラグが付けられるとそのレコードが表示され、違反した原子または結合式
があれば点滅表示されます。ユーザーは警告からいくつかのオプションを選択することができます。
次のオプションがあります。
目的
エラーを無視し、同じ
構造式のチェックを続
ける。
使用する
オプション
Don't know また
は Ignore
MST レコードを書き換
is specified ま
えて問題を修正する。
たは has stereo
次の構造式からスキャ
Skip to next
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
目的
使用する
オプション
ンを続ける。
structure
スキャンを停止する。
問題を示した最後のレ
Stop Scanning
コードで止まります。
問題のある原子や結合
を点滅表示する。
このボタンは、エラー
が原子または結合を中
心に展開している場合
Flash
にのみ表示されます。
このボタンをクリック
すると、原子/結合の方
に移動する円ができ、
注目を集めます。
警告メッセージの詳細
を確認する。
エラーを自動で修正す
る。
Help
Auto-Fix
クエリの管理
Explorer ウィンドウのクエリ ツリー コントロールで、現在および以前のセッションの検索クエリのリストを管
理できます。クエリはフォームと関連しているため、フォームを保存するとクエリ リストが保存されます。既存
のフォームを開くかアクティブにすると、ツリーが更新されてそのフォームのクエリだけが表示されます。
検索またはリスト演算を実行するたびに、新しいクエリがツリーに作成されます。クエリに名前が割り当てられ、
リストのサイズ (ヒット数) および簡単な説明と一緒にツリーに表示されます。作成された名前は「Q< n>*」とな
り、この n は連番で、* はクエリに名前が付いていないこと、または保存用にマークされていないことを示しま
す。
Caution: オプション設定次第では、名前の付いていないクエリは自動的に破棄されることがあります。詳細に
ついては、137 ページの "リストの保存と再利用" を参照してください。
クエリ ツリー コントロールをアクティブにするには、次の操作を行ってください。
1. View メニューの Explorer Window を選択します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
2. Explorer ウィンドウの Queries タブをクリックすると、クエリ ツリーが表示されます。
クエリはデータベースの子としてリストされます (Full List として表示)。クエリを実行する前に Search メ
ニューから Search Over Current List を選択した場合、前のリストの "子" として表示されます(現在のリス
トは、色付きボックスのフレームで表示されます)。
図 8.24: クエリ ツリー: 1) Database (フル リスト)、2) Current List (フレームが付く)、3) Search
Over Current List クエリ (子のリスト)
クエリを復元するには、次の操作を行ってください。
クエリをダブルクリックします。
Tip: ルート項目の Full List をダブルクリックしても、Search メニューから Retrieve All を選んだとき
と同じ結果が得られます。
検索式コンテキスト メニュー
クエリを右クリックすると、クエリを管理するコマンドが含まれるメニューが表示されます。
目的
使用する
オプション
選択されたクエリを使って
検索を繰り返す(クエリをダ
ブルクリックするのと同じ
Rerun
です)。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
目的
使用する
オプション
選択されたクエリのヒット
と現在のリストを統合す
る。詳細については、138
ページの "ヒット リストの
Restore
List
再利用と統合"を参照してく
ださい。
選択されたクエリの共通グ
ラフに現在のリストと一緒
にクエリの色を適用する(ク
エリをシングルクリックす
Color On
Plot
るのと同じです)。
Color Picker ダイアログ
ボックスから異なるクエリ
アイコンの色を選択する。
Change
Color
クエリを変更するか再実行
する。
Restore Query を選択する
とクエリ モードに入り、構
Restore
Query
造式が表示されます。クエ
リを変更してから手動で再
実行できます。
拡張子 .cfq を持つ別のファ
イルにクエリを保存する。
Save
Query...
フォームを保存したとき
に、指定した名前でクエリ
を保存できるようマークを
付ける。
Keep
これは Query Saving オプ
ションが Discard unnamed
queries に設定されていな
ければ効果がありません。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
目的
使用するオプ
ション
137 ページの "リストの保
存と再利用"を参照してくだ
さい。
選択されたクエリをツリー
から削除する。
フォームを次回保存する
と、このクエリは失われま
Remove
す。誤って削除してしまっ
た場合は、フォームを保存
せずに閉じてから再度開き
ます。
クエリの名前を変える。
Query Saving オプション
が Discard unnamed
queries に設定されている
Rename
場合、Keep と同じ効果があ
ります。
ツリー内で同じ深さの階層
にあるすべてのクエリを名
前によってアルファベット
Sort Folder
順で並べ替える。
また、コンテキスト メニューを使用して、Query Properties ダイアログ ボックスを表示することもできます。
このダイアログ ボックスではクエリ名の変更、コメントの追加、グラフで使用する色の変更などを行うことがで
きます。Comments ボックスに入力したテキストは、ヒット数とともに表示される標準の説明を置換します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.25: Query Properties ダイアログ ボックス
ドメイン
データベース全体以外のリストを閲覧する場合に、データベースが現在の子リストだけで構成されているように表
示することができます。
Search、Domains、Set Domain to Current List の順に選択します。現在のリストがデータベース全体のよ
うに動作します。たとえば、Retrieve All コマンドを使うとこのリストだけが取り出されます。Search Over
Current List を選択しなくても、このリストだけが検索対象になります。
検索対象をデータベース全体にリセットするには、次の操作を行ってください。
Search、Domains、Reset to Full Database の順に選択します。
メモ: Set Domain to Current List は、キャンセルされるまで有効になります。フォームを保存すると、フォーム
はフォーム ファイルと一緒に保存され、フォームを再度開いても有効です。
リストの保存と再利用
クエリは個別に .cfq ファイルとして保存することも、フォームを保存するときに自動的に保存することもできま
す。リストを .cfq ファイルとして保存して再利用する古いコマンドは Search メニューに表示され、特定のク
エリを右クリックするとコンテキスト メニューに表示されます。クエリ (または他の変更) を保存せずにフォー
ムを閉じると、変更を保存するか破棄するかを確認するメッセージが表示されます。
Preferences ダイアログ ボックスの General タブに、すべてのクエリを保存する (既定値) か、名前が変更さ
れたものだけを保存するかを選択するオプションがあります。このオプションを選択した場合、フォームと一緒に
クエリを保存する方法は 2 つあります。
コンテキスト (右クリック) メニューの Rename コマンドか、Query Properties ダイアログ ボックス (コン
テキスト メニューからアクセス可能) を使ってクエリの名前を変更します。
コンテキスト メニューの Keep コマンドを使ってクエリにマークを付けます。この方法でクエリを保存する
と、標準名が残ります。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.26: 一般オプション
ヒット リストの保存
クエリを作成して、検索を実行します。詳細については、126 ページの "検索式の入力と実行" と 127 ページの
"構造式検索式の入力" を参照してください。
1. ヒット リストが得られたら、Search メニューの Save List を選択します。Save As ダイアログ ボックスが
表示されます。
2. ヒット リストのファイル名を入力し、Save をクリックします。
このファイルは、ヒット リスト内の各レコードの基本キーの値で構成されます。基本キーが存在しない場合は、
分子 ID が使用されます。
保存したヒット リストを編集するには、メモ帳などのテキスト エディタでテキスト ファイルを開き、必要に応
じて値を編集します。
ヒット リストの再利用と統合
ヒット リストの保存後、他の検索を行って、その結果を保存済みのヒット リストの結果と統合できます。このよ
うに、複数の検索をブール演算を使って処理できます。
2 つの検索から得た結果を統合するには、次の 2 つの方法があります。
保存しておいたリストを開く:
1. 最初の検索を実行し、ヒット リストを保存します。
2. 次の検索を実行します。
3. Search メニューの Restore List を選択します。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
4. 先に保存しておいたリストを現在のヒット リストとの統合用に選択し、Open をクリックします。
Restore/Merge List ダイアログ ボックスが表示されます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.27: Restore/Merge List ダイアログ ボックス
5. 統合オプションを選択して OK をクリックします。
Replace: 現在のヒット リストを削除して、開こうとするヒット リストに保存されているレコードを表示し
ます。
Intersect: 現在のヒット リストと保存されたヒット リストの両方に含まれているレコードのみを表示しま
す。このオプションは、ブール演算子の AND 条件と同じです。
Subtract: 現在のヒット リスト内のレコードのうち、保存されたヒット リストに含まれていないレコード
だけを表示します。たとえば、現在のリストにレコード 1、2、3、4、5 が含まれ、復元するリストにレコー
ド 4、5、6、7 が含まれている場合は、レコード 1、2、3 のみが表示されます。このオプションは、現在の
リストにあり、復元されたリストにはないレコードを示すブール演算子の NOT 条件と同じです。
Union: 現在のリストと保存されたヒット リストに含まれるすべてのレコードを表示します。このオプショ
ンは、ブール演算子の OR 条件と同じです。
Subtract from:保存されたヒット リスト内のレコードのうち、現在のヒット リストに含まれていないレ
コードだけを表示します。Subtract の場合とリストの順が逆になったものです。
2 つのヒット リストが統合されます。統合された新しいヒット リストは、通常のヒット リストと同じよう
に、閲覧や保存が可能です。
ドラッグ アンド ドロップによってリストを結合するには、次の操作を実行してください。
1. 最初の検索を実行し、ヒット リストを保存します。
2. 次の検索を実行し、ヒット リストを保存します。
こうして保存したクエリは次の図のように表示されます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
3. このツリー上で一方のクエリをドラッグして、もう一方に重ねます。
Restore/Merge ダイアログ ボックスが表示され、適用するロジック (置き換え、共通集合、和集合、差異など)
を選択できます。
統合に成功した結果は、新規のリストとして表示されます。
メモ: 2 つのリストを統合した結果、空のリストが得られた場合、警告が表示され、リストが前のリストにリセット
されます。
検索例
ここでは、さまざまな検索オプションの例を示します。原子の属性や結合の属性を指定すると、ChemDraw のクエ
リ機能を使って、より効率的にデータベースを検索できます。ChemFinder で認識可能な部分検索クエリ属性につ
いては、237 ページの "構造式クエリの機能" を参照してください。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
複数のヒット リスト
ヒット リストの管理機能を使って、詳細で複雑な検索を行う例について説明します。
CS_Demo データベース内で、構造式にベンゼンの部分構造式が含まれ、分子量が 50 ～ 200 の範囲内の化合物を
すべて検索するとします。この簡単な複合検索の後で、ヒットした化合物の中から、炭素と窒素の結合を含まない
化合物を探します。この検索は、ヒット リストを統合して行います。
この検索の第 1 のヒット リストを作成するには、次の操作を行ってください。
1. CS_Demo データベースを開きます。
2. Structure データ ボックスにベンゼンの構造式を入力し、さらに Molecular Weight データ ボックスに
「50-200」と入力して、最初のクエリを作成します。
3. クエリ対象を検索します。この例では、75 件がヒットします。
4. Search メニューの Save List を選択します。
5. ヒット リストを benz.txt という名前で保存します。
この検索の第 2 のヒット リストを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 下の図のようなクエリを構造式データ ボックスに入力します。
2. クエリ対象を検索します。この例では、103 件がヒットします。
3. Search メニューの Save List を選択します。
4. ヒット リストを c-n.txt という名前で保存します。
2 つのヒット リストを統合するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Restore List を選択します。
2. Open ダイアログ ボックスで、benz.txt ファイルを開きます。
3. Restore List ダイアログ ボックスで、Replace ラジオ ボタンをクリックし、OK をクリックします。最初の
検索で取得した 75 件のリストに戻ります。
4. Search メニューの Restore List を選択します。
5. Open ダイアログ ボックスで、c-n.txt ファイルを開きます。
6. Restore List ダイアログ ボックスで、Subtract ラジオ ボタンをクリックし、OK をクリックします。
以上の操作により、ベンゼンの部分構造式が含まれ、部分構造式 C-N が含まれない、分子量が 50 ～ 200 の化
合物が 60 件ヒットします。
手順の最後で Replace
オプションを選択すると、C-N のレコードだけが表示されます。また、Intersect オプ
ションを選択すると、2 つのリストの両方に含まれているレコードだけが表示されます。さらに、Union を選択す
ると、両方のリストのレコードがすべて表示されます。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
原子リストの使用
ChemDraw のテキスト ツールを使用すると、構造式のクエリに原子タイプのリストを指定できます。検索でヒット
するには、対象化合物に、このリストに指定された原子タイプのいずれかが含まれている必要があります。
エーテル、アミン、リン酸のいずれか 1 つが付いたベンゼン環を含む分子を検索するには、次のようなクエリを
指定します。
図 8.28: 原子リストのクエリ
原子タイプと結合タイプ
構造式のクエリで原子と結合の属性を指定して、検索クエリの対象を拡張または制限できます。これらの属性は、
ChemDraw Prime の Structure メニューから、Atom Properties ダイアログ ボックスおよび Bond
Properties ダイアログ ボックスを呼び出して指定します。詳細については、237 ページの "構造式クエリの機
能" を参照してください。
炭素などの原子と結合している酸素以外のカルコゲン元素を含むすべての分子を検索するとします。また、カルコ
ゲン元素と他の原子との結合タイプは、単結合または二重結合とします。この場合、ChemDraw Prime で作成する
クエリは次のようになります。
図 8.29: クエリにおける結合タイプと原子タイプの指定
"A" のラベルは、水素以外のすべての原子に一致することを示します。結合の横のインジケータは、結合が定義済
みであることを示します。ここでは、ChemDraw の Bond Properties ダイアログ ボックスで、単結合または二
重結合を示す S/D が結合タイプに指定されています。最後に、「S,Se,Te」を角かっこで囲んで入力すると、この
うちのいずれかの元素が対象分子に含まれていなければならないことを示します。
フラーレンの検索
フラーレンの検索は、分子式検索で限定条件を指定して行います。炭素原子 20 ～ 80 個から成るすべてのフラー
レンを検索するとします。ただし、巨大有機分子は除きます。
分子式クエリは次のようになります。
C20-80 H0
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
水素原子 0 を指定すると、炭化水素をヒット リストから除外できます。この例ではあいまいな点はありません
が、あいまいに解釈されないようにするには、元素記号の大文字と小文字を正確に区別して記述し、文字の間にス
ペースを挿入します。
リンク ノードと多価 R
リンク ノードは、ゼロ個以上の未指定の原子のための代替記号です。いずれかの環サイズを持つ構造式や、特定
の方法でいずれかの方向の鎖が置換された構造式を検索するときに特に便利です。リンク ノードは通常二価です
が、ChemFinder では範囲の上限は制限されません。多価 R (および A) 原子は、リンク ノードに似た機能を
持っています。これらは "高い価数" のリンク ノードと考えることができます。
図 8.30: リンク ノード
リンク ノードは従来 CH2 で表されますが、すべての原子タイプはリンク ノードと置換できるため、混乱を招き
ます。このため、リンク ノードは R と表されます。R (反復数なし) は、ゼロも含めた任意の数の原子と一致し
ます。
対象の原子のすべての原子タイプはリンク ノードと一致しますが、リンク ノードに 2 つの制限を適用すること
ができます。
不飽和結合
Ring 形状 (環構造)
ChemDraw の Atom Properties メニューを使用して、これらの特性をリンク ノードに適用すると、対象の原子
の範囲を指定の形状に制限できます。たとえば、リンク ノードを芳香族に指定すると次のような結果が得られま
す。
クエリ
結果
ヒットする構造式
ヒットしない構造式
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
クエリ
結果
図 8.31: リンク ノード クエリの結果
複数の部分構造式の検索
部分構造式検索では、複数の部分構造式を指定できます。CS_Demo データベース内で、ベンゼンの部分構造式と、
任意の原子と結合した塩素を含む別の部分構造式を持つすべての化合物を検索するとします。この場合、ChemDraw
で描画する構造式クエリは次のようになります。
図 8.32: 2 つの部分構造式を指定した構造式クエリ
この例では、5 件がヒットします。ヒットしたレコードを閲覧します。上のようなクエリを指定すると、下の図の
塩化ベンジルのように、指定した 2 つの部分構造式がつながっていないものもヒットします。
図 8.33: 2 つの部分構造式を指定したクエリでヒットした塩化ベンジル
指定した 2 つの部分構造式が共有原子によって部分的にオーバーラップしているものもヒットします。オーバー
ラップの例を下に示します。
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
図 8.34: ヒット リストに含まれる、オーバーラップした部分構造式
第 8 章: 検索式
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ChemFinder 15.0
化合物プロファイル
化合物プロファイルを使用すると、選択したプロパティの値に基づいて構造式を視覚的に比較し、ランク付けする
ことができます。
化合物プロファイルとは、データベース内の数値フィールドの値を、"コスト" 領域 (つまり不適合性) を示す色
分けされた垂直バーの形式で描画するグラフです。通常は一連のグラフとして表示されます。コスト領域は、
フィールドに関連付けられたコスト プロファイルによって決まります。化合物プロファイルでは、コストは 0 ～
1 の値を取るように正規化されます。理想値は 0 で、最大値 (1) に至るまでの偏差の傾きはユーザーが定義でき
ます。
メモ: この関数は正規化線形スプラインです。
図 9.1: IC50 のプロファイル
コスト プロファイルには、ユーザーがその特性の "望ましい値" と考える値を設定します。ユーザーは、0 に当
たる値の範囲と 1 に至るまでの直線の傾きを変更することで、化合物が理想値から偏差しているときの不適合性
の度合いを適切に表現するようにコスト プロファイルを調整できます。
たとえば、適切な溶解性 (単位: mg/ml) と適切な生物活性 (単位: nm) を持つ薬品候補を探すとします。適切な
溶解性を得るために活性をある程度まで犠牲にしてもよいと考える場合は、溶解性のコスト関数に対して、活性の
コスト関数よりも、理想値の範囲からの偏差について厳しいペナルティを課すことになります。
既定値の表示オプションでは、バーの白い領域は理想値を表し、領域の色が濃くなるほど理想値からの偏差が大き
くなります。
正規化関数では、さまざまな種類の特性を比較できます。全フィールドの "理想値" からの偏差を総合した結果
が、スコアとして表示されます。それぞれの特性には、その値が全体的な計算に与える影響を調節するために、重
みを割り当てることができます。化合物のスコアは、ソート済みかどうかや、その化合物のヒット リスト中の位
置に関係なく、常に同じ値になります。理想値から遠い化合物ほど高いスコアを示します。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
図 9.2: MW、LogP、IC50 についての化合物プロファイル
化合物プロファイルは、化合物の品質を視覚的に理解するための有益な手段です。特に、いくつかのプロファイル
を並べて比較できるテーブル ビューで大いに役立ちます。プロファイルを使用することのメリットは、ソートや
検索の際に最もよく実感されます。たとえば、ある化合物をクエリとして残しておき、残りの化合物をそのクエリ
からの偏差に基づいてソートすることができます。
化合物プロファイルの作成
プロファイルは、フォーム上の、プロファイル ツールによって作成される特殊なデータ ボックスに表示されま
す。
プロファイル ボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
作業対象のフォームまたはサブフォームに接続されているデータベースは、少なくとも 1 つの数値フィールド
を含んでいる必要があります。
メモ: プロファイルには構造式フィールドを含めることもできます。
1. Form ツールバーのプロファイル ツールをクリックします。
2. フォーム上にドラッグ操作でボックスを作成します。Profile Wizard が表示されたら、Next をクリックしま
す。
Define Field ダイアログ ボックスが表示されます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
3. Field ページで、Source のドロップダウン メニューから数値フィールドを選択します。
Display As テキスト ボックスに名前が自動的に挿入されるので、この名前を必要に応じて編集します。
Value Range の値は編集できます。
既定値では、データベース内の最初の 1,000 件のレコードの最小値と最大値が表示されます。
Value Range に負数が含まれていない場合は、対数 (log scale) を選択できます。
他のプロファイルとの相対関係で、プロファイルに重みを付けることができます (100 は重要、0 は重要で
ない)。
4. Profile Choose ページで、コスト プロファイルを選択します。
このギャラリーは、ユーザーの利便性のために用意されたものです。ここで選択したパターンは、後で好きな
形状に変更できます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
Tip: 各プロファイルをクリックすると、ギャラリー ウィンドウの下部に説明テキストが表示されるので、こ
の説明を参考にして選択してください。
5. Cost Profile ページで、必要に応じてプロファイルを編集します。詳細については、150 ページの "コスト
プロファイルを変更するには、次の操作を行ってください。"を参照してください。
6. このウィザードの Profile ページには "add another field" チェック ボックスがあり、これをオンにする
と Finish ボタンが Next ボタンに変化します。Next をクリックし、追加する各プロファイルに対して同じ
手順を繰り返します。必要なプロファイルをすべて追加したら、Finish をクリックします。データ ボックス
にプロファイルが表示されます。
化合物プロファイルの編集
化合物プロファイルの設定は、Compound Profile Editor で編集できます。
プロファイルを編集するには、次の操作を行ってください。
プロファイル データ ボックスをダブルクリックします。Compound Profile Editor が表示されます。
新しいプロファイルを追加するには、次の操作を行ってください。
エディタ ウィンドウを右クリックし、コンテキスト メニューの Add Field コマンドをクリックします。
プロファイルを削除するには、次の操作を行ってください。
1. Profile タブで、必要なプロファイルを選択します。
2. エディタ ウィンドウを右クリックし、コンテキスト メニューの Remove Field をクリックします。
プロファイルの順番を変更するには、次の操作を行ってください。
1. Profile タブで、目的のプロファイルをクリックして選択します。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
2. エディタ ウィンドウを右クリックし、コンテキスト メニューの <Move Left または >Move Right コマンド
をクリックします。
プロファイルに関連付けられているフィールドを変更するには、次の操作を行ってください。
1. Profile タブで、目的のプロファイルをクリックして選択します。
2. Field タブをクリックします。ドロップダウン メニューで Source を変更します。必要に応じてその他の変数
を変更します。
3. Cost Profile タブをクリックし、新しいプロファイルを選択します。
メモ: Source フィールドを変更したときは、新しいプロファイルを選択する必要があります。この操作を行わない
とエラー メッセージが表示されます。
4. OK をクリックします。
コスト プロファイルが表示され、編集可能な状態になります。
5. OK ボタンをクリックして変更を完了します。
コスト プロファイルを変更するには、次の操作を行ってください。
1. Profile タブで、目的のプロファイルをクリックして選択し、Cost Profile タブをクリックします。
図 9.3: コスト プロファイルにはドラッグ ポイントと理想値の線が表示される
2. 屈曲ポイントを変更するには、そのポイントをドラッグして移動します。
ドラッグすると、そのポイントの X 座標と Y 座標がグリッドに表示されます。
Tip: 隣接ポイントを越える位置までドラッグすることはできません。
3. 新しい屈曲ポイントを追加するには、新しいポイントを追加したい位置の線分を右クリックし、コンテキスト
メニューの Add point here コマンドをクリックします。
4. ポイントを削除するには、目的のポイントを右クリックし、コンテキスト メニューの Remove point をクリッ
クします。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
5. 理想値を変更するには、グリッド上のピンクの破線をドラッグして移動します。
6. 別のテンプレートを選択するには、エディタ ウィンドウ内のどこかを右クリックし、コンテキスト メニュー
の Choose コマンドをクリックして、新しいテンプレートを選択します。
7. OK ボタンをクリックして変更を保存しエディタを終了するか、Cancel をクリックして保存せずに終了しま
す。
表示オプション
プロファイルの表示属性は Profile Display Preferences ダイアログ ボックスで変更できます。ここでの変更
内容は、既定値に戻すオプションを選択しない限り、選択中のプロファイル ボックスにのみ適用されます。
プロファイルの表示オプションを変更するには、次の操作を行ってください。
1. プロファイル ボックスを右クリックし、Compound Profile コンテキスト メニューの Preferences... をク
リックします。Profile Display Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
2. コスト バーの基本色 (既定値は赤) を変更するには、Cost Shading Color セクションで基本の色を選択しま
す。
3. コスト バーの "極性" を逆転させるには、Ideal = white チェック ボックスをオフにします。このチェック
ボックスがオンのときは、明るい色ほど適合性が高く、暗い色ほど適合性が低いことを表します。チェック
ボックスがオフのときは、色の意味が逆になります。
4. 値マーカーとそれを結ぶ線の色を変更するには、Values をクリックし、Color Picker から目的の色を選択し
ます。
5. 範囲ラベルの色を変更するには、Labels color をクリックし、Color Picker から目的の色を選択します。
6. コスト バーの右側に表示される範囲ラベルを非表示にするには、Labels チェック ボックスをオフにします。
7. 現在の設定を、今後作成するすべてのプロファイルの既定値として使用するには、Use As Defaults をクリッ
クします。
8. 設定の編集を終えたら、OK をクリックして変更を保存するか、Cancel をクリックして変更を破棄します。
検索とソート
化合物プロファイルは、検索およびソートの機能を使用して化合物を比較するときに役立ちます。ある化合物を
ベース (たとえば全体のスコアが 0 になる理想の化合物) として選択した後に、そのスコアからの偏差の大きさ
に基づいてデータベースをソートすることができます。
検索とソートを実行してプロファイルを比較するには、次の操作を行ってください。
この操作はフォーム ビューで行う必要があります。
1. ベースとして使用する化合物を探します。
2. プロファイル データ ボックスを右クリックし、コンテキスト メニューで Compound Profile、
Search/Sort、Sort relative to current の順に選択します。データベースがソートされます。
3. 比較しやすくするために、テーブル ビューに切り替えます。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
図 9.4: プロファイルの表示 (テーブル ビュー)
プロファイル中の距離の値 (グラフの下に表示される赤い数字) は、ソートを実行すると変化します。ソートの実
行前は、距離はスコアと同じ値を示します。ソートの実行後は、ベースからの化合物の偏差が距離として示されま
す。ある化合物をベースとしてソートを実行した場合、その化合物は距離 0 となります (これが基準点となりま
す)。他の化合物は、ベースとの類似性が低いものほど距離の値が大きくなります。理想値を基準としてソートす
ることもできます。この場合、各化合物の距離はスコアに等しくなり、スコアの順にレコードが並べられます。
Tip: データベースをリセットするには、Mol_ID フィールドを右クリックし、コンテキスト メニューで Sort
Column、Ascending の順に選択します。
例:
次の操作を行ってください。
1. CS Demo データベースで、1 つのフィールド (ここでは Molweight) についてのプロファイルを作成し、さら
に 100 未満を理想値、100 以上を不適合とするコスト プロファイルを作成します。
2. 化合物のリストを閲覧します。
ベンゼン (mw 78) は理想値の範囲に入るので、コスト 0、スコア 0 となります。バッキーボール フラーレ
ン (mw 800 以上) は理想値の範囲を超えているので、コストが高くなり、スコア 1 となります。
3. プロファイル ボックスを右クリックします。
4. コンテキスト メニュー で Compound Profile、Search/Sort、Sort relative to ideal の順に選択しま
す。
5. プロファイルを比較しやすくするために、Switch to Table アイコンをクリックします。
一連の化合物が、距離の値に基づき 0.00 から 1.00 の順に並べられます。スコアと距離の値が等しいことに
注目してください。
6. ブロモベンゼン (mw 157) を探して選択します。
この化合物のスコアは理想値ではなく、プロファイルの設定に基づいて約 0.1 になっています。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
Tip: Molname または MW を基準としてソートすると、この化合物をもっと簡単に探し出せるようになりま
す。
7. Switch to Table アイコンをもう一度クリックして、フォーム ビューに戻ります。
8. プロファイル データ ボックスを右クリックし、コンテキスト メニューで Compound Profile、
Search/Sort、Sort relative to current の順に選択します。
9. テーブル ビューに戻り、結果を確認します。
ブロモベンゼンがリストの一番上に表示されています。その下に、それに近いスコアを持つ他の化合物が続き
ます。スコアと距離の値が異なっていることに注目してください。
カスタマイズ
Cost Profile Chooser ダイアログ ボックスに表示されるコスト プロファイル テンプレートのギャラリーは、
ユーザーがプロファイルを定義するためのスタート地点となります。ユーザーの経験に基づくテンプレートもあれ
ば、コスト プロファイルの代表的なパターンを示すテンプレートもあります。化合物プロファイラで作業を進め
る中で、独自のテンプレートを作成し、それを選択ダイアログで使用することもできます。
...\ChemFinder\system\profiles\ フォルダ内のファイルがテンプレートとして使用されます。テンプレート
ファイルの拡張子は CPX で、各ファイルの名前がテンプレートの名前になります。Cost Profile Chooser
ダイアログボックスには、このフォルダ内にある拡張子 CPX のファイルがすべて表示されます。
このファイルの内部形式は XML であり、メモ帳で表示できます。
選択ダイアログ ボックスからテンプレートを削除するには、対応するファイルを削除するか、別のフォルダに移
動するか、拡張子を変更します。
テンプレートを追加または修正するには、次の操作を行ってください。
1. プロファイル データ ボックスをダブルクリックして Profile Editor を開き、Cost Profile タブをクリッ
クします。
2. 意図どおりになるようプロファイルを編集します。
3. 編集ウィンドウを右クリックし、コンテキスト メニューの Save... をクリックします。
4. プロンプトが表示されたら、選択ダイアログ ボックスの下に表示する説明コメントを入力し、OK をクリック
します。
5. 選択ダイアログ ボックスに表示する名前を入力し、Save をクリックします。
第 9 章: 化合物プロファイル
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ChemFinder 15.0
化学的物性
ChemOffice では、100 種類を超えるさまざまな化学的物性、形状特性、物理的特性、熱力学特性を決定できま
す。このガイドでは、ChemFinder で計算できる特性について説明し、他の ChemOffice アプリケーションで使用
できる特性の計算の一覧を表示します。
ChemFinder で計算できる化学的物性
Chem3D で計算できる化学的物性
ChemDraw で計算できる化学的特性
ChemFinder で計算できる化学的物性
特定の構造式の特性を表示するには、次の操作を行ってください。
1. フォームを右クリックし、コンテキスト メニューから calculate properties を選択します。
2. Property Populator ウィンドウで、目的の特性を選択します。
3. Populate をクリックします。
以下に示す特性は、ChemFinder for ChemOffice で計算できます。これらの特性の詳細および計算方法について
は、ChemFinder オンライン ヘルプを参照してください。
B
H
P
Balaban Index (Balaban 指数)
Heat of Formation (生成熱)
pKa
Boiling Point (沸点)
C
Chemical Name (化学名)
Cluster Count (クラスタ数)
Connolly Accessible Area (コノリー接触面)
Connolly Molecular Area (コノリー分子面)
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則
の定数)
I
Ideal Gas Thermal Capacity (理想気体熱
容量)
L
LogP/Partition Coefficient (LogP/分配係
数)
Polar Surface Area (極性表面積)
Principal Moment (主モーメント)
R
Radius (半径)
S
LogS
Shape Attribute (形状属性)
M
Shape Coefficient (形状係数)
Critical Pressure (臨界圧力)
Mass (質量)
Sum Of Degrees (次数合計)
Critical Temperature (臨界温度)
Melting Point (融点)
Sum of Valence Degrees (原子価合計)
Critical Volume (臨界容積)
Mol Formula (分子式)
T
E
Mol Formula HTML (分子式 HTML)
Topological Diameter (形状径)
Elemental Analysis (元素解析)
Mol Refractivity (モル屈折率)
Total Connectivity (結合合計)
Exact Mass (厳密な質量)
Mol Weight (分子量)
Total Valence Connectivity (原子価結合合計)
F
Molecular Topological Index (分子形状指 V
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶媒
排斥容積)
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
数)
Formal Charge (形式電荷)
m/z
Vapor Pressure (蒸気圧)
G
N
W
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
Num Rotatable Bonds (回転可能結合数)
Water Solubility (水溶性)
O
Wiener Index (Wiener 指数)
Ovality (卵形度)
Molecular Networks について
* 化合物の酸解離定数、水溶性、およびオクタノール/水分配係数を予測するための MOSES.pKa、MOSES.logS、お
よび MOSES.logP は、Molecular Networks のケモインフォマティクス プラットフォーム MOSES に基づく計算
モジュールです。MOSES は、Molecular Networks GmbH (ドイツ、エルランゲン) が開発、保守、所有していま
す。詳細については、www.molecular-networks.com/moses を参照してください。All rights reserved.
Molecular Networks GmbH, Erlangen, Germany (www.molecular-networks.com)
制限
次の原子タイプおよび混成状態のみがパラメータ化されます。
C
N
N
S
sp
sp
3
C
3
N
O
sp
sp
3
F
S
sp
sp
sp
sp
2
C
2
N
3
O
2
S
Cl
aromatic
amide
sp
2
sulfoxide
Br
C
N
P
S
sp
aromatic
sp
3
sulfone
I
Balaban Index (Balaban 指数)
J で表し、次の数式で定義されます。
各項の意味は次のとおりです。
q は分子グラフのエッジの数です。
µ=
(q-n+1) は分子グラフのサイクロマティック数です。
n は分子グラフの原子数です。
Si は、分子の形状距離マトリックスの i 番目の行 (または列) にある全エントリの合計です。距離マトリック
スには、すべての原子ペア間の最短経路が格納されます。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
Boiling Point (沸点)
沸点は絶対温度で表示します。
溶液は、純溶媒よりわずかに高い温度で沸騰します。沸点の変化は次の数式で算出します。
Kb はモル沸点定数です。m は、重量モル濃度で表される溶質の濃度です。∆Tb は温度変化です。
Chemical Name (化学名)
化学物質の名前です。
Cluster Count (クラスタ数)
距離マトリックスの特定の長さのパス数です。
Connolly Accessible Area (コノリー接触面)
(溶媒を表す) プローブ球が分子モデルをなぞる際の、球の中心の軌跡です。
Connolly Molecular Area (コノリー分子面)
(溶媒を表す) プローブ球が分子モデルをなぞる際にできる接触面です。
Connolly Solvent Excluded Volume (コノリー溶媒排斥容積)
溶媒接触分子表面で囲まれた領域の容積です。
Critical Pressure (臨界圧力)
バールで表示します。臨界温度で気体を液化するために必要な最小圧力です。
Critical Temperature (臨界温度)
絶対温度で表示します。気体の場合に、どれほど圧力を加えても液化できなくなる最低温度です。
Critical Volume (臨界容積)
cm3/mol で表示します。臨界温度および臨界圧力において 1 モルの物質によって占有される体積です。
沸点を表示するには、次の操作を行ってください。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
Elemental Analysis (元素解析)
物質の元素組成と同位体組成が解析されるプロセスです。元素解析は、定性的 (存在する元素を特定) または定量
的 (存在する各量を特定) に行うことができます。
Exact Mass (厳密な質量)
分子の個々の同位体の質量の合計です。たとえば、2 個の水素-1 (1H) と 1 個の酸素-16 (16O) が含まれる水の
厳密な質量は 1.0078 + 1.0078 + 15.9994 = 18.0106 です。2 個の水素-2 (重水素つまり 2H) と 1 個の酸
素-16 (16O) が含まれる重水の厳密な質量は 2.014 + 2.014 + 15.9994 = 20.027 です。
Formal Charge (形式電荷)
化学結合の電子が、相対的な陰性に関係なく原子間で等しく共有されるという前提のもとに、分子内の原子に割り
当てられる電荷です。
分子内の原子の形式電荷は次の数式で算出できます。
FC = V - N - B/2
"V" は、分離している原子 (基底状態の原子) の価電子数です。"N" は、分子内のこの原子における非結合電子
の数です。"B" は、分子内の他の原子と共有結合で共有される電子の総数です。
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
KJ/mole で表示します。ギブスの自由エネルギーは次のように定義されます。
以下と同じです。
各項の意味は次のとおりです。
U は内部エネルギーです (SI 単位: ジュール)。
p は圧力です (SI 単位: パスカル)。
V は体積です (SI 単位: m3)。
T は温度です (SI 単位: ケルビン)。
S はエントロピーです (SI 単位: ジュール毎ケルビン)。
H はエンタルピーです (SI 単位: ジュール)。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
メモ: H と S は、標準温度および圧力で見られる熱力学的な値です。
Heat of Formation (生成熱)
KJ/mole で表示します。生成熱は、定圧で構成分子から 1 モルの物質が生成される際のエンタルピーの増加量で
す。
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則の定数)
単位なしの値です。ヘンリーの法則の定数は次のように表現できます。
"p" は、溶液の上にある気体の溶質の分圧です。"c" は、溶質の濃度です。"k H,pc" は、濃度で除算した圧力の次
元を伴う定数です。ヘンリーの法則の定数と呼ばれる定数は、溶質、溶媒、温度に依存します。
Ideal Gas Thermal Capacity (理想気体熱容量)
理想気体の定容での熱容量は次のとおりです。
各項の意味は次のとおりです。
は温度に依存する定数です。
U は内部エネルギーです。
T は絶対温度です。
V は体積です。
n は気体の物質量です。
R は気体定数です (SI 単位で 8.314 JK−1 mol-1)。
N は気体粒子の数です。
kB はボルツマン定数です (SI 単位で 1.381×10−23JK−1)。
理想気体の定圧での熱容量は次のとおりです。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
"H" は気体のエンタルピーです。算出方法:H = U + pV
LogP/Partition Coefficient (LogP/分配係数)
分配係数は、2 つの溶液間のイオン化していない化合物の濃度の比です。イオン性溶質の分配係数を測定する場合
は、化合物の優勢型がイオン化されないように水相の pH が調整されます。溶媒内のイオン化していない溶質の濃
度の比の対数は、LogP と呼ばれます。
通常、選択する溶媒の 1 つは水です。もう一方は疎水性のもの (オクタノールなど) です。
LogP の計算式は次のとおりです。
LogS
物質の溶解度の対数です。mol/L 単位で測定されます。
Mass (質量)
統一原子質量単位 u (12C の原子 1 個の質量の 1/12 に等しい) を基準とした、物質の分子 1 個の質量です。
分子量とも呼ばれます。
Melting Point (融点)
標準大気圧で固体が液体になる温度です。融点では、固相と液相が平衡状態で存在します。融点の計算式は次のと
おりです。
"T" は融点の温度です。"∆S" は融解エントロピーの変化です。"∆H" は融解エンタルピーの変化です。
Mol Formula (分子式)
化合物の分子式です。
Mol Formula HTML (分子式 HTML)
HTML 形式で書かれた分子式です。HTML ファイルに出力をコピーし、貼り付けることができます。
次に、アニリンのモデルの出力例を示します。
C<sub>6</sub>H<sub>7</sub>N
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
Mol Refractivity (モル屈折率)
1 モルの物質の総分極率の測定値です。温度、屈折率指数、圧力に依存します。
モル屈折率 "A" は次の式で表されます。
"NA" はアボガドロ定数です。α は平均分極率です。
Mol Weight (分子量)
分子内のすべての原子の原子量の合計です。
Molecular Topological Index (分子形状指数)
次の数式で定義されるグラフ指数です。
Ei はベクトルの構成要素です。
A は隣接マトリックス、D はグラフ距離マトリックス、d はグラフの頂点次数のベクトルです。
メモ: 原子の次数は、隣接する非水素原子の数になります。
m/z
質量対電荷比は、荷電粒子の電気力学で使用される物理量です。m/z 比が同じ 2 個の粒子は、同じ電場と磁場に
ある場合、真空中を同じ経路で移動します。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
Num Rotatable Bonds (回転可能結合数)
分子内の回転可能結合の数です。回転可能結合は、単結合として描画される非環式結合として定義され (アミド
C-N 結合、O=C--N が回転可能です)、端の原子は、少なくとも 1 つの非水素置換基を持ちます。この位相パラ
メータは分子柔軟性の測定値です。水素または末端原子、アミドの単結合、スルホンアミドに結び付いている単結
合、2 つのヒンダード芳香族環 (少なくとも 3 つのオルト置換基を持つ) を結び付ける単結合、および不飽和結
合は、回転不能と見なされます。
Ovality (卵形度)
分子の形状が球 (一方の究極の形状) または葉巻形 (他方の究極の形状) にどの程度近づいているかを表します。
卵形度は、面積に対する体積の比で表されます。
ここで、"A" は面積、"V" は体積、"O" は卵形度です。
ヘリウム原子の卵形度は 1.0 です。HC
24
H (三重結合 12) は約 1.7 です。
pKa
pKa は、化合物またはイオンが溶液中で解離する傾向を表します。B が酸 HB の共役塩基として定義されるとき、
pKa は次のように算出します。
pKa = -Log10(Ka)
ここで、
Ka = [H+][B] / [HB]
Polar Surface Area (極性表面積)
極性表面積 (PSA) は、結合している水素を含むすべての極性原子 (通常は酸素と窒素) における表面積の合計と
して定義されます。
Principal Moment (主モーメント)
分子の主座標軸に関する主慣性モーメントを表します。次の数式を使用して、質量の中心を通る一連の直線の慣性
モーメントが計算されます。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
ここで、"I" は慣性モーメント、"mi" は質点、"di" は回転軸から質点までの距離です。
距離は、質量の中心の両側の I の平方根の逆数に比例する各線に従って確立されます。これらの距離の軌跡に
よって楕円体表面が形成されます。主モーメントは、楕円体の主座標軸に関連付けられます。
3 つのモーメントがすべて等しい場合、分子は対称コマであると見なされます。どのモーメントも等しくない場
合、分子は非対称コマであると見なされます。
Radius (半径)
原子の離心率は距離マトリックスの行 (または列) 内の最大値で、その分子が中心から離れている率を表します。
直径 (D) は、全原子の直径の最大値で、最も遠い原子によって計算されます。例: メタンの直径 = 0、エタンの
直径 = 1、プロパンの直径 = 2、n-ブタンの直径 = 3
半径 (R) は、半径の最小値で、最も中心にいる原子によって計算されます。例: メタンの半径 = 0、エタンの半
径 = 1、プロパンの半径 = 1、n-ブタンの半径 = 2
Shape Attribute (形状属性)
形状属性 (kappa) は、分子の分岐を測定し、特定の次数において可能な最小値と最大値の間になるように調節さ
れます。1 次形状属性は 1 結合パスの数をカウントします。2 次属性は、2 結合パスの数をカウントします。次
数は 3 つ (1 ～ 3) まで使用可能です。
Shape Coefficient (形状係数)
形状係数 I は、次の式によって計算されます。
直径 (D) は、全原子の直径の最大値で、最も遠い原子によって計算されます。半径 (R) は、半径の最小値で、最
も中心にいる原子によって計算されます。
D の値の例: メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 2、n-ブタン = 3
R の値の例: メタン = 0、エタン = 1、プロパン = 1、n-ブタン = 2
Sum Of Degrees (次数合計)
全原子の次数の合計です。原子の次数とは、結合している非水素原子の数のことです。
Sum of Valence Degrees (原子価合計)
全原子の次数の合計です。水素を含んだ隣接結合次数の合計が原子価になります。
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
Topological Diameter (形状径)
分子の最大寸法です。
Total Connectivity (結合合計)
全ヘテロ原子の結合です。
Total Valence Connectivity (原子価結合合計)
全ヘテロ原子の原子価結合です。
Vapor Pressure (蒸気圧)
固相または液相と平衡状態にある蒸気によって加えられる圧力です。蒸気圧により、気相中の溶媒分子の濃度が測
定されます。
蒸気圧は、ラウールの法則を使用して計算できます。蒸気圧の計算式は次のとおりです。
"p" は蒸気圧です。"i" は構成要素指数です。"χ" はモル分率です。
Water Solubility (水溶性)
特定の温度および圧力下で、平衡状態で水に溶解できる物質の最大量です。水溶性の単位は mg/L です。
Wiener Index (Wiener 指数)
分岐を測定します。次のように定義されています。
Dij は、距離マトリックスの非対角要素です。
Chem3D で計算できる化学的物性
B
G
Mol Weight (分子量)
Spin Density (スピン密度)
Balaban Index (Balaban 指数)
Gibbs Free Energy (ギブスの自
Molecular Mass (分子量)
Sum Of Degrees (次数合計)
第 10 章: 化学的物性
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ChemFinder 15.0
由エネルギー)
Boiling Point (沸点)
H
Molecular Surfaces (分子表面)
Harmonic Zero Point Energy (調
Molecular Topological Index (分子
和ゼロ ポイント エネルギー)
形状指数)
C
P
Heat Capacity (熱容量)
Molecular Volume (分子体積)
C
v
Heat of Formation (生成熱)
Mulliken Charges (Mulliken 電荷)
C
Cluster Count (クラスタ数)
Connolly Accessible Area (コノリー
接触面)
Connolly Solvent Excluded Volume (コ
ノリー溶媒排斥容積)
Critical Pressure (臨界圧力)
Critical Temperature (臨界温度)
Critical Volume (臨界容積)
D
Dipole (双極子)
Hyper Polarizability (超分極率) m/z
(超微細結合定数)
I
Ideal Gas Thermal Capacity (理
想気体熱容量)
Internal Energy (内部エネル
ギー)
Ionization Potential (イオン化
ポテンシャル)
K
Kinetic Energy (運動エネル
ギー)
N
Num Rotatable Bonds (回転可能結合
数)
径)
Lowdin Charges (Lowdin 電荷)
Lowdin Populations (Lowdin
Population)
Total Valence Connectivity
(原子価結合合計)
V
W
P
Water Solubility (水溶性)
Partition Coefficient (分配係数)
Wiener Index (Wiener 指数)
pKa
Z
Zero-Point Energy (ゼロ ポ
イント エネルギー)
Potential Energy (ポテンシャル エ
ネルギー)
Principal Moment (主モーメント)
R
Entropy (エントロピー)
M
Radius (半径)
Exact Mass (厳密な質量)
Mass (質量)
RMS Force (RMS 力)
F
Melting Point (融点)
S
Formal Charge (形式電荷)
Mol Formula (分子式)
SCF Energy (SCF エネルギー)
Frequencies (周波数)
Mol Formula HTML (分子式 HTML) Shape Attribute (形状属性)
Mol Refractivity (モル屈折率)
量)
Ovality (卵形度)
Polarizability (分極率)
LogS
Total Energy (エネルギー総
Vapor Pressure (蒸気圧)
LogP
第 10 章: 化学的物性
Topological Diameter (形状
O
Electron Density (電子密度)
Enthalpy (エンタルピー)
学的エネルギー)
計)
Polar Surface Area (極性表面積)
Elemental Analysis (元素解析)
Thermodynamic Energy (熱力
Total Connectivity (結合合
Population)
L
ンシャル)
T
の法則の定数)
E
Electrostatic Potential (静電的ポテ
価合計)
Henry’s Law Constant (ヘンリー Mulliken Populations (Mulliken
Connolly Molecular Area (コノリー分 Hyperfine Coupling Constants
子面)
Sum of Valence Degrees (原子
Shape Coefficient (形状係数)
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ChemFinder 15.0
ChemDraw で計算できる化学的特性
以下に示す特性は、ChemDraw Professional for ChemOffice で計算できます。これらの特性の詳細および計算
方法については、ChemDraw オンライン ヘルプを参照してください。
B
H
P
Boiling Point (沸点)
Heat of Formation (生成熱)
pKa
C
Henry’s Law Constant (ヘンリーの法則
の定数)
Critical Pressure (臨界圧力)
L
Critical Temperature (臨界温度)
LogP
Critical Volume (臨界容積)
LogS
CLogP/CMR
M
G
Melting Point (融点)
Gibbs Free Energy (ギブスの自由エネルギー)
MR
第 10 章: 化学的物性
T
tPSA
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ChemFinder 15.0
リレーショナル データとサブフォーム
サブフォームを使うと、リレーショナル データベース内の複数のデータ テーブルを操作できます。サブフォーム
を使うには、ChemFinder のフォームとデータベースの使用方法を習得していることが必要です。
リレーショナル データへのアクセス
サブフォームは、メイン フォーム内に作成される特別なボックスで、独立したフォーム ファイルのように扱うこ
とができます。サブフォームはデータベースに保存された情報を表示するために使われますが、通常はメイン
フォームと異なるデータベース (または、メイン フォームと同じデータベース内の異なるテーブル) のデータを
表示します。サブフォームは、通常メイン フォームにリンクされているため、メイン フォームにデータが取り込
まれると、サブフォームにも関連するレコードが取り込まれます。
他のタイプのボックスと同じように、サブフォームをメイン フォーム上で選択、移動、サイズ変更できます。た
だし、サブフォームを選択するには、サブフォーム内をクリックするのではなく、タイトル バーをクリックする
必要があります。サブフォーム内をクリックすると、ボックス内にある小さなフォームがアクティブになり、この
中での作業が可能になります。
サブフォームの使用例を以下に示します。
データ間に "1 対多" の関係がある場合。これは、異なるテーブルに保存された化学構造式とその物性データを
同時に表示したい場合などに該当します。
薬品の在庫を管理していて、パッケージのサイズと価格が互いに関連しているため、これらの情報を同じ場所に
保存したい場合。ところが、各薬品にパッケージ サイズが多数ある場合に、新しいパッケージが追加されるた
びに構造式を繰り返し描画するのは効率的ではありません。そこで、化学構造式と物性データをメイン フォー
ムに入力し、パッケージ サイズと価格をサブフォームに入力するようにすれば、このような処理を効率よく行
うことができます。構造式と物性は一度入力するだけで済み、パッケージ サイズと価格はそのつど必要なだけ
繰り返し入力することになります。
これらの 2 つのデータ テーブルをリンク フィールドでリンクして、テーブル同士を関連付ける (リレーショナ
ルにする) と、2 つのテーブルを連動させることができます。リンク フィールドは、メイン フォーム上でレコー
ドごとに異なっていれば、内容には関係しません。リンク フィールドには、さまざまな形式の ID 番号が使用さ
れます。メイン フォームを閲覧すると、サブフォームに対応するレコードが表示されます。
サブフォームの作成
サブフォームの作成、フォーム オブジェクトの配置、データベースへの接続の方法は、メイン フォームの場合と
同じです。手順の詳細については、34 ページの "フォーム"を参照してください。
サブフォームの手動作成
サブフォームを作成するには、次の操作を行ってください。
1. ChemFinder を起動して、フォームを開くか新規作成します。フォームには 1 つ以上のデータ ボックスがあ
り、既存のデータベースにリンクされている必要があります。
2. Form ツールバーの Subform をクリックします。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemFinder 15.0
3. フォーム内をクリックし、ドラッグしてデータ ボックスを作成します。マウス ボタンを放すと Subform
Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
既定値では、新しく作成されたサブフォームには、そのメイン フォームと同じデータベースが割り当てられてい
ます。
サブフォームに別のデータ ソースを割り当てるには、次の操作を行ってください。
1. Open Database をクリックします。Open ダイアログ ボックスが表示されます。
2. データベースを選択して Open をクリックします。
3. リンクするテーブル (ここでは Synonyms) を選択します。
4. Form タブをクリックします。Generate form チェック ボックスをオンにします。スタイルを設定する場合
は、Style をクリックします。フォーム スタイルの詳細については、35 ページの "フォームの自動作成"を参
照してください。
5. Subform タブをクリックします。このタブには、これまでの設定内容に合った妥当なデータ (Link To
SYNONYMS (subform) = SYN_ID、Title = Synonyms) が表示されるはずです。
6. Link from MOLTABLE (main form) ドロップダウン メニューの Mol_ID を選択します。
メモ: サブフォームとメイン フォームを関連付けて使用するには、両方に共通するフィールドが必要です。この
フィールドをリンク フィールドと呼びます。メイン フォームのリンク フィールドとサブフォームのリンク フィー
ルドは、同じデータ タイプ (テキスト、整数、実数など) のフィールドでなければなりません。ただし、フィールド
名を同じにする必要はありません。
7. ボックス プロパティを必要に応じて変更します。たとえば、ボックス タイトル、フォント、スクロールバー
の有無などを適切な設定にしてください。
8. OK をクリックします。新しいサブフォームが開き、別名が 1 つ表示されます。
9. オプション操作: サブフォーム ボックスをダブルクリックし、テーブル ビューに切り替えることもできま
す。サブフォームが選択したデータベースに接続されます。
この例では、あるレコードがメイン フォームに取り込まれると、Molname フィールドによって CS_Demo の
Synonyms テーブルの Synonym フィールドが検索され、サブフォームにその検索結果が表示されます。
サブフォーム生成機能
サブフォーム自動生成機能は、フォーム自動生成機能 (35 ページの "フォームの自動作成"を参照) の一部です。
サブフォームを生成するには、次の操作を行ってください。
1. 現在のフォームの空白部分を右クリックし、コンテキスト メニューの Data Source... をクリックします。
Form Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Form Properties ダイアログ ボックスで、Form タブをクリックします。
3. Generate form チェック ボックスをオンにし、次に Style... をクリックします。Form Generation ダイ
アログ ボックスが表示されます。
4. Subforms をクリックします。Subform Generation ダイアログ ボックスが表示されます。
5. 追加するサブフォームごとに次の操作を行ってください。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemFinder 15.0
a. Link from ボックスでフィールドを選択し、親フォームのリンク元フィールドを指定します。
b. Link to ボックスで、サブフォームに表示するテーブルを展開し、サブフォームのリンク先フィールドを選
択します。
c. Add をクリックして、選択したサブフォームを生成リストに追加します。
6. サブフォームのリンクをすべて追加したら、OK をクリックしてダイアログ ボックスを閉じ、Form
Generation ダイアログ ボックスに戻ります。
既存のサブフォームのレイアウト変更
フォーム生成機能を使用して、既存のサブフォームのレイアウトを自動的に変更できます。
既存のサブフォームのレイアウトを変更するには、次の操作を行ってください。
1. サブフォーム データ ボックスのタイトル バーを右クリックし、コンテキスト メニューの Properties...
コマンドをクリックします。Box Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Box Properties ダイアログ ボックスの Form タブをクリックします。
3. Generate form チェック ボックスをオンにし、次に Style... をクリックします。Form Generation ダイア
ログ ボックスが表示されます。左側のパネルを見ると、すべてのフィールドが既定値で選択されています。
4. Choose fields to be included セクションのフィールドのうち、フォームに含めないものを選択解除しま
す。
5. Form style セクションで、フォームのオプションを選択します。オプションについては、35 ページの
"フォームの自動作成"を参照してください。
6. OK をクリックします。
7. Properties ダイアログ ボックスをクリックします。
警告のダイアログ ボックスが表示されます。ここで新規のフォームを作成するか、それとも既存のフォームを置
き換えるかを選択できます。No をクリックすると新規のフォームが作成され、Yes をクリックすると既存の
フォームが置き換えられます。サブフォームは自動的に変更されます。
サブフォームの操作
サブフォームを操作するには、そのサブフォームを選択する必要があります。サブフォームを選択すると、そのサ
ブフォームのタイトル バーが強調表示されます。サブフォームの選択後に、ツールバーが有効になります。各種
レコード ツールを使って、サブフォームを閲覧したりレコードを追加したりできます。
サブフォームを選択するには、次の操作を行ってください。
サブフォーム内の任意の場所をクリックします。
メイン フォームに戻るには、次の操作を行ってください。
メイン フォームをクリックします。
サブフォームのボックスを選択するには、次の操作を行ってください。
選択ツールで、タイトル バーをクリックします。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemFinder 15.0
サブフォームの検索
サブフォームでも、メイン フォームと同じように検索できます。サブフォームとメイン フォームを同時に検索す
ることもできます。
サブフォームを検索するには、次の操作を行ってください。
1. Search メニューの Enter Query を選択します。サブフォームとメイン フォームがクリアされます。
Tip: Search ツールバーの Enter Query アイコンをクリックするか、Ctrl + F キーを押す方法もありま
す。
2. サブフォームのデータ ボックスにクエリを入力します。クエリの入力方法の詳細については、104 ページの
"検索式" を参照してください。
3. Search メニューの Find を選択します。
サブフォームがメイン フォームにリンクされている場合は、メイン フォームのレコードのうちサブフォームの検
索結果に関連するレコードがヒット リストに含められます。サブフォーム検索のヒット リストも、メイン
フォームで検索した場合のヒット リストと同じように閲覧、保存できます。
サブフォームがメイン フォームにリンクしていない場合は、サブフォームはメイン フォームから独立して動作
し、検索は連動しません。
テーブル形式でのサブフォーム データの表示
サブフォーム内の複数のレコードがメイン フォーム内の 1 つのレコードに関連付けられている場合は、メイン
フォームを閲覧しながらサブフォームをテーブル形式で表示すると便利です。テーブル ビューでは、メイン
フォーム内の各エントリに関連するレコードが一覧表示されます。
サブフォームをテーブル ビューで表示するには、次の操作を行ってください。
サブフォームを選択し、次のいずれかの操作を行ってください。
テーブル内のレコードをダブルクリックします。
View、Data Table、In Current Window の順に選択します。
Ctrl + T キーを押します。
Switch to Table ツールをクリックします。サブフォーム内の複数のレコードがテーブル ビューで表示さ
れます。
フォーム ビューに戻るには、上の操作を繰り返します。
サブフォームのグラフ
第 3 のビューはグラフ ビューです。BioViz を用いて、サブフォームに接続されたデータ テーブルの数値
フィールドから 1D、2D、またはヒストグラムのグラフを作成することができます。
サブフォームのグラフを作成するには、次の操作を行ってください。
メモ: 現在操作しているフォームのサブフォームに少なくとも 1 つの数値データ列が必要です。
1. サブフォーム ボックスをクリックしてアクティブにします。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemFinder 15.0
2. View メニューの Subform Plot View を選択します。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表示
されます。
3. グラフをセットアップします。詳細については、171 ページの "グラフの作成"を参照してください。サブ
フォームのデータ ボックスにグラフが表示されます。
メモ: 2D グラフの場合は、サブフォームのデータ ボックスに関連付けられたデータ テーブルに両方の数値フィー
ルドが含まれている必要があります。
サブフォームのグラフは、BioViz の通常のグラフほど機能的に充実していません。マウス ポインタを合わせると
データ ポイントは強調表示されますが、選択、フィルタ、色分けの機能はありません。選択機能が無効なため、
サブフォームのグラフは常に "Zoom On Drag" モードとなります。
Ctrl + W キーでフォーム、テーブル、グラフの各ビューが順に切り替わります。Switch to Table ツールは
フォームとテーブルの間でだけ切り替わります。これはサブフォームをダブルクリックしても同じです。
Tip: サブフォームの選択状態はメイン フォームをクリックするまで続くので、サブフォーム内だけを閲覧す
ることができます。グラフが表示されている場合は、閲覧しても何も起こりません。
サブフォームのグラフが表示されているときメイン フォームからテーブル ビューに切り替えると、グラフの表示
はアクティブなグラフからグラフィックへと変化します。
サブフォームでのスクリプトの使用
テーブル ビューでサブフォーム内の項目がクリックされたときに CAL スクリプトを実行するという設定も可能で
す。このとき、サブフォームはリスト選択ボックスとして使用できます。このスクリプトでは、クリックされた項
目を CAL コマンドで抽出し、それに対して動作を実行します。CAL の詳細については、259 ページの "CAL コマ
ンド"を参照してください。
CAL スクリプトを指定するには、次の操作を行ってください。
1. サブフォームのヘッダーを右クリックし、コンテキスト メニューの Properties... をクリックします。
Subform Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
2. Table script ボックスに CAL スクリプトの名前を入力するか、Edit をクリックしてスクリプトを選択しま
す。
3. OK をクリックします。テーブル ビューでは、スクリプトへのホットリンクが設定されているエントリは、下
線の付いた青い文字で表示されます。
4. ホットリンクをクリックしてスクリプトを実行します。
第 11 章: リレーショナル データとサブフォーム
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ChemFinder 15.0
BioViz
BioViz では、別のアプリケーションにデータをエクスポートしなくても、データやそのサブセット内にある傾向
や相関関係を見つけることができます。グラフ ウィンドウはいくつでも開くことができ、ウィンドウごとに異な
る方法を使って現在のフォームにあるデータを視覚化できます。
BioViz による作業は Structure ウィンドウとクエリ ツリーを表示した状態で行ってください。Structure
ウィンドウとクエリ ツリーを使わなくてもグラフは作成できますが、グラフの操作を行う際に大変役立ちます。
BioViz による作業を開始する前に、View メニューで Structure ウィンドウと Explorer ウィンドウをアク
ティブにしてください。Structure ウィンドウを使うとフォーム上のスペースを使わずに構造式を表示することが
できます。Explorer ウィンドウのクエリ ツリーは、複数のヒット リストを管理するのに便利です。
新しいグラフの作成と既存のグラフの表示や削除を行うには、View メニューの BioViz Plots サブメニューを使
用します。グラフはフォームと一緒に保存され、フォームを開くとそのグラフも開きます。ただし、開いたときに
グラフが非表示になっていることもあります。
グラフの作成
BioViz による作業を開始するには、使用するデータのセットを選択します。データベース全体をグラフ化した
り、データベース クエリの結果のみをグラフ化することができます。グラフにフィルタをかけて特定のデータ
セットに範囲を制限することもできます。
グラフを新しく作成するには、次の操作を行ってください。
1. View、BioViz Plots、New の順に選択します。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表示されま
す。
2. Dimension (1 つの変数か 2 つの変数) と Style (折れ線グラフ、散布図、またはヒストグラム) を選択しま
す。
3. ドロップダウン リストから変数を選択します。
4. オプション操作: 必要に応じて他のオプションを選択し、名前を変更します。
5. OK をクリックしてグラフを表示します。新しいウィンドウが開いてグラフが表示されます。
2D グラフでは、X 軸と Y 軸にそれぞれ 1 つの数値フィールドを割り当てることができます。1D グラフでは、X
軸はレコード番号を示し、Y 軸に割り当てる値のみを選択できます。ヒストグラムの場合、X 軸に示す値を 1 つ
選択してください。Y 軸は頻度を示します。
変数フィールドの選択や 1D グラフの作成には、プロパティ フィールドを右クリックしてコンテキスト メニュー
から BioViz Plot を選択する方法もあります。
数値データ ボックスを右クリックすると、その値を X 軸または Y 軸に割り当てたり、1D グラフの対象にするこ
とができます。後者の場合は、マウス ボタンを放すと直ちにグラフが表示されます。2D グラフの場合は、もう一
方の軸に割り当てるデータ ボックスを選択する必要があります。Reset X,Y では X 軸と Y 軸の設定をともにク
リアしてグラフを作り直すことができます。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
ヒストグラム
ヒストグラム グラフは 1 変数のグラフを選択したときだけ有効になります。BioViz Plot Properties ダイア
ログ ボックスでヒストグラム グラフを選択すると、グラフ化する軸が X に切り替わり、ビンの選択ができるよ
うになります。
ヒストグラムの各ビンに高低のカットオフ ポイントが示されます。また、ビンにマウス ポインタを合わせると、
ステータス バーにそのビンのデータが表示されます。
クエリをオーバーレイしているときは、ヒストグラムのバー内に選択したクエリの部分構成が表示されます。
図 12.1: オーバーレイしたクエリによるヒストグラム表示
グラフのオプション
BioViz のオプションは BioViz Properties ダイアログ ボックスか、右クリックで表示されるコンテキスト メ
ニューから指定できます。コンテキスト メニューの一部のコマンドは、Properties ダイアログ ボックスにある
ものと重複しています。
General タブ
ダイアログ
ボックスの
オプション
Dimension
Style
説明
グラフ化する変数の数を指定します。現在のところ 1 次元または 2 次元のグラフを作成でき
ます。
Line (折れ線)、Scatter (散布図)、または Histogram (ヒストグラム) を作成できます。
Number: 値の全範囲に n 個のビンを均等に配分します(n は 500 以下)。
Bin
Size: サイズが n のビンを設定します。ビンの数は値の範囲によって決まります。
Log scale
第 12 章: BioViz
対数表示のときは、このオプションを選択します。
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ChemFinder 15.0
ダイアログ
ボックスの
オプション
Base
Name
説明
対数の底を指定します。数値を入力してください。たとえば e を底とする対数の場合は
「2.718281828」と入力します。
BioViz では、連番 (BioViz1 など) を使って自動的にグラフに名前が付けられます。他の名
前を付けるにはこのフィールドを編集します。
表示をロックします。表示をロックしているときには、次のものは効果を持ちません。
フィルタ
現在のリストの変更
Locked
リストの色分け
BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスのオプション (Name 以外) を変更できませ
ん。Display and Analysis タブのオプションは、グレー表示ではありませんが、すべて変更
できません。
選択とマウスオーバーには影響しません。
Point limit
グラフの最大ポイント数を設定します。非常に大きなデータセットをグラフ化するときに、時
間を制限するために使用します。
Display タブ
ダイアログボックスの オプショ
ン 説明
Point shape
ポイントの形状 (円、四角、ダイヤ、三角、十字、星形) を選択します。
Point size
ポイントのサイズを選択します。2 ～ 20 の値を指定できます。
Comment
凡例を入力するテキスト ボックス。
Background
グラフの背景色を選択します。
Label
X 軸と Y 軸のカスタム ラベルを入力するテキスト ボックス。
Show grid
グリッドを表示するオプション。X 軸と Y 軸を別々に選択できます。
Font
フォントを選択します。凡例、X 軸、Y 軸に異なるフォントを使用できます。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
コンテキスト メニューのオプション
メニュー オプション 説明
Properties...
Filter Window
BioViz Properties ダイアログ ボックスを開きます。
Filter ウィンドウを開きます。詳細については、180 ページの "フィルタ" を
参照してください。
グラフ上で長方形をドラッグしたときの操作モードを切り替えます。Zoom On
Drag がオンの場合は、ドラッグで長方形を作成してマウスを放すと、その部分が
Zoom on Drag
拡大表示されます。このチェック ボックスがオフの場合は、ドラッグ操作により
データ ポイントが選択されますが、拡大表示はされません。表示がロックされて
いても、縮尺率はズーム機能を使ってリセットできます。
Unzoom
ズームで縮尺率を変更した後で、元の表示にリセットします。
Rescale to All 表示されているポイントがグラフ ウィンドウ全体に収まるように、縮尺率を調整
Points
Autoscale
Locked
Copy Image
します。
検索の実行やリストの復元などによりリストが変更されると、縮尺率を自動調整
します。
表示をロックします。詳細については、172 ページの "グラフのオプション" を
参照してください。
グラフをクリップボードにコピーします。コピーしたグラフは他のドキュメント
に貼り付けることができます。
選択したデータ ポイントに基づくヒット リストを作成します。このリストはク
エリ ツリーに表示され、通常の検索クエリの結果と同じように扱われて保存され
Selection to
ます。
List
この方法で選択したリストには Restore Query コマンドを使用できませんが、
Restore List を使ってレコードを取得することはできます。
グラフの表示
ChemFinder には、データを BioViz グラフの形式で表示するために、次の 3 つのウィンドウがあります。
Structure ウィンドウ ― データ ポイントにマウス カーソルを合わせたときに、そのデータ ポイントの構造
式が表示されます。フォームを表示していない場合またはフォームに別のレコードが表示されている場合に使用
します。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
Details ウィンドウ ― データ ポイントにマウス カーソルを合わせたときに、選択したフィールドのデータ
がデータベースまたは子テーブルから表示されます。フォームを表示していない場合またはフォームに別のレ
コードが表示されている場合に使用します。
Filters ウィンドウ ― グラフのフィルタ処理に使用されているフィールドについて、フィルタ バーが表示さ
れます。
Tip: 一部の機能を表示するには、ウィンドウをタイル表示にしてフォームとグラフを同時に表示する必要があ
ります。
グラフの詳細の表示
BioViz でグラフを表示すると、Details ウィンドウにフィールドの値 (構造式以外) が表示されます。
Details ウィンドウを表示するには、View メニューの Details Window をクリックします。ウィンドウは、既
定値では浮動表示ですが、他のウィンドウにドッキングもできます。
Details ウィンドウに新しいフィールドを追加するには、次の操作を行ってください。
1. Details ウィンドウを右クリックします。
2. 表示するフィールドを選択します。選択したフィールドの横にチェック マークが表示されます。フィールドは
選択した順序で表示されます。
3. Details ウィンドウからフィールドを削除するには、右クリックして選択を解除します。
データ ポイントの選択
Bioviz のグラフ上の各ポイントは、データベースの 1 つのレコードを表します。グラフ上のポイントを選択する
と、そのポイントが表すデータが表示されます。選択されたポイントは、塗りつぶしのない赤の二重丸で示されま
す。ポイントの上にマウス ポインタを置くと、円の中心が塗りつぶされた状態になります。クエリに属するポイ
ントは、黒い丸のない色付きの点として表示されます。
空のデータ ポイントの削除
X 値を持つが Y 値を持たないポイントは空のポイントであり、グラフ上で特別なマーカーが付けられました。ま
た、Y 値はあるが X 値はないポイントは省略されていました。BioViz では、空の X ポイントと空の Y ポイン
トは省略されます。省略されたポイントには必ずメモが付きます。省略されたポイントを確認するには、グラフの
下部の Notes をクリックします。
クエリのグラフ化
クエリを実行して (104 ページの "検索式" を参照) フォームにヒット リストが 1 つ以上生成されると、
BioViz グラフに現在のヒット リストの結果が表示されます。ヒット リストを選択して現在のヒット リストにす
る代わりに、オーバーレイを表示することができます。
たとえば次の図は、コントロール群に対するスクリーニング試験の結果を示します。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
図 12.2: スクリーニング試験の結果
2.5SD を超える異常値をコントロール群から除外するには、次の操作を行ってください。
SDs Above Control フィールドで、<2.5 と>-2.5 を検索します。
グラフにヒット リストの結果が表示されます。
メモ: 既定値ではヒットが元のリストと同じスケールに表示されるので、ウィンドウの一部に固まって表示されグラ
フが見づらくなる可能性があります。その場合には、グラフを右クリックして Rescale to All Points か Autoscale を選択します。Rescale to All Points は現在のデータ ポイントのみに適用されます。Auto-scale を選択す
ると、それ以降のすべての検索およびリスト操作により、グラフの縮尺率が自動的に調整されます。
オーバーレイの結果をフル リストに重ねて表示するには、次の操作を行ってください。
1. Explorer ウィンドウのクエリ ツリーを開きます。
2. Full List をダブルクリックしてこれを現在のリストにします。
3. クエリをクリックすると、これが現在のリストに重なって表示されます。
クエリ ツリーを一度クリックしてリストを選択するか、ツリーのコンテキスト メニューから Color On Plot を
選択すると、グラフのデータ ポイントに色が付きます。色付けされたポイントは、選択したリストとグラフ化し
たリストの両方に含まれています。一度に複数のリストを色付けすることができます。グラフ上で色付けされたリ
ストの項目はクエリ ツリーでチェック マークが表示されます。リストをもう一度クリックすると色付けが解除さ
れ、チェック マークもなくなります。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
グラフの同期
1 つのフォームに割り当てられている複数のグラフは同期されます。1 つのグラフでポイントを選択する (マウス
ポインタを合わせる) と、他のすべてのグラフで同じポイントが強調表示されます。また、関連する構造式が
Structure ウィンドウに表示されます。
ただし、いずれかのグラフがヒストグラムの場合には、この動作とは多少異なります。マウス ポインタを合わせ
るのではなく、実際にヒストグラム バーを選択して、他のグラフのポイントを強調表示する必要があります。折
れ線グラフまたは散布図のポイントにマウス ポインタを合わせると、対応するヒストグラム バーの中央のポイン
トが強調表示されます。
図 12.3: 同期されたヒストグラム
表示の変更
データ ポイントを選択してグラフを作成したら、表示を次のように変更することができます。
色の変更 ― グラフの色を変更するには、次の操作を行ってください。
a. Explorer ウィンドウのクエリ ツリーを開きます。
b. リストを右クリックし、コンテキスト メニューから Change Color... コマンドをクリックします。
c. color メニューから新しい色を選択します。
選択とズーム ― グラフの一部を選択してズームする方法は次のとおりです。
グラフの一部を選択するには、次の操作を行ってください。
a. ドラッグして目的の部分に長方形を描きます。長方形の部分が赤で表示されます。
b. 複数の部分を選択するには、Shift キーまたは Ctrl キーを押しながらドラッグします。
グラフの一部を拡大表示するには、次の操作を行ってください。
a. グラフを右クリックし、コンテキスト メニューから Zoom on Drag をクリックします。このオプションは
切り替えスイッチなので、もう一度クリックするとズーム機能がオフになります。
b. ドラッグして目的の部分に長方形を描きます。
マウス ボタンを放すと、グラフが拡大されて選択したポイントのみが表示されます。グラフを拡大表示する
と、スクロールバーが表示されます。スクロールバーを使って拡大したグラフの表示部分を調整できます。ス
クロールバーの "丸付きの点" アイコンをクリックすると、その軸が前の縮尺率に戻ります。
元の全体表示に戻すには、右クリックしてコンテキスト メニューから Unzoom コマンドをクリックします。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
グラフの種類の変更 ― 既存のグラフの種類を変更できます。たとえば、散布図をヒストグラムに変更すること
ができます。
a. グラフを右クリックし、コンテキスト メニューから Properties...コマンドをクリックします。
b. Properties ダイアログ ボックスでグラフの種類を選択して、OK をクリックします。
グラフが新しいスタイルで表示されます。
フィールドの変更 ― X 軸と Y 軸に対応付けるフィールドをコンテキスト メニューで変更できます。
a. 軸のすぐ下または左の数値の領域をポイントします。
b. 右クリックします。対応付け可能なフィールドの一覧がコンテキスト メニューに表示されます。
c. この軸に対応付ける別のフィールドを選択します。
メモ: フィールドを変更できるのは、グラフがロックされていない場合のみです。
データ テーブル ビューでは、部分構造式検索を R-基の置換基のテーブルとして表示できます。
統計分析
BioViz のグラフで統計分析を実行できます。2 変数を指定すると、BioViz Properties ダイアログ ボックスに
第 3 のタブが表示されます。
図 12.4: 2 つの変数を指定すると、Analysis タブが表示される
記述統計では、X と Y の両変数に対して、最小値、最大値、平均値、中央値、および標準偏差を計算できます。
決定係数は、曲線近似を選択している場合のみ利用できます。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
メモ: 決定係数は、曲線近似を選択している場合に利用できます。
図 12.5: BioDraw 分析
バージョン 12 では、記述統計の結果がグラフ上に表示されます。
バージョン 10 のグラフ
図 12.6: 1) 記述統計分析
バージョン 11 のグラフ
図 12.7: 統計分析の結果の表示
直線、二次曲線、または三次曲線の曲線近似を選択できます。また、1 ～ 3 の標準偏差の信頼区間も表示できま
す。記述統計と曲線近似のいずれも、レコードセットが変更されたりフィルタが適用されたりすると動的に更新さ
れます。
メモ: 一方の軸が対数だと曲線近似の結果は不正確になります。たとえば、オリジナルのデータを直線近似し
てから対数グラフに変換すると曲線になります。
グラフを作成したら、表示を整形して見やすくすることができます。これには、フィールド データのソート、
フィルタの使用という 2 つの方法があります。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
ソート
グラフを整形するには、最初に ChemFinder の標準ソート機能を使用します。ソートは昇順または降順に実行で
きます。特定のフィールドのデータ セットをソートする方法は 2 つあります。
フィールド ボックスを右クリックし、コンテキスト メニューから Sort を選択します。
データ テーブル ビューを表示し、ソートするフィールドのテーブル ヘッダーをダブルクリックします。
フィルタ
BioViz のフィルタ機能を使って範囲の端をトリミングし、表示する変数の範囲を制限します。この方法でグラフ
から高ポイント、低ポイント、またはその両方を除外することができます。フィルタは、グラフのどちらか一方の
変数に適用することも、両方の変数に適用することもできます。また、他の変数に基づいてデータセットをフィル
タすることもでき、グラフ 1 つあたり最大 31 のフィルタを使用できます。
図 12.8: フィルタ スライダ
フィルタは、Filter ウィンドウで設定します。このウィンドウが表示されていない場合は、View メニューの
Filter Window の横にあるボックスにチェックを入れてください。フィルタを設定するときには、次のようにな
ります。
当該のフォームに関連付けられているすべてのグラフに影響します。ただし、フィルタを適用する前にロックし
たグラフは除きます。
当該のフィールドに値がないポイントについては、そのフィールドに対するフィルタが可視の場合には非表示に
なります。
範囲がスライダの下側に黒で表示され、設定ポイントがスライダの上側に赤で表示されます。フィルタの名前は、
右側ではなく、中央に表示されます。スライダの操作方法に変更はありません。
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図 12.9: Filter ウィンドウ、Details ウィンドウ、Structure ウィンドウを縦に並べて表示した状態
フィルタをアクティブにするには、次の操作を行ってください。
Filter ウィンドウを右クリックし、リストから変数を選択します。コンテキスト メニューを再度表示すると、
その変数の横にチェック マークが付いています。
フィルタを削除するには、次の操作を行ってください。
Filter ウィンドウを右クリックしてコンテキスト メニューを表示し、変数をクリックして選択を解除します。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
次のバイオアッセイの例は、オクタノール/水分解係数 (CLogP) を Fold_Above_Control という反応測定値に対
してグラフ化した 2 つのグラフです。2 つ目のグラフには、モル屈折度によるフィルタを適用しています。1 つ
目のグラフは、フィルタの影響を受けないようにロックされています。
図 12.10: グラフのロック
フィルタを適用するには、次の操作を行ってください。
スライダの端にあるボックスをドラッグします。
下の図では、Molar_Refractivity が 10 ～ 33 の範囲にグラフが制限されています。
図 12.11: ヒストグラムのフィルタ
フィルタ スライダの調整
範囲の上端と下端 (またはいずれか一方) を設定した後で、範囲全体を移動できます。たとえば、約 250 度
(501.3 K ～ 753 K) の範囲を表示するように Boiling Point フィルタが設定されます。
図 12.12: フィルタ スライダの調整
第 12 章: BioViz
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スライダの青色の部分をドラッグすると、グラフ内の任意の 250 度の範囲を自由に表示できます。表示範囲が
651.5 K ～ 903.2 K に移動しています。範囲のサイズは変わっておらず、位置だけが変わっています。
カスタマイズ可能なスタイル
ポイント図形
データ ポイントに、6 種類の図形のいずれかを選択できます (四角、円、三角、ダイヤ、十字、星形)。選択状態
のポイント (またはマウス位置のポイント) の表示スタイルは、以前のバージョンと変わりません。選択状態のポ
イントは塗りつぶしのない赤の二重丸で表示され、マウス位置のポイント (マウス ポインタで指したポイント)
は、黒い丸で囲まれた赤丸で表示されます。
ポイント図形の選択は、BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Display タブから行います。
軸
各軸の内容とフォントを設定できます。既定値の X 軸および Y 軸のラベルには、グラフ化するフィールドの名前
が使用されます。この既定値のラベルを任意のテキストとフォントで上書きできます。各ラベルの横にあるチェッ
ク ボックスで、X/Y グリッドの表示/非表示を切り替えることもできます。
Tip: ラベルには継続性があります。つまり、前回のグラフで使ったラベルが次回のグラフの既定値になりま
す。たとえばグラフ 1 で軸のラベルを入力した後に、グラフ 2 で既定値のラベルを使いたいときは、グラフ
2 を作成する際に Display タブでラベル エントリを削除する必要があります。
凡例
グラフに凡例やコメントを付加することもできます。
1. グラフを右クリックし、Properties をクリックします。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスが表
示されます。
Tip: グラフ領域内か、上側の枠線を右クリックしてください。他の枠線をクリックすると別のコンテキスト
メニューが表示されます。詳細については 177 ページの "表示の変更"を参照してください。
2. Display タブの Comment テキスト ボックスに凡例を入力します。凡例のフォントとフォント サイズを入力
することもできます。
3. OK をクリックして凡例を表示します。
凡例の既定値の位置はグラフの右上隅です。作成後、好きな位置にドラッグすることもできます。
凡例を削除するには、BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスを開き、Comment ボックスのテキストを削
除します。
背景色
グラフの背景色を選択できます。BioViz Plot Properties ダイアログ ボックスの Display タブの Color...
ボタンをクリックすると、Color Picker ダイアログ ボックスが表示されます。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
その他の変更点
保存される状態情報の拡張. グラフのフィルタ スライダ位置と色分け状態がフォームと共に保存されるようになり
ました。
フィルタ表示の改良. 詳細については、180 ページの "フィルタ"を参照してください。
統計表示の改良. 詳細については、178 ページの "統計分析"を参照してください。
ヒストグラムのバー配色の改良. 詳細については、172 ページの "ヒストグラム"を参照してください。
第 12 章: BioViz
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ChemFinder 15.0
BioViz でのクラスタリング
ChemFinder/BioViz におけるクラスタリングは、生物学データと化学データを分析するための方法です。クラス
タリングは、ChemFinder のデータベースやフォームにスムーズに統合されていて、ユーザーに対して視覚的に魅
力があり高度にインタラクティブな表示を行います。
機能
任意の数値フィールドまたは構造式ボックスでの、現在のヒット リストに対するワンクリック クラスタリン
グ。
化合物プロファイルを使用した多次元クラスタリング。フィールドおよび条件の詳細な定義が可能。
コアな化学グループからの、高速の新規クラスタリングおよび投影アルゴリズム。
サイズ変更可能、拡大/縮小可能な 2 つのペインに、系統樹およびクラスタを視覚化したものを表示。
表示と動作をカスタマイズするための、ドロップダウン コントロール パネル。
系統樹の調整可能なパーティションにより、ユニークなクラスタ ウィンドウで視覚化を実現。
系統樹は任意の向きに配置可能。
スライダを調整して、系統樹ノードの間隔を線形目盛と対数目盛の間で変えることができる。
選択したフィールドの値に基づいて、クラスタに濃淡を付けて色付けできる。
ユーザーが選択したテキスト ラベルを、各ペインに個別に適用できる。
ツールヒントに、ノードとクラスタに関する詳細情報を表示。
2 つのペイン間で、直観的な強調表示および選択メカニズムが同期される。
選択した複数のノードまたはクラスタを、1 回のクリックで ChemFinder ヒット リストに変換。
ポップアップ Structure ウィンドウに、強調表示されたノードの構造式とデータを表示。
構造式画面間での、Tanimoto 類似性に基づく構造式のクラスタリング。
クラスタリングの操作
ここでは、クラスタリング操作の実行方法について説明します。
単一のフィールドでのクラスタリング
1. フォームを CS_Demo データベースに接続します。フォームには、Mol_ID、MolWeight、Structure、Formula
という 4 つのフィールドがあります。ここでは、MolWeight でクラスタリングを実行します。
メモ: クラスタリングは、任意の数値フィールドまたは構造式フィールドで実行できます。
2. C6 を検索します。この例では、42 件がヒットします。
Tip: 表示が扱いにくくなるため、解析はある程度小さなレコード セットで実行します。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemFinder 15.0
3. MolWeight ボックスを右クリックし、Cluster by MolWeight をクリックします。
データを収集し、クラスタリングとデータ投影を実行してから、表示座標を計算するため、操作の実行には数分か
かります。
以下のような画面に、クラスタリング操作の結果が表示されます。
図 13.1: CS Clustering ダイアログ ボックス
上図で、画面は 2 つに分割されています。左側は、クラスタリング操作の結果を表示する標準的なグラフであ
る、系統樹です。ベースライン上の各ポイント ("葉") は、入力レコードの 1 つを表します。
このクラスタリング図には、42 件のヒットがあり、42 件すべてが x 軸上に等間隔で並んでいます。ベース上の
横線は、"ノード" またはノードの下の 2 つのオブジェクトの結合を表します。y 軸の下のノードの位置は、その
子からの距離に比例しており、この距離は 2 つのオブジェクト間の類似性の尺度です。そのため、ベースライン
のすぐ上にあるノードは、分子量がほとんど同じ (この場合は通常等しい) 化合物の対を結合しています。
右側は、別の方法でデータを表示する、クラスタ ウィンドウです。
クラスタ ウィンドウ画面は、系統樹を横切るピンクの点線の切り取り線の位置によって変わります。この線の真
下にあるすべてのノードそれぞれが、クラスタ ウィンドウ内で 1 つのボールとして表示されます。ボールのサイ
ズは、含まれる葉の数に従って変わります。そのため、大きなボールは似たような分子量で構成される大きな化合
物の原子団を表し、小さなボールは自身の重量しか持たない 1 つの化合物を表します。切り取り線を上下に移動
すると、わずかなクラスタで構成される概略図から、多くのクラスタで構成される詳細図まで表示が変化します。
Cluster ダイアログ ボックスを変更するには、右下隅にある黒いドロップ ダウン矢印をクリックします。詳細に
ついては、188 ページの "系統樹のプロパティ" と 189 ページの "クラスタの特性"を参照してください。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemFinder 15.0
複数のフィールドでのクラスタリング:
複数のフィールドでクラスタリングを実行するには、プロファイル ボックスを作成する必要があります。プロ
ファイル ボックスには、データ レコードを比較するためのユーザー定義のフィールドと条件のセットを含めま
す。147 ページの "化合物プロファイルの作成" を参照してください。
フォームでプロファイル ボックスを作成したら、そのフォームを保存します。
図 13.2: プロファイル ボックス フォーム
プロファイル ボックス フォームの各フィールドには、コストと重みを割り当てます。プロファイル ボックス
CLOGP を右クリックして Cluster By Profile をクリックすると、クラスタリング エンジンでヒット リストの
各レコードの 3 つの値すべてが、これらの重量およびコストとともに使用され、レコード内に正規化された距離
が表示されます。
クラスタリングの変更
Cluster ダイアログ ボックスを変更するには、CS Clustering ダイアログ ボックスの 3D 構造式の下に表示さ
れる黒いドロップダウン矢印をクリックします。このドロップダウン コントロール パネルには、Dendogram と
Clusters の 2 つのタブがあります。
メモ: Dendogram および Clusters タブは、CS Clustering ウィンドウにも既定値で表示できます。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemFinder 15.0
系統樹のプロパティ
図 13.3: 系統樹のオプション
Style フレームで Invert X、Invert Y、および Horizontal の各チェック ボックスを使用して、図の向き
を変更できます。Tepee style では、系統樹が標準的でない方法 (たとえば、線がノードからサブノードに移
動) で表示されます。
Line color、Highlight、または Background のボタンをクリックすると、Colors ダイアログ ボックスが開
きます。既定値では、系統樹の線は濃紺色、強調表示されるアイテムは赤色、背景はライトグレーです。
Show cutoff line はピンクの線で、系統樹とクラスタ ウィンドウの間の関係を示します。
Linear-Log scale では、スケールにノードの縦横の位置をグラフ化して、ツリーの減衰を調整します。
Labels フレームで、ドロップダウンの矢印をクリックして系統樹のノードあるいは葉に表示するラベルを選択
します。
ラベルを表示するフォントを選択します。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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クラスタの特性
図 13.4: クラスタの特性
Color フレームの Solid と Shaded で、ボールをどのように色付けして表示するかを指定します。Shade By
では、ドロップダウン メニューからデータ タイプを選択し、カラー グラデーション バーの端にあるボタンを
使用して色の範囲を選択します。
Ball Size では、ボールの相対サイズを調整します。
Labels フレームで、ドロップダウンの矢印をクリックしてボールに表示するテキストを選択します。
ラベルを表示するフォントを選択します。
CS Clustering ダイアログの機能
CS Clustering ダイアログ ボックスでは、次に示すさまざまな操作を実行して、系統樹およびクラスタ ウィン
ドウを目的の外観にすることができます。
1. ホバー: Cluster ダイアログ ボックスの上にマウスを移動すると、系統樹の線が赤に強調表示され、クラスタ
ウィンドウのボールが青に強調表示されて、タッチしたノードまたはボールが強調表示されます。
2. クリック: 2 つのペイン間でマウスを動かす際、任意のノードまたはボールをクリックします。クリックした
ことで、選択したノードまたはボールが静止し (静止すると色が変化します)、ダイアログ ボックス内で容易
にマウスを動かすことができます。選択範囲の静止を解除するには、ウィンドウの空白部分をクリックします
(元の色に戻ります)。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemFinder 15.0
3. ドラッグ: ダイアログ ボックスの形状やサイズを変更できます。
4. クラスタの再投影: 左のウィンドウ (系統樹ペイン) でピンクの点線を上下に動かすと、それに応じてクラス
タ ウィンドウ (右のペイン) の図が変化します。
5. プロパティの表示: Cluster ダイアログ ボックスの右下にある黒い矢印をクリックします。系統樹とクラスタ
のプロパティが表示されます。
6. 右クリック: ノードとボールが静止している間、そのノードとボールに対して容易に操作を実行できます。右
クリックすると、メニュー オプション(Zoom、Show structure window、Selection to list) が表示されま
す。
Zoom: 観測ウィンドウの下に表示されるデータのサイズを変更します。
Show structure window: 強調表示または静止されたノードとボールの構造式が表示されます。
Selection to list: 選択したノードとボールのヒット リストが生成されます。
第 13 章: BioViz でのクラスタリング
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ChemFinder 15.0
ChemFinder/Oracle
ChemFinder の基本操作を習得したユーザーは、ChemFinder/Oracle がほとんど同じように動作することにお気
づきでしょう。どの種類のデータベースを使用するか心配せずに、データベースを開き、参照、検索、登録、ロー
ドなどの操作を行うことができます。しかし実際には、目に見える違いがいくつかあり、また目に見えない違いも
あります。
メモ: ChemFinder/Oracle は、ChemFinder Pro および Ultra バージョンのみで使用できます。
ChemFinder/Oracleで Oracle データベースを開いてから Oracle に直接接続する新しいコードを入力すると、
すべての検索やトランザクションが Oracle サーバーで行われます。この新しい動作モードには Microsoft
ActiveX Data Objects を基盤とした新しい基本技術のほか、リストの処理などにおける新しい使用方針、および
インデックス管理などの新しい機能が必要です。本書ではこれらの新しい概念と新機能についてすべて説明しま
す。
ChemFinder/Oracle には次の特徴があります。
検索は構造式検索を含めてサーバー上で実行されます。
検索結果は Oracle データベースのテーブルに保存されます。
ヒット リストはファイルではなく Oracle の他のテーブルに保存されます。
保存したリストに注釈を付けて、復元時にピック リスト ディレクトリから選択できます。
大規模なデータベースで作業する場合は、大きなレコード セットを扱うことによる速度低下を解消する新しい
メカニズム (Move Last など) を使うようにするとよいでしょう。この選択には代償が伴うため、ユーザーが
必要に応じて選択してください。
Oracle データベースを作成することはできませんが、作成の権限があれば Oracle データベース内にテーブル
を作成することができます。これを行った場合は、インポート操作が一部影響を受けます。
性能を向上させるために、一部の列にインデックスを作成することができます。
その他の細かな違いについては以下で説明します。
ChemFinder における構造式の検索は非常に高速です。この高速性は、次の 2 つの要素で実現されています。1
つは、SQL の改良の結果、ヒット リスト テーブルにヒットが以前よりもずっと高速に追加されるようになったこ
とです。もう 1 つは、使用頻度の高い一部の処理を最適化し、さらにスクリーニングの効率を高めたことによ
り、PerkinElmer Informatics の全製品で構造式の検索速度が向上したことです。
設定
ChemFinder/Oracle を使用する前に、お使いのマシンを Oracle クライアントとして設定する必要があります。
既に CS Oracle Cartridge をお使いの場合は、すべての設定は終わっているはずです。お使いでない場合は、
Oracle 管理者の助けを借りてサーバとクライアントを設定する必要があります。
ChemFinder のインストール方法については、配布媒体に同梱されている readme.txt ファイルを参照してくださ
い。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
ChemFinder/Oracle が既存の Oracle データベースに任意の形式でアクセスできれば理想です。しかし実際は制
限がいくつかあります。ChemFinder/Oracle で Oracle データベースを使用する準備をする際の注意事項と推奨
事項については、318 ページの "CS Oracle Cartridge" を参照してください。
Oracle データベースを開く
Oracle データベースを開くには、次の操作を行ってください。
1. フォーム内を右クリックし、コンテキスト メニューの Data Source... コマンドをクリックして Box
Properties ダイアログ ボックスの Database タブを開きます。
2. Oracle Database をクリックします。CS Oracle Connection ダイアログ ボックスが表示されます。
メモ: Oracle Database ボタンは、適切に構成された 32 ビット Oracle クライアント が実行されるマシンのみで
使用できます。
3. Oracle クライアントにログインするときに使用した値を Host name、User name、Password に入力します。
または
ドロップダウン リストから最近使用した項目を選択します。このリストから項目を選択すると、ユーザー名が
自動的に入力され、項目作成時に Save password がオンになっていた場合はパスワードも自動的に入力されま
す。
メモ: Oracle Connection ダイアログ ボックスを初めて開いたときは、最近使用した項目のリストがないので、項
目リストを作成するかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。受け入れると、Oracle クライアントの構成中に作
成された tnsnames.ora ファイルから抽出された、有効なすべてのホストのリストが作成されます。
データベースが開き、テーブルのリストが表示されます。
メモ: ツリーに表示されるテーブルのリストは、現在のユーザーが所有するすべてのテーブルおよびビューと、その
ユーザーに一定の権限が与えられたテーブルおよびビューで構成されます。詳細を表示するには、データベースを開
いている間に SQL トレースをオンにします。
4. ChemFinder データベースを操作するときと同じ要領で作業を進めます。表示したいテーブルをクリックして選
択し、その他の必要なオプションを設定し、フォームを自動生成する場合には Form タブのチェック ボックス
をオンにします。
ダイアログ ボックスの Oracle タブ (195 ページの "Oracle プリファレンスの設定" で説明)。このタブの
機能は主に上級ユーザーを対象としており、特に調整は必要ありません。
メモ: Oracle タブは、Oracle データベースが開いている場合にのみ Properties ダイアログに表示されます。
5. OK をクリックします。データベースが希望した表示形式で開きます。
Database Wizard を使用して Oracle データベースを開くこともできます。このウィザードの CS Oracle
Cartridge というボタンをクリックすると、プロセスの Oracle 部分が表示されます。
Oracle データベースを開くと、Properties ダイアログ ボックスの一部のタブに、ChemFinder にはない次の項
目が表示されます。
Database タブ: CS Oracle Cartridge のバージョン (適宜)。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
Table タブ: テーブルの所有者名。プライマリ インデックスがあればその名前。
Field タブ: Oracle のネイティブデータ名。関連するインデックスがあればその名前。
Oracle データベースを開いてテーブルを選択すると、ChemFinder/Oracle で列に関する情報が集められます。構
造式が含まれていることがわかっているテーブルを開いたのに、ChemFinder/Oracle で構造式 (または分子式や
分子量) 列が表示されない場合は、テーブルに関する情報を一部設定しなければならないことがあります。詳細に
ついては、319 ページの "CF_SETTINGS テーブルを経由した構成" を参照してください。
検索
ChemFinder/Oracle の検索機能は、基本的に ChemFinder と同様であり、クエリを入力し、検索して、ヒット
リストで作業します。しかし内部的に見ると、ChemFinder/Oracle の機構はかなり違っています。
ヒット リストの処理には 3 種類のテーブルが関与しています。すべては、自身のテーブルスペースに作成されま
す。そのうちの 1 つはグローバルで、テーブルから保存されたすべてのリストに適用されますが、残りは検索さ
れている特定のテーブルまたはビューにつながっています。
CF_HITLISTS ―保存されているすべてのリストのディレクトリ。このテーブルは、初回リスト保存時に作成さ
れます。
SAVED_tablename: 指定のテーブルまたはビューから明示的に保存されたすべてのリスト。初回リスト保存時に
作成されます。
HITS_tablename: 指定のテーブルまたはビューで検索が行われた後で自動的に保存されたすべてのリスト。こ
のテーブルは、初回検索またはリスト操作実行時に作成され、セッションの最後に削除されます。
ChemFinder/Oracle にクエリを送ると次のようなことが起きます。
1. クエリに構造式が含まれている場合は、テキスト形式に変換されて一時テーブルにコピーされます。
メモ: このテーブルを temp_queries と呼びます。これは CSCartridge テーブルスペースに作成され、検索が終了
するか中断すると直ちに削除されます。複数の構造式ボックスがあり、その 2 つ以上にクエリが含まれているケース
には、現時点では ChemFinder は対応していません。
2. クエリは SQL SELECT ステートメントに変換されます。フォーム ボックスのクエリ コンポーネントが一括し
て AND 処理され (ChemFinder と同じ動作)、その構造式部分で CS Oracle Cartridge の構造式検索機能が
呼び出されます。
3. ヒット テーブルがまだ存在しない場合は作成されます。
4. 検索の結果作成された新しいリストに一意の ID が割り当てられます。
5. SELECT ステートメントが大きな SQL ステートメントにまとめられ、そこから結果がヒット テーブルに直接入
れられます。
6. SQL が実行されます。
7. 検索が完了すると、ヒット テーブルには結果が新しい行として表示されます。各行には新しいリスト ID と、
検索対象テーブルのレコードの ID が含まれています。
8. レコード ID と一致するヒット テーブルの新しいリストをメイン テーブルの行を選択して結合する形で最終
リストを準備します。
結果のリストを参照、保存、エクスポートする準備ができました。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
メモ: Oracle におけるテキスト検索は大文字と小文字を区別します。「Benz*」と入力したときと「benz*」
と入力したときではクエリの結果が異なります。
ソート
一部のソート処理では ChemFinder の CF$_SORT というシステム テーブルが必要ですが、これが現在のフォーム
に含まれていない場合もあります。このテーブルが存在しない場合は、Oracle データベースでその種の検索を最
初に行おうとしたとき、警告メッセージが表示されます。
CF$_SORT テーブルを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 新規のフォームを開き、File メニューの Database を選択します。Form Properties ダイアログ ボックス
が表示されます。
2. Database タブの Oracle Database をクリックします。
3. ChemFinder のシステム テーブルが置かれているスキーマの所有者としてログインします。通常、これは
ChemFinder です。
メモ: このユーザーとしてログインする権限がない場合は、システム管理者に問い合わせてください。
4. ダイアログ ボックスの Oracle タブをクリックし、Prepare Schema をクリックします。ChemFinder によっ
て、今必要とされているこの新規テーブルだけが作成されます。他のテーブルは一切変更されません。
メモ: このボタンがグレー表示の場合は現在のスキーマの所有者としてログインしていないことを意味します。
5. 元のフォームに戻り、再度ソートを実行します。
Tip: Oracle タブの Refresh Session Data をクリックしないとソート結果が表示されないことがありま
す。
サブフォーム集計値
ChemFinder は Oracle データベース内で、サブフォームのフィールド集計値に基づきメイン リストをソートで
きます。たとえば、一連のテスト データを含むサブフォームがあり、各メイン レコードに対してサブフォーム内
に複数のレコードが存在する場合、各レコードのテスト値の集合の合計または平均に基づいてメイン ヒット リス
トをソートすることができます。
集計値でソートするには、次の操作を行ってください。
1. Record メニューの Sort を選択します。Sort Multiple ダイアログ ボックスが表示されます。
2. 左側のボックスで、ソートに使用するサブフォーム値をクリックします。
3. 右側のボックスで、Fxn 列を右クリックし、ポップアップ メニューからMIN、MAX、AVG、SUM のいずれかを選
びます。
4. OK をクリックします。選択した値に基づいてヒット リストがソートされます。
メモ: AVG と SUM は数値フィールドでのみ有効で、MIN と MAX はテキスト フィールドでも使用できます。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
リストの処理
ヒット リストの扱いに関して、ChemFinder と Oracle ChemFinder/Oracle では次のような違いがあります。
ChemFinder/Oracle では、Save List を選択してもファイル ダイアログ ボックスは表示されず、各リストの
名前とコメント行を入力するダイアログ ボックスが表示されます。
Restore List を選択すると、使用可能な保存リストを選択するためのダイアログ ボックスが表示されます
(以下のスクリーンショットを参照)。
Restore Previous List は、検索を一度行った後もグレー表示になりません。使用できる機能として完全リス
トを戻します(これは ChemFinder でも同じです)。
Over Current List、Omit From List、および Find List は今までと同じように動作します。
Oracle プリファレンスの設定
Oracle データベースで作業しているときは、Properties ダイアログ ボックスに Oracle 設定用のタブが表示
されます。現在このタブに含まれている項目は次のとおりです。
Auto-sort on ― デフォルトのソート フィールドを表示します。他にソート条件が指定されていなければ、こ
のフィールドのすべてのリストは昇順でソートされます。現在、自動ソート フィールドは常にプライマリ キー
で、変更できません。
Primary key ― 現在のテーブルのプライマリ キーがあればその名前。
Saved hits ― 現在のフォーム用のヒットリスト保存テーブルが作成されていれば、そのテーブルの名前を表
示します。
Records per retrieve ― 各取り出し操作でクライアントに使用されるレコード数、ADO レコードセット
キャッシュのサイズを設定します。この値を調整してパフォーマンスを高めることもできますが、実際にはあま
り大きな効果はありません。
Cache ID's for faster moves ― このボックスをチェックすると大きなリストを効率的に閲覧するための新
しいレコード検索スキームが有効になります。詳細は、319 ページの "高速キャッシュ スキーム"をご覧くださ
い。このチェック ボックスの状態はフォーム ファイルと共に保存されます。現在このボックスをオンまたはオ
フにした場合、フォームを保存して再度開いてから続行する必要があります。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
SQL Trace to file ― SQL を ChemFinder から Oracle に送信してテキスト ファイルを生成する場合に、
このチェック ボックスをオンにします。出力ファイルを指定するには、パス名を入力するか、参照を使用しま
す。ファイルが上書きされることはありません。新しいデータは常に付加されます。このボックスをオンにする
とトレースが始まり、オフにすると終了します。トレースを有効にしたまま ChemFinder を終了すると、次回
の起動時にもトレースが有効になり、ステータス バーに短い警告が表示されます。
Caution: この機能をオンにしたまま忘れてしまうと、トレース ファイルが膨大なサイズになることがありま
す。
データの更新と追加
フォームに接続されたテーブルのデータを追加、更新、削除する権限があれば、ChemFinder のときと同じように
データベース内のレコードでこれらの操作を実行できます。ただし、いくつか気をつけなければならないことがあ
ります。
既存の Web Server、RegDB、または E-Notebook データベースのデータを変更しないでください。
ChemFinder/Oracle では自動的にデータ変更を阻止しませんが、正規の登録手順を踏むか、詳しい操作を把握
していない限り、データ変更はまず失敗します。
データベースの変更は ChemFinder のときとほぼ同じで、適切な権限があれば、テーブルやフィールドを追加、
変更、削除できます。次のような違いがあります。
構造式フィールドを作成した場合、任意の名前を付けることができます。
CS Oracle Cartridge の管理下にあるテーブルの構造式の列はいくつかある形式のどれでもかまいませんが、
ChemFinder/Oracle では形式を選択できません。テキスト エンコードの CDX を保管している文字 (CLOB) 列
が既定値になります。
ChemFinder/Oracle では、ChemFinder が Access MDB ファイルを作成するのと同じように Oracle データ
ベースを作成できません。ChemFinder/Oracle ではテーブルを作成することがこれに相当します。
ロード
ChemFinder/Oracle データベースは、SDFiles からロードするか、Import Structures を使用して構築できま
す(RDFiles も使用できますが、動作保証外となります)。しかし、実際に新しいデータベースを作成することはで
きないので、この手順は ChemFinder とはやや異なります。既にデータベースを開いた状態にしてから、既存の
テーブルをインポートするか、または新しいテーブルを作成します。
データと構造式を新しいテーブルにインポートするには、次の操作を行ってください。
1. 空のフォームを右クリックし、Data Source を選択します。
2. Oracle Database をクリックし、192 ページの "Oracle データベースを開く" の説明に従って作業を進めま
す。新しいテーブルを作成するため、テーブルの選択は重要ではありません。
3. OK をクリックして空のフォームに戻ります。これで読み込みの準備ができました。
メモ: OK をクリックしてプロパティ ダイアログ ボックスを閉じるとき、選択したテーブルにプライマリ キーが定
義されていないと、警告メッセージが表示されます。新しいテーブルを作成またはロードしようとしている場合はこ
の警告は無視できます。それ以外の場合は、Oracle ツールを使用してテーブルのプライマリ キーを定義することを
検討してください。Import SDFile または Import Structures を選択し、ソース ファイルを選択します。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
Data Import ダイアログ ボックスが表示されます。
図 14.1: 1) Import タブ、2) Output database テキスト ボックス
4. Output database ボックスに、データベースの名前とテーブル名 (かっこ内) が表示されます。ロードする
テーブルを指定するには、かっこ内のテーブル名を編集します。新しいテーブルを作成する場合は、希望のテー
ブル名を入力します。既存のテーブルに追加する場合は、その名前を入力します。
5. その他の必要なオプションを設定し、Import をクリックすると読み込みが開始されます。
Tip: 読み込むテキスト フィールドは、入力スキャンで決定された値より大きくしてください(これを行うには
Input Field の下で名前をダブルクリックし、Width 値に大きい値を入力します)。この作業を行わないと、
後でレコードを追加したときに問題が起きることがあります。
6. 読み込み後、プライマリ キーとインデックスを作成します。197 ページの "インデックス化" を参照してくだ
さい。
既存のテーブルに追加を行う場合は、上記の手順で次のステップを変更します。
ステップ 1: 空のフォームではなく既存のフォームを使って作業を開始します。
ステップ 2: 追加対象のテーブルを選択します。テーブルを選択した場合、手順 5 のテーブル名編集作業は必
要ありません。
インデックス化
パフォーマンスを高めるためには、検索が高速で行えるように一部の列をインデックス化することが大切であるこ
とは、Oracle 管理者は皆理解しています。管理者としてテーブルを作成、ロード、または管理しなければならな
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
い場合は、インデックス化について把握しておく必要があります。ChemFinder/Oracle には、インデックス化を
支援するいくつかのツールがあります。
ChemFinder/Oracle には 2 つのタイプのインデックスがあります。
構造式インデックス ― 構造式を含む列には CS Oracle Cartridge でインデックスを作成すべきです。イン
デックスがなくても検索はできますが、非常に遅くなります。
プライマリ キー ― 構造式の列が含まれるテーブルにも、さまざまなリスト処理操作で使用できる独自のレ
コード ID があります。この列は INTEGER タイプで、テーブルのプライマリ キーに指定されています。
ChemFinder により、これらのインデックスに関する情報が提供されるので、必要に応じてテーブルを作成した
り、作り直したりすることができます。
構造式インデックスを作成するには、次の操作を行ってください。
1. Oracle に接続されたフォームの構造式ボックスを右クリックし、Properties... を選びます。
2. ダイアログ ボックスの Field タブをクリックします。選択されたフィールドがインデックス化されている場
合、インデックス名がプロパティ ボックスに表示されます。次の例では、インデックスには IX50 という名前
が付いています。
図 14.2: 1) フィールド名、2) インデックス名
メモ: インデックスがない場合やフィールドがインデックス化できない場合、Index の行はリストに表示されませ
ん。
3. インデックスがない場合は、Create Index をクリックします。
メモ: このボタンが表示されない場合、選択されたフィールドはインデックス化の候補にならないということです。
4. Create Index ダイアログ ボックスで、新しいインデックスの名前を指定し、OK をクリックします。イン
デックスが作成されます。
次のような場合に Oracle でエラー メッセージが表示されます。
既に使用中のインデックス名を指定した、または
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
既に列にインデックスがある。
ChemFinder/Oracle では直接インデックスを削除したり上書きできませんが、CAL SQL コマンドをこの目的に使
用することができます。
プライマリ キー インデックスを作成するには、次の操作を行ってください。
手順は構造式インデックスと同じですが、Long 型のフィールドを使います。こうするとフィールドにインデッ
クスが作成され、プライマリ キーとして指定されます。列に既に一意のヌル以外の値が含まれていなければ失
敗します。
メモ: 特定の種類の列を選択したとき、Set As Structure という新しいボタンが表示されることがあります。これ
は、319 ページの "CF_SETTINGS テーブルを経由した構成" で説明されている高度な機能です。
Tip: プライマリ キーを作成する際、一意の整数列がなければ、CAL スクリプトで作成できます。例 (1 つの
列と「ID」というフォーム ボックスが作成してあるものと仮定):
loop
putdata ID $index
record commit
record next
endloop
CAL
Oracle をサポートするため、いくつかの新しい機能が ChemFinder 自動化言語 (CAL) に導入されました。この
うちのいくつかは Oracle 特有のものではなく、一般的に使用できます。
SQL コマンド。Oracle データベースに接続すると、レコードを返さない任意の SQL コマンドを渡すことがで
きます。形式は、単に SQL <コマンド> とし、コマンドは引用符で囲みません。
例:
SQL create table mytable (id integer)
CURR_TABLE 変数。この変数には、現在のフォームに接続されているテーブル名が含まれます。これは Oracle
の内外で使えます。
例:
MSG Current table is $CURR_TABLE
OPENDB ではテーブルを変更できます。通常このコマンドはデータベース名を使用し、オプションでテーブルの
名前を角かっこで続けることがあります。ChemFinder では、テーブル名だけ指定できるようになりました。こ
れで、Properties を開いて別のテーブル名をクリックしたときのように、フォームが現在のデータベースの別
のテーブルに接続されます。
例:
OPENDB <CHEM_STRUCTS>
こうすると、現在のフォームが CHEM_STRUCTS というテーブルに接続されます。
STATMSG コマンドがステータス バーにメッセージを表示します。形式は STATMSG <message> です。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
例:
STATMSG Search is now in progress...
SEARCH SAVE LIST と RESTORE LIST が Oracle で動作します。通常、これらのコマンドのいずれかの後に
ファイル名が続きますが、ChemFinder/Oracle ではリスト名を指定できます。
第 14 章: ChemFinder/Oracle
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ChemFinder 15.0
BioSAR
この章では、BioSAR からエクスポートしたデータ フォームを ChemFinder のフォームとして表示する方法を説
明します。一度 ChemFinder に取り込んでしまえば、さまざまな機能を使用してフォームを管理できます。
BioSAR ブラウザの起動
BioSAR を使うためには、Internet Explorer 9.0 (SP2) 以上がインストールされている必要があります。
BioSAR を起動するには、次の操作を行ってください。
1. Internet Explorer で ChemOffice Enterprise ポータルにログインします。
2. Enterprise 画面の BioSAR Enterprise セクションで、次のいずれかのリンクから検索式フォームを開きま
す。
Open Form
Manage your forms
BioSAR での検索の実行
BioSAR データ フォームを ChemFinder にエクスポートするには、事前に BioSAR データベースでデータを検索
する必要があります。
1. BioSAR でクエリ フォームを開きます。
2. フォームに検索条件を入力し、Search をクリックします。
ChemFinder へデータ フォームを転送する
検索の完了後は、データ フォームを ChemFinder へ転送できます。
フォームを転送するには、次の操作を行ってください。
1. Display In BioViz をクリックします。ボタンが表示されないときは、BioSAR フォームのプロパティの編集
が必要なことがあります。管理者に問い合わせてください。
2. フォーム ファイルを保存するか開くかを尋ねるプロンプトで Open を選択します。これで、ChemFinder が起
動します。
3. Oracle のログイン画面でユーザー名とパスワードを入力します。
メモ: フォームを今すぐ表示する必要がなければ、そのままファイルを保存してください。このファイルは、
ChemFinder でいつでも開くことができます。
ChemFinder のファイル形式
データ フォームをエクスポートすると、BioSAR によって拡張子 .bsbxml を持つファイルが作成されます。
ChemFinder はこのファイルを読み取り、フォームを開いてデータベースに直接リンクします。
.bsbxml ファイルは読み取り専用です。ChemFinder で .bsbxml ファイル自体に変更を加えることはできません
が、フォームを編集してその変更内容を保存することはできます。フォーム ファイルを保存すると、ChemFinder
の拡張子 cfx が付けられます。.bsbxml ファイルとは異なり、cfx ファイルは読み取り専用ではありません。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
cfx ファイルは ChemFinder で開いて編集し、再保存できます。元のフォームを開く必要があるときに
は、.bsbxml ファイルも引き続き使用できます。
"Save password" の設定
Oracle 接続フォームのパスワードが正しくないか空白の場合、フォームを開く際に名前とパスワードの入力を求
められます。Form Properties ダイアログ ボックスの Save password チェック ボックスがオフになっている
場合にも、同じことが起こります。BioSAR からエクスポートしたフォームでは、これが既定の設定です。Save
password チェック ボックスをオンにしてフォームを保存するまでは、ユーザー名とパスワードの入力を毎回求め
られます。
メモ: Ultra バージョンおよび Pro バージョンでは、Save Password の既定の設定は 'off' です。
サブフォームと自動リンク
メモ: 自動リンク ボックスは、Pro および Ultra バージョンで使用可能です。Standard バージョンでは使
用できません。
BioSAR でフォームを作成するときには、フォームに含めるデータベース内のフィールドを選択します。フォーム
を ChemFinder にインポートすると、これらのフィールドがフォームに表示されます。インポート後も、
ChemFinder で新しいフィールドを追加して、フォームの作成を続けることができます。フィールドに子テーブル
とそのフィールドを含めることもできます。追加した子テーブルはサブフォームとして表示され、子テーブルの
フィールドは自動リンク ボックスとして表示されます。
サブフォームを追加するには、次の操作を行ってください。
1. Explorer ウィンドウの BioSAR タブをクリックします。
2. Child Tables ディレクトリから子テーブルを選択します。
3. 子テーブルをダブルクリックします。子テーブルがフォーム内にサブフォームとして表示されます。
メモ: 子テーブル内のすべてのフィールドがサブフォームに必ず表示されるわけではありません。サブフォームに表
示されるフィールドは、BioSAR で選択したフィールドと既定値のフォーム グループで定義されているフィールドに
限られます。
自動リンク ボックスを自動で追加するには、次の操作を行ってください。
1. Child Tables ディレクトリから子テーブルを選択します。
2. 子テーブル内のフィールドを個別にダブルクリックします。子テーブルのそのフィールドがフォーム内に自動リ
ンク ボックスとして表示されます。
自動リンク ボックスを手動で作成するには、次の操作を行ってください。
Moltable という構造式テーブルに一意でない Chemist_ID という整数フィールドがあるものと仮定します。さら
に別のテーブル Chemists に、表示用のテキスト フィールド (Name) と、一意の整数レコード ID のフィールド
(ID) があるものとします。MolTable 内の各 Chemist_ID は Chemists 内の特定の ID と対応しています。メ
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
イン フォームに自動リンク ボックス (構造式ごとに、対応する化学者の名前を表示する) をセットアップするに
は、次の操作を行ってください。
1. データ ボックスを作成します。
2. データ ボックスを右クリックし、検索対象の ID フィールドと接続します。この例では、フォーム ボックス
を Chemist_ID フィールドに接続します。
3. ボックスを ID フィールドに接続するには、ボックスを右クリックし、Properties をクリックします。Box
Properties ダイアログ ボックスが表示されます。
4. オプション With choices or auto-link をオンにします。これをオンにすると、Choices タブが自動的に表
示されます。
Choices タブでは次の操作を行ってください。
"Auto-link via" チェック ボックスがオフの場合は、このダイアログ ボックスでデータ入力のための一連
のオプションを指定できます。
このチェック ボックスがオンの場合は、一連の入力オプションのほかに、自動リンク接続も指定する必要が
あります。
Tip: ドロップダウン メニューが表示されないようにするには、"Hide menu" チェック ボックスをオンにし
ます。これは自動リンクをセットアップした場合にのみ適用されます。
5. "From table" ラジオ ボタンを選択します。データ ソース ツリーで、サブテーブルを見つけ、ボックスに表
示するデータ フィールド (この例では、"Chemists" の下の "Name") をクリックします。
6. ラベル Name (ラジオ ボタン From table の後ろにある) が選択を反映して更新され、"Auto-link via"
チェック ボックスが使用できるようになります。
メモ: 確定した選択リストを入力する場合、自動リンクはセットアップできません。
7. "Auto-link via" チェック ボックスをオンにします。ドロップダウン メニューから、ID フィールドと対応
するサブテーブルのフィールド (この例では、"Chemist" の下の "Name") を選択します。
メモ: ドロップダウン メニューに表示されるフィールドはリンク対象のフィールドと型が一致するので、ID
が数値なら数値フィールドだけがリンクされます。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
8. フォーム ボックスに化学者の名前が表示されます。
マルチ ソート
ChemFinder のマルチ ソート機能を使用すると、指定したフォーム フィールドに基づいてヒット リストを並べ
替えることができます。たとえば、リストをまず Reg 番号順に並べ替え、さらに Full reg 番号で並べ替えるこ
とができます。
メイン フォームのフィールドによるソート
ヒット リストをメイン フォームのフィールドでソートするには、次の操作を行ってください。
1. Record メニューの Sort... を選択します。Sort Multiple ウィンドウが表示されます。
2. Sort Multiple ウィンドウの左側のペインからソートに使うフィールドを選択します。複数のフィールドで
ソートする場合は、ソートする順番にフィールドを選択します。
3. 既定値では各フィールドが昇順でソートされます。この順序を逆にするには、右側のペインにあるフィールド名
を右クリックし、ポップアップ メニューの Descending を選択します。フィールドを削除するには、フィール
ドを右クリックし、Remove を選択します。
4. OK をクリックします。
サブフォームのフィールドによるソート
メイン フォームのときと同じく、サブフォーム内でソートに使うフィールドとソート順序を選択します。さら
に、各フィールドのどの値 (最小値、最大値、平均値、合計) をソートに使うかを指示します。
メイン フォームをサブフォームのフィールドでソートするには、次の操作を行ってください。
1. Record メニューの Sort...を選択します。
2. Sort Multiple ウィンドウの左側のペインからヒット リストのソートに使うサブフォーム フィールドを選択
します。サブフォーム フィールドがサブフォーム名: フィールド名の形式で表示されます。
ヒット リストを複数のフィールドでソートする場合は、優先度の高いフィールドから順番に選択します。
3. フィールドのソート順序を逆にするには、右側のペインにあるフィールド名を右クリックし、ポップアップ メ
ニューの Descending を選択します。
4. さらにポップアップ メニューで、ソートに使うフィールドの値 (Max、Min、Average、Sum) を選択します。
既定値は Min (最小値) です。
5. OK をクリックします。
クエリ ヒット リスト
Explorer ウィンドウの Queries タブには、現在および以前のセッションの検索クエリのリストが表示されま
す。クエリはフォームと関連付けられます。そのため、このクエリ ヒット リストはフォームを保存するときに保
存されます。
クエリ リストの表示
既存のフォームを開くと、ツリーが更新されてそのフォームのクエリだけが表示されます。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
Explorer ウィンドウが表示状態になっていないと Queries コントロールは見えません。表示されていない場合
は、次の操作を行ってください。
1. View メニューの Explorer Window をクリックします。
2. Queries タブをクリックすると、クエリ ツリーが表示されます。
クエリ リストの操作
検索またはリスト操作を実行すると、そのたびに新しいクエリがツリー内に生成されます。ツリー内には、
ChemFinder によって割り当てられたクエリ名とリストのサイズ (ヒット数) が、簡単な説明と共に表示されま
す。生成される名前は Q<n>* という形式になります。n は連番で、* はそのクエリがまだ改名されていないこ
と、または未保存であることを示します(208 ページの "クエリ リストの保存" を参照)。
リスト操作を実行するため、まず簡単な検索を行いましょう。たとえば、データベースから分子量 250g/mol 未満
のすべての化合物を探すことができます。
1. Search ツールバーまたはメニューの Enter Query アイコンをクリックします。フォームがクエリ モードに
なります。
2. クエリ フォームの MolWeight フィールドに「<250」と入力し、Search をクリックします。Q1 という名前
のクエリが Full List の子として表示されます。
クエリ名の変更
クエリの名前を、もっとわかりやすい名前に変更することもできます。クエリの名前を変更すれば、クエリが
フォームと共に確実に保存されます(オプションの設定によっては、名前を変更しないとフォームを保存する際に
クエリが自動的に破棄されることがあります)。
クエリの名前を変更するには、次の操作を行ってください。
1. クエリをポイントして右クリックします。コンテキスト メニューが表示されます。
2. コンテキスト メニューの Rename をクリックします。名前 (Q1) が強調表示されます。
3. 新しい名前を入力し、Enter キーを押します。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
表示色の変更
クエリ名の横にあるボックスの色は、結果をグラフ表示する際に使われる点の色です。この色を変更して、グラフ
を自分の好みの表示スタイルにすることができます。
表示色を変更するには、次の操作を行ってください。
1. クエリをポイントして右クリックします。コンテキスト メニューが表示されます。
2. コンテキスト メニューの Change Color をクリックします。Color Picker が表示されます。
3. 新しい色を選択し、OK をクリックします。ボックスの色が変化します。
BioViz でグラフ化したデータを見ると、そのクエリに対応する点の色も変化していることがわかります。
子リスト
新しいクエリを追加するには、Full List を検索する方法と、別のクエリを検索する方法があります。別のクエリ
から新しいクエリを作成すると、その結果は子リストになります。通常、比較の目的で子リストを作成する場合
は、複数の属性で 1 つの子リストを作成するよりも、検索属性ごとに 1 つの子リストを作成する方が有利です。
現在選択されているリストについてのみ子リストを作成することができます。必要なリストが選択されているか確
実でない場合は、リストをダブルクリックしてください。
子リストを作成する前に、Search メニューの Over Current List をクリックします。これを選択すると、Over
Current List の横にチェック マークが付きます。
これで、次に子リストのクエリを作成することができます。次のサンプル手順は、カルボキシル構造を検索して子
リストを作成する方法を示しています。
1. Query アイコンをクリックしてフォームをクエリ モードにします。
2. Structure ウィンドウをダブルクリックします。ChemDraw ツールバーが表示されます。
3. 結合ツールを使用してカルボキシル構造を作成します。
4. 構造の作成が終了したら、Structure ウィンドウの外部をクリックします。
5. Search をクリックします。新しいリストが以前のリストの子として作成されます。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
図 15.1: この例では Q1 が親リスト MW Filter の子リストとなる。
複数の子リストの作成
それぞれ属性を変えて、同じ親クエリの子として表示される類似のクエリを実行することができます。
図 15.2: 親リスト MW Filter の複数の子リスト
別の子リストを作成するには、最初に親リストを選択する必要があります。親を選択するには、次のどちらかの操
作を行ってください。
親リストをダブルクリックします。
子リストを選択した状態で、Search メニューまたはツールバーの Restore Previous List をクリックしま
す。
ステータス バーの情報から、親リストが選択状態か確認できます。親リストが選択状態のとき、別の子リストを
クエリに追加することができます。
図 15.3: ステータス バーの値 "1187" は、図 5 の親リストが選択されていることを示す。"38547" は Full
List のエントリ数である。
ドラッグ アンド ドロップ操作によるリストの結合
2 つのリストをドラッグ アンド ドロップ操作で結合したいことがあります。新しく作られるリストの属性は、結
合前のリストによって決まります。
1. リストを選択し、別のリストまでドラッグします。Restore/Merge List ダイアログ ボックスが表示されま
す。
2. Restore/Merge List ダイアログ ボックスで、結合の種類を選択します。
3. OK をクリックします。選択した結合条件で新しいリストが表示されます。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
図 15.4: Restore/Merge List ダイアログ ボックス
クエリ リストの保存
BioSAR ブラウザから ChemFinder にデータを転送すると、ChemFinder では .bsbxml 形式のファイルが開き、
BioSAR セットアップをシミュレートするためのフォームが作成されます。このとき、BioSAR で有効になってい
たヒット リストも復元されます。ChemFinder では、保存後にファイルを閉じて再度開くと、BioSAR のヒット
リストが自動的に保存されます。これは、以前のバージョンの既定値の動作とは異なります。
ドメイン
ChemFinder のドメイン機能を使用して、データベースのサブセットを作成することができます。作成したドメイ
ンは 1 つの完全なデータベースであるかのように動作します。データベースの検索はドメインの範囲に限定され
ます。ヒット リストは、データベース全体を操作しているときと同じようにクエリ ツリーに追加されます。
ドメインの作成
ドメインを作成する前に、クエリを実行して操作対象となるデータベースのサブセットを定義する必要がありま
す。このサブセットがドメインになります。
Tip: ドメインを一定の順序で並べ替える必要があるときは、ドメインを作成する前にソートを行ってくださ
い。その順序は、それ以降使用する際、常に保持されます。
ドメインを作成するには、次の操作を行ってください。
1. ダブルクリックしてクエリを選択します。
2. Search、Domain、Set Domain to Current List の順に選択します。
Query コントロールの表示
ドメインで実行したクエリは、ドメインの子クエリとして表示されません。ただし、Search メニューの Over
Current List を選択し、当該ドメインをアクティブなリストとして指定した場合はその限りでありません。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
ドメインの解除
ドメインが必要なくなった場合は、Search、Domain、Reset to Full Database の順に選択して、ドメインを解
除します。
mdb データベースの作成
サーバ上で大規模な Oracle データベースを操作するときは、データベースのサブセット (データセット) をロー
カル データベースとして保存すると便利です。ChemFinder のローカル データベースは、Microsoft Access を
ベースにしています (ファイル拡張子 MDB)。そのため、エクスポートするデータセットでは Access の命名規則
や制限に従う必要があります。
Access データベースの命名規則
ChemFinder は 標準の Access (Jet) データベースを使用しているので、フィールド、コントロール、およびオ
ブジェクトの名前は Access のルールに従わなければなりません。たとえば次のルールがあります。
長さは最長で 64 文字までが許されます。
英字、数字、スペース、さらにピリオド (.) を除く特殊文字、感嘆符 (!)、アクセント符号 (`)、大かっこ
([ ]) を組み合わせて使用できます。
空白から始めることはできません。
制御文字 (ASCII 値の 0 ～ 31) を含めることはできません。
テーブル、ビュー、ストアド プロシージャの名前に二重引用符 (") を含めることはできません。
データベースのローカル コピーの作成
頻繁に使用するデータセットが変化しない場合は、そのデータを ChemFinder のローカル データベースとしてエ
クスポートするとよいでしょう。通常、ローカル データベースでは、閲覧、検索、グラフ化、分析など、一般的
な多くのタスクがより高速に実行されます。
ローカル データベースの作成は 2 つのステップで行われます。
1. データセットを CFXML ファイルとしてエクスポートする。
2. エクスポートしたファイルを ChemFinder にインポートする。インポートしたファイルは CFX ファイルとし
て保存されます。その後、必要なときにいつでもこれを使うことができます。
データセットのエクスポート
データセットをエクスポートするには、次の操作を行ってください。
1. クエリを実行してデータセットを作成します。
2. File、Export、CFXML の順に選択します。Data Export ウィンドウが表示されます。
3. エクスポートするデータセットに適用するオプションを選択します。
Data Export ダイアログ ボックスで新しいデータベースのパスとファイル名を選択します。File を使用し
てファイルの場所を参照してください。
ダイアログ ボックスの下半分にデータ フィールドが表示されます。既定値では、すべてのデータ フィール
ドが選択されており、それらのフィールドがエクスポートされるデータベースに取り込まれます。必要ない
フィールドについては、チェック ボックスをオフにして選択を解除します。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
フィールドの名前が Access データベースの命名規則に準拠しているかを確認します (必要ならダブルク
リックしてフィールド名を編集します)。
Text Options タブで、区切り記号やその他のオプション (サブフォームのデータ、空のレコード、ヘッダー
など) を選択します。構造式を CDX 形式と CDXML 形式のどちらで保存するかも選択できます。
4. 選択した後、Export をクリックします。
cfxml ファイルのインポート
CFXML 形式で保存したデータセットは、ChemFinder に戻して MDB ファイルとして保存する必要があります。
メモ: フィールドの名前/型の定義が重複するのを避けるため、マスタ データベースを閉じてから空白の
フォームをインポートして開いてください。
1. 空白のフォームで File、Import、CFXML の順に選択し、ファイルを開きます。Data Import ダイアログ
ボックスが表示されます。
2. インポートするフィールドを選択/選択解除し、ファイルに適用するオプションを選択します。
3. オプションを選択した後、Import をクリックします。データセットが Access データベースにインポートさ
れます。
Excel スプレッドシートへのエクスポート
複数のサブフォームを持っている BioSAR フォームを Excel スプレッドシートにエクスポートするときは、すべ
てのサブフォームが正しくエクスポートされるように注意してください。通常のエクスポート プログラムは
フィールド名のみを取り扱いますが、BioSAR サブフォームでは異なるアッセイ テーブルが同じフィールド セッ
トを持つことがあるからです。これらがエクスポート時に衝突すると、データが正しく出力されません。
これを避けるために、ChemFinder では Data Export ダイアログ ボックスの Text Options タブに Prefix
output fieldnames というオプションがあります。このチェック ボックスをオンにすると、出力名と入力名が対
になり、サブフォームのフィールド用に接頭辞が付けられます。
パフォーマンス最適化のヒント
大規模なデータベースや複数のフォームを操作するときは、効率的に作業をしたいと思います。大量のデータを操
作しても ChemFinder の処理能力が低下しないようにするには、いくつかの方法があります。
ドメインにリンクされたフォームを使用する
ドメインを使用すると、データベース全体を操作するときよりも大幅に処理速度が向上します。クエリの実行後に
Retrieve All を選択すると、ドメインのみが完全なデータベースとして取得されます。一般にドメインはデータ
ベース本体よりもずっと小規模なため、クエリや Restore コマンドが高速で実行されます。
第二の利点は、ドメインは "不揮発" であるということです。つまり、明示的に削除するまでそのビューがサー
バーに保持されます。大規模なデータベースの特定のサブセットをいつも使う場合には、ドメインを作成すれば、
最初に決まって実行されるクエリやローカル データベースが不要になります。フォームを保存するだけでドメイ
ンの情報が保存されるからです。次にフォームを開いたときには、ドメインだけが見えます。
第三の利点は、作成時のソート順序が保持されることです。ソートは大変時間のかかる処理です。ドメインを使用
すれば、1 回のソートで希望するソート順序が保存されます。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
ドメインの作成方法などの詳細については、208 ページの "クエリ リストの保存"を参照してください。
1 つのタブの子テーブル数をできるだけ少なくする
サブフォームが画面に表示されると、ChemFinder はサーバーからのデータを自動的に更新します。1 つのタブに
大量のサブフォームがある場合、ChemFinder はそれらを一度にまとめて更新する必要があり、処理速度が低下し
ます。そのため、たまにしか表示しないサブフォームは、他のタブに移動することをお勧めします。そうすれば、
そのタブがアクティブになるまで更新されません。
使用していないグラフを削除する
表示状態のグラフは多少なりとも CPU を消費します。また、グラフのウィンドウを閉じてもメモリから削除され
るわけではありません。生成したグラフが必要なくなった場合は、View、BioViz Plots、Remove の順に選択して
グラフを削除し、その後フォームを保存してください。
第 15 章: BioSAR
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ChemFinder 15.0
ChemFinder のカスタマイズ
ChemFinder は必要に応じてカスタマイズできます。カスタマイズできる項目は、次のとおりです。
分子、フォント、画像、フォームなどの表示方法を指定します。
お気に入りツリーをカスタマイズします。
各ツールバーのデザインを指定します。
ChemFinder 自動化言語 (CAL) を使って、Microsoft Excel との連携動作などを自動化します。
標準値の設定
Preferences ダイアログ ボックスでは、分子、画像、フォームの表示方法をカスタマイズできます。また、検索
方法やエクスポートに関する各種オプションも設定できます。
Preferences ダイアログ ボックスを使う手順は次のとおりです。
1. 設定する標準値が含まれているタブをクリックします。
2. 各標準値を適切に設定し、OK をクリックします。
表示オプション
表示オプションを設定するには、次の操作を行ってください。
File メニューの Preferences... コマンドをクリックします。
Preferences ダイアログ ボックスが表示され、Display タブが最前面に表示されます。
構造式の表示
メチル基、脂肪族内、または芳香族の鎖にある炭素原子を表示するには、Carbon labels セクションで関連す
るボックスをチェックします。
ヘテロ原子または終端の炭素の部分にある水素を表示するには、次の操作を行ってください。
Hydrogen Labels セクションの Fill valence オプションを選択します。
Hydrogen Labels セクションの No H atoms を選択します。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
メモ: No implicit を選択すると暗黙的な水素は表示されません。
キーボード ショートカットの使用
フォームの使用中に、ショートカットキーを使って原子対原子のマップ、反応中心、原子番号、結合番号などの表
示／非表示を切り替えることができます。
ショートカットキーを使用するには、次の操作を行ってください。
Preferences ダイアログ ボックスの Display タブの Enable keyboard shortcuts チェック ボックスをオン
にします。
キーボード ショートカットが有効になると、次のキーでプロパティを切り替えることができます。
A: 原子番号の表示/非表示
B: 結合番号の表示/非表示
M: 原子対原子のマップの表示/非表示
R: 反応中心の表示/非表示
S: 立体化学構造の表示/非表示
構造式の拡大
各構造式がデータ ボックスいっぱいに表示されるように設定するには、次の操作を行ってください。
Display タブの Structure Scaling セクションで、Fit to box ラジオ ボタンをクリックします。
すべての構造式の結合を同じ長さで表示するには、次の操作を行ってください。
1. Display タブの Structure Scaling セクションの Uniform bond length ラジオ ボタンをクリックしま
す。
2. 結合の長さの割合を選択します。
Uniform bond length を選択した場合に、構造式のサイズが大きすぎてデータ ボックスに表示できなければ
構造式は縮小されますが、拡大されることはありません。
画像の表示枠
フォームに表示する画像の周囲を境界線で囲むかどうかを指定するには、次の操作を行ってください。
Display タブの Pictures セクションの Framed ラジオ ボタンを選択します。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
グリッドの間隔
フォーム上に表示するグリッドの間隔を指定するには、次の操作を行ってください。
Display タブの Grid Spacing セクションで数値を入力するか、上向き矢印または下向き矢印を押して現在の
値を 1 単位ずつ変更します。
グリッドの間隔を小さくすると、細かいマトリクスに合わせて描画できるので、より正確にオブジェクトを配置で
きます。
色の設定
色のオプションを設定するには、次の操作を行ってください。
Preferences ダイアログ ボックスの Color タブをクリックします。
Color タブでは、ユーザー インターフェイスの各種要素の色を指定できます。
色を設定するには、次の操作を行ってください。
1. 変更するインターフェイスの要素に対応するボタンをクリックします。Color ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. 新しい色を選択します。
3. OK をクリックします。
Tip: 原子の色が見づらくなるので赤の強調表示を好まない人がいます。Preferences ダイアログ ボックスの
Color タブで強調表示色を変更することができます。"黒" を選択すると強調表示は実質的にキャンセルされ、
原子が本来の色で表示されます。
構造式クエリ検索
Search Type、Search Details、Tuning は、検索するヒットの種類を指定するクエリを定義するために使いま
す。これらの設定については、クエリに関する章の 108 ページの "検索タイプ"、121 ページの "詳細検索オプ
ションの設定"、123 ページの "調整" の説明を参照してください。
一般オプション
一般オプションでは次の項目を設定できます。
最近使ったファイルのリストのサイズ
起動時の既定値
フレームのスタイル
クエリ保存時の既定値
一般オプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Preferences を選択します。Preferences ダイアログ ボックスが表示されます。
2. General タブをクリックします。General タブが表示されます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
図 16.1: 一般オプションの設定
構造式登録オプション
ChemFinder で、標準的な原子価を持たない原子を含む構造式を入力したときに警告を表示するように設定するに
は、次の操作を行ってください。
Registration セクションの Check valences チェック ボックスをオンにします。
ChemFinder で、データベース内のデータを修正するときに確認メッセージが表示されるように設定するには、次
の操作を行ってください。
Registration セクションの Ask to commit changes チェック ボックスをオンにします。
ChemFinder の起動オプション
ChemFinder の起動時に ChemFinder Opening ダイアログ ボックスを開くように設定することも、最後に使用し
たフォームを開くように設定することもできます。
起動時に ChemFinder で表示する内容についてのオプションを設定するには、次の操作を行ってください。
1. General タブでの操作:
目的
操作
起動時に opening
Show startup
dialog チェック
ダイアログ ボック
スを開く。
起動時に前回使用
ボックスをオンに
する。
したフォームを開
Reopen last form
チェック ボックス
く。
をオンにする。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
目的
操作
既定値のスクリプ
Check for
external scripts
チェック ボックス
トを使用する。
をオンにする。
Explorer ウィン
Explorer tab: ド
ドウの手前に表示
ロップダウン メ
するウィンドウを
ニューから項目を
変更する。a
選択する。
Frame style: ド
別のテーマを選択
ロップダウン メ
する。
ニューから項目を
選択する。
2. OK をクリックします。
最近使ったファイルのリスト サイズの設定
ChemFinder に表示される、最近使ったファイルの数を設定できます。
最近使ったファイルのリスト サイズを設定するには、次の操作を行ってください。
General タブの Recent file list size: オプションで、数値 (0 ～ 16) を入力するか、上向き矢印または
下向き矢印を押して現在の値を 1 単位ずつ変更します。
View メニューによるオプションの変更
View メニューから Atom Numbers、Reaction Centers、Stereochemistry、Atom Maps in reactions など、
いくつかの構造式表示オプションを設定することができます。
反応中心を表示するには、次の操作を行ってください。
View、Structure、Reaction Centers の順にクリックします。
aExplorer ウィンドウは、Pro および Ultra バージョンで使用可能ですが、Standard バージョンでは使用でき
ません。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
図 16.2: 反応中心の表示
反応の中心を表示すると、反応過程で変化するすべての結合が色付きで表示されます。さらに、反応中心に含
まれる原子のうち、結合が反応中心に含まれないものは、円で囲んで表示されます。
図 16.3: 反応中心の視覚化
原子対原子のマッピングを表示するには、次の操作を行ってください。
View、Structure、Atom-to-Atom Map の順にクリックします。
原子対原子のマッピングを表示すると、反応物と生成物の間で互いに対応する原子が同じ色で表示されます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
図 16.4: 原子対原子のマッピング
この 2 つのオプションは、反応を表示する時のみ適用されます。これらのチェック ボックスがオフの場合
は、反応中心に含まれる原子や反応物と生成物の間で互いに対応する原子があっても、他の原子や結合と同じ
ように表示されます。
お気に入りツリー
お気に入りツリーは、ユーザーが作成したファイル システム オブジェクトを集めたものです。フォルダ、サブ
フォルダ、ChemFinder フォーム、構造式ファイル、およびあらゆる種類の文書をこの中に含めることができま
す。定期的に使用するデータや文書を集め、整理して利用しやすくすることを目的としています。
図 16.5: お気に入りツリー
お気に入りツリーの項目は、ChemFinder 内からダブルクリックして開くことができます。
ファイルの種類
ダブルクリック
後の動作
ChemFinder フォーム
開く
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
ファイルの種類
ダブルクリック
後の動作
ChemFinder スクリプト
実行される
SD または RDFile
ロードされる
ChemFinder クエリ
復元される
ソース アプリ
その他の種類の文書
ケーションで開
く
お気に入りツリーに情報を追加するには、次の 2 つの方法があります。
1 つまたは複数のファイルを Windows エクスプローラからお気に入りのウィンドウにドラッグします。
コンテキスト メニューを使用します。
お気に入りツリーに新しいフォルダを作成するには、次の操作を行ってください。
1. 「親」フォルダをポイントします(新しいフォルダはこのフォルダのサブフォルダになります)。
2. 右クリックし、コンテキスト メニューの New Folder コマンドをクリックします。
3. フォルダの新しい名前を入力します。
フォルダに項目を追加するには、次の操作を行ってください。
1. フォルダをポイントします。
2. 右クリックし、コンテキスト メニューの New Item... コマンドをクリックします。File ダイアログ ボック
スが表示されます。
3. 追加するファイルを参照し、Open をクリックします。フォルダに項目が追加されます。
ツリーの項目またはフォルダを並べ替えるには、項目を新しい位置にドラッグします。
フォルダまたはサブフォルダをアルファベット順に並べ替えるには、フォルダを右クリックし、コンテキスト メ
ニューの Sort Folder をクリックします。
ツールバー
ChemFinder では、ユーザーのニーズに応じてツールバーの表示形式を変更できます。ボタンをドラッグしてツー
ルバーに入れたり出したりすることにより、ツ－ルバーをカスタマイズできます。
Customize ダイアログ ボックスを開くには、次の操作を行ってください。
View、Toolbars、Customize の順にクリックします。Customize ダイアログ ボックスが表示されます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
図 16.6: ツールバーのカスタマイズ
既に ChemFinder ウィンドウに登録されているツールバーにオプションを追加するには、次の操作を行ってくださ
い。
1. Customize ダイアログ ボックスの Commands タブをクリックします。
2. 希望するコマンドを見つけ、オプションを Commands ウィンドウから ChemFinder ウィンドウのツールバーま
でドラッグします。ツールバー上のドロップした位置に、オプションが表示されます。
ボタンを削除するには、ツールバーからドラッグして外します。
ツールバーを既定の設定に戻すには、次の操作を行ってください。
1. Customize ダイアログ ボックスの Toolbars タブをクリックします。Toolbars タブが表示され、現在
ChemFinder ウィンドウに表示されているツールバーがすべて表示されます。
図 16.7:
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
2. 既定の設定に戻すツールバーをクリックして、Reset をクリックします。ChemFinder ウィンドウのツール
バーが、既定の設定に変わります。
すべてのツールバーを既定の設定に戻すには、次の操作を行ってください。
1. Customize ダイアログ ボックスの Toolbars タブをクリックします。Toolbars タブが表示され、現在
ChemFinder ウィンドウに表示されているツールバーがすべて表示されます。
2. Reset All をクリックします。
周期表
ChemFinder には、データの表示や分子式の入力に使用する周期表があります。周期表の各元素をクリックする
と、物理データや化学の歴史に関するデータが表示されます。
Periodic Table ウィンドウを表示するには、次の操作を行ってください。
1. View メニューの Periodic Table を選択します。
図 16.8:
2. 各元素をクリックします。一番上のボックスに元素名、質量、その他の属性、一番下の編集ボックスに元素記号
が表示されます。
元素と数値を順にクリックして、一番下の編集可能なテキスト ボックスに分子式を作成できます。ここで作成し
た分子式をフォームに貼り付けて、分子式のクエリに使用することもできます。
周期表からフォームに分子式をコピーするには、次の操作を行ってください。
1. カーソルが編集可能なテキスト ボックスに置かれていることを確認します。
2. Shift キーとキーボードの左矢印キーを使用して、コピーするテキストを選択します。編集可能なテキスト
ボックスに表示されているテキストをすべてコピーする場合は、Ctrl + A キーを押します。
3. Ctrl + C キーを押します。
4. Periodic Table ウィンドウで OK をクリックして閉じます。
5. フォーム内で、テキストを貼り付ける分子式ボックスをクリックし、Ctrl + V キーを押します。
選択中の元素に関する物理データを Element Editor に表示するには、次のいずれかの操作を行ってください。
目的の元素を表示し、Periodic Table ウィンドウの上部にある表示ボックスをクリックします。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
目的の元素のボタンをダブルクリックします。
図 16.9:
Element Editor には、選択中の元素の属性が表示されます。各元素には特定の色を指定することができ、周期表
でも構造式データ ボックスでも、元素は指定した色で表示されます。
元素の色を変更するには、次の操作を行ってください。
1. Color ボタンをクリックします。
2. Color ダイアログ ボックスから色を選択し、OK をクリックします。
3. Element Editor の OK をクリックします。
元素の色を既定値に戻すには、Element Editor の Revert to Default をクリックします。
メモ: 周期表のデータは、CS_Isotopes_Table.txt という名前のタブ区切り ASCII ファイルとして、
ChemFinder 15.0 のシステム ディレクトリに保存されます。既定のデータ値を変更する場合は、テキスト エ
ディタや表計算のアプリケーションで編集することができます。
ActiveX コントロールの埋め込み
ウィンドウ用のほとんどの ActiveX コントロールをフォームに埋め込むことができます。スタンドアロンのコン
トロールは、埋め込み後すぐに使うことができます。コントロールにプログラミングが必要な場合や、コントロー
ルで ChemFinder データを管理する場合は、Python スクリプトでコントロールの動作をカスタマイズする必要が
あります。
コントロールを埋め込むには、次の操作を行ってください。
1. Form ツールバーの Control box ツールを選択します。
2. フォーム上でドラッグして長方形を描きます。Insert Control ダイアログ ボックスが表示されます。
3. リストからコントロールを選択します。コントロール ボックス内にコントロールが表示されます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
図 16.10: スプレッドシートをフォームに追加する
メモ: リスト中のすべてのコントロールがコントロール ボックスでの使用に適しているわけではありませんが、そ
の場合は、適宜エラー メッセージが表示されます。
コントロールのカスタマイズ
フォームに Python スクリプトを追加して所定のタイミングでカスタム アクションが実行されるようにすること
で、埋め込みコントロールの動作をカスタマイズすることができます。コントロールに Automation インター
フェイスを使用してアクセスするには、対応する Box オブジェクトの Control 属性を使用します。Box オブ
ジェクトは、Document オブジェクトの Boxes コレクションから取得します。
Automation インターフェイスを使うための情報については、PerkinElmer Informatics のサポート窓口までお
問い合わせください。
スクリプティング
CAL
ChemFinder には、ChemFinder Automation Language (CAL) と呼ばれる独自のスクリプト言語が搭載されてい
ます。CAL を使用すると、キーボードからアプリケーションを操作したり、フォーム間の切り替えや Microsoft
Excel へのデータ送信などの簡単な操作を自動化するための独自のスクリプトを作成したりできます。
CAL スクリプトはテキスト ファイルに保存され、パス名はフォームに保存されます。ChemFinder には、フォー
ム ファイルにスクリプトを直接保存するオプションがあります。ChemFinder で作成されたスクリプトは、既定
では内部保存されます。外部のスクリプト ファイルを参照するフォームを開くと、スクリプトを内部保存するか
どうか尋ねられます。
外部スクリプト ファイルを内部スクリプト ファイルに変換することを選択した場合、フォームを保存したときに
スクリプトも保存され、オリジナルのスクリプト ファイルは削除されることがあります。元々内部スクリプト
ファイルとして保存していたファイルを外部ファイルに保存することもできます。
Tip: フォームに別の名前を付けて保存すると、オリジナルはそのまま残ります (その場合はスクリプト ファ
イルを削除しないことをお勧めします)。
フォームを変更しないままを選択すると、フォームを開くたびに警告が表示されます。
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ChemFinder 15.0
プロンプトが表示されないようにするには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Preferences... を選択します。
2. General タブをクリックします。
3. Check for external scripts チェック ボックスをオフにし、OK をクリックします。
CAL コマンドを実行するには、次の操作を行ってください。
1. Scripts メニューの Command Line を選択します。Enter CAL Command ダイアログ ボックスが表示されま
す。
2. CAL コマンドを 1 つ入力します。Help をクリックすると、CAL Scripting Help が表示されます。
3. Execute をクリックしてコマンドを実行します。引き続きコマンドを 1 つずつ入力することができます。
4. コマンドの実行が完了したら、Done をクリックします。
Command ドロップダウン リストに、前に入力したコマンドが表示されます。
前に入力したコマンドに戻るには、次の操作を行ってください。
1. リストから目的のコマンドを選択します。
2. Execute をクリックします。
コマンド言語の詳細については、259 ページの "CAL コマンド"を参照してください。
CAL ヘルプの表示
CAL スクリプト言語についての情報を表示するには、次の操作を行ってください。
Enter CAL Command ダイアログ ボックスで、Help をクリックします。CAL Scripting Help ウィンドウにコ
マンド、変数、構文記述が表示されます。
図 16.11: CAL ヘルプ ウィンドウ
Tip: ChemFinder では、このウィンドウのサイズを変更できます。
スクリプトの作成
スクリプトを作成するには、次の操作を行ってください。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
1. フォームにボタンを作成します。
2. ボタンにラベルを付けます。
3. 右クリックし、コンテキスト メニューの Edit Script をクリックします。CAL エディタが開きます。
図 16.12: ChemFinder スクリプト エディタ
4. スクリプト コマンドを入力するか、Import ボタンを使用して既存のスクリプトをインポートします。
5. OK をクリックして、新しいファイルを作成します。
Tip: メモ帳やテキスト エディタを使用してスクリプトを作成することも可能です。スクリプトの名前を
Scripts メニューに表示するには、ファイルに .cfs 拡張子を付けて、C:\Documents and Settings\All
Users\Application Data\CambridgeSoft\ChemOffice 2015\ChemFinder\System (windows) に保存しま
す。
CAL エディタはシンプルでサイズ変更が可能なテキスト入力ウィンドウです。改行やタブも使用できます。コピー
/貼り付けするには、Ctrl + C/Ctrl + V を使用します。(前回の作業を) 元に戻したり、やり直すには、Ctrl +
Z を使用します。
Verify ボタンを使うと、CAL コマンド パーサーからスクリプトが実行されます。パーサーでは認識できるキー
ワードから始まる行だけがチェックされるので、スクリプトを解析してエラーがなくても、スクリプトが正しく実
行されるわけではありません。
Properties ボタンを使うと、スクリプトを外部ファイルに保存するか内部に保存するかを指定し、ファイル パ
スまたはスクリプト名を指定することのできるダイアログ ボックスが表示されます。スクリプトには任意の名前
を付けることができますが、現在のフォームのスクリプトの中で一意の名前を付けてください。
OK ボタンをクリックするとスクリプトが保存されます。Run ボタンをクリックすると、スクリプトが保存されて
実行されます。
ボタンに割り当てられていないスクリプトを実行するには、次の操作を行ってください。
Scripts メニューから、実行するスクリプトを選びます。
メモ: メニューに表示されていないスクリプトを実行するには、コマンド ラインに「Call <スクリプト ファ
イル名>」と入力します。
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ChemFinder 15.0
スクリプトのデバッグ
スクリプトのデバッグは 1 行ずつ行うことができます。
スクリプトを 1 行ずつ表示するには、次の操作を行ってください。
1. Scripts メニューの Command Line をクリックします。Enter CAL Command ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. 「Step on」と入力し、Execute をクリックします。これでステップ モードがオンになり、各ステップが表示
されます。
3. 次のいずれかの操作を行って、CAL スクリプトを実行します。
条件
操作
スクリプトが
Scripts メニュー
目的のスクリプトを
に表示されている
選びます。
場合
この場合は、Enter
スクリプトが
Scripts メニュー
に表示されていな
い場合
Script Command ダ
イアログ ボックス
で「call」の後にス
クリプトの名前を入
力し、Execute をク
リックします。
4. Esc キーを除く任意のキーを押してコマンドを実行し、次のコマンドに移ります。コマンドの各ステップがス
テータス行に表示されます。
5. Esc キーを押してスクリプトのデバッグを終了します。
6. Enter Script Command ダイアログ ボックスで「step off」と入力し、デバッグ モードを終了します。
トリガ スクリプト
トリガ スクリプトは、特定の事前定義イベントに応答して実行されます。たとえばトリガ スクリプトでは、新し
いレコードに移動するたびに、別のボックスの内容からデータを計算して自動的にボックスをロードすることがで
きます。
トリガ スクリプトは、Properties ダイアログ ボックスの Form タブの Run script on: リスト ボックスから
アクセスできます。リスト ボックスには使用可能なトリガ イベントが表示され、各イベントのスクリプトを作
成、編集、有効化、無効化することができます。
イベント発生時にスクリプトを実行するには、次の操作を行います。
1. フォームを右クリックし、コンテキスト メニューの Properties... コマンドをクリックします。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
2. Form タブをクリックします。
3. Run script on: リスト ボックスの目的のイベントのチェック ボックスをオンにします。イベントにチェッ
クが付いていなければ、スクリプトが提供されていてもそのイベントが発生したときにスクリプトは実行されま
せん。
4. イベント名をクリックしてリスト ボックスの行を強調表示します(チェック ボックスをクリックしても行は選
択されません)。
5. Edit をクリックして、CAL エディタでスクリプトを作成または編集します。
6. OK をクリックしてフォームに戻ります。スクリプトは指定のイベントが起きたときに自動的に実行されます。
7. Box Properties ダイアログ ボックスで OK をクリックします。
8. 変更を保存する場合はフォームを保存します。
Python™
ChemFinder には Python インタプリタが組み込まれています。言語コンポーネント自体は ChemFinder の外部
に存在しますが、内部から利用でき、内部に組み込まれているように見えます。Microsoft Word や Excel で、
Visual Basic を使用して複雑なマクロを開発する場合と同様に、ChemFinder 内部で Python を使用して、スク
リプトを開発することができます。
Output ウィンドウを使用することで、ChemFinder 内で Python を容易に扱えます。CAL と Python のどちら
でもスクリプト エディタが使用されます。既定の設定では Python に対応します。
Python について
Python は、アプリケーション、コントロール、DLL、コマンド ライン ユーティリティなどを開発するためのフ
ル機能のクロス プラットフォーム プログラミング言語です。この言語はオープン ソースであり、大規模な開発
者コミュニティが維持しサポートしています。
Python は ChemFinder において、CAL と同じように利用できます。どちらもスクリプトによって次のことを実現
できます。
スクリプトをサブフォーム テーブル内のボタン、フォーム トリガー イベント、またはハイパーリンクに接続
し、そこから起動する。
スクリプトをコマンド モードで 1 行ずつ作成して実行する。
スクリプトから ChemFinder フォーム上のボックス内のデータに直接アクセスする。
スクリプトを外部ファイルに保存する。またはフォーム内部に保存する。
しかし、Python は多くの点で CAL よりもずっと優れています。
Python は完全なプログラミング言語であり、単なるコマンドの集合ではありません。システム関数の呼び出
し、データベース アクセス、OLE オートメーション、ファイル入出力、実行制御、データ構造、オブジェクト
指向、構造化プログラミングなど、最新の言語機能をフル装備しています。
Python プログラムの開発は、ChemFinder スクリプト エディタ内で対話的に行うことができます。これは
IDLE や PythonWin とよく似た開発環境です。この環境のおかげでプログラムを作成しながら 1 行ずつ実行で
きるため、開発とデバッグが容易になります。
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ChemFinder 15.0
ChemFinder のフォーム ボックスでも使用できる ActiveX コントロールを、Python スクリプトから操作する
こともできます。
Python は OLE オートメーション経由で ChemFinder と通信することで、文書、レコード セット、データ、
フォーム ボックス、構造式、CAL コマンドにアクセスできます。
ChemFinder の Python は、CambridgeSoft の提供する化学構造式処理言語である ChemScript ® と統合され
ています。ChemScript は Python を拡張したものであり、分子、反応、モデルなどの詳細な分析や操作を行う
ことができます。
スクリプトの作成
ChemFinder フォームは、スクリプト (CAL と Python の両方) のコレクションを持つことができます。各スク
リプトは、その実行形態に応じて 3 つの方法のいずれかでフォームに接続されます。スクリプトを作成するとき
は、最初にスクリプトをどのように呼び出すか決めます。
ボタンで起動されるスクリプトを作成するには、次の操作を行ってください。
1. フォームにボタンを作成します。
2. ボタンを右クリックし、コンテキスト メニューの Edit script をクリックします。スクリプト エディタの
ウィンドウが開き、スクリプトを入力できます。
3. スクリプトが完成したら OK をクリックします。ボタンをクリックすると、スクリプトが実行されます。
Tip: ボタンを使用するにはレイアウト モードを解除する必要があります。
トリガ イベントに接続されたスクリプトを作成するには、次の操作を行ってください。
1. Box Properties ダイアログ ボックスを開き、Form タブをクリックします。
2. Run script on: ボックスで、イベントの横にあるチェック ボックスをクリックしてイベントを選択します。
3. Edit をクリックします。スクリプト エディタのウィンドウが開き、スクリプトを入力できます。
4. スクリプトが完成したら OK をクリックします。イベントが発生すると、スクリプトが実行されます。
サブフォーム テーブルにリンクされたスクリプトを作成するには、次の操作を行ってください。
1. サブフォーム名を右クリックして Subform Properties ダイアログ ボックスを開きます。
2. Table script: テキスト ボックスに名前を入力し、Edit をクリックします。スクリプト エディタのウィン
ドウが開き、スクリプトを入力できます。
3. スクリプトが完成したら OK をクリックします。サブフォームの内容はハイパーリンク スタイル (青、下線付
き) で表示されます。リンクをクリックすると、スクリプトが実行されます。
スクリプト エディタ
すべてのスクリプト (CAL と Python の両方) に同じスクリプト エディタが対応します。編集対象のスクリプト
に合わせてエディタの内容が変化します。以前のバージョンの CAL エディタでは、スクリプトごとにウィンドウ
が独立していました。新しいスクリプト エディタはモードレスです。つまり、操作対象を ChemFinder に切り替
えても、スクリプト エディタは画面から消えません。スクリプト エディタを閉じるには、OK または Cancel を
クリックします。
このエディタには次の 3 つのモードがあります。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
CAL —CAL スクリプト開発モード。Verify ボタンで構文をチェックし、Run でスクリプトをテストします。
メモ: CAL を対話的に操作するときはスクリプト エディタを使わないでください。Scripts メニューの Command
Line をクリックして表示されるコマンド ボックスを使います。
Python —Python スクリプト編集モード。CAL モードと同様、スクリプトの表示と編集のほか、Run をクリッ
クしてテストすることができます。このモードに切り替えると、プロンプトが消えます。
Python Interactive —Python スクリプトの対話開発モード。このモードでは、Python コマンドを入力して
1 つずつ実行したり、Run をクリックしてスクリプトをテストしたりすることができます。
スクリプト エディタのボタンは次のとおりです。
Verify —CAL スクリプトに構文エラーがないか確認します。このボタンは Python には適用されません。
Run —スクリプトを実行します。テスト用です。
Import... —テキスト ファイルから新しいスクリプトを読み込みます。
Properties... —2 つのオプションを持つダイアログ ボックスを開きます。1 つはスクリプトを
(ChemFinder フォームに) 内部的に保存するオプションで、もう 1 つはスクリプトを外部テキスト ファイル
として保存するオプションです。
Help —CAL Help ウィンドウまたは Python マニュアルを開きます。
対話モード
Python の対話モードは、IDLE や PythonWin などの標準的な Python 環境を手本にしています。このモードの
特徴は次のとおりです。
「cfhelp」と入力すると、ChemFinder 特有のプログラミングに関するヒントやサンプルのページが表示されま
す。
改行すると、その都度ウィンドウに Python プロンプト (>>>) が表示されます。プロンプトの後ろに Python
のコマンドを入力し、Enter キーを押します。コマンドが直ちに実行され、次の行に新しいプロンプトが表示さ
れます。
ウィンドウで初めてコマンドを実行するときは、Python の初期化に多少時間がかかります。まだ表示されてい
なければ、Output ウィンドウが開き、ChemFinder ヘッダーとコマンドの出力が表示されます。
入力行をコロン (:) で止めたときは、複行ステートメントの開始と見なされます。Enter キーを押すと、次の
行はインデントされ、先頭に継続プロンプト (...) が表示されます。ステートメントは Enter キーを続けて
2 回押すまで実行されません。すなわち、複行ステートメントを止めるには空白行が必要です。
今入力した以外のコマンドを実行することもできます。カーソルを適当な行に合わせ、Enter キーを押します。
カーソルの下のコマンドが実行されます。その行が複行ステートメントの一部なら、ステートメント全体が実行
されます。その後、新しいプロンプトは表示されず、カーソルは移動しません (ただし、カーソルが行の最後に
あった場合は、新しい行が挿入され、そこに移動します)。
テキストをウィンドウにコピーしても自動的に実行されません。貼り付けたコードは、各行にカーソルを合わせ
て Enter キーを押すことにより、1 行ずつ実行できます。
対話モードから標準の Python モードに切り替えると、すべてのプロンプトが消えて、テキストが左にシフト
されます。これで行単位の実行は無効となり、テキストを自由に編集できます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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Output ウィンドウ
Output ウィンドウはスクリプトの出力を表示するドッキング可能なウィンドウです。必要になったとき初めて自
動的に表示されます。ウィンドウ内のテキストは編集可能ではありませんが、Windows のクリップボード経由で他
のアプリケーションに貼り付けることができます。すべて選択 (Ctrl + A キー) やコピー (Ctrl + C キー) な
どの、標準的なショートカット キーが使えます。
CAL スクリプトからウィンドウに文字を出力するには、OUTPUT_STR コマンドを使用します。
OUTPUT_STR string または phrase
これで string または phrase がウィンドウにエコーされ、その後に 1 つのキャリッジ リターンが出力されま
す。文字列を引用符で囲まないでください。
この文字列は CAL トランスレータでスペーシングや内部的な引用のために変更されることがあります。この変換
を禁止し、文字列をそのまま維持するには、先頭に \ を付けます。
OUTPUT_STR–use this as written
Python スクリプトの出力も同じ機構を使います。
テキストをコピーする、または Output ウィンドウをクリアするには、次の操作を行ってください。
ウィンドウ内の任意の場所を右クリックし、コンテキスト メニューから目的のコマンドを選びます。
Python でのプログラミング
Python でのプログラミングは、Pro バージョンと Ultra バージョンでは実行可能ですが、Standard バージョ
ンでは実行できません。
このマニュアルでは、Python 言語については説明しません。Python の詳細については、Python に関する書籍や
インターネット リソース、ならびに Python Help ファイルを参照してください。このセクションでは、
ChemFinder に適用するための、特定のプログラミングに関するトピックについて説明します。
Python は、ChemFinder OLE オートメーション インターフェイスを介してデータを処理します。このインター
フェイスは、アプリケーション、ドキュメント (フォーム)、レコードセット、フィールド、ボックスなど、
ChemFinder で処理するオブジェクトのライブラリに外部からアクセスする手段を提供します。このインターフェ
イスについての解説は、ChemFinder SDK サイトでお読みいただけます。しかし、オブジェクト ブラウザを使用
して現在のフォーム内のライブラリを参照した方が簡単でしょう。
説明のため、サンプル Python スクリプトを開発してみましょう。フォームを開き、検索を実行し、ヒット リス
トを取得するものと仮定します。一群のレコードが一定の書式でまとめられ、特定のデータ項目が示されたレポー
トを生成します。
次に示すスクリプトを使ってこの作業を行うことができます。試しに実行してみたいときは、このスクリプトをコ
ピーしてスクリプト エディタに貼り付けてください。これをテンプレートとして利用してもよいでしょう。
# ChemFinder Python script 'Generate Report'
# Created Wednesday, November 01, 2006, 10:55 AM
# Loop records printing name and formula
from win32com.client import GetActiveObject
cfapp = GetActiveObject("ChemFinder13.Application")
cfdoc = cfapp.ActiveDocument
cfrset = cfdoc.Recordset
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
namefield = cfdoc.Fields("molname")
fmlafield = cfdoc.Fields("formula")
recno = 1
cfrset.MoveFirst()
while (not cfrset.EOF):
molname = cfrset.Value(namefield.index)
formula = cfrset.Value(fmlafield.index)
print 'Rec',str(recno),':Name =',molname,'; Formula =',formula
cfrset.MoveNext()
recno = recno + 1
namefield = 0
fmlafield = 0
cfrset = 0
cfdoc = 0
cfapp = 0
注釈
行 1 ～ 2: # で始まるコメントは無視されます。新規のスクリプトを作成すると、ChemFinder によってこの
ような行が生成されます。
行 3: スクリプトの目的を示すために独自のコメントを追加するとよいでしょう。
行 4: Import ステートメントは、外部の Python モジュールのコードを宣言して実行するために使われます。
ここでは、Win32 拡張ライブラリ (win32com.client) 内のあるモジュールの特定のルーチン
(GetActiveObject) を使うことを宣言しています。
行 5 ～ 7: 現在実行中の ChemFinder アプリケーション オブジェクト (スクリプトの起動元のフォーム)
を、そのアクティブなドキュメントおよびレコードセットと共に取得します。それらに変数名を割り当てます。
行 8 ～ 9: レポートに出力するフィールドを特定し、対応するフィールド オブジェクトをドキュメントから
取得します。
行 10 ～ 11: レコードのループを準備します。MoveFirst を呼び出すことで、リスト全体をループすることが
保証されます。これを省くかコメントにすると、ループは現在のレコードから開始されます。
行 12: ループを開始します。最後のレコードを越えて EOF に達すると、ループは終了します。行末のコロン
は、複行ステートメントの最初の行であることを意味します。
行 13 ～ 14: レコードの Value メソッドを用いてデータを取得します。
行 15: レコード データを整形して出力します。この例では、1 つの行を Output ウィンドウに書き出してい
ます。
行 16 ～ 17: 次のレコードに進みます。
行 18 ～ 22: スクリプト内で生成したオブジェクトは、終了前に解放する必要があります。そうしないと、後
で ChemFinder を終了できないことがあります。ゼロを設定すれば、オブジェクトは解放されます。
Rec
Rec
Rec
Rec
1
2
3
4
:
:
:
:
Name
Name
Name
Name
=
=
=
=
Bromobenzene ; Formula = C6H5Br
3-Bromobenzoic acid ; Formula = C7H5BrO2
6,6'-Dibromoindigo ; Formula = C16H8Br2N2O2
3-Bromophenol ; Formula = C6H5BrO
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
注意事項
サブフォームは CF オートメーション インターフェイスでサポートされていません。サブフォームのデータを
操作する必要がある場合は、当面 CAL を使用してください。
Python スクリプトの実行は現在のところ中断できません。上記のスクリプトを大きなヒット リストに対して実
行するときは注意してください。いったん実行が開始されると、処理が終了するか、タスク マネージャで
ChemFinder を強制的に終了するまで止まりません。この問題については、現在対策を検討しているところで
す。
スクリプトの実行後、ChemFinder を終了しようとしても拒否された場合は、スクリプトによって生成された
ChemFinder オブジェクトの解放に失敗したことを意味します。
連携動作の方法
Microsoft Excel など、他の Windows アプリケーションと連携して動作させる一般的な方法が 2 通りありま
す。ChemFinder 内でスクリプトを使う方法と、他のアプリケーション内で Visual Basic プロシージャを使う方
法です。ここでは、それぞれの方法の概要を述べます。
スクリプトの使用
ChemFinder (CAL) スクリプトでは、次の 2 つのコマンドのいずれかを使用して他の Windows アプリケーショ
ンと通信することができます。
EXEC —アプリケーションを起動して、コマンド ラインで情報を渡すことができます。
DDE —Dynamic Data Exchange 経由で、DDE に対応している他のアプリケーションとのデータのやり取りを行い
ます。
EXEC コマンドは、簡単で便利ですが、複雑な連携動作には適していません。すべての Windows アプリケーショ
ンは、EXEC コマンドで起動できます。さらに、ほとんどのアプリケーションにコマンド ラインでファイル名を渡
すことができ、起動時に特定のファイルをオープンしたり、印刷したりできます。アプリケーションによっては、
ファイル名以外の情報も渡せる場合があります。コマンド ラインによる操作の詳細については、各アプリケー
ションのマニュアルを参照してください。
EXEC コマンドを Visual Basic または同等の機能を持つオーサリング言語と組み合わせて使うと、高度な機能を
利用できるようになります。Visual Basic の高度な機能を使ってアプリケーションを作成し、EXEC コマンドを
使って ChemFinder からそのアプリケーションを呼び出すことができます。
DDE コマンドの使用方法は、やや複雑です。Microsoft Office の各コンポーネントを含め、多くの Windows ア
プリケーションは、DDE 経由で操作できます。たとえば、Excel のメニュー コマンドは、いずれも DDE 経由で
実行できます。DDE の構文はやや難解ですが、ChemFinder のヘルプを参照しながら多少の試行錯誤を繰り返せば
使いこなせるようになります。次に例を示します。
ChemFinder のデータを Excel で表示するには、DDE が最も直接的な手段となります。
MS Excel を使用して ChemFinder のデータを表示するには、次の操作を行ってください。
1. MS Excel を起動します。Windows から起動することもできますが、CAL スクリプトを使って起動することも
できます。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
2. ChemFinder で、Excel に送信するヒット リストを取得します。データベース全体を操作する場合は、Search
メニューの Retrieve All をクリックします。
3. ヒット リストをカンマ区切りのテキストとして、一時ファイルにエクスポートするための短い CAL スクリプ
ト (以下の例を参照) を実行し、DDE 経由で Excel に対して、その一時ファイルをワークシートにロードす
るように指示します。
4. Excel をアクティブにして、ワークシートのデータを操作します。
この処理手順では、ChemFinder から Excel への一方向にしかデータを送れません。Excel で編集したデータを
ChemFinder に戻す場合は、この章で後述する別の方法を使用します。
Excel を起動するスクリプトを次に示します。
*RUNEXCEL.CFS - Excel を起 動 するスクリプト
*
EXEC "c:\msoffice\excel\excel.exe"
Excel の実行可能ファイルが検索パスの通ったディレクトリに格納されている場合は、パス名を省略して、実行可
能ファイル名のみを指定することもできます ("exec excel.exe")。
ChemFinder から現在のヒット リストを Excel に転送するスクリプトを次に示します。
*TOEXCEL.CFS - Excel にデータを送 信 する
*スクリプト
*
WRITETEXT C:\DATA.TMP
DDE Excel System [OPEN("C:\DATA.TMP")]
DDE Excel
System [COLUMN.WIDTH(1,"C1:C4",,3,1)]
1 行目では、ChemFinder の現在のヒット リストを一時ファイル (区切り記号付きの ASCII ファイル) として
書き出します。既定値では、データベースのフィールドのうち、フォーム上のデータ ボックスに表示されている
フィールド (分子式および分子量は含まれますが、構造式は含まれません) が、このファイルに書き込まれます。
2 行目では、Excel に対して、指定したタブ区切りの ASCII ファイルをオープンするように指示します。なお、
Excel ではタブ区切りの ASCII ファイルをそのままワークシートに読み込むことができます。3 行目では、
Excel に対して、列 1 ～ 4 の幅をフィールドの内容に応じて設定するように指示します。
メモ: この例ではテキストを書き出す際の区切り記号をタブに設定する必要があります。そうでないと Excel
がファイルを正しく読み込めない可能性があります。これを確認するには、File メニューの Export をク
リックし、Data Export ダイアログ ボックスの Text Options タブを開きます。
これらのスクリプトは、Scripts メニューに登録できるほか、フォーム上のボタンから起動できるように設定する
こともできます。スクリプトを Scripts メニューに登録するには、スクリプトのファイル名に拡張子 .cfs を付
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
けて、ChemFinder のシステム ディレクトリか、ChemFinder アプリケーションが格納されているディレクトリに
保存します。ボタンからスクリプトを起動できるように設定するには、ボタンにラベルを付けます。ラベルには、
スクリプト ファイル名、またはファイル名に変換できる文字列を指定します。たとえば、ChemFinder のシステム
ディレクトリに TOEXCEL.CFS というファイルがある場合は、「ToExcel」というラベルをボタンに付けると、その
スクリプトを起動できます。詳細については、42 ページの "ボタンの追加"を参照してください。
Visual Basic の使用
ChemFinder を Excel など他のアプリケーションと連携して動作させるもう 1 つの方法は、OLE オートメーショ
ンを使う方法です。ChemFinder は、OLE オートメーション サーバーの役割を果たし、OLE オブジェクトとの
データ交換が可能な外部プログラムに対して一連のデータ管理機能を提供します。現行バージョンの ChemFinder
に実装されているデータ管理機能は多くありませんが、さまざまなデータ取り出し操作や検索操作に適していま
す。これらの管理機能を利用すると、ChemFinder から直接データの取り出しや操作を行う独自の Visual Basic
プロシージャを作成できます。
Visual Basic スクリプト内から ChemFinder のデータにアクセスする一般的な手順は、次のとおりです。
1. ChemFinder Document オブジェクトを作成します。通常は、データベースとの接続が確立した状態でフォーム
をオープンできるように、ファイル名を渡します。
2. Document オブジェクトのメソッドを使って、データベース内の移動、検索、データ アクセスなどの処理を行
います。これらのメソッドには、Field オブジェクトにアクセスしてデータベース内のデータを照会するメ
ソッドや、Molecule オブジェクトにアクセスして分子構造式の詳細を取得するメソッドなどがあります。
詳細については、CambridgeSoft SDK の Web サイトを参照してください。
Microsoft Access の使用
前述の ChemFinder と Excel との連携動作のための方法は、Access との連携動作にも適用できます。EXEC コ
マンドで、Access を起動したり、CAL スクリプトを使って Access に DDE コマンドを送信したりできます。な
お、Access で DDE を使用する場合は、Excel に比べて実行可能な処理が制限されます。また、Access Basic
を使って、ChemFinder の OLE オートメーション メソッドを使用するプログラムを作成することもできます。さ
らに、Access から ChemFinder のデータベースを直接操作することもできます。
ChemFinder の分子データベースは、構造式保存ファイル (ファイル拡張子は MST と MSX)、Microsoft Access
形式のデータ保存ファイル (ファイル拡張子は MDB と LDB)、構造式やデータの表示に使用するフォーム ファイ
ル (ファイル拡張子は CFX) の 3 つのコンポーネントで構成されます。詳細については、235 ページの "データ
ベース ファイルのタイプ" を参照してください。
システムに Access がインストールされていれば、エクスプローラで MDB ファイルをダブルクリックすると
Access が起動され、指定したデータベースが開きます。
ChemFinder のデータベースを Access で開いたときに表示されるテーブルは、main structure table (通常は
"MolTable") を含め、ChemFinder の Database ダイアログ ボックスに表示されるテーブルと同じです。ただ
し、構造式、分子式、分子量の列は表示されません。これらのフィールドは、Access から直接操作できません。
Access を使って ChemFinder のデータベースを操作できる機能は、次のとおりです。なお、これらの機能のほと
んどは、現行バージョンの ChemFinder では実行できません。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
234 / 321
ChemFinder 15.0
データベースの最適化と修復
列 (フィールド)、名前、フォーマットの変更
テーブル名の変更
列またはテーブルの追加と削除
テーブルの読み込みと書き出し
区切り形式の ASCII ファイル、Excel ファイル、Word ファイルなど、各種ファイル形式で保存された構造式
以外のデータのロード
列単位または行単位でのデータの移動
構造式以外のデータに対する複合クエリの実行
テーブルのソート順の永久的な変更
これらの処理の詳細については、Microsoft Access のユーザーズ ガイドを参照してください。
Access 内では、MolTable に対するレコードの追加または削除を行わないでください。このような操作を Access
から行うと、データベースのデータ コンポーネントと構造式コンポーネントの整合性が失われます。
データベース ファイルのタイプ
ChemFinder のデータベースは MstLib と呼ばれるライブラリでサポートされています。このライブラリには構造
式列をサポートするためのファイルがいくつも含まれています。ChemFinder では検索のパフォーマンスを高める
ためにスクリーニング ファイルも使用しています。
次の表は ChemFinder で使用されるさまざまなファイル タイプの一覧です。
拡張子
目的
.MST
構造式の格納
.MSI
画面: 従来型
.MSX
画面: 従来型
.MSF
画面: 完全一致
.MSK
画面: 枠組み
.MSS
画面: 類似
.MS3
画面: 3-D
.MSH
画面: ハッシュ
.CFW
ChemFinder フォーム
.CFX
ChemFinder フォーム
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
拡張子
.CFS
.MDB
.LDB
目的
ChemFinder
スクリプト
MS Access データ
ベース
データベースのロック
メモ: .MSS 拡張子がないと、.MSX 拡張子が使用されますが、検索の質が低下します。
第 16 章: ChemFinder のカスタマイズ
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ChemFinder 15.0
構造式クエリの機能
ChemFinder で部分構造式検索を実行するには、まずクエリに指定する構造式を描画する必要があります。クエリ
に指定する構造式は、さまざまなプログラムで描画できますが、ChemDraw のご使用をお勧めします。この章で
は、ChemDraw を使って構造式を描画することを前提に、構造式検索について説明します。ChemDraw の構造式描
画機能および検索機能の詳細については、『ChemDraw ユーザーズガイド』を参照してください。
ChemFinder は、指定されたクエリに矛盾する点があっても、クエリに一致する構造式を忠実に検索します。たと
えば、次のようなクエリを作成できます。
図 17.1: 1) この結合は環に含めない
結合が既に環の一部を構成しているため、このクエリでは、どのレコードもヒットしません。
一般的な属性
ChemFinder では、次に挙げる一般的な属性をクエリに割り当てることができます。
原子
結合
置換基
電荷とラジカル
同位体
立体化学構造
正規化
原子
クエリに原子タイプを指定すると、分子内の指定した位置に特定のタイプの原子が存在する化合物のみが検索され
ます。ただし、水素原子は例外的に処理されます。239 ページの "置換基"を参照してください。
結合
クエリに結合タイプを明示的に指定すると、指定した結合が含まれる化合物のみが検索されます。注意事項につい
ては、242 ページの "立体化学構造"と245 ページの "正規化" を参照してください。ChemFinder が認識する標
準の結合タイプは、以下のとおりです。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
結合タイプ
Single
説明
指定した位置に単結合を持
つ化合物を検索します。
Dashed
Single と同じです。
Hashed
Single と同じです。
Thick
Single と同じです。
Wedged
Hashed
下向きに広がっている
ウェッジ形の立体化学構造
を検索します。
上向きに広がっている
Wedged
ウェッジ形の立体化学構造
を検索します。
Wavy
Hollow
Wedged
Dative
いずれの方向の立体化学構
造も検索します。
Wedged と同じです。
Single と同じです。
指定した位置に二重結合を
持つ化合物を検索します。
Double
クエリで指定された配向の
立体化学構造を検索しま
す。
指定した位置に二重結合を
Double
持つ化合物を検索します。
Either
任意の配向の立体化学構造
も検索します。
Double Bold
Triple
Double と同じです。
指定した位置に三重結合を
持つ化合物を検索します。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
置換基
ChemFinder では置換基を、任意の次数の結合で接続される水素原子以外の原子と定義します。たとえば、カルボ
ニル基の酸素は、カルボニル基の炭素の置換基となります。
原子価が結合で満たされていない部分がクエリに含まれる場合、それらはすべて水素原子、または水素以外の置換
基が結合できる部分と解釈されます。原子の基準原子価は、Periodic Table ウィンドウのデータから決定されま
す。たとえば、炭素の原子価は 4 で、硫黄の原子価は 2、4 および 6 です。任意の明示的な電荷、ラジカル、ま
たはクエリ属性は、基準原子価を変更します。たとえば、カルボカチオンの原子価は 3 です。
クエリ内の水素が、ラベルなしの炭素原子またはヘテロ原子に暗黙的に結合している場合は、クエリ内の水素に対
応する位置に水素原子以外の置換基を持つ化合物もヒットします。これは既定値です。
クエリ内の水素が明示的な結合の端部にある場合は、指定した位置に水素を持つ構造式が検索されます。ヒットす
る構造式に含まれる水素は、ラベルなしの炭素原子に暗黙的に結合されている水素となる可能性があります。
クエリに明示的な水素がある場合のヒットの例:
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
電荷とラジカル
検索式の原子に電荷やラジカルを指定すると、各原子の電荷/ラジカルの値が一致する化合物のみが検索されま
す。検索式の原子に電荷が指定されていない場合に、対応する原子が電荷を持つ構造式も検索対象に含めるかどう
かは、Preferences ダイアログ ボックスの Search タブの適切なチェック ボックスのオン/オフを切り替えるこ
とによって指定できます。
電荷を持つ原子の原子価は、等電子構造である中性原子の原子価として扱われます。
部分構造式検索で検索式に電荷またはラジカルがある場合のヒットの例:
ヒットする構造式:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
ヒットしない構造式:
同位体
クエリに同位体のラベルを指定すると、指定された同位体を持つ化合物のみが検索されます。クエリの原子にラベ
ルが指定されていない場合は、その位置にラベルなしの原子または同位体のラベルが指定されている原子を持つ構
造式がヒットします。さらに、D は 2H と置換可能で、T は 3H と同様に扱われます。
部分構造式検索における同位体クエリとヒットの例:
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
立体化学構造
クエリに立体化学構造を指定し、ChemFinder の Preferences ダイアログ ボックスの Search タブで Match
Stereo チェック ボックスをオンにすると、クエリで指定した立体化学構造のみが検索されます。立体化学構造
は、四面体の部位に立体結合 (上、下、いずれか) を使って指定します。二重結合での立体化学構造は、図形から
指定します。現行バージョンでは、その他の立体化学構造 (アレン、平面正方形、八面体など) を認識することは
できません。これらの立体化学構造は検索時に無視されます。
クエリに一致するかどうかの評価は、次の規則に従って行われます。
立体化学構造を指定していない部分 (平面結合) については、どの立体化学構造 (ウェッジ結合、ハッシュ結
合、または平面結合) にも一致するものと見なします。
指定された原子の全体的な立体化学が一致すれば、特定の結合タイプに一致しなくても、クエリに一致するもの
と見なします。
非表示の水素原子を考慮することで立体中心のキラリティが判断しやすくなる場合は、クエリと検索対象のいず
れにおいても存在する非表示の水素が考慮されます。
Match Tetrahedral stereo チェック ボックスをオンにした構造式の完全一致検索でクエリに立体化学構造があ
る場合のヒットの例:
ヒットする構造式:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
ヒットしない構造式:
相対的な四面体立体化学構造
Relative Tetrahedral Stereochemistry (RTS) は、中心間に与えられた関係を指定します。つまり、既知の絶
対的立体配置ではなく、置換基の既知の相互的方向を指定します。RTS を指定するには、標準のハッシュ結合や
ウェッジ結合ではなく、太い立体結合で中心が描画されます。
ChemFinder では、相対的および絶対的立体配置を個別に登録でき、さまざまな検索オプションでそれらが判別で
きます。
ChemFinder で検索を行うときは、次の点に注意してください。一般的なクエリよりも、条件を絞ったクエリを行
う方が、条件を正確に表すことができ、検索結果も少なくなります。クエリに特定の絶対的立体配置を指定する
と、指定した立体配置が含まれる化合物のみがヒットしますが、クエリが複数の立体配置を意味する場合、そのす
べてがヒットします。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
立体構造式検索で Same を選択した場合、クエリに指定した立体化学構造が含まれる化合物のみが検索されます。
クエリに相対結合を指定し、RTS オプションを選択した場合、中心間で同じ関係を持つ化合物のみが検索されま
す。
検索では、相対立体化学構造に基づいて次の 3 種類のフラグを使用できます。
Abs: 絶対フラグを表します。描画したままの正確な立体異性体を検索します。
例:
Rel: 相対フラグを表します。描画したままの正確な立体異性体またはその鏡像体を検索します。
例
Rac: ラセミ フラグを表します。描画したままの正確な立体異性体とその鏡像体の混合物を検索します。
例
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
MDL ファイル形式
CDX ファイルには、ChemDraw で使用可能な結合スタイルがすべて保存されます。ただし、MolFile、SDFile、
RDFile などの MDL 構造式ファイルでは、保存されない結合があります。これらのファイル形式にはハッシュ結
合、ウェッジ結合、波線結合の 3 つの立体結合タイプしか保存されず、太線結合は認識されませんこれでは、
ChemFinder で相対的立体中心を含む構造式をインポートまたはエクスポートできません。
この問題に対処するには、ChemFinder のみに認識される専用タグを使います。この専用タグは BOND_RELS で、
すべての太い立体結合に適用されます。次に、相対結合を含む MolFile の結合テーブルからの例を示します。
...
bbbbbbb ⤖ ྜ ࠊ83 ࡜ࡋ࡚࣐࣮ࢡ bbbb ⤖ ྜ ࠊ83 ࡜ࡋ࡚࣐࣮ࢡ0 &):
%21'B5(/6bbbbbb ⤖ ྜ ࢱ࢖ࣉࢆ 837+,&. ࡟ኚ ᭦ 0 &): %21'B5(/6bbbbbb ⤖ ྜ ࡶྠ ᵝ ࡟ኚ ᭦
ChemFinder 専用のタグを使用することは、次の点で重要です。
ChemFinder で MDL 形式のファイルを保存すると、ChemFinder 専用タグが書き込まれます。これらのファイ
ルを ChemFinder に読み込むと、太線結合タイプが保持されます。
ChemDraw で描画した構造式を MDL Molfile 形式で保存すると、太線結合が失われて通常のハッシュ結合/
ウェッジ結合に変換されます(ただし、CDX 形式でファイルを保存すると、太い結合は保持されます)。
ChemFinder で構造式を MolFile 形式のファイルに保存して ChemDraw に読み込むと、太線結合が失われま
す。
ISIS またはその他のプログラムから取得した MolFile または SDFile では、ChemFinder 専用タグが認識さ
れないため、太線結合は保持されません。この場合、ファイルを手動で編集して ChemFinder 専用タグを含め
ることができます。
ChemFinder で作成した ChemFinder 専用タグを含む MDL ファイルは、基本的には、MDL ファイルをインポー
トできる任意のアプリケーションで読み取り可能です。認識できないタグは無視されます。
正規化
単結合と二重結合が交互に配置された閉環体は "正規化" されます。これは、それらの置換基を等価なものにする
ために必要です(オルトジメチルルベンゼンは 2 個の置換対象環原子の間が単結合でも二重結合でも同じにな
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
る)。
互変異性のない部分構造式クエリとヒットの
例:
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
正規化されたクエリ
検索範囲の変更
クエリで使用する化学構造式を準備するとき、検索対象を広げる (または狭める) のに 2 つの方法があります。
原子または結合の属性を指定する
原子または結合の特殊なタイプを指定する
一般に、属性は検索対象を狭めます。特殊なタイプは、検索対象を狭めることも広げることもあります。
原子属性
ChemFinder では、クエリの原子に特殊な原子属性を割り当てることができます。通常、これらのプロパティは検
索時にのみ有効で、主に、検索対象を広げたり、絞り込んだりするために用意されています。
特殊な原子タイプ
ChemFinder は、次の 6 種類の特殊な原子タイプを認識します。これらの原子タイプをクエリに指定すると、あ
らかじめその原子タイプに定義されている元素のいずれかが指定した位置に存在する構造式が検索されます。
A は、水素以外の任意の原子を検索
Q は、任意のヘテロ原子 (水素以外、炭素以外) を検索
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
R は、水素を含む任意の原子を検索。リンク ノードを示すためにも使用されます。詳細については、143 ペー
ジの "リンク ノードと多価 R" を参照してください。リンク ノードは、ゼロを含む任意の数の原子です。
X は、任意のハロゲン (F、Cl、Br、I、At) を検索
M はすべての金属原子を検索 (下の周期表で網掛けになっている元素)
図 17.2: 周期表の金属原子
原子リスト
あらかじめ定義された特殊な原子タイプと同じように、原子リストを指定すると、リスト内のいずれかの原子が指
定した位置に存在する構造式を検索することができます。
次に例を示します。
[Cl,Ag,N] 原子は Cl、Ag、N のいずれかに限定されます。
原子リストには、元素のみを指定できます。特殊な原子タイプ、ニックネーム (Ph など)、構造式のフラグメント
(NH2、OCH2CH3) を原子リストに含めることはできません。原子リストには、原子を 5 個まで指定できます。
否定原子リスト
前述の原子リストとは逆に、検索対象から除外する原子のリストを指定することもできます。次に例を示します。
[NOT O,S,Se] 原子は O、S、Se 以外 (つまり、これらを除外した 100 種類の元素のいずれか) に限定されま
す。
否定原子リストに関する制限は、原子リストと同じです。
Substituents: exactly
この属性は、原子上の置換基の正確な数 (明示的に描画された置換基を含む) を指定します。この属性は、部分構
造式検索の場合のみ有効です。
部分構造式検索におけるクエリとヒットの例:
図 17.3: 1) この原子は、Substituents: Exactly: 3 という原子属性が指定されています。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
Substituents: up to
原子上の置換基の最大数 (明示的に描画された置換基を含む) を指定します。この属性は、部分構造式検索の場合
のみ有効です。
部分構造式検索で検索式に Substituent: Up to 属性がある場合のヒットの例:
図 17.4: 1) この原子には、Substituents: Up to:2 という原子属性が指定されています。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
Substituents: free sites
Substituents: Free Sites 属性では、原子上に追加できる置換基の最大数を指定します。この属性は、部分構造
式検索の場合のみ有効です。
Tip: 置換基をこれ以上追加したくない部位では、Free Sites: 0 を指定すると便利です。この場合、描画さ
れているクエリ構造式と完全に一致し、それ以外の配位子を持たない構造式だけが検索されます。
部分構造式検索でクエリに Free Sites 属性がある場合のヒットの例:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
図 17.5: 1) Substituents: Free Sites: 2 の原子属性が指定された原子
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
暗黙的な水素
この原子属性に指定できる値は、Allowed (既定値) または Not Allowed のいずれかです。Not Allowed を指定
すると、選択した原子に水素が付いていない化合物のみを検索します。
この属性は、部分構造式検索の場合のみ有効です。
メモ: この原子プロパティは、あくまで非表示の水素が検索時に存在するかどうかに関するものです。このプ
ロパティを変更しても、水素の表示/非表示は切り替わりません。暗黙的な水素を表示する方法については、
212 ページの "標準値の設定" を参照してください。
不飽和結合
不飽和結合 (芳香族、二重結合、三重結合) に原子を付加するかどうかを指定できると便利な場合があります。こ
のプロパティを Must Be Absent に設定すると、不飽和結合が含まれない構造式 (指定した原子に対する結合が
すべて単結合の構造式) のみを検索することができます。この属性では、さらに、少なくとも 1 つの多重結合
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
(芳香族、二重結合、三重結合) が含まれる構造式を検索することもできます。この属性の既定値は、原子の異な
る状態を区別せずに検索を行う Undefined です。
この属性は、部分構造式検索の場合のみ有効です。
部分構造式検索におけるクエリとヒットの例:
図 17.6: 1) Unsaturation: must be present の原子属性が指定された原子
ヒットする構造式:
ヒットしない構造式:
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
結合属性
ChemFinder のクエリでは、原子属性の他に、特殊な属性を結合に割り当てることもできます。通常、これらの属
性は検索時にのみ有効で、主に、検索対象を広げたり、絞り込んだりするために用意されています。
特殊な結合タイプ
次の表は、ChemFinder で使用可能な特殊な結合タイプを示します。
結合タイプ
説明
ヒュッケルの 4n+2 則で定義
Aromatic
されている芳香族性を持つ構
造式を検索します。
Any
すべての結合タイプを検索し
ます。
指定した位置に単結合または
S/D
二重結合を持つ構造式を検索
します。
Tautomeric
S/D と同じです。
指定した位置に二重結合また
D/A
は芳香族性結合を持つ構造式
を検索します。
指定した位置に単結合または
S/A
芳香族性結合を持つ構造式を
検索します。
形状
Ring を指定すると、選択した結合が環の一部を構成している化合物が検索されます。Chain を指定すると、選択
した結合が直鎖の一部を構成している化合物が検索されます。
反応中心
反応中心とは、反応によって直接影響を受ける結合を意味します。この属性では、指定した結合が反応によってど
のような影響を受けるかを指定できます。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
属性
説明
指定した位置に任意の結
合を持つ構造式を検索し
ます。ただし、反応に
よって結合がどのような
Unspecified
影響を受けるかは無視さ
れます。反応によって
まったく影響を受けない
結合も検索対象に含まれ
ます。
反応によって直接影響を
Center
受ける結合が指定した位
置に含まれる構造式を検
索します。
指定した位置に結合が形
成される構造式 (生成物
Make/Break
の場合)、または指定した
位置の結合が切断される
構造式 (反応物の場合)
を検索します。
反応過程で結合次数が変
化する結合を指定した位
置に持つ構造式を検索し
Change
ます。ただし、反応に
よって形成または切断さ
れる結合は検索対象に含
まれません。
指定した位置に結合が形
成される構造式 (生成物
の場合)、指定した位置の
Make&Change
結合が切断される構造式
(反応物の場合)、反応過
程で結合次数が変化する
結合を指定した位置に持
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
属性
説明
つ構造式のいずれかを検
索します。
指定した位置に結合を持
Not Center
ち、その結合が反応に
よって影響を受けない構
造式を検索します。
指定した位置に結合を持
ち、その結合が反応過程
で順序の変化を示さない
Not Modified
構造式を検索します。た
だし、その結合が反応中
心に含まれるかどうかは
無視されます。
この属性は、反応データベースの検索時にのみ有効です。
第 17 章: 構造式クエリの機能
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ChemFinder 15.0
分子式の入力規則
分子式の検索式では、大文字と小文字を区別せずに分子式を入力できます。これは曖昧な解釈を生じさせる可能性
があります。この章では、ChemFinder が分子式を解釈する原理と、曖昧に解釈されないように指定する方法につ
いて説明します。
たとえば、分子式による検索式で「cooh」と入力すると、ほとんどの化学者はこれを炭素、酸素 2、水素から成る
カルボキシル基であると考えるのが普通ですが、コバルト (Co)、酸素、水素とも考えられます。また、「CLI」は
炭素 - リチウムおよび塩素 - ヨウ素の両方が考えられます。「PHE」はリン - ヘリウムとも考えられますが、
ChemFinder では 3 文字のアミノ酸記号も特殊な原子タイプとして有効なので、フェニルアラニン (Phe) とも考
えられます。
曖昧に解釈されないようにするには、文字の間にスペースを挿入するのも 1 つの方法です。たとえば、「c o」と
指定すれば、コバルトと解釈されることはありません。また、自分で直接入力せずに、周期表を使用して分子式を
入力するのも確実な方法です。ChemFinder は、自由な形式で入力された分子式を、次の規則に基づいてできるだ
け合理的に解釈するよう設計されています。
規則
元素記号が正しく表記 (大文字 1 字だけ、または冒頭を大文字続けて小文字を 1 字または 2 字) されている場
合、これに一致する最長の有効な元素記号が優先されます。したがって、"Phe" はリンではなくフェニルアラニン
を検索し、"Co" はコバルトを検索します。
この規則に基づくと、すべての記号の大文字と小文字を正確に区別して指定すれば、あいまいに解釈されることは
ありません。
大文字と小文字が正しく区別されていない (すべて小文字の場合など) 場合は、下記の例外を除き、一致する記号
のうち最も短いものが選ばれます。したがって、"co" は、コバルトではなく、炭素 - 酸素と解釈されます。
ただし、2 文字の記号が、有効な 2 文字の記号の場合と、有効な 1 文字の記号 + 無効な 1 文字の場合のどち
らにも解釈できる場合は、有効な 2 文字の記号が選ばれます。したがって、"cl" は、炭素と (無効な) L では
なく、塩素と解釈されます。
例
分子式がどのように解釈されるかは、周期表を使って簡単に確かめることができます。一番下のテキスト ボック
スに分子式を入力し、ボックスの外側をクリックすると、ChemFinder によって解釈された式が正しい表記で再表
示されます。
曖昧な分子式の解釈例を次に示します。
分子式
ChemFinder による解釈
cooh
COOH
第 18 章: 分子式の入力規則
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ChemFinder 15.0
分子式
ChemFinder による解釈
Cooh
CoOH
cnosi
CNOSI
cNoSi
CNoSi
bru
BrU
b ru
BRu
第 18 章: 分子式の入力規則
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ChemFinder 15.0
類似検索の規則
ChemFinder の類似検索機能では、クエリに指定した構造式に "類似する" 化合物を検索できます。ChemFinder
では、Tanimoto 演算法を使って、化合物が類似しているかどうかを判定します。Preferences ダイアログ ボッ
クスの Searching タブで、検索する類似性を指定できます。
完全一致検索の場合は、特定の結合順で互いに結合された原子の集合を定義した原子および結合テーブルの表記に
基づいて検索が行われ、これらの原子および結合のうち、存在しないもの、追加されているもの、異なるものがあ
る構造式はヒットしません。
一方、類似検索は、ほとんどの場合、分子記述子の表記に基づいて行われます。各化合物は、構造式の全般的な特
徴を記述する定性的な条件で表現できます。
たとえば、安息香酸は、次のように記述できます。
organic acid
contains 6-membered ring
contains de-localized ring
contains C-double-bond-O
この例からも分かるように、ChemFinder では幅広い範囲の記述子を使用でき、また、記述子を重ね合わせること
もできます。ChemFinder で幅広い種類の記述子を使用できます。
描画した化合物は、ChemFinder が認識できるすべての記述子と比較されます。描画した化合物に含まれる記述子
もあれば、含まれない記述子もあります。各記述子が特定の化合物に含まれるかどうかに基づいて類似性が判断さ
れます。記述子は 0 または 1 の値を持ち、ビットとして保存できます。ある化合物に対応する記述子ビットの集
合は、ビットスクリーンと呼ばれます。
たとえば、次のクエリと対象化合物について考えてみましょう。
ビットスクリーン
説明
記
述
名前
子
数
Query
2Q
3
Target
2T
4
Q and
17
T
Q or
T
第 19 章: 類似検索の規則
30
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ChemFinder 15.0
この例では、クエリと対象化合物が互いに類似した数の記述子を持っています。クエリの記述子の数は 23 で、対
象化合物の記述子の数は 24 となっています。
構造式全体の類似性
構造式全体の類似検索に使用するアルゴリズムには、可換性が要求されます。つまり、2 つの化合物をどちらに対
して比較しても、類似性を示す値が等しくならなければなりません。このような可換性を持つ Tanimoto 類似性判
定法に基づいて、構造式全体の類似検索を行います。この判定法では、2 つの化合物に共通の記述子の数 (Q and
T 検索) を、2 つの化合物が持つ記述子の総数 (Q or T 検索) と比較します。この 2 つの値の比率を
Tanimoto 係数と呼びます。Tanimoto 係数は、常に 0 ～ 100% の範囲内です。
上の例に示した 2 つの化合物の場合、Tanimoto 係数は 17/30、つまり約 57% となります。この値は、類似性が
あまり高くないことを意味していますが、ChemFinder では、ユーザーが Tanimoto 係数を任意の値に設定できる
ようになっています (0% に設定することも可能です)。ただし、多くの場合、Tanimoto 係数が 90% 以上になる
2 つの化合物を類似と見なすのが妥当です。
部分構造式の類似性
構造式全体の類似検索とは異なり、部分構造式の類似検索には、可換性のないアルゴリズムが要求されます。部分
構造式の検索では、ある構造式の一部を他の構造式の全体に対して比較することになるので、比較の方向が意味を
持ちます。ChemFinder で部分構造式の類似検索を行うときには、クエリ内の記述子のうち、何パーセントの記述
子が対象化合物にも含まれているかに基づいて、類似性が判定されます。
このパーセント値は、同じ 2 つの化合物の構造式全体を比較したときの Tanimoto 係数がその最小値となり、通
常は Tanimoto 係数よりも大きい値になります。上の 2 つの化合物を部分構造式の類似性に基づいて比較した場
合、類似性を示す値は、17/23、つまり 74% となります。この係数をどの値に設定しても、部分構造式の類似検索
にヒットする化合物には、常に、同じ係数値で構造式全体の類似検索を行った場合にヒットする化合物がすべて含
まれ、さらに、多くの場合、それら以外の化合物も含まれることになります。
第 19 章: 類似検索の規則
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ChemFinder 15.0
CAL コマンド
ChemFinder Automation Language (CAL、ChemFinder 自動化言語) は、ChemFinder のさまざまな操作を制御
するコマンド セットです。
CAL コマンドは、次の 2 つの方法で呼び出すことができます。
対話方式: コマンド ラインからコマンドを 1 つずつ入力して実行します。
スクリプト: ASCII ファイルに指定しておいた CAL コマンドを順に実行します。
コマンドの引数は、数字やテキスト文字列で構成されます。テキスト文字列には句読点を使用しませんが、同じコ
マンド ラインに他にも指定する引数がある場合や、複数の単語またはスペースを含む引数は、引用符で囲む必要
があります。
CAL ヘルプ
CAL のコマンドおよび変数についての情報は、CAL Scripting Help ウィンドウに表示されます。
CAL ヘルプを表示するには、次の操作を行ってください。
1. Scripts メニューの Command Line をクリックします。Enter Cal Command ダイアログ ボックスが表示され
ます。
2. Enter Cal Command ダイアログ ボックスで Help をクリックします。CAL Scripting Help ウィンドウが表
示されます。
図 20.1: CAL Scripting Help ウィンドウ
メニュー コマンド
CAL コマンドの MENU 構文
メニュー コマンドは、メイン メニューから実行される 2 単語のコマンドで、必要に応じてオプションの引数を
取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
次にコマンドの例を示します。
file new
edit paste
search find
record next
メニュー コマンドのスペルをすべて入力する必要はありません。メニュー オプションを一意に特定できる文字ま
でで十分です。たとえば、Record Next コマンドを実行する場合は、次のように入力できます。
rec n
メニュー コマンドには、呼び出されるとダイアログ ボックスを表示し、ユーザーが入力するまで待機するものも
あります。このようなメニュー コマンドについては、引数を明示的に指定して、処理を自動的に継続させること
ができます。
FILE OPEN [filename]
FILE SAVE [filename]
RECORD GO TO RECORD [recno]
コマンド:
menu menuitem [param]
メニューから選択したかのように任意のメニュー コマンドを実行できます。
メニュー コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
そのコマンドが配置されて
menu
いるメニューの名前を示す
文字列です。
メニュー内の特定のコマン
menuitem
ドの名前を示す文字列で
す。
param
そのコマンドに必要な追加
情報を示す文字列です。
設定
param の設定値は、対象のメニュー コマンドによって異なります。大半のメニュー コマンドでは param を使用
せず、指定しても無視されます。以下のコマンドは、param に 1 つの値を受け取ります。値を指定した場合、対
応するダイアログ ボックスは表示されません。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
Param
File Open
開くファイルの名前。
File Save
保存するファイルの名前。
Record Go to
Search
Substructure
Search
Similarity
Search Match
Stereo
現在のリスト内の宛先レ
コードのインデックス。
ON または OFF (メニュー
のチェック マークがオン
かどうかによる)。
ON または OFF (メニュー
のチェック マークがオン
かどうかによる)。
ON または OFF (メニュー
のチェック マークがオン
かどうかによる)。
注釈
メニュー コマンドは、全体を完全に入力する必要はありません。メニュー オプションを特定できる文字までで十
分です。たとえば、Record next コマンドを実行する場合は、「rec n」と入力できます。
File Open で、起動するファイルが ChemFinder の標準検索パスにある場合には、ファイル名本体のみ (CS_
DATA) が必要です。それ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\CS_DATA.CFX) が必要で
す。
File Save で、指定したファイルが存在しない場合は作成されます。既に存在する場合は上書きされます。
File Save で、ファイル名のパスを省略した場合、ファイルは現在のディレクトリに保存されます。
例 1
LOOP の例
この例では、LOOP コマンドとメニュー コマンド Record Next を使用して、現在のリストのすべてのレコードを
表示します。
PAUSE コマンドによって、各レコードが画面上にしばらく残るため、表示を確認できます。
looprec nextpause 2endloop
例 2
別フォームの例
この例では、スクリプトを使用して別のフォームを開く方法を示します。新しく開くフォームは、元のフォームと
同じフィールドをいくつか持つものの、たとえばレイアウトが異なっています。明示的なサブフォームを使用した
くない場合には、これと同様の手順を使用して関連レコードを表示できます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
APPEND、SETVAL、および GETDATA の各コマンドを使用して、元のフォームの link_field フィールドの内容に
基づいて検索文字列を組み立てます。次に、メニュー コマンド File Open で 2 番目のフォームを開きます。既
に開いている場合にはそちらに切り替わります。最後に、メニュー コマンド Search Enter Query で検索モード
に入り、スクリプトで先ほど作成した検索文字列を PUTDATA コマンドで入力してから、メニュー コマンド
Search Find で検索を実行します。
append offsetval 1 "="append ongetdata 1 link_fieldappend offfile open
d:\chemfndr\otherform.cfxsearch enter queryputdata link_field $v1search find
例 3
化合物の保存の例
この例では、LOOP...ENDLOOP コマンドとメニュー コマンド Record Next を使用して、現在のリストの各レ
コードを 1 つずつ処理します。各レコードについて、SETVAL コマンドと APPENDVAL コマンドを使用して、現在
の $INDEX に基づいて一意のファイル パスを組み立てます。最後に、WRITEMOL コマンドを使用して、各化合物
をディスクに保存します。ファイル パスの末尾は .cdx なので、このスクリプトはすべての化合物を ChemDraw
形式で保存します。
append offloopsetval 1 c:\mydir\appendval 1 $indexappendval 1 .cdxwritemol $v1rec nextendloop
例 4
GOTO の例
この例では、ユーザーが、いくつかの新しい化合物をバッチ入力でき、それぞれに対して 1 つのフィールドを入
力できます。まず、MSG コマンドを使用して、操作方法をユーザーに通知します。次に、コロン (:) で始まる行
があります。これが、ループ開始のラベルの役割を果たします。INPUT コマンドで、新しいエントリの名前をユー
ザーから取得します。ユーザーが空の文字列を入力していないかどうかを IF コマンドで調べ、その場合は EXIT
でスクリプトを抜けます。メニュー コマンド Record Add で新しいレコードを作成した後で、PUTDATA コマンド
でユーザーの文字列を molname フィールドに入力します。
ループの終わりの GOTO コマンドで、実行位置が開始ラベルに戻ります。
msg Enter new compound names.Enter a blank name when complete
:startinput 1if $v1 = "" exitrecord addputdata molname $v1goto start
ボックス作成コマンド
DBOX coords [fieldname]
FRAME coords [text]
TEXT coords [text]
PICT coords [filename]
BUTTON coords [scriptname]
SUBFM coords
ARROWBOX coords
FRAMEDBOX coords [fieldname] [text]
フォームに新しいボックスを作成するには、次の操作を行ってください。
1. キーワードを使ってボックス タイプを指定します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
2. ボックスの頂点の座標を表す 4 つの整数をキーワードの後に入力します。
3. 各ボックス タイプに応じて、次のような情報をテキスト文字列で入力します。
ボックス
タイプ
データ
ボックス
フレーム
テキスト
画像
文字列
そのボックスに表示する
データベースのフィールド
名
フレームの左上に表示され
る固定ラベル
固定テキスト
Windows メタファイルのパ
ス名
スクリプト ファイルのパ
ボタン
ス名、または Scripts メ
ニューに表示するスクリプ
ト名
サブ
ォーム
なし
矢印
ボックス
なし
枠付き
ボックス
ボックスおよび固定ラベル
の左上部に表示するデータ
ベース フィールドの名前
テキスト文字列を省略した場合は、後で SETFIELD コマンドまたは SETTEXT コマンドを使ってテキスト文字列を
指定できます。ボタンにスクリプト名とは異なるラベルを付けるには、SETTEXT コマンドを使用する必要がありま
す。
ボックスの座標は、左、上、右、下の順に指定します。単位はピクセルを使用し、左上を起点に、右または下へ行
くほど座標を大きくします。座標の範囲は、左≧0、右≦ご使用のディスプレイのピクセル数 (640、1024 など)、
上≧0、下≦ご使用のディスプレイのピクセル数 (480、768 など) です。
新しく作成したボックスには現在のフォントが使用されます。作成するボックスに特定のフォントを指定するに
は、ボックスを作成する前に FONT コマンドを使用してください。
スクリプト名を指定するときは、次のいずれかを指定します。
スクリプト ファイルの完全パス名
第 20 章: CAL コマンド
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拡張子なしのファイル名。標準の拡張子を付けてスクリプト用の標準サブディレクトリに保存されているスクリ
プトについては、拡張子なしでファイル名のみを指定することもできます。Scripts メニューにスクリプト名
が表示されている場合は、メニューからその名前を使用できます。
次の表に、ボックス作成コマンドの例を示します。
コマンド
操作
Frame 10 10 300
ラベル付きのフレームを左
60 Molecular
Formula
上に作成します。
上記フレーム内に分子式の
DBOX 20 20 290
50 formula
データ ボックスを作成し
ます。
TEXT 100 100
300 150 "A
Label"
PICT 500 300
600 400
C:/LOGO.WMF
固定テキスト文字列を作成
します。
指定した画像を右下に配置
します。
スクリプト DEMO.CFS の実
BUTTON 500 10
550 40 DEMO
行用ボタンを右上に作成し
ます。
CAL コマンドの DBOX 構文
DBOX は、アクティブなフォーム上に新しいデータ ボックスを作成します。
DBOX left top right bottom [fieldname]
DBOX コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
ボックスの左端からアク
left
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
ボックスの上端からアク
top
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
を表す整数値。
ボックスの右端からアク
right
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
ボックスの下端からアク
bottom
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
データ ボックスに表示す
fieldname
るデータの提供元となる
データベース フィールド
の名前を定義します。
注釈
新しく作成したボックスには現在のフォント設定が使用されます。これらの設定は FONT コマンドで制御できま
す。
フォームにデータ ソースがない場合でも、フィールド名を割り当てることができます。後でデータ ソースを割り
当て、そのデータ ソース内のフィールドに、データ ボックスに割り当てたのと同じ名前のものがある場合、デー
タ ボックスにはそのフィールドの内容が自動的に表示されます。
ボックスを作成した後で、そのフィールド名を変更するには、SETFIELD コマンドを使用します。
DBOX と FRAME の例
この例では、DBOX コマンドを使用して、フォームの左上付近に横長のデータ ボックスを作成し、その中に
Formula フィールドを表示します。
次に、FRAME コマンドを使用して、やや大き目のフレームでデータ ボックスにラベルを付けます。
DBOX 10 20 210 50 FormulaFRAME 5 5 215 55 Formula
CAL コマンドの FRAME 構文
アクティブなフォーム上に新しいフレームを作成します。
FRAME left top right bottom [text]
FRAME コマンドは次の引数を取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
フレームの左端からアク
left
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
フレームの上端からアク
top
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
フレームの右端からアク
right
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
フレームの下端からアク
bottom
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
text
フレームの左上隅にラベル
として表示される文字列。
注釈
新しく作成したフレームには現在のフォントが使用されます。これらの設定は FONT コマンドで制御できます。
作成済みのフレームのラベルは SETTEXT コマンドで変更できます。
CAL コマンドの TEXT 構文
アクティブなフォーム上に新しい静的テキスト ボックスを作成します。
TEXT left top right bottom [text]
TEXT コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
テキスト ボックスの左端
left
からアクティブ フォーム
の左端までの距離 (ピクセ
ル単位) を表す整数値。
第 20 章: CAL コマンド
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引数
説明
テキスト ボックスの上端
top
からアクティブ フォーム
の上端までの距離 (ピクセ
ル単位) を表す整数値。
テキスト ボックスの右端
right
からアクティブ フォーム
の左端までの距離 (ピクセ
ル単位) を表す整数値。
テキスト ボックスの下端
bottom
からアクティブ フォーム
の上端までの距離 (ピクセ
ル単位) を表す整数値。
text
静的テキストとして表示さ
れる文字列。
注釈
新しく作成した静的テキスト ボックスには現在のフォントが使用されます。これらの設定は FONT コマンドで制
御できます。
作成済みの静的テキスト ボックスの内容は SETTEXT コマンドで変更できます。
テキストは、指定した大きさに収まるように折り返されます。テキスト ボックスの境界内にテキストが収まりき
らない場合は、最初の部分のみが表示されます。しかし、テキスト自体は元のまま残っており、テキスト ボック
スのサイズを大きくすると表示されます。
FONT と TEXT の例
この例では、FONT コマンドを使用して、大きく、太く、明るいフォント (24 ポイントの Arial、太字、赤色)
を設定します。次に、TEXT コマンドを使用して、横長のデータ ボックスをフォームの中央上部に作成します。
FONT Arial 24 1 255 0 0TEXT 200 40 450 70 My Compound Database
CAL コマンドの PICT 構文
アクティブなフォーム上に新しい画像ボックスを作成します。
PICT left top right bottom [filename]
PICT コマンドは次の引数を取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
ボックスの左端からアク
left
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
ボックスの上端からアク
top
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
ボックスの右端からアク
right
ティブ フォームの左端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
ボックスの下端からアク
bottom
ティブ フォームの上端ま
での距離 (ピクセル単位)
を表す整数値。
画像ボックスに表示する
filename
Windows メタファイルの名
前。
注釈
ChemFinder の標準検索パスにある Windows メタファイルの場合は、ファイル名本体と拡張子のみ
(BUTTRFLY.WMF) が必要です。それ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\BUTTERFLY.WMF)
が必要です。
PICT の例
この例では、PICT コマンドを使用して、フォームの右側に大きな画像フィールドを作成し、ChemFinder の
System ディレクトリにある BUTTRFLY.WMF の画像を表示します。
PICT 300 100 500 300 buttrfly.wmf
CAL コマンドの BUTTON 構文
アクティブなフォーム上に新しいボタンを作成します。
BUTTON left top right bottom [filename]
BUTTON コマンドは次の引数を取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
ボタンの左端からアクティ
left
ブ フォームの左端までの
距離 (ピクセル単位) を表
す整数値。
ボタンの上端からアクティ
top
ブ フォームの上端までの
距離 (ピクセル単位) を表
す整数値。
ボタンの右端からアクティ
right
ブ フォームの左端までの
距離 (ピクセル単位) を表
す整数値。
ボタンの下端からアクティ
bottom
ブ フォームの上端までの
距離 (ピクセル単位) を表
す整数値。
ボタンに関連付ける CAL
filename
スクリプト ファイルの名
前。
注釈
ChemFinder の標準検索パスにある CAL スクリプト ファイルの場合は、ファイル名本体のみ (BROWSE) が必要
です。それ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\BROWSE.CFS) が必要です。
新しく作成したボタンには現在のフォントが使用されます。これらの設定は FONT コマンドで制御できます。
既定値では、CAL スクリプト ファイルの名前 (たとえば BROWSE) がボタンに表示されます。これは SETTEXT コ
マンドで変更できます。
BUTTON の例
この例では、BUTTON コマンドを使用して、フォームの下部にボタンを作成し、フォームと同じディレクトリの
REGISTER.CFS スクリプトに割り当てます。
BUTTON 50 300 200 330 Register
CAL コマンドの SUBFM 構文
アクティブなフォーム上に新しいサブフォームを作成します。
SUBFM left top right bottom
SUBFM コマンドは次の引数を取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
サブフォーム データ ボッ
クスの左端からアクティブ
left
フォームの左端までの距離
(ピクセル単位) を表す整
数値。
サブフォーム データ ボッ
クスの上端からアクティブ
top
フォームの上端までの距離
(ピクセル単位) を表す整
数値。
サブフォーム データ ボッ
クスの右端からアクティブ
right
フォームの左端までの距離
(ピクセル単位) を表す整
数値。
サブフォーム データ ボッ
クスの下端からアクティブ
bottom
フォームの上端までの距離
(ピクセル単位) を表す整
数値。
注釈
現時点では、CAL を使用してサブフォームのデータ ソースやリンク フィールドを設定することはできません。
SUBFM の例
この例では、SUBFM コマンドを使用して、フォームの中央に大きなサブフォームを作成します。
SUBFM 50 50 600 300
ボックス操作コマンド
FORMEDIT ON|OFF
SELECT box
UNSELECT box
DELBOX box
SETFIELD box fieldname
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
SETTEXT box text
ACTIVATE subform
DEACTIVATE
SCALE
SCALE_TO_FIT
フォーム上のボックスまたはサブフォームを操作するには、キーワード、続いてボックス識別子を指定します。
ボックスは次のいずれかの方法で指定します。
ポイント ― ボックス内の座標を指定します。座標が複数のボックスにわたるときは、最も新しく作成された
ボックスが使用されます。
テキスト ― ボックスを識別するために入力する次のようなテキストです。
フィールド名 (ボックスにデータベースのデータが含まれている場合)。
テキスト ラベル (ボックスにフレームやテキスト ラベルなどの静的テキストが含まれている場合)。
Box Properties で割り当てられたボックス名。
サブフォーム ボックスの場合はテーブル名。
いずれの場合も、名前のスペルをすべて入力する必要はなく、一意に特定できる所までで十分です。
入力したテキストに対して複数のボックスが対応することも少なくありません。たとえば、"MolWeight" とい
うフレーム内のボックスで "molweight" というフィールドを表示している場合などです。この場合、データ
ベースに接続されているボックスが優先されます。
SELECT コマンドの動作は、FORMEDIT で制御します。FORMEDIT ON と指定すると、SELECT はボックスを選択し
ます。FORMEDIT OFF と指定すると、SELECT はボックスの内容を選択します。
SELECT と UNSELECT は、編集操作の対象となるボックスを選択するコマンドです。DELBOX は、FORMEDIT ON、
SELECT、Edit Clear の 3 つのコマンドを一度に実行するコマンドです。SETFIELD は、データベース内の
フィールドと既存のボックスを接続するコマンドです。ボタンには、スクリプト名が貼り付けられます (スクリプ
ト名については、上記の説明を参照してください)。SETTEXT は、ボックスにテキスト文字列を貼り付けたり、現
在付いている文字列を新しい文字列に置き換えるコマンドです。各ボックス タイプで使用するテキスト文字列に
ついては、上記の「ボックス作成コマンド」を参照してください。
フォーム上のボックスを選択するには前述の SELECT と UNSELECT を使いますが、サブフォーム上のボックスを
選択するには ACTIVATE と DEACTIVATE を使います。ACTIVATE コマンドを実行すると、それ以降に実行するす
べてのコマンドでは、アクティブなサブフォームおよびそれに含まれるボックスが処理の対象となります。処理の
対象をメイン フォームおよびその内容に切り替えるには、DEACTIVATE コマンドを指定する必要があります。
SCALE は、現在のフォーム内の項目すべてを、指定した割合に拡大または縮小します。フォームを異なるサイズの
画面に合わせて表示するには、このコマンドを使います。次に説明する SCALE_TO_FIT を参照してください。
SCALE_TO_FIT は、入力した文字列が現在指定しているフォント サイズでフォームに収まるように、フォーム内
のすべての要素を拡大または縮小します。後に説明する FONT を参照してください。
次の表に、ボックス操作コマンドの例を示します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
SELECT 11
11
動作
上で作成した分子式のフ
レームを選択します。
上で作成した分子式のデー
SELECT
formu
SETFIELD
21 21
molweight
タ ボックスを選択しま
す。
分子式のデータ ボックス
のフィールドを、分子量に
変更します。
CAL コマンドの DELBOX 構文
アクティブなフォームのデータ ボックス、フレーム、静的テキスト ボックス、画像ボックス、ボタン、またはサ
ブフォームを削除します。
DELBOX box
DELBOX コマンドは次の引数を取ります。
引数
box
説明
削除するボックスを示す
ボックス識別子。
注釈
DELBOX コマンドは、FORMEDIT ON、SELECT、およびメニュー コマンド Edit Clear の 3 つのコマンドを一度
に実行するコマンドです。
DELBOX コマンドが削除するのはボックスのみです。その内容自体は削除しません。たとえば、ボタンを削除して
も、ディスク上の CAL スクリプト ファイルは削除されません。
CAL コマンドの SETFIELD 構文
データベース フィールドを既存のデータ ボックスに関連付けるか、または CAL スクリプト名を既存のボタンに
関連付けます。もしくは、既に関連付けられているものを置換します。
SETFIELD box fieldname
SETFIELD コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
box
関連付けの宛先となるボッ
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
クス。
target に関連付けるデー
タベース フィールド
(target がデータ ボック
fieldname
スの場合) または CAL ス
クリプト (target がボタ
ンの場合) の名前を示す文
字列。
CAL コマンドの SETTEXT 構文
フレーム、テキスト ボックス、またはボタンにテキスト文字列を割り当てます。もしくは、既に割り当てられて
いるテキスト文字列を置換します。
SETTEXT box text
SETTEXT コマンドは次の引数を取ります。
引数
box
text
説明
ターゲットを示すボックス
識別子。
ターゲットに付ける文字
列。
ボックスの種類に応じて、テキストは異なる場所に割り当てられます。
ボックス
タイプ
データ
ボックス
フレーム
テキストの場所
テキスト ボックス内
(ボックスに合わせて折り
返されます)。
上端の枠線の上 (左寄
せ)。
テキスト
テキスト ボックス内
ボックス
(ボックスに合わせて折り
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
ボックス
タイプ
テキストの場所
返されます)。
ボタン
ボタン内の中央。
CAL コマンドの ACTIVATE 構文
アクティブなフォームのサブフォームをマークして、新しいアクティブなフォームにします。これは、ポインタ
ツールでサブフォームをクリックするのと同じです。
ACTIVATE subform
ACTIVATE コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
アクティブにするサブ
subform
フォームを示すボックス識
別子。
メモ: このコマンドは、アクティブなフォームを変更します。
注釈
ACTIVATE コマンドはサブフォームに対してのみ機能します。データ ボックス、フレーム、テキスト ボックス、
ボタン、および画像ボックスに対しては、同様のコマンドである SELECT コマンドを使用します。
CAL コマンドの FORMEDIT 構文
アクティブなフォームがフォーム編集モードとデータ編集モードのどちらにあるかを決定します。
FORMEDIT value
FORMEDIT コマンドでは次の設定値を使用します。
設定
ON
OFF
説明
フォームをフォーム編集
モードに設定します。
フォームをデータ編集モー
ドに設定します。
注釈
フォーム編集モードのフォームの場合、SELECT コマンドの対象はデータ ボックス自体です。データ編集モードの
フォームの場合、SELECT コマンドの対象はデータ ボックス内のデータです。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
CAL コマンドの SELECT 構文
アクティブなフォーム上のボックスをマークし、引き続き操作する対象として指定します。これは、ポインタ
ツールでボックス内をクリックするのと同じです。
SELECT box
SELECT コマンドは次の引数を取ります。
引数
box
説明
選択するボックスを示す
ボックス識別子。
注釈
SELECT コマンドは、データ ボックス、フレーム、テキスト ボックス、ボタン、および画像ボックスに対しての
み機能します。サブフォームに対しては、同様のコマンドである ACTIVATE を使用します。
SELECT コマンドの動作は FORMEDIT コマンドによって変わります。フォーム編集モードのフォームの場合、
SELECT コマンドの対象はデータ ボックス自体です。データ編集モードのフォームの場合、SELECT コマンドの対
象はデータ ボックス内のデータです。
CAL コマンドの UNSELECT 構文
SELECT コマンドの動作の逆を行います。つまり、ボックスのマークを解除して、操作する対象のボックスが選択
されていない状態にします。これは、ポインタ ツールでフォームの背景をクリックするのと同じです。
UNSELECT
UNSELECT コマンドは引数を取りません。
ACTIVATE コマンドの動作の逆を行い、メイン フォームをアクティブなフォームにします。これは、ポインタ
ツールでメイン フォームの背景をクリックするのと同じです。
UNSELECT
UNSELECT コマンドは引数を取りません。
メモ: このコマンドは、アクティブなフォームを変更します。
プログラム実行コマンド
CALL scriptname
DOS doscommand
EXEC wincommand
EXEC_BUTTON boxname
DDE ddecommand
LAUNCHfilename
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
OUTPUT_STR string
プログラム実行コマンドは、外部プロセスを呼び出して、データを渡します。これらのコマンドはすべて引数を必
要とし、複数の引数を取る場合もあります。
CALL は、指定された CAL スクリプトを実行します。別のスクリプト内から呼び出しが行われる場合は、呼び出さ
れたスクリプトの処理が完了すると、呼び出し元のスクリプトに制御が返されます。上で説明したように、CALL
の後にはスクリプト名を指定する必要があります。
DOS は、DOS のコマンド ラインを実行します。DOS キーワードに続けて、DOS のコマンド プロンプトで入力す
る文字列を指定します。DOS コマンドの後に引数を入力しないと、対話型のコマンド プロンプト ウィンドウが表
示されます。この機能を使用して、ファイルの操作、プログラムやバッチ ファイルの実行、ディレクトリ リスト
の取得、ディスクのフォーマットなどができます。コマンドの実行中は、画面にコマンド プロンプト ウィンドウ
が表示され、実行が終了すると、ウィンドウが消えて元のスクリプトに制御が返されます。
EXEC は、Windows プログラムを起動して、オプションでコマンド ライン引数を渡します。EXEC キーワードに続
けて、プログラム マネージャまたはスタート メニューの [ファイル名を指定して実行] で入力する文字列を指定
します。このコマンドはプログラムを起動しますが、元のスクリプトに制御を返しません。ChemFinder に制御を
返すには、タスク マネージャを使用するか、または ChemFinder フレーム ウィンドウをクリックする必要があ
ります。
EXEC_BUTTON は特定のボタンに接続されたスクリプトに実行を移します。boxname はボタンのボックス名 (Box
Properties ダイアログ ボックス内) です。通常はボタン上のテキストと同じです。
DDE は、指定したアプリケーションに DDE (Dynamic Data Exchange) メッセージを送ります。DDE キーワード
に続けて、次の 3 つの引数を指定します。
service name ― 通常、受け取り側のアプリケーションの名前を指定します。
topic name ― メッセージの性質を指定する、受け取り側のアプリケーションが認識可能な文字列を指定しま
す。この文字列は、通常は SYSTEM です。
command ― サービスに実行内容を指示する命令を指定します。
OUTPUT_STR は、CAL から Python の Output ウィンドウにアクセスできるようにします。string は Output
ウィンドウに書き出される文字列で、最後に改行が付加されます。このコマンドは、最初に呼び出されたとき、必
要に応じてウィンドウを開きます。文字列が複数の単語から成る場合にも引用符で囲む必要はありません。
これらの引数に指定する内容は、受け取り側のサービスによって異なります。
次の表に、プログラム実行コマンドの例を示します。
コマンド
動作
CALL
myscript
Scripts ディレクトリに保存
されているスクリプトファイ
ルを実行します。
DOS erase
ファイルを削除する DOS
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
動作
junkfile.dat コマンドを実行します。
EXEC notepad Windows のメモ帳プログラ
ムを実行します。
myfile.txt
DDE CHEM3D
CFWIN "open
benz.mol"
指定したサービスに DDE
メッセージを送ります。
CAL コマンドの CALL 構文
指定した CAL スクリプトを実行します。
CALL scriptname
CALL コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
実行する CAL スクリプト
scriptname
ファイルの名前を示す文字
列。
注釈
ChemFinder の標準検索パスにある CAL スクリプト ファイルの場合は、ファイル名本体のみ (BROWSE) が必要
です。それ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\BROWSE.CFS) が必要です。
CALL コマンドが、コマンド ラインではなく他のスクリプト内から実行された場合、呼び出し先のスクリプトの実
行が完了した後で、呼び出し元のスクリプトのその次のコマンドの実行が継続されます。
CALL で呼び出した先のスクリプトは、呼び出し元のスクリプトのユーザー変数をすべて受け継ぎます。また、呼
び出し元のスクリプトも、呼び出し先のスクリプトの実行が終わった後で、それらのユーザー変数を受け継ぎま
す。
CAL コマンドの DOS 構文
標準の DOS コマンド ラインを実行します。
DOS doscommand
DOS コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
DOS コマンド プロンプト
doscommand
に入力される任意の文字
列。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
注釈
このコマンドは、ファイルの操作、プログラムやバッチ ファイルの実行、ディレクトリ リストの取得、ディスク
のフォーマットなどに使用できます。
コマンドの実行中は、画面に DOS コマンド プロンプト ウィンドウが表示され、実行が終了すると、ウィンドウ
が消えて元のスクリプトに制御が返されます。
CAL コマンドの EXEC 構文
Windows プログラムを起動して、オプションでコマンド ライン引数を渡します。
EXEC filename [commandargs]
EXEC コマンドは次の引数を取ります。
引数
commandargs
説明
アプリケーションに渡され
る引数を含んだ文字列。
Windows アプリケーション
filename
のファイル名を示す文字
列。
注釈
起動するファイルが ChemFinder の標準検索パスにある場合は、ファイル名本体のみ (CHEMDRAW) が必要です。
それ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\CHEMDRAW.EXE) が必要です。
EXEC コマンドはプログラムを起動しますが、元のスクリプトに制御を返しません。ChemFinder に制御を返すに
は、タスク マネージャを使用するか、ChemFinder フレーム ウィンドウをクリックする必要があります。
EXEC の例
この例では、EXEC コマンドを使用して Microsoft Excel を起動します。
最初の行は先頭がアスタリスク (*) なので実行されません。この行は、処理の内容をユーザーにわかりやすく伝
えるためだけの行です。
* RUNEXCEL.CFS -- Excelを起動するスクリプトEXEC "c:\msoffice\excel\excel.exe"
CAL コマンドの DDE 構文
指定したアプリケーションに DDE (Dynamic Data Exchange) メッセージを送ります。
DDE [timeout] servicename topic command
DDE コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
timeout
接続の確立を試行できる期
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
間 (秒単位)。オプション
の引数です。
受信側アプリケーションの
servicename
識別子を示す文字列。ただ
し、常にアプリケーション
名であるとは限りません。
topic
メッセージの性質を示す文
字列。
受信側アプリケーションへ
command
の処理命令を含んだ文字
列。
注釈
DDE コマンドは各アプリケーションに固有です。サービス名、トピック名、およびサポートされているコマンドの
情報については、目的の受け取り側アプリケーションのドキュメントを参照してください。
DDE コマンドは常に EXECUTE 命令として送信されます。
Excel と連携する例
この例では、WRITETEXT コマンドを使用して現在のリストをファイルに書き込んでから、2 つの DDE コマンドを
送信することによって、そのファイルを Microsoft Excel で開いて、列を適切なサイズに変更します。最後に、
DOS コマンドを使用して、その一時ファイルを削除します。
最初の行は先頭がアスタリスク (*) なので実行されません。この行は、処理の内容をユーザーにわかりやすく伝
えるためだけの行です。
* TOEXCEL.CFS -- Excelにデータを送信するスクリプトWRITETEXT C:\DATA.TMPDDE Excel System [OPEN
("C:\DATA.TMP")]DDE Excel System [COLUMN.WIDTH(1,"C1:C4",,3,1)]DOS erase C:\DATA.TMP
汎用コマンド
MSG message
STATMSG message
TIMEDMSG [n] <msg>W
FONT fontname [size [style r g b]]
SEEPTAB [decisecs]
QUIETCLOSE
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
HIDETABLE
SET
CLEAN [cleanup, tidy, redraw, denovo]
HELP
GET [v] section number, itemnumber
SOUND filename.wav
SYSMETRIC [v] index
MSG は、指定されたテキストをメッセージ ボックスとして表示し、ユーザーのクリックを待ちます。
STATMSG はステータス ラインに情報を表示します。
TIMEDMSG は、MSG コマンドのようにメッセージ ボックスを表示します。ただし、TIMEDMSG によって表示された
メッセージは、指定した秒数後自動的に閉じます。次に例を示します。TIMEDMSG 10 ˝ This message will
disappear automatically after 10 seconds.˝
FONT は、現在のフォントを変更するコマンドです。このコマンドの実行後に作成されるボックスにはこのフォン
トが使用されます。キーワードに続けて、Windows フォント名を指定し、必要に応じて次の 3 つを指定します。
フォントのポイント数 (既定値は 8)
タイルの設定は以下の通りです。(既定値は、通常のテキストを表す 0)
RGB の値をそれぞれ 0 ～ 255 の範囲で表した色 (既定値は、黒を表す 0,0,0)
フォント スタイルには、太字 (1)、イタリック (2)、下線 (4) の数字の合計値を指定します。つまり、スタイ
ルに 1 を指定すると太字、3 を指定すると太字 + イタリック、6 を指定するとイタリック + 下線というように
なります。
SEEPTAB は、周期表ウィンドウを表示し、指定された時間が経過すると周期表ウィンドウを閉じます。周期表ウィ
ンドウの表示時間は、0.1 秒 (1 デシ秒) 単位で指定します。表示時間を省略した場合、周期表ウィンドウは 4
秒間表示されます。
QUITECLOSE は、現在アクティブなフォームを閉じます。このコマンドは FILE CLOSE に似ていますが、フォーム
が変更されていても、ユーザーの確認を促さずに自動的に変更内容を破棄してフォームを閉じます。
HIDETABLE は、現在のフォームのテーブル ビュー ウィンドウを閉じます。サブフォームが有効な場合は、サブ
フォームをフォーム ビューに戻します。
SET を使うと、ChemFinder の基本的な設定値を変更できます。Preferences ダイアログ ボックスのほとんどの
オプションが変更可能であり、さらに、SET コマンドでしか変更できない設定値もあります。SET で変更できるパ
ラメータのリストについては、オンライン ヘルプを参照してください。
CLEAN は、現在の分子の結合の長さと角度を標準化するためのコマンドです。このコマンドは、ChemDraw で分子
を開いて、Clean Up Structure コマンドを選ぶ操作と同じです。引数はオプションです。
HELP は、有効な CAL コマンドすべてを一覧表示します。コマンドごとに有効なパラメータと簡潔な説明が表示さ
れます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
SET/GET 関数は、データを Windows レジストリの HKEY_CURRENT_USER\Software\CambridgeSoft
\ChemFinder\15.0\General\Options の下に格納します。
SOUND は、指定した .wav ファイルを再生します。
SYSMETRIC は、指定したシステム メートル法の変数を検索します。
次の表に、汎用コマンドの例を示します。
コマンド
動作
MSG ˝Click
OK to
continue˝
メッセージ ウィンドウを表示
し、ユーザーがクリックする
まで待機します。
FONT Times
12 1 255 0
0
フォントを 12 ポイントの赤
の Times の太字に変更し
ます。
GET V1,4,5
セクション 4 の項目番号 5
の値を変数 V1 に入力しま
す。
SOUND
beep.wav
beep.wav ファイルの音声を
再生します。
CAL コマンドの MSG 構文
ダイアログ ボックスに、メッセージを表示し、ユーザーがそのダイアログ ボックスを閉じるまで待機します。
MSG message
MSG コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
ダイアログ ボックス内に
message
メッセージとして表示され
る文字列。
CAL コマンドの FONT 構文
現在のフォント、サイズ、スタイル、および色を変更し、それ以降に作成するすべてのボックスに適用します。
FONT fontname [size [style [r g b]]]
FONT コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
fontname
Windows フォント リスト
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
内にあるフォントの名前を
示す文字列。
size
フォントのサイズを示す文
字列 (ポイント単位)。
フォントの表示スタイルを
style
示す文字列 (設定値につい
ては「設定」を参照)。
r
g
b
フォントの色の赤の要素を
示す文字列 (0 ～ 255)。
フォントの色の緑の要素を
示す文字列 (0 ～ 255)。
フォントの色の青の要素を
示す文字列 (0 ～ 255)。
設定
style の設定値は次のとおりです。
設定
説明
0
標準テキスト
1
太字
2
斜体
3
太字、斜体
4
下線
5
太字、下線
6
斜体、下線
7
太字、斜体、下線
CAL コマンドの SEEPTAB 構文
周期表ウィンドウを表示し、閉じます。
SEEPTAB [decisecs]
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
SEEPTAB コマンドは次の引数を取ります。
引数
decisecs
説明
周期表ウィンドウを閉じる
までの表示期間。
注釈
10 デシ秒 = 1 秒です。
decisecs 引数を省略した場合、周期表ウィンドウは 4 秒間表示されます。
CAL コマンドの QUIETCLOSE 構文
最上位のフォームを直ちに閉じます。変更されているかどうかは確認しません。
QUIETCLOSE
QUIETCLOSE コマンドは引数を取りません。
注釈
このコマンドは、メニュー コマンド File Close に似ています。しかし、ユーザーがフォームに何らかの変更を
加えている場合に、File Close コマンドでは変更を保存するかどうかをユーザーに確認する警告が表示されるの
に対し、QUIETCLOSE コマンドでは表示されません。
CAL コマンドの HIDETABLE 構文
アクティブなフォーム上の Table View ウィンドウを閉じます。
HIDETABLE
HIDETABLE コマンドは引数を取りません。
注釈
アクティブなフォームの Table View は、メニュー コマンド View Data Table で表示できます。
アクティブなフォームがサブフォームの場合、HIDETABLE コマンドはそのサブフォームをフォーム ビューに戻し
ます。
CAL コマンドの SET 構文
ChemFinder の全体的な動作を制御するさまざまな設定値を変更します。
SET section preference setting
SET コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
section
設定値の基本カテゴリを示す文字列。
preference
変更する設定値を示す文字列。
setting
設定値の新しい値を示す文字列。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
値
section、preference、および setting の値は次のとおりです。
section
preference
説明
値
ChemFinder では解釈でき
ない原子ラベルを表示する
DISPLAY
ATOM_LABEL_COLOR
色。
Color の選択
既定値は紫 (Purple) で
す。
個々の原子に原子番号を表
示するかどうか。
DISPLAY
0 または 1
ATOM_NUMS
既定値は 0 (表示しない)
です。
クエリ原子や周期表に掲載
されていないその他の種類
DISPLAY
ATOM_SPECIAL_COLOR
の原子を示す色。
Color の選択
既定値は紫 (Purple) で
す。
個々の結合に結合番号を表
示するかどうか。
DISPLAY
0 または 1
BOND_NUMS
既定値は 0 (表示しない)
です。
二重結合の間隔 (結合の
長さのパーセンテージで指
DISPLAY
BOND_SPACING
定)。
0 ...100
既定値は 12 (%) です。
構造式の結合の長さの平均
に基づいて原子ラベルの
DISPLAY
FONT_ADJUSTMENT
フォント サイズを補正す
る比率。具体的には、原子
-50 ...80
ラベルのフォント サイズ
は(nominal value +
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
(FONT_ADJUSTMENT/100)
* average bond length)
となります。
既定値は 20 (%) です。
フォームの背景色。このパ
ラメータは Preferences
ダイアログ ボックスの
DISPLAY
FORM_COLOR
Color タブで手動で設定
Color の選択
できます。
既定値は灰色 (Grey) で
す。
画像の周囲に枠線を表示す
るかどうか。このパラメー
タは Preferences ダイア
ログ ボックスの Display
DISPLAY
FRAME_PICTURES
タブで手動で設定できま
0 または 1
す。
既定値は 1 (表示する)
です。
グリッド上のハッシュ
マークの間隔 (ピクセル
単位)。このパラメータは
Preferences ダイアログ
DISPLAY
GRID_SPACING
ボックスの Display タブ 0 ...100
で手動で設定できます。
既定値は 10 (ピクセル)
です。
最大の結合の長さを調整す
DISPLAY
MAX_BND_LEN
るための尺度。この値は、
Fit to box オプションが
10 ...500
選択解除されているときに
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
のみ適用されます。
既定値は 100 (%) です。
部分構造式検索の一致箇所
を表示する色。このパラ
メータは Preferences ダ
DISPLAY
MOL_HIGHLIGHT_COLOR
イアログ ボックスの
Color の選択
Color タブで手動で設定
できます。
既定値は赤 (Red) です。
分子式および分子量の正味
の反応変化の表示で、角
かっこで囲まれたテキスト
DISPLAY
NET_OUTSIDE
が移動可能な場合に、外側
0 または 1
に移動するかどうか。
既定値は 1 (外側に移動
する) です。
正味の反応変化を分子式お
よび分子量の角かっこの中
DISPLAY
NET_RXN_CHANGE
に表示するかどうか。
0 または 1
既定値は 1 (変化を表示
する) です。
画像ボックスの背景色。こ
のパラメータは
Preferences ダイアログ
DISPLAY
PICTURE_BACKGROUND
ボックスの Color タブで
Color の選択
手動で設定できます。
既定値は白 (White) で
す。
DISPLAY
QUERY_BOND_COLOR
第 20 章: CAL コマンド
クエリ属性を持つ結合を表
示する色。このパラメータ
Color の選択
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
は Preferences ダイアロ
グ ボックスの Color タ
ブで手動で設定できます。
既定値は緑 (Green) で
す。
反応の中心を強調表示する
色 (強調表示が有効な場
合)。このパラメータは
Preferences ダイアログ
DISPLAY
RXN_CTR_COLOR
ボックスの Color タブで
Color の選択
手動で設定できます。
既定値は 33023
(purplish) です。
一致するマップ済み原子を
反応の中で色付きで強調表
示するかどうか。このパラ
メータは Preferences ダ
DISPLAY
SHOW_AAMAP
イアログ ボックスの
0 または 1
Display タブで手動で設
定できます。
既定値は 0 (強調表示し
ない) です。
電荷または基を持つすべて
の原子で暗黙的な水素を表
DISPLAY
SHOW_H_CHARGED_ATOMS
示するかどうか。
0 または 1
既定値は 1 (表示する)
です。
すべてのヘテロ原子で暗黙
DISPLAY
SHOW_H_ON_HET
的な水素を表示するかどう
か。このパラメータは
0 または 1
Preferences ダイアログ
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
ボックスの Display タブ
で手動で設定できます。
既定値は 1 (表示する)
です。
すべての端にある炭素で暗
黙的な水素を表示するかど
うか。このパラメータは
Preferences ダイアログ
DISPLAY
SHOW_H_TERM_C
ボックスの Display タブ 0 または 1
で手動で設定できます。
既定値は 0 (表示しない)
です。
反応の中心を強調表示する
かどうか。このパラメータ
は Preferences ダイアロ
グ ボックスの Display
DISPLAY
SHOW_RXN_CENTER
タブで手動で設定できま
0 または 1
す。
既定値は 0 (強調表示し
ない) です。
構造式をクリップボードに
コピーするときに、
ChemFinder と ChemDraw
OPTIONS
CFW_METAFILES
のどちらを使用して画像を 0 または 1
生成するか。
既定値は 0 (ChemDraw を
使用して生成) です。
DDE トランザクションに
対する反応を待機する秒
OPTIONS
DDE_TIMEOUT
数。
0 ...60
既定値は 30 (秒) です。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
金属に水素を暗黙的に描画
させるかどうか。このパラ
メータをオフにした場合、
ChemFinder は自動的に、
個々の金属の最小原子価を
満たすために水素を追加し
OPTIONS
EXPLICIT_METAL_H
ます。このパラメータは
0 または 1
Preferences ダイアログ
ボックスの General タブ
で手動で設定できます。
既定値は 1 (暗黙的な描
画を要求) です。
区切り形式のテキスト
ファイルをエクスポートす
るときに使用する区切り記
号の ASCII 値。このパラ
メータは Preferences ダ
OPTIONS
EXPORT_HEADER
イアログ ボックスの
0 ...255
General タブで手動で設
定できます。
既定値は 9 (タブ) で
す。
ChemFinder を次回起動し
たときに、前回のアクティ
OPTIONS
LOAD_LAST_FORM_ON_
ブ フォームのファイルを
STARTUP
ロードするかどうか。
0 または 1
既定値は 0 (ロードしな
い) です。
あまり重要でないダイアロ
グ ボックスの表示を抑制
OPTIONS
NON_INTERACTIVE
するかどうか。主に、
0 または 1
ChemFinder を別の場所か
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
ら使用するとき (WWW で
使用する場合など) に役
立ちます。ChemFinder を
直接使用するときには、こ
のオプションをオフにする
ことをお勧めします。
既定値は 0 (対話モード)
です。
標準的でない原子価を持つ
要素を含んだ物質を入力し
ようとしたきに警告を出す
かどうか。このパラメータ
は Preferences ダイアロ
OPTIONS
VALIDATE_VALENCE
グ ボックスの General
0 または 1
タブで手動で設定できま
す。
既定値は 0 (警告を出さ
ない) です。
印刷時にフォームの周囲に
枠線を印刷するかどうか。
PRINT_OPTIONS
0 または 1
PRINT_BORDER
既定値は 1 (枠線を印刷
する) です。
フォームを含んでいるすべ
てのページの下部に印刷す
るフッターの内容。任意の
テキストを指定でき、次に
示す特殊コードも使用でき
PRINT_OPTIONS
PRINT_FOOTER
ます。
string
%D 現在の日付
%F CFX ファイルの名前
%P ページ番号
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
%T 現在の時刻
既定値は “ChemFinder
%D %T Record %P” で
す。
フォームを含んでいるすべ
てのページの上部に印刷す
るヘッダーの内容。任意の
テキストを指定でき、フッ
PRINT_OPTIONS
PRINT_HEADER
ターのところで説明したの string
と同じ特殊コードも使用で
きます。
既定値は "%F" (ファイル
名) です。
検索時に部分構造式検索を
許可するかどうか。このパ
ラメータは Preferences
ダイアログ ボックスの
SEARCHING
EXACT
Search タブで手動で設定
0 または 1
できます。
既定値は 0 (部分構造式)
です。
検索時に、電荷を持つ炭素
原子と電荷を持たない炭素
原子を一致と認めるかどう
か。このパラメータは
SEARCHING
FIND_CHARGED_CARBON
Preferences ダイアログ
0 または 1
ボックスの Search タブ
で手動で設定できます。
既定値は 1 (一致を認め
る) です。
SEARCHING
FIND_CHARGED_HET
第 20 章: CAL コマンド
検索時に、電荷を持つヘテ 0 または 1
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
ロ原子と電荷を持たないヘ
テロ原子を一致と認めるか
どうか。このパラメータは
Preferences ダイアログ
ボックスの Search タブ
で手動で設定できます。
既定値は 1 (一致を認め
る) です。
二重結合に関するシス型と
トランス型の立体化学構造
を一致と認めるかどうか。
このパラメータは
Preferences ダイアログ
SEARCHING
MATCH_STEREO_DB
ボックスの General タブ 0 または 1
で手動で設定できます。
既定値は 1 (立体化学構
造を一致と認める) で
す。
四面体立体化学構造を一致
と認めるかどうか。このパ
ラメータは Preferences
ダイアログ ボックスの
SEARCHING
MATCH_STEREO_TET
Search タブで手動で設定
0 または 1
できます。
既定値は 1 (立体化学構
造を一致と認める) で
す。
検索結果として返される
ヒット件数の最大数。
SEARCHING
1…
MAX_HITS
既定値は 2500 (件) で
す。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
検索時に類似検索を許可す
るかどうか。このパラメー
タは Preferences ダイア
ログ ボックスの Search
SEARCHING
SIMILARITY
タブで手動で設定できま
0 または 1
す。
既定値は 0 (完全一致を
要求する) です。
2 つの化合物を類似と見
なすかどうかのカットオフ
比率。この比率未満のもの
は類似と見なされません。
SEARCHING
SRCH_TANIMOTO_PCT
このパラメータは
0 … 100
Preferences ダイアログ
ボックスの Search タブ
で手動で設定できます。
既定値は 90 (%) です。
クエリ部分構造式が対象物
の反応の中心に少なくとも
1 つの原子または結合を
必要とするかどうか。この
パラメータは
SEARCHING
SRCH_USE_RXN_CTRS
Preferences ダイアログ
0 または 1
ボックスの Search タブ
で手動で設定できます。
既定値は 1 (中心に必要
とする) です。
検索のヒット件数が最大数
に達したときに検索を停止
SEARCHING
STOP_AFTER_MAX_HITS
するかどうか。このパラ
0 または 1
メータをオフにした場合
は、総ヒット数が報告され
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
section
preference
説明
値
ますが、表示されるのは最
大件数までです。
既定値は 1 (停止する)
です。
CAL コマンドの CLEAN 構文
現在の分子の結合の長さと角度を標準化します。
CLEAN [param]
CLEAN コマンドは、次のオプションの引数を取ります。
引数
説明
(既定値) 描画モードを少
しずつ強くします。最初は
cleanup
Tidy から始め、変化が生
じるまで描画モードを強め
ていきます。
tidy
再描画を最小限にします。
redraw
環の再設計を許可します。
denovo
完全に一から描き直しま
す。
注釈
このコマンドは、ChemDraw で構造式を開き、Clean Up Structure コマンドを選択して、ChemFinder に戻るの
と同じです。
CAL コマンドの HELP 構文
有効な CAL コマンドすべてを一覧表示します。コマンドごとに有効なパラメータと簡潔な説明が表示されます。
HELP
注釈
このコマンドは、CAL スクリプトの実行中はあまり役に立ちませんが、ChemFinder のコマンド ラインへ入力す
ると、構文をすばやく確認できて便利です。
ファイル コマンド
READMOL filename
第 20 章: CAL コマンド
294 / 321
ChemFinder 15.0
READPICT boxname filename
WRITEMOL filename
WRITEPICT boxname filename
WRITETEXT filename
READMOL と WRITEMOL は、現在の分子に対して実行するコマンドです。これらのコマンドは、フォーム上に化学
構造に関連するボックス (構造式、分子式、分子量) が少なくとも 1 つ配置されており、データベース内の有効
なエントリにカーソルがある場合に使用できます。READMOL は、指定された構造式ファイルを読み取り、フォーム
上の現在の分子を置き換えます。WRITEMOL は、現在の分子を指定された構造式ファイルに保存します。このとき
指定したファイルが存在しない場合は新たに作成し、存在する場合は上書きします。READMOL と WRITEMOL は、
ともにファイル名の拡張子に基づいてファイル形式を自動判別します。たとえば、benzene.cdx というファイル
は、ChemDraw ファイルとして扱われます。
READPICT と WRITEPICT は、画像ボックスとの間で画像を転送します。boxname はフォーム上の画像ボックスの
名前で、filename はグラフィック ファイル (拡張子 .bmp、.jpg、.gif、.png、.emf、.wmf) のパス名です。
WRITETEXT は、現在のリストを、区切り形式のテキストとしてエクスポートします。区切り記号は、Preferences
ダイアログ ボックスで指定できます。
次の表に、ファイル コマンドの例を示します。
コマンド
動作
READMOL
benz.mol
指定したファイルを現在の
分子として読み取ります。
WRITEMOL
saved.mol
現 在の分子を指定したファ
イルに書き込みます。
WRITETEXT
hits.txt
現在のリストをテキストファ
イルにエクスポートします。
OPENDB [R/E/RE] dbname
CRETABLEtablename
DELTABLEtablename
SELTABLEtablename
CREFIELDfieldname
DELFIELDfieldname
SORT [D] fieldname
Oracle データベース コマンド
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
SQL <SQLStatement>
SQLSELECT [v] <SQLSelectStatement>
OPENDB は、標準分子データベースを開きます。MDB ファイルのパス名または ODBC データ ソース リストからの
名前を指定します。OPENDB は、Oracle データベースに接続されると、データベース名ではなくテーブル名を使
います。また、データベースを開くときのモードを指定できます。
R - 読み取り専用
E - 排他的
RE - 読み取り専用および排他的
CRETABLE は、現在のデータベース内にテーブルを作成します。
DELTABLE は、現在のデータベース内のテーブルを削除します。
SELTABLE は、現在のデータベースからテーブルを選択してアクティブにします。フィールドに対する動作は、こ
のテーブル内で行われます。
CREFIELD は、現在のデータベース内にある現在のテーブル内にフィールドを作成します。この CREFIELD コマン
ドで、フィールド タイプおよびフィールドの幅を指定できます。既定値では、テキスト フィールドの幅は 50 文
字です。
DELFIELD は、現在のデータベース内にある現在のテーブルからフィールドを削除します。
SORT は、指定したフィールド上のデータベースの内容をソートします。既定値では、データベースは昇順にソー
トされます。D を指定すると、降順にソートされます。
SQL を使うと、SQL を CAL から直接渡すことができます。SQLStatement は、結果を返さない SQL ステートメ
ントです。そのため、データ操作の際に便利です。Oracle データベースに接続されている場合にのみ使用できま
す。
SQLSELECT は、1 行のレコードセットを返します。計算や検索に適しています。v は、SELECT ステートメントの
結果を受け取る変数の名前または番号を表します。SelectStatement は、単一の結果を取り出すための SQL
SELECT ステートメントです。v を省略すると、結果は V1 に格納されます。Oracle データベースに接続されて
いる場合にのみ使用できます。
接続文字列でパスワードを省略すると、コマンドを実行するときに、入力を求めるプロンプトが表示されます。
次の表に、データベース コマンドの例を示します。
コマンド
動作
CRETABLE
MyTable
新しいテーブルを作成しま
す。
DELTABLE
MyTable
新しいテーブルを削除しま
す。
CAL コマンドの OPENDB 構文
データベースを開き、アクティブなフォームのデータ ソースとして割り当てます。
OPENDB dbname
第 20 章: CAL コマンド
296 / 321
ChemFinder 15.0
OPENDB コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
データベースのファイル名
を示す文字列。この名前
dbname
は、*MDB ファイルでも、
ODBC データ ソース リス
ト内の名前でもかまいませ
ん。
注釈
起動するファイルが ChemFinder の標準検索パスにある場合は、ファイル名本体のみ (CS_DATA) が必要です。そ
れ以外の場合は、完全なファイル パス (c:\some\long\path\CS_DATA.MDB) が必要です。
OPENDB の例
この例では、OPENDB コマンドを使用して、現在のフォームに新しいデータ ソースを割り当てます。
OPENDB c:\data\mydb.mdb
変数コマンド
SETVAL [v] text
READVAL [v] filename
WRITEVAL [v] filename
INPUT [v] [prompt]
PASSWORD [v] [default]
GETDATA [v] box
PUTDATA box text
FROM_SMILES [str]
TO_SMILES [v]
APPEND ON|OFF
APPENDVAL [v] [text]
INCREMENT [v]
DECREMENT [v]
LET v v op v
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
SUBSTR [v] <str> <from> [<to>]
CAL では、V1 ～ V9 の 9 個の変数を使用できます。これらは、フォーム上のボックスと他のデータ ソースとの
間で情報を移動する際に、一時的な格納場所として使用できます。
変数名は、すべての CAL コマンドで使用できます。コマンドの説明中、斜体で表示されている項目はすべて変数
名に置き換えることができます。変数名の先頭には、次の例のようにドル記号を付けます。
次に例を示します。
MSG message は次のいずれの方法でも使用できます。
MSG "An explicit message"
― スクリプトに明示的にコーディングされたメッセージ
MSG $V2
― 実行時に変数 2 から取得されるメッセージ
CAL コマンドでは、複数の変数および定数を続けて指定できます。変数名の前後にドル記号 ($) を入力する必要
があります。
次に例を示します。
MSG$V2$$V1$
このコマンドによって、メッセージ ボックスには、V2 の値の直後に V1 の値が表示されます。
変数を操作するほとんどのコマンドは、変数の番号を最初の引数として取ります。番号が省略された場合は、変数
1 と見なされます。
SETVAL は、指定されたテキストを変数に格納します。READVAL は、テキスト ファイルの内容を変数に読み取り
ます。WRITEVAL は、変数の内容をファイルにコピーします。
INPUT は、テキスト入力ダイアログ ボックスを表示し、ユーザーが入力したデータを受け付けて、変数に格納し
ます。メッセージがある場合は、メッセージもボックスに表示します。
PASSWORD は、INPUT と同等のコマンドですが、入力された文字をすべてアスタリスクで表示する点が異なりま
す。
GETDATA は、フォーム ボックスの内容 (構造式以外) を取得して変数に格納します。ボックスを特定する方法に
ついては、これまでの説明を参照してください。PUTDATA は、指定されたテキストをフォーム ボックスにコピー
します。フォーム名は大文字と小文字が区別されます。大文字と小文字の区別に気を付けて、データを保存する
フォーム ボックス名と同じ名前を入力してください。
TO_SMILES は、現在の構造式の内容を SMILES 文字列として取得します。FROM_SMILES は、SMILES 文字列から
構造式を生成します。
APPEND では、データの移動先に格納されている現在のデータを保存するかどうかを指定します。この設定は、SD
または区切り形式のテキスト ファイルに対して File Export を実行するときにも使用されます。
APPEND ON を指定すると、それ以降のデータを移動する際に、古いデータに新しいデータが追加されます。
APPEND OFF を指定すると、古いデータは上書きされます。このコマンドで指定したモードは、PUTDATA 以外のす
べての変数コマンドに適用されます。プログラムの起動時の既定値は、APPEND OFF です。
APPENDVAL は、文字列値の作成をすばやく行うためのコマンドです。このコマンドは、APPEND ON を指定して
SETVAL を実行してから、APPEND を元の状態に戻す処理と同じです。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
Tip: APPEND ON と APPENDVAL の違いは、APPENDVAL では追加した文字列に改行が加わらないのに対し、
APPEND ON では改行が加わることです。文字列の末尾に改行を挿入する場合は、APPEND ON を使用してくださ
い。
INCREMENT は、変数の値に 1 を加えます。INCREMENT はループで使用できます。
DECREMENT は、変数の値から 1 を引きます。DECREMENT はループで使用できます。
LET は、整数や実数値を含む変数に対して、数学演算を行います。演算子は 1 行に 1 つずつ入力してください。
次の演算子を使用できます。
+ 加算
- 減算
* 乗算
/ 除算
SUBSTR は、変数から部分文字列を抽出します。抽出する部分文字列の範囲は、指定した文字から文字列の末尾ま
で、または指定した 2 つの文字の間です。
次の表に、変数コマンドの例を示します。
コマンド
動作
SETVAL
"some text"
V1 にテキストを格納しま
す。
SETVAL 2
"other
text"
V2 にテキストを格納しま
す。
READVAL 9
tmpdata.txt
ファイルのテキストを読
み取り、V9 に格納します。
APPEND ON
追加モードをオンにします。
WRITEVAL
output.txt
V1 の内容をファイルに
追加します。
SETVAL 2
"append me"
テキストを V2 の内容に
追加します。
APPEND OFF
追加モードをオフにします。
INPUT 2
"enter new
data"
メッセージを表示し、
ユーザーからの入力を
V2 に格納します。
GETDATA 3
molname
molname ボックスのデー
タを V3 にコピーします。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
動作
PUTDATA
molname
˝benzene˝
与えられた文字列を
molname ボックスに格納し
ます。
LET 3 $V1 +
$V4
V1 とV4 の値を加えた値
をV3 に格納します。
SUBSTR 2
abcdef 3 5
V2 に cde を格納します。
CAL コマンドの SETVAL 構文
指定した文字列をユーザー変数に代入します。
SETVAL [variable] text
SETVAL コマンドは次の引数を取ります。
引数
variable
text
説明
テキストの割り当て先とな
るユーザー変数。
変数に割り当てる文字列。
注釈
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
CAL コマンドの READVAL 構文
テキスト ファイルの内容を、ユーザー変数に読み込みます。
READVAL [v] filename
READVAL コマンドは次の引数を取ります。
引数
variable
filename
説明
テキストの割り当て先とな
るユーザー変数。
テキストの読み取り元ファ
イル名を示す文字列。
注釈
ファイルを読み取るときには、完全なファイル パス (c:\some\long\path\TEMP.TXT) が必要です。
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
ファイルのサイズが 32K より大きい場合、先頭から 32K のみが読み取られます。
READVAL の例
この例では、READVAL コマンドを使用して、ファイルの内容を変数に代入します。この後で、たとえばそのデータ
をデータベースに書き込むことができます。
READVAL d:\reports\status.txt
CAL コマンドの WRITEVAL 構文
ユーザー変数の内容をテキスト ファイルにコピーします。
WRITEVAL [v] filename
WRITEVAL コマンドは次の引数を取ります。
引数
variable
filename
説明
テキストの取得元となる
ユーザー変数。
テキストの保存先ファイル
名を示す文字列。
注釈
ファイルを書き込むときには、完全なファイル パス (c:\some\long\path\TEMP.TXT) が必要です。
指定したファイルが存在しない場合は作成されます。既に存在する場合は上書きされます。
WRITEVAL の例
この例では、WRITEVAL コマンドを使用して、変数の内容をテキスト ファイルに書き込みます。
WRITEVAL 2 f:\formulas\mydata.txt
CAL コマンドの INPUT 構文
テキスト入力ダイアログ ボックスを表示し、ユーザーが入力したデータを受け付けて、変数に格納します。
INPUT [variable] [input]
INPUT コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
ユーザーの入力データの割
variable
り当て先となるユーザー変
数。
input
既定の入力として提示され
る文字列。
注釈
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
CAL コマンドの PASSWORD 構文
テキスト入力ダイアログ ボックスを表示し、ユーザーが入力したデータを受け付けて、変数に格納します。ユー
ザーが入力した各文字はアスタリスク (*) で表示されるため、内容が隠ぺいされます。
PASSWORD [v] [default]
PASSWORD コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
ユーザーの入力データの割
variable
り当て先となるユーザー変
数。
default
既定のパスワードとして提
示される文字列。
注釈
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
パスワード入力の例
この例では、MSG コマンドを使用してユーザーにパスワードの入力を求めるメッセージを表示し、PASSWORD コマ
ンドを使用して入力を受け取ります。IF コマンドを使用してパスワードが正しいかどうかを調べた後で、EXIT で
処理を抜けるか、または残りのスクリプトを続行します。
msg Please enter the secret password...password 1if $v1 <> "the secret password" exit* ...etc.
CAL コマンドの GETDATA 構文
データ ボックスの内容をユーザー変数に読み取ります。
GETDATA [v] box
GETDATA コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
variable
テキストの割り当て先とな
るユーザー変数。
box
テキストの読み取り元を示
すボックス識別子。
注釈
GETDATA を使用できるのは、テキストが格納されたボックスか、テキストとして表せるデータ (数値、分子式、日
付など) が格納されたボックスに対してのみです。構造式または画像が格納されたデータ ボックスに対しては
GETDATA は使用できません。
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
CAL コマンドの PUTDATA 構文
ユーザー変数の内容をデータ ボックスにコピーします。
PUTDATA box text
PUTDATA コマンドは次の引数を取ります。
引数
box
text
説明
テキストのコピー先を示す
ボックス識別子。
保存するテキストの文字
列。
注釈
PUTDATA で、テキスト以外のデータ型 (数値、日付、分子式など) が格納されたデータ ボックスにテキストを格
納しようとすると、テキストは自動的に正しい型に変換されます。
CAL コマンドの APPEND 構文
ユーザー変数に対して他のデータを移動した場合に、元のデータを残すかどうかを決定します。
APPEND value
APPEND コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
新しいデータを既存のデー
value
タの末尾に追加するか、そ
れとも既存のデータを上書
きするかを示す値。
設定
value の設定値は次のとおりです。
設定
ON
OFF
説明
既存のデータの末尾に新し
いデータを追加します。
既存のデータを新しいデー
タで置き換えます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
別フォームの例
この例では、スクリプトを使用して別のフォームを開く方法を示します。新しく開くフォームは、元のフォームと
同じフィールドをいくつか持つものの、たとえばレイアウトが異なっています。明示的なサブフォームを使用した
くない場合には、これと同様の手順を使用して関連レコードを表示できます。
APPEND、SETVAL、および GETDATA の各コマンドを使用して、元のフォームの link_field フィールドの内容に
基づいて検索文字列を組み立てます。次に、メニュー コマンド File Open で 2 番目のフォームを開きます。既
に開いている場合にはそちらに切り替わります。最後に、メニュー コマンド Search Enter Query で検索モード
に入り、スクリプトで先ほど作成した検索文字列を PUTDATA コマンドで入力してから、メニュー コマンド
Search Find で検索を実行します。
append offsetval 1 "="append ongetdata 1 link_fieldappend offfile open
d:\chemfndr\otherform.cfx search enter queryputdata link_field $v1search find
CAL コマンドの APPENDVAL 構文
既存のユーザー変数の末尾に新しい文字列を連結します。
APPENDVAL [v] text
APPENDVAL コマンドは次の引数を取ります。
引数
variable
text
説明
テキストを連結するユー
ザー変数。
変数に連結する文字列。
注釈
APPENDVAL は、文字列値の作成をすばやく行うためのコマンドです。このコマンドは、APPEND ON を指定して
SETVAL を実行してから、APPEND を元の状態に戻す処理と同じです。
変数を省略した場合、テキストは V1 に代入されます。
化合物の保存の例
この例では、LOOP...ENDLOOP コマンドとメニュー コマンド Record Next を使用して、現在のリストの各レ
コードを 1 つずつ処理します。各レコードについて、SETVAL コマンドと APPENDVAL コマンドを使用して、現在
の $INDEX に基づいて一意のファイル パスを組み立てます。最後に、WRITEMOL コマンドを使用して、各化合物
をディスクに保存します。ファイル パスの末尾は .cdx なので、このスクリプトはすべての化合物を ChemDraw
形式で保存します。
append offloopsetval 1 c:\mydir\appendval 1 $indexappendval 1 .cdxwritemol $v1rec nextendloop
環境変数
$INDEX
$RECNO
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
$NUM_RECS
$DTBA_NAME_LONG
$DTBA_NAME_SHORT
$FORM_NAME_LONG
$FORM_NAME_SHORT
$CFW_DIR
$FORM_DIR
$SYSTEM_DIR
メモ: 変数のリスト全体を表示するには、Enter Cal Command ダイアログ ボックスで Help をクリックして
ください。
ChemFinder には、現在の ChemFinder 環境に関する情報を取得するために使用できる変数がいくつか用意されて
います。ただし、これらの変数を直接変更することはできません。これらの変数は、なんらかのコマンドを実行し
たときに自動的に設定されます。
たとえば、次のメニュー コマンドを実行します。
Record Next
実行後、現在の RECNO の値に 1 が加算されます。
次の表に、環境変数の例を示します。
コマンド
動作
SETVAL 1
$RECNO
現在のレコード番号を V1 に
SETVAL
V1 $NUM_
RECS
現在のリストに含まれるレ
SETVAL
V1
$DTBA_
NAME_
LONG
SETVAL
V1
$FORM_
格納します。
コードの数を V1 に格納しま
す。
データベースの完全パス
("c:\ChemFinder\mydb.mdb"
など) を V1 に格納します。
データベースのファイル名
("mydb" など) を V1 に格
納します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
動作
NAME_
SHORT
SETVAL
V1
$SYSTEM_
DIR
システム ディレクトリ名
("c:\chemfndr\system" な
ど) を V1 に格納します。
スクリプト専用コマンド
*text
:label
label:
GOTO label
IF v1 op v2 stmt
IF v1 op v2
<stmt(s)>
[ELSE
<stmt(s)>]
ENDIF
LOOP [count]
ENDLOOP
PAUSE [dseconds]
EXIT
INTERACTIVE ON/OFF
STEP ON/OFF
スクリプト専用コマンドは、スクリプト ファイルだけで使用できるコマンドです。対話方式の CAL では使用でき
ません。
アスタリスク (*) で始まる行は、コメントとして扱われ、スクリプトの実行時には無視されます。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
label と GOTO は、スクリプト内で前後にジャンプする場合に使用するコマンドです。label には、コロンで始
まる、またコロンで終わる任意のテキスト文字列を使用できます。スクリプトのどの場所でも使えます
(ChemOffice 2005 以前は、GOTO で参照できるラベルは、それより前に既に登場したものに限られていました)。
IF は標準的な条件式です。条件式に指定された 2 つの値が演算子に従って比較され、比較結果が真であれば、条
件式の後に指定したコマンドが実行されます。IF/ELSE 形式では、IF ステートメントが偽の場合に ELSE ステー
トメントが実行されます。有効な演算子は次のとおりです。
=
< >
<
>
LOOP は、繰り返し実行するコード セクションの開始を指定します。LOOP から ENDLOOP までのコマンドが繰り
返し実行されます。既定値では、コードは現在のリストのレコード数だけ実行されますが、LOOP ステートメント
に回数を指定することもできます。
Tip: ENDLOOP は、ループ句の任意の場所で、"次の繰り返しを続ける" ために使用することができます。例:
LOOP
RECORD NEXT
IF $HAS_MOL = 0
ENDLOOP
ENDIF
CLEAN
ENDLOOP
この例では、レコードに構造式がない場合、プログラムは次のレコードに移動し、CLEAN を実行しません。
PAUSE は、指定された時間 (0.1 秒単位) だけスクリプトの実行を停止します。時間の指定を省略すると、停止
時間は 2 秒になります。
EXIT は、スクリプトをただちに終了します。
INTERACTIVE は、対話型モードのオン/オフを切り替えます。
STEP は、デバッグ時のシングル ステップ モードのオン/オフを切り替えます。
次の表に、スクリプト専用コマンドの例を示します。
コマンド
start:
IF $V1 =
"" MSG
Empty
value!
動作
GOTO によるジャンプ先のラ
ベルです。
変数 V1 に値が格納されて
いなければ、エラー メッ
セージを表示します。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
コマンド
動作
PAUSE 100
10 秒間停止します。
GOTO
start
指定したラベルにジャンプ
LOOP 10
PAUSE
します。
10 回実行のループを開始し
ます。
既定値の停止時間(2 秒) だ
け停止します。
ループが終了するまで、
ENDLOOP
LOOP ステートメントに戻り
ます。
メモ: スクリプト コマンドは、変更されることがあります。最新情報については、ReadMe ファイルを参照し
てください。
CAL コマンドの * 構文
行をコメントとしてマークし、実行するコマンドではないことを示します。
*[text]
* コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
text
コメントの文字列。
注釈
行をコメントとしてマークするには、行の先頭の文字が * である必要があります。
このコマンドはスクリプト ファイルでのみ使用できます。コマンド ラインに入力した場合は無効です。
CAL コマンドの : 構文
前または後にテキストを記述した行をラベルとして指定します。
:label または label:
** コマンドは次の引数を取ります。
引数
label
説明
ラベルとして使用するテキ
スト。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
注釈
このコマンドはスクリプト ファイルでのみ使用できます。コマンド ラインに入力した場合は無効です。
CAL コマンドの GOTO 構文
現在のスクリプトの指定行に無条件で実行を移動します。
GOTO label
GOTO コマンドは次の引数を取ります。
引数
説明
label
移動先の行を示す文字列。
注釈
ラベルは ":CAL_:"で正しく指定されている必要があります。
このコマンドはスクリプト ファイルでのみ使用できます。コマンド ラインに入力した場合は無効です。
GOTO の例
この例では、ユーザーが、いくつかの新しい化合物をバッチ入力でき、それぞれに対して 1 つのフィールドを入
力できます。まず、MSG コマンドを使用して、操作方法をユーザーに通知します。次に、コロン (:) で始まる行
があります。これが、ループ開始のラベルの役割を果たします。INPUT コマンドで、新しいエントリの名前をユー
ザーから取得します。ユーザーが空の文字列を入力していないかどうかを IF コマンドで調べ、その場合は EXIT
でスクリプトを抜けます。メニュー コマンド Record Add で新しいレコードを作成した後で、PUTDATA コマンド
でユーザーの文字列を molname フィールドに入力します。
ループの終わりの GOTO コマンドで、実行位置が開始ラベルに戻ります。
msg Enter new compound names.Enter a blank name when complete
:startinput 1if $v1 = "" exitrecord addputdata molname $v1goto start
CAL コマンドの IF 構文
式の値が条件を満たすかどうかに応じてコマンドを実行します。
IF variable operator value command
または
IF variable operator value
command[ELSE command]ENDIF
GETDATA コマンドは次の引数を取ります。
引数
variable
説明
比較の基準となるユーザー
変数。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
operator
比較関数。
value
変数と比較する文字列。
command
任意の有効な CAL コマン
ド。
設定
operator の設定値は次のとおりです。
設定
説明
value が variable より
<
小さい場合に command が
実行される。
value が variable より
>
大きい場合に command が
実行される。
value が variable と等
=
しい場合に command が実
行される。
value が variable と等
!=
しくない場合に command
が実行される。
value が variable と等
<>
しくない場合に command
が実行される。
注釈
各 IF ステートメントで実行される CAL コマンドは 1 つだけです。ただし、その 1 つのコマンドが GOTO の場
合は、それによって他のコマンドを多数スキップできます。
CAL コマンドの PAUSE 構文
スクリプトの実行を一時的に停止します。
PAUSE [decisecs]
PAUSE コマンドは次の引数を取ります。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
引数
説明
decisecs
スクリプトの実行を一時停
止する期間。
注釈
10 デシ秒 = 1 秒です。
decisecs 引数を省略した場合、スクリプトは 2 秒間中断されます。
CAL コマンドの EXIT 構文
CAL スクリプトの実行を直ちに停止します。
EXIT
注釈
このコマンドはスクリプト ファイルでのみ使用できます。コマンド ラインに入力した場合は無効です。
第 20 章: CAL コマンド
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ChemFinder 15.0
ChemScript
ChemScript は、化学情報処理のためのソフトウェア開発キット (SDK) です。PerkinElmer 製品で広く使用され
ているプログラミング アルゴリズムが含まれます。ソフトウェア開発者であれば、ChemScript を適用して
ChemOffice アプリケーションで使用する独自のスクリプトを作成できます。
ChemScript ライブラリ内のすべてのサンプル スクリプトは、Python および C#/.NET で利用できます。これら
の言語のどちらかを習得していれば、サンプル スクリプトを容易に理解できるでしょう。Python にも C#/.NET
にもなじみがなければ、章末に記載の Web サイトや書籍を参照することをお勧めします。
ChemScript は Python と C#/.NET に対応していますが、ここでは Python を使って ChemScript の説明を行
います。Python は広く利用されているフリーのプログラミング言語です。
ChemScript の利点
ChemScript によって、化学データの扱いの柔軟性が大きく高まります。ChemScript を使うことで、自身で作成
した規則を用いたデータの変更、表示、移動が可能になります。1
以下に一般的な使い方をいくつか示します。
塩の分離と除去
描画した構造式から塩フラグメントを識別して除去し、純粋化合物を登録できます。
標準コード
一連の構造式を表す標準コードを生成し、そのコードを使ってデータの重複を検出します。
ファイル形式の変換
構造式または反応データ ファイルの形式を変換します。
特性の生成
ChemDraw の Struct=Name または物理的特性の生成機能を実行します。
共通骨格の配向
確立された共通の部分構造式の配向に基づいて、構造の標準配向を適用します。
2 次元構造式の生成 (2D SDG) および整形
ChemDraw のアルゴリズムを使って、座標情報を用いないで結合テーブルから新たな 2 次元構造を生成し、既存の
2 次元構造を整形します。
1ChemScript は、1 日に最大 10,000 件のデータ レコードを変換できます。処理能力をさらに高めるには、
ChemScript Ultra が必要になります。詳細については、PerkinElmer 社にお問い合わせください。
第 21 章: ChemScript
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ChemFinder 15.0
ChemScript のしくみ
ChemScript の最も根本的な使用法は、あるソースからデータを読み込み、スクリプトを使ってそのデータを変更
し、変更したデータを別の場所に書き込むことです。データの取得や書き込みは、ほぼどのようなデータベース、
ファイル、アプリケーションとの間でも可能です。
図 21.1: ChemScript によるスクリプトは、あるソースからデータを取得し、変更して、その結果を別の場所に
出力することができます。
データがどのように変更されるかは、完全にそのスクリプト次第です。スクリプトでは、データの削除、新しい
データの計算や追加、既存データの編集が可能です。データとしては、テキストか構造式、またはその両方が使え
ます。
ChemScript のスクリプトは、他のあらゆる Python スクリプトや .NET プログラムと同じように、Windows の
コマンド ラインまたは任意の開発環境を使って実行できます。
操作の開始
既定値では、ChemOffice のインストール時に、ChemScript と Python 3.2 がローカル コンピュータにインス
トールされます。インストール終了後、ChemScript の操作に慣れるために、以降で述べる簡単な動作確認を行う
ことをお勧めします。
ChemScript ファイルの編集には、利用可能な多くのプログラミング ツールの 1 つを使うことをお勧めします。
Python インストールには、こうしたツールの 1 つである IDLE が含まれています。IDLE の詳細については、
IDLE のメインメニューにあるオンライン ヘルプを参照してください。
IDLE の起動
Windows のスタート メニューからすべてのプログラム、Python 3.2、IDLE (Python GUI) の順にクリックしま
す。Python の起動後、Python のシェルが IDLE で開き、先頭行に Python のバージョン (例: 3.2) と IDLE
のバージョン (例: 1.2) が示されます。次のようなプロンプトも表示されます。“>>>”
第 21 章: ChemScript
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ChemFinder 15.0
ChemScript ライブラリのロード
コマンド プロンプトに次の行を入力し、Enter キーを押します。
import ChemScript15 *
メモ: このコマンドでは、大文字と小文字が区別されます。
"Welcome to CS ChemScript" というメッセージの後にコマンド プロンプトが表示されます。
ChemScript のヘルプ
IDLE 内では、任意の ChemScript クラスの説明を参照できます。たとえば、次の行を入力すると、ChemScript
の Atom クラスに関するヘルプが表示されます。
help(Atom)
ヘルプ情報は、次のようなメッセージで始まります。
“Help on class Atom in module ChemScript15:”
SMILES データの入力
ChemScript をテストして、正しく動作していることを確認することもできます。ChemScript の一般的な使用法
の 1 つは、関数を SMILES 文字列に適用することです。たとえば、変数に SMILES 文字列を割り当てることがで
きます。次の行を入力し、Enter キーを押します。
myMol = Mol.LoadData('C1CCCCC1C')
次のメッセージが表示されます。
Open molecule successfully: chemical/x-smiles (分子のオープンに成功: chemical/x-smiles)
化学名の表示
変数を使用して、化学名を表示できるようになりました。たとえば、コマンド プロンプトに次の行を入力して、
Enter キーを押します。
myMol.chemicalName()
methylcyclohexane という行が表示されます。
原子数のカウント
文字列内の原子数をカウントするには、次の行を入力し、Enter キーを押します。
myMol.CountAtoms()
chemical/x-smiles 形式で明示された構造式 'C1CCCCC1C' における原子の個数、7 が返されます。
IDLE の終了
終了するには、次の行を入力し、Enter キーを押します。
exit()
exit コマンドの実行に関するメッセージが出たら確認を行います。Python の IDLE が終了します。
基本操作ガイド
ChemScript には、自作スクリプトの開発と使用に役立つ基本操作ガイドが含まれています。このガイドを開くに
は、スタート、すべてのプログラム、ChemOffice2015、ChemScript 15.0、Getting Started の順にクリックし
ます。
このドキュメントには、ChemScript のオブジェクトと機能、それに Python についての簡単な説明と、インス
トールされたサンプルの概要が記されています。
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ChemFinder 15.0
スクリプトの編集
IDLE またはその他の開発環境を使えば、ChemOffice に付属するスクリプトの編集や、独自のスクリプトの作成
ができます。スクリプトには、その開発形態に関係なく、次のコマンドを含める必要があります。
from sys import *
from os import *
from os.path import *
from ChemScript15 import *
最初のコマンドは Python システムをインポートします。2 番目と 3 番目のコマンドは、オペレーティング シ
ステムのモジュールをインポートします。最後のコマンドは、すべての ChemScript 関数をインポートします。
これらのコマンド行さえ記述すれば、スクリプトの残り部分はすべて開発者に委ねられます。
ChemScript API の紹介
ChemScript には、ChemScript API リファレンス ガイドが付属します。このガイドを表示するには、スター
ト、すべてのプログラム、ChemOffice 2015、ChemScript 15.0、API Reference の順にクリックします。そこ
には、ChemScript クラスに関するリンクと情報が記されています。
ChemScript のオブジェクト モデルは、次に示す 2 つの基本的なレベルの機能で構成されています。
ChemScript クラス
最上位レベルにあるこの API は、次の 4 つのクラスで構成されます。
原子
元素、電荷、隣接原子との結合、3D 座標 (使用できる場合)、立体化学など。
結合
結合された原子、結合次数など。
分子 (Mol)
1 個以上の分子フラグメントを表すことができる化学結合テーブル。このクラスには、ファイル I/O 機能とその
他の高度な化学機能 (立体化学など) も含まれます。
反応 (Rxn)
1 つ以上のステップからなる化学反応。
関数とアルゴリズム
2 番目のレベルは、特定のビジネス ニーズに合わせて変更可能な、コアとなる一連の高水準機能群で構成されま
す。いくつかの例を次に示します。
テンプレートに基づく正規化
化学データに含まれる官能基を標準的な形式で表します。
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ChemFinder 15.0
テンプレートに基づく正規化
反応物のセットと一般的に定義された反応から生成物を自動生成します。たとえば、アミンとカルボン酸塩の反応
がこれに該当します。
部分構造の識別とマッピング
部分構造を持つ分子を原子ごとに比較一致した場合は、部分構造内の原子と分子内の原子の原子ごとの対応を示す
マップが得られます。
塩の除去
塩フラグメントの定義済みリストに基づいて、反応から塩を除去します。
構造の方向
確立された一般的な骨格の方向に基づいて、構造の標準的な方向を適用します。
2D 構造式の生成と整形
ChemDraw ベースのアルゴリズムを使って、新規の構造式の生成を行ったり、プログラムによる化学データの変更
後に利用します。
標準コード
固有の識別コードを化学構造式から生成します。
ファイル形式の変換
PerkinElmer の製品でサポートされているすべてのファイル形式 (CDX、CDXML、MOL、CHM、SKC、SMILES など)
でファイル データの読み取りまたは書き込みを行います。
化学名と構造式の変換1
ChemDraw の Struct=Name 機能を使って、化学名から構造式を生成したり構造式から化学名を生成したりしま
す。
分子力学
MM2 力場を使って分子構造式を最適化します。
ChemScript API オンライン
PerkinElmer では API オンラインのドキュメントも提供しています。API の情報は sdk.cambridgesoft.com
で参照できます。
1PerkinElmer 社 とのライセンス契約によって利用できる高度な機能です。
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ChemFinder 15.0
チュートリアル
ChemFinder の一般的な操作方法を次に説明します。
1. フォームを開くまたは作成する。
2. データベースを作成するか開き、フォームにリンクする。
3. データを追加または管理する。
4. 検索を実行する。
このチュートリアルでは、ChemFinder の基本的な機能を紹介します。各チュートリアルは、それぞれ前のチュー
トリアルと関連しているので、順序に従って実行することをお勧めします。
参考資料
Python や C#/.NET の習得に使える資料は、数多くあります。そうした多数の書籍および Web サイトのほんのい
くつかを次に示します。
書籍
Python
『Beginning Python:From Novice to Professional』Magnus Lie Hetland 著
『Dive into Python』Mark Pilgrim 著
『Learning Python』Mark Lutz、David Ascher 共著。これは、入門/中級者レベルの学習に適した手引き書
兼参考書です。
『Python in a Nutshell』Alex Martelli 著。この書籍は、Python の手短な入門書であり、とても参考にな
ります。
C#/.NET
『C# in a Nutshell』Peter Drayton、Ben Albahari、Ted Neward 共著
『Pro C# with .NET 3.0』Andrew Troelsen 著
『C# Essentials』Ben Albahari、Peter Drayton、Brad Merrill 共著
『C# 3.0 Cookbook』Jay Hilyard、Stephen Teilhet 共著
Web サイト
Python
Python の詳細については、Web サイト http://www.python.org を参照してください。これは、プログラミング
言語 Python の公式サイトです。
.NET
.NET の詳細については、以下を参照してください。
http://msdn.microsoft.com
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ChemFinder 15.0
CS Oracle Cartridge
ChemFinder/Oracle を Oracle データベースに接続するための事前設定手順です。
ChemFinder
Oracle Client
Oracle OLEDB Provider
Oracle Client:バージョン 11.2 以降をお勧めします。Oracle の Web サイトから無料でダウンロードできま
す。
1. Oracle Client ソフトウェア (バージョン 11.2) をダウンロードしてインストールします。Oracle から無
料で入手できます。32 ビット システム、64 ビット システム、Itanium システムでそれぞれバージョンが異
なるので注意してください。
メモ: 最小インストール ("Runtime") だけでは ChemFinder/Oracle のサポートを提供するのに十分ではあ
りません。また、続けて "Custom" インストールを選択し、"Oracle Windows Interfaces" を選択する必要
があります。必要条件となるコンポーネントがインストールされていない場合、Oracle データベースを開こう
とすると、「Provider cannot be found. It may not be properly installed 」(プロバイダが見つかりません。正しくイ
ンストールされていない可能性があります。) というエラー メッセージが表示されます。
2. Oracle 管理者に、CS Oracle Cartridge (13.1) のインストールを依頼してください。ChemFinder/Oracle
を使用して任意の Oracle データベースにアクセスできますが、CS Oracle Cartridge がなければ化学構造式
を格納または検索することはできません。
3. 管理者に、ユーザー アカウントの設定を依頼してください。ChemFinder/Oracle では、書き込み権限のある
テーブルスペースにログインする必要があります。社内ファイルにアクセスするには、管理者からテーブルス
ペース外のテーブルおよびビューの読み取り専用権限を受ける必要があります。
4. お使いのクライアント コンピュータから使用する各 Oracle データベースに接続するには、Oracle Net
Configuration Assistant を使用してください。
原則として、ChemFinder/Oracle はあらゆる Oracle データベースにアクセスすることができます。しかし実際
には、以下の準備をお勧めします。
生物学データベースなど、ChemFinder/Oracle がインストールされていない Oracle データベースにもアクセ
スできますが、構造式または構造式関連の特性を使って検索またはソートすることはできません。
ChemFinder/Oracle は CS Oracle Cartridge バージョン 13.1 と連動するように設計されているため、それ
以前のバージョンとはうまく連携しません(Cartridge バージョンを表示するには、Properties ダイアログ
ボックスの Database タブを調べてください。バージョンが表示されているか、使用できない場合は "None"
と表示されています)。
構造式が含まれているすべてのテーブルには、一意のプライマリ キーがあります。そうでない場合、警告メッ
セージが表示されます。主キーは ChemFinder で設定できます (197 ページの "インデックス化"を参照)。
ChemFinder/Oracle ユーザーが各自のテーブルスペースにテーブルを作成するには、十分な権限が必要です。
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ChemFinder 15.0
高速キャッシュ スキーム
通常は、データベースを開いたり検索を行うと、ChemFinder から SELECT ステートメントが発行されます。その
後、サーバーはステートメントを処理し、レコード セットを準備して、レコードを移動しながらデータを取得す
るための "カーソル" を用意します。カーソルが現在のレコードから N 番目のレコードに移動するように求めら
れた場合は、N 個すべてをクライアントにダウンロードする必要があります。最悪の場合、大きなテーブルを開
き、Move Last を使って最後のレコードを閲覧しようとすると、テーブル全体がサーバーから送られてきます。
この問題を回避するため、ChemFinder/Oracle では代替機構を用意しています。このスキームでは、リストまた
はクエリ全体の完全データのフォームを要求する代わりに、ChemFinder/Oracleは ID またはプライマリ キー
フィールドを取り出し、結果をメモリのアレイに格納 (キャッシュ) します。これで、通常のレコードセットの
カーソルに依存しなくてよくなります。レコードを N 個移動する要求が出されると、そのレコードのキーがアレ
イの中で検索され、対応するレコードだけを取り出すための新しい SELECT ステートメントが発行されます。その
ため、Move Last で Move Next 以上に時間がかかることがなくなります。
2 つのスキームには代償があります。
新しいスキームはデータベースが開いている間、または検索やソート後の ID セットの取得に時間がかかりま
す。通常は大きいテーブルであっても大変高速で、必要がない限り操作を繰り返さないための手順が行われま
す。このキャッシュ プロセスが行われている間はステータス バーにメッセージが表示されます。
新しいスキームでは移動のたびに (fast, one-hit) 検索が行われるため、1 つのレコードから次のレコードに
移動するのに時間がかかります。リスト参照中には気づかないかもしれませんが、テーブル ビューの記入など
の複数取り出し操作は遅くなります。
このような欠点があるため、新しいキャッシュ スキームは既定値では OFF になっています。Oracle に接続され
たフォームを ON にするには、次の操作を行ってください。
1. File メニューの Database を選択するか、別の方法で Properties ダイアログ ボックスを表示します。
2. ダイアログ ボックスの Oracle タブに進みます。
3. Cache ID's for faster moves ボックスをチェックします。
4. OK をクリックします。
次の操作を指示する警告が表示されます。
5. フォームを保存して終了し、再度開きます。これは、キャッシュ スキームとデータベース接続を再初期化する
ために、現在必要な手順です。
CF_SETTINGS テーブルを経由した構成
Oracle データベースでテーブルを選択すると、ChemFinder はテーブルの列のタイプを判断し、表示します。特
定の列に構造式が含まれているかどうか判断する基準を紹介します。
列は、CLOB か BLOB のタイプである必要があります。
CS Oracle Cartridge で列がインデックス化されている場合は、構造式列です。
インデックスがない場合、ChemFinder/Oracle は、CF_SETTINGS という構成情報のテーブルを探します。そ
の列が STRUCTURE のタイプとしてそのテーブルにリストされている場合は、構造式列です。
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ChemFinder 15.0
CF_SETTINGS テーブルはまた、特定の列タイプである BLOB に ChemFinder 画像 (Windows メタファイル) が
含まれているかどうか判断するのにも使用されます。
インデックスのない列を構造式列に指定するには、次の操作を行ってください。
1. Properties ダイアログ ボックスの Field タブで、BLOB または CLOB の列タイプを選択します。
2. Set As Structure をクリックします。CF_SETTINGS テーブルがまだ作成されていない場合は、これから作成
されることを示す警告が表示されます。
3. OK をクリックして続行し、テーブルを作成するか、Cancel をクリックして作成せずに終了します。テーブル
が既に存在し、選択された列に既にエントリがある場合、警告が表示されて、キャンセルする機会を与えられま
す。
4. OK をクリックして続けます。新しいエントリがテーブルに作成され、選択された列が構造式列としてマークさ
れます。
BLOB 列を画像列に指定するには、次の操作を行ってください。
1. CF_SETTINGS テーブルが存在しない場合は、上記のステップ 1 ～ 3 を使って作成してください。
2. テーブルを編集するには、以下の 2 つの方法があります。
SQL*Plus などの Oracle クライアント ツールを使う。
ChemFinder で開いてフォームを作成する。
3. テーブル名、列名および列タイプ PICTURE が含まれる行を追加します。
検索
ChemFinder/Oracle にクエリを送ると次のようなことが起きます。
1. クエリに構造式が含まれている場合は、テキスト形式に変換されて一時テーブルにコピーされます。
メモ: このテーブルを temp_queries と呼びます。これは CSCartridge テーブルスペースに作成され、検索が終了
するか中断すると直ちに削除されます。複数の構造式ボックスがあり、その 2 つ以上にクエリが含まれているケース
には、現時点では ChemFinder は対応していません。
2. クエリは SQL SELECT ステートメントに変換されます。フォーム ボックスのクエリ コンポーネントは、
(ChemFinder 同様) 一緒に AND 処理され、構造部分が CS Oracle Cartridge の構造検索機能を呼び出しま
す。
3. ヒット テーブルがまだ存在しない場合は作成されます。
4. 検索の結果作成された新しいリストに一意の ID が割り当てられます。SELECT ステートメントが大きな SQL
ステートメントにまとめられ、そこから結果がヒット テーブルに直接入れられます。
5. SQL が実行されます。検索が完了すると、ヒット テーブルには結果が新しい行として表示されます。各行には
新しいリスト ID と、検索対象テーブルのレコードの ID が含まれています。
6. レコード ID と一致するヒット テーブルの新しいリストをメイン テーブルの行を選択して結合する形で最終
リストを準備します。
結果のリストを参照、保存、エクスポートする準備ができました。
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ChemFinder 15.0
メモ: Oracle におけるテキスト検索は大文字と小文字を区別します。「Benz*」と入力したときと「benz*」
と入力したときではクエリの結果が異なります。
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