Condition Search Tools

技術情報
遺伝子発現データベース
GENEVESTIGATOR：Condition Search Tools
GENEVESTIGATORは遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。公共データベースに登録されたマ
イクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登
録した大量の実験結果を統合して解析可能にします。また、GENEVESTIGATORは使いやすいインターフェース
と高速な検索エンジンを搭載しているため、研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注
目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。今回は注
目する遺伝子がどのように発現を調節されているかを解析するCondition Search Toolsについて紹介します。
■ Condition Search Tools
GENEVESTIGATOR の解 析ツールは Condition Search
■ Perturbations Tool
注目する遺伝 子が様々な刺激に対してどのような発
Tools、Gene Search Tools、Similarity Search Tools、
現変動をしているかを解 析するツールが Perturbations
Further Tools の 4 種類に分類されます。
Tool です。Perturbations Tool では実験群の遺伝子の発
注 目する遺 伝 子がどのように発 現 を 調 節さ れて い
現変動を対照群のシグナル強度に対する相対値で表示
る か を 解 析 するツ ール が Condition Search Toolsで す。
します。登録されている刺激は化合物、疾患、成長因子と
Condition Search Tools は Sample、Anatomy、Cell Lines、
サイトカイン、ホルモン、感染、その他に分類されます。そ
Neoplasms、Perturbations、Development の 6つの解 析
の他の区分には加齢、ストレス、食事、運動、喫煙など多
ツールを含みます。
様な刺激 が含まれます。Perturbations Tool はスキャッ
Condition Search Toolsで解析する時は、最初に生物
タープロットとヒートマップの2 種 類の表示方法が選 択
種を指定します。ヒト、マウス、ラット、シロイヌナズナ、イ
できます
（図 2）。どちらの表示方法でも Fold-Change や
ネ、ダイズなど 17 種の生物種が選択できます。生物種に
p-valueで解析結果をフィルタリングできます。
よっては複数のアレイプラットフォームから解析対象のプ
ラットフォームを選択できます。次に、遺伝子名や Gene
Symbol を使って解析対象の遺伝子を指定します。
■ Anatomy、Cell Lines、Neoplasms Tools
注目する遺伝子がどの場所で発現しているかを解析す
るツールが Anatomy、Cell Lines、Neoplasms の3 つのツー
ルです。Anatomy Tool は組織ごと、Cell Lines Tool は細胞
株ごと、Neoplasms Tool は癌種ごとに、遺伝子の発現量
をシグナル強度の絶対値で表示します。各組織、細胞株、
癌種のシグナル強度は、該当するサンプルの標準化された
図2　Perturbations Toolの解析結果
左：スキャッタープロット、右：ヒートマップ
■ Development Tool
シグナル強度の平均値です。これら3 つのツールはボック
注目する遺伝子が発生段階ごとにいつ発現しているかを
スプロット、スキャッタープロット、ヒートマップの3 種類の
解析するツールが Development Toolです。Development
表示方法が選択できます
（図1）。それぞれの表示方法で注
Tool は発生段階ごとに遺伝子の発現量をシグナル強度
目する組織、細胞株、癌種を選択すると、ウインドウ下部
の 絶 対 値 で 表 示します。例 えば、ラットで は prenatal 2
にサンプルごとのシグナル強度が表示されます
（図1右）。
段 階、postnatal 4 段 階、adult 2 段 階 の 合 計 8 段 階 に 分
割されます。組織などその他の条 件は考慮されません。
Development Tool はスキャッタープロットとヒートマップ
の2 種類の表示方法が選択できます。
■ ご評価
GENEVESTIGATOR Professional は、無 償 でトライアル
利 用で きます。トライアル期 間 は 7日間
（企 業ユーザー
は 30 日 間）で す。遺 伝 子 発 現 解 析 を さ れ る方 は ぜ ひ
GENEVESTIGATOR Professional をお試し下さい。トライ
アルを希望される方は弊社 Web サイトよりお問い合わせ
図1　Anatomy、Cell Lines、Neoplasms Toolsの解析結果
左：ボックスプロット、中央：スキャッタープロット、右：ヒートマップ
下さい。
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