3 - Thermo Fisher Scientific

ライフテクノロジーズ GeneArtⓇ人工遺伝子合成
ご注文マニュアル
GeneArt® Strings DNA Fragments_ご注文マニュアル
2015年-3月版
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
目次
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
GeneArtⓇ StringsTMの特徴・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P3

GeneArtⓇ StringsTMの注意点・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P4

GeneArtⓇ StringsTMサービス設定の開始・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P5

１．配列の入力・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P6

２．配列の編集・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P7

３．配列の最適化・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P17

配列の概要・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P23

設定終了・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P27
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
GeneArtⓇ StringsTMの特徴
① ご希望の配列を含む二本鎖DNAフラグメント（PCR産物）です。
② 弊社の人工遺伝子合成と同様の技術で製造します。
③ ダイレクトシークエンスでご希望の配列が含まれていることを確認しています。
④ 最長3,000 bpまで製造可能です。
⑤ 人工遺伝子合成よりも安価で、納期が短いです。
⑥ Webポータルサイトで配列の編集・最適化を行うことができます。
⑦ 凍結乾燥DNA（200ng保証）を溶解して、すぐにご利用いただけます。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
GeneArtⓇ StringsTMの注意点
① 塩基配列の長さは150-3,000 bpのみです。150 bp未満、3,001 bp以上は対応しておりません。
② A/C/G/Tの4塩基のみ利用可能です。他のヌクレオチド（I、Uなど）や縮重塩基（Nなど）には
対応しておりません。
③ サブクローニング・変異導入など、他のサービスと組み合わせることはできません。ご希望
の場合は人工遺伝子合成で注文して下さい。
④ 合成難易度や危険遺伝子など配列内容によっては合成できないものもあります。
⑤ 納品物はオリゴヌクレオチドをアニーリング・連結・PCR増幅したものです。目的配列以外の
断片も含まれている可能性がありますので、クローニングし全塩基配列を確認したクローン
を利用することをお薦めします。
⑥ PCR産物の特性として、末端が削れることがありますので、ご注意ください。
⑦ 末端はリン酸基のない平滑末端です。TAクローニングをご希望の場合はdAを付加して下さ
い。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
GeneArtⓇ StringsTM設定の開始
 GeneArtⓇ StringsTMの内容を設定するには、追加したアイコンをクリックして
開始します。
クリックして
サービス内容の設定を
開始します。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
1. 配列の入力 必須項目
 配列情報を入力します。サンプル名、配列の種類、配列（塩基配列・アミノ酸
配列）を入力します。
 入力した配列を編集・最適化することなく、そのまま合成をご希望の方は配
列の概要へ進み、内容を確認後、「保存」をクリックして下さい。
 「*」で示されているのは必須入力項目です。
サンプル名
塩基配列かアミノ酸配列の一種類を入力
赤枠内の情報を入力します。配列の種類はDNAかアミノ
酸配列のどちらか一種類を入力し、選択します。
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2. 配列の編集 ORF候補選択
 「ORF」では、コドン最適化の対象領域であるORFを選択します。自動処理に
より複数のORF候補が表示されます。ご希望のORFにチェックを入れて選択し
ます。なお最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。
最適化を行うORF領域
にチェックを入れて選
択します。
チェックを入
れた領域が
水色で表示
されます。
ここをクリックすると、
他のORF候補が表示
されます。
選択したORFは
Feature Mapに表
示されます。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
2. 配列の編集 任意のORF選択
 右タブの「ORFの指定」をクリックすると、任意のORF領域を指定できます。
 最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。
クリックすると、任意のORF領域
を指定できます。
最初と最後の
位置を指定し、
「適用」をクリッ
クします。
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指定した領
域が水色で
表示されま
す。
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（1）
 5’側のクローニング用制限酵素認識配列や付加配列を指定します。すでに
付加してある場合、候補が自動的に表示されます。もし、ご希望のものが表
示されていない場合は、「新規配列の付加」をクリックします。 新しい画面が
現れます
候補がここに表示されます。本画
面ではまだ付加されていないので、
表示されません。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（2）
 新しい画面で ドロップダウンリストをクリックします。制限酵素やatt配列のリ
ストが開きます。ご希望のものを選択し、「配列の付加」をクリックします。
BamHIを選択し、開始コ
ドンのAにあたる1番目の
塩基の前に付加します。
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2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（3）
 付加したBamHIは黄色の背景と赤線で表示されます。最適化配列から自動
的に除外されます。また保護の設定がされるので、最適化を行っても配列は
変更されません。
赤線と黄色の背景で表示されます
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自動的に保護されます
自動的に除外されます
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2. 配列の編集 5’付加配列 任意の配列の付加
 リストにない任意の配列を付加する場合には、付加する位置と配列を入力し、
「配列の付加」をクリックして下さい。
 例として、開始コドンのAの前に、GCCACCを付加します。
開始コドンの前にGCCACCが
挿入されます
付加配列（GCCACC)と付加部位（開
始コドンのA）を入力し、「配列の付加」
ボタンをクリックします。
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2. 配列の編集 3’付加配列
 3’側の付加配列を選択し、挿入します。方法は5’付加配列と同じです。例とし
て、Eco RIを616番目の塩基の前に挿入します。
EcoRIを選択し、ストップ
コドンの直後になる616
番目の前に付加します
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自動的に保護されます
赤線と黄色の
背景で表示さ
れます
自動的に除外されます
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2. 配列の編集 配列の挿入
 左のタブは塩基の挿入です。ご希望の配列を挿入します。なお赤線で示され
ている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って
行って下さい。
 修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押
さないで下さい。画面が消えてしまいます。
ここに挿入配列を入力します
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挿入位置と挿入用
の塩基配列を入力し、
「挿入」をクリックしま
す。
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2. 配列の編集 配列の削除
 中央のタブは塩基の削除です。ご希望の範囲を指定し、削除します。なお赤
線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画
面に戻って行って下さい。
 修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押
さないで下さい。画面が消えてしまいます。
削除する範囲を入力
し、「削除」をクリック
します。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
2. 配列の編集 コドンとアミノ酸の置換
 右のタブはコドンとアミノ酸置換用の画面です。希望のアミノ酸部位を指定し、
ドロップダウンリストから選択します。なお赤線で示されている付加配列は修
正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。
 修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押
さないで下さい。画面が消えてしまいます。
リストから候補を選択し、
「置換」をクリックします。
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3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
3. 配列の最適化 制限酵素認識配列の保護
 最適化で保護する配列を選択します。保護する塩基配列は最適化後も変更
ありません。検出されたものが自動的に表示されます。
 候補配列が表示されない場合は「+表示範囲を広げる」をクリックして下さい。
 リストに表示されない配列を保護する場合は、「任意の配列の保護」をクリッ
クして下さい。
チェックを
入れて選
択します。
保護した制限酵素
認識配列は、赤線で
表示されます。
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保護する配列は、
Feature Mapに表
示されます。
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3. 配列の最適化 任意の配列の保護
 最適化で任意の配列を保護する場合は、その範囲を入力し、「保護」をクリッ
クします。保護した範囲の塩基配列は最適化後も変更ありません。
最初と最後の位置を入
力し、「保護」をクリックし
ます。
保護した範囲の配列は、
赤線で表示されます。
保護した範囲の配列は、
Feature Mapに表示され
ます。
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3. 配列の最適化 除外する制限酵素配列
 最適化後の配列中に含めたくない配列を、リストの中から選択します。
 リストは部分表示されています。全表示するには一番下にある「+表示範囲を
広げる」をクリックして下さい。
 リストにない任意の配列を除外する場合は、右タブの「任意の配列」をクリッ
クして下さい。
チェック
を入れて
選択しま
す。
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除外する配列は、
Feature Mapに表
示されます。
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
3. 配列の最適化 除外する任意の配列
 最適化後に含みたくない任意の配列を指定します。配列の名前と配列を入
力し、「除外する」をクリックします。除外した配列は最適化後の配列には含ま
れません。
配列の名前と配列
を入力し、「除外す
る」をクリックします。
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除外する配列は、
Feature Mapに表
示されます。
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
3. 配列の最適化 生物種の選択と最適化の実行
 最適化タブを開き、コドン最適化用生物種のドロップダウンリストから、ご希
望の生物種を選択します。最適化を希望しない場合は「Non optimized」を選
択します。生物種を選択し、「最適化」をクリックすると、自動的に開始します。
最適化タブを開き、コドン
最適化用生物種のリストを
開きます。
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青くなった「最適化」ボタンをク
リックして最適化を開始します。
生物種によってはコザック配
列を付加できます。
ご希望の生物種を
選択します
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
3. 配列の最適化 コドン最適化用生物種一覧表
 リストにある生物種の一般名と付加できるコザック配列は下記の一覧表を参
照して下さい。
学名
Non optimized
Arabidopsis thaliana
Bacillus subtilis
Bos taurus
Brassica napus
Caenorhabditis elegans
Caulobacter crescentus CB15
Chlamydomonas reinharditii
Cricetulus griseus
Drosophila melanogaster
Escherichia coli
Glycine max
Homo sapiens
Hordeum vulgare
Lycopersicon esculentum
Mus musculs
Nicotiana benthamiana
Nicotiana tabacum
Olyctolagus cuniculus
Oryza sativa
Pichia pastoris
Saccharomyces cerevisiae
Schizosaccharomyces pombe
Spodoptera frugiperda
Synechococcus elongatus
Vaccinia virus
Zea mays
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一般名
最適化なし
シロイヌナズナ
枯草菌
牛
セイヨウアブラナ
線虫（C.elegans)
C. crescentus CB15株
クラミドモナス（Engineering Kits, A14258）
チャイニーズハムスター、CHO細胞
キイロショウジョウバエ
大腸菌
大豆
ヒト
大麦
トマト
マウス
ベンサミアナタバコ
タバコ
ウサギ
イネ
ピキア酵母
出芽酵母
分裂酵母
ヨトウガ、Sf9細胞、Sf21細胞
シアノバクテリア（Engineering Kits, A14259）
ワクシニアウイルス
トウモロコシ
+コザック配列
なし
なし
なし
GCCACC
なし
なし
なし
なし
GCCACC
GCCACC
なし
なし
GCCACC
なし
なし
GCCACC
なし
なし
GCCACC
なし
AAAA
AAAA
AAAA
GCCACC
なし
なし
なし
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
配列の概要 合成予定配列の確認
 配列の概要で、合成予定配列の内容と解析結果を確認できます。最適化し
た場合は最適化配列が表示されます。また解析結果と塩基配列をダウン
ロードできます。解析結果はCodon Quality Distribution、Codon Quality Plot、
GC Contentが示されます。問題がなければ「保存」をクリックして下さい。
クリック！
解析結果、合成予定塩
基配列をダウンロード
できます。
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配列の概要 最適化後の解析結果(1)
 「Codon Quality Distribution」 では、コドンクオリティーに基づくコドンの割合が
示されています。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の高
いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したもので
す。青が最適化前で黄色が最適化後です。
青：最適化前
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黄：最適化後
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
配列の概要 最適化後の解析結果(2)
 「Codon Quality Plot」では、塩基配列の各ポジションにおけるコドンクオリ
ティーを示してます。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の
高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したもの
です。青が最適化前で黄色が最適化後です。
青：最適化前
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黄：最適化後
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
配列の概要 最適化後の解析結果(3)
 「GC Content」では、各ポジションの前後20bpから成る40bpのGC含量を示し
てます。青が最適化前で黄色が最適化後です。
青：最適化前
26
黄：最適化後
3/17/2015 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
GeneArtⓇ StringsTMの設定終了
 GeneArtⓇ StringsTMの設定が終了しました。アイコン内の緑色のチェックマー
クは、必要な情報が全て入力されたことを表しています。
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