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第 2 回
第2回
○web ページ、web サイト、ホームページ
ページの集まりがサイト。サイトのトップページがホームページ。
サイト＝ホームページは間違い。
○web ページと word 文書の違い
web ページにはハイパーリンク機能が標準的についている。
ハイパーリンク機能を持った文書を「ハイパーテキスト」という。
○web サーバー
情報送信を行うためのコンピュータ
・サーバー
機能やデータを提供するためのコンピュータ
・クライアント
サーバーが提供する機能やデータを利用するコンピュータ
○URL(Uniform Resource Locator)
・HTTP (Hyper Text Transfer Protocol)
Web サーバーとクライアントがデータを送受信するためのプロトコル
・HTML
ホームページ（Web ページ)を記述するための言語
・トップページとかの URL の最後についている「/」は、つけるのが正しい。
？なんで？
└→「http://www.kyoto-u.ac.jp/」＝「http://www.kyoto-u.ac.jp/index.htm」
最後の「/」は実は index.htm との区切り。
・https とは
SSL というセキュリティ機能（情報の暗号化機能）を付加した http プロトコル。
○ホスト名とドメイン名
コンピュータに｢PC22-034.ecs.kyoto-u.ac.jp｣という名前がついているとき
・ホスト名→「PC22-034.」
コンピュータの名前を示す
・ドメイン名→「ecs.kyoto-u.ac.jp」 コンピュータの場所を示す
○ネットワークの設定
・設定に必要な項目
設定に必要な項目
・IP アドレス
10.0.1.101 (0 から 255 までを使用）
コンピュータに割り振られた識別番号
・サブネットマスク
255.255.255.0
・ルータアドレス
10.0.1.1
(デフォルトゲートウェイ)
・DNS サーバアドレス
10.224.253.1; 10.224.254.1
○IP アドレスの種類
・グローバルアドレス
世界中に 1 つしかないアドレス
直接外部とつながるネット環境の場合に使う。
・プライベートアドレス
ある組織内で自由に割り振ることができるアドレス
組織内のネットワークなどがある場合につかう。
クラス
IP アドレス
クラス A
10.0.0.0∼10.255.255.255
クラス B
172.16.0.0∼172.31.255.255
クラス C
192.168.0.0∼192.168.255.255
○ルータ（ゲートウェイ）
道筋（rout）を指示するもの。どこを通って入るか、出るか。
2 つのネットワーク間の中継装置。
○MAC（Media Access Control )アドレス
コンピュータに組み込まれたネットワークカード（LAN カード）に固有に割り振られた識別アドレス。
たとえば→00:03:93:ed:ae:9b
コンピュータによって決まっているため、接続地点を変えても MAC アドレスは変わらない。
○ローカルネットワーク（LAN）
同じ建物内のネットワーク。
LAN がルータを通じてインターネットにつながっている。
・家庭内 LAN
家庭に複数のコンピュータが存在し、何からかの形でつながって LAN をこうせいしているもの。
スイッチングハブでつなぐことが多い
・イーサネット
LAN のなかでよく使われる通信の規格
100BASE-TX（100 メガビット•イーサネット）:100Mbps
（bps=bit/sec）
1000BASE-T（ギガビット•イーサネット）:1Gbps
UTP ケーブル：イーサネットで通信するときに使われるケーブル
○DHCP サーバー
IP アドレス、サブネット、DNS サーバアドレス、ルータアドレスなどを自動的に設定するサーバー。
いちいち IP などを設定する必要がない。
たくさんのコンピュータがつながれたルータが外部につながるためにも使われる。
○ネットワークの中身を調べる（アクセサリ＞コマンドプロンプト
・hostname
から）
コンピュータの名前を調べる
・ipconfig/all
コンピュータのネットワークの設定を調べる
>ipconfig/all
⇒結果の見方
Host Name . . . . . . . . . . . . : PC27-011 （ホスト名）
Primary Dns Suffix
. . . . . . . : ecs.kyoto-u.ac.jp （ドメイン名）
Node Type . . . . . . . . . . . . : Unknown
IP Routing Enabled. . . . . . . . : No
WINS Proxy Enabled. . . . . . . . : No
DNS Suffix Search List. . . . . . : ecs.kyoto-u.ac.jp
ecs.kyoto-u.ac.jp
Ethernet adapter ローカル エリア接続:
Connection-specific DNS Suffix . : ecs.kyoto-u.ac.jp
Description . . . . . . . . . . . : Realtek RTL8169/8110 Family Gigabit Ethernet NIC
（MAC アドレス）
Physical Address. . . . . . . . . : 00-16-E6-36-A6-29
Dhcp Enabled. . . . . . . . . . . : No
IP Address. . . . . . . . . . . . : 10.252.227.11
Subnet Mask . . . . . . . . . . . : 255.255.255.0
Default Gateway . . . . . . . . . : 10.252.227.254
DNS Servers . . . . . . . . . . . : 10.252.103.31
10.252.103.32
・ping
ネットワーク上の指定したコンピュータに小さなデータを送り、
そのコンピュータからの返信があるかどうかを確認することにより、
ネットワークやコンピュータの通信状態を調べる
>ping www.kyoto-u.ac.jp
・nslookup
ホスト、ドメイン名から IP アドレスを調べる。
>nslookup www.kyoto-u.ac.jp
⇒結果の見方
C:¥Documents and Settings¥a0067264>nslookup www.kyoto-u.ac.jp
Server: dns1.ecs.kyoto-u.ac.jp （DSN サーバアドレス）
Address: 10.252.103.31
Non-authoritative answer:
Name:
www.kyoto-u.ac.jp
Address: 130.54.120.209
・taracert(traceroute)
どのような経路を通ってホストコンピュータにたどり着くのかを調べる
>tracert www.kyoto-u.ac.jp
⇒結果の見方
Tracing route to www.kyoto-u.ac.jp [130.54.120.209]
over a maximum of 30 hops:
1
<1 ms
<1 ms
<1 ms 10.252.227.254 （最初に通るデフォルトゲートウェイ）
2
2 ms
1 ms
3
<1 ms
<1 ms
<1 ms 10.10.1.254
4
<1 ms
<1 ms
<1 ms 130.54.13.142
5
18 ms
<1 ms
<1 ms 130.54.173.197
6
<1 ms
<1 ms
<1 ms 130.54.129.94
7
<1 ms
<1 ms
<1 ms RS4-8-V869.gw.kuins.kyoto-u.ac.jp [130.54.2.105]
8
2 ms
2 ms
9
<1 ms
<1 ms
1 ms ax7-00-1.c.mg [10.8.200.254]
2 ms 130.54.0.250
<1 ms 130.54.120.209 （最後に着くサイトの IP）
（↑ １から９に行くまでに 2∼8 を通っている。）
Trace complete.
第３回
○受信サーバー
・POP サーバー
−メールのデータをサーバーから自分のパソコン（クライアント）に取り込んでからそのメールを読む。
−データは自分のパソコンで管理
−メリット ：サーバーの負担が少ない
デメリット：複数のパソコンでメールを管理する場合、一度読んだメールでもほかのパソコンで開こうとす
るとまだ読んでいないことになる。
・IMAP サーバー
−メールはすべてサーバー上で一括管理
−違うパソコンからアクセスしても、以前読んだという情報はサーバー上に残ったいるので、呼んでいる場所
を気にする必要はない。
−メリット ：メールを一括管理する場合には適している
外回りが多い人向き
デメリット：自分のコンピュータにはデータはないので、ネット環境がつながらなければこれまでのメール
を読むことが出来ない。
メールを読むたびにアクセスしなければならず、メールはすべてサーバー上に置かれるので、
サーバーへの負担が大きい。
・受信サーバーを利用するときの注意
−データをサーバーに残さないようにする！
POP ：一週間程度アクセスがない場合、データを消去するような設定にしておく。
IMAP：サーバーのデータを消すとメールのデータがなくなるので、必要なものはあらかじめ自分のコンピュ
ータに保存しなければならない。
○送信サーバー
・SMTP サーバー
送信するときに使用するサーバー。受信サーバーと同じ場合もあるし、異なる場合もある。
○メーラー
・通常のメールソフト
複数のアカウントを一括管理でき、詳細な設定が可能。
例）Microsoft out look，Thunderbird など。
・Web メール
ブラウザが使えればどこでもアクセス可能。
＊ウィルスなど悪意のある利用法のターゲットになりやすいため、Microsoft 社のメーラーは使わないほうが無難。
○電子メールを使う上でのマナー
・携帯メールと同じような感覚で使わない
→手紙、はがきを送るような感じで。
携帯のようにパケット数を気にする必要はないので、必要な情報は出来るだけ省略せずに書く。
・件名（Subject）をわかりやすく書く。なるべく短くまとめる。
・本文の最初に誰宛のメールであるかを必ず書く。
・本文はわかりやすく簡潔に書く。
・本文の最後には誰からのメールであるのかを書く。
名前、所属、電話番号、自分の HP の URL などを明記する。
→そのために署名を作成し、使用する。
・メールアドレスが正しいかきちんと確認。
配信失敗のメールもきちんと確認する。
・メールは 100％相手に届くとは限らない。
届いたとしても必ず相手が読むとも限らない。
・メールを受け取った側はなるべく返信すること。
→ ○○さん
受け取りました。
などなど。
○メール受信時の注意
・見知らぬ相手からのメールでないか、きちんと判断すること。
送り主のアドレスが知人のものであっても、成りすましの可能性がある。
・添付ファイルを開くときは注意する。ウィルスが含まれている場合がある。メーラーのアドレス帳に登録され
ているアドレスにウィルスメールを自動送信するようなウィルスも存在するので、知人からのメールであって
も添付ファイルは安心できない。相手に確認を取るようにする。
○メール作成上の注意
・半角カタカナは使わない
かなり低い確率であるが、コンピュータがクラッシュする可能性もある。
・機種依存文字は使わない。
→Windows と Macintosh で異なるものが何かを知っておく必要がある。
例）Windows：①，②，
．．
． ⇒ Macintosh：㈰，㈪，．
．
． など。
・適度に改行する。
・コンピュータの時間を正しく設定する。送信時刻と受信時刻がずれると困る。
・メールはプレーンテキストとして送信する。HTML メールは基本的に使わない。HTML メールを受信するかど
うかは受信側の判断で決められる。
・添付ファイルはなるべく小さいものにする。必要な場合は圧縮する。
→メールのサイズが大きすぎると受信サーバーに受信拒否される場合がある。
・メールの無断転送、転載はしてはいけない。
○メールのヘッダ
・To
：メインとなる宛先。複数設定すると、同位での一斉送信となる。
・CC
：To の宛先付随する一斉送信アドレス。To がメインだけど、CC の人にも知っててほしい、みたいな。
・BCC
：一斉送信だが、受け取った側は自分のアドレス以外の宛先を見ることが出来ない。
・Reoly-to：返信先の宛先。送信したアドレスと、相手に返信してほしいアドレスが異なる場合、こっちに返信
してね、という意味で使う。返信ボタンを押せばここに返信されるため、その旨を本文に記載する
より便利。
○メールは 7bit
・昔はメールの送受信は 7bit の ASCII 文字しか使えなかった。今は大体 8bit になってきているが、昔の名残で
今でも 7bit じゃないとだめ時もある。
そのため、送信側のメーラーが 8bit から 7bit に変換、受信側が 7bit から 8bit に復元する。
第４回
○ 導入
・ 携帯、iPod、ゲーム機もコンピュータ。こいつらは用途が限られている。
汎用性が高いのはパソコン
・ パソコンのハードウェア
−本体（CPU、メモリ）
−入力装置
−出力装置（モニタ、プリンター）
−補助記憶装置（ハードディスクなど）
・ パソコンの階層構造
ハードウェア＞OS＞種々のアプリケーション
→OS、アプリケーションなど、ハードウェアと違って物理的に存在しないものをソフトウェアという。
・ アプリケーションソフトウェア
コンピュータを使って特定の目的を果たすための高度な機能を、統合的に提供するソフトウェアの一種。
OS に依存する。
（Windows、Mac などによる）
○ コンピュータの利用
・ 研究室の装置
−蛍光分光器、顕微鏡、PCR などなど
−共通点は？？
→パソコンで制御されており、パソコンにデータを取り込むことが出来る。
・ 各種装置からのデータ取得
→パソコン
・ データ解析
→表計算・数値解析ソフト
・ 論文
→ワープロソフト
・ 論文の図
→画像処理ソフト
・ 論文の写真
→画像処理ソフト
・ 遺伝子の解析
→専用ソフト
塩基情報はデジタル情報
○ デジタル化とアプリケーション
・ メリット
コピーなどに伴う劣化がない
・ デメリット
アナログ情報の一部が損なわれる
・ 画像のデジタル化
−アナログ
→画像取り込み→銀塩カメラ
画像編集・出力→暗室、引き伸ばし機
☆ 専門的な知識・技術が必要！
物理的な設備が必要！
−デジタル
→画像取り込み→スキャナ、デジタルカメラ
画像編集・出力→画像編集ソフト、カラープリンタ
☆ 機器とソフトウェアさえあれば誰でも出来る！
・ 描画のデジタル化
−アナログ
→作図・製図作業→製図道具、ロットリングペン
☆ 専門技術が必要
失敗したら書き直し
作図・製図作業→イラストレーターなどのアプリケーション
☆ ベクトル描画で、倍率に関係なくきれいな絵が描ける
失敗しても何度でもやり直せる
・ 文書のデジタル化
−アナログ
→手書き、タイプライター
☆ 検索が難しい
書き直しが必要
・ まとめ
デジタル化により、安価なパソコンと便利なソフトウェアで、素人でもかつての専門家並の仕事をすること
が可能になる！
○ 研究に使うアプリケーション
・ 各種計算（表計算、数値計算）
・ 遺伝子配列処理
・ 統計
・ 画像処理
・ プレゼンテーション
・ Ape
塩基配列や蛋白質を取り扱うフリーウェア
制限酵素による塩基の切断などがスムーズに行える。
→配列から制限酵素を探す
生成する可能性のある断片を表示する など。
○ 操作法各論
・ 表計算
−数値データの集計・分析の用いられる
格子状のセルに数値や計算式を入力していくと自動的に計算される
スプレッドシートとも呼ばれる
−A1、J8 といった名前のついたセルを使う。
関数を貼り付けたりすることで簡単に計算を行うことが出来る。
ヘルプや関数の挿入メニューを参考にするとかなりわかりやすい。
・ 数値計算
−Mathematica
→1000!
と入力するだけで一瞬で計算できる！
→多項式の累乗の展開も一瞬で！ Expand[(1+x^2+y)^30]
みたいに入力する。
→方程式もらくらく
☆ これもヘルプが充実しているので扱いはそう難しくない。
○ まとめ
アプリケーションを使うことで労力を大幅に減らせる
アプリケーションは多種類ある
研究をするときに必要なアプリケーションを探し出せると便利。
そのときに自力でソフトの使い方を習得できる力があればもっともっと便利。
第５回
○ 導入
・ 目標
−データベースと、電子図書館、電子ジャーナルについて、基本的な概念を理解する
−研究で利用するデータベースに実際に触れてみる
○ PDF とは
・ Adobe Systems による電子文書の規格
・ コンピュータの環境によらず表示の再現性が高い。
・ 印刷物との再現性も高い。
・ テキスト以外に画像を表示できる。
○ データベースとは
・ 複数のアプリケーションまたはユーザによって共有されるデータの集合のこと
・ 大量のデータを蓄積して簡単に利用するための仕組み
・ DBMS（Data Base Management System）
・ データベースの種類
−カード型データベース
住所録などに向く
簡単
大規模なデータベースには不向き
Ex. ファイルメーカーPro
−リレーショナルデータベース
Oracle
MySQL
○ 研究での利用
・ 考える
−情報収集
−情報交換
・ 実験する
・ 論文等で発表
−投稿する─→査読┬→掲載
└→再投稿
・ バイオインフォマティクス（Bioinformatics）
−情報解析の手法によって生命現象を解析するという立場の生物学
−データベースの重要性
全部のことを覚えておかなくても大丈夫。⇒一人の人が出来ることが増える。
Enterez-PubMed（遺伝子・文献総合データベース）などが使われる。
→http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
・ インパクトファクター
○ 問題点
・ 情報の過剰
・ 分野と年代による情報の格差
−自然科学＞＞社会科学
−最近の情報＞＞過去の情報
・ 保障されない情報
−書き換えられる内容とリンク
→過去の情報がたどれなくなる
−未整備のアーカイブ
−電子情報は永久保存できるのか？
・ 価格の上昇
・ 知的財産権
−容易な複製や転用
−教育利用の限界
・ デジタルデバイド
−情報環境による情報量の差
−情報の寡占
第６回
○ OS とは？
・ キーボード入力や画面出入力といった入出力機能やディスクやメモリの管理など、多くのアプリケーション
ソフトから共通して利用される基本的な機能を提供し、コンピュータシステム全体を管理するソフトウェア。
・ 「基本ソフトウェア」とも呼ばれる。
○ UNIX とは
・ UNIX について
−1968 年にアメリカの AT&T（NTT みたいなもん）のベル研究所で開発された OS
−とても古い
−派生 OS が多数存在する
−マルチタスク・マルチユーザー
−ネットワーク機能や安定性に優れる
−サーバー用として利用されてきた
・ マルチタスクとは
−一台のコンピュータで同時に複数の処理を並行して行う OS の機能
−CPU の処理時間を非常に短い単位に分割し、複数のアプリケーションソフトに順番に割り当てることに
より、同時に行っているように見せている。
−ビデオの処理をしながら PowerPoint を操作したりできる。
・ 端末
−端末、UNIX 端末
→ネットワーク越しに UNIX を使うための最低限の環境
−端末エミュレーター
→端末の機能をひとつのウィンドウで表示するもの
−これを通じてコンピュータを操作できる
−GUI が現れる以前の環境。
・ マルチユーザー
一台のコンピュータを複数のユーザが同時に使うこと。
・ Linux
−1991 年にフィンランドのヘルシンキ大学の大学院生 Linus Torvals 氏により開発された UNIX 互換の
OS 。
−GPL というライセンスに基づいて誰でも自由に使え、改変、再配布も出来る。
（改変・再配布をした部分も同じライセンスで無償で公開する）
・ GUI と CGI
−GUI（Graphical User Interface）
マウスとグラフィック環境で操作する
−CUI（Character-based User Interface）
キーボードのみで操作する
−Windows、MacOS は OS 自体が GUI の機能を持つ
−Unix は GUI 環境を持たない
X Window というアプリケーションを使って GUI 機能を使う。
・
簡単なコマンド
−[コマンド]
–[オプション]
[引数] として用いる。
−通常ファイル名を指定してソフトを動かしている
−コマンドを組み合わせることも出来る
−コンピュータに命令して仕事させる
−date：日時を表示する
cal：カレンダーを表示する
man：マニュアルを表示する
ps：プロセスの状態を表示する
kill：プロセスを停止するコマンド
top：CPU のリソースを最も使っているプロセスを表示する
&：Background でプロセスを動作させる。
xload、clock などの後に、ブランクに続けて入れて使用する。
−コマンド名 –[オプション] [引数]
として用いる
例）man man
cal –y 1995 など。
・ プロセスとは
−UNIX 系の OS における実行単位
−UNIX 上でプログラムが動くときは一個以上のプロセスが動作している。
・ テキストの取り扱い
−wc：単語数等を数える
less：表示する
more：表示する
vi：ファイルの編集をする
Editor という。
・ ファイルの取り扱い
−ファイルシステム
−ファイル操作のためのコマンド
ls：List（階層の中のファイルを全表示）
cd：Change Directory（階層を変更する）
mv：Move Files or Directories（ファイルを移動する）
cp：Copy Files or directories（ファイルをコピーする）
pwd：Print Working Directory
mkdir：ディレクトリを作成する
rm：ファイルを削除する（復元可能）
・ コマンドを組み合わせる
>：コマンド結果をファイルに上書き
>>：コマンド結果をファイルに追記
;：複数のコマンドを連続実行する
|：前のコマンド出力を次のコマンドに引き渡す。
この記号をパイプという。
例）ls|cal
man man>test.txt
・ UNIX の利点
−研究に必要なソフトウェアが充実している
→過去に研究者が使ってきた環境であるため
−必要なものを自分で作れる
→ほかの人が作った道具を組み合わせたり自分で作ったり
−簡単なコマンドを組み合わせて仕事をすることが出来る
−市販のアプリケーションに頼らなくて良い
−オープンソースである
→ソースコードをインターネットなどを通じて無償で公開し、誰でもそのソフトウェアの改良、再配
布が行えるようにすること。またそのようなソフトウェア
例）UNIX→Linux、FreeBSD
Photoshop→GIMP
・ UNIX の欠点
−とっつきにくい
→コンピュータを知っている人が使う前提で作られていたため。
−GUI 環境がいまひとつ
−仕様が統一されていない
第７回
○ コマンドの所在
・ /bin
→bash,cp
・ /usr/bin
・ /sbin
・ /usr/sbin
・ /usr/local/sbin
☆「cd」で↑のいずれかに移動し、移動先で「ls」を使うと、それぞれの場所にあるコマンドの一覧を見るこ
とが出来る。
「ls | wc –l」で、コマンドの数（行数）を数えられる。
○ シェル
・ ユーザーの操作を受け入れて、与えられた指示を OS の中核部分に伝えるソフトウェア。
ユーザーと OS の中継ぎをする。
・ 前回から「Linux を操作している」のはシェルという環境を通してである。
・ GUI とは、違った意味で使い勝手のよい環境になっている。
・ /usr/bin にあるコマンドを見る。
−条件を満たすものを探す
w*：ｗで始まり以降の文字は何でもよい
*z*：途中にｚを含む
?b*：二文字目に b を含み、以降の文字は何でもよい。
?は一文字目。
−tab
・ history で過去に自分が使ったコマンドを見ることが出来る
以前使ったコマンドを再利用することも出来る。
history には自分が使ったコマンドが番号つきで保存されているので「!○」（○は番号）とすると指定した
番号のコマンドを使うことが出来る。
○ スクリプト
・ テキスト形式のファイルに一連のコマンドが書かれたファイルのこと。
・ これを実行するだけで、書いてあるコマンドが実行する
・ 一種のプログラム。
・ 開発言語としては、シェル、perl などがある。
・ コマンド→スクリプト
ls –l | wc-|
date
↓
#!/bin/csh
ls –l | wc-|
date
冒頭に#!/bin/csh と入れると一連のコマンドがスクリプトとなる。
自分がいる階層にあるスクリプトを実行するには「./[ファイル名]」とする。
・ ファイルへのアクセスの制限
−UNIX はマルチユーザ環境であるため、すべてのファイルは所有者と利用できる権限が決まっている。
− -rw-r--r-- 1akira users
drwxr-xr-x 1 akira users
などと表示される。
r=read、w=write、x=execute
−実行権限を追加するときは
chmod +x [ファイル名] （chmod=change mode）
・ 例として。
#!/bin/csh
echo “”
echo “Hello, how are you ?”
echo””
echo”number of file =”
ls -l | wc -l
echo””
date
echo”Good luck!”
echo は文字列を表示する。echo””の「”」と「”」に挟まれた文字列が表示される。
○ プログラミング言語
・ コンピュータに対する一連の動作の指示を記述するための人工言語（⇔自然言語（日本語、英語）
）の総称。
・ 低級言語→機械よりの言語。汎用性が低い。
−機械語
−アセンブラ言語
・ 高級言語→人間よりの言語
−C
−FORTRAN
−Perl
・ インタプリタ言語
−インタプリタ：プログラム言語で書かれたソースコードを逐次解釈して実行するコンピュータ用のプログ
ラム。
−インタプリタを用いて実行されるプログラミング言語をインタプリタ言語という。
・ コンパイラ言語
−コンパイル：特定のプログラミング言語で書かれた任意のプログラムを、異なる言語形式に翻訳するプロ
グラム。
−コンパイル前をソースコード(通常高級言語)、コンパイル後をオブジェクトコード(通常機械語)と呼ぶ。
−コンパイラを用いて実行されるプログラミング言語をコンパイラ言語という。
・ Perl
−1987 年に Larry Wall により開発されたインタプリタ方式のプログラミング言語。
−Practical Extraction and Report Language（実用的なデータ取得レポート作成言語）の略。
−習得が容易。
−フリー
−強力な文字演算機能、正規表現
第９回
○ プログラムの入手と利用
・ コマンドの置き場所
−バイナリものも、perl や shell のものもある。
−バイナリとは、コンパイル済みのオブジェクトファイルのこと。
・ ネット上にプログラムが置かれていることもある。
○ Perl の実例
・ Perl を使うメリット
−習得が容易
−（仕事に）使っている人が多い
−正規表現（後述）
−バイオインフォマティクスを行う上で必要な文字列の取り扱いが容易に出来る
−バイオインフォマティクス関係のモジュールがある。
・ 処理の流れ
−#!/usr/bin/perl ：Perl を宣言
−$x = 3; ：変数$x に 3 を代入
−$y = $x + 4;：$y に$x+3 を代入
−Print $y;：$y を表示
−$a = “test”;：$a に文字列を代入
−$b =$a.”080611”;：.文字の連結
−Print $b;：$b 文字列を表示
−＼n：改行
−#：コメント
・ if
−if(aaa){bbb}の形で用いる。
aaa の部分に条件、bbb の部分に条件を満たす場合の処理を書き込む。
−条件を満たさない場合 elsif(ccc){ddd}で新たな条件 ccc と、それを満たす場合の処理
−else{eee}で if、elsif のどちらの条件も満たさなかったものに処理。
−論理式では「=」は「==」と表記する。また「≦」は「<=」、「≧」は「>=」とする。
・ while
−ある論理式が真である間は指定された処理を繰り返す。
−たとえば「分かるまでプログラムをいじってみる」とは
while(分からない){
プログラムを読む;
プログラムを改造する;
プログラムを実行する;
}
次へ進む
となる。
・ for
−for($i=0;$i<10;$i=$i+1){
print $i,”¥n”;
}
print”The tnd.¥n”
−for(初期化;ループの継続条件;カウンタ変数の更新){処理（一回終わるごとに実行）}
となる。
・ 入れ子
−for,if,whle などは、重ねて使うことができ、これを入れ子という。何段階に重ねてもよい。
そのとき終わりの「}」を忘れないこと。
・ ファイルからの読み込み
−$file_name=”test08.p;”;
if(!open(FILE, $file_name)){
die”Failed to open a file!”
}
$no = 1;
while($line = <FILE>){
# chomp $line;
print $no, “¥t”,$line;
$no = $no +1;
}
close(FILE);
print”There are”.($no - 1). “lines.”.”¥n”:
−ファイルがあるかどうかを確認→なければ中止
○ 正規表現
・ Regular expression
・ 文字列のパターンを表現する表記法。文字列の検索などに役立つ。
・ 通常の文字と、メタキャラクタと呼ばれる特別な意味を持った記号を組み合わせて表記される。
.：任意の 1 文字
^：行頭
+：直前の要素の一回以上の繰り返し
などなど。
・ /a.c/→aac abc adc…..
・ []カッコ内のどれか
/g[agct][cg]/→gac gag ggc….
・ {n}n 回繰り返し
/{5}/→aaaaa
・ ¥（Unix では半角バックスラッシュ）特殊記号をそのままにする
/.¥.→a. b. …..
・ 文字列=~m/正規表現/
・ 文字列=~s/正規表現/置換文字列/