新PCクラスタの利用について

2014.3.4
生田メディア支援事務室
新 PC クラスタの利用について
１ 概要
生田教育研究用システムの更新により，ＰＣクラスタも新しいシステムに置き換えられます。
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切替日時 ３月９日（日）１０：００～１７：００
切替時に，実行中であったジョブは強制終了され，実行待ちジョブもクリアされてしまい
ます。新システム稼働後にジョブの再投入をお願いします。
新 PC クラスタの使用方法は，基本的には現システムと同じですが、次の変更点が有りますので，
該当する場合は変更をお願いします。
新システムでの主な変更点
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クラスタソフトは Intel Cluster Studio のみになります。
SCore は廃止となりますので，まだ SCore を使用しているユーザは Intel Cluster へ切り
替える必要があります。
既に Intel Cluster を使用しているユーザは，そのまま使用することができます。
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ＣＰＵ数（コア数）
，メモリが増え，性能が向上します。
それに伴い，より大きなジョブが投入できるよう，使用できる CPU 数(コア数)を増やすな
どジョブクラスの構成が変更されます。
なお，ホスト名は現システムと同じ pcc-mgr ですので，新 PC クラスタも従来通り pcc-mgr にリ
モートログインして使用します。
２ SCore を使用していた場合の変更点
ソースプログラムの再コンパイル及び実行方法の変更が必要です。
(1) ソースプログラムの再コンパイル
Score でコンパイルし作成した実行ファイルは互換性が無いため Intel Cluster では実行
できません。Intel Cluster のコンパイルコマンドを使って再コンパイルする必要があり
ます。
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＜コンパイルコマンド＞
ソースプログラム言語
Intel Cluster のコマンド
SCore のコマンド
C
mpiicc
mpicc
C++
mpiicpc
mpic++
Fortran77
mpiifort
mpif77
Fortran90,95
mpiifort
mpif90
新 PC クラスタでも mpicc,mpif77,mpif90 コマンドはありますが，それらは，Intel コンパ
イラではなく，GNU コンパイラが使用されます。
(2) 実行方法の変更
bsub コマンドで指定していた scrun.lsf が mpirun.lsf になります。
＜例＞
(新) bsub –q A –n 16 –o out.%J mpirun.lsf
(旧) bsub –q A –n 16 –o out.%J scrun.lsf
a.out
a.out
３ Intel Cluster を使用していた場合
基本的にはそのまま使用することができますが，注意点があります。
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Intel Cluster のバージョンがアップしますので，プログラムによっては，ソースプログラ
ムの再コンパイルが必要となる場合があります。
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使用するときに入力していた use-intel コマンドは不要となります。
４ ジョブクラスの変更
新 PC クラスタは，ノード数は同じですが，ＣＰＵ数（コア数）
，メモリが増え，性能が向上しま
す。
計算ノード数
計算ノードＣＰＵ
計算ノードメモリ
新
４８
Xeon E5-2690(８コア) × ２
３２ＧＢ
旧
４８
Xeon X5570(４コア) × ２
１２ＧＢ
総コア数：384 コア→768 コア
総メモリ：576GB→1,538GB
より大きなジョブが投入できるよう，ジョブクラスで使用できるＣＰＵ数(コア数)が多くなりま
す。また，計算時間の制限は，CPU 時間ではなく，ジョブ経過時間(ジョブが開始してから終了す
るまでの時間)となります。
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＜新ＰＣクラスタでのジョブクラス構成表＞
ジョブ
クラス
キュー名
ジョブで使用
一人で使用でき
キューで使用で
最大ジョブ経過時間
できるコア数
る最大コア数
きる最大コア数
（デフォルト値）
A
A
２～６４
６４
１２８
B
B
２～６４
６４
１２８
C
C
２～２５６
２５６
４４８
１時間以下
(10 分)
10 時間以下
(1 時間)
7 日間以下
(10 時間)
ジョブクラスの構成は，今後，利用状況を見ながらより最適なものに変更してゆく予定です。
５ ジョブ経過時間による計算時間の制限について
bsub コマンドの-W オプションで指定します（W は大文字）。
-W オプションの書式： -W [hour:]minute
-W オプションの指定がない場合は，デフォルト値が使用されます。
＜例＞
(1) bsub –q A –n 8 –o out.%J
mpirun.lsf a.out
ジョブクラスが A，-W オプション無し
開始してから 10 分経過しても終了しない場合，ジョブは強制終了します。
(2) bsub –q A –n 8 –W 60 –o out.%J mpirun.lsf a.out
-W 60 でジョブ経過時間を 60 分に指定
開始してから 60 分経過しても終了しない場合，ジョブは強制終了します。
(3) bsub –q C –n 128 –o out.%J mpirun.lsf a.out
ジョブクラスが C，-W オプション無し
開始してから 10 時間経過しても終了しない場合，ジョブは強制終了します。
(4) bsub –q C –n 128 –W 168:00 –o out.%J mpirun.lsf a.out
開始してから 168 時間(7 日間)経過しても終了しない場合，ジョブは強制終了します。
以上
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